Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399516.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2776.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6622
ACGTcount: A:0.21, C:0.07, G:0.07, T:0.22
Warning! 2863 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5882 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5574--6620 Score: 1048
Period size: 173 Copynumber: 6.1 Consensus size: 172
5564 ATAAACGTAA
* * * * * *
5574 AGAAAAACA-CATTCTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTTACCTATTCTTTCAAAAGACTTAT
1 AGAAAAA-AGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAT
* *
5638 TAGTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTGAA-TTCAATTTTTTTTTA-ATTTT
65 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTTTTTTTTACATTTT
* * *
5701 TGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATG
129 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATG
* * * * *
5745 AGAAAAAAGGAATACATTGGAAAGAAAAGTCTA-TT-TAGTCACCCATTGCTTTAAAAGTCTTAT
1 AGAAAAAA-GCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAT
* * * * *
5808 TACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAA-ATGTTTTCACATTTTT
65 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTT
** * * *
5872 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAATATG
130 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATG
* * * * *
5915 A-AGAAAAAGACATTCCTTTGCAAGCAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCCTT-AAAAGACT
1 AGA-AAAAAG-CATTCATTGGAAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGACT
* *
5977 TATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATT
62 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATT
* * * *
6042 TTTTGTTAAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACC-CCAAGAA-ATG
127 TTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATG
* * * * * * *
6087 TGTAGAAAAGCCATTCATT-GAGAAGAAAAGT-TCATTTGTGGTCTCTCATTCATTCAAAATG-C
1 AG-AAAAAAG-CATTCATTGGA-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GAC
* * * *
6149 TTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTCCAT
61 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACAT
* * * * *
6212 TTTTGGGTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTAC-ATAAACGTG
126 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CGAAAAACATG
*
6259 AAGAAAAACA-CATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG-CTTT
1 -AGAAAAA-AGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC-TT
* * * * *
6322 ATCATTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTGTTTTTACATG
63 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTTTACATT
* * * * *
6387 TTTAGTTAAAAAAAGATCACAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATG
127 TTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATG
* * * *
6434 A-AGGAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTTAT
1 AGA-AAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAT
*
6497 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTT--ATTTTT
65 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTT
* * * *
6559 GGTTAAAACAGATTAGAATTGATTGTCTAGCTTG-AAAA-ATG
130 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATG
6600 AGAAGAAAAAGGCATTCATTG
1 AG-A-AAAAA-GCATTCATTG
6621 AA
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 113, Indels: 78
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.01
167 4 0.01
168 28 0.04
169 28 0.04
170 149 0.21
171 123 0.17
172 108 0.15
173 157 0.22
174 92 0.13
175 32 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AGAAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTG
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATG
Found at i:6264 original size:344 final size:338
Alignment explanation
Indices: 5564--6587 Score: 1163
Period size: 344 Copynumber: 3.0 Consensus size: 338
5554 NNNNNNCTCT
* * * *
5564 ATAAACGTAAAGAAAAACACATT-CTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTTAC-CTATTCTTTC
1 ATAAACGTGAAGAAAAACACATTCCTTT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTC
* *
5627 AAAAGACTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTGAA-TTCAATTTTT
64 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTTTT
* * * * * *
5691 TTTTA-A-TTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAGAAAAAAG
128 TTTTACATTTTTTGTTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAAAA-ATGTGAGAAAA-
* * *
5754 GAATACATTGGAAAGAAAAGTC-TATTTAGTCACCCATTGCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTT
190 GCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAT-TTTAGTCACCCATT-CTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTT
* * * * **
5818 AAATGGATTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATGTTTTCACATTTTTTATTAAAACAG
252 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTC-CATTTTTGGTTAAAACAG
*
5883 ATTATAATTGAATGTCTAGCTCG
316 ATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* ** * *
5906 AGAAATATGAAGAAAAAGACATTCCTTTGCAAGCAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCCTT-
1 ATAAACGTGAAGAAAAACACATTCCTTTGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATT-CCTTC
* *
5969 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
64 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * *
6034 TTTACATTTTTTGTTAAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCCCAAGAAATGTGTAGAAAAGCC
129 TTTACATTTTTTGTTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTG-AGAAAAG-C
* * * * *
6099 ATTCATT-GAGAAGAAAAGTTCATTTGTGGTCTCTCATTCATTCAAAATGCTTATTACACGCTTT
192 ATTCATTGGA-AAGAAAAG-TCATTT-TAGTCACCCATTC-TTCAAAA-GCTTATTACTCACTTT
* * *
6163 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTCCATTTTTGGGTAAAAAAGA
252 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAGA
*
6228 CTATAATTGAATGTCTACCTAC-
317 TTATAATTGAATGTCTACCT-CG
* * *
6250 ATAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
1 ATAAACGTGAAGAAAAACACATTCCTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* * * *
6315 AAG-CTTTATCATTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTGTT
66 AAGAC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TT
* * * * * ** *
6379 TTTACATGTTTAGTTAAAAAAAGATCACAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGGAAATGC
129 TTTACATTTTTTGTTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTG-A-GAAAAGC
* *
6444 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAA
192 ATTCATTGGAAAGAAAAGTC-ATTT-TAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAA
* *
6509 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATT
254 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAGATT
* *
6573 AGAATTGATTGTCTA
319 ATAATTGAATGTCTA
6588 GCTTGAAAAA
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 83, Indels: 47
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 107 0.19
343 76 0.13
344 227 0.39
345 155 0.27
346 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
ATAAACGTGAAGAAAAACACATTCCTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
AAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
TACATTTTTTGTTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAGAAAAGCATTC
ATTGGAAAGAAAAGTCATTTTAGTCACCCATTCTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTCTACCTCG
Done.