Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397473.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1104.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Warning! 325 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:419 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 133--1391 Score: 1030
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
123 AATCCATATA
* * * * * * *
133 ACTCGCTTCATATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTAGT
* * * * * * * ** * * *
198 TAAAACAAATAATATTTGAAAGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
66 TAAAATAGATTATAATTGAATGT-TACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGA
* * *
263 AAAGTCGATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
130 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
304 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCCATATTATTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTAGT
* *
369 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTAACCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGA
66 TAAAATAGATTATAATTGAATGTT-ACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGA
* * * * **
434 AAAGCCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAAACTTATT
130 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
475 AGTTGTTTTAAGTGATTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGATTTTACAT-TTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTCATATTTTTA
* * ** * * * *
539 -TTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGTCTCTA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-TAC
64 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TACCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-
* * * * *
601 ATGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCCTT-AGAAAGACTTATT
126 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCA-AAAGCCTTATT
* * * * * * *
646 TCTCGCTTTAAATGATTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTGTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTAGT
* * *
711 TAAAATAGATTATAATTGAATGCTTATCTTAGGAAACATCAA-CTAAAAGCCATCCATTTGAAAG
66 TAAAATAGATTATAATTGAATG-TTACCTTAGGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGAAAG
**
775 AAAAGTCTATTTATAGTCAAC-CATACCTTTGAAAGCCTTATT
129 AAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
817 ACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAACTTTCTT-ATTTTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCATATTTTTAG
* * * * *
881 TTAAAATATATTATAGTTAAATGTCTACTTTAGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAA
65 TTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TACCTTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAA
* * *
945 GAAAATTCCATTCATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATT
128 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
988 ACTCACTGTAATTAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGCAT-TTTTGA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-CATATTTTTA
* * * * ** * *
1052 -TTAAAACAGATTATATTTGAAAGTTTACCTT-GAGAAACGTGAAAAAAAATCCCAT-CATTGGT
64 GTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTACCTTAG-GAAACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGA
*
1114 AAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
126 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT-CATACCTTCAAAAGCCTTATT
*** * ** * *
1159 ACTTATTTTAAATGGTTTCT-GAATCTCATAATCAATTTTAAG-TGAAATTTTTTGATATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTCATATTTTTA
** ** * * * * *
1222 GTTAAAATATTTTATAATTGAATGTTTGCTTCTGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCACTAGAAA
64 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTACCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAA
* * * *
1287 GGAAAA-TCTATTTATAGTTACTCA-ACCATTCGAAACCCTTAGT
128 -GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACC-TTCAAAAGCCTTATT
* *
1330 ACTAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTT-ATATTTT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTCATATTTT
1392 AGGCTAAAGC
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 169, Indels: 89
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 40 0.05
171 766 0.88
172 46 0.05
173 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTAGT
TAAAATAGATTATAATTGAATGTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAA
AAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:988 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 242--1420 Score: 1271
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 512
232 AATGTGAAGA
* * * * * *
242 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
307 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCCATATTATTAGTTA
66 AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT--ATATTTTTGGTTA
*
371 AAATAGATTATAATTGAATGT-TAACCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAA
129 AAATAGATTATAATTAAATGTCTAACCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAA
* * *** *
435 AAGCCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAAACTTATTAGTTGTTTTAAGTGA-TTTTGTAAT
194 AAGCCCATTCATAGTAACCCATACCTTCAAAAAACTTATTACTCACTGTAA-TGAGTTTTGTAAT
* *
499 CTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGATTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTC
258 CTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGATTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAAAGTC
** * *
564 TGTCTCT-AGAAACAT-AAAGAAAAA-GCCATTCATT-TACATGAAAAG-TCTATTTATATTCAC
323 TACCT-TGAGAAACATGAAA-AAAAATCCCA-TCATTGTA-A-GAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* * **
624 CCATGCCTT-AGAAAGACTTATTTCTCGCTTTAAATGATTT-TGTAACCTCATAATTGATTTTAA
382 CCATGCCTTCA-AAAGACTTATTACTCACTTTAAATGATTTCTG-AACCTCATAATCAATTTTAA
** * *
687 GTTTAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTAT-CTT-AGGAAACAT
445 GTGAAATTTTTTGATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TT-TGCTTCAGAAAACAT
750 CAA-C
508 CAAGC
*
754 TAAAAGCCATCCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAAC-CATACCTTTGAAAGCCTTATTA
1 -AAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * *
818 CTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAACTTTCTTATTTTTTTGGTT
64 CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT-TTATATTTTTGGTT
* * * **
883 AAAATATATTATAGTTAAATGTCT-ACTTTAGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAG
128 AAAATAGATTATAATTAAATGTCTAACCTTAGGAAATA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAG
** * * ** *
946 AAAATTCCATTCATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAATTAGTTTTGTA
192 AAAAGCCCATTCATAGTAACCCATA-CCTTCAAAAAACTTATTACTCACTGTAATGAGTTTTGTA
* * ** * * *
1010 ATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAAAG
256 ATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGATTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAAAG
* * *
1075 TTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAATCCCATCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCA
321 TCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAATCCCATCATT-GTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
1140 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTCTGAATCTCATAATCAATTTTAAGTGAA
385 TGCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGATTTCTGAACCTCATAATCAATTTTAAGTGAA
* * ** * *
1205 ATTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTTTGCTTCTGAAAACATGAAGC
450 ATTTTTTGATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGAAAACATCAAGC
* * * * * *
1268 AAAAGCTATCCACTAGAAAGGAAAA-TCTATTTATAGTTACTCA-ACCATTCGAAACCCTTAGTA
1 AAAAGCCATCCATTAGAAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACC-TTTGAAAGCCTTATTA
* * *
1331 CTAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTTATATTTTAGGC
64 CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAC--TTTTTATATTTTTGGT
** *
1396 TAAAGCAGATTATATTTAAATGTCT
127 TAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
1421 GCCTTGAAAA
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 88, Indels: 45
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 15 0.03
513 477 0.86
514 55 0.10
515 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
AAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT
AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTATATTTTTGGTTAAA
ATAGATTATAATTAAATGTCTAACCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAA
GCCCATTCATAGTAACCCATACCTTCAAAAAACTTATTACTCACTGTAATGAGTTTTGTAATCTC
ATAACTGATTTTAAGTTGAATGATTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAAAGTCTAC
CTTGAGAAACATGAAAAAAAATCCCATCATTGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGATTTCTGAACCTCATAATCAATTTTAAGTGAAATTTTT
TGATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGAAAACATCAAGC
Found at i:2711 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1471--12588 Score: 6674
Period size: 342 Copynumber: 32.4 Consensus size: 342
1461 ACAACCCATT
** * * * *
1471 TATTTTAATAAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
1536 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACTAGTAGATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * *
1601 TTTTACTTTATGTTT-TCAAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATCTAAACA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
1665 AATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGAAAATAAGGCTTTCGAA
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * ** *
1729 -GCAAT-AGGTAACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGAATGG-TATATT-CTTCACATTTCCC
259 GGC-TTGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT-T-TTGCTTCATGTTTCCT
* * * * * *
1790 CAGGTAAACATTTAAATATAATC
320 GAGATAGACATTCAATTATAATA
* * ** * *
1813 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAACGTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
1878 AGTGAGTAATAAAGTTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATGAGACTTTTCATACTAATGGATTG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * *
1943 CTTTTGCTTTACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAGAC--AAAATGTAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA-ACTAAAAATGTAAAA
* * * *
2006 AAAGTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGGTTT-GAT
194 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA-
* * * * * * * * *
2070 A-G-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTATCT-
258 AGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTG
** * * *
2132 AGGCAAACATTCAATTATTATC
321 AGATAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
2154 TGTTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTTATA-TTAAAATCAAATATCATATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * *
2218 AAGTGAGTAATAAAG-TGGTC-AATGGCATGGGAGACAAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGAAA
65 AAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * * ***
2280 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGCAGACATTCAATTATTATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AA
* * * *
2345 AATAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGACTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTC
192 AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * *
2410 GAAGGCTTGAGTAAATATTAATAGAATTTTCTTACCAATAGTTGTCTTTTGCTTCATGTTTCCTT
256 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTG
* *
2475 ATATAGACATTCATTTATAATA
321 AGATAGACATTCAATTATAATA
* * *
2497 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * *
2562 AGAAAGTAATAAGGCTTTTCAAATGCTTGAGTGACTATATATGGA-TTTTCTTACCAGTGGATGG
66 AGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * *
2626 CTTTTGCCTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
2691 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGTA
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
* * * * * ** *
2756 GGCCTCAATGAATATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAG
259 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAG
** * *
2820 GCAGACATTTAGTTATAATA
323 ATAGACATTCAATTATAATA
* **
2840 TATTTTAATCAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * ** * * * *
2904 TA-TGAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCAT-AGATGACAATAAATGGACTTCACTCGCTAATGAAC
66 -AGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
** * * * * * * * * * *
2966 GATTTTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAAACATTCACTTATTATTTGTTTTAGCTAAGAATGTAAA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AA
* * ** *
3031 ACAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTCC
192 A-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* ** * * * *
3095 GAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTATTT-TTTGCAAAGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCC
256 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * *
3159 GAGGTAGACATTCATTTCTAATA
320 GAGATAGACATTCAATTATAATA
* * * *
3182 TATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTT
1 TATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * * * * * ** *
3246 AAAAAGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCGGTGCATG
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * *
3311 ACTTTTGCTTGATGTTTCCCAAAGTCGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATTTTAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA-TGTAA
** * * * * *
3375 AAAGGTT-TACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCG
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
** * * * *
3439 AAGGAAT-AGATGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGATG-TTTT-CTTCANNNNNNN
257 AAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATG--GCTTTTGCTTCA-------
*******************************
3501 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
312 ------------------TGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATA
***************************************
3550 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T---------------TATGAGA
* * * * * * * * *
3615 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCAAACGTTTGGGTGAATATAAATTAGACTTT
50 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTT
* * * *
3680 TCTTGCCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGCTTC-CTAAGGTAGACATTCAGTTATATTATATTTT
114 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT
* * ** *
3744 AAC-CAAACTGTAAAAAGGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
178 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * ** *
3808 TACTAAGTCTTTCGAACACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGG-TGGCTTTTG
243 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-GGATGGCTTTTG
* * *
3872 CTTCATGTTTCCTGA-AGCAGACATTCAATTATGATC
307 CTTCATGTTTCCTGAGA-TAGACATTCAATTATAATA
* * * *
3908 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
3973 AGCCAATAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * ** * * ** * *
4038 CTTTGCTTTATGTTTCTTGAGTTAAACATTCAACCATAATATATTCTAACTAAAAATGTAAGACA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA-AAA
* * * ** * * * *
4103 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAGTATAAAAGCATTTAAAGTGAGCAATAACGCGTT-AAAT
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-
* * * * * * * * *
4167 GGCATGGGTGGCAATAAAT-GAGTTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAG
259 GGCTTGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG
*
4231 ATAGACATTCAATTATAATC
323 ATAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
4251 TGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * ** *
4316 AGTGAGCAATCAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGGCAACAGATGAC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * *
4381 TTTTACTTCATTTTTCTCTAGGTAGACATTCAGTTCTAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * ** * *
4445 ATTTAACTCAAAATTAATTATGAGACTCTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG
196 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * *
4510 CTTGAGTGACCATAAATTGACTTTCCTTACCAGTGGATGGC-TTTGCTTTATGTTT-TTCAAAGT
261 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGA-T
4573 AGACATTCAATTATAATA
325 AGACATTCAATTATAATA
* *
4591 TATTTTAACCAAAAATGTGAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * **
4656 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCTAATGGGTCAC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * * * * * * *
4721 TTTTGATGGATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* ********** * * * **
4786 ATTCAACTTCAAATCANNNNNNNNNNTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTTTTATAG
196 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA-AG
**** * * * * *
4850 GAACAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAAT-GATTTTCTCTTTATGTTTCCTGAG
260 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCTGAG
*
4913 -TAAGACATTCAATTATAATC
323 AT-AGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * * *
4933 TCTTTTAACCAAATATGTAAAAACATTGAGCTCAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
4998 AGCGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGCTTGAGTGGCTAGAAATGGACTTTTCTTGCGAATGTG-TG
66 AGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GATG
* * * * * * * *
5061 GCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAGATATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAA
** * * *******
5125 AACGTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGNNNNNNN
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
*** * * * * **
5190 NNNCTTGAGTGAATATAAATATACTATTCTTTA-CAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
258 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA
* *
5254 GGTAGACATTCAATTCTAATA
322 GATAGACATTCAATTATAATA
* * *
5275 TATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * ** *
5340 AGCGAGTAAGAAAGCTGTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATACAAGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * *
5405 TTTTGCTTGATGTTTC-CTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* * ********** *
5468 AAGTTTAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTCGAA
194 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
** * *** * * * * *
5533 GGAATAAAAAACTATAAAT-GAACTTTTATTGCCAATGAATGGGGTTTT-CTTCATGTTT-CTCA
259 GGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-G
* * *
5595 AGGTAGACATTCAAATATAATC
321 AGATAGACATTCAATTATAATA
* ** * * * * * * *
5617 TGTTTTAGTC-AAAGTATAAAAAAAATCAACATAAAATCAACTATAAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * * *
5681 AGAAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATTAGG-CTTTTTTTGTCAATAGATT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-T-GGACTTTTCTTGCCAATGGATG
** * * * * *
5745 GCTTTTGCTTCACATTTAC-CGAGGTAGACATTTAGTTATAATATATTTTAA-TCATAATGTAAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT--A
**********
5808 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TGTT
191 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TT
* * * * * * * * ** *
5872 CGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTACTTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTT-GT
255 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * * *
5936 CAAGAAAAACATTCAATTATTATC
320 -GAGATAGACATTCAATTATAATA
* * * *
5960 TATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAAATTCAACGTAAAATCAAATATGAGATTATAAAATCATTT
1 TATTTTAACCAAAAATG-T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * ** * *
6025 AAAGC--GTAATAAGG-TGGTCGATGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAA
64 AAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* ********** * * * * * *
6087 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTNNNNNNNNNNTTATTATCTGTTTTAACCAAAACTGTGAA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * ** * * * **
6152 AGAATTCAACTTAAAATTAAATATCTGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCAGTCGA
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * ********** * * * * **
6217 TGGCATG-GACGACTAT-AGTAAAGTTNNNNNNNNNNTGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTCT-
258 AGGCTTGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTG
** * * *
6279 AGGCAGACATCCAAATATAATC
321 AGATAGACATTCAATTATAATA
* * * ** *
6301 TATGTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTCA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * **
6366 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATAAATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * **********
6431 TTTTTCTTCACGTTT-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAANNNNNNNNNN
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* **
6495 ATTCAATTTAAAATCAATTATGACTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATA-GCTTTCGAAA
196 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCG-AA
** * * * * * * *
6559 GAATTGA-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGG
259 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGA
** * * * *
6623 TAGGTATTTAAATATAGTT
324 TAGACATTCAATTATAATA
* * * * ********** * *
6642 TCTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTCTAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * * * *
6707 AGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGATTAAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACGAATAGATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * ******
6772 TTTTACATCATGTTCCACAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA-TAAAAAAT-NNNNNN
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
***** * * * * * *
6835 NNNNAAAATTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* *** * * * * * *
6900 GCTGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTGAATGGGTGGCTTTTGTTTTATGTTTCGTAAGAC
260 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGAT
* *
6965 AGACATTTAATTATTATA
325 AGACATTCAATTATAATA
* * * * *
6983 TATTTTAACCAAAATTGTAAAACAATTCAACATAAAATGAATTATGCGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
7048 AGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATG-GTTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * * * * * * * * *
7112 CTTTTTCTTCGTATTTC-CTGAGGTAAATATTTAAATCTAGTTTGTTTTAA-TGAAAAATATAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * * * * * * * *
7175 ACAATTTAGCTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAATAATGAA-GCTTCCA
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCG
* ** * * * * * *
7239 AAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTGTTTCACGTTT-TTCA
257 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-G
* * *
7303 AGGTAGACATTTAGTTATAATA
321 AGATAGACATTCAATTATAATA
* *
7325 TATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * **
7389 TGC-AGGTAATAGGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAACGGGTTA
66 AGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * * * *
7453 CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAA-GCAAACATCCAATTATTATTTGTTTTAAGCT-AAAATATAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATGTAAA
*
7516 AAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTAT-AAACCTATTTAAAG-AGAGTAATAAGGTTTT
193 AAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTT
** * * * * **
7578 TAAAGG-TCTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCATATCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCT
255 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-
* * * *
7642 CT-AGCTAAACATTCAGTTGTAATA
318 CTGAGATAGACATTCAATTATAATA
* * * ** * ********** *
7666 TATTTTATCTACAAGCGTAAAAAAATTTAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
7731 AGCGAAG-AATAAGAG-TTTTGAAGGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGGTG
66 AGCG-AGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * * *
7794 ACTTTTGCTCCATGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * **
7858 AAAATTCAACGTAAAAACAATTATGAGTTTATAAATCCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTA
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * **
7922 AAGGCTTAAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAA
257 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA
* * *
7987 GGTAGACATTTAGTTATAATA
322 GATAGACATTCAATTATAATA
* * * * * *
8008 TATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAG
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
8073 AGTGAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCAT-AGATGACTATAAATGGACTTTT-TTGACTAGTGAAA
66 AGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGGAT
* * ** * *
8135 GGCTTTT-CTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTAT-TAGTTTTAACTAAAAATGTAA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATA-TTTTAACTAAAAATGT-A
* * *
8198 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
191 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * ** *
8263 GAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACATTTCTT-CTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGCCTCCC
256 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
*
8327 GAGGTAGACA-T---TTATAAT-
320 GAGATAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
8345 TAATTTTAATCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTA
1 T-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * *
8410 AAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGGGTGA
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * * * * *
8475 CTTTTTGCTTCATGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTGACCACAAATATAAA
130 C-TTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AA
*
8539 AAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCG
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
8603 AAGGCTTGAATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGACTTTTGCTTCATGTTTCC-G
257 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTG
* * * *
8666 A-AGCAGATATTCAATTATTATC
321 AGA-TAGACATTCAATTATAATA
* * * ** * *
8688 TGTTTCAACCACAAATACAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGATATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
8753 AAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGAGGGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** ** *
8818 CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGCCAGACATTCAGA-TATAATATATTTTAA-TCAAAATCGTAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-GTAAA
* * * * * * * * *
8881 AAAATTCAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAACAGGGGTTTTGA
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * ** * *
8946 AGACTTGATTGACTACAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGGTGCCTTTTGCTTCATGTTTCCT-A-
258 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG
* *
9009 A-AG-CAGTTGCTCAATTATTATT
323 ATAGACA--T--TCAATTATAATA
* * *
9031 TGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAATTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** * * * * * * *
9095 AAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTTTTCAATGAATATAAATAGAATTTTCTTGTCAATGGATGA
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * *
9160 CTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAGTTGTAATATATTTTAACCAAAAATGGAAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
9225 AATTCAACTTAAAATCATTTATGAGACTATAAAACCATTTAAATCGAGTACTAAGGCTTTCAAAG
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * * ** *
9290 TCTTTAATGAATATAAATAGAATGTTCTTGCCAATGGATAGCGTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGT
260 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGAT
* *
9355 GGACATTCAGTTATAATA
325 AGACATTCAATTATAATA
* *
9373 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
9438 AGTGAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCAT-AGATGACTATAAATGGACTTCTCTCATTG---ATGA
66 AGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTT-T-TC-TTGCCAATGG
** * ** * ** * * * * * *
9498 AAAGCTTTTTCTTCACATATCTTGAGGCTA-ACATTCAATTATTATTTGTTTTAGCCAAGAATGT
126 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * * *
9562 AAATAAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
190 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** * * *
9627 CGAATGCTTCAGTGAATATAAATAGACATTTCTTTGCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCC
255 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * *
9692 AAGGTAGACATTCAGTTCA-AATA
320 GAGATAGACATTCAATT-ATAATA
** * **********
9715 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
9780 AGTGAGTAATAAAGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATCAACGGACTTTTCTTGCTAGTGGATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * * * *
9845 TTTTGCTTGACGTTCCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATGAAAGA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
********** * * *** *
9910 ATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGAGGTCGATGG
196 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * * * * *
9975 CATGGGTGACTAT-AATGGATTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTT-TTTCATGCTT-CTCGAGGT
261 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGAT
* * *
10037 AAACATTCAATTATTATC
325 AGACATTCAATTATAATA
** * * * * * * *
10055 CGTTTTAACTAAATATGTAAAAGAAAAATTTAACCTAGAATCAATTATGGGATTATAAAACTATT
1 TATTTTAACCAAAAATGT--AA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * ** * *
10120 TAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAAAAGAATTTT-TTCGCCAATAGA
63 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGA
* * * * * *
10184 TGGCTTTTGCTTCATGTGTC-CTAAGGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAAGTAAAAGTTTA
127 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTA
** * ** * **********
10248 AAAAGTTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACAATAAAACTATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTC
191 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** **
10313 GAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCC
256 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTG
* *
10378 A-AGTAGACATTCAATTATTATC
321 AGA-TAGACATTCAATTATAATA
*
10400 TAATTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * * * ** ** *
10464 AAAGCAAGTAATAATACTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAAT-AAAATTTCTTATCAATGAATG
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
** * * * * * * * *
10528 ATTTTTGCCTCATGTTTCTCGAA-GCAGACATTCAGTTATATTATATTTTGACCAAAAATATATA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
10592 AAAACTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAA
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * **
10657 AGGCTTGGGTGACTACAAATAGACTTCTCTTGCCAATGGGTGACTTTTGCTTCACCTTTCCTGA-
258 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG
* * ** * * *
10721 ACCAGGCATTTGATTTTTATC
323 A-TAGACATTCAATTATAATA
* * * * **
10742 TGTTTTAATCAATAATGTAAAAAAATTCAACTTATCAAT-AATTATGAGATTATAAAAATATTTA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
10806 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATGTAAATAGACTTCTCTTGCCAATGGTTGT
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* ** * *
10871 CTTTTGTTTCACATTTGCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAAAGTAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * * *
10934 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAA
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
** * * * * * * * **
10999 ACTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCCTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTTACAT-TTCCCAA
258 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCCTG
* *
11063 AG-TAAACATTCAATTATTATA
321 AGATAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
11084 TGA-TCTAATCAAAAATATTAAAAAACTCAATTTAAAAAT-AATTACGAGATTATAAAAACATTT
1 T-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * **
11147 AAAGCGAGTCATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAAATATAAATAGACTTTTCTTGTTAATTGG-T
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGGAT
* * * * * * * **
11211 -TCTTTTTGTTTTACA-CTTCCT-GAGGTAGACTTTCAATTATAATATATTTCAAGAAAAAATGT
128 GGC-TTTTG-CTT-CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * * * * *
11273 AACAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAAGAAGACTTT
190 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
11337 TGAAGGTTTGAGTGAATATAAATTA-ACTTTTCTTTA-GAATGGATGACTTTTACTTCATGTTT-
255 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TAGACTTTTC-TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * *
11399 CTCGAGGTAGACATTTAGTTCTAATA
318 CT-GAGATAGACATTCAATTATAATA
* * * *
11425 TATTTAAACAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
11489 AGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTACAAAATGGACTTTCCTTG-CAGTGGATGG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * **
11553 CTTTTGCTTTATGTTTCTCAAAGCAGACATTTAATTATAATATGCTTTAACTAAAAATGTAAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
11618 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTTGAAG
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* ** ** * *
11683 G-TACGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-TGTTTTCTTCATGTTTCCT-AT
260 GCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTGA-
* * *
11745 GGTAGACATTCAAATATAATC
322 GATAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
11766 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT-ATACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTT
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
11830 AAGCGAGTAATGAA-TCTTTCGAAGGCGTAAGTGAATATAAATTAGACTTTTCTTGCCAGTAGAT
65 AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * *
11894 TGCTTTTACCTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACT-AAAATGTAA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
* * *
11957 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA-AAGAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCGTTT
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTT
* * * ** * * * * *
12021 -GATGG-TATGGGCGACTATAAACGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-C
255 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
* * * * * *
12083 TCAAGACAAACATTCAACTATTATC
319 T-GAGATAGACATTCAATTATAATA
* * * **
12108 TATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAATTTAA-TCTAAAATCAAATATAAGATTATAAAATTATTT
1 TATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * * * * * * * * *
12172 TAAGC--GTAATGAGGCGATCGATGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTATTACTAATGAAAG
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * ** * * * *
12235 GCTTGTT-CTTCATATTTATTAAGGAAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAA
129 GCTT-TTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* ** * *
12299 AAAATTCAACTTAAAATCAAATACCAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAATAAGG-TGGTC
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCT-TTC
* * * * * * * * * * *
12362 GATGGCATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCCTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTCAC-
256 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CT
* * * *
12425 -ACGACAAACATTCAATTATTATC
320 GA-GATAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
12448 TACTTTAACCCAAAATATAAAAAAAAAT-AAGCTTAAAATAAATTATGGGATCATAAAACCATAT
1 TATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * *
12512 AAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAAAATTTTCTTGGCAATGGAT
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* *
12576 GACTTCTGCTTCA
128 GGCTTTTGCTTCA
12589 CATTTTTCGA
Statistics
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CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGATA
GACATTCAATTATAATA
Found at i:2914 original size:513 final size:512
Alignment explanation
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1461 ACAACCCATT
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1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * *
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* * * * *
1601 TTTTACTTTATGTTT-TCAAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATCTAAACA
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* * * *
1665 AATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGAAAATAAGGC-TTTCGA
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAAGCTTTTCGA
* * * * * ** *
1728 A-GCAAT-AGGTAACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGAATGG-TATATT-CTTCACATTTCC
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* * * * * * * * **
1789 CCAGGTAAACATTTAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACGTCAACTTAAAATCAA
320 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
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385 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAAT
* * * * * * * *
1919 GAGACTTTTCATACTAATGGATTGCTTTTGCTTTACGTTT--TTCGAGGTAGACATTCAGTTATA
448 -AGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT--AGGTAGACATTCAATTATA
1982 ATA
510 ATA
* * *
1985 TATTTTAGA-C-AAAATGTAAAAAAAGTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * * *
2048 AAGCAAGTAATAAGGGTTTGATA-G-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACTAATGAAAG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATG
* * * * * * * * * * *
2111 GCTTTTTCTTCATATTTATCTAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAATTGTAAAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * * **
2176 AAATTTATA-TTAAAATCAAATATCATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAG-TGGTC-
194 AAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCG
* * * * * * * * *
2238 AATGGCATGGGAGACAAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA
258 AA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA
* * *** * * *
2302 ATGCAGACATTCAATTATTATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATAAATTCAACCTAAAATCAA
322 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
2367 TTATGGGACTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTAAATATTAAT
385 TTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAAT
* * * * ** *
2432 AGAATTTTCTTACCAATAGTTGTCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATATAGACATTCATTTATAATA
448 AGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
2497 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * *
2562 AGAAAGTAATAAGGCTTTTCAAATGCTTGAGTGACTATATATGGA-TTTTCTTACCAGTGGATGG
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* * * * *
2626 CTTTTGCCTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA
*
2691 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGTA
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGAA
* * * * * * *
2756 GGCCTCAATGAATATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG
260 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG
* * *
2821 CAGACATTTAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATG
325 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
2885 AGATTATAAAACCATTTAATATGAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCAT-AGATGACA-ATAAATGG
390 AGATTATAAAACCATTTAA-A-GAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAG-TGA-ATATAAATAG
** * * * ** * * * * * * * *
2947 ACTTCACTCGCTAAT-GAACGATTTTTTCTTCACGTAT-CTCAAGGTAAACATTCACTTATTATT
450 ACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * *
3010 TGTTTTAGCTAAGAATGTAAAACAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATACAACCATTT
1 TATTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * * ** *
3074 AAAGCAAGTAATAATACTTCCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTATTT-TTTGCAAAGGAT
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACT-TTTCTTACCAATGGAT
* * * * * *
3138 GACTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCATTTCTAATATATTTTAAC-AAAAATATAAA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT--A
* * * ** * * *
3202 AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAAAGAATAGTAAGGC-TTT
191 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
* * * ** * * * *
3266 CGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCGGTGCATGACTTTTGCTTGATGTTTCCC
256 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC
* * ** ** * *
3331 AAAGTC-GACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATTTTAAAAAGGTT-TACTTAAAACCA
321 -AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** *
3394 ATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-AGATGACTATAA
384 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGAATATAA
* *
3458 ATAAACTTTTCTTGCTAAT-GAATGATG-TTTT-CTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
446 ATAGACTTTTCTTGCCAATAG-ATG--GCTTTTGCTTCA--------------------------
*******************************
3520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
482 ----TGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
********************************** * * * ** *
3555 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAACTTA--AAATAAATTATGA-GATT
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGAT-TA-TAAAACCATT
* * * * *
3617 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCAAACGTTTGGGTGAATATAAATTAGACTTTTC
63 -T-AA---------AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAA-TAGACTTTTC
* * * * *
3682 TTGCCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGCTTC-CTAAGGTAGACATTCAGTTATATTATATTTTAA
116 TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * ** * *
3746 C-CAAACTGTAAAAAGGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
180 CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** *
3810 CT-AAG-TCTTTCGAACACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGG-TGGCTTTTG
245 ATAAAGCT-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GGATGGCTTTTG
* * * * * ** *
3872 CTTCATGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTC
308 CTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTC
* * * *
3936 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCCAATAATAAGGGTTTCAAAGGCTTG
372 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * *
4001 AGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTT-CTTGAGTTAAAC
435 AGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT-AGGTAGAC
**
4065 ATTCAACCATAATA
499 ATTCAATTATAATA
* * * * * *
4079 TATTCTAACTAAAAATGTAAGACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAGTATAAAAGCATTTA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * * *
4144 AAGTGAGCAATAACGCGTT-AAATGGCATGGGTGGCA-ATAAAT-GAGTTTTTCTTGCTAATGAA
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCTTGAGT-GAATATAAATAGA-CTTTTCTTACCAATGGA
* * * * * * *
4206 TGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATA
127 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA
* * * * * *
4270 AAAAAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATCAGGC-TTT
191 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
* * * * ** * * *
4334 CAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGGCAACAGATGACTTTTACTTCATTTTTCTC
256 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC
* * * * ** * * *
4399 TAGGTAGACATTCAGTTCTAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTTAACTCAAAATTAAT
321 AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * ** *
4463 TATGAGACTCTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACCATAAATT
386 TATGAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
* * * * * *
4528 GACTTTCCTTACCAGTGGATGGC-TTTGCTTTATGTTT--TTCAAAGTAGACATTCAATTATAAT
449 GACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT--AGGTAGACATTCAATTATAAT
4590 A
512 A
* *
4591 TATTTTAACCAAAAATGTGAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * **
4656 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCTAATGGGTCAC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
* ** * * * * * *
4721 TTTTGATGGATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* ********** * * *
4786 ATTCAACTTCAAATCANNNNNNNNNNTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGATTTT-TATA
196 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGA-A
**** * * * * * *
4849 GGAACAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-GATTTTCTCTTTATGTTTC-CTGA
260 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCTC-AA
** * * * ** * * * *
4912 GTAAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAAATATGTAAAAACATTGAGCTCAAAATCAATTA
323 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * ** * *
4977 TAAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGCTTGAGTGGCTAGAAATGG
388 TGAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAG
* * * * * * * *
5041 ACTTTTCTTGCGAAT-GTGTGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTTAAAGCAGATATTCAATTATTATC
450 ACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT-AGGTAGACATTCAATTATAATA
* ** ** * *
5104 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACGTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ********** * * *
5169 AGCAAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCTTGAGTGAATATAAATATACTATTCTTTA-CAATGGATGA
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTC-TTACCAATGGATGG
* * * * *
5233 CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * * *
5298 AATTCATCTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAAGC-TGTCAAA
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGAA
** * * *
5362 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATACAAGGCTTTTGCTTGATGTTTC-CTAAA
260 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAG
* ** * * *
5426 GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTAT
324 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
********** * ** ***
5491 NNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTCGAAGGAAT-AAAAAACTATAAAT-GA
389 GAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAA-TATAAATAG-
* * * *
5554 ACTTTTATTGCCAAT-GAATGGGGTTTT-CTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAAATATAAT
450 ACTTTTCTTGCCAATAG-AT-GGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-TAGGTAGACATTCAATTATAAT
*
5616 C
512 A
* ** * * * * * * *
5617 TGTTTTAGTC-AAAGTATAAAAAAAATCAACATAAAATCAACTATAAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * ** * *
5681 AGAAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATTAGGCTTTTTTTGTCAATAGATTG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAA-TAGACTTTTCTTACCAATGGATGG
** * * * ** *
5746 CTTTTGCTTCACATTTAC-CGAGGTAGACATTTAGTTATAATATATTTTAA-TCATAATGTAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-A-AAAATATAA
********** * * *
5809 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGTGTTC
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTC
* * * * * * * * ** *
5873 GATGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTACTTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTGTCA
257 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA
** * * * * * *
5938 AGAAAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAAATTCAACGTAAAATCAA
322 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * *
6003 ATATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGTAATAAGG-TGGTCGATGGCATGGGTGATTATAAATG
385 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
** * * * ********** *
6067 GACTTTTCTTATCAAT-GAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTNNNNNNNNNNTTATTAT
449 GACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-TAGGTAGACATTCAATTATAAT
*
6130 C
512 A
* * * * * * ** *
6131 TGTTTTAACCAAAACTGTGAAAGAATTCAACTTAAAATTAAATATCTGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * * * * * ********** * *
6196 AGCGAGCAATAAGGCAGTCGATGGCATG-GACGACTAT-AGTAAAGTTNNNNNNNNNNTGAATAG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* * ** * * * * * * * * *
6259 TTTTTTCTTCACATTTCTCTAGGCAGACATCCAAATATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAAG
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA
* ** * * *
6324 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTCAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAA
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGAA
* * * * * ** * * *
6388 GTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTAAGG
260 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * ********** *
6452 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAANNNNNNNNNNATTCAATTTAAAATCAATTATG
325 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** ** * * *
6517 ACTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATA-GCTTTCGAAAGAATTGA-TGACTATAAATGGG
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** * * * ** * * * *
6580 CTTTTCTTATCAAT-GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGGTATTTAAATATAGTT
451 CTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * ********** * *
6642 TCTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTCTAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
6707 AGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGATTAAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACGAATAGATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
* * * * * *****
6772 TTTTACATCATGTTCCACAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA-TAAAAA-ATNNNNNN
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAA
***** * * *
6835 NNNNAAAATTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT-GAA
195 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGAA
* * ** * * *
6899 GGCTGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTGAATGGGTGGCTTTTGTTTTATGTTTCGT-AAG
260 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAG
* * * * ** * * *
6963 ACAGACATTTAATTATTATATATTTTAACCAAAATTGTAAAACAATTCAACATAAAATGAATTAT
324 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
7028 GCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATG-GTTGACTATAAATGGG
389 GAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGAATATAAATAGA
* * * * * * * * * * * *
7092 CTTTTCTTGTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCGTATTTCCTGAGGTAAATATTTAAATCTAGTT
451 CTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
* ** * * * * * *
7154 TGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTTAGCTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * ** * *
7219 AGTAAATAATGAA-GCTTCCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAG
66 AGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* * * * * *
7283 CTTTTGTTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTTAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGA-AAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-ATAAAA
* * ** *
7347 AAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGC-AGGTAATAGGGGTTTT-G
194 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTTCG
* * * * ** *
7409 AAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAACGGGTTACTTTTGCTTCATGTTTCTTGA
258 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCA
* * * * * * * *
7474 A-GCAAACATCCAATTATTATTTGTTTTAAGCTAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AAT
322 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT
* **
7537 TATGAGATTAT-AAACCTATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTAAAGG-TCTGAGTGAATATAAA
386 TATGAGATTATAAAACC-ATTT-AA-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGAATATAAA
* ** * * ** * * * *
7600 TAGACTTTTCATATCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTT-CTCTAGCTAAACATTCAGTTGTAA
447 TAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-TAGGTAGACATTCAATTATAA
7664 TA
511 TA
* * * ** * ********** *
7666 TATTTTATCTACAAGCGTAAAAAAATTTAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * *
7731 AGCGAAG-AATAAGAG-TTTTGAAGGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGGTG
66 AGCG-AGTAATAAG-GCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATG
* * * * * * * * *
7794 ACTTTTGCTCCATGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAATATATTTTAACTAAAAATATAAA
* * * * * * *
7858 AAAATTCAACGTAAAAACAATTATGAGTTTATAAATCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-A
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCG
* * * * * *
7922 AAGGCTTAAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAA
258 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAA
* * * *
7987 GGTAGACATTTAGTTATAATATATTTTAA-CAAAAA-AAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
323 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAA--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
8050 TATGAAATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCAT-AGATGACTATAAA
386 TATGAGATTATAAAACCATTTA-A-AGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAG-TGAATATAAA
* * * * * * *
8113 TGGACTTTT-TTGACTAGT-GAAAGGCTTTT-CTTTACGTTT-CTTGAGGTAAACATTCAATTAT
447 TAGACTTTTCTTG-CCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT-AGGTAGACATTCAATTAT
*
8174 TAT-
509 AATA
* * *
8177 TAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
1 TA-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * *
8242 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACATTTCTT-CTCAATGGAT
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGGAT
* ** * * *
8306 GACTTTTGCTTCATGCCTCCCGAGGTAGACA-T---TTATAAT-TAATTTTAA-TCAAAAATCTA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACT-AAAAATATA
* * * **
8365 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAAGC-TTT
191 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
* * * *
8429 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGGGTGACTTTTTGCTTCATGTTTCC
256 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTT-C
* * * * * * *
8494 TGAA-GCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTGACCACAAATATAAAAAAAATTCAACATAAAATC
319 TCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-AAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
8558 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGAATATAAA
383 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAA
* * * * * * * *
8623 TGGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGACTTTTGCTTCATGTTTCC-GAAGCAGATATTCAATTATTA
447 TAGACTTTTCTTGCCAATAGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAA
*
8686 TC
511 TA
* * * ** * *
8688 TGTTTCAACCACAAATACAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGATATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * **
8753 AAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGAGGGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGG
** ** * *
8818 CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGCCAGACATTCAGA-TATAATATATTTTAA-TCAAAATCGTAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-ATAAA
* * * * * ** *
8881 AAAATTCAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAACAGGGGTTTT-G
193 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCG
* * * * * * *
8945 AAGACTTGATTGACTACAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGGTGCCTTTTGCTTCATGTTTC-CTA
258 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-A
* **** * * * * ** *
9009 AAGCAGTTGCTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAATTTAAAAAT-AAT
322 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT
* ** * *
9073 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTTTTCAATGAATATAAATA
386 TATGAGATTATAAAACCATTT-AA-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
* * * * ** * * *
9138 GAATTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAGTTGTAATA
449 GACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
9202 TATTTTAACCAAAAATGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
9267 ATCGAGTACTAAGGCTTTCAAAGTCTTTAATGAATATAAATAGAATGTTCTTGCCAATGGATAGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
* * * * * *
9332 GTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTGGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * * *
9397 ATTCAACTTAAAACCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTGTTCGATG
196 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGAAG
* * ** * ** * **
9461 GCAT-AGATGACTATAAATGGACTTCTCTCATTG---ATGAAAAGCTTTTTCTTCACATATCTTG
261 GCTTGAG-TGACTATAAATGGACTT-T-TC-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA
* * * * * ** * * *
9522 AGGCTA-ACATTCAATTATTATTTGTTTTAGCCAAGAATGTAAATAAATTTAATTTAAAATCAAT
322 AGGC-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
9586 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTCAGTGAATATAAATA
386 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
* * * * ** *
9651 GACATTTCTTTG-CAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAGTTCA-AAT
449 GACTTTTC-TTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATT-ATAAT
9714 A
512 A
** * **********
9715 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * ** * * *
9780 AGTGAGTAATAAAGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATCAACGGACTTTTCTTGCTAGTGGATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
* * * * * * * * *
9845 TTTTGCTTGACGTTCCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATGAAAGA
131 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
********** * **** *
9910 ATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT-AAGGAGGTCGATG
196 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGAAG
* * * * * * * * * *
9974 GCATGGGTGACTAT-AATGGATTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTT-TTTCATGCTTCTCGAGGT
261 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGC
* * *** * * * * *
10037 AAACATTCAATTATTATCCGTTTTAACTAAATATGTAAAAGAAAAATTTAACCTAGAATCAATTA
326 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA-A-ATAAAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
10102 TGGGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAAAAGA
388 TGAGATTATAAAACCATTT-AAA-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
* * * * *
10167 ATTTT-TTCGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTGTCCTAAGGCAGATATTCAATTATAATA
451 CTTTTCTT-GCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
** * * ** * ** * ***
10229 TATTTTAAGTAAAAGTTTAAAAAGTTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACAATAAAACTATTNNN
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
******* * * * * *
10294 NNNNNNNAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGGATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
** * * * * * *
10359 TTTTGCTTCACATTTCCCCAA-GTAGACATTCAATTATTATCTAATTTAACCAAAAATGTAAAAA
131 TTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA
*
10423 ACATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATA-CTTTT-
195 A-ATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTTC
* * ** ** * ** *
10485 GAAGGCTTGAGTGAATATAAAT-AAAATTTCTTATCAATGAATGATTTTTGCCTCATGTTTCTCG
257 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-
* * * * * * *
10549 AA-GCAGACATTCAGTTATATTATATTTTGACCAAAAATATATAAAAACTCAACTTAAAATCAGT
321 AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
10613 TATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTACAAATA
386 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
* * * * ** * *** * ** * * *
10678 GACTTCTCTTGCCAATGGGTGACTTTTGCTTCACCTTTCCTGAACCAGGCATTTGATTTTTATC
449 GACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * **
10742 TGTTTTAATCAATAATGTAAAAAAATTCAACTTATCAAT-AATTATGAGATTATAAAAATATTTA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
10806 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATGTAAATAGACTTCTCTTGCCAATGGTTGT
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* ** *
10871 CTTTTGTTTCACATTTGCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAA-AGTAA
130 CTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATA-TAA
* * *
10933 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGC-TTTC
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTC
* ** * * * * * ** *
10997 AAACTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCCTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCCCA
257 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA
* * * * * * ** * *
11062 AAGTAAACATTCAATTATTATATGA-TCTAATCAAAAATATTAAAAAACTCAATTTAAAAAT-AA
322 AGGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAA
* * * * *
11125 TTACGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTCATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAAATATAAAT
385 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAAT
** * * * * * *** * *
11190 AGACTTTTCTTGTTAATTGGT-TCTTTTTGTTTTACACTTCCTGAGGTAGACTTTCAATTATAAT
448 AGACTTTTCTTGCCAATAGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAAT
11254 A
512 A
* ** * *
11255 TATTTCAAGAAAAAATGTAACAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** * *
11319 AGCGAGAAAGAAGACTTTTGAAGGTTTGAGTGAATATAAATTA-ACTTTTCTTTA-GAATGGATG
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAA-TAGACTTTTC-TTACCAATGGATG
* * * * * * * *
11382 ACTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAGTTCTAATATATTTAAACAAAAAATAT-AAA
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAA
*
11446 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCGA
194 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGA
* * * *
11510 AGGCTTGAGTGACTACAAAATGGACTTTCCTTG-CAGTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAA
259 AGGCTTGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAA
* * ** * ** *
11574 AGCAGACATTTAATTATAATATGCTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
323 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * **
11639 TGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTTGAAGG-TACGAGTGACTATAAACGG
388 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGAATATAAATAG
* * *
11703 ACTTTTCTTGTCAAT-GAATGG-TGTTTTCTTCATGTTTCC-TATGGTAGACATTCAAATATAAT
450 ACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTTA-GGTAGACATTCAATTATAAT
*
11765 C
512 A
* * * * *
11766 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT-ATACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTT
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
11830 AAGCGAGTAATGAA-TCTTTCGAAGGCGTAAGTGAATATAAATTAGACTTTTCTTGCCAGTAGAT
65 AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAA-TAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * *
11894 TGCTTTTACCTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACT-AAAATGTAA
128 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * * * * *
11957 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA-AAGAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCGTTT
192 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
* * * * * * * *
12021 -GATGG-TATGGGCGACTATAAACGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
256 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT
* * * * * ** *
12084 CAAGACAAACATTCAACTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAATTTAA-TCTAAAATC
320 CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACT-TAAAATC
* * ** * * * ** * * * *
12148 AAATATAAGATTATAAAATTATTTTAAGCGTAATGAGGCGATCGATGGCATGGGTGAGTATAAAT
383 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAAT
* * * * * * * * * * *
12213 GGACTTTTATTACTAAT-GAAAGGCTTGTT-CTTCATATTT-ATTAAGGAAAATATTCAATTATT
448 AGACTTTTCTTGCCAATAG-ATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCCTT-AGGTAGACATTCAATTATA
* *
12275 GTC
510 ATA
* * * * ** *
12278 TGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATACCAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * * * * *
12343 AGAGAGTAATAAGG-TGGTCGATGGCATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCCTGCTAATGAAAGG
66 AGCGAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* * * * ** * * * * **
12406 CTTTTTCTTCATATTTCACACGACAAACATTCAATTATTATCTACTTTAACCCAAAATATAAAAA
130 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAA
* * * * * * *
12471 AAAAT-AAGCTTAAAATAAATTATGGGATCATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGC-TTT-G
194 AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCG
* ** * * * *
12533 AAAGGCTTGAGTGAATATAAATAAAATTTTCTTGGCAATGGATGACTTCTGCTTCA
258 -AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
12589 CATTTTTCGA
Statistics
Matches: 8095, Mismatches: 2162, Indels: 696
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 6 0.00
509 150 0.02
510 311 0.04
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515 350 0.04
516 150 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCGAAG
GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGC
AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTT
CTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATA
Found at i:3455 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1471--12588 Score: 3960
Period size: 171 Copynumber: 64.8 Consensus size: 169
1461 ACAACCCATT
* * * * *
1471 TATTTTAATAAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * *
1536 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGACTATAAAT-AGATTTTTCTTACTAGTAGATG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-AATGGATG
* * *
1599 GCTTTTACTTTATGTTT-TCAAAAGTAGACATTCAATTATAATA
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * *
1642 TATTTTAACTAAAAATCTAAACAAATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
1707 AGC-AGAAAATAAGGCTTTCGAA-GCAATAG-GTAACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGAAT
64 AGCAAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGC-CTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGAT
* ** * * * * * * *
1769 GGTA-TATT-CTTCACATTTCCCCAGGTAAACATTTAAATATAATC
126 -G-ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * * *
1813 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAACGTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAAC-AAAAATA-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * * *
1878 AGTGAGTAATAAAGTTTTCAAAGG-CTTGAGTGAATATAAATGAGACTTTTCATACTAATGGATT
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-AATGGA-T
* * * * * *
1942 G-CTTTTGCTTTACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATA
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
1985 TATTTTAGAC-AAAATGTAAAAAAAGTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTA-ACAAAAAT-AAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
2049 AGCAAGTAATAAGGGTTT-GATA-G--TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACTAATGAAA
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCCTA-GAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGAT
* * * * * * * * * *
2110 GGCTTTTTCTTCATATTTATCTAGGCAAACATTCAATTATTATC
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
2154 TGTTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTTATA-TTAAAATCAAATATCATATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAAATTA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * * * * * *
2218 AAGTGAGTAATAAAG-TGGTC-AATGGCAT-GGGAGACAAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGAA
63 AAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAA-GGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGA
* * * * * * * *
2279 AGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGCAGACATTCAATTATTATC
125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * * * *
2324 CGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGACTATAAAACCATTT
1 TATTTTAAC-AAAAA--TAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * *
2389 AAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTAAATATTAATAGAA-TTTTCTTACCAATAGT
62 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTT-GCAATGGA
* * * *
2452 TGTCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATA-TAGACATTCATTTATAATA
125 TGACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * *
2497 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
2562 AGAAAGTAATAAGGCTTTTCAAATG-CTTGAGTGACTATATATGGA-TTTTCTTACCAGTGGATG
64 AGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGATG
* * * *
2625 GCTTTTGCCTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTATC
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* *
2668 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAAC-AAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
2733 AGCGAGTAATAAAGCTTTTCGTAGGCCTCA-A-TGAATATAAAT-AGATTTTTCTTGTCAATGGA
64 AGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCCT-AGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG-CAATGGA
* * * * *
2795 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTAGTTATAATA
125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
2840 TATTTTAATCAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAT
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-
* * * * ** * * *
2905 ATG--AGTAATAAGG-TGTTCGATGGCATAGA-TGACAATAAATGGACTTCACTCGCTAATGAAC
64 A-GCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGAT
* * * * * * * * *
2966 GATTTTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAAACATTCACTTATTATT
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * *
3010 TGTTTTAGCTAAGAATGTAAAACAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATACAACCATTTA
1 TATTTTAAC-AA-AA-ATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * *
3075 AAGCAAGTAATAATACTTCCGAAGG-CTTGAGTGAATATAAAT-AGACTATTTTTTGCAAAGGAT
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACT-TTTCTTGCAATGGAT
* * * * * *
3138 GACTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAGACATTCATTTCTAATA
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
3182 TATTTTAACAAAAATATAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAAC-AAAA-ATAAAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** *
3247 AA--AAGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGCTTA-AGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCGGTGCA
63 AAGCAAG--TAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGA
* * *
3309 TGACTTTTGCTTGATGTTTCCCAAAGTCGACATTCAATTATAATA
125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** ** * * * *
3354 TATTTTAATCAAAAATTTTAAAAAGGTTTACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAA-TAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * *
3419 AGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGA-TGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGA
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGATGA
* *******************************
3483 -TGTTTTCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
128 CT-TTTGCTTCA-------------TGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
*************************************************** ** * * *
3538 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAA
1 TATTTTAACAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * ** **** * * * * *** *
3603 TAAATTATGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCAAACGTTTGGGTGAATA
66 CAAGTAATAAGGCTT-TCGAA-GGCCTAGAGTGACT-ATAAA----T-GAAC-TTTTCTTGCA-A
** * *** * *
3667 TAAATTAGACTTTT-CTTGCCAATGGATTGCT-TTTGCTTCATG-C-TTCCTAAGGTAGACAT-
121 TGGA-T-GACTTTTGCTT--C-AT-G-TTTCTCAAAG--T-A-GACATT-C-AA-TTATA-ATA
* ** * ** * ** * * ** * * *
3726 TCAGTTATATTATATTTTAACCAAACTGTAAAAAGGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 T-A-TTTTAACAAAAATAAAAAAAAAT-T---AA--CTTAAAAT-CAAT-TATGA---GATTATA
* * * *
3791 AAACCATTTAAAGCAAGTACTAAGTCTTTCGAA--CACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
53 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-CTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * *
3854 ACCAATAGG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTGAAGCAGACATTCAATTATGATC
117 -GCAAT-GGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* ** * *
3908 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAA
1 TATTTTAAC-AAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
3973 AGCCAA-TAATAAGGGTTTCAAAGG-CTTGAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATGGAT
64 AG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-GCAATGGAT
* * * ** * **
4035 GGCCTTTGCTTTATGTTTCT-TGAGTTAAACATTCAACCATAATA
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * *
4079 TATTCTAACTAAAAATGTAAGACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAGTATAAAAGCATTTA
1 TATTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * * * * * ** *
4144 AAGTGAGCAATAACGCGTT-AAATGGCAT-GGGTGGCAATAAATGAGTTTTTCTTGCTAATGAAT
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGAT
* * ** *
4207 GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGATAGACATTCAATTATAATC
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
4251 TGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTA-ACAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * **
4316 AGTGAGCAATCAGGCTTTCAAAGG-CTTGAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTGGCAACAGATG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-GCAATGGATG
* * * * * *
4379 ACTTTTACTTCATTTTTCTCTAGGTAGACATTCAGTTCTAATA
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * * * * *
4422 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATGAGACTCTAAAACCATTTAAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * * *
4487 GTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGACCATAAATTG-ACTTTCCTTACCAGTGGATGG
65 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTT-GCAATGGATGA
* *
4550 C-TTTGCTTTATGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
128 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
*** *
4591 TATTTTAACCAAAAATGTGAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * *
4656 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGGGTGACTATAAAT-AGACATTTCTTGCTAATGGGTC
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-AATGGATG
* ** * *
4719 ACTTTTGATGGATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATA
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * ********** *
4762 TGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCANNNNNNNNNNTAGAAAACCATTTAA
1 TATTTTA-ACAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * * *
4827 AGCGAGTAATAA-GATTTTTATAGGAAC-A-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGA-AGG-CCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGAT
* * ** *
4889 GA-TTTTCTCTTTATGTTTC-CTGAGTAAGACATTCAATTATAATC
126 GACTTTT-GCTTCATGTTTCTCAAAGT-AGACATTCAATTATAATA
* * ** * * * * * *
4933 TCTTTTAACCAAATATGTAAAAACATTGAGCTCAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
4998 AGCGAGTAATAAGGCATTT-GAAGG-CTTGAGTGGCTAGAAATGGACTTTTCTTGCGAATGTG-T
64 AGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATG-GAT
* * * * * * *
5060 GGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAGATATTCAATTATTATC
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * ** ** * *
5104 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACGTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
********** * * * *
5169 AGCAAGTAATAAGG-NNNNNNNNNNCTTGAGTGAATATAAAT-ATACTATTCTTTACAATGGATG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-TTGCAATGGATG
* * *
5232 ACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTCTAATA
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* ** * *
5275 TATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * ** * *
5340 AGCGAGTAAGAAAGCTGTCAAAGG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATACAAGG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGATGA
* * *
5404 CTTTTGCTTGATGTTTC-CTAAAGCAAACATTCAATTATAATA
128 CTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* ** **********
5446 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATA-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** *** * *
5511 AGCAAGTAATAAGGCTGTCGAAGGAATA-AAAAACTATAAATGAACTTTTATTGCCAATGAATGG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGAT-G
** * * *
5575 GGTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATC
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
5617 TGTTTTAGTC-AAAGTATAAAAAAAATCAACATAAAATCAACTATAAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTA-ACAAAAATA-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
5681 AGAAAGTAATAAAGCTTTCAAAGG-CTTGAGTGAATATAAATTAGGCTTTTTTTGTCAATAGATT
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG-CAATGGA-T
** * * * *
5745 G-CTTTTGCTTCACATTTAC-CGAGGTAGACATTTAGTTATAATA
126 GACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** **********
5788 TATTTTAATCATAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTA
1 TATTTTAA-CA-AAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
5853 AAGCAAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTACTTACTAATGAAA
63 AAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGAT
* * ** * * * * *
5916 GGCTTTTTCTTCACATTTGTC-AAGAAAAACATTCAATTATTATC
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATA
* * * *
5960 TATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAAATTCAACGTAAAATCAAATATGAGATTATAAAATCATTT
1 TATTTTAAC-AAAAA--TAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * *
6025 AAAGC--GTAATAAGG-TGGTCGATGGCAT-GGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAA
62 AAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGA
* * * * ********** * *
6086 AGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTNNNNNNNNNNTTATTATC
125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * *** * * * ** *
6131 TGTTTTAACCAAAACTGTGAAAGAATTCAACTTAAAATTAAATATCTGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * * * * * * * ********* *
6196 AGCGAGCAATAAGGCAGTCGATGGCATGGA-CGACTAT-AGTAAAGTTNNNNNNNNNNTGAAT-A
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTT-TTCTTGCAATGGATGA
* * ** * * * * * *
6258 GTTTTTTCTTCACATTTCTCTAGGCAGACATCCAAATATAATC
128 -CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* ** * ** *
6301 TATGTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTCA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * ** *
6366 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCAT-GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATAAATGG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGATGA
* * * * *
6430 CTTTTTCTTCACGTTT-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
128 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* ********** * **
6471 TGTTTTAACCAAAANNNNNNNNNNATTCAATTTAAAATCAATTATGACTTTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * ** * *
6536 AGCAAGTAATATA-GCTTTCGAAAGAATTGA-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAAT-
64 AGCAAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGATG
* * * ** * * * *
6598 AGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAGGTATTTAAATATAGTT
127 A-CTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * ********** * *
6642 TCTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTCTAAAACTATTTAA
1 TATTTTAAC-AAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** ** * * *
6707 AGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGATTA-AGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTACGAATAGATG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-AATGGATG
* * * * * * *
6770 GCTTTTACATCATGTTCCACAAGGTAGACATTCAGTTATAATA
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* *********** * * *
6813 TATTTTAATAAAAAATNNNNNNNNNNAAAATTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
6878 GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-CTGGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTGAATGGGTGG
65 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG-CAATGGATGA
* * * * *
6941 CTTTTGTTTTATGTTTCGT--AAGACAGACATTTAATTATTATA
128 CTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAAG-TAGACATTCAATTATAATA
* ** * * * *
6983 TATTTTAACCAAAATTGTAAAACAATTCAACATAAAATGAATTATGCGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** *
7048 AGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCAT-G-GTTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGATG
* * * * * * * * * * * * *
7111 GCTTTTTCTTCGTATTTC-CTGAGGTAAATATTTAAATCTAGTT
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * *
7154 TGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTTAGCTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATA-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
7219 AGTAAATAATGAA-GCTTCCAAAGG-CTTGAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGAAT
64 AGCAAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG-CAATGGAT
* * * * * *
7281 -AGCTTTTGTTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTTAGTTATAATA
126 GA-CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
7325 TATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAT
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * * * *
7390 GCAGGTAATAGGGGTTTTGAAGG-CTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAACGGGTTAC
65 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGATGAC
** * * * * *
7454 TTTTGCTTCATGTTTCTTGAAGCAAACATCCAATTATTATT
129 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
7495 TGTTTTAAGCTAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTAT-AAACCTATTT
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTT
* ** * *
7558 AAAG-AGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGTCT-GAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCATAT-CAATG
62 AAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-T-TGCAATG
** * * * *
7619 GATGACTTTTGCTTCACATTTCTC-TAGCTAAACATTCAGTTGTAATA
123 GATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATA
*** * ********** *
7666 TATTTTATCTACAAGCGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTA---ACAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
7730 AAGCGAAG-AATAAGAG-TTTTGAAGG-GTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGG
63 AAGC-AAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGA
* * * *
7792 TGACTTTTGCTCCATGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTACT-ATC
125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTA-TAATA
* * ** * * * *
7837 TGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAAACAATTATGAGTTTATAAATCCATTTAA
1 TATTTTAAC-AAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * *
7902 AG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTA-AGTGAATATAAATAGAA-TTTTCTTGCCAATGGAT
64 AGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTG-CAATGGAT
* * * * * *
7964 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTTAGTTATAATA
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* *
8008 TATTTTAACAAAAA-AAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAACAAAAATAA--AAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * * * * *
8072 GAGTGAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCATAGA-TGACTATAAATGGACTTTT-TTGACTAGTGAA
63 AAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-C-AATGGA
* * * * ** * * *
8134 AGGCTTTT-CTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTAT-
125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
8177 TAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
1 TA-TTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
8242 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTTGAGTGAATATAAAT-AGACATTTCTTCTCAATGGA
62 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-GCAATGGA
** * * *
8305 TGACTTTTGCTTCATGCCTCCCGAGGTAGACA-T---TTATAAT-
125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * *
8345 TAATTTTAATCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTA
1 T-ATTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
8410 AAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGGGTG
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGATG
* * * *
8474 ACTTTTTGCTTCATGTTTC-CTGAAGCAGACATTCAATTATTATC
127 AC-TTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * *
8518 TGTTTTGACCACAAATATAAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TATTTT-AACAAAAATA-AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
8583 AAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAGT
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGA-T
* * * * *
8645 GACTTTTGCTTCATGTTTC-CGAAGCAGATATTCAATTATTATC
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * *
8688 TGTTTCAACCACAAATACAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGATATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAA-CAAAAATA-AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
8753 AAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGG-CTTGAGGGAATATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGGAT
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG-CAATGGAT
* ** *
8816 GGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGCCAGACATTCAGA-TATAATA
126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTCA-ATTATAATA
** * * *
8860 TATTTTAATC-AAAATCGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * * * * *
8924 AAGCGACTAACAGGGGTTTTGAA-GACTTGATTGACTACAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGGTG
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATGGATG
* * **** * *
8988 CCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAAGCAGTTGCTCAATTATTATT
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * ** *
9031 TGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAATTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *** *
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63 AAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCT-AGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTG-CAATGG
* * * *
9156 ATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAGTTGTAATA
124 ATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * *
9202 TATTTTAACCAAAAATGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGACTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
9267 ATCGAGTACTAAGGCTTTCAAAGTCTTTA-A-TGAATATAAATAGAA-TGTTCTTGCCAATGGAT
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-CTAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTG-CAATGGAT
* * * * *
9329 -AGCGTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTGGACATTCAGTTATAATA
126 GA-CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * *
9373 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * *
9438 AGTGAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCATAGA-TGACTATAAATGGACTTCTCTCATTG--AT-GA
64 AGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTT-T-TC-TTGCAATGGA
** * ** * ** * * *
9498 AAAGCTTTTTCTTCACATATCTTGAGGCTA-ACATTCAATTATTATT
125 TGA-CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
9544 TGTTTTAGCCAAGAATGTAAATAAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTA-ACAAAAAT-AAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * *
9609 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CTTCAGTGAATATAAAT-AGACATTTCTTTGCAATGGATG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-TTGCAATGGATG
* * * *
9672 ACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAGTTCA-AATA
127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATT-ATAATA
* * **********
9715 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * * * *
9780 AGTGAGTAATAAAGCTTTCTAAGG-CTTGAGTGACTATCAACGGACTTTTCTTGCTAGTGGATGG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGATGA
* * * * *
9844 CTTTTGCTTGACGTTCCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATA
128 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * ********* *
9886 TATTTTAACCAAAAATATGAAAGAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *** * * * * * * * *
9951 AGCGAGTAATAAGGAGGTCGATGGCAT-GGGTGACTAT-AATGGATTTTTCTTGCTAATGAAAGG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AATGGATGA
* * * * * * *
10014 CTTTT-TTTCATGCTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATC
128 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * * * * *
10055 CGTTTTAACTAAATATGTAAAAGAAAAATTTAACCTAGAATCAATTATGGGATTATAAAACTATT
1 TATTTTAAC-AAA-A-ATAAAA-AAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
10120 TAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGAATATAAAAAGAA-TTTT-TTCGCCAATA
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* * * * *
10182 GATGGCTTTTGCTTCATGTGTC-CTAAGGCAGATATTCAATTATAATA
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* * ** ** * ** * ***
10229 TATTTTAAGTAAAAGTTTAAAAAGTTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACAATAAAACTATTNNN
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
******* * * * * * *
10294 NNNNNNNAATAAGGCTTTCGAAGG-TTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGGATGG
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGATGA
** * * * *
10358 CTTTTGCTTCACATTTCCCCAAGTAGACATTCAATTATTATC
128 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * *
10400 TAATTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 TATTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAAATT-AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * * * ** * *
10464 AAAGCAAGTAATAATACTTTTGAAGG-CTTGAGTGAATATAAAT-AAAATTTCTTATCAATGAAT
62 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCAATGGAT
* * * * * *
10527 GATTTTTGCCTCATGTTTCTCGAAGCAGACATTCAGTTATATTA
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* * * * * * *
10571 TATTTTGACCAAAAATATATAAAAACTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAACTATTTAA
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* * * * * *
10636 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTGGGTGACTACAAAT-AGACTTCTCTTGCCAATGGGTG
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** * ** * ** * * *
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127 ACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * ** * **
10742 TGTTTTAATCAATAATGTAAAAAAATTCAACTTATCAAT-AATTATGAGATTATAAAAATATTTA
1 TATTTTAA-CAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
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* * ** * *
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* *
10913 TATTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAA-CAAAAATA-AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * *
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* * ** * * *
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126 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * *
11084 TGA-TCTAATCAAAAATATTAAAAAACTCAATTTAAAAAT-AATTACGAGATTATAAAAACATTT
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* * * * * * *
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62 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG-CAA-TGG
* * * * * * *
11210 -T-TCTTTTTGTTTTACA-CTTCCT-GAGGTAGACTTTCAATTATAATA
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* * ** * *
11255 TATTTCAAGAAAAAATGTAACAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAA
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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** ** * * *
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1 TATTTTAAC-AAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
12108 TATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAATTTAA-TCTAAAATCAAATATAAGATTATAAAATTATTT
1 TATTTTAA-CAAAAA--TAAAAAAAAATTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * * * * * * * * *
12172 TAAGC--GTAATGAGGCGATCGATGGCAT-GGGTGAGTATAAATGGACTTTTATTACTAATGAAA
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* * * * * * * * ** *
12234 GGCTTGTT-CTTCATATTTATTAAGGAAAATATTCAATTATTGTC
126 GACTT-TTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * ** *
12278 TGTTTTAACAAAAA-AAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATACCAGATTATAAAACTATTTA
1 TATTTTAACAAAAATAA--AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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125 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
12448 TACTTTAACCCAAAATATAAAAAAAAA-TAAGCTTAAAATAAATTATGGGATCATAAAACCATAT
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* * * *
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*
12575 TGACTTCTGCTTCA
125 TGACTTTTGCTTCA
12589 CATTTTTCGA
Statistics
Matches: 8209, Mismatches: 2235, Indels: 1005
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Matches are distributed among these distances:
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CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAATGGATGACTT
TTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATA
Found at i:13168 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12729--14587 Score: 1503
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 170
12719 GTTTGCATTG
* * * *
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* * * * * * * **
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126 TTTTATAT-TTTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* *** ** * * * * * **
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*** * *
12967 CCTCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA
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* * * * *
13032 TACTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTG
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* * * * * * * * * * *
13073 GGGAGCATCAACCAAAAGCCATTTACTGGCAAGAAAATTCCGTTGATAGTCACTCAAGCTTTCGA
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCTTTCGA
* * * * *
13138 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTTTCATAATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTA
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* * * *
13202 CATTTTTGGTTAAAATATATTAGAACTGAATGTCTACCTCA
131 TA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * ** * * *
13243 GAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGTAAAGAAAAGTCCATTTATATTCATTCAACCATTCGA
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCTTTCGA
* * *
13308 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * * *
13372 ACATTCTTGGTTAAAACA-AGTAATAATTCAATGT-TAGCCTT-
130 ATATT-TTGGTTAAAATATA-TTATAATTGAATGTCTA-CCTTA
* * ** * * * * **
13413 GAGATACGTGAAGAAAAAGCTTTTCATTAGCGAGAGAAGTCCATTTATAGTT-A-TCTATGCCAT
1 G-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TTCACTC-AAGCTTT
* * * *
13476 CGAACA-CCTTCTTACT-GACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAACT-AGTTTTAAGTTAAATT
63 CGAA-AGCCTTATTACTCG-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-T
* * * *
13538 TTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTTG
124 TTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * * * * *
13586 GGAAA-ATGAAGCGAACGCTATCCATTGGCAAGAACATTCTATTTATATTCATTAAAGCCTTT-G
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAG-CTTTCG
** * *
13649 AAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
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* * * * *
13714 ACATTTTTTGTTAAAGTATATTACAACTGAATGTCTACCTTA
130 ATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * * *
13756 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAATTCTATTTATATTCACTTAAAACTTT-A
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCAC-TCAAGCTTTCG
* * * *
13820 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTTTT
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* * * * * ** ** *
13885 ATAGTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAGTAACT-GTTTCG
130 ATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* ** * * * * * * *
13927 GGAAACATGAAGCAAAAGCCACGCTTTGGCAAGAGAAGTCCATTTCTAGTCAATCAA-ATCTTCA
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCT-TTCG
* * * * *
13991 AAACCCCTATTAGTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
14056 ACGATTTTGGTTAAAATATATTAT-ATCTGAATGTCTACCTCA
130 A-TATTTTGGTTAAAATATATTATAAT-TGAATGTCTACCTTA
* * * * * *
14098 GAAAACGTGAAGCAAAATCCAATCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGA
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCTTTCGA
* * * * * * *
14163 AAGCGTTATTATTCGCTTTCAATGGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* * * * *
14228 GTATTTGTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTT
130 ATATTT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * *
14269 GGAAAACCTGAAGCAAAAGTCACTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCG
1 GG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCTTTCG
14334 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * *
14398 TTATATTTGTGGTCAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTTA
128 TTATATTT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* ** * *
14442 GGAAACGTGAAGCAAAAGTCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAA
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCTTTCGA
* * * *
14507 AAGCTTTATCACACGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* *
14572 GATTTTTGTTTAAAAT
131 TA-TTTTGGTTAAAAT
14588 TAAATATAAC
Statistics
Matches: 1349, Mismatches: 291, Indels: 93
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 260 0.19
171 639 0.47
172 337 0.25
173 78 0.06
174 29 0.02
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCTTTCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
Found at i:13826 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 12729--14606 Score: 1735
Period size: 513 Copynumber: 3.7 Consensus size: 508
12719 GTTTGCATTG
* * * * * **
12729 GGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCT-AGAAAATTCTATTTATATTCACTCAAGTCTTCG
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-TAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAACCTTC-
* * *
12793 AAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTG
64 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-
* ** *** *
12857 TTTTACATATTTAGTTAAAACGAA-TAATAATTAAATGTTTTCCCAAAGAA-GTATGAAAAAAAA
127 TTTTACAT-TTTGGTTAAAAC-AAGTAATAATT-AATGTTAACCTTGAGAACG--TGAAGAAAAA
* * * * * *
12920 GCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATGCCATCGACCTCCTTATTACTCGCT
187 GCCTTTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTAATCAATGCCATCGAACACCTTATTACTCGCT
* * *
12984 TTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATACTTTTGATTAAAATA
252 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGATTAAAATA
* * * ** * * * * * * *
13049 TATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGGAGCATCAACCAAAAGCCATTTACTGGCAAGAAAATTCC
316 TATTATAACTGAATGTCTGCCTT-GGGAAAATGAAGCAAACG-CAATCATTGGCAAGAAAATTCT
* * * * *
13114 GTTGATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTTTCATA
379 ATTTATATTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTATCATA
* * *
13178 ATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAGAACTGAATGTCTACCTC
443 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTGAATGTCTACCTT
13242 A
508 A
* * *
13243 GAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-GTAAAGAAAAGTCCATTTATATTCATTC-AACCATTC
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAA-AAAAGTCCATTTATATTCACTCAAACC-TTC
* *
13306 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* *
13370 TTACATTCTTGGTTAAAACAAGTAATAATTCAATGTTAGCCTTGAGATACGTGAAGAAAAAGCTT
129 TTACATT-TTGGTTAAAACAAGTAATAATT-AATGTTAACCTTGAGA-ACGTGAAGAAAAAGCCT
* * * *
13435 TTCATTAGCGAGAGAAGTCCATTTATAGTTATCTATGCCATCGAACACCTTCTTACT-GACTTTA
191 TTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTAATCAATGCCATCGAACACCTTATTACTCG-CTTTA
* *
13499 AATAGTTTTATAATCTAATAACT-AGTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
255 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATA-TTTTGATTAAAATAT
* * *
13563 ATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGGAAAATGAAGCGAACGCTATCCATTGGCAAGAACATTCTAT
317 ATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGGAAAATGAAGCAAACGCAAT-CATTGGCAAGAAAATTCTAT
* * ** * *
13628 TTATATTCATTAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATT
381 TTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTATCATAATT
* * *
13693 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAGTATATTACAACTGAATGTCTACCTTA
446 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTGAATGTCTACCTTA
* * * * *
13756 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAATTCTATTTATATTCACTTAAAACTTTAA
1 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAACCTTCAA
* *
13821 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTTTT
66 AAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
13885 ATA-GTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGA-G-TAACTGTTTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCC
130 -TACATTTTGGTTAAAACAAGTAATAATTAATGTTAAC--CTT-GAG-AACGTGAAGAAAAAGCC
*** * * * * * * * *
13947 ACGCTTTGGCAAGAGAAGTCCATTTCTAGTCAATCAAAT--CTTC-AAAACCCCTATTAGTCGTT
190 TTTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGT-AATC-AATGCCATCGAACA-CCTTATTACTCGCT
* *
14009 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGATTTTGGTTAAAATA
252 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTGATTAAAATA
* * ** * *
14074 TATTATATCTGAATGTCTACC-TCAGAAAACGTGAAGCAAAATC-CAATCATTGGTAAGAAAAGT
316 TATTATAACTGAATGTCTGCCTTGGGAAAA--TGAAGC-AAA-CGCAATCATTGGCAAGAAAATT
* * * * * *
14137 CTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTATTCGCTTTCAATGGTTTTATAATATTAT
377 CTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTATCAT
* ** * * * * * *
14202 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATGTATTTGTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-C
442 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTGAATGTCTACC
*
14266 TTT
506 TTA
* * * * *
14269 GGAAAACCTGAAGCAAAAGTCA-CTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTC
1 GG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATC-CATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAACCTTC
* * *
14333 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
14398 TTATATTTGTGGTCAAAAC-AGATAATAATTGAATGTCT-A-CTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAG
129 TTACATTT-TGGTTAAAACAAG-TAATAATT-AATGT-TAACCTTGA-G-AACGTGAAGAAAAAG
* *** * * * ** * * * *
14460 TCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCTTTC-AAAAGCTTTATCACACGC
188 CCTTTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGT-AATCAATGCCATCGAACA-CCTTATTACTCGC
* * * *
14523 TTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGTTTAAAAT
251 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGATTAAAAT
* *
14588 -TAAATATAACTTAATGTCT
315 AT-ATTATAACTGAATGTCT
14607 ATCTCAGGAG
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 187, Indels: 99
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.01
511 79 0.07
512 207 0.18
513 402 0.36
514 272 0.24
515 157 0.14
516 1 0.00
517 1 0.00
518 1 0.00
519 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAACCTTCAA
AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
ACATTTTGGTTAAAACAAGTAATAATTAATGTTAACCTTGAGAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCAT
TAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTAATCAATGCCATCGAACACCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTGATTAAAATATATTATAACT
GAATGTCTGCCTTGGGAAAATGAAGCAAACGCAATCATTGGCAAGAAAATTCTATTTATATTCAC
TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTATCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTGAATGTCTACCTTA
Done.