Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399481.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2743.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 5760 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1265 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 910--1272 Score: 379
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
900 AAAAACATAT
* * *
910 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAACTGATTTTATAATGTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGACTTTATAATCTCATAA
* * *
975 TTGATTTTAACTTAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAGCAGATTATAATTCAATGTCTACCTCG
66 TTGATTTTAACTTAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAACTCAATGTCTACCTCA
* ***
1040 AGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGNNN
131 AGAAACATAAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
******* ** *
1081 NNNNNNNGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAGT-AGCTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGA-CTTTATAATCTCATA
* ********** * *
1145 ATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTC
65 ATTGATTTTAACTTAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAACTCAATGTCTACCTC
* *
1210 AAGAAACATGAACAGAAAGATATCCATT-GTCAAGAAAAGTCC
130 AAGAAACATAAACAAAAAGATATCCATTGGT-AAGAAAAGTCC
1252 ATTTATAGTCACCCATGCCTT
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTT
1273 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.22 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 145 0.98
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Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGACTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAACTTAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAACTCAATGTCTACCTCA
AGAAACATAAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
Found at i:2613 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2027--2634 Score: 538
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
2017 NNNNNNNNNT
* ** *
2027 TTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTTCCTT-GAGAATGTGAAGAAAG
1 TTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGCCTTAGA-AACATGAAGAAAA
** * * *
2091 AGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGT
* * *** *
2156 TTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTCCAAACTG-A
130 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAATTGAA
** * * * * * * *
2196 TTTGTTTTCA--TTTTTAATTAAAACAAATAATAGTTGAATGTTTGTCATAGGAAACTTGAAAAA
1 TTT-TTTT-ATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGCCTTA-GAAACATGAAGAA
* * * *
2259 AAAG-TCATTCATTAGAAAGAGAAA-TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAACCCTTATTAC
63 AAAGAT-ATCCATTAGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * * *
2322 -A-TGCCTAACATATTTTTAGAATCTCGTAATTGA--TTGAACTTTAA
126 TAGT-TTTAA-ATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAA
* ** * * ** * * * *
2366 TTTTTGTACATTTTTTGTCAAAATTGATAATAATTAAATGTCTGCCTTCGTAAACATGAACAAAA
1 TTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAA
* * * **
2431 A-TTACTCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATGGCTAG
65 AGATA-TCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
2495 TTTTAAATGTTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTGAATTGAA
129 TTTTAAATGTTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTGAATTGAA
*
2537 TTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATATGTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAA
* *
2602 AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 AGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
2635 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 76, Indels: 44
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 47 0.14
170 188 0.55
171 92 0.27
172 10 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAA
GATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGTT
TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAATTGAA
Found at i:3220 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2735--9234 Score: 5695
Period size: 171 Copynumber: 38.1 Consensus size: 170
2725 NNNNNNNNNN
* * **
2735 TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAAACATGAAGAAAAA-CTATTTAT
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * * **
2798 TAGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATGGT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
2863 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCT-AATTGTTTTATATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTTAT-TT
*** * ** * * * * *
2906 TTTGGGTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGTCTAGACAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTG
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
** * * * * * * **
2971 ATATGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
3036 TATAATCACATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
* * * * * * *
3076 TTGTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTTCCTTGAGAATCATGAAG-AAAAGATATCTATT
1 TT-TTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * *
3140 GGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* **
3205 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTACAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATTT
** * * * ** ** * * *
3246 TTTGGTTAAAATAGATAAGAATTGAATGTTTGTCTCAAAAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTG
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * ** * **
3311 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGGTTATTACTAACTTTAAATATTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
3376 TCTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAGAA-ATTTTTACATT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTA-TTT
* * * *
3417 TATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTG-GAACACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-ACATGAAGAAAAAGATATCCATT
** * *
3481 AACAAGAAACA-TCCATTTATACTCATCCATGCCTTCGAAAGCCTTA-T--T-AC--------GT
65 GGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *
3533 TTTGTAATCTCTTAATT-ATTTTTAATTTAAA-CTTTTTACATA
129 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTT
** * * * *
3575 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATATAC-GCCTT-AGGAAACGTGAAAAAAAAGATATCCAT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGT-CTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * *
3638 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTGAAAAGCCTTATTACTCTA-TTTAATTA
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATG
* ** *
3701 TTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAA-ATTTTTATATT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAT-TT
* * ** * *
3746 TTTTATTAAAACAGATTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTA
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
** * * * * * *
3811 AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCAAAAACCTTATTACTCTCATTAAATGGTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
3876 TATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTGTTTTATAT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
* *
3916 TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TCACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATCCAT
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * **
3980 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGTATTAAATGG
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGG
* * *
4044 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAA-TATTTTATAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
* ** * * *
4086 TTTTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCATGGGAAACATGAAGAGAAAGATATCCATT
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * * * *
4151 GGCACGAAGAGTCCTTTTATAGTCTCCTATGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * *
4216 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
** * * * * *
4257 TTTTAGCGAAAACAGATAATAATTAAATGTCGACCTTGAGTAATATGAAGAAAAAGATATCTATT
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
*
4322 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
4387 TTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
* ** * ** *
4428 TTTTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCATT
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * * *
4493 AGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * **
4558 TTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
* * * * * *
4599 TTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGCCTGCCTTGAGATACACGAA-AAAAA-ACTATTCAT
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATCCAT
* * * * ** * * *
4662 TAGCAAGAAAAGTCAAGTTATAGTCTCCCACACTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
4727 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTGTTTTACATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTT
*** ** * ** *
4770 TTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGACAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * *
4835 GCATGAAAAGTTCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTA
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT-
*
4899 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA--TTTTT-TTT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
* * * * * *
4937 TGTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-A-ATCTATTG
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
5000 GCAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * **
5065 TACAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGATTTTTTTTACAT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
** * * *** * * *
5104 TTTGGTTAAAATAGATAAGAATTGAATGT-TTGTTTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * **
5168 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATATTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
** **
5233 TTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGGAAATTTTTACA-TT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AAATTTTTTTATTT
* * * * *
5275 TATTATTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTT-AGGACACGTGAAGAAAAAGATATCTATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
** * * * * *
5339 AACAAGAAACA-TCCATTTATACTCATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGT
65 GGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * *
5403 TTTGTAATCTCTTAATT-ATTTTTAATTTGAA-CTTTTTACATA
129 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTT
** * * * *
5445 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATG--TACGCCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCAT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC-CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * * **
5508 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGA-TTTAATTAT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGG
** * * *
5572 TTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAA-ATTTTCACATT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTA-TTT
* * * * *
5616 TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC-TCACAAA-ATGTGAAGAAAAAGATATCCAT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGATATCCAT
*** * * * * * *
5679 TAATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCATTAAATGAT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
5744 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TT
** * *
5787 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TCACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * ** *
5851 GACAAGAAAAGGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AATAGCCTTATTACT-TGTATTAAATA
65 GGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCACT-TTAAATG
* *
5913 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTT
** * * *
5958 TTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
6022 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATAGTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
6087 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTT
* * * ** * *
6128 TTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACTTATCGATTA
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * **
6193 GCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATATTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
6258 TATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTATATT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAT-TT
** * * * * * *
6300 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCTTTGAGTAACGTGAAGAAAAATATATCCATTA
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
** * *
6365 GCAAGAAACA-TATATTTATAGT-ATCCCATGCCTTCCAAAATG-C-TATTACTCACTTTAAATT
66 GCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCA-CCCATGCCTT-CGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
6426 GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTT
* * * * * **
6471 TTATATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTATGGGAAACGTTAAGAAAACTATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
6534 GACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * **
6599 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTAACAT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTT
* * *
6640 TTTTAGTTACAACAGATACTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * ** * * * * * *
6705 AGCAAGAAATGTATATTTGTTGTCACTCATGCCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
6770 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TT
* * * * ** *
6812 TTTCATTAAAATAGATAATAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACCTGAAG-AAAAGGCATCCATTA
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* ** * * * * * *
6876 GCAGGAAACA-TATATTTATTGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAACTAGTT
66 GCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * *
6940 TTATAATGTCATAATTGATTTTAATTTAACTTTTTTTGAATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATTT
* *
6982 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT-AGAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGATATCCATT
* * * * * *
7046 GGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCATTTTAAGTGGCT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
*
7111 TTATAATCTCATAA-T-ATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TT
* ** ** * *
7151 TTTTATTAAAACAGATTATACCTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAGATAGATATCCATTA
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-
* * * * * *
7216 AG-AAGAGAAGAT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGT
65 GGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
7279 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TT
* * * ** * * *
7322 TTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATTTCTACCTCAAAAAACGTGAA-AAAAAGATATCCATTT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * ** * * *
7386 ACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCGATTTCTTCGAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAA-GGTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TT
* * * * * *
7450 TTCTAATCTCATAATTAATTTCACGTTAAAGTTTTTTACATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTT
* * * **
7492 TTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATGT-TTCACTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* ** * * *
7556 AGCAAGAAACA-TATATTTATAGTCACCCTTGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
65 GGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
7620 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAACTT-ATTTTTTTTATATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TT
* * * * * * *
7662 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCATGAAACGTAAAGAGAAAGATATTCGTT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* ** * **
7726 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAAAAC-AAGCTTTAAATATT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGT
* *
7790 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATT
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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** * * ** *
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* * * *
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** *
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** * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* ** * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
7681 AATTGAATGTCTACC-TCATGAAACGTAAAGAGAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
191 AATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
** ** ** **
7745 TAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAAAACAAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAT
255 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
7810 TTTAAATTAAATTTTTTTACAT
319 TTTAAGTTAAA-TTTTTTATAT
* * *
7832 TTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTG-CCTAGAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCAT
1 TTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * *
7895 TGGTAAGAAAAATGCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATAAT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * *
7960 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAAC
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAAT
* ** * * * * *
8025 TGAATGTTTGGCTT-AGGAAACCTAAAGAAAAAG-TCATTCATT-AGGAAGAAAAGTCTATTTAT
194 TGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
8087 AGTCACTCATTCCTTCAAAA-CACTTATTACGTAC-CTAAAAT-GTCTTTAGAATCTCGTAATTG
256 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-CTTATTAC-T-CGTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTG
* * *
8149 ATTTTAACTTGAATTTTTGAATAT
317 ATTTTAAGTTAAATTTTT-TATAT
* * * * * * * *
8173 TTTTGTCAAAATAGATAATAATTAAATGTCTG-CCTTAGCAGACATGAAGAAAAATATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCATGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * *
8237 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACA
65 GGCAAGAAAAG-----------T---CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
8302 AGCTTTAAATGTTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAA
116 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * * *
8367 AACAGATAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-AAAA
181 AACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAA
* *
8431 GTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
246 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
8496 AAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATT
310 ATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATA-T
* * * * *
8528 TTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATG--TGTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAACATATCCAT
1 TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGT-CAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * *
8591 TGGCAA-AAAAGTCCATTTTTAGTCATCCATGCCTACGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT-AT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-
* * ** * *
8654 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAA
** * **
8719 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAACGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
193 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
8784 TCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-GGATTTCATAATCTCATAATTGATTT
258 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
8848 CAAGCTAGATTTTTTTGTAT
321 TAAGTTA-AATTTTTTATAT
* * * * * * * * *
8868 TTTTAATTAAAAAAAATAATAACTGAATGTTTGCCTTAAGAAACCTGAAGAAAAAG-TCATTCA-
1 TTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATCCAT
* * * * * *
8931 TGAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAACCCTTATTACGT-GCCTAAAATG
64 TG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATG
* * ** * * * * * * *
8995 TTTTTAGAATCTTGTAATTGATTATAACTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTCAAAATAGATAATA
127 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
* * * * ** **********
9060 ATTAAATGTCTGCCTTG-GCAAACATGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAANNNNNNNNNNAT
192 ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * **
9124 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAGCTTTAACTATTTTTATAATCTCATAATTGATT
256 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
9189 TTAAATTAAATTTTTT-TACGT
320 TTAAGTTAAATTTTTTATA--T
* *
9210 TTTTATTTAAAATAGATAATTATTG
1 TTTTA-TTAAAACAGATAATAATTG
9235 TANNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 1 0.00
328 16 0.00
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330 7 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTG
AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAAATTTTTTATAT
Found at i:8268 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 8249--8280 Score: 64
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
8239 TAAGAAAAGT
8249 CCATTTATAATCAC
1 CCATTTATAATCAC
8263 CCATTTATAATCAC
1 CCATTTATAATCAC
8277 CCAT
1 CCAT
8281 GCCTTCAAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
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Consensus pattern (14 bp):
CCATTTATAATCAC
Found at i:13555 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 12771--15020 Score: 1986
Period size: 171 Copynumber: 13.2 Consensus size: 172
12761 NNNNNNNNNN
* ** * * *
12771 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCC-TAAAGAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* * ** * **
12835 GAAGAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAAACGTATATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTT
66 GAAGAAAAAG-TATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTT
* * * *
12899 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAAATGATTTTA
130 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * **
12942 ACTT-AATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTT-GAGAAATGT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* * * * *
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66 GAAGAAAAAG-TATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCT
* * *
13068 TATTGCTTGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
13112 A-TAT-AATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCC-TCGAGAAACA
1 AGT-TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACA
* * * * * * * *
13173 TAAAGTAGAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCT
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* * * * * *
13236 TTATCAATTGCATTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
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* * * * * * *
13281 AGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAAATTATAGTTGAATGTATACCTCA-AGAAACGT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* * * * *
13344 GAAGAAAAAG-ATATCTATTG-GTAATAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCGAAAACTT
66 GAAGAAAAAGTAT-TC-ATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCT
* *
13407 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCA
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * ** *
13451 AGCTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGAATGTTTGTCTTAG-GAAACCT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* *
13515 GAAGAAAAAGTCATTCA-TGAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCCT
66 GAAGAAAAAGT-ATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCT
* * * * *
13578 TATTACAT-GCCTAAAATGTTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTA
129 TATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
13622 ACTTGAATATTTGTATATTTTTT-TGTCAAAATAGATAATAATT-AACTGTCTGCCTT-G-GCAA
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT-T-AAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGAG-AA
* * ** *
13683 ACATGAAGAACAATA-TATCCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATGCCTAC-AAA
62 ACATGAAGAA-AA-AGTATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* *
13745 AGCCTTATTACTAGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
125 A-CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * * *
13794 AATTGAA-TTTTTTA-ACGTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTGTACCTT-GAGAAACA
1 AGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACA
* *
13856 TGAAGAAAAA-TATATACATTG-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACC
65 TGAAGAAAAAGTAT-T-CATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACC
* *
13919 TTATTACTC-CTTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
128 TTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * *
13964 AGTTAAATAGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTATC-TCGAGAAACTT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* * * * * * *
14028 GAAGAAAAACATATCCATTGA-CAAGAAAAGTACATTTATAGCCACCCATGTCTTTGAAAGCCTT
66 GAAGAAAAA-GTATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTT
*
14092 ATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
130 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * * *
14135 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGCAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTTGAGAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* ** * * * *
14199 GAAGAAAAA-TATATCCATT-AGCAAGAAACGTATATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCG
66 GAAGAAAAAGTAT-T-CATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCT
* * *
14262 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGATTTTA
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
14306 AGCTGAATATATTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTATAATTGAATATATACCTCA-AAAAACA
1 AGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACA
* * * **
14370 TGAA-AAAAATATATTGATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTCT
65 TGAAGAAAAA-GTATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCT
**
14433 TATTGTTCGCTTTAAATG-TGTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
129 TATTACTCGCTTTAAATGAT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
14477 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* * ** * * * *
14541 GAAGAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAAACGTAGAATTGTAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCGT
66 GAAGAAAAAG-TATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCT
* * *
14604 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTA
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
14648 ACTT-AA-TTTTTTATATTTCTTATTAGAACAGATTATAATTGAACGTCTACC-TCGAGAAATAT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
* * * * *
14710 AAAGAAAAAGATATCCATTGA-CAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTGGAAAGCCTT
66 GAAGAAAAAG-TATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTT
* ** *
14774 ATTGCTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
130 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
14817 AGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTTTAATTGAGTGTCT-TCTCTAG-GAAAC
1 AGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAGAAAC
* * * ** * *
14880 ATAAAGAGAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTACAGTGACCCATGCCTTC-AAAAGC
64 ATGAAGAAAAAG-TATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-C
* * *
14943 CTTATCACTCGCATTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTG
127 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*
14989 AGTTGAACTTTTTTTCAT-TTTTTTCTTAAAAC
1 AGTTGAA-TTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAAC
15021 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 291, Indels: 149
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 285 0.17
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171 625 0.36
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173 22 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACAT
GAAGAAAAAGTATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTA
TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:13923 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 12771--15020 Score: 2261
Period size: 342 Copynumber: 6.6 Consensus size: 341
12761 NNNNNNNNNN
* **
12771 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* * * * *
12836 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAACGTAT-ATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTA
66 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
12900 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAAATGATTTTAACTT-AATTTTTTTATAATTTTT
130 TTACT-GCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTATATTTTTT
* * ** * *
12964 ATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATGTAAAGGAAAAGATATCCATTGACAA
194 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAA
* * * * * *
13029 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTGAAAAGTCTTATTGCTTGTTTTAAATGA-TTTTAT
259 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTAT
13093 AATCTCATAATTGATTTTA
323 AATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
13112 A-TAT-AATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACAT
1 AGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAT
* * * ** * * ** * * *
13174 AAAGTAGAAGCCATTCATT-GATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTT
65 GAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
13238 ATCAATTGCATTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT
129 AT-TACTGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTATATTTTT
* * * * * * * **
13302 TCTTAAAACAAATTATAGTTGAATGTATACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTA
193 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACA
* * * *
13367 ATAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTT
258 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTT
* *
13430 ACAATCTCATAATTGATTTCA
321 ATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
13451 AGCTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGAATGTTTGTCTT-AGGAAACCT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACAT
* * * * *
13515 GAAGAAAAAG-TCATTCATGAGGAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCCT
65 GAAGAAAAAGAT-ATCCATTAGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT
* * * * *
13578 TATTACATGCCTAAAATGTTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATATTTGTATATTTT
128 TATTAC-TGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTATATTTT
* * * * * *
13643 TT-TGTCAAAATAGATAATAATT-AACTGTCTGCCTTG-GCAAACATGAAGAACAATATATCCAT
192 TTAT-T-AAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
** ** * *
13705 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATGCCTACAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATATT
253 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
*
13770 TTTATAATCCCATAATTGATTTTA
318 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
13794 AATTGAATTTTTTAAC-GTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* * *
13858 AAGAAAAATATATACATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAA-CCTTA
66 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCCTTA
* * * *
13922 TTACT-CCTTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATAGTTTTATATTTTT
130 TTACTGCC-TT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTATATTTTT
* * * *
13986 TATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTATCTCGAGAAACTTGAAGAAAAACATATCCATTGACA
193 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACA
* * * ** *
14051 AGAAAAGTACATTTATAGCCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
258 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
14116 AATCTCATAATTGATTTTA
323 AATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
14135 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGCAGATAATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* * * * *
14200 AAGAAAAATATATCCATTAGCAAGAAACGTAT-ATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCGTA
66 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * *
14264 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGC-TGAATATATTTTATATTTT
130 TTACT-GCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTTGAATAT-TTTTATATTTT
* * * * * * ** *
14328 TTATTAAAACAGGTTATAATTGAATATATACCTCAAAAAACATGAA-AAAAATATATTGATTGGC
192 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * ** * *
14392 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTGTTCGCTTTAAATGTGTTTA
257 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
14457 TAATCTCATAATTGATTTTA
322 TAATCTCATAATTGATTTTA
* *
14477 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* ** * * *
14542 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAACGTAGAATTGTAGTCACCCATACCTTCAAAAGCGTTAT
66 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT
* *
14607 TACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAACTT-AAT-TTTTTATATTTCTT
131 TACTGC-C-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTATATTTTTT
* * * *
14669 ATTAGAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAATATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAA
194 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAA
* ** * ** *
14734 GAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTGGAAAGCCTTATTGCTCATTTTAAATAGTTTTATA
259 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATA
*
14799 ATCTCATAATTAATTTTA
324 ATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** * * *
14817 AGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTTTAATTGAGTGTCTTCTCTAG-GAAACA
1 AGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGC-CTTGAGAAACA
* * ** * * * * *
14881 TAAAGAGAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTACAGTGACCCATGCCTTCAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
14945 TATCACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTTCAT-TT
128 TATTACT-GCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TATTTTT-ATATT
*
15009 TTTTCTTAAAAC
190 TTTTATTAAAAC
15021 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT
TACTGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTATATTTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTA
Found at i:15959 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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15664 NNNNNNNNNN
* * *
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1 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * ** ** **
15737 AGTTAAAACA-AATAGTAATTGAAT-ACTTGGCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGG
65 A-TTAAAACAGATTA-TAATTAAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
*
15800 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
127 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
15845 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * *
15910 TTAAAACAGATTATAGTTAAATGTCTACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAG
66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG
*
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131 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
16016 TGCTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
16080 GTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATGTCCATTGGCAA
66 -TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
* * * *
16145 CAAAAGTCCA-TTAGTAGTTACACATACCTTCAAAAGCCTTAT
130 GAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
16187 TACACGCGTTAAAT-ATTTTTATAATGTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTATATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTT
* * * * * * *
16251 TATCAAAACAGATAATAATTGAATCTCTGCCTCG-GAAA-ATAAGAAGAAAAAGGTATCCATTGG
64 TATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAT--GAAGAAAAAGATATCCATTGG
* *
16314 TAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
127 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
16359 TACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATATTTTTAT-GTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * *
16422 AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGAA
65 A-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
* **
16487 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
16530 TACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * *
16593 AGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAATAAAAAGATAT-CATTAGCA
65 A-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
* ** * *
16657 AAAAAATGTATATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
129 AGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
16701 TACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAACTTTATTTTTTTTATATTTGT
1 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * ** ** *
16764 TATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATAT-CATTAGTA
64 TATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
* * * **
16828 AAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGGAAAGCCTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
16871 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTT-
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * ** ** **
16934 TTAAAACATATTATAATTAAATATCTTCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAA
66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
* * * *
16998 GGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCATTAT
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
17040 CACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTTC
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* *
17105 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
* *
17169 GAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
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* * ** * *
17211 TACTCGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTCAAACTGAATTTTTTTACATTTTTAA
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * * *
17276 TTAAAACAAATAATAACTAAATGTTTGCGTTAAGAAACCTGAAGAAAAA
66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
17325 CNNNNNNNNN
Statistics
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0.83 0.13 0.04
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
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TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:16723 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 15674--17291 Score: 2058
Period size: 514 Copynumber: 3.2 Consensus size: 509
15664 NNNNNNNNNN
* * * *
15674 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCATA-TTTTAA
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAA
* *
15738 GTTAAAACAAATAGTAATTGAATACT-TGGCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
66 -TTAAAACAAATAATAATTGAAT-CTCTGCCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
*
15802 AGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * *
15867 AATCTCAGAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTAAAT
194 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAAT
* * * * *
15932 GTCTACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCC
258 GTCTAC-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATT-ATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* *
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* * * * * *
16062 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGAAACATGAAGAA
385 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAA
* * * *
16127 AAAGATGTCCATTGGCAACAAAAGTCCA-TTAGTAGTTACACATACCTTCAAAAGCCTTAT
450 AAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTA-TAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
16187 TACACGCGTTAAATATTTTTATAATGTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTATATTTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATA-TTTTTA
* * * *** *
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* * *
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* * * *
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194 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAA
* * *
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* *
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* *
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384 AAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGA
* ** *
16640 AAAAGATAT-CATTAGCAAAAAAATGTATATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
449 AAAAGATATCCATTGGCAAAAAAA-GTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* *
16701 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAACTTTATTTTTTTTATATTTGTT
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* * * * * *
16765 -ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATAT-CATTAGTA
64 AATTAAAACAAATAATAATTGAATCTCTGCCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
* * * ** * *
16828 AAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* *
16893 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TTAAAACATATTATAATTAAATA
194 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * *
16957 TCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TTATTGACAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCT
259 TCTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAG--ATATTATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * * *
17021 ATACCTTCAAAAGCATTATCACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
320 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* ** **
17086 AATTTTTTTATGTTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTC-AGGAAACATGAAGA
385 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGA
* * *
17150 AAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
449 AAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
17211 TACTCGCTTTAAAT-GATTTTATGATCTCATAATTGATTTCAAAC-TGAATTTTTTTACATTTTT
1 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAACTTGAATTTTTTTATATTTTT
17274 AATTAAAACAAATAATAA
64 AATTAAAACAAATAATAA
17292 CTAAATGTTT
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 128, Indels: 51
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAA
TTAAAACAAATAATAATTGAATCTCTGCCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
TACCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAT
ATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
Found at i:21710 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 21503--21828 Score: 316
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
21493 ACTTAAAATC
* * * * * *
21503 AATTATGAGATTAGAAAACTATTTAATGCGAGTAAT-AAGCCTTTTAAAGGGACCGG-TCACTAT
1 AATTACGAGATTAGAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAAG-CTTTTAAAGGCA-CGGTTCACTAC
* * *
21566 AAATAGACTTTTTTTATTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-AGAAAACATTCAATTA
64 AAATAGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCGCAAGA-AAAACATTCAATTA
*
21630 TAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATTTTCA
128 TAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAATTTTCA
* * *
21664 ANNNNNNNNNNATTACGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGG
1 A----------ATTACGAGATTAGAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCACGG
* * * * *
21729 TTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGTCTTTTTCTTCATGTTTCGCTAGAAAAACAT
56 TTCACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCGCAAGAAAAACAT
* * * *
21794 TCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
121 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA
21829 AATTCAACTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 22, Indels: 16
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 2 0.02
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172 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
AATTACGAGATTAGAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCACGGTTCACTACAA
ATAGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCGCAAGAAAAACATTCAATTATAA
TCTATTTTAACAAAAAATATAAAAATTTTCA
Found at i:22649 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22067--26416 Score: 3087
Period size: 171 Copynumber: 25.5 Consensus size: 170
22057 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
22067 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTCTATGGTATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * * *
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* * *
22197 TCAATTAT-TTCATGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCA
131 TCAATTATAATC-TGTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
22238 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * *
22303 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTGC-TCACGTGTC-CTAAGGTAGAC
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* *
22366 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAAATT-A
129 ATTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * *
22409 ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * *
22473 GGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCCTTTTCTTTATGTTTCTCATGGTAGACG
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * *
22538 TTAAATTATAATCTGTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATAATCTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
** * ** * * *
22579 GGTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATAGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* ** * * * * *
22644 GTGACTATAACTGGACTTTTCTTGCGGACGAATAT-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * ** *
22708 TCAATTATTATCTGTTTTACCT-TGAAATGTAAAAAAATTTA
131 TCAATTATAATCTG-TTTA-ATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
22749 ACTTAAAATTAATTATGAGATT-TGAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* ** *
22813 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCACTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
22878 GTT-AATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
130 -TTCAATTATAATCT-GTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
22920 ACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * ** *
22985 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGGATAT-TTTCTTTTTCATATTTCTCACGGTAGACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT-TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * ** *
23049 TAT-AAATGTAATCTGTTT--TAAAAAAACTATAAAAAAGTCA
130 T-TCAATTATAATCTGTTTAATAAAAAATGTA-AAAAAATTCA
* * * * *
23089 GA-TCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATG
1 -ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * *
23153 GGTGGCT-GAAATAGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTCTTCACGTTTGC-CAAAGTAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGAC
* * * *
23216 ATTCAATTATTATCTGTGTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTTA
129 ATTCAATTATAATCTGT-TTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * * * * * *
23260 ATTTAAAATTAATTATGGGATTATACAACCATTTAAAACGAATAATTAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * * ***
23325 GTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGT-AGATATCTTTTTCATCACGTTTC-CTGAGGAATTT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGAC
* * * * * *
23388 ATTCAATTAGAATCTATTTCAA-AAAATATATAAAAAATTTTA
129 ATTCAATTATAATCTGTTT-AATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
********** * * *
23430 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* ** * * * * * *
23495 GTGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAAT-AAT-TGGCTTGTTCTTCACCTATGTCAAGATAGAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT--CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
* *** *
23558 ATTCAATTATTAA-CTATTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTTA
129 ATTCAATTA-TAATCT-GTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
********** * * * * * *
23601 ACTTANNNNNNNNNNTGAGATTAAAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * ** *
23666 GTGAATATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCCCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * ** *
23731 TTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAGGTTCT
131 TCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
23772 ACTCAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * ** * *** * * *
23837 ATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTCAGTCGAGATAGACAA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * **********
23902 TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATANNNNNNNNNN
131 TCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * ** * *
23943 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAAAGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * **
24008 GTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGGATATTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
24073 TCAATTGTTATCTGTTTTCATAAAAAATGTAAACAAATTCA
131 TCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
24114 ACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * *** *
24179 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-AA-ATGGTTTTTCTTCACATTTGTCAAAACAGACT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * ** *
24242 TTCAATTGTTATCTGTTTTGTCCAAAAATGTAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATAATCTGTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * ** * *
24284 ACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAATCTATCTAAAGCAAGTGATTGGGCTTTTGAAGGTATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * *
24349 GTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCTAATGAATA-GTTTTTCTTAACGTTTCCCAAGGTAGGCAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * ******
24413 TCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAANNNNNN
131 TCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
**** * * * * * *
24453 NNNNAAAATTAATTATTAGATTATAAAGC-ATTGAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTCAAAGGTATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * *
24516 AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACCTTTC-CTGAGCTAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGAC
* * *
24580 ATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCT
129 ATTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ********** ** * *
24623 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATNNNNNNNNNNAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * *
24688 ATGACTATAAATGCACTTTTCTTGCTAA-CAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-ATAGGTAGAC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGAC
*
24751 ATT-AATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCA
129 ATTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ********** *
24793 ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCGAAAGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * ******
24858 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGACTATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAA-GNNNNNN
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGACA
**** **
24922 NNNNATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATACAAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATAATCTG-TTTAAT-AAAAAAT-GTAAAAAAATTCA
* * * **
24966 ACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTGAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGATATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * *
25030 GTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCACATTTC-CTGAGGTAGACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACA
*********
25094 TTCAATTATANNNNNNNNNNAT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATA-ATCTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
25135 GCTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * *
25200 GTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTG-ATATCTTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTACACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
25264 TTCAATTATAA-CTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATAATC-T-GTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
25306 ACTCAAAATCAATTATGCGATTATAAAA-TCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *
25370 AGTGACTACAAATGGACTTTTGTTGCCAAT-ATATATGTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTAGA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGA
* * * *********
25433 CAATCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAANNNNNNNNN
128 CATTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * ** * *
25477 NCTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA-TGATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCGAAAGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * *
25541 AGTGACTATAAATAGACTCTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCACGTTTTTCGAA-GCAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGAC
* * * * * *
25605 AATCAATTATTATCTATTT-TTACCAAAAATATAAAAAAATTCN
129 ATTCAATTATAATCTGTTTAATA--AAAAATGTAAAAAAATTCA
********* * * * * * *
25648 NNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAAATATTTCAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGACATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * **
25713 GTAATTATAAATGGA-TATTTCTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCACATTTC-CAGATATAGAC
66 GTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGAC
* * * * * *
25776 ATTTAATAACAATCTATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAATATTTA
129 ATTCAATTATAATCT-GTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATTCA
* * ********** * ** *
25819 ATTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCATTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * ** ** *
25884 GTGAATATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTTCTTGAGACAAACAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
25949 TCAATTATTATCTGTTTTAAT-TAAAATGTAAAACAATTCT
131 TCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
25989 ACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAGC-ATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * *
26053 GGTGAGTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCATCATGTTTCCCAAGGTAAACA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* **********
26118 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATANNNNNNNNNN
130 TTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * *
26160 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTC-AAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * ** * * **
26224 GGTGACTATAAACGAACTTTT-TAAGCCAATAAATGTCATTTTCTTCATATTTGTCGAGACAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * ** *
26288 ATTAAATTATTATATGTTTTGCTCAAAAATGTAAAAAAATTCA
129 ATTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * ** *
26331 ATTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
*
26396 GTGACTAGAAATGGACTTTTC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTC
26417 ACACCAATAA
Statistics
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ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
Found at i:27160 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 26537--28094 Score: 1430
Period size: 340 Copynumber: 4.6 Consensus size: 337
26527 NNNNNNNNNN
* * * *
26537 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGAGACT
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* * * * *
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* *
26665 TATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAA-
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* * * *
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* *
26791 CAATGAATATC-CTTTTCTTCATATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTACACAA
253 CAATGAATATCTC-TTTATTCATGTTTCTCA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAA
*
26854 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAA
315 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** *
26877 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTATTGAAGGCATGGGTGAGT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * *
26942 ATAACTAGACTTTTCTTGCGAATAAATGGTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTA
65 ATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAAT-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * **
27007 TTATCTGTTTCACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTAAAAAACTA
129 TTATCTGTTTTA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTA
* * * *
27072 TTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGCCATGAGCGACTATAAATGGA-TTTTTGTTACCAATG
193 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTTACCAATG
* *
27136 AATATCTCTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT
258 AATATCTCTTTATTCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT
* * *
27201 AAAAGAATTCATCTCAA
321 AAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * *
27218 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTGAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATTACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACT
** * * *
27283 ATAAATAGACTTTTCTTGCCTACGGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATT
65 ATAAATAGACTTTTCTTG-CTA-ATAAATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
27348 A-TATTCTATTTTA-AAAAAATGTAAAAACATTCAGCTGAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACC
128 ATTA-TCTGTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACT
* ** *
27411 ATTTGAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCAT-AG-GCAGCTATAAATGGACTTTTT-TTCCCA
192 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG-A-CTATAAATGGACTTTTTGTTACCA
* * * * * * * * * *
27473 ATGGATATTTTTTTCTTTACGTTTCCCGAGGCA-AGCATTGAATTATTATCTGTTTTAACTAAAA
255 ATGAATATCTCTTTATTCATGTTTCTC-AGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAA
* *
27537 ATGTAAAAAAATTTAATTTAA
317 ATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** *
27558 AATCAATTATGAGATTATACAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAAACATGGGTGAGT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACT
* * * * ** *
27623 ATAAATGGACTTTTCTTGTTAGTTGAAATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAGTTAATCAAT
65 ATAAATAGACTTTTCTTGCTA-AT-AAATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
** * * ** **
27687 TAGAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATTTTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAAA
127 TATTATCTGTTTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAA
* * ** **
27752 -TGTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAATCATG-GATGTTTATAAATGGACTTTTCATGTTA
190 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTT--TGTT-
** * * * * * * * * * * *
27815 ATAAATGACTTTTTCTTCA--CATCTGT-TGAGATAGATATTCAATTATTATCTGTTTTATCCAA
251 ACCAATGAATATCTCTTTATTCATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAA
27877 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
315 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
27900 AATAAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * * *
27965 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAAGATATTTTTTTCTTCACGTCTCTCGAGTTAGACATTCAATT
65 ATAAATAGACTTTTCTTGCTAATA-A-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * *
28030 ATCATCTGTTTTCACAAAAAATGTAAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
128 ATTATCTGTTTT-ACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAC
28095 CA
Statistics
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0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 2 0.00
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346 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGACTA
TAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATT
ATCTGTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTTACCAATGAAT
ATCTCTTTATTCATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAA
Found at i:27229 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26537--28094 Score: 1457
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
26527 NNNNNNNNNN
* * * * *
26537 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGAGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * *
26602 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGAATGA--TTTCTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAA
66 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAA
* ** *
26664 TTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
129 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
26707 AATCAATTATGAGATTA-AAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
** * * * *
26771 TATAAATGGACTTCGCTTGTCAATGAATATCCTTTTCTTCATATTTCTCATGGTAGACATTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* *
26836 TATAATCTG-TTTACA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAA
130 TATAATCTGTTTTA-ATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
** * *
26877 AATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTATTGAAGGCATGGGTGAG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * *
26941 TATAACTAGACTTTTCTTGCGAAT-AA-ATGGTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * ***
27004 TTATTATCTGTTTCACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
129 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * * *
27047 AATTGATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGCCATGAGCGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * *
27112 ATAAATGGATTTTTGTTACCAATGAATATCTCTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * *
27177 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAGAATTCATCTCAA
131 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * ** * * *
27218 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTGAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATTACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * *
27283 ATAAATAGACTTTTCTTGCCTACGGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
27348 ATATTCTATTTT-A-AAAAAATGTAAAAACATTCAGCTGAA
131 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** * *
27387 AATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCATAGG-CAGC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-C
* * * * * * * * * *
27451 TATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGGATATTTTTTTCTTTACGTTTCCCGAGGCA-AGCATTGAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAA
* * *
27515 TTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAA
129 TTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** *
27558 AATCAATTATGAGATTATACAA-TCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAAACATGGGTGAG
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
** * * ** *
27622 TATAAATGGACTTTTCTTGTTAGTTGAA-ATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAGTTAATCA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCA
* * **
27685 ATTAGAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATTTTCAACTTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
** * * * ** * **
27729 AATCAATTACAAGATTATAAAAATGTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAATCATGGATGTTT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* ** * ** * * ** * *
27794 ATAAATGGACTTTTCATGTTAATAAATGA-CTTTTTCTTCACATCTGTTGAGATAGATATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* *
27858 TATTATCTGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
130 TATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
27900 AATAAATTATGAGGTTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * *
27964 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAA-AAGATATTTTTTTCTTCACGTCTCTCGAGTTAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * *
28028 TTATCATCTGTTTTCACAAAAAATGTAAAAACAATTTAACTTAA
129 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAA
28072 AATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAAC
28095 CA
Statistics
Matches: 1126, Mismatches: 229, Indels: 65
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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** * *** * ** *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* *** * * * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 -ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* ** * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *** ** *
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* * ********** *
23406 TCA-AAAAATATATAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCT
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* * * *
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375 AGTAATAAGGTTTTTGAAGACATGGGAGACTATAAATGGA-TTTT--TGTTACAATGAATAT--C
** * * * *** *
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*
23595 AATTTA
496 AATTCA
********** * * * * ** *
23601 ACTTANNNNNNNNNNTGAGATTAAAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TG
* * * * * ** ** *
23666 G-TGAATATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCCCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATA
64 GATTACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTA-GAATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACA
* * * * ** * * **
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127 TTCAATTATATTCT-TTTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * * * *
23795 TAAAACCATTTTAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGATGACTATAAAT-GAACTTTTC
190 TAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGA-G-CTATAAATAG-ACTTTTC
* * * **** * * * * *
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252 TTGCCAATGATAT--TTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTG-TTTCA
* * ********** * * *
23922 TAAAAAATATANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAA-AAGAGT
314 CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGT
* * * * * * * * * *
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** ** * * * * *
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441 TCATGTTT-TCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA-AAATTCA
* * **
24114 ACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA-ATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAT-
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAT-TTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * * ***
24177 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA-ATAAATGGTTTTTCTTCACATTTGTCAAAACAGAC
64 GA-TTACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGA-ATAT-CTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * *
24241 TTTCAATTGT-TATCTGTTTTGTCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
126 ATTCAATTATAT-TCT-TTTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
* * * * ** * * *
24305 TAT-AAATCTATCTAAAGCAAGTGATTGGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
188 TATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGAG-CTATAAATAGACTTTT
* * * * * * *
24369 CTAGCTAATGA-ATAGTTTTTCTTAACGTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATTATCTGTTTTAA
251 CTTGCCAATGATAT-TTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTG-TTTCA
* * ********** * * * * *
24433 TAAAAAATAT-AAAANNNNNNNNNNAAAATTAATTATTAGATTATAAAGC-ATTGAAAGCGAGTA
314 CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
** ** * * * *
24496 ATAAGAG-TTTCAAAGGTATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCT
379 ATAAG-GTTTTTGAAGACATGGGAGACTATAAATGGATTTTTGTTA-CAATGAATATC-TTTTCT
** * * * * * *
24560 TCACCTTTCCTGAGCTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCT
441 TCATGTTTTC-AAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCA
* ********** ** * * *
24623 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATNNNNNNNNNNAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * **
24688 ATGACTATAAATGCACTTTTCTTGCTAACAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-ATAGGTAGACA
65 ATTACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AGA-ATATCTTTTTCTTCATATTTCTCA-AGGTAGACA
* * *
24752 TT-AATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
127 TTCAATTATATTCT-TTTTAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
********** * * *
24816 T-AAAACTATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTC
190 TAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGAG-CTATAAATAG-ACTTTTC
* * * ********** * *
24879 TTGCCAATGACTATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGNNNNNNNNNNATTATAATCTGTTTTAAT
252 TTGCCAATGA-TATTTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTG-TTTCA-
* ** * * * *
24944 AAAAAAATACAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTGAAGCGAGT
314 CAAAAAAT-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
* * * * * * * *
25008 AATGAGGCTTTCGAAGATATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCT
378 AATAAGGTTTTTGAAGACATGGGAGACTATAAATGGATTTTTGTT-ACAATGAATAT-CTTTTCT
** * * * ********** *
25073 TCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATANNNNNNNNNNAT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
441 TCATGTTTTC-AAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCA
* * * * * *
25135 GCTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-G
* * * ** *
25200 G-TCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATTGATATCTTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTACAC
64 GATTACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGA---ATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * *
25263 ATTCAATTATAACTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGCGATT
126 ATTCAATTAT-A-TTCTTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
* * ** * * * *
25328 ATAAAATCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTAGTGA-CTACAAATGGACTTTTG
189 ATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-T-GGGAGCTATAAATAGACTTTTC
* * * * *
25392 TTGCCAAT-ATATATGTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACAATCAGTTATAATCTGTTTTAA
252 TTGCCAATGATAT-T-TTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTG-TTTCA
* * ********** * ***
25456 TAAAAAATATAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA-TGATTTAAAATGAGT
314 CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGT
* ** * * * * * * * * *
25520 AATAAGGCTTCCGAA-AGCATGAGTGACTATAAATAGACTCTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTT
378 AATAAGGTTTTTGAAGA-CATGGGAGACTATAAATGGATTTTTGTT-ACAATGAATATC-TTTTC
* * * * * * * ** *
25584 TTCACGTTTTTCGAA-GCAGACAATCAATTATTATCTATTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCN
440 TTCATG-TTTTC-AAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCA
********* * ** *
25648 NNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAA-ATATTTCAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGACATA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAT-TTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-
* * * * * **
25712 GG-TAATTATAAATGGA-TATTTCTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCACATTTC-CAGATATAG
63 GGATTACTATAAATGGACT-TTTCTTG-CTA-GAATATCTTTTTCTTCATATTTCTCA-AGGTAG
* * * * * * * * *
25774 ACATTTAATAACAATCTATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAATATTTAATTTCAAATCAATTATGAG
124 ACATTCAATTATATTCT-TTTT-ACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ********* * * * *
25838 ATTAT-AAAACNNNNNNNNNNGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCATTGGTGA-ATATAAATTGACT
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* * * * ** ** *
25901 TTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTTCTTGAGACAAACATTCAATTATTATCTGTTT
248 TTTCTTGCCAAT-GATATTTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* * * * * * *
25966 TA-ATTAAAATGTAAAACAATTCT-ACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAGC-ATTGAAAAC
312 CACA-AAAAATGTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGC
* * * * * * * * * *
26028 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTT
374 AAGTAATAAGGTTTTTGAAGACATGGGAGACTATAAATGGATTTTTGTTA-CAATGAATATC-TT
* * * * *******
26093 TTCATCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATANNNNNNNN
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**
26158 NN
500 CA
* * * *
26160 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTC-AAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * * * **
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* * * *
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* ** * * * * * *
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*** * *******************
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**********************************************************
26479 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCAAT
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* * *
26544 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGAGACTATAAATG
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* * * * * * *
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**
26673 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
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* * * *
26701 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * ** * * *
26766 GTGACTATAAATGGACTTCGCTTGTCAATGAATATCCTTTTCTTCATATTTCTCATGGTAGACAT
65 ATTACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTA-GAATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
26831 TCAATTATAATCTGTTTACACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
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* ** * *
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* * * * * *
26960 CGAAT-AAATGGTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTCACCCAA
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* ** *
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* * * *
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*
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* * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
27406 AAACCATTTGAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCATAGGCAGCTATAAATGGACTTTTTTTCC
192 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGAGCTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * *
27471 CAATGGATATTTTTTTCTTTACGTTTCCCGAGGCA-AGCATTGAATTATTATCTGTTTTAACTAA
256 CAAT-GATATTTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAGA-CATTCAATTATTATCTG-TTTCACAAA
* * * *
27535 AAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATACAA-TCATTTAAAGCGAGTAATT
318 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * **
27599 AGGCTTTCGAAAACATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTTA-GTTGAA-ATCTTTTTCTTC
382 AGGTTTTTGAAGACATGGGAGACTATAAATGGA--TTT-TTGTTACAATGAATATC-TTTTCTTC
* * * * *
27662 ATGTTTTCTGAGGTAGTTAATCAATTAGAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATTTTCA
443 ATGTTTTC-AAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTCA
** * * *
27723 ACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAA-ATGTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAA-TCAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAT-TTT-AAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCAT
* * * * * * * ** *
27786 GGATGT-TTATAAATGGACTTTTCATGTTA-ATAAATGACTTTTTCTTCACATCTGTTGAGATAG
63 GGAT-TACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGA-ATAT--CTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAG
* * *
27849 ATATTCAATTAT-TATCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
124 ACATTCAATTATAT-TCT-TTTTA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
27913 GTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
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* * * * *
27978 TCTTGCCAAAAGATATTTTTTTCTTCACGTCTCTCGAGTTAGACATTCAATTATCATCTGTTTTC
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313 ACAAAAAATGTAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
28095 CA
Statistics
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AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTG
AAGACATGGGAGACTATAAATGGATTTTTGTTACAATGAATATCTTTTCTTCATGTTTTCAAGGT
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Indices: 27788--27827 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
27778 GAAATCATGG
*
27788 ATGTTTATAAATGGACTTTTC
1 ATGTTAATAAATGGACTTTTC
27809 ATGTTAATAAAT-GACTTTT
1 ATGTTAATAAATGGACTTTT
27828 TCTTCACATC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.39
21 11 0.61
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
ATGTTAATAAATGGACTTTTC
Done.