Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397478.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_289.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14205
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.10, T:0.31
Warning! 2476 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1085 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 740--1987 Score: 463
Period size: 170 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
730 NNNNNNNNNA
* *
740 TTTTCACAAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGGTTATAAAACCAGTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAA
* * *** * * * * * *
803 GTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGCTT
66 GTAAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGCTT
* * ** * *
868 TTTCTTCACATTTCATAAGGTAGACATTCGATTATATTTTG
131 TTTCTTCACATTTCATAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
* * *
909 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAA
*
973 CA-TGAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATAG
65 -AGTAAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAAT-G
* **
1037 GTTTTTC-T-ACATGTTTTTCAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
128 CTTTTTCTTCACAT-TTCAT-AAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
* * * * * ** ** * * **
1081 TTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTGAACAT-AAATCCATTAAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTT
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTA-TAA-AA-CCAGTT
* * * * * * * * ****** * *
1144 GAAGGAA-TGAGAGA-C-TATAAATGGACTTCTCTTCTAAATAAATAG--GTTT-TT-----TAC
63 AAAGTAAGTAATAAAGCATTTGAA-GGAATGGAAAACT--ATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAA
* ** * ** *
1198 ATG--TTTT-TT--GA---GGT-AGACATTC----AATTATAGTCTA
125 ATGCTTTTTCTTCACATTTCATAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
* * * ** *
1232 TTTTAACAAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATTACTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAA
* * ** * * * *
1295 GTAAGTAA-AAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
66 GTAAGTAATAAA-GCATTTGAAGGAATG-GAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGC
* * * * ** * *
1358 TTTTTTCTTCACGTTTCATTAGGTAGACATTCCATTATATTTTG
129 -TTTTTCTTCACATTTCATAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
* * * * * *
1402 TTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAAAATCTACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACTATTTAA
1 TTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAA
** * * * * * *
1466 CCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAG-GTTTTGCTTCTAAATAAATA
65 AGTAAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGA-AAACTATAAATAGACTTTT-CTTCCAAATAAAT-
* * * *** *
1529 GATTTTTCTAT-ACGTTTC-TCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTG
127 GCTTTTTCT-TCACATTTCAT-AAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
* * * * * *
1574 TTTTAACAAAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAGAATGAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAT
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAA
** * * * * * *
1637 GCGAGAAAGAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGGA
66 GTAAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGA-AAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAAT-GC
* ** ** * * *
1701 TTTTTCTAT-ACGTTTCCCAAGGCATGCATTCAATTACAGTATG
129 TTTTTCT-TCACATTTCATAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
** ** * *
1744 TTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAA-TCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAA
* * * * * * * * * * * * *
1807 GCAAGTTAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCAAAGAAAAGGGT
66 GTAAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAA-TAAATGCT
* * * * ** * * *
1872 TTTTCTACACCTTTCCTGAA-GTAGGCATTGAATTATATTTTG
130 TTTTCTTCACATTTCAT-AAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
** * * * *
1914 TTTTAACAAAAAA--TATTAAAAATTTAACTTAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAA
*
1977 GCAAGTAATAA
66 GTAAGTAATAA
1988 GACTTTTGAN
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 193, Indels: 129
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
148 16 0.02
149 16 0.02
150 21 0.03
151 34 0.04
155 5 0.01
156 4 0.00
157 1 0.00
159 4 0.00
160 2 0.00
161 1 0.00
162 5 0.01
164 1 0.00
165 5 0.01
166 4 0.00
168 1 0.00
169 22 0.03
170 346 0.42
171 122 0.15
172 193 0.24
173 18 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAA
GTAAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGCTT
TTTCTTCACATTTCATAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTG
Found at i:1161 original size:152 final size:150
Alignment explanation
Indices: 975--1253 Score: 398
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 150
965 CCATTTAACA
*
975 TGAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTT
1 TGAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTCTCTTCCAAATAAATAGGTT
* * *
1040 TTTCTACATGTTTTTCAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAA
66 TTT-TACATGTTTTTCAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAA
1105 TTGAACATAAATCCATTAAAAG
129 TTGAACATAAATCCATTAAAAG
* * * * *
1127 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTCTCTTCTAAATAAATAGGT
1 TGAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGA-AAACTATAAATAGACTTCTCTTCCAAATAAATAGGT
** * * *
1191 TTTTTACATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
65 TTTTTACATGTTTTTCAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
1254 TTCAACTTAA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 14, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
150 13 0.12
151 40 0.36
152 59 0.53
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (150 bp):
TGAGTAATAAAGCATTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTCTCTTCCAAATAAATAGGTT
TTTTACATGTTTTTCAAGGCAAACATTAAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
GAACATAAATCCATTAAAAG
Found at i:1652 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1127--1996 Score: 979
Period size: 340 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
1117 CCATTAAAAG
*
1127 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTCTCTTCTAAATAAATAGGTT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-TTTTCTTCTAAATAAATAGGTT
* * ** * * *
1192 TTT-TACATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATT
65 TTTCTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATT
* * ** * *
1256 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATTACTTAAAGTAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAAT
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAAT
* * * * * * ** *
1321 GAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCT-TCACGTTTCATTAGGTA-G
195 GAGAGAATATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTCTAT-ACGTTTCACAAGGCATG
* * * * * ** *
1384 ACATTCCATTATATTTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAATCTACTTAAAATTAATTATGTG
259 -CATTCAATTACAGTATGTTTTAACCAAAAAAGT--AAAAAAATCAACTTAAAAGCAATTATGAG
1449 ATTATAAAA-CTATTT-AACC
321 ATTATAAAATC-ATTTAAACC
*
1468 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGG-TTTTGCTTCTAAATAAATAGAT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-GGATTTT-CTTCTAAATAAATAGGT
* *
1532 TTTTCTATACGTTTCTCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
64 TTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
* * * * * *
1597 TCAACTTAGAATGAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGCGAG-AAAGAAGGCTTTTGAAGGA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAA-AAGGCTTTTGAAAGA
* * *
1661 ATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTCTATACGTTTCCCAAGGCAT
193 ATGAGAGAATATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTCTATACGTTTCACAAGGCAT
** *
1726 GCATTCAATTACAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAAGCAATTATGAGAT
258 GCATTCAATTACAGTATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATCAACTTAAAAGCAATTATGAGAT
*
1791 TATAAAATCATTTAAAGC
323 TATAAAATCATTTAAACC
* * * * *
1809 -AAGTTAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGATTTTTCTT-TCAAAGAAA-AGGG
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-TTTTCTTCT-AAATAAATA-GG
* * * * * *
1871 TTTTTCTACACCTTTCCTGAA-GTAGGCATTGAATTATATTTTGTTTTAACAAAAAATATTAAAA
63 TTTTTCTACACGTTT-CTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
* * * * *
1935 ATTTAACTTAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGA
127 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGA
1997 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 70, Indels: 29
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 186 0.42
341 76 0.17
342 177 0.40
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTCTTCTAAATAAATAGGTTT
TTCTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAATG
AGAGAATATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTCTATACGTTTCACAAGGCATGCA
TTCAATTACAGTATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTAT
AAAATCATTTAAACC
Found at i:1734 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1135--1996 Score: 815
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
1125 AGTGAGTAAT
* * *
1135 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTCTCTTCTAAATAAATAGG-TTTTT-TAC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAAT-GGATTTTTCTAT
* **** * *
1198 ATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
65 ACGTTTCCCAAGGTAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * *
1263 AAATCAATTATGAGGTTACAAAATTACTTAAAGTAAGTAAA-
129 AAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-AAAG
* * * * * * **
1304 AAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCT-TC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTCTAT-
*** * * * * * *
1368 ACGTTTCATTAGGTAGACATTCCATTATATTTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAATCTACT
65 ACGTTTCCCAAGGTAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAATTCAACT
* * * * * * *
1433 TAAAATTAATTATGTGATTATAAAACTATTT-AACCTGAGTAAT
127 TAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGAAAG
* *
1476 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGG--TTTTGCTTCTAAATAAATAGATTTTTCTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-GGACTTTT-CTTCCAAATAAATGGATTTTTCTA
* *
1539 TACGTTTCTCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTT
64 TACGTTTCCCAAGGTA-GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTT
* * * *
1604 AGAATGAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGCGAGAAAG
128 AAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAAG
*
1646 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTCTATA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTCTATA
* * * ** * *
1711 CGTTTCCCAAGGCATGCATTCAATTACAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAA
66 CGTTTCCCAAGGTA-GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
* **
1776 AA-GCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTTAG
130 AATG-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAAG
* * * * * * *
1816 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCAAAGAAAAGGGTTTTTCTACA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTCTATA
* * * * * * *
1881 CCTTTCCTGAA-GTAGGCATTGAATTATATTTTGTTTTAACAAAAAATATTAAAAATTTAACTTA
66 CGTTTCC-CAAGGTA-GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTA
* * * *
1945 AAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
129 AAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAAG
*
1986 AAGACTTTTGA
1 AAGGCTTTTGA
1997 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 109, Indels: 33
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 51 0.09
170 367 0.65
171 30 0.05
172 114 0.20
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTCTATA
CGTTTCCCAAGGTAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAA
ATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAAG
Found at i:4268 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3917--5715 Score: 1564
Period size: 170 Copynumber: 10.6 Consensus size: 169
3907 NNNNNNNNNN
* * * *
3917 AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAAT-AGGACTTTTAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGA
* * * *** *
3981 ATGAATGAGAGACTATAAATAGAC-TTTCTTCTAAATAAATGGGTTTTACAACACGTTTCCCAAG
65 AGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-AAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTCCAAG
* * ** *******
4045 G-TGAGTATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAANNNNNNN
129 GCAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
*** * * ** *
4086 NNNTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAGAGCCAGTAATAAGGCTTTTCAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
*
4151 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTCCAAAG
66 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT-TCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTCCAAGG
* *
4216 CAGACGTTCACTTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
130 CAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
* * *
4256 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAAGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * * * * * * *
4321 GGAATGGGAGACTGTAAATTAAATTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTATACATTTTTCGAGG
66 GGAATGGGAGACTATAAA-TGGACTTTTCTTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTCCAAGG
* * * * *
4386 TAAGA-ATTCAATTAGAGTCTGTTTTAACAAAACATAAAAA
130 -CAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
* * * *
4426 AAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAG
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ***
4491 GGAATGGAAAACTATAAATGGACTTTTCCTTCAAATAAATGGG-TTTTTTACATGTTTTTTGAGG
66 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT-CTTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTCCAAGG
* *
4555 CAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAA
130 CAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
* * * * * *
4595 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGACATTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * *** ***
4660 AGGAATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTCTTA-ACGTTTTATTA
65 AGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAATAAATGGGTTTTT-TTACACGTTTTCCAA
* * * ** *
4724 GGTAGACATTCAATTTTATGT-TGTTTTAACCAAAATGTAAAAA
128 GGCAGACATTCAATTATA-GTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAA
* *
4767 AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
4831 GGAATGAGAGACTGTAAATGAACTTTTTTTCGAAATAAATAGGTTTTTCTACATG-TTTCTCAAG
66 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-AAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTC-CAAG
* * * *
4895 ACAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAA
129 GCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
* * * * * ** *
4936 AAATTTAACATAGAATGAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * * * *
5001 GGAATAAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCAGAAGAAATGGATTTTTCTACATGTTTTCCAAGG
66 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCA-AATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTCCAAGG
* **
5066 CATG-CATTCAATTACAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAA
130 CA-GACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
*** * ** **
5106 AAATTTTGCTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
5171 GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGTGTTTTTTTACACTTTTATCGAA-
66 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTT-TCCAAG
* * * **
5235 GCAGTCATTCAATTATAGTTTTTTTTAA-TGAAAATATAAA
129 GCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
* * * * * *
5275 AAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * * * * *
5340 GGAATGAAAAACTATAAATCGACTTTTCTTCTAAATAAATGAG-TTTTTAACATG-TTTCTTAAG
66 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-AAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTC-CAAG
* * * * * * *
5403 GTAGGCAATGAATTTTAGTCTATTTTTTA-AAAAAATGTAAA
129 GCAGACATTCAATTATAGTCTA-TTTTAACAAAAAATATAAA
* * * * *
5444 AAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * ** * * * ** * *
5509 AGAATGGGCGAATATAACTAAACTTTTCTTGATAATGAAT-GCTTTTTTCTTTATG-TTTCACTA
66 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCA-AATAAATGGGTTTTTT-TACACGTTTTC-CAA
* * * * *
5572 GGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTAGCCAAAAATGTTAAA
128 GGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAA
* * * *
5615 AAATTCAACTTAACATTAAATT-TGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGA
1 AAATTCAACTTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
5679 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTGCTTGCAAAT
65 AGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAAT
5716 GAATTCATTT
Statistics
Matches: 1325, Mismatches: 269, Indels: 70
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 4 0.00
168 28 0.02
169 389 0.29
170 713 0.54
171 163 0.12
172 26 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCAAATAAATGGGTTTTTTTACACGTTTTCCAAGGC
AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAA
Found at i:5789 original size:680 final size:672
Alignment explanation
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3907 NNNNNNNNNN
* * * *
3917 AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAGGACTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTGAA
* * * * * * **
3982 TGAATGAGAGACTATAAATAGAC-TTTCTTCTAAATAAATGGGTTTTACAACACGTTTCCCAAGG
66 GGAATGAAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCTAAATAAATGAGTTTT-TAACATGTTTCTTAAGG
* * * **********
4046 T-GAGTATTCAATTATAGTCTA-TTTTAATGAAAANNNNNNNNNNTTCAACTTAAAATCAATTAT
130 TAG-GCATTCAATTTTAGTCTATTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
4109 GAGATTATACAACCATTTAGAGCCAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
193 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAA
* * * * * * *
4173 CTTTTCTCTCAAATAAATGGGTTTTTT-TACACGTTTTCCAAAGCAGACGTTCACTTATAGTCTA
257 CTTTTCT-TGAAATAAAT-AGTTTTTTCTACATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATATTCTA
*
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319 TTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
4302 GATTAATAA-AGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTGTAAATTAAATTTTTTTTCAAATAAATGGGTT
383 GAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAA-TAGACTTTTCTTCAAATGAATGGATT
* * *
4366 TTTCTATAC-ATTTTTCGAGGTAAGA-ATTCAATTAGAGTCTGTTTTAAC-AAAACATAAAAAAA
446 TTT-T-TACTGTTTTTCGAGGT-AGATGTTCAATT-GAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATTAAAAAA
* * ** *
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506 ATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
4493 AATGGAAAACTATAAATGGACTTTTCCTTCAAATAAATGGGTTTTTTACATGTTTTTTGAGGCAG
571 AATGGAAAACTATAAATGGACTTTTCCTTCAAATAAATGGGTTTTTTACATGTTTATCGAAGCAG
4558 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAA
636 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAA
* * ** * *
4595 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-GTCATAAAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGACATTTG
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT-AT-AAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTG
*** ** *
4659 AAGGAATGGGTGAA-TATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATACT-TTTTTCTTAACGT-TTT
64 AAGGAAT-GAAAAACTATAAATAGACTTTTCTT-CTAAAT-AA-A-TGAGTTT-TTAACATGTTT
* * * *
4720 ATT-AGGTAGACATTCAATTTTATGT-T-GTTTTAACCAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAA
123 CTTAAGGTAGGCATTCAATTTTA-GTCTATTTTTAACAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
4781 TCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTG
185 TCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGACTA
* * * *
4845 TAAATGAACTTTTTTTCGAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTA
249 TAAATGAACTTTTCTT-GAAATAAATAGTTTTTTCTACATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
4910 T-TGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTTAACATAGAATGAATTATGAGATTATAAAACCA
312 TAT-TCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTA-AATAAATTATGAGATTATAAAACCA
* ** * * **
4974 ATTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAAT-GAACTTTTCTTCAGAA-G
375 TTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTCA-AATG
* * * * * *
5037 AAATGGATTTTTCTACATGTTTTCCAAGG--CATGCATTCAATTACAGTCTATTTTAA-TGAAAA
438 -AATGGATTTTTTTAC-TGTTTTTCGAGGTAGATG--TTCAATT-GAGTCTGTTTTAACT-AAAA
** * *
5099 A-TATAAAAAATTTTGCTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGG
497 ATTA-AAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGG
* *
5163 CTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTT-CTTCCAAATAAATGTGTTTTTTTACACT
561 CTTTTGAAGGAATGGA-AAACTATAAATGGACTTTTCCTT-CAAATAAATG-GGTTTTTTACA-T
* * * *
5226 -TTTATCGAAGCAGTCATTCAATTATAGTTTTTTTTAATG-AAAATATAAA
622 GTTTATCGAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAA
* *
5275 AAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTGAA
*
5340 GGAATGAAAAACTATAAATCGACTTTTCTTCTAAATAAATGAGTTTTTAACATGTTTCTTAAGGT
66 GGAATGAAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCTAAATAAATGAGTTTTTAACATGTTTCTTAAGGT
* * *
5405 AGGCAATGAATTTTAGTCTATTTTTTAA-AAAAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA
131 AGGCATTCAATTTTAGTCTA-TTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
5469 GGTTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGCGAATATAACTAAACTT
195 GATTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTT
* ** * *
5534 TTCTTGATAATGAAT-GCTTTTTTCTTTATGTTTCACTAGGTAGACATTCAATTATATTCTATTT
260 TTCTTGA-AATAAATAG-TTTTTTCTACATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATATTCTATTT
* * * *
5598 TAGCCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAACATTAAATT-TGAGATTATTAAACCATTTAAAGTG
322 TAACAAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAA-A-TAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * **
5662 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTGCTTGCAAATGAATTCATTTT
384 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CAAATGAATGGATTTT
* *
5727 TTTTCTTGTTTTTGGAGGTAGATGTTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTT
448 TTTAC-TGTTTTTCGAGGTAGATGTTCAATTG-AGTCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAATTT
5792 AACT
510 AACT
5796 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 961, Mismatches: 177, Indels: 124
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
676 7 0.01
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AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTGAA
GGAATGAAAAACTATAAATAGACTTTTCTTCTAAATAAATGAGTTTTTAACATGTTTCTTAAGGT
AGGCATTCAATTTTAGTCTATTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTT
TCTTGAAATAAATAGTTTTTTCTACATGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATATTCTATTTTAAC
AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGACTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCAAATGAATGGATTTTTTTACTGT
TTTTCGAGGTAGATGTTCAATTGAGTCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATA
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAAACTATAA
ATGGACTTTTCCTTCAAATAAATGGGTTTTTTACATGTTTATCGAAGCAGACATTCAATTATAGT
CTGTTTTAACGAAAAATATAAA
Found at i:5889 original size:21 final size:20
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5853 AATAAGAGAC
5863 AATAAATGGACTTTTCTTTCA
1 AATAAATGGACTTTTC-TTCA
* *
5884 AATAAATAGG-TTTTTCTACA
1 AATAAAT-GGACTTTTCTTCA
*
5904 TGTATAAATGGACTTTTCTTCTA
1 --AATAAATGGACTTTTCTTC-A
5927 AATAAATGG
1 AATAAATGG
5936 GTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAATGGACTTTTCTTCA
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7160 TGTTAACCAA
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*
7186 AAATATAAAATAAATT
1 AAATATAAAAAAAATT
7202 TTGAGATAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AAATATAAAAAAAATT
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Indices: 7333--10319 Score: 1570
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7323 NNNNNNNNGG
* * * * *
7333 AAACATGTAGAAAAA-CCTATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCCCATTCTTTCAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGC-ATTTATTTGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * *
7397 AGTCATATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
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* * **
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* * * *
7504 AAACAAG-AAAAAAATGAATTCATTTGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
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** * * *
7568 GTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCA-AATTTAATGTTAAGTTGAATTTTTTAAC
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-AC
* * * * ****
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128 ATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAA
* * * *
7674 AAACATG-AAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAGTTATA--CTCGCC---CCTTCAA
1 AAACATGTAA-AAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTC-CCATTCCTTCAA
* * * * * *
7733 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTAT
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
* * * * * *
7798 ATTTATT--TTAAAATAGACTAAAATTCATTGCCTACC-TCAGG
128 ATTT-TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA-A
* * * * ***
7839 AAACGTGTAAAAAACT-CATTTAGTTG---G--AAGT-ATTTATAGTTTTTTATTCCTTCAAAAG
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
7897 TCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATT
66 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
* * * * *
7962 TTACATTAAAACAAACTATAATTGAATGACTA-CTTCGAC
131 TTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AA
* *
8001 AAACGTGTAAAAAAACT-CATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
1 AAACATGTAAAAAAA-TGCATTTATTTGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * ** * *
8065 AGCCTTATTACTTGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGCAT-AATTTTTTAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTGAATTTTTTAC
* * * * * * **
8129 TTTTTTCATTAAAATAGACTGTAATTTAATG-CATGCCTTGGA
128 ATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTCAA
* * **
8171 AAACATGTAGAAAAATCCATTTATTCTG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATT-TGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
8235 AGCCTTCTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTCATA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
** * * *
8300 TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAA
129 TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAA
* * * * *
8341 AAACATGTAGAAAAA-CCTATTTATTT-CGAAAAAAAGTTGATTTACAGTCTCCCATTCCTTCAA
1 AAACATGTAAAAAAATGC-ATTTATTTGC-AAGAAAAG-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * *
8404 AAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTT
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA----TTTT
* * *
8468 TTACA-TTTTGGTTAAAACAAAATATAATTGAATGTCTACC-T-AA
124 TTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAA
* * * * * * *
8511 TAAA-ATGTTAAGAGAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATTCGTTT
1 -AAACATG-TAA-A-AAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* ** * * * *
8574 AAAAGTCTTATTACTTACTTTAAGTGGTTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
61 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
* **
8639 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTGTC-TCAAA
125 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AA
** * * * *
8684 AAACATGT--AAAAACCCATTTATTTAGC-CGAAAAGTCCATTTACAGTTTCCCATTCCCTCAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTT-GCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * **********
8746 AGCCTTACTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNT
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AATTTTTTAC
* * *
8811 ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCTTAGC-TCGA
128 ATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTCAA
* ** * * * * *
8852 AAA-ATGTATAGAGAAACCCATTTATTTGAAAAAAAAGTTAATTTACAGTCTCCCATTCCTTTAA
1 AAACATGTA-A-AAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * ********** * *
8916 AAGCTTTATTAATCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTAC
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
* * * * * ** *
8981 AGTTTTT-GTGACAATAGACTATAAATGAACGTCT-GTTTCGAG
128 A-TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AA
* * ** * * *
9023 AAACGTGTAGAAAAACCCATTTA-TTG-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTGAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTTGCA-AGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
** * * * * ********** *
9086 AGTATTATTACTGGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTATA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
** * * **
9151 TTTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAAT-ACTCACCTTGGA
129 -TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTCAA
* *** ** * *
9193 AAACGTGTTGTAAAACCCATTTATTTAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCATTCAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTT-GCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* ** * **********
9256 AGTCC-CATTGGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTAC
64 AG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
* * * * *
9320 ATTTTTTGTTAAAATAGACTTTAATTGAATGTCTA-CTTTAGG
128 ATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA-A
* * ** * **
9362 AAACGTGTAGAAAAAT-CTATTTATTTGGGAGAAAAGTACATTTCTAGTCTTTCATTCCTTCAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGC-ATTTATTTGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
9426 AGCCTTATTACTGGCTTTAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTATA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
** * * * * *
9491 TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTG-CTTACATTGAG
129 TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTCAA
* * * * *
9532 AAACGTGTAAAAAACT-CATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCAAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
* *
9596 GTCTTTCATTACT-GCTTTAAACTGG-TTTATAATCTCATAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT
65 G-CCTT-ATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCAT-AATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* ** * * *
9658 TATATTTTTTATT-AAACAGACTACAATTGAATGCCCTA-TTTCGAA
125 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTC-AA
* * ** * * * * * *
9703 AAACATGCAGAAAAACCCATTTCTTTGGAAGAAAAATCTATTTGTAGTCTCTCATTCCTACAAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * *********
9768 GCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCCCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AAGTTGAATTTTTTACA
* * * **
9833 TTTTTCATTAAAATAGACTATAATT-AGATG-CATGCC-TCGGG
129 TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTC-TACCTTC-AA
* * * * *
9874 AAACATGTAGAAAAAT-CTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCGCATTCCTTTAAA
1 AAACATGTAAAAAAATGC-ATTTATTTGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * * *********** *
9938 AGTCATATTACTCGCTTTAAATGGATTTATTATCTTATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTATA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
* * * ***
10003 TTTTTCCTTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGA-TTTGGG
129 TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-ACCTTCAA
* ** * *
10044 AAACGTGTTGAAAAA-GCCATTTATTTAG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAA
1 AAACATGTAAAAAAATG-CATTTATTT-GCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* ** ** **********
10107 AAGTCC-TATTAGTCATTTTAAATAATTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTA
63 AAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * ** * *
10171 TATTTTTTGTTACAAA-AGACTATAATTGAATATCTATTTTGAG
127 CATTTTTCGTTA-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAA
* * * * * * * *
10214 AAACGTGTAGAAAAATTCATTTATCTGGAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAGAA
1 AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
** * *
10279 GCCTTATTACTTACTTTAAATGATTGTATAATCTCATAATT
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
10320 GATATTANNN
Statistics
Matches: 2192, Mismatches: 502, Indels: 245
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 6 0.00
159 5 0.00
160 1 0.00
161 71 0.03
162 37 0.02
163 11 0.01
164 7 0.00
165 34 0.02
166 8 0.00
167 63 0.03
168 51 0.02
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170 1044 0.48
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173 45 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AAACATGTAAAAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
TTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAA
Found at i:8288 original size:340 final size:334
Alignment explanation
Indices: 7332--12416 Score: 2634
Period size: 340 Copynumber: 14.8 Consensus size: 334
7322 NNNNNNNNNG
* * *
7332 GAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCCCATTCTTTCAAA
1 GAAACATGTAGAAAAACC-ATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
7397 AGTCATATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTA-
* * * ** * * **
7462 ATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAA--CATCTACCTTCAAAAACAAG-AAAAAAATGAATT
128 TTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCA--TACCTTGGAAAACATGTAGAAAAA-CCATT
* * * ** *
7524 CATTTGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAAT
189 TATTTG-AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
7589 GGTTTAATAATCTCA-AATTTAATGTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGCTAAAATAGAATA
252 GGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATAGACTA
* * *
7653 TAATTGAATGTCTACCTAGT
315 TAATTGAATGTCTACTTCGA
* * * * * * *
7673 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAGTTATA--CTCGCC---CCTTCAA
1 GAAACATGTAG-AAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CCATTCCTTCAA
* *
7733 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTAT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* * * * * *
7798 ATTTATT-TTAAAATAGACTAAAATTCATTGCCTACCTCAGG-AAACGTGTA-AAAAACTCATTT
129 -TTT-TTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCT-TGGAAAACATGTAGAAAAAC-CATTT
* * * * * * *
7860 AGTTG--G--AAGT-ATTTATAGTTTTTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTCGCTTTAAATAGT
190 ATTTGAAGAAAAGTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *** * *
7920 TTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTACATTAAAACAAACTATAATT
255 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATT
*
7985 GAATGACTACTTCGA
320 GAATGTCTACTTCGA
* * *
8000 CAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGTAGAAAAAC-CATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * *
8065 AGCCTTATTACTTGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAG-CATAATTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTA-
* * *
8129 TTTTTTCATTAAAATAGACTGTAATTTAATGCATGCCTTGGAAAACATGTAGAAAAATCCATTTA
128 TTTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCTTGGAAAACATGTAGAAAAA-CCATTTA
* * *
8194 TTCTGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAATTGG
191 TT-TGAAGAAAAG-TCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
8259 TTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTCATATTTTTTATTAAAATAGACTATAAT
254 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAAT
*
8324 TGAATGTCTGCCTT-GA
319 TGAATGTCT-ACTTCGA
* * * ** *
8340 AAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTCGAAAAAAAGTTGATTTACAGTCTCCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGTAGAAAAACC-ATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * *
8405 AGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATT
* * * * * *
8470 ACATTTTGGTTAAAACAAAATATAATTGAATGTC-TACC-T--AATAAAATGTTAAGAGAAAAGC
130 ---TTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CATACCTTGGAA-AACATG-T-AGA-AAAACC
* * * * * * * **
8531 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATTCGTTTAAAAGTCTTATTACTTACTTTA
186 ATTTATTTG-AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
8596 AGTGGTTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGAC
249 AATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAC
* * *
8661 TACAATTGAATGTCT-GTCTCAA
313 TATAATTGAATGTCTACT-TCGA
* * * ** * * *
8683 AAAACATGTA-AAAACCCATTTATTTAGCCGAAAAGTCCATTTACAGTTTCCCATTCCCTCAAAA
1 GAAACATGTAGAAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
* * ********
8747 GCCTTACTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT---AAATTTTTTA
* * * * * * *
8812 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCTTAGC-TCGAAAA-ATGTATAGAGAAACCCATTT
128 TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCTTGGAAAACATG--TAGA-AAAACCATTT
* * * * * * * ****
8875 ATTTGAAAAAAAAGTTAATTTACAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTAATCGCTTTANNNN
190 ATTTG-AAGAAAAG-TCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
****** * * * *
8940 NNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACAGTTTTTGTGACAATAGACTATAA
253 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAA
* * **
9005 ATGAACGTCTGTTTCGA
318 TTGAATGTCTACTTCGA
* * * * *
9022 GAAACGTGTAGAAAAACCCATTTA-TT-GAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTGAA
1 GAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
** * * * * ******** *
9085 AAGTATTATTACTGGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTAT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA--GTTAAATTTTTT
* * * *
9150 ATTTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATAC-TCACCTTGGAAAACGTGTTGTAAAACCCATT
127 A-TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCAT-ACCTTGGAAAACATGTAG-AAAAACCATT
* * **
9214 TATTTAGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAGTCC-CATTGGTCGCTTTAAA
189 TATTT-GAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAA
* ********** *
9277 TAGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTTT
251 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTAT
*
9342 AATTGAATGTCTACTT-TA
316 AATTGAATGTCTACTTCGA
* * * * * **
9360 GGAAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGGAGAAAAGTACATTTCTAGTCTTTCATTCCTTCAA
1 -GAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * *
9425 AAGCCTTATTACTGGCTTTAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTAT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT-T
* * * *
9490 ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGCTTACATT-GAGAAACGTGTA-AAAAACTCATTT
127 ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCTTGGA-AAACATGTAGAAAAAC-CATTT
* *
9553 ATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TTTCCATTCCTTCAAAAGTCTTTCATTACT-GCTTTAA
190 ATTT-GAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAG-CCTT-ATTACTCGCTTTAA
* * *
9616 ACTGG-TTTATAATCTCATAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATT-AAACAGA
250 A-TGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA
* * *
9678 CTACAATTGAATGCCCTATTTCGA
312 CTATAATTGAATG-TCTACTTCGA
* * * * * * * *
9702 AAAACATGCAGAAAAACCCATTTCTTTGGAAGAAAAATCTATTTGTAGTCTCTCATTCCTACAAA
1 GAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * ******** *
9767 AGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCCCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--AAGTTAAATTTTT-T
* * * * *
9832 ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATT-AGATGCATGCCTCGGGAAACATGTAGAAAAATCTATTT
127 ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGA-ATGCATACCTTGGAAAACATGTAGAAAAA-CCATTT
* * * * *
9896 ATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCGCATTCCTTTAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATG
190 ATTT-GAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * ********** * **
9961 GATTTATTATCTTATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTATATTTTTCCTTAAAATAGACTATAA
253 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAA
* *
10026 TTGAATG-CTTGA-TTTGG
318 TTGAATGTC-T-ACTTCGA
* * * * * *
10043 GAAACGTGTTGAAAAAGCCATTTATTTAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAA
1 GAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* ** * ********** *
10108 AGTCC-TATTAGTCATTTTAAATAATTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
65 AG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT-T
* * * * * *
10172 ATTTTTTGTTACAAA-AGACTATAATTGAATATC-TA-TTTTGAGAAACGTGTAGAAAAATTCAT
127 ATTTTTTATTA-AAATAGACTATAATTGAAT-GCATACCTTGGA-AAACATGTAGAAAAA-CCAT
* * * **
10234 TTATCTGGAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
188 TTAT-TTGAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *************
10299 TGATTGTATAATCTCATAATTGATATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
251 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA------------------------AGTTGAATTTTTT
*******************************************
10364 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
292 ACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACTTCGA
************ *** * * *
10407 NNNNNNNNNNTTACCTCCCTTGGGAAACGTGTAAAAAACTCATTTATTTTGAAGAAAAATCCATT
1 GAAACATGTAGAAAAACCATT------------------T-A--T--TTGGAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
10472 TATAGTCTCACATTCATAT-AAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTGATAATT
43 TATAGTCTCCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * *
10536 GATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGCATGCCTCTAG
107 GATTTTAAGTT-AAATTTTTT--ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCT-TGG
* * * ** *
10601 -AAACGTGTAAAAAAATCCATTTATTTGGAA-AAAAATCTATTTATTTTCTCTTATTCCTTCAAA
168 AAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTT-GAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * ** *
10664 AGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTTTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
230 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC
* * * * * *
10729 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCTCTA
294 ATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACTTCGA
* * ** * * * * *
10770 AAAACATGAAGAAAAATGAATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCGTTCTTTCAAA
1 GAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
10835 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCA-AATTTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTT-AAATTTTT-T
*** * ** * *
10899 ATTTTTGGCTAAAATAGAATATAATTGAATGTC-TA-CTTAGTG-AAATGTGAAGAAAAAAGCAT
127 ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CATACCTT-G-GAAAACATGTAG-AAAAACCAT
* * * * * *
10961 TCATTAGCTAGAAAAGTCCATTTATA-TTTGTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
188 TTATTTG-AAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * **
11025 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTA
250 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTA
*
11090 TAATT-AAT-TCCCTACCTCGA
315 TAATTGAATGT--CTACTTCGA
* * *
11110 GAAACATGTA-AAAAACTTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGTAGAAAAAC-CATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * *
11174 AGTCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTT-TA
* * * * * * * * * *
11239 TTTTTTGTTAAAACAAAATATAATTGAATGCCTACATTGGGAAACGTGTAGAAAAACCCTTTTCT
128 TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCTTGGAAAACATGTAGAAAAA-CCATTTAT
* * * *
11304 TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGAT
192 TTG-AAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
11369 TTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTGTAATT
255 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATT
*
11434 GAATG-CATGCCTT-GA
320 GAATGTC-T-ACTTCGA
* * *
11449 GAAACGTATAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * * * * * * *
11514 AGCCTTTTTTCTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAATTGAATTTTTTATA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT-TA
* * * * *
11579 TTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACCTT-GAGAAACGTATAGAAAAACCTATTTA
128 TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCTTGGA-AAACATGTAGAAAAACC-ATTTA
** * * * *
11643 TTTAGAAGAAAAACCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATAG
191 TTT-GAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
11708 TTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTAGAATTTTTTTTTA-ATTTTTTGGTTAAAACAAAATA
254 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGACTA
* * *
11772 TAATAGAATGTCTACCT-AA
315 TAATTGAATGTCTACTTCGA
* * * * * * * * * *
11791 TGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCTTTCAAA
1 -GAAACATGTAGAAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
** * ** * *
11856 AGCCTTATTACTTACTTTAAGT-GATTTCGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT--
* * ***
11920 ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAAAAACATGTA-AAAAAGCCATTT
127 ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CATACCTTGGAAAACATGTAGAAAAA-CCATTT
* * *
11983 ATTTAGAA-AAGAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAT
190 ATTT-GAAGAA-AAGT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
12047 GGATTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAACAGATTA
252 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATAGACTA
12112 TAATTGAATG-CTTA-TCTC-A
315 TAATTGAATGTC-TACT-TCGA
* * * **
12131 GGAAACGTGTAAAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAACCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
1 -GAAACATGTAGAAAAA-CCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * *
12196 AAGCCTTATTACTCCCTTGAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATTTTTTT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAA-TTTTTT
* * * * * * * *
12261 ACTCTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTC-TACGTTGGGAAACATGAAGAAAAAGACAT
127 A-T-TTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CATACCTTGGAAAACATGTAGAAAAA-CCAT
* *
12325 TAATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCATCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-C-CATTAT
188 TTATTTG-AAGAAAAGT-CATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TT-T
* *
12387 AAATGGTTTTATTATTTCGA-AATTGATTTT
248 AAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTT
12417 GTGTTCAATT
Statistics
Matches: 3607, Mismatches: 906, Indels: 459
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
326 5 0.00
327 62 0.02
328 74 0.02
329 5 0.00
330 7 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (334 bp):
GAAACATGTAGAAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATTT
TTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCATACCTTGGAAAACATGTAGAAAAACCATTTATTTGA
AGAAAAGTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
CTACTTCGA
Found at i:9367 original size:339 final size:329
Alignment explanation
Indices: 8964--9598 Score: 706
Period size: 339 Copynumber: 1.9 Consensus size: 329
8954 TAATTGATTT
* * *
8964 TAAGTTGAATGTTTTACAGTTTTTGTGACAATAGACTATAAATGAACGTCTGTTTCGAGAAACGT
1 TAAGTTGAATGTTTTACAGTTTTTGTGAAAATAGACTATAAATGAACGTCTCTTTAGAGAAACGT
* * *
9029 GTAGAAAAACCCATTTA-TTGAGAGAAAAGT-CTATTTATAGTCTCTCATTCTTTGAAAAGTATT
66 GTAGAAAAACCCATTTATTTGAGAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATT
* * **********
9092 ATTACTGGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTATATTTTTT
130 ATTACTGGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTT
* **
9157 TATTAAAATAGACTATAATTGAATACTCACCTTG-GAAAACGTGTTGTAAAACCCATTTATTTAG
194 TATTAAAATAGACTATAATTGAATACTCACATTGAG-AAACGTG-TAAAAAACCCATTTATTTAG
*
9221 AA-AAAAGTCTATTTATAG-TCTCTCATTCATTCAAAAGTCCCATTGGTCGCTTTAAATAGTTTT
257 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTCTC-CATTCATTCAAAAGTCCCATTGGTCGCTTTAAATAGTTTT
9284 ATAATCTCA
321 ATAATCTCA
* * * * * *
9293 TAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTTTAATTGAATGTCTACTT
1 TAA----------GTTGAATGTTTTACAGTTTTTGTGAAAATAGACTATAAATGAACGTCT-CTT
* * * * *
9358 TAG-GAAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGGAGAAAAGTACATTTCTAGTCTTTCATTCCTT
55 TAGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGAGAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCCTT
* *
9422 CAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTT
120 CAAAAGCATTATTACTGGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTT
* * * *
9487 TATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGCTTACATTGAGAAACGTGTAAAAAACTCATT
185 TATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATACTCACATTGAGAAACGTGTAAAAAACCCATT
* * *
9552 TATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCAAAAGTC
250 TATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCTCCATTCATTCAAAAGTC
9599 TTTCATTACT
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 42, Indels: 22
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 3 0.01
338 18 0.07
339 135 0.54
340 91 0.37
341 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (329 bp):
TAAGTTGAATGTTTTACAGTTTTTGTGAAAATAGACTATAAATGAACGTCTCTTTAGAGAAACGT
GTAGAAAAACCCATTTATTTGAGAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTA
TTACTGGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA
TTAAAATAGACTATAATTGAATACTCACATTGAGAAACGTGTAAAAAACCCATTTATTTAGAAGA
AAAGTCCATTTATAGTTCTCCATTCATTCAAAAGTCCCATTGGTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCA
Found at i:9957 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 7331--12379 Score: 2531
Period size: 509 Copynumber: 9.8 Consensus size: 504
7321 NNNNNNNNNN
* * *
7331 GGAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCCCATTCTTTCAA
1 GGAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * *
7396 AAGTCATATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-T
66 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
* * * * ** * *
7460 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAA--CATCTACCTTCAAAAACAAG-AAAAAAATGAA
131 A-TTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGC-TCTA-CTTGAGAAACGTGTAAAAAACT-CA
* * * * *
7522 TTCATTTGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGT-TTTATTACTCACTTTA
191 TTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTACT-GCTTTA
* * * ***
7586 AATGGTTTAATAATCTCA-AATTTAATGTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGCTAAAATAGA
255 AATGGTTT-ATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTT-AATTTTTT-ATATTTTTCATTAAAATAGA
* * ** * ** *
7650 ATATAATTGAATGTCTACCTAGTGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCTA
316 CTATAATTGAATGTCTA-CTTGAAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAG-AAGAAAAGTCTA
* * * *
7714 GTTATA--CTCGC--CCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
379 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
7775 TGATTTTGAGTTAAATTTTTTATATTTATT-TTAAAATAGACTAAAATTCATTGCCTACCTCA
444 TGATTTT-AGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCTCA
* * * ***
7837 GGAAACGTGTA-AAAAA-CTCATTTAGTT-G--G--AAGT--ATTTATAGTTTTTTATTCCTTCA
1 GGAAACATGTAGAAAAACCT-ATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * * *
7893 AAAGTCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTA
65 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
** * * *
7958 TATTTTACATTAAAACAAACTATAATTGAATG-ACTACTTCGACAAACGTGTAAAAAAACTCATT
130 TATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCTACTT-GAGAAACGTGT-AAAAAACTCATT
* *
8022 TATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTTGTTTTAAA
193 TATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTAC-TGCTTTAAA
** * * *
8086 TAATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGCATAATTTTTTACT-TTTTTCATTAAAATAGACTG
257 T-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTA-TATTTTTCATTAAAATAGACTA
* * * *
8150 TAATTTAATG-CATGCCTTGGAAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTCT-GAAGAAAAGT-TCAT
319 TAATTGAATGTC-T-ACTTGAAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATT-TAGAAGAAAAGTCT-AT
* * * *
8212 TTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATT
380 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
8277 CATTCTAAGTTGAATTTTTCATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-T
445 GATT-TTAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCTCA
* * * ** *
8338 GAAAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTCGAAAAAAAGTTGATTTACAGTCTCCCATTCCTTCA
1 G-GAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * *
8403 AAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT-
65 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * * * * * *
8466 TTTTACATTTTGGTTAAAACAAAATATAATTGAATG-TCTACCTAATAAA-ATGTTAAGAGAAAA
130 TATT---TTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCTACTTGAGAAACGTG-TAA-A-AAAC
* * * * * * * * * * *
8529 GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATTCGTTTAAAAGTC-TTATTACTTACT
188 TCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTAC-TGCT
* * * * * *
8593 TTAAGTGGTTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAACA
252 TTAAATGG--TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTATATTTTTCATTAAAATA
* * ** ** *
8658 GACTACAATTGAATGTCTGTCTCAAAAAACATGT--AAAAACCCATTTATTTAGCCGAAAAGTCC
314 GACTATAATTGAATGTCT-ACTTGAAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCT
* * * * * *
8721 ATTTACAGTTTCCCATTCCCTCAAAAGCCTTACTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
378 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
********** * * *
8786 TTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCTTAG-CTC
443 TTGATTTT-AGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGC-T-GCCTC
8850 -
504 A
* * * * * ** * *
8850 -GAAAAATGTATAGAGAAACCCATTTATTTGAAAAAAAAGTTAATTTACAGTCTCCCATTCCTTT
1 GGAAACATG--TAGAAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* ********** *
8914 AAAAG-CTTTATTAATCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
64 AAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * ** *
8978 TACAGTTTTTGTGACAATAGACTATAAATGAACG-TCTGTTTCGAGAAACGTGTAGAAAAACCCA
128 TATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCTACTT-GAGAAACGTGTA-AAAAACTCA
* * * * * *
9042 TTTA-TT-GAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTGAAAAGT-ATTATTACTGGTTTT
191 TTTATTTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTACT-GCTTT
********* *
9104 AAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTATATTTTTTTATTAAAATAGA
254 AAATGGTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAATTTTTTATA-TTTTTCATTAAAATAGA
* * * * *
9169 CTATAATTGAAT-ACTCACCTTGGAAAACGTGTTGTAAAACCCATTTATTTAGAA-AAAAGTCTA
316 CTATAATTGAATGTCT-A-CTTGAAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCTA
* * **
9232 TTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAGTCC-CATTGGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
379 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
********* * * * * * * *
9296 NNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTTTAATTGAATGTCTACTTTA
443 -TTGATTTTAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCTCA
* * * * * **
9360 GGAAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGGAGAAAAGTACATTTCTAGTCTTTCATTCCTTCAA
1 GGAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * *
9425 AAGCCTTATTACTGGCTTTAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTAT
66 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
* *
9490 ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGCT-TACATTGAGAAACGTGTAAAAAACTCATTTA
131 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCTAC-TTGAGAAACGTGTAAAAAACTCATTTA
* *
9554 TTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCAAAAGTCTTTCATTACTGCTTTAAACT
195 TTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTT-ATTACTGCTTTAAA-T
* * *
9619 GGTTTATAATCTCATAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAACAGACTACA
258 GGTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATA
* * * * * * *
9683 ATTGAATGCCCTATTTCGAAAAACATGCAGAAAAACCCATTTCTTTGGAAGAAAAATCTATTTGT
321 ATTGAATG-TCTACTT-GAAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
9748 AGTCTCTCATTCCTACAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCCCATAATTGATT
384 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
******** * * *
9813 TTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATT-AGATGCATGCCTCG
449 TT--AGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGA-ATGC-TGCCTCA
* * * *
9872 GGAAACATGTAGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCGCATTCCTTTAA
1 GGAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * **********
9937 AAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGATTTATTATCTTATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTAT
66 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
** * * * *
10002 ATTTTTCCTTAAAATAGACTATAATTGAATGCT-TGATTTGGGAAACGTGTTGAAAAAGC-CATT
131 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCT-ACTTGAGAAACGTG-T-AAAAAACTCATT
* * * * * *
10065 TATTTAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTC-CTATTAGT-CATTTTAA
193 TATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTACTGC--TTTAA
** ********** **
10128 ATAATTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTACAAA-AGACT
256 AT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTATATTTTTCATTA-AAATAGACT
* * * * ** * * *
10192 ATAATTGAATATCTATTTTGAGAAACGTGTAGAAAAATTCATTTATCTGGAAGAAAAATCTATTT
318 ATAATTGAATGTCTA-CTTGAAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTT
* ** *
10257 ATAGTCTCTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-GATTGTATAATCTCATAATTG
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* ********************************************
10321 ATATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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*********
10386 NNNNNNNNN
496 GCTGCCTCA
********************** *
10395 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACCTCCCTTGGGAAACGTGTAAAAAACTCATTTATTTTGAA
1 GGAAACATGTAGAAAAACCTATTTA--T---TT-GG-AA---G---AAAAGTC------------
* * * *
10460 GAAAAATCCATTTATAGTCTCACATTCATAT-AAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
41 --------CATTTATAGTCTCCCATTCCT-TCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** *
10524 TATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAAT
97 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * **
10589 GCATGC--CTCT-AGAAACGTGTAAAAAAATCCATTTATTTGGAA-AAAAATCTATTTATTTTCT
161 GC-T-CTACT-TGAGAAACGTGTAAAAAACT-CATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
** ** * **
10650 CTTATTCCTTCAAAAG-CCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTTTCTCATAATTGATTTTAA
222 CCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTACT-GCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
10714 GTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTACCTCT-AAAAACAT
285 GTT-AA-TTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTA-CT-TGAAAAACAT
* *** * * * *
10777 GAAGAAAAATGAATTCATTT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCGTTCTTTCAAAAGCCTT
345 GTAGAAAAACCCATTTATTTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
10841 ATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCA-AATTTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTTTT
409 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTT-AGTTAAATTTTTTATATTTTT
*** * * *
10905 GGCTAAAATAGAATATAATTGAATGTCT-ACTTA
472 TATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCTCA
** * * * * ** * *
10938 GTGAAATGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATTAGCTAGAAAAGTCCATTTATA-TTTGTCCATTCCTT
1 G-GAAACATGTAG-AAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTT
* * * * *
11001 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTT
63 CAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
11066 TACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATT-AATTCCCTACCTCGAGAAACATGTAAAAAACTTAT
128 TATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCTA-CTTGAGAAACGTGTAAAAAACTCAT
* *
11130 TTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCAAAAGTC-TTATTACTTGCTTTAA
192 TTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTAC-TGCTTTAA
* * ** * * *
11194 ATTGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAAATA
256 A-TGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTA
* ** * * * *
11259 TAATTGAATGCCTACATTGGGAAACGTGTAGAAAAACCCTTTTCTTT-GAAAGAAAAGTCCATTT
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* * *
11323 ATAGTCTCCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTG
382 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** * * * *
11387 CTTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGCATGCCT-T
446 ATTTT-AGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGC-TGCCTCA
* * * *
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1 G-GAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * * * * * *
11512 AAAGCCTTTTTTCTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAATTGAATTTTTTA
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* * * *
11577 TATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATAC-CTACCTTGAGAAACGTATAGAAAAAC-CTAT
130 TATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCTA-CTTGAGAAACGTGTA-AAAAACTC-AT
* * ** * * *
11640 TTATTTAGAAGAAAA-ACCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACGTTA
192 TTATTTGGAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTACT-GCTTTA
* * * * * ** * *
11703 AATAGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTAGAATTTTTTTTTAATTTTTTGGTTAAAACAA
255 AAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAA-TTTTTTAT-A-TTTTTCATTAAAATAG
* * * * * * *
11768 AATATAATAGAATGTCTACCT-AATGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCA-TTAGCAAGAAAAGTC
315 ACTATAATTGAATGTCTACTTGAA--AAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAG-AAGAAAAGTC
* * * * ** * ** *
11830 TATTTATATTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAGT-GATTTCGTAACCTCAT
377 TATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT
* * *
11894 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
441 AATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCTC
11959 A
504 A
** * * *
11960 AAAAACATGTA-AAAAAGCC-ATTTATTTAGAA-AAGAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTC
1 GGAAACATGTAGAAAAA-CCTATTTATTTGGAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * * * * * *
12022 AAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGATTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
64 AAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * *
12087 TAAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TA-TCTCAGGAAACGTGTAAAAAAACC
128 TATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCTACT-TGA-GAAACGTGT-AAAAAACT
* ** * *
12150 CATTTATTTGAAAGAAAAACCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCCCTT
189 CATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTTATTACT-GCTT
* * * * * * *
12214 GAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATTTTTT-TACTCTTTTGATTAAAAC
253 TAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-TAATTTTTTATA-T-TTTTCATTAAAAT
* * ** * ** * *
12278 AGATTATAATTAAATGTCTACGTTGGGAAACATGAAGAAAAAGACA-TTAATTGGCAAGAAAAGT
313 AGACTATAATTGAATGTCTAC-TTGAAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAG-AAGAAAAGT
12342 AC-ATTTATAGTCATCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
376 -CTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
12380 CCATTATAAA
Statistics
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TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
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CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTA
AATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTGCCTCA
Found at i:10634 original size:20 final size:20
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * *
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* * *
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* * ** **
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* * ** *
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*
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* * ** * * * * *
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* * * *
10834 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCA-AATTTAATTTTAAGTTGAA-GTTTTT
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* * *
10897 ACATTTTTGGCTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTA-CTTA
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* ** * * ** * *
10938 GTGAAATGTG-AAGAAAAAAGCATTCATTAGCTAGAAAAGTCCATTTATA-TTTGTCCATTCCTT
1 --GAAACGTGTAA-AAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTT
* * * *
11001 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTT-AAATTTT
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
11238 ATTTTTTGTTAAAACAAAATATAATTGAATGCCTACATTGG
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
11578 ATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACCTTGA
131 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GCTACCTT-A
* * * * **
11619 GAAACGTATAGAAAAA-CCTATTTATTTAGAAGAAAA-ACCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCA
1 GAAACGTGTAAAAAAATCC-ATTTATTTGGAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * * * * *
11682 AAAGCCTTATTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTAGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTT
* * * *
11747 TTA-ATTTTTTGGTTAAAACAAAATATAATAGAATGTCTACCTAA
127 TTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTTA
* * * * * * * *
11791 TGAAACGTG-AAGAAAAA-ACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCTTTCA
1 -GAAACGTGTAA-AAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
** * * ** *
11854 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAGTGATTTCGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * *
11918 ACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCT-TA
* * * * * *
11961 AAAACATGT-AAAAAAGCCATTTATTTAGAA-AAGAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCAA
1 GAAACGTGTAAAAAAATCCATTTATTTGGAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * * * *
12024 AAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGATTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-
* * * * *
12089 AAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTATCTCA
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-TACCTTA
* * **
12131 GGAAACGTGTAAAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAACCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
1 -GAAACGTGTAAAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * * **
12196 AAGCCTTATTACTCCCTTGAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT
* * * * *
12261 AC-TCTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACGTTGG
129 ACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTT-A
* ** * * *
12304 GAAACATG-AAGAAAAAGACA-TTAATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCAT-CTATTCCTTC
1 GAAACGTGTAA-AAAAATCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTC
* * ** *
12366 AAAAGCCTTATTAC-C-CATTATAAATGGTTTTATTATTTCGA-AATTGATTTTGTGTTCAATTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGC-TT-TAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
12428 TCTTTATAGTTTTAGTTAAAAC
125 T-TTTACATTTTTGGTTAAAAC
12450 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1517, Mismatches: 273, Indels: 118
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 276 0.18
170 721 0.48
171 148 0.10
172 297 0.20
173 66 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
GAAACGTGTAAAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTACCTTA
Found at i:13460 original size:170 final size:173
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 173
13029 ACTACAAATG
* * * * * *
13039 AATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAATGAATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTTTACATCGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * *
13103 CCCATTCCTTCAAAAGCATTATTGCTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTTAAAATTGATTTTAAG
66 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
** * *
13168 TTCAATTTTTTTTTTACTTTTTTAATTAAAACATATTATAATTA
131 TTCAATAGTTTTTATAC-TTTTTAATTAAAACAGATTATAATTA
* * *
13212 AATGTTTACGTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAATGT-TCATTTATAGTC
1 AATGTTTACATCGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC
* ** * * *
13276 ATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
65 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAA
** * *
13341 GTT-AA-AGTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTG
130 GTTCAATAGTTTTTATACTTTTTAATTAAAACAGATTATAATTA
** * * *
13382 AATGCTTGT-CAT-GAGAAACATTTAGAAAAAC-CGTTTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
1 AATG-TT-TACATCGAGAAACATGAAGAAAAACGC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
* *
13444 TCACCCATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCACT
63 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
13477 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 38, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 92 0.42
171 5 0.02
172 8 0.04
173 39 0.18
174 76 0.34
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
AATGTTTACATCGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
TTCAATAGTTTTTATACTTTTTAATTAAAACAGATTATAATTA
Done.