Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397480.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1001.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13908
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 539 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:293 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--8312 Score: 4435
Period size: 171 Copynumber: 48.3 Consensus size: 171
* * *
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *** * * * * *
66 TTATAAAACCGTTCAAAGTGAGTAATTACAATTTTGAAGGAATG-CGTAACTATAAATAGACTTG
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** *
130 ACTTGCCCGTGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAA
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* *
172 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* *** * ** * *
237 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATTACAATTTTGATGGCATGACAT-ATTATAAATGGATTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** ****
301 TTTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGNNNN
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
****** * * * *
343 NNNNNNAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
408 TTATAAAACCGTTTAAAGCGATTAATTAGGCTTTTGAAGCCATG-GGTTACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
472 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCTT-A-GGTTTCTCGAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-CTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
** * * * *
514 ACATTCAATTATAGCCTGTTTTAA-TAACAAATGCA-AAAAAATTCTACATAAAATCAATTATAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAAT--ATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* ** * ** *
577 GATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATG-GGTGACTATAAATCGG-C
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAAT-GGAC
*
640 TTTTCTTGCTAATG-ATAGCCTTTTT-TTCATGCTTCTT--AAGGCAA-
127 TTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATG-TT-TTCCAAGG-AAG
** * ** * *******
684 ACATTCAATTATAAAT-TAATTTCATAAAAAATGT-AAAAATTCAACCTAAAATCAATNNNNNNN
1 ACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
*** ** * * *
747 NNNTAAAATGATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGTATGA-GTAACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
811 TCTTGCTAATGAATAG-TTGTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATAGCTT-TTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* * * * * * ***
853 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATTTAAAACAACTGAACATAAAATCAATTGCAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
918 TTATAAAACCGTTCAAAACGAGTAATTACGATTTTGAAGGCAT-TGGTAACTATAAATGAAC-TT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
981 TCTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTCTCCCAA-AACAG
130 TC-TTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGA-AG
* * * **
1024 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAACTACAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
** * * ** * *
1089 TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTATTTAGGCTTTCGAAGGTTTGA-GTGACTAGAAATGGATTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** *
1153 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-TTCAT-ATTTCTTGAGGCAG
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * * *
1194 ATC-TTCAATTATAATCTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAATT-TACCTTAAAATTAATTATGAG
1 A-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACC-TAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * * *
1257 ATTATAAAATCATTTAAAGCGCA-TCATAAAG-TGTTCAAAG-ATACAGGTGATTATAAAAGGAC
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATTAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGGTGACTATAAATGGAC
* * * ** *
1319 TTTTCTTACCAATG-ATAACTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGGCAG
127 TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * * * * *
1363 TCATTCAATTATAATATGTTTTCACCTAAAACATA-AAAAAATTCTATCTAAAATCAATTGTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAA-ATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
1427 ATTATTAAACCATTTAAAACGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGA-CTAACTATAAATGGACCT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
1491 TGCTTACTAATAAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCGCATGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * * * ******
1534 ACATTTAATTATAAT-TTTTTTAA-TAAACAATATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATNNNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
**** * *
1597 NNNNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGCCAT-AGGTAACTATAAATGGA-TT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * **
1660 TTCTTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTCACAT-TTTT-TGAGGAAG
129 TTC-TTGCCAATGAATAGC-TTTTTCT-TCATGTTTTCCAAGGAAG
** * **
1704 ACATTCAATTATTGTCTATTTTAA-CAACAAATATAAACAAATTCAAAATAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATATAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
1768 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATAGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
1832 TTCTTGTCAATG-ATAGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* * * *
1875 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAATCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * *
1940 TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATT-GAGCTTTCGAATGC-TTAGGTGACTAGAAATGGACAT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAG-GCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** *
2003 TTCTTGCTAGTGAATGGCTTTCTT-TTCATGTTTCTTAAAGCAA-
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTT-TTCTTCATGTTT-TCCAAGGAAG
* * * * * *
2046 ATATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAATAATTCAATAC-AAAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAA-CCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
2110 ATTATAAAATCATTCAAAGCGAGCAATTACGATTTTAAAGGCATG-GGTAACTATAAATAGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * *
2174 GACTTTCCAATAAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGAAT
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* * *
2217 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
2282 TTGTAAAATCATTTAAAGCGAGTATTTAGGCTTTGGAAGGCATG-GGTAACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
2346 ACTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGCAA-
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGG-AAG
* *
2388 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAGTGTAAAAACAATTCAACATAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TAT-AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
2452 GATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAC-TTCGGAGGCAT-AGATGACTCTAAGTAGAC
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-CTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGAC
** *
2515 TTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGCAG
127 TTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * * * * * *
2560 TCATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAGAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * ** *
2625 TATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGTATG-GACGACTATAAATAGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
2689 CTTACCAAT-AACAACATTTTT-TTTATG-TTTCCTAA-GATAG
131 CTTGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGA-AG
* ** * * *
2729 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAAAGTAAAGCAATTCAACATAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * *
2794 ATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGTATGA-GTGACTATAAATGAACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
2858 TTCTTACCAAT-AACAGCCTTTTTCTTGATG-TTTCCTAAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGAAG
* * * *
2901 ACATTCAATTATAATCTATTTT-ACTAAAAAATATAAAGCAATTCAACATAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATATAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* ** * * **
2965 ATTGTAAAGTCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCCTTTGAAGGCATG-GGTAACTATAAATAAACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
3029 TTCTTACTAATGAATAGCTTTTACTTCATG-TTTCCTAAGGCAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGAAG
* * * * *
3072 ACATTTAATTTTAATATGTTTTAACCAAATATATAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGA-A
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
3136 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATG-GGTAACAATAAGA-AGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAA-ATGGACTT
* * * * * ** *** *
3199 TTATTACCAATGAATGGCTTTTTCCTAAAATTTTTTGAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
** * * * * * *
3242 ACATTCAATTATAGCCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACATCAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * *
3307 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGC-TTTGAAAGGTATG-GGTGACTGTAAATGAACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTG-AAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** * *
3370 TTTCTTACCAATG-ATCA-TTTTTTTTTCACG-TTTCTTGATGCAG
128 TTTCTTGCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * *
3413 ACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * * *
3478 TTATAAAACTATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTG-GATGAATATAAATGGACTGT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
3542 TCTTTCCAATGAAT-GGTTGTTTCTTCAGGTTTTCAAAGGCAA-
130 TCTTGCCAATGAATAGCTT-TTTCTTCATGTTTTCCAAGG-AAG
* * * * *
3584 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAGAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
3649 TTATAAAACTATGTAAAGCGAGTAATTAGG-TCTTCAAAGGCATG-GGTGACTACAAATGGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCT-TTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
3712 CTCTTGCCAATGAATGGCTATTTCTTTATATTTTCCAAGGCAAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGG-AAG
* * * * *
3756 -CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCCATTATTA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
3820 GATTATAAAACTATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GGTAACCATAAATTGACT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
3884 TTTCTTACTAAAGAATGGCTTTTTCATCA-CTTTTCTCAAGGAAA
128 TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * *
3928 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAGATATAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * * *
3992 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTCATAAAGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAACTAGAATT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * **
4056 TT-TTTCCAATG-ATTGTCATTTTCTTCATATTTTCTGA-GACAG
129 TTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGA-AG
* ** * *
4098 ACATTCAATTATAATCTATGATAA-TAAAAACTGTAAAAAAATTCAA-CTGAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TAT-AAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGA
* * ** * * * **
4161 GATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTG-TGTGACCATAAATAAACT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
4225 TTTCTTTCCAATGAATGGATTTTT-TTCATG-TTTCCCAGAGAAA
128 TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAG-GAAG
* * * *
4268 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
4333 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
4397 CTTATCAATGAAT-GTATTTTTTTTACATG-TTTCCTAAGGTAG
131 CTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTT-CATGTTTTCC-AAGGAAG
* * * * * *
4439 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAGTTTTAAACTAAAATCAATTAGGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
4504 TTATAAAACCTTTTGAAGCGAGTAATTAAGCTTCCGAAGGCTTG-GGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
4568 TCTT-CCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
130 TCTTGCC-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* * * * * * **
4610 ACATTCAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAGAATTGAACCTAAAATCAATTATGTTAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * *
4675 GATAAAACCATTTAAAGCGAG-AAGTTAGGCTTTCAAACGCATG-GATGACTACAAATGGGCTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * *
4738 TCTTACCAATGAAT-GCCTTTTCTTTCA-CATGTCAAGAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC-TTCATGTTTTCCA-AGGAAG
* * * * * * *
4780 ACATTCAGTTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
4845 TTATAACACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AATGGCAT-AGATGGCTATAAATGGACTA
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAA-GGCATGAGGTGACTATAAATGGACT-
** * * * *
4908 TTTC-AACTAATGAAT-GCCTCTTTCTTTACG-TTTCTCAA-GACAG
128 TTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGA-AG
* * * * * *
4951 AGATTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TCTGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * *
5015 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGAC-TTAGGTGACCATAAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * **
5079 CTTACCAATGAATGGC-TTTTCTTCTTATTTTCTAAGGTGG
131 CTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* * * * ** * **
5119 ATATTTAATTATAATTTATTTTAAATAAAAATATAAAAAATTAAAATTAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
5184 TACAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTATTGAAGGCTTG-GGTGACTAGAAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGAC-TTT
* * * *
5248 TTTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTCCATG-TTTCTCAAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTT-CATGTTTTC-CAAGGAAG
* * * * *
5290 ATATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-A-TTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * ** ** * * *
5355 GTTATAAAACCATTTAAAGC--G-AATTCA-AC-TTAAAATACAAGAGAATTCAACT-TAAA---
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-AGGCTTTTGAAGGCATGAG--GT-GACTATAAATGG
*** * *** * * * *
5411 A--TCAATT-ACAA-GATTATAAAATTAT-TTAAAGTTTGT--AA-TAAG
125 ACTTTTCTTGCCAATGA--ATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGAAG
* * * ** * ** * * *
5453 GCTTTC-A--A-AAGCT-TGGGTAACTC--TAA-AT--GGACTTC-CCTTGCTAATGAATGGCTT
1 ACATTCAATTATAATCTGT-TTTAAC-CAAAAATATAAAAAATTCAAC---CTAA--AAT--C-A
* * * * * * * * ** **
5507 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTGC----AATCT--G-TTTT-AA--CAAAAAAT
56 ATT-ATGA-GATT-ATAA---AACCATTTAA-AGCGAGTAAT-TAGGCTTTTGAAGGCATGAGGT
* * * * * * * * * * *
5562 GTA-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATCTAATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATT-AGG
113 G-ACTATAAA-TGGACTT---TTC--TT-GCCAA-T-GAATAGC-TTT----T---T-CTTCATG
** * * *
5625 CCTTCAAAGGCAT
159 TTTTCCAAGGAAG
** * * * * * ** * * ***** *
5638 AGGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCCCATGACAA
1 ACAT-TCAAT-TATAATCTGTTT-TAACCAA-AAAT--ATAAAAAATTCA-----ACC-T---AA
* * ** ** * * **
5701 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAAATAACTTCAAATTAATTATGAAAT
51 A-A-TCAATTATGA---G-ATT-A-TAAAACCATT-------TAA-AGC-GAGTAATTA-G-GCT
* * * * * * * ** **
5766 TATAAAAGCATTTAAGGTGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCGTGGGTAAC-TGTAAATAGACTTTT
97 TTTGAAGGCA--TGAGGTGACT-A-TA--A--ATG--GAC-T---TTTCTTGCCAAT-GA-----
*
5830 ATGGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAA-
142 AT-----A-G-CT--TTT--TCTTCATGTTTTCCAAGG-AAG
* * ** * * * *
5871 ACATTCAATAATAAT-TTTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAATTCAATCTAAAATTAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
5935 TTATAATACCAATTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATG-GGTAACTATAAATGGATTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * * * *
5999 TTTTGTGAATGAATGGCTTTTTCCTCATGTTCTCTAAAGTAG
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* * * * *
6041 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAATCTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
6106 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGCCAT-AAGTGACTACAAATGCACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * ** * *
6170 TCCTATCAATG-ATAGCCTTTTTCTTTACG-TTTCTTATGATAA
130 TCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGA-AG
* * * *
6212 ACATTCAATTTTAATCTGTTTCT-ACCAAATATATGAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * * *
6276 TTATAAAAGCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AAGTCG-CTGTAAATGGATTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGT-GACTATAAATGGACTT
* * * **
6339 TTCTTACCAATG-ATAACCTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGGCAA-
129 TTCTTGCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGG-AAG
* * * * *
6382 TCATTCAA-TATAATCTATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
6446 TTATAATACCATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATG-GGTAACTATAAATGGACCTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * **
6510 TCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGCAA-
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGG-AAG
* * * ********** *
6552 ACATTCAATTATATTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACNNNNNNNNNNAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
6617 TTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATTAGACTTTCGAATGCTTG-GGTGACTAGAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *** *
6681 TTTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGTGGCAG
130 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * * * *
6723 ATATTCAATTATAAT-TTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* ********** * * * ** * *
6787 TATTAANNNNNNNNNNGAGCGTAATAAGGCTTTCAAAAGCGTG-GGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
6851 CTTGCCAATGAAT-GGTTGTTTCTTCAAGTTTCCCAAAGTAG
131 CTTGCCAATGAATAGCTT-TTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* * * * * *
6892 ACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAAATTCAACATATAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-A-ATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *** * * * *
6957 ATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATTATATTTTTAAAGGTATG-GGTAACTATAGATGGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
7021 TACTTGGCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCAAGGCAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
* *
7064 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
7129 TTCTAAAACCATTTAAAGC-AGGTAATTAGGCCTTCGAAGGCATG-GGTGACTATAAATGGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
*
7192 TTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCACAAGGTAA-
129 TTCTTGCC-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGG-AAG
* * * *
7235 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAAT-TAAAAAATACAACCTAAAATCATTTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
7298 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATTAGG-ATTTGAAGTCATG-GGTAACTATAAATAGA-TTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
7360 -TTTCACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAGGGCAA-
131 CTTGC-C-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGG-AAG
* * *
7402 ACATTCAATTATAAT-TTTTTTAAACCAAAAA-AGTAGAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATA-TA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * *
7465 CATTATAATACCAATTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATG-GGTAACTATAAATGGATT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACT
* * *
7529 TTTCTTGCTAATGAAT-GCCTTTTTCCTT-ACG-TTTCCTGAA-GTAG
128 TTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTT-CTTCATGTTTTCC--AAGGAAG
* ** *
7573 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * *
7638 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCAAAGGTATG-GGTTACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * **
7702 TCTTACCAATG-ATAACCTTTTTCTTCACG-TTTCTTATTGCTA-
130 TCTTGCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CA-AGGAAG
** * **
7744 ACATTCAATTATAATCTGTTTCCACCAAAAA-AGTAAAAAATTTAATATAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** * *
7808 TTATAAAATCACTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGA-GTGACTATAAATGAACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
7872 T-TCTGCCAATG-ATGGCATTTTTCTTCACGTTCTT--GAGGCAG
130 TCT-TGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTCATGTT-TTCCAAGGAAG
* * * * *
7913 TCATTCAATTATAATCAGTTTTCA-CAAAAAGTGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAC
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
7977 ATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGC-CGGGGTAACTATAAATAGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
8041 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTAT-ATTTCCTGAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGAAG
* * * *
8084 ACATTCAATTATATTTTG-TTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
8148 GTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATTAGACTTTTG-AGTCCTTG-GGTGATTAGAAATGGACTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAG-GCATGAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * *
8211 TTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTACTTCATG-TTTCTTGAGGTAT
129 TTCTTGC-CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGAAG
* * * * * *
8255 ATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
8313 AGCGCATAAT
Statistics
Matches: 6346, Mismatches: 1387, Indels: 817
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
152 1 0.00
153 2 0.00
155 4 0.00
157 5 0.00
158 3 0.00
159 8 0.00
160 8 0.00
161 2 0.00
162 8 0.00
163 8 0.00
164 7 0.00
165 8 0.00
166 35 0.01
167 84 0.01
168 241 0.04
169 606 0.10
170 1601 0.25
171 2720 0.43
172 600 0.09
173 183 0.03
174 4 0.00
175 3 0.00
176 1 0.00
181 2 0.00
182 2 0.00
183 3 0.00
184 4 0.00
185 2 0.00
186 4 0.00
187 7 0.00
189 1 0.00
190 3 0.00
191 6 0.00
192 2 0.00
193 2 0.00
194 1 0.00
196 3 0.00
197 5 0.00
198 5 0.00
199 1 0.00
200 3 0.00
201 17 0.00
202 5 0.00
203 14 0.00
204 7 0.00
205 3 0.00
208 4 0.00
212 7 0.00
213 4 0.00
214 2 0.00
217 3 0.00
218 10 0.00
219 1 0.00
220 5 0.00
221 1 0.00
222 4 0.00
223 2 0.00
224 2 0.00
225 3 0.00
226 3 0.00
227 4 0.00
229 8 0.00
230 8 0.00
231 7 0.00
232 5 0.00
233 13 0.00
234 2 0.00
235 1 0.00
236 1 0.00
238 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAG
Found at i:635 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--12786 Score: 7690
Period size: 342 Copynumber: 37.4 Consensus size: 340
* * * * *
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *** * * * * **
66 TTATAAAACCGTTCAAAGTGAGTAATTACAATTTTGAAGGAATGCGTAACTATAAATAGACTTGA
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
131 CTTGCCCGTGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
131 CTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * * * *
195 ACCAAAAATACAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGT
194 A-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *** ** * ** * * * * *
260 AATTACAATTTTGATGGCATGACAT-ATTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATAAATAGCTTTTTC
258 AATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC
* * ****
324 TTCACGTTTCTTGAGNNNN
322 TTCATGTTTCTTAAGGCAG
****** * * *
343 NNNNNNAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
408 TTATAAAACCGTTTAAAGCGATTAATTAGGCTTTTGAAGCCATGGGTTACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * **
473 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCTT-AGGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTA
131 CTT-CCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * * **
537 ATAACAAATGCAAAAAAATTCTACATAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGT
194 ACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
602 AATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATCGG-CTTTTCTTGCTAATG-ATAGCCTTTTT
258 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTT
* *
665 -TTCATGCTTCTTAAGGCAA
321 CTTCATGTTTCTTAAGGCAG
** * *****
684 ACATTCAATTATAAAT-TAATTTCA-TAAAAAATGT--AAAAATTCAACCTAAAATCAATNNNNN
1 ACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
***** ** * * * *
745 NNNNNTAAAATGATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGTATGAGTAACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
810 TTCTTGCTAATGAATAG-TTGTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
129 TTCTT-CCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *** * * *
874 TAACAAAAAATTTAAAACAACTGAACATAAAATCAATTGCAAGATTATAAAACCGTTCAAAACGA
192 TAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** * * * *
939 GTAATTACGATTTTGAAGGCATTGGTAACTATAAATGAAC-TTTCTTTGCCAATGAATGGCTTTT
256 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATAGCTTTT
* * ** **
1003 TCTTTATGTCTCCCAAAACAG
320 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * **
1024 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAACTACAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
** * * ** * * *
1089 TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTATTTAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTAGAAATGGATTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** *
1154 CTTGCCAATGAATAGCTTTTT-TTCATATTTCTTGAGGCAGATC-TTCAATTATAATCTGTTTTA
131 CTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
1217 CCCAAAAATGT-AAAAAATTTACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGCA-
194 -ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AG
* * ** ** * * * *
1280 TCATAAAG-TGTTCAAAGATACAGGTGATTATAAAAGGACTTTTCTTACCAATG-ATAACTTTTT
257 TAATAAGGCT-TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT
* *
1343 CTTCACGTTTCTTGAGGCAG
321 CTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * * *
1363 TCATTCAATTATAATATGTTTTCACCTAAAACA--TAAAAAAATTCTATCTAAAATCAATTGTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * ** * *
1426 GATTATTAAACCATTTAAAACGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGACTAACTATAAATGGACCT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
1491 TGCTTACTAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCGCATGGTAGACATTTAATTATAAT-TTTTTT
129 TTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * **********
1555 AATAAACAATATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCGAG
193 AACAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * * *
1620 TAATTAGGCTTTTGAAGCCATAGGTAACTATAAATGGA-TTTTCTTTGCCAATGAATGGCTTTTT
257 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATAGC-TTTT
* * *
1684 TCTCACAT-TTT-TTGAGGAAG
320 TCT-TCATGTTTCTTAAGGCAG
** * * * **
1704 ACATTCAATTATTGTCTATTTTAAC-AACAAATATAAACAAATTCAAAATAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
1768 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
1833 TCTTGTCAATG-ATAGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
130 TCTT-CCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * **
1897 AACTAAAAATATAAAAATATTCAA-TCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGA
193 AAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * * *
1961 GTAAT-TGAGCTTTCGAATGCTTAGGTGACTAGAAATGGACATTTCTTGCTAGTGAATGGCTTTC
256 GTAATAAG-GCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT-
* *
2025 TT-TTCATGTTTCTTAAAGCAA
319 TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * *
2046 ATATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAATAATTCAATAC-AAAATCAATTACGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
2109 GATTATAAAATCATTCAAAGCGAGCAATTACGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * *
2174 GACTTTCCAATAAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGAATACATTCAATTATAATATGTTTT
129 TTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
2239 AACTAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGAG
193 AAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * * * *
2304 TATTTAGGCTTTGGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTACTTGCCAACGAATGGCTTTTTC
257 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC
* *
2369 TTCATGTTTCTCAAGGCAA
322 TTCATGTTTCTTAAGGCAG
*
2388 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAGTGTAAAAACAATTCAACATAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * * *
2452 GATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAC-TTCGGAGGCATAGATGACTCTAAGTAGACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* ** * *
2516 TTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGTCATTCAATTATAATCTGTT
128 TTTCTT-CCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
2580 TTCACTAGAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACG
191 TTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * * *
2644 AGTAATAAGGC-TTCTAAAGGTATGGACGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-AACAACATT
255 AGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TT
* * **
2707 TTT-TTTATGTTTCCTAAGATAG
318 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * ** *
2729 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAAAAGTAAAGCAATTCAACATAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* ** * * * * *
2793 GATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
2858 TTCTTACCAAT-AACAGCCTTTTTCTTGATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
129 TTCTT-CCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* ** * * **
2921 TT-ACTAAAAAATATAAAGCAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAGTCATTTAAAGC
191 TTAAC--AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * *
2985 GAGTAATTAGGCCTTT-GAAGGCATGGGTAACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATAGCTT
254 GAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT
* *
3049 TTACTTCATGTTTCCTAAGGCAG
318 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * * * *
3072 ACATTTAATTTTAATATGTTTTAACCAAATATATAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGA-A
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
3136 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACAATAAGA-AGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA-ATGGACTTT
* * * ** * ** ** *
3200 TATTACCAATGAATGGCTTTTTCCTAAAATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATTTTA
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
3265 ACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACATCAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
194 AC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * *
3330 TAACAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTACCAATG-ATCA-TTTTTT
257 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AGCTTTTT
* * * *
3393 TTTCACGTTTCTTGATGCAG
321 CTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * *
3413 ACATTCAATTATTATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * * *
3478 TTATAAAACTATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGATGAATATAAATGGACTGTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
3543 CTTTCCAATGAATGG-TTGTTTCTTCAGGTTT-TCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
131 C-TTCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * *
3606 AACCAAAAATGTGAAAGAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATGTAAAGCGAG
193 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
3671 TAATTAGG-TCTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTATTT
257 TAATAAGGCT-TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT
* * *
3735 CTTTATATTT-TCCAAGGCA-
321 CTTCATGTTTCT-TAAGGCAG
* * *
3754 AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCCATTATT
1 A-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * * * *
3819 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACCATAAATTGACT
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
3884 TTTCTTACTAAAGAATGGCTTTTTCATCACT-TTTCTCAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGTT
128 TTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
3948 TTAACAAAAGATATAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
191 TTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * * *
4013 AGTCATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAACTAGAATTTT-TTTCCAATG-ATTGTCATT
255 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTT
* * *
4076 TTCTTCATATTT-TCTGAGACAG
319 TTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAG
* **
4098 ACATTCAATTATAATCTATGATAA-TAAAAACTGTAAAAAAATTCAA-CTGAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGA
* * ** * * * **
4161 GATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGTGTGACCATAAATAAACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
4226 TTCTTTCCAATGAATGGATTTTT-TTCATGTTTC-CCAGAGAAAACATTCAATTATAATCTGTTT
129 TTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
4289 TAACCAAAATTGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAA
192 TAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** *
4353 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GTATTTT
256 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTT
* * *
4417 TTTTACATGTTTCCTAAGGTAG
320 TCTT-CATGTTTCTTAAGGCAG
* * ** * * *
4439 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAGTTTTAAACTAAAATCAATTAGGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
4504 TTATAAAACCTTTTGAAGCGAGTAATTAAGCTTCCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
4569 CTTCCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTATTTTAA
131 CTTCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * ** *
4634 GCAAAAATGT-AAAGAATTGAACCTAAAATCAATTATGTTATGATAAAACCATTTAAAGCGAG-A
195 -CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
4697 AGTTAGGCTTTCAAACGCATGGATGACTACAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTTCT
259 A-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC-
** * * *
4761 TTCACATGTC-AAGAGGTAG
322 TTCATGTTTCTTA-AGGCAG
* * * * * *
4780 ACATTCAGTTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
4845 TTATAACACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AATGGCATAGATGGCTATAAATGGACTAT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACT-T
** * * * * * ** * * *
4909 TTCAACTAATGAATGCCTCTTTCTTTACGTTTCTCAAGACAGAGATTCAATTGTAATATGTTTTA
129 TTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
4974 ACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
194 A-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
5037 AATAAGGCTTACGAAGACTTAGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTCT
258 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCT
**
5101 TCTTAT-TTTC-TAAGGTGG
323 TC--ATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * * * * **
5119 ATATTTAATTATAATTTATTTTAAATAAAAATAT-AAAAAATTAAAATTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
5183 TTACAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTATTGAAGGCTTGGGTGACTAGAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT
* * * *
5248 TTTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTCCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
5312 AACAAAAAATATAAAAACATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGA
193 AAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * * * * ** ** *** * ***
5377 --ATTCAA--C-TTAAAATACA--AGAGAAT-TCAACTTAAAATCAATT-ACAA-GATTATAAAA
256 GTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGA--ATAGCT
* * * * **
5432 TTAT-TTAAAGTTT-GTAA-TAAG
317 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * ** ** * ****** * **
5453 GCTTTC-A--A-AAGCT-TGGGTAACTCTAAATGGACTTCCCTTGCTAA--T-GAATGGCTTTTT
1 ACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-C-AACCTAAAAT--C-AATT
* * * * * * * ****
5510 CTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTGC----AATCT--G-TTTT-AA--CAAAAAATGTA
60 -ATGA-GATT-ATAA---AACCATTTAA-AGCGAGTAAT-TAGGCTTTTGAAGGC-ATGGGTG-A
* * * * * * *** *** ** * *
5565 -AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATCTAATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATTAGGCCTT
115 CTATAAA-TGGACTT---TTC---T-TCCAA-T-GAATGGC-TTT-TTCTTCAT-GTT---TC-T
* * ** * * * * ** * ******** *
5629 CAAAGGCATAGGTGACTATAAATGAA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTTC
163 C-AAGGTAGACAT-TCAAT-TAT-AATCTGTT-TTAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAAC--TTA
** ** * * ** ** * * *** *
5692 CCATGACAAACATTCA-ATTAT-AATCTGTTTTAACTA-AAAATATTAAAAAAATAACTTCAAAT
220 AAAT--CAATTA-TGAGATTATAAAAC-CATTTAA--AGCGAGTA--ATAAGGCT---TTCAAAG
** ** * * * *** * * **** * **
5754 TAAT-TATGAAATTATAAAAGCA-TTTAAGGTG--AGT-AATTAGGATTTTGAAGGCGTGGGTAA
274 GCATGGGTG--ACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAA-TA-GCTTTT-TCTTCAT--GTTT
**
5814 CTGTAA-ATAG
331 CT-TAAGGCAG
** * * ** * *** * *
5824 AC-TTTTATGGCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAA--TAATAA
1 ACATTCAAT----TAT-AATCTGTTTTAAC-TAAAAATGT--AA---AAAAATTCAACCTAA-AA
*** * * * * * *
5885 TTTTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAATTCAATCTAAA---ATTAATTATGACATTATAATACCAA
54 -TCAATT-ATG--AGAT-TA-TAAAA--CCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGC--T-T--T-----
* * *** * * * **
5947 TTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGATTTTTTTTGTGAATGAA
100 TGAAGGC-A-TGGGT-GAC-TAT-AA---AT-GG--AC--T---T------TTCTT-CCAATGAA
* * *
6012 TGGCTTTTTCCTCATG-TTCTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA
142 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTA
* * * *
6076 AAAAAATT-AAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTT
205 AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * ** * *
6140 CGAAGCCATAAGTGACTACAAATGCACTTTTCCTATCAATG-ATAGCCTTTTTCTTTACGTTTCT
269 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCT
* ** *
6204 TATGATAA
333 TAAGGCAG
* * * * * *
6212 ACATTCAATTTTAATCTGTTTCT-ACCAAATATAT-GAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** ** * *
6275 ATTATAAAAGCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTCG-CTGTAAATGGATTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGT-GACTATAAATGGACTT
** * ** * *
6339 TTCTTACCAATG-ATAACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCA-ATCATTCAA-TATAATCTATT
129 TTCTT-CCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
6401 TTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGACATTATAATACCATTTAAAAC
191 TTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
6465 GAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGGCTTT
254 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT
* *
6530 TTCTTCATGTTTCTTGAGGCAA
319 TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * *********** *
6552 ACATTCAATTATATTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACNNNNNNNNNNAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
6617 TTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATTAGACTTTCGAATGCTTGGGTGACTAGAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *** * * *
6682 TTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGTGGCAGATATTCAATTATAAT-TTTTTTAA
131 CTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * ********** * *
6746 CTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATTAANNNNNNNNNNGAGCGTA
195 C-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
6810 ATAAGGCTTTCAAAAGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTGTTTCT
259 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT-TTTCT
* ** * *
6874 TCAAGTTTCCCAAAGTAG
323 TCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * * *
6892 ACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAAATTCAACATATAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *** * * * *
6957 ATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATTATATTTTTAAAGGTATGGGTAACTATAGATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
7022 ACTTGGCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
7086 AACCAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGC-AG
193 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-
* * * *
7150 GTAATTAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTT
256 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATAGCTTTT
** * *
7214 TCTTCATGTTTCACAAGGTAA
320 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * *
7235 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAAT-T-AAAAAATACAACCTAAAATCATTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
7297 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATTAGG-ATTTGAAGTCATGGGTAACTATAAATAGA-TTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
7360 TTTCACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGGCAAACATTCAATTATAAT-TTTTTT
131 CTTC-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * *
7423 AAACCAAAAAAGTAGAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAATACCAATTAAAGCGA
193 -AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** * * *
7488 GTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTGCTAATGAAT-GCCTTTT
256 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTT
* * *
7552 TCCTT-ACGTTTCCTGAA-GTAG
320 T-CTTCATGTTT-CTTAAGGCAG
*
7573 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * *
7637 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCAAAGGTATGGGTTACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * *
7702 TCTTACCAATG-ATAACCTTTTTCTTCACGTTTCTTATTGCTA-ACATTCAATTATAATCTGTTT
130 TCTT-CCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * * *
7765 CCACCAAAAAAGT-AAAAAATTTAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCACTGAAAGTG
192 -TAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
7828 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTT-TCTGCCAATG-ATGGCATT
255 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATAGC-TT
* *
7891 TTTCTTCACG-TTCTTGAGGCAG
318 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * *
7913 TCATTCAATTATAATCAGTTTTCAC-AAAAAGTGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAC
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * ** * *
7977 ATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCCGGGGTAACTATAAATAGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
8042 TCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATATTTTG-TTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * *
8105 AACCATAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAACGAG
193 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * * * * * * *
8170 TAATTAGACTTT-TGAGTCCTTGGGTGATTAGAAATGGACTTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTT
257 TAATAAGGCTTTCAAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATAGCTTTT
* * * *
8234 ACTTCATGTTTCTTGAGGTAT
320 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * *
8255 ATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT--AAAAATTCAA-CT----T--A--A--A-A
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
8306 -T-T---A--A-TT-AAGCGCA-TAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC---
* * * * * * * *** *** * * * *
8361 TTTTTGTCAAT-GATTGGATGTTTCTTCATATCTTCTATGGTAGACATTCTAGTATAATCTATTT
127 --TTT-TC-TTCCAATGAATG--GCTT--TTTCTTC-ATGTTTCTCAAGGTAG-ACATTCAATTA
* * * * * **
8425 TAA-C-----TAA-AAATAT-AAAAAAATT-CAACATATAATCAATTCCGAGATTATAAAACCAT
182 TAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *** ** * * * *
8481 TCAAAGTGAGTAATTACTATTTTGAGGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAA
247 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** *
8546 T-GACATTTTCTTCATGTTTTCCCAA-GTAG
312 TAG-CTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAG
* * * * * * * *
8575 ACATTCAA-TATAATTTCTTTTAACAAAAAATATAGAAATATTTAACATAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * ** * *
8639 TTATAAAACTATTGAAACCAAGTAATAAGCCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * ** * *
8704 CCTGCTAGTG-ATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGACAGTCATT-AATTATAATCTGTTTGA
131 -CTTCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * * *
8767 GCTAAAAATATAAAAGAATACAACTTAAAATCAATTATGACATTATAGAACCATCTAAAGCGAGT
194 AC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * ** * * * * *
8832 AATTAGGCTTTTAAAGGCCTGGGTAACTATAAATTAACCTTTGTTACAAATGAATGGCTTTTTCT
258 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCT
* * *
8897 TCATATTTCCTAAAGTCA-
323 TCATGTTT-CTTAAGGCAG
* * * *
8915 ACATTCAATTATAATATGTTTTCACTAAAAATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * ** * * *
8980 TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGATTAGAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** ** * *
9045 CTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGATATTCAATTATAATCTATTTTAA
131 CTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
9110 CCACAAATGT-AAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-ACGT
195 -CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GT
* * * *
9173 GATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTACCAATGAAT-GCCTTTTT
258 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTT
* *
9236 CTTCATGTTTCCTAAGGTAG
321 CTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * *
9256 ACATTCAATTGTAATCTATTTTCAC-CAAAATAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * *
9320 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTACGAATTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGTACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
9385 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGGAGACATTTAATTACAATTTGTTTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
9449 AGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
193 A-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * * * *
9514 TAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCAATGGCTTTTTC
257 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-
* * * *
9579 CTT-AGGTTTGC--GATGTAG
321 CTTCATGTTT-CTTAAGGCAG
* * * ** *
9597 AGATTCAATTATAATATGTTTCAAC-AACAAATGT-AAAAAATTC-ATGTAAAATCAATTATGAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
9659 ATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGTGTTACTTTAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** ** * *
9724 TCTAACCAATG-ATAGCTTTTTTCTTCATATTTCTTGAGCCA-ATCATTCAATTACAATCTATTT
130 TCT-TCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
9787 TAACCAAAACTATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGA
192 TAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * *
9852 GTAATTAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTAACTATAAAGGGACCTTCCTTGCCAATAAATGGCTTTT
256 GTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTT
* * * *
9916 TCTTTACGTTTCTTGAGGTAG
320 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* ** * * *
9937 ACATTCAATTATAATCT-ATTTATTTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * * *
10001 TTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAATGC-TTGGTGACTAGAAATAGACTTTC
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
10065 CTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATATTCAATTATAATATGTTTTGA
131 CTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * ***
10130 CAAAAA-ATATAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTTCGTAA
195 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** * *
10194 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTTTAAAAAGACTTTTCTTACCAATGAA-AGGCTGTTTCTT
260 TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-GCTTTTTCTT
** *
10258 CATAG-TTCCCAAGGTAG
324 CAT-GTTTCTTAAGGCAG
* * * * * * *
10275 ACATTCAATTATAATCTCTTTAAACAAAAAATATAAAAAAATT-AATCATAAAATCAATTACGAC
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CCTAAAATCAATTATGAG
** * * * * * * *
10339 ATTATAAAATTATTCAAAGTGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATAGGTAATTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
10404 ACTTACCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTT-TCCAAGGCAAAGATTGAATTATAATTTGTTTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ********** *
10468 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
193 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** ** * * * * *
10533 TAATTAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTAGCCAATCAATGGCTTTTTC
257 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC
* *
10598 TTCATGTTTCTTGAGGTAG
322 TTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * *
10617 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AGAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* ** * ** * *
10681 ATTATAAAACTATTTAAAGCTCGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
10746 TCTTATCAATGAATGG-TTGTTTCTTTACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * ** * * * *
10810 AATCAAAGATGTAAAAAAACTCAACAGAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTCAAAGCGAA
193 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * *
10875 TAATTACGATTTCGAAA-GCTTGGGTAACTATGAATGGACTTTACTTGCCAATGAATAGCTTTTT
257 TAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT
* *
10939 CTTCATGTTTCCTAAGGCAA
321 CTTCATGTTTCTTAAGGCAG
********************** *
10959 ACATTCAATTATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
11024 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-GAGTTTTTGTAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAG-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
11088 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTT-AAGTTAC-CTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
11151 TATCAAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
192 TAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
11215 GTAATTAGGCCTTT-GAAGGTATCGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT
256 GTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTT
* * *
11279 TCTTCATATTTCTCAAGCCAG
320 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * *
11300 ACATTCAATTATAACCTATTTTAAC-CAAAATATAGAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
11364 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTTAGG-ATTTGAAGACATATGTAACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
11428 CTAGCCAATGAATGGCATTTTCTTCTTGTTT-TCCAAAGTAGACATTCAATAATAATTTCTTTTA
131 CT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
11492 ACAAAAAATATAGAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGT
194 AC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * * * *
11557 AATAAGGCTTTCAAAGATATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCTAGTG-ATAGCATTTTTC
258 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTTC
* * *
11621 TTCACGTTTCTTGAGGTAG
322 TTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * * *
11640 TCATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
11705 TTATATAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCCTGGGTAACTATAAATAGACCTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * *
11770 GTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC-CTAAAGTCGACATTCAATTATAATATGTTTTA
131 CTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
11834 ACTAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGT
194 AC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * *
11899 AATTACGATTTTAAGGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAATGGC-TTTTCA
258 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC-
*
11963 TTCATGTCTTC-CAAGGCAG
322 TTCATGT-TTCTTAAGGCAG
* *
11982 ACATTCAATTTTAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
12046 ATTATAAAACCATTTAGAGTAAATAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
12111 TCTTATCAATGAATGGCTTTTTCCTT-AGGTTTC-C-TGTGATAGACATTCAATTATAATCTGTT
130 TCTT-CCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAG-G-TAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * ** * *
12173 TTATCAAAAAATATAAAAAAATTCAACAAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
191 TTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
12238 AGTAATTAGGCCTTT-AAAGGTATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTT
255 AGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT
** ** *
12302 TTCTTCACATTTCCCAAGCCAG
319 TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * *
12324 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * *
12388 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATTAGG-ATTTGAAGGCATATGTAACTATAAATGAACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
12452 TCTGGCCAACGAATGACATTTTCTTCATGTTTTCCCAA-GTAGACATTCAATAATAATTTCTTTT
130 TCT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * *
12516 AACAAAAAATGTAGAAAAATTTAACATAAAATCAATTTTGAGATTCTAAAACCATTAAAAGCAAG
193 AAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
12581 TAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTCCTTGCTAGTG-ATAGCCTTTTT
257 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTT
* * *
12645 CTTCACGTTTCTTGAGGTAG
321 CTTCATGTTTCTTAAGGCAG
* * * * * * *
12665 TCATTCAATTACAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGATA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
12730 TTATAGAACCATCTAAAGAGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCCTAGGTAACTATAAAT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
12787 TATAATATGG
Statistics
Matches: 9592, Mismatches: 2330, Indels: 1044
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
319 60 0.01
320 32 0.00
321 80 0.01
322 9 0.00
323 5 0.00
324 9 0.00
325 5 0.00
326 6 0.00
327 1 0.00
328 7 0.00
329 8 0.00
330 31 0.00
331 9 0.00
332 16 0.00
333 20 0.00
334 12 0.00
335 20 0.00
336 23 0.00
337 30 0.00
338 448 0.05
339 1078 0.11
340 1363 0.14
341 2511 0.26
342 2776 0.29
343 448 0.05
344 216 0.02
345 5 0.00
346 1 0.00
347 3 0.00
348 7 0.00
349 5 0.00
350 10 0.00
351 12 0.00
352 4 0.00
353 13 0.00
354 5 0.00
355 3 0.00
356 1 0.00
357 2 0.00
358 2 0.00
359 2 0.00
360 1 0.00
361 5 0.00
362 1 0.00
363 12 0.00
364 3 0.00
365 6 0.00
366 7 0.00
367 1 0.00
368 1 0.00
369 2 0.00
370 3 0.00
371 14 0.00
373 6 0.00
374 8 0.00
375 3 0.00
377 4 0.00
378 14 0.00
379 8 0.00
380 3 0.00
381 3 0.00
382 9 0.00
383 9 0.00
384 15 0.00
385 7 0.00
386 1 0.00
387 2 0.00
388 10 0.00
389 5 0.00
390 11 0.00
391 17 0.00
392 5 0.00
394 5 0.00
395 1 0.00
396 6 0.00
397 16 0.00
398 4 0.00
399 6 0.00
400 14 0.00
401 10 0.00
402 3 0.00
403 10 0.00
404 1 0.00
405 1 0.00
406 2 0.00
407 1 0.00
408 2 0.00
409 2 0.00
410 4 0.00
411 3 0.00
412 2 0.00
413 4 0.00
416 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA
TGTTTCTTAAGGCAG
Found at i:5875 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5401--8312 Score: 2275
Period size: 170 Copynumber: 17.1 Consensus size: 170
5391 ACAAGAGAAT
** ** ** * * * *
5401 TCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAATTATTTAAAGTTTGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
* ** *
5466 TGGGTAACTCTAAATGGACTTCCCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAA
66 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAAA
** *
5531 CATTCAATTGCAATCTGTTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAAA
130 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * * * *
5571 TTGAACTTAAAATCAATTATCTA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATTAGGCCTTCAAAGG
1 -TCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
5635 CATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCATGACA
64 CATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCA
* *
5700 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAAA
128 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * * * * * * *
5743 T-AACTTCAAATTAATTATGAAATTATAAAAGCATTTAAGGTGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * *
5807 TGGGTAACTGTAAATAGACTTTTATGGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAA
66 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAAA
* * ** *
5872 CATTCAATAATAAT-TTTTTTAATGAAAAAT-GTAGAAAAAT
130 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTA-AAAAAA
* * * * ** *
5912 TCAA-TCTAAAATTAATTATGACATTATAATACCAATTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGC
1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGC
* * ** * * * * *
5976 ATGGGTAACTATAAATGGATTTTTTTTGTGAATGAATGGCTTTTTCCTCATGTTCTCTAAAGTAG
65 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT-TCCAAGGCAA
*
6041 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAA
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * * * * *
6082 TTAAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGCC
1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGC
** * * * * ** * * * * * **
6147 ATAAGTGACTACAAATGCACTTTTCCTATCAATG-ATAGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTATGATA
65 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCA
* * * *
6211 AACATTCAATTTTAATCTGTTTCT-ACCAAATATA-TGAAAAAT
128 AACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * ** * * *
6253 TCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
** ** * * * ** * **
6318 TAAGTCGCTGTAAATGGATTTTTCTTACCAATG-ATAACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
66 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAA
* * *
6382 TCATTCAA-TATAATCTATTTTAGCCAAAAATA-TAAAAAAA
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * ** *
6422 TTCAA-TCTAAAATCAATTATGACATTATAATACCATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTGAAGG
1 -TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGG
* * **
6486 CATGGGTAACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCA
64 CATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCA
* * **
6551 AACATTCAATTATATTCTGTTTTAACAAAAAAT-GTAAAAACNN
128 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAA-AA
******** * * * * * *
6594 NNNNNNNNAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATTAGACTTTCGAATGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *** *
6659 TGGGTGACTAGAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGTGGCAGA
66 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAAA
* * * *
6724 TATTCAATTATAAT-TTTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAT
130 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * * ********** * * * * * *
6763 TCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATTAANNNNNNNNNNGAGCGTAATAAGGCTTTCAAAAGCG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
6828 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTGTTTCTTCAAGTTTCCCAAAGTAG
66 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAA
* *
6892 ACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAATAT-GTAAAAAAAA
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGT-AAAAAAA
* * * * * *** ** *
6934 TTCAACATATAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATTATATTTTTAAAGGT
1 -TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
6999 ATGGGTAACTATAGATGGACTTTACTTGGCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCAAGGCAG
65 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAA
*
7064 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAGT
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAA-A
* * * *
7106 TCAACTTAAAATGAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAG-CAGGTAATTAGGCCTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATTAGGCTTTCGAAGGC
* *
7170 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTA
65 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCA
* *
7234 AACATTCAATTATAATCTATTTTAA--AAAAA-A-TTAAAAAA
128 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * * *
7273 TACAACCTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATTAGGATTT-GAAGT
1 T-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATTAGGCTTTCGAAGG
* * *
7336 CATGGGTAACTATAAATAGA-TTTT-TTTCACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGG
64 CATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGG
* *
7399 CAAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAAACCAAAAA-AGTAGAAAAAT
126 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATAGTA-AAAAAA
* * * * * *
7444 TCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAATACCAATTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
7509 TGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCCTT-ACGTTTCCTGAA-GTA
66 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCC--AAGGCA
* * **
7572 GACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAAT-GTAAAAAAA
128 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* ** * * * *
7614 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCAAAGGT
1 -TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGC
* * ** * * ** *
7679 ATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATAACCTTTTTCTTCACGTTTCTTATTGCT
65 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCA
** *
7743 AACATTCAATTATAATCTGTTTCCACCAAAAA-AGTAAAAAAT
128 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * * * * * *
7785 TTAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCACTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGT
1 TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGC
* * * * **
7849 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTT-TCTGCCAATG-ATGGCATTTTTCTTCACG-TTCTTGAGGC
65 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGC
** * * *
7911 AGTCATTCAATTATAATCAGTTTTCA-CAAAAAGT-GTAAAACAAT
127 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TAGTAAAA-AAA
* * * * *
7955 TCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * *
8020 GGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCCTGAGGTAGA
66 TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAAA
* * *
8085 CATTCAATTATATTTTG-TTTAACCATAAATA-TAAAAAAA
130 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
* * * ** * * *
8124 TTCAACCTAAAATTAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATTAGACTTTTG-AGTC
1 -TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAG-G
* * * * * * * ** *
8188 CTTGGGTGATTAGAAATGGACTTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGT
64 CATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGC
* * * * *
8253 ATATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-GT-AAAAAT
127 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
*
8295 TCAACTTAAAATTAATTA
1 TCAACTTAAAATCAATTA
8313 AGCGCATAAT
Statistics
Matches: 2206, Mismatches: 456, Indels: 159
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 11 0.00
167 73 0.03
168 65 0.03
169 201 0.09
170 844 0.38
171 844 0.38
172 158 0.07
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCA
TGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAAAC
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGTAAAAAAA
Found at i:8974 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8319--12786 Score: 3809
Period size: 171 Copynumber: 26.2 Consensus size: 170
8309 ATTAAGCGCA
* * * * ** * * *
8319 TAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTGTCAATGATTGGATGTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
* * * * * *
8384 CTTCATATCTT-CTATGGTAGACATTCTAGTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
65 CTTCATGT-TTCCTA-AGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * ** * *
8448 AACATATAATCAATTCCGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAG
128 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
*** * * * * *
8491 TAATTACTATTTTGAGGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATGACATTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTT
* * * * * * *
8555 CTTCATGTTTTCCCAAGTAGACATTCAA-TATAATTTCTTTTAACAAAAAATATAGAAATATTTA
65 CTTCATG-TTTCCTAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
8619 ACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAACCAAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * * * *
8661 TAATAAGCCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCTAGTG-ATAGCCTTTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GGCTTTTT
* * * * * * * * *
8725 CTTCACGTTTCTTAAGACAGTCATT-AATTATAATCTGTTTGAGCTAAAAATATAAAAGAATACA
65 CTTCATGTTTCCTAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
8789 ACTTAAAATCAATTATGACATTATAGAACCATCTAAAGCGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * *
8831 TAATTAGGCTTTTAAAGGCCTGGGTAACTATAAATTAACCTTTGTTACAAATGAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * *
8896 TTCATATTTCCTAAAGTCA-ACATTCAATTATAATATGTTTTCACTAAAAATATAAAATAATTCA
66 TTCATGTTTCCT-AAGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* *
8960 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * * * * * * *
9002 TAATTAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGATTAGAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * *
9067 TTCATGTTTCTTGAGACAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCACAAATGT-AAAAAATTCAA
66 TTCATGTTTCCTAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
** * *
9131 ATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-ACG
130 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-G
* * * * *
9172 TGATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
* * *
9236 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTATTTTCACC-AAAATAATAAAAAAATTC
65 CTTCATGTTTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTC
* *
9300 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
128 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * *
9343 TAATTACGAATTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * *
9408 TTCATGTTTCCTAAGGGAGACATTTAATTACAATTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
66 TTCATGTTTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * *
9473 CCTAAAATAAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
130 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
9514 TAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT-
* * * * * * * *
9579 CTT-AGGTTTGCGATGTAGAGATTCAATTATAATATGTTTCAA-CAACAAATGT-AAAAAATTC-
65 CTTCATGTTTCCTAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATATAAAAAAATTCA
** * *
9640 ATGTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAACCGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * *
9682 TAATAAGGCTTTCAAAAGCATGTGTTACTTTAAATGGACTTTTCTAACCAATG-ATAGCTTTTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTT
* * * * * * * *
9746 CTTCATATTTCTTGAGCCA-ATCATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAAATATTC
65 CTTCATGTTTCCTAAG-TAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
9810 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
128 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
9853 TAATTAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTAACTATAAAGGGACCTTCCTTGCCAATAAATGGCTTTTT
1 TAATTAGGCTTTT-AAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
* * * * * *** *
9917 CTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTATTTAAAAATATAAAAAAATTTA
65 CTTCATGTTTCCT-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* **
9981 ACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAATTATTTAAAGCGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
** * * * * * * * *
10023 TAATTAGGCTTTCGAATGC-TTGGTGACTAGAAATAGACTTTCCTTGCCAATAAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * *
10087 TTCATGTTTCTTAAGGCAGATATTCAATTATAATATGTTTTGA-CAAAAA-ATATAAAAATTCAA
66 TTCATGTTTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
** * * ***
10150 TTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTTCG
130 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * ** * *
10191 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTTTAAAAAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTGTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * *
10256 TTCATAG-TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTCTTTAAACAAAAAATATAAAAAAATT-A
66 TTCAT-GTTTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * ** * *
10319 ATCATAAAATCAATTACGACATTATAAAATTATTCAAAGTGAG
129 A-CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
10362 TAATTACGATTTTGAAGGCATAGGTAATTATAAATGGACTTTACTTACCAATGAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * *
10427 TGCATGTTTTCC-AAGGCAAAGATTGAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
66 TTCATG-TTTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
********** *
10491 ACCTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * * *
10533 TAATTAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTC-TAGCCAATCAATGGCTTTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTT
* * * *
10597 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-GAAAAAATTC
65 CTTCATGTTTCCT-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTC
* * * * **
10661 AACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCTCG
128 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
10704 TAATAAGGCTTTCAAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGG-TTGTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT-TTT
* * * * * * * *
10768 CTTTACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAGATGTAAAAAAACTCA
65 CTTCATGTTTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
** * * * *
10833 ACAGAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTCAAAGCGAA
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * *
10875 TAATTACGATTTCGAAA-GCTTGGGTAACTATGAATGGACTTTACTTGCCAATGAATAGCTTTTT
1 TAATTAGGCTTT-TAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
* * **********************
10939 CTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAATTCA
65 CTTCATGTTTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
*
11004 ACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * *
11046 TAATT-GAGTTTTTGTAGGTATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
1 TAATTAG-GCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
* * * * * *
11110 CCTT-AAGTTACCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATATAAAAAAATTC
65 -CTTCATGTTTCCT-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* *
11174 AACATAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
128 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
11216 TAATTAGGCCTTTGAAGGTATCGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * *
11281 TTCATATTT-CTCAAGCCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACC-AAAATATAGAAAAATTCA
66 TTCATGTTTCCT-AAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
11344 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * ** *
11386 TAGTTAGG-ATTTGAAGACATATGTAACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCATTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTT
* * * * * * * *
11449 CTTCTTGTTTTCCAAAGTAGACATTCAATAATAATTTCTTTTAACAAAAAATATAGAAAAATTTA
65 CTTCATG-TTTCCTAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
11514 ACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * * * * * * *
11556 TAATAAGGCTTTCAAAGATATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCTAGTG-ATAGCATTTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTT
* * * * * * * *
11620 CTTCACGTTTCTTGAGGTAGTCATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAGAATTCA
65 CTTCATGTTTCCT-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* *
11685 ACCTAAAATCAATTATGACATTATATAACCATTTAAAGCGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
11727 TAATTAGGCTTTTAAAGGCCTGGGTAACTATAAATAGACCTTTGTTACCAATGAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
** * * * * *
11792 TTCACATTTCCTAAAGTCGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAA
66 TTCATGTTTCCT-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * *
11857 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAG
130 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
11898 TAATTACGATTTTAAGGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAATGGC-TTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * ** *
11962 ATTCATGTCTTCC-AAGGCAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
66 -TTCATGT-TTCCTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * ** *
12026 AACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGTAAA
128 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
12069 TAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT-
* ** * *
12134 CTT-AGGTTTCCTGTGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATATAAAAAAATTCA
65 CTTCATGTTTCCTAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
** * *
12198 ACAAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
12240 TAATTAGGCCTTTAAAGGTATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
** * * * * *
12305 TTCACATTTCCCAAGCCAGACATTCAATTATAATCT-ATTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAA
66 TTCATGTTTCCTAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCA
* *
12369 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * ** * * *
12411 TAATTAGG-ATTTGAAGGCATATGTAACTATAAATGAACTTTTCTGGCCAACGAATGACATTTTC
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * * *
12475 TTCATGTTTTCCCAAGTAGACATTCAATAATAATTTCTTTTAACAAAAAATGTAGAAAAATTTAA
66 TTCATG-TTTCCTAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
12540 CATAAAATCAATTTTGAGATTCTAAAACCATTAAAAGCAAG
130 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * * * *
12581 TAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTCCTTGCTAGTG-ATAGCCTTTTT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GGCTTTTT
* * * * * * * * *
12645 CTTCACGTTTCTTGAGGTAGTCATTCAATTACAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAGAATTCA
65 CTTCATGTTTCCT-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
12710 ACCTAAAATCAATTATGATATTATAGAACCATCTAAAGAGAG
129 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
12752 TAATTAGGCTTTTAAAGGCCTAGGTAACTATAAAT
1 TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAAT
12787 TATAATATGG
Statistics
Matches: 3422, Mismatches: 788, Indels: 173
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 151 0.04
169 297 0.09
170 886 0.26
171 1995 0.58
172 85 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
TTCATGTTTCCTAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
Done.