Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399421.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2688.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3281
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 687 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:536 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 225--546 Score: 427
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
215 NNNNNNNNNN
* * *
225 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTATATTATTAATTAAAACAGACTATAAT
290 TGAATGTCCACTATGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
66 TGAATGTCCACTATGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
355 CTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGC
131 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGC
* * * ** * *
396 TTTATAATCTCAAAATAT-ATTTTAGGTTCAGTTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAAT-TGATTTTAAGTTCAATTTTCTTATATTATTAATTAAAACAGACTATAA
* * * ** *
460 TTTAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGTAA-AAA-AAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTAT
65 TTGAATGTCCA-CTATGAGAAACATG-AAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
522 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
547 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 7
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 51 0.39
171 74 0.57
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTATATTATTAATTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCCACTATGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGC
Found at i:1411 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 769--1445 Score: 738
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 169
759 NNNNNNNNNN
* **
769 GATTTTAAGTTGAATTTAT-TTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTTCCTTG
1 GATTTTAAGTTGAATTT-TCTTACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCA
* * * *
832 AGAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCAT-ATTCCTTC
63 AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATTCCTTC
*
895 AAAAGCCTTATTA-TCGCGTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
125 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
939 GATTTTAAGTTAAATTTTCTTTCGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
1004 AAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCTTTCAAA
65 AAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAA
* * * * *
1068 AGCCTTATTATTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** * *
1110 GATTTCAGGTTCAATTTTTATTACATTATTGGTAAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTCTTACATTTTTATTAAA-ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-
* * * * * **
1174 GGAAAGATGAAGACAAACCCATTTATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTTTTCAA
63 AGAAACATGAAGA-AAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * *
1239 AAGCCTAATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATT
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
1282 GATTTTAAGTTGAATTTTCTTACGTTTTTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCCACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * *
1347 AAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
65 AAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* *
1412 GCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
1446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 74, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
170 108 0.26
171 162 0.39
172 136 0.33
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
AACATGAAGAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:1413 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 811--1445 Score: 936
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
801 TAAAACAGAC
* * * *
811 TATAATTGAATGCTTTCCTTGAGAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGCTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATT
* *
876 TATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCGCGTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
66 TATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTAATTATCGCGTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGA
* ** *
941 TTTTAAGTTAAATTTTCTTTCGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
131 TTTTAAGTTAAATTTTCTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAA
* * * *
1006 ACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGC
196 ACATGAAGAAACAAGCATTCATTGCTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
* * *
1071 CTTATTATTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTTTATTACAT
261 CTTACTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTTTATTACAT
1136 TATTGGTAAAGACAAAT
326 TATTGGTAAAGACAAAT
* * *
1153 TATAATTGAATG-TCTACCTAGGGAAAGATGAAGACAAACCCATTTATTT-GTAAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGCT-TACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCA
** * *
1216 TTTATAGTCTC-TCATTTTTTCAAAAGCCTAATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAA
64 TTTATAGTCTCAT-ATTCCTTCAAAAGCCTAATT-ATCGCGTTAAATTGTTTTATAATCCCATAA
* *
1280 TTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACGTTTTTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCCACCTCA
127 TTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCACCTCA
*
1345 AGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCA
192 AGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGCTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
* *
1409 AAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
256 AAAGCCTTACTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCT
1446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 29, Indels: 9
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.01
342 82 0.32
343 174 0.67
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TATAATTGAATGCTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTAATTATCGCGTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTCTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAA
ACATGAAGAAACAAGCATTCATTGCTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
CTTACTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTTTATTACAT
TATTGGTAAAGACAAAT
Found at i:1846 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1604--1917 Score: 459
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
1594 ATAGTTACCC
* * * *
1604 ATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATTCTTTTAAAATCTCATAATTCATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTAAAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTA
* * *
1669 AATTTTTTTACATTTTTGATTAAGACAGACTATAATTGAATGTATATCTTAAGAAACGTAAAGAA
66 AATTTTTTTACATGTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTATAGCTTAAGAAACGTAAAGAA
1734 AAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTCGATCTCTT
131 AAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTCGATCTCTT
* * *
1775 ATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAA-CTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTA-AAATCTCAAAATTCATTTTAAGTT
* * * * * *
1839 TAATTTTTTTATATGTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAGCTTGAGAAATGTAAAGA
65 AAATTTTTTTACATGTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTATAGCTTAAGAAACGTAAAGA
*
1904 AAAAGGCATTCATT
130 AAAAGACATTCATT
1918 GGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 17, Indels: 2
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 122 0.98
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTAAAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTA
AATTTTTTTACATGTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTATAGCTTAAGAAACGTAAAGAA
AAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTCGATCTCTT
Found at i:2726 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2124--3042 Score: 989
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
2114 NNNNNNNNNN
* * * * *
2124 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTA
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-
* * * *
2189 TTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATGGAATATCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
65 TT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTG-GAAACATGAAGAAAAACAC
* *
2253 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCTTTT
128 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTC
* * * *
2296 AAAAGCCTTAATACTCGATTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGA-TTT-AGATTCAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTT
* * * * ** * **
2359 TTCATTTTTAGTTAAAACAGATAATAGTTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCAT
65 TTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACATGAAGAAAAACACAT
* * * *
2424 TCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTC
130 TTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
** * ** *
2465 AAAAGCCTCGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTGAATGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * *
2530 TAT-ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTCTGGAAACATGCAGAAAAACCC
65 T-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCTGGAAACATGAAGAAAAACAC
* * *
2593 ATTTGTTTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
128 ATTT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
** *
2636 AAAAGCCTTATTA-TCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-T
* * *
2700 TTCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG-CTTGCCT-TGGGAAACATGCAGAAAAACAC
65 TTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCT-GGAAACATGAAGAAAAACAC
* *
2763 ATTTATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
128 ATTTATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* ** * *
2806 AAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * **
2871 TACATTTGTGGTTAAGATAGACTATAATTGAATGTATACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAATGCA
66 T-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTG-GAAACATGAAGAAAAACACA
* * * * *
2935 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTTATTCTTTC
129 TTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * *
2977 AAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
3042 T
66 T
3043 ATATGTTNNN
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 95, Indels: 39
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 129 0.20
170 164 0.26
171 295 0.47
172 45 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACATGAAGAAAAACACATT
TATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
Found at i:2779 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2124--3042 Score: 1059
Period size: 341 Copynumber: 2.7 Consensus size: 342
2114 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
2124 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTA
1 AAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-
* * * * *
2189 TTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATGGAATATCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * *
2253 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCTTTTAAAAGCCTTAATACTCGATTT
130 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
2317 AAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGA-TTT-AGATTCAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
194 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * ** *
2380 TAATAGTTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCAT
258 TAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATAGGCAAGAAAAGTCCAT
2445 TTATAGTCACACATTCCTTC
323 TTATAGTCACACATTCCTTC
* * * * * * *
2465 AAAAGCCTCGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTGAATGTTTT
1 AAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * *
2530 TATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TGCCTCTG-GAAACATGCAGAAAAACCC
66 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TATACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * * *
2593 ATTTGTTTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCGCTTT
130 ATTT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * *
2656 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTTCATTTTTGGTTAAAACATA
194 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * *** * *
2721 TTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAACATGCAGAAAAACACATTTATTAGG-AAGAAAAGTCC
258 TAATAATTAAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCA-TAGGCAAGAAAAGTCC
*
2784 ATTTATAGTCACCCATTCCTTC
321 ATTTATAGTCACACATTCCTTC
* **
2806 AAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * **
2871 TACATTTGTGGTTAAGATAGACTATAATTGAATGTATACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAATGCA
66 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAACACA
* * * * * *
2935 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAA
131 TTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
3000 ATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
196 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
3043 ATATGTTNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 83, Indels: 26
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 28 0.06
340 111 0.23
341 297 0.62
342 46 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAACACA
TTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATAA
TAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACACATTCCTTC
Done.