Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399467.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_273.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43588
ACGTcount: A:0.26, C:0.08, G:0.09, T:0.25
Warning! 13568 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:8873 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 8693--9186 Score: 370
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 161
8683 ATAAATGAAT
8693 TTTTCTTGCCAATAGATACCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAGTCAGTT
1 TTTTCTTGCCAATAGATACCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAGTCAGTT
* * * * *
8758 TTAACCAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAATATCAATTATGA-AGTTATGAAACCATTTAAAGC
66 TTAACCAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGA-TTATAAAACCATTTAAAAC
*
8822 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAANNNNNNNNNNTAAATAGAC
130 GAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAA----------TAAATAGAC
* * * * * * *
8864 TTTTCTTGCCAATTGATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATAGATACCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAGTCAGTT
* ** * * *
8929 TTAACCCAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGATTGTAAAACTATTTAAAATG
66 TTAACCAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
*
8994 AGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATATATGGAC
131 AGTAATAAGGCCTTTGAAAGAA----T-A--A-ATA--GAC
* * * * * * * * *
9035 TTTTCTTGCCAA-CGAATGA-C-TTTTCTTCATGTTT-TCTCAAGCAAACATTCAATTGTTGTCT
1 TTTTCTTGCCAATAG-AT-ACCTTTTTCTTTATGTTTCT-TGAGGCAGACATTCAAATATAGTCA
* * * * * * *
9096 GTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAA
63 GTTTTAACCAAAAAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
9160 AACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT
127 AACGAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAAT
9187 GAGAGACTAT
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 46, Indels: 27
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 2 0.01
168 1 0.00
169 8 0.03
170 106 0.40
171 147 0.55
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TTTTCTTGCCAATAGATACCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAGTCAGTT
TTAACCAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
AGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATAAATAGAC
Found at i:9243 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8909--9292 Score: 438
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
8899 CTTGAGGTAG
** * *
8909 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTACGAGA
1 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATAAATTACGAGA
* * * * * * *
8974 TTGTAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATATATGGACTTTT
66 TTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATCGACTTTT
* * * *
9039 CTTGCCAACGAATGACTTTTCTTCATGTTTTCTCAA-GCAA
131 CTTGACAAAGAATGACTTTTCTACACGTTTTCTCAAGGCAA
* * * *
9079 ACATTCAATTGTTGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATAAATTACGAGA
* *
9144 -TGATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATCTACTTG
66 TTG-TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATCGACTT-
* * *
9208 TT-TT-ACAAATATAT-AGGTTTCTCTACACG-TTTCTCAAGGTAA
129 TTCTTGACAAAGA-ATGA-CTTT-TCTACACGTTTTCTCAAGGCAA
* * *
9250 GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
1 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
9293 TAATTTNNNN
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 29, Indels: 11
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.04
170 123 0.69
171 49 0.27
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATAAATTACGAGA
TTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATCGACTTTT
CTTGACAAAGAATGACTTTTCTACACGTTTTCTCAAGGCAA
Found at i:9851 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9333--10154 Score: 521
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 168
9323 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
9333 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTCTTCAC
1 AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATTAGCTTTT-TTCAT
* * * * * *
9398 GATTTCT-AAGGCGGACAAT-AATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGAATAAAAATTCAACTTA
65 GTTTTCTGAA-GC-AACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTCAACTTA
* * * * ***
9461 AAATTAATTAT-GAGGTTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
128 AAATCAATTATCG-GATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAAT
* * * * * *
9502 AAGGCTTTAGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATTAGC-TTTT-TTCA
* * * ** * * * * * *
9567 CGTTTCCTGAGGTTGACATTCAATTGTAATCTATTTTAAGC-AAAAATATAAAAAAAATTGAACT
64 TGTTTTCTGAAG-CAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATGT-ATAAAAATTCAACT
* * *********
9631 TAAAATCAAATAT-GAGATCATAAAACCATTTAAANNNNNNNNN
126 TAAAATCAATTATCG-GATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAAT
* * *
9674 NAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGATTAGCTTTTTGTCAT
1 AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATTAGCTTTTT-TCAT
* ****
9739 GTTTTTTGAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTCAACNNNN
65 GTTTTCTGAAGCA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAA
****** * *
9804 NNNNNNTTAT-GAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAAT
129 AATCAATTATCG-GATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAAT
* * * * ** * *
9844 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGAAC-ATAAATATACTTTTTTTTATAAATATATTAGTCTTTTTA
1 AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTG-ACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AAT-GATTAG-CTTTTTT
* * * *
9908 CATG-TTTCT-AAGGCAAGCATTCAATTACAGTCTTTTTTAACTAAAAAAGTGA-AAAACTTCAA
62 CATGTTTTCTGAA-GCAA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-ATAAAAATTCAA
*
9970 CTTAAAATCAATTATCGGATAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
124 CTTAAAATCAATTATCGGATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAAT
********** * * * *
10015 AAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCAC
1 AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATTAGCTTTT-TTCAT
* * *
10080 ATTTTCTGAGGCACACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAA
65 GTTTTCTGAAGCA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAA
*
10145 AGTCAATTAT
129 AATCAATTAT
10155 GAGATTATAC
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 136, Indels: 45
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 54 0.11
170 157 0.32
171 173 0.35
172 99 0.20
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATTAGCTTTTTTCATG
TTTTCTGAAGCAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATCGGATAATAAAACCATTTAAAACAAGTAAT
Found at i:10903 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 10414--11379 Score: 1094
Period size: 339 Copynumber: 2.8 Consensus size: 337
10404 TCAAAAGCGT
* * * * *
10414 TATTACTCGCTTTAAATGGATTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTATACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGATATTTATACATTTT
* * * * *
10479 T-TTAGAACAGATTATAATTG-TTGTCTGCCTCAGAAAATGTGAAGAAAAGCCTTTCATTAGCAA
65 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAA
* * * * *
10542 GAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGATTTATG
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATA
*
10607 ATCTTATATTTAATTTTAAGTTCAATTTTTTGTTAGATTTTTGCTTAAAATAGATTACAATTGAA
195 ATCTCATATTT-ATTTTAAGTTCAATTTTTT-TTAGATTTTTGCTTAAAATAGATTACAATTGAA
* * **
10672 TGTCAGCCTCGTGAAATATGAAAAAAAAAAT-TCATTGGCAAGAAAAGTTCA-TTTATAGTCACT
258 TGTCTGCCTAGTGAAATATGAAAAAAAAAATAT-ATTGGCAA-AAAAAATCAGTTTATAGTCACT
10735 CATTCCTTCAAA-AGC-C
321 CATTCCTTCAAATA-CTC
* * * **
10751 T-TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTAGATATTTATTGATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGATATTTATACATTTT
* * * * *
10815 TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTGCCTCAAAAAAGGTGAAGAAAAGCCATTCACTAGCA
65 T-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTAGCA
* * *
10880 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTAT
* * * * * * * * * *
10945 TATCTCAGAAATTATTTTAAGTTGAAATCTTTTTACG-TTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGG
194 AATCTCA-TATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-GATTTTTGCTTAAAATAGATTACAATTGA
* * ** * * *
11008 ATGCCTGCCTTAG-GAAACATGTAGAAAAATTAATATATTTGTAAAAAAAATCAGTTTATAGTCT
257 ATGTCTGCC-TAGTGAAATATG-A-AAAAAAAAATATATTGGCAAAAAAAATCAGTTTATAGTCA
*
11072 CTCATTCCTTCAAATACTT
319 CTCATTCCTTCAAATACTC
* * *
11091 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAG-ATATTTATACA--TT
* * * *
11156 TTTGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTGCC-CTAGAAAACGTGAAGAAAATCCATTTATTAG
63 TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC-AGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTAG
*
11220 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTT
127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGA-TT
* * * *
11284 TATAATCTCATATTTGATATGAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTCCTTAAAATAGATTACAATT
191 TATAATCTCATATTT-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAGATTTTTGCTTAAAATAGATTACAATT
*
11349 GAATGTCTGCCTTGTGAAATAT-AAAAAAAAA
255 GAATGTCTGCCTAGTGAAATATGAAAAAAAAA
11380 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 90, Indels: 41
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 53 0.10
337 31 0.06
338 35 0.07
339 154 0.30
340 14 0.03
341 54 0.10
342 141 0.27
343 35 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGATATTTATACATTTTT
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAA
TCTCATATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAGATTTTTGCTTAAAATAGATTACAATTGAATGT
CTGCCTAGTGAAATATGAAAAAAAAAATATATTGGCAAAAAAAATCAGTTTATAGTCACTCATTC
CTTCAAATACTC
Found at i:11353 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10279--11359 Score: 824
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 169
10269 NNNNNNNNNN
* * * *
10279 TGATTTTAAGCTAAATTTTTATT-CATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAAT-ACTTG-CCT
1 TGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGCCCT
* * * * * * * * * ** * * *
10341 CAGGAAACATGTAGAAAAACCAATATATTTGTAATAAAAGTCTATTTATTTTCTCTTATTACTTC
63 -AGAAAACGTGAAGAAAAGCC-ATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
* * *
10406 AAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGA-TTTAGAATCTCATAAT
126 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
10450 TGATTTTAAGTTAAATGTTTATACATTTTT-TTAGAACAGATTATAATTG-TTGTCTG-CCTCAG
1 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCCT-AG
* * * * *
10512 AAAATGTGAAGAAAAGCC-TTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCGAA
65 AAAACGTGAAGAAAAGCCATTT-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
* * * *
10576 AGCCTTATTACTCACTTCAAATGGA-TTTATGATCTTATATT
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
10617 TAATTTTAAGTTCAATTTTTTGTTAGATTTTTGCTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCAGCCTC
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTT-TTACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC-C
*** * * *
10682 GT-GAAATA--TGAA-AAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATTCCT
62 -TAGAAA-ACGTGAAGAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCT
* *
10742 TCAAAAGCC-T-TTACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATGTCATAAT
124 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
10786 TGATTTTAAGCTAGATATTTATT-GATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTG-CCTC
1 TGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCCT-
* * * * *
10849 AAAAAAGGTGAAGAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
63 AGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * * * *
10914 AAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAGAAAT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA-TAAT
* * * * * *
10957 T-ATTTTAAGTTGAAATCTTTTTACGTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGGATGCCTGCCTTAG
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCCTAG
* * * *** * * * * * *
11021 GAAACATGTAGAAAAATTAATATATTTGTAAAAAAAAT-CAGTTTATAGTC-TCTCATTCCTTCA
65 AAAACGTGAAG-AAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
* * *
11084 AATA-CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
127 AA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * *
11127 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTATACATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTGCCCT
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACA--TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCCT
*
11191 AGAAAACGTGAAGAAAATCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
63 AGAAAACGTGAAGAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
*
11256 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
11298 TGATATGAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTCCTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTGCC
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC
11360 TTGTGAAATA
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 155, Indels: 86
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 2 0.00
166 6 0.01
167 108 0.15
168 80 0.11
169 67 0.09
170 98 0.14
171 276 0.39
172 66 0.09
173 5 0.01
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCCTAGA
AAACGTGAAGAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
Found at i:12118 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11537--12187 Score: 583
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 168
11527 TGAGGTAGGT
* * *
11537 ATTCAATTATGGTCTGTTTTAAC-TAAAATGTA-AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGTATAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********** *
11600 AATAAAACTANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTC
65 AATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* *
11665 TTGCTAATGAATGGTTTTTCTTCACATTTTTGGAGGCAGAA
130 TTGCTAATGAATGGTTTTTCTTCACATTTTT-GAAGCA-AC
** * *********
11706 ATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAGCAAATGTATAAATATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNN
1 ATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATA
* * * * *** * * * *
11771 NTAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAAAGACTACAAACAGATTTTTTT
66 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * **
11836 TACAAAT-ATGTTGGTTTTTCTACATGTTTTTGAAGTCAACC
131 TGCTAATGA--ATGGTTTTTCTTCACATTTTTGAAG-CAA-C
* ** * * * *
11877 ATTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAACAATCAACTTAAAATCAAATATGGGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGTATAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
11941 AATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGATA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 AATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* *
12005 CTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCACAC
129 CTTGCTAATGAATGGTTTTTCTTCACATTTT-TGAAGCA-AC
* * * *
12047 ATTCAATTATAGTCTGCTTTAATAAAAAATATATAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATA
* * *
12112 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATCAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
*
12177 TGCCAATGAAT
131 TGCTAATGAAT
12188 ATCTTTTTCT
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 99, Indels: 25
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.06
170 217 0.59
171 128 0.35
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATA
ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
TGCTAATGAATGGTTTTTCTTCACATTTTTGAAGCAAC
Found at i:12197 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 11620--12254 Score: 737
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
11610 NNNNNNNNNN
* * *
11620 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTC
1 GTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTC
* * * ** * *
11685 TTCACATTTTTGGAGGCAGAAATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAGCAAATGTATAAATATTCAA
66 TTCACATTTTTGAAAGCACAAATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATATAAAAATTCAA
********** *
11750 CTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAA
131 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAA
* * * * * *
11815 AGACTACAAACAGATTTTTTTTACAAATATGTTGGTTTTTCTACATGTTT-TTGAAG-TCAACCA
196 AGACTACAAACAGACTTTTCTTACAAATATGATGCTTTTTCTACATGTTTCATGAGGCT-AA-CA
*
11878 TTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATCAACTTAAAATCAAATATGGGATAA
259 TTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATCAACTTAAAATCAAATATGGGATAA
11943 TAAAACTATTTAAAGCAA
324 TAAAACTATTTAAAGCAA
*
11961 GTAATAAGGCTTTGGATA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTGGA-AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT
* *
12025 CTTCACATTTTCT-AAAGCACACATTCAATTATAGTCTGCTTTAATAAAAAATATATAAAAATTC
65 CTTCACATTTT-TGAAAGCACAAATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATATAAAAATTC
* * *
12089 ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATG
** ** * * *
12153 AGGTGACTATC-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AT-CTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCT
194 A-AAGACTA-CAAACAGACTTTTCTTACAAAT--ATGATGCTTTTTCTACATGTTTCATGAGGCT
* * * *
12215 GACATTCAATTGTAATCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAAA
255 AACATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
12255 AAAATTGAAC
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 45, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 228 0.95
342 9 0.04
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTC
TTCACATTTTTGAAAGCACAAATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATATAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAA
AGACTACAAACAGACTTTTCTTACAAATATGATGCTTTTTCTACATGTTTCATGAGGCTAACATT
CAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATCAACTTAAAATCAAATATGGGATAATA
AAACTATTTAAAGCAA
Found at i:13378 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 12572--13391 Score: 545
Period size: 169 Copynumber: 4.8 Consensus size: 168
12562 TAAACGGATT
* * * * * * **
12572 TTTTTTTATAAATATATTAGTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTGCT
1 TTTTCTTACAAATA-ATTAGTTTTTCTTCATGTTTCCAG-GGCAAGTATTCAATTATAGTCTATT
* * * *
12637 TTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATGGGATAATAAAACCATTTAAAGCA
64 TTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGCA
* * *
12701 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATAGAC
128 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * ** * ** * * *
12742 TTTTTTTACTAATGA-TGGCTTTTCTTCTCTTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATATTTTGTTT
1 TTTTCTTACAAATAATTAGTTTTTCTTC-ATGTTTCCAGGGCAAGTATTCAATTATAGTCTATTT
* * *
12806 TAATCAAGAATGA-ATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGG
65 TAATCAAAAAT-ATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATC-ATTTAAAGC
* * * *
12869 GAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
127 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC
* * * * *
12911 TTTTCTTCTCAATTAATATA-TTTTTCTTCATGTTT-CAGGAG-ACTGATATTCAATTGTAATCT
1 TTTTCTT-ACAAATAAT-TAGTTTTTCTTCATGTTTCCAGG-GCA-AG-TATTCAATTATAGTCT
* * * * *
12973 ATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCCAA-TGTGAGATCAT-AAATCCATT
61 ATTTTAATCAAAAA--T-ATAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATAATAAAAT-CATT
* * *
13036 TAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAAGCGACTATAAAT-GAAC
121 TAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATAGGTGACTATAAATAG-AC
* * * * *** * * *
13084 -TTTCTTGCTAATGAA-TGGTTTTTTTTCATGTTTTTTGAGGCAAATATACATTTATAGTCTATT
1 TTTTCTTACAAAT-AATTAGTTTTTCTTCATGTTTCCAG-GGCAAGTATTCAATTATAGTCTATT
* * **********
13147 TTAA-CAAAAAATGTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGC
64 TTAATC-AAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGC
* * *
13211 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGAATATAAATGGAC
127 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC
* * * * *
13253 TTTTATTACAAATATATTAGTTTTTCTACATGTTTCCCAGGGTAAGCATTCAAATATAGTCTATT
1 TTTTCTTACAAATA-ATTAGTTTTTCTTCATGTTT-CCAGGGCAAGTATTCAATTATAGTCTATT
* * *
13318 TTAATCAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATAATAAAATCATTTAAAGTA
64 TTAATCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGCA
13383 AGTAATAAG
128 AGTAATAAG
13392 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 116, Indels: 75
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 43 0.09
169 162 0.33
170 38 0.08
171 160 0.32
172 17 0.03
173 67 0.14
174 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTCTTACAAATAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCCAGGGCAAGTATTCAATTATAGTCTATTTT
AATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGCAAGT
AATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC
Found at i:14043 original size:174 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13627--14197 Score: 632
Period size: 174 Copynumber: 3.3 Consensus size: 172
13617 NNNNNNNNNN
* *
13627 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTATTGCCAGTGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGA
* *
13692 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * ** *
13757 TAAAAATTTAAT-TTAAAATCAATTACAAGATTATAATACCA
131 AAAAAAATTGATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ***************
13798 TTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGA
* * * * * *
13863 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCACGAGGCAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAA-GAAGAAATGT
66 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGT
*
13927 AAAAAAAAAATTGATCTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCA
130 --AAAAAAAATTGATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
13972 TTTACAGCGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGA
14037 ATATCTTTTTCTTCA-GATTTCATTG-GGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
66 ATATCTTTTTCTTCATG-TTTCA-TGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
** * *
14100 TAAATCAAGTTGAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
129 TAAAAAAAATTG-ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
14144 TTT-ACGACGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGAACTTTT
1 TTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
14198 CTTACAAATA
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 69, Indels: 17
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 102 0.32
172 79 0.25
173 13 0.04
174 123 0.38
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGA
ATATCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
AAAAAAATTGATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
Found at i:15124 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14829--15801 Score: 854
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
14819 NNNNNNNNNN
** *** * * * *
14829 TATCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAAGAAGAAATGTAA
1 TATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA-AAATGT--
* * * **
14894 AAAAAAAAAATTGATCTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTACGGCGAGTAATAAGGC
63 --AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * **
14959 TGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAA
125 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* *
15005 TATCTTTTTCTTCACATTTCATTG-GGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTA
1 TATCTTTTTCTTCACATTTC-TTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTA
** * * *
15069 AATCAAGTTGAAAC-CAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-ACGACGAGTAATAAGGCT
64 AAAAAAATT--AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
15132 TTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGAACTTTTCTTACAAATAAA
126 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
*** * ** * * *
15177 TGGGTTTTT-TT-ACATGTGTC-TCATGGTAGGGATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-AAAAATAT
1 TATCTTTTTCTTCACAT-T-TCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGT
* *
15238 ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
63 A-AAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
15303 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
126 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* * ** * * * *
15348 TATATTTTTCTTCATATTTCACGAGGTAGACATTTAATTGTAAACTATTTTAAGCAAAAATGTAA
1 TATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-A
* * * * *
15413 AAAAAAATTGAACTTGAAATTAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
64 AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
15478 TGATGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGAT
128 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* * * *
15521 TA-CTTTTTTCTTTATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT-GTCTGTTTTAACTAAAAAT-TT
1 TATC-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTA
* * * *
15583 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
64 AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
15648 TGAAGAAATGGGTGGCTATAAGTAGACTATTCTTTCTAATGAA
128 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
** * * ** ** * * * *
15691 -AGGTTTTTTTTCACATTT-TTCTAGACAGACATTCAATTATAGCCTATTTTGACCTAAAATATA
1 TATCTTTTTCTTCACATTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATGTA
* * *
15754 AAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
64 AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
15802 TAAATAATAN
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 127, Indels: 58
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 29 0.05
170 150 0.23
171 131 0.20
172 140 0.22
173 141 0.22
174 1 0.00
176 48 0.07
177 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAA
AAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
Found at i:15324 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 14897--15801 Score: 918
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 342
14887 AATGTAAAAA
* * * ** * *
14897 AAAAAAATTGATCTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTACGGCGAGTAATAAGGCTGT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** *
14962 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCAT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTCA-
* * * * ** *
15027 TG-GGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTGAA-CTAAAAATGT-AAATCAAGTTGAAAC-CAAAA
130 CGAGGTAGACATTCAATTATAAACTATTTGAAGC-AAAAATGTAAAAAAAAATTG-AACTCAAAA
* * * *
15088 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-ACGACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATA
193 TCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATA
* **
15152 TAAATGAACTTTTCTTACAAATAAAT-GGGTTTT-TTTACATGTGTC-TCATGGTAGGGATTCAA
257 TAAATGAACTTTTCTTACAAATAAATACGGTTTTCTTTACAT-T-TCTTCA-GGTAGACATTCAA
*
15214 TTATAGTTTGTTTTAA-AAAAATATAT
319 TTAT-GTCTGTTTTAACAAAAAT-T-T
* * *
15240 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* *
15305 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATATTTTTCTTCATATTTCAC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTCAC
* * * ** *
15370 GAGGTAGACATTTAATTGTAAACTATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTGAAATTA
131 GAGGTAGACATTCAATTATAAACTATTTGAAGCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCA
* * * *
15435 AATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAA
196 AATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAA
* ** * * ** * *
15500 TGGACTTTTCTTACCTATGATTACTTTTTTCTTTATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGTC
261 TGAACTTTTCTTACAAATAAATACGGTTTTCTTTACATTTCTTCAGGTAGACATTCAATTATGTC
15565 TGTTTTAACTAAAAATTT
326 TGTTTTAAC-AAAAATTT
* *
15583 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * ** * **
15648 TGAAGAAATGGGTGGCTATAAGTAGACTATTCTTTCTAATGAA-AGGTTTTTTTTCACATTTTTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTCAC
* ** ** * * * * **
15712 TAGACAGACATTCAATTATAGCCTATTTTG-ACCTAAAA--TATAAAAAAATTTAACTTTAAATC
131 GAGGTAGACATTCAATTATAAACTA-TTTGAAGCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTCAAAATC
* *
15774 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
195 AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
15802 TAAATAATAN
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 82, Indels: 25
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 46 0.10
342 40 0.09
343 259 0.55
344 103 0.22
345 15 0.03
346 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTCAC
GAGGTAGACATTCAATTATAAACTATTTGAAGCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCA
AATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAA
TGAACTTTTCTTACAAATAAATACGGTTTTCTTTACATTTCTTCAGGTAGACATTCAATTATGTC
TGTTTTAACAAAAATTT
Found at i:20461 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19974--21368 Score: 1397
Period size: 170 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
19964 NNNNNNNNNN
19974 TTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTT
1 TTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTT
** * * * * *
20038 TCGGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACTACAAATGTATAAAAATTCAACATAAAATC
65 TCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATC
**
20103 AATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
130 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * * * ** *
20143 TTTTGAAGGAATGGGAGAATATAAACGGATTTTTTTTACAAAT-ATATTAGTTTTTCTAAATGTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-A-TGGCTTTTCTTCACGTT
* * * *
20207 TTCTAAGGCA-AGCATTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAA
64 TTCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-ATAAAAATTCAACTTAAA
* * **
20271 ATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* *
20315 TTTTGATA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTTCTTCACATTT
1 TTTTGA-AGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
20379 TCTAAGTCACACATTCAATTATAATTTGCTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATC
65 TCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATC
*
20444 AATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
130 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *
20485 TTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGGTTTTCTTCACGTTTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTT
* * * * *
20550 TTAGGGTAGACGTTCAATTATAGTCTGTTTTAGA-CAAAAATGTATAAAACTTCAA-TCTAAAAT
66 CTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACCAAAAATGTATAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * *
20613 CAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGC
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * * * *
20655 TTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAACGGATTTTTTTTACAAAT--ATGTTGATTTT-TGT-ACA
1 TTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG--GCTTTTCT-TCACG
* * * *
20715 TATTTATGAAGGCA-AGCATCCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAACGTA-AAACAATTCAACT
62 T-TTTCT-AAGGCAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAA-AATTCAACT
* * * * * *
20777 TAAAATTAATTATGGGATAATAAAACTATTTAAAGTAATTAATAAGGC
123 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *
20825 TTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACATTTT-TTGCTAGTGAATGGCTTTT-TTCACGTTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTT
* * * * * ** *
20888 TCTGAGGCAGATATTCAATTATAGTTTATTTTAACCATAAATAAATAAAAATTTAACTTAAAATC
65 TCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATC
*
20953 AATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
130 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* ** ** * *** * *
20994 TTTTGAAAGAATAGACGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAACATCTTTTTTTCATG-TTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTT
** * * * * * *
21058 CATGGGGCAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAATATTGAACTTAAAAT
66 C-TAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* * **
21123 CAAATATGAGATCATAAGTCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * * * * *
21165 TTTCAAAAGAATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGTTTTTCTTCAGGTTTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTT
* * * * * *
21230 TTGAGGCAGACATACAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAATTTAACTTAAAATCA
66 CTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCA
**
21295 ATTATGAGATTATAAAACCACATAAA-TCGAGTAATAAGGC
131 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGC
* * *
21335 TTTTGAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACTTTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
21369 ATTACAANNN
Statistics
Matches: 1003, Mismatches: 188, Indels: 69
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 32 0.03
169 147 0.15
170 510 0.51
171 246 0.25
172 66 0.07
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTT
CTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
Found at i:20776 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 19974--21375 Score: 1348
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 336
19964 NNNNNNNNNN
* * * * *
19974 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTT
1 TTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAAT--ATGGATTTT-TT-ACATTTT
* * * * * * * *
20039 -CGGAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACTACAAATGTATAAAAATTCAACATAAAAT
61 ATGAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
20102 CAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAATATA
125 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * * ** * *
20166 AACGGATTTTTTTTACAAATATATTAGTTTTTCTAAATGTTTTCTAAGGCA-AGCATTCAATTAT
190 AATGGACTTTTCTTGCTAATA-AATGGTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGCAGA-CATTCAATTAT
* * * *
20230 AGCCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTA
253 AGTCTATTTTAACCAAAAATAT-ATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
**
20295 TTTAAAGCAAGTAATAAGGC
317 TTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * *
20315 TTTTGATA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTTCTTCACATTT
1 TTTTGA-AGGAATA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAAT--ATGGATTTT-TT-ACATTT
* * * *
20379 TCT-AAGTCACA-CATTCAATTATAATTTGCTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAA
60 TATGAAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAA
* * **
20442 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTAT
124 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
20507 AAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGGTTTTCTTCACGTTTT-TTAGGGTAGACGTTCAATTAT
189 AAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGTTTTTCTTCACGTTTTCTGA-GGCAGACATTCAATTAT
* * * * *
20571 AGTCTGTTTTAGA-CAAAAATGTATAAAACTTCAA-TCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT
253 AGTCTATTTTA-ACCAAAAATATATAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
20634 ATTTAAAGTGAGTAATAAAGC
316 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *
20655 TTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAACGGATTTTTTTTACAAATATGTTGATTTTTGTACATATTT
1 TTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATATG--GATTTTT-TACAT-TTT
* * * *
20720 ATGAAGGCAAGCATCCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAACGTA-AAACAATTCAACTTAAAAT
61 ATGAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
20783 TAATTATGGGATAATAAAACTATTTAAAGTAATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATA
125 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
20848 AATGGACATTTT-TTGCTAGTGAATGGCTTTT-TTCACGTTTTCTGAGGCAGATATTCAATTATA
190 AATGGAC-TTTTCTTGCTAATAAATGGTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * *
20911 GTTTATTTTAACCATAAATAAATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATT
254 GTCTATTTTAACCAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
20976 TAAAGTGAGTAATAAGGC
319 TAAAGTGAGTAATAAGGC
* ** * * ** *
20994 TTTTGAAAGAATAGACGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAATGA-ACATCTTTTTTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAATAGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTACAAAT-ATGGA--TTTTTTACAT-TTT
* * * * * *
21058 CATG-GGGC-AGACATTCAATTGTAATCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAATATTGAACTTAAA
61 -ATGAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAA-ATTCAACTTAAA
* * ** * ** * *
21121 ATCAAATATGAGATCATAAGTCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATCGGTGACTA
123 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * *
21186 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAA-GGTTTTTCTTCAGGTTTTTTGAGGCAGACATACAATTA
188 TAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AAATGGTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTA
* * *
21250 TAGTCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
252 TAGTCTATTTTAACCAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
**
21315 CATAAA-TCGAGTAATAAGGC
317 TTTAAAGT-GAGTAATAAGGC
* *
21335 TTTTGAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACTTTTATTACAA
1 TTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAA
21376 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 143, Indels: 74
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 36 0.04
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340 293 0.33
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342 65 0.07
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
TTTTGAAGGAATAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATATGGATTTTTTACATTTTATGAA
GGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCTAATAAATGGTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATT
TTAACCAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGC
Found at i:22716 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 22362--24294 Score: 1715
Period size: 170 Copynumber: 11.3 Consensus size: 168
22352 NNNNNNNNNN
* *
22362 AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TTGATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * * * * * *
22426 AAGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAACGGATTTTTTTTACAAAT-ATATTGATTTTTCTACA
64 AGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-ATAG-TTTTTTTTCA
* * ** *
22490 TGTTTCCTGAGGCAGGTATCCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAA
126 TGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * * * * *
22532 AAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATAATAAAATCATTTAAAATAATTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAA
* * *
22597 GGCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTGAATGGTTTTTTTTCACGT
65 GGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTTTCATGT
* *
22662 TTTCTGAGATAGACATTCAGTTATAG-CTTGTTTTAACCAA
129 TTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAA
* * *
22702 AAATG-AATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATA
1 AAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATA
* * ** * * *
22766 AGGGTTTTGAAAGAATGAGCCACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATTATTTTTTTTTT
64 AGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG-A-A-TA-GTTTTTTTT
* * * * * *
22831 CACG-TTTCACGAGGCT-GACATTCAATTTTAATCTATTTTAAGCAA
124 CATGTTTTC-TGAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * * *
22876 AAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATC-ATATATGAGATCATAAATCCATTTAAAGTAAGTAAT
1 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
22940 AAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA-AGGCTTTTCTTT-
63 AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA-G-TTTTTTTTC
* * * ** * *
23003 ACGTTCTCTGAGGTAGAGAAACAATTATTGTCTGTTTTAACAAA
125 ATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * *
23047 AAATGTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * * * *
23112 GGCTTTTCAAGGTATAGGAGAATCTAAATGGACTTTTATTACAAAT-ATATTAGTTTTTCTACAT
65 GGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-A-TAGTTTTTTTTCAT
*
23176 G-TTTCTCGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
127 GTTTTCT-GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * *
23218 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATAATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
23283 GGCTTTTGAAGGAGTGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCATGAATAATTTTGTTTCATGT
65 GGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTTTCATGT
* * * * *
23348 TTTCTGATGTAAACATTCAATTATAATCTGCTTTGACCAA
129 TTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * *
23388 AAATG-AATAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAACTGAGTAATA
1 AAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
23452 AGGCTTTTGAAGGAATTGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTTTCTTTA
64 AGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAG-TTTTTT-TTCA
* *
23516 TG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACAAA
126 TGTTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * *
23559 AAATGTAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * ***
23624 GGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTCTTCGCAT
65 GGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTTTCATGT
* *** * *
23689 TTCCTGAAACAGACATTCAATTGTAGAT-TGTTTTAACAAA
129 TTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAG-TCTGTTTTAACCAA
* * * * *
23729 AAATGCAAAAATATTCAACTTAAAATAAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAA
* * ** * * * *
23793 GTGCTTTTCAAAGAATGACAGACTATAAATGGAC-TTTCTTTACGAAT-ATATCAATTTTTCTAT
65 G-GCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCTAATGA-AT-AGTTTTT-TTT
* * * *
23856 -ATGTTTCCCGAGGTAGAAATTCCATTATAGTCTGTTTTAACCAA
124 CATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * **
23900 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
23965 GGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCTAATGAATAGTTTTTTCTCACG
65 GGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTTTCATG
*
24030 TTTT-TGGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-A
128 TTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
** * * *
24070 GCATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAA
* ** * * * *
24135 GGCTTTTGAAAGAATGACAGACTATAAATGGACTCTTT-TTACAAAT-ATATGAATTTTTCTAT-
65 GGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCTAATGA-AT-AGTTTTT-TTTC
* * * *
24197 ATGTTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAA
125 ATGTTTTCTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * *
24241 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATAATAAAACTATTTAAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
24295 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1443, Mismatches: 253, Indels: 133
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 62 0.04
170 685 0.47
171 519 0.36
172 28 0.02
173 10 0.01
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175 89 0.06
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTTTCATGTTT
TCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
Found at i:23371 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 22362--24294 Score: 2115
Period size: 341 Copynumber: 5.7 Consensus size: 340
22352 NNNNNNNNNN
* **
22362 AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TTGATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
1 AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
22426 AAGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAACGGATTTTTTTTACAAATATATTGATTTTTCTACAT
65 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGA-CTTTTTTACAAATATATTAATTTTTCTACAT
** * *
22491 GTTTCCTGAGGC-AGGTATCCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTA
129 GTTTCC-GAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
22554 AAATCAATTATGGGATAATAAAATCATTTAAAATAATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGG-TGA
193 AAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGA
* ** * * *
22618 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTGAATGGTTTTTTTTCACGTTTTCTGAGATAGACATTCAGT
257 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTCTTTCACGTTTTCTGAGGTAGACATTCAAT
*
22683 TATAG-CTTGTTTTAACCAA
322 TATAGTC-TGTTTTAACAAA
* * *
22702 AAATGAATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATA
1 AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATA
* ** * * * * * *
22766 AGGGTTTTGAAAGAATGAGCCACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATTATTTTTTTTTT
65 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTACAAAT--ATATTA-ATTTTTCTA
* * * * * * *
22831 CACGTTTCACGAGGC-TGACATTCAATTTTAATCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAAATTGAA
126 CATGTTTC-CGAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
* * *
22895 CTTAAAATC-ATATATGAGATCAT-AAATCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATG
189 CTTAAAATCAAT-TATGAGATAATAAAAT-CATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * *
22958 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA-AGGCTTTTCTTT-ACGTTCTCTGAGGTAGAG
252 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA--CTTTTCTTTCACGTTTTCTGAGGTAGAC
** *
23021 AAACAATTATTGTCTGTTTTAACAAA
315 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* *
23047 AAATGTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
23112 GGCTTTTCAAGGTAT-AGGAGAATCTAAATGGACTTTTATTACAAATATATTAGTTTTTCTACAT
66 GGCTTTTGAAAGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTT-TTACAAATATATTAATTTTTCTACAT
23176 GTTTCTCGAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
129 GTTTC-CGAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
23240 AAATCAATTATGGGATAATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGGATGAC
193 AAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGAC
* * * * * * *
23305 TATAAATAGACTTTTCTTGCTCATGAATAATTTTGTTTCATGTTTTCTGATGTAAACATTCAATT
258 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTCTTTCACGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATT
* * * *
23370 ATAATCTGCTTTGACCAA
323 ATAGTCTGTTTTAACAAA
* * *
23388 AAATGAATAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAA-CTGAGTAATA
1 AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATA
* * * ** *** **
23452 AGGCTTTTGAAGGAATTGATG-G-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGCTTTTTTCTTT
65 AGGCTTTTGAAAGAA-TGA-GAGACTATAAATGGACTTTT-TTACAAATATATTAATTTTTCTAC
* * * * * *
23515 ATGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACAAAAAATGTAAATAAATTTAACT
127 ATGTTTC-CGAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * ** * *
23579 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
191 TAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATG
* * * * * * ***
23644 ACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTC-TTCGCATTTCCTGAAACAGACATTCA
256 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA-CTTTTCTTTCACGTTTTCTGAGGTAGACATTCA
*
23708 ATTGTAGAT-TGTTTTAACAAA
320 ATTATAG-TCTGTTTTAACAAA
* * *
23729 AAATGCA-AAAATATTCAACTTAAAATAAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
1 AAATGTATAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
23792 AGTGCTTTTCAAAGAATGACAGACTATAAATGGACTTTCTTTACGAATATATCAATTTTTCTATA
65 AG-GCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTT-TTTACAAATATATTAATTTTTCTACA
* * * *
23857 TGTTTCCCGAGG-TAGAAATTCCATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTT
128 TGTTT-CCGAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
23921 AAAATCAATTATGAGATAATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGT
192 AAAATCAATTATGAGATAATAAAATC-ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-T
* * *
23984 GACTATAAATGGACTTTTTTTTGCTAATGAATAGTTTT-TTCTCACGTTTT-TGGAGGCAGACAT
255 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATACTTTTCTT-TCACGTTTTCT-GAGGTAGACAT
*
24047 TCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CA
317 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
** * *
24070 GCATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
24135 GGCTTTTGAAAGAATGACAGACTATAAATGGACTCTTTTTACAAATATATGAATTTTTCTATATG
66 GGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACT-TTTTTACAAATATATTAATTTTTCTACATG
* * *
24200 TTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAA
130 TTTCC-GAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
*
24264 AATCAATTATGGGATAATAAAA-CTATTTAAA
194 AATCAATTATGAGATAATAAAATC-ATTTAAA
24295 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 206, Indels: 93
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 111 0.08
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342 128 0.10
343 46 0.03
344 19 0.01
345 215 0.16
346 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTACAAATATATTAATTTTTCTACATGT
TTCCGAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTCTTTCACGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATA
GTCTGTTTTAACAAA
Found at i:32655 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32194--32968 Score: 665
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
32184 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
32194 TTAAAACAGACTATAATTGTATCTCTACCTCAGAGAACGTGAAGAAAAGCCTTTCAGTAGTAAGA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAGA
* * * *
32259 AAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATGAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
32324 CTCAT-ATATGATTTTAAGTTCAATTGTTT-TTATATTTTTGC
130 CTCATAAT-TGATTTTAAGTT-AAATGTTTATTACATTTTTGG
* * * * * * * ** * *
32365 CTAAAATATATTACAATTGAATGTCAGCCTC-GTGAAACGTGAAAAAAAAAGATATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-AAAACGTG--AAAAAAAGCCATTCATTAGTA
* * * * *
32429 AGAAAAGTTCATTTATAGTGGCTTATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
*
32494 AATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTATT-CATTTTTGG
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTATTACATTTTTGG
* * *
32537 TTAAAACA-AGCTATAACTGAATGTCTGTCTCAGAAAACGTGAAAAAAAGCCATTCACTAGTAAG
1 TTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAG
* * * * * * * *
32601 AATAGTCTATTTATAGTCGCCGATTCCTTCAAAAGACTTATTAATTATTTTAAATGATTTTATTA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
32666 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACGTTTTT-G
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTATTACATTTTTGG
* ** * * * * * *
32706 TTAAAACAGACTATAATTGGATACCTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAAATCAATAT-ATTTGTAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTG-AAAAAAAGCCAT-TCATTAGTAA
* * * * *
32770 AAAAAAT-CAGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
64 GAAAAGTCCA-TTTATAGTCGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
32834 CAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTA-TACATTTTTTG
127 -AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTATTACATTTTTGG
* * ** * * * *
32877 TTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTATCC-CAGAAAATATGAAGAAAACCCATTTATTAGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-GCCTCAGAAAACGTGAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAG
* *
32941 AAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCT
65 AAAAGTCCATTTATAGTC-GCCATTCCT
32969 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 104, Indels: 43
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 40 0.08
170 227 0.47
171 71 0.15
172 45 0.09
173 94 0.20
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTATTACATTTTTGG
Found at i:40947 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40662--41252 Score: 628
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
40652 GAAAATGTGA
* * * * * *
40662 AGAAAAAC-CAT-TCATTAGGAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCAC-CTATTCCATCAAAAGTCTTA
1 AGAAAAACTCATAT-ATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
40724 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTATCCCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTA
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTAT-CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * *
40789 GTTAAAACAGGCTATAATTGCATGCTTGCCTTGGAAAACATTT
128 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGAAAACATAT
* * * * * *
40832 AGAAAAACTAATATATTTGAAAAAAAAAT-CGTTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAACTCATATATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
40896 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATACTTTGTGG
66 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGG
* * *
40959 TTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTCT-AAAAACGTGA-
129 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCT-TGGAAAACAT-AT
* * *
41001 AGAAAAAC-CAT-TCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AGAAAAACTCATAT-ATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * **
41064 TACTTGCTTTAAATAGTTTTATTATCCTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTGCATTTTTGG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * *
41129 TTAAAACAGACTAGAATGGAATTCCTGCCTCGGGAAACATAT
129 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGAAAACATAT
* * * * *
41171 AGAAAAATTCATATATTCGTAAAGAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAACTCATATATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
41236 ACTCGCTTTAAATGGTT
66 ACTCGCTTTAAATGGTT
41253 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 56, Indels: 35
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 23 0.07
169 119 0.34
170 121 0.35
171 81 0.23
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAACTCATATATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGAAAACATAT
Found at i:42208 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 41733--42303 Score: 469
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
41723 NNNNNNNNNN
* * * *
41733 TCAACTTAAAATCAATTATGGGATAATAAAACTATCTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGTTAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * * *
41798 TAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGCAGAT
66 TAGGAGACTAT-AATAGGCTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTTTTAAGGCAAAC
* *
41863 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTACAAATGTATAAAAAT
130 ATTCAATTATAGT-TGTTTTAACTAAAAATTTATAAAAAT
* ********** *
41903 TCAACATAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGTTAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * * * *
41967 TGGGAGAATATAA-ACGGATTTCTTTTACAAAT-ATATTGGTTTTTC-T-AAATGTTTTCCACGG
66 TAGGAGACTATAATA-GGCTTT-TCTTACTAATGA-A-TGGCTTTTCTTCACAT-TTTT-TAAGG
* * *
42028 -AAAGCATTCAATTATAGCTTGTTTTGATTAAAAATTTAAAAAAAT
125 CAAA-CATTCAATTATAG-TTGTTTTAACTAAAAATTTATAAAAAT
* * *
42073 TCAACTTAAAATTAATTATTG-GTTAATAAAACTATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGATGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTA-TGAGTTAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
42137 ATAGGCGACTATGAATGGGCTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTTTTAAGGCACA
65 ATAGGAGACTAT-AATAGGCTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTTTTAAGGCAAA
* *
42202 CATTCAATTATAATTTGCTTTAACTAAAAATGTT-TAAAAAT
129 CATTCAATTAT-AGTTGTTTTAACTAAAAAT-TTATAAAAAT
* * * *
42243 T-TAGTTAAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAA
1 TCAACTT-AAAATCAATTATGAG-TTAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
42304 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 77, Indels: 42
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 9 0.03
169 56 0.18
170 166 0.55
171 60 0.20
172 11 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGTTAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
TAGGAGACTATAATAGGCTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTTTTAAGGCAAACA
TTCAATTATAGTTGTTTTAACTAAAAATTTATAAAAAT
Done.