Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399418.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2685.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6976
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.31
Warning! 1077 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:295 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1139 Score: 1234
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
* * * * *
1 GGGCTTTTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCAGGTTTACCAAGGAAAACATTTAATTATAATC
1 GGGCTTTTCTTGACAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATC
* * * * *
66 TGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAAATT-ATATTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAACCATTT
64 TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTT
**
129 AAAGAGAGTAATAAATCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
127 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * *
172 GGGCTTTTCTTGCCAACGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATC
1 GGGCTTTTCTTGACAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTT-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATC
* * *
237 TGTTTTAACTAAAAATGTAACAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAA
64 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
* * * * *
302 AGTGAGTAATAACGCTATTGAACGCTTGGGTAACTATAAAT
129 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * * *
343 GGGCTTTTGTTGAGAATGAAT-GCGTCTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
1 GGGCTTTTCTTGACAATGAATGGC-T-TTTCTTCATGTTTCT-AAGGAAAACATTCAATTATAAT
* * * * * * * *
407 CTGTTTGAACTAAAAATGCAAAAACCATTTAGCTTAAAATCATTTATGGGACTACAAAACCATTC
63 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTT
* * *
472 AAA-ATGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
127 AAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * * *
515 GGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTGTTCTTCATGTTTCTCAATGAAAACATTCACTTATAAT-
1 GGGCTTTTCTTGACAATGAATGGCTT-TTCTTCATGTTTCT-AAGGAAAACATTCAATTATAATC
* * * * **
579 TCGTTTTAACCAAAAACGTAAGAAA-GTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
64 T-GTTTTAACTAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTT
* * * *
643 AAACAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTAT-CAT
127 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * * *
685 GGCCTTTTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCAGGTTTACTAAGGAAAACATTCAATTATAATC
1 GGGCTTTTCTTGACAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATC
* * * * * * * *
750 TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTTTGAGGCTACAAAACCATTTA
64 TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTA
* *
815 AAGAGAGTAATAAGTG-TTTTGAAGGCTTAGGTTACTATAAAT
128 AAGAGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * *
857 GGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTATAACC
1 GGGCTTTTCTTGACAATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGAAAACATTCAATTATAATC
* * *
922 TGTTTTAACTAAAAATGTAACAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAA
64 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
* ** *
987 AGAGAGTAATAAGGCTATTGAACACTTGAGTGACTATAAAT
129 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
1028 GGGCTTTTCTTGAGAATGAAT-GCATCTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAAACATTTAATTATTAT
1 GGGCTTTTCTTGACAATGAATGGC-T-TTTCTTCATGTTTCT-AAGGAAAACATTCAATTATAAT
* *
1092 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCAGCTTAAAATCATTTATG
63 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-CATTCAACTTAAAATCAATTATG
1140 GGACNNNNNN
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 132, Indels: 53
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 77 0.10
171 487 0.60
172 238 0.29
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GGGCTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAG
AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
Found at i:873 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1115 Score: 1446
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 340
* *
1 GGGCTTTTCTTGAAAATGAATG-ACTTTTTCTTCAGGTTTAC-CAAGGAAAACATTTAATTATAA
1 GGGCTTTTCTTGAAAATGAATGCA-TCTTTCTTCAGGTTT-CTCAAGGAAAACATTCAATTATAA
* * *
64 TCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAAATTATATTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAACCATT
64 TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-TACTTAAAATTAATTTTGAGGCTACAAAACCATT
* *
128 TAAAGAGAGTAATAAATCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAACGAAT
128 TAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
193 GGGTTTCTCTTCATGTTTC-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
193 GGGTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* *
257 CAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTATTG
256 CAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTG
*
322 AACGCTTGGGTAACTATAAAT
321 AACGCTT-GGTGACTATAAAT
* * * * * *
343 GGGCTTTTGTTGAGAATGAATGCGTCTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
1 GGGCTTTTCTTGAAAATGAATGCATCTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATC
* ** ** *
408 TGTTTGAACTAAAAATGCAAAAACCATTTAGCTTAAAA-TCATTTATG-GGACTACAAAACCATT
66 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTTA-CTTAAAATTAATTT-TGAGG-CTACAAAACCATT
* * * *
471 CAAA-ATGAGTAATAAAG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAA
128 TAAAGA-GAGTAAT-AAGTCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
534 ATGGCTTGTTCTTCATGTTTCTCAATGAAAACATTCACTTATAAT-TCGTTTTAACCAAAAACGT
191 ATGGGTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGT
* * * * * *
598 AAGAA-AGTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTT
254 AACAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTA
* * *
662 TTAAAGGCTTAGGTGACTAT-CAT
318 TTGAACGCTT-GGTGACTATAAAT
* *
685 GGCCTTTTCTTGAAAATGAATG-ACTTTTTCTTCAGGTTTACT-AAGGAAAACATTCAATTATAA
1 GGGCTTTTCTTGAAAATGAATGCA-TCTTTCTTCAGGTTT-CTCAAGGAAAACATTCAATTATAA
*
748 TCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTTTGAGGCTACAAAACCATT
64 TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-TACTTAAAATTAATTTTGAGGCTACAAAACCATT
* * *
813 TAAAGAGAGTAATAAGTGTTTTGAAGGCTTAGGTTACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
128 TAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
* *
878 GGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAC
193 GGG-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAC
943 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTGA
257 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTGA
*
1008 ACACTTGAGTGACTATAAAT
322 ACGCTTG-GTGACTATAAAT
* ** * * * *
1028 GGGCTTTTCTTGAGAATGAATGCATCTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAAACATTTAATTATTATC
1 GGGCTTTTCTTGAAAATGAATGCATCTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATC
*
1093 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
66 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
1116 CCATTCAGCT
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 91, Indels: 51
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.01
342 348 0.53
343 299 0.46
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GGGCTTTTCTTGAAAATGAATGCATCTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATC
TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTTACTTAAAATTAATTTTGAGGCTACAAAACCATTTAA
AGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAACAACA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTGAACGC
TTGGTGACTATAAAT
Found at i:2683 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2389--2985 Score: 527
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
2379 TTATCAAGGT
* * * *
2389 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAACATTAACCCTAAAATCAATTTTA
1 AAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTA
* * *
2453 AGGCTATAAAACCATTTAAAGAGGGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGGCTATAAATGAGCT
65 AGGTTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAGCT
* *
2518 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCC-AGGGA
129 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTCTTCACG-TTTCCTA-GGA
* *
2560 AAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCGATTTTA
1 AAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTA
*********** ** *
2625 AGGTTATAAAACAGTTTAAAGAGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNTTTGGGTGACTATAAATGGGCT
65 AGGTTATAAAACA-TTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAGCT
*
2690 TTTCTTGCTAATGAATGGGTTTCTCTTCACGTTTCCTTAGGA
129 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTCTTCACGTTTCC-TAGGA
* * * * * * * * *
2732 AAATATGCAATTATTATTATTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATT-GTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TT
* * * * *
2797 AA-ATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGC
64 AAGGTTA-TAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAGC
* * * *** * ** * *
2861 TTTTCTTTCTAGTGAATTATTTTTTCTTCTGGTTTCACGAGGT
128 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTCTTCACGTTTC-CTAGGA
* * * * * *
2904 AAATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTTTG
1 AAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTA
*
2968 AGATTATAAAACCATTTA
65 AGGTTATAAAA-CATTTA
2986 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 73, Indels: 22
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 74 0.22
172 250 0.73
173 12 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAACATTCAATTATAATTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAA
GGTTATAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAGCTTT
TCTTGCCAATGAATGGGTTTCTCTTCACGTTTCCTAGGA
Found at i:3627 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3179--4473 Score: 1394
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
3169 CCTTATTACG
* * * * * *
3179 TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* *
3244 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGT-AAT
66 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-TCAAG
* * * *
3308 CCTTCAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAACGATTTTAT-AGC
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
3349 T-ATAAAATTGATTTGAAGTTTAATTTTTTTAC-TTTTTTCGGTTAAAAAAGATTATAATTGAAT
1 TCAT--AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT--GTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
3412 GTTTACCATGAAAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTCACAAGAAAATCCCATTTATAGTCACTC
62 GTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC
* * * *
3477 AAGCCTTCGAAAGCCGTATTATTCTTTTTAAATGGTTTTATAATC
126 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
3522 TCATAATTCATTTTGAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* *
3587 GCCTTCG-GAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAA
66 GCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAG
**
3651 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACT-GTTTTATAGCC
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-TGGTTTTATAATC
* * * * * *
3693 TTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * *
3758 TCCCTTG-GAAAACATGAAGAACAACCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTCTAGTCACGT-A
65 TGCCTTGAG-AAACATGAAGAA-AAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-TCA
* ** * **
3821 ACCCTTCGGAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTTTATAGCC
127 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
3865 TTAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * *
3930 GCTTTGAGAAACATGAAGGAAAACCAATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATGGTCACCCAAGC
66 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * * *
3995 CTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
4036 TCATAATTCATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGATAAAACATATTATAATTGAATGTTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * ** *
4101 GCCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCGTTGGTAAGAAAAG-ACATTTATAGTCAC-CTAAG
66 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-AAG
* * *
4164 TCTTCAACAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTA-AGATC
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA-ATC
** * *
4206 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAGGTTTTTATATTTTTAT-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * *
4270 TGCTTTTG-GAAACATGAAGAAAAACACATTTATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTCAA
65 TGC-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAA
* ** * * *
4334 GCCTTCAAAAGCCATATTACTCGGTTTAAATGATTTTGTATTAC
128 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT-C
* * * *
4378 -CATAAATGATTTTAAGCTGTATGGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* *
4442 TGCGTTGAGAAACATGAAGAGAAACCTATTCA
65 TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCA
4474 CCCAAGCCTT
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 145, Indels: 66
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 143 0.15
171 439 0.46
172 346 0.37
173 11 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC
Found at i:3809 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3179--4473 Score: 1461
Period size: 343 Copynumber: 3.8 Consensus size: 341
3169 CCTTATTACG
* * * *
3179 TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* ** *
3244 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGTAATC
66 GCCTTTGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * * *
3309 CTTCAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAACGATTTTATAG-CTATAAAATTGATTTGAAGTTTAA-
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGCCT-TAAAATTGATTTTAAG-TTAAT
* * * * *
3372 TTTTTTTACTTTTTTCGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCATGAAAAACATGAAGAAA
193 TTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * *
3437 AACCTATTCATTCACAAGAAAATCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCGTATTATTCT
257 AACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT
*
3502 TTTTAAATGGTTTTATAATC
322 CTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
3522 TCATAATTCATTTTGAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* *
3587 GCCTTCGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAC
66 GCCTTTGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
*
3652 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACTG-TTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTT-AAT
* * * *
3716 TTTTTTTTCATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTG-GAAAACATGAAGAAC
193 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAA
* * * * *
3780 AACCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTCTAGTCACGT-AACCCTTCGGAAGCCTTATTACCC
257 AACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
**
3844 TCTTTAAATGGTTTTATAGCC
321 TCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
3865 TTAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * *
3930 G-CTTTGAGAAACATGAAGGAAAACCAATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATGGTCACCCAAG
66 GCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
* * ** * * * * * *
3994 CCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAGTTGAG
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAT
* * * * *
4058 TTTTTTTACATTTTTTGATAAAACATATTATAATTGAATGTTAGCCTTGAGAAACATAAAGAAAA
193 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* ** * *
4123 ACCCATTCGTTGGTAAGAAAAG-ACATTTATAGTCAC-CTAAGTCTTC-AACAGCCTTATTACTC
258 ACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTC
*
4185 TCTTTAAAAGGTTTTA-AGATC
321 TCTTTAAATGGTTTTATA-ATC
* * ** *
4206 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAGGTTTTT-ATATTTTTATTTAAAACAAATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * * *
4270 TGCTTTTGGAAACATGAAGAAAAACACATTTATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTCAAG
65 TGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
* * *
4335 CCTTCAAAAGCCATATTACTCGGTTTAAATGATTTTGTATTA-CCAT-AAA-TGATTTTAAGCTG
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTT-TA-TAGCCTTAAAATTGATTTTAAG-T-
** * *
4397 T-ATGGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCGTTGAGAAACATGAAG
189 TAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG
* *
4461 AGAAACCTATTCA
254 AAAAACCCATTCA
4474 CCCAAGCCTT
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 124, Indels: 47
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 180 0.22
342 164 0.20
343 440 0.55
344 19 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
GCCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTAATTTT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC
CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTT
AAATGGTTTTATAATC
Found at i:5347 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 4971--6034 Score: 945
Period size: 149 Copynumber: 7.0 Consensus size: 149
4961 TTTTATAATA
*
4971 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * * *
5036 GCCTTGGTAAACATGAAGTAAAACCCATTCCTGGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
66 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* *
5101 TTTTAAAAGCCTT-TTACC
131 CTTCAAAAGCCTTATTACC
* * * *
5119 TCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
*
5184 GCCTTGGGAAACATGAAGACAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
66 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
*
5249 TTTCAAAAGCCTTATTACC
131 CTTCAAAAGCCTTATTACC
* *
5268 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * *
5333 TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGC
66 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
5398 CTTCAAAAGCCTTATTACTC
131 CTTCAAAAGCCTTATTAC-C
* * * * * ** * * * ** *
5418 GCTTTAAATGGTTTTAA--T-AATATCAT-A-ATTGATT--TT-AACT-TGATT-T-TTTTCACG
1 TC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATT-TTTGGTTAAAATAT-ATTATAATTGAATG
* * * * **** * * * *
5472 -TT--ATTGGTTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTGTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCTAT
63 TTTGCCTTGG--GAAACATGA--AGAA--AAACCCATTCATT--G--AC---AAGAAAAGCCCAT
* ** *** * **
5533 TCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCC
115 T--T--A-TAG-TCA-CCCAAGCCT--TCA--AAAGCCTT-ATTA-CC
* * * * ** **
5581 TTATTACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAGCATATTATAATT
1 TCA-TAATTGAT--TTTA-AGT----TGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* *
5646 GAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACCTATTTATAGTC
58 GAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
5711 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACC
123 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACC
* * *
5738 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
** * * *
5803 GCCCCGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAATGACAAGAAAATCTCATTTATAGTCACCCAAGC
66 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * *
5868 TTTTAAAAGCCTTATTACG
131 CTTCAAAAGCCTTATTACC
* * * * *
5887 TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAAGTGAATGTGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* *
5952 GCCTTGGGAAAGATGTAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
66 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
*
6017 CTTGAAAAGCCTTATTAC
131 CTTCAAAAGCCTTATTAC
6035 TCTTTTTTAA
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 131, Indels: 107
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
139 3 0.00
140 1 0.00
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143 1 0.00
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145 2 0.00
146 4 0.01
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148 139 0.19
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150 2 0.00
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153 2 0.00
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159 7 0.01
160 3 0.00
161 3 0.00
162 7 0.01
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164 2 0.00
165 5 0.01
166 1 0.00
168 1 0.00
170 14 0.02
172 1 0.00
173 7 0.01
174 3 0.00
175 4 0.01
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177 11 0.02
178 2 0.00
179 7 0.01
180 8 0.01
181 1 0.00
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (149 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
CTTCAAAAGCCTTATTACC
Found at i:5517 original size:321 final size:321
Alignment explanation
Indices: 5119--6549 Score: 1319
Period size: 321 Copynumber: 4.5 Consensus size: 321
5109 GCCTTTTACC
* * * *
5119 TCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTATTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTGT
* * *
5184 GCCTTGGGAAACATGAAGACAAACCCATTCATTG-ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
66 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAG
*
5248 CTTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAA
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAA
* * *
5313 TAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGC
195 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAAC
*
5378 CCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
260 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
* * * *
5440 TCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTCACGTTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGT
1 TCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTATTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTGT
* *
5505 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAGC
66 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGC
* * *
5570 CTTCAAAAGCCTTATTACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAGC
131 CTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAC
* *
5635 ATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACC
196 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACC
*
5700 TATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA--C-C--------------------
261 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
* * * * * * *
5738 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTATTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTGT
*** * * *
5803 GCCCCGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAATG-ACAAGAAAATCTCATTTATAGTCACCCAAG
66 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAG
* * * * * *
5867 CTTTTAAAAGCCTTATTACGTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCACAGTTTTGGTTAAAA
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *
5932 TAGATTATAAGTGAATGTGTGCCTTGGGAAAGATGTAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGC
195 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAAC
* ** * *
5997 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTTTTTTAAATGGCTTT-ATAATC
260 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTAATAATA
* * * * * * * * *
6059 TCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACATCATAATTGAATGTT
1 TCATAATTAATTTTAACTTGAATT-TTTTCACATTATTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTG
** * *
6124 TG-CTT-GTGAAACATGAA-AGAAAACCCATTTTTG-AGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
65 TGCCTTAG-GAAACATGAAGA-AAAACCCATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCA
** *
6185 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTTTAAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
128 AGCCTTCAAAAGCCTTATTA--C--------------------CTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
6250 GTTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTTAATGTTTACCTT-GTGAAACATGAAGA
171 ATTT-TTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGA
** * ** * * * **********
6314 AAAACTAATTAACCGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAANNNNNNNNNNT
234 AAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
6379 CGCTTTAAATGG-TTTAATAATC
299 CGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
* * * * * * * * * *
6401 TCATAATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGCATGTT
1 TCATAATTAATTTTAACTTGA-ATTTTTTCACATTATTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTG
* * * * * *
6466 TACC-TAGGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCAGCCA
65 TGCCTTA-GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCA
6529 AGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
128 AGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
6550 TCGCTTTAAA
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 126, Indels: 97
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
298 261 0.28
299 3 0.00
300 1 0.00
318 1 0.00
319 1 0.00
320 49 0.05
321 312 0.34
322 38 0.04
341 3 0.00
342 95 0.10
343 115 0.12
344 46 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (321 bp):
TCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTATTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTGT
GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGC
CTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACC
CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
Found at i:5560 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5268--5588 Score: 527
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
5258 CCTTATTACC
* * * *
5268 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGT
* *
5333 TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGC
66 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAGC
5398 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
131 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
* * * *
5440 TCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTCACGTTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGT
1 TCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGT
*
5505 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCTATTCA-TGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAG
66 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTG-ACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAG
5569 CCTTCAAAAGCCTTATTACT
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACT
5589 TCATAATTGA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 11, Indels: 2
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 135 0.99
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGT
GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATA
Found at i:5788 original size:470 final size:468
Alignment explanation
Indices: 4910--6549 Score: 1614
Period size: 470 Copynumber: 3.4 Consensus size: 468
4900 TGAATGTTTA
4910 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
* * * *
4975 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCT
66 AATTGATTTTAACTTAAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTGCCT
* * * * * *
5040 TGGTAAACATGAAGTAAAACCCATTCCTGGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTT
131 TGGTAAACATGAAGAAAAACCCATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTC
*
5105 AAAAGCCTTTTACCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGATAAAACATATT
196 AAAAGCCTTTTACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGATAAAACATATT
* *
5170 ATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGACAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTT
261 ATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTT
* *
5235 ATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA
326 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA
* ** *
5300 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
391 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAA
5365 TGACAAGAAAAGC
456 TGACAAGAAAAGC
*
5378 CCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAATAATATCA
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATATCA
* * *
5443 TAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTCACGTTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTGCC
65 TAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTGCC
* *
5508 TTAGG-AAACATGAAGAAAAACCTATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAGCCT
130 TT-GGTAAACATGAAGAAAAACCCATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCT
* * * *
5572 TCAAAAGCCTTATTACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAGCAT
194 TCAAAAGCCTT-TTACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGATAAAACAT
*
5637 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACCTA
258 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACCCA
5702 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTC
323 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTC
* * *
5767 ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCGGGAAACATGAAGAAAAACCCATT
388 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATT
*
5832 CAATGACAAGAAAATC
453 CAATGACAAGAAAAGC
* * *
5848 TCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTA----C--------G----------TCAT
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
* * * * *
5891 AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCACAGTT-TTGGTTAAAATAGATTATAAGTGAATGTGTGCC
66 AATTGATTTTAACTTAAATTTTTTCACA-TTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTGCC
* * * *
5955 TTGGGAAAGATGTAGAAAAACCCATTCATTG-ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
130 TTGGTAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCT
* *
6019 TGAAAAGCCTTATTACTCTTTTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTG
194 TCAAAAGCCTT-TTAC-C---------T--C------A--T---AATTAATTTTAAGTTGAATT-
* * * * *
6084 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACACATCATAATTGAATGTTTG-CTTGTGAAACATGAA-AGAAAA
234 TTTTCACATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGA-AAAA
* * * **
6147 CCCATT-TTTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTTT
298 CCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-C---
* * * * *
6211 AAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
359 ----------TCATAAT-T----A---ATTTTAAGTTGAATTT-TTTCACATTTTTAGTTAAAAT
* * * ** ** * *
6276 AGATTATACTTTAATGTTT-ACCTTGTGAAACATGAAGAAAAACTAATT-AACCGAGAAGAAAAG
405 AGATTATAATTGAATGTTTGCCCCAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCAA-TGACAAGAAAAG
6339 C
468 C
* ********** * *
6340 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
* * ** * * * * * *
6405 AATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGCATGTTTACC
66 AATTGATTTTAACTT-AAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTGCC
* * * * * * *
6470 TAGGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCAGCCAAGCCT
130 TTGGTAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCT
6534 TCAAAAGCCTTATTAC
194 TCAAAAGCCTT-TTAC
6550 TCGCTTTAAA
Statistics
Matches: 979, Mismatches: 113, Indels: 113
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
446 2 0.00
447 126 0.13
448 4 0.00
457 1 0.00
458 1 0.00
459 1 0.00
465 1 0.00
466 1 0.00
467 1 0.00
468 54 0.06
469 179 0.18
470 324 0.33
471 38 0.04
483 6 0.01
484 1 0.00
488 1 0.00
491 20 0.02
492 87 0.09
496 1 0.00
504 1 0.00
514 20 0.02
515 109 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (468 bp):
CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
AATTGATTTTAACTTAAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGTGCCT
TGGTAAACATGAAGAAAAACCCATTCATGAACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTC
AAAAGCCTTTTACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGATAAAACATATT
ATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA
TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAA
TGACAAGAAAAGC
Found at i:6171 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5891--6580 Score: 744
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
5881 ATTACGTCAT
* * * * * * *
5891 AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATAAGTGAATGTGTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * *
5956 TGGGAAAGATGTAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTG
66 TGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTG
** *
6021 AAAAGCCTTATTACTCTTTTTTAAATGGCTTTATAATCTCAA
131 -AAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * * *
6063 AATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACATCATAATTGAATGTTT-GC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* *
6127 TTGTGAAACATGAA-AGAAAACCCATT-TTTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
65 TTGGGAAACATGAAGA-AAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-
*
6190 TTGAAAGCCTTATTACT--CTTTAAAAATAGTTTTATAATCTCAA
128 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT--AAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * * *
6233 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTTAATGTTTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* ** * **
6298 TTGTGAAACATGAAGAAAAACTAATTAACCGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
65 TTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
********** * *
6363 CGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCAT
130 -GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * *
6405 AATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGCATGTTTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * *
6470 TAGGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCAGCCAAGCCT
65 TTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * *
6534 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
129 T-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
6577 AATT
1 AATT
6581 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 76, Indels: 28
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 1 0.00
170 69 0.16
171 75 0.18
172 239 0.56
173 37 0.09
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
TGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
Done.