Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399448.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2712.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3782
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.33
Warning! 601 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:593 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 263--2466 Score: 1797
Period size: 170 Copynumber: 13.0 Consensus size: 171
253 NNNNNNNNNN
* * * * **
263 TTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * **
328 CATAAAG-AAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTAGCCATGCCTTTAAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
392 TTATTACTTGCTTTGAATAGTTTGACAATCTCATAACTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
433 TTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATGGCTACCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * *
498 CATGAAGAAAACGATATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTCTCAGGCCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * ********
563 TTGTTAATAGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCANNNNNNNN
131 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * * ** **
604 NNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTACT----GAAA-TAAAATTGAATGTTTTTCTCGGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* *
664 CATGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *
728 TTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATATCAGAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
769 TTTAAATTG-ATTTTTTAATACTTTTTATTAAATCAAATTATAATTAAATATCTTCCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * *** * **
833 TACGAAGAAAAAGATACCCATTGGCAAGAAAAGTCTGGTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAATC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
898 TTACTAATTGCTTTTAATGGATTTATAATTTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * * * *
939 TTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAA-TAGTTAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * *
1003 ACGT-AGAGAAAAA-AAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAACCATGCCTTTC-AAA
65 ACATGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAA
* *
1065 GCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTACAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * * *
1109 TTTAAGATGAATTTTTTTATATGTAATT-TTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * *
1172 ACATGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCAAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
**********
1236 CTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
1278 TTTAAGTTGACTTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * *********
1343 TACGTAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNT-GAAAGC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATGCCTTCGAAAGC
* * * * *
1407 CTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTGTT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
1449 TTTAGGTTGAATTTTTTTTATGTTTTTTATTTAAACAGATTGTAATTGAATGTATACCTTAAGAG
1 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * *
1514 ACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGG
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
*
1579 CTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATATTCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
1621 TTTAAGTT--TTTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATG-CTTACCTCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAA
* * **********
1683 ATATGAAG-AAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTNNNNNNNNNNAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCCTTCGAAAG
* *
1746 CCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
1789 TTT-A---G-A-----TTATTTTTTTTATTAAAATAAATTATAATCGAATATCTACCTCGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * * * *
1844 CGTAAAAAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * *
1909 TTATTAGTCACTTCAAAT-GTTTTGATAATCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
1950 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTGAAACAAATAATAATTG-ATGTCTGCCTCAACAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * *
2014 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCAGCCATGTCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
2079 TTATTACTCCCTTTGAATTGTTTTA-ATATCTCATAATAGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA-ATCTCATAATTGAT
* * ** * * ***
2120 TTTAAGCTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTCGAACAAATTATAATTTAATATCTACCTTTGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * ********** *
2184 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAATNNNNNNNNNNTCACCCATACCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
*
2249 TTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTTTAATCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ***********
2290 TTTAAGTT-AATTTTTTT-TATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAANNNNNNNNNNGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * *
2353 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACTCATACCATCGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* *
2418 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
2460 TTTAAGT
1 TTTAAGT
2467 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1599, Mismatches: 385, Indels: 100
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 48 0.03
161 76 0.05
162 3 0.00
164 17 0.01
165 81 0.05
166 26 0.02
167 5 0.00
168 96 0.06
169 230 0.14
170 619 0.39
171 263 0.16
172 135 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
Found at i:3169 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2849--3775 Score: 609
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
2839 NNNNNNNNTT
** * * * *
2849 GAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TT
* * * * * * *
2913 TTATAGTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-AAAAGCATATCTTAAGAAGCGTGAATAAAAAA-A
64 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATC-TACCTCAGGAAACGTGAA-AAAAAAGA
* * *
2976 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCCCATGCCTTT
127 TATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTC
**********
3020 GAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTCTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
* * *
3085 TACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATAT
65 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATAT
* * *
3150 TCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATATTAACCCATGCCTTC
130 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTC
* * * *
3191 AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAT-GTTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAG-TTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
** * * * * * *
3255 TTATATTTTTGGTTGAAATAGATAATAACTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGT-AAAGAAAAAGAT
64 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAA-AAAAAGAT
* * * **
3319 A-CCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCAACCACACCTTC
128 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTC
* ** * **********
3361 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTG-AATAGTTTTACAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTCTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGC-TTGAAATAGTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * * * * * * * * *
3425 TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTC-GAAAAACATG-AAGAGAATAT
64 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAG-GAAACGTGAAAAAAAAGAT
* * * * * * *
3488 ATCCATTGGCAACAACAGTCCATTTATACTCACACAAGTCTTC
128 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTC
* * * * * * * *
3531 AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
3596 -TATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAACTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
66 ATAT-TTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATA
* ********** * *
3660 TCCATTGGCAANNNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATACCTTC
129 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTC
* * * *
3702 AAAAGCCTTATTACTCGCTCT-AAAT-GTTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCT-TGAAATAG-TTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
3765 TTTATATTTTT
63 TTTATATTTTT
3776 GGTTAAA
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 159, Indels: 43
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 21 0.04
170 223 0.39
171 307 0.53
172 19 0.03
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
ATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATATC
CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTC
Done.