Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399463.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2726.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19740
ACGTcount: A:0.18, C:0.07, G:0.06, T:0.19
Warning! 9800 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:6173 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5836--6426 Score: 499
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
5826 NNNNNNNNNN
* * * * *
5836 TTTAAATTGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTGTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * ** * * * *
5901 TAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA-AG
65 CAGACTATAATTGAACATCTATCTCAAAAAACGAGAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAACA-
** *********
5965 TCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAA-CCTTATTACTCGC
129 TATATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
6008 TTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTGCATTTTCGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * **
6073 AGACTATAATTGAACATTTATCTCAAAAAAC-ATACAAAAAAAGTCATTCATTTAGAAGAAANNN
66 AGACTATAATTGAACATCTATCTCAAAAAACGAGA-AAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA-CA
******* * **
6137 NNNNNNNATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTAC
129 TATATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
6180 CTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAACAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
** * * * *
6244 AGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGGGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAACATA
66 AGACTATAATTGAACATCTATCTCAAAAAACGAGAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAACATA
* * *
6309 TATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGC
131 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
6350 TATAAATGGTTTTATACTCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
6415 CA-AGCTATAATT
65 CAGA-CTATAATT
6427 AAACGTCAAT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 86, Indels: 16
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 65 0.20
171 137 0.42
172 123 0.38
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AGACTATAATTGAACATCTATCTCAAAAAACGAGAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAACATA
TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:7165 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6839--7400 Score: 625
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
6829 NNNNNNNNNN
* * *
6839 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTACAATTGAATGTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTAAATGTCTAC-TCGAGAAACATGAAGAAA-A
* * * * * * * * * * * *
6904 AGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTTATTTCTCCGAAAGCCTTCTTACTCACT
64 AGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
*
6969 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT
129 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT
* * *
7010 GTTTTTT-CATTTTTGGTTGAAACA-AGCTATAATTAAACGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA-CTATAATTAAATGTCTA-CTCGAGAAACATGAAGAAA
* * *
7073 AGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCG
63 AAGCATTCATTGGCAAAAAAAG-TCAATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
7137 CTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGA-TTTGAGTTCAA-T
127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT
* * * * * * *
7179 TTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTAAATGTCTA-CTCGAGAAACATGAAG-AAAA
* * *
7244 AGCATTCATTGGTAAGAAAAA-TCAATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTAGC
64 AGCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
7308 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATT
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT
* *
7351 TTTTTTACATTATTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCGAG
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTAAATGTCTA-CTCGAG
7401 GACATCAAGA
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 54, Indels: 22
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.02
169 51 0.16
170 156 0.48
171 62 0.19
172 50 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTAAATGTCTACTCGAGAAACATGAAGAAAAAG
CATTCATTGGCAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT
Found at i:7781 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7426--7934 Score: 601
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
7416 TTTTATAATC
* * * *
7426 CATTCCTTCC-AACGCCATATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGT
1 CATTCC-TCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
7490 T--TTTATTTTTATATTTTTAGTTAAAA-TAGACTATAATTGAACGTCTACCTAGAGAAA-AGTG
65 TGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACA-TG
*
7551 AA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATT
128 AAGAAAAA-GCATTCATTGGC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCATT
* *
7596 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** *
7661 GAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACTA-ACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAG
66 GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAG
* *
7725 AAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCT
131 AAA-AAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAT-T
* * * **
7767 TATTTCTCCAAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
7831 TGAATTTTTTCATATTTTTAGTTAAAAC-AGACAATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGCA
65 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAA
*
7895 GAAAAA-CTATTCATTGAG-AACAAAAGTCCATTTATAGTCA
130 GAAAAAGC-ATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
7935 CCCATTTCTT
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 34, Indels: 25
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 87 0.30
171 180 0.62
172 20 0.07
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAG
AAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATT
Found at i:14616 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 13982--15291 Score: 1413
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 338
13972 NNNNNNNNNN
* * * *
13982 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCTATAATTGATTGTTTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
14047 TAAACATG-AAAAAAAACCATTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTT-TAGTCACCCATTCGTTCAAA
65 GAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
14110 AGGCTTGTTACCCGCTTTTAAGAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
130 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *** * * *
14175 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTCAATACTTT-CTTTGGGAAATGTGTAGAAAAGGCCTGTT
195 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAA-ACC-ATT
* *
14239 CATT-GCGAAGAAAAGTCCA-TTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAG
257 CATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA-
14302 TAGTTTTATAATCTCATAAT
320 T-GTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * *
14322 TAATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * * **
14387 AAACGTGTAAAAAAAGCCTTTCATTAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCTGAA
66 AAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
14452 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTACA
131 GGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * ** *
14517 TTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAATGTGAAGAAACAAATATTCTT
196 TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAA-AACCATTCAT
* * *
14582 TGGCAAGAAAAGTCCATTCAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAATG-TTATTACTCGCTTTAAACGG
260 TGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGGCTTATTACTCGCTTT-AA-TG
*
14646 TTTTATAATCTCGTAAT
322 TTTTATAATCTCATAAT
* * * *
14663 TGATTTTAAATTGAACTATTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAAGTGATTGTCTACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
14728 GAAACATGTAAAAAAAGCCATTCTTTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAA
65 GAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
14793 AGCCTTATTA-TCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
130 AGGCTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
14857 CATTTTTT-TTAAAACAGGCTATAATTGAAAGCTTGCCTCAAGTAAGGT-ATAGAAAAAGCCATT
194 CATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGA-AGAAAAA-CCATT
* * ** * * * * * *
14920 CATTGAG-AAGAAAAATCTATTTTTAGTCGCTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAT
257 CATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAT
14984 GATTTTATAATCTCATAAT
321 G-TTTTATAATCTCATAAT
** * *
15003 TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTCT-TTAAATTAGA-TAATAATTGAATGTATAACTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTT-TATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * * *
15066 AAAAAACGTGCAGAAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
63 GAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
15131 AAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTATT
128 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT-TT
* * * ** *
15195 TACATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCAT
192 TACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAA-AACCAT
* * * *
15260 TGAATGACAAGAAAAGTTCATTTAGAGTCACC
256 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACC
15292 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 145, Indels: 47
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 57 0.07
340 251 0.31
341 320 0.40
342 173 0.22
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
AAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAACCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATGTTTT
ATAATCTCATAAT
Found at i:15291 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13984--15291 Score: 1351
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
13974 NNNNNNNNTG
* * * ** *
13984 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCTATAATTGATTGTTTACCTTGATA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * *
14049 AACATGAA-AAAAAACCATTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTT-TAGTCACCCATTCGTTCAAAAG
66 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
14112 GCTTGTTACCCGCTTTTAAGAGTTTTATAGTCTCATAATTA
131 GCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * ***
14153 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTCAAT-ACTTTCTTTGGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAG
* * * * * * *
14217 AAATGTGTAGAAAAGGCCTGTTCATTGCGAAGAAAAGTCCA-TTAGAGTCACTCATTCCTTCAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
14281 AGGCTTATTACTCGTTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTA
129 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * **
14324 ATTTCAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * **
14388 AACGTGTAA-AAAAAGCCTTTCATTAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCTGAA
66 AACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
14452 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTA
130 GGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * *
14494 ATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTAACTCAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* ** * * *
14559 AATGTGAAGAAACAA-ATATTCTTTG-GCAAGAAAAGTCCATTCAGAGTCACCCATTCCTTCAAA
66 AACGTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AA
* ** * *
14622 AATG-TTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTG
128 AAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * *
14665 ATTTTAAATTGAACTATTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAAGTGATTGTCTACCTCGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * *
14730 AACATGTAA-AAAAAGCCATTCTTTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAA
66 AACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
14794 GCCTTATTA-TCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTG
130 GGCTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * *
14836 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGGCTATAATTGAAAG-CTTGCCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAG
* * * * * * * * *
14899 TAAGGT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCTATTTTTAGTCGCTCATTCTTTCGAA
65 AAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
14963 AGCCTTATTACTCGGTTT-AAT-GATTTTATAATCTCATAATTG
129 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTA
* ** * *
15005 ATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTCT-TTAAATTAGA-TAATAATTGAATGTATAACTCAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * *
15068 AAAACGTGCAGAAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
64 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
15133 AGGCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTA
129 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* *
15176 ATTTTAAGTTG-ATTTTATTTACATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
15240 AAACATGAAGAAACAAG-CATTGAATGACAAGAAAAGTTCATTTAGAGTCACC
65 AAACGTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
15292 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 165, Indels: 62
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 128 0.14
170 327 0.35
171 473 0.50
172 12 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
GCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
Done.