Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018397477.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2380.0, whole genome shotgun sequence

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Warning! 30 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:313 original size:171 final size:171

Alignment explanation

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AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCATG 127 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATG * * * * * 13855 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGACTATAACTTGAA- 1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT * * * * * * 13919 TTTTTTTATATTTTTTGTT-AAACATATTACAGTTGAATGTCTGCC-TAAGGAAACATGAAGAAA 66 TTTTTTTA-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAA * ** * * 13982 GAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CGATTTATAGCCACCCAAG 129 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCATG * * * 14025 CCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA-CCCA-ACATTTGACTTTAAGTTGA 1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-A-TTGACTTTAAGTTGA * ** * * ** * 14088 A-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAGA 64 ATTTTTTTTAATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA * * * * 14152 AAGATATTCATTGACGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCGCCTATG 129 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATG * 14195 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA 1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA Statistics 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Indices: 3--14221 Score: 10985 Period size: 341 Copynumber: 41.6 Consensus size: 338 1 TA * * * ** 3 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAACTACAAT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT * * * * * 68 TTTTTTACATTTTTTATTAAAAAATATTATAGTTGAATGTCTACC-TAACGAAACATGAAGAAAG 66 TTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAA ** * * * 132 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCTAATTTATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC 129 AGATATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC * ** * * * * * * * 197 TTTAATTGCCTTTCTAACCCCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTTTAATTTTTGGTTAAAAT 193 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAAC * * * * ** ** * ** 262 GGATTATAGTTAAATATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAGAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTC 258 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC * * * 327 CATTTATAATCACCCATA 321 CATTTATAGTCACCTATG * * ** * 345 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-TGCATAATTGACTTTAGGCAGAT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGACTTTAAGTTGAA ** * * * 409 TTTTTTCTCATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAA 65 TTTTTT-TCATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA * *** * * * * *** * * 474 AG-TGATTCGTTGG--TTTAAAG----TTATAGTTAACCATACCTTTGAAAATTTTTTTACTCAC 129 AGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC * * * * * * 532 TTTAAATGCTTTGATAATCTCATAGTTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTTATTAACA 193 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAA * * * * * * * * 595 TAAATTATAATT-AATTTTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG 257 CAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACAT-AA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG * * * * 659 TCCATATGTAGTTACCTATA 319 TCCATTTATAGTCACCTATG * * * * * 679 CCTTCCAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA-A * * * * * 744 TTTTTTTCA-TTTTTATTCAAAACATACTATAATGGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGAGAA 65 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AGATTATAATTGAATTTTTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCCAGAAAAGTC 258 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC * * 4079 TATTTATAGTCACCCATG 321 CATTTATAGTCACCTATG * * * * * * * 4097 CATTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTG-GTTTGAAGTTGAA 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA * * * 4161 TTTTTATACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATTTCTACCTTG-GAAAACATGAAGAAA 65 TTTTT-TTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAA ** * * * * * * * 4225 AAGATATTCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCTATGGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCA 128 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG * * * * * * * 4290 CTTTTAATAGTTTTATAATGTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTCTGGTCAAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATTTTTTGTTAAA * * * ** ** * 4355 ACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG 256 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG * * * 4420 CCCATTTGTAGTCATCCATTTG 319 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* * * * 4846 TTGTTTTTCATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAAT-TTTA-CTTCGAAAAACATGAAGAAA 65 TT-TTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAA * * * * 4909 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCATTTTTACTCA 128 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG * * *** * 4974 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGA-TTTAAAGTTAAATTTTTAAACATTTTTTATTAAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAA * * * * ** 5038 ATAGATTATAATTGAATATCTACCT-TAGAAAACATAAAGAAAAATATATTCATTTTCAAGAAAA 256 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACAT-AA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA * 5102 GTCCATTTATATTCACCTATG 318 GTCCATTTATAGTCACCTATG * * * 5123 CCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTAACTTTAAGTTGAAT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA- * ** * * * * 5188 TTTTTTTTTATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAAGATGAAGAAAA 65 -TTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA ** * * *** * * 5253 AGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTGTAGTCATTTATGCGTTCGAAAGCCCATT-TATAGT 129 AGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CC-TTAT-TACT * * ** * * * * * * * ** ** 5317 CAC--T-CATGCGTTCGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATG-GTTTTATAACCTCA-TACTT 190 CGCTTTAAATG-GTTTTATAA-TCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTT-T--TTTCATTTTTT ** * ** * ** ** * * 5375 GATT-TGA-AG-TTAAATATTTTTATAT-T-TTTCATTAAA-ATAAATTATAATTGAATATTTAC 250 G-TTAAAACAGATT--ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAA--A-AA-AG-ATATTCA- * * * *** * * 5434 CTGG--GGAAACA-TGCAGAAAAAG--A--TATT 306 TTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATG * * * * * * * * 5461 CATTGGCAAGAAATG-TTTATTTACACTCACCTATGCCTTCAAA-AGCTTTATTACTCGCTTTAA 1 CCTT--C-A-AAA-GCCTTA-TT--ACT---C---G-CTTTAAATGGTTTTA-TAATCTC-ATAA * ** * * ** * ** *** * * * *** 5524 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTCACTTTTGTTTAAAAAAAAAT- 49 TTGACTTTA-AGT-T--GAATT-TTTTTCA-TT-TTTTATTAAAAC---AGATTATAATTGAATG * * * * * * *** * 5588 TATA-ATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATGA-AGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCA 104 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CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTAGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAC 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT-TAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAA * * * 6094 ACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCGATAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCTGGCAAGAAA 256 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AA-AAAAAGATATTCA-T-TGGCAAGAAA * 6159 AGTCCATTTATAGTCACCCATG 317 AGTCCATTTATAGTCACCTATG * * * * * 6181 CATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGA-TTTGAAGTTGAA 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA ** * * 6245 TTTTATTGGATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTA-CTTGGGGAAACATGAA-AAA 65 TTTT-TTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAA * * * * * * 6308 AAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAGTTATACTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG 128 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG * * * * * * * ** * 6373 CTTTAAATGGTTCTATAACCCCACAATAGACATTAAGCT-AATTTTTTTTCATTTTCAGCTAAAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAA * * * * ** 6437 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******** * * * 7268 TTTTTT-ANNNNNNNNNNTAAAACAGATTTTAATTGAATGTTTA-CTTGAGAAAATATGAAGAAA 66 TTTTTTCA--TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAA * * * * ** 7331 AAGATATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAATTCTTATTACTCG 128 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG * * 7396 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTGTTTTC-CTTTTTGTTTAAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTG-TTAAA * ** * * ** * 7459 ACAAATTATAATCAAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG 256 ACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACAT-AAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG * 7523 AT-CATTTATAGTCA-CTCATA 319 -TCCATTTATAGTCACCT-ATG * * * 7543 CATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGA-TTTGAAG-TGAA 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTG-A * * * * * * ** 7606 ATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTACAAATAAATGT-TAACCTTGGGAAATGTGAAGAA 64 ATT-TTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAA 7670 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* * 9313 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTCAATGTGTA-CATGGGAAAACGTGAAGAAAA 66 TTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAA * * * * ** 9377 AGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC 129 AGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC ** * 9442 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTACTTTCATTTTTAGTTAAAAC 193 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAAC * * * * * 9506 AAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAG-TCATTGATTGGCAAGAAAAGCC 258 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AAAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC * * 9570 CATTTATAGTCACCCATT 321 CATTTATAGTCACCTATG * * * 9588 CATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTG-CTTTGAAG-TGAA 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTG-A * * * * * * * 9651 ATTGTTTTACAGTTTTTATTAAAACAGATTACAAATGAATGTCAACATT-AGGAAATATGAAGAA 64 ATT-TTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAA * * 9715 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ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG * * * * * * 10966 CCTTCCAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGATTTGATAATCTCATAATTGA-TTTGAAATTGAA 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA * * * * ** * 11030 TTTTTTTGCATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATC-TCAGGAAATGTGATGAAA 65 TTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAA * * * * * * * * 11094 AAGATACTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACCTATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCA 128 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG * * * * * 11159 TTTTAAATGATTTCATTATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-------T-GTTTTTT-TTAAAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAA * * * * * * * * 11215 TAGATTATAATTAAATGTCTACCAT-GAGAAACGTAAAGAAAAAATATTTATTAGCAAGGAAAGT 257 CAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATAAA-AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT * * 11279 CCACTTATAAAT-ACCTATG 320 CCATTTAT-AGTCACCTATG * ** * 11298 CCCTCAAAAGCCTTATTGTTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT * ** * ** 11363 TTTTTTAAATTTTTTACCAAAACAGTTTATAATTGAATGTCT-CTCTCAAGAAACATGAAGAAAA 66 TTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAACATGAAGAAAA * * * * * * 11427 AGATATTTATTCGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCCAAAGCCTTATTACAT-G 129 AGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCG * * 11491 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTC-TTTTTTGTTAAAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAA * * * * * * * 11554 TAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAAAAAAAGGTCATTCATTAGTAAGAAAAG 257 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT--AAAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAG * 11619 TCCATTTATAGTCACCCATG 319 TCCATTTATAGTCACCTATG * * * * * 11639 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT * * * * * * 11704 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAAATGAATGTCTACC-TCAGGAA-ATGTGAGAAAA 66 TTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAG-AAA * * * * * * * * * 11767 AATATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAATCACCTATGCCTTCCAAAGACTTATTAATCA 128 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG * * * * * * 11832 TTTTTAATAGTTTTATAATGC-CAGAAATGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ATTTTTGGTTAAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAA * * * * * 11894 ACAGATTACAATTGGAT-TCCAACCTC-AGAAA-ATGTGAAAAAAA-AAATTCATTGGAAAGAAA 256 ACAGATTATAATTGAATGT-CTACCTCAAGAAACA--T-AAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAA * * * 11955 AGTCTATTTATATTCACCTTTG 317 AGTCCATTTATAGTCACCTATG ** * * * * * * * 11977 TTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTCACTTAAAT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT * ** * * * * * *** 12042 TTTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGATTACAGTTGAATGTCTGCC-TAAGGAAGTGTGAAGAAAA 66 TTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAA * * * 12106 A-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCTCCCAAGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTC 129 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CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT * * * * * * * * 13408 TTTTTTACA-TTTGTAGTTAAAACATATTACAGTTGAATGTGTACC-TAAGGAAACCTGAAGAGA 66 TTTTTT-CATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAA ** * * * * 13471 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAACCCTTATTACTCG 128 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG * * * * * 13536 CTGTAAATGGTTTTATAATCTC--AATTGATTTTTGAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTATTAA 192 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAA * * * * 13599 AACAAATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA 255 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA * 13664 GTCCATTTATAGTCACCCATG 318 GTCCATTTATAGTCACCTATG * ** * * * * * * 13685 CATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATATTATAATCTCATACTT-AATTTCAAGTGGAA 1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA * * * * * * * 13749 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Indices: 5271--5336 Score: 105 Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30 5261 ATTGGCAACA * * * 5271 AAAGCCCATTTGTAGTCATTTATGCGTTCG 1 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCGTTCG 5301 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCGTTCG 1 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCGTTCG 5331 AAAGCC 1 AAAGCC 5337 TTATTACTCA Statistics Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0 0.92 0.08 0.00 Matches are distributed among these distances: 30 33 1.00 ACGTcount: A:0.27, C:0.24, G:0.18, T:0.30 Consensus pattern (30 bp): AAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCGTTCG Found at i:5466 original size:201 final size:202 Alignment explanation

Indices: 5099--5469 Score: 460 Period size: 201 Copynumber: 1.8 Consensus size: 202 5089 ATTTTCAAGA * * * * * 5099 AAAGTCCATTTATATTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT 1 AAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC * * * * ** * * 5164 GTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGT 66 CTCATAATTAACTTTAAGTTGAAATATTTTTATATTTTTCATCAAAACAAACTATAATTGAATAT * * * 5229 ATACCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTGTAGTCATTTAT 131 ATACCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTGTAGTCATTTAT 5294 GCGTTCG 196 GCGTTCG * * 5301 AAAGCCCATTTATAGTCA-CTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA 1 AAAGCCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA * * * * * 5365 CCTCATACTTGA-TTTGAAGTT-AAATATTTTTATATTTTTCATTAAAATAAATTATAATTGAAT 65 CCTCATAATTAACTTT-AAGTTGAAATATTTTTATATTTTTCATCAAAACAAACTATAATTGAAT * * * * 5428 ATTTACCTGGGGAAACATGCAGAAAAAGATATTCATTGGCAA 129 ATATACCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA 5470 GAAATGTTTA Statistics Matches: 140, Mismatches: 27, Indels: 5 0.81 0.16 0.03 Matches are distributed among these distances: 201 72 0.51 202 68 0.49 ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38 Consensus pattern (202 bp): AAAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC CTCATAATTAACTTTAAGTTGAAATATTTTTATATTTTTCATCAAAACAAACTATAATTGAATAT ATACCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTGTAGTCATTTAT GCGTTCG Found at i:10757 original size:13 final size:13 Alignment explanation

Indices: 10739--10764 Score: 52 Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13 10729 ATGTGAAGAA 10739 AAAGATGTTCATT 1 AAAGATGTTCATT 10752 AAAGATGTTCATT 1 AAAGATGTTCATT 10765 GGTAAGAAAA Statistics Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 13 13 1.00 ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.15, T:0.38 Consensus pattern (13 bp): AAAGATGTTCATT Done.