Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399426.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2692.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1735
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Found at i:312 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1735 Score: 1878
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
* ** *
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAAGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * * * *
65 TGGGTGACTAAAAATGAATTTTTCTTTTCAACGAATGACTTTTTCTATAC-TTTTTCTGAGGTAG
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTCT-TGAGGTAG
* * *
129 GCTTTTAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAAT
130 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAA-AAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
171 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTCTAAAACCATTTAAAACGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** ** * * ** *
236 TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTGGATGTGTCCCGAGGCAGA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTAGA
* * **
301 CATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAATACAAAACAAAT
131 CATTCAATTATAGTCTGTTTTA-AAAAAAATGTAAAA-AAAT
* * ** * *
343 TCAACTTGAAATCAATTATGACATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
408 TGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCGAGGTA-A
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTAGA
* * * *
472 GCATTTAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAATATAAAAACAT
131 -CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * *
513 TAAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTACATCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * *
578 TGGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTCTCAATGAACAT-GCTTTTTCTACACATTTCCTAAGCTA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATG-A-ATGGCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTA
* * *
642 GGCTTTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAACAAT
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAA-AAAAATGTAAAAAAAT
* *
685 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * *
750 TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCTCAATGAATGGCTTTTTTCTACACTTTTCCTGAGGTAG
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTT-TACACGTTTCTTGAGGTAG
* * * * *
814 ACAATCACTTATAGTATGTTTTAACAAACAATGTAAAATAAT
130 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAAT
* *
856 TCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTTGAAGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGA
* * * * * * *
920 ATGTGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTAGTTTCTT-CACATGTCTTAAGGT
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCT--TTTTTTACACGTTTCTTGAGGT
* *
983 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
128 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
1027 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * *
1092 TAGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCCTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAGA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTAGA
* * *
1157 CAATCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
131 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAAT
** * * ** * * *
1198 TCAACCAAAAATTAATTATGAAATTATAAAATTATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGATGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * **
1263 TGGGTGACTCTAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAAT-GCTTGTTTCTT-CACGTTTCTCAAGGTA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTT-TTACACGTTTCTTGAGGTA
* * * * *
1326 AATATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAAT
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAAT
*
1369 TCAA-TTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTTGAAGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGA
** * * *
1432 AAAGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTGTTTCTT-CACGTTTCTTAAGGT
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTT-TTACACGTTTCTTGAGGT
* * * *
1495 AGAGATTCAATTATAGTATGTTTGAATCAAAAATGTAAAAAAAT
128 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
1539 TTATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
1604 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTAAGATAGA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTAGA
* * *
1669 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTTAAAAAGT
131 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAA-AAAAATGTAAAAAAAT
1710 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Statistics
Matches: 1313, Mismatches: 225, Indels: 53
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 279 0.21
171 779 0.59
172 248 0.19
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTAGA
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:1217 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1--1735 Score: 2098
Period size: 513 Copynumber: 3.4 Consensus size: 510
**
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAAGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCCTTTTGAAAGA
* * * * * * * * * *
64 ATGGGTGACTAAAAATGAATTTTTCTTTTCAACGAATGACTTTTTCTATAC-TTTTTCTGAGGTA
65 ATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCT-TGAGGCA
* * * *
128 GGCTTTTAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
193 ATTCTAAAACCATTTAAAACGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTT
194 ATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * *
258 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTT-TGGA-TGTGTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
259 T-TTCTCAATGAATGGCTTTTTTCTACACT-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTT
** * ** *
321 TATTA-AAAAATACAAAACAAATTCAACTTGAAATCAATTATGACATTATAAAATTATTTAAAGT
322 TA--ACAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
385 GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCT-T
384 GAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAAT-GGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTGT
* ** * * * * * *
449 TTTTTACACGTTTCTCGAGGTA-AGCATTTAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAAACA
447 TTCTT-CACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
512 T
510 T
* * * * * * * *
513 TAAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTACATCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAA
* * * *
578 TGGGTAACTAT-AAGTGGACTTTTCTTCTCAATGAACAT-GCTTTTTCTACACATTTCCT-AAGC
66 TGGGTGACTATAAAG-GGACTTTTCTTCTCAATG-A-ATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGC
* * *
640 TAGGCTTTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
128 -AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
705 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
192 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* *
770 TTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTCTACACTTTTCCTGAGGTAGACAATCACTTATAGTATGTTT
257 TTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTCTACACTTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTT
* * * *
835 TAACAAACAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGA
322 TAACAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
900 GTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGTGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTAGTTT
386 GTAATAAGCTTTTTGAAGGAATG-GTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCT-GTTT
* *
965 CTTCACATGTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
449 CTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
1027 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAA
* * *
1092 TAGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCCTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAGA
66 TGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCAGA
* * * ** * *
1157 CAATCAATTATAGTCTATTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTCAACCAAAAATTAATTATGAAA
131 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * * * *
1221 TTATAAAATTATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGATGGAATGGGTGACTCTAAATGGATTTTT
195 TTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTT
* * * * * * *
1286 TTTGTCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAAATATTCAATTATAGTATGTTTT
259 TTTCTCAATGAATGGCTTTTTTCTACACTTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTT
*
1349 AATCAAAAATGTAAAACAATTCAA-TTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
323 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
1413 TAATAAGCTTTTTGAAGGAAAAGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTC
387 TAATAAGCTTTTTGAAGG-AATGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGC-TGTTTC
* *
1478 TTCACGTTTCTTAAGGTAGAGATTCAATTATAGTATGTTTGAATCAAAAATGTAAAAAAAT
450 TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
1539 TTATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAA
* * * * **
1604 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTAAGATAGA
66 TGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCAGA
* * *
1669 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTTAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
131 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1734 TA
196 TA
Statistics
Matches: 1056, Mismatches: 141, Indels: 52
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 365 0.35
513 380 0.36
514 301 0.29
515 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAA
TGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCAGA
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT
TCTCAATGAATGGCTTTTTTCTACACTTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAC
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGCTTTTTGAAGGAATGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTGTTTCTTCACG
TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
Done.