Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399404.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2670.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8060
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 1401 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:577 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 301--1714 Score: 1273
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
291 ATATTTTTCT
* * * * *
301 TTAAAATAGACTAAAATTGAATG-CATGCCTTG-GAAA-ATTTATAAAAAAGCTATTCATTGAGA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGTA-GAAAAAGC-ATTCATTGAGA
* * * **
363 AAAAAAATCTATTTATAGTCACGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * **
428 AATCTAATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTCA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
471 TTAAAACAGACTCTAATTGAATGTTTGCCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCATTGATTAAGAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGAGAAG
** *
536 AAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGCTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATA
* * *
600 AACTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-ATTTTTACATTTTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * ** * * * *
641 TTAAAACAGACTGTAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCACTG-GCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGAG-AA
* * ** * * *
705 AAAAAGTCCACTTATAGTCATACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTACA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* **
770 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTGTATTTTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
811 TTAAAACAGACTATTATTGAGTGTCTACCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTG-GCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTGAG-AA
* * *
875 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
940 ATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * * *
982 TTAAAACA-AATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTGATTGATAA
1 TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTGAGAA
* *
1046 GAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
1110 ATCTCAAAATTTATTTTCAGCTCAATGTTTTT-CATTTTTTTGA
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA--TTTTTGG
* * * * ** * * * *
1153 TTAGAATAGATTATAGTTGAATGTCTATGTCGAG-AA-ATGTGGAAAAAAGGCATTTATTGACAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAG-AAAAA-GCATTCATTGAGAA
* * *
1216 GAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GTTCTAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTAT
* * * * *
1280 AATCTCATGATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAG
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * *
1323 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACGTG-AGAAAAAAAGCATTAATT-AGCA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAG--AAAAAGCATTCATTGAG-A
* * * * *
1386 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCATCATTACTCGCTTTAATTGGTTTTA-
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** *
1450 ACATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTGTATTTTTTG
128 A-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
1494 TTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTTTG-GAAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAC
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-ACCTTGAG-AAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGAG
** ********** *
1557 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGATTTTA
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
1622 TAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTGTTTTACATTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
* * ** * ** *
1666 TAAAAATAGAAAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA
1715 ATTATTCATT
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 193, Indels: 69
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 436 0.43
171 425 0.42
172 138 0.14
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTGAGAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
Found at i:733 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 343--1727 Score: 1319
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
333 GAAAATTTAT
* * * **
343 AAAAAAGCTATTCATTGAG-AAAAAAAATCTATTTATAGTCACGTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AAAAAAGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * **
407 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTCAT
64 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
472 TAAAACAGACTCTAATTGAATGTTTGCCTTGTGAAACATGTAG
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * **
515 -AAAAAGCCATTGATTAAG-AAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AAAAAAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
578 ACT-AGCTTTAAATGCTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTACATTTTTGGT
64 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGT
* * *
642 TAAAACAGACTGTAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * * * **
685 AAAAAAGTATTCACTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCATACATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * **
750 TCGCTTTAAATGGATTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTGTATTTTTGGTTAA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * *
815 AACAGACTATTATTGAGTGTCTACCTGGAGAAACATGAAG
131 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * * * *
855 AAAAAGGCATTCTTTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTAC
1 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
920 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTA
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTGGTTA
* *
985 AAACA-AATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAG
130 AAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* ** *
1026 AAAAATA-CATTGATTGATAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
1089 CTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTTATTTTCAGCTCAATGTTTTT-CATTTTTTTGA
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA--TTTTTGG
* * * * ** *
1153 TTAGAATAGATTATAGTTGAATGTCTATGTCGAGAAATGTG--G
127 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * * *
1195 AAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
1260 CTC-GTTCTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
65 CTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGT
*
1324 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC-CTGAGAAACGTG-AG
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACGTGAAG
* * * * *
1366 AAAAAAAGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCATCATTA
1 -AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * ** *
1431 CTCGCTTTAATTGGTTTTA-ACATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTGTATTTTTTGT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTGGT
* * * * *
1495 TAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTTTG-GAAAACGTGTAG
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-ACCTCGAG-AAACGTGAAG
* ** *********
1539 -AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAANNNNNNNNN
1 AAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
1603 NTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTA
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTT
* ** * * *
1668 AAAATAGAAAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
129 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
**
1710 AAAAAATTATTCATTGGC
1 AAAAAAGCATTCATTGGC
1728 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 180, Indels: 73
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.01
170 421 0.42
171 422 0.42
172 137 0.14
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
Found at i:1053 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 343--1715 Score: 1374
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
333 GAAAATTTAT
* * * * * **
343 AAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAATCTATTTATAGTCACGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAAGC-ATTAATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
408 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTCAT
64 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATATTTTTGAT
* * * * * * ** * *
472 TAAAACAGACTCTAATTGAATGTTTGCCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCATTGATTAAGAAGA
127 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCTTTGACAAGA
** *
537 AAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGCTTTTATAA
192 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
601 ACTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAAATGAATGTC
256 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTC
666 TACCTCAAGAAACGTGAAG
321 TACCTCAAGAAACGTGAAG
* * * * * **
685 AAAAAAGTATTCACTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCATACATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAAGCATTAATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
750 TCGCTTTAAATGGATTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTGTATTTTTGGTTAA
65 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * * *
815 AACAGACTATTATTGAGTGTCTACCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTGGCAAAAAAA
130 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCTTTGACAAGAAAA
* * *
880 GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCC
195 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
945 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACA-AATAATAATTGAATGTTTA
260 ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGAAT-ATAATTGAATGTCTA
*
1009 CCTCGAGAAACGTGAAG
323 CCTCAAGAAACGTGAAG
* * *
1026 AAAAATA-CATTGATTGATAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAA-AGCATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
1090 TCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTTATTTTCAGCTCAATGTTTTTCATTTTTTTGATT
65 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAAT-TTTTTTATATTTTTGATT
* * * * ** * *
1155 AGAATAGATTATAGTTGAATGTCTATGTCGAG-AA-ATGTGGAAAAAAGGCATT-TATTGACAAG
128 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGTAG-AAAAAGGCATTCT-TTGACAAG
* * *
1217 AAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GTTCTAAATGGTTTTATA
191 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATA
* * * * * *
1281 ATCTCATGATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
255 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATG
*
1346 TCTACC-CTGAGAAACGTG-AG
319 TCTACCTC-AAGAAACGTGAAG
* * *
1366 AAAAAAAGCATTAATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCATCATT
1 -AAAAAAGCATTAATTGA-CAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
1430 ACTCGCTTTAATTGGTTTTA-ACATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTCTTGTAT-TTTTT
63 ACTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TT-TATATTTTT
* * * * * *
1493 G-TTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTTTGGA-AAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTG
124 GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-AC-CTGGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCTTTG
** ********** *
1555 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGATTT
186 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
1620 TATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGAAAATAATTA
251 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTG
*
1685 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
315 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
1710 AAAAAA
1 AAAAAA
1716 TTATTCATTG
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 150, Indels: 61
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 227 0.27
341 341 0.40
342 130 0.15
343 143 0.17
344 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
AAAAAAGCATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCTTTGACAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCT
CAAGAAACGTGAAG
Found at i:3378 original size:849 final size:846
Alignment explanation
Indices: 1738--3787 Score: 2486
Period size: 849 Copynumber: 2.4 Consensus size: 846
1728 NNNNNNNNNN
* * * * *
1738 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGTTTATAACAGACTATAAATGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGA
** * * *
1803 ATGTCTACCTCG-AGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATACTCA
65 ATGTCTACCTCGTA-AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAGAAAAAGTCCATTTATACTCA
* * *
1867 CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTAAG
129 CCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTAAG
* * ******
1932 TTGAATTTTTTTACA-TTTTATTTATAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTCGAGAANNNNNNN
194 TTGAATTTTTTTATATTTTTATTTATAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAA-ACATGA
********* * * * * *
1996 NNNNNNNNNATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTA-CAGTCGCCTATTCCATGATAAGCCTTATTA
258 AGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATCA-TCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
2060 CTCACGTTAAAAGGTTTTGTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTATATTTTTGGT
322 CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTCGAATTTATTTTACATTTTTAGT
* * * * *
2125 TAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAACATGAAAAAAAGATTTTTAGTGGCAGGGA
387 TAAAACAGGCTATAATTAAATATCTATCTCAAAAAACATGAAAAAAAGATATTCAGTGGCAAGGA
* *
2190 AAGTCCATTTATAGATGCCTATTCCTTTAGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
452 AAGTCCATTTATAGATACCTATTCCTTCAGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
* * * * *
2255 TCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTGTTAAAATAGATAATCATTGAATGT
517 TCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGT
*
2320 CTACCACCAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCAGCCATT
581 CTA-CACCAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATT
* *
2385 CCTCTAAAAGGCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGAAGTTCAATATTTTT
645 CCTCCAAAAGGCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGAAGTTCAATATTTTT
* * ** * * * *
2450 TACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGTCGAGAAATGTGAACTAAAAGGCAT
710 TACTTTTTTGATTAAAATAGATTATAAATGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAACAAAAAAGAAT
* * *********** *
2515 TCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNNCGCTTTAAA
775 TCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAA
2580 TGGTTTT
840 TGGTTTT
* *
2587 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATAGTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
*
2652 ATGTCTACCTTGTAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAGAAAAAGTCCATTTATACTCAC
65 ATGTCTACCTCGTAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAGAAAAAGTCCATTTATACTCAC
* * * * **
2717 CCATTCATTCGAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTAAATGATTTTA-CAATGACATAGTTGATTTTAAG
130 CCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATC-ATCTCATAGTTGATTTTAAG
* * *
2781 TTGAATTTTTTTATATTTTTGTTTATAATATACTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
194 TTGAATTTTTTTATATTTTTATTTATAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * *
2846 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCTATTATGATCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
259 G-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATCATCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
2911 ACGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTCGAATTTGTTTTACATTTTTAGTT
323 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTCGAATTTATTTTACATTTTTAGTT
* * * * * *
2976 AAAATAGGCTATAATTAAATATCTGTCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGGA
388 AAAACAGGCTATAATTAAATATCTATCTCAAAAAACATGAA-AAAAAGATATTCAGTGGCAAGGA
* * * *
3041 AAGTCCATTTATAGATACCTATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATT
452 AAGTCCATTTATAGATACCTATTCCTTCAGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
*
3106 TCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTC
517 TCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTC
* * * * *
3170 TA-ACTAGATAAAGGTGAA-AAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCCATT
582 TACACCAG--AAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATT
* *
3233 CCTCCAAAAGGCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAAGTTCAGTGTTTT
645 CCTCCAAAAGGCTTATAACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGAAGTTCAATATTTT
* * *
3298 TTACTTTTTTGATTAAAATAGATTATAAATGATTGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGAA
709 TTACTTTTTTGATTAAAATAGATTATAAATGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAACAAAAAAGAA
* *
3363 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAA
774 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
3428 ATGGTTTT
839 ATGGTTTT
* * * *
3436 ATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * **
3501 ATGTCTACC-CGTGAAACGTGAA-AAAAAAACATTCATTAGTA-AGAAAACTCTATGCATACTCA
65 ATGTCTACCTCGTAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAGA-AAAAGTCCATTTATACTCA
* * *
3563 CCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCA-ACATTGATTTTAA
129 CCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATA-GTTGATTTTAA
* * * * * * * *
3627 GTTCAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCT-AGGAAACATG
193 GTTGAATTTTTTTATATTTTTATTTATAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTTGA-GAAACATG
* * * * * * *
3691 AAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATTATCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTAT
257 AAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATCATCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
3756 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
3788 NNNNNNNNNN
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CATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTATATTTTTATTTATAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATCATCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTCGAATTTATTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGGCTATAATTAAATATCTATCTCAAAAAACATGAAAAAAAGATATTCAGTGGCAAGGAAAGT
CCATTTATAGATACCTATTCCTTCAGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
AATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACA
CCAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTCCA
AAAGGCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGAAGTTCAATATTTTTTACTTT
TTTGATTAAAATAGATTATAAATGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAACAAAAAAGAATTCATTG
GCAAGAAAAGTCTACTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
T
Found at i:3429 original size:336 final size:333
Alignment explanation
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1728 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
1738 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGTTTATAACAGACTATAAATGA
1 ATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA-TATAATTGA
* * ** * * * *
1803 ATGTCTACCTCGAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATACTCAC
65 ATGTCTAACTAGAGAAACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCAC
* * * *
1868 TCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTAAGT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-A----AATTTAAGT
* * ** * * * * * * *******
1933 TGAAT-TTTTTTACATTTT-ATTTATAACAAACTATAAATGAATGTCTACCTCGAGAANNNNNNN
188 TCAGTGTTTTTTATTTTTTGA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAA
********* * * * * * *
1996 NNNNNNNNNATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCGCCTATTCCATGATAAGCCTTATTA
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* * *
2060 CTCACGTTAAAAGGTTTT
316 CTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
2078 GTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATA-GATATAATTG
* * * * * * * *
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64 AATGTCTAACT-AGAGAAACGTGAAAAAAAAGCA--TTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAG-
* * * * * *
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124 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC--AA--AA-TTT
* * * * **
2269 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTG-TTAAAATAGA-TAATCATTGAATGTCTACCA-CCAGA
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* *
2331 AACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCAGCCATTCC-TCTAAAA
244 AACGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTC-AAAA
* *
2394 GGCTTATAACTCGCTTTAAATGG-TTT
307 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
2420 ATAATCTCA-AA---A-TTGAAGTTCAATATTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGA-TATAATT
** * * * * * *
2479 GAATGTCTATGTCGAGAAATGTGAACTAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATTGTC
63 GAATGTCTAACTAGAGAAACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTC
* ***********
2544 ACTCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
126 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AA---A-TTTAA
* * * * * *
2609 GTTCAAT-TTTTTTATAGTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGTA-AAACGT
186 GTTCAGTGTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTG-AGAAACGT
* * * * *
2672 GAAGAAAAAAGCATTCATTAGC-AGAAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCATTCGAAAGCCTT
249 GAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
2736 GTTTCTCGCTTTAAATGATTTT
312 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * * * *
2758 ACAATGACATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTTATAATATACTATAAATGA
1 ATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA-TATAATTGA
* * * * *
2823 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCTATTAT-GATCGC
65 ATGTCTAACTAGAGAAACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTATAG-TCAC
* *
2887 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAG-
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AA---A-TTTAAGT
* * * * * * * * *
2951 TCGAAT-TTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGGCTATAATTAAATATCTGTC-TTAAAAAACA
188 TC-AGTGTT-TTTTA-TTTTTTGA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-ACATTGAGAAACG
* * * *
3013 TGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGAT-ACCTATTCCTTCAGAAGCC
248 TGAAGAAAAAAG-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACC-ATTCCTTCAAAAGCC
*
3076 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
310 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
3100 ATAATTTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAT-ATAATTGA
* * * *
3165 ATGTCTAACTAGATAAAGGTGAAAAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCC
65 ATGTCTAACTAGAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCC
* * * * *
3230 ATTCCTCCAAAAGGCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAAGTTCAGTGT
130 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTAAGTTCAGTGT
* * *
3295 TTTTTACTTTTTTGATTAAAATAGATTATAAATGATTGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
195 TTTTTA-TTTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
* * * * * **
3360 GAATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTT
259 GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
3425 TAAATGGTTTT
323 TAAATGGTTTT
* *
3436 ATAATCTCATAATTG-GTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTA
1 ATAATCTCATAATTGAG-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA-TATAATTG
** * * * * * * *
3500 AATGTCT-ACCCGTGAAACGTGAAAAAAAAACATTCATTAGTAAGAAAACTCTATGCATACTCAC
64 AATGTCTAACTAGAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT-TATAGTCAC
* * *
3564 CCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCAACATTGATTTTAAGT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-A---A-TTTAAGT
* * * * * ** *
3629 TCAAT-TTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCT-AGGAAACATGA
188 TCAGTGTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTGA-GAAACGTGA
* * *
3692 AG-AAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATTA-TCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTA
251 AGAAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTA
3755 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
313 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
3776 ATAATCTTATAA
1 ATAATCTCATAA
3788 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (333 bp):
ATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATATAATTGAA
TGTCTAACTAGAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTAAGTTCAGTGTT
TTTTATTTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGA
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTT
Found at i:3587 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1738--3787 Score: 1509
Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 168
1728 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1738 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTATAACAGACTATAAATG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTG
* ** * * *
1802 AATGTCTACCTCGAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATACTCA
65 AATGTCTACC-CGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATA-TCA
* *
1867 CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
127 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
1909 ATCATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAT-TTATAACAAACTATAAATGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGA
* **************** * * * *
1973 ATGTCTACCTCGAGAANNNNNNNNNNNNNNNNATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTACAGTCGCC
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* * * * * * *
2038 TATTCCATGATAAGCCTTATTACTCACGTTAAAAGGTTTT
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* * * * *
2078 GTAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTG
* *** * * * * * *
2143 AATGTCTATCTCAAAAAACATG-A-AAAAAAG-ATTTTTAGTGGCAGGGAAAGTCCATTTATAGA
65 AATGTCTA-CCCGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCA--TTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTAT--A
* * * * * *
2205 T-GCCTATTCCTTTAGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTT
124 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
2249 ATAATCTCATAATTAAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTGTTAAAATAGA-TAATCAT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA--TTTTTTGTTAAAATAGACT-ATAAT
** * *
2313 TGAATGTCTACCACCAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTC
63 TGAATGTCTACC-CGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTATA-TC
* * *
2378 AGCCATTCC-TCTAAAAGGCTTATAACTCGCTTTAAATGG-TTT
126 ACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
2420 ATAATCTCA-AA---A-TTGAAGTTCAATATTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATT
** * * ** * * *
2479 GAATGTCTATGTCGAGAAATGTGAACTAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATTGTC
64 GAATGTCTA-CCCGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTA-TATC
* ***********
2544 ACTCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGGTTTT
126 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
2587 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATAGTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGA
* * * *
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66 ATGTCTACC-CGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTA-TTATA-TCA
* * * * *
2716 CCCATTCATTCGAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTAAATGATTTT
127 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * *
2758 ACAATGACATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTTATAATATACTATAAATG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTG
* * * * *
2822 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCTATTATGATCGC
65 AATGTCTACC-CGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTAT-ATCAC
*
2887 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
2928 GTAATCTCATAATTCATTTTAAGTCGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGGCTATAATTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTG
* ** * * * * * *
2993 AATATCT-GTCTTAAAAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGA
65 AATGTCTACCCGT--GAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTAT--A
* * *
3056 T-ACCTATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
124 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
3100 ATAATTTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGA-TAATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACT-ATAATTG
** * * *
3164 AATGTCTAACTAGAT-AAAGGTGAA-AAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCA
65 AATGTCT-ACCCG-TGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTATA-TCA
* * * *
3227 CCCATTCCTCCAAAAGGCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTT
127 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * *
3269 ATAATCTCAAAATTGAAGTTCAG-TG---TTTTTTA-CTTTTTTGATTAAAATAGATTATAAATG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTG
* ** * * * *
3329 ATTGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATTGTCA
65 AATGTCTAC-CCGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTA-TATCA
* * **
3394 CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
127 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
3436 ATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGA
* * * * *
3501 ATGTCTACCCGTGAAACGTGAA-AAAAAAACATTCATTAGTAAGAAAACTCTATGCATACTCACC
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* *
3565 CATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * *
3605 ATCATCTCA-ACATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTA
1 ATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTG
* * * * * *
3669 AATGCCTACCC-TAGGAAACATGAAG-AAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATTAT
65 AATGTCTACCCGT--GAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTA-TAT
* *
3732 CACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
125 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
3776 ATAATCTTATAA
1 ATAATCTCATAA
3788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1490, Mismatches: 314, Indels: 150
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
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ATGTCTACCCGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTATATCACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:5530 original size:170 final size:168
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Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 168
5206 NNNNNNNNNN
* * * *
5216 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTCATTTGT-GGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT-ATTTTTAGTT
* * * * * *
5280 CAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATT-ACTAAGA
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* * * * *
5344 AAAATCTATATATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTA
128 AAAGTCCAT-TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
5386 TTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTTAGTTTTCTCATATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTATATTTTTAGTT
* * *
5451 AAAACAAATAATAATTGACTGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAA
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*
5516 AAGTCCATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
5556 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTCACTTTTTTTA-
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT-A-TATTTTTAG
* * * ** * * * *
5620 TTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCATTGACAAG
63 TTAAAACA-AATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAG
* * *
5685 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTACTTTAAAAGCCTTATTA
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* * * * * * * *
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1 CTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTAGT
* * ** * * * ** *
5792 TAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAAA
64 TAAAACA-AATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGA
* *
5857 AAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
128 AAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
5899 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTTGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTT
* * * * * *
5964 AAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGCA
65 AAAACAAAT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAA
*
6029 AAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTA
129 AAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
6069 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGA-AAATGATTTTAAGTTCAATGTTTTTCACT-TTTTTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT-A-TATTTTTA
* * * * ** * ** *
6132 -TTAAAATAGATTATGATTGAATGTTTATGTTGAGAAACGT-AGAGAAAAAGGTGTTGATTGACA
62 GTTAAAACA-AATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCATTGACA
* *
6195 AGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
125 AGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
6240 CTCGCTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTAGTT
* * * * *
6305 AAAACAAACTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGCGAAGAAAAACA-CATTTATTGACAAGA
65 AAAACAAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGACAAGA
* *
6369 AAAGTCCATTATAGTCATCCATTCC-TCGAAAAGGCTTATTA
128 AAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTA
* * *
6410 CTCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTATTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTT
* * * ** * * * *
6475 ATAACAGACTATAAATGAATGTCTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAGGAA
65 AAAACA-AATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAA
* ** *
6540 AAGT-CATTATAGTCGCCCATTTTTTCAAAAGTCTTATTA
129 AAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
6579 CTTGCTTGAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT-ATATTTTTAGT
** ** ** * * * *
6644 TAAAA-AGGGCTATAATTGAATGGT-TGTCTCAAAAAATGTCAAG-AAAAAGCTATTCATTGGCA
64 TAAAACA--AATATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGACA
*
6706 A-AGAAAGTCCATTTATAGAT-ACCTATTCCTTCAGAAAGCCTTATTA
125 AGA-AAAGTCCA-TTATAG-TCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTA
* * *
6752 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTAG-T
* * * * **
6816 TAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGA
64 TAAAACAAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGA
* * *
6881 AAAGTCCATTATAGTCACTCATTCCTCCAAAAGGCTTATTA
128 AAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
6922 CTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTT-GT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTATATTTTTAG-
* * * * * ** ** *
6986 TTATAACAGACTATAAATGAATGTGTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCGCTGGTAG
63 TTAAAACA-AATATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAA
*
7050 GAAAAGTCCATTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
126 GAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
7093 CTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
7123 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1438, Mismatches: 246, Indels: 105
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 87 0.06
170 503 0.35
171 620 0.43
172 161 0.11
173 67 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTA
AAACAAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAA
GTCCATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:6906 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 5216--7122 Score: 2052
Period size: 512 Copynumber: 3.7 Consensus size: 507
5206 NNNNNNNNNN
* * * * *
5216 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTGTCATTTGTG-G
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTGAT
* * * * * ** * **
5279 TCAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTACTAAGA
65 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGA
* * * *
5344 AAAATCTATATATAGTCAC-CTATTCCTTTAAAA-GCTTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATA
130 AAAGTCCAT-TATAGTCACTC-ATTCC-TCAAAAGGC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
* * * * * * * * *
5407 ATCTCATAATTGATTTTTAGTTTAGTTTTCTCATATTTTTAGTTAAAACA-AATAATAATTGACT
191 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGACTAATAAATGAAT
* *
5471 GTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTATAGTCACCCA
256 GTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCA
* * * *
5536 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCA
321 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA
* ** *
5601 ATGTTTTTCACTTTTTTTATTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGTGGAGAAACATG-AAGA
386 ATGTTTTTCAC-TTTTTTATT-AAAAAGATTATAATTGAATG-CT-TGTTCA-AAAAATGTAAGA
* * *
5665 AAAAGGGATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCATTACTTTAAAAGCCTTATTA
446 AAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
5728 CTC-ATCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGATGTTGAATTGTTTTACACTTTTAAT
1 CTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGAT
* * * * *
5792 TAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAAA
65 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGA
* * * * * *
5857 AAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
130 AAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCC-TCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
* ** * *
5922 CGCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTT-TGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATG
193 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAT-TTAAAACAGACTAATAAATGAATG
* * * * * *
5985 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTATAGTCACCCAT
257 TCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCAT
* *
6050 TCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGA-AAATGATTTTAAGTTCA
322 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * *
6114 ATGTTTTTCACTTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGTTTATGTT-GAGAAACGTAGAGAA
386 ATGTTTTTCACTTTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAATG-CT-TGTTCAAAAAATGTA-AGAA
* * * * *
6178 AAAGGTGTTGATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
447 AAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
6240 CTCGCTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGA-T
* * * * *** ** * **
6304 GAAAACAAACTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGCGAAGAAAAACACATTTATTGACAAGA
65 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGA
* *
6369 AAAGTCCATTATAGTCA-TCCATTCCTCGAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCAT
130 AAAGTCCATTATAGTCACT-CATTCCTC-AAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
* *
6433 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTATTTATAACAGACT-ATAAATGAATGT
193 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGACTAATAAATGAATGT
** * * *
6497 CTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAGGAAAAGT-CATTATAGTCGCCCATT
258 CTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATT
** * ** * * * *
6561 TTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTGAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
323 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * ** ** *
6626 TTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAAGGGCTATAATTGAATGGTTGTCTCAAAAAATGTCAAGAAAA
388 GTTTTTCAC-TTTTTTATTAAAAA-GATTATAATTGAATGCTTGT-TCAAAAAATGT-AAGAAAA
* *
6691 AGCTATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGATACCTATTCCTTCAGAAAGCCTTATTA
449 AGGTATTCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAG-TACCTATTCCTTCA-AAAGCCTTATTA
* * * *
6752 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATT
* *
6817 AAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAA
66 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
* *
6882 AAGTCCATTATAGTCACTCATTCCTCCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCATCT
131 AAGTCCATTATAGTCACTCATTCCT-CAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * *
6947 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGTTTATAACAGACT-ATAAATGAATGTG
195 CATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGACTAATAAATGAATGTC
* ** ** * *
7011 TACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCGCTGGTAGGAAAAGTCCATTATAGTCGCCCATT
259 TACCT-TGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATT
** * *
7075 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAA
323 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
7123 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 184, Indels: 68
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.00
510 85 0.07
511 215 0.18
512 437 0.37
513 369 0.31
514 66 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATT
AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
AAGTCCATTATAGTCACTCATTCCTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGACTAATAAATGAATGTCTA
CCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTT
TTTCACTTTTTTATTAAAAAGATTATAATTGAATGCTTGTTCAAAAAATGTAAGAAAAAGGTATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
Done.