Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397479.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4132.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1355 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:533 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--3091 Score: 921
Period size: 171 Copynumber: 18.1 Consensus size: 170
* * * ** *
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC-ATTTTTATTAAAGCAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT-CTTTTTTTGTTAAAATAG
* * * ** *
64 ATAATATTTGAATA-TCTAGC-TT-AGAAA-ATG-AGAAAAAAGGCTATTCATTGGTAAGAAAAT
65 ATAATAATTGAA-AGTCTA-CATTGAGAAACGTGAAG-AAAAA-GCTATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * ** ** * *
124 TCCAT-TCGTAGTCACCCATGCGTTTGAAAGTTTTATTACTCGCTT
126 TCTATCT-ATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * * * *
169 TAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTAC-ATTTTGGTTAAAACT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTGTTTT-CTTTTTTTGTTAAAA-T
* * * * * * *
232 -GATAATATTTGAATGTATATATT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CTATGAAAAG
63 AGATAATAATTGAAAGTCTACATTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGAC-AAGAAAAG
* * * * * *
294 TCCATCTATAGTCACCCACA-CCTTCGAAAGCTTTATTAATC-CTTT
126 TCTATCTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC-TT
* * *
339 TAAATGGTTTTATGATGTCATAATAAATTTTAAGTTAAATTGTTTTGCTTTTTTTGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT-CTTTTTTTGTTAAAATA-
* * * * * *
404 G-TTATAATTGAAAGTCTACTTTG-GAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTTG-CAAGAGAGGT
64 GATAATAATTGAAAGTCTACATTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGT
* * * ** *
466 -TCATTTATAGT-AGCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTT
127 CT-ATCTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * * * *
510 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTAAAGTTAAAATT-TTCTTACATTTTTAT-TCAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTGTT-TT-C-TTTTTTTGTTAAAA
* * *
573 TAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
62 TAGATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGT
** *
638 CTATCTATAGTCACCTTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
127 CTATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
** * * *
682 TAAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTCT-TTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * * * * *
747 ATAATATTTGAATGTCTACCTT-AGAAA-ATGAGAGGAAAAACCTATTCATTGGCAACAAAAGCC
65 ATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGA-A-GAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
810 CAGCTGA-AGTCATCC--ATCCATTCGAAAGCCTTATTTCTTACTT
128 TATCT-ATAGTCA-CCTAAGCC-TTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * * * * * *
853 TAAATAGTTTTATAATCCCATAAATT-ATTTTAAGTTTAATTATTTTAC-ATTTTTATTAACATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT-CTTTTTTTGTTAAAATA
* ** * * * * * * **
916 TATTGTAGTTGAATGT-TTCCTTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
64 GATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * ** **
979 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTT-CTTACTTGCTT
128 TATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTAC-TACTCACTT
* * * ** * * * *
1022 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT-AGTTAAATTGCCTAACATTTTTGGCTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTG-TTTTCTTTTTTTGTTAAAATAG
* * * * ** * * * *
1086 ATAATATTTCAATGTCTACATTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAA-AAAAGTCC
65 ATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATT-GACAAGAAAAGTCT
* * * * * * *
1150 ATCTATTGTCACCTATGCGTTCAAAAGCCTCATTACTCAATC
129 ATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * * * * *
1192 TAACTGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTGAGTTGAACTT-TTTTACATTTTTTG-TAAAACT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTGTTTT-CTTTTTTTGTTAAAA-T
* ** * * * * *
1255 ATATTGTAATTGAATGTCT-C-TCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAATC-ATCCATTGGCAAGAAAA
63 AGATAATAATTGAAAGTCTACAT-TGA-GAAACGTGAAG-AAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAA
* * * * * * * * * *
1317 GTCCATTTATAATTACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTGCCCATTT
125 GTCTATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * * * * * * *
1363 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTGGTTAAAAAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGT-TTTCTTTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * ** *
1428 ATAATATTTGAATGTCTACAATG-GAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTAATT-TCAAGAAAAGTC
65 ATAATAATTGAAAGTCTACATTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCTA-TCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** *
1491 TATTTATAGTCACCGATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
128 TATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
** * * * * * * * *
1534 TAAATTATTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTAAAATTCTTTACATTTTTTATTAAAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTGTTTTCTTTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * * * * *** *
1599 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAGGTAAAAG-TCATCCATTAATTTGAAAAGTCC
65 ATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATCCATTGACAAGAAAAGTCT
* * * * * * * *
1663 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAATCCTTATTACTCGCTT
129 ATCTATAGTCACCTAAG-CCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * * * * *
1706 TAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTT-TACATTTTTGGTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTCT--TTTTTTGTTAAAATA
* ** * * * *
1769 GATAATAATTGAAAGTCTACATT-AGGAAACATGGGGTAAAAG-TCATCCGTTGGCTAGAAAAGT
64 GATAATAATTGAAAGTCTACATTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * * * * * * **
1832 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAATCCTTATTACTTGCTT
127 CTATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * ** * * * * * ** *
1876 TAAATAGTTTTTTAGCCTTATAATTCATTTTCAGTTGAAGTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTGTTTT-CTTTTTTTGTTAAAATA
* * * * * * * * * * ** *
1940 GATAATATTTGAATGTTTACCTTGAAAAATGAGAACAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAATGC
64 GATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGT-C
* * * * *
2005 -ATCTATAGTCACCTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTC-GTCT
128 TATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACT-T
* * ********* * *
2047 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AAGTTAAATTGTTTTCT-TTTTTTGTTAAAATA
* * * * * * * * * **
2111 AATAATATTTGAATGTCTGCCA-TGAAAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
64 GATAATAATTGAAAGTCT-ACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** * * *
2175 CATCTATGGTCACCCACGCCTTTGAATGCCTTATTACTCGCTT
128 TATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
********** * * * *
2218 TNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTACATTTTTTGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTGTTTTCTTTTTTTGTTAAAATAG
* ** * * * *
2282 ATTATAATTGATTGTTTACCTTGA-AAATCGTGAAGCAAAAG-TCATCCATTGATAAGAAAAGTC
65 ATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGCT-ATCCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * * *
2345 TATGTATAGTCATTTAAGTCTTCGAAATCCTTATTACTTACTT
128 TATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
********** * * * * *
2388 TAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT-CTTTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * * * *
2453 ATAAT-ATTTAAACGTCTA-AGTCAGAAAACGT-AAAAACAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 ATAATAATTGAAA-GTCTACATTGAG-AAACGTGAAGAA-AAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGT
** * * * * **
2515 -TGATCTATACACACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
127 CT-ATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* * * * *
2559 TAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATATT-TTTAC-ATTTTTGTTAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA-ATTGTTTTCTTTTTTTGTTAAA-AT
* ** * * ** * * * **
2622 A-TTTGTGAA-TGAATA-TCTGC--TCAGGAAATATGAAGCAACAGTTAT-CATAT-AGTTAGAA
63 AGATAAT-AATTGAA-AGTCTACATTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCAT-TGA-CAAGAA
* * ** * * * * * *
2680 AAGTTTATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTT
123 AAGTCTATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* ** * ** * * * * *
2728 TGAATTATTTTATAATCTCTTAATTGGTTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATCAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTCT-TTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * * * *
2792 ATAATATTTGAATGTGTCCATT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGT-T
65 ATAATAATTGAAAGTCTACATTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCT
* * *
2855 CATCTATAGTCA-CTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
129 -ATCTATAGTCACCT-A-AGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
********** * * * *
2898 TAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGCTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT-CTTTTTTTG-TTAAAATA
* * * * * * ** * *
2962 GGTAATATTTGTATGTCTACATCGAAAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTTATTGATAAAAAAAAGT
64 GATAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATCCATTGA-CAAGAAAAGT
* * * * ** *
3026 TTATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
127 CTATCTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
3070 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
3092 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2182, Mismatches: 605, Indels: 268
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.00
168 56 0.03
169 254 0.12
170 536 0.25
171 1025 0.47
172 289 0.13
173 16 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTCTTTTTTTGTTAAAATAGA
TAATAATTGAAAGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
CTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
Found at i:1852 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1--3091 Score: 1698
Period size: 513 Copynumber: 6.0 Consensus size: 506
* * * * * *
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GAATTTTTTACA-TTTTTATTAAAGCAA
1 TAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTCTTTACATTTTTTATTAAA-AAA
* * * * * * ** *
64 -ATAATATTTGAATATCTAGC-TTAGAAAATGAGAA-AAAAGGCTATTCATTGGTAAGAAAATTC
65 GATAATATTTGAATGTCTA-CATTGGGAAACGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * ** ** * * *
126 CAT-TCGTAGTCACCCATGCGTTTGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCAT
128 CATCT-ATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
* * * * *
190 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACTGATAATATTTGAATGTATATAT
192 AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACAT
* * * * * *
254 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCTATGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCACACCTT
256 TAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ATCTT
* * * * * * ** *
318 CGAAAGCTTTATTAATCC-TTTTAAATGGTTTTATGATGTCATAATAAATTTTAAGTTAAATTGT
318 CGAAAGCCTTATT-ACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTAAATT-T
* * * * * * * * * *
382 TTTGCTTTTTTTGTTAAAATATG-TTATAATTGAAAGTCTACTTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGT
381 TTTAC-ATTTTTATTAAAA-AAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * *
446 TATCCATTTGCAAGAGAGGT-TCATTTATAGT-AGCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCT
444 CATCCA-TTGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCT-AAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
509 T
506 T
* * *
510 TAAATGGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTAAAGTTAAAATTTTCTTACA-TTTTTATTCAAAA
1 TAAATGATTTTATAATCC-CATAATTGATTTTAAGTTAAAATTCT-TTACATTTTTTATT-AAAA
* *
573 TAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
63 AAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** *
638 CTATCTATAGTCACCTT-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCA
127 CCATCTATAGTCA-CTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCA
* * * *
702 TAATTAATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTTACA-TTTTTGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
766 CTTA-GAAA-ATGAGAGGAAAAACCTATTCATTGGCAACAAAAGCCCAGCTGA-AGTCA-TCCAT
254 ATTAGGAAACATGA-A-GAAAAACC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCAAT
* ** * * *
827 CCATTCGAAAGCCTTATTTCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAAATT-ATTTTAAGTTTA
315 -C-TTCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATTCATTTCAAGTTAA
* * * ** * * *
891 ATTATTTTACATTTTTATTAACATATATTGTAGTTGAATGT-TTCCTTGGGAAACGTGAA-ACAA
377 ATT-TTTTACATTTTTATTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGA-AA
* * * * *
954 AAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTCTTACTTG
440 AAGCCATCCATT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
1019 CTT
504 CTT
* * * * *** *
1022 TAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT-AGTT-AAATTGCCTAACATTTTTGGCTAAAAC
1 TAAATGA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-CTTTACATTTTTTATTAAAAA
* ** *
1084 AGATAATATTTCAATGTCTACATTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAA-AAAAGT
64 AGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATT-GACAAGAAAAGT
* * * * * * *
1148 CCATCTATTGTCACCTATGCGTTCAAAAGCCTCATTACTCAATCTAACTGGTTTTATAATATCAT
127 CCATCTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
* * * **
1213 AATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGTAAAACTATATTGTAATTGAATGTCT-C-T
192 AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTAAAAC-AGATAATAATTGAATGTCTACAT
** * * * *
1276 CTCAGGAAATGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACTTAAGTCT
256 -T-AGGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-TCT
* * *
1341 TCAAAAGCCTTATTGCCCATTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTAAATTC
317 TCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTAAATT-
* * ** *
1405 TCTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACAATGGAAAATGTGAAGAAAAAGC
380 TTTTACATTTTT-ATTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGC
** * * *
1470 CATTTAATT-TCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATG-CATTTGAAAGCCTTATTACTCACT
444 CA-TCCATTGT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGTC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
1533 T
506 T
* * *
1534 TAAATTATTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTAAAATTCTTTACATTTTTTATTAAAAAAT
1 TAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTCTTTACATTTTTTATTAAAAAAG
* * * * * * * * ***
1599 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAGGTAAAAGTCATCCATTAATTTGAAAAGTCCA
66 ATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
1664 TTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAA
130 TCTATAGTCACTTATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAA
*
1729 TTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTGGTAAAACAGATAATAATTGAAAGTCTACATTA
194 TTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTACATTTTTGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACATTA
** ** * * * *
1793 GGAAACATGGGGTAAAAGTCATCCGTTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGA
258 GGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-TCTTCGA
* *** * ** * *
1858 AATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAGCCTTATAATTCATTTTC-AGTTGAAGTTTTTT
321 AAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCA-TTTCAAGTT-AAATTTTTT
* * * * * * *
1922 ACATTTTTCATTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACCTTGAAAAATGAGAACAAAAAGCCATT
384 ACATTTTT-ATTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATC
* * * *
1987 CATTGGTAAGAAAAATGC-ATCTATAGTCACCTATG-CATTCGAAAGCCTTATTACTCG-TCT
448 CATT-GTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCTAAGTC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCT-T
* ********* * *
2047 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTT-TTTATATTTTTTGTTAAAACA
1 TAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTT-AAGTTAAAATTCTTTACATTTTTTATTAAAA-A
* ** * * **
2111 A-ATAATATTTGAATGTCTGCCA-TGAAAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
64 AGATAATATTTGAATGTCT-ACATTGGGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** * ** * * ********** *
2174 CCATCTATGGTCACCCACGCCTTTGAATGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAT
127 CCATCTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
** * * * * * * *
2239 AATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGATTGTTTACCT
192 AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACAT
* * ** ** * * * *
2303 T-GAAAATCGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATGTATAGTCATTTAAGTCTT
256 TAGGAAA-CATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-TCTT
* ** * ********** *
2367 CGAAATCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTT
318 CGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTT-AAATTTT
* * * ** ** * *
2432 TTACATTTTTAGTAAAAATAGATAATATTTAAACGTCTAAGTCAGAAAACGT-AAAAACAAAACC
382 TTACATTTTTATTAAAAA-AGATAATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAA-AAAGCC
* * * ** * * * * *
2496 ATTCATTGGCAAGAAAAGT-TGATCTATACACACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
445 ATCCATT-GTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
2559 TAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATATT-TTTACA-TTTTTGTT-AAATA
1 TAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT-AAAATTCTTTACATTTTTTATTAAAAAA
* * * * * * ** ** * * * **
2621 TAT-TTGTGAATGAATATCTGC-TCAGGAAATATGAAGCAACAG-TTATCATAT-AGTTAGAAAA
65 GATAATAT--TTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCAT-TCAT-TGA-CAAGAAAA
** * ** * * * * * * ** *
2682 GTTTATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTGAATTATTTTATAATCTC
125 GTCCATCTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATC
* * * ** * * *
2747 TTAATTGGTTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATCAAAACAGATAATATTTGAATGTGTCC
190 ATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGT-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
** ** * * * *
2811 ATTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACTCATACCT
254 ATTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ATCT
* * * ********** * * *
2876 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
317 TCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTT-AAATTT
* * * * * * * *
2941 TTTACATTTTTGCTTAAAATAGGTAATATTTGTATGTCTACATCGAAAAACGTGAAGAAAAAGTC
381 TTTACATTTTT-ATTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCC
** * * * * * *
3006 ATTTATTGATAAAAAAAAGTTTATCTATAGTCACCCATG-CATTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
445 ATCCATTG-T-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGTC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
3070 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 TAAATGATTTTATAATCCCATA
3092 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1999, Mismatches: 485, Indels: 194
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Consensus pattern (506 bp):
TAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTCTTTACATTTTTTATTAAAAAAG
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CTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
GATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACATTAGGA
AACATGAAGAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCTTCGAAAGCC
TTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTAAATTTTTTACATTTT
TATTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTAA
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:2577 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--3091 Score: 1951
Period size: 342 Copynumber: 9.1 Consensus size: 339
* ** * *
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTATTAAAGCAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAACAGA
* * * * * *
65 TAATATTTGAATATCT--AGCTTAGAAAA--TGAGAAAAAAGGCTATTCATTGGTAAGAAAATTC
66 TAATATTTGAATGTCTACAG-TCAGAAAACGTAAG-AAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * *
126 CAT-TCGTAGTCACCCATGCGTTTGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCAT
128 CATCT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * * *
190 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACTGATA--ATATTTGAATGTATAT
192 AATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTACATTTTTTATTAAAA-T-ATATTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * * * * ** *
252 ATTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTATGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCACA-CC
254 CTT-GAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGTC
* *
316 TTCGAAAGCTTTATTAATC-CTTT
317 TTCGAAAGCCTTATTACTCAC-TT
* * ** * * * * * *
339 TAAATGGTTTTATGATGTCATAATAAATTTTAAGTTAAATTGTTTTGCTTTTTTTGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTAAAACA-
* * * * ** * ** * * * * *
404 G-TTATAATTGAAAGTCTAC-TTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTTGCAAGAGAGGTT
64 GATAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
467 CATTTATAGT-AGCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
128 CATCTATAGTCA-CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
531 AATTGATTTAAAGTTAAAATTTTCTTACA-TTTTTATTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTAC
192 AATTGATTTTAAGTTAAAA-TTT-TTACATTTTTTATT-AAAATATATTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * * * *
595 ATTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTT-TGC
254 CTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTTAAGT
*
658 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
316 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
** * * * *
682 TAAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAACAG
* * * * *
747 ATAATATTTGAATGTCTAC-CTTAGAAAATG-AGAGGAAAAA-CCTATTCATTGGCAACAAAAGC
65 ATAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAAACGTA-A-GAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * *
809 CCAGCTGA-AGTCATCCAT-CCATTCGAAAGCCTTATTTCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCC
127 CCATCT-ATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
872 ATAAATT-ATTTTAAGTTTAATTATTTTACA-TTTTTATTAACATATATTGTAGTTGAATGTTT-
190 AT-AATTGATTTTAAGTTAAAAT-TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA
* * * * *
934 CCTTGGGAAACGTGAAACAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTC
253 CCTT-GAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC
* * **
999 TTTGAAAGCCTTCTTACTTGCTT
317 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *** *
1022 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT-AGTTAAATTGCCTAACATTTTTGGCTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAG
* * ** *
1086 ATAATATTTCAATGTCTACATTGGGAAATATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAA-AAAAGTC
65 ATAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAA-ACGTAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTC
* * * * * ** * * *
1149 CATCTATTGTCACCTATGCGTTCAAAAGCCTCATTACTCAATCTAACTGGTTTTATAATATCATA
128 CATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
1214 ATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTACATTTTTT-GTAAAACTATATTGTAATTGAATGTCT-CTC
193 ATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTACATTTTTTATTAAAA-TATATTATAATTGAATGTTTAC-C
* * * * ** * *
1277 TCAGGAAATGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACTTAAGTCTT
255 T-TGAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTT
* * * *
1342 CAAAAGCCTTATTGCCCATTT
319 CGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
1363 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTGGTTAAAAAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAG
* * * * *
1428 ATAATATTTGAATGTCTACAAT-GGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTAATT-TCAAGAAAAGTC
65 ATAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAAACGT-AAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * ** *
1491 TATTTATAGTCACCGATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCCCATA
128 CATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
1556 ATTTATTTTAAGTTAAAATTCTTTACATTTTTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTT
193 ATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * ** * *
1621 GGGAAACGTGAGGTAAAAGTCATCCATTAATTTGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTG
257 -GAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCG
* *
1686 AAAATCCTTATTACTCGCTT
321 -AAAGCCTTATTACTCACTT
* *
1706 TAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTAAAACAGA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAACAGA
* * * * * ** * * * * *
1771 TAATAATTGAAAGTCTACA-TTAGGAAACATGGGGTAAAAGTCATCCGTTGGCTAGAAAAGTCCA
66 TAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * * * * * * ** *
1835 TTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAGCCTTATAAT
130 TCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * * * *
1900 TCATTTTCAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACCTTGA
195 TGATTTTAAGTT-AAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * * * * * *
1965 AAA-ATGAGAACAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAATGCATCTATAGTCACCTATG-CATTCG
259 AAACGTGA-AGC-AAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCG
*
2028 AAAGCCTTATTACTC-GTCT
321 AAAGCCTTATTACTCACT-T
* ********** * * *
2047 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAACAG
* * * * *
2112 ATAATATTTGAATGTCTGCCA-TGA-AAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
65 ATAATATTTGAATGTCT-ACAGTCAGAAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * **********
2175 CATCTATGGTCACCCACGCCTTTGAATGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATA
128 CATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
2240 ATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGATTGTTTACCTTG
193 ATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * *
2305 AAAATCGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATGTATAGTCATTTAAGTCTTCGA
258 AAAA-CGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGA
* *
2370 AATCCTTATTACTTACTT
322 AAGCCTTATTACTCACTT
********** * *
2388 TAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAAACAG
* * * * **
2453 ATAATATTTAAACGTCTA-AGTCAGAAAACGTAAAAACAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTTG
65 ATAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAAACGTAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * *
2517 ATCTATACACACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAA
129 ATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
2582 TTGATTTTACGTTGAATATTTTTACA-TTTTTGTT-AAATATATTTGTGAA-TGAATATCTGCTC
194 TTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATATA-TTAT-AATTGAATGTTTAC-C
** * * * ** **
2644 AGGAAATA--TGAAGCAACAGTTAT-CATAT-AGTTAGAAAAGTTTATTTATAGTTGCTTAAGTC
255 TTGAAA-ACGTGAAGCAAAAGTCATCCAT-TGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC
* *
2705 TTCGAAAGCCCTATTACTCGCTT
317 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* ** * * * **
2728 TGAATTATTTTATAATCTCTTAATTGGTTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATCAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAAACAG
* * * * * ** *
2792 ATAATATTTGAATGTGTCCA-TTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
65 ATAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * **********
2856 ATCTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAA
129 ATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** ** ** * * * * * *
2921 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGGTAATATTTGTATGTCTACATCG
194 TTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* ** * ** * ** * *
2986 AAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTTATTGATAAAAAAAAGTTTATCTATAGTCACCCATG-CATTT
258 -AAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTC
3050 GAAAGCCTTATTACTCACTT
320 GAAAGCCTTATTACTCACTT
3070 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
3092 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2125, Mismatches: 536, Indels: 180
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 46 0.02
339 280 0.13
340 297 0.14
341 549 0.26
342 622 0.29
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344 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAACAGA
TAATATTTGAATGTCTACAGTCAGAAAACGTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
CTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTAAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAA
ACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGC
CTTATTACTCACTT
Found at i:3996 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3674--6754 Score: 1920
Period size: 171 Copynumber: 18.1 Consensus size: 170
3664 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
3674 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTTTTACTTAAAACAGGTAATATTTGTATGTCTACA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATGTAATAATTGAATGTCTACC
* * * * ** ** ** *
3739 TCGAGAAACATGTAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATCTATAGTCACCCATG-CAT
65 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTC-T
* * *
3803 TCGAAA-CTCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCG
129 TCGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
3845 TAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATGTAATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * **
3909 TCAAGAAATGTGAGGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCGGTTAAGTCTT
65 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTCTT
* * ****
3974 CGAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNN
130 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
****** * * **
4015 NNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAAATAGATAATATTTGGTTGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAT-G-TAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
4079 GT-AAGGAAACATGAAGAAAAA-ACTATTTATTGGA-AAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCATG
64 CTCAA-GAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAG
* * *****
4141 -CATTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNN
126 TC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
***** * * *
4186 NNNNNGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAAATAGATAATATTTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAT-G-TAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * ** * *
4250 CATGAA-AAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTACATCTATGGTCACCCATGCC
64 C-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTC
* * *
4314 TTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCA
128 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
4357 TAATTGATTTTAAGTTGTAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAAGATATTATAATTGACTGTTTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATGTAATAATTGAATGTCTAC
** * ** * * * ***
4421 CT-TGGAAAACATG-AGGCAAAGTCATCCATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTGGTTTAAGTC
64 CTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTC
* * *
4484 TTCGAAATCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
128 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
4527 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA-TTTTTGGTAAAAATAGATAATATTTGAATGTGTAA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAT-G-TAATAATTGAATGTCTAC
* * ** * ** *
4591 GTC-AGAAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-C
64 CTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTC
* ** * *
4654 ATTCGAAAGCGTTATTACTCATTTTAAATTGTTTAATAATCTCA
128 -TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * *
4698 TAA--GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAG-AAAAATTTTGAATGT-TAA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAATGTAATAA--TTGAATGTCT-A
* * * * * * *
4759 CCTTGAA-AAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAGGTGCATCTATCA-TCACCT-A-
63 CC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTAT-AGTCACTTAAG
* * **********
4820 TACATTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCA
126 T-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * * *
4867 TAATTAATTTTAAGTTTTATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAATG-TAATAATTGAATGTCTACC
* * * * ** ** * * *
4932 ATGAA-AAACATAAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATCTATAGTCAGC-CATGCC
65 -TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA-CTTAAGTC
* *
4995 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT-TAAATCTCA
128 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCA
* * * * * * * * *
5038 TAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATA-TTTTTGATAAAATATATTATGAGTGAATATCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATGTAATAATTGAATGTCTACC
** * * * * * * ** * * *
5102 TTGAGAAATGTGAAGCAAAAGTTATTGATTGGTTAGAAAAGTTTATTTATAATCGCTTAAGTCTT
65 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTCTT
* * * *
5167 CGAAAGCCCTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTCT
130 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * ** * *
5208 TAATTGGTTTAAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAACGGGTAATATTTGAATGTGT-CC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATGTAATAATTGAATGTCTACC
*** * * * * ** *
5271 AGTAGAAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATA-CC
65 TCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTA-AGTC
*
5335 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
128 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
5378 TAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGCTTAAAACAAGTAATATTTGTATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAA-ATGTAATAATTGAATGTCTAC
* * * * *** * * *
5442 ATC-GGAAAACGTGAA-AAAAAGTCATTTATTGGTAAGAAAAGTTTTTCGATAGTCACTCATG-C
64 CTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTC
* * *
5504 GTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA-GAGTTTAATAATCTCA
128 -TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCA
* * * * *
5548 TAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATGTAATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * * *
5613 TCGAGAAATGAGAGGCAAAAGTC-GTCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCGCTTAAGTCT
65 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTCT
* *** * *
5677 TTGAAATTTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCA
129 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
5719 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACA-GATAATATTTGAATGTTT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATG-TAATAATTGAATGTCT
* * * * *
5781 ACCTTAAAAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGATCAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCTT-TG
62 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA-CTTAAG
* ** * *
5845 -CGTTCGAAAGCCCTATTACTCAATCTAAATGGTTTTATACTCTCA
126 TC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
5890 TAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTG-TAAAAATATATTGTCATTGAATGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAATGTA--ATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
5954 CTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCT
64 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTCT
* *
6019 TCGAAAGCCTTATT-GTC-CATTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
129 TCGAAAGCCTTATTACTCGC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
6061 TAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTATATTTTTTATTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAATG-TAATAATTGAATGTCTAC-
* ** * * * ** * * ** *
6126 ATGGAG-AATGTAAAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATTGTCACCCATG-CA
64 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTC-
* **
6189 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA
128 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * **
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1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAAATGTAATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * * *
6297 TCAGGAAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
65 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTCTT
* ** * **
6362 TGAATTCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAATCA
130 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
6403 TGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACCA-GATAATAATTGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA--ATG-TAATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * * *
6466 CATCAGGAAACGTG-GGTCAAAAGTCATCCATTGGCT-AGAAAAATCTATTTATAGTCACTT-AG
63 CCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAG
* * * * *
6528 TCTTTGAAATCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCA
126 TCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
6573 TAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-GATAA-AATTTGAATGTTTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-ATG-TAATAA-TTGAATGTCTA
* *** * * * * * *
6636 CCTTGAA-AAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAGGTACATCTATCGTCACCT-A-T
63 CC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGT
* * * *
6698 ACATTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
127 -C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
6744 TAATTGATTTT
1 TAATTGATTTT
6755 NNNNNNNNNN
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TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAATGTAATAATTGAATGTCTACCT
CAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGTCTTC
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:4179 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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3594 TATTAATCCA
* * * ****
3604 AAAAGTTCATCTATAGTCACCCATA-TCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTNNNN
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
****** * * * * * *
3668 NNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTTTTACTTAAAACAGGTAATATTTGTATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTAAAAAAGATAATATTTGAATG
* * * * * *
3733 TCTACATCGAGAAACATGTAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATCTATAGTCACCC
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* * *
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193 ATGC-TTCGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** *
3861 AAAATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAGGC
256 GAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGC
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* * **** * *
3945 AAAAATCCATTTATAGTCGGTTAAGTCTTCGAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
********** * **
4010 TNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATAATATTTGGTTGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAA-AGATAATATTTGAATGT
* * *
4075 CTACGTAAGGAAACATGAAGAAAAAACT-ATTTATTGGAAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCA
130 CTACAT-AGGAAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCA
* * ********** *
4139 TGCATTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTTA
194 TGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
4204 ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATA-GATAATATTTGAATGTCTACCATGAA-AAACATGAAG-
258 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATG-TAATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGC
* *
4266 ACAAAGCCATTCATTGATAAG
321 A-AAAGTCATCCATTGATAAG
* * * * * * *
4287 AAAAGTACATCTATGGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAACGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
4352 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAA-TTTTTTATATTTTTTGT-TAAAAGATATTATAATTGACT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAAAGATA--ATATTTGAAT
* * * * ** * * * * ***
4415 GTTTGCCTTGGAAAACATG-AG-GCAAAGTCATCCATT-GATAACAAAAGTCCATTTATAGTGGT
128 GTCTACATAGG-AAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTATCTATAGTCAC
* * * * *
4477 TTAAGTCTTCGAAATCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
191 TCATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** * *
4542 TG-AATTTTTTAACATTTTTGGTAAAAATA-GATAATATTTGAATGTGTAAGTC-AGAAAACGTA
255 TGAAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATATG-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATG
* ** * *
4604 AAGAAAAAACCATTCATTGGTAAG
317 AAGCAAAAGTCATCCATTGATAAG
* * ** * *
4628 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CATTCGAAAGCGTTATTACTCATTTTAAATTGTTTAATA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
4692 ATCTCATAA--GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGA-AAAATTTTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTAAAAAAGATAATA-TTTGAAT
* * * * *
4754 GT-TAACCT-TGAAAAATG-AGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAGGTGC-ATCTATCA-T
128 GTCT-ACATAGGAAACATGAAG-A-AAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGT-CTATCTAT-AGT
* * * ********** *
4814 CAC-CTATACATTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTAATTTT
188 CACTC-ATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * * * *
4878 AAGTTTTATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-AAGATAATATTTGAATGTCTACCATGAA-AAAC
251 AAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATG-TAATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAAC
* * * * **
4941 ATAAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAG
314 ATGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAG
** * * * * *
4968 AAAAGTTTATCTATAGTCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT-TAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-A
* * * * * *
5032 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTT-G-ATAAAATATATTATGAGTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAAAGATAATAT--TTGAAT
* * * * ** * * * ** * * * *
5095 ATCTGCCTTGAGAAATGTGAAG-CAAAAGTTATTGATTGGTTAGAAAAGTTTATTTATAATCGCT
128 GTCTACATAG-GAAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACT
* * * * * * * *
5159 TAAGTCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTCTTAATTGGTTTAAAGTT
192 CATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *** * * ***
5224 -TAATTTTTTACATTTTTGGTCAAAACGGGTAATATTTGAATGTGT-CCAGTAGAAAACATGAAG
256 GAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAG
* * * *
5287 AAAAACTCATTCATTGACAAG
320 CAAAAGTCATCCATTGATAAG
* * *
5308 AAAAATCCATCTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
5372 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGCTTAAAACAAG-TAATATTTGTA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG--TAAAA-AAGATAATATTTGAA
* * * * * * *
5435 TGTCTACATCGGAAAACGTG-A-AAAAAAGTCATTTATTGGTAAGAAAAGTTTTTCGATAGTCAC
127 TGTCTACATAGG-AAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATCTATAGTCAC
* * *
5498 TCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA-GAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAG
191 TCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
5562 TTGAAATTTTTTACATATTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTCGAG-AA-ATGAG
254 TTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-
* *
5625 AGGCAAAAGTCGTCAATTGATAAG
318 A-GCAAAAGTCATCCATTGATAAG
* * * ** * *** * *
5649 AAAAGTCCATTTATTGTCGCTTAAGTCTTTGAAATTTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
5714 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAG-TAAAAAAGATAATATTTGAAT
* * ** * *
5777 GTTTACCTTAAAAAACGA-GAAG-AAAAAGTCATTCATT-GATCAGAAAAGTCCATCTATAGTCA
128 GTCTA-CATAGGAAAC-ATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTATCTATAGTCA
* * ** * * *
5839 -TCTTTGCGTTCGAAAGCCCTATTACTCAATCTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTCTAA
190 CTC-ATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * * **
5903 GTTGAACTTTTTTATATTTTTTGTAAAAATATATTGTCATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGA
253 GTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
*
5968 AGCAAAAGTCATCCATTGGTAAG
318 AGCAAAAGTCATCCATTGATAAG
* * * ** * *
5991 AAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATT-GTC-CATTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC--TTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
6054 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTATATTTTTTATTAAAAAAGATAATATTTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTAAAAAAGATAATATTTGAAT
* * * *
6119 GTCTACA-ATGGAGA-ATGTAA-AGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATTGTCA
128 GTCTACATA-GGAAACATG-AAGA-AAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATCTATAGTCA
* * **
6181 CCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
190 CTCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * ** * *
6246 TTAAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAATATTATAATTGAATATTTGTCTCAGGAAACATGAG
254 TTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* *
6311 GCAAAAGTCATCCATTGACAAC
319 GCAAAAGTCATCCATTGATAAG
* * ** * ** *
6333 AAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAATTCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * *
6398 AATCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAACCAGATAATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAA-AAGATAATATTTGAATGT
* * ** * ** * * *
6463 CTACATCAGGAAACGTG-GGTCAAAAGTCATCCATTGGCTAGAAAAATCTATTTATAGTCACTTA
130 CTACAT-AGGAAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCA
* * * * * *
6527 -GTCTTTGAAATCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
194 TG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
6591 ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-GATAA-AATTTGAATGTTTACCTTGAA-AAATAAGAAG
258 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATG-TAATAA-TTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAG
* * **
6653 AAAAAGCCATTTATTGATAAG
320 CAAAAGTCATCCATTGATAAG
* * * * * * * *
6674 AAAGGTACATCTATCGTCA-CCTA-TACATTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGT-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
6737 AATCTCATAATTGATTTT
64 AATCTCATAATTGATTTT
6755 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2195, Mismatches: 505, Indels: 220
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 8 0.00
338 8 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAAAGATAATATTTGAATGTC
TACATAGGAAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCATG
CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAG
TCATCCATTGATAAG
Found at i:6377 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3825--6754 Score: 1247
Period size: 512 Copynumber: 5.7 Consensus size: 512
3815 TTACACGCTT
** * * * * * *
3825 TAAATGGTTTTATAATTTCGTAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAAAATCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTAAAAACA-
* * * * * * *
3889 G-TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAGGCAAAAGTCATCCATT-GATAAGAAAAATC
65 GATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAGTCAAAAGTCATCCATTGGCT-AGAAAAATC
* ** * * * *****
3952 CATTTATAGTCGGTTAAGTCTTCGAAA-TCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNN
129 CATTTATAATCACTT-AGTCTTCGAAAGCCTTT-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
***** * * * ** * **
4016 NNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAAATAGATAATATTTGGTTGTCTACG
192 AATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTATTAAAAA-AGATAAAATTTGAATGTCTAC-
* * * * * * *
4080 TAAGGAAACAT--GAAGAAAAAACTATTTATTGGA-AAGAAAAGT-CTATCTATAGTCACTCATG
255 -AATGAAAAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATT-GACAAGAAAAGTAC-ATCTATCGTCACCCATA
* * * ********** *
4141 CATTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTTAA
317 CA-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * *
4205 TTTTTT-TACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCAT-GAAAAAC-ATGAAGA
381 TTTTTTATA-ATTTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATTTACC-TCAAAAAACGA-GAAGA
* * * * * * * ** * * * *
4267 CAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTACATCTATGGTCA-CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTTC
443 AAAAGTCATCCATTGATCACAAAAGTCCATCTATAGTCAGCTTA-GCGTTCGAAAGCCCTATTAC
** *
4331 TCGCTT
507 TCAATC
* ** * * * * *
4337 TAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAAGA
1 TAAATGGTTTTATAAAATCATAATTGATTCTAAGTTG-AACTTTTTTACATTTTTAGTAAAAACA
* * * * * * ** * * *
4401 TATTATAATTGACTGTTTGCCT-TGGAAAACATGAGGC-AAAGTCATCCATT-GATA-ACAAAAG
65 GATAATAATTGAATGTCTACATCAAG-AAACGTGAGTCAAAAGTCATCCATTGGCTAGA-AAAA-
* *** * ** *
4462 TCCATTTATAGTGGTTTAAGTCTTCGAAA-TCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
127 TCCATTTATAATCACTT-AGTCTTCGAAAGCCTTT-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * ** * *
4526 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAACA-TTTTTGGTAAAAATAGATAATATTTGAATGTGT
190 ATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTT-ACATTTTTTATTAAAAA-AGATAAAATTTGAATGTCT
* * * * ** * *
4589 A-AGTCAGAAAACGT-A-AAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCA
253 ACAAT--GAAAA-ATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTACATCTATCGTCACCCA
* * * * * * *
4651 TGCATTCGAAAGCGTTATTACTCATTTTAAATTGTTTAATAATCTCATAA--GATTTTAAGTTGA
315 TACATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
** * * ** *
4714 ATTTTTT-TACATTTTTCATTAAAAAAGA-AA-AATTTTGAATGTTAACCTTGAAAAATGAGAAG
380 ATTTTTTATA-ATTTTTTGTTAAAAAAGATAATAA--TTGAATATTTACCTCAAAAAACGAGAAG
* * * * * * * * * *
4776 AAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAGGTGCATCTATCA-TCACCTATA-CATTCGGAAGCCTTATT
442 AAAAAGTCATCCATTGATCACAAAAGTCCATCTAT-AGTCAGCT-TAGCGTTCGAAAGCCCTATT
* *
4839 ACTCACTT
505 ACTCAATC
********** ** * * ** * * *
4847 TAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTAATTTTAAGTTTTATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAA-A
1 TAAATGGTTTTATAAAATCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAG-TAAAAACA
* * * * * * * * *
4911 GATAATATTTGAATGTCTACCATGAA-AAACATAAAG-AAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 GATAATAATTGAATGTCTA-CATCAAGAAACGT-GAGTCAAAAGTCATCCATTGGCTAGAAAAAT
** * * * * * * * *
4974 TTATCTATAGTCAGC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTA-AATCTC
128 CCATTTATAATCA-CTTA-GTCTTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * * ** * * *
5037 ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGA-TAAAATATATTATGA-GTGAATATCTG
190 ATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTATTAAAAAAGA-TAAAATTTGAATGTCTA
** * ** * ** * *** ** * ** * **
5100 CCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGTTATTGATTGGTTAGAAAAGTTTATTTATAATCGCTTA-AGT
254 CAATGAAAAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTACATCTATCGTCACCCATA--
* * * * * * * *
5164 C-TTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTGAAT-GATTTTATAATCTCTTAATTGGTTTAAAGTTTAA
317 CATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * ** * * * * *
5227 TTTTTTA-CATTTTTGGTCAAAACGGGTAATATTTGAATGTGT-CCAGT-AGAAAAC-ATGAAGA
381 TTTTTTATAATTTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATTTACC--TCAAAAAACGA-GAAGA
* * * * * * * * *
5288 AAAACTCATTCATTGA-CAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTA
443 AAAAGTCATCCATTGATC-ACAAAAGTCCATCTATAGTCA-GCTTAGCGTTCGAAAGCCCTATTA
** *
5351 CTCGCTT
506 CTCAATC
** * * * * * *
5358 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGCTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAAAATCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAG-TAAAAACA
* * * ** ** *
5422 -AGTAATATTTGTATGTCTACATC-GGAAAACGTGA-AAAAAAGTCATTTATTGG-TAAGAAAAG
65 GA-TAATAATTGAATGTCTACATCAAG-AAACGTGAGTCAAAAGTCATCCATTGGCT-AGAAAAA
* * * * * ** * *
5483 T--TTTTCGATAGTCACTCA-TGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAGAGTTTAATAATC
127 TCCATTT--ATAATCACTTAGT-C-TTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
5545 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACA-TATTTAGTTAAAATATGTTATAA-TTGAATG
188 TCATAATTCATTTTAAGTT-AAATTCTCTTACATTTTTTA-TTAAAA-AAGATAAAATTTGAATG
* * * * * * * * ** * * * * * **
5607 TTTAC-CTCGAGAAATGAGAGGCAAAAGTCGTCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCGCTT
250 TCTACAAT-GAAAAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTACATCTATCGTCACCC
** *** * *
5671 A-AGTC-TTTGAAATTTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
314 ATA--CATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
5734 TAATTTTTTTTTAATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACCTTAAAAAACGAGAAG
377 TAAATTTTTTATAATTTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATTTACCTCAAAAAACGAGAAG
* * * *
5799 AAAAAGTCATTCATTGATCAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCTTTGCGTTCGAAAGCCCTATTAC
442 AAAAAGTCATCCATTGATCACAAAAGTCCATCTATAGTCAGCTTAGCGTTCGAAAGCCCTATTAC
5864 TCAATC
507 TCAATC
*** * * * *
5870 TAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTGTAAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAAAATCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAG
** * * * * *
5935 ATTGTCATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAG-CAAAAGTCATCCATTGG-TAAGAAAAGTC
66 ATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTG-AGTCAAAAGTCATCCATTGGCT-AGAAAAATC
* *
5998 CATTTATAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTGT-C-CATTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
129 CATTTATAATCACTT-AGTCTTCGAAAGCCTT-TT-TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* *
6061 TAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTATATTTTTTATTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTACA
191 TAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTATTAAAAAAGATAAAATTTGAATGTCTACA
* * * * * * *
6126 ATGGAGAATGTA-AAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGT-CTATCTATTGTCACCCATGCA
256 ATGAAAAAT-AAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTAC-ATCTATCGTCACCCATACA
*
6189 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAT
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT
* * ** ** * *
6253 TTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAAAATATTATAATTGAATATTTGTCTCAGGAAAC-ATGAGGCAAA
382 TTTTTATAATTTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATTTACCTCAAAAAACGA-GAAGAAAA
* * ** **
6316 AGTCATCCATTGA-CAACAAAAGTCCATTTATAGTC-GCTTAAGTC-TTTGAATTCTTTATTACT
446 AGTCATCCATTGATC-ACAAAAGTCCATCTATAGTCAGCTT-AG-CGTTCGAAAGCCCTATTACT
** *
6378 CGCTT
508 CAATC
* * * *
6383 TAAATGGTTTTATAAAATCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAACCAG
1 TAAATGGTTTTATAAAATCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAG
* * *
6448 ATAATAATTGAATGTCTACATCAGGAAACGTGGGTCAAAAGTCATCCATTGGCTAGAAAAATCTA
66 ATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAGTCAAAAGTCATCCATTGGCTAGAAAAATCCA
* * * * *
6513 TTTATAGTCACTTAGTCTTTGAAATCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATT
131 TTTATAATCACTTAGTCTTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * **
6578 CATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAAAATTTGAATGTTTACCTTGAA
196 CATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTATTAAAAAAGATAAAATTTGAATGTCTACAATGAA
* * *
6643 AAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAGGTACATCTATCGTCACCTATACATTCAAAA
261 AAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTACATCTATCGTCACCCATACATTCAAAA
*
6708 GCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
326 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
6755 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1903, Mismatches: 406, Indels: 218
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.00
509 21 0.01
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511 382 0.20
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514 24 0.01
515 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
TAAATGGTTTTATAAAATCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAG
ATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAGTCAAAAGTCATCCATTGGCTAGAAAAATCCA
TTTATAATCACTTAGTCTTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
CATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTATTAAAAAAGATAAAATTTGAATGTCTACAATGAA
AAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTACATCTATCGTCACCCATACATTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATAA
TTTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATTTACCTCAAAAAACGAGAAGAAAAAGTCATCCAT
TGATCACAAAAGTCCATCTATAGTCAGCTTAGCGTTCGAAAGCCCTATTACTCAATC
Found at i:8134 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7681--8150 Score: 565
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
7671 NNNNNNNNNN
* * *
7681 GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTCCCA
1 GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTTCTA
* *
7746 AGGTAGACATTCAATTATATTATATATTAATAGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATT
66 AGGTAGACATTCAATTATATTATATATTAACAGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * *
7811 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC
131 AAGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTC
* * ** * * * * * ** *
7852 GAAGGCATGGGTGACTATAGATAGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCT
1 GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACAT-TTTCT
* * * * * *
7915 -TGGTATAGAGATTCAA--ATATTATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAAACTCAACTTAAA
65 AAGG--TAGACATTCAATTATATTA--TATATTAA-CAGAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAA
*
7976 ATCAATTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTC
124 ATCAATTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTC
*
8024 GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTTCTA
1 GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTTCTA
* *
8089 AGGCAGACATTCAATTATATTATATATTAACAGAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
66 AGGTAGACATTCAATTATATTATATATTAACAGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
8151 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 48, Indels: 26
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.04
170 3 0.01
171 87 0.37
172 122 0.51
173 5 0.02
174 11 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTTCTA
AGGTAGACATTCAATTATATTATATATTAACAGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
AAGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTC
Found at i:8841 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 8394--10352 Score: 685
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 173
8384 CTTTAACCAA
* * * *
8394 AAATGTAAAAAAATATTTAACTTAAAATCAA-TTA-AGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 AAATGTCAAAAAA-ATTCAACTTAAAAT-AAGTTATA-AAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * * *
8457 ATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAATGGATGACTTTTCCTT
63 ATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTCCTT
* * *
8522 CATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTTAATAAG
128 CATGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTAATAAG
* * * * * *
8568 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAAATTATAAAATCACTTACAGCGAGTAATA
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
8633 AGGCTTTCGAAGACTTAAGCAAATATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTGCTTCAT
66 AGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTCCTTCAT
*
8698 GTTTCTTGAGGGAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAACTAA-
131 GTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTAA-TAAG
* * * *** * *
8740 ACATGT-AAAAACATTTAACTTAAAATAAG-TATGAGGCTTCGAAGACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTAT-AAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * ** *
8803 AAGGCTTTCGAA-AGCATAAGTGGCTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATA--AATGGCTTTTTCT
65 AAGGCTTTCGAAGA-CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAA-AGGGATAACTTTTCCT
** * * * * * * * **
8865 TCACATTTCCCT-ACGTAGACAATCAA--ATATTATCTGTTTTAACCA-
127 TCATGTTT-CTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATAT-TTTTAATAAG
* * * * * * * *
8910 AAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAGTTATGAGATTAAAAAATCATTTGAAGTAAGTAATA
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
8974 AGGTTTTCGAAGACTTTAA-CGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGACTTTTGCC-TC
66 AGGCTTTCGAAGAC-TTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTT-CCTTC
* ** * * * * *
9037 -TCGGTTCCAAAGGCAGACATTTAACTATAATATATTTTGACA-AA-
129 AT-GTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTA-ATAAG
* * * * * * ** *
9081 AAATAT-AAAAAAATTCAACTTAACATCAA-TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTGAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * * * * * ** *
9144 AAGGCTTTTGAATG-CAT-GGTTGGCTATAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT
65 AAGGCTTTCGAA-GACTTAAG-CGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTCCTT
* * * * * *
9207 CATGTTT-TCTAATGTAAACATTCAAATATTATCT-TTTTTAAGCAA-
128 CATGTTTCT-TAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTAA-TAAG
* * * * * * * **
9252 AAATG-GAAGAGAATTTAACTTAAAATGAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * * *
9315 AAGGCTTTTGAAGACTTAAGCTATTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTCCTTCA
* * * * * * * * * *
9380 TATTTCCTGAGGTAGATATTCACTTACAATATA-TTTTAACAAA
130 TGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTAATAAG
* * * * * * **
9423 AAATGT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * ** * ** * * * ** *
9486 GAGACTTCCGAACG-CATGGGTGACTGCAGATGGACTTTTC-TG-ATCAATGAATGGCTTTTTCT
65 AAGGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCA--AAGGGATAACTTTTCCT
*** ** * * ** * * **
9548 TCCCATTTCCCAATGTAGTCATTCAA--ATATTATCTGTTTTAGCCAA-
127 TCATGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATAT-TTTTA-ATAAG
* * * * * * * * *
9594 AAAAGT-TAGAAAATTTAACTAAAAATGAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAC
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * ** *
9657 AAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTACC-TC
65 AAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTT-CCTTC
* * * * *
9721 ATGTTTCCTT-AGGTAGACATTCAACTACAATATA-TGTTAATAA-
129 ATGTTT-CTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTAATAAG
* * * * * *
9764 AAATGT-AAAAGAATTAAACTTAAAATGAA-TTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * * * * * * * ***
9827 AAGGCTTGCGAACGGA--TGGGTGACTACAGATGGGCTTTTGTTACCAATGAATGGGTTTTTCCT
65 AAGGCTTTCGAA--GACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGAT-AACTTTTCCT
* * * * *
9890 CTCAT-TTTCTT-TGGTAAACATTCAA--ATATTATCTGTTTTAATAAA
127 -TCATGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATAT-TTTTAATAAG
* * * * *
9935 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTGAAATTAA-TTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTT-AAAATAAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * ** * * * * ** * *
9998 AAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAGATGGAC-TTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTAC
65 AAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAAAGGGATAACTTTTCCTTC
* * * * * * *
10061 ATGTTTCTCAATGTAAAGATTCAA--ATATTATCTGTTTTAGTCAA-
129 ATGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATAT-TTTTAAT-AAG
* * * * ** * * * *
10105 AAATGTAAAAAAAAATCAACTTTAAATCAA-TTATGAGTTTATAAAACAATTTAAAACGAGTAAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * * * * *
10169 AAGGCTTTCGAACACTTAAGCGACAACAAATGAACCTCTGTTGCCAATGAATAACTTTTGCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTCCTTCA
* ** * * * *
10234 CGTTTCCCAAGGTAAACTTTCAATTATAATATA-TTTTAACAAA
130 TGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTAATAAG
* * * * * *
10277 AAATG-CAAAACAATTCAACTCAAAATTTA-TTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
10340 AAGGCTTTCGAAG
65 AAGGCTTTCGAAG
10353 GCGTGAGTGA
Statistics
Matches: 1384, Mismatches: 328, Indels: 149
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 30 0.02
170 286 0.21
171 810 0.59
172 96 0.07
173 134 0.10
174 19 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (173 bp):
AAATGTCAAAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATAAAATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTCCTTCAT
GTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATATATTTTTAATAAG
Found at i:9008 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8251--10352 Score: 1672
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 341
8241 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
8251 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGA-TATGGGTGACTGTAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGACT-TAAGCGACTATAA
* * * * * * * * * * **
8315 ATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTG-TTCATGTTTCTTGATGTAGAGATCCAAATATT
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGAC-TTTTGCCTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAACTACA
* ** * *
8379 ATTTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCA
129 ATATATTTTAACAAAAAATGT--AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * ** * * * * *
8444 TTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAATG
191 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTACAGATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * ** * * * * * * * *
8508 GATGACTTTTCCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTTAA-TAAGAAA
255 AATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCT-ATGTAAACATTCAAATATTATCT-GTTTTAAGCAA-AAA
8571 TGTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
317 TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * * * *
8597 GTTATAAAATTATAAAATCACTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCAAATATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAA
* * * * * * * * *
8662 TGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGGAAACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAACTACAAT
* * * * ** *
8727 ATATTTTAACTAAACATGTAAAAACATTTAACTTAAAAT-AAGTATGAGGCTTCGAAGACCATTT
131 ATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTT
* ** * * ** *
8791 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTGGCTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATAAATG
194 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
8856 GCTTTTTCTTCACATTTCCCTACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAAA
259 GCTTTTTCTTCACATTTCCCTATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAA
*
8920 AAATTCAATTTAAAATCA
324 AAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
8938 GTTATGAGATTAAAAAATCATTTGAAGTAAGTAATAAGGTTTTCGAAGACTTTAA-CGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGAC-TTAAGCGACTATAA
* * ** * * *
9002 ATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGACTTTTGCCTC-TCGGTTCCAAAGGCAGACATTTAACTATA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCAT-GTTTCCTGAGGTAGACATTCAACTACA
* * * * *
9066 ATATATTTTGACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAACAATT
129 ATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * * * * * * *
9131 TAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAATGCATGGTTGGCTATAGATGGACCTTTCTTACCAATGAAT
193 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
** * * *
9196 GGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTTTTTTAAGCAAAAATGGAA
258 GGCTTTTTCTTCACATTTCCCT-ATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAA
* * * *
9260 GAGAATTTAACTTAAAATGA
322 AAAAATTCAACTTAAAATCA
** * *
9280 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGACTTAAGCTATTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAA
* * * * *
9344 ATAGATTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAGGTAGATATTC-ACTTACA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAC-TACA
*
9408 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
129 ATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** * * * * * *
9473 TAGAGTGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTTTCTGATCAATGAAT
193 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * ** * *
9538 GGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAATGTAGTCATTCAAATATTATCTGTTTT-AGCCAAAAAAGTTA
258 GGCTTTTTCTTCACATTTCCCTATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAG-CAAAAATGTAA
* * * *
9602 GAAAATTTAACTAAAAATGA
322 AAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
9622 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTACAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAA
* * * *
9687 TGGACTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTACCTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTCAACTACAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAACTACAAT
* * * * *
9752 ATATGTTAA-TAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATACAACCATTTA
131 ATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
9816 AAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAACGGATGGGTGACTACAGATGGGCTTTTGTTACCAATGAATGG
195 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * **
9881 GTTTTTCCTCTCATTT-TCTTTGGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA
260 CTTTTTCTTCACATTTCCCTAT-GTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAA
* *
9945 AAATTCAACTTGAAATTA
324 AAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** * *
9963 ATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATCGGTGACTATAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAA
* * * * * * * * * *
10027 ATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-TCTACATGTTT-CTCAATGTAAAGATTCAAATAT
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCT-CATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAACTAC
* * * * * * * * *
10089 TATCTGTTTTAGTC-AAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACA
128 AATATATTTTA-ACAAAAAATGT--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * ** * * * * * * * *
10153 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACACTTAAGCGACAACAAATGAACCTCTGTTGCCAATG
190 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACTTTTCTTACCAATG
** * * * * * * * * *
10218 AATAACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACTTTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATG
255 AATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCTATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGC-AAAAATG
* * * **
10282 CAAAACAATTCAACTCAAAATTT
319 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
10305 ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAG
10353 GCGTGAGTGA
Statistics
Matches: 1415, Mismatches: 308, Indels: 70
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 50 0.04
341 495 0.35
342 610 0.43
343 26 0.02
344 114 0.08
345 8 0.01
346 107 0.08
347 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAACTACAAT
ATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC
TTTTTCTTCACATTTCCCTATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCA
Found at i:9786 original size:683 final size:680
Alignment explanation
Indices: 8392--10010 Score: 1813
Period size: 683 Copynumber: 2.4 Consensus size: 680
8382 TGCTTTAACC
* *
8392 AAAAATGTAAAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 AAAAATGT-AAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * * * * * * *
8457 ATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAATGGATGACTTTTCCTT
64 ATAAGGCTTTCGAAG-CAT-GGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
8522 CATG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTTAATAAGAAATGTCAAAAAAATTCA
127 CATGTTTTC-TAATGTAAACATTCAAATATTATCT-TTTTTAA-AAAAAATG-CAAAAAAATTCA
* * * * * * *
8586 ACTTAAAATCAGTTATAAAATTATAAAATCACTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAA
188 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAA
* * *
8651 GCAAATATAAATGGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGGAAACAT
253 GCAAATATAAATAGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTGCTTCATATTTCCTGAGGGAAACAT
* * * * *
8716 TCAATTATAATATATTTTAACTAAACATGTAAAAACATTTAACTTAAAATAAGTATGAGGCTTCG
318 TCAATTACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATAAGTATGAGGATTAG
* * * * *
8781 AAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTGGCTATAGATGGACTTTTCTTG
383 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCGAAAGCATAAGTGACTACAGATGGACTTTTCTTG
*
8846 TCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCTACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAACCAA
448 TCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAACCAA
* * * * * * * *
8911 AATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAGTTATGAGATTAAAAAATCATTTGAAGTAAGTAATAAG
513 AAAGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAG
* * * * *
8976 GTTTTCGAAGACTTTAACGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGACTTTTGCCTCTCGG
578 GCTTTCAAAGACTTTAACGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGCATGACTTTTACCTCTCGG
* * *
9041 TTCCAAAGGCAGACATTTAACTATAATATATTTTGACA
643 TTCCAAAGGCAGACATTCAACTACAATATATGTTGACA
* * * * ** *
9079 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTGAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * *
9144 AAGGCTTTTGAATGCATGGTTGGCTATAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
66 AAGGCTTTCGAA-GCATGG-TGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * *
9209 TGTTTTCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTTTTTTAAGCAAAAATGGAAGAGAATTTAACTTA
129 TGTTTTCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTTTTTTAA-AAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
9274 AAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCTAT
193 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAAA
* * * * * * * *
9339 TATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAGGTAGATATTCACT
258 TATAAATAGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTGCTTCATATTTCCTGAGGGAAACATTCAAT
* *
9404 TACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAA
323 TACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTT-AACTTAAAAT-AAGTATGAGGATTAGAAA
* * ** * * ** *
9467 ACTATTTAGAGTGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTTTC-TGATC
386 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCGAAAGCATAAGTGACTACAGATGGACTTTTCTTG-TC
* * * * * *
9531 AATGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAATGTAGTCATTCAAATATTATCTGTTTTAGCCAAAA
450 AATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAACC-AAA
* * * * *
9596 AAGTTAGAAAATTTAACTAAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGG
514 AAGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGG
9661 CTTTCAAAGAC-TTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATAG-ATGACTTTTACCTCAT-
579 CTTTCAAAGACTTTAA-CGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GCATGACTTTTACCTC-TC
* ** *
9723 GTTTCCTTAGGTAGACATTCAACTACAATATATGTT-A-A
641 GGTTCCAAAGGCAGACATTCAACTACAATATATGTTGACA
* * *
9761 TAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAA
1 -AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
9826 TAAGGCTTGCGAACGGATGGGTGACTACAGATGGGCTTTTGTTACCAATGAATGGGTTTTTCCTC
65 TAAGGCTTTCGAA-GCAT-GGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT-CT-
* * *
9891 TCA--TTTTCT-TTGGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
126 TCATGTTTTCTAAT-GTAAACATTCAAATATTATCTTTTTTAA-AAAAAATGCAAAAAAATTCAA
* * * *
9953 CTTGAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
189 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
10011 GCATCGGTGA
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 141, Indels: 34
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 8 0.01
683 474 0.61
684 157 0.20
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686 11 0.01
687 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (680 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGCATGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
TTTTCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTTTTTTAAAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAAATAT
AAATAGACTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTGCTTCATATTTCCTGAGGGAAACATTCAATTAC
AATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATAAGTATGAGGATTAGAAAACCAT
TTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCGAAAGCATAAGTGACTACAGATGGACTTTTCTTGTCAATAAA
TGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAAGTAAA
AAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAA
AGACTTTAACGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGCATGACTTTTACCTCTCGGTTCCAAAG
GCAGACATTCAACTACAATATATGTTGACA
Found at i:10022 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 9413--10351 Score: 1202
Period size: 512 Copynumber: 1.8 Consensus size: 513
9403 TTACAATATA
* * * *
9413 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAGAG
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
** * * *
9478 TGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTT-TCTGATCAATGAATGGCT
66 CAAGTAATAAGACTTCCGAACGCATCGGTGACTACAGATGGACTTTCT-TG-TCAATGAATGGCT
* * ** * *
9542 TTTTCTTCCCATTTCCCAATGTAGTCATTCAAATATTATCTGTTTTAGCCAAAAAAGT-TAGAAA
129 TTTTCTACACATTTCCCAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAGCCAAAAAAGTAAAAAAA
* * * * * *
9606 ATTTAACTAAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGA
194 AATCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAACAAGGCTTTCAAACA
* * * * * * **
9671 CTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAAT-AGATGACTTTTACCTCATGTTTCCTTAGGT
259 CTTAAGCGACAACAAATGAACCTCTCTTACCAATGA-ATAACTTTTACCTCACGTTTCCCAAGGT
* * * * *
9735 AGACATTCAACTACAATATATGTTAA-TAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATGAATTATGA
323 AAACATTCAACTACAATATATGTTAACAAAAAATGCAAAACAATTAAACTCAAAATGAATTATGA
* *
9799 GATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAACGGATGGGTGACTACAGATGGGCTT
388 AATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAACGGATGGGTGACTACAGATGGGCTT
9864 TTGTTACCAATGAATGGGTTTTTCCTCTCATTTTCTTTGGTAAACATTCAAATATTATCTG
453 TTGTTACCAATGAATGGGTTTTTCCTCTCATTTTCTTTGGTAAACATTCAAATATTATCTG
* * *
9925 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* ** * *
9990 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAGATGGACTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
66 CAAGTAATAAGACTTCCGAACGCATCGGTGACTACAGATGGACTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
** * * * *
10055 TTCTACATGTTTCTCAATGTAAAGATTCAAATATTATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAAAA
131 TTCTACACATTTCCCAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAGCCAAAAAAGTAAAAAAAAA
** * * * *
10120 TCAACTTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACACT
196 TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAACAAGGCTTTCAAACACT
* * * *
10185 TAAGCGACAACAAATGAACCTCTGTTGCCAATGAATAACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAAA
261 TAAGCGACAACAAATGAACCTCTCTTACCAATGAATAACTTTTACCTCACGTTTCCCAAGGTAAA
* * * * * **
10250 CTTTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGCAAAACAATTCAACTCAAAATTTATTATGAAAT
326 CATTCAACTACAATATATGTTAACAAAAAATGCAAAACAATTAAACTCAAAATGAATTATGAAAT
* *
10315 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
391 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAA
10352 GGCGTGAGTG
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 69, Indels: 7
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
511 61 0.17
512 224 0.63
513 69 0.19
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (513 bp):
TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
CAAGTAATAAGACTTCCGAACGCATCGGTGACTACAGATGGACTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
TTCTACACATTTCCCAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAGCCAAAAAAGTAAAAAAAAA
TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAACAAGGCTTTCAAACACT
TAAGCGACAACAAATGAACCTCTCTTACCAATGAATAACTTTTACCTCACGTTTCCCAAGGTAAA
CATTCAACTACAATATATGTTAACAAAAAATGCAAAACAATTAAACTCAAAATGAATTATGAAAT
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAACGGATGGGTGACTACAGATGGGCTTTTG
TTACCAATGAATGGGTTTTTCCTCTCATTTTCTTTGGTAAACATTCAAATATTATCTG
Found at i:10168 original size:683 final size:682
Alignment explanation
Indices: 8392--10348 Score: 1671
Period size: 683 Copynumber: 2.9 Consensus size: 682
8382 TGCTTTAACC
* * * *
8392 AAAAATGTAAAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 AAAAATAT-AAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTA
* * * ** * * * * * * * * *
8457 ATAAAGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAATGGATGACTTTTCCT
64 ATAAGGCTTGCGAACG-CATGGGTGACTACAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * * *
8521 TCA-TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTTAATAAGAAATGTCAAAAAAATTC
128 TCAGT-TTTC-TAATGTAAACATTCAAATATTATCT-GTTTTAAGAAAAAATG-GAAAAAAATTC
* * * * * * * * *
8585 AACTTAAAATCAGTTATAAAATTATAAAATCACTT-ACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTT
189 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACAT
* * * * * * * * * * * *
8649 AAGCAAATATAAATGGA-CTTTTCTTGCAAAGGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGGAAA
253 AAGCTACTATAAATAGATC-TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTACATATTTCCTAAGGTAAA
* * * * * * * * * *
8713 CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAACATGTAAAAACATTTAACTTAAAAT-AAGTATGAGGC
317 GATTCAAATACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA-GA
** * * * * * * * * ** * **
8777 TTCGAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTGGCTATAGATGGACTTTT
381 TTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTTT
*
8842 CTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCTACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAA
446 CTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAA
* * * * * * *
8907 CCAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAGTTATGAGATTAAAAAATCATTTGAAGTAAGTAA
511 CCAAAAAGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
8972 TAAGGTTTTCGAAGACTTTAACGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGACTTTTGCCTC
576 CAAGGCTTTCAAAGACTTTAACGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGCATGACTTTTACCTC
* * *
9037 TCGGTTCCAAAGGCAGACATTTAACTATAATATATTTTGACA
641 TCGGTTCCAAAGGCAGACATTCAACTACAATATATGTTGACA
* * ** *
9079 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTGAT
1 AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAT
** * * * *
9144 AAGGCTTTTGAATGCATGGTTGGCTATAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
66 AAGGCTTGCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * *
9209 TGTTTTCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTTTTTTAAGCAAAAATGGAAGAGAATTTAACTTA
131 -GTTTTCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGAAAAAATGGAAAAAAATTCAACTTA
* ** * *
9274 AAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCTAT
195 AAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGCTAC
* * * * * * **
9339 TATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAGGTAGATATTCACT
260 TATAAATAGATCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTACATATTTCCTAAGGTAAAGATTCAAA
**
9404 TACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
325 TACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * **
9469 TATTTAGAGTGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTTTC-TGATCAA
390 AATTTAAAACGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTTTCTTG-TCAA
* * * * * *
9533 TGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAATGTAGTCATTCAAATATTATCTGTTTTAGCCAAAAAA
454 TAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAACC-AAAAA
* * * * *
9598 GTTAGAAAATTTAACTAAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCT
518 GTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCT
*
9663 TTCAAAGAC-TTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATAG-ATGACTTTTACCTCAT-GT
583 TTCAAAGACTTTAA-CGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GCATGACTTTTACCTC-TCGG
** *
9725 TTCCTTAGGTAGACATTCAACTACAATATATGTT-A-A
645 TTCCAAAGGCAGACATTCAACTACAATATATGTTGACA
* * * * *
9761 TAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAA
1 -AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAA
* * * * *
9826 TAAGGCTTGCGAACGGATGGGTGACTACAGATGGGCTTTTGTTACCAATGAATGGGTTTTTCCTC
65 TAAGGCTTGCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT-CT-
* * *
9891 TCA-TTTTCT-TTGGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
128 TCAGTTTTCTAAT-GTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGAAAAAATGGAAAAAAATTCAAC
* * * * *
9954 TTGAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-CGG
192 TTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGC
* * * * * * *
10018 TGACTATAGATGGA-CTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTT-CTCAATGTAAAGAT
257 T-ACTATAAATAGATCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTACATATTTCCT-AAGGTAAAGAT
** * * * * *
10081 TCAAATATTATCTGTTTTAGTC-AAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTTAAATCAATTATGAGTTT
320 TCAAATACAATATATTTTA-ACAAAAAATGT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * ** * ** * * * * *
10145 ATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACACTTAAGCGACAACAAATGAACCTCTGT
383 ATAAAACAATTTAAAACGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTTTCT
* * ** * * * * ** * * * * *
10210 TGCCAATGAATAACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACTTTCAATTATAATATATTTTAACA
448 TGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAACC
* * * ** * * * *
10275 AAAAATGCAAAACAATTCAACTCAAAATTTATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
513 AAAAA-GTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAAC
10340 AAGGCTTTC
577 AAGGCTTTC
10349 GAAGGCGTGA
Statistics
Matches: 1028, Mismatches: 221, Indels: 46
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 2 0.00
682 69 0.07
683 665 0.65
684 156 0.15
685 117 0.11
686 11 0.01
687 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (682 bp):
AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAT
AAGGCTTGCGAACGCATGGGTGACTACAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
GTTTTCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAAGAAAAAATGGAAAAAAATTCAACTTAA
AATGAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGCTACT
ATAAATAGATCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTACATATTTCCTAAGGTAAAGATTCAAAT
ACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACA
ATTTAAAACGAGTAATGAGACTTCCGAACGCATGGGTGACTGCAGATGGACTTTTCTTGTCAATA
AATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAACGTAGACAATCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAAGTA
AAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC
AAAGACTTTAACGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGCATGACTTTTACCTCTCGGTTCCAA
AGGCAGACATTCAACTACAATATATGTTGACA
Found at i:11610 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11255--12965 Score: 1144
Period size: 170 Copynumber: 10.0 Consensus size: 169
11245 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
11255 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAATATATTGTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATT
* * * * * * *
11320 TGAATGTCTGTC-TTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCGTTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAG
66 TGAATGTCT-ACATTA-GAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAG
* * * * * *
11384 TC-CTTTAAGTCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
128 TCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
11426 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATAATAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAT
* * * *
11490 TTG-ATGTCTACATTGAGAAACATAAAGAGAAAGGCATTTATTGGTAAGAGAAGTCTATCTATAG
65 TTGAATGTCTACATT-AGAAACGTGAAGA-AAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAG
* *
11554 TCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATCAGTCGCTTTAAATGGT
128 TCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
11596 GTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAACAGATAATAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACAGATAATAT
** * * * * *
11661 TTGAATGTCCGCATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATT--TACAGGAACATTCTATCTATA
65 TTGAATGTCTACAT-TAGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGTA-A-GAAAAGTCTATCTATA
* * * * * * *
11724 GTCACCCATACTTTTGAAAGCCATATTAGTCTCTTTAAATAGT
127 GTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
11767 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAA-ATATAATGAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAAT--A
* * * * * * * * *
11830 ATTGAATGTTTGTC-TCGAGAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTAT
64 TTTGAATGTCT-ACAT-TAGAAACGTG-AAGAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTAT
* * * ** * *
11894 AGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGGT
126 AGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
11938 TTTATCATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTCTAGTTAAAACTA-AAAATAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC-AGATAATAT
* * * * ** *
12001 TGGAATGTCTATATTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTATTAAGAAAAGTCCATCTATAG
65 TTGAATGTCTACATTA-GAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAG
* *
12066 TTACCCATG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-
128 TCACCTATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * * * *
12107 TTTATAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATTGTTTTGTATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATT
* ** * * *** * * * *
12172 TGAAGGTCTACCATGGGAAATGTGGAGCAAAAATTATCCACTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAG
66 TGAATGTCTA-CATTAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATCTATAG
* * * ** ** **
12236 TCCCCTAAGTCTTCAAAAATCTTATTACTTACTTTAAATGGT
128 TCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * **
12278 TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATTGATAATATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATT
* * * ** * *
12343 TGAATGTCTACGTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTATTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACATTA-GAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGT
* * ********** *
12408 CACCT-TACCTTCGAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGT
129 CACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
12448 TTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTGTTCTGTATTTTTTGTTAAAATATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATT
** * * * * * ** * * *
12513 TGAAACTGTACCTTGGGAAACATGCAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAG
66 TGAATGTCTACATT-AGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATCTATAG
** * * * *
12577 TTGCCTAAGTC-TTGAAAAGCCATATTATTCGCTTTAAATGGT
128 TCACCTATGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
12619 TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTAATA-TTTTT-TTAAAAAATATATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATA--ATA
* * * * * * * * *
12682 ATTGAATGTCTGTC-TCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTA-
64 TTTGAATGTCT-ACATTA-GAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTAT
* * * * ** **
12745 AGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGT
126 AGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
12789 TTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATATTTGGTTAACACAGATAATATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATT
* * * * ** *
12854 TGAATGTCTATATAAAAAAACGTGAAGCAAAA-TCATTCATTAATAAGAAAAATCTATCTATAGT
66 TGAATGTCTACAT-TAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGT
* * *
12918 CACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
129 CACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
12959 TTTATAA
1 TTTATAA
12966 NNNNNNNNNN
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TGAATGTCTACATTAGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCA
CCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
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Alignment explanation
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11245 NNNNNNNNNN
* * * ** *
11255 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAA-TATATTGTAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTA-ATAATAT
* ** * * * *** * *
11319 TTGAATGTCTGTC-TTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCGTTGGGAAGAAAAGTCTATTTATA
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** * * * *
11383 GT--CCTTTAAGTCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGAT
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* * * * * * * *
11446 TTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATAATATTTG-ATGTCTA-CATTGAGA
191 TTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATTGAGA
* * ** * * * * * **
11508 AACAT-AAAGAGAAAGGCATTTATTGGTAAGAGAAG-TCTATCTATAGTCACCTATGCCTTTGAA
255 AACATGAAACA-AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTAAGTCTTCAAA
* * *
11571 AGCCTTATCAGTCGCTTTAAATGGT
318 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
11596 GTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAAC-AGATAATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACTA-ATAATA
** * * * * *
11660 TTTGAATGTCCGCATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCA-T-TTACAGGAACATTCTATCTAT
64 TTTGAATGTCTACATTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTATTA-A-GAAAAGTCCATCTAT
* * * *
11723 AGTCACCCATACTTTTGAAAGCCATATTAGTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA-AT
127 AGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TAGAT
* * * ** *
11787 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATAATGA-AATTGAATGTTTGTC-TCGAGA
191 TTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAT-ATTATAATTGAATGTCTACCATTGAGA
* * *
11850 AACGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGGAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAA
255 AACATGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTAAGTCTTCAAAA
*
11914 GCCTTATTACTCACTTTGAATGGT
319 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
11938 TTTATCATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTCTAGTTAAAACTAAAAATATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTAATAATATT
* *
12002 GGAATGTCTATATTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTATTAAGAAAAGTCCATCTATAGT
66 TGAATGTCTACATTAGGAAATGTGAAGAAAAAG-CATTCATTATTAAGAAAAGTCCATCTATAGT
* * *
12067 TACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATAGATTTTA
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* * * * * * **
12131 AATTGAATTGTTTTGTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAGGTCTACCA-TGGGAAATGT
195 AGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATTGAGAAACAT
* * * * * * **
12195 GGAGCAAAAATTATCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCCCCTAAGTCTTCAAAAATCTTA
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*
12260 TTACTTACTTTAAATGGT
325 TTACTCACTTTAAATGGT
* * *
12278 TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATTGATAATATT
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* *
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66 TGAATGTCTACATTAGGAAATGTGAAGAAAAAG-CATTCATTATTAAGAAAAGTCCATCTATAGT
* * **********
12408 CA-CCTTACCTTCGAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTA
130 CACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTA
* * ** * *
12472 AGTTAAATTGTTCTGTATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAACTGTACC-TTGGGAAACAT
195 AGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATTGAGAAACAT
* * * ** * *
12536 GCAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTGCCTAAGTCTTGAAAAGCCATA
260 GAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGTCTTCAAAAGCCTTA
* *
12601 TTATTCGCTTTAAATGGT
325 TTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *
12619 TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTAATATTTTT--TTAAAAAATATATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAAACTA-ATAATA
* * * ** * * * *
12682 ATTGAATGTCTGTC-TCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTA-
64 TTTGAATGTCT-ACATTAGGAAATGTGAAGAAAAAG-CATTCATTATTAAGAAAAGTCCATCTAT
* ** * * ** * * **
12745 AGTCGCTTA-AGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTAT
127 AGTCACCCATACT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGAT
* * * * * * * * * ** *
12809 TTTAAGTTAAA-TGTTTTTACATATTTGGTTAACACAGATAATATTTGAATGTCTA-TATAAAAA
191 TTTAAGTTAAATTG-TTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATTGAGA
* * * *** * * * * *
12872 AACGTGAAGCAAAA-TCATTCATTAATAAGAAAA-ATCTATCTATAGTCACCCATA-CCTTTAAA
255 AACATGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTA-AGTCTTCAAA
*
12934 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
318 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
12959 TTTATAA
1 TTTATAA
12966 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1109, Mismatches: 228, Indels: 67
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.01
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343 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTAATAATATT
TGAATGTCTACATTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTATTAAGAAAAGTCCATCTATAGTC
ACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAA
GTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATTGAGAAACATG
AAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGTCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGGT
Found at i:14068 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13184--14077 Score: 668
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 168
13174 NNNNNNNNNN
* * *
13184 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATAGATAATAT
* * * * * * *
13249 TTCATTGTCTACAT-GAGAAAACGTAAAGAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAACTCTATCTATA
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* * ** ** *
13313 GTCACTCATGGGTTCGAAAATCTTATTACTTGCTCTAAATGG
129 GTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAAT-G
* * * * *
13355 TTTTATAATATCATAATTAATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTT-TTAAAATAGATAATATT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATAATATT
* * * * * *
13419 TGAATGTCTACTTC--AAAACATGAGAAGAAAAAGTCATTCACTAGCAAGAAAAGTACATTTATA
66 TGAATGTCTACATCGGAAAACAT-A-AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATA
* ********* *
13482 GTCACCCATGCATTCGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATAG
129 GTCACCCATGCGTTCGAAA-GCCTTATTCTCACTTTAAAT-G
* * * * * *
13524 TTTTATAATTTCATAATTGAATTTAAGTTTAATTGTTTTT-CATTTTTTGTTCAAACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTATTAAAATAGATAATA
* ** *** * ** *
13588 TTTG-ATGTCTACGTCAAAAAAGGGAAAGAAAAAGCCATTCATTTTCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TTTGAATGTCTACATCGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATA
13652 GTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATG
129 GTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTA-TTCTCACTTTAAATG
* ************* * *
13693 ATTTTATAATCTCTTAATNNNNNNNNNNNNNAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATAGATAATA
* * * *
13758 TTTGAATGTCTACATAGGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATA
64 TTTGAATGTCTACATCGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATA
** *
13823 GTCACCTTTGTGTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATG
129 GTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATT-CTCA-CTTTAAATG
********** *
13864 CTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATAATA
* * * * * * *
13929 TTTGAATGTCAACATCGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATGGCATGATAAGTTCATCTATA
64 TTTGAATGTCTACATCGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATA
* * *
13994 GTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTGCACACTTTAAATAG
129 GTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAAT-G
*
14036 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 142, Indels: 38
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 1 0.00
169 124 0.22
170 121 0.22
171 303 0.54
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATAATATT
TGAATGTCTACATCGGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGT
CACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTCTCACTTTAAATG
Done.