Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397475.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_372.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Warning! 1347 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:146 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 116--156 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
106 ACCAAAAATG
116 TAAAAAAAATTGA-ATT-
1 TAAAAAAAATTGAGATTA
132 TAAAATAAAATTTGAGATTA
1 TAAAA-AAAA-TTGAGATTA
152 TAAAA
1 TAAAA
157 CTATTTGAAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.24
17 4 0.19
18 4 0.19
19 3 0.14
20 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
TAAAAAAAATTGAGATTA
Found at i:789 original size:169 final size:159
Alignment explanation
Indices: 492--804 Score: 321
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
482 NNNNNNNNNN
* *
492 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGGATTATAAATGAACTTTTTTAC
1 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGAGGAATATAAATGAACTTTTTTAC
* * *
557 CAAATAAATGAATTTTTCTACACGTTTCCCAAGGTGAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAA
66 CAAATAAATGAATTTTTCTACACGTTTCACAAGGTGAACATTCAAGTATAGTATGTCTTAATGAA
622 AAATGTAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTA
131 AAATGTAAAAAATT----------TCAATTATGAGATTA
* *
661 TAAAACCATTTAAA-TCGAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGATCTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGT-GAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGAG-GAATATAAATGAACTTTT-T
* * * * * ** *
725 TGCC-GATGAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGT-AGACATTCAAGTATAGTCTG-CTTA
63 TACCAAATAAATGA-ATTTTTCTACACGTTTCACAAGGTGA-ACATTCAAGTATAGTATGTCTTA
786 ATGAAAAATGTAAAAAATT
126 ATGAAAAATGTAAAAAATT
805 CAACTTAAAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 15, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 63 0.51
170 56 0.45
171 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (159 bp):
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGAGGAATATAAATGAACTTTTTTAC
CAAATAAATGAATTTTTCTACACGTTTCACAAGGTGAACATTCAAGTATAGTATGTCTTAATGAA
AAATGTAAAAAATTTCAATTATGAGATTA
Found at i:821 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 207--1333 Score: 592
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 168
197 NNNNNNNNTA
** * * * * * *
207 GACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGCTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATAGAA
1 GACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCAT-AAGGTAGACATTCAATTATAG-T
* ** * * *
271 C-GTTGTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGGTTAAAACCATTTAAA
64 CTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAAAACCATTTAAA
* * *
335 GCGCGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GGTGAATATAAAT
129 TCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT
* * * * * **
374 GGACATTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTTAATTATAACC
1 -GACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* ********
439 TGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTA
65 TGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT--TATGAGGTTAAAACCATTTA
* * *
504 AAGT-GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-GATTATAAAT
127 AA-TCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT
* * * **
545 GAACTTTT-TTACCAAATAAATGA-ATTTTTCTACACGTTTCCCAAGGT-GAACATTCAATTATA
1 G-ACTTTTCTTACC-AATGAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAG-ACATTCAATTATA
* ********** *
607 GTATGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCATT
62 GTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-GT-TAAAACCATT
*
671 TAAATCGAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT
125 TAAATCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT
* * * *
715 GATCTTTTCTTGCCGATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAAGTATAGTC
1 GA-CTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* ********
780 TG-CTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAA
65 TGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA--TGAGGTTAAAACCATTTAA
* * * * **
843 AGCGAGTAATAAG-GTTTTCGAAGGAATGGGCGGCTATAAAT
128 ATCGAGTAACAAGACTTTT-GAAGGAATGGGTGAATATAAAT
* ** * * *
884 AGACTTTTCTTACTAATGAA-AGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGT
1 -GACTTTTCTTACCAATGAATA-CCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* ** * * * * * ****
948 CTATTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATTGAA-TATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACNNNN
64 CTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGGT--TAAAACCATT
****** * * *
1012 NNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAAT
125 TAAATCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT
* * ** * * * *
1055 AGACTTTTCTTCCCACTGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGATGTAGACATTCAATTATAAT
1 -GACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCAT-AAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * ** ** * *
1119 CTGTTTGAACT-AAAAAAGTAAAAATAATAGAACTTAAAATTGATT-TGGAGATTCTAAGACCAT
64 CTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAG-GT-TAAAACCAT
* * * *
1182 TTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCT-ACTATAAAT
124 TTAAA-TCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAAT-GGGTGAATATAAAT
* * * * * * *
1227 AGACATTTCTTACGAAT-AACTACATTTTCCTTCATGTATC-TCAAGGTAGACATTTAATTATAG
1 -GACTTTTCTTACCAATGAA-TACCTTTTTCTTCACGTTTCAT-AAGGTAGACATTCAATTATAG
* * *
1290 TTTGTTTTAAAT-AAAAATAT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
63 TCTGTTTT-AATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1334 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 192, Indels: 84
0.72 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 68 0.09
169 197 0.27
170 97 0.13
171 237 0.33
172 116 0.16
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
GACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
GTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAAAACCATTTAAATC
GAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT
Found at i:1007 original size:341 final size:330
Alignment explanation
Indices: 205--1333 Score: 714
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 330
195 NNNNNNNNNN
* * * * *
205 TAGACTTTTCTT-GTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG
1 TAGACTTTTCTTACT-AATGAAAGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * * *
269 AAC-GTTGTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGGT-TAAAACCATTT
65 -TCTGTTTTAACC-AAAATATAAAAAAATTCAATATAAAATCAATTATGAGATATAAAACCATTT
* *
332 AAAGCGCGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGTGAATATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATAC
128 AAAGCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGTGAATATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATAC
* * * *
397 CTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTTAATTATAACCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA
193 CTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGCAAACATTCAAGTATAACCTGTCTTAATGAAAAATGT-AAAA
* ** *
462 AAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAA
257 AAATTCAACTTAAAATCAAT--------TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA
*
527 GGAATGAGGATTATAAA
314 GGAATGAGGACTATAAA
* * * * *
544 T-GAACTTTT-TTACCAAAT-AAATGAATTTTTCTACACGTTTCCCAAGGT-GAACATTCAATTA
1 TAG-ACTTTTCTTA-CTAATGAAA-GATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG-ACATTCAATTA
* ** * **********
605 TAGTATGTTTTAATGAAAA-ATGTAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCA
62 TAGTCTGTTTTAACCAAAATAT-AAAAAAATTCAATATAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCA
* * * * *
669 TTTAAATCGAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT-GATCTTTTCTTGCCGATG
125 TTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAAT-GGTGAATATAAATGGA-CATTTCTTACCAATG
* * * **
733 AATACCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAAGTATAGTCTG-CTTAATGAAAAATGT
188 AATACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGCAAACATTCAAGTATAACCTGTCTTAATGAAAAATGT
** *
797 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
253 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA--------TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT
* *
860 TCGAAGGAATGGGCGGCTATAAA
310 T-GAAGGAATGAG-GACTATAAA
* * *
883 TAGACTTTTCTTACTAATGAAAGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGT
1 TAGACTTTTCTTACTAATGAAAGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * *****
948 CTATTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATTGAATATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACNNNNN
66 CTGTTTTAACCAAAA-TAT-AAAAAAATTCAATATAAAATCAATTATGAGAT-ATAAAACCATTT
***** * * * * * * * **
1013 NNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCACTGAATGT
128 AAAGCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGTGAATATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATAC
* * * * * * * *
1078 CTTTTTCTTCATGTTTC-TCGATGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTGAACT-AAAAAAGTAA
193 CTTTTTCTTCACGTTTCAT-AAGGCAAACATTCAAGTATAACCTGTCTT-AA-TGAAAAATGTAA
** * * * * *
1140 AAATAATAGAACTTAAAATTGATTTGGAGATTCTAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
255 AAA-AATTCAACTT-AAA---A--T-CA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT
1205 GAAGGAAT-AGGCTACTATAAA
311 GAAGGAATGAGG--ACTATAAA
* * * * * *
1226 TAGACATTTCTTACGAAT-AACTACA-TTTTCCTTCATGTATCTCAAGGTAGACATTTAATTATA
1 TAGACTTTTCTTACTAATGAA--AGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** *
1289 GTTTGTTTTAAATAAAA-ATATAAAAAATTGAACT-TAAAATCAATT
64 GTCTGTTTTAACCAAAATATA-AAAAAATTCAA-TATAAAATCAATT
1334 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 125, Indels: 98
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
337 6 0.01
338 83 0.13
339 114 0.19
340 129 0.21
341 152 0.25
342 9 0.01
343 108 0.18
344 8 0.01
347 1 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
TAGACTTTTCTTACTAATGAAAGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
CTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAATATAAAATCAATTATGAGATATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGTGAATATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATACCTT
TTTCTTCACGTTTCATAAGGCAAACATTCAAGTATAACCTGTCTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGGACT
ATAAA
Found at i:2989 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2434--3122 Score: 565
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 172
2424 NNNNNNAAGG
*
2434 CTTTTGAAGGAATAGAGGACTATAAATAGACTTTTCTTGT-CAATGAATGCATTTTTCTTCATGT
1 CTTTTGAAGGAATAGA-GACTATAAATAGACTTTTCTT-TCCAATGAATGCATTTTTCTTCATCT
* * * * * * *
2498 TTCTCGAGGTA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-T-ATAAAATATTAAATATAA
64 TTCTCAAGGTAGAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACATAA
* ****
2560 AATCAATTTCGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATNNNN
129 AATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
****** * * * * * * * * *
2604 NNNNNNAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GAATTTTTCCTGCCAATCAATACCTTTTTTTTCATAT
1 CTTTTGAAGGAATA-GAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTTCCAATGAATGCATTTTTCTTCATCT
* * *
2668 TTTTCAATGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAACAAATAGAAC
64 TTCTCAAGGTAGAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAAGT--AAAAAA-AAATTGAAC
* ** * * * * *
2732 TTCCAATCGAGTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
125 ATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
* * * * *
2780 CTTTTGACGGAATGGGCGACAATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCATTTTCCTTCATCTT
1 CTTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCATTTTTCTTCATCTT
* * * *
2845 TCTCAAGGTAGA-TATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAAAATTGAACATAAG
65 TCTCAAGGTAGAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACATAAA
* *
2909 ATCCATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGA
130 ATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
* * ** * *
2952 CTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGTGTTTTC-TTCCAAATAAATAG-ATTTTTCTACA-C
1 CTTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCC-AATGAAT-GCATTTTTCTTCATC
* * * ** *
3014 GTTTCCCAAGGT-GAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAAAG-AAAAAAAAATTGAACT
63 -TTTCTCAAGGTAGAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACA
* * * **
3077 TAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
126 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
3123 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 99, Indels: 32
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 75 0.19
171 14 0.03
172 173 0.43
173 12 0.03
175 10 0.02
176 117 0.29
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
CTTTTGAAGGAATAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCATTTTTCTTCATCTTT
CTCAAGGTAGAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACATAAAA
TCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
Found at i:3747 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3227--5251 Score: 1571
Period size: 172 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
3217 NNNNNNNNNN
* * ***
3227 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
3292 CTCAAAATCGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA--TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * * *
3356 TTTATGTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGA
129 TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGA
* * * *
3399 AAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
3462 ATTTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
64 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
3527 CCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGA
129 TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGA
* * ** *
3570 AAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * *
3635 CTCCTAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
3700 CTACATCGTGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAAA
130 CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGA
* * * *
3742 AAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCATT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
3806 TCTC-ATACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TCTTTTTTGGTTAAAGCAGATTATAAATAAATG
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * ***
3869 TTTGCCTC-ATAAAACATGAAGAAAAAGACAATT-ATCAACAAGA
129 TCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCAT-TGGAAGA
* * * * * *
3912 AAAATACATTTATATTCAC-CAATTCTTGCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** * *
3976 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTT-CATTTTTCATTAAAATAGAGTATAATTGAATG-
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** * *
4039 CTCACCTCGAGAAACGTGTAA-AAAAAATCTATTTATTTGAAGGA
130 CT-ACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGC-ATTCATTGGAA-GA
* * * * * * *
4083 AAAGTCTATTTATAGT-ATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTCAGTCACTTTAAATAGTTTTATTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** *
4147 TCTCAAAATTAATTTTATG-ACTAATTTGTTATATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * ** *
4211 GTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTCTTTGGAAGA
128 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTGGAAGA
* **
4255 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
4319 ACTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTATTACATTTTTGGTTAATATAGATTATAAATGAAT
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
4384 GTCTGCCTC-ATGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATCGGTAAGA
128 GTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGA
** * * * * * *
4428 AAAGTTTATCTATAG-CCCCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * ** * * *
4492 CTCATAATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTGAGACAGACAATAATTGAATG-C
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
** * * * ** *
4555 TTGGCTCAAGAAACTTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGA
131 -TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGAAGA
* * * * * * *
4597 AAAGTTCATTTGTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-TTTCAAATGATTCTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAA
* * * *********
4661 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTNNNNNNNNNNT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATG
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * *
4725 TCTGCCTCAAGGAACGTGAAGAGAAATGCATTCATTAGCAAGA
129 TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGAAGA
* * * * * *
4768 AGAGTCTATTAATAGTCACCCATTTCTTT-AAAAGCTTTATTACTCA-TTTGAAATAGTTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATA
* * * ********** *
4831 ATCTCAAATTTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTANNNNNNNNNNTAGTTGAAT
64 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * *
4896 GTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAG-
128 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGAAGA
* * * *
4939 AAAGATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAA
1 AAAG-TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
5004 TATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTCTGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGC
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
5069 CTACATTGACAAACAT-AAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGA
130 CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGAAGA
* * * * * * *
5110 AATGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAACGGTTTTATTAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
5175 CTCAAAATTGGTTTTATGTTCAATTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA--TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
*
5240 TCTACCTTGAGA
129 TCTACCTCGAGA
5252 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1471, Mismatches: 329, Indels: 106
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 76 0.05
170 327 0.22
171 428 0.29
172 497 0.34
173 141 0.10
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAGA
Found at i:4579 original size:685 final size:684
Alignment explanation
Indices: 3234--5101 Score: 1722
Period size: 685 Copynumber: 2.7 Consensus size: 684
3224 NNNAAAGTCT
* ** *
3234 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAATTTTATAATCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * ** * * * ** *
3299 TCGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATGTT
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGCTCACCTC
* * * **
3364 GAGAAAAATGAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTTG
130 GAGAAAAATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* * * * ** *
3429 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTATTTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTT
195 AAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGACTAATTTTTAT
** *
3494 ACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
260 ACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATT
* * *
3559 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAAT
325 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAT
** * * * * *
3624 GGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
390 GAATTTATAAACTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * *
3689 TAATTGAATGTCTACATCGTGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTA
455 TAAATGAATGTCTACATCATGAAACATGAAAAAAAAGGAATTCATCGGTAAAAAAAGTCTATCTA
* * * *
3754 TAGTCTCTCATTTCATTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTGATT
520 TAGTCCCCCATTTCATTAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTGATT
* * * ** ** *
3819 TTAAGTTCAATTTTTTTTCTTTTTTGGTTAAAGCAGATTATAAATAAATGTTTGCCTCATAAAAC
585 TCAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAGCAGACAATAAATAAATGCTTGCCTCATAAAAC
3884 ATGAAGAAAAAGACAATTATCAACAAGAAAAATAC
650 ATGAAGAAAAAGACAATTATCAACAAGAAAAATAC
* * *
3919 ATTTATATTCAC-CAATT-CTTGCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACTC-ATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
*
3982 AATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTT-CATTTTTCATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCTCACCT
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGCTCACCT
** * * * *
4046 CGAGAAACGTGTAAAAAAAATCTATTTATTTG-AAGGAAAAGTCTATTTATAGT-ATCTCATTCC
129 CGAGAAAAATG-AAAAAAAAGCTATTCATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCC
* *
4109 TTCAAAAGCCTTGTCAGTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGACTAATTT
191 TTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGACTAATTT
* ** * *
4174 GTTATATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAC
256 -TTATACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA
*
4239 CCATTTCTTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
320 CCA-TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
4302 TTTAAATGAATTTATAAACTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTATTACATTTTTGGTTAAT
383 TTCAAATGAATTTATAAACTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTGTT-TTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
4367 ATAGATTATAAATGAATGTCTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAA-GAATTCATCGGTAAGAAAA
447 ACAGATTATAAATGAATGTCTACATCATGAAACATGAA-AAAAAAGGAATTCATCGGTAAAAAAA
* *
4431 GTTTATCTATAG-CCCCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
511 GTCTATCTATAGTCCCCCATTTCATT-AAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
4494 CATAATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATT-GAGACAGACAATAATTGAATGCTT
575 CAT-ACTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAG-CAGACAATAAATAAATGCTT
* * * ** * **** * *
4557 GGCTCA-AGAAACTTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTC
638 GCCTCATA-AAACATGAAGAAAAAGACAATTATCAACAAGAAAAATAC
* * * * *
4604 ATTTGTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TATTTCAAATGATTCTATAACCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATA
******** * * *
4668 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTNNNNNNNNNNT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTGC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTCTT--TACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGCTC-AC
* * ** * * * * * * *
4730 CTCAAGGAACGTGAAGAGAAATGC-ATTCATTAGCAAGAAGAGTCTATTAATAGTCACCCATTTC
127 CTCGAGAAAAATGAA-AAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCC
* * * * * * * **
4794 TTTAAAAGCTTTATTACTCA-TTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTTAATT
191 TTCAAAAGCCTTATCACTCACTTT-AAATAGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGACTAA-T
* * ** ********** * * * *
4858 TTTTTTATATTTTTGGTTANNNNNNNNNNTAGTTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAA
254 TTTTATACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
4923 GA-CATTCATTAGCAAG-AAAGATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
319 -ACCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * * *
4986 CATT-AAATGGCTTTATAATA-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTT-CTGTTTTTGGTT
382 C-TTCAAATGAATTTATAA-ACTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTGTTTTAC-ATTTTTAGTT
** * *
5047 AAAACAGATTATAGTTGAATGCCTACAT--TGACAAACAT-AAAAAAAAGGCATTCAT
444 AAAACAGATTATAAATGAATGTCTACATCATG--AAACATGAAAAAAAAGGAATTCAT
5102 TAGCAAGAAA
Statistics
Matches: 964, Mismatches: 183, Indels: 75
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 8 0.01
682 10 0.01
683 81 0.08
684 136 0.14
685 570 0.59
686 152 0.16
687 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (684 bp):
ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGCTCACCTCG
AGAAAAATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
AAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGACTAATTTTTATA
CATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTC
ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATG
AATTTATAAACTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
AAATGAATGTCTACATCATGAAACATGAAAAAAAAGGAATTCATCGGTAAAAAAAGTCTATCTAT
AGTCCCCCATTTCATTAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTGATTT
CAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAGCAGACAATAAATAAATGCTTGCCTCATAAAACA
TGAAGAAAAAGACAATTATCAACAAGAAAAATAC
Found at i:4715 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3227--5244 Score: 1669
Period size: 513 Copynumber: 3.9 Consensus size: 511
3217 NNNNNNNNNN
* * * *
3227 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AAATTTTATAA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAA-TTTATAA
* * *
3291 TCTCAAAATCGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTT-AAACAGATTATAAATGAATG
* * * * * * * *
3356 TTTATG-TTGA-GAAAAATGAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
129 --TATGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATCGGCAAGAAAAGTATATTTATAG-CACC
* * * * * * *
3419 TATTCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTATTTCAAAATTGATTTTATGT
191 AATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * *
3483 TTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAG
255 TGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACATGTAG
** * * * *
3548 AAAAAAGCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
319 AAAAATCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * *
3612 CTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTTATATTTTTAGT
383 CTTATTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTGTTATATATTTTTAAT
* * **
3677 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCGTGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAAA
447 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAAA
* * **
3742 AAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCATTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTATAAT
* *
3807 CTCAT-ACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT-CTTTTTTGGTTAAAGCAGATTATAAATAAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAA-CAGATTATAAATGAATGT
* * * ** * * *
3870 TTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGACAATT-ATCAACAAGAAAAATACATTTATATTCACCAA
130 ATGCCTCATGAAACATGAAGAAAAA-AGAATTCATCGGCAAGAAAAGTATATTTATA-GCACCAA
* * * *
3934 TTCTTGCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
193 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
3999 ATTTCTTT-CATTTTTCATTAAAATAGAGTATAATTGAATGCTCACCTCGAGAAACGTGTAAAAA
258 ATTT-TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACATGT-AGAA
* * * * *
4063 AAATCTATTTATTT-GAAGGAAAAG-TCTATTTATAGTATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTCAG
321 AAATCCATTTATTTGGAA-GAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
4126 TCACTTT-AAAT-AGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGACTAATTTGTTATATATTTTTCA
384 TTA-TTTCAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTGTTATATATTTTTAA
* * * * * * *
4189 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTCTTTGG-AA
446 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAAAAAAACCCA-TTCATTGGTAA
*
4253 GA
510 AA
* *
4255 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTATAAA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTATAAT
* * * *
4320 CTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTATTACATTTTTGGTTAATATAGATTATAAATGAATG
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TTACTTTTTTGGTTAA-ACAGATTATAAATGAATG
* * * * * *
4385 TCTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATCGGTAAGAAAAGTTTATCTATAGCCCCCAT
129 TATGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATCGGCAAGAAAAGTATATTTATAGCACCAAT
* * *
4450 TCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA
194 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * *
4515 TTTTTTACATTTTTCATTGAGACAGACAATAATTGAATGCTTGGCTCAAGAAACTTGTAGAAAAA
259 TTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACATGTAGAAAAA
*
4580 TCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATT
324 TCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATT
* * ********* *
4645 TCAAATGATTCTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTNNNNNNNNNNT-GTTAAAA
389 TCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTT-ATATATTTTTAATTAAAA
* * * * * * * ** * * *
4708 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGGAACGTGAAGAGAAATGCATTCATTAGCAAGA
452 CAGACTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAAA
* * * * * *
4768 AGAGTCTATTAATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTACTC-ATTTGAAAT-AGTTTTATA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGA-ATTTATA
* * ********* **
4831 ATCTCA-AATTTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTA-TATTTTTGGTTANNNNNNNNNNTAGTTGA
64 ATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACT-TTTTTGGTTA-AACAGATTATAAATGA
* * * * * **
4894 ATGTCTACATTGA-GAAACGTGAAG-AAAAAGACATTCATTAGCAAG-AAAG-ATCCATTTATAG
126 ATGTATGC-CTCATGAAACATGAAGAAAAAAGA-ATTCATCGGCAAGAAAAGTAT--ATTTATAG
** * * * * * *
4955 TCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATATCAAAATTGATTTT
187 -CACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * * * * * * *
5020 AAGTTCAATTTTTTTCTGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGCCTACATTGACAAACAT
251 AAGTTGAATTTTTTAC-ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACAT
* * ** * * * * * * * *
5085 -AAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
315 GTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * * *
5149 TTACTCAGTTT-AAACGGTTTTATTATCTCAAAATTGGTTTTATGTTCAATTT-TTTTTTACTTT
380 TTACTTA-TTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTATATA--TT
**
5212 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
441 TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
5245 CTTGAGANNN
Statistics
Matches: 1200, Mismatches: 260, Indels: 86
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 14 0.01
512 121 0.10
513 604 0.50
514 182 0.15
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516 68 0.06
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (511 bp):
AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAACAGATTATAAATGAATGTA
TGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATCGGCAAGAAAAGTATATTTATAGCACCAATTC
TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACATGTAGAAAAATC
CATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTC
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTGTTATATATTTTTAATTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAAA
Found at i:7891 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7385--7954 Score: 562
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
7375 NNNNNNNNNN
**
7385 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAGCTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * ***
7450 C-TTGGAGAAACA-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTTACNNNN
65 CATT--A-AAAAAGTGAAGAAAACG-CATTCATTGACGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCA
****** *
7512 NNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACT
125 TTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
* * * * * * *
7556 TATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTATAATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATGGAATATCTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * * *
7620 CCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAC-CATTTATT-TCGA-AGCAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
65 CATT-AAAAAAGTG-AAGAAAACGCATTCATTGACGAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * *
7682 TGTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATAGCTTTATAATCT
127 T-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
*
7725 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAAC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
*
7789 ATCTAAAAAAGTGAAGAAAACTGCATTCATTGACGAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCT
66 AT-TAAAAAAGTGAAGAAAAC-GCATTCATTGACGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-T
* *
7854 TTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
* * *
7895 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAGCACACTATAATTGAATG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
7955 CTCACCTTGA
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 61, Indels: 30
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 13 0.04
168 40 0.12
169 86 0.27
170 114 0.35
171 70 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
ATTAAAAAAGTGAAGAAAACGCATTCATTGACGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
Found at i:8441 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8133--14343 Score: 2878
Period size: 171 Copynumber: 36.1 Consensus size: 170
8123 AAGAAAAAAG
* * ** * * *
8133 CATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGGCTACAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
8198 TTCCTCGAGAAACGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACTCATT
66 ---CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
8262 CCTTCAAAAGCGTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
** * * *
8305 CATAATTGATTTTAAGTTGAAGCTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGAATATAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * **********
8370 CTTAGAGTAACGTTAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNN
66 CTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
* *
8435 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
** * * * * *
8476 CGCAATTGATTCTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T
* * * * * *
8540 GC-CTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATAGTCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
65 ACTC-A-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* *
8604 CTTTCAAAAGCC---TTA-TCGCTTTAAATAGTTTTATAAACG
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
** * **
8643 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTA-A-TTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATACCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * *
8706 GTCTCAAGAAACGTG-TGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
65 -ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* *
8769 -TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATATTTTTATACATAATCT
128 CT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTT-T--ATAATCT
* * *
8816 CACAATTGATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCT
1 CATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
** * * * * ** *
8881 ACATTGAGAAACATGAAGAAGAAGGCATCCATTACCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
65 AC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
8946 TTTCAAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAAT-GATTTTATAAAT-G
129 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTAT-AATCT
** * *
8988 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTT-C-TTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* ** * * *
9051 GTCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATT
65 -ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* *
9115 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATTT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCT
* * *
9158 CATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * ** ** * ****
9223 CCTCAAAAAACGTGAAGAAACAGGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCANNNN
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
****** * *
9288 NNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATTT
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
9328 CATTATTGATTTTAGGTTGTATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCT
* * * ** *
9392 ACCTCGAGAAACCT-AAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCAATT
65 A-CTCAAGAAACGTGAA-GAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * * *
9456 CCTTCAAAAACATTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
********** * * * * * * * *
9499 NNNNNNNNNNTTTAGGTTCAATTTTTTTTTGCATTATTGGTTGAATCATATTATAATTGAATGTC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * *
9564 TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATTACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
64 TA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * *
9629 TCTTTTAAAAGCCTCATTATTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCT
127 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * * *
9673 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATATATTTT-ATTCAAACAGACTATAATTAAAT-ACT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-
* * * * ********** *
9736 TACCTTAAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
64 TA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
9801 CCATT-AAAAGGCTTATCACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCT
128 -CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCT
********** * *
9844 CATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * ** ** * * * *
9909 CCTCATGAAACATGAA-AAAAAGACATTTATTGATAAGAAAAGTTAATTTATAGTGATCCAGTCC
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
* * *
9973 TTCAAAAGCCTAATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *************************** *
10014 CATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTGAATGCCTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-
* * * * * * * *
10079 TCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAG-AAAGTCCTTTTATAGTTAACCATTC
65 ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * *
10142 CTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTCAAT-GCTTTTATAATCT
129 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCT
*
10184 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-CT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-
* * * * * * **********
10247 TGTCTTAAGAAATGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTTCA-TT-TNNNNNNNNNN
64 T-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
********************************************
10309 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
127 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
******************** * * * *
10353 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
10418 CCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTC-TCTGG-AA-AAAACGTCTATTTATAGTCACCAATT
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCAT-TGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATT
* * ** * *
10479 CCTTAAAAAGCAATATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATGT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * ** * * * *
10522 CAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTGTATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTAT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
** * * * * *****
10587 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCNNNNN
65 A-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
****** * * *
10652 NNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCT
129 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
10694 CATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATAATTGAATATCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCT
** * **
10757 ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACA-TCACTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATTC
65 A-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-
* * *
10821 CTTTAAAAAG-GTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * ** * *
10863 CAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTGCATGATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* ********** * * * *
10928 ACCTTAAGAANNNNNNNNNNAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCTATTC
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* * ** * ***
10993 CTACAAAAGCCTTATTGTTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNN
129 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
******* * * * * *
11035 NNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAGAATAGACTGTAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
11100 CCTCAAGAAACATTAAGAAAACGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCC
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-C
* * *
11165 ATTT--AGAGTCTCGTATT--T--CTTTAAA-AGTATTATTACTTGCGCTAAATGGTTTT
129 -TTTCAAAAG-C-CTTATTACTCGCTTTAAATAG--TT-TTA-------T-AA----TCT
* ** * * * * *
11218 C-TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATCTTTGGTTACAATAGACAATAATTG
1 CATAA--T--TGATT--TTAA--GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
11282 AATGTCTGCTTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCA-TT-T--TC
58 AATGTCTAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
11342 ACCCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATA-TTTTATAATCT
121 ACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
11391 CATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
11456 CCTCAAAAAACATGAAGAAACAAG-CATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTATTC
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAA-AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-
* *
11520 CCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *********** * * * *
11562 GAAAATTGNNNNNNNNNNCAATTTTTTTTGCATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
** * * * * ** * * *
11627 AGCTTGAGAAATGTGAAGAAAGAGGCATTGATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTC
65 A-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * ******
11692 TTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNN
129 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
************** * *
11734 NNNNNNNNNNNNNNAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * **********
11799 CTTGAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCCTTTATANNNNNNNNNNCT
66 C-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
** *
11864 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTA-TTTTATAATTT
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCT
* ** * *
11905 CATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* *
11970 C-CATGAGAAACGTGTAGAAAAA-ACCATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
66 CTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
12032 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATAT
127 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
12076 CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
*** * ** * * * *
12141 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATCCATTGCCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCT
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
* * * * * *
12206 TTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTTTAAACG
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * ** *
12247 CAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTG-CT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-
* * * * * * * * * *
12311 TGTCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGTCACTCATTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCTAT
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* ** * *
12375 T-TCTTAAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATAT
127 TCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* ** * * * *
12419 GATAAAAGATTTTAAGTTGTATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
**
12484 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATT-T
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
* *
12547 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTT
130 -TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* ** * **
12589 CGTAATTGA-TTTAAGTCAAATTTTTTTACACTTTTT-GTTATAACAGTTTATAATTGAATG-CT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-
* ** * * * * *
12651 TGCCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
64 T-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* **********
12714 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCT
127 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
12758 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * ** * ** * *
12822 ACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATCCATT-ATAGAGAAAAGTTCATTTATATTCACCCATT
65 A-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * * *
12886 CCTTCAAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAAAT-G
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCT
********** ** *
12929 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
12994 TCTCAGGAAACGTGTA-AAAGAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTC
66 -CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-
13057 CTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCT
* * * * **
13099 CAAAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-
* * * * * * * * *
13164 ACTCTAGAAACATATAAAAAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGCCACCTATT
65 ACTCAAGAAAC--GTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * * * *
13229 CCTTGAAAAGCATAATTGCTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCT
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * *
13272 CA-AAGTCGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTAGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCC
1 CATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * **
13336 ACCTTAAGAAACATGAAGAAACAAGTAC--TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTAT
65 A-CTCAAGAAACGTGAAGAAA-AAG-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
13399 TCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCT
127 T-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * ** * * *
13443 CAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTGCATTACTGGTTAAAACTGATTATACTTGAATGTCC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-C
* ** * * * ** *
13508 AACTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
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* * * *****************
13573 CTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNN
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************* * *
13615 NNNNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
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* * ********** * *
13680 ACTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTTACCTATTC
65 ACTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
13745 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTA-TTTTATAATTT
129 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCT
* * ** * * **********
13787 CGTAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATG-CTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T
* ** * * * * *
13851 GCCTTGAGAAATGT-ATAGAACAAG-CTACTCATTGAGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACGCA
65 -ACTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGAC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ********** *
13913 TTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGTTTTAAATAGTTTTATAATCT
126 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * *
13958 CATAATTAATTTTACGTAGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGACTATAATTAAATATCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * *
14022 CCTTGAA-AAAGGTGAAGAAAAAGACATCCATTGTCAAGAAAAAGGCATCCATTGTCTCGAAAAG
66 -C-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA-T-T---------GGCA---A-------GAAAAG
* * * *
14086 TCCATTTATATTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAAAT-G
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* ** * *
14149 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTCATTAAAACA-ATCTGTAATTGAATGCCT
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** * *
14212 GTTTCAGGAAACGT-ATAGAAAAA-ACCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA
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* * **
14274 TTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCT
126 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
*
14319 CATAATTGATTTTAAGTTGTATTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
Statistics
Matches: 4463, Mismatches: 1349, Indels: 456
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 51 0.01
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167 60 0.01
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192 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
Found at i:9824 original size:515 final size:509
Alignment explanation
Indices: 8133--13580 Score: 1765
Period size: 514 Copynumber: 10.6 Consensus size: 509
8123 AAGAAAAAAG
* * * * * * * * *
8133 CATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTT-TACATTTTTCATTAAAATAGGCTACAATTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAAT-ACT
* * * * * * *
8197 ATTCCTCGAGAAACGTG-AAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACTCA
64 -TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
8260 TTCCTTCAAAAGCGTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
127 TTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** * * * * * * * * *
8325 AGCTTTTTATATTTTT-GGTAAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACTTAGAGTAACGTTAAGAA
190 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAA-AGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAA
* * ** * ********** * *
8389 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGTC-TTATTACT
254 AAAGGCATCCATTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA-ACATTATAACT
* * * * * *
8453 CGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCGC--AATTGATTCTAAATTAAATTTTT-TTACATTTTTTG
318 AGCTTTAAA-TGATTTTATAA-AT-GCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTT-C--TTATTG
* * * * * * * *
8514 -TTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATAGTCG
377 ATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-AG
*
8577 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAG-C-C-TTATCGCTTTAAATAGTTTTAT
440 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTATCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
8638 AAACG
505 AATCT
* * * * * *
8643 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTA-ATTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACTTA
* *
8707 TCTCAAGAAACGTGT-GAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTC
66 CCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* *
8771 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATATTTTTATACATAATCTCACAATTGATTTTTAAGTTG
131 TT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATA-AT--T-TCATAATTGA-TTTTAAGTTG
* * *
8836 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACATTGAGAAACATGAAGAA
189 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAA
* * * * * * * * *
8901 GAAGGCATCCATTACCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTA
254 AAAGGCATCCATTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACATTATAACTA
* * *
8966 GCTTTAAATGATTTTATAAATGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTTCTTTTTTATTAAAA
319 GCTTTAAATGATTTTATAAATGCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTCTTATTGATTAAAA
** * * *
9031 CAAACTATAATTGAATGCCTGTCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGT
384 CAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGT
* * * * * *
9096 CCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATTT
449 CCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** *
9158 CATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAAT-GTC
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACT-
* * * * *
9221 TACCTCAAAAAACGTGAAGAAACAGGT-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAN
64 TACCTCAAGAAACGTGTAGAAA-AAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-
********* ** * * *
9285 NNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATTTCATTATTGATTTTAGGTTGTAT
127 TTCCTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
9350 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-CTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACCT-AAGGAAA
192 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AAGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAA-GAAA
* ** * *
9413 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACATTATAACTCG
255 AAGGCATCCATTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACATTATAACTAG
* ******* * * *
9478 CTTTAAATGGTTTTAT-AAT-C-TNNNNNNNNNNTTTAGGTTCAATTTTTTTTTGCATTATTGGT
320 CTTTAAATGATTTTATAAATGCAT---AATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTCTT-C-TTATTGAT
* * * * * * *
9540 TGAATCATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATTACATTCATTG-GTAA
379 TAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGAG-AA
* *
9604 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTCATTATTCGCCTTAAATGGTTTTATA
442 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATA
9669 ATCT
506 ATCT
*
9673 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATATATTTT-ATTCAAACAGACTATAATTAAATACTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TATATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACTT
* * ********** *
9737 ACCTTAAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
65 ACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * *********
9802 CATTAAAAGGCTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNN
130 C-TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
9867 NTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-ATGAAACATGAA-AAAAA
193 TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACATCGA-GAAACATGAAGAAAAA
* ** * * * * * * **
9930 GACATTTATTGA-TAAGAAAAGTTA-ATTTATAGTGATCC-AGTCCTTCAAAAGCCTAATTGCTC
257 GGCATCCATT-ACCAAGAAAAG-TACATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAACATTATAACT-
* * * ***************
9992 A-CTTTAAAT-AGTTTTAT-AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTNNNNNNNNNNNNNNN
318 AGCTTTAAATGA-TTTTATAAAT-GCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTCTTCTTATTGATT
************ ** * * * * *
10054 NNNNNNNNNNNNAATTGAATGCCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAG-A
380 AAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAA
* * * * * * * *
10118 AAGTCCTTTTATAGTTAACC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTCAATGCTTTTATAAT
445 AAGTCCATTTATAG-TCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
10182 CT
508 CT
* * ** * * *
10184 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACTT
** * * * **************
10248 GTCTTAAGAAATGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTNNNNNNNNNNNNNN
65 ACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
************************************************************
10313 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTT
130 CTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * **
10378 TTTACGTTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGGC
195 TTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* ** * *
10442 ATTC-TCT-GGAA-AAAACGT-CTATTTATAGTCACCAATTCCTT-AAAAAGCAATATTACTAGC
260 ATCCAT-TACCAAGAAAA-GTAC-ATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAA-CATTATAACTAGC
* * *
10502 TTTAAAT-AGTTTTAT-AATGTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTGTATTATT-AGTTA
321 TTTAAATGA-TTTTATAAATG-CATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTCT-TCTTATTGA-TTA
* * ** ** *
10564 AAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-AGCAAGAA
381 AAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAGAA
* *********** * * *
10628 AAGTCTATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATC
445 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
10693 T
509 T
* ** *
10694 CATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATAATTGAATA-T
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATA-TTTTCATTAAAACAGA-CTATAATTAAATACT
** * * * **
10755 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACA-TCACTG-GCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCA
64 -TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
10818 TTCCTTTAAAAAG-GTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTC
127 TTCC-TT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * * * * * ** *********
10882 AATTTGTTTTGCATGATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAANNNNNNNNN
189 AATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGA
* * ** * * * * * * * ***
10947 NAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCTATTCCTACAAAAGCCTTATTGTT
253 AAAAGGCATCCATTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACATTATAACT
* * ********** * ** * *
11012 CGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAAAATTTTTGGTTA
318 AGCTTTAAATGATTTTATAAATGCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCT--TCTTATTGATTA
* * * * * * * * *
11076 GAATAGACTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATTAAGAAAACGGCATTCATTGACAAGAAA
381 AAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAA
* ** * * *
11141 AGTCTATTTATAGTCACACATTCCATTTAGAGTCTCGTATTTCTTTAAAAGTATTATTACTTGCG
446 AGTCCATTTATAGT----CA--CC---T--A-T-TC---TTTC---AAAAGCCTCATTA-TCGCT
* *
11206 CTAAATGGTTTTCTAATCT
491 TTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** * * * * *
11225 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-TATATCTTTGGTTACAATAGACAATAATTGAAT-GTC
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATAT-TTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACT-
* * * * *
11288 TGCTTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA-TT-T--TCACCCATT
64 TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-T
* * * *
11349 TCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATT
128 TCCTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
11414 GTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAACAA
193 TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAAA-AA
** ** * * * * * * *
11479 -GCATTAATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGCCTCCTATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCG
257 GGCATCCATTACCAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACCAATT-CCTTCAAAAACATTATAACTAG
* * * ********** * *
11541 CTTTAAATGGTTTTATAATCTG-AAAATTGNNNNNNNNNNCAATTTTTTTTGCATTATTGGTTAA
320 CTTTAAATGATTTTATAA-ATGCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTT-C-TTATTGATTAA
* * * ** ** * * * *
11605 AACAGATTATAATTGAATGTCC-AGCTTGAGAAATGTGAAGAAAGAGGCATTGATTGATAAGAAA
382 AACAAACTATAATTGAATG-CCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAA
* * * * * *****
11669 AGTCTATTTATAGTC-TCTCATTCTTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNN
446 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
11733 N
509 T
************** * ** * * *
11734 NNNNNNNNNNNNNNAGTTAAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT-GTC
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACT-
* * * * * * **********
11797 TACTTGAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCCTTTATANNNNNNNNNN
64 TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* ** * **
11862 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTCAAAT
129 CCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * *
11927 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTACCAT-GAGAAACGTGTAGAAAA
192 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTA-CATCGAGAAACATGAAGAAAA
** * * * * * * * *
11991 AACCATTCATTTA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
256 AGGCATCCA-TTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACATTATAACTAG
* * * * * *
12055 TTTTAAATGGTTTTATAATAT-CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAA
320 CTTTAAATGATTTTATAA-ATGCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTT-C-TTATTGATTAA
* * *** ** * ***
12118 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATCCATTGCCTAGAAAA
382 AACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAA
* * * * *
12183 GTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTTTAAACG
447 GTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
12247 CAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTTCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTGCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATAT-A-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACT
** * * * * * * *
12311 TGTCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGTCACTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCTATT
64 TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* ** * * * ** *
12376 TCTTAAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATGATAAAAGATTTTAAGTTGTAT
129 CCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
12441 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
192 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAA
* * ** * * * * * * *
12506 GACATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAGTC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
257 GGCATCCATTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAACATTATAACTAGC
* * * *
12569 TTTAAATTG-TTTTATAATTTCGTAATTGA-TTTAAG-TCAAATTTTT-TTACACTTTTTG-TTA
321 TTTAAA-TGATTTTATAAATGCATAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTCTT---CTTATTGATTA
* *** * * ** ** * * *
12629 TAACAGTTTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAA-AAA
381 AAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAA
* * **********
12693 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCT
446 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
12758 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTATTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTC
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATATT-TTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACT-
* * ** * * * *
12821 TACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGT-ATCCATT-ATAGAGAAAAGTTCATTTATATTCACCCA
64 TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-GTCATTCATTGAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
12884 TTCCTTCAAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAAATGCATAATTGATTTTAAGTTGA
127 TTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGA
********* * * ** * *
12949 ATTTTNNNNNNNNNNTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATC-TC-AGGAAACGTGTA-
190 ATTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTA-CATCGA-GAAACATGAAG
* * * ** * * * * * *
13010 AAAGAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
252 AAAAAGGCATCCATTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAACATTATAA
* * * * * * * * * * *
13074 CTCGCTTTAAATTATTTTAT-AATCTCAAAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
316 CTAGCTTTAAATGATTTTATAAAT-GCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCT-TCTTATTGAT
* * * * * * *
13138 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCTAGAAACATATAAAAAAAAAGACATTCATTGACAA
379 TAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAAC--ATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAA
* * * * * * * * * *
13203 AAAAAGTCAATTTATAGCCACCTATTCCTTGAAAAGCATAATTGCTCGCTTGAAATAGTTTTATA
442 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATT-ATCGCTTTAAATGGTTTTATA
13268 ATCT
506 ATCT
* * * * * *
13272 CA-AAGTCGATTTTAAGTTAAA-TTTTTGTACATTTT-AGGTTAAAATAGACTATAATTGAAT-G
1 CATAA-TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTTCA--TTAAAACAGACTATAATTAAATAC
* * * * * * * **
13333 TCCACCTTAAGAAACATGAAGAAACAAGT-ACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTT
63 T-TACCTCAAGAAACGTGTAGAAA-AAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
13397 ATTCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTC
126 ATT-CCTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * ** * * * * * * *
13462 AATTTTTTTTGCATTACTGGTTAAAACTGATTATACTTGAATGTCCA-ACTTGAGAAACGTAAAG
189 AA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACA-TCGAGAAACATGAAG
** * *
13526 AAAAAGGCATTTATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAA
252 AAAAAGGCATCCATT-ACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAA
13581 GCTTTATTAC
Statistics
Matches: 3674, Mismatches: 1074, Indels: 374
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
507 101 0.03
508 94 0.03
509 324 0.09
510 343 0.09
511 536 0.15
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524 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATACTTA
CCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
TCCATTACCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACATTATAACTAGCTTTAA
ATGATTTTATAAATGCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTCTTATTGATTAAAACAAACTA
TAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
Found at i:12448 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 8152--13593 Score: 2521
Period size: 341 Copynumber: 15.9 Consensus size: 342
8142 TTTTAAGCTG
* * * * * *
8152 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGGCTACAATTGAATGTCTATTCC-TCGAGAAACGTG-A
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TACCTTAG-GAAACGTGTA
* * * * * *
8215 AAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCGTTAT
63 GAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** ** *
8278 TACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGCTTTTTATATTTTTG
126 TACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
8342 GTAAAAACAGAATATAATTGAATGTCTA-CTTAGAGTAACGTTAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
189 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACA
********** * *
8406 AGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
253 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
8471 AATCTC-GCAATTGATTCTAAATT-A
318 AATTTCAG-AATTGATTTTAAGTTCA
* * * *
8495 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCC-TAGAGAAACGTGAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG-GAAACGTGTAGA
* * * *
8559 AAAAGACATCCA-T-AGTCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCC---TTA
65 AAAAGCCATTCATTAAG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * ** **
8619 -TCGCTTTAAATAGTTTTATAAACGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTA-A-TTTTCAT
128 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGT
* ** ** ** * ** * *
8681 TAAAATAGACTATAATTGAATACCTGTCTCAAGAAACGT-GTGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGA
191 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGA
* * * **
8745 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATATTTTTATACA
256 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-A
* *
8810 TAATCTCACAATTGATTTTTAAGTT-G
320 T--T-TCAGAATTGA-TTTTAAGTTCA
* * * * * *
8836 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAAT-ATCTACATT-GAGAAACATGAAG
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAG-GAAACGTGTAG
* * * * * *
8899 AAGAAGGCATCCATTACCG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
64 AAAAAGCCATTCATTA-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * ** *
8963 -TTAGCTTTAAATGATTTTATAAAT-GCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTT-C-TTTTTT
128 CTCA-CTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTG
* * * ** ** * ** * *
9024 ATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGTCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA
189 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* * * * *
9089 GAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATA
254 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
9154 ATTTCATAATTGATTTTAAGTT-A
319 ATTTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * ** *
9177 AATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-TCTACCTCAAAAAACGTGAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAGGAAACGTGTAGA
* ** * * * * **********
9241 AACAGGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACT
65 AAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *** * * *
9306 CGCTTTAAATGG-TTTATAATTTCATTATTGATTTTAGGTTGTATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
130 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAAAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * *
9370 AACA-AGCTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACCTAAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
194 AACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAA
** * * * * *
9434 AGTATATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACATTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
258 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTT
********** *
9499 NNNNNNNNNNTTTAGGTTCA
323 CAGAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * * * * * * * *
9519 ATTTTTTTTTGCATTATTGGTTGAATCATATTATAATTGAATG-TCTACCTTAAGAAACATGAAG
1 A-ATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAGGAAACGTGTAG
** * * * *
9583 AAAAATTACATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTCATT
64 AAAAA-GCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ** * * * *
9647 ATTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATATATTTT-A
127 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGG
* * * * ** * *******
9711 TTCAAACAGACTATAATTAAAT-ACTTACCTTAAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCANNNNNNN
190 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
*** * * **
9775 NNNAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCATT-AAAAGGCTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTA
254 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *****
9838 TAATCTCATAATTGATTTT-ANNNNN
317 TAATTTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
***** * * * * * *
9863 NNNNNTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTCATGAAACATG-AAA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAGGAAACGTGTAGA
* * * * ** * * * *
9926 AAAAGACATTTATTGATAAGAAAAGTTAATTTATAGTGATCC-AGTCCTTCAAAAGCCTAATTGC
65 AAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * ****************
9990 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTNNNNNNNNNNNNNNNN
129 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
*********** * ** * ** * *
10055 NNNNNNNNNNNAATTGAATGCCTGTCTT-AGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAG-A
193 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA
* * * * * *
10118 AAGTCCTTTTATAGTTAACC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTCAATGCTTTTATAAT
257 AAGTCCATTTATAG-TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
10182 CTCATAATTGATTTTAAGTTGA
321 TTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
* * * ** * *
10204 ATTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGTCTTAAGAAATGTGTAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAACGTGTAGAA
* * * *********************************
10268 AAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 AAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
***************************************** * *
10332 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAA
131 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
10397 CAGGCTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTC-TCTGGA-AA-AAAC
196 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCAT-T-GACAAGAAAA
* * * ** * * *
10458 GTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTAAAAAGCAATATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATGTC
259 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTC
*
10523 AAAATTGATTTTAAGTTC-
324 AGAATTGATTTTAAGTTCA
** * * * * *
10541 AATTTGTTTTGTATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TATACCTT-GAGAAACATGAA
1 AATTT-TTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAG-GAAACGTGTA
* * ***********
10604 GAAAAAGTCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNNAAGCCTTATT
63 GAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* ** *
10668 ACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTGGT
127 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
10732 TAAAACA-AGCTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACA-TCACTGGCAAG
191 TAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
** * * * * *
10795 AAAAGTATATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAAG-GTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATA
255 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
10859 ATCTCAAAATTGATTTTAGGTTC-
319 ATTTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
* ** * * * * ********
10882 AATTTGTTTTGCATGATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCCACCTTAAGAANNNNNNNN
1 AATTT-TTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAGGAAACGTGTAG
** * * * * * *
10946 NNAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCTATTCCTACAAAAGCCTTATTG
64 AAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ********** * *
11010 TTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTT
128 CTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAAAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * ** * * *
11075 AGAATAGACTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATTAAGAAAACGGCATTCATTGACAAGAA
192 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA
* ** *
11140 AAGTCTATTTATAGTCACACATTCCATTTAGAGTCTCGTATTTCTTTAAAAGTATTATTACTTGC
257 AAGTCCATTTATAGTCAC-C--T--A--T----TC-C----TTC---AAAAGCCTTATTACTCGC
** * * * * *
11205 GCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-G
303 TTTAAATGGTTTTATAATTTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * * * * * *
11244 AATTTTTTTATATCTTTGGTTACAATAGACAATAATTGAATG-TCT-GCTTCGAGAAACATGTAG
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAG-GAAACGTGTAG
* * * *
11307 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA-TT-T--TCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTAC
64 AAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * ** * * *
11368 TCGTTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTA
129 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * ** * * * *
11432 AAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAACAAG-CATTAATTGGCAAGAA
193 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAA-AAGACATTCATTGACAAGAA
* * *
11496 AAGTCTATTTATAGCCTCCTATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
257 AAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * **********
11560 CTGAAAATTGNNNNNNNNNNCA
321 TTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * * * * * *
11582 ATTTTTTTTGCATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCCAGCTT-GAGAAATGTGAAG
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAG-GAAACGTGTAG
* * * * * * * * *
11645 AAAGAGGCATTGATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATTCTTTCAAATGCCTTATTA
64 AAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
******************* *
11709 CTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT
128 CTCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAAAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
11774 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTA-CTTGAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGA
192 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGA
* ********** * ** **
11838 AAAGTCCCTTTATANNNNNNNNNNCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATAAT
256 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
11903 TTCATAATTAATTTTAAG-TCA
321 TTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
* * * *
11924 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTACCAT-GAGAAACGTGTAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG-GAAACGTGTAGA
* * *
11988 AAAAACCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
65 AAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * *
12053 CGTTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
130 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * ** * * *
12118 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATCCATTGCCTAGAAAA
194 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* * * * ***
12183 GTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTTTAAACGC
259 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTC
*
12248 AGAATTGATTTTAAGTTGA
324 AGAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * ** *
12267 ATTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTGCTTGTCTTAGGAAACATGTAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAACGTGTAGAA
* * * * * * *
12332 AAAGTCACTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCTATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTC
66 AAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
12397 ATTTTAAATGGTTTTATAATATGATAAAAGATTTTAAGTTGTATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
131 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** * * *
12462 ATAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA-AAAAG
195 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAG
* * *
12526 TCCATTTATAGTCA-GTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTTC
260 TCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTC
12590 -GTAATTGA-TTTAAG-TCA
324 AG-AATTGATTTTAAGTTCA
* ** * *
12607 AATTTTTTTACACTTTTT-GTTATAACAGTTTATAATTGAATGCTTGCCTT-GAGAAATGTGTAG
1 AATTTTTTTACA-TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG-GAAACGTGTAG
12670 AAAAAGCCATTCATTAAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
64 AAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
********** * *
12734 TCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTT-ATT
129 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTT
* ** * *
12798 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATCCATT-ATAGAGA
192 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACA-AGA
* * * * * *
12862 AAAGTTCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAAA
256 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
12927 TGCATAATTGATTTTAAGTT-G
321 TTCAGAATTGATTTTAAGTTCA
********** * * * *
12948 AATTTTNNNNNNNNNNTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAGGAAACGTGTA-AA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAACGTGTAGAA
* * *
13012 AGAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-CTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
66 AAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * **
13076 CGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA-AAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
130 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA--AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * *
13140 AAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCT-AGAAACATATAAAAAAAAAGACATTCATTGACAAA
193 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAAC--ATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* * * * * * * *
13204 AAAAGTCAATTTATAGCCACCTATTCCTTGAAAAGCATAATTGCTCGCTTGAAATAGTTTTATAA
255 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
13269 TCTCA-AAGTCGATTTTAAGTT-A
320 TTTCAGAA-TTGATTTTAAGTTCA
* ** * * * * *
13291 AATTTTTGTACATTTTAGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-TCCACCTTAAGAAACATGAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAGGAAACGTGTAGA
* * * * * *
13355 AACAAG-TACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCCTT-AAAAGCCTTATTA
65 AA-AAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * **
13418 CTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCA-AAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTGCATTACTGG
128 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA--AATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * * * *
13482 TTAAAACTGATTATACTTGAATGTCCAACTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTTATTGATAAG
190 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
*
13547 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
255 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
13594 TTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 3838, Mismatches: 1104, Indels: 314
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 69 0.02
337 81 0.02
338 204 0.05
339 248 0.06
340 369 0.10
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342 503 0.13
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348 1 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
353 1 0.00
354 2 0.00
355 2 0.00
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359 1 0.00
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362 48 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAACGTGTAGAA
AAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCAG
AATTGATTTTAAGTTCA
Found at i:12865 original size:853 final size:845
Alignment explanation
Indices: 11894--13597 Score: 1913
Period size: 853 Copynumber: 2.0 Consensus size: 845
11884 TTTTAAATTA
* *
11894 TTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGACTATAA
* ** *
11959 TTGAATGCCTACCATGAGAAACGTGTAGAAAAAACCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TTGAATGCCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAACCATCCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
12024 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATAT-CATAATTAATTT
131 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA-ATGCATAATTAATTT
** * **
12088 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACA
195 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAACA
** ** * * *
12153 TGAAGAAAAAGGTATCCATTGCCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATT-CTTTCAAAAGTC
260 TGAA-AAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC-ATTCCTTT-AAAAGCC
* * * * * * *
12216 TTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTTTAAACGCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATT
322 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACGCAAAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTAT-ATT
* ** * * *
12281 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTG-CT-TGTCTTAGGAAACATGT-AGAAAAAGTCACTCA
386 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTC-TA-GAAACATATAAAAAAAAGACACTCA
* * * * * * * *
12343 TTGAGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGCCACCTATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATG
449 TTGACAAAAAAAG-TCAATTTATAGCCACCTATTCCTTAAAAAGCATAATTACTCACTTGAAATA
* ** *
12407 GTTTTATAATATGATAA-AAGATTTTAAGTTGTATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAATAGACTA
513 GTTTTATAATATCA-AAGAAGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACA-TTTTAGGTTAAAATAGACTA
* * *
12470 TAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA-AAG-ACATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATT
576 TAATTGAATATCCACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGTAC--TCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * **
12532 TATAGTCAGTCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTTCGTAATT
639 TATAGTCACTCATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATT
* * * * *
12596 GA-TTTAAG-TCAAATTTTTTTACACTT-TTTGTTATAACAGTTTATAATTGAATGCTTGC-CTT
703 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACA-TTACTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG--TCCACTT
* **
12657 GAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTC
765 GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTC
12720 AAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNG
829 AAAAGCCTTATTACTC----------G
** *
12747 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTT-ATTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAAAAGACTATA
* *** *
12811 ATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATCCATTATAG-AGAAAAGTTCATTTA
65 ATTGAATGCCTACCAT-GAGAAACATAAAGAAAAAACCATCCATT-TAGAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
12874 TATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAAATGCATAATTGAT
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAATGCATAATTAAT
* ********** *
12939 TTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAGGAAA
193 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAA
* * * * *
13004 CGTGTAAAAGAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCT
258 CATGAAAAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCT
* * *
13069 TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTT
323 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACGCAAAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTT
* *
13134 TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCTAGAAACATATAAAAAAAAAGACATTCATTG
388 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCTAGAAACATAT-AAAAAAAAGACACTCATTG
* * *
13199 ACAAAAAAAGTCAATTTATAGCCACCTATTCCTTGAAAAGCATAATTGCTCGCTTGAAATAGTTT
452 ACAAAAAAAGTCAATTTATAGCCACCTATTCCTTAAAAAGCATAATTACTCACTTGAAATAGTTT
* **
13264 TATAATCTCAAAGTCGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTAGGTTAAAATAGACTATAATTG
517 TATAATATCAAAGAAGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTAGGTTAAAATAGACTATAATTG
* * *
13329 AATGTCCACCTTAAGAAACATGAAGAAACAAGTACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
582 AATATCCACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGTACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
13394 CTTATTCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAGG
647 CTCATTCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * *
13459 TTCAATTTTTTTTGCATTACTGGTTAAAACTGATTATACTTGAATGTCCAACTTGAGAAACGTAA
712 TTCAAATTTTTTTACATTACTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCC-ACTTGAGAAACGTAA
* * * * *
13524 AGAAAAAGGCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
776 AGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
13589 ACTCG
841 ACTCG
13594 TTTT
1 TTTT
13598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 117, Indels: 54
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
847 5 0.01
851 37 0.05
852 108 0.15
853 367 0.52
854 74 0.10
855 12 0.02
856 63 0.09
857 43 0.06
858 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (845 bp):
TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGACTATAA
TTGAATGCCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAACCATCCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAATGCATAATTAATTTT
AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAACAT
GAAAAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACGCAAAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTCA
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCTAGAAACATATAAAAAAAAGACACTCATTGACAA
AAAAAGTCAATTTATAGCCACCTATTCCTTAAAAAGCATAATTACTCACTTGAAATAGTTTTATA
ATATCAAAGAAGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTTAGGTTAAAATAGACTATAATTGAATA
TCCACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGTACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
TTCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
AATTTTTTTACATTACTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACTTGAGAAACGTAAAGAAA
AAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:14084 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14036--14077 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
14026 GAAAAAGGTG
14036 AAGAAAAAGACATCCATTGTC
1 AAGAAAAAGACATCCATTGTC
*
14057 AAGAAAAAGGCATCCATTGTC
1 AAGAAAAAGACATCCATTGTC
14078 TCGAAAAGTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.19, G:0.17, T:0.19
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAGACATCCATTGTC
Done.