Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399502.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2762.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3838
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.11, T:0.32
Warning! 489 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1556 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1153--3599 Score: 2157
Period size: 171 Copynumber: 14.3 Consensus size: 172
1143 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1153 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTTTAAGAAATAGT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGG
* * * * ** * *
1218 TGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAA-GAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGAT-GCACT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG-ACA
* * *
1281 TTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATG-ACAAAAAAATTGAA
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAAATTCAA
* * * * * *
1325 CTTAAAATCAATTTTAAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TTTTAAAGGAATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGAATGG
* * ** * * * * *
1389 GTGACTAT-AATGGACTTTTGTTGCTAATGAATGCAGATTTT-TTAATATTTCTCGAGGCACACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
1452 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATTCAA
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * *
1495 CTTAAAATCAATTATG-GAATTAT-AAACCTATTTAAAATAAGTAATAAGACATTTGAAGGAATA
1 CTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * * * *
1558 GGTTACTGTAAATAGACTTTT-TTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAAGCAGAC
64 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* *
1622 ATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAACAATTCAA
128 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * ** * *
1667 CATAAAATCAATTACGACTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAA-TGG
* * * * * * * * *
1732 G-AACTATAAATGAATTTTTTTTGCCAATTAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAAAAA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AGACA
* * * *
1796 TT-AATTATAG-CTTGTTTTATCCAAAATTGTAAAAAAAACTCAA
129 TTCAATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * *
1839 GTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AAAAGTG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATG-G
* * * * * * * * * *
1903 ATGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGACTCCCTTTTTCATCGTGTTTCCTGATA--TATAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCA-AGGTAGAC
* * * * * * *
1966 ATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATCAAAAAAATTGAA
128 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * * *
2011 CCTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAG-GTTTTCGAA-AAACTG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTT-GAAGGAA-TG
* ** * * *
2074 GGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAA-ATAGAAA
64 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * **
2137 TTCAATTATTGTTTGTTTTAACCAAGAATAT-AAAACCATTCAA
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * ** * *
2180 CTTAAAATCATTTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATG-CATTTGAAGGAATGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGAATGG
* * ** * *
2244 GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATACACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
2308 TTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGT-CAAAACATTGAA
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * * *
2351 GTTAAATTCAATTTTAAGATT-TAAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTTGAAGAAATG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGAATG
* * ** ** * *
2414 GGTGATTAT-AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAGATA
64 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * **
2478 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATG-CAAATCAATTCAA
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* ** * *
2521 CTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACATTTGAAAGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGG
* ** *
2586 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGAATTTTTCTGCATGTTTC-CAAGGTA-AGCA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CA
*
2648 TTCAATTATAGTCT-ATTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* ** * * *
2690 CATAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTTAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * ** *
2755 TGACTATAAACGGATTTTTTTTGCCAATCAATACCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * *
2820 CAATTATTA-TCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTTAA
131 CAATTA-TAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * ** *
2861 CTTAAAATTAATTATGAGATTATGAAATCATTTAAAGTGAGTAAGAA-AGCTTTTGAAAAAATGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGAATGG
* * * *
2925 TTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTTTTTGTTCATGTTTTTCAAGGTAGACAA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-A
* * *
2989 TT-AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCAA
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * *
3032 CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * *
3097 TGACTATTAAA-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTGTCTTTATGTTTATTAAGGCAGGCAT
66 TGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * **
3161 TCAATTATAATCTATTTTTA-TGAAAAATGT-AAAAATCTTCAA
130 TCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * *
3203 CTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGGT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGG
* * * * **
3267 TGACAATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT-CTCATTTTCTTCATGTTTCTCAACATAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * *
3331 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-GTAAAAAAAAAT-AA
130 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * *
3372 CTTAAAATCAATTTTGAGAGTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGCAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGG
* * * * *
3437 AGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGATAAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CAT
* *
3501 T-AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAA
130 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * *
3543 CTTAAAATTAATAATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAA
3600 AAAAATGGTG
Statistics
Matches: 1836, Mismatches: 369, Indels: 141
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 263 0.14
170 551 0.30
171 578 0.31
172 420 0.23
173 23 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
CAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
Found at i:3612 original size:511 final size:514
Alignment explanation
Indices: 1153--3614 Score: 2455
Period size: 511 Copynumber: 4.8 Consensus size: 514
1143 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1153 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTTTAAGAAATAGT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG
* * * * ** ** *
1218 TGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAA-GAAATG-TCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATGCACT
65 TGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATG-AATGCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACA
* *
1281 TTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAA-TGACAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTAAGAT
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGT-A-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * *
1345 TA-AAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TTTTAAAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTT
192 TATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAA-GACTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * * *
1407 TGTTGCTAATGAATGCAGATTTT-TTAATATTTCTCGAGGCACA-CATTCAATTATTGTCTGTTT
255 TCTTGCCAATGAATGC--TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATAATT-AATTATAGTCTGTTT
* *
1470 TAACTAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GAATTAT-AAACCTATTTAAAA
317 TAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACC-ATTTAAAG
** * * * * * * * **
1532 TAAGTAATAAGACATTTGAAGGAATAGGTTACTGTAAATAGACTTTT-TTTCTTAATGAATGGCT
380 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTTAATGAATGAAT
* *
1596 TTTTCTACACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACA
445 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAC-
1661 ATTCAA
509 ATTCAA
* * **
1667 CATAAAATCAATTACGACTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGG
* *
1732 -GAACTATAAAT-GAATTTTTTTTGCCAATTAATGC-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAAA
65 TG-ACTATAAATAG-ACTTTTTTTGCCAATGAATGCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAT-AAA
* * * * * * * * *
1794 AATT-AATTAT-AGCTTGTTTTATCCAAAATTGTAAAAAAAACTCAAGTTAAAATCAATTATGAG
127 CATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAA-AGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
1857 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AAAAGTGATGACTATAAATGGATTT
190 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATG-GGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
1921 TTCTTACCAATGACTCCCTTTTTCATCGTGTTTCCTGATA--TATATATTTAATTATAATCTATT
254 TTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-CTCA-AGGTAGATAATTAATTATAGTCTGTT
* * * * *
1984 TTAACCAAAAATATCAAAAA-AATTGAACCTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAG
316 TTAACCAAAAATGT-AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * *
2048 TAAGTAATAAGG-TTTTCGAAA-AACTGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGC-TAATGAATGT
380 CGAGTAATAAGGCTTTT-GAAAGAA-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTTAATGAATGA
** * * * * ** * * *
2109 ATTTTTCTTCACGTTTCTCAA-ATAGAAATTCAATTATTGTTTGTTTTAACCAAGAATATAAAAC
443 ATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAA
2173 CATTCAA
508 CATTCAA
* * * * *
2180 CTTAAAATCATTTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCATTTGAAGGAATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-G
* * ** *
2245 TGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATACACA
65 TGACTATAAATAGACTTTTTTTGC-CAATGAATGCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACA
* * * * * *
2308 TTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGT-CAAAACATTGAAGTTAAATTCAATTTTAAGATT
129 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
*
2372 -TAAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTTGAAGAAATGGGTGATTAT-AATGGACTTTT
193 AT-AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGA-CTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
2434 CTTGTCAATGAATGTATTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAGAT-ATTCAATTATTGTCTGTTTTA
256 CTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATAATT-AATTATAGTCTGTTTTA
* * * *
2498 ACCAAAAATG-CAAATCAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAACGAG
319 ACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
2562 TAATAAGACATTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGAATTTTT
384 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTTAATGAATGAATTTTT
* * * *
2626 CTGCATGTTTC-CAAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTA-TTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTC
449 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTC
2688 AA
513 AA
* ** * * *
2690 CATAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTTAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG
** * * * * * *
2755 TGACTATAAACGGATTTTTTTTGCCAATCAATAC-CTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACAT
65 TGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACAT
* * * * *
2819 TCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
130 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * **
2883 TGAAATCATTTAAAGTGAGTAAGAA-AGCTTTTGAAAAAATGATTGACTATAAATGGACTTTTCT
194 TAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGA-CTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
2947 TGCCAATGAATGTTTTTTGTTCATGTTTTTCAAGGTAGACAATTAATTATAGTCTATTTTAACAA
258 TGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * *
3012 AAAATGTAAAAAGAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAAT
323 AAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *** *
3077 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAAA-AGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCCTTGTCTT
388 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTA-TAAATAGACTTTTCTTGCTTAATGAATGAATTTTTCTT
* * * * * * *
3140 TATGTTTATTAAGGCAGGCATTCAATTATAATCTATTTTTATGAAAAATGTAAAAATC-TTCAA
452 CACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAA-CATTCAA
**
3203 CTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGGT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-
* * * * *
3267 TGACAATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT-CTCATTTTCTTCATGTTTCTCAACATAGACAT
65 TGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACAT
* * *
3331 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAGTAAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTTTGAGAGTAT
130 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * * *
3395 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGCAATGGGAGATTATAAATAGACTTTTCTTG
195 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*
3460 CCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGATAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
260 CCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
* * *
3525 AATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATAATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
325 AATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
*
3590 GGCTTTTGAAAAAAAT-GGTGACTAT
390 GGCTTTTG-AAAGAATGGGTGACTAT
3615 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1587, Mismatches: 294, Indels: 138
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 9 0.01
510 327 0.21
511 459 0.29
512 214 0.13
513 186 0.12
514 216 0.14
515 102 0.06
516 62 0.04
517 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGT
GACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATT
CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
AAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTTAATGAATGAATTTTTCTTCACG
TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAA
Done.