Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399510.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2770.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2972
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.09, T:0.30
Warning! 554 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1028 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 743--1052 Score: 392
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
733 NNNNNNNNNN
* * * *
743 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAACGTCTACCCTAG
1 TGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTATAGTAAAAACAGACAATAATTGAACGTCTACCCTAG
* * * * *
808 GAAGCATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATTCCTTTAAA
66 AAAGCATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
*
873 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAATCCCAAAAT
131 AACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAATCCCAAAAT
* * * * *
914 TGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTATGGTAAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
1 TGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTATAGTAAAAACAGACAATAATTGAACGTCTACCCT-A
** * * *
979 GAAAAGTGTAAA-AAATA-TCTTTCATTGAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
65 G-AAAGCATAAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
1041 AAAAACCTTATT
128 AAAAACCTTATT
1053 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 102 0.88
172 7 0.06
173 7 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTATAGTAAAAACAGACAATAATTGAACGTCTACCCTAG
AAAGCATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
AACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAATCCCAAAAT
Found at i:1652 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1575--1664 Score: 119
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
1565 ATTTTTTATT
* ** *
1575 AAAACAGACAATAATTCAATGCCTACCTTGAGAAATGTGAAAA
1 AAAACAGACAATAATTCAATGCCTACATCAAGAAACGTGAAAA
*
1618 AAAACAGACAATAA-TCGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAAA
1 AAAACAGACAATAATTC-AATGCCTACATCAAGAAACGTGAAAA
1661 AAAA
1 AAAA
1665 TTATTTATTG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 2
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.05
43 39 0.95
ACGTcount: A:0.53, C:0.16, G:0.13, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
AAAACAGACAATAATTCAATGCCTACATCAAGAAACGTGAAAA
Found at i:2363 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1858--2964 Score: 711
Period size: 170 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
1848 NNNNNNNNNN
* * ** *
1858 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTAATGGTTAAAACAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * **
1922 GAATGTCTGCCTTCAGAAATATGT-AAAAAATGTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGT
66 GAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAAACT-ATTCATTGAG-AAAAAAGTCCATTTATAGT
* *********** *
1986 CACCTATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTCACTATAAATTGTT
129 CACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTT
* * ** * * *
2028 TTGT-ATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTGATTTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * *
2092 GAGTGCCTACTTTGAGAAACGTGCAAAAAAAACTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 GAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAAACTATTCATTGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTC
* ********** **
2157 ACCCATT-TTTTCAAAANNNNNNNNNNTCGTTTTAAATTGTT
130 ACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTT
* ** * *
2198 TTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTATTTTTATATTTTTAATTAAAATAGACAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
* *
2263 TGAAT-CTTACCTTAAGAAACATG-AAACAAAAAC-ATTTATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATA
65 TGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAA-AAAAACTATTCATTGAG-AA-AAAAGTCCATTTATA
* *
2324 GTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATTGTT
127 GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTT
* * * * *
2368 TTATACTC-CTAAAATTTATTTTAAG-TAGAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAA-AGACTATAA
1 TTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
********** ** ** * * * *
2430 TNNNNNNNNNNCCTCGAGAAATGTGTAAAAAAAACAATTCATTGAGGAAAAAATTTCATTCATAG
64 TTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAAACTATTCATTGA-GAAAAAAGTCCATTTATAG
* * *
2495 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATTGTT
128 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTT
* * * * *
2538 TCATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-GATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAAGT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
* * * ** * *
2601 AAATGCCTGCCTTCAGAAATTTGTAAAAAAAA-TCATTAATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGT
66 GAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAAACT-ATTCATTGAG-AAAAAAGTCCATTTATAGT
* **********
2665 CACCCATTCCTTCAANNNNNNNNNNACTCACTTTAAATTGTT
129 CACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTT
* * * *
2707 TTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-ATGAATTTTTTTATATTTTTTATTACAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
2771 TGATTGCATGCCTTGAA-AAACATG-AGAAAAAGCTACTCATTGAGAAAAAAGGTCCATTTATAG
65 TGAATGCCTACCTT-AAGAAACATGTAAAAAAAACTATTCATTGAGAAAAAA-GTCCATTTATAG
* * * *
2834 TCACCCATTCCGTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATTATN
128 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTT
********* * * * *
2877 NNNNNNNNNCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATCTTTTATTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
* *
2941 TGAATGCCTGCCTTGAGAAACATG
65 TGAATGCCTACCTTAAGAAACATG
2965 CACAAAAA
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 182, Indels: 60
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 23 0.03
169 184 0.25
170 389 0.54
171 98 0.14
172 31 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGCCTACCTTAAGAAACATGTAAAAAAAACTATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTT
Done.