Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397469.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4188.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14865
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 853 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:341 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 138--568 Score: 456
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
128 NNNNNNNNNN
* * * *
138 AAGTCCATTTATAATCACCCATGCATTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATC
1 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT-TAATC
* * * **
203 TCATAATTGATTTTTAGTTGAATTCT-TTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCC
65 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACCGAATGCC
*
267 TACCCCGAGAAACAT-AAAAAAAAAATATCCTTTGACAAGAA
129 TACCCCGAGAAACATGAAAAAAAAAATATCCATTGACAAGAA
* * *********
308 AAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATC
1 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGTTTTTTAATC
* *
373 TCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACCGAATGTCT
65 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACCGAATGCCT
* * * ** ** *
438 ACCTCGGGACACATGAGGAAAAAGGTATCCATTGACAATAA
130 ACCCCGAGAAACATGAAAAAAAAAATATCCATTGACAAGAA
* *
479 AAGT-TCATTTATAGTCACCCATG-CTATCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTTTAA
1 AAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTTAA
* * *
542 TCTTATATTTAATTTTAAGTTAAATTT
63 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
569 TATAGTCACC
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 47, Indels: 11
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 120 0.58
171 87 0.42
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTTAATCT
CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAACCGAATGCCTA
CCCCGAGAAACATGAAAAAAAAAATATCCATTGACAAGAA
Found at i:1392 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 956--4412 Score: 1358
Period size: 171 Copynumber: 20.3 Consensus size: 169
946 NNNNNNNNNN
* * *
956 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGAGT-AAAAAAAATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTGAAAACAGATAATAA
* * * ** * * * * ** * * ** *
1020 TTGAATGTTTGTCC-CAACAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAGCATGAATAGCCCATTTATA
65 TTGAACGTAT-ACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA-AATCTATTTATA
* * * * *
1084 GCCATCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGTT
128 GTCACCCATGAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-T
* * * * * * * * * * *
1127 TTTATTACCTCGTAGTTGACTTTAAGTTAGAAATTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAAAATATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-G-AATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATAATA
** * * * * *
1190 ATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAACATCTATTTATA
64 ATTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAA-ATCTATTTATA
* *
1255 CTCATCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TATTAAATAGT
128 GTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAT-GT
* * * *
1298 TTTATAATTTCTTAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAATA-A-ATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAA-ACAGATAATAA
* * *
1361 TTGAACGTATGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTA
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTA-TA
* * * * *
1426 GT-AGCCATGTCTT-AAAAGCGATTTATTACTCGCTTTATGAGTGT
128 GTCACCCATGACTTCGAAAGC--CTTATTACTCGCTTTA--AATGT
* *
1470 TTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTGAAAACAGATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATAATAAT
* * * * * *
1535 TGAATGTTTACCTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGATATCTATTCGCAAGAAAATTTCATTCATAG
66 TGAACGTATACCTTGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAATCT-ATTTATAG
* * * *
1599 TCACCCATGCCTTCGAAACCCTTATTGCGCGCTTTAAATGGT
129 TCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * *
1641 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTATATATTTGGCT-AAAACAGATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TGAAAACAGATAATAA
* * * * * * ** * * * *
1704 TTGAATGTTTATCTTGACAAACATGATGAAAAAGATATTTATTGGCATGAAAAGTCCATTTCTAG
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTATAG
* * * * *
1769 TCACCAATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGNN
129 TCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-T
******** * * *
1811 NNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCATTCTTGGAT-AAAACATATAATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAG-TGAAAACAGATAATA
* * * ** * * * ** * *** *
1874 ATTAAATGTTTGTCTTGACAGACATGAAA-AAAAA-ACATTTATTGGCTTCAAAAGTCCATTTAT
64 ATTGAACGTATACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTAT
* * ** * *
1937 AGTCAACCATGCCTT-GAAAAGCCCCATTACTCACTTTAAATATT
127 AGTCACCCATGACTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * * * *
1981 TTTATAATCTTAGAATTAATTTTGAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATCATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTGAAAACAGATAATAA
* * * * * * * *
2045 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGACAA-AAAAA-ATATTCATTGGGAACAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACAT-A-AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTAT
* * ** *
2108 ACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGT
127 AGTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGT
* * * ** *
2152 TTTGTAAAT-TCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTTATC-TTTTTTTTTAAAACAGATAAT
1 TTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-CATTTTTAGTGAAAACAGATAAT
* * * * * * * *
2215 AATTGGACTTCTATCTAG-GAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
63 AATTGAACGTATACCTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTA
* ** ** * * *
2279 TAGTTAATCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGTT
126 TAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-T
** * * * * * *
2324 TTTATAATCTTGTAATTGATTTGAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGACT-ATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTGAAAACAGA-TAATA
* * * * * * *
2387 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATA
64 ATTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTATA
* ** * * *
2452 GTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGNN
128 GTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-T
******** * * * * *
2495 NNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGTTAATAG
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATAATAA
* * * * * * *********
2560 TTGAATGTTTGCCTTG-GGAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-GATAANNNNNNNNNNTTTATA
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAA-GAAAATCTATTTATA
* * *
2623 GTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATAAT
128 GTCACCCATGACTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * *
2666 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTA-AATTTTAGGCGAAAACAGATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTGAAAACAGATAATAA
* * ** * ********** * *
2730 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGNNNNNNNNNNCTATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATA
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCT-ATTTATA
* ** * * * **
2794 GTCACCAATTTCCTCGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAGGTGGT
128 GTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * *
2837 TTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTT-GGGTAAAACAGATAATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTG-AAAACAGATAATA
* * * * * * ** * * * *
2901 ATTGAATGTCTATCTTGACAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACATGAAAAGTCCATTTATA
64 ATTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTATA
* *
2966 GTCACCCAT-ACCATCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
128 GTCACCCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * **
3009 TTTTTAATCTCAT-A---A--TTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATAATAAT
* * * * * * * * * *
3068 CGAATGTCTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAA-CTATTCATT-GCCAAGAAAAGTCCAGTTATA
66 TGAACGTATACCTTGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAA-TCTATTTATA
* * * *
3130 GTCACCAAT-ACTTTCAAAATCCTTATTACTAGCTTTAAATGGT
128 GTCACCCATGAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* ********** * * * * *
3173 TTTATAATCCCATNNNNNNNNNNAAGTTTAATTGTTTTATATTTTTGAAT-AAAACAGGTAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTGAAAACAGATAATAA
* * ** ** * * *
3237 TTGAATGTCTGTCTCAACAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTAGCATA-AAAAGT-TCATTTA
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGAT-ATCCATTAGCA-AGAAAA-TCT-ATTTA
* * * * *
3299 CAGTCACCCAT-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATATT
126 TAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * * * *
3344 TTTCTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTGAAAACAGATAATAA
* * * * * * *
3408 TTGAATGTTTACCTTGTGAAATATGAAG-AAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTATAG
********** *
3471 TCANNNNNNNNNNCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
129 TCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * * *
3513 TGTATAATCTTATAATTGATTTTAAAGTTGACTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATAATAA
* * * * * * * * * * *
3577 TAGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAATAAGATATCTATTGGTAA-AAACAGTCCATTTATA
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAA-A-TCTATTTATA
* * *********
3641 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNT
128 GTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGT
* * * ** * *
3684 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTATATATTTTTTA-TTTAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTGAAAACAGATAATAA
* * * * * * * * *
3748 TTGAATGTCTACCATG-GAAAACATGAAGAAAAATATATTCATTTGTAGGAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAACGTATACCTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTATA
* * * * * *
3812 ATCACCCATGCCTTCCAAAACCTTTTTACTCGCTTTAAATATT
128 GTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * *
3855 TTTATAATCTGC-TAATTGATTTTAATTTG-TTTTGCTTTTACATTTTT-GGGTAAAACAGATAA
1 TTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT--TTTTACATTTTTAGTG-AAAACAGATAA
* * ** * * ** * * ** * * *
3917 TAATTGAATGTTTGTCTCGACAAGTATGAAGAACAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTA
62 TAATTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA-TCTATTTA
* ********** *
3982 TAGTCACCCAT-ACCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATGTT
126 TAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-T
* * ** * *
4027 TTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA-TTCAAATAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATAATAAT
* * * * * * * * *
4091 TGCATGTCTACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT-CTTTTGACATGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAA-TCTATTTATAG
* * * *
4155 TCATCTATG-CTTTCAAAAGCTTTATTACAT-GCTTTAAATGGT
129 TCACCCATGAC-TTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAAT-GT
********** * * * *
4197 TTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTGTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTGAAAACAGATAATAA
* * * * * * * * * * *
4261 TTGAATGTCTACCTCGGGACATATAAGGAAAAAGGTATCCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG-AAAATCTATTTATAG
* * * *
4326 TCACCTATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGT
129 TCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * *
4368 TTT-TAAATCTCATAATTGATTTTCAGTT-AAATTTTTTATATTTTT
1 TTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
4413 TGTTTAAANN
Statistics
Matches: 2519, Mismatches: 640, Indels: 256
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 72 0.03
165 53 0.02
166 10 0.00
168 6 0.00
169 135 0.05
170 597 0.24
171 1064 0.42
172 494 0.20
173 83 0.03
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATAATAAT
TGAACGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAATCTATTTATAGTC
ACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
Found at i:1615 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 776--4413 Score: 1989
Period size: 343 Copynumber: 10.7 Consensus size: 340
766 NNNNNNNNNN
* * * * * *
776 CTTTAAATGTTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATAATTTTCA-TTAAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTAGTTAAA
* * * * ** *
840 ATAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAG-AAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAG
65 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *************** *
903 TCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTC
129 TCCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTC
* * * * * *
967 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGAGTAAAAAAAATAATAATTGAATGTTTGT
193 TTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT-A
** * * * * ** * * * * * * * *
1032 CC-CAACAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAGCATGAATAGCCCATTTATAGCCATCCAAGCC
256 CCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
*
1096 TTTC-AAAGCCTTATTACTAG
321 -TTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * * * *
1116 CTTTAAATGTTTTTATTACCTCGTAGTTGACTTTAAGTTAGAA-ATTTTTATATTTTTTA-TTAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAA
* * * * * * * **
1179 AAAATATTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAC
64 AACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA-
* * * * *
1244 A-TCTATTTATACTCATCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TATTAAATAGTTTTATAATT
127 AGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATT
* *
1307 TCTTAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAATA-A-ATAATAATTGAACGT
191 TCTTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAA-ACAGATAATAATTGAATGT
* * * * *
1369 ATGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTAGT-AGCCA
253 TTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCA
* * *
1433 TGTCTT-AAAAGCGATTTATTACTCG
317 TGCCTTCAAAAGC--CTTATTACTTG
* *
1458 CTTTATGAGTG-TTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTGAA
1 CTTTA--AATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * *
1522 AACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGATATCTATTCGCAAGAAAA
64 AACAGATAATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * * *
1587 TTTCATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAACCCTTATTGCGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTC
* * * * *** *
1652 ATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTATATATTTGGCTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATC
193 TTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACC
* * * ** * * * *
1717 TTGACAAACATGATGAAAAAGATATTTATTGGCATGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCAATGTCTT
258 TTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
1782 CAAAAGCCTTATTACTTG
323 CAAAAGCCTTATTACTTG
********** * * * *
1800 CTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCATTCTTGGATAAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAA
* * ** * * ** ***
1864 ACATATAATAATTAAATGTTTGTCTT-GACAGACATGAA-AAAAAAACATTTATTGGCTTCAAAA
65 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGGA-A-ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * *
1927 GTCCATTTATAGTCAACCATGCCTT-GAAAAGCCC-CATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA--
128 GTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCG-AAA-CCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATT
* * *
1988 TCTTAGAATTAATTTTGAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATCATAATTGAATGT
191 TCTT--AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * * * *
2053 TTACCTCGAGAAACATGACAA-AAAAA-ATATTCATTGGGAACAAAAGTCCATTTATACTCACCC
253 TTACCTTGAGAAACAT-A-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
2116 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTA
316 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * * **
2141 CTTTAAACGGTTTTGTAAAT-TCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTTATCTTTTTTTTTAA
1 CTTTAAATGATTTTCT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * *
2205 AACAGATAATAATTGGACT-TCTATCTAGGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
64 AACAGATAATAATT-GAATGTTTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * * *
2269 AGTCCATTTATAGTTAATCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTTATAATC
127 AGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAT-
* * * * *
2333 TT-GTAATTGATTTGAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACT-ATAATTGAATGT
190 TTCTTAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGT
* * * **
2396 TTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
253 TTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
*
2461 GCCTTTAAAAGCCTTATTACTTG
318 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* ********** *
2484 CATTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTGCATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT--ATTTTTAGTTAA
* * * * ** ******
2548 AACAGTTAATAGTTGAATGTTTGCCTTGGGAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAANNNNNN
64 AACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
**** * ** * *
2613 NNNNTTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCTATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTC
129 TCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCT-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTC
* * * * ***** *
2677 ATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTAAATTTTAGGCGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
193 TTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTAC
** * ********** * * * *
2742 CTTGAGAAATGTGAAGNNNNNNNNNNCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTTCC
257 CTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TGCC
* *
2807 -TCGAAAA-CCTTGTTACTCG
321 TTC-AAAAGCCTTATTACTTG
** * * * * * * *
2826 CTTTAGGTGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGGGTAAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * ** * ** *
2891 ACAGATAATAATTGAATGTCTATCTTGACAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACATGAAAAG
65 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
2956 TCCATTTATAGTCACCCATACCATCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAA--TC-
129 TCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCT
* * ** * * * *
3018 TCA-T-A-ATTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATAATAATCGAATGTCTGCC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACC
* * * * * * * * *
3080 TT-AGGAAACGTGAAGAAAAA-CTATTCATTGCCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCAATACTT
258 TTGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
3143 TCAAAATCCTTATTACTAG
322 TCAAAAGCCTTATTACTTG
* * * ********** * * *
3162 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATNNNNNNNNNNAAGTTTAATTGTTTTATATTTTT-GAATAAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAA
* * ** *** * *
3226 ACAGGTAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTAGCATA-AAA
65 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATCCATTGGCA-AGAAA
* * * * * * * * * * *
3289 AGTTCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATATTTTTCTAATCT
127 AGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTT
* * * * *
3354 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA
192 CTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTA
* * * ********
3419 CCTTGTGAAATATGAAG-AAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCANNNNNNNN
256 CCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** *
3482 NNCGAAAGCCTTATTACTTG
321 TTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * * *
3502 CTTTAAATGGTTGTATAATCTTATAATTGATTTTAAAGTTGACTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
3566 ACAAATAATAATAGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAATAAGATATCTATTGGTAA-AAACA
65 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA-A
* * * ********** *
3630 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTC
128 GTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTC
* * * * * * *
3695 ATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTATATATTTTTTATTTAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
193 TTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTAC
* * * * * * * * *
3760 CATG-GAAAACATGAAGAAAAATATATTCATTTGTAGGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCC
257 CTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
3824 TTCCAAAA-CCTTTTTACTCG
321 TT-CAAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * *
3844 CTTTAAAT-ATTTTTATAATCTGC-TAATTGATTTTAATTTG-TTTTGCTTTTACATTTTTGGGT
1 CTTTAAATGA-TTTTCTAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT--TTTTATATTTTTAGTT
** * * * ** * * *
3906 AAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTC-TCGACAAGTATGAAGAACAAGCCATTCATTAGCATGA
62 AAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGGA-AA-CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * * *********** *
3970 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAAT-GTTTTTATAA
125 AAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * * * * *
4034 TCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTATTCAAATAGATTATAATTGCATGT
189 TTTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * * ** * * * *
4098 CTACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTTTTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAT
253 TTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * *
4163 GCTTTCAAAAGCTTTATTACATG
318 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * ********** *
4186 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTGTTTATATTTTTTA-TTAAA
1 CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
4250 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGG-GACATATAAGGAAAAAGGTATCCATTGGCAAGCAAA
65 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACAT-GAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
4314 GTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTT-TAAATC
128 GTCCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-AATT
* * * *
4377 TCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTATATTTTTT
191 TCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTT
4414 GTTTAAANNN
Statistics
Matches: 2526, Mismatches: 651, Indels: 241
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 129 0.05
336 70 0.03
337 60 0.02
338 7 0.00
339 13 0.01
340 440 0.17
341 494 0.20
342 609 0.24
343 666 0.26
344 35 0.01
345 1 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
CTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
CAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCTTA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTG
AGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTTG
Found at i:5244 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 5004--5271 Score: 333
Period size: 143 Copynumber: 1.9 Consensus size: 142
4994 NNNNNNNNNN
* *
5004 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTAACATTTTGGTTACAATAGATAATAATGG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTAACATTTTGATTAAAATAGATAATAATGG
* * ** * * * * * *
5069 AATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAATAAGATATCCATTGGTAAGAACAGTCCATTTATTACTC
66 AATGTATACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATTACTC
5134 GCTTTAAATATT
131 GCTTTAAATATT
** * *
5146 TTATAATCTCATAATTGATCTTT-AGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAACTGAAT-TTTTTAACA-TTTTGATTAAAATAGATAATAA
* *
5209 TTGAATGTATACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCTTTGATAAGAAAAGCCCATTTAT
63 TGGAATGTATACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTAT
5272 AGTCATCTAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 18, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
142 28 0.27
143 77 0.73
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTAACATTTTGATTAAAATAGATAATAATGG
AATGTATACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATTACTC
GCTTTAAATATT
Found at i:5413 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5328--5661 Score: 166
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
5318 NNNNNNNNNN
* * *
5328 TAATTGAT-TTTAAGTTAAAT-TTGTTTATATTTTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTA
1 TAATTGATCTTT-AGTTAAATGTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATA
* * * * * * * * * *
5391 TCTCGAGACACATGAGGAAAAAGGTATCTATTGGCAAGAAAAGTCAGTTTATTGTCACCCATGCC
64 CCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCTATTGACAAGAAAAGCCAGTTTATAGTCACCCATACC
*
5456 ATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCT
129 ATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-----T--T-T
* * * *
5497 CATAATTGAT-TTTAAGTTGAAT-TTTTTACA--TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
1 --TAATTGATCTTT-AGTTAAATGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTA
** * * * *
5558 TATCGCTTGGGGAACATGAAGAAAAA-ACTAT-TCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCAC
62 TA-C-CCCGAGAAACATAAAGAAAAAGA-TATCT-ATTGACAAGAAAAG-CCAGTTTATAGTCAC
** * *
5620 GCCATACTTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
122 -CCATACCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
5660 TA
1 TA
5662 TAATCTCATA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 20, Indels: 24
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
163 1 0.01
164 1 0.01
166 1 0.01
168 5 0.04
169 24 0.18
170 15 0.11
171 80 0.59
172 7 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
TAATTGATCTTTAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACC
CCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCTATTGACAAGAAAAGCCAGTTTATAGTCACCCATACCAT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
Found at i:6004 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5125--8252 Score: 2103
Period size: 170 Copynumber: 18.3 Consensus size: 170
5115 AACAGTCCAT
*
5125 TTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATCTTT-AGTTGAATGTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * * * * *
5188 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCTTTG
65 TTTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTG
** * * * *
5253 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATACCTTCAAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * ********** * * *
5295 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * ** * * *
5360 TTTATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGACACATGAGGAAAAAGGTA-TCTATTG
66 TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTC-ATTG
* * *
5424 GCAAGAAAAGT-CAGTTTATTGTCACCCATGCCATCGAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* *
5466 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
5529 TT-AGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTATCGCTTGGGGAACATGAAGAAAAAACTATTCAT
66 TTGAG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-GC-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAA-TATTCAT
* *
5593 T-GCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACGCCATACTTTC-AAAGCC
127 TGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCC
* * ** *
5637 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTTTATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * **
5702 TTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATATTTGTCTCGACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
66 TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTGG
* * * * *
5767 CATGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGTC
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
5808 TTATGACCCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
5873 TTGAATAAAACAAATAATAATTGAAAGTCTGCC-CAACAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAG
66 TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA-TATTCATTGG
* * **
5937 -AATGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCGAAGCC
130 CAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * *
5978 TTTTTACTAGCTTTAAATAATTTTATAACCTCGTAATTGACTTTT-AGTTAGAA-ATTTTAATAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-GAATTTTTTTACAT
* * * * ** * * *
6041 TTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
64 TTTTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATT
** * * * **
6106 AACAAGAAACA-TCTATTTATACTCACCCATGACTTCGGAAG-C
128 GGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
6148 TTAATTAC-CTGCATTAGATAGTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAATTTTAA-TTTTTTATAT
1 TT-ATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
6211 TTTT-AGTTAAATAAATAATAATTGAATATATGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TCTAT
64 TTTTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTC-AT
* * ** *
6274 TGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTTAAAAGCC
127 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
********* * *
6318 TTATTACTCG-TTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTAATTTTAA-TTGAATTTTTTTATATT
1 TTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
6381 TTTG-GTGAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGATA-TCTAT
65 TTTGAGT-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTC-AT
* * * *
6444 TGGTAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-CC
127 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
6487 ATGATTGCGCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTATAT
1 -TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** * * *
6550 CTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCGACAAACATGATGAAAAAGATATTTATT
64 TTTTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATT
* * * **
6615 AGCATGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCTGTGCCTTCAAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
6658 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATT
* * * * * * * * * * *
6722 CTTG-GATAAGACATATAATAATTAAATATCTGTCTTGACAGACATGAA-AAAAAGACATTTATT
65 TTTGAG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATT
* *** ********** *
6785 AGCTTCAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTGAAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * **
6828 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ********** * * * *
6893 TTTATTAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-ATAAAAAA-ATTCATTGGC
66 TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTGGC
* * * *
6956 AAGAAAAGACCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCT
131 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * ** * * * *
6996 TTATGACTTGCTTTAAACGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * *
7061 TTTA--AAAATAGATAATAATGGAATGTCTG-CT-GAGGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
66 TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGA-G-AAACATGAAGAAAAA-ATATTCATT
* *
7122 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCTTGCCTTCAAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * **
7165 TTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAAAATTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
7229 TT-A-TAGAAATAGACT-ATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAATGATATCCATT
66 TTGAGTA-AAACAGA-TAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA-AATATTCATT
** * *
7291 AACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
7334 TTATTACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * * * * * ** * *
7399 TTTG-TTAAAACAGATAACAGTTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAGATATCCATTGG
65 TTTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTGG
* *
7463 TAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
7504 ATATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * ** * *
7568 TTGGGTGAAAAAAAATAATAATTGAAAGTC-GACCTTGAGAAATGTGAAG-AAAATTATATCTGT
66 TTGAGT-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTG-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATAT-TC-AT
** * * **
7631 TGGCAAGAAAAGTTTACTTATAGTTACCCATGCCTTTGAAA-CC
127 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * * *
7674 TTATTACTCGCTCTAAGTGGTTTAATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
7739 TT-AGTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGACAAGCGT-AA-AAAAAATGCCATTCATT
66 TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAT---ATTCATT
** * * * * *
7801 AACATGAAAGGTCCATTTATAGTTACCCATGCCATCGAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * ********** *
7844 TTATTACTCGCTTTCAATAATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * **
7909 TTG-GTTAAAACAGATAATAATCGAACGTATGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACTATTCCGTGG
66 TTGAG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTGG
*
7973 CAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCTTTCATCACTCATACTTTCAAAAGCC
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-----------C---C-TTCAAAAGCC
* * ********** * *
8029 TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * **
8094 TTTAGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCT-GA-ACAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
66 TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGA-A-ACATGAAGAAAAA-ATATTCATT
* * * *
8157 GCCATA-AAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTC
128 GGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* *
8200 TTATTATTTGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
8253 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2309, Mismatches: 547, Indels: 203
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 3 0.00
166 19 0.01
167 7 0.00
168 149 0.06
169 377 0.16
170 900 0.39
171 656 0.28
172 38 0.02
173 32 0.01
174 1 0.00
175 1 0.00
181 1 0.00
183 1 0.00
184 3 0.00
185 86 0.04
186 32 0.01
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTGAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
Found at i:6703 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5125--14864 Score: 3902
Period size: 341 Copynumber: 28.5 Consensus size: 341
5115 AACAGTCCAT
5125 TTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATCTTT-AGTTGAATGTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAAT-TTTTTACATT
** * * * * * *
5188 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCC-TTT
64 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
* * * * *
5252 GATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
129 G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
********** * * ** * *
5317 TNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATTTTTTATTAGAACAGATTATAATT
193 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
** * * * * *
5382 GAATGTCTATCTCGAGACACATGAGGAAAAAGGTATCTATTGGCAAGAAAAG-TCAGTTTATTGT
258 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCA-TTTATAGT
*
5446 CACCCATGCCATCGAAAGCC
322 CACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *
5466 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
* * * * * *
5530 TAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTATCGCTTGGGGAACATGAAGAAAAA-ACTATTCATT
66 TGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-C-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATCCATT
* * *
5594 -GCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACGCCATACTTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG
128 AGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* ** * * *
5657 TTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTTTATTGTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAA
191 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* * * * ** * * *
5722 TTGAATATTTGTCTCGACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTTCATTTACAG
256 TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
* * *
5787 TCACCCATACCTTCAAAAGTC
321 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
5808 TTATGACCCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTT
** * * * * * * * *
5873 TTGAATAAAACAAATAATAATTGAAAGTCTGCC-CAACAAACGTGAAGAAAAA-ACCATTCATTA
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATCCATTA
* * ** * * **
5936 G-AATGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCGAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATAATT
129 GCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * * * ** * * **
6000 TTATAACCTCGTAATTGACTTTT-AGTTAGAA-ATTTTAATATTTTTTATTAAAATATATTTTAA
193 TTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* * **
6063 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAACA--TCTATTTAT
256 TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA-AGTTC-ATTTAT
* * *
6126 ACTCACCCATGACTTCGGAAG-C
319 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
6148 TTAATTAC-CTGCATTAGATAGTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTATATT
1 TT-ATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
* * * * * * *
6212 TTTAGTTAAATA-A-ATAATAATTGAATATATGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATT
64 TTTGGTTAAA-ACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * ** * * *******
6275 GGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-TTTNNNNNNNN
128 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAATGGT
** * *
6339 NNTATAATCTCATAATTAATTTTAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAGATAATAAT
192 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * * *
6403 TGAATGTTTGCCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAATTTCATTTATAGT
257 TGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
6468 CACCCATGCCTTCGAAA-CC
322 CACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * *
6487 ATGATTGCGCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTATATC
1 -TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
* * * * * **
6551 TTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCGACAAACATGATGAAAAAGATATTTATTA
64 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
* * ** **
6616 GCATGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCTGTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
6681 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCATTCTTGGATAAGACATATAATAATT
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * * * * ** * *** * **
6745 AAATATCTGTCTTGACAGACATGAA-AAAAAGACATTTATTAGCTTCAAAAGTCCATTTATAGNN
258 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
********
6809 NNNNNNNNCTT-GAAAAGCC
323 ACCCATGCCTTCG-AAAGCC
* * *
6828 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
** ********** * * *
6893 TTTATTAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATA-AAAAA-AT-T-CATTG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGATATCCATTA
* * * * * *
6954 GCAAGAAAAGACCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATGACTTGCTTTAAACGGTTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
7019 TGTAAACTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTT--TAAAAATAGATAATAATG
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* *
7081 GAATGTCTG-CT-GAGGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAA
258 GAATGTCTGCCTCGA-G-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
* *
7144 TCACCCTTGCCTTCAAAAGCC
321 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
7165 TTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAAAATTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTT
* * * *
7229 TT--ATAGAAATAGACT-ATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAATGATATCCATT
65 TTGGTTA-AAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * *
7291 AACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGGTT
128 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * * *
7356 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAACAGTT
193 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * ** * * *
7421 GAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGTAAGAAGAGTCCATTTATAGTC
258 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
*
7485 ACCCATGCCTTCAAAAGCC
323 ACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * *
7504 ATATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * * * * * ** ** ** *
7569 TGGGTGAAAAAAAATAATAATTGAAAGTCGACCTTGAGAAATGTGAAGAAAATTATATCTGTTGG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
** * * ** * * * *
7634 CAAGAAAAGTTTACTTATAGTTACCCATGCCTTTGAAA-CCTTATTACTCGCTCTAAGTGGTTTA
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
7698 ATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAG-TAAAATAGATAATAATTGA
195 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * * * ** * ** * * * *
7762 ATGTCTGTCTTGACAAGCGT-AAAAAAAATGCCATTCATTAACATGAAAGGTCCATTTATAGTTA
260 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
*
7826 CCCATGCCATCGAAAGCC
324 CCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * ********* *
7844 TTATTACTCGCTTTCAATAATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
7909 TTGGTTAAAACAGATAATAATCGAACGTATGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCC-GTG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATA-TCCATTA
*
7972 GCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCTTTCATCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-----------C---C-TTCAAAAGCCTTATTACT
* ********** * * * *
8037 AGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTTTTTAG-TA
179 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTA
* * ** * *
8101 AAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCT-GA-ACAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCATA-
243 AAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGA-A-ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA-AG
* * *
8163 AAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTC
305 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *
8200 TTATTATTTGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNN
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-----------
********************************************************
8264 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
54 ---------TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
*****************************************************************
8329 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
110 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
*****************************************************************
8394 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
175 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
*****************************************************************
8459 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
240 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
*************************************
8524 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
305 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* **
8561 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * ** * * ** * *
8626 TTGGGTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTGTCTCGACAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * ** *
8691 CATGAAAAATACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTT
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
********** * * * * *
8756 ATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTT-ATTAAAATAAATTATAATTG
195 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * *
8820 AATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAG-AAAAGATAT-CATTAGCATGAAATGTCCATTTATAGTC
259 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* * *
8882 ACTCGTACCTGT-GAACA-CC
323 ACCCATGCCT-TCGAA-AGCC
** * * * * * *
8901 TTATTGTTTGCTTTAAATATTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
** * ********************** *
8966 TTTATTAAAACAGATTATAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA-AAAAAGATATCCATTG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGATATCCATTA
* * * * *
9030 GCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATGG-TT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * ** * *
9094 TCTAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAATTTTT-AATAAAATAGATTATAATT
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * * *
9157 GAATGTCTACCT-AAGGAAACATGGAG-AAAAGATAT-CATTGCCACGAAAAGTCCATTTATAGT
258 GAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* *
9219 CACCCGTGCCTTTGAAAGCC
322 CACCCATGCCTTCGAAAGCC
** ** * * * * * **
9239 TTATTACTTACTGCAAATATTTTTATAATATCAGAATTGATTTTAAGTTAAACGTTTTTGTATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
** * * * * * * * *
9304 TTTATTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTATCTCAAAAAACGTGACA-AAAAATATATCCATTG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGATATCCATTA
* * * * *
9368 GCAAGAAAAGTTCATTTATACTCACCTATGACTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
**********
9433 GTA-AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTNNNNNNNNNNGGTTAAAACAGATAATAATT
194 -TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * * *
9496 GAATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTC
258 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* * *
9561 ACCTATGCGTTCAAAAGCC
323 ACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
9580 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGAAAATTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTT
** * * ********** * * * *
9645 TTTATTAAAATAGATTANNNNNNNNNNTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTAG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * * * * * ** *
9710 CAGGTAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTACAATAAATAGTTTT
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * **********
9775 ATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA
195 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * * *
9840 ATGTCTGCCTTGAGAAGCATG-AGAAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAGAGTGCATTTATAGTCA
260 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * *
9904 CTCATGCCTTCAAAAACC
324 CCCATGCCTTCGAAAGCC
********** *
9922 TTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTGTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * * * ** *
9987 TTTGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTCAACAAATGTGAAGAAAAAGATATCTATT-G
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * *
10051 ACAAGAAAAGTCCATTTAT-GCTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAGTGGTT
130 -CAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
10115 TTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATGACAAT
193 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
* ** * * * ** * * * *
10180 TGAATGTTTATCTTGATAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGT
257 TGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
*
10245 CACCCATGCCATCGAAAGCC
322 CACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
10265 TTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTTTAATCTCATAGTTGA-TTTAAATTTAAGTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
* * ** * * *
10328 TTTAGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATTTAGA-AAACA-GAAAGAAAAA-CTATTCATT
64 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
10390 GGCAAGAAATA-TCCAGTTATATTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGT
128 AGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* * *
10454 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTTTTAGG-TAAAACAGATAATAA
192 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GGTTAAAACAGATAATAA
* * * * ** * * *
10518 TTGAATATCTGTCTCAATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTTTATTTATAG
256 TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
* *
10583 TCACCCATCCCTTCAAAAGCC
321 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * ********** *
10604 TTATTACACGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTGTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTT
** * * *
10669 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAA-ATG-AGAAGAAAAGATAT-CATT
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-A-AAAAGATATCCATT
* ** ****************
10730 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNN
128 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
***** *
10795 NNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
193 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * * * *
10859 CAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAACAGTCCATTTATAGTC
258 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* *******
10924 ACCCATACCTTCNNNNNNN
323 ACCCATGCCTTCGAAAGCC
*** * * * * * *
10943 NNNTTACTCACTTTAAAT-GTTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTTACAAATTTTTATATG
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACAT-
* ** * *
11007 TTTT-ATTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCTACCTC-ACGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCAT
63 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * ** ** *
11070 TAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTA-GAGCTTCAAAATG-CTTATTACTCACAGTAAATA
127 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * *
11133 GCTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAA-ATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATA
190 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
* * ** ** * * * *
11197 ATTAAATATCTATCTTAAGATACATGAAGAAAAAGATTTCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
255 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATA
* *
11262 GTCACCCATGTCGTCGAAAGCC
320 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
11284 TTATTACTTTG-TTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTTAATTTTTTTATATT
1 TTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
** * * * * * * * *
11348 TTTTTTTGAAATAGATTAGAATTGAATGTCTTCCTCGGGAAACGTGAAGAATAAGATATCCATT-
64 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
* ** **
11412 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCCAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTT
129 G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * * *
11477 TTATAAGCTCATAAGTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACA-ACTAATAAT
193 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAAT
** * * * * * ** * * * ** *
11541 AAAATGTTTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAA-ACCGTTCATTAGCATGAAAAGCCCATTTATCG
257 TGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
* *
11605 TCACCCAAGCCTTCTAAAGCC
321 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
11626 TTATTACTCGTTTTAAATA-TTTTGATAACCTCGTAATTGACTTTT-AGTTGGATATTTTTATAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT
** * * * * *
11689 TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
63 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * ** * ** * * *
11754 AACAAGAAACA-TCCATTTATACTCACTGATGACTTTGAAA-CTCTTACTACTTGCATTAAATAG
128 AGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * *
11817 TTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATA-A-ATAATA
191 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA-ACAGATAATA
** * * * * *
11880 AACGAATGTATGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
255 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATA
* * * *
11945 GTCTCCAATGCCTTCAAAAGCT
320 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
11967 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * * *****
12032 TTGGTGAAAACAGA-AAGTAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCTNNNN
65 TTGGTTAAAACAGATAA-TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
****** * * * * *
12095 NNNNNNAAATTTCATTTATAGTCACCCATGCCTCCGAAACCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTT
********** * * *
12159 TTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTATATTTTAGGGTAAAACAGATAATAATT
193 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
*** * * * * ** * * * *
12223 GAATGTCTATTTTG-GTAGACATGATGAAAAAGACATTTATTGGTATGAAAAGTTTATTTCTAGT
258 GAATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* *
12287 CACCTATGCCTTC-AGACGCC
322 CACCCATGCCTTCGA-AAGCC
* ** * *
12307 TTATTACTTGCTTTAAATCTTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTACCATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTT
* * * * ** * * ** * * ** *
12371 TTGGGTAACACATATAATAATTAAATGTCTGTCTCGATAGACATTCA-AAAAACACATTTATTGG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
*** * * * * *
12435 CTTCAAAAGGCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTGAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTC
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT-
* * ** *
12499 TATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTGAGCA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * *
12563 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGACA-AAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAC
257 TGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
* *
12626 TCACCTAGGCCTTCGAAAGCC
321 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
12647 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA--T
* * * *
12711 TTTTAGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
63 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * **
12775 TGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATT
127 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* *** ** * *
12840 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAAAGTTTTACT-TTTTTTATTAAAATAGATTATAA
192 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
*********** ** * * *
12904 TTGAANNNNNNNNNNAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAG
256 TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
**
12969 TCACCCATGCCTTTAAAAGCC
321 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *********
12990 TTATTACT-ACATTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTACATTT
* * * * * *
13054 TTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTTCCT-TAGGAA-ATGTAAAGAAAAAAATATCCATT
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * *********
13117 GGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNN
128 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
13182 NTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTAAAAATAGATAATAATT
193 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* ** * * *
13247 GAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTC
258 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
*
13312 ACCCATGGCTTCGAAAGCC
323 ACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * *
13331 TTATTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--ACATT
* * * * ** * *
13396 TTTGGGT-AAACAAATAGTAAATGAATGTCTGTCTTGA-AAAGCGTGAAGAAAAATCGAT-T-CA
64 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CATGAAGAAAAA--GATATCCA
** * * * * * *
13457 TTAGCTTGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGTCATT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
126 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * ********** * *
13521 ATTTTTTAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
190 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
* * * * * * * * * *
13586 ATAGAATGTCTGCCTTGGGAAACAAGAAGAAAAA-CTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCAGTTATA
255 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATA
* *
13650 GTCACCCATGCATTCAAAAGCC
320 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* ** * * *
13672 TTATCACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * *** * ** *
13737 TTCGATAAAAATAGATAATAATTGAATGTCCGTCTCGACAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTG
65 TT-GGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
* * * * * **
13801 GCATGAAAAGTTCA--T-T--TCACCCATGCATTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
13861 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTATTT-ATTAAAATAGATTATAATT
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * *
13924 GAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
258 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* *
13987 ACTCATGCCTTCAAAAGCC
323 ACCCATGCCTTCGAAAGCC
***************
14006 TTATTANNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
14070 TTGGCTAAAACGGGTAATAATTGAATGTTTACCATGGA-AAACGTGAGGAAAAAGGTATCCATTG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
* * * *** *
14134 GCAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
14199 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTT-ATTAAAATAGATTACAATTG
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * ** * *
14263 AATGTCTACCTTGTG-AA-ATGCAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTATAGT
259 AATGTCTGCCTCGAGAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* * *
14326 CACCTATGGCTTCAAAAGCC
322 CACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *
14346 TTATTTCTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTACA-T
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATT
* ** ********** *
14409 TTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGANNNNNNNNNNATCCATTG
64 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
* * * * *
14474 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCATTAAATGGTTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
********** * * *
14539 TATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAAATAATAATTG
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * *
14604 AATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTAT-GATC
259 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG-TC
* *
14668 GCCCATGCCTTCAAAAGCC
323 ACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * **********
14687 TTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * ** * * * * * ** *
14751 TTGGTTAAAACAGATGAGAATTGAATGTTTTTCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGATTTCTGTTGG
65 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
* *
14816 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAGCCTTATTACT
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
14865 C
Statistics
Matches: 6847, Mismatches: 2282, Indels: 540
0.71 0.24 0.06
Matches are distributed among these distances:
332 29 0.00
333 30 0.00
334 92 0.01
335 93 0.01
336 126 0.02
337 63 0.01
338 579 0.08
339 820 0.12
340 1503 0.22
341 1693 0.25
342 1231 0.18
343 307 0.04
344 35 0.01
350 1 0.00
353 1 0.00
354 6 0.00
355 50 0.01
356 119 0.02
357 7 0.00
361 57 0.01
362 1 0.00
375 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
TGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAA
TGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
CATGCCTTCGAAAGCC
Found at i:7803 original size:510 final size:507
Alignment explanation
Indices: 5125--14864 Score: 3207
Period size: 510 Copynumber: 19.0 Consensus size: 507
5115 AACAGTCCAT
* *
5125 TTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATCTTT-AGTTGAATGTTTTTACATT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTTAAT-TTTTTACA-T
* * * * ** * * * * *
5188 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGATA-TCCTTT
63 TTTTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACATAAA-AAAAAGACATTCATTA
* * * * **
5252 G-ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
127 GCAT--GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
********** * * * * *
5316 TTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATTTTTTATTAGAACAGATTATAAT
190 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
** * * * * * * *
5381 TGAATGTCTATCTCGAGACACATGAGGAAAAAGGTATCTATTGGCAAGAAAAGT-CAGTTTATTG
255 TGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAG
* * *
5445 TCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT
318 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
5510 AAGTTGAATTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTATCGCTTGGGGAACAT
383 AAGTTGAATTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTA-C-CTTGAGAAACGT
* * *
5575 GAAGAAAAA-ACTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACGCCATACTTTC-AAAGCC
446 GAAGAAAAAGA-TATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCC
* *
5637 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTTTATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTACATTT
* * * * * *
5702 TTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATATTTGTCTCGACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
65 TT-AGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATTAG
* * * * * *
5767 CATGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATGACCCACTTTAAATATTTTT
128 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
* * * *
5832 ATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTATA-TTTTTGAATAAAACAAATAATAATTG
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAATTG
* ** * * * * * *
5896 AAAGTCTGCC-CAACAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAG-AATGAAAAGCCCATTTATAGTC
257 AATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGA-TATCCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
5959 ACCCAAGCCTTCCG-AAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATAATTTTATAACCTCGTAATTGACTTTT
320 ACCCATGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTT
* * * ** * * ** *
6023 -AGTTAGAAATTTTAATATTTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT
383 AAGTT-GAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * * **
6087 GAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAACA-TCTATTTATACTCACCCATGACTTCGGAAG-C
446 GAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
6148 TTAATTACCTGCATTAGATAGTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTATATTT
1 TT-ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTT
* * * * * * * * * *
6213 TTAGTTAAATAAATAATAATTGAATATATGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TCTATTGG
65 TTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTC-ATTAG
* ** * * *********
6277 TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-TTTNNNNNNNNNN
128 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATATTTT
* * *
6341 TATAATCTCATAATTAATTTTAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTG
192 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * * * *
6405 AATGTTTGCCTCT-AGAAACATAAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAATTTCATTTATAGTC
257 AATGTCTGCCT-TGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
6469 ACCCATGCCTTCGAAA-CCATGATTGCGCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
320 ACCCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
6532 GAGTTGAATTTTTTATATCTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCGACAAACATG
383 AAGTTGAATTTTTTACAT-TTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
* ** * * **
6597 ATGAAAAAGATATTTATTAGCATGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCTGTGCCTTCAAAAGCC
447 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
6658 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACCATTC
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTA-CATTT
* * * * * * * * *
6723 TTGGATAAGACATATAATAATTAAATATCTGTCTTGACAGACATGAAAAAAAGACATTTATTAGC
65 TTAG-TAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACATAAAAAAAAGACATTCATTAGC
* * ********** *
6788 TTCAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
129 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* ** * * **********
6853 TAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTTATTAAAACAGNNNNNNNNNNAA
194 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAA
* * * *
6918 TGTCTACCTTGAGAAACGTGATA-AAAA-A-ATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATACTCACC
259 TGTCTGCCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ** * * *
6980 CATGCCTTCGAAAGCTTTATGACTTGCTTTAAACGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTCAGTT
323 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
7045 GAATTTTTTTAC-TTTT-TTTAAAAATAGATAATAATGGAATGTCT-GC-TGAGGAAAACATGAA
388 GAA-TTTTTTACATTTTGGTTAAAAA-AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-G-AAACGTGAA
* * *
7106 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCTTGCCTTCAAAAGCC
449 GAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
7165 TTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAAAATTTTTACATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TAATTTTTTACATTT
* * ** * * * * *
7229 TTA-TAGAAATAGACT-ATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAATGATATCCATTA
65 TTAGTA-AAATAGA-TAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATTA
* * * * * * * **
7292 ACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGGTTT
127 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
* * *
7357 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAACAGTTG
192 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * *
7422 AATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAGAGTCCATTTATAGTCAC
257 AATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
7487 CCATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
322 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
7552 TGAATTATTTTACATTTTGGGTGAAAAAAAATAATAATTGAAAGTCGACCTTGAGAAATGTGAAG
387 TGAATT-TTTTACATTTT-GGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG
** ** * ** * * **
7617 AAAATTATATCTGTTGGCAAGAAAAGTTTACTTATAGTTACCCATGCCTTTGAAA-CC
450 AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * * *
7674 TTATTACTCGCTCTAAGTGGTTTAATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTT
* * * * * *
7739 TTAGTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGACAAGCGTAAAAAAAATGCCATTCATTAAC
65 TTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACATAAAAAAAA-GACATTCATTAGC
* * * * * *
7804 ATGAAAGGTCCATTTATAGTTACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATAATTTTT
129 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTT
* ********** * *
7869 -TAATCTCATAATTAATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATCGA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * * *
7933 ACGTATGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA-ACTATTCC-GTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCA
258 ATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGA-TA-TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *********
7996 CCCATGCTTTCATCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNN
321 CCCATG-----------C---C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * *
8061 NTAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTTT--TTAGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCT
371 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTGGTTA--AAAA-AGATAATAATTGAATGTCT
** * ** * * *
8124 GTC-TGA-ACAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCCATA-AAAAGTTCATTTATAGTCACCT
432 ACCTTGAGA-A-ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
8185 ATGCCTTCAAAAGTC
493 ATGCCTTCAAAAGCC
* *
8200 TTATTATTTGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNN
1 TTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-----------
*****************************************************
8264 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
54 ------------TTTTTACATTTTTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACA
*****************************************************************
8329 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
107 TAAAAAAAAGACATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
*****************************************************************
8394 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
172 TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
*****************************************************************
8459 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
237 GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCAAG
************************************* *
8524 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
302 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
** * * *
8589 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTGTTTTACATTTTTGGGTAAAATAGATAATAATTAAATGT
367 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGT
** * * * * ** * * * * *
8654 CTGTCTCGACAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAATACATTTATAGTCACCCAT
430 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
8719 GCCTTCAAAAGCC
495 GCCTTCAAAAGCC
** ********** *
8732 TTATTACTCACTTTAAAT-GCTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACA-T
* * * * ** * * * *
8796 TTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAGATA-TCATTA
63 TTTTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGA-CAAACATAAAAAAAAGACATTCATTA
* * * * * ** *
8859 GCATGAAATGTCCATTTATAGTCACTCGTACCTGTGAACA-CCTTATTGTTTGCTTTAAATATTT
127 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTT
* * * * *
8923 TTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
191 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATT
********************** * * *
8988 GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTC
256 GAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * * * * *
9053 ACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTATTTGTTTTAAAT-GGTTTCTAAGCTCATAATTGATTTTAA
320 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *** * * * * *
9117 GTTGAATTTTTTATAATTTTTAATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGGAAACATGG
385 GTTGAATTTTTTA-CATTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGA
* * **
9181 AG-AAAAGATAT-CATT-GCCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGCCTTTGAAAGCC
448 AGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** * * * * *
9239 TTATTACTTACTGCAAATATTTTTATAATATCAGAATTGATTTTAAGTTAAACGTTTTTGTA-TT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTT-TACAT
* * * * * * * * * * * * * *
9303 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTATCTCAAAAAACGTGACAAAAAATATATCCATTG
63 TTTTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATTA
* * * * * * *
9368 GCAAGAAAAGTTCATTTATACTCACCTATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
127 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATT
* ***********
9432 TGTA-AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTNNNNNNNNNNGGTTAAAACAGATAATAAT
190 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * * *
9495 TGAATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGT
255 TGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
9560 CACCTATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTT
319 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * ********** ** *
9625 AGTTGAAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTANNNNNNNNNNTCTACCTCAAAAAACGTG
384 AGTTG-AATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
* * * * * * *
9690 AAGAAAAAGGTATCCATTAGCAGGTAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCC
447 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** * * *********
9751 TTATTACTTACAATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNTTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
9816 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAGCATGAGAAAAAAGATA-TCTATTA
65 TTAG-TAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTC-ATTA
* * * * * * *******
9880 GCAAGAAGAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNN
127 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
*** * * * *
9945 NNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTGTACATTTTTTGTGAAAACAGATAATAATTG
192 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * * *
10010 AATGTCT-ACTTCAACAAATGTGAAGAAAAAGATATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-GCT
257 AATGTCTGCCTT-GAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-T
* * * * *
10073 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTA
319 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
10138 AGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATGACAATTGAATGTTTATCTTGATAAGCAT
384 AGTTGA--ATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
** * * * *
10203 GAAGAAAAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCC
446 GAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
10265 TTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTTTAATCTCATAGTTGA-TTTAAATTTAAGTTTTTTACATT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATT
* * * * * * * * *
10328 TTTAGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATTTAGA-AAACAGAAAGAAAA-ACTATTCATTG
64 TTTAG-TAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACATAAAAAAAAGAC-ATTCATTA
* * * * * * * **
10391 GCAAGAAATA-TCCAGTTATATTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTT
127 GCATGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTT
* * * * *
10455 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATAATAATT
191 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATT
* * ** * * ** * * **
10520 GAATATCTGTCTCAATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTTTATTTATAGTC
256 GAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * ********
10585 ACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNN
320 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * ** * * * *
10650 NNTGAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAATGAG
385 GTTGAATTT-TTTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTG
* **
10714 AAG-AAAAGATAT-CATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
447 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
********************* *
10773 TTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTT
* * * * * * * ** * * * *
10837 TTGGTTAAAACAGATAATAATTCAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
65 TTAG-TAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATTAG
* * * ********** * *
10902 TAAGAACAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGTTTTT
128 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
* * ** * * **
10967 ATAATATCGTAATTGATTTTAAGTT-ACAAATTTTTATATGTTTTATTAAAACAGATTCTAATTG
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * ** *
11031 AATGTCTACC-TCACGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTC
257 AATGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * ** * *
11095 ACCTA-GAGCTTCAAAATG-CTTATTACTCACAGTAAATAGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTT
320 ACCCATG-CCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
11158 AAATTGAAATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAA-ATAATAATTAAATATCTATCTTAAGATACAT
383 AAGTTGAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-AAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * * * *
11222 GAAGAAAAAGATTTCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCGTCGAAAGCC
446 GAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
11284 TTATTACTTTG-TTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTTAATTTTTTTATATT
1 TTATTAC-TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACA-T
** * * * * ** * * * * *
11348 TTTTTTTGAAATAGATTAGAATTGAATGTCT-TCCTCGGGAAACGTGAAGAATAAGATATCCATT
63 TTTTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGT-CTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATT
* ** *
11412 -G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCCAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAT
126 AGCAT--GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAT
* * * * *
11475 TTTTATAAGCTCATAAGTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACA-ACTAATA
189 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATA
** * * ** * * ** * * * * *
11539 ATAAAATGTTTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCGTTCATTAGCATGAAAAGCCCATTTATC
253 ATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGA-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
11604 GTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATA-TTTTGATAACCTCGTAATTGACT
317 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGA-T
* * ** * *
11668 TTT-AGTTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAA
380 TTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-AAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * ** * **
11731 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAACA-TCCATTTATACTCACTGATGACTTTGAAA-
442 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
11794 CTC
506 C-C
* * * * *
11797 TTACTACTTGCATTAAATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTT
* * * ** * * * * * * * * * *
11862 TTGGTTAAATAAATAATAAACGAATGTATGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAATATATCCATTGGT
65 TTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATTAGC
* * * * * * ** *
11927 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAA
129 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * *
11992 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAGA-AAGTAATTGA
194 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAA-TAATTGA
* * *********** * *
12056 ATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCTNNNNNNNNNNAAATTTCATTTATAGTCAC
258 ATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * **********
12120 CCATGCCTCCGAAACCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGT
322 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** * * *
12185 TGAATTGTTTATATTTTAGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATTTTG-GTAGACATGATG
387 TGAATTTTTTACATTTT-GGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAG
* ** * * * ** * * * *
12249 AAAAAGACATTTATTGGTATGAAAAGTTTATTTCTAGTCACCTATGCCTTCAGACGCC
450 AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
** * * *
12307 TTATTACTTGCTTTAAATCTTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTACCATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTA-CATTT
* * * * * * * * ** * * *
12371 TTGGGTAACACATATAATAATTAAATGTCTGTCTCGATAGACATTCAAAAAACACATTTATTGGC
65 TT-AGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACATAAAAAAAAGACATTCATTAGC
* * * * * * * * *
12436 TTCAAAAGGCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTGAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTCTA
129 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * *
12501 TAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTGAGCA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
194 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTG
* ** * *
12565 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGACA-AAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCA
257 AATGTCTGCCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
12629 CCTAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAG
321 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
12694 TTAAATTTTTTTA-ATTTTTTTAGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAAACAT
386 TTGAA-TTTTTTACA---TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGT
* * *
12757 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCC
446 GAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * ** *
12819 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAAAGTTTTACTTTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TAATTTTTTAC-ATT
* * *********** * * * * *
12884 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAANNNNNNNNNNAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAA
64 TTTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATTAG
** * * * * * *
12949 CAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-ACATTAAATAGTTTT
128 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
* ********** * *
13013 ATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * * *
13078 ATGTTTTCCTT-AGGAAATGTAAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCA
258 ATGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ********** *
13142 CCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
321 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
13207 TTGAATTGTTTTACATTTT-TTGTAAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAA
386 TTGAATT-TTTTACATTTTGGT-TAAAAA-AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA
* * * * * *
13271 AGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCC
448 AGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * *
13331 TTATTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATATT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT--ACATT
* * * * * * * *
13396 TTTGGGTAAACA-A-ATAGTAAATGAATGTCTGTCTTGA-AAAGCGTGAAGAAAAA-TCGATTCA
64 TTT-AGTAAA-ATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAA-CAT-AAAAAAAAGAC-ATTCA
* * * * * *
13457 TTAGCTTGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGTCATT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
124 TTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-
********** * *
13521 ATTTTT-TAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAAT
187 ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAAT
* * ** * * * *
13585 AATAGAATGTCTGCCTTGGGAAACAAGAAGAAAA-ACTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCAGTTAT
252 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGA-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ** * *
13649 AGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATCACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATT
316 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *** * *
13714 TTAAGTTTAATTGTTTTACATTTTTCGATAAAAATAGATAATAATTGAATGTCCGTCTCGACAAA
381 TTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTGGTTAAAAA-AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* ** * * * * *
13779 CATGAAG-AAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTTCA--T-T--TCACCCATGCATTCAAAAACC
443 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
13838 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTAT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATT-T
* * * ** * ** * * * *
13903 TTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAGATA-TCATTGGCA
65 TTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACATAAAAAAAAGACATTCATTAGCA
* * * ***************
13967 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNTTTAT
130 TGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
* * * * *
14032 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGCTAAAACGGGTAATAATTGAAT
195 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * * * * *
14096 GTTTACCATG-GAAAACGTGAGGAAAAAGGTATCCATTGGCAAGAATAGTCTATTTATAGTCACC
260 GTCTGCCTTGAG-AAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ** *
14160 CATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGT
323 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * * ** *
14224 TAAATGTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGTGAAATGCAAAAA
387 TGAAT-TTTTTACATTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
* * * *
14289 AAAAGATATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGGCTTCAAAAGCC
451 AAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
14346 TTATTTCTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAGTTTTTTTACATT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTACATT
* * * * ** ** * ********** * *
14410 TTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGANNNNNNNNNNATCCATTGG
64 TTTAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACAT-AAAAAAAAGACATTCATTAG
* * * * * * **
14475 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCATTAAATGGTTTT
128 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
********** * * * *
14540 ATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAAATAATAATTGA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGA
* ** * * * * * *
14605 ATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTAT-GATCG
258 ATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCA
* * * * **********
14669 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAG
321 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * ** ** * *
14734 TTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATGAGAATTGAATGTTTTTCTCAAAAAACGTAAAG
386 TTGAA-TTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG
* ** * * *
14799 AAAAAGATTTCTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAGCC
450 AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
14857 TTATTACT
1 TTATTACT
14865 C
Statistics
Matches: 6587, Mismatches: 2364, Indels: 555
0.69 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
502 25 0.00
503 75 0.01
504 169 0.03
505 44 0.01
506 196 0.03
507 296 0.04
508 506 0.08
509 536 0.08
510 1276 0.19
511 783 0.12
512 1273 0.19
513 815 0.12
514 220 0.03
515 2 0.00
521 1 0.00
522 2 0.00
523 1 0.00
524 10 0.00
525 124 0.02
526 43 0.01
532 166 0.03
533 11 0.00
534 1 0.00
535 2 0.00
547 10 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (507 bp):
TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTT
TAGTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGTCTCGACAAACATAAAAAAAAGACATTCATTAGCAT
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
TCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
ATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
Found at i:10234 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8561--14865 Score: 2848
Period size: 171 Copynumber: 37.1 Consensus size: 171
8551 NNNNNNNNNN
* *
8561 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
8626 TTGGGTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTGTCTCGACAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
66 TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* *
8691 CATGAAAAATACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
131 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * ********** *
8732 TTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TT
* * * * * * * *
8797 TTTA-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAGGAAACATGAAG-AAAAG--ATATCAT
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGA-TAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCAT
* * * * * * *
8857 TAGCATGAAATGTCCATTTATAGTCACTCGTACCTGTGAACA-CC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCC
** * ** * * * *
8901 TTATTGTTTGCTTTAAATATTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TT
* * * ********************** ** *
8966 TTTA-TTAAAACAGATTATAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA-AAAAAGATATCCATT
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
9029 GGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
9072 TTATTATTTGTTTTAAATGG-TTTCTAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-ATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT-TACATT
* * * * * * * *
9135 TTTA-ATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAAGGAAACATGGAG-AAAAG--ATATCAT
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGA-TAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCAT
* * * **
9195 TGCCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGCCTTTGAAAGCC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
** ** ** * * * * *
9239 TTATTACTTACTGCAAATATTTTTATAATATCAGAATTGATTTTAAGTTAAACGTTTTTGTA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTTACAT
* * * * ** * * *** *
9303 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTATCTCAAAAAACGTGACA-AAAAATATATCCAT
64 TTTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * *
9366 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATACTCACCTATGACTTCGAAAGCC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * ******
9410 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGTA-AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTNNNNNN
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATT
**** * * * ** ** *
9472 NNNNGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
65 TTTAGG-TAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
9537 GGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATGCGTTCAAAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
** * * * **
9580 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGAAAATTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TT
* * * ********** * ** * * ** * *
9645 TTTA-TTAAAATAGATTANNNNNNNNNNTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTA
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * *
9709 GCAGGTAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCC
130 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
** ** * * * **********
9751 TTATTACTTACAATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* ** * *
9816 TT-GGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAGCATG-AGAAAAAAG--ATATCTA
66 TTAGG-TAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAG-AAAAAGCCAT-TC-A
* * * * * *
9877 TTAGCAAGAAGAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACC
127 TTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
********** * * *
9922 TTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTGTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * **
9987 TT-TGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTCAACAAATGTGAAGAAAAAG--ATATCTA
66 TTAGGT-AAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTT-GATAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TC-A
* * *
10048 TTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-GCTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
127 TTGGCATGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
10093 TTATTACTCGTTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTACATT
* * * * *
10158 TTTGGGTAAAACAGATGACAATTGAATGTTTATCTTGATAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCATTA
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* *
10223 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCC
130 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
10265 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAGTTGA-TTTAAATTTAAGTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* *
10329 TTAGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTAT-TTAGA-AAACA-GAAAGAAAAA-CTATTCATT
66 TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTT-GATAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
10390 GGCAAGAAATA-TCCAGTTATATTCACCCATGCTTTCAAAAGCC
129 GGCATGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
10433 TTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * **
10498 TTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATATCTGTCTCAATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
66 TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
** *
10563 CATGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCC
131 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** ********** * * *
10604 TTATTACACGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTGTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TT
* * * * * *
10669 TTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAA-ATG-AGAAGAAAAG--ATATCA
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAG-A-AAAAGCCAT-TCA
** * **
10728 TTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
127 TTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
********************* *
10773 TTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * ** ** ** *
10837 TT-GGTTAAAACAGATAATAATTCAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
66 TTAGG-TAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *******
10901 GTAAGAACAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCNNNNNNN
130 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
*** * * * * ** *
10943 NNNTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAG-TTACAAATTTTTATATG
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTACAT-
* * * * * * * ** *
11007 TTTTA-TTAAAACAGAT-TCTAATTGAATGTCTA-CCTCACGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCA
64 TTTTAGGTAAAACAGATAAC-AATTGAATGTCTATCTTGA-TAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * * *
11069 TTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTA-GAGCTTCAAAATG-C
127 TTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAA-GCC
* ** * * * * * *
11114 TTATTACTCACAGTAAATAGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAA-ATTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
11178 TT-GGTTAAAATAAATAATAATTAAATATCTATCTTAAGATACATGAAGAAAAAG--ATTTCTAT
66 TTAGG-TAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTC-AT
* * * *
11240 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCGTCGAAAGCC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
11284 TTATTACTTTG-TTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTTAATTTTTTTATATT
1 TTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATT
*** * * * * * ** * * ** *
11348 TTTTTTTGAAATAGATTAGAATTGAATGTCT-TCCTCGGGAAACGTGAAGAATAAGATATCCATT
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTAT-CTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
** * **
11412 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCCAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** * * *
11455 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAGCTCATAAGTGATTTTAA-TTTGAATTTTTTTATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTT-AATTTTTTTACATT
* * ** * * ** * * * *
11519 TTTGGGTAAAACA-ACTAATAATAAAATGTTTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCGTTCATT
65 TTTAGGTAAAACAGA-TAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
11583 AGCATGAAAAGCCCATTTATCGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * ** * *
11626 TTATTACTCGTTTTAAAT-ATTTTGATAACCTCGTAATTGACTTTT-AGTTGGATATTTTTATAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-
* * * * * ** * ** *
11689 TTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
63 TTTTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
** * * ** * **
11753 TAACAAGAAACA-TCCATTTATACTCACTGATGACTTTGAAA-CTC
128 TGGCATGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-C
* * * * * * *
11797 TTACTACTTGCATTAAATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * ** * ** * * *** *
11862 TT-GGTTAAATAAATAATAAACGAATGTATGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAATATATCCATTGG
66 TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * *
11926 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATGCCTTCAAAAGCT
131 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
11967 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * ** *
12032 TT-GGTGAAAACAGA-AAGTAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAG--ATATC-T
66 TTAGGT-AAAACAGATAA-CAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCAT
******** * * * * *
12091 NNNNNNNNNNAAATTTCATTTATAGTCACCCATGCCTCCGAAACCC
128 --TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ********** * * *
12137 TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTATA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
12200 TTAGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATTTTGGTAGACATGATGAAAAAGACATTTATTG
66 TTA-GGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ** * * * *
12265 GTATGAAAAGTTTATTTCTAGTCACCTATGCCTTCAGACGCC
130 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** * * *
12307 TTATTACTTGCTTTAAATCTTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACCATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-CATT
* * * * * * * * ** *
12370 TTTGGGTAACACATATAATAATTAAATGTCTGTCTCGATAGACATTCA-AAAAA-CACATTTATT
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATT
* * * * * *
12433 GGCTTCAAAAGGCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTGAAAAGTC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
12476 TTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTCTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTGAGCATTTTTTATA-
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA--ATTTTTT-TAC
* * * * * ** * * ** *
12539 TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGACA-AAAAA-ATATCC
62 ATTTTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGA-AGAAAAAGCCATTC
* * * * *
12601 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTAGGCCTTCGAAAGCC
126 ATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
12647 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA--T
* * * ** * ** *
12711 TTTTAGTTAAAACATATAATAATTGAATGTCTGCCTAGGA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
64 TTTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCT-TGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
12775 TGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** * * *** *
12819 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAAAGTTTTACTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAC-ATT
* * * * *********** * ** * *
12884 TTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAANNNNNNNNNNAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ** * *
12948 ACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCC
130 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * **********
12990 TTATTACT-ACATTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * ** *** *
13054 TTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TTTCCTT-AGGAA-ATGTAAAGAAAAAAATATCCAT
66 TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTAT-CTTGATAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCAT
* * * *
13116 TGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
********** * * *
13160 TTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * * * ** *
13225 TT-TGTAAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAG--ATATCTAT
66 TTAGGT-AAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TC-AT
* * * * *
13287 TGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
13331 TTATTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT-TACATT
* * ** * * * * *
13396 TTTGGGT-AAACAAATAGTAAATGAATGTCTGTCTTGA-AAAGCGTGAAGAAAAATCGATTCATT
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
13459 AGCTTGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGTCATT-GAAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCC
** * ********** *
13502 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * ** ** * *
13567 TTAGTTAAAACAGATAATAATAGAATGTCTGCCTTGGGAAACAAGAAGAAAAA-CTATTCATTGG
66 TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* ** * *
13631 TAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCC
131 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** * *
13672 TTATCACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * ** * * *
13737 TTCGATAAAAATAGATAATAATTGAATGTCCGTCTCGACAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTG
66 TTAGGT-AAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
13801 GCATGAAAAGTTCA--T-T--TCACCCATGCATTCAAAAACC
130 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
** * *
13838 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATT-
* * * * * **
13902 TTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAG--ATATCATT
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATT
* *
13963 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
*************** *
14006 TTATTANNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * ** *
14070 TT-GGCTAAAACGGGTAATAATTGAATGTTTACCATGGA-AAACGTGAGGAAAAAGGTATCCATT
66 TTAGG-TAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATC-TTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
14133 GGCAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
** * * * * *
14176 TTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * * * ** *
14241 TTA-TTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTTG-TGAA-ATGCAAAAAAAAAGATATCCATT
66 TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATT
** * * * *
14303 AACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGGCTTCAAAAGCC
129 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
14346 TTATTTCTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAGTTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACATT
* * * * * * ********** *
14410 TTGA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGANNNNNNNNNNATCCATTG
65 TTTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
14474 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCT
130 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ********** *
14516 TTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * ** *
14581 TT-GGTGAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAG--ATATCTAT
66 TTAGGT-AAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TC-AT
* * * *
14643 TAGCAAGAAAAGTTCATTTAT-GATCGCCCATGCCTTCAAAAGCC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * ********** *
14687 TTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
* * * * ** * * * *
14751 TT-GGTTAAAACAGATGAGAATTGAATGTTTTTCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAG--ATTTCTGT
66 TTAGG-TAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTC-AT
* * *
14813 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAGCC
128 TGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
14857 TTATTACTC
1 TTATTACTC
Statistics
Matches: 4647, Mismatches: 1297, Indels: 381
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 17 0.00
164 40 0.01
165 16 0.00
166 68 0.01
167 65 0.01
168 242 0.05
169 499 0.11
170 1476 0.32
171 1885 0.41
172 315 0.07
173 18 0.00
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
TTAGGTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
Found at i:11910 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 9025--14704 Score: 2567
Period size: 512 Copynumber: 11.1 Consensus size: 507
9015 AAAAGATATC
* * * * * * * * *
9025 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTATTTGTTTTAAAT
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * * * * * *
9090 GGTTTCTAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATAATTTTTAATAAAATAGATTATA
66 ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA-TTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATA
** * * ** *
9154 ATTGAATGTCTACCTAAGGAAACATGGAG-AAAAGATAT-CATTGCCACGAAAAGTCCATTTATA
130 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
9217 GTCACCCGTGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT-ACTGCAAATATTTTTATAATATCAGAATTGATT
195 GTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTACTTGA-T-TAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGATT
** ** ** * * * * ** ***
9281 TTAAGTTAAACGTTTTTGTATTTTTTATTAAA-ACAGATTATAATTGACTGTCTATCTCAAAAAA
258 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATA-A-ATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGAAA
* * * * * * * *
9345 CGTGACA-AAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATACTCACCTATGACTTCGAAAGC
321 CATGA-AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
******
9409 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGTA-AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTNNNNNN
385 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATAT
**** ** ** * * *
9472 NNNNGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-AGGGAAACATGAAGAAAAAGA-TATC
448 TTTTGG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCA-ACAAACGTGAAGAAAAA-ACCATT
* * * * * *
9533 CATTGGTAAGAAAAGTCCAA-TTATAGTCACCTATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTAGCATGAAAAGT-CAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
9597 TATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGAAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTA
65 TA-TTTTATAATCTCGTAATTGA-TTTTAATTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTA
********** **** * * * * *
9662 NNNNNNNNNNTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTAGCAGGTAAAGTCTATTTA
128 TAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
9727 TAGTCACCTAT-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTTACAATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGG
193 TAGTCACCCATGA-CTTTGAAAGCCTTATTACTT-GATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGA
********** * * * *
9791 TTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNTTTTTGGTTAAA-ACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
256 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATA-A-ATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGA
* * * * * * *
9855 AGCATG-AGAAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAGAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
319 AACATGAAG-AAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * ********** * * *
9919 ACCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTGTACA
383 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * *
9984 TTTTTTGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACTTCAACAAATGTGAAG-AAAAA-GATAT
447 TTTTTGGT-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC-TCAACAAACGTGAAGAAAAAACCAT-T
* * * * *
10045 CTATT-GACAAGAAAAGTCCATTTAT-GCTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
1 C-ATTAG-CATGAAAAGTCAATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** * * * *** * *
10108 AGTGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTT-GATTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAG
63 AAT-ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA-TTGGA--TATTTTTATATTTTTTATTAAAATAA
* * * * ** * * ** * * *
10172 ATGACAATTGAATGTTTATCTTGATAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCA
124 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
10237 TTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTTTAATCTCATAG
189 TTTATAGTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTACTTG-ATTAAATAG-TTGTATAATCTCATAA
* * * * * * * ** *
10301 TTGA-TTTAAATTTAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGATAACAATTGAATGTCT-ATTT
252 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATA-A-ATAATAATCGAATGTATGCCTC
* * * * * * * *
10363 AGAAAACA-GAAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAATA-TCCAGTTATATTCACCCATGCTTT
315 GGGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *
10425 CAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTT
378 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTT
* * * * *
10490 TTACATTTTTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATATCTGTCTCAATAAACATGAAGAAAAAGCCA
442 TTATATTTTT-GGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCA
10555 TT
506 TT
* ** ** *
10557 CATTGGCATGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ********* * *
10622 ATTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAAT-TTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTA
66 A-TTTTATAATCTCGTAATT-GATTTTAATTGGATATT-TTTATATTTTTTATTAAAATAAATTA
* * *
10686 TAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGAGAAG-AAAAGATAT-CATTAACAAGAAAAGTCCATTTA
128 TAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTA
* ********************
10749 TAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTCATAATTGAT
193 TAGTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTA-CTTGATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGAT
* * *
10814 TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAA-ACAGATAATAATTC-AATGTTTGCCTTGGGA
257 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATA-A-ATAATAA-TCGAATGTATGCCTCGGGA
* * *****
10876 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAACAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCNNNNN
319 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
***** ** * * * **
10941 NNNNNTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTTACAAATTTTTATAT
384 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTATAT
** ** ** * * *
11006 GTTTTATTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCTACCTC-ACGAAACGTTAAGAAAAAGA-TATC
448 -TTTTGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAAC-AAACGTGAAGAAAAA-ACCATT
* * * * **
11067 CATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAGAG-CTTCAAAATG-CTTATTACTCACAGTAA
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * ** *
11130 ATAGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATT-GAAATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATA
64 ATA-TTTTATAATCTCGTAATTGATTTT-AATTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATT
* * * ** * * * * **
11194 ATAATTAAATATCTATCTTAAGATACATGAAGAAAAAGATTTCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
127 ATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
11259 ATAGTCACCCATGTCGTCGAAAGCCTTATTACTTTGTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTAA
192 ATAGTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTAC-TTGATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * * * * * *
11324 TTTTTAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTTTTGAAATAGATTAGAATTGAATGTCTTCCTCGGGAA
256 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAATAAATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGAA
* * * **
11389 ACGTGAAGAATAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCCAAGC
320 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
** * * *
11454 CTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAGCTCATAAGTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATT
385 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATT
** * *
11519 TTTGGGTAAAACA-ACTAATAATAAAATGTTTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCGTT
449 TTT-GGTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCATT
* * * * *
11579 CATTAGCATGAAAAGCCCATTTATCGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
11644 ATTTTGATAACCTCGTAATTGACTTTTAGTTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTAT
66 ATTTT-ATAATCTCGTAATTGA-TTTTAATTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTAT
11709 AATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAACA-TCCATTTA
129 AATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAA-AGTCCATTTA
* ** * * *
11773 TACTCACTGATGACTTTGAAA-CTCTTACTACTTGCATTAAATAGTTTTATAATCTCTTAATTGA
193 TAGTCACCCATGACTTTGAAAGC-CTTATTACTTG-ATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGA
* * **
11837 TTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATAAATAATAAACGAATGTATGCCTCGAAAAA
256 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATAAATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGAAA
* * * *
11902 CATGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATGCCTTCAAAAGCT
321 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* *
11967 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTT
386 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTT
* * *** * *
12032 TTGGTGAAAACAGA-AAGTAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGA-TATCT
450 TTGGT-AAAACAGATAA-TAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAA-ACCAT-T
********** ** * * * * *
12091 NNNNNNNNNNAAATTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTCCGAAACCCTTATTACTCTCTTTAAAT
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ********** **** * * *
12155 GGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTT-GA-ATTGTTTATATTTTAGGGTAAAACAGATAA
66 -ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA-TTGGATATT-TTTATATTTTTTATTAAAATAAATTA
** * * * * * ** *** * ** *
12218 TAATTGAATGTCTATTTTGGTAGACATGATGAAAAAGACATTTATTGGTATGAAAAGTTTATTTC
128 TAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * ** * * *
12283 TAGTCACCTATG-CCTTCAGACGCCTTATTACTTGCTTTAAATCTTTTTATAATCTTATAACTGA
193 TAGTCACCCATGACTTTGA-AAGCCTTATTACTTG-ATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGA
* * * * ** * * **
12347 TTTTAAGTTGAA--TTTTTACCATTTTTGGGTAACACATATAATAATTAAATGTCTGTCTCGATA
256 TTTTAAGTTAAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAA-ATAAATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGA
* ** * * ** ** * * *
12410 GACATTCA-AAAAACACATTTATTGGCT-TCAAAAGGCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTGAAAA
319 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * *
12473 GTCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTCTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTGAGCA-TTTTTT
383 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A--ATTTTTTT
** * ** * *
12536 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGACA-AAAAAA-TAT
444 ATA-TTTTTGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACGTGA-AGAAAAAACCAT
*
12599 C
507 T
* * * * * * * *
12600 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * ** * * * *
12665 GGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTTTTTTAGTTAAAACATATA
66 -ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA-TTGGATATTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAAATT
* * * * ** *
12729 ATAATTGAATGTCTGCCTAGGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTT
127 ATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * * *
12794 ATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGA
192 ATAGTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTACTTG-ATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGA
** * ** * * * ************
12859 TTTTAAGTTGAAA-AGTTTTACTTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAANNNNNNNNNNAAGA
256 TTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAATAAATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGA
*** * * *
12923 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTAAAAG
319 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
* * * * ********* *
12988 CCTTATTAC-TACATTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACAT
384 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATAT
* * * ** * * ** *
13052 TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TTTCCTTAGGAAATGTAAAGAAAAAAATATC
448 TTTT-GGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGT-CTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCATT
* * * * * * * ****
13113 CATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNN
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAA
***** ** * * * * * *
13178 NNNNNTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTTGTAAAAATAGATAA
65 TATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA-TTGGATAT-TTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTA
* * * * * ** * *
13242 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATTCATTTA
128 TAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * * *
13307 TAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGATT-TATAATCTCAAAATTTA
193 TAGTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTACTTG-ATTAAATAG-TTGTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * * *
13371 TTTTAAGTTGAATTTTTTAAATATTTTTGGGTAAACAAATAGTAAAT-GAATGTCTGTCT-TGAA
256 TTTTAAGTTAAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAATAAATAAT-AATCGAATGTATGCCTCGGGA
* * * * * *
13434 AAGCGTGAAGAAAAATCGAT-T-CATTAGCT-TGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGTCATT-
319 AA-CATGAAGAAAAA--GATATCCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTC
* * ** * **********
13495 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTT
379 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT
* * * * **** ** *
13560 TACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATAGAATGTCTGCCTTGGGAAACAAGAAG-AAAAACTAT
443 TATATTTTT-GGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCAT
13624 T
507 T
* * ** * * * * * **
13625 CATTGGTAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATCACTTACTTTAAAT
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ** ** * * * * *
13690 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TGTTTTACATTTTTCGATAAAAATAGATA
66 -ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA-TTGGATAT-TTTTATATTTTT-TATTAAAATAAATT
*** * ** * ** ** * *
13754 ATAATTGAATGTCCGTCTCGACAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTTCA--T
127 ATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * * *
13816 -T--TCACCCATG-CATTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTG
192 ATAGTCACCCATGAC-TTTGAAAGCCTTATTACTTG-ATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
13877 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTATTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGG
255 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTTGGTT-AAATAAATAATAATCGAATGTATGCCTCGGG
* *
13940 AAACATGAAG-AAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
318 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
*************** *
14003 GCCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
383 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * ** ** * *** *
14068 -TTTTGGCTAAAACGGGTAATAATTGAATGTTTACCATGGA-AAACGTGAGGAAAAAGGTATC
447 TTTTTGG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC-TCAACAAACGTGAAGAAAAAACCATT
* * * * * * **
14129 CATTGGCAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT
1 CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ** * * *
14194 GTTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTAC
66 -ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA-TTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTAT
* * ** * *
14258 AATTGAATGTCTACCTTGTGAAATGCAAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTAT
129 AATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** * * *
14323 AGTCACCTATGGCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
194 AGTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTACTTG-ATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * ***
14388 TTAAGTTAAGTTTTTTTACA-TTTTGATTAAA-ACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
258 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATA-A-ATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGAAA
********** * *
14451 CATGANNNNNNNNNNATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCT
321 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * ********** *
14516 TTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
386 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTT
* ** * * *
14581 TTGGTGAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAG-AAAAA-GATAT
450 TTGGT-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCAT-T
* * * * *
14639 CTATTAGCAAGAAAAGTTC-ATTTAT-GATCGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTA
1 C-ATTAGCATGAAAAG-TCAATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
14702 AAT
63 AAT
14705 GGTTTTATNN
Statistics
Matches: 3921, Mismatches: 1084, Indels: 331
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
502 32 0.01
503 67 0.02
504 171 0.04
505 14 0.00
506 36 0.01
507 69 0.02
508 248 0.06
509 239 0.06
510 635 0.16
511 504 0.13
512 1111 0.28
513 612 0.16
514 183 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (507 bp):
CATTAGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAATTGGATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAA
TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTACTTGATTAAATAGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATAAATAATAATCGAATGTATGCCTCGGGAAACATGA
AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGGTA
AAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAACGTGAAGAAAAAACCATT
Found at i:14708 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 14556--14863 Score: 357
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
14546 NNNNNNNNNN
*
14556 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTGAAAACAAATAAGAATTGAATGTCTACCTCAAAAA
* * * *
14621 ACATGAAGAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTAT-GATCGCCCATGCCTTCAAAAG
65 ACATAAAGAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCGTCAAAAG
14685 CCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGA
129 CCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTAT----------TTGA
* * * * **
14727 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATGAGAATTGAATGTTTTTCTCAAAAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTGAAAACAAATAAGAATTGAATGTCTACCTCAAAAAA
* * * * *
14792 CGTAAAGAAAAAGATTTCTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAGCC
66 CATAAAGAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCAAAAGCC
14857 TTATTAC
131 TTATTAC
14864 TC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 16, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 97 0.81
171 23 0.19
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTGAAAACAAATAAGAATTGAATGTCTACCTCAAAAAA
CATAAAGAAAAAGATATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCAAAAGCC
TTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTTGA
Done.