Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397471.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4138.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14790
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Warning! 1475 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1149 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 372--1337 Score: 864
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
362 NNNNNNNGAA
* * * *
372 TTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAGCTTAGGAAACATGAAGGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
437 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACATGTTCAAAATCCTAATTACTCACT
65 GCCATTCATTGAC-AGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCACATGTTCAAAAGCCTAATTACTCACT
* * *
502 TTAATAGCTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATATTTGATTAAAAAA
129 TTAATAGCTTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATATTTGATGAAAAAA
* * * * ** * * * *
567 TATTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAGAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
194 GATTATAACTGAATATCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCC
* * * *
632 ATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTAATAA
259 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAA
697 TTAATTTTAAGTTTAACT
324 TTAATTTTAAGTTTAACT
* * * * * * *
715 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-GAAACATGAAGAAAAA
* * * ** * * *
780 GCCATTGATTGGCCAAAAAAGTCCATTGATAGTCACCCA-A-GCCTTCGGAAGCCTTATTTCTCG
65 GCCATTCATT-GACAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCACATG--TTCAAAAGCCTAATTACTCA
********** * * * *
843 NNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAGTAT-TTTTACATTTTTTATGAAA
127 CTTTAATAGCTTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTGAAT-TGTTTTACATATTTGATGAAA
* * **
907 ACAGATTATAACTGAATATCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG
191 AAAGATTATAACTGAATATCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG
* * *
972 TCCA-TTACTAGTCA-TCCAAGGCTTCGAAAGCCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTT
256 TCCATTTA-TAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
1035 CATATTTGATTTTACGTTTAA-T
319 AATAATTAATTTTAAGTTTAACT
* *
1057 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
1122 GCCATTCATTGACATGAAAAGGTCCATTTATAATTA-CC-CATGCTTTCAAAAGCTTAATTACT-
65 GCCATTCATTGACA-GAAAA-GTCCATTGATAGTCACCCACATG--TTCAAAAGCCTAATTACTC
* * * * * * *
1184 AGCTTTAAATA-ATTTTATAATGTCATATTTGATTTTAGGTTGAA-TGTTTTTACAT-TTTTAGT
126 A-CTTT-AATAGCTTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTGAATTG-TTTTACATATTTGA-T
* * * * * * *
1246 TAAAAAAAATTATAATTGAATGA-CTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGGCTATT-ATTGACAA
187 GAAAAAAGATTATAACTGAAT-ATCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTAACAA
* *
1308 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
250 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
1338 TGAAAGCNNN
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 109, Indels: 43
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.01
342 118 0.24
343 366 0.74
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAACATGAAGAAAAAG
CCATTCATTGACAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCACATGTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTT
AATAGCTTTTATAATCTCATAATGGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATATTTGATGAAAAAAGA
TTATAACTGAATATCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
AATTTTAAGTTTAACT
Found at i:1261 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1337 Score: 1012
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
* * * * * * *
1 TATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACACACTACAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTG
* * * * *
66 AATGTCTGCCT-TGGAAAACGTTAAGAAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATT
65 AATGTCTACCTCAGG-AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** * **********
129 TACCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNT
128 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
172 TATAATGTCATAATTCATTTTAGGTCGAATTTTTTTGA-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATT
* * * **********
236 GAATGGCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTNNNNNNNNNNAAAAGTCCATTTATAGTC
64 GAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
301 ACCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTATTCGTTTTAAA-AGGTTT
129 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATA-GTTT
********** * *
343 TATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGA
* * * * * *
408 ATGTGTAGCTTAGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC
66 ATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* *
473 CCACATG--TTCAAAATCCTAATTACTCACTTT-AATAGCTTT
130 CC-CATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * *
513 TATAATCTCATAATGGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATATTT-GATTAAAAAATATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAGATTATAATT
* * * * * *
577 GAATGTCTGCAT-TGAGAAACATGAAGAGAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
64 GAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
641 TACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTT
128 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * * * *
684 TATAGTCTAATAATTAATTTTAAGTTTAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATT
* * * * * * *
749 GAATGTCTACAT-TGAGAAACGTGAAGAAACAGCCATTGATTGGCCAA-AAAAGTCCATTGATAG
64 GAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * **********
812 TCACCCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTTCTCGNNNNNNNNNNTTT
127 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
856 TATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTTA-TGAAAACAGATTATAACT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATT
* * ** *
920 GAATATCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCA-TTACTAGT
64 GAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGT
* * * * * *
984 CATCCAAGGCTTCGAAAGCCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTT
128 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * * *
1027 TATAATTTCATATTTGATTTTACGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTG
* * * *
1092 AATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACATGAAAAGGTCCATTTATAATT
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTC
* * * *
1157 ACCCATGCTTTCAAAAGCTTAATTACTAGCTTTAAATAATTT
129 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
1199 TATAATGTCATATTTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTG
* * * *
1264 AATGACTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGGCTATT-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1327 ACCCATGCCTT
129 ACCCATGCCTT
1338 TGAAAGCNNN
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 223, Indels: 61
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 166 0.18
171 466 0.51
172 263 0.29
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
Found at i:2393 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1608--3118 Score: 860
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
1598 NNNNNNNNNN
* * * * *
1608 TTGAATGTCTGCC-CTAGGATACATGAAGAAAAAGCTAT-TCATTGGAAAGAGAAGTCCATTTAT
1 TTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGT-TGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
1671 AGTTACCCAT-GCTTTCAAAATCGCC--ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTGA-AATT
64 AGTCACCCATACCTTT-AAAA--GCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATC-TCATAATT
** * ** * *
1732 GATTTTATATTAAATTGTTTTATGTTTTTGCTGAAAATAGATTATAA
125 GATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
*** ** * * ** * * * *
1779 TTGAATGTCTATATTGAGAAACGTAAAGAATAATACATT-T-ACTAGTAAGAAAAGTCTATTTAT
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAA-AA-AGGTTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * * *
1842 AGTTACCTATGCTTTTAAAAGGCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATT
64 AGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
1907 TTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGCT-AACACAGATTATAA
129 TTAGGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
* * * *** ***** * *
1949 TTGAATATCTGCCTTAGGAAATGGGAAGAAAAATCCAATCATTGAC-AGCAAAAGTCCATTTCTA
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTGTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * * ** *
2013 GTCGCTCA-AGCCTTCAAAAGCCTAATAAATCTCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATCGATT
65 GTCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
2077 TT-GAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTTTGTTAAAATAGATTATAA
129 TTAG-GTTGAATTGTTTTA-CATTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
* * ** *******************
2121 TTGAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACTAT-TCATTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGT-TGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * **
2185 NT-ACCCATGCCTTCAAAATCGTAATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTT
65 GTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
2249 TGGGTTGAATTGTTTTCCGTTTTCGGTGAAAACAAATTATAA
130 TAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
* * * ** * * **
2291 TTGATTGTTTGCATCGGGAAACATGAGGAAAAAGGTTGTCATTGGCAACAAAAGTCCACCTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * *
2356 TCACTCATACCTTTGGAAGCCTTATTACGCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
66 TCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * **********
2421 AGGTTAAATTTTTTTACATNNNNNNNNNNAACAGATTATAA
131 AGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
* * * ** *
2462 TTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATT
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GTTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-T
* * * * * * *
2526 A-TTACTCATACTTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATGTCATAATTGATT
64 AGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
2590 TTAGGTTGAATTTTTTTACAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
129 TTAGGTTGAATTGTTTTAC-ATTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
** * * *
2633 TTGAATAACTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTGTCATTGACAATAAAAGTCCATTTATGG
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
2698 TCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATCACTCGCTGT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
66 TCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT-TCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** * *
2762 TATTTTGAA-TGTTTTACATTTTTGGAGAAAACAGGTTATAA
130 TAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
* * ** * * **
2803 TAGAATGTCTGCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGGTTCTTATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAG
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
2868 TCACCCATGCCTTTGAAAA-CCTTGTTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTAATTT
66 TCACCCATACCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
2932 TAAGTTGAATT-TTTTACTTTTTTGGCT-AAAACATATTATAA
130 TAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGG-TGAAAACAGATTATAA
* * * ** * * * *
2973 TTGAATATCTGCCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGAAACAAAAGTGCA-TTCTA
1 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GTTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * ** * * *
3036 GTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATT
65 GTCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
3100 TTAAGTTAAATTTTTTTAC
129 TTAGGTTGAATTGTTTTAC
3119 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 287, Indels: 75
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 79 0.08
170 376 0.37
171 496 0.49
172 59 0.06
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAA
Found at i:3666 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3353--3668 Score: 389
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
3343 NNNNNNNNNN
* * * * * *
3353 AAACATGAAGAAAAATTTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCAATGCCCTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCAATACCCTCGAAA
* * * *
3418 GCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGGTTTTAGGTTGAATTTTTTTACA
66 GCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTACAATCTCATAATAGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA
3483 TATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
131 TATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
* * * * * *
3524 AAACGTGAGGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAC
1 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCAATACCCTCGAAA
* * * ** * * * *
3589 GCCTAATTACTCCCTTTGAATGGTTTTGCAGTCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA
66 GCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTACAATCTCATAATAGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA
* *
3654 TTTTTTGTTAAAACA
131 TATTTGGTTAAAACA
3669 GACCATTTAT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 27, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 118 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCAATACCCTCGAAA
GCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTACAATCTCATAATAGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA
TATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
Found at i:3911 original size:281 final size:280
Alignment explanation
Indices: 3415--3950 Score: 598
Period size: 281 Copynumber: 1.9 Consensus size: 280
3405 AATGCCCTCG
* *
3415 AAAGCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGGTTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGATTGAATTTTTTT
* * * ** * **
3480 ACATATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAGGAAAAAGTCATT
66 ACATATTTGGTGAAAACAAATTATAATTAAATATCTGCCTTAAAAAACATGAACAAAAAGTCATT
* ** * *
3545 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAACGCCTAATTACTCCCTTTGAAT
131 CATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTAATTAATCCCTTTAAAT
* * * * * * *
3610 GGTTTTGCAGTCTTATAATTGATTTGA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACCA
196 GATTTTACAATATCATAATTGATTTGATA-TTGAA-TTTTTTACATGTTTTGTGAAAACAGACCA
3674 TTTATAGTTACCCATGCTTTCA
259 TTTATAGTTACCCATGCTTTCA
* * * * * *
3696 AAAGTCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCAATATTA-ATTTTAGATTGAATTTTTT
1 AAAGCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTC-ATAATAGATTTTAGATTGAATTTTTT
* *
3760 TACATTTTTGGTGAAAA-AAGATTATAATTAAATATCTGTCTTAAAAAAACATGAACAAAAAGGG
65 TACATATTTGGTGAAAACAA-ATTATAATTAAATATCTGCCTT-AAAAAACATGAACAAAAA--G
* * * ** ** *
3824 T-A-TCGTTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTTAAAACCTTGTTAATCGCTT
126 TCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTAATTAATCCCTT
* * *
3886 TAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTATATTGAATTTTTTATATGTTTTGTGAAAACAGA
191 TAAATGATTTTACAATATCATAATTGATTTGATATTGAATTTTTTACATGTTTTGTGAAAACAGA
3951 TTATAATTGA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 41, Indels: 13
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
280 25 0.12
281 130 0.62
282 50 0.24
283 1 0.00
284 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (280 bp):
AAAGCCTAAATACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGATTGAATTTTTTT
ACATATTTGGTGAAAACAAATTATAATTAAATATCTGCCTTAAAAAACATGAACAAAAAGTCATT
CATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTAATTAATCCCTTTAAAT
GATTTTACAATATCATAATTGATTTGATATTGAATTTTTTACATGTTTTGTGAAAACAGACCATT
TATAGTTACCCATGCTTTCA
Found at i:4562 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3671--7926 Score: 2727
Period size: 171 Copynumber: 24.7 Consensus size: 170
3661 TTAAAACAGA
* * *
3671 CCATTTATAGTTACCCATGCTTTCAAAAGTCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCA-
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
3735 ATATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAAAAGATTATAATTAAATATCTGTC
66 A-ATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
*** * ** * *
3800 TTAAAAAAACATGAACAAAAAG-GGTATCGTTGGAAAGAAAAGT
129 TT-GGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * *
3843 CCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTTAAAA-CCTTGTTAATCGCTTTAAAT-GATTTTATAATATC
1 CCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTC
** * * * *
3905 ATAATTGATTTTATATTGAATTTTTTATATGTTTT-GTGAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTAC
64 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
** * * * *
3969 CACGAGAAACTTCG-AGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
128 CTTGGGAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * **
4012 CTATTTATAGTTACCCATACTTTCAAAAGCTTAATTACTCTATTT-AATAGTTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
4076 TATTGATTTTGGGCTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAAGTGAATGTTTACCT
66 AATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * *
4141 TGGGAAACATGAAGAAAACGCCATTCATTGGTAACAAAAGT
130 TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
4182 CCATTTATAGTTACCCATACCTTAAAAAGCCTAATTACTGGCTTAAAATAGTTTTATAATGTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
4247 ACTTGATTTTATGTTGAATGTTTTACATTTTTAGTGAAAACA-ACTTATAATTGAATGTTTGCCT
66 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCT
*** * ** *
4311 CAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-TATCATTCACAATAAAAGT
130 TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * *
4352 CCATTTATAGTCATCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * *
4417 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTCTGTATTTTTGGTTAAAACAAATTATTATTGAATGTCTACCT
66 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * *
4482 TGGGAAACATAAAGAAATAGCCATTCATTAGCTAGAAAGGT
130 TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
4523 ACATTTGTGGTTACCCATGCCTTCAAAAGTCTAATTACTCG-TTTAAAATAGTTTTATAATGTCA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCA
* * ** * * * *
4587 TAATTGATTTTTTTGGTTAAATATTTTTACAAATTTGGTTAAAACATAGTATAATTAAATGACTG
65 TAATTGA--TTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
*** * *
4652 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-TGTCATTGGCAAGAAAAGT
127 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * ** * * *
4696 CCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTTAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
4761 AATTGATTTTATGATGAATTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAGATTGTAATTGAATATCTGCCTC
66 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * *
4826 AAGAAACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGGCAATAAAAGT
131 GGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * * * *
4866 CTATTTATAGTCAGCCATGCGTTCGGAAA-CCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTAATAATATCA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
*
4930 TAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACCA-ATTATTAA-TGAATGTCTG
65 TAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTA-TAATTGAATGTCTG
* *
4993 CCTTGGGAAACATGAAGAAAATGCCATTCATTGGC-TGAAAAAGT
127 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGT
* * * * * * *
5037 CCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAATTAGTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
5102 AATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATCGAGTGTCTGCCT
66 AATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * *
5167 TGGAAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAAAAAAAAT
130 TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
5208 CCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTAATCAGTTGCTTAAAATAGTTTTATAATGC-CA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCA
* * * *
5272 TAATTGATTTTACGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTAC
65 TAATTGATTTTAGGTTGAA-TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
*** * *
5337 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-TGTCATTGGCAAGAAAAGT
128 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
5380 CCACTCATAGTCA-CCATGCCTAT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCT-TCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * *
5443 TAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT
65 TAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
** * * * *
5508 TTAAGAAAC-TAGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGGAAGGT
129 TTGGGAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * *
5550 CCAGTTATAGTTACCTATGCCTTCTAATGCCTAATTACTCGCTTTCATTGGTTTTATAATGTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
5615 AATTGATTATAGGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAAAATTATCATTAAATGTCTGTC
66 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * *
5680 TTGGTAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTCAA-AAAAGT
129 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGT
* * * * *
5722 CTATTTATAGTTACCTATGCCATT-AAAATCTTAATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* **
5786 TAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTATT-CGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTCTGC
65 TAATTGATTTTAGGTTG-AATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * *
5850 ATTGGGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTAGCAGGTAAAGT
128 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * *
5893 TTATTTCTAGTCACCTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAA-ATGATTTATAATCT-
1 CCATTTATAGTTACC-CATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTC
* * * * * *
5956 TTAAATGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-ATTATTATTGAATGTCTGC
64 ATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * *
6020 CTTGGGAAACA-CATAGAAAAAGCTATTTATTGGCTAA-AAATGC
128 CTTGGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGT
* * *
6063 CCATTTATAGTTACCCATGCTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTAAAAT-GATTTTATAATATCA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
* *
6127 TAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGACTGCC
65 TAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
*** ** * * *
6192 TCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGC-TATCAATGGCAAGAAAAGT
129 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* ** ** * * * * * *
6234 CCATTTATAGTCAATCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTCTAGTCACTCAAGCCTTCAAA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTT-TA---AAT--AG-TTTTATA
* ** * * ** * ** * **
6299 AGC-C-TAATT-ACTCGCTTTA-AATG-ATTTTATA-ATCTTATAATTGAATTAGGTTGAATTTT
59 ATCTCATAATTGA-T---TTTAGGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATT--ATAAT
** * * * * * * * *
6358 TTTATAT-T--TTTGGTTAAA-ATAAATTATTATGAATGTC-TGC-TTGGGAAACACATAGAAAA
117 TGAATGTCTGCCTTGG-GAAACATGAA-GA--A--AAAGCCATTCATT-GG-----CA-AG-AAA
6417 AG-
168 AGT
* * * *** * * * ** *** * * * *
6419 CTATTTATTGGCTAAAAATGCCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCAAAAGC-CTAATTACTCGCT
1 CCATTTA-TAGTTACCCATG-CC-TTCA-A--AAGCC-T-AATT-ACTCGCTTTAAATAGT--TT
* * * * *
6483 TAAAATGATTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA-TTTTGGTTAAAACA-
55 TATAAT--CTCAT-A-AT--TGA-T--TTTA-GGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* *** * *
6546 ATTATAATTGAATGACTGCCTCAAGAAA-ATGTAAAGAAAAAGGC-TATCAATGGCAAGAAAAGT
109 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATG--AAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* ** ** * * ** *
6609 CCCATTTATAGTCAATCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAGGGTTTTATAATCTTA
1 -CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
6674 TACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
65 TAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * * * * *
6739 TTAGAAAACCTAAAGAAAAGGCCTTTTATTGGCAACG-GATGT
129 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGT
* * * * * *
6781 CTATTTATAGTTACCCATGCCTTCTAATGCCAAATTACAT-GCTTT-AATTGATTTTATAATGTC
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTAC-TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTC
* * * *
6844 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-CATTTTTTTGGTTAAAATAAATTATTATTGAATGTTTG
64 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACA--TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
** * * ****
6908 ATTTGGAAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAA-AANNNN
127 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGT
****** * * * * *
6952 NNNNNNATAGTTACACATGCCTTCAAAATCTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
7017 AATTAATTTT-GGCTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACA
66 AATTGATTTTAGG-TTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* *
7081 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAATAGT
129 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *** * * * *
7123 CCATTTCTAGTCATTTAAGCCTTTC-AAAGCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* ** * * *
7187 TAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTTATTAAAACAAATTATTATTGAATGTCTACC
65 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
** *
7252 TTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGT
129 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * * * *
7294 CCATTTGTTGTTACTCATATCTTCAAAAG-CTAAATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATGTCA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCT-AATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
********* *
7358 TAATTGATTTTAGNNNNNNNNNNTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGACTGCC
65 TAATTGATTTTAG-GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
** * * * *
7423 TTAAGAAATATGAAGGAAAA--CATTGTCGTTGGCAAGAAAGGT
129 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-T-TCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * * * *
7465 TTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATCAGTTCGCTTAAAATGGTTTTATAATGTCA
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTA-CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
7530 TAATTGA-TTTATGTTGAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATG-CTTG
65 TAATTGATTTTAGGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TG
**** ** * * *
7593 CCTCAAAAAAGGTGAAGGAAAAGGC-TGTTATTGGCAAGAAAAGT
127 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * ** * * *
7637 CTATTTATAGTCACCAATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
** ** * * *
7702 AATTGATTTTTTGTTGAATTATTTTACATTTTTTATTAGAACAAATTATAATTGAAT-TCCT-AC
66 AATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-CTGCC
* * * *
7765 TTAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGGAAGGT
129 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
7807 CCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAAATACTCGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * *
7872 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTTGGTTGAAACATATTATAATTGA
66 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
7927 TTATCTACCT
Statistics
Matches: 3168, Mismatches: 747, Indels: 340
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 140 0.04
170 782 0.25
171 1370 0.43
172 479 0.15
173 160 0.05
174 12 0.00
175 12 0.00
176 24 0.01
177 6 0.00
178 17 0.01
179 11 0.00
180 5 0.00
181 6 0.00
182 2 0.00
183 6 0.00
184 3 0.00
185 11 0.00
186 12 0.00
187 4 0.00
188 11 0.00
189 10 0.00
190 9 0.00
191 11 0.00
192 4 0.00
193 3 0.00
194 4 0.00
195 5 0.00
196 14 0.00
197 5 0.00
198 9 0.00
199 13 0.00
200 6 0.00
201 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
GGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:5471 original size:684 final size:680
Alignment explanation
Indices: 3662--7926 Score: 3335
Period size: 684 Copynumber: 6.2 Consensus size: 680
3652 CATTTTTTGT
* * * *
3662 TAAAACAGACCATTTATAGTTACCCATGCTTTCAAAAGT-CTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 TAAAA-AGTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAA-TCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
3726 ATAATGTCA-ATATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAAAAGATTATAATTA
64 ATAATCTCATA-ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * ** * *
3790 AATATCTGTCTTAAAAAAACATGAACAAAAAG-GGTATCGTTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
128 AATGTCTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** * * **
3854 CACCCAT-CCTTTTAAAA-CCTTGTTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTT
191 CACCTATGCC-TTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTAAAATG-TTTTATAATGCCATAATTGATTTT
** * * * * * *
3917 ATATTGAA-TTTTTTATATGTTTT-GTGAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCACGAGAAACT
254 AGGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACG
* * * * *
3980 TCG-AGAAAAAGTCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCAT-ACTTTCAAAAGC
318 T-GAAGAAAAAGGC-TGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAAGC
* ** * * * * * *
4042 TTAATTACTCTATTT-AATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTGGGCTGAATTCTTTTATATT
381 CTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * *** *
4106 TTTGGTTAGAACAGATTATAAGTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAACGCCATTCATTG
446 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * *
4171 GTAACAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTAAAAAGCCTAATTACTGGCTTAAAATAGTTT
511 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
4236 TATAATGTCATACTTGATTTTATGTTGAATGTTTTACATTTTTAGTGAAAACAACTTATAATTGA
574 TATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGA
* *** * **
4301 ATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-TATCATTCAC
639 ATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGC
* * * * * *
4343 AATAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 TA-AAAAGTCCATTTATAGTTACTC-ATACCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * ** * *
4407 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTCTGTATTTTTGGTTAAAACAAATTATTATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * * * * * *
4472 ATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGAAATAGCCATTCATTAGCTAGAAAGGTACATTTGTGGTTAC
129 ATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
4537 CCATGCCTTCAAAAGTCTAATTACTCGTTTAAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTTTG
194 CTATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTAAAAT-GTTTTATAATGCCATAATTGA--TTTTAG
* * ** * * * * *
4602 GTTAAATATTTTTACAAATTTGGTTAAAACATAGTATAATTAAATGACTGCCTCAAGAAACGTGA
256 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
* * *
4667 AGAAAAAGGCTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTT-GAAAGCCTTAT
321 AGAAAAAGGCTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAAGCCTAAT
** * * * * *
4731 TACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGATGAA-TTTTTTACATTTTTTG
386 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
4795 TGAAAACAGATTGTAATTGAATATCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGGCAAT
451 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
4860 AAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATGCGTTCGGAAA-CCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTAATA
516 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTT--GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
4924 ATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACCAATTATTAA-TGAAT
578 ATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTA-TAATTGAAT
*
4988 GTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAATGCCATTCATTGGC
641 GTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * *
5028 TGAAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAATTAGTCACTTTAAATGGCTTTA
1 T-AAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
5093 TAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATCGAG
65 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
5158 TGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTTACC
130 TGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
5223 TATGCCTTCAAAAGCCTAATCAGTTGCTTAAAATAGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTACGTT
195 TATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTAAAAT-GTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAGGTT
* *
5288 GAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAG
259 GAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
* * * * *
5353 AAAAAGGCTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTCATAGTCA-CCATGCCTAT-GAAAGCCTTATTA
323 AAAAAGGCTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAAGCCTAATTA
* * * *
5416 CTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
388 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
5481 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAAC-TAGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGG
453 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * * *
5545 AAGGTCCAGTTATAGTTACCTATGCCTTCTAATGCCTAATTACTCGCTTTCATTGGTTTTATAAT
517 AAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
5610 GTCATAATTGATTATAGGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAAAATTATCATTAAATGT
580 ATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAAC-AAATTATAATTGAATGT
* * * *
5675 CTGTCTTGGTAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTC
643 CTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-C
* * * * *
5714 AAAAAAGTCTATTTATAGTTAC-CTATGCCATT-AAAATCTTAATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
1 TAAAAAGTCCATTTATAGTTACTC-ATACC-TTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * **
5777 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTATT-CGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * ** *
5841 AATGTCTGCATTGGGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTAGCAGGTAAAGTTTATTTCTAGTCA
128 AATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * *
5906 CCTCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAATGATTTATAAT-CTTTAAATGAATTTAG
193 CCT-ATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGC-TTAAAATGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAG
* * * * *** **
5970 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-ATTATTATTGAATGTCTGCCTTGGGAAAC-ACA
256 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
6033 TAGAAAAA-GCTATTTATTGGCTAA-AAATGCCCATTTATAGTTACCCATG-CTTTCAAAAGCCT
321 -AGAAAAAGGCT-GTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAAGCCT
* * * *
6095 AATTACTCGCTTAAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTT
383 AATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * ** * * *
6160 TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGACTGCCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGC-TATCAATGG
448 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGG
*
6224 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTCTAGTCACTCA
512 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGCC-TTGAAAGCC---TTA--------T--T-ACTC-
* * *
6289 AGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGA-ATTAGGTTGA
560 -G-CTT--------TAA--A-T-G--------G-TTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * *
6353 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTA-TGAATGTCTG-CTTGGGAAACA-CATAGAA
602 A-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGA-AGAA
* *
6415 AAAGCTATTTATTGGC
665 AAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * *
6431 TAAAAATGCCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTAAAAT-GATTTA
1 TAAAAA-GTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
6495 TAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA-TTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** ** * * *
6558 TGACTGCCTCAAGAAAATGTAAAGAAAAAGGC-TATCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTC
130 TGTCTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTC
* ** * * ** * *
6622 A-ATCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAGGGTTTTATAAT-CTTATACTTGATTTT
192 ACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCG-CTTAAAATGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTT
* * * * * *
6685 ATGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACC
254 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACG
* * * * * * * * *
6749 TAAAG-AAAAGGCCTTTTATTGGCAACG-GATGTCTATTTATAGTTACCCATGCC-TTCTAATGC
318 TGAAGAAAAAGG-CTGTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAAGC
* * * * * **
6811 CAAATTACAT-GCTTTAATTGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATTT
381 CTAATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * *** *
6875 TTTTGGTTAAAATAAATTATTATTGAATGTTTG-ATTTGGAAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCAT
445 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
********** * * ** *
6939 TGGCCAA-AANNNNNNNNNNATAGTTACACATGCCTTCAAAATCTTAATTACTCACTTTAAATGG
509 TGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
7003 TTTTATAATCTCATAATTAATTTT-GGCTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
571 TTTTATAATATCATAATTGATTTTAGG-TTG-AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
* *
7067 ATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
634 ATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * * *
7114 TAGAATAGTCCATTTCTAGTCATTTA-AGCCTTTC-AAAGCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 TA-AAAAGTCCATTTATAGTTACTCATA-CC-TTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * ** * *
7177 TATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTTATTAAAACAAATTATTATTG
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
7242 AATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTGTTGTTA
128 AATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
7307 CTCATAT--CTTCAAAAG-CTAAATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTT
193 C-C-TATGCCTTCAAAAGCCT-AATTACTCGCTTAAAAT-GTTTTATAATGCCATAATTGATTTT
********** * * * **
7369 AGNNNNNNNNNNTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGACTGCCTTAAGAAATAT
254 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT
* *** * * ** *
7434 GAAGGAAAACATTGTCGTTGGCAAGAAAGGTTTATTTATAGTCACCCATACC-TTCAAAAGCCTA
319 GAAGAAAAAGGCTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAAGCCTA
* * * * * *
7498 ATCAGTTCGCTTAAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGA-TTTATGTTGAATGTTTTTTATATTT
384 ATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTTACATTT
* * * ** * * *
7562 TTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATG-CTTGCCTCAAAAAAGGTGAAGGAAAAGGC-TGTTATT
447 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATT
* * *
7625 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTT
510 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATG-CCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** *
7690 TTATAATCTCATAATTGATTTTTTGTTGAATTATTTTACATTTTTTA-TTAGAACAAATTATAAT
573 TTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
* * *
7754 TGAAT-TCCT-ACTTAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
636 TGAATGT-CTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * *
7798 -AAGGAAGGTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAAATACTCGCCTTAAATAGTTTT
1 TAA--AAAGTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
7862 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTTGGTTGAAACATATTATAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
7926 A
128 A
7927 TTATCTACCT
Statistics
Matches: 2841, Mismatches: 595, Indels: 293
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 66 0.02
681 176 0.06
682 21 0.01
683 234 0.08
684 956 0.34
685 732 0.26
686 87 0.03
687 10 0.00
689 1 0.00
690 1 0.00
691 1 0.00
693 3 0.00
695 1 0.00
697 1 0.00
698 4 0.00
700 1 0.00
701 6 0.00
704 4 0.00
705 1 0.00
707 1 0.00
709 2 0.00
712 1 0.00
713 1 0.00
714 2 0.00
715 19 0.01
716 86 0.03
717 104 0.04
718 242 0.09
719 19 0.01
720 8 0.00
721 26 0.01
722 24 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (680 bp):
TAAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
ATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTAAAATGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAGGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
AAGGCTGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAAGCCTAATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCATGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTG
GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
Found at i:7331 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 3671--7908 Score: 1676
Period size: 514 Copynumber: 8.2 Consensus size: 509
3661 TTAAAACAGA
* *
3671 CCATTTATAGTTACCCATGCTTTCAAAAGTCT-AATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATGTC
1 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAG-CTAAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATGTC
* * * * * * * *
3734 A-ATATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAA-AAGATTATAATTAAATATCT
64 ATA-ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAA-ATTATTA-TGAATGTCT
* * * ** * * * * * *
3797 GTCTT-AAAAAAACATGAACAAAAAG-GGTATCGTTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
126 G-CTTGGAAAACACA--AAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCCAA-AAATGCCCATTTATAGTTACAC
* ** * * * * **
3859 AT-CCTTTTAAAA-CCTTGTTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTATATT
186 ATGCC-TTCAAAAGCCTAATTACTCACTTAAAATGA-TTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTT
* * * * * * * ***
3922 GAATT-TTTTATATGTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCA-CGAGAAACTTCGAG
249 GAATTGTTTTACAT-TTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGACTA-CATCAAGAAAATGAAAG
* * * * * ** *
3985 AAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTTACCCATA--CTTTCAAAAGCTTAA
311 AAAAAGCCTA-TCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCAATCA-AGCCTTTC-AAAGCATAA
** * * * * * *
4046 TTACTCTATTTAATA--GTTTTATAATCTCATTATTGATTTTGGGCTGAATTCTTT-TATATTTT
373 TTACTCGCTTTAA-AGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TTTCTACATTTT
* * * * * * * * * *
4108 TGGTTAGAACAGATTATAAGTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAACGCCATTCATTGGT
436 TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
*
4173 AACAAAAGT
501 AACGAAAGT
* * *
4182 CCATTTATAGTTACCCATACCTTAAAAAGCCT-AATTACTGGCTTAAAAT-AGTTTTATAATGTC
1 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAG-CTAAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATGTC
* * * * * * * * * *
4245 ATACTTGATTTTATGTTGAATGTTTT-ACATTTTTAGTGAAAACAACTTATAATTGAATGTTTGC
64 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTA-TGAATGTCTGC
* ** ** * * *
4309 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-TATCATT--CACAATAAAAGTCCATTTATAG-T-CATCTA
128 TTGGA-AAACACAAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGC-CAA-AAATGCCCATTTATAGTTACA-C-A
* * * * * * * *
4369 TACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGA
187 TGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTAAAAT-GATTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGA
* * * * * * * ***
4434 GTTTTTCTGTA-TTTTTGGTTAAAACAAATTATTATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT-AAAGA
251 ATTGTT-T-TACATTTTAGTTAAAAC-AATTATAATTGAATGACTACATCAAGAAA-ATGAAAGA
* * * * * * * * * ** *
4497 AATAGCC-ATTCATTAGCTAGAAAGGT-ACATTTGTGGTTACCCATGCC-TTCAAAAGTC-TAAT
312 AAAAGCCTA-TCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTC-AAAG-CATAAT
** * * * **
4558 TACTCG-TTTAAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTTTGGTTAAATATTTT-TACAAAT
374 TACTCGCTTT-AAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGA--TTTTAGGTTAAAT-TTTTCTACATTT
* * * * * * * * * *
4621 TTGGTTAAAACATAGTATAATTAAATGACTGCCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGGC-TGTCATT
435 TTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATAAAGAAAAAGCCAT-TCATT
4684 GGCAA-GAAAAGT
498 GGCAACG-AAAGT
* * * ** * ** * * * *
4696 CCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCT-TATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTTA
1 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAG-CTAAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCA
* * * * * * * *
4760 TAATTGATTTTATGATGAATTTTTTACAT-TTTTT-GTGAAAACAGATTGTAATTGAATATCTGC
65 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-CATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTA-TGAATGTCTGC
* ** ** * * * * * *
4823 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGG-CAATAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATGC
128 TTGGA-AAACACAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAA-AAATGCCCATTTATAGTTA-CACATGC
* * * * * * * *
4886 GTTCGGAAA-CCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTAATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
190 CTTC-AAAAGCCTAATTACTCACTTAAAATGATTT-ATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGAAT
* * * ***
4950 TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACCAATTATTAA-TGAATGTCTGCCTTGGGAAACATG-AAGAAA
253 TGTTTTACA-TTTTAGTTAAAA-CAATTA-TAATTGAATGACTACATCAAGAAA-ATGAAAGAAA
* * * * * * *
5013 ATGCC-ATTCATTGGC-TGAAAAAGT-CCATTTATAGTTACTCATA-CC-TTCAAAATCCTAATT
314 AAGCCTA-TCAATGGCAAG-AAAAGTCCCATTTATAGTCAATCA-AGCCTTTC-AAAGCATAATT
* * * * * * * * *
5073 AGTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGT
375 ACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGT
* * * * * * * * * **
5138 TAAAATAGATTATAATCGAGTGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAAAA
440 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACG
*
5203 AAAAT
505 AAAGT
* * * * * * *
5208 CCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCT-AATCAGTTGCTTAAAAT-AGTTTTATAATGCC
1 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAG-CTAAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATGTC
* * * * * * * * *
5271 ATAATTGATTTTACGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTA
64 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTA-TGAATGTCTG
* ** *** * * * * * *
5336 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-TGTCATTGG-CAAGAAAAGTCCACTCATAGTCAC-CATG
127 CTTGGA-AAACACAAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCCAA-AAATGCCCATTTATAGTTACACATG
* * * * * * *
5398 CCTAT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAA
189 CCT-TCAAAAGCCTAATTACTCACTTAAAATGATTT-ATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGAA
* * * * *
5462 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACT-AGAAGAAA
252 TTGTTTTACA-TTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGACTACATCAAGAAAATGA-AAGAAA
* * * * * * * * * * *
5526 GAGCC-ATTCATTGACAAGGAAGGT-CCAGTTATAGT-TACCTATGCC-TTCTAATGCCTAATTA
314 AAGCCTA-TCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCAATC-AAGCCTTTC-AAAGCATAATTA
* ** * * * * * *
5587 CTCGCTTTCATTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTATAGGTTGAATTTTT-TCATATTTTTGGT
376 CTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCT-ACATTTTTAGT
* * ** * * *
5651 TAAAACAAAATTATCATTAAATGTCTGTCTTGGTAAACA-AGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTCA
440 TAAAAC-AAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATA-AAGAAAAAGCCATTCATTGG-CA
*
5715 A-AAAAGT
502 ACGAAAGT
* * * * * * *
5722 CTATTTATAGTTACCTATGCCATT-AAAATCTTAATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTC
1 CCATTTATAGTTACCCATACC-TTCAAAAGCTAAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATGTC
* * * * *
5785 ATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTATTC--GTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTCT
64 ATAATTGATTTTAGGTTG-AATTTT-TTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTAT-GAATGTCT
* ** * * * *** * * *
5848 GCATTGGGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTAG-CAGGTAAA-GTTTATTTCTAGTCACCTCA
126 GC-TTGGAAAACACAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCA--AAAATGCCCATTTATAGTTA-CACA
* * * * *
5911 AGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAATGATTTATAATCT-TTAAATGAA-TTTAGGTTG
187 TGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCAC-TTAAAATGATTTATAATATCAT-AATTAATTTTAGGTTG
* * * * * * * * *** * *
5974 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAATTATTATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACA-CATAGAA
250 AATTGTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAATTATAATTGAATGACTACATCAAGAAA-ATGAAAGAA
* * * * ** * *
6038 AAAG-CTATTTATTGGCTA-AAAA-TGCCCATTTATAGTTACCCATG-CTTTCAAAAGCCTAATT
313 AAAGCCTA-TCAATGGCAAGAAAAGT-CCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTC-AAAGCATAATT
* * * * * * *
6099 ACTCGCTTAAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTT-TACATTTTTGG
375 ACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TTTCTACATTTTTAG
* * * * ** * *
6163 TTAAAACATATTATAATTGAATGACTGCCTCA-AGAAATGTAAAGAAAAAGGC-TATCAATGGCA
439 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATAAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCA
6226 A-GAAAAGT
502 ACG-AAAGT
6234 CCATTTATAGTCAATCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTCTAGTCACTCAAGCCTTCAAA
1 CCATTTATAGT---T-A---C--------CC--A-TAC-C--TTC-A---A---AAG-C-T-AAA
*** ** * * * * *
6299 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGA-ATTAGGTTGAATTTTTTTAT
35 TTACT-CG--CT---TTAA-ATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCAT
* * * *
6363 ATTTTTGGTTAAAATAAATTATTATGAATGTCTGCTTGGGAAACACATAGAAAAAGCTATTTATT
93 ATTTTTGGTTAAAATAAATTATTATGAATGTCTGCTTGGAAAACACAAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
6428 GGCTAAAAATGCCCATTTATAGTTACCCATGCTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTAAAATGATT
158 GGCCAAAAATGCCCATTTATAGTTACACATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTAAAATGATT
* *
6493 TATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTGGTTAAAACAATTATAATTGAA
223 TATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTAGTTAAAACAATTATAATTGAA
* * *
6558 TGACTGCCTCAAGAAAATGTAAAGAAAAAGGCTATCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCA
288 TGACTACATCAAGAAAATG-AAAGAAAAAGCCTATCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
6623 ATCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATACTTGATTTTATG
352 ATCAAGCCTTTCAAAGCATAATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGG
* * * * *
6688 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACCTAAA
417 TTAAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAA
* * * * *
6753 GAAAAGGCCTTTTATTGGCAACGGATGT
482 GAAAAAGCCATTCATTGGCAACGAAAGT
* * * * * *
6781 CTATTTATAGTTACCCATGCCTTCTAATGCCAAATTACAT-GCTTTAATTGATTTTATAATGTCA
1 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCTAAATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCA
* * *
6845 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATTTTTTTGGTTAAAATAAATTATTATTGAATGTTTGAT
65 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTA-TGAATGTCTG-C
**********
6910 TTGGAAAACA-AGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAAAANNNNNNNNNNATAGTTACACATGCCT
128 TTGGAAAACACA-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAAAAATGCCCATTTATAGTTACACATGCCT
* * * * *
6974 TCAAAATCTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-GGCTTGAAATT
192 TCAAAAGCCTAATTACTCACTTAAAAT-GATTTATAATATCATAATTAATTTTAGG-TTG-AATT
* * ***
7038 -TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATG-AAGAAAAA
254 GTTTTACA-TTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGACTACATCAAGAAA-ATGAAAGAAAAA
* * * * * *
7101 GCC-ATTCATTGGCTAGAATAGT-CCATTTCTAGTCATTTAAGCCTTTCAAAGCATAATTACTCG
316 GCCTA-TCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTCAAAGCATAATTACTCG
*
7164 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTTA-TTAAA
380 CTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACA-TTTTTAGTTAAA
* * *
7228 ACAAATTATTATTGAATGTCTACCTT-GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTA-GAAA
444 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACG-AA
7291 AGT
507 AGT
* * * * * * *
7294 CCATTTGTTGTTACTCATATCTTCAAAAGCTAAATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATGTCAT
1 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCTAAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCAT
********* * * * * *
7359 AATTGATTTTAGNNNNNNNNNNTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGACTGCC
66 AATTGATTTTAG-GTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTA-TGAATGTCTG-C
* * ** * * * *** * * *
7423 TT-AAGAAATATGAAGGAAAA--CATTGTCGTTGG-CAAGAAAGGTTTATTTATAGTCACCCATA
128 TTGGA-AAACACAAAGAAAAAGCCA-T-TCATTGGCCAA-AAATGCCCATTTATAGTTACACATG
* * * * * * *
7484 CCTTCAAAAGCCTAATCAGTTCGCTTAAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGA-TTTATGTTGAA
189 CCTTCAAAAGCCTAATTA-CTCACTTAAAAT-GATTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGAA
* * * * * *
7548 TGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATG-CTTGCCTCAA-AAAAGGTG-AAG
252 T-TGTTTTACA-TTTTAGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGAC-TACATCAAGAAAA--TGAAAG
* * * * * * * * * * *
7610 GAAAAGGCTGTTATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTC-ACCAATGTCTTTGAAAGCCTTATT
311 AAAAAGCCTATCAATGGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCAATCAA-GCCTTTCAAAGCATAATT
* * * ** *
7673 ACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTGTTGAATTATTT-TACATTTTTTA
375 ACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TTTCTACA-TTTTTA
* * * *
7737 -TTAGAACAAATTATAATTGAAT-TCCTA-CTTAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
438 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGT-CTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* *
7799 AGGAAGGT
502 ACGAAAGT
* * * *
7807 CCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAATCCTAAA-TACTCGCCTTAAAT-AGTTTTATAATCTC
1 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAA-GCTAAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATGTC
* *
7870 ATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACAT-TTTTTGGTT
64 ATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTCATATTTTTGGTT
7909 GAAACATATT
Statistics
Matches: 2944, Mismatches: 591, Indels: 382
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
507 1 0.00
508 1 0.00
509 64 0.02
510 128 0.04
511 192 0.07
512 314 0.11
513 842 0.29
514 866 0.29
515 89 0.03
516 19 0.01
517 2 0.00
518 1 0.00
519 3 0.00
522 1 0.00
526 3 0.00
527 1 0.00
528 1 0.00
529 3 0.00
530 3 0.00
531 1 0.00
532 4 0.00
534 1 0.00
537 1 0.00
540 3 0.00
541 1 0.00
542 1 0.00
543 5 0.00
544 2 0.00
545 58 0.02
546 70 0.02
547 185 0.06
548 24 0.01
549 32 0.01
550 21 0.01
551 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCTAAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCAT
AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTATGAATGTCTGCTTG
GAAAACACAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAAAAATGCCCATTTATAGTTACACATGCCTTCAA
AAGCCTAATTACTCACTTAAAATGATTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTTTAC
ATTTTAGTTAAAACAATTATAATTGAATGACTACATCAAGAAAATGAAAGAAAAAGCCTATCAAT
GGCAAGAAAAGTCCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTCAAAGCATAATTACTCGCTTTAAAGGGT
TTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
TGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACGAAAGT
Found at i:8837 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8310--10067 Score: 1538
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 172
8300 CACTCCTGTG
* *
8310 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTT-GGTTGAATTTTTC
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAGGTTGAATTTTTT
** ** * * * * *
8374 TGTATTTTGGGTTAAAACAAATTATAATTGAACGTTTTCCTTA-GAAA-CACGAAGAACAAGCCA
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCA-GAAGAAAAAGCCA
*
8437 TTCATTGGCTAA-AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCA
129 TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCA
* * * * * *
8480 AAAGCCTAATCACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATATCATAGTTGATTTGAAGTTGAATTTATTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTT
* * * * * * * * *
8545 TACATATTTGGTTAAAACAGATTATCATTGAATGACTGCCTCA-AAAAACATGAGGAAAAAGGC-
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCA-GAAGAAAAAGCCA
* * * * * * * *
8608 TGTCTTTCGTAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCCATGCCTTT-G
129 T-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCA
* * *
8652 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * *
8717 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACCAGAAGAAAAAGCCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCAGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
8782 CATTGGTAAGAAAGGTCCACTTATAGTTACCTATACCTTT-A
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCA
* * * * * * *
8823 AATA-CTTAATTACTCACTTTAATTGATTTTATAATGTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTT
1 AA-AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
*** * * * * * * **
8887 CGTATTTTTGGTCAAAACAAATTATCATTGAATGTCTACCTTGGGAAATAAGAAGAAAAAGCCAT
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCAGAAGAAAAAGCCAT
** * *
8952 TTTTTGGCCAA-AAAAGTCCATTTATAGTTACCCAT-TCTTTCA
130 TCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCA
* * * * *
8994 AAATCCTAATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAAATTATAT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AATT-TTT
* * ** **
9059 TT--GTTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTATT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGC
64 TTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACCAGAAGAAAAAGC
* * * * * * *
9120 TATTCATTGACAAGAATAGTTCATTTCTAGTTA-CTCAAGCC-TTAA
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT-ATGCCTTTCA
* * * *
9165 AAAGCCTAATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTCT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * *
9230 ACACTTTTGGTTAAAATAAATTATTATTAAACGTCTGCCTT-GAGAAACACA-TAGAAAAAGCTA
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAAC-CAGAAGAAAAAGCCA
* * * *
9293 TTCATTGACTAGAAAAGTCAATTTATAGTTA-TTCATGCC-TTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT-ATGCCTTTCA
* * * *
9336 AAAGCCTAATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTACGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
9401 ACATTTTTAATTAAAACATATTATGATTGAATGAT-TGCCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGGC-
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTGCCTTAGGAAACCA-GAAGAAAAAGCCA
* * *
9463 TATCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTT-G
129 T-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT-ATGCCTTTCA
* * * * *
9507 AAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTATTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * *
9572 ATATTTTTAATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACCTA-AAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACC-AGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
9636 TTATTAGCAAGGAAGGTCCA-TTATAGTTACCCATG-CTTTCT
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCA
* * * * * * *
9677 AATGCCTAATGACTCACTTTAATTGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTC
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * * * * ** *
9742 ATATTTTTAGTTAAAATAAATTATTATTGATTGTTTGCCTT-GGAAATAACG-AGAAAAAGTCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCA-GAAGAAAAAGCCAT
*
9805 TCATTGGCCAA-AAAAGTTCATTTATAGTTACAC-ATGCC-TTCA
130 TCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-CTATGCCTTTCA
* * * * *
9847 AAATCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATGTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * * ** **
9912 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAAT-TTTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAGTAATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCAGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
9976 CATTGGCAACAATAGTCAATTTCTAGTCACTTAAGCCTTTC-
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCA
10017 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
10068 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1282, Mismatches: 260, Indels: 92
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 49 0.04
170 356 0.28
171 757 0.59
172 113 0.09
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCAGAAGAAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTCA
Found at i:10794 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10379--13712 Score: 2818
Period size: 170 Copynumber: 19.6 Consensus size: 170
10369 NNNNNNNNNN
* *
10379 ATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTAC--CATAGGAAACCTGAAG-
1 ATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCA-A-GAAACATGAAGA
* * * *
10441 AAAAGCCATTCATTGGCAAGGAAGGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAATCCTAATTACT
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * * *
10506 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * * *
10549 ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATGTGCCTCAAGAAAGATAAAGAAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * **
10614 AGCCATTCATTTGCAGGAGAAGTCCATTCT-TAGTCACCCAAGCAATCAAAAGCCTAATTACTCG
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCG
* * *
10678 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTGAGGTTGA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * *
10719 ATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGAAA
1 AT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAA
** * ** * * *
10784 AAGCCATTCATTGTTAA-AAAGGTCCATTTATAAATACCCACGCCTTCAAAAGCTTAATTACTTG
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCG
* * * *
10848 CTTAAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTCGGTTGA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
10889 GTTTTTTTACATTTTTA-TTGAAAAAAAATTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACGTAAAGAA
1 -ATTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAA
* * ** ** *
10953 AAAGGC-TGTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTTATACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
64 AAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * *
11017 CGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
11060 ATGTTTTATATTTTTAGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * ** * *
11125 AGGC-TATCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTC
66 AGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCAAAAGCCTAATTACTC
* *
11188 GCTGTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * ** *
11230 AGTTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATTATTGAACGTCTGCCTT-GGGAAACA-CATAGA
1 A-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACATGA-AGA
* * ** *
11293 AAAAGCTATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCATGCCTTCACAAGCCTAATTACT
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * * *
11358 CGCTTAAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCATTTTATGTTGA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * *
11401 ATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATGATTGAATGACTGCCTCAAGAAAGATGAAGGAA
1 ATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAA
* ** * ** *
11466 AAGGC-TGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
65 AAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTC
* * * *
11530 GATTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
11572 ATTTTTTTATATTTTTAATTAAAGCAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACCTAAAGA
1 A-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGA
* * * * * * *
11635 AAAAGCCATTTATTAGCAAGGAAGGTCCA-TTATAGTTACCCATGCCTTCCAATGCCTAATGACT
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* *
11699 CGCTTTAATTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * * *
11742 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTATTGATTGTTTGCCTT---GGAACATAAGAAG
1 A-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACAT--GAAG
* * * * * *
11804 AAAAAGTCATTCATTGGTCAA-AAAA-ACTATTTATAGTTACACATGCCTTCAAAATCCTAATTG
62 AAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTA
* *
11867 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-A
* * * * ** *
11913 ATGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATGATTATTGAATGTCTCCCTTGGA-AAACATGTAGAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACATGAAGAAA
* * * * * *
11977 AAGCCATTCGTTGTCTAGAAAAGTCCATTTGTAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCAAATTACTCA
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCG
* * * *
12042 CTTAAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGG
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * ** *
12083 ATTGTTTTACATTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGAT-TGCCTT-AAGAAATGTAAAG
1 ATT-TTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG-TCT-ACTTCAAGAAACATGAAG
* * ** *
12146 AAAAA--CACTATCATTAGG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
62 AAAAAGCCA-T-TCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAAT
* * * *
12208 TACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTATGCTGA
124 TAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * *
12255 ATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAGTTGAATGCCTAC--CATAGGAAACCTGAAGA
1 ATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCA-A-GAAACATGAAGA
* * * * *
12318 AAAAGCCATTCGTTGGCAAGGAAGGTCCATTTATATTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACT
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * * * *
12383 CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGATAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * *
12426 ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATATGT-GTGTCAAGAAATATGAAGAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * ** *
12490 AAGTCATTCATTTGCAGGAAAAGTCCATTCT-TAGTCACCTAAGCAATCGAAAGCCTAATTACTC
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTC
* * *
12554 GCTTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * ** * * * *
12596 ATTTTTTTATATTTTTATTTAAAACGGATTACAATTGAATGTCTACATCAGGAAACATGAAGATA
1 A-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAA
* * * *
12661 AAGCCATTCA-TGGTTAA-AAAGGGTCCATTTATAGTTACCCACGCCTTCAAAAGCTTAATTACT
65 AAGCCATTCATTGG-CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * * *
12724 CGCTTAAAATGGTTTTATAATGTCATGATTGATTTTAGGTTAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
12767 ATTTTTTTATATTTTTA-TTGAAAATAAATTATAATTAAATGACTACCTCAAGAAACGTGAA-AA
1 A-TTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAA
* * *** ** *
12830 AAAGGC-TATCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTTTTACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
64 AAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* *
12894 CG-TTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGA
128 CGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * *
12937 ATTTTTTATATTTTTCG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
13001 AGGCTATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCAATTGAAAA-CCTTATTAGTC
66 A-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGC-CTTCAAAAGCCTAATTACTC
* * * *
13064 GCTTTAAAAGGTTTTATAATGTCATAATTGCTTTTATGTTGA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
13106 ATTGTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GTCTCAAGAAACGTGAAGAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * *
13170 AAGGC-TATCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC
65 AAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTC
* **
13234 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTACATTGA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
** * * * * * * *
13276 ATTTTTTGTATGTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAAAGTTTGCTTCGAGAAACTTG-AGAAA
1 ATTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAG-AA
* * * * * * * *
13339 AAAGTCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTTACCCATACCTTCAAAAACTTAATTACTC
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTC
* **********
13404 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAGGTTGA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * **
13446 ATTTTTTTTA-ATTTTCA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTT-GGGAAACATGAAGA
1 A--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGA
* * * * ** * * * * *
13508 AAAGGCCGTTCACTAGCAACCAAAGTCCATTTATAGTTGCCTATGCCTTCAATATCGTAATTACT
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
*
13573 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--GTATTA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT-TGA
* * * * *
13615 ATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATC-GATTATAA---AATGTCTACCTTGAA-AAACGTAAAG
1 A--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-CAAATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAG
* ** *
13675 AAGCAA-TTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
62 AA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
13713 CACCTATACC
Statistics
Matches: 2533, Mismatches: 538, Indels: 188
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 87 0.03
169 185 0.07
170 1218 0.48
171 891 0.35
172 147 0.06
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA
AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
Found at i:11028 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 10379--13631 Score: 2693
Period size: 341 Copynumber: 9.5 Consensus size: 336
10369 NNNNNNNNNN
* *
10379 ATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTAC--CATAGGAAACCTGAAG-
1 ATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCA-A-GAAACATGAAGA
* * * * * *
10441 AAAAGCCAT-TCATTGGCAAGGAAGGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAATCCTAATTAC
63 AAAAGGCATATCATTGGCAA--AAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCGAAA-GCTTATTAC
* * * * *
10505 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTA
124 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTA
* * * * * * * *
10569 AAACATATTATAATTGAATATGTGCCTCAAGAAAGATAAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAGGAGA
188 AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-GAAA
* * ** * *
10634 AGTCCATTCT-TAGTCACCCAAGCAATCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
252 AGTCCATT-TATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATG
* *
10698 TCAAAATTGATTTGAGGTTGA
316 TCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * *
10719 ATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGAAA
1 AT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAA
* ** * * * *
10784 AAGCCAT-TCATTGTTAAAAAGGTCCATTTATAAATACCCACGCCTTCAAAAGCTTAATTACTTG
65 AAGGCATATCATTGGCAAAAA-GTCCATTTAT-AGTACCCATGCCTTCGAAAGCTT-ATTACTCG
* * * * *
10848 CTTAAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTCGGTTGAGTTTTTTTACATTTTTATTGAAAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTATT-AAAA
* * * * *
10913 AAAATTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGC-TGTCATTGGCACGAAAAG
191 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCA-GAAAAG
** ** * * *
10977 TCCATTTATAGTTATACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCA
254 TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCA
* *
11042 TAATTAATTTTATGTTGA
319 TAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
11060 ATGTTTTATATTTTTAGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * *
11125 AGGC-TATCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCG
66 AGGCATATCATTGGC-A-AAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCG-AAAGCTTATTACTCG
* * * * *
11189 CTGTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTCTACATTTTTGGTTAAAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * * * ** * * *
11254 TAAATTATTATTGAACGTCTGCCTTGGGAAACACATAGAAAAAGCTATTCATTGGCTAGAAAAGT
191 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AGAAAAGT
** * *
11319 CCATTTATAGTTATTCATGCCTTCACAAGCCTAATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATGTCAT
255 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAT
* *
11384 AATTCATTTTATGTTGA
320 AATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * *
11401 ATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATGATTGAATGACTGCCTCAAGAAAGATGAAGGAA
1 ATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAA
* *
11466 AAGGC-TGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CGCTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
65 AAGGCATATCATTGGC-A-AAAAGTCCATTTATAGTAC-C-CATGCCTTCGAAAG-CTTATTACT
* * * * *
11529 CGATTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAA
125 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAA
* * * * * *
11594 AGCAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAAGGAA
189 AACA-AATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AGAAA
* * * * *
11658 GGTCCA-TTATAGTTACCCATGCCTTCCAATGCCTAATGACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATGT
252 AGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGT
11722 CATAATTGATTTTAGGTTGA
317 CATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * * *
11742 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATTATTGATTGTTTGCCTT---GGAACATAAGAAG
1 A-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACAT--GAAG
* ** * * * * * *
11804 AAAAAGTCAT-TCATTGGTCAAAAAAACTATTTATAGTTACACATGCCTTCAAAATCCTAATTGC
62 AAAAAGGCATATCATTGG-CAAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCGAAA-GCTTATTAC
* * * *
11868 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAAATGTTTTACATTTTTAGTTA
124 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTA
* * * * ** * *
11933 AAACAAATGATTATTGAATGTCTCCCT-TGGAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCGTTGTCTAGAA
188 AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AGAA
* * * * *
11997 AAGTCCATTTGTAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCAAATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATG
251 AAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATG
*
12062 TCATAATTGATTTTAGGTTGG
316 TCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * ** *
12083 ATTGTTTTACATTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGAT-TGCCTT-AAGAAATGTAAAG
1 ATT-TTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG-TCT-ACTTCAAGAAACATGAAG
*
12146 AAAAA--CACTATCATTAGG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
62 AAAAAGGCA-TATCATT-GGCAA-AAA-GTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCGAAAG-CTTAT
* * * * *
12208 TACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTATGCTGAATTTTTTAACATTTTTA
121 TAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
12272 GTTAAAACAAATTATAGTTGAATGCCTACCAT-AGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCA
185 -TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-
* * * * *
12336 AGGAAGGTCCATTTATATTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
247 AGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
12401 AATCTTATAATTGATTTTAAGATAA
312 AATGTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * * *
12426 ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATATGT-GTGTCAAGAAATATGAAGAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACATGAAGAAA
* * * * ** *
12490 AAGTCAT-TCATTTGCAGGAAAAGTCCATTCT-TAGTCACCTAAGCAATCGAAAGCCTAATTACT
65 AAGGCATATCATTGGCA--AAAAGTCCATT-TATAGT-ACCCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACT
* * * *
12553 CGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTTAA
125 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAA
** * * * * *
12618 AACGGATTACAATTGAATGTCTACATCAGGAAACATGAAGATAAAGCCATTCA-TGGTTA-AAAA
189 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAGAAAA
* * *
12681 GGGTCCATTTATAGTTACCCACGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATG
253 --GTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATG
* *
12746 TCATGATTGATTTTAGGTTAA
316 TCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
12767 ATTTTTTTATATTTTTA-TTGAAAATAAATTATAATTAAATGACTACCTCAAGAAACGTGAA-AA
1 A-TTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAA
*** *
12830 AAAGGC-TATCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTTTTACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
64 AAAGGCATATCATTGGCA--AAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACT
* * * **
12894 CG-TTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCGTAA
125 CGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAA
* * * * *
12957 AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCTATT-ATTGGCAAGAAA
189 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAA-GCCATTCATTGGC-AGAAA
* * * * * *
13021 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCAATTGAAAA-CCTTATTAGTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATG
252 AGTCCATTTATAGTTACCCATGC-CTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATG
* *
13085 TCATAATTGCTTTTATGTTGA
316 TCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * *
13106 ATTGTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GTCTCAAGAAACGTGAAGAAA
1 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACATGAAGAAA
*
13170 AAGGC-TATCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC
65 AAGGCATATCATTGGCA--AAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCGAAAGC-TTATTACTC
* **
13234 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTACATTGAATTTTTTGT--ATGTTTTATTAA
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-TACAT-TTTTATTAA
* * * * * * ** * * **
13297 AATAGATTATAATTGAAAGTTTGCTTC-GAGAAAC-TTGAGAAAAAAGTCATTTATTAGTAAGAA
189 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATAAAG-AAAAAGCCATTCATT-GGCAGAA
* * * * * *
13360 AAGTCCATTAATAGTTACCCATACCTTCAAAAACTTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
251 AAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATG
**********
13425 TNNNNNNNNNNTTTAGGTTGA
316 TCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * * * **
13446 ATTTTTTTTA-ATTTTCA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTT-GGGAAACATGAAG-
1 A--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGA
* * * * * * *
13507 AAAAGGCCGT-TCACTAGCAACCAAAGTCCATTTATAGTTGCCTATGCCTTC-AATATCGTAATT
63 AAAAGG-CATATCATTGGCAA--AAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCGAA-AGC-TTATT
*
13570 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--GTATTAATTTTTTTTACATTTTT
122 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT-TGAA-TTTTTTTACATTTTT
13632 GGTTAAAATC
Statistics
Matches: 2376, Mismatches: 432, Indels: 210
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 50 0.02
339 249 0.10
340 590 0.25
341 916 0.39
342 349 0.15
343 214 0.09
344 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA
AGGCATATCATTGGCAAAAAGTCCATTTATAGTACCCATGCCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAAAT
TATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGAAAAGTCCATTT
ATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGA
TTTTAGGTTGA
Done.