Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399434.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_27.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23986
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Warning! 2712 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:339 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2137 Score: 1797
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 170
* * * * *
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTT-A
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * ** * *
65 GTTAAAACCA-CTTATAATTGAATGTCTTCCTCGGGAAATATGAAGAAGAAGCCATTCATT-AGT
66 -TTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-T
* ***
128 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTAT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
172 TACTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * *
237 TTAAAACATATTATAATT-AAGTGTCTACCTCAATAAACCTGAACAAAAAGCCATCCATTGATAA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* * * * *
301 AAAAAGCCCATTTGTAGCCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTA-T
** * *
344 TA-TCACTTTAAACAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTC
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTG
* * * * **
408 ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* ***
472 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTAT
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
514 TACTCACTTTAAACGGTTTTGA-ACTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTC
1 TACTCACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * *** *
578 ATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* * * *
643 GAAAAGTTCACCTT-TAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCTTTAT
130 GAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCAA-GCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
685 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA-TTTTT
* * * * * * *
750 G-TAAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCAT-GAGAAACATGAAGACAAAGCTATTCATTGAT
64 GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT
* * * *
813 AAGAAAAGTCCATTCATAGTGACTAATGCC-TCAGAAAGCCTTGT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA-GCCTTCA-AAAGCCTTAT
* * * * * * *
857 TACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTCTTCTACATTTTTAG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-G
* * * ** * *
922 A-TAAAACGGATTATAATTGACTATCTACC-CTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCCTTGATA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA
*
985 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTAG
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
1028 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTT-
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTG
* * * * * * *
1092 AGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACC-C-TGAAAATATGAAGAAAAACCCACTCATTGAT
65 A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT
**
1155 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
1199 TACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTG
1 TACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* ** * * ** *** * * * * *
1264 TTTAAAGTATATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGATATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAT
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA-
** *
1329 A-AAAAGTCCACCTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTC-AAAAGCCTTAT
* * * *
1371 TACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATAGTTTTT-
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTG
* * * * **
1435 ATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* * ** *
1499 GAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATCCCCTT-AAAAGCCATAT
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
1541 TAATCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATAATTTTGG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * *
1606 TTAAGATAGATTATAATTGAATGTCT-CC-CATATGAAATC-CGAAGACAAAGCCATTCCTTGAT
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-A-GAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT
* * ** * *
1668 -AGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCTATA-CCTTTGAAAGTCATAT
128 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC-A-AGCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * * * *
1712 TATTCGTTTTAAATGATTTTACAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTGAA--TTTTTATATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-G
* * * * * ** * *
1775 A-TAAAACAGATTACAATTGACTG-CTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTAATTCGTTGACA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA
* * * *
1838 AGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTAG
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
** * * * *
1881 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTG
* * * ** ** * * * *
1946 -TTAAAACATACTGTAATTGAATG-CTTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTCACA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA
* *
2009 TGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTAT
** * * *
2052 TACTTGCTTTAAATCGAG-TTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTCT
1 TACTCACTTTAAAT-G-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-T
* *
2116 T-ATTAAAATATATTATAATTGA
63 TGATTAAAACAGATTATAATTGA
2138 TCATCTGCCT
Statistics
Matches: 1595, Mismatches: 302, Indels: 137
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 129 0.08
170 215 0.13
171 834 0.52
172 396 0.25
173 17 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:640 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 1--2137 Score: 1892
Period size: 343 Copynumber: 6.2 Consensus size: 336
* * * *
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-
* * * * *
66 TTAAAACCA-CTTATAATTGAATGTCTT-CCTCGGGAAATATGAAGAAGAAGCCATTCATT-AGT
65 TTAAAA-CAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGA-C
* *
128 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTA
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT-T-
*
193 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATT-AA
189 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * * * * *
257 GTGTCTACCTCAATAAACCTGAACAAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGCCCATTTGTAGCCAT
253 -TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCACTTATAGCCA-
*
322 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
316 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTA-T
* ** *
344 TA-TCACTTTAAACAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTC
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-
* *
408 ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAG
* * * *
473 AAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTGAAC
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-AA-
* * * *
538 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTCATTAAAACATATTATAATTAAATGT
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGT
** * * * *
603 CTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCACCTT-TAGTCACCAA
256 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCA-CTTATAGCCACCAA
* *
667 TTCCTTCAAAAGCTTTAT
320 -GCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
685 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTT-
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTA
* * *
749 TGTAAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCAT-GAGAAACATGAAGACAAAGCTATTCATTGAT
65 T-T-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGAC
* * ** * * *
813 AAGAAAAGTCCATTCATAGTGACTAATGCC-TCAGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * **
877 AGAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTCTTCTACATTTTTAGA-TAAAACGGATTATAATTG
190 --AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTG
* * * ** * * * * *
941 ACTATCTACCCTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCCTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
251 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCACTTATAGCCA
*
1006 CCCATA-CCTTCAAAAGCCTTAG
316 -CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
1028 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTA
* * * * * * *
1093 GTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACC-CTGA-AAATATGAAGAAAAACCCACTCATTGATA
65 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGACA
** * ** * *
1156 AGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TG-GTTT-
* * * **
1221 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGTTTAAAGTATATTATAATTGAA
189 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA
* ** ** * * * * * * *
1286 TGTTTGTCTTGGGATATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATAAAAAGTCCACCTATAGCCACT
253 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCACTTATAGCCAC-
1351 CAAGCCTTCGAAAA-CCTTAT
317 CAAGCCTTC-AAAAGCCTTAT
* * * *
1371 TACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATAGTTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTA
* * * * * * * *
1436 TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGA
* * * * *
1501 AAAGTCTATTTATAGTTACCCATCCCCTT-AAAAGCCATATTAATCACTTTAAATGGTTTTTTAA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG--TTTTAA
* * * * *
1565 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT-CATAATTTTGGTTAAGATAGATTATAATTGAATG
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT--TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG
* * * * * * *
1629 TCTCCCATATGAAATC-CGAAGACAAAGCCATTCCTTGATAGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCT
255 TCTACCTTAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCACTTATAGCCACC-
** * *
1693 ATA-CCTTTGAAAGTCATAT
318 A-AGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
1712 TATTCGTTTTAAATGATTTTACAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTGAA--TTTTTATATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT--
* * * ** * * *
1775 A-TAAAACAGATTACAATTGACTGCTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTAATTCGTTGACAA
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAA
* * * * **
1839 GCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTT-TA
* * * * *
1904 ATGTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATACTGTAATTGAAT
191 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
** * * * * * ** * * *
1968 G-CTTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTCACATGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
254 GTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCACTTATAGCCACC
2032 TAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
318 -AAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
2052 TACTTGCTTTAAATCGAG-TTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTCT
1 TACTCGCTTTAAAT-G-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-T
* *
2116 TATTAAAATATATTATAATTGA
63 TATTAAAACAGATTATAATTGA
2138 TCATCTGCCT
Statistics
Matches: 1458, Mismatches: 270, Indels: 132
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 62 0.04
340 169 0.12
341 201 0.14
342 487 0.33
343 513 0.35
344 18 0.01
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCACTTATAGCCACCAAGCCTTC
AAAAGCCTTAT
Found at i:2545 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2311--3713 Score: 1030
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 169
2301 ATAATTAATT
* * * * * **
2311 GTCCATTTATAGTCACCC-ATCCCTCAAAAACCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
2375 ATAATTGATTTTAGCCTGAATTGTTTTACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGC
66 ATAATTGATTTTAG-TTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
2440 CATGGGAAACATGAAGACAAATCCATTCACTAACAGAAAAA
129 CATGAGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAGAAAAA
* * * * * *
2481 GTCCATTTATAGTCACCCAAACTTTCGAAAGCCTTATCAATCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** * * * *
2546 ATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGAATGAGACAGACTATAATT-AATTGTCTAC
66 ATAATTGATTT-TAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGC
* * *
2610 CATGGGAAACATGAAGGA-AAAGCCATTCGTTGATA-AGAAAA
129 CATGAGAAACATGAA-GACAAAGCCATTCATTGACAGA-AAAA
* * * * * * *
2651 GTACATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCAC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
2716 ATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTAC
66 ATAATTGATTTTA-GTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
2781 CTTGAGAAACGTGAAGA-AAAACCTTTTCATTTG-CA-AGAAAA
129 CATGAGAAACATGAAGACAAAGCC-ATTCA-TTGACAGA-AAAA
* * * * *
2822 -TCCCATATAT-GAT-AACTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCAGTTTTATAAT
1 GT-CCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAAT
* * ** ** * * ****
2884 CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTGGTAATTAAAATATATTATAATTGAANNNN
63 CTCATAATTGA-TTTTAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
****** * * *
2949 NNNNNNGAGAAACATGAAG-CAAAAGTCATTCATTGGCATAAAAA
126 TGCCATGAGAAACATGAAGAC-AAAGCCATTCATTGACAGAAAAA
* * * * *
2993 GTTCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
3058 ATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGC
66 ATAATTGATTTTA-GTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * ** *
3123 C-TCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAA
129 CAT-GAGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAGAAAAA
* * * * * * * * *
3164 GTCTATTTATAGTCA-CCTATCTCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTATAAATGGTTTTGTAACCT
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
3228 CATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTCACAATTTTGGTCAAGACAAATTATAATTGAATGTCT-C
65 CATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * *
3292 CTAT-AGAAAACATGAAGACAAAACCATTCCTTGATAGAAAAA
129 C-ATGAG-AAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAGAAAAA
* * * * * * * * * *
3334 GTCCACTTACATTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCTT
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
3399 GTAATTTAGTTTAGGTAGAA-TTTTTATATTTTTGGATAATACAGATTATAATTGACTGCCTGCC
66 ATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * *
3463 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACA-AGAAA
130 ATGAGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAGAAAAA
* * * * * *
3502 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
3567 ATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATG-CTTA
66 ATAATTGATTTTA-GTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TG
* * * * **
3631 TCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAACCTATTCATTCTCA-AGAAAA
128 CCATGAGAAACATGAAGACAAAGCC-ATTCATTGACAGA-AAAA
3673 G-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 GTCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
3714 TGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 962, Mismatches: 230, Indels: 81
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 70 0.07
169 71 0.07
170 383 0.40
171 384 0.40
172 54 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCA
TGAGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGACAGAAAAA
Found at i:3062 original size:806 final size:807
Alignment explanation
Indices: 1508--3935 Score: 1994
Period size: 806 Copynumber: 3.0 Consensus size: 807
1498 AGAAAAGTCT
* * * **
1508 ATTTATAGTTACCCATCCCCTTAAAAGCCATATTAATCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAACCATATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAA
* * * * *
1573 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATAATTTTGGTTAAGATAGATTATAATTGAATGTCTCCCATA
66 TTGATTTTAAGCTGAATGTTTTCACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTCCCATA
* * * * *
1638 TGAAATCCGAAGACAAAGCCATTCCTTGATAGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCTATACCTTTGA
131 GGAAATCCGAAGACAAAGCCATTCCTTAACAGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATAACTTTGA
* * * * * * * *
1703 AAGTCATATTATTCGTTTTAAATGATTTTACAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTATA
196 AAGCCATATCAATCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTACA
* * * * * * *
1768 TTTTTGGATAAAACAGATTACAATTGACTGCTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTAATTCGT
261 TTTTTGAATAAAACAGACTACAATTAACTGCTTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCGT
* * * *
1833 TGACAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTTGCTTTAAATGGT
326 TGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGT
** * * * * * *
1898 TTTATAATGTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTGTAAT
391 TTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTGTAAT
* * *
1963 TGAATGCTTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTCACATGAAAAGCCCATTTATAGT
456 TGAATGCTTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTCACAAGAAAAGCCCATATATAGT
* * *
2028 CACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCGAGTTTATAATCTCATAATTAAATTT
521 CAACTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGAGTTTATAATCTCATAATTAAATTT
* * * * * ****
2093 AAGTTGAATTTTTTTAGATTTCTTATTAAAATATATTATAATTGATCATCTGCCTTGGGATTGGT
586 AAGTTGAATTGTTTTAGATTGCTAATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGCCTTGAGAAACAT
* * * * * *
2158 TAAGCAAAAGTTATCCATTGGCGTAAAAAGATCACTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTA
651 GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATAAAAAGATCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
*********** *
2223 TTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
716 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTT
*
2288 G-TTAAATCAGATTATAATTAATTGTCC
780 GATTAAAACAGATTATAATTAATTGTCC
*
2315 ATTTATAGTCACCCAT-CCCTCAAAAACCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAACCATATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAA
*
2379 TTGATTTT-AGCCTGAATTGTTTT-ACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCA
66 TTGATTTTAAG-CTGAA-TGTTTTCACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTCCCA
* * * * *
2442 TGGGAAA-CATGAAGACAAATCCATTCAC-TAACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AACT
129 TAGGAAATC-CGAAGACAAAGCCATTC-CTTAACAGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATAACT
* * *
2504 TTCGAAAGCCTTATCAATCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTT
192 TT-GAAAGCCATATCAATCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAA-TT
* * * * ** *
2569 TTTACATTTTTGAATGAGACAGACTATAATTAATTG-TCTACCATGGGAAACATGAAGGAAAAGC
255 TTTACATTTTTGAATAAAACAGACTACAATTAACTGCT-TACCATAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
2633 CATTCGTTGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTT
319 AATTCGTTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACT-TGCTT
* *
2697 TAAATAGTTTTGTAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAG
383 TAAATAGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * ** *
2762 ATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-CCTTTTCATTTGCAAGAAAATCCC
448 ACTGTAATTGAATGCTTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAATCC-ATTCATTCACAAGAAAAGCCC
2826 ATATAT-GAT-AACTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATC-AGTTTTATAATCTCA
512 ATATATAG-TCAACTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGAG-TTTATAATCTCA
* * * *******
2888 TAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTT-GCATTGGTAATTAAAATATATTATAATTGAANNNNNNN
575 TAATTAAATTTAAGTTGAATTGTTTTAG-ATTGCTAATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGC
*** * *
2952 NNNGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGGCATAAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCCT
639 CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATAAAAAGATCACTTATAGTCACTCAAGCCT
* * *
3017 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTATGTTGAATTTT
704 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
*
3082 TTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTC
769 TTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAATTG--T--C-C
** ** ** * ** * *
3126 AAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAA-AAGTCTATTTATAGTCACCTATCTCCTC
1 ---ATTTAT--AG--TCACCCATCCCCT--CAAAAACCA---TA-TTA-A-TCA-C--T-T--T-
* * * * * *
3190 AAAAGCCTTATTAATCACTATAAATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTT
44 AAATG--GT-TT--T-GC----AA----TCT-------CATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTT
* * * * *
3254 CACAATTTTGG-TCAAGACAA-ATTATAATTGAATGTCTCCTATA-GAAAACATGAAGACAAAAC
88 CACAATTTTGGCT-AA-AAAAGATTATAATTGAATGTCTCCCATAGGAAATC-CGAAGACAAAGC
* * * ** ** * * * *
3316 CATTCCTTGATAGAAAAAGTCCACTTACATTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTCGTTTT
150 CATTCCTTAACAGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATAACTTTGAAAGCCATATCAATCGCTTT
** * * * * *
3381 AAATGATTTTACAATCTTGTAATTTAGTTT--AGGTAGAATTTTTATATTTTTGGATAATACAGA
215 AAATGATTTTACAATCTCATAATTGA-TTTCAAGCT-GAATTTTTACATTTTTGAATAAAACAGA
* * * * * * * * ** *
3444 TTATAATTGACTGCCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAG-AAAGTCCAT
278 CTACAATTAACTGCTTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCGTTGACAAGAAAAGTACAT
* **
3508 TTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATT
343 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATT
* * * *
3573 GATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGCTTATC-TTGA
408 AATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGCTTA-CATTGA
* * * * * *
3637 GAAACGTGAAGAAAAA-CCTATTCATTCTCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
472 GAAACGTGAAGAAAAATCC-ATTCATTCACAAGAAAAGCCCATATATAGTCAACTAACCCTTCAA
* ********** * * * * *
3701 AAGCCTTATTACTTGC-NNNNNNNNNNTTCATAATCTCATAACTGAATTTAAGTTAAATTTTTTT
536 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGAGTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATTGTTTT
* ** * * * * * *
3765 ATATTTTTGATTAAAATATAATATAATTGATCATCTGCCTT-AGGAACGGTAAAGCAAAAGTCAT
601 AGATTGCTAATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGCCTTGAGAAAC-ATGAAGCAAAAGTCAT
* ** * * * * *
3829 CCATCGGTGTAAAAGGTTCACTTATAGTCACTTAAGCCTTTGACAA-CCTTATTACTCACTTTAA
665 CCATTGGCATAAAAAGATCACTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
3893 ATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTT
729 ATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
3936 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1294, Mismatches: 247, Indels: 116
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
805 17 0.01
806 409 0.32
807 238 0.18
808 2 0.00
810 1 0.00
811 1 0.00
814 4 0.00
816 2 0.00
818 4 0.00
819 2 0.00
821 5 0.00
823 2 0.00
824 3 0.00
825 1 0.00
826 3 0.00
827 1 0.00
829 1 0.00
830 1 0.00
832 1 0.00
833 4 0.00
835 1 0.00
836 2 0.00
838 1 0.00
839 1 0.00
843 2 0.00
847 2 0.00
850 6 0.00
851 322 0.25
852 110 0.09
853 117 0.09
854 26 0.02
855 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (807 bp):
ATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAACCATATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAA
TTGATTTTAAGCTGAATGTTTTCACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTCCCATA
GGAAATCCGAAGACAAAGCCATTCCTTAACAGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATAACTTTGA
AAGCCATATCAATCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTACA
TTTTTGAATAAAACAGACTACAATTAACTGCTTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCGT
TGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGT
TTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTGTAAT
TGAATGCTTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTCACAAGAAAAGCCCATATATAGT
CAACTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGAGTTTATAATCTCATAATTAAATTT
AAGTTGAATTGTTTTAGATTGCTAATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGCCTTGAGAAACAT
GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATAAAAAGATCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTG
ATTAAAACAGATTATAATTAATTGTCC
Found at i:3958 original size:851 final size:853
Alignment explanation
Indices: 2315--4033 Score: 2030
Period size: 851 Copynumber: 2.0 Consensus size: 853
2305 TTAATTGTCC
* *
2315 ATTTATAGTCACCCATCCCTCAAAAACCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAAT
1 ATTTATAGTCACCCATCCCTCAAAAACCTTATTAATCACTATAAATGGTTTTGCAACCTCATAAT
* * *
2380 TGATTTTAGCCTGAATTGTTTTACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGG
66 TGATTTTAGCCTGAAATGTTTCACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCATAG
* * * * *
2445 GAAACATGAAGACAAATCCATTCACTAACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACTTTCGAA
131 AAAACATGAAGACAAAACCATTCACTAACAGAAAAAGTCCACTTACAGTCACCCAAACCTTCGAA
* * *
2510 AGCCTTATCAATCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACA
196 AGCCATATCAATCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTACA
* * * * * *
2575 TTTTTGAATGAGACAGACTATAATTAATTGTCTACCATGGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCGT
261 TTTTTGAATAAGACAGACTATAATTAACTGCCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
2640 TGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
326 TGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATAGT
*
2705 TTTGTAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAT
391 TTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAT
* * *
2770 TGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCTTTTCATTTGCAAGAAAATCCCATATATGAT
456 TGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCTATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATATATGAT
* * * *
2835 AACTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
521 AACCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCAGTTTCATAATCTCATAACTGAATTTA
* * * ********** *
2900 AGTTGAATTGTTTTGCATTGGTAATTAAAATATATTATAATTGAANNNNNNNNNNGAGAAACATG
586 AGTTAAATTGTTTTACATTGGTAATTAAAATATAATATAATTGAATCATCTGCCTGAGAAACATA
* *
2965 AAGCAAAAGTCATTCATTGGCATAAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
651 AAGCAAAAGTCATCCATCGGCATAAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
3030 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
716 TACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * *
3095 TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA-
781 TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
3159 AAAAAGTCT
846 AAAAA-TCT
* * *
3168 ATTTATAGTCACCTATCTCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTATAAATGGTTTTGTAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATC-CCTCAAAAACCTTATTAATCACTATAAATGGTTTTGCAACCTCATAA
* *
3233 TTGATTTTAAG-TTGAAAT-TTTCACAATTTTGG-TCAAGACAA-ATTATAATTGAATGTCT-CC
65 TTGATTTT-AGCCTGAAATGTTTCACAATTTTGGCT-AA-AAAAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * **
3293 TATAGAAAACATGAAGACAAAACCATTC-CTTGATAGAAAAAGTCCACTTACATTCACCCATGCC
127 -ATAGAAAACATGAAGACAAAACCATTCAC-TAACAGAAAAAGTCCACTTACAGTCACCCAAACC
* * * ** * *
3357 TTCGAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCTTGTAATTTAGTTT-AGGTAGAA-T
190 TTCGAAAGCCATATCAATCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTAGAATT
* * * * * * *
3420 TTTTATATTTTTGGATAATACAGATTATAATTGACTGCCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
254 TTTTACATTTTTGAATAAGACAGACTATAATTAACTGCCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * *
3485 CATTTATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACT-TGCTT
319 CATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCT-CTT
** * * *
3548 TAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
383 TAAATAGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAG
* *
3613 ATTGTAATTGAATGCTTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCTATTCATTCT-CAAGAAAAGCCT
448 ATTGTAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCTATTCATT-TGCAAGAAAAGCCC
* * * * **********
3677 ATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-NNNNNNNNNNTTCATAATCTCAT
512 ATATATGA-T-AACCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCAGTTTCATAATCTCAT
* * ** *
3740 AACTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATAATATAATTG-ATCATCTGCC
575 AACTGAATTTAAGTTAAATTGTTTTACATTGGTAATTAAAATATAATATAATTGAATCATCTGCC
* * * ** * *
3804 TTAGGAACGGTAAAGCAAAAGTCATCCATCGGTGTAAAAGGTTCACTTATAGTCACTTAAGCCTT
640 TGAGAAAC-ATAAAGCAAAAGTCATCCATCGGCATAAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCC-T
* * * * * *
3869 TGACAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTT
703 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
********** * **
3933 TTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGC
768 TTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGGC
3998 ATTCATTGGCAAGAAAAATCT
833 ATTCATTGGCAAGAAAAATCT
4019 ATTTATAGTCACCCA
1 ATTTATAGTCACCCA
4034 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 721, Mismatches: 131, Indels: 30
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
850 8 0.01
851 397 0.55
852 106 0.15
853 146 0.20
854 62 0.09
855 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (853 bp):
ATTTATAGTCACCCATCCCTCAAAAACCTTATTAATCACTATAAATGGTTTTGCAACCTCATAAT
TGATTTTAGCCTGAAATGTTTCACAATTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCATAG
AAAACATGAAGACAAAACCATTCACTAACAGAAAAAGTCCACTTACAGTCACCCAAACCTTCGAA
AGCCATATCAATCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTACA
TTTTTGAATAAGACAGACTATAATTAACTGCCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
TGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATAGT
TTTATAATCACATAATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAT
TGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCTATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATATATGAT
AACCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCAGTTTCATAATCTCATAACTGAATTTA
AGTTAAATTGTTTTACATTGGTAATTAAAATATAATATAATTGAATCATCTGCCTGAGAAACATA
AAGCAAAAGTCATCCATCGGCATAAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
AAAAATCT
Found at i:4450 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4137--5309 Score: 943
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
4127 NNNNNNNTCG
* * * * **
4137 CTTTAAATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTCT-AATAAC
1 CTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA-
* * * * * * ** * *
4201 AATATAATATAATTGGA-TGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCCAAAGTCATCCATTGGCATA-AA
64 AACAGATTATAATT-GATTGTCTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAA
* * ** ** *
4264 ATGTTCACCTATAGTCATC-CAAGCCTTCGGAAGCCTTATTGCTCA
126 AAGTCCATTTATAGTCATCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
4309 CTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAGTTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTATGTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* *
4374 CAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 CAGATTATAATTGATTGTCTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * *
4439 CCATTTATAGTCA-CCCATCCCTTCAAAAGCCTTGTTAATCA
130 CCATTTATAGTCATCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
4480 CTTTAAATGTTTTTCTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * *
4545 TAGATTATAATTGAATGCCTGTCATTGAAAATGTGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
66 CAGATTATAATTGATTGTCTG-CCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
4610 CTATTTATAGTC-TCTCATA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
130 CCATTTATAGTCATCTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * * * *
4651 CTTTGAATGTTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAGGCTAAATTGTTTTATATTATTGGATAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * * *
4716 CAGATTATAATTGACTGTTTGCCTT-AAGGAATGTGAAAAAAAAAGTCATGCACTGACAAGAAAA
66 CAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAA--AACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
4780 GTCTATTTATAGTCA-CTCATA-CCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTCATCTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
4823 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * *
4888 CATATTGTAATTGATTGTTTACCTCGAGAAACACGAAGAAAAACCCACTCATTCGCAAGAAAAGC
66 CAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
4953 CCATTTATAATCA-CCCGAGCCTTTCGAAAGTCTTTTTACTCG
130 CCATTTATAGTCATCTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
4995 CTTTAAATTGATTTTATAATCTCATAATCT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAA
1 CTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * *
5059 AATATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCTTTGGCATAAAAA
64 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAA
* * * * *
5124 AGTCCACTTGTAGT--TGCTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCG
127 AGTCCATTTATAGTCAT-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
5168 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATAATTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
5233 ACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGAAAGACGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAG
65 ACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
5298 TCCATTTATAGT
129 TCCATTTATAGT
5310 GTCTACCTCA
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 175, Indels: 48
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 8 0.01
171 371 0.46
172 222 0.28
173 176 0.22
174 23 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCATCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:4949 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4294--5247 Score: 755
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 340
4284 AAGCCTTCGG
* * * * * *
4294 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAGTTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAACAATCTCATAATTGAATTTTAGCTAAATTGTTTTA
* * * * * *
4359 TGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTC
66 TATTATTAGATAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGG-AAACATAAAAAAAAAGACATGC
* * * *
4424 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATG
130 ACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG
* * * *
4489 TTTTTCTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAATAGATTATA
195 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGATTATA
* *** * * * * *
4554 ATTGAATGCCTGTCATTGAAAATGTGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
260 ATTGAATG-CTGTCATCGAAAACACGAAGAAAAACCCACTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATA
4619 GTCTCTCATATCTTCAA
324 GTCTCTCATATCTTCAA
* * *
4636 AAGCCTTATTACTCACTTTGAATGTTTTTACAATCTCATAATT-AATTTTAGGCTAAATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAACAATCTCATAATTGAATTTTA-GCTAAATTGTTTT
* * ** *
4700 ATATTATTGGATAAAACAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTAAGG-AATGTGAAAAAAAAAGTCA
65 ATATTATTAGATAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTT--GGAAACAT-AAAAAAAAAGACA
* * * * **
4764 TGCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAA
127 TGCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAA
* * *
4829 ATAG-TTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTAT-GGTTAAAACATA
192 AT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TCGGTTAAAACAGA
* * * *
4892 TTGTAATTGATTG-TTTACCTCGAGAAACACGAAGAAAAACCCACTCATTCG-CAAGAAAAGCCC
255 TTATAATTGAATGCTGT-CATCGA-AAACACGAAGAAAAACCCACTCATT-GACAAGAAAAGCCC
* * * ** *
4955 ATTTATAATCACCCGA-GCCTTTCGA
317 ATTTATAGTCTCTC-ATATC-TTCAA
* * * * * * * * *
4980 AAGTCTTTTTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATCTCATAATCT--ATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTAACAATCTCATAAT-TGAATTTT-AGCTAAATTGTT
* * * * * * * ** *
5043 TTACATT-TCT-GATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGT
63 TTATATTAT-TAGA-TAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTT-GGAAACATAAAAAAAAAGA
* ** * * * * ** * * * * *
5106 CATCCTTTGGCATAAAAAAGTCCACTTGTAGTTGCTCA-AGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
125 CATGCACTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTAATCACT
* * * * *
5170 TTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATAATTTT-AGTTAAAA
188 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAT-ATTTTCGGTTAAAA
*
5234 CAAATTATAATTGA
251 CAGATTATAATTGA
5248 TTGTCTACCT
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 99, Indels: 40
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.02
342 90 0.18
343 169 0.34
344 51 0.10
345 138 0.28
346 31 0.06
347 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAACAATCTCATAATTGAATTTTAGCTAAATTGTTTTA
TATTATTAGATAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGGAAACATAAAAAAAAAGACATGCA
CTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGT
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGCTGTCATCGAAAACACGAAGAAAAACCCACTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGT
CTCTCATATCTTCAA
Found at i:5611 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5316--8348 Score: 2359
Period size: 171 Copynumber: 17.7 Consensus size: 171
5306 TAGTGTCTAC
* * * *
5316 CTCATAATTGATTTTAGCTTAAATTTTTTCACATTTTCA-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGT
* *
5380 CT-GC-TAAGGGAA-ATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
65 CTACCTTAA-GAAACATG--AAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
5442 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTACAAT
127 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
5487 CTTATAATTAATTTTAGGCTAAATTGTTTTACATTCTTAGATAAAATAGATTATAATTGACTGTT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
5552 TACCTAAAAAAATATAAAGAAAAAGCTATTCATTGACGTA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
66 TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
5616 GCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
5658 CTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTT-GGTAAAAACATATTGTCATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGAT-AAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * **
5722 TTACCCTAGGAAACATGAAAAGAAAAA-C-ATTCGTTGATAAGAAAAACCCATTTAT-GCTCACC
65 CTACCTTAAGAAACATG--AAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACC
* * ** * *
5784 AAAGCCGACAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGGTTTTATAAT
127 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
5830 CACATAGTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATAATATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * * * * ** *
5894 CTACCATGGGAAACATGAAGCAAAAG-TCATCCATTGGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCGTCT
65 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* **
5957 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
128 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
6001 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTC
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** ** ** *
6066 TGTCTT-AGATAACATGAAGAAAAAAATATTTGTT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
66 TACCTTAAGA-AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
6129 TCCCCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAAT
129 TGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * ** * * *
6173 TTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * ** * * * * * * *
6238 TGCCATT-GGAAATGTGAAGACAAATCCATACATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAT
66 TACC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** * * *
6302 GCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTGAATGGATTTACAAT
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
6344 CTCATAATTAATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTGTT-GCATAAAAAAGCTTACAATT-AACTC
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-ATAAAACAGATTATAATTGAA-TG
* ** * *
6407 TCTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
64 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
6471 ATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
128 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
6515 CTCCTAATTGATTTTAGGCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACACATATTGTACTTTAT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAGATAAA-ACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
6579 TGTTTACCTCAAGAAATATGAAG-AAAAGCCCATTCATTTGTA-AA-AAAAGCCCATTTATAATC
62 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCA-TTG-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
6641 ACCCAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTATAAT
124 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAAT
* * * *
6690 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGATAAGACAGATTATAATT-AACTGT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAA-TGT
* * *
6753 CTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAG-TGATTCATTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACTCA
65 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * ** * *
6816 TACCTTCAAAAGCTTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTAAAAT
129 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
6859 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * ** **
6924 TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAACTAA
66 TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC-ACCCA
* * * * ** * *
6988 T-ACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTCAATTTTCTAGT
129 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAAT
* * * *
7031 CTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTATTTTACATTTAT-GATTAAAATATATTATAATTGAATG
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGA-TAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
7094 TCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCATA-AAAAGTCCACTTATAGTTACTC
64 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** * *
7158 AAGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
128 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * **
7202 CTTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGGTTGT
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
7267 CTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
65 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * ** *
7331 TCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCAATATAAATGGTTTCCTAAC
129 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
7374 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAATTTTT--ATCAAGACAGATTATAATTGAATG
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGAT-AAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
7437 TCTCCCAT-AGAAAACATGAAGACAAAGCCATTCCTTGA-TAGAAAAAGTCCACTTATAGTCACA
64 TCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
7500 CATGCCTTCCAAAGCCATATTACTTATTTTAAATGATTTTACAAT
127 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
7545 CTTATAATTGATTTTAGGTTGAA--TTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATT-AACTGC
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAA-TGT
* * * * *
7607 CTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
65 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* ** *
7670 GCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
7712 GTCATCATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTGTAATTGAATG-C
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * *
7776 TTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
66 -TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
7841 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATCGATTTTATAAT
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAAT
* * * * * * * *
7884 CTCGTAATTGAATTTAAGCTGAATTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATAATATAATTG-ATC
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGA-TAAAACAGATTATAATTGAAT-
* * ** *** * * * * * * *
7947 ATCTCCCTTGGGAATGGTAAAGCAAAAG-TCATCCATTGGCGCA-AAAAGTTCACTTATAGTCAC
63 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
8010 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTATATAAT
126 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ********** * *
8056 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTANNNNNNNNNNTAAAACATATTATAATTGATTGTC
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * *
8121 TACTTTGAA-AAATATGAAGAAAAAGAC-ATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
66 TACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * **
8184 T-CCCTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTGGTAAT
129 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * * *
8226 CTCATAATTGATTTTAACTTGACTTTTTTTACCTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTC
1 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* ** * * * * * *
8291 T-GCTATGGGAAAAATGAAGACAACGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
66 TACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
8349 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2286, Mismatches: 481, Indels: 191
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 74 0.03
168 16 0.01
169 141 0.06
170 267 0.12
171 902 0.39
172 619 0.27
173 149 0.07
174 81 0.04
175 34 0.01
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
Found at i:5988 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5316--8348 Score: 2170
Period size: 343 Copynumber: 8.9 Consensus size: 340
5306 TAGTGTCTAC
* * ** *
5316 CTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTTCACATTTTCAATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
5380 CT--GCTAAGGGAA-ATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
65 CTACCCT-AGGAAACATGAAAAGAAAAA-C-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * * * *
5442 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTAATTTTAGGCT
127 AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
* * * * * * * * * *
5507 AAATTGTTTTACATTCTTAGA-TAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTAAAAAAATATAAAG
192 GAATTTTTTTATATT-TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAG
* * * * * *
5571 AAAAAGCTATTCATTGACGTAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTAC
256 AAAAAGCCATTCATTGGC-AAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
5636 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
319 TCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
5658 CTCCTAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTAAAAACATATTGTCATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* **
5723 TACCCTAGGAAACATGAAAAGAAAAACATTCGTTGATAAGAAAAACCCATTTAT-GCTCACCAAA
66 TACCCTAGGAAACATGAAAAGAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCAAA
** * * * * * *
5787 GCCGACAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGGTTTTATAATCACATAGTTGATTTTAAGTTCA
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * * ** * *
5852 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATAATATAATTGAATGTCTACCAT-GGGAAACATGAAGCA
194 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAATATGAAGAA
* * * * * *
5916 AAAGTCATCCATTGGCATAAAAAGTTCACTTATAGTCGTCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
258 AAAGCCATTCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
5981 GCTTTAAATGGTTTTATAAT
321 ACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
6001 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGATTGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAAACAGATTATAATTGAATGT
** * * **
6065 CTGTCTTA-GATAACATGAAGAA-AAAAATATTTGTTAGCA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 CTACCCTAGGA-AACATGAA-AAGAAAAACATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * * *
6126 CCATCCCCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATTTCATAATTAATTTTAAG
126 CAAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * * ** *
6191 TTTAATTTTTTTAT-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCAT-TGGAAATGTG
190 TTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAATATG
* * * * * * * **
6254 AAGACAAATCCATACATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATGCCTTCAAAAGTTTTAT
253 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
6319 TACTCACTTTGAATGGATTTACAAT
316 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
6344 CTCATAATTAATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTGTTGCATAAAAA-AGCTTACAATT-AACTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-ATAAAAACAGATTATAATTGAA-TG
* * * ** *
6407 TCTGCCTTAAG-AA-ATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
64 TCTACCCTAGGAAACATGAAAAGAAAAA--CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
6470 CATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGCT
127 AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
* * * * * * * *
6535 -AATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACACATATTGTACTTTATTGTTTACCTCAAGAAATATG
192 GAA---TTTTTTTATATTTTTGATTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATG
** * * * * *
6599 AAG-AAAAGCCCATTCATTTGTAAAAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAACTTTA
253 AAGAAAAAG-CCATTCA-TTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTA
6663 TTACTCACTTTAAATTGGTTTTATAAT
315 TTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAAT
* *
6690 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGAT-AAGACAGATTATAATT-AACTG
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATAAAAACAGATTATAATTGAA-TG
* *** * *
6752 TCTA-CCTTGAGAAACATGAAAA-AAAGTGATTCATTGACAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACTC
64 TCTACCCTAG-GAAACATGAAAAGAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
* * ** * *
6815 ATA-CCTTCAAAAGCTTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
127 AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
* * **
6879 GAATTTTTTTACGT-TTTTTG-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAA
192 GAATTTTTTTA--TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAA
* * ** *
6942 GAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAACTAATACTTCGAAAGCCTTATT
255 GAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCC-ATTTATAGTC-ACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** * *
7006 ACTCGCTTTAATTCAATTTTCTAGT
317 ACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAAT
* * * *
7031 CTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTATTTTACATTTATGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * *
7095 CTACCTTAGGAAACATG--AAGCAAAAGTTATCCATTGGCAT-A-AAAAGTCCACTTATAGTTAC
65 CTACCCTAGGAAACATGAAAAG-AAAA-ACATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
7156 TC-AAGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATG
126 -CAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * ** *
7220 TTGAATTTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGGTTGTCTACCTCAAAAAATATGA
190 TTGAATTTTTTT-ATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGA
* ** *
7285 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCCTCAAAAGCCTTATT
254 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ** *
7350 AATCAATATAAATGGTTTCCTAAC
317 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
7374 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAATTTTT-ATCAAGACAGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * ** * *
7438 CT-CCCATAGAAAACATGAAGACAAAGCCATTCCTTGAT-AGAAAAAGTCCACTTATAGTCA-CA
65 CTACCC-TAGGAAACATGAAAAGAAAAACATTCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCA
* * * * * * * *
7500 CATGCCTTCCAAAGCCATATTACTTATTTTAAATGATTTTACAATCTTATAATTGATTTTAGGTT
128 -AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
* * * * ** *
7565 GAA--TTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAGATTATAATT-AACTGCCTGCTTTGAGAAACATGAA
192 GAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAATATGAA
* * * *
7626 GAAAAAGCCA-TCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAGTAC
255 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** *
7690 TTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
319 TCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
7712 GTCATCATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCT-AAAACAGATTGTAATTGAATG-
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATAAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
7775 CTTA-CCTTGAGAAACATG--AAGAAAAACCCATTCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
65 C-TACCCTAG-GAAACATGAAAAGAAAAA--CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
7837 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATCGATTTTATAATCTCGTAATTGAATTTAAG
126 CAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * * * ** * *
7902 CTGAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATAATATAATTG-ATCATCTCCCT-TGGGAATGGT
190 TTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTCAAGAAAT-AT
* * * * * * * *
7965 AAAGCAAAAGTCATCCATTGGCGCAAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
252 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
8030 TTACTCACTTTATATGGTTATATAAT
315 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* ********* * *
8056 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTANNNNNNNNNNT-AAAACATATTATAATTGATTGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * **
8120 CTA-CTTTGAAAAATATGAAGAA-AAAGACATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-
65 CTACCCTAG-GAAACATGAA-AAGAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
* * * * * ** **
8182 CATCCCTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTGGTAATCTCATAATTGATTTTAACTTG
128 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * * * *
8247 ACTTTTTTTACCT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATCTCT-GCT-ATGGGAAAAATGA
193 AATTTTTTTA--TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA--AGAAATATGA
* * ** *
8308 AGACAACGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
254 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTC
8349 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2132, Mismatches: 447, Indels: 225
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 4 0.00
337 10 0.00
338 159 0.07
339 41 0.02
340 63 0.03
341 199 0.09
342 321 0.15
343 750 0.35
344 406 0.19
345 127 0.06
346 45 0.02
347 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCCTAGGAAACATGAAAAGAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAAT
Found at i:9009 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8674--11991 Score: 1980
Period size: 171 Copynumber: 19.3 Consensus size: 170
8664 NNNNNNNNNN
* * * ** *
8674 CGCTTTAAATTAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTATATATTCCTAATTA
1 CGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTA
* * * * ** * * * *
8739 AAA-TGTATCATAATTGATTTTCTGCCTTGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATA-A
64 AAACAG-ATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGA
* * * * *
8802 AAAGTCCACTTATATTCA-CTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTGCT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
8846 CGCTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAA
* ** * **
8911 AACAGAATATAATTGATTGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
** * *
8976 GTCCATTTATAGTCACCTATCCCCTCAAAAGCCTTATTAAT
130 GTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
9017 CACTTTAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTCTATAGTTTTAGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAA
* * * ** * * ** * *
9082 GACCGTTTATTCTTGAATGTCTGCCATGAGAAATGTGAACACAAAGCCATTCATT-G-ATAGAAA
65 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AG-AA
* *
9145 AAGTCCACTTATAGTCATCC-ACA-CCTTCGAAAG-CTATATTACT
128 AAGTCCATTTATAGTCA-CCTA-AGCCTTCAAAAGCCT-TATTACT
* * * * * * * *
9188 CGCTTTAAAAGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTATACTTTTGGATAAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * **
9252 ACAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
9317 TCCATTTATAGT-AACTCATA-CCTTTAAAAGCCTTAGTATT
131 TCCATTTATAGTCACCT-A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
9357 CGCATTAAGTGGTTTTATAATGTAATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * * * *
9422 AACAGATTGA-AATTGAATG-CTTACCTTGAGGAACATGAA-AAATAACCCATTCATTCGTAAGA
65 AACAGATT-ATAATTGATTGTC-TGCCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
9484 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCCTCACAAGCCTTATTAGT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
9528 CACTTTAAATCGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-GATT
1 CGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAG-TT
* * * * * * * * *
9592 CAAATATATTATAATTGATTGTCTGGCTTG-GAAA-AGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTATG
63 AAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *
9655 AAAAGTCCACTTATAGCCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
126 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
9700 CGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTAGTTA
* * * * * *
9764 AAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTAGAAAGAAA
64 AAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
** * *
9829 AGTCCATTTATAGTCACCTATCCCCTCAAAAGCCTTATTAAT
129 AGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** **
9871 CACTTTAAATGG-TTTAGTAATCTCATAATTGATTTTAACATGAATGTTTTTGCATTTTTAGTTA
1 CGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTA
* * * * * * *
9935 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCACTGAC-AGAAA
64 AAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AA
* *
9999 AAGTCCATTTATAGTCATCC-AAGACTTCAAAAGCCTTATTAAT
128 AAGTCCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
10042 CGCTTTAAATGGTTTTACAATGTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTATACATTTTT-GAATAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAG-TTAA
* * * * ** *
10106 GACAGATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
10171 GTCCATTTATTGTCA-CTCATA-CCTTTAAAAGCTTTATTACT
130 GTCCATTTATAGTCACCT-A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
10212 CGCTTTAAATAGTTATATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTCTGGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * * * * * * *
10277 AACATATTGTACTTGAATGTTTACCTTGAGAAATATAAAG-AAAAGCCCATTCATTTGCAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
10341 AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACC
129 AGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * ** *
10383 CGCTTTAAATCAGTTTTATAAT-TGCATAGTTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTACATTGCTAATT
1 CGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTT
* * * * * * * * * *
10447 -AAATATATCATAATTGATTTTCTACCTTGGGAAAGATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATA-A
63 AAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGA
* * * *
10510 AAAGTCCACTTATAGTCA-CTCAAGCATTCGAAAGCTTTATTACT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
10554 CGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATGTTTATGGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * **
10619 AACAAATTATAATTGATTGTCT-ACTTTAGAAA-ATAGGTGGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGA
65 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACAT--GAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
** * * *
10681 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCCTCAAAAGCCTTTTTAAT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * * * * *
10725 CACTTTAAATAGTTTTGTAATCTGATAGTTGATATAAATTTAAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAA
***************************************************
10790 ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 AC------------AGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
*************************************
10855 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACT
119 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
10907 TGTTTTATATGGTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTA
* * * * * *
10971 AAACATATTGTAATTGAATT-TTTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAAGCGCATTCATTTGCCAA-
64 AAACAGATTATAATTG-ATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGGCAAG
* * *
11033 AAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
126 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
11078 CGCTTTAAATTAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTCTAATTA
1 CGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTA
* ** * * ** * * * *
11143 AAA-TGTACCATAATTGATTGTCTACCTTGGGAAAGGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATA-A
64 AAACAG-ATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGA
* * *
11206 AAAGTCCACTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
11250 CGCTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * ** * * * *
11315 AACAGAATATAATTGATTGTCTACATCAAAAAACATGACGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
** * *
11380 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCCTCAAAAGCCTTATTAAT
130 GTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
11421 CACTTT-AATGGTTTTGTAAACTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTATAGTTTTGGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAA
* * ** * * * * *
11485 GACAGTTTATTCTTGAATGTCTGTCATGAGAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGG-TAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAA
* * * *
11549 AGTTCACTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCATATTACT
129 AGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * * *
11591 TGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTTATTTTAGGTT-AAATTTTTATATTTTTGGATAAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * ***
11655 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAATAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
11720 TCCATTTATAGTCA-CTCATA-CCTTCAAAAGCCTTAGTACT
131 TCCATTTATAGTCACCT-A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
11760 AGCTTTAAGTAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * * ***
11825 AACAGATTGA-AATTGAATGAT-TACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAATCCATTCATTCTTAAGA
65 AACAGATT-ATAATTGATTG-TCTGCCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * *
11888 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
11932 CACTTTAAATCGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
1 CGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
11992 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 2373, Mismatches: 661, Indels: 223
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.00
169 262 0.11
170 377 0.16
171 1203 0.51
172 410 0.17
173 55 0.02
181 1 0.00
182 43 0.02
183 18 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:10240 original size:683 final size:673
Alignment explanation
Indices: 8748--10696 Score: 1779
Period size: 683 Copynumber: 2.8 Consensus size: 673
8738 AAAATGTATC
* * * * * * * *
8748 ATAATTGATTTTCTGCCTTGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGCATA-AAAAGTCCAC
1 ATAATTGA-TATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA-AGAAAAGTCCAT
* * * **
8811 TTATAT-TCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAAT
63 TTAT-TGTCACTCAACCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT-ATAATCTCATAAT
* * *
8875 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGAATATAATTGATTGTCTGCCTCA
125 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGCCT-T
** ** * ** * *
8939 AAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCCTCAA
188 GGAAA-ATGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGA
* * * * * * * *
9004 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTCTA
250 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTA
* * ** * ** * * ** * *
9069 TA-GTTTTAGTTAAGACCGTTTATTCTTGAATGTCTGCCATGAGAAATGTGAACACAAAGCCATT
315 TATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
9133 CATTGATAGAAAAAGTCCACTTATAGTCATCC-ACACCTTCGAAAG-CTATATTACTCGCTTTAA
379 CATTGATAG-AAAAGTCCACTTATAGTCA-CCTAC-CCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
9196 AAGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTATACTTTTGGATAAAACAGATTA
440 ATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * *
9260 TAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
503 TAATTGAATGTCTGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
9325 TAGTAACTCATACCTTTAAAAGCCTTAGTATTCGCATTAAGTGGTTTTATAATGTAATAATTGAT
568 TAGTAACTCATAACTTCAAAAGCCTTAGTAATCGCATTAAATGGTTTTACAATGTAATAATTGAT
* * * * *
9390 TTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTG
633 TTCAAGTTGAAATTTTATACATTTTTAATCAAAACAGATTG
* * * *
9431 A-AATTGA-ATGCTTACCTTGAGGAACATGAA-AAATAACCCATTCATTCG-TAAGAAAAGTCCA
1 ATAATTGATAT-C-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAA-AAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
9492 TTTATAGTCACCCAAGCCCTCACAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATCGATTTTATAATCTCATAA
62 TTTATTGTCACTCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT--AGTTTATAATCTCATAA
* * * *
9557 TTGAATTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGATTCAAATATATTATAATTGATTGTCTGGCTTG
124 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGCCTTG
* * * * *
9622 GAAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTATGAAAAGTCCACTTATAGCCACTCAAGCCTTCGA
189 GAAAA--TGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGA
*
9687 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
250 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTA
* * *
9752 TATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCTTTC
315 TATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
9817 ATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG
380 ATT-GATAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTA-CCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
** *
9882 GTTTAGTAATCTCATAATTGATTTTAACATGAATGTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
443 GTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT--ATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *
9947 ATTGAATGTCTGCCATGGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCACTGAC-AGAAAAAGTCCATTTAT
505 ATTGAATGTCTGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * * *
10011 AGTCA-TCCA-AGACTTCAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTACAATGTCATAATTGA
569 AGTAACT-CATA-ACTTCAAAAGCCTTAGTAATCGCATTAAATGGTTTTACAATGTAATAATTGA
*
10074 TTTCAAGTT-AAATTTTATACATTTTTGAAT-AAGACAGATT-
632 TTTCAAGTTGAAATTTTATACATTTTT-AATCAAAACAGATTG
*
10114 ATAATTGACTATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
1 ATAATTGA-TATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* *
10179 ATTGTCACTCATACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTATATAATGTCATAATTGA
65 ATTGTCACTCA-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * * *
10244 TTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACATATTGTACTTGAATGTTTACCTTGAGAA
128 TTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGCCTTG-GAA
* * *
10309 ATATAAAGAAAAGCCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGC
192 A-ATGAAGAAAAG-CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * *
10374 CTTATTACCCGCTTTAAATCA-GTTTTATAAT-TGCATAGTTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTAC
254 CTTATTACTCGCTTTAAA--AGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAT
** * * * * * * * * * *
10437 ATTGCTAATT-AAATATATCATAATTGATTTTCTACCTTGGGAAAGATGAAGCAAAAGTCATCCA
316 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * *
10501 TTGGCATA-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
381 TT-G-ATAGAAAAGTCCACTTATAGTCAC-CTACCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
10565 GTTTTATAGTCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATGTTTATGGTTAAAACAAATTATA
443 G-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAT-TTT-TGGTTAAAACAGATTATA
* * * * ** * *
10630 ATTGATTGTCT-ACTTTAGAAA-ATAGGTGGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
505 ATTGAATGTCTGCCATGAGAAACAT--GAAG-AAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTT
10692 ATAGT
567 ATAGT
10697 CACCTATCCC
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 197, Indels: 100
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 8 0.01
682 94 0.09
683 585 0.57
684 191 0.19
685 138 0.14
686 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (673 bp):
ATAATTGATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TTGTCACTCAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGCCTTGGAAAATG
AAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATT
AAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGAAA
AGTCCACTTATAGTCACCTACCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT
GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATAACTTCA
AAAGCCTTAGTAATCGCATTAAATGGTTTTACAATGTAATAATTGATTTCAAGTTGAAATTTTAT
ACATTTTTAATCAAAACAGATTG
Found at i:10453 original size:854 final size:853
Alignment explanation
Indices: 8674--10757 Score: 2796
Period size: 854 Copynumber: 2.4 Consensus size: 853
8664 NNNNNNNNNN
* * *
8674 CGCTTTAAATTAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTATATATTCCTAATTA
1 CGCTTTAAATCAGTTTTATAATTGCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTGTTTTATATTCCTAATTA
*
8739 AAATGTATCATAATTGATTTTCTGCCTTGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAA
65 AAATATATCATAATTGATTTTCTGCCTTGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAA
* * * * *
8804 AGTCCACTTATATTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAACGGTTTCATAATCT
130 AGTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCT
*
8869 CATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGATTGTCT
195 CATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCT
**
8933 GCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATC
259 GCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATC
* * **
8997 CCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT
323 CCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACATCAAT
* * * ** *
9062 TGTTCTATAGTTTTAGTTAAGACCGTTTATTCTTGAATGTCTGCCATGAGAAATGTGAACACAAA
388 TGTTCTATAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGAGAAACGTGAACACAAA
* * * * *
9127 GCCATTCATTGATAGAAAAAGTCCACTTATAGTCATCCACACCTTCGAAAGCTATATTACTCGCT
453 GCCATTCACTGACAGAAAAAGTCCACTTATAGTCATCCACAACTTCAAAAGCTATATTAATCGCT
* * * * *
9192 TTAAAAGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTATACTTTTGGATAAAACAGA
518 TTAAAAGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAATTTTATACTTTTGAATAAAACAGA
* * * * *
9257 TTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
583 TTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * *
9322 TTATAGTAACTCATACCTTTAAAAGCCTTAGTATTCGCATTAAGTGGTTTTATAATGTAATAATT
648 TTATAGTAACTCATACCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCATTAAATAGTTATATAATGTAATAATT
* *
9387 GATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTGAAATTGAATGCTTACCTTGAG
713 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTCAAAACAGATTGAAATTGAATGCTTACCTTGAG
* * *
9452 GAACATGAAAAATAACCCATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCCTCACAA
778 AAACATGAAAAATAACCCATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCCTCACAA
**
9517 GCCTTATTAGT
843 GCCTTATTACC
* ** *
9528 CACTTTAAATC-GATTTTATAATCT-CATAATTGAATTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTGA
1 CGCTTTAAATCAG-TTTTATAAT-TGCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTG-TTTTATATTCCTAA
* * * * * * * *
9590 TTCAAATATATTATAATTGATTGTCTGGCTTGGAAAAGGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTATG
62 TTAAAATATATCATAATTGATTTTCTGCCTTGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATA
* *
9655 AAAAGTCCACTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
127 AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * *
9720 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGT
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGT
* *
9785 CTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
257 CTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* *
9850 CCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTAGTAATCTCATAATTGATTTTAACATGAA
322 CCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACATCAA
* * * *
9915 -TGTT-TTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACGTGAAGAC
387 TTGTTCTAT--AGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGAGAAACGTGAACAC
*
9978 AAAGCCATTCACTGACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA-AGACTTCAAAAGCCT-TATTAA
450 AAAGCCATTCACTGACAGAAAAAGTCCACTTATAGTCATCCACA-ACTTCAAAAG-CTATATTAA
* * *
10041 TCGCTTTAAATGGTTTTACAATGTCATAATTGATTTCAAGTT-AAATTTTATACATTTTTGAATA
513 TCGCTTTAAAAGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAATTTTATAC--TTTTGAATA
* **
10105 AGACAGATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
576 AAACAGATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
10170 AGTCCATTTATTGTCACTCATACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTATATAATGT
641 AGTCCATTTATAGTAACTCATACCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCATTAAATAGTTATATAATGT
* * * * * * * *
10235 CATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACATATTGTACTTGAATGTTTA
706 AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTCAAAACAGATTGAAATTGAATGCTTA
* *
10300 CCTTGAGAAATAT-AAAGAA-AAGCCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
771 CCTTGAGAAACATGAAA-AATAA-CCCATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
*
10363 CCTTCGA-AAGCCTTATTACC
834 CCCTC-ACAAGCCTTATTACC
* * *
10383 CGCTTTAAATCAGTTTTATAATTGCATAGTTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTACATTGCTAATT-
1 CGCTTTAAATCAGTTTTATAATTGCATAATTGAT-TTAAGTTGAATTGTTTTATATTCCTAATTA
* * *
10447 AAATATATCATAATTGATTTTCTACCTTGGGAAAGATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATAAAA
65 AAATATATCATAATTGATTTTCTGCCTTGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAA
* * *
10512 AGTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCT
130 AGTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCT
* * * ** * *
10577 CTTAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATGTTTATGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTA
195 CATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTG
* ** * *
10642 CTTTAGAAAATAGGTG--GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATC
260 CCTT-GAAAA-ACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATC
* * * *
10705 CCCTCAAAAGCCTTTTTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTGATAGTTGAT
323 CCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGAT
10758 ATAAATTTAA
Statistics
Matches: 1071, Mismatches: 138, Indels: 42
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
852 2 0.00
853 18 0.02
854 739 0.69
855 305 0.28
856 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (853 bp):
CGCTTTAAATCAGTTTTATAATTGCATAATTGATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTCCTAATTAA
AATATATCATAATTGATTTTCTGCCTTGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAAAAA
GTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGC
CTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCC
TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACATCAATTGT
TCTATAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGAGAAACGTGAACACAAAGCC
ATTCACTGACAGAAAAAGTCCACTTATAGTCATCCACAACTTCAAAAGCTATATTAATCGCTTTA
AAAGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAATTTTATACTTTTGAATAAAACAGATTA
TAATTGACTATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTAACTCATACCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCATTAAATAGTTATATAATGTAATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTCAAAACAGATTGAAATTGAATGCTTACCTTGAGAAA
CATGAAAAATAACCCATTCATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCCTCACAAGCC
TTATTACC
Found at i:13035 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12096--13517 Score: 1073
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
12086 NNNNNNNNNN
* * *
12096 ACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAGGGCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTG
** ** * * * * * **
12161 AACGACTATAGGTAGACTTTT-TATACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGAC
65 AGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGAC
* * * *
12225 ATTTAATTATAATATATTTTAATTAGAAATATAAAAAAATTCA
129 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCA
* * * * * * * *
12268 GCTTAAAATCAATTATAAAATTACAAAACTAATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * ** * * * * *
12333 AGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGCTTCTT--GGGTTAAA
65 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTTTCAAGG-TAGA
* ** *
12396 CATTTAATTGCAATCTGTTTTAA-TCAAAAA-AGTAAAACAATTCA
128 CATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATA-TAAAA-AATTCA
* * * * * *
12440 ACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAA-GCTTTTGAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * ** * * * * * *
12504 AGTGATTATTAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTCTCTTAACATTTCTT-AAGGCAAAG
65 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGTAGAC
* * * * * *
12568 AGTCAATTATAATCTGTTTCATCAAAAAATGTAAAACAATTCA
129 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCA
* * * * * * * * *
12611 GCCTCAAATCAATTATAAGATTGTAAAACTATTTAATGTGCGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTG
* * ** * * * * ** * * *
12676 A-TGACTATAAATGGACTTTTTTTGTGAATGAATGACATTGTCCTCATGTTTCCCATGGCAAACA
65 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACA
* * *
12740 TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCA
* * * * * * * * **
12782 GCTTTAAATGAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAATGATTAATAA-GCTATT-GAGGGGAT-
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTG
* * * * **
12844 AGTTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCGTCACGTTTTTCAAGACAGAC
65 AG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGAC
* *
12909 AATCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCA
129 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCA
* * *
12951 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * *
13016 GTGGCTATAAGTAGACTTTT-TATGCTAAT-AGATAACTTTTGCTTCATGTTTGTCAAGGTAGAT
66 GTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGAC
* * *
13079 ATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAGAAATGTAAAAGAATTGA
129 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA-AAATATAAAA-AATTCA
* *
13122 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * ** * * * ** *
13186 AGGTGACTATAAATAGGCTCTTCTTGTTAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTTTTGAGATAGAC
65 A-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGAC
* * **
13251 ACTT-AATTATAATATGTTTTAACTAACAATTTATGAAATTCA
129 A-TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCA
* * ** * *
13293 ACCTAAGATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTG
* * * * * * *
13357 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTGGCCACTGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTTGATA--TAGA
65 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TTCA-AGGTAGA
* * *
13420 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATCTA
128 CATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAA-TATAAAAAATTC-A
* *
13466 ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
13518 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 224, Indels: 79
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 59 0.06
170 260 0.26
171 348 0.35
172 240 0.24
173 78 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCA
Found at i:15155 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14869--15270 Score: 418
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
14859 NNNNNNTAAT
* * *
14869 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTAATTGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATTGTT
* ** * * * *
14933 TGCCTTGAAAAATGTGACGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAACC-AT
66 TGCCATGAAAAACATAACGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTT-ACCGAT
** * **
14997 CCCCTC-AATAGCCTTATTAATCATTTTAAATGGTTTTGTAAA
130 CCCCTCGAA-AGCCTTATTAATCACATTAAATAGTTTTACAAA
* * *
15039 GTCATAATTCATTTAAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATTGT
** * * *
15103 TTGCCATGGGAAACATAAGGACAACGCCATTCATTGACAA-AAAACATTCATTTATAGTTACCGA
65 TTGCCATGAAAAACATAACGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA-ATTCATTTATAGTTACCGA
** * * *
15167 TGTCGTCGAAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGTTTTACAAT
129 TCCCCTCGAAAGCCTTATTAATCACATTAAATAGTTTTACAAA
* * * * **
15210 CTTATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGAAAAAAACAGATTATAATTAA
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGG-TTAAAACAGATTATAATTAA
15271 CTCTCTACCT
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 37, Indels: 11
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 24 0.13
171 145 0.77
172 20 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATTGTT
TGCCATGAAAAACATAACGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTTACCGATC
CCCTCGAAAGCCTTATTAATCACATTAAATAGTTTTACAAA
Found at i:16262 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15548--16669 Score: 836
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 168
15538 TGTTTAACTC
* * * * * *
15548 GAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAATG-CTCATTTATAGCCA-CTCAAGCCTT
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTC-CATTTATAGTCATC-CATGCCTT
* * *
15611 CGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCT
63 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAA-T-T
* * * * * *
15676 TTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTT
125 TTTTACATTTTTGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * *
15721 G-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-TGTAAGAAGT--ATGCCTATAGTCATTCAAGCC
1 GAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAG-AA-AAGTCCAT--TTATAGTCATCCATGCC
** * * * * * *
15782 TTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTT
61 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTT
* * * *
15847 CTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATT-AATTGTTTACCTCAT
126 -TTTACA-TTTTTGATAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCT--T
* *
15894 -A-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTACA-AAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT-CCTCT
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCT-T
* * * * * * **
15955 CAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCGT-ATAATTCA-TTCTAAGTTGGCTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTC-AAGCT-GAATT
* * * *
16018 TTTTATATTTTTGATTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGCCAT
125 TTTTACATTTTTGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* ** * * * * *
16063 GGGAAATGTGAAGAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCTATGTCTTAA
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCA
* *
16128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACT-ATCTCATAATTGATTTCAGGCTGAATTGTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTT
* *
16192 ACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTT
129 ACATTTTT-GATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
** *
16233 GAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCA
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCA
* * * * *
16298 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAGTTTATTTTAGGCTGAATTCTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATT-TTTT
* * *
16363 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
129 ACATTTTT-GATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * * * * **
16404 AAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCTTTCGCAAGGAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTG
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCA
* * * *
16469 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAAT-TTTT
* * * * * * *
16534 TATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATATCTACATT
128 TACATTTTTGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * * ** *
16576 GGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTAGTATA-AAAAGTTCACCTATAGTCA-CTCAAGCCTT
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGCCTT
** * *
16639 CGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
16670 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 766, Mismatches: 142, Indels: 84
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 165 0.22
171 348 0.45
172 185 0.24
173 66 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTAC
ATTTTTGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
Found at i:16321 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 15613--16518 Score: 823
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
15603 CAAGCCTTCG
* ** * * *
15613 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTT
1 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAA-TAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTCTAAGCTGAATTC-TT
* * * * * * ** * * *
15678 TTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACC-TTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCC
64 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAAG-AAACATGAAGAAAAACCC
* * * * * ** ** *
15742 ATCCATTGGTGTAAGAAGTATG-CC---TATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
128 ATTCATT--CGCAAGAA--AAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * *
15803 TTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTATATTTTTTGTTAAAAT
189 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTCTTTACATTTTTGGATAAAAC
* * *
15868 AGATTATAATTAATTGTTTACCTCATAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTACAAAAAGTC
254 AGATTATAATTAACTGTCTACCT-ATAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTACAAAAAGTC
15933 CATTTATAGTCAACCATCCTCTCA
318 CATTTATAGTCAACCATCCTCTCA
* * ** *
15957 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCGT-ATAATTCATTCTAAGTTGGCTTTTTT
1 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATC-TCATAATTCATTCTAAGCTGAATTCTTT
* * * ** ** * *
16021 TATATTTTT-GATTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGCCATGGGAAATGTGAAGAGAAAGCCA
65 TACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAACCCA
* * * * * * * *
16085 TTCATT-GAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCTATGTCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
129 TTCATTCG-CAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
16149 AATAGTTTTACT-ATCTCATAATTGATTTCAGGCTGAA-TTGTTTACATTTTTGGATAAAACAGA
193 AATAGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTCTTTACATTTTTGGATAAAACAGA
* * *
16212 TTATAATTGACTGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGAG-A-AGAAAAGTC
257 TTATAATTAACTGTCTACCTAT-A-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GTACA-AAAAGTC
*
16274 CATTTATAGTCATCCATACCT-TCA
318 CATTTATAGTCAACCAT-CCTCTCA
* * * * * *
16298 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAGTTTATTTTAGGCTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTCTAAGCTGAATTCTTTT
* * *
16363 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
* * ** *
16428 CTTTCGCAAGGAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
131 CATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
16493 CAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
196 -AGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
16519 TAAGTTTAAT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 87, Indels: 40
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 3 0.01
340 8 0.02
341 242 0.53
342 148 0.32
343 32 0.07
344 21 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTCTAAGCTGAATTCTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
CATTCGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTAAATTTCTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTAT
AATTAACTGTCTACCTATAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTACAAAAAGTCCATTTATA
GTCAACCATCCTCTCA
Found at i:17490 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16876--17593 Score: 662
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
16866 ACTCATTTTC
* * * * * *
16876 TCAAAAGCCTTATTAAC-CACTTTAAATAGTTTTGTAATCGCATAATTCATTTTAAATTAGATTT
1 TCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTT-GAATT
** * * * * *
16940 TTTTTGTATTTTTGGTTAACATAGATTATAATTAAATGTTTGTCAT-ATGAAACATGAA-AAGAA
64 TTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAA-AA
* * * * *
17003 AGCCATTCATTGATAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCT
127 AGCCATTCATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * ** * *
17048 TCAAAAGTCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATCGCATAGTTAATTTTAGGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * **
17113 TTTACAATTTTTGA-TAAAAAAGATTATAATTGACTGTTTGCTTTAAGAAATGTGAAGAAAAA-C
66 TTTAC-ATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * ** * *
17176 CATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCT
130 CATTCATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * * * *
17218 TCAAAAGCTTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAGGCTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *
17283 TCTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
66 TTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* *
17348 ATTTATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAATCA-TCCAAGCCT
131 ATTCATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT-CAAGCCT
* * * ** * *
17389 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACCGGTTTTATAATCTAATAATTTATTTTAAGTTGAGTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
17454 TTTTACATTTATGATTAAAATATATTATAATTGAATGTATT-CCTTGGGAAACATGAAGCAAAAG
65 TTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
** * *
17518 TTATCCATTGGCAT-A-AAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCT
129 CCATTCATT--CATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* *
17561 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
17594 GTANNNNNNN
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 87, Indels: 25
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 135 0.30
171 106 0.24
172 192 0.43
173 4 0.01
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
ATTCATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
Found at i:19186 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18714--19534 Score: 622
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
18704 TAAGTTAAAA
* * * * * *
18714 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGA-AAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGA-TAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAA-GTGAAGAAAA
* * * * * * * *** *
18778 AGA-CATGCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAATCACTC-ATTTTCTCAAAAGCCTTATTAATC
64 A-ACCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTC
* ** * * * ** *
18841 ACTTTAAATATTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTA-AATTAGAT
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGCTGA-AT
* ** * * * * * * * *
18885 CTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCAT-AGGAAACGTGAAGAGAA
1 TTTTTTACATTTTT-GATAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAAAGTGAAGAAAA
* * * * * ** * * *
18949 AGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGC
64 AACCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
19014 TTTAAATGGTTTTACAATCACATAATTAATTTTAGACTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGCTGAAT
* * * * *
19056 GTTTTTACATTTTTTGATAACAA-AGATTATAATTGACTGTTTACATTAAGAAAAGTGAA-AAAA
1 TTTTTTACA-TTTTTGATAA-AACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAA
* * *
19119 AACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
64 AACCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
19184 TTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGCTG-AT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGCTGAAT
* * * *
19225 TTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTTGATAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAA
* * * * * * **
19289 ACCCATTTATTCATAAGAAAAGCCCATTTATACTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAT
64 AACCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
19354 TTTAAACCGGTTTTATAATCTA-ATAATTGAA-TTTAGGTTGAAT
129 TTTAAA-TGGTTTTATAATC-ACATAATT-AATTTTAGGCTGAAT
* * * * * * *
19397 TTTTTTACATTTATGATTAAAATATATTATAATTGAATGTATGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGA-TAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAA
** * * * * *
19462 GTCATCCATTGGTATA-AAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
65 ACCATTCATTGATA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
19526 TTTAAATGG
129 TTTAAATGG
19535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 107, Indels: 38
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 46 0.09
170 159 0.30
171 194 0.37
172 122 0.23
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTGATAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAA
CCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAGGCTGAAT
Found at i:19368 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 18715--19534 Score: 809
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
18705 AAGTTAAAAT
* *
18715 TTTTTATATTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAA-AAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTACATTTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * ** * *
18778 AGACATGCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAATCACTCAT-TTTCTCAAAAGCCTTATTAATCA
65 A-ACATCCATTGA-TAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * *
18842 CTTTAAATATTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAATTAGATCTTTTTGTATTTTTAGTTAAAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAACTAGATCTTTTTATAGTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * *
18907 TAGATTATAATTAAATGTTTGCCATAGGAAACGTGAAGAGAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGT
192 CAGATTATAATTAAATGTTTACCATAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGC
* * * * * * * *
18972 CTATTTACAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC-ACA
257 CCATTTACACTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTACAATCTA-A
19036 TAATT-AATTTTAGACTGAATG
321 TAATTGAA-TTTAGACTGAATG
* * * *
19057 TTTTTACATTTTTTGA-TAACAA-AGATTATAATTGACTGTTTACATTAAGAAAAGTGAA-AAAA
1 TTTTTACATTTTTTGATTAA-AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
* * *
19119 AACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
65 AA-CATCCATTGATAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * *
19184 TTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGCT-GATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAAC
128 TTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAACTAGATCTTTTTATAGTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
19248 ATATTGTAATTGAATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTCATAAGAAAAGC
193 AGATTATAATTAAATGTTTACCATAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGC
* * * *
19312 CCATTTATACTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACCGGTTTTATAATCTA
257 CCATTTACACTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-CGGTTTTACAATCTA
** *
19376 ATAATTGAATTTAGGTTGAATT
320 ATAATTGAATTTAGACTGAATG
* * * **
19398 TTTTTACA-TTTATGATTAAAATATATTATAATTGAATGTATGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTACATTTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAA
** * * * * *
19462 GTCATCCATTGGTATAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
65 AACATCCATTGATA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
19527 TTAAATGG
129 TTAAATGG
19535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 74, Indels: 32
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 117 0.30
341 150 0.39
342 110 0.28
343 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTACATTTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
ACATCCATTGATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAACTAGATCTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTAAATGTTTACCATAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGCCCAT
TTACACTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTACAATCTAATAATT
GAATTTAGACTGAATG
Found at i:19486 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18956--19531 Score: 502
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
18946 GAAAGCTATT
* * * * * * ** * * *
18956 CATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAAT
1 CATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAC
* * * * *
19021 GGTTTTACAATC-ACATAATT-AATTTTAGACTGAATGTTTTTACATTTTTTGA-TAACAA-AGA
65 GGTTTTATAATCTA-ATAATTGAA-TTTAGGCTG-ATTTTTTTACA-GTTTTGATTAA-AACATA
* * * * * *
19082 TTATAATTGACTGTTTACATTAAGAAA-AGTGAA-AAAAAACCATT
125 TTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAACCCATC
* * * * * * *
19126 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAC
** * * * *
19191 GGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAGGCTGATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACATATTGTA
65 GGTTTTATAATCTAATAATTGAATTTAGGCTGATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACATATTATA
* *
19256 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
130 ATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATC
* * *
19296 TATTCATAAGAAAAGCCCATTTATACTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAC
1 CATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-
* *
19361 CGGTTTTATAATCTAATAATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTATGATTAAAATATATT
64 CGGTTTTATAATCTAATAATTGAATTTAGGCTG-ATTTTTTTACAGTTT-TGATTAAAACATATT
* * * * **
19425 ATAATTGAATGTATGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATC
127 ATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATC
** * *
19468 CATTGGTATA-AAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTCATA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
19532 TGGNNNNNNN
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 55, Indels: 22
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 41 0.12
170 146 0.43
171 34 0.10
172 110 0.32
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CATTCATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACG
GTTTTATAATCTAATAATTGAATTTAGGCTGATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACATATTATAA
TTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATC
Found at i:20073 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19852--21070 Score: 949
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
19842 ACAGTCCCTC
* * * *
19852 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*
19917 TATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATT
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATCAGAAAA-GTGAAGAAAAAGGCATT
** * ** * *
19981 CGCT-ATCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTGCCTATCCCCTCAA
130 CATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
* * * * *
20023 AAGCCTTATTAATTACTTTAAATGATTTTGTAATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * * * * * * *
20088 TATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCATGAGAAACA-TAAAGACAAA-GCCTA
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATCAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCAT-
* * * * *
20151 TCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATGCCTTCGA
129 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
* * * * * * *** *
20194 AAGCTTTACTGCTCACTGTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGCCAAAGTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * *
20258 ACATTTTTGGGTGAAATAGATTATACTTGACTGTTTGTCTTAAGAAATGTTAAGAAAAAGGCATT
65 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATCAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATT
*
20323 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAA
130 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
* * * * * *
20365 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTCTAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * * * **
20429 ATATTTTTAATTAAAACTGATTGTAATTAAATGTTT-ACTTGAGAAACA-TAAAGAAAAACCCAT
65 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATCAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCAT
* * * * * **
20492 TCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTTGA
129 TCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
* * * * *
20535 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAGTTTTATAATCTTATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * ** * * * * * *
20600 ATATTTCTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
65 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATCAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATT
* * ** ** * * **
20665 CACTGGTATTAAAAGTCCACCTACAGTCA-CTCAAGCCTTCGT
130 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAA
* ** * * *
20707 AAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
20772 TTTTTTTGGTTAAAACAGATTACAATT-AATTGTCTGCC-TCAGAAAACATGAAGAAAAAGGCAT
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCATCAGAAAA-GTGAAGAAAAAGGCAT
* * * * * * *
20835 GCATTGGTAAGAAAAGACTATTTATAGTCGTCC-ATCCCTTTAA
129 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTCAA
* * * * *
20878 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
20943 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCATCAGAAACA-TGAAGAGAAA-GCTAT
66 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATCAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGC-AT
* * * *
21006 TCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATACCTTCGA
129 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAA
**
21049 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA
21071 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 202, Indels: 48
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 89 0.11
171 639 0.78
172 89 0.11
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATCAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTC
ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
Found at i:21060 original size:342 final size:335
Alignment explanation
Indices: 19852--21070 Score: 1165
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 335
19842 ACAGTCCCTC
* * * * *
19852 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * *
19917 TATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGGCATT
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAGAAACA--TGAAGAAAAAGGCATT
* * ** * * * *
19981 CGCT-ATCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTGCCTATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAA
129 CACTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * *
20045 TGATTTTGTAATCGCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTG
193 TGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGATTG
* * * *
20110 TAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATAAAGACAAAGCCTATCATTAACAAAAAAAGTCCATTTA
256 TAATT-AATGTCTACC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGCC-ATCATTAGCAAGAAAAGACCATTTA
*
20175 TAGTCACCGATGCCTTCGA
318 TAGTCACC-ATGCCTTTGA
* * * * * * * ** *
20194 AAGCTTTACTGCTCACTGTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGCCAAAGTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * * ** *
20259 CATTTTTGGGTGAAATAGATTATACTTGACTGTTTGTCTTAAGAAATGTTAAGAAAAAGGCATTC
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * *
20324 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-
130 ACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * *
20388 AGTTTTCTAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAATTAAAACTGATTGT
195 A-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGATTGT
* * * * *
20453 AATTAAATGTTTACTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTACA
257 AATT-AATGTCTACCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCA-TCATTAGCAAGAAAAGACCATTTATA
*
20518 GTCACCCAAGCCTTTGA
320 GTCA-CCATGCCTTTGA
* * *
20535 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAGTTTTATAATCTTATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * ** * ** * * * * *
20600 ATATTTCTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
65 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* ** ** * ** *
20665 CACTGGTATTAAAAGTCCACCTACAGTCA-CTCA-AGCCTTCGTAAGCTTTATTACTTGCTTTAA
129 CACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * *
20728 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATT
192 ATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTATTTTTTT-ATTAAAACAGATT
** * * * * * * *
20793 ACAATTAATTGTCTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATGCATTGGTAAGAAAAGACTATTT
255 GTAATTAA-TGTCTACCTGAG-AAACATAAAGAAAAAGCCAT-CATTAGCAAGAAAAGACCATTT
* * *
20858 ATAGTCGTCCATCCCTTTAA
317 ATAGTC-ACCATGCCTTTGA
* * * * **
20878 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* *
20943 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCATCAGAAACATGAAGAGAAA-GCTATT
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATT
* * * *
21007 CATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
129 CACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
21071 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 150, Indels: 40
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 85 0.12
342 543 0.77
343 78 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
CTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA
TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGATTGTAATT
AATGTCTACCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCATTAGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACC
ATGCCTTTGA
Done.