Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397474.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3685.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 5160 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3717 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3409--4488 Score: 928
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3399 ACATGTCATG
* * * *
3409 AGGTCGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAAA
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* * * * * *
3474 TT-TGAGCTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACCATAAAT
63 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT
* *
3538 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACATTTCTCA
128 GGACTTTTCTT-CCAATAAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTCA
* * * *
3581 AGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTTCAAAACATTGAACCTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-T-AAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
* ** * * *
3646 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTCTGAAGGAATGGGAGACTATAAATA
64 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATG
* * * * *
3711 GACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCG
129 GACTTTTCTT-CCAATAAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTCA
* * * * **
3753 AGGTAGACTTTCAATAAT-ATTTGGTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATT
* ** *
3817 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAAGGTGACTATAAATGG
65 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGG
** * * * * *
3882 ACTTTTCTTGTAAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
130 ACTTTTCTT-CCAATAAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTCA
* * * *
3923 AGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAGA--AAACAATGTAAAACAAATTGAGCCTAAAATCA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACCAAA-AATGT-AAA-AAATTGAACTTAAAATCA
* ** * * * * *
3986 ATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGAC-TTTAAAGGAAAGGAAAACTATAAA
62 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAA
*
4050 TGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTT-CTACACGTTTC-CTA
127 TGGACTTTTCTTC-CAATAAATGCCTTTTTCCT-CACGTTTCTC-A
* * * ** * * *
4094 AGGTA-AGCAATCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAA
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* * * *
4158 TTATGAAATTCTGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
63 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT
* * * * * * *
4223 AGATTTTTCTTTCATATAAATAG-ATTTTT-CTATACGTATCCCA
128 GGACTTTTCTTCCA-ATAAAT-GCCTTTTTCCT-CACGTTTCTCA
* * * * * * *
4266 AAGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGCTTTAATCAATAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* *
4330 ATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATG
65 ATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATG
* * ** * * *
4394 AACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTGAT-A
129 GACTTTTCTT-CCAATAAATGCCTTTTTCCTCACGTTT-CTCA
* * * * *
4436 AGGTAGACATTTAATTACACTTTGTTTTAA-TAGAAAATGTAAAACAAATTGAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGT-AAA-AAATTGAA
4489 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 143, Indels: 56
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 256 0.35
171 168 0.23
172 300 0.41
173 7 0.01
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Consensus pattern (169 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
CTTTTCTTCCAATAAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTCA
Found at i:4446 original size:513 final size:513
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Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 513
3399 ACATGTCATG
* * * * * *
3409 AGGTCGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAACAAATTGAACCTAAAATCAAA
** * * * **
3474 TTTGAGCTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACCATAAATG
65 TTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTAAACGAATAGGAAACCATAAATG
* * *
3539 GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACATTTCTCAAGGGAGACATTCAATTATAATCT
130 GACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCCTCACATTTCTCAAGGAAGACAATCAATTATAATCT
* ** * * * * * * *
3604 GTTTTAACCAATAATGTTCAAAACATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
195 ATTTTAAAAAAAAATGATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
* * *
3669 AAAGAGTAATAAGACTTCTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACT
260 AAAGAGTAATAAGACTTCTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATACA
* * * ** * * * *
3734 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACTTTCAATAATATTTGGTTTAATGAAAAATGTAAAACAA
325 TTTTTCTTCACGTATCCCAAGCAAGACATTCAATAATATCTGCTTTAATCAAAAATGTAAAACAA
*
3799 TTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
390 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
* * * ** * *
3864 AAAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
455 AAAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATAAATATCTTTTTCTTCACATTTATCA
* * *
3923 AGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAGA-AAACAATGTAAAACAAATTGAGCCTAAAATC-A
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAA-AATGTAAAACAAATTGAACCTAAAATCAA
* *
3986 ATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGAC-TTTAAAGGAA-AGGAAAACTATAA
64 ATT-TGAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTAAACGAATAGG-AAACCATAA
* *
4049 ATGGACTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTT-CTACACGTTTC-CTAAGGTAAG-CAATCAATT
127 ATGGACTTTTCTTAC-CAATAAATGCCTTTTTCCT-CACATTTCTC-AAGG-AAGACAATCAATT
* * *
4110 ATAGTCTATTTTAATAAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAAATTCTGAAA
188 ATAATCTATTTTAA-AAAAAAATGATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
* ** * * * *
4174 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGATTTTTCTT-TCAT
252 CCATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTCTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA-
* * *
4238 ATAAATAGATTTTTCTAT-ACGTATCCCAAAGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGCTTTAATCAAT
316 ATAAATACATTTTTCT-TCACGTATCCC-AAGCAAGACATTCAATAATA-TCTGCTTTAATCAAA
4301 AATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAA
378 AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
** * *
4364 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACA
442 GGCTTTTGAAAGAAAAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATAAATATCTTTTTCTTCACA
4429 TTTGAT-A
507 TTT-ATCA
* * * * *
4436 AGGTAGACATTTAATTACACTTTGTTTTAATAGAAAATGTAAAACAAATTGAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAATGTAAAACAAATTGAA
4489 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 77, Indels: 35
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 11 0.02
513 346 0.73
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515 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
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AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAACAAATTGAACCTAAAATCAAAT
TTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTAAACGAATAGGAAACCATAAATGG
ACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCCTCACATTTCTCAAGGAAGACAATCAATTATAATCTA
TTTTAAAAAAAAATGATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
AAGAGTAATAAGACTTCTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATACAT
TTTTCTTCACGTATCCCAAGCAAGACATTCAATAATATCTGCTTTAATCAAAAATGTAAAACAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
AAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATAAATATCTTTTTCTTCACATTTATCA
Found at i:5279 original size:172 final size:170
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4937 GACTAATGAC
* * * * ** * *
4947 GCTTTTAAAGAAATGGGAGACAATAAATAGACTTTTCTTATTAATGAATACTTTTTTCTTTACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* * * * * * *
5012 TTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTTTGTCTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTGAACATAAA
66 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT-AACTTAAA
* ********** * *
5077 ATCAATTTTGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGGGTAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * *
5119 GCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGTACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* * *
5184 TTTTTAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAA
66 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAT-TAACTTAAA
* * *
5249 ATCAATTATGACATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ********** * *
5291 CCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGAATGCCTTTTTCTTCATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACG
* * ** * * **
5355 TTTCTTAAGGTAAACATTTAA-TA-A-TCTGTTACAACCAATAATGTAAAGAAAATTGAACCCAA
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATT-AACTTAA
* * * *
5417 AATCCATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * * * * * *
5460 GCTTTAAAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAA-GTAATGTTTTTTTCTTTATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-AATGCTTTTTTCTTCACG
* * * *
5524 TTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAA
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAA
********** * * *
5589 NNNNNNNNNNATATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** *** * * * *
5631 GCTTTTGAAGGAATTGCTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATAAATACCTTTTTCTTTACG
1 GCTTTTGAAGGAA-TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACG
* * * ********** *
5695 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCANNNNNNNNNNAAAAATTGAACCTAA
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAA
* * * *
5760 AATTAATTATGAGATTATAAGACTATTTACAGCGAGTAATAAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * **
5803 GTTTTTAAAAGAATAAGAGACTAT-AATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGC-TTTTTCTAT-A
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTTTTTTCT-TCA
* * * * * * * *
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63 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAA-AAATTAACTT
* ********** *
5928 AAAATCAATTATGAGATTCTAANNNNNNNNNNAGCGAGTAACAAG
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * ** * * *
5973 GCTTTTGAAGGAACGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGAAT-ATCTTTTTCTTTATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACG
** * * * **
6037 TTTCACAAGGTAGACATTCAATTACATTTTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAA
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT-AACTTAA
* **********
6102 AATCAAATNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
6145 GCTTTTGTAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAAT-AA----ATTTTATTCAAG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCACG
* * ************ * *
6204 TTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATAGTCTGTTTTAATGNNNNNNNNNNAAAACTACAACTTAAA
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAA
* * * *
6269 ATCAATTATGACATTGTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
********** * * * *
6311 GCTTTTNNNNNNNNNNGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTGCTTCATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTTCTTCACG
** * * * * ********* *
6376 TTTCTCGAGGTAGATATTTAATTATAGTATATTTTAATC-AAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAT
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTA-AAAAAATTAACTTAA
* * * * * *
6440 AATTAATTACGAGATGATAAAACTATTTAAAACGAGTAATACG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * * ** *
6483 ACATTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
** ** * * * * * *********
6548 TTCCCATTGCA-AGCATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTNNNNNNNNN
66 TTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAA
* * *
6612 NCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAG-TAGGTAATAAG
130 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAG
* * * * * *
6653 ACTTTTGAA-GATATGAGAGACTACAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGGC-TTTTT-TACAC
1 GCTTTTGAAGGA-ATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCAC
* * * * *
6715 GTTCCTTGAGG-ATGGCATTGAATTATAGTCTGTTTT---AATAAA---AAAAAAATTCAACTTA
64 GTTTCTTAAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTA
*
6773 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAATAAG
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * ** *
6816 GC-TTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTAT-ATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCT-TCACG
* * * *
6878 TTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAACTAT-TAAAAAAATTCAACTCA
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA-AATGTAAAAAAATT-AACTTA
* * * *
6942 AAATAAATTTTGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAGTAAG
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
6986 GCGTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGACTTCTCTT-CTCAATAAATGGC-TTTTTCTACAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCAC
* * * ** * *
7049 GTTT-TCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGCCTGTTTTAATGAAAAACGTAAAAATATTGAACTT
64 GTTTCT-TAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTT
7112 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * * * * **
7157 GCTTTTGAAGGAATCGGTTACTCTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCATAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* * * * * * * **
7222 TTCTTAAGGTAAACATTCGATTATAATCTATTTTAACTAATAATGTAAAAAAAATTGATCCCAAA
66 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT-AACTTAAA
* ** * ** *
7287 ATCTATTAAAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTAAATAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * *
7329 GCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAAAGGACCTTTGTTGCCAATTAATGCTTTTTTCTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* * ** * *
7394 TT-TTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAA
66 TTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTAACTTAAA
* * * *
7458 ATTAATTATAATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * * **
7500 GCTTTTGAA-GAAAAGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGGGTTTTTCTAT-AC
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCTTTTTTCT-TCAC
* * * * * ** * *
7562 GTTTCCTGAGGTAGGCAATCAATTATAGTCAGTTTTAA-TGAAAATATAAAAAACATTTAGCTTA
64 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-A-TTAACTTA
* * * *
7626 AAATTAATTATGAGATTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAG
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * * * * *
7670 GCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCATTGAAT-ATTGTTTCTTCACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
** * * ** *
7734 TTCACAAGGTAGACATTCAATTACATTCTGTTTTAACTGAAAATGTTAAAACAATTGAACTTAAA
66 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATT-AACTTAAA
* * *
7799 TTCACATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAG
129 ATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** ** * * *
7841 GCTTTTGAAGGAATTGGAGAATATAAATGGACTTTTCTGGCCAATGAATATTTTTTTATTTACAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* * ** * *
7906 TTCTTGAGGTAGACACTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAA
66 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAA
* * *
7971 TCAATTATGACATTATAAAA-CTTTCTAAAGCGAGTACTAAG
130 TCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
8012 GCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAAT-AA-ACATCTTTTTCATCA
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGC-T-TTTTTCTTCA
* * * * * *
8074 CGTTTCTCAACGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAATC-ATAAATGTTAAAAAATTCAACTT
63 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTT
* * * *
8138 CAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * ** *
8183 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGATTTTTCTT-CTAAATAAATGGATTTTTCTACACG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCACG
** * * * * ***
8247 TTTCCCAAGGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATGT-ATGCAATTCAACTTAAA
65 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAA
** * **
8310 ATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTGCTAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
8352 GTTTTTGAAGGAATGGGCAG-CTATCAATGGACTTTTCTTACCATTGAATG-TCTTTTTCTTCAC
1 GCTTTTGAAGGAATGGG-AGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCAC
** ** * *
8415 GTTTCTCGACATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAA
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* *
8480 ATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATTAG
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* * * * * * * * * ** *
8522 GC-TTTAAAAGTATGGAAGACTTTAAATGGACTTTTTTTTCAAATAAATGAGTTTTTCTGCACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* * ** **********
8586 TTCTCAAGGTA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAANNNNNNNNNNTTAAAA
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*
8650 TCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCG-GTTAATAAG
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* * * ** * **
8691 GCTTTTGAAAGAATGTGAGATTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTATT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACG
* * **
8755 TTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTGAACAAA
65 TTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATT-AACTTA
* ********** * * *
8819 AAATCAATTTTGNNNNNNNNNNATCATTTCAAGTGAGTAATAAG
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * *
8863 GCGTTTGAAGGAATAGGAAACTATAAATGAACTTTTCCTATCAAAGAATGCTTTTTTCTTCACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* ********** * * * * *
8928 TTCTTGAGGTAGACNNNNNNNNNNAGTTTGTCTTAACTAGAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAA
66 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT-AACTTAAA
* * * * *
8993 ATCAATTTTGAGATAATAAAGCCATTTAAAGAGGGTAATAAG
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ********** *
9035 GCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNGCTTTTTTCTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
* * * * *
9100 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATGTTAAAAAAAATTGAACATAA
66 TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-T-AAAAAAATT-AACTTAA
* * * *
9165 AATTAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
9197 TGGGNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
Found at i:7166 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5099--9073 Score: 2110
Period size: 171 Copynumber: 23.4 Consensus size: 168
5089 NNNNNNNNNN
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* * * * * **
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*
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* * * *********
5271 CTTTTAAAGCGAGTACTAAGCCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNN
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAA
** * * * * * ** ** *
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65 TAAATGGCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGG-AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT
** * *
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* * ** * *
5440 TATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTAAAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACCTTTCTTGC-CAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAA
** ** * * *
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* * * ********** * *
5568 TATAAAAAAATTTAACTTGAANNNNNNNNNNATATTATAAAAT
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* ** * *
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1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAA
** ** * * * * ** ***
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65 TAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGG-AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGA--AAA
***** * * *
5740 NNNNNAAAAATTGAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAGAC
126 ATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * **
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1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
* * * * * * *
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* * ***
5912 TAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAANNN
129 TAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
******* * * * * * *
5953 NNNNNNNAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAACGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
* ** ** ** * * * *
6018 GAATATCTTTTTCTTTATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTACATTTTGTTTTAACTG-AAAAT
66 AAATGGCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAAT
* **********
6082 GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAATNNNNNNNNNNAAAAC
128 GT--AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
6125 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
* * *****
6190 AAAT---TTTATTC-A-A-GTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATAGTCTGTTTTAATGNNNNNN
66 AAATGGCTTT-TTCTACATGTTTC-TGAGGAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG-AAAAA
**** * ** * *
6249 NNNNAAAACTACAACTTAAAATCAATTATGACATTGTAAAAC
127 TGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * ********** *
6291 CTTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTNNNNNNNNNNGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAA
* * * * * * * *
6355 TAAATGCCTTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTTAATTATAGTATATTTTAATCAAAAA
65 TAAATGGCTTTTT-CTACATGTTTCT-GAGGAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
********* * * * *
6420 TGTANNNNNNNNNNACTTATAATTAATTACGAGATGATAAAAC
127 TGTA-AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * *
6463 TATTTAAAACGAGTAATACGACATTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTT-TCAAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AA
* * ** * * * *
6527 TAAATGGGTTTTTCTACACGTTTCCCATTGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAT
65 TAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTGA--GGAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT
*********** *
6592 GTAAAAAATTTNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAACAC
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* * * *
6633 CATTTAAAG-TAGGTAATAAGACTTTTGAA-GATATGAGAGACTACAAATGGACTTTTCTT-TCT
1 CATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-
* * * * *
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*
6757 A---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
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*
6797 CATTT-AAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AA
* * * *
6858 TAAATGGGTTTTTCTATATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAC
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* * * * *
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126 -ATGT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
6966 CATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCGTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
* *
7031 AAATGGCTTTTTCTACATGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAGCCTGTTTTAATGAAAAACG
66 AAATGGCTTTTTCTACATG-TTTCTGAGG-AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
7096 TAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
129 TAAAAA-ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** *
7137 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGTTACTCTAAATGGACTTTTCTTGC-CAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAA
* * * * * * * * * * *
7201 TGAATGCCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCGATTATAATCTATTTTAACT-AATAA
65 TAAATGGCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGG-AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAA
* ** * ** *
7265 TGTAAAAAAAATTGATCCCAAAATCTATTAAAAGATTGTAAAAC
127 TGT--AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * * * * *
7309 CATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAAAGGACCTTTGTTGC-CAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAA
* * *
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* * * * * *
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126 ATGTAAAAA-ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * *
7480 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAAAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAA
* * * * ** * * *
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*
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* * * * *
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1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT-TCTCAA
** * * *
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65 T-AA-ATGGCTTTT-TCTACATGTTTC-TGAGGAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAA
* ** *
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* * * * *
7991 CTTTCTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGC-CA
1 CATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT-TCTCA
*** * * * * * * * *
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* * *
8119 ATGTTAAAAAATTCAACTTCAAGTCAATTATGAGATTATAAAAC
126 ATG-TAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
8163 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGATTTTTCTTCTAAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
* * ** ** * * *
8228 AAATGGATTTTTCTACACGTTTCCCAAGGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATG
66 AAATGGCTTTTTCTACATGTTT-CTGAGG-AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
*** * *
8292 TATGCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
129 TAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * ** * *
8332 TATTTAAAGTGAGTGCTAAGGTTTTTGAAGGAATGGGCAG-CTATCAATGGACTTTTCTTAC-CA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCA
* * * * * * **
8395 TTGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-CATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
64 ATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGA-AG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAA
* *
8459 ATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATC
126 ATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
8502 CATTTAAAGCGAGTAATTAGGC-TTTAAAAGTATGGAAGACTTTAAATGGACTTTT-TTTTCAAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AA
* * * *
8565 TAAATGAG-TTTTTCTGCACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAA
65 TAAATG-GCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGG-AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
********** *
8629 TGTAANNNNNNNNNNTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAAC
127 TGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
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* ** * * * **
8734 ATGAAT-GCTTTTTTCTTTATTTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
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* ** * ********** *
8798 ATATAAAACAAATTGAACAAAAAATCAATTTTGNNNNNNNNNNAT
126 ATGT-AAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
8843 CATTTCAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGAATAGGAAACTATAAATGAACTTTTCCTATCAA-
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
* * * ********** * * *
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* * * *
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126 ATGT--AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
9015 CATTTAAAGAGGGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
9074 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2904, Mismatches: 753, Indels: 292
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 38 0.01
162 42 0.01
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174 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
AAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTGAGGAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTA
AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
Done.