Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399520.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2780.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4327
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Warning! 420 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:891 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 515--1181 Score: 394
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 159
505 NNNNNNNNNN
* * * *
515 TGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGTCTCAGGAAACGTGTAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCT-TGGAAACGTGAAG
* * * * *
580 AAAAAGCCATGCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAC
63 AAAAAGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* **
645 TCGCTTTAAATTATTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGT
127 TCACTTTAAATTATTTTATAATCT--------CATTTAAGT
* * *
686 TGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACGTGAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTT-GATAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCTTG-GAAACGTGAAG
*
751 AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTT-TAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTA
63 AAAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** *
815 CTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTCAGT
126 CTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA--------TTTAAGT
* ** *
857 TGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCCTAAGAAACATGAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTT-GATAAAATAGACTATAATTGAATGC-TG-CCTTGGAAACGTGAAG
* * * * * *
922 AAAAACGTG-ATT-ATTCGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAATCCTTATT
63 AAAAA-G-GCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * * * *
985 ACTCNNNNNNNNNNGTTT-TATAATCTCATAATC-GATTTTAAGT
125 ACTC---------ACTTTAAATTATTTTATAATCTCA-TTTAAGT
* * * * ** ** *
1028 TGAATTTTTTCT-TATTTTTGGTTGAAATATACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACAT-AT
1 TGAATTTTTT-TACATTTTT-GATAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGCCT-TGGAAACGTGA-
* * * *
1091 AGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATT
61 AGAAAAAGGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* **
1156 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
125 ACTCACTTTAAATTATTTTATAATCT
1182 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 67, Indels: 79
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.01
163 10 0.03
170 13 0.03
171 336 0.85
172 15 0.04
173 1 0.00
178 1 0.00
179 11 0.03
180 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (159 bp):
TGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAATAGACTATAATTGAATGCTGCCTTGGAAACGTGAAGAAA
AAGGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATTATTTTATAATCTCATTTAAGT
Found at i:2286 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1382--4327 Score: 2091
Period size: 171 Copynumber: 17.3 Consensus size: 169
1372 ACAAAAACAT
* * * *** * *
1382 ATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATTGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * **
1447 AATTATTTTATAAATTCATAATTAATTATAAGTT-AATTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGA
66 AATTATTTTAT-AATTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGA
* * *
1511 TTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAATGC
128 CTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
* * * *******
1553 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAACAGCCTTATTACTNNNNNNN
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*** * * * * * *
1618 NNNTATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAG
66 AATTATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGAC
* ** * **
1683 TATAATTGAATG-TTTACTTAGAGAAACGAGACGAAAAATGC
129 TATAATTGAATGCCTGCCTTA-AGAAACGTGAAAAAAAATGC
* * * * * *********
1724 ATTCGTTGGTAAGAAATGTACATTTATAGTCACCCATTGC-TCNNNNNNNNNNATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * * *
1788 AAATGGCTTTAAAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTCATTAAAACAA
65 AAAT-TATTTTATAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAG
* * * *
1853 ACTATAATTGAATGCTTGTCTTAGGAAACGT-ATAGAAAAA-GTC
127 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGA-AAAAAAATG-C
* ** * * *
1896 ATTGATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
1 ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
1960 AAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAA
65 AAATTA-TTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAG
* *
2024 ACTATAA-TGAAATGTCT-CCTTAGAGAAACATGAACAAAAACAT--
127 ACTATAATTG-AATGCCTGCCTTA-AGAAACGTGAA-AAAAA-ATGC
* * * *
2067 ATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
2132 AATTATTTGATAAATTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATT
66 AATTATTTTAT-AATTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACT
* * *
2197 ATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTAAAAAAAAATAC
130 ATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
* *
2237 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
2302 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTGCATTTTT-TTAAAAATAGAC
66 AATTATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATT-AAAACAGAC
* * ** **
2366 TATAATTAAATGTCC--ACTTAGAGAAACAAGATGAAAAATGC
129 TATAATTGAATG-CCTGCCTTA-AGAAACGTGAAAAAAAATGC
** * * *
2407 ATTTGTTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*** * * *
2472 AATGGCTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACAAAC
66 AATTATTTTAT-AATTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGAC
* * * * * *
2537 TATAATTGAATGCTTGTCTCAAAAAACGTGTAGAAAAA-GCC
129 TATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATG-C
* * * * * *
2578 ATTGATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
2642 AAATTGTTTTATAATCTTATCATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAA
65 AAATTATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGA
* *
2707 CTATAA-TGAAATGTCT-CCTTAGAGAAACATGAAGAAAAACAT--
128 CTATAATTG-AATGCCTGCCTTA-AGAAACGTGAA-AAAAA-ATGC
* * * * * * *
2749 ATTCGTTAGTAAGAAAAGTCCCTTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-TTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTT
* * *
2813 AAATTATTTTATAAATTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
65 AAATTATTTTAT-AATTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGA
* *
2878 TTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
128 CTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
* * *
2920 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
2985 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAC
66 AATTATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGAC
* * * * **
3050 TATAATTGAATGTCT-ACTTAGAGAAATGAGGTAAAAAATGC
129 TATAATTGAATGCCTGCCTTA-AGAAACGTGAAAAAAAATGC
* * * *
3091 ATTCGTTGGCAA-AAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTCCAAAAGCTTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*** ** *********
3155 AAATGGCTTTATAAACACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNATTAAAACAGA
65 AAATTATTTTAT-AATTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTATTAAAACAGA
* * * * * *
3220 CTATAATTGAATGCTTGTCTCAGGAAACGTGTAGAAAAA-GTC
128 CTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATG-C
* *** ** * **
3262 ATTGATTAAAAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACACATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ********** * *
3327 AATTGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGA-
66 AATTATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGAC
* * * * * *
3391 TAATAATTG-ATCGTCTACCTCAGGAAACGTGCAGAAAAA-GTC
129 T-ATAATTGAAT-GCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATG-C
* * * **********
3433 ATTCATTGAG-AAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTNNNNNNNNNNCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
3497 AAATTGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
65 AAATTATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGA
* ** * ** * * *
3561 CTACAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACGTGAGAAAAAAGGT
128 CTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
* * * * *
3603 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAATAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*** * * *
3668 AACGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATT-AACTTTTTTTACATTTTCATTAAAACAGAC
66 AATTATTTTAT-AATTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAC
** * * * * * * * *
3732 TATAATTGAATATCTACCCTATGAACCATGTAGAAAAAGGC
129 TATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
* * *
3773 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * **********
3838 AATGGTTTTGGA-AACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTATTAAAACAGAC
66 AATTATTTT--ATAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAC
* * * * * * *
3902 TATAATTAAATGCTTGTCTCAAAAAATGTGTAGAAAAAAT-C
129 TATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTG-AAAAAAAATGC
********** *
3943 ATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCANNNNNNNNNNCCCATTCCTTCAAAAG-CTCTATTACTCACTT
1 ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTT
* * *
4006 TAAATTATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG-GTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAG
64 TAAATTATTTTATAA-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAG
* * * * * * *
4070 ACTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAACATGGAGAAAAAGGC
127 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
* ** * *
4113 ATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********* * * * *
4178 AA-TAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGG
66 AATTA-TTTT-ATAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGA
* * * *
4242 CTATAATTCAATGCCTGTCTCAAGAAACGCAT-AGAAAAAAT-C
128 CTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACG--TGAAAAAAAATGC
*
4284 ATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCA
1 ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
Statistics
Matches: 2154, Mismatches: 525, Indels: 192
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 33 0.02
170 777 0.36
171 1158 0.54
172 168 0.08
173 15 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATTATTTTATAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTA
TAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATGC
Found at i:2858 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1363--4327 Score: 2307
Period size: 342 Copynumber: 8.7 Consensus size: 341
1353 NNNNNNNNNN
* * * ***
1363 GAAACATGAACAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATTGTCATTTATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
1428 AGCCTTATTACTTGCTTGAAATTATTTTATAAATTCATAATTAATTATAAGTTAATTTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
** * ** *
1493 A-GTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAATGCATCC
131 ATG-TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAA-GCATCC
* * * **********
1557 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAACAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNT
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* * * *
1622 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAGTATA
259 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATA
* *
1687 ATTG-AATGTTTACTTAGA
324 A-TGAAATGTCTCCTTAGA
* *** * * * * *
1705 GAAACGA-GACGAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAATGTACATTTATAGTCACCCATTGC-TCNN
1 GAAAC-ATGAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-A
******** * * * *
1768 NNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAAAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* * * * * *
1833 TACATGTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTGTCTTAGGAAACGT-ATAGAAAAAGTCA
128 TACATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGA-AAAAAAAG-CA
** ** * *
1897 TTGATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
191 TCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
1961 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAA
255 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTG-TTTACATTTTTTGTTAAAATAGA
2025 CTATAATGAAATGTCTCCTTAGA
319 CTATAATGAAATGTCTCCTTAGA
* * *
2048 GAAACATGAACAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
2113 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATTA-TTTGATAAATTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTT-ATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * *
2177 CAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTAAAAAAAAATACATCC
130 CATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAA-GCATCC
* *
2241 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* *
2306 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTGCATTTTTT-TAAAAATAGACTATA
259 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATA
*
2370 ATTAAATGTC-CACTTAGA
324 ATGAAATGTCTC-CTTAGA
* * * * *
2388 GAAACAAGATGAAAAATGCAT-TT-GTTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTCCA
1 GAAACATGAAGAAAAA--CATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
2451 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
2516 ACATGTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTGTCTCAAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATT
129 ACATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAG-CATC
* * * * *
2581 GATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTTCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAA
193 CATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
2645 TTGTTTTATAATCTTATCATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACT
257 TTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTG-TTTACATTTTTTGTTAAAATAGACT
2709 ATAATGAAATGTCTCCTTAGA
321 ATAATGAAATGTCTCCTTAGA
* * * * *
2730 GAAACATGAAGAAAAACATATTCGTTAGTAAGAAAAGTCCCTTTACAGTCACCTATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
2795 AGCCTTATTACTTC-TTTTAAATTATTTTATAAATTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
66 AGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* ** *
2859 CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAATGCATCC
130 CATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAA-GCATCC
*
2924 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
*
2988 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTAT
258 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTAT
*
3053 AATTG-AATGTCTACTTAGA
323 AA-TGAAATGTCTCCTTAGA
* * *
3072 G-AA-ATGAGGTAAAAA-ATGCATTCGTTGGCAA-AAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTC
1 GAAACATGAAG-AAAAACAT--ATTCGTTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
3133 CAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
62 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT
********** * * * * *
3198 TNNNNNNNNNNATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTCAGGAAACGTGTAGAAAAAGTCA
127 TTACATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAG-CA
** *** ** **
3263 TTGATTAAAAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACACATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
191 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
********** * * * **
3328 ATTGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGA-T
256 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACT
*
3392 AATAATTG--ATCGTCTACCTCAG-
321 -ATAA-TGAAAT-GTCT-CCTTAGA
* * * * * * * ******
3414 GAAACGTGCAGAAAAA-GTCATTCATTGAG-AAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTNNNNNN
1 GAAACATGAAGAAAAACAT-ATTCGTTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
**** * * * *
3477 NNNNCCTTATTACTCGCTTTAAATTG--TTTAATAATCTCATAATTGATTTTTAGTT-GATTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGACTTT-ATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTT
* * * ** * *** * *
3539 TTACAT-TTTTAGTTAAAATAGACTACAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACGTGAGAAAAAAGGT
127 TTACATGTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGA-AAAAAAAGC
* * * * * * *
3603 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAATAGCCTTATTACTCACTTTA
190 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * ** * ** *
3668 AACGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATT-AACTTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGA
255 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA
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3731 CTATAATTG-AATATCTACCCTA-T
319 CTATAA-TGAAATGTCT-CCTTAGA
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3754 GAACCATGTAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCGAA
1 GAAACATGAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
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3819 AGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTGGAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNN
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTA
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3884 NNT-TTT-ATTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGTCTCAAAAAATGTGTAGAAAAAATCATTC
130 CATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTG-AAAAAAAAGCATCC
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3947 ATTGAG-AAGAAAAGTCCANNNNNNNNNNCCCATTCCTTCAAAAG-CTCTATTACTCACTTTAAA
194 ATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAA
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4010 TTATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG-GTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGACTA
257 TTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTA
*
4074 TAATTG-AATGTCTACCTTA-T
322 TAA-TGAAATGTCT-CCTTAGA
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4094 GAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGA
1 GAAACATGAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
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4159 AGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTT-TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTAT--AAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
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4222 ATATTTTTCATTAAAATAGGCTATAATTCAATGCCTGTCTCAAGAAACGCAT-AGAAAAAATCAT
129 ACATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACG--TGAAAAAAAAGCAT
* * *
4286 TCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCA
192 CCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCA
Statistics
Matches: 2088, Mismatches: 462, Indels: 147
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 19 0.01
340 508 0.24
341 532 0.25
342 736 0.35
343 286 0.14
344 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
GAAACATGAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
ATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCATCCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAAT
GAAATGTCTCCTTAGA
Done.