Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399403.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_267.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4639
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 1224 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1770 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1473--3173 Score: 1380
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 171
1463 NNNNNNNNNN
* * * * **
1473 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-AGAATATTAAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-AACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* * * * *
1537 ATTTAAAAAAAGTTGAACTTAGAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
65 ATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
1601 GGTTTTTGACA-GAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCA
128 GGCTTTTGA-AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA
* * * *
1645 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAGTTCTAGTCTGGTTTAACTAAAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA
* * *
1710 TGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
66 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * * *
1775 TTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATGAACTTTTCATAC-CA
131 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCA
* * * * * *
1816 ATGGATGGCTTTTTCTTCACG-TTCCCCAGTGTAAACATTCAATTATAGTCT-TTATTAATCAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GTAAACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAA-CTAA
* * * *
1879 AAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACA
63 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
1943 AGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCT-A
127 AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCA
* * * * *** * * *
1988 ATCAAT-ACTTTTCCTCCATGTTTC-CTAAGGCGGACATTCAATTATAATCCGTTCTAACTAAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* * * * *
2051 ATACT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATATAACCATTTAAAGCAACTAATAAG
65 AT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** * *** *
2115 GCTTCTAAAGGCTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCGGGTCG
129 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA
** * * * * *
2158 AT-AGATGGGTTTTCCTTCATG-TTCTCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTCACAAAA
1 ATGA-ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
* * *
2221 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAG
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
2286 GATTTT-AAGGAATGGGAGACTATAAATTGACTTTTCTT-TCAA
129 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-A
* * * * **
2328 ATGTATAG-TTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAA
1 ATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAA
* * * * * * * *
2391 AGTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAG
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
2456 GCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTAC-CG
129 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCA
* * * * *
2499 ATGAATACTTTTTTCTTCAAGTTTCTCATGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAA
* *
2563 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * *
2628 CTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGC-CA
130 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCA
* * * * * * * * * * * *
2670 TTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCTAGGCAGATATTCAATTAGAG-CTTTTTTTAAAC-AAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTC-TGTTTT-AACTAAA
* * * * * **
2733 AAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACAAATAAG
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
2798 GCTTTTGAAAGAATG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAA
129 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-A
** * * * * * *
2840 ATGAATGGGTTTTTCTAT-ACGTTTC-AAGAGGCAAGCATTCAAATATTGTCTGTTTTAAC-AAA
1 ATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
* * * **********
2902 AA-CTATAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAA
64 AATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** *
2966 GGCTTTTGAAGGAATCG-GTGACTATAAATAAACTTTGCTTGCT-A
128 GGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCA
* * ** * * *
3010 ATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAGAA-ATTCGATTATAATTTGTTTTAACTAAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-AACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * * * *
3074 ATGCATGAAGAATTCAAATTAAAA-AAATT-TTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAGTAA
65 ATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
3137 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
128 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
3174 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1213, Mismatches: 266, Indels: 101
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 71 0.06
170 350 0.29
171 597 0.49
172 192 0.16
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA
Found at i:2442 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1482--3173 Score: 1432
Period size: 341 Copynumber: 5.0 Consensus size: 342
1472 NATGAATGCC
* * * *
1482 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-AGAATATTAAATTATAATCTGTTTTAA--AGAAAAATTTAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTC-CAAGGTA-AACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCA-AAAAATGTAAA
* * * * * *
1544 AAAAGTTGAACTTAGAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTG
63 AAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
1609 ACA-GAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTC
127 A-AGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
1672 AAGGTAAACATTCAGTTCTAGTCTGGTTTAACTAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
189 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
1737 TATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAAT
254 TATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAAT
* * * *
1801 GAACTTTTCATACCAAT-GGATGGC
319 GGACTTTTC-TACCGATAGAATGGG
* *
1825 TTTTTCTTCACGTTCCCCAGTGTAAACATTCAATTATAGTCT-TTATTAATCAAAAAATGTAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCCAAG-GTAAACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAATCAAAAAATGTAAAA
* * * * *
1889 CAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
1954 GGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTGCTAATCAATA-CTTTTCCTCCATGTTTC-CTAA
129 GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTT-C-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AA
** * * * *
2016 GGCGGACATTCAATTATAATCCGTTCTAACTAAAAATACT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
191 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
2080 ATTAGTTTATATAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTCT-AAAGGCTTGATTGACTATAAATG
255 ATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATG
***
2144 GACTTTTCGGGTCGATAG-ATGGG
320 GACTTTTC-TACCGATAGAATGGG
* * * * *
2167 TTTTCCTTCATGTTCTCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTCA-CAAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTT-TCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAA
* * *
2231 AATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGATTTT-AAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
2295 GAATGGGAGACTATAAATTGACTTTTCTTTCAAATGTATAGTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGT
130 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * * *
2360 AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAGTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTATTTATG
194 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * **** * * *
2424 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAG
258 AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATGGAC
***
2488 TTTTCTTACCGAT-GAATACT
323 TTTTC-TACCGATAGAATGGG
* * *
2508 TTTTTCTTCAAGTTTCTCATGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAA
* * *
2572 AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
** * * ** * * * * * * * *
2637 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCATTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCTAGGC
130 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * * *
2702 AGATATTCAATTAGAG-CTTTTTTTAAAC-AAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAT
194 AGACATTCAATTATAGTC-TGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
2765 GAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACAAATAAGGCTTTTGAAA-GAATG-GAGACTATAAATGGA
257 GAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATGGA
** *
2828 CTTTTCTTTC-AAATGAATGGG
322 CTTTTCTACCGATA-GAATGGG
* * * * * * *
2849 TTTTTCTAT-ACGTTTCAAGAGGCAAGCATTCAAATATTGTCTGTTTTAA-CAAAAACTAT-AAA
1 TTTTTCT-TCACGTTTCCA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAA
* **********
2911 AAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * * * * **
2976 GGAATCG-GTGACTATAAATAAACTTTGCTTGCTAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATATTTTTTGA
129 GGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * * * * *
3039 GGTAGAAATTCGATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGCATGAAGAATTCAAATTAAAA-AAATT
191 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * * * * * *
3103 TTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATA
255 ATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATG
3167 GACTTTT
320 GACTTTT
3174 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 220, Indels: 86
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.01
340 204 0.19
341 407 0.37
342 315 0.29
343 137 0.13
344 14 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGT
TTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTACCGATAGAATGGG
Found at i:3090 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1473--3173 Score: 1593
Period size: 512 Copynumber: 3.3 Consensus size: 509
1463 NNNNNNNNNN
** * * **
1473 ATGAATGCCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGG-AGAATATTAAATTATAATCTGTTTTAAAGAAA
1 ATGAAT-CCTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
** * * * * **
1536 AATTTA-AAAAAAGTTGAACTTAGAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
63 AATGCATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * *** * * *
1599 AAGGTTTTTGACA-GAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAAT-GAATGCCTTTTTCTT
126 AAGGCTTTTGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGGGTCCATAG-ATGGCTTTTCCTT
* * * * * ** * ** * *
1662 CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAGTTCTAGTCTGGTTTAACTAAAAATGTAGAAAAATTCAACT
189 CATGTTCCCCAAGGCAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAAC-AAAAAAGTAAAAAAATTCAACT
* * ** *
1727 TAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
253 TAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAG
* * * * * * * * * *
1792 ACCATAAATGAACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTTCT-TCACGTTCCCCAG-TGTAAACATT
317 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGTT-TCAAGAGGTAAGCATT
* *
1855 CAATTATAGTCT-TTATTAATCAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
380 CAATTATAGTCTGTT-TTAA-CAAAAAATGTAAAA-AATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTA
* *
1919 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
442 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1984 GCTA
506 GCTA
* * * * * * ** * *
1988 ATCAATACTTTTCCTCCATGTTTCCTAAGGCGGACATTCAATTATAATCCGTTCTAACTAAAAAT
1 ATGAATCCTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
* * *
2053 AC-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATATAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGC
66 GCATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
* * * * *
2117 TTCTAAAGGCTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCGGGTCGATAGATGGGTTTTCCTTCATGTTC
131 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGGGTCCATAGATGGCTTTTCCTTCATGTTC
* * * *
2182 TCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTCACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
196 CCCAAGGCAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
2247 GATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGATTTT-AAGGAATGGGAGACTATAA
260 AATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAA
* * * * * * ** *
2311 ATTGACTTTTCTTTCAAATGTATAGTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTATAG
324 ATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCAAGAGGTAAGCATTCAATTATAG
** * *
2376 TCTGTTTTAATGAAAAGTGTAAAAAAATTAAACTTAAAAT-TATTTATGAGATTATAAAATCATT
389 TCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCTA-TTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * **
2440 TAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCG
452 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA
* * * * *
2499 ATGAATACTTTTTTCTTCA-AGTTTCTCATGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAA
1 ATGAAT-CCTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAA
*
2562 AATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
63 AATGCATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
2626 GGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTG-CCATTGGATGGCTTTTGCTTCAT
128 GGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGGGTCCA-TAGATGGCTTTTCCTTCAT
* * * * *
2690 GTTCCCCTAGGCAGATATTCAATTAGAGCTTTTTTTAAACAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAA
192 GTTCCCCAAGGCAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTT-AACAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
** *
2755 AATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACAAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGAGACTA
256 AATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAGACTA
* * *
2820 TAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGGTTTTTCTATACGTTTCAAGAGGCAAGCATTCAAATA
321 TAAATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCAAGAGGTAAGCATTCAATTA
* * * * ****
2885 TTGTCTGTTTTAACAAAAACTATAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAANNNN
386 TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCAT
******* ** *
2950 NNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATAAATAAACTTTGCTTGCTA
451 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA
* * * * *
3010 ATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAGAAATTCGATTATAATTTGTTTTAACTAAAAA
1 ATGAAT-CCTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * * * * ** *
3075 TGCATGAAGAATTCAAATTAAAA-AAATT-TTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAGTAAG
65 TGCATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
** * *
3138 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
129 GCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
3174 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 201, Indels: 56
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 292 0.30
512 414 0.43
513 192 0.20
514 48 0.05
515 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
ATGAATCCTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
GCATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGGGTCCATAGATGGCTTTTCCTTCATGTTC
CCCAAGGCAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAGACTATAAAT
GGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCAAGAGGTAAGCATTCAATTATAGTC
TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA
Done.