Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397476.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1694.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 3479 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:410 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 185--492 Score: 359
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
175 TAAAACGAGA
* * * * *
185 AATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTTATGAATGCTTTTTTCT
1 AATAAGGATTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * *
250 TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATCATAGTCTGTTTTAACTAACAATGT-AAATAATTCAAC
66 TCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATCACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
314 TTAAAATTAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGTGT
131 TTAAAATTAATT----------AAAACCATTTAAAGTGTGT
* * *
355 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAACTAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTTC
1 AATAAGGATTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTTC
*
419 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCA
65 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATCACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCA
484 AATTAAAAT
129 AATTAAAAT
493 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 15, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 101 0.84
172 17 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
AATAAGGATTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCT
TCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATCACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
TTAAAATTAATTAAAACCATTTAAAGTGTGT
Found at i:569 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 340--652 Score: 321
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
330 NNNNNNAAAA
* * * *
340 CCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAACTAGACTTTTCTTCTCAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAA
* *
405 TGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAA-CTAAA
66 TGAATGCCTTTTTATAT-ACGTTTCTTAGA-GTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATC-AAA
*
467 AATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCNNNNNNNNNNTTATTAAG
128 AATATA-AAAAAATTCAAATTAAAATC----------TTATTAAG
* * *
512 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGATA-AAATAGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTT
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGA-AGAAATAGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTCTC
* * * *
575 AATGAATGCCTTTTTATATACGTTTCTTAGAGTCGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAA
64 AATGAATGCCTTTTTATATACGTTTCTTAGAGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAA
640 ATATAAAAAAATT
129 ATATAAAAAAATT
653 TAACCTAAAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 14, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 9 0.07
172 109 0.89
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAA
TGAATGCCTTTTTATATACGTTTCTTAGAGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATCAAAAAT
ATAAAAAAATTCAAATTAAAATCTTATTAAG
Found at i:2649 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2472--5778 Score: 2254
Period size: 171 Copynumber: 19.6 Consensus size: 170
2462 NNNNNNNNNG
* * * * * *
2472 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCATGCTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
2537 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGACAAATGTAAAACAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * *
2602 AAAATTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTGGAAGAAATGT
130 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * *
2643 GTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATACCTTTTTGTTCATGTTTCTCATGGTTGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* ** * **
2708 TCAATT-TAGTCTATTTTAACAAAAAAAATAAAGAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** ***********
2772 AAAACCATTTGAAGCAAGTAANNNNNNNNNNAAAGGAATGA
130 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * ** *
2813 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * *
2878 TCAATTAT-GATCTGTTTAAACCAAGACTGT---AAAATT-AA--T----T---GT-T-AGTTTA
66 TCAATTATAG-TCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * **
2927 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCCTGA
129 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * *
2969 GTGAGTATAAATAGACTTTCCATT-CCAAT-AGATGGCTTTTGCTCCACGTTCCACAAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * *
3032 ATTCAATTATAGCCT-TGTTTAACAAAAAATCTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
64 ATTCAATTATAGTCTGT-TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* **********
3096 TATAAAACCATTTAAAGTGCGTANNNNNNNNNNTGAAGGAATCGA
127 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GA
* * * * *
3141 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTTTTAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* ********* * * *
3205 TCAATTATAATCTGNNNNNNNNNNAAATGTATAAAGAATTCAAATTAAAA-CTAATTTTGAGATT
66 TCAATTATAGTCTG-TTTTAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATT
* * * *
3269 ACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATGA
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * *
3312 GTGACTAT--GT--ACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCA--TTTCTCTTAAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC--AAGGTAGAC
* * * * * * * *
3371 ATTCAATTA-CGATCTATTTAAACCAGAAATGTAAAAAAATTTACCAT-AAATCAATTTTGAGAT
64 ATTCAATTATAG-TCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** *
3434 AATAAAACCATTTACAA-AGAGTAACAAGGCTTTTGAAAAAATAA
127 TATAAAACCATTTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * *
3478 GTGACTATAAATAGAC--TT-TTACC-ATGAATGCGTTTTTC-TC-CATATCTC--GGTAAACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-
* * * *
3535 TTC-ATTATTA-TATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGGTT
65 TTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
3597 ATAAAACCATTTAAAGTGTGTAAGAATGCTTTTGAACGAATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * *
3640 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTC-AAGAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACA
* * * * * **
3704 TTC-ATAAATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGANN
65 TTCAAT-TATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********* * * *
3768 NNNNNNNNTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATTA
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * * * *
3811 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAGTGAATTCCTTTTTCTTCATG-TTCTTAAGATAAACTT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * *
3875 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGTT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *******
3940 TATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNN
127 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
*** * * * ** *
3984 NNNACTATAAATAGACTTTGCTTTCCAATGAATG-CTGTTTTCTTCACGTTTCTTAATTTATACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* ** * *
4048 TTCAATTGTAG-CATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAATTCAGTTATGAGATT
65 TTCAATTATAGTC-TGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
4112 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGA
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
** * * * * * **
4155 AAGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCACTAAATGGCTTTTGC-T-ACGTATTTCTTGAGGTA-A
1 GTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG--TTTCTCAAGGTAGA
* *
4216 GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAGAATGAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
63 -CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** *
4280 ATTCTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAAAAATCA
125 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * *
4326 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTA-ACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-TAGAC-
* * * * * *
4390 ATT-AATTATAAT-T-TTTTAACCAAACTATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
4452 TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCA
129 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * * *
4494 GAGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTCTCTTTACGTTTATTGAA-GTAGAAA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGACA
* * * *
4558 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACTAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGAT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA--AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
4623 AATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
127 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
** * * * ** * * *
4667 GTGACTGCCAAA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAAATA
1 GTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* ** * ** *
4731 TTCAATTCTAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAAAAATTTTGAGATTA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
4796 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATTG-
129 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGA
* ** * *
4838 GTGACTATAAAT-GAACGTTTT-TTACCAATGAATGATTTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGTAAA
1 GTGACTATAAATAG-AC-TTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
4901 CATTCAATTATAATCT-TTTTAAGCCAAACATATAAAAAAATT-AATTTAAAATCAATTATGAGA
63 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * *
4964 TTATAAAAGCA-TTAAAGGCGAGTAATAAAGCTTTAAAAGTAAAGG
126 TTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * *
5009 GTGACTATAAATTGACTTTTCTCGCCAATGGATGCATTTGTT-TCCACATTTCTCAAGGTAAACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *** * * * *
5073 TTCAATTATAGTCTCTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGCT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTT-A-ACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
5138 AATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAA
127 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * *
5182 GTGACTATAAATGGACTTTGT-TTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGACA
1 GTGACTATAAATAGACTTT-TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * *
5246 TTCAATTATAAT-TTTTTTAACTAAAACTGTAAAAATATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * **
5310 TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAATAATTG-
129 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGA
* * * * ** **
5352 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATTCCTTTTTCTTAATATTTCTTGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* ** *
5417 TCAATT-TAGTCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATCATGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
5481 AAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTCAAGGAAT-A
130 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * *
5521 GGTGACTATAAAAAGACTTTT-TTACCAATGAATGCTTTTTTTCATCACGTTTCTCAACGTAG--
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC
5583 A--C-ATTA-AG-C-------A-AAAAATG-AAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
5634 ATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * *
5677 GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCTTGAA-GTGGACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGACA
*
5741 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAA
5779 ATTGAACATA
Statistics
Matches: 2445, Mismatches: 549, Indels: 283
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 7 0.00
155 105 0.04
156 111 0.05
157 6 0.00
158 1 0.00
159 6 0.00
160 6 0.00
161 16 0.01
162 90 0.04
163 3 0.00
164 3 0.00
165 13 0.01
166 94 0.04
167 33 0.01
168 188 0.08
169 47 0.02
170 477 0.20
171 687 0.28
172 174 0.07
173 330 0.13
174 48 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
Found at i:4601 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 3526--5778 Score: 1872
Period size: 683 Copynumber: 3.3 Consensus size: 679
3516 TCCATATCTC
* * * *
3526 GGTAAACATTTC-ATTATTATATGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATT
1 GGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATGATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATT
* * * * * **
3589 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAAGAATGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGG
64 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTAGAAAAAATGGGTGACTATAAATGG
* * * ** * *
3654 ACCTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCAAGAGG-TAGACATTCATAAATAATAT
129 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTA-ACATTAAT-TATAATAT
* * ***********
3718 ATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNTTTTAAA
192 ATTTTAACCAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
3783 GCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAGTGAATTCCT
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * *
3848 TTTTCTTCATGTTCTTAAGATA-AACTTTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGA
321 TTTTCTTTACGTTTTTAAGATAGAA-ATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGT--AAA-A
*
3912 AAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
381 AAATTGAACT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
********** * * *
3977 NNNNNNNNNNACT-ATAAATAGACTTTGCTT-TCCAATGAATG-CTGTTTTCTTCACGTTTCTTA
445 GGAATGGGTGACTGACAAA-AGACTTTGCTTGT-CAATAAATGCCT-TTTTCTTCACATTTCTTA
** * * * *** *
4039 ATTTATACATTCAATTGTAGCATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAATTCAGTT
507 AGGTAAACATTCAATTCTAACATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAAAAAATT
*
4104 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAA-GAA-TGAAAGACTATAAAT
572 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTT-AAAGGAATTG-AAGACTATAAAT
* ** * **
4167 GAGC-TTTTCTTGTCACTAAATG-GCTTTTGCTAC-GTATTTCTTGA
635 GAACGTTTT-TTACCAATAAATGAGCTTTTGCTACAG-ATTTCTCAA
* * * *
4211 GGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAGAATGAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA
1 GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AATGATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA
* * * **
4276 TGAGATTCTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAAAAATCAGTGACTATAAATGGA
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTAGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGA
**
4341 CTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTAACAATTAATTATAAT-T-
130 CTTTTCTTGCCAATGAATG-CATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTAAC-ATTAATTATAATATA
* * * *
4403 TTTTAACCAAACTATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGC
193 TTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
4468 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATAAATGCCTTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* *
4533 CTCTTTACGTTTATTGAAG-TAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACTAA
323 TTCTTTACGTTT-TT-AAGATAGAAATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAA--AA
*
4597 ATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTT-ACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
383 ATTGAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAC-GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
4661 GAATGGGTGACTGCCAAAGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGT
446 GAATGGGTGACTGACAAAAGACTTTGCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGT
* * * ** * *
4726 AAATATTCAATTCTAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAAAAATTTTGA
511 AAACATTCAATTCTAACATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAAAAAATTATGA
* **
4791 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGAACGT
576 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATTGAAGACTATAAATGAACGT
* ** * * *
4856 TTTTTACCAATGAATGATTTTTTTCTTCAGGTTTCTCAA
641 TTTTTACCAATAAATGAGCTTTTGCTACAGATTTCTCAA
*
4895 GGTAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAAGCCAAACAT-ATAAAAAAATTAATTTAAAATCAATT
1 GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAA-ATGATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATT
* *
4958 ATGAGATTATAAAAGCA-TTAAAGGCGAGTAATAAAGCTTTA-AAAGTAAA-GGGTGACTATAAA
64 ATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAAGCTTTAGAAA--AAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
5020 TTGACTTTTCTCGCCAATGGATGCATTTGTT-TCCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAG
126 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTT-TTCTTCACATTTCTCGAGGTTAACATT-AATTATAA
* * ** *** * * *
5084 TCTCTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGCTAATAAAACCAT
189 TATATTTT-A-ACCAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCAT
* *
5149 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTGT-TTGCCAATGA
251 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTGCCAATGA
* * * * * *
5213 ATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATTTTTTTAACTAAAACTGTAA
315 ATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TTAAGATAGAAATTCAATTATAATTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * * * * * * *
5278 AAATATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTA
379 AAAAATTGAA-CTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * * * * *
5343 AAATAATTGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTT-ACTAATGAATTCCTTTTTCTTAATATTTCTT
443 AAGGAATGGGTGACTGACAAA-AGACTTTGCTTGTC-AATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTT
* * * * ** ** **
5406 GAGGTAGACATTCAATT-TAGTCA-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAA
506 AAGGTAAACATTCAATTCTA-ACATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAAAAAA
* * * * * * **
5469 TCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTCAAGGAATAGGTGACTATAAA-
570 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATTGAAGACTATAAAT
* * **
5533 AAGAC-TTTTTTACCAATGAAT--GCTTTTTTTCATCACG-TTTCTCAA
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* * * *
5578 CGT--AGA--C-A-T-TAA---G---CAA--AAAATGA-AAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTA
1 GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTA
* * * **
5627 TGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA-AAAGAATGGGTGACTATAAATAA
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTAGAAAAAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * ** *
5691 ACTTTTCTTGCCAATAAATGGC-TTTCTCTTCACGTTTCTTGAAGTGGACATTCAATTATAATCT
129 ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTAACATT-AATTATAATAT
* *
5755 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
192 ATTTTAACC-AAAATATAAAAAAA
5779 ATTGAACATA
Statistics
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GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTAGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTAACATTAATTATAATATATTT
TAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
TTTACGTTTTTAAGATAGAAATTCAATTATAATTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACT
AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
CTGACAAAAGACTTTGCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAA
TTCTAACATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAAAAAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATTGAAGACTATAAATGAACGTTTTTTACCAA
TAAATGAGCTTTTGCTACAGATTTCTCAA
Found at i:5165 original size:515 final size:512
Alignment explanation
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3119 NNNNNNNNNN
* * * *
3129 TGAAGGAATCGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA-AGTTTT
1 TGAAGGAAT-GAGTGACTATAAA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATA-TTTC
* ********** * *
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* * **
3256 TAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAA-TGAGTGAC--T
126 -AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAAAAATTG-GTGACTAT
* ** ** *
3318 --ATGTACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAT-TTCTCTTAAGGTAGACATTCAATTA
189 AAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTT-TCTCGAGGTAAACATTCAATTA
** * * * * * * *
3380 CGATCTATTTAAACCAGAA-ATGTAAAAAAATTTAC-CATAAATCAATTTTGAGATAATAAAACC
253 TAATCT-TTTTAACCA-AACATATAAAAAAATTAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAAGC
* * * * * *
3443 ATTTACAA--AGAGTAACAAGGCTTTTGAAAA--AATA-AGTGACTATAAATAG-ACTTT-T-AC
315 ATTTA-AAGGCGAGTAATAAAGC-TTT-AAAAGGAA-ACAGAGACTATAAATAGAATTTTCTCGC
* * * * * * * * **
3500 C-ATGAATGCGTTTTTC-TC-CATAT-CTC-GGTA-AACATTTC-ATTATTATATGTTTTAACCA
376 CAATAAATGCATTTCTCTTCACATTTACTCAAGTAGAA-A-TTCAATTATAATCTCTTTTAAAAA
* ** * * * * * *
3558 AAAATGTAAAA-AATTTA-G--CTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGTGTA
439 AAAATATAAAACAA-AAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* *
3619 AGAATGCTTT
503 ATAAGGCTTT
* * * ** * * * *
3629 TGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTC-A
1 TGAAGGAATGAGTGACTATAAA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTT
* * * *
3693 AGAGGTAGACATTC-ATAAATAATATATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTTCAACTTAAAATC
65 A-AGGTAAACATTCAAT-TATAA-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATC
* *********** * ** ** *
3756 AATTATGAGANNNNNNNNNNTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATTAGTGACTATAA
126 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAAAAATTGGTGACTATAA
* * ** * *
3821 AT-AGACTTTTCTTACTAGTGAAT-TCCTTTTTCTTCATG-TTCTTAAGATAAACTTTCAATTAT
191 ATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGT-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * * * * *
3883 AATATGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAAC
254 AATCT-TTTTAACCAAACATAT--AAA-AAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAG
* * * ** ********** * * **
3948 CATTT-AACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNACTATAAATAGACTTTGCTTTCCAA
314 CATTTAAAGGCGAGTAATAAAGCTTTAAAAGGAAACAGAGACTATAAATAGAATTTTCTCGCCAA
* * * * * * * * * * *
4012 TGAATGC-TGTTTTCTTCACGTTT-CTTAATTTATACATTCAATTGT-AGCATGTTTTAACAAAA
379 TAAATGCAT-TTCTCTTCACATTTACTCAA-GTAGAAATTCAATTATAATC-TCTTTTAAAAAAA
* *** * * * * * * * *
4074 AATA-CAAA-AAAATTCAACTTAAATTCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
441 AATATAAAACAAAAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*
4137 AGGATTT
506 AGGCTTT
* ** * * * * * *
4144 TGAAAGAATGAAAGACTATAAATGAGCTTTTCTTGTCACTAAATGGCTTTTGCTACGTATTTCTT
1 TGAAGGAATGAGTGACTATAAAGGA-CTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTT
* * * * * *
4209 GAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAGAATGAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
65 AAGGTAAACATTCAATTATA-ACTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * **
4273 TTATGAGATTCTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTAGAAAAAATCAGTGACTATAAA
128 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTA-AAAAAATTGGTGACTATAAA
* * *
4337 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTAACAATT-AATTATAA
192 TGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAAC-ATTCAATTATAA
* *
4401 T-TTTTTAACCAAAC-TATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAGCCATTT
256 TCTTTTTAACCAAACATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAG-CATTT
* ** * *
4463 AAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATAAAT
319 AAAGGCGAGTAATAAAGCTTTAAAAGGAAACAGAGACTATAAATAGAATTTTCTCGCCAATAAAT
* * * * * * ** *
4527 GCCTTTCTCTTTACGTTTATTGAAGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
384 GCATTTCTCTTCACATTTACTCAAGTAGAAATTCAATTATAATCTCTTTTAAAAAAAAATATAAA
* ** * *
4592 ACTAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTT
449 ACAAAAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* **
4656 TGAAGGAATGGGTGACTGCCAAAGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTT
1 TGAAGGAATGAGTGACT-ATAAAGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTT
* * * **
4721 AAGGTAAATATTCAATTCTAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAAAAAT
65 AAGGTAAACATTCAATTATAA-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
**
4786 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATG
129 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAAAAATTGGTGACTATAAATG
* * *
4851 AACGTTTT-TTACCAATGAATGATTTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
194 AAC-TTTTCTTACCAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAT
*
4915 CTTTTTAAGCCAAACATATAAAAAAATTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCA-TTAA
257 CTTTTTAA-CCAAACATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAA
* ** * * * **
4979 AGGCGAGTAATAAAGCTTTAAAAGTAAAGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTCGCCAATGGATGC
321 AGGCGAGTAATAAAGCTTTAAAAGGAAACAGAGACTATAAATAGAATTTTCTCGCCAATAAATGC
* *
5044 ATTTGT-TTCCACATTT-CTCAAGGTA-AACATTCAATTATAGTCTCTTTTAATAAAAAAATATA
386 ATTTCTCTT-CACATTTACTCAA-GTAGAA-ATTCAATTATAATCTCTTTTAA-AAAAAAATATA
*
5106 AAA-AAAAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGCTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
447 AAACAAAAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
5170 T
512 T
* * * * * *
5171 TGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTGT-TTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTCT
1 TGAAGGAATGAGTGACTATAAA-GGACTTT-TCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCT
* * * * * * * * *
5235 CAAGATAGACATTCAATTATAATTTTTTTAACTAAAACTGTAAAAATATTCAATTTAAAATCAAT
64 TAAGGTAAACATTCAATTATAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
5300 TTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAATAATTGGTGACTATAAAT-
129 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAAAAATTGGTGACTATAAATG
* * * * * *
5364 AGACTTTTCTTACTAATGAAT-TCCTTTTTCTTAATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATT-TAGT
194 A-ACTTTTCTTACCAATGAATGT-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
5427 CAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTA
257 C-TTTTTAACCAAACATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTA
* * * ** * * * * ** *
5492 AA-GTGAGTAGTAAGGCTTTTCAAGGAATA-GGTGACTATAAAAAGACTTTT-TTACCAATGAAT
320 AAGGCGAGTAATAAAGCTTTAAAAGGAA-ACAGAGACTATAAATAGAATTTTCTCGCCAATAAAT
* * * * * *
5554 GCTTTTTTTCATCACGTTT-CTCAACGTAG--A--C-A-T-TAA--GC-------AAAAAAT-GA
384 GC-ATTTCTCTTCACATTTACTCAA-GTAGAAATTCAATTATAATCTCTTTTAAAAAAAAATATA
**** * * * * *
5601 AAA-AAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
447 AAACAAAAAGGAACATAAAATAAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
5665 T
512 T
* * * ** * * * **
5666 TAAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCTT
1 TGAAGGAATGAGTGACTATAAA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTT
**
5731 GAA-GTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
65 -AAGGTAAACATTCAATTATAA-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
5779 ATTGAACATA
Statistics
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0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (512 bp):
TGAAGGAATGAGTGACTATAAAGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTA
AGGTAAACATTCAATTATAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAAAAATTGGTGACTATAAATGAA
CTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTT
TTAACCAAACATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGGCG
AGTAATAAAGCTTTAAAAGGAAACAGAGACTATAAATAGAATTTTCTCGCCAATAAATGCATTTC
TCTTCACATTTACTCAAGTAGAAATTCAATTATAATCTCTTTTAAAAAAAAATATAAAACAAAAA
GGAACATAAAATAAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
Found at i:5742 original size:155 final size:154
Alignment explanation
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5428 AGTTTTAACT
** *
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1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
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66 AAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAAAAAGACTTTTTTACCAATAAATGC-TTTTCTCATCA
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130 CGTTTCTCAACGTAGACATTAAGCA
* *
5593 AAAAATG-AAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
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65 TAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAAA-AAGACTTTT-TTACCAATAAAT-GCTTTTCTCA
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5730 TGAAGTGGAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAAAAAGACTTTTTTACCAATAAATGCTTTTCTCATCAC
GTTTCTCAACGTAGACATTAAGCA
Found at i:10802 original size:173 final size:171
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9945 NNNNNNNGGC
* * * **
9955 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAA-TATTTTTACAGCTTTGGTTAAAACAAATTATAA
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* * * * * * *
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** * *
10083 TCACTTATTTCCTTT-AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGAT
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* * * * ** * * *
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1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAT
* * * * * *
10191 AATTGAATGTTTACCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAATGCATCCATTGGCAGGAAAAGTCAATTTA
64 AATTGAATGTCTA-CTTCGAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
10428 AGTTATCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
128 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * ** **
10472 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTACGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTATAA
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* * * * *
10536 TTGAATGTTTATCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACA
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* * *
10600 GTCACACATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGT
129 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
10643 TTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
* * * * * **
10708 ATTGAACGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAGAAAGCCATTTATTGGTAAAAAAAGTGTATTTATA
65 ATTGAATGTCTACTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
10773 GTCACCCATTTTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCCTGAAATGGT
129 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
10816 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTT-C-TATTTT--TT---GC--------
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAAATTATA
* *
10865 -TT-AATGTCTACCTCGAGAAACATGATGAA-AAAAAGCATTCATTGGTAA-AAAAGTCCTTTTA
65 ATTGAATGTCTACTTCGAG-AA-ATG-TGAAGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
10926 TAGTCACCTATTCTTTGAAAAGCCTTACTATTCACTTTAAATGGT
127 TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
** * * * * *
10971 TTTATAATCTCATGATTGATTTTAAG-TCAAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACTAACTA-AA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAA
* * ** *
11034 TTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAAAATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA
66 TTGAATGTCTA-CTTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
11098 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
129 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
11124 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 799, Mismatches: 154, Indels: 91
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 3 0.00
155 90 0.11
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158 6 0.01
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165 1 0.00
167 4 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAA
TTGAATGTCTACTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
Found at i:13970 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13428--14238 Score: 686
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
13418 NNNNNNNNNN
* * * ** *
13428 TTTATAGTCATCGATTGC-TTCAAAAGCCTTATTACGT-ACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAA
1 TTTATAGTCACCTATT-CTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATA
* * * * *
13491 ATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTACACTTTTT-GTTAAAA-AGGTTAT-ATCTGAATGTCTAC
64 ATTAATTTTAAG-TAAATTATTTTTACA-TTTTTAATTAAAATAGATTATAAT-TGAATGTCTAC
** * ** *
13552 CTTGTGGAACGTG--GAACAAAAGCCA-TCTATTAG-AACGAAAAGTCCA
126 CTCATGAAATATGAAGAA-AAAAG-CATTC-ATTGGCAA-GAAAAGTCCA
* ** * * *
13598 TTTATAGTCACTTAGGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAACAAT
1 TTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
* * * * * *
13663 TAATTTTAAGTCGAATTATTTATA-TTTTTTATTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCT-T
66 TAATTTTAAGT-AAATTATTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * *
13726 TAGAAACATGAAAAAAAAAGCCTTCATTGGCAA-AAAAATCCA
130 T-GAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
13768 TTTATAGTCACCTATTCTTTCCAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
* * * *
13833 TAATTTTTAGTAAAATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCA
66 TAATTTTAAGT-AAATTATTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
13898 TGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGTAAGAAATGTCCA
130 TGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
13940 TTTATAGTCACCTATTCGTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
1 TTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
** * * * * *
14005 TGCTTTTAAGCTAAA-T-TTTTTACATTTTTGATAAAAATAAATTACAATTAAATGT-TGACCTC
66 TAATTTTAAG-TAAATTATTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTC
* *
14067 GA-AAAATATGAAGAAAAACA-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
129 -ATGAAATATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
14110 TTTATAGTCACCAATTTTTTTAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
* * * * * *
14175 TAATATTATGTTTAATTATTTTTACATTTTTGATTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
66 TAATTTTAAG-TAAATTATTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 100, Indels: 42
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 288 0.55
171 94 0.18
172 124 0.24
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
TAATTTTAAGTAAATTATTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAT
GAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
Found at i:14113 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 13588--14234 Score: 784
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
13578 CTATTAGAAC
* * ***
13588 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAGGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGGCGTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
13653 AACTAACAATTAATTTTAAGTCGAATTATTTATATTTTTTATTTAAAATAGACTATAATTGAATG
66 AACTAACAATTAATTTTAAGTCAAATTATTTACATTTTTGATTAAAAATAAACTACAATTAAATG
** * * * *
13718 TCTACCTTTAGAAACATGAAAAAAAAAGCCTTCATTGGCAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTAT
131 TCTACCTCGAAAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAACCCATTTATAGTCACCAAT
* * * *
13783 TCTTTCCA-AAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTAAT-TTTTAGTAA
196 T-TTTCCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATATTAT-GTAA
* * *
13846 AATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAATATGAAGA
259 AATTATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAATATGAAGA
13911 AAAAGGCATTCACTAGTAA
324 AAAAGGCATTCACTAGTAA
* **
13930 GAAATGTCCATTTATAGTCACCTATTCGTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGGCGTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * *
13995 AACTCATAATTGCTTTTAAG-CTAAATTTTTTACATTTTTGA-TAAAAATAAATTACAATTAAAT
66 AACTAACAATTAATTTTAAGTC-AAATTATTTACATTTTTGATTAAAAATAAACTACAATTAAAT
* * *
14058 GT-TGACCTCGAAAAATATGAAGAAAAACA-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
130 GTCT-ACCTCGAAAAACATGAA-AAAAAAAGCATTCATTGGCAA-AAAAACCCATTTATAGTCAC
** * * *
14121 CAATTTTTTTAGAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTAATATTATGT
192 CAATTTTTCCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATATTATGT
** * *
14186 TTAATTATTTTTACATTTTTGATTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
257 AAAATTATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
14235 CCTC
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 46, Indels: 12
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 49 0.19
342 200 0.79
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGGCGTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATA
AACTAACAATTAATTTTAAGTCAAATTATTTACATTTTTGATTAAAAATAAACTACAATTAAATG
TCTACCTCGAAAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAACCCATTTATAGTCACCAAT
TTTTCCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATATTATGTAAAA
TTATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAATATGAAGAAA
AAGGCATTCACTAGTAA
Done.