Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399460.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2723.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10668
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.30
Warning! 2629 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2233 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1866--2408 Score: 450
Period size: 169 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
1856 CTTTAAATGG
* * * * * *
1866 TTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTAGAAGTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTCACTAAAATAGACTATAA
** * * * * * * * *
1931 TTGAATGGGTACCTCGAGAAATAT-AAAAAAAAAGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTCCAATTGTAG
65 TTGAATGCATACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAG
* * * * ***
1995 TCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
130 CCACCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAACAA
********** * ***
2036 TNNNNNNNNNNCAAAATTGATGTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTGTTGTTAAAATAGA-TAATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTT-TCACTAAAATAGACT-ATA
* * * ** ** *
2099 ATTGAATGCCTGCGTCAAGAAACATGTAA-AAAAACTCATCTTTTTGG-AAGAAAAATCTATTTA
64 ATTGAATGCATACATCAAGAAACATG-AAGAAAAAAGCAT-TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTA
* * * *
2162 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAACAA
127 TAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAACAA
* **
2206 TTTTATAATCTC-ATATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTATTTTCACTAAAATAGACTATAAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTCACTAAAATAGACTATAAT
* * * * *
2270 TGAATGTATATATCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGC
66 TGAATGCATACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGC
* **
2335 CACTCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGA
131 CACCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAACAA
*
2375 TTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT
2409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 76, Indels: 20
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.04
169 163 0.57
170 105 0.37
171 8 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTCACTAAAATAGACTATAAT
TGAATGCATACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGC
CACCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAACAA
Found at i:5787 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5244--5855 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 169
5234 TAGTCTCGTT
* * * *
5244 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTAAAAATTTTTTACACTTTTCATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-AGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
** * *
5309 GACTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAATGTGGAGAAAAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAGTT
65 GACTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAACATGGAG-AAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTC
**
5374 CATTTACAGTCTC-CAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCG
129 CATTTACAGTCTCTC-ATTCCTTT-AAAGCCTTATTACTCTTG
* ************
5416 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNNNNNNTTTTACATTTTTCATTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT---TTAAGTAGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * * ** * * * *
5481 TAGACTATAATT-GAATGCCTACCTTG-GAAAACGTGTTA-AAAAACTCATTTATTTGGAATAAA
63 CAGACTATAATTAG-ATGTCTACCTTGAG-AAACATG-GAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAA
* * * *
5543 AATCCATGTATAGTCTCGT-ATT-CTTTCGAAAACCTTATTACTCGTT-
125 AGTCCATTTACAGTCTC-TCATTCCTTT--AAAGCCTTATTACTC-TTG
****************
5589 TTAAANNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACA
* *
5654 GACTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCC
65 GACTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
5719 ATTTACAGTCTCTCATTCCTTTATAAGCCTTATTACTCTTG
130 ATTTACAGTCTCTCATTCCTTTA-AAGCCTTATTACTCTTG
* * * * *
5760 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* *
5825 ACTTTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAT
66 ACTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAACAT
5856 CTAGAAAANN
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 100, Indels: 38
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 56 0.17
171 118 0.37
172 37 0.11
173 63 0.20
174 47 0.15
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
ACTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
TTTACAGTCTCTCATTCCTTTAAAGCCTTATTACTCTTG
Found at i:7965 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7772--9250 Score: 1199
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 168
7762 ATAATCTCCC
7772 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
7837 AATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTATCTCGAGAAACGTAAGGAA
66 AATT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-A-GAA
* *
7902 AAAAGTGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTT
128 AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTT
* * * * * *
7943 ATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA-AAGCTAATTTTAAATT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTT
* * ** * * * * *
8007 GAAGTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAATG-CTTGCCTCAGGGAACATGTAG-
65 GAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCT-TGAGAA-ACGTAGA
*** * * *
8070 AAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAATCTATTTATAGTCT-TCC
127 AAAAAGTATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT-T
* * * ** * * * *
8112 ATTCCATCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATTTTATAATTGATTTCAAGTAG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
8177 AATTGTTTTTCATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTGTACCTTGAAAAACGTGAAGAA
66 AATT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT--AGAA
* * * * * **
8242 AAAAGCATTAATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATATATTCACCC
128 AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-A-TT-TATAGTCTCTT
* * * *
8285 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* **
8350 AATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCTTACCTCG-GAAAACGTTTA
66 AA--TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAG-AAACGTAGA
* * * * *
8413 AAAAAATCCATTTATTTGG-AAGAAAAATCCATATATAGTCTCTT
127 AAAAAGT--ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTT
** * * * *
8457 ATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-T
* * * * *
8522 AAAGTTTTTACACTTTTCATTAAAACAGACTATAATT-AGATGTCTACCTTAAGAAATGTGGAGA
65 GAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACGT--AGA
* * * **
8586 AAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTACAGTCTCCC
127 AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTT
* * * *
8628 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
8693 AATTTTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG-GAAAACGTTT
66 AA----TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACG--T
* * * * * * *
8757 A-AAAAAACTCATTTATTTGG-AATAAAAATCCATGTATAGTCTTTT
124 AGAAAAAAGT-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTT
* * * * *
8802 ATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
*
8867 AATGTTTTTACACTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATT-AGATGTCTACCTTGAGAAACATAGAG
66 AAT-TTTTTACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACGT--AG
* * * *
8930 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCT
126 AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-CTCTT
* * * * **
8974 -TTCCTTTATAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
9038 AATTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAA
66 AATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC--GTAGAAA
* *
9103 AACA-TATGT-ATTCAGG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
129 AA-AGTAT-TCATT--GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTT
* * * * * * * * *
9143 GTTCTTTTAAAAGCCTTACTTA----CATTGAATGGTTTTATAGTCTCATAATTTATTCTAAGCT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** ** *
9204 CAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTTACAATAATTGAATGTCT
65 GAA--TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
9251 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 196, Indels: 132
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 34 0.03
168 4 0.00
169 127 0.12
170 185 0.18
171 329 0.31
172 92 0.09
173 83 0.08
174 183 0.17
175 9 0.01
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAGAAAAA
AGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTT
Found at i:8508 original size:345 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7729--9231 Score: 1549
Period size: 345 Copynumber: 4.4 Consensus size: 340
7719 NNACATGTAG
* * *
7729 AAAAACCCATTTATTTGAGAA-CAAAATCCATTGATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAATCCATT-ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
7793 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-ATTTTATATTTTTTAT
64 CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTCAT
* * * * * *
7857 TAAAACAGACTATAATT-GAATGTGTATCTCGAGAAACGTAAGGAAAAAAGTGTTCATTGGCAAG
129 TAAAACAGACTATAATTAG-ATGTCTACCTTGAAAAACGTAA-GAAAAAAGTATTCATTAGCAAG
** * * * *
7921 AAAAG-TCTATTTATAGTCACTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
192 AAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATA
** * * ** *
7985 ATCTCAAAGCTAATTTTAAATTGAAGTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGC
256 ATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * * *
8050 TTGCCTCAGG-GAACATGT-A
321 TTACCTC-GGAAAACGTTTAA
* * * *
8069 GAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCTATTTATAGTCT-TCCATTCCATCGAAAGCCTTATTA
1 AAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCA-TTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * *
8133 CTCA-CTTTAAATAATTTTATAATTTTATAATTGATTTCAAGTAGAATTGTTTTT-CATTTTTCA
64 CT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTCA
* * * *
8196 TTAAAACAAACTATAATT-GAATGTGTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATT-GACA
128 TTAAAACAGACTATAATTAG-ATGTCTACCTTGAAAAACGT-AAGAAAAAAGTATTCATTAG-CA
* *
8259 AGAAAAGTTCATTTATATATTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
190 AGAAAAGTTCA-TT-TATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTT
*
8324 ATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
253 ATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAA--TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
*
8389 AATTCTTACCTCGGAAAACGTTTAA
316 AATGCTTACCTCGGAAAACGTTTAA
* * **
8414 AAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCATATATAGTCTCTTATTTTTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** *
8479 TAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTA-AAAAGTTTTTACACTTTTCATT
65 TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTCATT
* * *
8543 AAAACAGACTATAATTAGATGTCTACCTT-AAGAAATGTGGAGAAAAAAATATTCATTAGCAAGA
130 AAAACAGACTATAATTAGATGTCTACCTTGAA-AAACGT-AAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGA
* * *
8607 AAAGTTCATTTACAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCGTTAAATGGTTTTATAAT
193 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * *
8672 CTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
258 CTCAAAATTAATTTTAAATTGAA----TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* *
8737 GCCTACCTTGGAAAACGTTTAA
319 GCTTACCTCGGAAAACGTTTAA
* * * * * *
8759 AAAAACTCATTTATTTGGAATAAAAATCCATGTATAGTCTTTTATTCTTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
8824 TCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAA-TGTTTTTACACTTTTT-AT
65 TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACA-TTTTTCAT
* *
8887 TAAAACAGACTATAATTAGATGTCTACCTTGAGAAACATAGAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGA
129 TAAAACAGACTATAATTAGATGTCTACCTTGAAAAACGTA-AGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGA
* * * * * *
8952 AAAGTCCATTTATAGTCCCCCTTTCCTTTATAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAAT
193 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
9017 CTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTAAATG-TC
258 CTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-
* * * *
9081 TACCT-TGAGAAACATGTAG
322 TACCTCGGA-AAACGTTTAA
** * * * * * *
9100 AAAAACATATGTATTCAGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCGTTCTTTTAAAAGCCTTACTT
1 AAAAACCCATTTATT-TGGAAGAAAAATCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TT
* * * * * * * *
9164 AC-A---TTGAATGGTTTTATAGTCTCATAATTTATTCTAAGCT-CAATTTTTTTTACATTTTTG
63 ACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TAGAATTGTTTTTACATTTTTC
*
9224 GTTAAAAC
127 ATTAAAAC
9232 TTACAATAAT
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 131, Indels: 71
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 37 0.04
339 21 0.02
340 157 0.16
341 103 0.10
342 78 0.08
343 72 0.07
344 59 0.06
345 460 0.46
346 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
AAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCATTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTACATTTTTCATTA
AAACAGACTATAATTAGATGTCTACCTTGAAAAACGTAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAA
GTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTC
AAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACC
TCGGAAAACGTTTAA
Found at i:10528 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10189--10660 Score: 364
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
10179 NNNNNNNNNC
* *
10189 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAATTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAATGTGAATTTTTT
** * * * * *
10254 ACATTTTTTGTTTAAACATACTATAATTGAATGCCTGCTTTGAGAAACATGTAGAAAAACCTCTT
66 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCTTTGAGAAACATGAAAAAAAACCTATT
* * * * * **
10319 TATTTCGAAGAACAATCTATTTATGGTGTCCCATTCCTTA
131 CATTGCGAACAACAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTA
* * ** *
10359 AAAAGGCTTATTACTCGCTTTGGATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATGTGAATTCTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAATGTGAATT-TTT
*** * *
10424 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATTTGTG-TCTTGAGAAAGATGAAAAAAAAGGC-
65 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCT-TTGAGAAACATGAAAAAAAA-CCT
* * *
10487 ATTCATTG-GCAACAA-AGGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
128 ATTCATTGCG-AACAACA-ATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTA
********** * * *
10530 NNNNNNNNNNTTGCTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-GCTAAATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAATG-TGAATTTT
* * * * * * * *
10593 TTATATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATT-AATTACCTACCTTGAGAAACGTGTAAAAAAACT
64 TTACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGCCTGCTTTGAGAAACATGAAAAAAAACC
10657 TATT
127 TATT
10661 TATTTTAA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 57, Indels: 21
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 67 0.29
171 166 0.71
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAATGTGAATTTTTT
ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCTTTGAGAAACATGAAAAAAAACCTATT
CATTGCGAACAACAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTA
Done.