Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397470.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_532.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14845
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 2069 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1257 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 746--3279 Score: 2188
Period size: 170 Copynumber: 15.0 Consensus size: 169
736 AAGTCTTTTG
* * * *
746 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTTTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTC
* * * * *
810 ACGTTTCTCATGGTAGACCGTT-AATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTT
65 ACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
874 AAAGTTAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
128 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *** * *
916 AAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAACAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTGTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * * *
981 CGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG--TT--CT-AATA-AAAAAAATTCAACTGAAA
66 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
1040 ATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
131 GTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * ** *
1079 AGGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAACGAATGGCTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * * * *
1144 CATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGAAAAGAATTCAACTTAA
66 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAA
*
1209 AGTCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
130 AGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1249 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
* * * * *
1313 ACGTTTCTTGAA-GTACACAATCAATTATAATAATTTTTTAA-TAAAAATAAAAAAATTCAATTT
65 ACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAATTCAACTT
* * *
1376 CAAA-TCAATTATCAAATTATAAAA-CGA-TTAAAGCAAGTAAT
128 -AAAGTCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
1417 GAGGCTTTGGATGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATATATTTCTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
* * * * * * * * *
1481 AGGTTCCAT-AGGCAGACATTCAACTGTAATATGTTTTAATTAAAAAAGTAAAAAATTTCAACTT
65 ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA-TAAAAAAATTCAACTT
* * *
1545 AAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCGTTTAAATCGAGCAAT
128 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
1587 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * * * * *
1652 TGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATTATCTTTTTTAACAAAAAATAAAAAACCATTCAACTTA
66 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAA--ATTCAACTTA
* *
1717 AAGTCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAAT
129 AAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
1758 AAGGCTTTGGAAAGCATAGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
* * * * * * * **
1822 AGGTTTCCTT-AGGAAAATATTCAACTGTAATCTG-TTT-GC-----A-CCAAAAATTCAACTTA
65 ACGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAATTCAACTTA
* *
1878 AAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
129 AAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
1919 AAAGCTTTGGACGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
** * *
1984 TATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-TAAGAAATATAAAAAAATTCAACTT
66 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A-AAA-ATAAAAAAATTCAACTT
* *
2047 GAAA-TCAATTATGAGATTATCAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
128 -AAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
2089 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTT-TTTCCTGATAAATGA-CTATTTT-T
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-ATCT-TTTTCT
* * * * * *
2151 TCATGTTT-TTCAAGGTAGACTTTTAATTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATGAAGAAAAATTCTA
63 TCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AA-AAAAATTCAA
* * *
2215 CCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAATC-AATAAT
125 CTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTT-AAAGCGAGTAAT
* * ** ** * *
2260 AAGTCTTTTGAAGACATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATAGCTTTTTCATCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
2325 CATTT-TCTGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAATATTTAAC
66 CGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA--TAAAAAA-ATTCAAC
* * * *
2388 TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTAAAGCGAGTAAT
126 TTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
*** * * * *
2432 AAGGCTTCCAAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCCTGA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * *
2497 CGTTTCTTGAA-GTAGACATT-TATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAATTTAACTT
66 CGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATA-AAAAAATTCAACTT
* * * *
2559 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAAT
128 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * * *
2601 AAGGCTTTCAAAGACATGGTTGAGTGTAAATGGACTTTTGTCGCCAGTGAA-AGGT-TTTTTCTT
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA--TCTTTTTCTT
* * * *
2664 CATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACA
64 CACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT--AAAAAAATTCAACT
* * ** * *
2729 TAAGGCCAATTACAAGATTGTAAAATCATTTAAAACGAGTAAT
127 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** *
2772 AAGGC-TTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * * ** *
2836 CGTTT-TCTAAGATAAACGTTCAATTACGATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCATCT
66 CGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAAA-ATAAAAAAATTCAAC-
* * * * *
2899 TTAAA-TTAATTATTAGAGTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
126 TTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * *** *
2942 AAGGCTTTGGAAGGTTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTTCTAATGAATGGATTTTTCTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
* ** * * * * * * * *
3006 AAGTTGATTTAGGCAGACATTCAACTGTAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTA
65 ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAATTCAACTTA
*
3071 AAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCATTTAAAGTGAGTAAT
129 AAGTCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
3112 AAAGTTTTTGAAGGCATAGGTGAGTATAAATCGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTCCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * *
3177 CG-TT-TTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTATAAAAGTTCAACTT
66 CGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTT
3239 CAAA-TCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAA
128 -AAAGTCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAA
3280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1899, Mismatches: 368, Indels: 195
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 20 0.01
161 111 0.06
163 133 0.07
164 1 0.00
165 4 0.00
166 10 0.01
167 16 0.01
168 99 0.05
169 278 0.15
170 647 0.34
171 454 0.24
172 122 0.06
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAA
GTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:2320 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 746--3271 Score: 2075
Period size: 341 Copynumber: 7.5 Consensus size: 336
736 AAGTCTTTTG
* *
746 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTTTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATC-TTTTTTTC
* * * *
810 ACGTTTCTCATGGTAGACCGTT-AATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTT
64 ACGTTTTTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
874 AAAGTTAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGA
128 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGA
*** * * ***
939 CTATAAACAAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTGTTCACGT-TTTTTGAGGTAGACATTCA
192 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA--TATTTCCAAGGTAGACATTCA
* * * *
1003 ATTATAATCTG--TT-CT---AATA-AAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATCAAA
255 ATTATAATTTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
1061 CCATTTAAAGTGAGTAAT
319 TCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * ** *
1079 AGGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAACGAATGGCTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCA
* * * *
1144 CATTTCTT-AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGAAAAGAATTCAACTTA
65 CGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
1208 AAGTCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT-AG
129 AAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGA-
** * * *
1272 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAA-GTACACAATCA
192 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTC--CAAGGTAGACATTCA
* * *
1336 ATTATAATAATT-TTTTAAT-AAAA-ATAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTATCAAATTATAA
255 ATTATAAT--TTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAA
*
1398 AA-CGA-TTAAAGCAAGTAAT
317 AATC-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
1417 GAGGCTTTGGATGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATATATATTTCTTT-
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT-TTT-TTTC
* * * * * * ** * *
1481 A-G-GTTCCATAGGCAGACATTCAACTGTAATATGTTTTAATTAAAAAAGTAAAAAATTTCAACT
64 ACGTTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAACT
* * * *
1544 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCGTTTAAATCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
127 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTG
* * * *
1609 ACTATAAATGGACATTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTA
191 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTC-CAAGGTAGACATTCA
* * *
1674 ATTATTATCTT-TTTTAACAAAAA-ATAAAAAACCATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGGTTATA
255 ATTATAAT-TTGTTTTAATAAAAATATAAAAAA--ATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
*
1737 AAATCATTTAAAGCGAGCAAT
316 AAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
1758 AAGGCTTTGGAAAGCATAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCA
* * * * * * **
1823 GGTTTCCTT--AGGAAAATATTCAACTGTAATCTGTTTGCACC---------AAAAATTCAACTT
65 CGTTT--TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTT
* * * *
1877 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGGACGGCATAGGTGA
128 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGA
* *
1942 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTCCAAGGTAGACATTCAAT
192 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTCCAAGGTAGACATTCAAT
*
2007 TATAATTTGTTTTAATAAGAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATCAAAT
257 TATAATTTGTTTTAATAA-AAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAT
*
2072 CATTTAAAGTGAGTAAT
320 CATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
2089 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTT-TTTCCTGATAAATGA-CTATTTTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-ATCT-TTTTTT
* * * * * *
2152 CATGTTTTTCAAGGTAGACTTTTAATTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATGAAGAAAAATTCTACC
63 CACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAA-AAAAATTCAACT
* * * * *
2217 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATCAATAATAAGTCTTTTGAAGACATAAGTG
127 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAATCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTG
** * * * ** *
2282 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATAGCTTTTTCATCACATTTTCTGAGGCAGACATTCA
191 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATA-TTTCCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
2347 ATTATTATTTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAA
255 ATTATAATTTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAA-ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAA
* *
2412 AACCGTTTAAAGCGAGTAAT
317 AATCATTTAAAGCGAGTAAT
*** * * * * *
2432 AAGGCTTCCAAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCCTGA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCA
* * * ** *
2497 CGTTTCTTGAA-GTAGACATT-TATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAATTTAACTT
65 CGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAAAATTCAACTT
* * * * ** *
2559 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACAT-GGTTG
128 AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TG
* * * * * *
2623 AGTGTAAATGGACTTTTGTCGCCAGTGAA-AGGT-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATT
191 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA--TCTTTTTCTTCATATTTCC-AAGGTAGACATT
* * * ** ** *
2686 CAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACATAAGGCCAATTACAAGATTGTA
253 CAATTATAATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA-ATCAATTATGAGATTATA
*
2751 AAATCATTTAAAACGAGTAAT
316 AAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * *
2772 AAGGC-TTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-TTCA
* * * ** ** * *
2836 CG-TTTTCTAAGATAAACGTTCAATTACGATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCATCTT
65 CGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GAAAAAAATTCAAC-T
* * * * * * ** *
2900 TAAA-TTAATTATTAGAGTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTTTGGGTG
127 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTG
* * *** * *
2964 ACTATAAATAGG-CTTTTCTTTCTAATGAATGGATTTTTCTTTAAGTTGATTT---AGGCAGACA
191 ACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC-TTCA--T-ATTTCCAAGGTAGACA
* * ** * * *
3025 TTCAACTGTAACCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
251 TTCAATTATAATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
*
3089 T-AAATCCATTTAAAGTGAGTAAT
314 TAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
3112 AAAGTTTTTGAAGGCATAGGTGAGTATAAATCGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTCCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT-TTTCA
* * * *
3177 CG-TTTT-AGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTATAAAAGTTCAACTT
65 CGTTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTT
*
3239 CAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
128 -AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
3272 GCGAGTAANN
Statistics
Matches: 1766, Mismatches: 332, Indels: 184
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.00
330 6 0.00
331 143 0.08
332 133 0.08
333 215 0.12
334 2 0.00
335 2 0.00
336 4 0.00
337 44 0.02
338 203 0.11
339 154 0.09
340 176 0.10
341 457 0.26
342 112 0.06
343 100 0.06
344 9 0.01
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTCAC
GTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAA
GTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
ATTTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
AAGCGAGTAAT
Found at i:4336 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3869--4671 Score: 750
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 168
3859 NNNNNNNNCA
* *
3869 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA-AAATGTAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATT
* * * ** * *
3934 ATGAGTTTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGGAGCGCTTGGGTGACTATAAATA
65 ATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG-GCATAGGTGACTATAAAT-
* * * * * *
3998 GG--CTTTCTTTCAAATGAATGGT-TCTTTCTTCAGGTTCATTCG
127 GGATTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCAGTTTC-TT-G
* * * * * ** * *
4040 -GGTTA-ACATTTAACTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTCAAAAGCTTAAACTT-AAAGTCAA
1 AGG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTCAAA-TCAA
* * * * *
4102 TTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTTAAGACATAGGTGACTATAAAT
63 TTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAAT
*
4167 GGATTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTGATGTTTCTTG
127 GGATTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCA-GTTTCTTG
*
4210 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAGTTTAATTTCAAATCAATTA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTA
* * *
4275 TAAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAAC
66 TGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA-
* **
4340 TATTT-TTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
130 TTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCA-GTTTCTTG
* * * * * *
4379 AGGTAGATAATAAATTATAATCTATTTTAATAAAAA-ATAAAAAATATTCAATCTCAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAA-ATTTAATTTCAAATCAATT
* * * * * * *
4443 ATGTGATTATAAAACCATTTAGAGCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGGCTATAAATAG
65 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGG
* * * ** *
4508 ACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTC
129 ATTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTC-AGTTTCTTG
* * * * *
4549 AGGTAGATAATT-AATTATAATATATTTTAA-ACAAATATG-AAAAAAAATTCATCTT-AAAGGC
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAA-ATGTAAAAAAATTTAAT-TTCAAA-TC
*
4610 AATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTA
61 AATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTA
4672 NNNNNNNNNN
Statistics
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AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAT
TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCAGTTTCTTG
Found at i:4504 original size:339 final size:338
Alignment explanation
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3859 NNNNNNNNCA
* *
3869 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA-AAATGTAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATT
* * * * * *
3934 ATGAGTTTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGGAGCGCTTGGGTGACTATAAATA
65 ATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATAGGTGACTATAAATA
* * * * * *
3998 GGCTTTCTTTCAAATGAATGGTTCTTTCTTCAGGTTCATTCGGGTTAACATTTAACTGTAATCTA
128 GACTTTCTTTCAAATGAATGATTCTTTCTTCAGGTTCA-TCAGGTTAACAATAAACTATAATCTA
* ** * * *
4063 TTTTAACCAAAAATGTCAAAAGCTTAAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAG
192 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAGATTAAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
4128 CGACTAATAAGACTTTTTAAGACATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATATCTT
257 CGAATAATAAGACTTTTAAAGACATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATAGCTT
* * *
4193 TTTCTTGATGTTTCTTG
322 TTTCTTCAAGTTTCTTC
*
4210 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAGTTTAATTTCAAATCAATTA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTA
*
4275 TAAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GAA
66 TGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAG-A
* * * * *
4339 CTATT-TTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGG-TAGATAATAAATTATAAT
130 CT-TTCTTT-CAAATGAATGAT-TCTTTCTTCA-GGTTCATC-AGGTTA-ACAATAAACTATAAT
* * * *
4400 CTATTTTAATAAAAAAT-AAAAAATATTCAATCTCAAA-TCAATTATGTGATTATAAAACCATTT
189 CTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAGATT-AAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * * * *
4463 AGAGCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATG
253 AAAGCGAATAATAAGACTTTTAAAGACATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATA
4528 GCTTTTTCTTCAAGTTTCTTC
318 GCTTTTTCTTCAAGTTTCTTC
* * * * *
4549 AGGTAGATAATT-AATTATAATATATTTTAA-ACAAATATG-AAAAAAAATTCATCTT-AAAGGC
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAA-ATGTAAAAAAATTTAAT-TTCAAA-TC
* *
4610 AATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTA
61 AATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTA
4672 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 57, Indels: 30
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
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AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTCAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGAC
TTTCTTTCAAATGAATGATTCTTTCTTCAGGTTCATCAGGTTAACAATAAACTATAATCTATTTT
AACAAAAAATGAAAAAAGATTAAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA
TAATAAGACTTTTAAAGACATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTC
TTCAAGTTTCTTC
Found at i:5492 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5199--8352 Score: 2668
Period size: 171 Copynumber: 18.5 Consensus size: 169
5189 NNNNNNNNNN
* * * *
5199 AAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * * *** * * **
5264 TTACAGTTGAATGTCT-GCGTAAGGAAACCTAAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAACTTTA
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
5328 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTCCTCGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
5370 -AATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
** * * * *
5434 TTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCAAT
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
5499 TTATAGCCACCTACGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
5540 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACATTAAGTTGAATGTTTTTTTCAATTTTTATTAAAACAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAT-TTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAG
* * * * ** *
5605 ATTATAGTTAAATGTCT-CCCTAAGGAAACTTTAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CC
63 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * **
5668 TATATATTGTCACCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTT
127 -ATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
5712 AAGTGATTTTTTAGTCTCAGAATTGATTTGAAGTTTAATTTTTTAATTTTTTTTATTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * ** * *
5777 TTATAATT-AATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCA
64 TTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
5841 TTTATAGTCATCCAAGCC-TTCGAAAACCTTATTGCTTGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
5883 CAATGGTTCTACAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTG-AATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* *
5948 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** *
6012 TTTATAGTCACTTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
6054 AAATGGTTTTATAATCCCACAATTGACTTAAAGTTGCATTTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGA
** * ** * * **
6118 TTATGGTTGAATGTCTGCCACAGGAAACTTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTA
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-A
* * *
6182 TTTATAGTCACGCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
6224 AAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTGAAGTTGAAATCTTTCATATTTTTTATTACAACTGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTG-AATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * *
6289 TTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAATTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGTTCAT
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
6354 TTATAGCCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * **
6395 AAGTGGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGATG-TTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
* * * * * ** *
6459 TATAATTAAATGTCTACGTCAAGATACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATT
65 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
6523 TATAG-CTACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
130 TATAGTC-ACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
6563 AAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTGAGGTTGAATTTTTTCTATTTTTTATTAAAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
* * * * *
6628 TATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAA-TGTGAAGACAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
65 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
6692 TTATAGTCACCTATG-CTTTAAAAAGCCTTATTAGTTGCTTT
129 TTATAGTCACCCATGCCTTT-CAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * ** *
6733 AAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * *
6798 TTACAATTGAATGTCTACCTAAATAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAG-CATA
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CA
* * *
6862 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
6904 AATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* ** * * *
6969 TTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAAGGTGGAGAAAAAGATATTGATTGGGAAGAAAAGTCCA
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
7033 TTTATAGTCATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * **
7075 AAGTGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGATAAATTATTTT-TCA-TTCCTAGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT-TTTTAT-ATTTTTTA-TTAAAACA
* * * ** * *
7138 TATTATAATT-AATTGTCTATCTGAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTG
62 GATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
7202 TATTTATAGCCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTC-CTTT
126 CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTT
* *
7246 AAATGATTTTAT-ATCTCATAATTGATTTAAGATTGAA-----T-T-TTTTTTATTAAAATAGAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
* ** * * * * *
7303 TATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGAAAGAATAGTTCATT
65 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
7368 TATAGTCACCTATACC-TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTT
130 TATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
7408 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTAAACGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
********** * *
7472 TTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAA-TATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** * ** * *
7536 TTTATAGTCACTTATGTCTTAAAAAGCCTTATTAGTTGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ********** * * * * * *
7578 AAATGGATTNNNNNNNNNNTAATTGACTTTAAGTTTAAGCTTTTGACATTTTTAATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * ** *
7643 TTATAGTTGAATGTCTACCTGAATG-AACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAG-CCT
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-
* * *
7706 ATTTATAGTCACCCAAGCGTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
7749 AATTAGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTGAAGTTAAATTTTTT-TACGTTTCTTATT-AAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTATA--TTTTTTATTAAAACAG
* ** * *
7812 ATTATAATTGAATGTCTACGTTGGGAAATTTGAAGAAAAAGATATTGATTGGCAAGAAAAGTCCA
63 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
7877 TTTATAGTCACTCATGCCATTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*********** * * * * *
7919 AAGNNNNNNNNNNATGTCATAGTTGACTTTAAGATGAATTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGA
* * * * ** *
7983 TTATACTTAAATGTCTACCCTAAGAAACTTGAAGAAAATGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* **********
8048 TTATAGCCACCCATGCC-TTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTT
129 TTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
8089 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGATTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTCAAAA-AG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAA-TTTTTTATATTTTTTATT-AAAACAG
* * * * * *
8153 ATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTTCA
63 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
8218 TTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
8260 AAAGGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* *
8325 TTATAATTAAATATCTACCTCT-AGAAAC
64 TTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAAC
8353 ATGGAGNNNN
Statistics
Matches: 2365, Mismatches: 526, Indels: 184
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 10 0.00
162 112 0.05
163 7 0.00
164 2 0.00
167 6 0.00
168 91 0.04
169 120 0.05
170 713 0.30
171 1127 0.48
172 177 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:6249 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 5206--10833 Score: 3344
Period size: 342 Copynumber: 16.6 Consensus size: 338
5196 NNNAAATGGA
* * * * * * *
5206 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAAATTACAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *** * * **
5271 TGAATGTCT-GCGTAAGGAAACCTAAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAACTTTATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTGA-GAAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
5335 TCACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTCCTCGCTTT-AATGGCTTTATAATCTTATAATTGA-TT
128 TCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* ***
5397 TCAAGTTGAACTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAA
192 T-AAGTTGAA-TTTTTTTTCA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * * * *
5461 CATGAAAAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCTACGCCTTTC-AAAGC
254 CTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACC-ATGCC-TTCAAAAGC
*
5525 CTTATTACTCGCTTTAAATGGT
317 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * * *
5547 TTTATAATCTCATAATTGACATTAAGTTGAATGTTTTTTTCAATTTTTATTAAAACAAATTATAG
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * ** * *
5612 TTAAATGTCT-CCCTAAGGAAACTTTAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CCTATATAT
64 TTGAATGTCTACCTTGA-GAAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTAT
* * ** * * * * *
5675 TGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGATTTTTTAGTCTCAGAATTGA-T
126 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACT
* * * *
5739 TTGAAGTTTAATTTTTTAATT-TTTTTTATTAAAACATATTATAATT-AATTGTCTGCCTCAAGA
191 TT-AAGTTGAATTTTTT--TTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGA
* * * * *
5802 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-TTCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAA
252 AACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCA-CCATGCCTTC-AAA
* * * *
5866 A-CCTTATTGCTTGCTTTCAATGGT
314 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * *
5890 TCTACAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
*
5955 TGAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAAT-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * *
6020 CACTTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCACAATTGACTTAA
129 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
* * ** * * *
6085 AGTTGCATTTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATTATGGTTGAATGTCTGCCACAGGAAACTTGA
194 AGTTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGA
* * *
6150 GGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACGCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
259 AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATT
*
6215 ACTCGTTTTAAATGAT
323 ACTCGCTTTAAATGAT
* * * * * *
6231 TTTATAATCTCGTAATTGATTTGAAGTTGAAATCTTTCATATTTTTTATTACAACTGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* *
6296 TGAATGTCTACCTT-ATGAAATTTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGTTCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTGA-GAAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
6360 CCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATGTCATAATTGACTTT
128 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * * * * * *
6425 AAGATG--TTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACGTCAAGATACAT
193 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTT
*
6488 GAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCC-ATTTATAG-CTACCCATGCCTTCAAAAGCCT
257 GAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA-GCCTATTTATAGTC-A-CCATGCCTTCAAAAGCCT
**
6550 TATTACTCGCTTTAAATGGC
319 TATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * *
6570 TTTATAATCTTATAATTGATTTGAGGTTG-AATTTTTT-CTATTTTTTATTAAAAAATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAATTTTTTAC-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * *
6633 TTGAATGTTTTCCTTGAGAAATGTGAAGACAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTTGAGAAAT-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
6698 TCACCTATGCTTTAAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTT
128 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * * * * * *
6763 AAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTAAATAAACTT
193 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTT
* * * * *
6828 GAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGTCTTA
257 GAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTA
*
6893 TTACTCGCTTTAATTGAT
321 TTACTCGCTTTAAATGAT
* * *
6911 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * *
6976 TGAATGTCTACCTTG-GAAAAGGTGGAGAAAAAGATATTGATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTGAG-AAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
7040 TCATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATATCATAATTGACTTT
128 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * * ** * * *
7105 AAGATAAATTATTTTTCATTCCTAGTTAAAACATATTATAATT-AATTGTCTATCTGAAGAAACT
193 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACT
* * ** * *
7169 TGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGCCACCCATGCCTTTAAAAGCCTT
256 TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTT
7234 ATTACTTC-CTTTAAATGAT
320 ATTAC-TCGCTTTAAATGAT
*
7253 TTTAT-ATCTCATAATTGATTTAAGATTG-AA----TT---TTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
7309 TGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGAAAGAATAGTTCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
7374 CACCTATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTG
129 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-
* * * * **********
7437 AAATTAAACGTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAA-T
193 AAGTTGAA-TTTTTTTTCA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT
* * * * *
7500 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTATGTCTTAAAAAGCC
256 -TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCC
* *
7564 TTATTAGTTGCTTTAAATGGA-
318 TTATTACTCGCTTTAAAT-GAT
********** * ** * * * *
7585 TTNNNNNNNNNNTAATTGACTTTAAGTTTAAGCTTTTGACATTTTTAATTAAAATAGATTATAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
** * ** *
7650 TGAATGTCTACC-TGAATGAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAG-CCTATTTATA
65 TGAATGTCTACCTTG-A-GAAATTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATA
* * * * * * *
7713 GTCACCCAAGCGTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTGTAATCTCATACTTGA-TT
127 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* * * * *** *
7777 TGAAGTTAAATTTTTTTACGTTTCTTATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTTGGGAAAT
192 T-AAGTTGAATTTTTTTTCATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
7841 TTGAAGAAAAAGATATTGATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATGCCATT-AAAAGC
255 TTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAC-CATGCC-TTCAAAAGC
*****
7904 CTTATTACTCGCTTTAAGNNNN
317 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
****** * * * ** * *
7926 NNNNNNATGTCATAGTTGACTTTAAGATG-AATTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAC
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAA
* * * * ** *
7989 TTAAATGTCTACCCTAAGAAACTTGAAGAAAATGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* **********
8054 CCACCCATGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
128 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * * **
8118 GAGATTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTCAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAAC
193 AAG-TTGAATTTTTTTTCA-TTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * *
8182 GTAAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAG-TTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
255 TTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCC
* * **
8246 TTATTACTTGCTTTAAAGGGC
318 TTATTACTCGCTTTAAATGAT
*
8267 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * *********************************
8331 TTAAATATCTACCTCT-AGAAACATGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 TTGAATGTCTACCT-TGAGAAA-TTGAAG---AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
**************** * * * * * ** * * * * **
8395 NNNNNNNNNNNNNNNNT-ATAA-TCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTGT
124 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATG--GTTTTATA-A---TCTCA
* ** * * * * ** * * * * *
8458 TAAAAT-AGGTTACAGTTGAA--TGTTTGC---CTAAAGAAACCTGA--AGAA---AAAG-CCA-
182 T-AATTGACTTTA-AGTTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* ** * * *** * * * **
8510 TTCATTAGA----AAG-AAAAGCCTATTCATAGTG--ACCTAAG-CT-TTCCAAAGCCTTATTAC
245 CTCAAGAAACTTGAAGAAAAAG-CTATTCATTG-GCAAGAAAAGCCTATT-TATAG--TCACCA-
* * ** * * *
8566 T-CGCTTTAAATGGTTTTTTACT--CTAATAATTGA-
304 TGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGAT
* **
8599 TTTA-AAGT-T-A-AATTG--TT---TT---A-----T--ATTTTTTATTAAAATAGATCGTAAT
1 TTTATAA-TCTCATAATTGATTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * *
8645 TGAATGTCTATCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTGAG-AAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
8709 TCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGACCTT
128 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-CTT
* * *
8774 T-TGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT
192 TAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT
* * * * * * ** *
8837 TCAAGAAAAAACCT-TTCACTGGCGATA-AAAATCC-ATTTATACTCACTCATGTCTTTGAAGGC
256 TGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGC-A-AGAAAAGCCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGC
* **
8899 CTTATTACTTGCTTT-AATTTT
317 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
********** * *
8920 TTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * *
8984 TAAATATCTACCTCAAGAAACGTGAGGAAAAAGATATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAA-TTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
********** * * * * * *
9049 CACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTACAATCCCGTAATTGATTTTA
129 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
* * * * * *
9114 AGTTGAATTGTTTTTAT-ATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACA
194 AGTTGAATT-TTTTT-TCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT
* * * **
9178 TGAAGAAAAAGCTTTTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGAGT
256 TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCT
* *
9242 TATTACT-GATTTTAAATGGT
319 TATTACTCG-CTTTAAATGAT
* * ** *
9262 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTG-AATTGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * *** *
9326 TTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAATAG-TCATTCATCATCAAAAAAAGTCCATTTAT
64 TTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TTGAAGAAAA-AGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
9389 AGTCATCCTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGA-
126 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAC
* *
9452 TTTCAAGTTGAATTTTTTTAT-AGTTCTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGA
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* * * * * ** * *
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*
9581 CCTTATTACTCACTTTAAATGAT
316 CCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* *
9604 TTTATAATCTCATAATTGCCTTTAAGTTG-AATTTTTATA-ATTTTTTATTTAAAACAAATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAAATTTTT-TACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATA
* * * * * * * ** *
9667 GTTGAATTTTTTCC-TAAGGAAACCTGAAGAGAAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTA
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* * * * *
9730 TAGTCACCTATGCTTTCCAAAGCCTTAATACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAC
125 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAC
* * * **
9795 TTTAAGTTGAATGGTTTTTT-ATTTTT-TGCTAAAA-ACGATGATAATTAAATGTCTACCTTGAG
190 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTTCATTTTTAT--TAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
** * * * * *
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* * **
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* * ** * * * *
9946 TTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAAATTTTTTATAAATTTGATTTAAACAGATTACAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * ** *
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* * * * * * *
10074 TCACCCAAGCCATCCAAAGCCTCATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATTTGATAACTGA-TTT
128 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* *
10137 GAAGTTGAATTTATTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT
193 -AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTT
* *
10202 GAAG-AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CTACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
257 GAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC-ACC-ATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
10265 ATTACTCGATTTAAGTGGT
320 ATTACTCGCTTTAAATGAT
* ** *
10284 TTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTG-AATTCTTTT-CATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * *
10347 TTAAATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAA-ACCATTCGTTAGAAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TTGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
10411 GAT-ACCGATACCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATATTTGATT
127 G-TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACT
* * * * *
10475 TTCAGTT-AA-----ATT--TTTTTATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACG
191 TTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT
* ** * * * *
10532 TGAAAAAAAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCC-GTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCT
256 TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * *
10596 TGTTCCTCACTTTAAATGGT
319 TATTACTCGCTTTAAATGAT
* * ** ** *
10616 TTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTG-AATTTTTTTTATTTTTGGTTAACACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * *
10680 T-AACGGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATA
65 TGAA-TGTCTACCTTGAGAAA-TTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
10743 GTCACGCATGCCTTCAAAAGCCTTCGAAAGACTTATTTCATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
127 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT------A-TTA-CTC--GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
10808 TAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
182 TAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
10834 AAAGCCTTAT
Statistics
Matches: 4090, Mismatches: 951, Indels: 485
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
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GAATGTCTACCTTGAGAAATTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
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TTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAG
AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGAT
Found at i:8877 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8411--10833 Score: 1909
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 169
8401 NNNNNNNNNN
* * * * * *
8411 TATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTG-TTAAAATAGGTTACAGTT
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * *
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* * * *
8539 GACCTAAGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
127 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * **
8582 TTTACTCTAATAATTGA-TTTAAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATCGTAATT
1 TATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* ** * * *
8646 GAATGTCTATCT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
64 GAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAACT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
8710 CAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTT
127 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
8753 TATAATCTCGTAATTGACCTTT-TGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
8817 AATGTCTACCTCAAGAAACTTCAAGAAAAAACCTTTCACTGGCGATAAAAATCCATTTATACTCA
65 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * **
8882 -CTCATGTCTTTGAAGGCCTTATTACTTGCTTT-AATTTTTT
129 CCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
********** * * * * * *
8922 TATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAA
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
8987 ATATCTACCTCAAGAAACGTGAGGAAAAAGA-TATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
********** * *
9051 CCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTT
129 CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
9092 TACAATCCCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTT-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
9157 GAATGTATGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
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* ** *
9222 ACTTATGCCTTCAAAAGAGTTATTACT-GATTTTAAATGGTTT
128 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTT
* * * * *
9264 TATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* ** * * *** *
9329 AAAGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAATAGTCATTCATCATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-A-ACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
9393 ATCCT-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTT
128 A-CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTT
* *
9435 GATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAATTTTTTTATAGTTCTT-ATTAAAACAGATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT-TA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
* * *
9498 TGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
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* ** * * * *
9562 TCACATATATCGTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
126 TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
9606 TATAATCTCATAATTGCCTTTAAGTTGAATTTTTATAATTTTTTATTTAAAACAAATTATAGTTG
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * * ** **
9671 AATTTTTTCCT-AAGGAAACCTGAAGAGAAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGT
65 AATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGA-AAAAACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT
* * * *
9734 CACCTATGCTTTCCAAAGCCTTAATACTCGCTATAAATGGTTT
127 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
9777 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATGGTTTTTTATTTTTTGCTAAAAAC-GATGATAATT
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* ** * * * *
9841 AAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAATA-TATTCATTAGCAGGAAATGTCCATTTATAGT
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* * * * ** *
9905 CACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAGCGGATT
127 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * * *
9948 TATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAAATTTTTTATAAATTTGATTTAAACAGATTACAGTTG
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-AATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
10013 AGTGTCTACCT-AAGGAACCTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTC
65 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC
* * * * *
10076 ACCCAAGCCATCCAAAGCCTCATTACTCGCTTT-AATGGTTT
128 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
10117 TATAATTTGATAACTGA-TTTGAAGTTGAATTTATTTTCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTT-TTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* * *
10180 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-C
64 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
10243 TACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAGTGGTTT
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* * * * * *
10286 TATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTCATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTAA
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
10351 ATATCTACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCGTTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-
66 ATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAA-CTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TC
* * * *
10414 ACCGATACCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
128 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
10456 GATAATCTCATATTTGATTTTCAGTT-AA-----ATT-TTTTT-ATTAGAATAGATTATAATTGA
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
10513 ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCA
66 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
10577 CCCATACTTTCAAAAGCCTTGTTCCTCACTTTAAATGGTTT
129 CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
10618 TGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAACACAGATTATAATT-A
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * * *
10682 ACGGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCA
66 A-TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
10747 CGC-ATGCCTTCAAAAGCCTTCGAAAGACTTATTTCATGCTTTAAATGGTTT
129 C-CTATGCCTTCAAAAGCCTT------A-TTA-CTC--GCTTTAAATGGTTT
*
10798 TATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
10834 AAAGCCTTAT
Statistics
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TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
Found at i:10859 original size:65 final size:65
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10759 AAAGCCTTCG
* * *
10769 AAAGACTTATTTCATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTT
1 AAAGACTTATTACACGCTTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTT
10833 T
65 T
*
10834 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGACTTATTACACGCTTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
10899 TTTATTTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAGACTTATTACACGCTTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
Found at i:11081 original size:246 final size:240
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10595 TTGTTCCTCA
*
10605 CTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAACAC
1 CTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAACAC
* * *
10670 AGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAGGTC
66 AGATTATAATTAACGATCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
10735 CATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGCCTTCGAAAGACTTATTTCATGCTTTAAATGGTTTTA
131 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT---AAGA-TTATCTCA-GCTTTAAATGATTTTA
* * *
10800 TAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAGCCTTATTACACG
191 TAAACTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAGCCTTATTACACG
* *
10850 CTTTAAATGG-TTTGATAATCTTATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTT-ATTA
1 CTTTAAATGGTTTTG-TAAACTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA--TTTTTTTTATTTTTGATTA
* * * *
10912 GA-ACAGATTATAATTGAA-TATCTA-CTTCAAGAAACATGAAGAAAACGAT-TTTCATTGGCAA
62 -ACACAGATTATAATT-AACGATCTACCTT-AAGAAACATAAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAA
*
10973 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG-CTT-TG-TTA-CTC-GCTTTAAATGATT
123 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAAGATTATCTCAGCTTTAAATGATT
11033 TTATAAACTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTT
188 TTATAAACTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTT
11070 CATTTTTTTT
Statistics
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Consensus pattern (240 bp):
CTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAACAC
AGATTATAATTAACGATCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAAGATTATCTCAGCTTTAAATGATTTTATAAAC
TCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAGCCTTATTACACG
Found at i:11142 original size:169 final size:170
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10824 GAATTTTTTT
* * * *
10834 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAAACTCATAATTGACTTTGAAGTTGAATTTTTT
* * *
10898 T--TTTATTTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATATCTA-CTTCAAGAAACATGAAGAAAACGA
66 TCATTT-TTTTTA--AG-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGA
* *
10960 TTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
126 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
* * * *
11005 AAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTCACTTT-AAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAAACTCATAATTGACTTTGAAGTTGAATTTTTT
* *
11069 TCATTTTTTTTAAGACAGATTATAATT-AAGTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAG-TCAT
66 TCATTTTTTTTAAGACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-AT
* ** *
11132 TCACTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
* * * * * *
11174 AAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTGATAATCTGATAACT-AATTTGAAGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAAACTCATAATTGACTTTGAAGTTGAATT-TTT
* * *
11238 TTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
65 TTCATTTTTT-TTAAGACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
*
11303 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCG
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
*** * *
11345 AAAGCCTTATTACTCGCACGAAATGGTTTCG-TAAACTCAGAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT-GATAAACTCATAATTGACTTTGAAGTTGAATTTTT
* *
11408 TTCATTTTTAGTTAA-ACAGATTATAATT-AACGGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAA-AT
65 TTCATTTTT-TTTAAGACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
*
11469 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
127 -ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
11514 AAAGCCTT
1 AAAGCCTT
11522 CGAAAGACTT
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 55, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAAACTCATAATTGACTTTGAAGTTGAATTTTTT
TCATTTTTTTTAAGACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
Found at i:11462 original size:340 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
10824 GAATTTTTTT
* * * *
10834 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTGATAATCTGATAACTAATTTGAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
10899 TTTATTTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAACGATTTT
66 TATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* * * ***
10964 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCACGAAAT
* * *
11029 GATTTTATAAACTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTTTAAGACAGATTATAA
196 GATTTCATAAACTCAGAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAGACAGATTATAA
* * * * **
11094 TTAAGTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAG
261 TTAAGTGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
11159 TCACCCATGCCTTCG
326 TCACCCATACCTTCG
* * *
11174 AAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTGATAATCTGATAACTAATTTGAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTGATAATCTGATAACTAATTTGAAGTTGAATT-TTTT
* *
11239 TTAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
65 TTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
*
11303 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCACGAAA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCACGAAA
* * *
11368 TGGTTTCGTAAACTCAGAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAA-ACAGATTAT
195 TGATTTCATAAACTCAGAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAGACAGATTAT
*
11432 AATTAACG-GTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
259 AATTAA-GTGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
11496 TAGTCACCCATACCTTCG
323 TAGTCACCCATACCTTCG
11514 AAAGCCTT
1 AAAGCCTT
11522 CGAAAGACTT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 36, Indels: 6
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 297 0.96
341 12 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTGATAATCTGATAACTAATTTGAAGTTGAATTTTTTT
TATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCACGAAAT
GATTTCATAAACTCAGAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAGACAGATTATAA
TTAAGTGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATACCTTCG
Found at i:11613 original size:755 final size:748
Alignment explanation
Indices: 10089--12199 Score: 2642
Period size: 756 Copynumber: 2.8 Consensus size: 748
10079 CAAGCCATCC
* * * *
10089 AAAGCCTCATTA-CTCGCTTTAATGGTTTTATAAT-TTGATAACTGATTTGAAGTTGAATTTATT
1 AAAGCCTCATTACCT-GCTTAAATGGTTTGATAATCTT-ATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT
* * *
10152 TTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGATATTC
64 TTTATTTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAGATATTC
* * * *
10217 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAGT
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
10281 GGTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTCATTTTTGGTTAAAGCAGATTATA
192 GGTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAA-CAGATTATA
* * * * *
10346 ATTAAATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCGTTAGAAAGAAAAGTCCATTTATA
256 ATT-AATATCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATA
* * * ** *
10411 GAT-ACCGATACCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATC--TCAT-ATTTG
320 G-TCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTGATAATCTATAATAATTTG
* ** *** * *
10472 -ATTTTCA--GTTAAAT-TTTTTTATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT
384 AAATTAAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT
* * * * *
10533 GAAAAAAAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTG
449 GAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTA
* *** * * * *
10598 TTCCTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGG
514 TTACTCACACGAAATGGTTTCGTAAACTCAGAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAG
* * *
10663 TTAACACAGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
579 TTAACACAGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAATCATCCATTGGCAAG
* * *
10728 AAAGGTCCATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGCCTTCGAAAGACTTATTTCATGCTTTAAAT
644 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTCGAAAGACTTATTTCA-GCTTTAAAT
*
10793 GGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
708 GGTTTTAGAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
10834 AAAGCCTTATTACAC-GCTTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTCATTAC-CTGC-TTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTT
* *
10898 TTTTATTTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAACGATTT
63 TTTTATTTTTATTA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA-GATAT
* * *
10963 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAA
126 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
11028 TGATTTTATAAACTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT-TTTAAGACAGATTAT
191 TGGTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAA-ACAGATTAT
* * * * * **
11092 AATTAAGTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTTTATTTAT
255 AATTAA-TATCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTAT
*
11157 AGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTGATAATCTGATAACTAATT
319 AGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTGATAATCT-ATAA-TAATT
* *
11222 TGAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
382 TGAAATTAAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
11287 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCGAAAGCCT
447 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCT
*
11352 TATTACTCGCACGAAATGGTTTCGTAAACTCAGAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT
512 TATTACTCACACGAAATGGTTTCGTAAACTCAGAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTT
* *
11417 AGTTAA-ACAGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATCATCCATTGGCA
577 AGTTAACACAGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAATCATCCATTGGCA
*
11481 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCA-CTTTA
642 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTCGAAAGACTTATT--TCAGCTTTA
*
11545 AATGGTTTTAGAATTTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
705 AATGGTTTTAGAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
11589 AAAGCCTCATTACCTGCATTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTCATTACCTGC-TTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
* *
11654 ATATCTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGT-TCACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATA
65 TTAT-TTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCT-A-CTTCAAGAAACATGAAG-AAAAGATA
* *
11717 TTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
125 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** *
11782 ATGGTTTTATAAGCTCATAATTGACTTTGCGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTA
190 ATGGTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTT-AAACAGATTA
* * *
11847 TAATTACATTTTTACCTCA-AGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTT
254 TAATTA-ATATCTACCT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTT
* * * * *
11911 ATAGTCACTCATGACTTCGAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAA
317 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTGATAATCT-ATAA-TAA
* * **
11976 TTTGAAATTAAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCAACCTCTGGA
380 TTTGAAATTAAATTGTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
*** * * * * * * *
12040 AACACAAAGAAAAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG
444 AACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAG
* ** *** * ** * * *
12105 ACTTATTACAAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATGTTTTTTTTT
509 CCTTATTACTCACACGAAATGGTTTCGTAAACTCAGAATTGACTTTAAGTTGAA-----TTTTTT
*
12170 TCATTTTTAGTTAAAACCA-ATTATAATTAA
569 TCATTTTTAGTTAACA-CAGATTATAATTAA
12200 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1184, Mismatches: 142, Indels: 63
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
745 13 0.01
746 38 0.03
747 168 0.14
748 107 0.09
749 1 0.00
750 2 0.00
751 1 0.00
752 5 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (748 bp):
AAAGCCTCATTACCTGCTTAAATGGTTTGATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTT
TATTTTTATTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAGATATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTAA
TATCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACC
CATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTGATAATCTATAATAATTTGAAATTAA
ATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
AAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCA
CACGAAATGGTTTCGTAAACTCAGAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAACAC
AGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTCGAAAGACTTATTTCAGCTTTAAATGGTTTTAG
AATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
Found at i:11913 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11589--12150 Score: 614
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
11579 GAATTTTTTT
* * *
11589 AAAGCCTCATTAC-CTGCATTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTAAATTTTT
* * * **
11652 TTATATCTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
65 TTATAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * *
11717 TTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTA
129 TTCATT-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
11760 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGACTTTG-CGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTAAATTTTTT
* * ** * **
11824 T-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-ACATTTTTACCTCAAGAAATGTGATGAAAAAGCCA
66 TATATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGA-ATATTAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * *
11887 TTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGACTTCG
129 TTCATT-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
11930 AAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATT-AATTTGAAATTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTAAATTTTTT
* ** **
11994 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCAACCTCTGGAAACACAAAGAAAAAGATAT
66 TATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * * *
12059 TTATTGATAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCA
130 TCATTG-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *** *
12101 AAAGACTTATTACAAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
12151 AGGTTGAATG
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 60, Indels: 19
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.03
170 132 0.41
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTAAATTTTTT
TATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
CATTGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
Found at i:12004 original size:415 final size:408
Alignment explanation
Indices: 11192--11995 Score: 980
Period size: 415 Copynumber: 2.0 Consensus size: 408
11182 ATTACTCGTT
* * *
11192 TTAAATGATTTGATAATCTGATAACTAATTTGAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACA
1 TTAAATGATTTGATAATCTCATAACTAATTTGAAGTTAAATTGTTTTTTATCTTTTATTAAAACA
*
11257 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
66 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *
11322 ATTTATAGTCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCACGAAATGGTTTCGTAAACTCAGAA
131 ATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCACGAAATGGTTTCATAAACTCAGAA
*
11387 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAA
196 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTAACGGTCTACCTTCAA
* * *
11452 AAACGTGAAGAAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAA
261 AAACGTGAAGAAAAAACCATCCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAA
* * * *
11517 GCCTTCGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATTTTATAATTGACTTTAAGTTGAA
326 GCCTT------A-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTAAGAATTTAATAATTGAATTAAAGTTGAA
11582 TTTTTTTAAAGCCTCATTACCTGCA
384 TTTTTTTAAAGCCTCATTACCTGCA
* * * *
11607 TTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATT-TTTTTATATCTTTTATTCAAAC
1 TTAAATGATTTGATAATCTCATAACTAATTTGAAGTTAAATTGTTTTT-TATCTTTTATTAAAAC
** *
11671 AGATTATAATTGAATGT-TCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *** * * *
11735 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAT
129 CCATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCACGAAATGGTTTCATAAACTCAG
** * ** *
11800 AATTGACTTTGCGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-ACATTTTTACC-
194 AATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTAAC-GGTCTACCT
* * * * *
11863 TCAAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATGA-CT
257 TCAA-AAACGTGAAGAAAAAACCATCCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAT-ACCT
** * * * *
11927 TCGAAAG-C-T-TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATT-AATTTGAAA-TTAA
320 TCGAAAGCCTTATTATTACTCACTTTAAATGGTTTAAGAATTTAATAATTGAA-TT-AAAGTTGA
11987 ATTTTTTTA
383 ATTTTTTTA
11996 TATTTTTTAT
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 46, Indels: 25
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
405 1 0.00
406 46 0.14
407 2 0.01
414 7 0.02
415 202 0.60
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417 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (408 bp):
TTAAATGATTTGATAATCTCATAACTAATTTGAAGTTAAATTGTTTTTTATCTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCACGAAATGGTTTCATAAACTCAGAA
TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTAACGGTCTACCTTCAA
AAACGTGAAGAAAAAACCATCCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAA
GCCTTATTATTACTCACTTTAAATGGTTTAAGAATTTAATAATTGAATTAAAGTTGAATTTTTTT
AAAGCCTCATTACCTGCA
Found at i:13873 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 13854--13887 Score: 68
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
13844 GGCAAGAATA
13854 GTCCATTTATAGTC
1 GTCCATTTATAGTC
13868 GTCCATTTATAGTC
1 GTCCATTTATAGTC
13882 GTCCAT
1 GTCCAT
13888 ACCTTTAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 20 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.24, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
GTCCATTTATAGTC
Found at i:14520 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14221--14845 Score: 587
Period size: 172 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
14211 NNNNNNNNNA
* * * * * * ** *
14221 ATATTCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCATTT
1 ATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
14286 TAAAT-GATTTTATAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
66 TAAATAG-TTTAATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAGTTTTTTTCT-ATTTTTAGTTAAAAC
14350 ATATTATAATTAAATTTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
129 A-ATTATAATTAAATTTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
14393 CTATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 ATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
14458 TAAATAGTTTAATAATCTCATAATT-AATTTGAAATTAAGTTTTTTTCTATTTTTTTGTTAAAAC
66 TAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGAATTT-AAGTTAAGTTTTTTTCTA-TTTTTAGTTAAAAC
* * * *
14522 AGATTATAATTGAATGTCTT-CCTCTAGAAACATGAAGAACAAG
129 A-ATTATAATTAAAT-TTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
14565 ATATTTATTGGTAAGAAAAG-TCTATCTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACT
1 ATATTCATTAGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* ********** * *
14629 TTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTC-ATTTTTAGTTAAAA
65 TTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT-AAGTTT-TTTTCTATTTTTAGTTAAAA
* ** *
14693 CCAATTATAATTAAATGTCAACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAG
128 -CAATTATAATTAAATTTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * * *
14737 ATATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTCCAAAAGCCTTGTTACTCGCTT
1 ATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
14802 TAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
66 TAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT-AAGTTTTT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 82, Indels: 24
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 10 0.03
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173 17 0.05
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAGTTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAA
TTATAATTAAATTTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
Done.