Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399453.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2717.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26374
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 4299 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:365 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13--385 Score: 414
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
3 TAGGTTGAAC
* * *
13 TTTTTGACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAGAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAGAAAAAA
* * * *
78 GGCATTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCAATTGCTTCAAAAGCTCTATTACTCACT
66 GGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTGCTTCAAAAGCTCTACTACCCACT
* * * * **********
143 TTACATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNT
131 TTAAATAGCTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAAAT
* * *
185 TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTA-CGTCAA-TAA-ATGTA-AAGA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGC-TCAAGAAACATG-AGAA-A
* *
246 GAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGC-CTTACTAC
63 -AAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTGCTTCAAAAGCTC-TACTAC
*
310 CCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAAAT
126 CCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAAAT
*
357 TTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATTA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
386 CTTTTTTACA
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 30, Indels: 10
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 6 0.04
172 155 0.93
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAGAAAAAA
GGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTGCTTCAAAAGCTCTACTACCCACT
TTAAATAGCTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAAAT
Found at i:4101 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2996--4441 Score: 1175
Period size: 343 Copynumber: 4.2 Consensus size: 341
2986 NNNNNNNNNN
* * * *
2996 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * ** * ** * * * *
3060 CGAGTGATAAGATTTTTTAATGGTATGGGTGGCTATAAATGAGTTTTTTTTTGCCAATTAATGCT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATACC
* * * * ** * * **
3125 TTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGTAGATGTTCAATTCTAGTCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAAA
128 TTTCTCTTCATCG-TTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAATAAAAA
* * * * * ** *
3188 TATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATTAGGCTTTT-AAA
192 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
** * ** ** ** * * * *
3252 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGTCAATGGTTGAGTTTTGCTTCACATTTCTTAAG
257 -GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAAT-AATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAA
*
3316 GTAGACATTCAATTAT-ACCT-T
319 GTAGACATTCAATTATAATCTGT
** * * * * *
3337 TTT-----TTAA--TCAAAAAATTCAACTCT-AAATCAATTTTGAGACTATAAAGCCATCTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * *
3394 TAAGTAATAAGGCTTTTGAGGAAATAAGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTTCCAATGAATACTTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * * **
3458 TCTCTTCATAC-TTCCCAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAA
130 TCTCTTCAT-CGTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAATAAAAAAA
* * * * * * * *
3522 TTAAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGT-ATTAGGCTTTTGAAGGC
194 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
* * * * * * * * * *
3586 TTGAGTGGCTATAGATGAACTTTT-TGTATCAATAGTTGGC-TTTTGCTTCACGTTTC-CCAAGA
259 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATA-AT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGT
* * ** *
3648 AAACATTTAATTATACCCTTT
321 AGACATTCAATTATAATCTGT
* *
3669 TTATAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCAATTTAAAG
1 TT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
3734 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCTAATAAATACCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * * *
3799 TCTCTTC-TCGTCTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAAT-TTTTTCTAACTAAAAACATCAAAAT
130 TCTCTTCATCGT-TCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACTAAAAAAATAAAAAA
* * * * *
3862 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAAG
193 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * ** *
3927 AATGGGCGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTA
258 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-AATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTA
3992 GACATTCAATTATAATCTGT
322 GACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
4012 TTTAACCAAAAAGGTACAAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
4077 TGAGTACTAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACCATAAAAGGACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * ** * * * * *
4142 TTTCTTCAT-GTT-TCTTGAGATAGACATTCAATCATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAA
130 TCTCTTCATCGTTCCCAAG-GA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-AATAAAAA
*
4205 AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTA-CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTTA
192 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATC-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTG
* * *
4268 AAAGTATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
254 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-AATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* *
4333 AGTAGACATTCAATTCTAGTCTGT
318 AGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
4357 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTT-AGTTTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * *
4421 CAAGTAATAAGACTTTCGAAG
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
4442 GCTTGAGTAA
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 174, Indels: 73
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
330 14 0.02
331 109 0.12
332 68 0.08
333 17 0.02
334 52 0.06
335 2 0.00
336 2 0.00
338 2 0.00
339 2 0.00
340 86 0.10
341 110 0.12
342 66 0.07
343 154 0.17
344 112 0.13
345 97 0.11
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
CTCTTCATCGTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACA
TTCAATTATAATCTGT
Found at i:4134 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2996--4567 Score: 1150
Period size: 172 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
2986 NNNNNNNNNN
* * * *
2996 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * ** * ** * * *
3060 CGAGTGATAAGATTTTTTAATGGTATGGGTGGCTATAAATGAGTTTTTTTTTGCCAATTAATGCT
65 TGAGTAATAAG-GCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATACT
** * *
3125 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATGTTCAATTCTAGTCTG-
128 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
3168 TTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *** * * ** *
3232 TAAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGTCAATGGTTGA-G
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-ACT
* * * *
3295 TTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT-ACCT-T
128 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
** * * * * *
3337 TTT-----TTAA--TCAAAAAATTCAACTCT-AAATCAATTTTGAGACTATAAAGCCATCTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * *
3394 TAAGTAATAAGGCTTTTGAGGAAATAAGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTTCCAATGAATACTTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTT
* *** * *
3458 TCTCTTCATACTTCCCAAGGTATACATTCAATTATAATCTGT
130 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
3500 TTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *** * * * * * * *
3565 AAGT-ATTAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGGCTATAGATGAAC-TTT-TTG--TATCAATAGTTGG
66 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTT--
* * * * ** *
3625 CTTTTGCTTCACGTTTCCCAA-GAAAACATTTAATTATACCCTTT
129 -TTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
3669 TTATAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCAATTTAAAG
1 TT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
3734 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCTAATAAATACCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTT
* * * * * * *
3799 TCTCTTCTCGTCTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAAT-TTT
130 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* ** * * * * * * *
3840 TTCTAACTAAAAACATCAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAACCATTTAAAG
1 TT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
3905 TGAGTAATAAAGTTTTTGAAAG-AATGGGCGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATGCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTT
* **
3969 TTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
129 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
4012 TTTAACCAAAAAGGTACAAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
4077 TGAGTACTAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACCATAAAAGGACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTT
* ** * * *
4142 TTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATCATAGTCTGT
130 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
** * * *
4184 TTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTACAAAACCATTTAAA
1 TTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
4248 GCGAGTAATAAGGCCTTTTAAA-AGTATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATAC
64 GTGAGTAATAAGG-CTTTTAAAGA-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
* * *
4312 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTCTAGTCTGT
127 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
4357 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTT-AGTTTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * ** *** * * * * * **
4421 CAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTT-TGTGTCAAAGGTTGAC-
65 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-ACT
* * ** * ** *
4484 TTTTGCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGCCTTT
128 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
4528 TTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTTAACTTAAAATCAAT
4568 GAATAGACTT
Statistics
Matches: 1111, Mismatches: 245, Indels: 88
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 42 0.04
162 77 0.07
163 4 0.00
164 2 0.00
166 8 0.01
168 4 0.00
169 61 0.05
170 161 0.14
171 295 0.27
172 351 0.32
173 98 0.09
175 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTT
TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
Found at i:4916 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 4564--5329 Score: 824
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 173
4554 AACTTAAAAT
* * *
4564 CAATGAATAGACTTTTCTTG-CCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TATT-T--AGGTAGACAT
1 CAATAAATGGACTTTTCTTGACCAATGAATTCCTTTTTC-TT-CATGT-TTCTCAAGGTAGACAT
* * * * *
4624 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGAAAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
4689 TATAACAATTTAAAGTGAGTAAT-AGAGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
128 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATAGGTGA
** *
4735 CAATAAATGGACTTTTCTTGATAAATTAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
1 CAATAAATGGACTTTTCTTGACCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * * * * *
4800 ATTATAAAATGTTTTAGCCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* *
4864 AAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGTGA
130 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGA
* * * ** *
4908 CTATAAATGGACTTTT-TTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCA
1 CAATAAATGGACTTTTCTTGACCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
4972 ATTATAATTTGTTTTAACC-AAAATATAAAAATATTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * * * *
5036 AAGCATTTAAAATGAGTAGTAGGGCTTTTGAAGCAATAGGTCA
131 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
* * * * * * *
5079 CAAAAAATGGACTTTACTTG-CCAATGAATACCTTTTTCTTCAGGTTTC-CTAAGGCACACGTTC
1 CAATAAATGGACTTTTCTTGACCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTC
* * * * *
5142 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACGT-CAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
*
5206 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
130 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
* * * * *
5250 CTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATTTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACACTCA
1 CAATAAATGGACTTTTCTTGACCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
*
5314 ATTATAAT-TTTTTTAA
66 ATTATAATCTGTTTTAA
5330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 92, Indels: 29
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.03
171 276 0.56
172 80 0.16
173 110 0.22
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
CAATAAATGGACTTTTCTTGACCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
Found at i:4977 original size:456 final size:456
Alignment explanation
Indices: 4117--4977 Score: 1090
Period size: 456 Copynumber: 1.9 Consensus size: 456
4107 ACCATAAAAG
* *
4117 GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATCATAGTCT
1 GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTATCTTGAGATAGACATTCAATCATAATCT
*
4182 GTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAA
66 GTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACAATTTAA
* *
4247 AGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGTATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATAC
131 AGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATAC
* * ***
4312 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
196 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * ** * *
4377 AATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAG
261 AATTCAAATTAAAATCAATTGTTAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAG
** ** ** * *
4442 GCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTGTCAAAGGTTGACTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGGT
326 GAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTACCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGCT
*
4507 AGACATTTAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATGAAT
391 AGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATGAAT
4572 A
456 A
* * *
4573 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TAT-TT-AGGTAGACATTCAATTATAAT
1 GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TT-CATGTATCTTGAGATAGACATTCAATCATAAT
* * * * * *
4635 CTGTTTTAACTAAAAA-AGAAAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATATAACAAT
64 CTGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTACAAAACAAT
* * * *
4698 TTAAAGTGAGTAAT-AGAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGATAAAT
127 TTAAAGCGAGTAATAAG-GCCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTT-ACAAAT
* * * * * *
4761 TAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAGCCAAAAATG
190 AAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACAAAAAATG
* * * *
4826 TACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-TTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
255 TA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTGTT-AGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAC
* * * * * * * *
4890 TTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
318 TTTCAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTACCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTT
4955 CTTGAGCTAGACATTCAATTATA
383 CTTGAGCTAGACATTCAATTATA
4978 ATTTGTTTTA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 56, Indels: 16
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
454 38 0.11
455 146 0.43
456 150 0.44
457 4 0.01
458 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (456 bp):
GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTATCTTGAGATAGACATTCAATCATAATCT
GTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACAATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATAC
CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
AATTCAAATTAAAATCAATTGTTAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAG
GAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTACCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGCT
AGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATGAAT
A
Found at i:4989 original size:456 final size:455
Alignment explanation
Indices: 4117--5018 Score: 1086
Period size: 455 Copynumber: 2.0 Consensus size: 455
4107 ACCATAAAAG
* *
4117 GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATCATAGTCT
1 GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTATCTTGAGATAGACATTCAATCATAATCT
*
4182 GTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAA
66 GTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACAATTTAA
* *
4247 AGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGTATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATAC
131 AGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATAC
* * ***
4312 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
196 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * ** * *
4377 AATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAG
261 AATTCAAATTAAAATCAATTGTTAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAG
** ** ** * *
4442 GCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTGTCAAAGGTTGACTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGGT
326 GAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTACCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGCT
* *
4507 AGACATTTAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAACA-AATTCAACTTAAAATCAATGAA
391 AGACATTCAATTATAGACTTTTTTAAC-AAAAATATAAAA-ATAATTCAACTTAAAATCAATGAA
4571 TA
454 TA
* * *
4573 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TAT-TT-AGGTAGACATTCAATTATAAT
1 GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TT-CATGTATCTTGAGATAGACATTCAATCATAAT
* * * * * *
4635 CTGTTTTAACTAAAAA-AGAAAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATATAACAAT
64 CTGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTACAAAACAAT
* * * *
4698 TTAAAGTGAGTAAT-AGAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGATAAAT
127 TTAAAGCGAGTAATAAG-GCCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTT-ACAAAT
* * * * * *
4761 TAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAGCCAAAAATG
190 AAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACAAAAAATG
* * * *
4826 TACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-TTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
255 TA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTGTT-AGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAC
* * * * * * * *
4890 TTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
318 TTTCAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTACCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTT
* * * *
4955 CTTGAGCTAGACATTCAATTATA-ATTTGTTTTAACCAAAATATAAAAATATTTGAACTTAAAAT
383 CTTGAGCTAGACATTCAATTATAGACTT-TTTTAACAAAAATATAAAAATAATTCAACTTAAAAT
5019 TAATTTTGAG
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 61, Indels: 21
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
454 39 0.10
455 172 0.46
456 157 0.42
457 4 0.01
458 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (455 bp):
GACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTATCTTGAGATAGACATTCAATCATAATCT
GTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACAATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATAC
CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
AATTCAAATTAAAATCAATTGTTAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAG
GAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTTGTACCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGCT
AGACATTCAATTATAGACTTTTTTAACAAAAATATAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATGAATA
Found at i:5148 original size:627 final size:627
Alignment explanation
Indices: 3948--5193 Score: 1406
Period size: 627 Copynumber: 2.0 Consensus size: 627
3938 ATAAATGGAG
* *
3948 TTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
4013 TTAACCAAAAAGGTACAAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
66 TTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
* * *
4078 GAGTACTAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACCATAAAAGGACTCTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
131 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACAATAAAAGGACTCTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
** ***
4143 TTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATCATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAAT
196 TTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATCATAAAATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAAT
* * * *
4208 TCAACTTAAAATCAATTATGGTATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGT
261 TCAAATTAAAATCAATTATGGTAATACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGA
* *
4273 ATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAG
326 ATGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAG
* * * *
4338 ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGT
391 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGA
* * * * *
4403 TTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTT
456 TTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTAGAGTAACAAAAAATAGACTTTC
* ** * * * * * * * *
4468 TGTGTCAAAGGTTGACTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGCCTTTTTTAA
521 TGTGCCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCACACATTCAATTATAACCTGTTTTAA
* *
4533 CAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATGAATAGAC
586 CAAAAAACATAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATGAATAGAC
*
4576 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ACATTAT-TT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG
1 TTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTTCACATT-TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
4638 TTTTAACTAAAAAAG-AAAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATATAACAATTTAA
64 TTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAA-TTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAA
* * * * * * *
4702 AGTGAGTAAT-AGAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGATAAATTAATT
128 AGTGAGTAATAAG-GCTTTTAAAGAAATGGGTGACAATAAAAGGACTCTTCTTG-CAAATGAATG
* * * ** *
4766 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAGCCAAAAATGTACAA
191 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATCATAAAATGTTTTAACCAAAAATAAAAAA
* * * * *
4831 AGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-AATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG-CTTTT
256 AAAATTCAAATTAAAATCAATTATG-GTAATACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTT
* * * * * * *
4894 AAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-T
320 AAAAGAATGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * *
4958 GAGCTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-CAAAATATAAAAATATTTGAACTTAAAATTAA
385 AAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAA
** * * * * *
5022 TT-TTGAGATTATAAAAGC-ATTTAAAATGAGTAGTAGGGCTTTTGAA-GCAATAG-GTCACAAA
448 TTGTT-AGATTATAAAA-CTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTCGAAGGC--TAGAGTAACAAA
* * * * *
5083 AAATGGACTTTACT-TGCCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCAGGTTTCCTAAGGCACACGTTCAATT
509 AAATAGACTTT-CTGTGCCAAAGAATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCACACATTCAATT
* * * * *
5146 ATAATCTGTTTTAACTAAAAACGTCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAAT
572 ATAACCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
5194 TATGAGATTA
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 94, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
626 48 0.09
627 316 0.62
628 135 0.26
629 11 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (627 bp):
TTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACAATAAAAGGACTCTTCTTGCAAATGAATGCCTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATCATAAAATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAAT
TCAAATTAAAATCAATTATGGTAATACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTTAAAAGA
ATGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGA
TTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTAGAGTAACAAAAAATAGACTTTC
TGTGCCAAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCACACATTCAATTATAACCTGTTTTAA
CAAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATGAATAGAC
Found at i:5287 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 4573--5329 Score: 940
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 343
4563 TCAATGAATA
* *
4573 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TAT-TTAGGTAGACATTCAATTATAATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TT-CATGTTTCTTA-GTAGACATTCAATTATAATT
* * *
4636 TGTTTTAACTAAAAAAGAAAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATATAACAATTTA
63 TGTTTTAACCAAAAAAGAAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTA
* * * * * * * * *
4701 AAGTGAGTAATAGAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGATAAATTAATT
128 AAATGAGTAATAGAGCTTTTGAAGCAATAGGTCACAAAAAATGGACTTTACTTGACAAATGAATA
* * * * *
4766 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAGCCAAAAATGTACAA
193 CCTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGCACACATTCAATTATAAAATGTTTTAACCAAAAACGTACAA
* * *
4831 AGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAA
258 AGAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAA
4896 AGGAATGAGTGACTATAAATG
323 AGGAATGAGTGACTATAAATG
* *
4917 GACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATTT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AG-TAGACATTCAATTATAATTT
* * * *
4982 GTTTTAACCAAAATA-TAAAAATATTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAGC-ATTTA
64 GTTTTAACCAAAAAAGAAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CAATTTA
* * *
5045 AAATGAGTAGTAGGGCTTTTGAAGCAATAGGTCACAAAAAATGGACTTTACTTG-CCAATGAATA
128 AAATGAGTAATAGAGCTTTTGAAGCAATAGGTCACAAAAAATGGACTTTACTTGACAAATGAATA
* ** *
5109 CCTTTTTCTTCAGGTTTC-CTAAGGCACACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACGT-CA
193 CCTTTTTCTTCAGGTTTCTC-AAGGCACACATTCAATTATAAAATGTTTTAACCAAAAACGTACA
* * * *
5172 AA-AAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTT
257 AAGAA-TTCAAACTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT
*
5236 GAAGGAAT-AGGTGACTATAAATG
321 AAAGGAATGA-GTGACTATAAATG
* ** * *
5259 GACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACACTCAATTATAATTT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT--TAGTAGACATTCAATTATAATTT
5324 -TTTTAA
64 GTTTTAA
5330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 47, Indels: 23
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 9 0.03
342 134 0.38
343 62 0.17
344 117 0.33
345 34 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAGTAGACATTCAATTATAATTTGT
TTTAACCAAAAAAGAAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAA
TGAGTAATAGAGCTTTTGAAGCAATAGGTCACAAAAAATGGACTTTACTTGACAAATGAATACCT
TTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGCACACATTCAATTATAAAATGTTTTAACCAAAAACGTACAAAGA
ATTCAAACTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
AATGAGTGACTATAAATG
Found at i:6874 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6541--7196 Score: 478
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
6531 ATAATAAGGC
* * * *
6541 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATAAGTGACTATTAGTGGACTTTTTTTGCCAAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT
* * * * * * * *
6606 GAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGC-AGACATTCAATTTTAGTTTGTTGTAACTAGAAAT
66 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTAT-AA-GCTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAC-AAAAAT
* * * * * * *
6670 GTGCAAAGAATTCAAATTTAAATTAGTTTTGAGATTATAAAAT
128 GT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAT
* * *
6713 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT
* *
6778 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTATAGAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAATG
66 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTATA-AGCTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAATG
* **********
6843 TAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGNNNNNNNNNN
129 TAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAT
* * * * *
6885 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGTAAAGGTATGGGTCACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAA
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTT-TAAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAA
* * * * ** * *
6950 AGAATACTTTTTTCTTCACGTTTATTAAGGTAGACGCTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
65 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTA-TAAGCTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAAT
*
7015 GTAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAAT
128 GTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAAT
* ** * * * * ** * * *
7057 CATCTAAAGCAAGCAATAAGG-CTTTCGAAGG-CTTGAGTGCCTATAAATAGACTTTTTATGTCA
1 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTT-AAAGGAATAG-GTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCA
** * * * * * ** *
7120 ATGGTTGGCTTTTACTTTACATTTCCTAAGGC-AGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAA
64 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-ATAA-GCTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAA
7184 ATGTAAAAAAATT
126 ATGTAAAAAAATT
7197 CAACNNNNNN
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 95, Indels: 25
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 94 0.25
172 181 0.48
173 96 0.25
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT
GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTATAAGCTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAATGTA
AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAT
Found at i:8219 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7881--10728 Score: 2152
Period size: 172 Copynumber: 16.5 Consensus size: 172
7871 NNNNNNNTTA
* * * * * *
7881 CTCAAGGTAGACATTTAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAA-
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAAT
* *** * * * * * * *
7945 CTAATTATG-GCATTACGCAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTTGAAAGTATAGATGATTA
66 C-AATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
**********
8009 TAAATGGACTTTTCTTGNNNNNNNNNNCTTTTTTCTTCATGTTT
129 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTT
* * ********** *
8053 CTCAAGGTAAACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTANNNNNNNNNNAAATTTAAAT
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAAT
* * * * *
8118 CAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTGTA
66 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * *
8183 AATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCATGTTT
131 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
8225 CTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTA-AAAAAATTTGAACTTAAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAA-TTCAAATTAAAA
* * * ** * **********
8289 TAAATGTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGTTTAATAAGGCTTTTGAAGCAATNNNNNNNNNN
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
8354 AAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTT
130 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTT
* ** * * * * *
8397 GTTTAGGTAGACATTCAATTCTAGACTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAAT
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAAT
* * ******************************
8462 TAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTATA
66 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* *
8527 AATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
131 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * * *
8569 TTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAAGTA-AACAAATTTGAACTTAAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAA-AAAATTCAAATTAAAA
* * * * * * * *
8633 TCCATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAGTAAGGCTTTTGGAGCATTGAGTCACTAT
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* *
8698 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTT
130 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
8741 CTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGT-TGATTTGAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAA
** * * * * * *
8805 TCAATTTTGATTTTATAAAACAATGTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTAT
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * *
8870 AAATGAACTTTTTTTGCCAATCACTACC-TTTTTCTTTATGTTT
130 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
8913 CAT-GAGGTAGACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAGCTAGAAATGTACAAACAATTCAACTTAAAA
1 C-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAA
* * * *
8977 TCAATTATG-GCATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
65 TCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* *
9041 TAAATGGACTTTTCTGGCCAATGAATACTTTTTTTCTTCATGTTT
129 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * *
9086 CTTAAGATAAACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAAT
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAAT
* * *
9151 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGATGAGTATA
66 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
9216 AATAGACTTTTCTTAG-CAATGAATACCTTTTTTATTTATATTT
131 AATGGACTTTTCTT-GCCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
9259 CTCAAGGTAGAGATTCGATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTA-AAAAAATTTGAACTTAAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAA-TTCAAATTAAAA
* * * * * *
9323 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAGCTTTCGAAGAAATTGATGACTAT
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * *
9388 AAATGAACTTTTCTCGCCAATGAAT-ATTATTTTCTTCATGTTT
130 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTT-TTTTCTTCATGTTT
* * * * * ** *
9431 C-CTAAGGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAAGC-AAAAA-GCT-CAAAAGGTT-TAATCTA
1 CTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATG-TACAAAAAATTCAAAT-TA
* * * * *
9491 AAATCAATTATAAGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGAC
62 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * **
9556 TATAAATGGATTTTTCTTGCCGATGAATACC-TTTTTCTTCACATTT
127 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * *
9602 CCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAGA-GTA-AAAAAATTCAACTTAAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATGTACAAAAAATTCAAATTAAAA
* * * * * ** * *
9665 TCAAATATGAGACTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAATGGGTAACTAG
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * *
9730 AAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGTCC--TTTTCTTCAAGTTT
130 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA--TCCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
9773 GTCAAGGTAGACATTCAATTATCAGT-TTTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAA
* * * *
9837 TAAATTTTGAGCTTGT-AAACCTATTCAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
** * * * *
9900 TAAATAAATTTTTTTTGCCAATGAATTCC-TTTTTCTACACT-TCT
129 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TCCTTTTTTCTTCA-TGTTT
* * * *
9944 CTCAAGGTAGACATT-ATATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAA
* * * * * **
10008 TGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAACAAAGCTTTT-AGAGAAACAGGTGACTA
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTA
* *
10072 TAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATACC-TTTTTCTTTATGTTT
129 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * **
10116 CTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTCAACCTAAAAT
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAAT
* * * *
10180 CAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTTAAAGGTATGGGTGATT
66 CAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** *
10243 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTTTTTTTCTTCACGTTT
128 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTT
** * * *
10288 CTCAAGGTAGATGTTCAATTTTAGTCTG-TTTAACTAAAAATGTA-AAAATATTCAACTTAAAAT
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAAT
* * ** * * ** *
10351 TAATTATT-AG-TTCATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA
66 CAATT-TTGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* ** * * * *
10414 TAAATGGACTTTT-TGTACCAATGGTTGAC-TTCTGCTTCACGTTT
129 TAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
10458 C-CTAAGGCAGACATGCAATTATA-TCTTTTTTAA-TCAAAAATG-AAAAAAAATT-AACTCAAA
1 CTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAA
* * * * * *
10518 ATCAATTTTGAGACTATAAAGCCATCTAAAGTAAGTAATAATGCTTTTG-AGGAAATTGGTGACT
64 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACT
*
10582 ATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTCTCATCTTTCTCTTCATGTTT
128 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-ATC---CT--T-TTT-TCTTCATGTTT
* * * * *
10636 CGCAAGGTCGACATTCAATTATA-TCCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAAATT-GAATTAAAA
1 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAA
10699 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
10729 CAAGTATTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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177 2 0.00
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179 15 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAAT
CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTT
Found at i:11648 original size:172 final size:172
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 172
10968 NATGAATACT
* * * *
10978 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAATCAAAAATGT--CAAA
1 TTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAA
** * * * * * * * * * * * *
11041 ACGTTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAATTAG-CAACAGGGCTTTTAA
65 AATTTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTACAAAACCATTT-AAAGTAGATAATAAGGCTTTTGA
* * * ** *
11105 AGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCGATGTATGTC
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCC
* * * * * * * * *
11149 TTTTTCTTTACGTTTCCAAATGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AATAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAA
* * * * * **********
11213 AA-TTCAACCTT-AAATCAATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTG
65 AATTTGAA-CTTAAAATCAGTTTTGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTAGATAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
11275 AAGGTACGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGACAATGAATGTC
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCC
** * *
11320 TTTTTCTTCATGTTTTCCATTGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAA
* * * *
11385 AATTTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTACAAAGCCATTTAAAGTAGGTAGTAAGGCTTTTAAA
65 AATTTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAGATAATAAGGCTTTTGAA
* * *
11450 GCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCTAATAAATGCC
130 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATAAATGCC
*
11493 TTTTTCTTTACAT-TTATT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAA
1 TTTTTC-TT-CATGTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAA
********** *
11555 AAAATTTGAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAATAATAAGGCTTTT
63 AAAATTTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAG-ATAATAAGGCTTTT
* * *
11619 GAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATTCC
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCC
11665 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
1 TTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
11717 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 97, Indels: 37
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
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175 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAA
ATTTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAGATAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCC
Found at i:13083 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
12403 NNNNNNNNNT
* * * * * *
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1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
** * * *
12477 ATGTAAAAAAATTTGTACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAGC-ATTTAAAGTGAGTAGTAG
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* * * *
12541 GGCATTTGAAGGAATGGGTTACAATAAATAGACTTTTCTTGCC
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* * * * * * * * *
12584 AATGAATACCTCTTTCTTTAGGTTTCCTAT-A-GCAGACGTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAG
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-CT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
** * * * * * *
12647 AAACATCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGCGTAATAA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
12712 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGCACTTTTGTTGCC
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
12755 AATGAATACCTTTTGCTTCAGGTTTGTTGAGGTAAACCTTCAATTATAATCTGCTTTAACCATAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * *
12820 ATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAA-TTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
66 ATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
* *
12884 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCT
130 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * **
12926 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGATATTCTATTA-AACTCTATTTTAACCGTA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAA
* * * *
12990 AATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAGAA-TCATTTAAAGGGAGTAGTA
65 AATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATA
* *
13054 GGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
13098 CATGAAT-AC-ATTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTTCTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * * ** *
13161 ATGTCAAAAATTTCAACCTAAAATCCATTATGAGGGTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGG
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
13226 CTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAACGGATTTTTCTTACC
131 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * ** * * *
13267 AATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC-GATTCTAACAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAA
** * * * * * * *
13331 AACATCAAAAAATTCAACATAGAATCCATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
* *
13396 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGGC-TTTCTTGCC
130 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCC
* * * ** ** *
13438 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTGTCGAGGTAAACATTTGATTATAATCAATTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
13503 ATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTTG-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
66 ATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
** * *
13567 GGCTTTTGAATCAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * ** **
13610 AATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * *
13674 AATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
65 AATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
13739 GGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCC
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * *
13782 AATGAATGTTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTTTAGTCTGTTTGAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
13847 ATATAAAAAAAATT-TACTTAAAAT
66 ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
13871 TAAACCAAGT
Statistics
Matches: 1066, Mismatches: 196, Indels: 50
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 84 0.08
170 63 0.06
171 520 0.49
172 393 0.37
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
Found at i:13444 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 12413--13860 Score: 1720
Period size: 512 Copynumber: 2.8 Consensus size: 509
12403 NNNNNNNNNT
* * *
12413 AATGAATGCCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGCTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* *
12478 TGTAAAAAAATTTGTACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAGTAGGG
66 TGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAGTAGGG
* * * * * *
12543 CATTTGAAGGAATGGGTTACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTCTTTCTTTAGGTT
130 CTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CTATTTCTTTACGTT
* * * **
12608 TCCTATA-GCAGACGTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAGAAACATCAAAAAGTTCAACCTAAAA
194 TCCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTCAAAAA-TTCAACCTAAAA
* *
12672 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
257 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * *
12737 AAATGCACTTTTGTTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCAGGTTTGTTGAGGTAAACCTTCAATTAT
322 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAT
* * * ** * *
12802 AATCTGCTTTAACCATAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTGAGAATATAAAACTAT
387 AATCTGATTTAACAAAAAACATACAAAAAATTCAAA-TTAAATCAATTTGAGAATATAAAACCAT
* * *
12867 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCT
451 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
12926 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGATATTCT-ATTA-AACTCTATTTTAACCGT
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATT-TAATTATAA-TCTATTTTAACC-A
* *
12989 AAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAGAATCATTTAAAGGGAGTAGTA
63 AAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA-AAACATTTAAAGTGAGTAGTA
* * * *
13054 GGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATAC-ATTTCTTCATG
127 GGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTATTTCTTTACG
* *
13118 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAATTTCAACCTAAA
192 TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTCAAAAA-TTCAACCTAAA
* ** * *
13183 ATCCATTATGAGGGTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTA
256 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * **
13248 TAAACGGATTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
321 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTA
* * *
13313 TAATC-GATTCTAACAAAAAACAT-CAAAAAATTCAACA-TAGAATCCATTATGAGATTATGAAA
386 TAATCTGATT-TAACAAAAAACATACAAAAAATTCAA-ATTA-AATCAATT-TGAGAATATAAAA
*
13375 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGGC-TTTCTTGCC
447 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCC
* * * * * * *
13438 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTGTCGAGGTAAACATTTGATTATAATCAATTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAC-CAAA
* * * *
13503 ATGTACAAAAAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTTG-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
65 ATGTA-AAAAAATTTGAACTTAAAATCAA-TTTTGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAGTA
* ** * *
13566 AGGCTTTTGAATCAA-AGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA
127 GGGCTTTTGAAGGAATA-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTATTTCTTTA
* * * *
13630 CATTT-CTCAAGGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTACAAAGAATTCAAA
190 CGTTTCCT-AAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGT-CAAA-AATTCAAC
* * * *
13693 TTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGT
251 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* *** *
13758 GACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGTAGACATT
316 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAGGTAAACATT
* * * *
13822 CAATTTTAGTCTG-TTTGAACAAAAAATATAAAAAAAATT
380 CAATTATAATCTGATTT-AACAAAAAACATACAAAAAATT
13861 TACTTAAAAT
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 112, Indels: 51
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 27 0.03
512 391 0.49
513 72 0.09
514 151 0.19
515 141 0.18
516 12 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
TGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAGTAGGGC
TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTATTTCTTTACGTTTC
CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTCAAAAATTCAACCTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATC
TGATTTAACAAAAAACATACAAAAAATTCAAATTAAATCAATTTGAGAATATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
Found at i:14673 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14439--14981 Score: 591
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
14429 NNNNNNNNNN
* * * * ** **
14439 CTCACTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTTCATTTTTTG
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAACTGATTCAAAGTTGAATAT-TTTGACATTTTTTG
* * * * *
14502 TGAAAACGGACTATGATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * *
14567 AAGAGTCCTTTTAT-GATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* *
14610 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTCAAATTTGAAT-TCTTTGTACCTTTTTTG
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTCAAAGTTGAATAT-TTTG-ACATTTTTTG
* * *
14674 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAG
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *
14738 AAAAATCCATTTATAGTCAGTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** * *
14781 CTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTGACATTTTTAGT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAACTGATTCAAAGTTGAATATTTTGACATTTTTTGT
* * * * * * * *
14845 TAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCCTGAGAGACGA-GAACAGAAAGGTATTTATTGGCAAG
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
14909 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTACTT-TTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-TTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* *
14952 CTCACTTTAAATTGCTTTATAATCTCAAAA
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
14982 TAGATTTTAA
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 48, Indels: 20
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 50 0.16
171 209 0.67
172 55 0.18
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTCAAAGTTGAATATTTTGACATTTTTTGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:15981 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 15246--16083 Score: 606
Period size: 170 Copynumber: 4.9 Consensus size: 167
15236 TTTTTTGTTC
* * * * * ** * **
15246 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAGAAAGGTATTCATTGAAAAGAAA
1 AAACAGACTGTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGA-AAAAGTATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * * * **
15311 AGTCCATTTATAGTTACCTATTTCCTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAGAT-GACTTTATAGCC
65 AGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * *
15375 TCAAAATTTATTT-TGAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTA
129 TCAAAATTGATTTAAG-GTTGAATTTTTTATA-TTTT-ATTA
* * * * * ** *
15416 AAA-A-A-TGTATAATTCAATGTTTTCCTT-AGGAAACGTGAAGTAAAAGTCAACCATTGGC-AC
1 AAACAGACTG--TAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGCAAG
* * * *** ** * ***
15476 AAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATA
62 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAG-TTTTATA
* *
15540 AACT-AATAATTGATTTTAA-GTTGAATATTTTTATATTTT-TGGTT
126 ATCTCAA-AATTGA-TTTAAGGTTGAAT-TTTTTATATTTTAT--TA
* * *
15584 AAACAGACTAG-AATTGAACGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
1 AAACAGACT-GTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAGAA
* ** * **
15648 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAAT
64 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTTC-TTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
15713 AC-CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTATTA
128 -CTCAAAATTGATTTAAGGTTGAA-TT-TTTT--ATATTTTATTA
* * ** *
15757 AAACAGACTATAATTAAATGT-TGATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAACAGACTGTAATTAAATGTCT-ACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAA
* * *
15821 AAGTTTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATC
64 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATC
* *
15886 TCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTATGTATATTTTATTA
129 TCAAAATTGATTTAAGGTTGAATT-T-TTTATATTTTATTA
* *
15927 AAACAGACTGTAATTAAATGTCTACCTCGACAAATGTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAA
1 AAACAGACTGTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
15992 AATCTATTTCTAGTTACCCATTTCTTTAAAAGCATTATTACTCACTATAAATAGTTTTATAATCT
65 AGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
16057 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
130 CAAAATTGATTTAAGGTTGAATTTTTT
16084 TACATTTTNN
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 99, Indels: 70
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 3 0.01
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169 74 0.14
170 178 0.33
171 50 0.09
172 70 0.13
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174 6 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
AAACAGACTGTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAA
GTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTC
AAAATTGATTTAAGGTTGAATTTTTTATATTTTATTA
Found at i:18355 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17496--22534 Score: 4342
Period size: 172 Copynumber: 29.4 Consensus size: 171
17486 NNNNNNNNNN
* ** *
17496 ATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAAACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * **
17561 TTTTAAGCTCAATTTTTTTTACTTTTTTGTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCGAGATTGAGA
66 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
*
17626 AACATGAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAA-AAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ***********************
17668 ACT-GTCACTCATTCCTTTAAAAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAATCTCAAAATTG
1 A-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * * * *
17732 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTAGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTATACCTTGAG
65 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * ** *
17797 AAACATGAAGAAAAA-ATCATTTATTGATAAGAAAAGTTCATTT
129 AAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * * *
17840 ATAGTCATCTATGCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTGTACTAC-CATAATTG
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTG
* * * * * * *
17904 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACGGACTAGAATTAAATGTCTACCTTTAGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
** * * *
17969 AACATG-AGTAAAAA-AAATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTT
130 AACATGAAG-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** *
18010 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCCTTATAATTTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * **
18075 TTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAACACAAATTGTAATTGAATGTCAACCTCAAGA
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
** * *
18140 AATGTGAAGAAAAAGGTATTCA-TGCGCAAAAAAAGTCTATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
18182 ATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTGCTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * *
18247 TTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* *
18312 ATATGTAA-AAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
131 ACATG-AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
18353 ATAGTCACCCATTTCCTT-AAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTG
1 ATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * ** * * * *
18417 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCATTGGGG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * ** * * **
18482 AACATAAAGTAAAAGCCA-ACTATTGACATA-AAAAGTTTATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT
* * ** * ** * * * *
18524 ATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGATTTTTTAAACT-AATAATTG
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTG
* * * * * * *
18588 ATTTTAAGTAGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAAAAAACTAGAATTGAACGTCTACCTTGAGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * *
18653 AACATGAAGAAAAAAGCATTCTTTAGCAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
18695 ATAGTCGCCCATATCTTTAAAAATCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTG
1 ATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * ** * *
18760 ATTTTAAGTTCAAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAGCTGAATGTCTAGCTTAAG
65 ATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
** *
18825 AAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTT
129 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
18868 ATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATAA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * *** * * *
18933 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTCATTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGA
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
** ***
18998 AACATGAAGAAAAAAGACATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAG-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * ** *
19041 ATAGTCATCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTGAAATGGCCTTATAATTTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
** * * * * * * * **
19106 TTAAAATTTGAATTCGTTTTATATTTTTGGTTAATACATATTGTAATTGAATGTCGACCTCAAGA
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
** * *
19171 AATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
19213 ATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATGGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * *** **
19278 TTTTAGGTTGAAATCTTTGACCTTTTAATTTTGAACAG-TTCATAATTGAATGTCTACCTT-AGG
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTGA-G
* * *
19341 AAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
129 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * *
19384 ATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCCCACTACTCCCTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* ** * * * * * * *
19449 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTATGTTTATGATTAACACAAACTATAATCGAATGTCTAGCTTGAGA
66 TTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* *
19514 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
19556 ATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * ** *
19621 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAAGA-AAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAC
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
19685 AAACCTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
19728 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAGTTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * ** * * * *
19793 TTTTAGGTTGAACTTTTTGATGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTT-AGGA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GA
* *
19857 AACCTGAAGTAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** *
19899 ATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC-TACTACTCACTTTAAATACTTTTATAATCTCAAAATTAA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * *
19963 TTTTAAGTTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTAGCTCGAGA
66 TTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * **
20027 AACATGAAGCAAAAGGAATTTATTGGTAA-AAGAAGTGTATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTT
* * * * *
20069 ACAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * ** *
20134 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * *
20199 AATATGAAGAAAAAGGAATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
20241 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * *
20306 TTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGACA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * *
20371 CACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * *
20413 ATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * *
20478 TTTTAGGTTGAACTTTTTTACGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * *
20543 ACCTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
131 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
20584 ATTGTCACCCATTCATTCCAAAGCCCTACTACT-ATTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTAA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * *
20648 TTTTAAGTTCAAATGTTTTTACA-TTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-GTTCAAG
66 TTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAG
**
20711 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
******************************** * *
20754 ATAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
** * * * *
20819 TTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTG-ATCGTCTACCTTGAG
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAG
* * *
20883 AAATATGAAGAAAAAGGAATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
20926 ATAGTCACCCATTTCTTCAAAAACCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * *
20991 TTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGA
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* **
21056 AACATGAAGAGAAAGGTATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * **
21098 ATAGTCACCCATTTCC-TCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAGATGGCTTTATAGCCTCAAAATTG
1 ATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * * * * *
21162 ATTTTGAGTTAAATATTTTTATATTTTTTG-TGAAACAAAGGTATAATTGAATGTCTA-TTTTAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-
** * ** * *
21225 GAAATGTGAAGCAAAA-GTCAACCATTGGCAAAAAAATTCCATTT
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* ** * ** * * *
21269 ATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAACT-AATAATTA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTG
* * * * * * **
21333 ATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTT-AAATAGACTAGAATTGAACATCTACCTTGAGA
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** * * * *
21397 AATGTGCAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
21439 ATAGTCACCCATACTGTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATGC-CATAATT
1 ATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATT
* * * * * * *
21502 GATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACC-TGAA
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* * *
21566 GAAACATAAACAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
128 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * *
21610 ATAGTCACCTGTT-CTTCTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
1 ATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * *
21674 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATAT-AATGTCTATCTT-A
65 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTTGA
** * *
21737 GGAAATGTGTAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
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* * * * *
21782 GTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAACCTCAAAATTTA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * * * *
21847 CTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATGATAATTGAATGTCTACCTCGATA
66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *** * **
21912 AACGTGAAAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAATATATTT
130 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * * *
21954 CTAGTTACCTATTTCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTCTAAACTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* ** * * * * *
22019 TTTTAGGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAGAACATATTACAATTGAATGTCTAGCTTGGGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
** *
22083 ATGTGAAGAAAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTT
131 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
22124 ATAGTCACTCATTCCTTTAGAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * ** * * * *
22189 TTTTAGGTTGAACTTTTTGAGC-TTTTTTCTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTGA-CTGGGG
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAG
* * *
22252 AAACATAAAGAAAACA-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
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*
22295 ATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * * *
22360 TTTTAAGTTCAATTCTTTTTTACTTTTTTTTGTTCAAAGAGATTATAATCGAATCTCTACATCGA
66 TTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * * ** * *
22425 GAAATGTAGAAAAAAAAGGCATTCATTGATATGAAAAGTCTATTT
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* * * * * *
22470 GTACTCATCCATTGCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
22535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3868, Mismatches: 913, Indels: 169
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
170 612 0.16
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Consensus pattern (171 bp):
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
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Found at i:20230 original size:685 final size:681
Alignment explanation
Indices: 17496--22534 Score: 4208
Period size: 685 Copynumber: 7.3 Consensus size: 681
17486 NNNNNNNNNN
* ** *
17496 ATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAAACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* ** * * * * * * * * **
17561 TTTTAAGCTCAATTTTTTTTACTTTTTTGTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCGAGATTGAGA
66 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *
17626 AACATGAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACT-GTCACTCATTCCTTTAAA
131 AACATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAA
********************** * *
17689 AGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG-AATTCTTTGT
194 AGC-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTT-T
* * * * * * * *
17753 ACGTTTTTAGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTATACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAA-ATCA
256 ACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGGT-A
* ** * * * *
17816 TTTATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TCTATGCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTTTA
318 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * *
17880 AATGGTTGTGTACTAC-CATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACGG
382 AATGATTTTATA-AACTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAG
* * * * * *
17943 ACTAGAATTAAATGTCTACCTTTAGAAACATG-AGTAAAAAA-AATTCATTGGTAAAAAAAGTCT
445 ATTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* **
18006 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCCTTATAATT-TCAAA
509 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTAT-ATTCTCAAA
* * * *
18070 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAACACAAATTGTAATTGAATGTCAACCT
572 ATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** * * *
18135 CAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCA-TGCGCAAAAAAAGTCTATTT
635 TGAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * * *
18182 ATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTGCTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* ** * * * * * *
18247 TTTTAGGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGA
66 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* *
18311 AATATGTAA-AAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCCTT-AAA
131 AACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAA
*
18374 AGCCTTATCACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTA
194 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTA
* * ** * * * * * * ** *
18438 CATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCATTGGGGAACATAAAGTAAAAGCCA-AC
257 CATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTC
* ** * ** * ** *
18502 TATTGACATA-AAAAGTTTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGA
321 -ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
18566 TGATTTTTTAAACT-AATAATTGATTTTAAG--TAGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAAAAAA
384 TGATTTTATAAACTCAA-AATTGATTTTAAGTTTA-AATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
18628 CTAGAATTGAACGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCTTTAGCAAGAAAAGTCCAT
446 TTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
18693 TTATAGTCGCCCATAT-CTTTAAAAATCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAA
511 TTATAGTCACCCAT-TCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATATTCTCAAAA
* ** * * * * ** *
18757 TTGATTTTAAGTTCAAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAGCTGAATGTCTAGCTT
573 TTGA-TTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * *
18822 AAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTT
636 GAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * *
18868 ATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATAA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * *
18933 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTCAT--TTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA
66 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTT-ATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
18996 GAAACATGAAGAAAAAAGACATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAA
129 GAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * ** *
19061 AGGCCTTATTACTCACTTGAAATGGCCTTATAATTTCAAAATTGATTAAAATTTG-AATTCGTTT
193 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATT--TTT
* * * * * * * *
19125 TATATTTTTGGTTAATACATATTGTAATTGAATGTC-GACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTA
255 TACATTTTTAGTTAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTA
* * * * *
19189 TTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAA
318 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * * * * **
19254 AT-AGTGTTATAATCTCATAATGGATTTTAGGTTGAAA-TCTTTGACCTTTTAATTTTGAACAG-
383 ATGA-TTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTT-AGTTAAAACAGA
* * * *
19316 TTCATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
446 TT-AGAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * *
19380 ATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCCCACTACTCCCTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAA
509 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATATTCTCAAAA
* ** ** * * * * *
19445 TTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTATGTTTATGATTAACACAAACTATAATCGAATGTCTAGCTT
573 TTGA-TTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* *
19510 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
636 GAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* *
19556 ATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* ** *
19621 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAAGA-AAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAC
66 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
19685 AAACCTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
130 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * **
19750 GTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGATG
195 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT-TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACA
* * *
19815 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACCTGAAGTAAAAGGTATTCAT
259 TTTTTAGTTA-AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCAT
* *
19880 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC-TACTACTCACTTTAAAT-AC
323 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-
* * * * *
19943 TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACATATTATAA
387 TTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTAGAA
* * * * * * * ** *
20008 TTGAATGCCTAGCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGGAATTTATTGGTAA-AAGAAGTGTATTTACA
452 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATA
*
20072 GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGATTT
516 GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATATTCTCAAAATTGATTT
* *
20137 AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
580 AAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * *
20202 ATGAAGAAAAAGGAATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
643 ATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* *
20241 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* *
20306 TTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGACA
66 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * **
20371 CACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAG
131 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
20436 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACGT
196 CCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACAT
* * * *
20501 TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGATATTCATT
260 TTTTAGTTA-AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT
* * * * * * * *
20566 GGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCATTCCAAAGCCCTACTACT-ATTTTAAATGCTT
324 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT
* * * * * *
20630 TTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATGTTTTTACATTTTCGTTAAAACAGATTATAATT
389 TTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTAGAATT
* *
20695 GAATGTCTA-GTTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
454 GAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
******************************** *
20758 TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGATTGA
517 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATATTCTCAAAATTGATTTA
* * * *
20823 AATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTG-ATCGTCTACCTTGAGAAAT
581 AATTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GATTAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAAT
* *
20887 ATGAAGAAAAAGGAATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
643 ATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * *
20926 ATAGTCACCCATTTCTTCAAAAACCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * * * * *
20991 TTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGA
66 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *
21056 AACATGAAGAGAAAGGTATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCC-TCAAAA
131 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAA
* * ** * *
21120 GCCTTATTACTTACTTTAGATGGCTTTATAGCCTCAAAATTGATTTTGAGTT-AAATATTTTTAT
195 GCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTAC
* * * * *** * * **
21184 ATTTTTTGTGAAACAAAGGTATAATTGAATGTCTATTTTAGGAAATGTGAAGCAAAA-GTCAACC
258 ATTTTTAGTTAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGT-ATTC
* * ** * **
21248 ATTGGCAAAAAAATTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
321 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
21313 ATTTTATAAACT-AATAATTAATTTT-AGGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTT-AAATAGACTA
386 ATTTTATAAACTCAA-AATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTA
** ** * * *
21375 GAATTGAACATCTACCTTGAGAAATGTGCAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTA
449 GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
21440 TAGTCACCCA-TACTGTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATGC-CATAATTG
514 TAGTCACCCATTCCT-TT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTAT-ATTCTCAAAATTG
* ** * * * * *
21503 ATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACC-TGAAG
576 ATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT-TAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AG
* * * *
21567 AAACATAAACAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTT
639 AAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTT
** * *
21610 ATAGTCACCTGTT-CTTCTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
1 ATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
*
21674 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATATT-TGGTTAAAACAGATTATAATAT-AATGTCTATCTT-
65 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT-TTATGGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTTG
** * * * *
21736 AGGAAATGTGTAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCA
128 A-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
21801 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAACCTCAAAATTTA-CTTAAATTTAAATTCTTT
192 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTT
* * * * * * ***
21865 GTACATTTTTAGTTAAAAAAGATGATAATTGAATGTCTACC-TCGATAAACGTGAAAAAAAAAAC
255 -TACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGGT
* ** * * * *
21929 ATTCATTGGCAAGAAAAATATATTTCTAGTTAC-CTATTTCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTT
317 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * ** * * *
21993 AAATGATTTTCTAAACTCATAATTGATTTT-AGGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAGAACAT
381 AAATGATTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTA-CATTTTAGTTAAAACAG
* * * ** * * *
22056 ATTACAATTGAATGTCTAGCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCA
445 ATTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
22121 TTTATAGTCACTCATTCCTTTAGAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
510 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATATTCTCAAAAT
* ** * * ** * *
22186 TGATTTTAGGTTGAACTTTTTGAGC-TTTTTTCTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTGA-CTG
574 TGATTTAAATTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGATTA-AACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTT
* * *
22249 GGGAAACATAAAGAAAACA--ATATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTT
636 GAGAAATATGAAGAAAA-AGGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTT
*
22295 ATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * * * * * * *
22360 TTTTAAGTTCAATTCTTTTTTACTTTTTTTTGTTCAAAGAGATTATAATCGAATCTCTACATCGA
66 TTTAAATTTGAATTC-TTTGTAC-ATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * * * * * * * * *
22425 GAAATGTAGAAAAAAAAGGCATTCATTGATATGAAAAGTCTATTTGTACTCATCCATTGCTTTAA
129 GAAACAT-GAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
22490 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGA
193 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTATAATCTCAAAATTGA
22535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3550, Mismatches: 684, Indels: 236
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
683 22 0.01
684 520 0.15
685 1712 0.48
686 464 0.13
687 193 0.05
688 440 0.12
689 194 0.05
690 4 0.00
691 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (681 bp):
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATT
TTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
ATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAATTT
GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAA
AAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
Found at i:23770 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 23555--23998 Score: 434
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
23545 NNNNNNNNNN
* * * *
23555 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAAAGCATTTA
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATACCTACCCTGAGAAACATGAAAAAAAAAA-CATTCA
* * *
23619 TTGATAAGAAAAGTCTATTTATA-TTCATCTATGCCTTC-AAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
65 TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACCCATGCCTTCAAAG-GCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
23682 GG-TTGCGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTATA
128 GGCCT-CATAATGCCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCCTTTTATA
* **
23726 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGCCTACCCTGAGAAACATGAGGAAAAAAACATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATACCTACCCTGAGAAACATGAAAAAAAAAACATTCAT
* * * *
23791 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCTTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGC
66 TGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGC
** *
23856 CTCATAATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTTTATA
131 CTCATAATGCCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCCTTTTATA
* * * * * * * * * * * *
23898 TTTTTGGTTAACACAGA-TTGTAATTGAATA-TTAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTT
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTAG-AATTAAATACCTACCCT-GAGAAACATGAAAAAAAAAACATTC
** * * *
23961 ATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
64 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTT
23999 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 39, Indels: 13
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 131 0.58
172 96 0.42
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTAAATACCTACCCTGAGAAACATGAAAAAAAAAACATTCAT
TGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGC
CTCATAATGCCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCCTTTTATA
Found at i:26202 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25785--26374 Score: 572
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
25775 GACGTTTTTA
* ** * * *
25785 GTTAGAACAGATTATAATTGAACATCTACCTTGGAAAACTTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
* * *
25850 G-AAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGCTTTTATA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
25914 ATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTGG
131 TTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTT-G
* ** * * ****
25955 GCTAAAACAGATTATAATTGAATACCTAGCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTCATTNNNN
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTA
****** * * * *
26019 NNNNNNGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
* *
26084 GTTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACCATTTG
130 ATTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATA-CATTTG
* * * * * *
26126 GTTAAAACAAATTACAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
***********
26191 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAANNNNNNNNNNTACTTTAAATGGTTTTATA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
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26256 TTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTGTATACATTTATG
131 TTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACA-TT-TG
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26298 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACACGCATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
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26363 AAAAAGTCCATT
66 GAAAAGTCCATT
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 80, Indels: 10
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 51 0.15
171 208 0.62
172 74 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
TTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTG
Done.