Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397472.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2358.0, whole genome shotgun sequence
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181 TCCTAACATTT-TCCAATGCAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
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* * * * * * * *
245 CAGCCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTT
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* * **********
310 GAGTTACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTNNNNNNNNNNAAAA
194 G-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGACAAAA
* * * * * * *
375 ATTCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAA-AGATTTAACTTAAAATAAATCT-TGAGG
258 ATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATAAAT-TATGAGA
438 TTATAAAACCATTTAAAGCA
321 TTATAAAACCATTTAAAGCA
********** * * *
458 AGTANNNNNNNNNNTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTT
* * *
523 TCTTCTCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATACAAAAAAGTTC
65 TCTTCTCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTC
* * *
588 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATA
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TA
* * * * * *
653 GGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCATGTTTCTAGAGACAGACA
194 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGACAAAAA
* * *
718 TTCAATTAGAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
259 TTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
* * *
783 TACAATCATTTAAAGCG
324 TAAAACCATTTAAAGCA
* ** * *
800 AGTAATAAGGTTTTTGAAAGTTTGAGTGACTATAAATGGGACTTTTCATAT-CAATGGATGGCTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTC-T-TGCAATGAATGGCTT
* * * * * *
864 TTGCTTCAT-GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA-ACTAAAAAA
63 TTTCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAC-AAAAAA
* * * *
927 ATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAA-TAACAAGGCTTTCGAAG
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * ** * *
991 GCTTAGGTGCCCATAAATGGGCTTTTCTTGCCTATGAATGGGTTTTTCTTCACATTTCCCA-AGG
190 GC-TAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGA
* * * * * ****************************
1055 TAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
253 CAAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAA-----AATATAAAACAATTCAACTTAAAATAAA
******************* *
1120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAAGCG
313 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * ** * * *
1148 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATTGA-TATTTCTTATCAATGAATGACTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTT-GCAATGAATGGCTTT
* * * * * * **
1212 TTCTT-TACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
64 TTCTTCT-CATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAT
* * *** * *
1276 TCAA-TATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTAAAATGAGCAATAAGGCTTTTGAGGGT
128 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-
* * *
1340 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTNNNNNNNNNNNN
191 CTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGT------------
****************************************************
1405 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
244 -------------TTCTAGAGACAAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACA
************ * * *
1470 NNNNNNNNNNNTATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
296 ATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * *
1515 AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-GTAGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGTGAATGAGTGAGTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATG-GCTT
* ** * * * *
1579 TTTTTTCATGTTTTCCT-AGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAACATA-AAAAC
63 TTTCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAA-ATACAAAAA
********** * * *
1642 AA-TNNNNNNNNNNTCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTAAAG
125 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * * *
1706 GC-ATGGAAGACTATAAATGGAC-TTTCGTTGTTAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG
190 GCTA-GG-TGACTATAAATGGGCTTTTC-TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGA-
* * * * * * * ** * * *
1769 GA-AAACACTT-AACTATAACCTGTTCTAACCAAGAATGGAAGAA-AATTAAACCTAAAATCAAT
251 GACAAA-AATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAA-AACAATTCAACTTAAAATAAAT
********** * *
1831 TATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAGCG
314 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
1858 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGGATGTGTGACTACAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTT
* * * * * * *
1923 TCTTCAT-ATTT-TTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACCCAACAATATAAACAAAT
65 TCTTC-TCATTTCTTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAT
* * * * * * *
1986 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAGTAA-GATTTTGAAGGTA
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-C
* * * * * * * * * * *
2050 TAAGTGACTATAAATTGACTTTTTTTACCAATGAAAGGGTTTTTCTTAACGTTTCCCA-AGGCAG
192 TAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGACAA
* * * ********* * *
2114 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ANNNNNNNNNNAAAATCAATTATAAG
256 AAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
*
2178 ATTATAAAACTATTTAAAG-A
320 ATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * ** * * * * *
2198 TAATAATATGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGAACTTTT-TGTGCTAATGGATAGCTT
1 -AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGC-AATGAATGGCTT
* * * * * * * **
2262 TTTCTTC-AAGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTAGAATATATTTTAACAAAAAATATAAAGCAA
63 TTTCTTCTCA-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAA
* ********** *** * * **
2326 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGNNNNNNNNNNCATTTAAAATGAGTAATGAGGCTTTCGAACTC
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * **
2391 TTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTA-AGGTA
192 -TAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTAGAGACA
* * * * ***********
2455 AACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACCNNNNNNNNNNTATGA
255 AAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATAAATTATGA
**
2519 GATTATAAAACCATTTAAAGTG
319 GATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * ** **
2541 AGTAAAAAGGCTTTCGAAAGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCATAT-CAAT-AGATGGCTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGCAATGA-ATGGCTT
* * * ** * ** * *
2604 TTGCATCAT-GTTTCCCAAGGCAGAGATTCAATTATAAAATATTTTCATCAAAAAA-ATAAAAAA
63 TTTCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAAATACAAAAAA
* * * * ** * * * **
2667 ATAT-AATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGTTAGCAATATGACTTTCAAAG
126 AT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
** ********** * * * *
2731 GCTCAACTGNNNNNNNNNNGGCTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTA-AGG
190 GCT-AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC-TAGAGA
* * * * * *
2795 TAAACATTTAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTT-AAATCAATTAT
253 CAAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAA-CTTAAAATAAATTAT
* * *
2858 GAGATTATAAAACCGTCTAAAGCT
317 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *
2882 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTCTCTTACCAATGAATGGTTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATGGCTTTT
* * ** * * ** **
2947 TCATCAT-GTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAATGT
65 TCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATACAAAAAAAT
* *
3010 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-CAGATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * ** *
3074 -ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTCT-CTAATGAATGGGGTTTTCTTCACATTTCTAGAGGC
192 TA-G-GTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGAC
* * * * * * * * **********
3137 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CACAAAATGTAAAAAAATTCAACCTANNNNNNNNNNTG
254 AAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCA-AAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATG
* * **
3201 AGATTGTAAAACCATTGAAAGTG
318 AGATTATAAAACCATTTAAAGCA
** * * *
3224 AGTAATAAGACTTTTGAAGGCTAT-GGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGTG-TT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATG-GCTT
* * * * * * * * **
3287 TTTCTTC-AAGTTT-TTCTAGGAAAACATTTATTTATAAAT-TTTTTTAACACAAAATGTAAAAA
63 TTTCTTCTCA-TTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTAT-AATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAA
* * * * *
3349 AATTCAACCTAAAAT-AAGTTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTTAA
125 AATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * ** * * * * *
3413 GGCATGGGTAAATATAAAT-GGATTTTCATTGTTAATG-AT--TTTTTTTTTTACGTTTCTTGAG
189 GGC-TAGGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAG
* * * * * * ** * *
3474 ACAGACACTT-AACTATAA-CT-TGTTCTAACTAAGAATGCAAGAA-AATTCAACCTAAAATCAA
252 ACA-AAAATTCAATTAGAATCTAT-TT-TAACCAAAAATATAA-AACAATTCAACTTAAAATAAA
* * * * *
3535 TGATGAGTTTATAAAACTATTGAAAGCG
313 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * ***
3563 AGTAATTAAGGCTTTTGAAGGGATAGATGAATATAATTGTTGTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
1 AGTAA-TAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTT
* ** * * **
3628 TTCTTCAT-GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAATAA
64 TTCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAA-AA
* * * *
3692 -TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGC-TTTGAAAAG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGG
* * * ** * * * * *
3755 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTGCATCATGTTTTTCA-AGG
191 CTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGA
* * * ** * * * * * *
3818 CAGACATTGAATTCTAATATATTTTCATCAAAAA-AGTAAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATT
253 CAAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATA-T-AAAACAAT-TCAACTTAAAATAAATT
* *
3881 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
315 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* ** ** * *** * * **
3907 AGTAATATGACTTTCAAAGG-CTCAACTGACTATAAATGGGCTTATT-TAGCCAATGAAAAGCTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTG-CAATGAATGGCTT
* * ** * * * ** * *
3970 TTTCTTCAT-GTTTCTCAAGAAAAACATTCAATTAGAATCTGTTTTAATGAAAAATA-TAAAACA
63 TTTCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAA
* * * * *
4033 TTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAAACATCTAAAGCTAGTACTAAGGCTTTTGAAGGC
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * ** **
4098 ATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGAAAT-AGTTTTTCACCATGTTTCCTA-AGGT
192 -TAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG-AATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGAC
* * * * * * * * *
4161 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAA-AGTTTAACTTAAAATCAATTATG
254 AAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAA-AACAATTCAACTTAAAATAAATTATG
* * *
4225 AGATTGTAAAACCATTTCAGGCA
318 AGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
4248 AGTAAGAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGAG-GTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATG-GCTTT
* * * * * ** ** *
4312 TTCTTCACGTTTC-TAGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAACAT
64 TTCTTCTCATTTCTTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAT
* * ** ** * *
4376 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTGTAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGCT
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * *
4441 AGGGTGACTATAAGTGGGTTTTTCTTGCAAATGAATAGGTTTTTCTTCATGATTCTCTAG-TA-A
193 A-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TT-TCTAGAGACA
* * * * * * * * * *
4504 AACATTCATTTA-TATTTTTTTTAA-CAAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTA
255 AAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAA-ATATAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGA
* * *
4567 GCTTATAAAACTATTTAAAGCG
319 GATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * *
4589 AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGAATATAAATGGA-TTTTACAATTGTCAACATAAATGA
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-C--TTG-C-A-ATGAATGG
* * * * * * * *
4653 CTTTTTTCTT-TAGCGA-TTCTTAAGGTAGACA-TCATAAGTATAACCTGTTCTAACCAAGAATG
60 C-TTTTTCTTCT--C-ATTTCTTAAGGCAGACATTC--AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA
* * * * * **
4715 CAAGAAAATTCAACCTAAAATCAA-T-TGAGTTTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATTAAGGCT
119 CAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-TAAGGCT
* * * * * * *
4778 TTTAAAGGTATAGGTGAATGTAATTGGAG-TTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
183 TTTGAAGG-CTAGGTGACTATAAATGG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * *
4842 CCAAATG-CAAAAATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTAAAA
246 CTAGA-GACAAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAA
* *************************
4905 TCAATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
309 TAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
*****************************************************************
4937 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTT
******************************** **
5002 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---A-AGT-A-AAAAAAT--------A-T-A
66 CTTCTCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCA
* * *** * **
5051 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGCAAT-AGGACTTTCAAAGGCTCA
131 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCT-A
** * * * * *
5115 ACTAACTATAAATGGGCTTTTCTAGCCAATGAAT-GGTTTTCTCTTCATGTTT-TACAAGGCAGA
194 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT-TCTTCATGTTTCTA-GAGACAAA
* * * * * * * *
5178 TATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTGAATA-AATTCTACTTAAAATCAATTATGAGA
257 AATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
** * *
5242 TTATAAAATTATGTAAAGCG
321 TTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * ** ** * * * *
5262 AGTACTAAAGCTTCAGAAGGCTTAGGCT-ACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATAAG-TT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCAATGAAT-GGCTT
* * * * * * *
5325 TTTCTT-T-ATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAA
63 TTTCTTCTCA--TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAA
* *
5388 ATTCAA-TCTAAAATCAATTATGA-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-
126 ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * ** * * *
5450 ---ATG-GA-T-T---T----TTGTTGTT---AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATTGAGGC
190 GCTAGGTGACTATAAATGGGCTT-TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGAC
* * * * * * * * *
5499 AGACACTT-AACTATAA-CT-TGTTCTAACCAAGAATGTAAGAA-AATTCAGCCTAAAATCAATT
254 A-AAAATTCAATTAGAATCTAT-TT-TAACCAAAAATATAA-AACAATTCAACTTAAAATAAATT
* * * * **
5560 ATGAGTTTATAAAACTACTGAAAGTG
315 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * * *
5586 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATAGGTTAATATAATTGGAGTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTT
** * * * * * ** *
5651 CTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTC
66 CTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTC
* * ** * *
5715 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAAGCTTG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAG
* * * * ** * * * * **
5780 AGTGACAATAAATAGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTACTTCATGCTTTCCA-AGGCAGG
195 -GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA-ATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTAGAGACAAA
* * ** * * * * *
5843 CATTCAATTATAAAATATTTTTATCAAAAA-AGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAG
257 AATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAACAAT-TCAACTTAAAATAAATTATGAG
* *
5906 ATTATAAAACTATTTAAAGCG
320 ATTATAAAACCATTTAAAGCA
* ** ** * * *** * * *
5927 AGTAATATGACTTTCAAATG-CTCAACTAACTATAAATGGGCTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTT
* * * * * ***
5991 TTCTTCAT-GTTTCTTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAAC-TAAAATTGTAAAAAAT
64 TTCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAT
* * ** *
6054 TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTTAAAGGCG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-
* * * * * * * **
6119 T-GGATGACTATAAATAGACTATTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTTCCA-AGGTA
192 TAGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTAGAGACA
* * * * * *
6182 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGA
255 AAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAA-TTCAACTTAAAATAAATTATGA
*
6246 GATTATAAAACCATTTTAGAG-A
319 GATTATAAAACCA-TTTAAAGCA
* * * * * * **
6268 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTGCTAACGAATGGGGTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTT
* * * * * ** **
6333 TCTTCAT-GTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATT
65 TCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATT
** * * * ** * * *
6397 CAACCAAAAATTAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGAAGGGTT
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCT
** * * *
6462 AGGTGACTATAAGCGAGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTTCCTAG-GA-AA
193 AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTT-CTAGAGACAA
* * * * * ** * * * * *
6525 ACATTCATTTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAG-
256 AAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
* * *
6589 CTATAAAATCATTTAAAGCG
321 TTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * ** *
6609 AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGAATATAAATGGA-TTCCCTTTGTTAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTG-CAATGAATGGCTTT
* * * * * * * * * *
6673 TTCTT-TACGTTTCTTAAGGCATACACTT-AACTATAACCTGTTCTAACTAAGAATGCAAGAAAA
64 TTCTTCT-CATTTCTTAAGGCAGACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAA
* * * * * **
6736 TTCAGCCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GG
* * * * * * *
6801 ATAGGTGAATGTAATTGGAG-TCTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGC
191 CTAGGTGACTATAAATGG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGAC
** * * ** * * **
6864 AAACTTTTAATTATAAAGTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-ACATTCAACTTAAAACCAATTATG
254 AAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATAAATTATG
*
6928 AGATTATAAAACCATTTAAAGCG
318 AGATTATAAAACCATTTAAAGCA
** ** * * *
6951 AGTAATAAGGCTTTCGGAA-GCTTGAGTGACTATAAACGGACCTTTCATAT-CAAT-AGATGGCT
1 AGTAATAAGG-TTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGCAATGA-ATGGCT
** ** * ** **
7013 TTGGC-T-TCATGCTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTCATTAAAAAAGT--AAA
62 TTTTCTTCTCAT--TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAAA-TACAAA
* ** * * * *
7074 AAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAA-CAATATGACTTTC
123 AAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * * *
7137 AAAGTCTCAACTGACTATAAATAGGCTTTT-TTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
186 GAAGGCT-AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CT
* ** * * * *
7201 A-AGGCAAACCTTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
248 AGAGACAAAAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATAAA
* *
7264 TTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCT
313 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * *
7292 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAACGAATGGCTCTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTT
** ** * * * * * * *
7357 TCATGATGTTTTC-CAAGGTAGACATTAAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTT
65 TC-TTCTCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATT
* * * * *
7421 CAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCATTTTATGGAAGTAACAAGGCTTTTGGAGG-T
129 CAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * ** * *
7484 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCACATTTCTAGAGATAG
193 A-G-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGACAA
* * * * * ********* *
7549 ACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAG
256 AAATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAA-TTCAACTTAAAATAAATTATGAG
* ***
7613 ATTGTAAAACCATTTAAAATG
320 ATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
7634 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTGGGTGACTATAAGCA-GG-CTTTTCTTGCAAATAAATGGGT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAA--ATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCT
* * * * * * * **
7696 TTTTTTTCAT-ATTTTCCT-AGGAAAACATTCATTTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
62 TTTTCTTC-TCA-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAA
* * * * * * *
7758 AATTCAACCTAAAATCAATTATTAGCTTATAATACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAG
125 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
7823 GC
190 GC
7825 ATTAGTGAAT
Statistics
Matches: 5314, Mismatches: 1704, Indels: 697
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
322 2 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (340 bp):
AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTT
CTTCTCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGG
TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGACAAAAATT
CAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCA
Found at i:952 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 117--1082 Score: 677
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
107 ATTTGAAGTG
* * ** * * * *
117 AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAACT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
* * * * * * * **
181 TCCTAACAT-TTTCC-AATGCAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
66 T-CT-TCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAAT
* * * * * * *
244 TCAGCCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAACCATTTAGAGCG
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCA
* * * *
287 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTT-GAGTTACTATAAATGGG-CTTTTCTTTCCAATGAATGGGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAG-GTGACTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGG-T
********** * * * * * * ** *
350 TTTCTTCATGTNNNNNNNNNNAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAGAT
64 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAAT
* * * *
415 TTAACTTAAAATAAATCT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCA
129 TCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCA
********** * * * * * **
458 AGTANNNNNNNNNNTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTCTCTTGCTAATGAATGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTT
* * * * * *
522 TTCTTC-TCATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATAC-AAAAAAG
65 TTCTTCAT-GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA-ACTAAAAAAA
*
585 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTA
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCA
* * *
629 AGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCATAGGTGACTGTAAAT-GGACTTTTGTTGCCAATGAATGGGGT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCTTAGGTGACTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGGT
* * * * * *
692 TTTCTTCATGTTT-CTAGAGACAGACATTCAATTAGAATCTATTTTAACCCAAAATA-TAAAACA
64 TTTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAAACTAAAAAA
* * *
755 ATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATACAATCATTTAAAGCG
127 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCA
* * * ** * *
800 AGTAATAAGGTTTTTGAAAG-TTTGAGTGACTATAAATGGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAG-GTGACTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTT
* *
864 TTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAACTAAAAAAAT
65 TT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAAT
* * *
929 TCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-CA
* * * * * *
973 A-TAACAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGCCCATAAATGGG-CTTTTCTTGCCTATGAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGG-TT
** * * * *
1036 TTCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
65 TTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
1083 CAAANNNNNN
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 149, Indels: 53
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 61 0.10
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173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
TCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAACTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCA
Found at i:2022 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1482--7840 Score: 2889
Period size: 171 Copynumber: 37.4 Consensus size: 169
1472 NNNNNNNNNT
* * *
1482 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-GTAGGGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACT
* * ** * * * * *
1546 ATAAGTGGGCTTTTCTTGTGAATGAGTGAGTTTTTTTTTCATGTTTTCCT-AGGAAAACATTCAA
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTT--TAAGGCAGACATTCAA
* * ** * *********
1610 TTATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAACAATNNNNNNNNN
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* * * * * *
1654 NTCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCATG-GAAGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACT
** * * * *
1718 ATAAATGGAC-TTTCGTTGTTAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAACACTT-AA
65 ATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACA-TTCAA
* * * * * * *
1781 CTATAACCTGTTCTAACCAAGAATGGAAGAAAATTAAACCTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA
********** * * * *
1825 ATCAATTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGGATGTGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * *
1890 CAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTAGAGGCAAACATTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTA-AGGCAGACATTCAATTA
* * *
1955 TAATCTGTTTTACCCAACAATATAAACAAATTCAACTTAAA
130 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAA
* * * ** * * * *
1996 ATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAGTAA-GATTTTGAAGGTATAAGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * * **
2060 TAAATTGACTTTTTTTACCAATGAAAGGGTTTTTCTTAACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATTA
* *********
2125 TAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAA
130 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* * ** * * * * *
2166 ATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGATAATAATATGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * * *
2231 TAAATGAACTTTT-TGTGCTAATGGATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATT
66 TAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATT
* * * * * *
2295 AGAATATATTTTAACAAAAAATATAAAGCAATTCAACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAA
* ********** ** * * ** *
2337 ATCAATTATAAGNNNNNNNNNNCATTTAAAATGAGTAATGAGGCTTTCGAACTC-TTAGGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACT
* * * * *
2401 ATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGTAAACATTCAAT
65 ATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TAAGGCAGACATTCAAT
** *****
2465 TATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCNNNN
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
****** * * * * * *
2508 NNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGCTTGAATGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* ** * * ** *
2573 TAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCCAAGGCAGAGATTCAATT
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATT
** * * * ** *
2637 ATAAAATATTTTCATCAAAAAAATAAAAAAATAT-AATTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAA
* * * ** * * * ** * * **
2679 ATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGTTAGCAATATGACTTTCAAAGGC-TCAACTGNNN
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTG-AC
******* * * * * *
2743 NNNNNNNGG-CTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTTAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAAT
*
2807 TAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTT-AA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAA-CTTAAA
* * * * *
2849 ATCAATTATGAGATTATAAAACCGTCTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * ** *
2914 TAAATGAACTTCTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCATCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATTA
* *
2979 TAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAATGTTCAACTTAAA
130 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* **
3020 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-CAGATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * ** ** *
3084 ATAAATGGACTTTTGTCT-CTAATGAATGGGGTTTTCTTCACATTTCTAGAGGCAGACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTA-AGGCAGACATTCAAT
* * **
3148 TATAATTTGTTTTAA-CACAAAATGTAAAAAAATTCAACCTANN
128 TATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
******** * * * *
3191 NNNNNNNNTGAGATTGTAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTATG-GTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-ATGAGTGACT
* * * * * * * * *
3255 ATAAGTGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGTG-TTTTTCTTCAAGTTTTTCTAGGAAAACATTTATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTTT-AAGGCAGACATTCAAT
* *
3319 TATAAAT-TTTTTTAA-CACAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
128 TAT-AATCTGTTTTAACCA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
3362 AT-AAGTTATTAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTTAAGGCATGGGTAAAT
1 ATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
** * * * * * *
3426 ATAAATGGA-TTTTCATTGTTAATG-AT--TTTTTTTTTTACGTTTCTTGAGACAGACACTT-AA
65 ATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACA-TTCAA
* * * * * *
3486 CTATAA-CTTGTTCTAACTAAGAATGCAAGAAAATTCAACCTAAA
127 TTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
3530 ATCAATGATGAGTTTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATTAAGGCTTTTGAAGGGAT-AGATGAA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGAC
* *** ** *
3594 TATAATTGTTGTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAAT
* ** *
3659 TATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAATAATCAACTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* * * *
3702 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGC-TTTGAAAAGCTTGAGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGAGTGACT
* ** * * *
3766 ATAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTGCATCATGTTTTTCAAGGCAGACATTGAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT-AAGGCAGACATTCAAT
* * * * * * *
3830 TCTAATATATTTTCATCAAAAAAGTAAAAAAAATAT-AATTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAT-TCAACTTAAA
* * * ** * *
3874 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTCAAAGGC-TCAACTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACT
* * ** * ** *
3938 ATAAATGGGCTTATT-TAGCCAATGAAAAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATTCAAT
65 ATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAAT
* ** * *
4002 TAGAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACATTCAACTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
4044 ATCAAATATGAGATTATAAAAACATCTAAAGCTAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * ** * *
4109 TAAATGGACTTCTCTTCCCAATGAAATAG-TTTTTCACCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATT
* * *
4173 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAGTTTAACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
4215 ATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTCAGGCAAGTAAGAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * *
4280 TAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGAG-GTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATT
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTTTA-AGGCAGACATTCAATT
* * *
4344 ATAATTTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* ** * * * *
4386 ATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTGTAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGC-TAGGGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACT
* ** * * ** * *
4450 ATAAGTGGGTTTTTCTTGCAAATGAATAGG-TTTTTCTTCATGATTCTCT-AGTAAAACATTCAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATG-TT-TTTAAGGCAGACATTCAA
* * *
4513 TTAT-ATTTTTTTTAA-CAAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
4556 ATCAATTATTAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGCGTGAATA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * *
4621 TAAATGGA-TTTTACAATTGTCAACATAAATGACTTTTTTCTTTAGCGATTCTTAAGGTAGACA-
66 TAAATGGACTTTT-C--TTG-CCA-ATGAATGGC-TTTTTCTTCA-TG-TTTTTAAGGCAGACAT
* * * * * *
4684 TCATAAGTATAACCTGTTCTAACCAAGAATGCAAGAAAATTCAACCTAAA
123 TC--AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
4734 ATCAA-T-TGAGTTTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATTAAGGCTTTTAAAGGTAT-AGGTGAA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGAC
* * * * ** * * * *
4796 TGTAATTGGAGTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAATGCAAAAATTTAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAAT
* *
4861 TATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
*********************************************************
4904 ATCAATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
*****************************************************************
4969 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTAAGGCAGACATTCAATTAT
** *
5034 AA-AAG---TAA--AAAAA--T-----A-T-AATTTAAA
131 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* ** * ** * * *
5058 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGCAAT-AGGACTTTCAAAGGC-TCAACTAAC
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCAT-GAGTGAC
* * * *
5121 TATAAATGGGCTTTTCTAGCCAATGAATGG-TTTTCTCTTCATGTTTTACAAGGCAGATATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTT-TAAGGCAGACATTCAA
* * *
5185 TTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTGAATAAATTCTACTTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
** * * * ** *
5229 ATCAATTATGAGATTATAAAATTATGTAAAGCGAGTACTAAAGCTTCAGAAGGC-TTAG-GCTAC
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG--AC
* * * * * * *
5292 TATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATAAG-TTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAA
* **
5356 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAA-TCTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAA
*
5400 ATCAATTATGA-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA---AT--G-GA-T-
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * * *
5456 T---T----TTGTTGTT---AATGAATGGCTTTTTCTTC-ACATTTATTGAGGCAG-ACAC-TTA
66 TAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGC--TTT-TTCTTCATGTTTTTAAG--GCAGACATTC
* * * * * * * ** * * * *
5508 ACTATA-ACTTGT-TCTAACCAAGAATGT-AAGAAAATTCAGCCTAAA
125 AAT-TATA-ATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
5553 ATCAATTATGAGTTTATAAAACTACTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAT-AGGTTAAT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACT
* * * * * *
5617 ATAATTGGAGTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTTAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TAAGGCAGACATTCAATT
*
5681 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* ** * * *
5723 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAAGCTTGAGTGACAA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * ** * ** *
5788 TAAATAGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTACTTCATGCTTTCCAAGGCAGGCATTCAATT
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTTAAGGCAGACATTCAATT
** * * * * *
5852 ATAAAATATTTTTATCAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAA
* * * ** * * * *
5894 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTCAAATGC-TCAACTAACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACT
* * * * *
5958 ATAAATGGGCTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTTAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATT
* * * *
6023 ATAATCTATTTTAACTAAAATTGTAAAAAATTCAATTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* ** * *
6064 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTTAAAGGCGTG-GATGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACT
* * * * * *
6128 ATAAATAGACTATTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TAAGGCAGACATTCAATT
* *
6193 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAA
* *
6235 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAGAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * ** * *
6299 GTAAATGGACTTTTGTTGCTAACGAATGGGGTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATT
* * **
6364 ATAATGTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
6406 ATTAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGAAGG-GTTAGGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACT
* * * * *
6470 AT-AA-GCGAGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTTCCT-AGGAAAACATTCA
65 ATAAATG-GA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT--TAAGGCAGACATTCA
* * ** *
6532 TTTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
126 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
6577 ATCAATTATTAG-CTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGAAT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACT
** ** * * *
6640 ATAAATGGA-TTCCCTTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGCATACACTT-AA
65 ATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACA-TTCAA
* * * * * * * *
6703 CTATAACCTGTTCTAACTAAGAATGCAAGAAAATTCAGCCTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
6747 ATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAT-AGGTGAAT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACT
* * * * * * * *
6811 GTAATTGGAGTCTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACTTTTAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGCAGACATTCAATT
** * *
6876 ATAAAGTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* * *
6918 ACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGGAA-GCTTGAGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCATGAGTGACT
* * * ** ** *** *
6982 ATAAACGGACCTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTGGCTTCATGCTTCCCAAGACAGACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTTAAGGCAGACATTCAAT
** * * ** * *
7046 TATAAAATATTTTCATTAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAA
** ** * * ** * * *
7089 ATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAACAATATGACTTTCAAAGTC-TCAACTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACT
** * *
7153 ATAAATAGG-CTTTT-TTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACCTTCAA
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* *
7216 TTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
7259 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * * * *
7324 TAAATAGACTTCTCTTGCCAACGAATGGCTCTTTCATGATGTTTTCCAAGGTAGACATTAAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TAAGGCAGACATTCAATTA
* * *
7389 TAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAA
130 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAA
* * * * *
7430 A-CTAATTATGAGATTATAAAACCATTTTATG-GAAGTAACAAGGCTTTTGGAGGTATGAGTGAC
1 ATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * ** ** * **
7493 TATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCACATTTCTAGAGATAGACATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTA-AGGCAGACATTCAAT
* * *********
7558 TATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAA
* ** * * *
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1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * * *
7666 TAAGCA-GG-CTTTTCTTGCAAATAAATGGGTTTTTTTTCATATTTTCCT-AGGAAAACATTCAT
66 TAA--ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT--TAAGGCAGACATTCAA
* ** *
7728 TTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
7771 ATCAATTATTAGCTTATAATACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGAATA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
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66 TAAAT
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Statistics
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Found at i:6435 original size:512 final size:507
Alignment explanation
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** ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* ** * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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5976 CC
506 CC
* * * *
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* ** * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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128 GGCTTTTGAAGGC-GTGGTGACTATAAATAGACTT-TC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * * * *
6681 G-TTTCTTAAGGCATACACTT-AACTATAACCTGTTCTAACTAAGAATGCAAGAAAATTCAGCCT
190 GTTTTC-CAAGGCAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTT
* * * * *
6744 AAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAT-AGGTG
252 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTG
* * * * * * * * * *
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316 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTC
* *
6872 AATTATAAAGTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAA
379 AATTATAAAGTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
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444 AACCATTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTC-GAAGCTTAAGTGACTATAAACGGACTTTTC-TAGC
7001 C
507 C
** * * * ** * *
7002 AAT-AGATGGCTTTGGCTTCATGCTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTCATTAAA
1 AATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* ** ** * ** *
7066 AAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAACAATAT
65 AATGT-AAAAAAT-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAA
* ** * ** * *
7130 GACTTTCAAAGTC-TCAACTGACTATAAATAGGCTTTTTTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
128 GGCTTTTGAAGGCGT--GGTGACTATAAATAGACTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * *
7194 GTTTCCCAAGGCAAACCTTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
190 GTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
7259 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * *
7324 TAAATAGACTTCTCTTGCCAACGAATGGCTCTTTCATGATGTTT-TCCAAGGTAGACATTAAATT
320 TAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCT-TTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATT
** * * * *
7388 ATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAACTAATTATGAGATTATAAAACC
383 ATAAAGTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * ** * *
7453 ATTTTATG-GAAGTAACAAGGCTTTTGGAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCC
448 ATTTAAAGCG-AGTAACAAGACTTTCGAAGCT-TAAGTGACTATAAACGGACTTTTCTAGCC
** ** ** * * *
7514 AATGAATGGGGTTTTCTTCACATTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
********* * *
7578 AATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAA
65 AATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAA
* * ** * * * * * *
7642 GGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAGCAGGCTTTTCTTGCAAATAAATGGGTTTTTTTTCATA
128 GGCTTTTGAAGGCGT-GGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * *
7707 TTTTCCTAGGAAAACATTCATTTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
191 TTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
7771 ATCAATTATTAGCTTATAATACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGAATA
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
7836 TAAATAGA
320 TAAATAGA
7844 TTCCTGTTGT
Statistics
Matches: 1486, Mismatches: 322, Indels: 116
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Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 133 0.09
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514 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
ATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGCGTGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC
CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATA
GACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAAGTG
TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAACAAGACTTTCGAAGCTTAAGTGACTATAAACGGACTTTTCTAGCC
Found at i:7531 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 5530--7843 Score: 1959
Period size: 341 Copynumber: 6.8 Consensus size: 338
5520 TCTAACCAAG
* * * * * * *
5530 AATGTAAGAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTACTGAAAGTGAGTAATAAG
1 AATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
5595 GCTTTTGAAGGGATAGGTTAATATAATTGGAGTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
65 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * *
5659 TT-TCCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
130 TTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* ** * *
5723 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCAAAAGCTTGAGTGACAA
193 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGTTGAGTGACTA
* ** * **
5788 TAAATAGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTACTTCATGCTTTCCAAGGCAGGCATTCAATT
257 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATT
* *
5852 ATAAAATAT-TTTTATCAAAA
320 AT--AATCTGTTTTAACAAAA
* * *
5872 AA-GTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAT
1 AATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* ** * *** * * *
5935 GACTTTCAAATGC-TCAACTAACTATAAATGGGCTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
64 GGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * *
5999 GTTTCTTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAATTGTAAAAAATTCAATTTAAA
128 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* ** * *
6064 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTTAAAGGCGTG-GATGACT
193 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAG-TGACT
* * * * *
6128 ATAAATAGACTATTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
256 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATT
6193 ATAATCTGTTTTAACAAAA
320 ATAATCTGTTTTAACAAAA
* * *
6212 AATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAGAG-AAGTAATAA
1 AATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * **
6276 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTGCTAACGAATGGGGTTTTCTTCATG
64 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * ** **
6341 TTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAA
129 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
6406 ATTAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGAAGGGTT-AGGTGACT
193 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGTTGA-GTGACT
** * * * * * *
6470 AT-AAGCGAGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTTCCTAGGAAAACATTCATT
256 ATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAAACATTCAAT
* *
6534 TATAATTTGTTTTAATAAAA
319 TATAATCTGTTTTAACAAAA
* * * * *
6554 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAG-CTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAG
1 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** ** * *
6618 GCTTTTGAAGGCATTGGTGAATATAAATGGA-TTCCCTTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACG
65 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * * * * *
6682 TTTCTTAAGGCATACACTT-AACTATAACCTGTTCTAACTAAGAATGCAAGAAAATTCAGCCTAA
129 TTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAA
* * * * * *
6746 AATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAT-AGGTGAA
192 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGTTGA-GTGAC
* * * * * * *
6810 TGTAATTGGAGTCTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACTTTTAAT
255 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAAACATTCAAT
**
6875 TATAAAGTGTTTTAACAAAA
319 TATAATCTGTTTTAACAAAA
* *
6895 AATATAAAAACATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * ** **
6960 GCTTTCGGAA-GCTTGAGTGACTATAAACGGACCTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTGGCTTCAT
65 GCTTT-TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCAT
* * ** ** * * * * *
7023 GCTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTCATTAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTA
128 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTA
** ** * * * * * *
7087 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAACAATATGAC-TTTCAAAGTCTCAACTGA
191 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-T-GAGTGA
* *
7151 CTATAAATAGGCTTTT-TTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACCTTCA
254 CTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAAACATTCA
*
7215 ATTATAATCTATTTTAACAAAA
317 ATTATAATCTGTTTTAACAAAA
* * *
7237 AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCTAGTAATAAAG
1 AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * *
7302 CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAACGAATGGCTCTTTCATGATGTT
66 CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* * *
7367 T-TCCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAA
131 TCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAA
* * * *
7431 -CTAATTATGAGATTATAAAACCATTTTATG-GAAGTAACAAGGCTTTTGGAGGTATGAGTGACT
194 TC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TGAGTGACT
* ** ** * ** *
7494 ATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCACATTTCTAGAGATAGACATTCAATT
256 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCA-AGGCAAACATTCAATT
* * *
7559 ATAATTTTTTTTAACCAAA
320 ATAATCTGTTTTAACAAAA
********* * **
7578 AATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
7643 GCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAGCA-GG-CTTTTCTTGCAAATAAATGGGTTTTTTTTCAT
65 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA--ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * *
7706 ATTT-TCCTAGGAAAACATTCATTTATAAT-TTTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
128 GTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* * * * *
7768 AAAATCAATTATTAGCTTATAATACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATT-AGTG
190 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG--TTGAGTG
*
7832 AATATAAATAGA
253 ACTATAAATAGA
7844 TTCCTGTTGT
Statistics
Matches: 1580, Mismatches: 334, Indels: 117
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
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343 23 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTGAGTGACTATAAA
TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
TGTTTTAACAAAA
Found at i:7609 original size:683 final size:676
Alignment explanation
Indices: 5034--7817 Score: 2160
Period size: 683 Copynumber: 4.1 Consensus size: 676
5024 NNNNNNNNNN
* * ** *
5034 AAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGCAATA
1 AAAAGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
5098 GGACTTTCAAAGGCTCAACTAACTATAAATGGGCTTTTC-TAGCCAATGAATGG-TTTTCTCTTC
65 AGACTTTCAAA-GCTTAAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTAGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTC
* * * * * * * * *
5161 ATGTTTTACAAGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTGAATAAATTCTACTT
128 ATG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
** * * ** *
5226 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATGTAAAGCGAGTACTAAAGCTTCAGAAGGCTTAGGCT-
192 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGG-TG
* * * * * * *
5290 ACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATAAG-TTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGAAAACATTC
256 ACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATT-
* **
5354 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGA-ATTATA
319 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
5417 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA---AT--G-G---AT---T----T-TTGTTGT
382 AAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTATTCTTGC
* * * * * * *
5465 TAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATTGAGGCAGACACTT-AACTATAA-CTTGTTCTAACCA
446 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-CTAAGGTAGACA-TTCAATTATAATC-TGTTTTAACAA
* * * * * * * *
5528 AGAATGTAAGAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTACTGAAAGTGAGTAATA
508 AAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATA
** * * ** * * * *
5593 AGGCTTTTGAAGGGAT-AGGTTAATATAATTGGAGTTTTC-TT-CCAATGAAT-GGCTTTTTCTT
571 AGGCTTTTGAA-GCTTGA-GTGACTATAAACGGA-CTTTCATTGCTAAAGAATGGGC-TTTGCTT
* * * ** *
5654 CATGTTTTCCAAGGTA-A-ACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAA
632 CATG-CTTCCAAAG-ACAGACATTCAATTATAAAATATTTTAACCAA
*
5698 AAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
5763 AGTCTTTCAAAAGCTTGAGTGACAATAAATAGACTTTTCATA-TCAAT-AGATGGCTTTTACTTC
65 AGACTTTC-AAAGCTTAAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTAGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTC
** * * *
5826 ATGCTTTCCAAGGCAGGCATTCAATTATAAAATATTTTTATCAAAAAA-GTAAAAAAATAT-AAT
128 ATG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAAC
* * ** * *
5889 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-ATGACTTTCAAATGC-TCAA
190 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCAT-AG
* * * * *
5952 CTAACTATAAATGGGCTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
253 GTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACA-
* *
6017 TTAATTATAATCTATTTTAACTAAAATTGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATA
317 TTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * *
6082 AAACCATCTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTTAAAGGCGTG-GATGACTATAAATAGACTATTCTTG
382 AAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTATTCTTG
* * ** *
6146 TCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
445 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CATTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
* *
6211 AAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAGAGAAGTAATAA
509 AAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGGAGTAATAA
* * * ** * * *
6276 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTGCTAACGAATGGGGTTTTCTTCATG
572 GGCTTTTGAA-GCTTGAGTGACTATAAACGGACTTTCATTGCTAAAGAATGGGCTTTGCTTCATG
* * ** ** * *
6341 TTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACCCA
636 CTTCCAAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTAACCAA
* ** * * * * *
6382 AAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATTAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAA
1 AAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * ** * * *
6447 GACTTTTGAAGGGTTAGGTGACTAT-AAGCGAGCTTTTCTT-GCAAATGAATGGGTTTCTCTTCA
66 GAC-TTTCAAAGCTTAAGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
6510 TGTTTTCCTAGGAAAACATTCATTTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
129 TG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
6575 AAATCAATTATTAG-CTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGAA
193 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
* ** * * * *
6639 TATAAATGGA-TTCCCTTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGCATACACTTAA
258 TATAAATGGACTTCTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACA-TTAA
* * * * * * * * *
6703 CTATAACCTGTTCTAACTAAGAATGCAAGAAAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAA
321 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * *
6768 CTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAT-AGGTGAATGTAATTGGAGTCTTCTTGCCA
385 CCATTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCA
** * * * * **
6832 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACTTTTAATTATAAAGTGTTTTAACAAAAAA
448 ATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
*
6897 TATAAAAACATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
512 TATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGC
*
6962 TTTCGGAAGCTTGAGTGACTATAAACGGACCTTTCATAT-C-AATAG-AT-GGCTTTGGCTTCAT
575 TTT-TGAAGCTTGAGTGACTATAAACGGA-CTTTCAT-TGCTAA-AGAATGGGCTTT-GCTTCAT
* * **
7023 GCTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTCATTAA
635 GCTTCCAAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTAACCAA
* ** **
7065 AAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAACAATA
1 AAAAGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
7129 TGACTTTCAAAGTCTCAACTGACTATAAATAGGCTTTT-TTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
65 AGACTTTCAAAG-CTTAAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* *
7193 TGTTTCCCAAGGCAAACCTTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTA
129 TGTTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
7257 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
193 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
* * * * * * *
7322 TATAAATAGACTTCTCTTGCCAACGAATGGCTCTTTCATGATGTTT-TCCAAGGTAGACATTAAA
258 TATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATT-AA
* *
7386 TTATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAA
321 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
7450 ACCATTTTATGGAAGTAACAAGGCTTTTGGAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCA
384 ACCATTTAAAGG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCA
** * * * *
7515 ATGAATGGGGTTTTCTTCACATTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAA
448 ATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
* ********* * *
7580 TGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGC
512 TATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGGAGTAATAAGGC
* * * * **
7645 TTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAGCAGG-CTTTTC-TTGC-AAATAAATGGGTTTTTTTTCATA
575 TTTTGAAG-CTTGAGTGACTATAAAC-GGAC-TTTCATTGCTAAA-GAATGGGCTTTGCTTCAT-
** * * * * * * *
7707 TTTTCCTAGGA-AAACATTCATTTAT-AATTTTTTTAA-TAA
635 GCTTCCAAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTAACCAA
* * * * * *
7746 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGCTTATAATACAATTTAAAGCGAGTAGTA
1 AAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
*
7811 AGGCTTT
65 AGACTTT
7818 TGAAGGCATT
Statistics
Matches: 1680, Mismatches: 350, Indels: 162
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
664 37 0.02
665 287 0.17
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669 1 0.00
671 1 0.00
674 2 0.00
677 1 0.00
681 23 0.01
682 382 0.23
683 872 0.52
684 49 0.03
685 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (676 bp):
AAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GACTTTCAAAGCTTAAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTAT
AAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTAATTATA
ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTATTCTTGCCAATGAATGG
CTTTTTCTTCACATTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCTT
GAGTGACTATAAACGGACTTTCATTGCTAAAGAATGGGCTTTGCTTCATGCTTCCAAAGACAGAC
ATTCAATTATAAAATATTTTAACCAA
Found at i:8790 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8481--9375 Score: 775
Period size: 170 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
8471 NNNNNNNNGG
* * * *
8481 CTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCCCGAGGCAAACCTTCAATTATAATCTA
1 CTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
8545 TTTTAACCAAAAATGT-TAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACTATCTAAAG
65 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
*
8609 CTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
8651 CTTCTCTTACCAATAAATGGCTTTCTCATCATGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * ***
8716 TTTAACTAAAAATATGAAAAAGTTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTCGGGC
66 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * *
8781 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGG-
131 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * ** * * *
8821 CTTTTGTTGCCAATGAATGGGGTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGCAGACATTCAATTATAATTTG
1 CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * **********
8885 TATTAACCCAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAG
65 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * *
8950 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TAGGGTGACTATAAGTGGG
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
8992 CTTTTCTTGA-AAATG-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGAAAACATTCATTTATAATTTG
1 CTTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
*
9055 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG-GTATTATAAAACTATTTAAA
65 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAA
* *
9119 GCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATGGA
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * * * **** * * * *
9162 -TTTTCATTATTAATTAATGACTTTTGCTTTACGTTTTTTGAGACAGACACTT-AACTATAACCT
1 CTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA-TTCAATTATAATCT
* * * * * * * * *
9225 GTTCTAACCAAGAATGTAAGAAAATTTAACCTAAAGTCAATTATAAGTTTATAAAACTATTGAAA
64 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * * * *
9290 GTGAGTAATTAAGGGTTTTGAAGGGATAGGTGAATATAATTAGA
129 GCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
9334 GTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCAAG
1 CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
9376 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 142, Indels: 30
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 319 0.56
171 179 0.32
172 56 0.10
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
Found at i:9963 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9646--13584 Score: 3392
Period size: 171 Copynumber: 23.1 Consensus size: 171
9636 TGTAAATACG
* * * * *
9646 CTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* *
9710 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
9774 CTACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
9816 TTTTTCTTGCTAATGGACGCCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * ** *
9881 TTTCACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGCATAACCATTTAAAGC
66 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
9946 GAGTAAT-AGAACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGG
131 GAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
9987 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCATGAGGTAGATATTTAATTACAATTTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * *
10051 TTTTAAACAAAAATATGT--AAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAA
65 TTTT-AACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
10114 AGCTAGTAACAAGGCTTTTGAATGCTTG-GATGACTATAAATGGG
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * * * * *
10158 CTTTTCTTTCAAATAAATAGATTTTTCCTCATATTTCCCAAGGTAAACTTTCAGTTATAATATAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
10223 TTTAACCAAAAATGCATAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTA-TTAAAG-
66 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* **
10286 GAAGTAATAAGGGTTTTGAAGATATGAGTGACTATAAATGGA
131 G-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
10328 CTTTTGTTGCCAATGAATGAG-GTTTTCTTCACGTTTCCAAAGGTAAAGATT-TATTATAATCTA
1 CTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* *
10391 TTTTAACT--CAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** *
10454 CGAGTAATAAGGCTTTCGAACGTTTGAGCGACTATAAATGGA
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* ** * * * ** * * *
10496 CTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTACAATATAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
10561 GTTAA-TCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCGATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
66 TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
10625 TGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGGC-CGAGTGACTATAAATAGG-
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAAT-GGA
* * * * * *
10667 CTTTTCTTGCCAATAAATGGGTTTTTCTTTCTAT-TTTT-TGAGGTAAACATTCAATTACAATAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTC-ATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
10730 ATTTT-AGTAAAACATATGAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
64 ATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
10794 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
10838 CCTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCCTCATATTTT-TGAAGGTAGATAGTCAATTACAATCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * * **** **
10902 TTTTAGCTAAAAATGTTAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATCGCGAAACTTTTTAAAG
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
10967 TGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
11009 CTTTTCTTGTCAACGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTACCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
11074 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAGAATCAATTATAAAATTATAAAATCATTTAAAGT
66 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * *
11139 GAGTAATAAGGCTTTTGAATACTTGGGTGATTATGAATGGA
131 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * *
11180 C-TTTCTTGCAAATAAATGGATTTTTCTTCATG-TCTCACAAGGCAAACATTTAGTTATAATCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
11243 TTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA
65 TTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
11308 ACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
11351 CTTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACG-TTTCTTGAGGTGGACATTCAATTATAATCTA
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * *
11415 TTTTAACGAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TAAAATTATAAAACTATTTAAA
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
11479 GCGAGTAATTACGCTTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAAT-GA
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * *
11521 CTTTTCTTGCCAATAAATAGG-TTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGACATAT-AATTATAATCT
1 CTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACAT-TCAATTATAATCT
* ** * *
11584 ATTTTAA-TCGAAAATGTAAGCAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTCA
64 ATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
11648 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATTGA
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGA
* * * *
11692 CTTTT-TAT-CCTAATGGATGG-TTTTTACTTTACG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
1 CTTTTCT-TGCC-AATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
11753 ATATTTTAA-TAAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTC
62 CTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
11817 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGAATATAAATGGG
126 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
11863 CTTTTCTTACCAATAAAAGGCTTTTT-TTCATGTTTCCCAAGGTAAAAATTTAATTATAATCTAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
11927 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAGAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAAC
66 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
11992 GAATAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGG
131 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** *
12033 TTTTTCTTGCCAATGATTGGCTTTTTCTTCA-CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
12097 TTTAAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
65 TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * *
12162 GTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTGA-TGATTATAAATGGA
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGA
* * * *
12205 -TTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATCTA
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * **
12268 TTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAG
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
12333 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGAATATAAATGAA
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * * ** * *
12375 TTTTTGTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-ATTTCTTGAGGTAGACACTT-AACCATAACCC
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCT
* * * * * * * * *
12438 ATTCTAACTAAGAATGCAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTGAAA
64 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * ** *
12503 AAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATAAGTGAATATAGTTAGA
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
12546 GTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-ATTTCTTGAGGT-GAATATTTAATTATAATAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
12609 GTTTTAACTAACAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATAAGATTATTAAACCATTTAAA
64 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
12674 GCGAGTAATACGACTTTT-AAGGGAAT-AGGTGACTGTAAATGGA
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* *
12717 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTT-TAAGGCACACACTT-AATTATAA-CT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTTCTAAGGTAGACA-TTCAATTATAATC-
* * * * *
12779 TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAA
63 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
12844 AGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGATGGGTTACTATCAATAGT
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
12888 CTTTTGTTGTCAATAAATGTCTTTTTCTTTAAGTTTTC-AGACGTAGACATTCAATTACAATCTA
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
12952 TTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAA
65 TTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
13016 GCGAGTAATAAGACTTTCGAGGGC-TTAGGTGACTGTAAATGGG
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * *
13059 CTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTTACG-TTTCTCAAGGTCA-ACATTCAATTACAATC
1 CTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGT-AGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
13121 TATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTGAAATCAATTGTGAGATTATAATACCATTTAA
63 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** *
13186 AGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * * *
13230 CTTTTTTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGAAGATAGAT-AATTATAATCT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGTAGACA-TTCAATTATAATCT
* * * * * *
13293 ATTTGAACCAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA
64 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
13358 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATG-GATGACTATAAATGGA
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGA
* ** * * * * * * * *
13401 CTTTTTTTATCAATGAATAG-TTTTGTCTTCACGTTCTCCATGGCAAACATTCAATTATAATCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
* * ********** * * ** *
13465 TTTTACCCAAAAANNNNNNNNNNTTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTACAAAATAATTTAAAA
65 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
13530 TGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGA
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
13572 CATTTT-TTGCCAA
1 C-TTTTCTTGCCAA
13585 AAATGTAAGA
Statistics
Matches: 3058, Mismatches: 609, Indels: 203
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 41 0.01
168 78 0.03
169 46 0.02
170 626 0.20
171 2064 0.67
172 190 0.06
173 13 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
Found at i:13979 original size:451 final size:453
Alignment explanation
Indices: 13129--14024 Score: 1010
Period size: 451 Copynumber: 2.0 Consensus size: 453
13119 TCTATTTTAA
* * *
13129 CCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTGAAATCAATTGTGAGATTATAATACCATTTAAAGTGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATATAAAGTGAGTA
* * * * * * *
13194 ATTAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATAACTTTTTCTT
66 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATAACTTTTCCTA
* * *
13259 CATGTTTCTCAAGGAAGATAGATAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAATATTCAACC
131 CATGTTTCTCAAGGAAGATACATAATCATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* * * *
13324 TAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGGATG
196 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGATG
* * *
13389 ACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATAGTTTTGTCTTCACGTTCTCCATGGCAAACATTCA
261 ACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATAGTTTTGTCTTCACGTTCTCCAAGGCAAACATTCA
* ********** *
13454 ATTATAATCTGTTTTACCCAAAAANNNNNNNNNNTTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTACAAA
326 ATTATAATCTGTTTTACCAAAAAATGTAAAAAGCTTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTACAAA
* * *
13519 ATAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG-AGGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTG
391 ACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTG
* *
13581 CCAAAAATGTAAGAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AGCTATATGAAGTGAG
1 CCAAAAATGTAA-AATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAATA-CCATATAAAGTGAG
* * * **
13644 TAGTAAGGCTTTTAAAGG-ATTGGGTCACTATAACTAGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTC
64 TAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGGGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATAACTTTTC
* * * *
13708 CTCACAT-TTTC-CAA-TACA-A-ACATTGAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
128 CT-ACATGTTTCTCAAGGA-AGATACA-T-AATCATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAA
* * *
13768 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC
189 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGC
* * * * *
13833 -TTGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGGGAATGAATGGGTTTT-TCTTCATGTT-TCCCAAG
254 ATGGA-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTAGCAATGAAT-AGTTTTGTCTTCACGTTCT-CCAAG
* * * * *
13894 GTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTTA-CAAAAAATGTAAAAAGCTTTAACTTAAAATCAATTT
315 GCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTACCAAAAAATGTAAAAAGCTTCAACTTAAAATCAAATA
* * * * *
13958 TAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGGTGACTATAAATGG
379 TAAGATTACAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAATGGGTGACTATAAATGG
14023 AC
444 AC
14025 TTCTCTTATC
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 64, Indels: 26
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
449 2 0.01
450 7 0.02
451 208 0.57
452 145 0.40
453 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (453 bp):
CCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATATAAAGTGAGTA
ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATAACTTTTCCTA
CATGTTTCTCAAGGAAGATACATAATCATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACC
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGATG
ACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATAGTTTTGTCTTCACGTTCTCCAAGGCAAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTACCAAAAAATGTAAAAAGCTTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTACAAA
ACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAATGGGTGACTATAAATGGACATTTTTTG
Found at i:14120 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13581--14684 Score: 912
Period size: 170 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
13571 ACATTTTTTG
* * * * * * * **
13581 CCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATATGAAGTGAGTA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * * * * *
13646 GTAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTCACTATAACTAGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTCCTC
66 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTT
** * * * *
13711 A-CATTTTCCAATACAAACATTGAATCATAATTTGTTTTAA
130 ATCATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
*
13751 CCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
1 CCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
* * ** *
13815 AATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGGGAATGAATGGGTTTT-T
65 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCT
* * * *
13878 CT-TCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTTA
129 -TATCAT-TTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * ** * * * * *
13922 CAAAAAATGTAAAAAGCTTTAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* *
13987 ATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGAATGGTCTTTTCT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-CTTTTCT
* * * * * *
14052 TGTCGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTGTAA
129 TATCATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
*
14094 CCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * *
14159 ATAAGGTTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAAT-GCATTTTTT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCT
* * * * * * **
14222 TTTTATGTTTCGAGAGGTAGACATTCAATTAGAATCCATTTTAA
129 TATCAT-TTTCCA-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * ** * * * *
14266 CCCAAAAT-ATAAAACAATTCAGTTTAAAAT-AAGGTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACTAG
1 CCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * * * * * * *
14329 TAATAAGGGTTTCGAAAG-TTAGAGTAACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTG
64 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-
*
14393 C-T-TCATGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTAA
127 CTTATCAT-TTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
** * * * *
14437 TAAAAAATG-AAAAAAATTCAGCTTCAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-CGAT
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-T
* ** * * * *
14500 AACAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGCCTATAAATGGGA-TTTTCTT-CCATATGAATGGGTTTT-
65 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTCA-ATGAATGGCTTTTC
* * ** * *
14562 TTTTCATATTTCCTGAGATAAACATTCAATTACAATATGTTTTAA
128 TTATCAT-TTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
** * * * * *
14607 CTTAAAGTGTAAAACAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 CCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
14671 ATAAGGCTTTTGAA
66 ATAAGGCTTTTGAA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 149, Indels: 66
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.01
170 277 0.37
171 198 0.26
172 252 0.34
173 10 0.01
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTA
TCATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
Found at i:14212 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 13583--14684 Score: 1109
Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 341
13573 ATTTTTTGCC
* * * * * *
13583 AAAAATGTAAGAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATATGAAGTGAGTAG
1 AAAAATGTAA-AACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
13647 TAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTCACTATAACTAGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTCCTCA
65 TAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-CTTA
* ** * * * *
13712 -CATTTTCCAATACAAACATTGAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACT
129 TCGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACT
* * *
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** *
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257 ACTATAAATAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTC
* * *
13904 AATTATAATTTGTTTTTACA
322 AATTACAATATGTTTTAACA
* * * * * *
13924 AAAAATGTAAAA-AGCTTTAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
13988 TAAGGCTTTTGAAGGCATTGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGAATGGTCTTTTCTT
65 TAAGGCTTTTGAAGG-ATTGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGG-CTTTTCTT
* * * * *
14053 GTCGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTGTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACT
128 ATCGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACT
* *
14118 TAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGGGTG
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* ** * * *
14183 ACTATAAAT-GGACTTTTGTTGCCAATGAATGCATTTTTTTTTTATGTTT-CGAGAGGTAGACAT
257 ACTATAAATAGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTTTTTTTTCATGTTTCCCA-AGGTAAACAT
* *** *
14246 TCAATTAGAATCCATTTTAACC
320 TCAATTACAATATGTTTTAACA
* * *** * * * *
14268 CAAAATATAAAACAATTCAGTTTAAAAT-AAGGTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACTAGTAA
1 AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
14332 TAAGGGTTTCGAAAG-TTAGAGTAACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTT
65 TAAGGCTTTTGAAGGATT-GGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-CTT
* * ** *
14396 CAT-GTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATG-AAAAAAATTCAGC
128 -ATCGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAAC
* * * * ** *
14459 TTCAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-CGATAACAAGGCTTTCAAAGGCTTAGG
192 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGGG
* * * ** *
14523 TGCCTATAAATGGGA-TTTTCTT-CCATATGAATGGGTTTTTTTTCATATTTCCTGAGATAAACA
255 TGACTATAAATAGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTCCCAAGGTAAACA
*
14586 TTCAATTACAATATGTTTTAACT
319 TTCAATTACAATATGTTTTAACA
* * * *
14609 TAAAGTGTAAAACAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
14673 AAGGCTTTTGAA
66 AAGGCTTTTGAA
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 120, Indels: 41
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 46 0.07
341 123 0.20
342 136 0.22
343 217 0.35
344 98 0.16
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGATTGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCTTATC
GTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTGGGTGACTA
TAAATAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATT
ACAATATGTTTTAACA
Found at i:14562 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 14531--14570 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
14521 GGTGCCTATA
14531 AATGGGATTTTCTTCCATATG
1 AATGGGATTTT-TTCCATATG
* *
14552 AATGGGTTTTTTTTCATAT
1 AATGGGATTTTTTCCATAT
14571 TTCCTGAGAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.41
21 10 0.59
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.17, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
AATGGGATTTTTTCCATATG
Found at i:14569 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14531--14570 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
14521 GGTGCCTATA
14531 AATGGGATTTTCTTCCATATG
1 AATGGGATTTTCTTCCATATG
* *
14552 AATGGG-TTTTTTTTCATAT
1 AATGGGATTTTCTTCCATAT
14571 TTCCTGAGAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.65
21 6 0.35
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.17, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
AATGGGATTTTCTTCCATATG
Done.