Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399530.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_279.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 9386 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3246 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2938--3278 Score: 388
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
2928 TTTTGAGTTA
* * *
2938 ATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTA
1 ATTTTTGATGAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTA
* ** * * * *
3003 GTTTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGTTGCCTTCAAAATCCTTATTACACCCTATAAATGT
66 GTTTCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCACTGCCTTCAAAAGCCTTAATACACCCTATAAAAGG
*
3068 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTTAC
131 TTTTATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTAC
* * * *
3110 ATTTTTGATGAAAACATATAATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACCTGAAGAACAAGATATGC-
1 ATTTTTGATGAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATAT-CT
* * * * *
3174 A-TTGGT-AAGAAAAA-TCTATTTATAGTTACCCACT-CCTTCGAAAGCCTTAATACTCTCTTTA
65 AGTT--TCAAGAAAAATTC-ATTTATAGTCA-CCACTGCCTTCAAAAGCCTTAATACACCCTATA
* *
3235 AAAGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTT
126 AAAGGTTTTATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
3279 ACAGGTTTCA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 22, Indels: 12
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.03
172 131 0.93
173 6 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
ATTTTTGATGAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTA
GTTTCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCACTGCCTTCAAAAGCCTTAATACACCCTATAAAAGG
TTTTATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC
Found at i:4185 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4060--4469 Score: 586
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
4050 NNNNNNNNNN
4060 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTGATGTCAAGTTGAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTGATGTCAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * *
4125 TTTAGTGAAAACAGATAATAGTTGAATGTTTGTCTATACAAACGTGGAGAAAATGATATCCATTG
66 TTTAGTGAAAACAGAGAATAGTTGAATGTTTGTCTATACAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* *
4190 GCAAGAAAAGTCTATTTATTGTTACCCATGCTTTCAAAAAC
131 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATACTTTCAAAAAC
* * * *
4231 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTGATGTCAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * *
4296 TTTAGTGAAAACAGAGAATAGTTGAATGTTTGTCTCTAGAAACGCGAAGAAAAGGATATCCATTG
66 TTTAGTGAAAACAGAGAATAGTTGAATGTTTGTCTATACAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * *
4361 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCTTTCGAAAGC
131 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATACTTTCAAAAAC
* * ** * * ** * *
4402 GTTATTACTCACTATAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTGATGTCAAGTTGAATTTTTTTATATT
4467 TTT
66 TTT
4470 TATTAAANNN
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 21, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 218 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTGATGTCAAGTTGAATTTTTTTATATT
TTTAGTGAAAACAGAGAATAGTTGAATGTTTGTCTATACAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATACTTTCAAAAAC
Found at i:5090 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4806--5147 Score: 431
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
4796 NNNNNNNNNN
*
4806 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACTTTTGTAGTTAAAATAAGTAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTAATTTTGTAGTTAAAATAAGTAATAAT
* * * *
4871 TGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAGAAATGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCT
66 TGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATATCCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGCT
* * *
4936 GCCCATGCCTTTAAAAACATTATTACTCACTTGAAATGTT
130 ACCCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCACTTGAAATATT
* * *
4976 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-TATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATA-TTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTGTAGTTAAAATA-AGTAATA
* * *
5038 ATTGAATATCTACCTTGAGTAATATGAAGAAAAGATATCCAGTT-TCAAGAAAAGTCTATTTATA
64 ATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATATCCA-TTGT-AAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
5102 GTTACCCTTGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATT
127 GCTACCCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCACTTGAAATATT
5145 TTT
1 TTT
5148 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 20, Indels: 9
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 110 0.74
170 37 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTAATTTTGTAGTTAAAATAAGTAATAAT
TGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATATCCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCTA
CCCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCACTTGAAATATT
Found at i:6615 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6180--7932 Score: 1228
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 168
6170 NNNNNNNNNN
* * * *
6180 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-AATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * *
6245 GTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGGTTCTT-GAGGTAGACA
65 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCAT-GTT-TTCTAGGTAGACA
**
6309 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-ATGTAAAAATTCA
128 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCA
** * * * ** * * *
6349 ACACAAAATTAGTTATGAGATTGTGAAACCATTTAAAGCGACTTAA-AAGAG-TTTCCAAGACAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAAAATTTAAAGCGA-GTAATAA-AGCTTTCGAAGGCAT
*** ** * * * ** *
6412 GGGTGTGTACCAGTGGACTTTTCTTGCCAAT-GAAATTCTTTTTCTTCATGTTTTGCTACTTAAA
63 GGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA-TCTTTTTCTTCATGTTTT-CTAGGTAGA
* *
6476 CATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAATATACAAAAAAATTCA
126 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA-ATATAAAAAAATTCA
*
6520 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAATTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGGATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAA-TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * *
6585 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTCTTCTTCATGTTTACCAAGGTAAACAT
65 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAGGTAGACAT
* * **********
6650 TCAATTATTATCTGTTTTAACCANNNNNNNNNNAAAATTCA
129 TCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * **
6691 ACTTAAAATTAATTATGAGATTAAAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * *
6756 TTGACTATAAATGGACTTTTTCATACCAAAGGATACCTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGGCAGAC
65 GTAACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTC-T-AGGTAGAC
* * * *
6820 ATTCGATTACAATCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAACATTCA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * * * ** * * *
6863 AGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGATTAATAACGAATCCAAAGGGATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-AATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * *
6928 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGTAAACAT
65 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AGGTAGACAT
** * *
6993 TCAATTATAATCTAGTTTTACCAAAAATGTAAAAACATTCA
129 TCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCA
********** * * * *
7034 ACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAAATATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAAGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * *
7099 GTGACTATAAATGGACGTTTCTTGA-AAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTTCTAGATAGATA
65 GTAACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGGATATCTTTTTCTTCATG-TTTTCTAGGTAGACA
* *
7163 TTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCA
128 TTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* ********** * * **
7204 ACTCAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * *********
7269 GCAGCTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCATGTNNNNNNNNNNAGACAT
65 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGT-TTTCTAGGTAGACAT
* *
7333 TCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAATTTA
129 TCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATA-TAAAAAAATTCA
* * * * *
7374 AGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTCATAAAGATTTTGAAGGCATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * ** *
7439 GTAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGGATATCCTTTTCTTCACGTTCCTT-AAGACAAACA
65 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTT--TTCTAGGTAGACA
* * * *
7503 TTCAACTATTATCTGTTTTCACTATAAATATAAAAAAATTCA
128 TTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * * *
7545 AGTCAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAA-AATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *
7609 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATATCTTTTTC-TCGATGTTTTTCAAAGTAGAC
64 GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC-ATG-TTTTCTAGGTAGAC
* * ** *********
7673 ATTCAAATATAACCAATTTTANNNNNNNNNNTAAAAAAATTCA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
7716 ACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * * *
7781 GTAGCAATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATATCCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACAT
65 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAGGTAGACAT
* * *
7846 TCAACTATTATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCA
129 TCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCA
* *
7887 ATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA-ATTTAAAGCGAGTAAT
7933 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 304, Indels: 94
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 7 0.01
169 171 0.14
170 154 0.12
171 740 0.60
172 158 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGG
TAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTAGGTAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCA
Found at i:7504 original size:511 final size:512
Alignment explanation
Indices: 6184--7932 Score: 1226
Period size: 511 Copynumber: 3.4 Consensus size: 512
6174 NNNNNNACTT
* * ** * * *
6184 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGTATGGG-T
1 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGCA
* * * * * * * * *
6247 GACTATAAAT-GAATTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGGTTCTTGAGGTAGACATT
65 G-CAATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATT
* ** *** * * *
6311 CAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAATTCAACACAAAATTAGTTATGAGATTGTGA
128 CAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
* * ** * * **** ** * * *
6375 AACCATTTAAAGCGACTTAA-AAGAGTTTCC-AAGACATGGGTGTGTACCAGTGGACTTTTCTTG
193 AAACATTTAAAGCGA-GTAATAA-AGAATCCAAAGGCATGAGTAACAATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * * *** * * **
6438 CCAA-TGAAATTCTTTTTCTTCATGTTTTGCT-ACTTAAACATTCAATTATAATTTGTTTT-AAT
256 CCAACAGATA-TCCTTTTCTTCACGTTCT-CTAAGACAAACATTCAACTATAATCTGTTTTCACC
* *
6500 AAAATATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAAA-ATTTTAAAGCGAGT
319 AAAA-ATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAAG-TTATAAAAATA-TTTAAAGCGAGT
* * * * * * * ** *
6563 AATAAAGCTTTCGAAGGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAATATCTTCTTC
381 AACAAGGCTTTTGAAGGCAAGAGTAACTATAAATGGACGTTTCTTATAAATAG-ATATCTTTTTC
** * * * * * ** ** **********
6627 TTC-ATGTTTACCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCANNNNNNNNNNAAAATTCA
445 -TCGATGTTTTTCAAAGTAGACATTCAAATATAACCAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
*
6691 ACTT
509 ACTC
* * * * * *
6695 AAAATTAATTATGAGATTAAAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGCATGGTTG
1 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGG--G
* * * * * * * **
6759 -A-CTATAAATGGACTTTTTCATACCAAAGGATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACAT
63 CAGCAATAAATAGAC-TTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACAT
* ** *
6822 TCGATTACAATCTGTTTTAA-GAAAAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTA
127 TCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAATA-AAAAA-ATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTA
* * * * * * * * *
6886 TAAAACCATTTCAAGTGATTAATAACGAATCCAAAGGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
190 TAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAGAATCCAAAGGCATGAGTAACAATAAATAGACTTTTCTT
* * * * ** *
6951 ACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTAGTTTT-ACC
255 ACCAACAGATATCCTTTTCTTCACGTTCTCTAAGACAAACATTCAACTATAATCT-GTTTTCACC
* * * ********** * *
7015 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAAATATTTAAGGCGAGTAAT
319 AAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAAGTTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAC
* * *
7080 AAGGCTTTTGAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACGTTTCTTGA-AAATGGATATCTTTTTCTTC
384 AAGGCTTTTGAAGGCAAGAGTAACTATAAATGGACGTTTCTT-ATAAATAGATATCTTTTTC-TC
* * * * * *
7144 -ATGTTTTTC-TAGATAGATATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCAAC
447 GATGTTTTTCAAAG-TAGACATTCAAATATAACCAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
7206 TC
511 TC
* ********** * *
7208 AAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTT-TAAAGGCATGGGCA
1 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGCA
* * * * **********
7272 GCTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCATGTNNNNNNNNNNAGACATTCA
65 GCAATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCA
* *
7336 ATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
130 ATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAA-TAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
* * *** * *
7401 AACATTTAAAGCGAGTCATAAAGATTTTGAAGGCATGAGTAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCA
194 AACATTTAAAGCGAGTAATAAAGAATCCAAAGGCATGAGTAACAATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * * *
7466 ACGGATATCCTTTTCTTCACGTTC-CTTAAGACAAACATTCAACTATTATCTGTTTTCACTATAA
259 ACAGATATCCTTTTCTTCACGTTCTC-TAAGACAAACATTCAACTATAATCTGTTTTCACCAAAA
* * *
7530 ATATAAAAAAATTCAAGTCAAAATCAATTATGAAGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGG
323 ATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAAGTTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAACAAGG
* * *
7595 CTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATATCTTTTTCTCGATGTT
388 CTTTTGAAGGCAAGAGTAACTATAAATGGACGTTTCTTATAAATAGATATCTTTTTCTCGATGTT
**********
7660 TTTCAAAGTAGACATTCAAATATAACCAATTTTANNNNNNNNNNTAAAAAAATTCAACTC
453 TTTCAAAGTAGACATTCAAATATAACCAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTC
*
7720 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTAG
1 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGCAG
* *
7785 CAATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATATCCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAA
66 CAATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAA
* * *
7850 CTATTATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
131 TTATTATCTGTTTTAACTAAAAA-ATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
7915 ACATTTAAAGCGAGTAAT
195 ACATTTAAAGCGAGTAAT
7933 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 976, Mismatches: 232, Indels: 58
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 9 0.01
511 370 0.38
512 145 0.15
513 199 0.20
514 237 0.24
515 16 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
AAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGCAG
CAATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAA
TTATTATCTGTTTTAACTAAAAAATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAA
CATTTAAAGCGAGTAATAAAGAATCCAAAGGCATGAGTAACAATAAATAGACTTTTCTTACCAAC
AGATATCCTTTTCTTCACGTTCTCTAAGACAAACATTCAACTATAATCTGTTTTCACCAAAAATA
TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAAGTTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTT
TTGAAGGCAAGAGTAACTATAAATGGACGTTTCTTATAAATAGATATCTTTTTCTCGATGTTTTT
CAAAGTAGACATTCAAATATAACCAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTC
Found at i:9235 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8369--10712 Score: 2095
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 171
8359 NNNNNNNNNN
* * * * *
8369 TTTATAGTTACCCACGCCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * * *
8434 TGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACAGGTTTTATTCAAATAAATTCTAATTGAATGTCTACCAT-G
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGG
*
8498 AGAAA-GATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAG-CCTA
130 AGAAACG-TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC-A
* * * * * **
8540 CTTATAGTTATCCTTGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
8605 TGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCG
66 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGG
* * * * *
8670 AGAAACTTAAAGCAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAGGTCCA
130 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
8712 TTTATAGTCGCCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
8777 TGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAAATTAT-ATATGAATGTCTACCTC
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTACCT-
* * * *
8841 GG-GAAACATGAAGAACAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
128 GGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** *
8884 TTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
8949 TGATTTT-AGCTTGAATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTGTACCTAG
66 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGG
* * * *
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* * * *
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1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** *
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66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGG
*
9184 A-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCA
130 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * *
9225 CTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATTTGATGAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * *** **
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130 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
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1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * *
9461 TGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATTGGTTATATTTGAATGTCTACCTTGA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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1 TTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTATAGTCACCCA-TGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
9972 ATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTTACATTTGTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
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* * * * * *
10037 CTCGG-GAAACGTGAAAAAAAATATATCCGTCGACAAGAAAAGTCTA
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* * ** **
10083 TTTATAGTCACCCATTCCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTGGAAATGGTTTTATAATCTCATAGN
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
********** * * * * * **
10148 NNNNNNNNNCTTGAATGTTTTTACATTTTTTCTGAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGGA
** * *
10213 GAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAAGTCTA
131 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCA
* * * *
10255 TTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** *
10319 TTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTTACATTGTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT
65 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-T
* * *
10384 GGA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA
128 GGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** * ** ** ********** *
10427 TTTCCAATCACCCACCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTACAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * *
10492 TGATTTTAACTT-AAATTTTTTATATTTTTTATGAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTGCCT-CA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGGA
* **
10555 GGAAACGTGAAGAAAAAGATATCGATTGGCAAGAAAAGTTGA
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* * * * * * * *
10597 TTTATAATCACCCATGCCGTCAAAAGCCTTGTTACACACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAC
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
10662 TAATTTTGAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTTAGACAGATTATAATTG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
10713 GATGACTATG
Statistics
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TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGGA
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Found at i:13772 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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* * * * * *
13470 GTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTAATAATTAATTT
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ***
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129 CGTGAAGAAAAAT-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
13983 GTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
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* * * * * *
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** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* ** * * * *
14667 GTCACTCATGTGTTCGAAAGCTTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTT-ATAT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-T
* * * * * * *
14731 TTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAT
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
14796 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
130 GTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * *
14838 GTCACCCAAGTCGTCGAAAGCCTTGTTACAT-GCTTGT-AATGGTTTTACAACCTCAAAATTGAT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * ***
14901 TTTCAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATTGATTATAATTAAATGTCTACCTTGTGAAA
64 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * *
14966 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTGTA
129 CGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * ** *
15009 GTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTCCTATAATCTCATAATTAATTT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * *
15074 TAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTT-AAATATATAATAATTGAATGGCTGCCAC-TGGAAC
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * ** * * ** * *
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130 GTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * *
15178 GACACCCATACCTTTGAAAGCCCTGTTACAT-GTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * *
15242 TGGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-CAATCAGATTATAATTGGATGTATATCTCAAGAAA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * **
15306 CGTGAAGAAAAAAATATCTATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATA
129 CGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * **
15349 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTC-ATTATAAATAGTTTTATAATCTCATAACAGATT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
15413 TCAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
** * *
15477 ACGAATAAAAATATATCCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATA
130 GTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATA
* * **********************
15519 GTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC--------------TCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
****************************************************************
15584 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
52 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
15649 -ATCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCATTGATCAA-AAAAGTATATTTATG
117 TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATATATCCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
15703 GTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTAATTT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** * * * * ** *
15768 TAACATGAATTTTTTTATTTTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACTTGGAGAAATG
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*
15833 TGAAG-AAAATGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
131 TGAAGAAAAAT-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
15874 GTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTGTCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTAATAATTAATT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATT
* * * * * * * * **
15938 TTATGCTGAATTTGTTCACATTTTTTATTAAAATTGATTATAATTAAATGTCCACCT-TGGAAAA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAA
* * ** *
16002 CGTGAGGAAAAAGATATCCATTGTTAAGAAAAGT-TCACTTATA
129 CGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATA
* ** * **
16045 GTCACCCAGGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
16110 TAAGTTGAATTTTTTTAT-CTTTTTAGTGAAAACAGATAATAGTTGAATGTCT--GTCATGAGAA
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA--AGAA
* * * *
16172 ACGTGAAG-AAAATAATATCCGTTGGGAAGAAAAGTCCATTTATT
128 ACGTGAAGAAAAAT-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * ** *
16216 GTTACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * **
16281 TAAGTT-ACATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATCAG-TTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAA
66 TAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * * *
16344 CATCAAGAAAAAGAAATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
129 CGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * *
16387 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTGTTAC-CACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
16451 TAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTTAGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCCT-AAGAAA
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAA
* ** * *
16513 CGTGAGGAAAAGGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATT
129 CGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
16556 GTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * ***
16621 TAAGTTGAATCTTTTTA-CTTTTTTATTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAAC
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
16685 ATG-A-AAAAATGATATCCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATA
130 GTGAAGAAAAAT-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATA
** * ** *
16726 G-CAGCCCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 GTCA-CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
16790 TTGAGTT-AATTTTTTTATA-TTTCTACTAAAATAAATTGTAATTGAATATCTACC-CTGAGAAA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAA
* * * *** * **
16852 CATCAAGAAAAAGATATCCATTTTTAGGAAAAGTCCGTTTATA
129 CGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* **
16895 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCC-TATTTTCTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
16959 CTAAATTG-ATTTTTTTATATTT
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
16981 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACG
TGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
Found at i:17879 original size:171 final size:161
Alignment explanation
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17569 NNNNNNNNNN
* * * *
17579 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGATTTTTGAAAATATGGGCG
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* * *
17644 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAGGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
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*
17709 ATTATTATCTGTTTNNNNNNNNNNTGTAAAAAAATTCAAGT
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* * * * * * ** *
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* * * *
17815 ACT-TCAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATATTTTTATTCATGTTT-TTCAAGGTAAACATT
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*
17878 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
129 CAATTATAATCTGTTTT-GTAAAAAA
17904 TGTAGAAAAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 22, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TAAAATCAATTACGAGATTACAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAAACATGGGCA
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTATTCAGGTTTCCTAAGGCAAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTGTAAAAAAATTCAAGT
Found at i:18667 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18253--19669 Score: 1273
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
18243 NNNNNNNNNN
** ***
18253 AAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCTGTTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAATGAGTA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTA
* * * ** * * *
18316 ATAAGGCTTTCGAAAGTATGGCTGACTATAAACGGACTTTTTTTGCCAATAGATATCTTTTTCTT
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** * ** * * * *
18381 CATGTTTCTTGAG-ATATACATCCAGTTATAATCTGATTGAAT
130 CACATTCCAAG-GCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
** * * *
18423 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTCCAAATCAATTATAAGATTAT-AAAACTATTTAACGCATGTA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTA
* * * * * * * * * * *
18487 ATAGGGCTTTCGAAGGTATGGGTGTCCACAAACAGATTTTTCCTATCAATGAATATTTTTTTCTT
65 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT
* * * *
18552 TACATTCCAATGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT
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* * * * *
18594 -AAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGATCATTTAAAGCAAGTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * *
18658 TGAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
* *
18723 ACGATTCACAAGG-AGACATTCAATTATAAT-TAATTTTAAT
131 AC-ATTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAT
* * * * * * * *** *
18763 AAAAAATGTAAAAAAGTTCTACTGAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGCCAGCATGTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * *
18828 CAAGGCTTTCGATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
18893 ACATTTCCTAAGGCAAATC-TTCAATTATAATCTGTTTTAAT
131 ACA-TTCC-AAGGCAAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * * * * **
18934 AAAAAATATAAAAAAATTCAAGTT-AAATGTAATTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTA
* * * * * *
18998 ACAAAGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGAC-CTT-TTATGCAATGGATATATTTTTCT
65 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGGATATCTTTTTCT
* ** * *
19061 TCACGTTTCTTGATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
129 TCAC-ATTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * * * *
19104 AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCATGTGA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * ** *
19169 TAAGGCTTTCGACGGCGTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
* *
19234 ATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
131 ACA-TTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
*
19275 AAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTA
* * * * ** *
19338 ATAAGGCTTTCGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATACAGATCTTTTTCTT
65 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT
* ** * *
19403 CACGTTTCTTGAGG-AAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAAT
130 CAC-ATTC-CAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * * *
19445 AAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * * *
19509 CAAGACTTTCGAAAGCATAGGCGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCTTTTTCCTC
66 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
** * * * * * *
19574 ATGTGTTTCATGGTAGACATTCAATAATAATATGTTTTAA-
131 A--CATTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * *
19614 AAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAAACATTTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAA
19670 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 200, Indels: 62
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.02
170 706 0.69
171 280 0.28
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
ACATTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
Found at i:18918 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 18254--19669 Score: 1377
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 337
18244 NNNNNNNNNA
* * **
18254 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCT-GTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** * * *
18317 TAAGGCTTTCGAAAGTATGGCTGACTATAAACGGACTTTTTTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTC
64 TAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
* ** * * * * * * * *
18382 ATGTTTCTTGAGATATACATCCAGTTATAATCTGATTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTC
129 ACGTTTCTCAAG-GAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTT
* * * * * * *
18447 CAAATCAATTATAAGATTAT-AAAACTATTTAACGCATGTAATAGGGCTTTCGAAGGTATGGGTG
192 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCATGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGTG
* * * ** * * ** * * * *
18511 TCCACAAACAGATTTTTCCTATCAATGAATATTTTTTTCTTTACA-TTC-CAATGGCAGACATTC
255 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GGCAAACATTC
* *
18574 AATTATTATCTATTTTAACT
319 AATTATAATCTGTTTTAA-T
* * *
18594 AAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGATCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAA-AACATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
18659 GAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * *
18724 CGATTCACAAGGAGACATTCAATTATAAT-TAATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAGTTCT-ACTG
130 CGTTTCTCAAGGAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-TT-TAACTT
* * * *** * *
18787 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGCCAGCATGTAACAAGGCTTTCGATGGCTTGAGTGA
192 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCATGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGTGA
*
18852 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACATTTC-CTAAGGCAAATC-TTC
256 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGCAAA-CATTC
18915 AATTATAATCTGTTTTAAT
319 AATTATAATCTGTTTTAAT
* * *
18934 AAAAAATATAAAAAAATTCAAGTT-AAATGTAATTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTA
1 -AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
18998 ACAAAGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGAC-CTT-TTATGCAATGGATATATTTTTCT
63 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGGATATCTTTTTCT
* * * *
19061 TCACGTTTCTTGATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAC
127 TCACGTTTC-TCAAGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAAC
* * * * * *
19126 TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCATGTGATAAGGCTTTCGACGGCGTAAGT
190 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCATGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGT
* * *
19191 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTC
254 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTC
19256 AATTATAATCTGTTTTAAT
319 AATTATAATCTGTTTTAAT
* *
19275 AAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATATA-AAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAA
* * * * ** *
19339 TAAGGCTTTCGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATACAGATCTTTTTCTTC
64 TAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTC
** * *
19404 ACGTTTCTTGAGGAAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTA
129 ACGTTTCTCAAGG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTA
* * * * *
19469 AAATCAATTATGAGATCATAAAAATATTTAAAGCGA-GTAACAAGACTTTCGAAAGCATAGGCGA
193 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC-ATGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATA-GTGA
* * * ** * * *
19533 CTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTGTT-TCATGGTAGACATTCA
256 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACAT-TTCTCAAGGCAAACATTCA
* * *
19597 ATAATAATATGTTTTAAA
320 ATTATAATCTGTTTTAAT
* * * * *
19615 AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAAACATTTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAA
19670 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 895, Mismatches: 150, Indels: 62
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 15 0.02
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342 15 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCAC
GTTTCTCAAGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCATGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATA
ATCTGTTTTAAT
Found at i:19304 original size:511 final size:503
Alignment explanation
Indices: 18253--19669 Score: 1505
Period size: 511 Copynumber: 2.8 Consensus size: 503
18243 NNNNNNNNNN
** *
18253 AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCTGTTATGAGATTATAAAACTATTTAA-AATGAGTAA
1 AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTAAGCAT--GTAA
* * *
18317 TAAGGCTTTCGAAAGTATGGCTGACTATAAACGGACTTTTTTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTC
63 TAAGGCTTTCG-ATGT-TGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTC
* * * * * *
18382 ATGTTTCTTGA-GATATACATCCAGTTATAATCTGATTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
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* * * * ** * *
18446 CCAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAACGCATGTAATAGGGCTTTCGAAGGTATGGGTG
189 -TAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGGA-GTAACAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTG
* * * * * * * * * * *
18511 TCCACAAACAGATTTTTCCTATCAATGAATATTTTTTTCTTTAC-ATTC-CAATGGCAGACATTC
252 ACTATAAATAGACTTTT--TATCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTTAATGGTAGACATTC
* * * *
18574 AATTATTATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATA
315 AATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** *
18638 AGATCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTAC
379 AAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTAC
*
18703 CAATGGATATCTTTTTCTTCACGATTCACAAGGAGACATTCAATTATAATTAATTTTAAT
444 CAATGGATATCTTTTTCTTCACGATTCACAAGGAAACATTCAATTATAATTAATTTTAAT
* * * * * * *
18763 AAAAAATGTAAAAAAGTTCTACTGAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGCCAGCATGTAA
1 AAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT--AAGCATGTAA
* * *
18828 CAAGGCTTTCGATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTC
63 TAAGGCTTTCGAT-G-TTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTC
* * * *
18893 ACATTTCCTAAGGCAAATC-TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAGT
125 ACGTTTCTTGAGG-AAATCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* ** *
18957 TAAATGTAATTATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAACGCATGGGTG
189 TAAAT-CAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG-GAGTAACAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTG
* * *
19022 ACTATAAATAGACCTTTTATGCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTTGAT-GTAAACATTCA
252 ACTATAAATAGACTTTTTAT-CAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTTAATGGTAGACATTCA
* * *
19086 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
316 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
19151 ATCATTTAAAGCATGTGATAAGGCTTTCGACGGCGTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
381 ATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTACCA
* * *
19216 ATGGATATCTTTTTCTTCA-TATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAT
446 ATGGATATCTTTTTCTTCACGA-TTCACAAGG-AAACATTCAATTATAAT-TAATTTTAAT
19275 AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA-GTAA
1 AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TT-AAGC-ATGTAA
* * * * *
19339 TAAGGCTTTCGAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATACAGATCTTTTTCTTC
63 TAAGGCTTTCG-ATG--TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTC
* * *
19404 ACGTTTCTTGAGGAAGA-CATTTAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACT
125 ACGTTTCTTGAGGAA-ATCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
19467 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAC-AAGACTTTCGAAAGCATAGGC
189 T-AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG-GAGTAACAAAG-CTTTCGAAAGCATGGGT
* * * * * * *
19531 GACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTGT-TTCATGGTAGACATT
251 GACTATAAATAGAC--TTTTTATCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTTAATGGTAGACATT
* * * *
19595 CAATAATAATATGTTTTAA-AAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATA
314 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
19659 AAAACATTTAA
379 AAATCATTTAA
19670 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 124, Indels: 58
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 6 0.01
510 168 0.22
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513 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (503 bp):
AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAGCATGTAATAA
GGCTTTCGATGTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTT
CTTGAGGAAATCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCA
ATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGGAGTAACAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAAT
AGACTTTTTATCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTTAATGGTAGACATTCAATTATAATCT
GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCT
TTTTCTTCACGATTCACAAGGAAACATTCAATTATAATTAATTTTAAT
Found at i:20054 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 20030--20070 Score: 82
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
20020 CTTAGAATCA
20030 ATTATGAGATTATAAAAAT
1 ATTATGAGATTATAAAAAT
20049 ATTATGAGATTATAAAAAT
1 ATTATGAGATTATAAAAAT
20068 ATT
1 ATT
20071 TAAAGCGAGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 22 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
ATTATGAGATTATAAAAAT
Found at i:20729 original size:168 final size:160
Alignment explanation
Indices: 20506--20820 Score: 323
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
20496 ATTTAGAATC
*
20506 AATTATGAGATTATAAAAATATTTAAACCGAGAAAACAGGCTTTCGAAAGCATGGG-TGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAACCGAGAAAACAGGCTTTCGAAAGCATGGGCTG-CTATA
* * * * *
20570 AACGGACTTTTCTTGAAAATGGATAT-ATTTTTTTCATGTTTCTCATGGTAGATATTCAATTACA
65 AACGGACTTTTCTTGAAAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTACA
*
20634 ATTTGTTTT-AATAAAAATATNNNNNNNNNNACTCAAAATA
130 ATATGTTTTAAATAAAAATAT----------ACTCAAAATA
** * ** * *
20674 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATTATGCTTT-TAAAGGCATGGGCTGCTATA
1 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAACCGAGAAAACAGGCTTTCGAAA-GCATGGGCTGCTATA
* ** **
20738 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATT
65 AACGGACTTTTCTTGAAAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTACA
20803 ATATGTTTTAAATAAAAA
130 ATATGTTTTAAATAAAAA
20821 AGTAAAAAAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 19, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
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AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAACCGAGAAAACAGGCTTTCGAAAGCATGGGCTGCTATAA
ACGGACTTTTCTTGAAAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTACAA
TATGTTTTAAATAAAAATATACTCAAAATA
Found at i:21489 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 21017--22818 Score: 1318
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 168
21007 TCTCGAGATA
* * * * *
21017 GACATTCAACTATTATCTGTTTTCACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * **
21081 GTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAATGCATGAATGACTATAAAT-AGACTT
65 ATTATAAAA-TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
** * * * *
21145 TTCTTGTTAATAGATGTCTTTTTCTTGATGTTTCTCAAGGT
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* * ** * * *
21186 CGACATTCAAATATAACCAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATGA
1 -GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ********** * * *
21251 GATTATGAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTAACAATAAATGGACTT
64 GATTAT-AAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
* *
21316 TTCTTGCCAATGGATATCATTTTCATCATGTTTCTCACAACG-
128 TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT--CAACGT
* * * * *
21358 GACATTCAACTATTATCTTTTTTCACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
21423 ATTATTAAAATATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTACAAGTGAACTTT
65 ATTA-TAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * * *
21488 TCTTGGCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGT
129 TCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACGT
* * * * * * * * *
21528 AGATATTTAATTATAAT-TAATTTTAATAAAAAATGTGAACAAATTCAGCATAATATCAATTATG
1 -GACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ********** * *
21592 AGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AGAC
63 AGATTATAAAA-TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-AC
* * * ** * *
21656 TTTTCTTGGCAATAGATATCATTTTCTTCACATTTCTCTAGGT
126 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACGT
* * * * * *
21699 AGACATTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAAAAGTTATAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATG
1 -GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
21764 AGATTATAAAACTGTTTAAAATGAAG-AATAAGGCTTTTGAAGGTC-TAGGTGACTATAAAT-AG
63 AGATTATAAAA-TATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGGTGACTATAAATGA-
* * * * *
21826 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA-GACA
124 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACG--T
*
21872 GACATTC-ATATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
1 GACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
21936 AGATTATAAAATCATTTAAAACT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGAC
63 AGATTATAAAAT-ATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAC
* * * * * *
22000 CTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTGCTTTAAGTTTCTCGAGGT
126 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACGT
* * *
22043 AGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAATTGTAAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATG
1 -GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATG
* * * *
22108 AGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAGTGGACT
63 AGATTAT-AAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
** *
22173 TTTCTTTTCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGT
127 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACGT
* * * * *
22215 AAACATTCAATTAGAATCTGTTTTAATAAAACCTGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA
1 -GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
22280 GATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTACTAAAGCTTTTGAAGGCGTGGGTAACTATAAAT-AGAT
64 GATTATAAAA--TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-AC
* * * * * *
22343 TTTTCTTGTCAATGCATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCA
126 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACG-T
* * * ** * *
22387 AACATTCAATTATTATTTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATAAATTATGA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * ** *
22452 GGCTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAACGGTGACTGTAAATGAACTT
64 GATTAT-AAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
** * * * *
22517 TTCTTGAAAATAGATAACTTTTT-TTCATGTTTCCCATA-AT
128 TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-ACGT
* *
22557 AGACATTCAATTATAATC--TATT--T-----TA-AAAAAAATT-AACTCAAAATCAATTATGAG
1 -GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * *
22611 ATTATAAAAACATTTAACGTGAATAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTT
65 ATTAT-AAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTT
* ** * * *
22676 TCTTGGCAATGGATATCACTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCA
129 TCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACG-T
* * *
22717 GACATTCAATTTTTATCTGTTTTAACT----ATA-AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATG-G
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
22776 --GAT-AAA-ATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
65 ATTATAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
22819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1299, Mismatches: 277, Indels: 122
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
158 86 0.07
159 30 0.02
160 38 0.03
161 7 0.01
163 2 0.00
164 1 0.00
165 12 0.01
166 16 0.01
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170 39 0.03
171 548 0.42
172 489 0.38
173 22 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC
TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACGT
Found at i:21850 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 21003--22814 Score: 1315
Period size: 343 Copynumber: 5.4 Consensus size: 338
20993 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
21003 CATTTCTCGAGATAGACATTCAACTATT-ATCTGTTTTCACT-AAAAATAT-AAAAAATTTAACT
1 CATTTCTCTAGGTAGACATTCAA-TTTTAATATGTTTT-AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * * *
21065 TAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAATGCAT-GAAT
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GT
** * * * * * *
21129 GACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTTAAT-AGATGTCTTTTTCTTGATGTTTCTCAAGGTCGACAT
128 GACTATAAATGA-ACTTTTCTT-ACAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGATAGACAT
* * * * * *
21192 TCAAATATAACCAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATGAGATTAT
190 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* * ********* * * *
21257 GAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNG-GTAACAATAAATGGACTTTTCT
254 -AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
*
21320 TGCCAATGGATATCATTTTCATCA
317 TGCCAAT-GATATC-TTTTCTTCA
** ** * * * * * *
21344 TGTTTCTC-A-CAACGGACATTCAACTATT-ATCTTTTTTCACT-AAAAATATAAAACAATTCAA
1 CATTTCTCTAGGTA--GACATTCAA-TTTTAATATGTTTT-AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
21405 CTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAA-TATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGCATGG
62 CTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * * * * *
21469 GTGACTACAAGTGAACTTTTCTTGGCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGTAGATAT
126 GTGACTATAAATGAACTTTTCTT-ACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGATAGACAT
* * * * * *
21534 TTAATTATAAT-TAATTTTAATAAAAAATGTGAACAAATTCAGCATAATATCAATTATGAGGTTA
190 TCAATTATAATCT-ATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTA
**********
21598 TAAAACTATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
253 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
*
21663 GGCAATAGATATCATTTTCTTCA
318 GCCAAT-GATATC-TTTTCTTCA
* * * *
21686 CATTTCTCTAGGTAGACATTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAAAAGTTATAAAATTCAAGTT
1 CATTTCTCTAGGTAGACATTCAATTTTAATATGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
21751 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAATGAAG-AATAAGGCTTTTGAAGGTC-TAGGT
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATAGGT
*
21814 GACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGACAGACATT
128 GACTATAAATGA-ACTTTTCTTA-CAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGATAGACATT
* * *
21878 C-ATATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
191 CAAT-TATAATCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
21942 TAAAA-TCATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTCGAAGACAT-AGGTGACTATAAATGGACCTTTC
253 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTC
*
22005 TTGCCAATGGATATCTTTTGCTTTA
316 TTGCCAAT-GATATCTTTT-CTTCA
* * * * * *
22030 -AGTTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAATTGTAAAAAAAATCAAACT
1 CA-TTTCTCTAGGTAGACATTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC-AACT
*
22094 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
64 TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
* * * * * * * *
22158 AACTATAAGTGGACTTTTCTTTTCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATG-TAAACATT
128 GACTATAAATGAACTTTTC-TTACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA-GATAGACATT
* * **
22222 CAATTAGAATCTGTTTTAATAAAACCTGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
191 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
22287 AAACCT-TTTAAAGCGAGTACTAAAGCTTTTGAAGGCGTGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTTG
255 AAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
*
22351 TCAATGCATATCTTTTTCTTCA
319 CCAATG-ATATC-TTTTCTTCA
* * * * * **
22373 CGTTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATT-ATTTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAATAATTCAAC
1 CATTTCTCT-AGGTAGACATTCAATT-TTAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* ** * *
22436 TTAAAATAAATTATGAGGCTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA-ACGG
63 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA-GG
* * * *
22500 TGACTGTAAATGAACTTTTCTTGAAAAT-AGATAACTTTTT-TTCATGTTTCCCATA-ATAGACA
127 TGACTATAAATGAACTTTTCTT-ACAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCA-AGATAGACA
*
22562 TTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAAT-T-----AA--C-TC-AAAATCAATTATGAGATTAT
189 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * **
22616 AAAAAC-ATTTAACGTGAATAATAATA-CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCT
254 -AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* *
22679 TGGCAATGGATATCACTTTCTTCA
317 TGCCAAT-GATATC-TTTTCTTCA
** * * * *
22703 TGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTTTTATCTGTTTTAACT-----AT-AAAAAAAATTCAACT
1 CATTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTTTAATATGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *
22761 TCAAATCAATTATG-G--GAT-AAA--ATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
22815 GGGTNNNNNN
Statistics
Matches: 1196, Mismatches: 216, Indels: 140
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
318 30 0.03
320 3 0.00
321 2 0.00
323 1 0.00
324 21 0.02
325 5 0.00
326 2 0.00
329 2 0.00
330 116 0.10
331 6 0.01
332 1 0.00
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335 2 0.00
339 1 0.00
340 2 0.00
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344 260 0.22
345 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
CATTTCTCTAGGTAGACATTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
TATAAATGAACTTTTCTTACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGATAGACATTCAATT
ATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
TATCTTTTCTTCA
Found at i:24469 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23678--24837 Score: 638
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
23668 NNNNNNNNAA
* * * * * * *
23678 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTACTCAAGTT
1 GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTG-CCATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
* * *
23743 AGACATTCAATTATAACCGGTTTTAATAAAAAATGTACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
65 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********** * *
23808 NNNNNNNNNNCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAA
130 GATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * *
23849 GCATAGGTGACTATAAATGCACTTTTGTTGCTAATGGATACCTTTTTCTTCACAT-TTTCT-AAG
1 GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGC-CATGGATATCTTTTTCTT--CATGTTTCTCGAG
* * * * ***********
23912 GTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACT-ACAAATATAAAAAAACTCAANNNNNNNNNNNTTA
63 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
23976 TGAGGTTATAAAACCATGTA-AAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAG
127 TGAGATTATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * ** * *
24020 GCATGGGTGACTATAAATGAAATGTTT-TTGAAAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAG
1 GCATGGGTGACTACAAATGGACT-TTTCTTG-CCATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAG
* ********** *
24083 CTAGACATTCAATTATANNNNNNNNNNATAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAT
63 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
24147 AAGATAATAAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGATTTTC-AAG
128 GAGATTAT-AAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGG-CTTTCGAAG
* * * * * * * * **
24191 ACATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGCATATCTTTTTTGTTCACGTTTTTTAAGG
1 GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCA-TGGATATC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGG
* *********** * * *
24256 CAGACATTCAATTATTNNNNNNNNNNACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATG
64 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
24320 AGATTATAAAACCATTTACAACGAGTAA-AGAGGCTTTCGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATA-AGGCTTTCGAAG
* * * * * *
24362 GGATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTAACCATGAATATATTTTTCTCCATTTTTCTCGAGGT
1 GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT-GCCATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
* * **********
24427 AGACATTCGATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTANNNNNNNNNNTGA
65 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
24492 GATTATAAAGCCATTTA-AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAA
130 GATTATAAAACCATTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* ** * * * *
24533 ACATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTGCATATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCTAGGT
1 GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGC-CATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
* * ** * *
24598 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CCAAAATGTGAAAAAAA-TCAACTAAAAATAAATTATG
65 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
24661 TGATTATAAAAACTTTTACAGCGCGTAATAAGGCTTTCGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* ********** * * * * *
24703 GCATAGGTGANNNNNNNNNNACTTTTCATGCCAATGGATATCTTTTTTTTCACGCTTCTTGAGGT
1 GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
* * * *
24768 AGACATTCAATTACAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGA
65 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
24833 GATTA
130 GATTA
24838 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 215, Indels: 62
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 185 0.25
171 465 0.63
172 89 0.12
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTACAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
Found at i:26061 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25822--29752 Score: 3782
Period size: 171 Copynumber: 23.0 Consensus size: 170
25812 NNNNNNNNNN
* *
25822 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTT-GAAGGCATAGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * *
25886 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGTCTTTTTCTTCATGTTTACCAAGGTAAACATTCAATTAC
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * ***
25951 AATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAANNN
129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
******* * * * * * *
25993 NNNNNNNGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAATAACATGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * *
26058 AATGGACTTTTGTTACCAATGGATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCAAATAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATG-TT-TCCAAGGTAGACATTCAATTAT
* *** * *
26122 AACCAAATTTAATAAAAACTATAAAAAAATTCAACTCAAAAT
129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
26164 TAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
26229 AGTGGACTTTTCTTACCAATGGATATTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAGA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * *
26294 ATCTGTTTTATTAAAACCTGT-AAAAAATTCAACTCACAAT
130 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
26334 CAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAAGGCGTGGATAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * *
26399 AATAGACTTTTCTTACCAATGCATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGTTAAACTTTCAATTATT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATA
** ** * *
26464 ATCTGTTTCCACCAAAAATGTAAAACACATTCAACTTAAAAT
130 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAAT
** * * **
26506 CAATTATGAGGCTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAAT-GGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGGGTGACTAT
** ** * * *
26570 AAATGGACTTTTCTTGAAAATATATACGTTTTTTTCTT-AT-TTTCTAAGGTAAACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA--TCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTA
*
26633 TAATCTGTTTTAAT-AAAAA-ATAAAAAAATT-AACTCAAAAT
128 TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** * * *
26673 CAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTTAAAGGTATGAGTTACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * * *
26738 AATGAACTTTTCTTGGCAATGGATATCATATTCCTT-ACGTTTCTCTAGGCAGGCATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTAT
* * ** *
26802 TATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAAT
129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *** *
26844 GAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCATTT-GGAGGCATGAAAGGCTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * *
26908 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGTCTTTTGTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT-TCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTA
** * *
26973 TAATCTGTGATAAT-AAAACTGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAAT
128 TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAAT
* * * * * * * *
27015 CAGTTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACATGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACAATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * ** * * *
27080 AATGGATTTTTCTTGTCAATGGGTATTTTATTTTTTCACATTTCTCCAGGTAGACATTTAAATAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT-TTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTAT
* ** * *
27145 AACCAATTTTAATAAAAACTATAAAAAAATTCAACTCAAAAT
129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
27187 TAATTATGAGATTATAAAGACATTTAAAGTGAGTATTAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTACA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * ** * *
27252 AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTACCGAGGTAGAGATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATTCAATTATA
* *
27317 ATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TAAACTTAAAAT
130 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
** *
27357 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-ACAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * ** *
27421 AAACGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTATCTCGTTGCAT-TTTCTGAGGTAGACATTCAATTG
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC-TT-CATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
27485 TAATATGTTCTAATAAAAATTATAAAAAAAATCAACTTAAAAT
128 TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** *
27528 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * *
27593 AATGGATTTTTCTTGTCAACGGATA-CATTTTTCTTCATATTTACCGAGGTAGACATTCAATTAT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
27657 AATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAGAAT
129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * ** *
27699 CAATTGTGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-ATAGGCTTTCGAAAGCATAAGTTACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * ** ** *
27763 AGACGAACTTTTCTTGCCAATGGATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGACATAGACATCCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * *
27828 AATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAGAAATTGAACTCAAAAT
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* * ** * * * * * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * ** * * *
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65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * *
28000 GATATGTTTTAATAAAAAATGTCAAAACATTCAAGTTAAAAT
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* * * * *
28042 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
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66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCAAG-G-TAGACATTCAATTAT
* * *
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* * **
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1 CAATTATGAGATT-ATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * *
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*
28508 TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
128 TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
28551 CAATTATGAGATTAT-AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAATGCATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * ** *
28615 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTAT
* *
28680 CATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAC
129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
** * ***
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*
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129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-AA-AT
* * * * * * *
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1 CAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * * * *
28957 CAATGGA-TTTTTTTCCCCAATGAATATC-TTTTCTTCATGTTTCCGGAGTTATACAATCGATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
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128 TAATCTGTTTT-AATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
29063 CAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
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* * * *
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** * * * * *
29234 CAATTATCTGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTGTGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * ** *
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66 AATGGAC-TTTTCTTGCCAA-TGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
29363 TAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
128 TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** * * * * *
29406 TAATTATTAGATTATAAAATTATTTAAA-TAGAATAACAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGACGAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* ** ** *
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* ** *
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129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** *
29577 CAATTATAAGATTATGAAATCATTTGGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
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66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT-TTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
29705 TATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAAT
129 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
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Statistics
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Found at i:26640 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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* *
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* * * ** * *
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* * ********** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* ** *
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* * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** ** *
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*
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** **
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1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGGGTGACTAT
* ** * *
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* *
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* * * * * * **
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*
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* * * * *** *
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1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * *
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** * * * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * * * *
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* *
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316 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
27187 TAATTATGAGATTATAAAGACATTTAAAGTGAGTATTAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTACA
1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * *
27252 AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTACCGAGGTAGAGATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGACAATGGATATTTTTTTCTT---ATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
27317 ATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
128 ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
** * * *
27381 TAAAGCAAGTAA-ACAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGA
193 TAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA
* * * * * * * * *
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*
27508 AAAAAAAATCAACTTAAAAT
320 AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
27528 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * *
27593 AATGGATTTTTCTTGTCAACGGATACATTTTTCTTCATATTTACCGAGGTAGACATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGACAATGGAT--ATTTTT-TTCTTATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * *
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128 ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
** * * * * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * *
27851 AAGAAATTGAACTCAAAAT
321 AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** ** ** * * * * *
27870 TAATTATGAGATTGTTTAACCATTTAAATTGTGTAACAAGCCTTTTCGATGGCATGAGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * ** * * ** * *
27935 AAATCGACTTTTTTTTTCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTTAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATTTTTTTCTT-AT-TT-TCTGAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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319 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * *
28212 CAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTACCAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * *
28277 AATGGACTTTTCTT-ACCAATGGATATTTTTTT-TCACGTGTCCCGTGATAGACATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATATTTTTTTCTTA--TTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
28340 ATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGTG-TTAATAAAATCAT
128 ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAAACAT
** * *
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192 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA
* * *
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257 TATCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAAATAT
*
28531 AAAAAAATTTAACTTAAAAT
320 AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
28551 CAATTATGAGATTATAAAACA-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAATGCATGGGTGACTAT
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* * * * *
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* * * * *
28680 CATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAATCAT
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* *
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* *** *
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* * * * * * **
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1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* ** * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * **
29085 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACATTTCTTGTCAATGG
191 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * *
29150 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGTA
256 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAAATATA
*
29215 AAAAAATTCAACTAAAAAT
321 AAAAAATTCAACTTAAAAT
** ** * * *
29234 CAATTATCTGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTGTGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
29299 AATGGACTTTTTCTTG-CAAGTGGATATCTTTTTGTTCACGTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTA
66 AATGGAC-TTTTCTTGACAA-TGGATATTTTTTTCTT-A-TTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * **
29363 TAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAATTA
126 TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
* * * * * *
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191 TTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
** * * * *
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255 GATATCTTTTTCTTCATGT-TTCC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAAAT
*
29555 ATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
318 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** * *
29577 CAATTATAAGATTAT-GAAATCATTTGGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * *
29641 ATATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATATTATTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCACACATTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATTTTTTTCTT-A--TTTTCTGAGGTAGACATTCAATTAT
* *
29705 TATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
127 AATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
29753 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2931, Mismatches: 555, Indels: 207
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (339 bp):
CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTGACAATGGATATTTTTTTCTTATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATC
TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAAATATAAAAAA
ATTCAACTTAAAAT
Found at i:31006 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 30118--31644 Score: 1516
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
30108 NNNNNNNNNN
* *
30118 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAT-ATTTAAAGC
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* * * ** * *
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66 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGGATATCTT
* * *
30246 TTTCTTCACATTTCCCGAGGTA-AGCATTCAATTATAATTTGT
130 TTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
30288 TTTAATGAAAAATATAAAAAAATCAACTCAGAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGT
1 TTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAAGC
* ** ** ** * *** *
30352 GAG-AAAATAGGCTTTCGAAGGCATGGGTTTCTATAAACGGATTTTTCTTATAAATGGAGATCTT
66 GAGTAATA-AGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* * ** * *
30416 GTTCTTCACATTTCTCGACATGGACATCCAATTATAATCT-T
130 TTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
30457 TGTTAATAAAAAATATGAAGAAATTCAACTCAAAATCAGTTATGAGATTGTAAAACT-ATTTAAA
1 T-TTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAA
* * * ** * * *
30521 GTGTGTAACATA-GCTTTCGATGACATGGGTGACTATAAATCA-ACTTTCCTTGCCAATGGATAT
64 GCGAGTAATA-AGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGGATAT
* * * *
30584 TTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTAT
127 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
30629 TTTAATTAAAAATAAAAAACAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTGT-AAAACCATTTAAAG
1 TTTAATAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAAG
* * *
30693 CGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* *
30758 TTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGT
130 TTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
** * *
30800 TTTAACCAACAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAATCATTTAAAG
1 TTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAAG
* * * * *
30864 CGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGCTGACTATACATAGACTTTTTCTTACCAATGGATATCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAATGGATATCT
* *
30929 TTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGT
129 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * *
30972 TTTCAGAAAAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATTAACTATGAGATTAT-AAAACCATTTCAAG
1 TTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAAG
* * * *
31036 CGAGTAATAAGGCATTTAAAGAG-ATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCGATAGATATCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAG-GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* * * *
31100 TTTTCTTTACGTTTCTGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
129 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* ** * *
31143 TTTCACCAAAAATGCATAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAA
1 TTTAATAAAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAA
* * * * * *** *
31207 GAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAAGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTAAAAATGAATATCT
64 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* * *
31272 TTTTCTTTACGTTTCTC-AGGGTAGATATTTAATTATAATCTGT
129 TTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
31315 TTTAATAAAAAAGATAAAAAAATCAA-TTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA-CATTGAAAG
1 TTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAAG
** * ** * * * * *
31378 TAAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATATGCGGCTATAAAT-GAACTTTTCTTGCTAAAGGATATCA
65 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* * * * *
31442 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATTATCTGT
129 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
*
31485 TTTAACTAAAAAAGTA-AAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA-CATTTAAA
1 TTTAA-TAAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAA
* * * *
31548 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATC
64 GCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAT-
* *
31612 CTTTTT-TTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAA
127 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
31645 CTATTATGAG
Statistics
Matches: 1121, Mismatches: 201, Indels: 69
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 283 0.25
171 530 0.47
172 289 0.26
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
TTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
Found at i:31752 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 31522--31776 Score: 341
Period size: 125 Copynumber: 2.0 Consensus size: 125
31512 CTTAAAATCA
* *
31522 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTAACAATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTAACAATAAA
* * *
31587 TAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCCTTTTTTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAACT
66 TAAACTTTTCTTGCCAATGCATATCATTTTTTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAACT
* * * * * *
31647 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAATGCGTGGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTAACAATAAA
* ** * * *
31712 TAGACTTTTCTTGTGAATGCATAT-ATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
66 TAAACTTTTCTTGCCAATGCATATCATTTTT-TTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAACT
31772 ATTAT
1 ATTAT
31777 CTGTTTCCAC
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 17, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 5 0.04
125 107 0.96
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (125 bp):
ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTAACAATAAA
TAAACTTTTCTTGCCAATGCATATCATTTTTTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAACT
Found at i:32085 original size:466 final size:466
Alignment explanation
Indices: 31181--32094 Score: 1028
Period size: 466 Copynumber: 2.0 Consensus size: 466
31171 CTTAAAATCA
* * *
31181 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAAGGGTGACTATATA
1 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGT-AGGGTAACTATAAA
* * * * * * *
31246 TGGACTTTTCTTAAAAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAGGGTAGATATTTAATTATAAT
65 TAGACTTTTCTTAAAAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
31311 CTGTTTTAATAAAAAAGATAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTGAA
130 CTGTTTCAACAAAAAAGAAAAAAAAATCAATTCAAAATCAATCATGAGACTATAAAAACATTGAA
* * * * * * *
31376 AGTAAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATATGCGGCTATAAATGAACTTTTCTTGCTAAAGGATATC
195 AGCAAGTAATAAGGCTTTTAAACGCATACGCGGCTATAAATAAACTTTTCTTGCAAAAAGATATC
* *
31441 ATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAA
260 ATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAA
* * * * * *
31506 ATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
325 ATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTGAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAAG
*
31571 CATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATC-CTTTTTTTCACGTTTCTCGAGAT
390 CATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTCTTTTTTTCACGTTTCTCGAGAT
31635 AAACATTCAACT
455 AAACATTCAACT
* * * *
31647 ATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAATGCGT-GGGTAACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAA-ATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-GAAAG-GTAGGGTAACTATA
*** * * *
31710 AATAGACTTTTCTTGTGAATGCATATATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATT
63 AATAGACTTTTCTTAAAAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * *
31775 ATCTGTTTCCACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTT-AAAATCAATCATGAGGCTATAAAAACA
128 ATCTGTTT-CAACAAAAAAG-AAAAAAAAATCAA-TTCAAAATCAATCATGAGACTATAAAAACA
* * * * * *
31839 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCA-ACG-GTGATTGTAAATAAATTTTTCTTG-AAAA
190 TTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAACGCATACGCG-G-CTATAAATAAACTTTTCTTGCAAAA
* * * *
31901 TAGATA-CCTTTTTTTCATGTTTCCCATA-GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TACAAA
253 -AGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAA
* *
31963 A-TAAAAAAAATT-AACTCAAAATCAATTATAAGTTTATAAAAACATTGAAAATGAGTAATAATA
316 AGT-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTGAAAATGAGTAATAAGA
* * ** * *
32026 CTTTT-AAAGGCATGGGTTACTATAAATGCACTTTTCTT-CGTAATGAATATCATTTTTTTTTTC
380 CTTTTGAAA-GCATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGC-CAATGAATATC--TCTTTTTTTC
32089 ACGTTT
441 ACGTTT
32095 TCCAAGGCAG
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 62, Indels: 30
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
464 4 0.01
465 83 0.22
466 123 0.33
467 60 0.16
468 98 0.26
469 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (466 bp):
ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTAGGGTAACTATAAAT
AGACTTTTCTTAAAAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
TGTTTCAACAAAAAAGAAAAAAAAATCAATTCAAAATCAATCATGAGACTATAAAAACATTGAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTTAAACGCATACGCGGCTATAAATAAACTTTTCTTGCAAAAAGATATCA
TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAA
TTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTGAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAAGC
ATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTCTTTTTTTCACGTTTCTCGAGATA
AACATTCAACT
Found at i:32389 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31647--33759 Score: 1830
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 170
31637 ACATTCAACT
* * * * * *
31647 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAATGCGTGGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** * * * * *
31712 TAGACTTTTCTTGTGAATGCATATATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
** ** * *
31777 CTGTTTCCACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCA
131 CTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* ** * * ** * *
31819 ATCATGAGGCTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCAACGGTGATTGTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
** * ** * * * *
31884 TAAATTTTTCTTGAAAATAGATACCTTTTT-TTCATGTTTC-CCATAGTAGACATTCAATTATAA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAA
* * *
31947 TATGTTTTAATACAAAATA-AAAAAAATT-AACTCAAAATCA
130 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* * * ** ** ** *
31987 ATTATAAGTTTATAAAAACATTGAAAATGAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTTACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
32052 TGCACTTTTCTT-CGTAATGAATATCATTTTTTTTTTCACGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATT
66 TGGACTTTTCTTGC-CAATGGATATC---TTTTTCTTCATGTTTCT-CGAGGTAGACATTCAATT
* * ** * * *
32115 ATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAGCTTAAAATGA
126 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCA-ATTAAAATCA
* * * * *
32162 ATTATGAGATTGTAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTT-AAATGCATGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * *
32226 ATGGACTTTTCTTGCCAATGTATGTCCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTACAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
*
32291 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTGAAAAACA
130 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATT-AAAATCA
* * * * * * * *
32333 AATATGAGGTTATAAAACCATATAAAGTGAGTAGTATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
32398 TGGACTTTTCTTGCCAATGGGTATAT-TTTTTATACA--TTTCTCCAGGTAGACATTCAAATATA
66 TGGACTTTTCTTGCCAAT-GG-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * *
32460 A-CTAATTTTAATAAAAATTGTAAAAAAAGTCAACTCAAAATCA
129 ATCT-GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* * * *
32503 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGCCTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * ** * * *
32568 TGGACTTTTCTTACCAATTGATATCTTTTTCTTCACATTTTTCGACGTAGACATTCAGTTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
** *
32633 CTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATAAAATTAAAAAT-G
131 CTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAATT-AAAATCA
* * **
32674 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAA-ACAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
32738 ACGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCGCAT-TTCCT-GAGGTAAACATTCAATTCT
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT--CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
32801 AATATGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAA-TCAACTTCAAATCA
128 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* * * *
32844 ATTATAAGATTATAAAGACATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** *
32909 TGGACTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTAC-CAAGGTAGACATTCAATTATAA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
32973 TTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAA-TAAACTTAGAATCA
130 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* * * * * * *
33014 ATTGTGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-ATAGGCTTTCGAAGGCATAGGTTAATATAG
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * ** * ** *
33078 ACGGACTTTTCTTACCAATGGATGTTTTTTTCTTCACATTTCTTGACATAGACATCCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
33143 TCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAGAAATTAAACTCAAAATCA
130 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* * * * * * * *
33185 ATTATGAGATTGTTAAACCATTTAAAGTGTGAAACAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
33250 TTGACTTTT-TT-CTCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTCCTCGAGGCAAACATTCAATTATA
66 TGGACTTTTCTTGC-C-AATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* *
33313 ATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAGAATTCAAGTTAAAATCA
129 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* * * * *
33355 ATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** * ** * *
33420 TCGACTTCGCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTACAT-TTTCT-GAGACAGACATTTAATCATA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * ** *
33483 ATCTATTTCAATAAAAAATATAAAACAATTCAGCGTAGAATCA
129 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA-ATTAAAATCA
* ** * * *
33526 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTACCAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** ** * * * *
33591 TGGATTTTTCTTATCAAAAGATATCTTTTTAC-ACATGTGTC-CCATGGTATACATTCAATTATA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT-CTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATA
* * * *
33654 ATTTATTTTAATAAAAAATATAATAAAATTTAACTTAAAATCA
129 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAATCA
* * * * *
33697 ATTATGTGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
33760 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1564, Mismatches: 324, Indels: 107
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 82 0.05
169 33 0.02
170 555 0.35
171 597 0.38
172 198 0.13
173 12 0.01
174 5 0.00
175 78 0.05
176 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTAAAATCA
Found at i:32407 original size:811 final size:809
Alignment explanation
Indices: 30837--32417 Score: 1781
Period size: 811 Copynumber: 2.0 Consensus size: 809
30827 CTTAAAATCA
* * * * *
30837 ATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGCTGACTATACA
1 ATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTAACTATAAA
* * ** *
30902 TAGACTTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTACAA
66 TAGACTTTTTCTTACCAATGCATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAA
* * * * * * * *
30967 TCTGTTTTCAGAAAAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACCATTT
131 TCTGTTTCCACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAACTATGAGACTATAAAAACATTT
* * * ***
31032 CAAGCGAGTAATAAGGCATTTAAAGAGATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCGATAGATA
196 AAAGCGAGTAATAAGGCATTTAAAGAGATCGGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGAAAATAGATA
* * ** * * * *
31097 TCTTTTTCTTTACGTTTCTGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGCATAA
261 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAAT-CATAA
* * * * * * *
31162 ATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAA
325 AAAAATTAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTGAAAGAGAGTAATAAGACTTTTAA
* * * *
31227 AGGTAAGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTAAAAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAGG
390 AGGCAAGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTAAAAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAG
* * * * *
31292 GTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAGATAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATG
455 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGATAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATG
* * * *
31357 AGATTATAAAAACATTGAAAGTAAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATATGCGGCTATAAATGAACT
520 AGATTATAAAAACATTGAAAGTAAGTAATAAGGCGTTTAAAGGCATAGGCGACTATAAATGAACT
* **
31422 TTTCTTGCTAAAGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATTATCTGTTT
585 TTTCTTGCCAAAGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTACAATCTGTTT
* * * * *
31487 TAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGA
650 TAACTAAAAAAATAAAAAAATTCATCTGAAAAACAAATATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGA
*
31552 GTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCCTTTT
715 GTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCCTTTT
31617 TTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAACT
780 TTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAACT
* * * * * *
31647 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAATGCGTGGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTAACTATAAA
*** * **
31712 TAGAC-TTTTCTTGTGAATGCATATATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA
66 TAGACTTTTTCTTACCAATGCATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAA
* * *
31776 TCTGTTTCCACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA-TCATGAGGCTATAAAAACAT
131 TCTGTTTCCACAAAAAATAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAACT-ATGAGACTATAAAAACAT
* * * * * *
31840 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCA-A-CGGTGATTGTAAATAAATTTTTCTTGAAAATA
194 TTAAAGCGAGTAATAAGGCATTT-AAAG-AGATCGGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGAAAATA
* * *
31903 GATACCTTTTT-TTCATGTTTC-CCATAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAC-AAAAT
257 GATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCCA-AGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-ACAAAAAT
* *
31965 -A-AAAAAAATTAACTCAAAATCAATTATAAGTTTATAAAAACATTGAAA-ATGAGTAATAATAC
320 CATAAAAAAATTAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTGAAAGA-GAGTAATAAGAC
* * *** *
32027 TTTTAAAGGCATGGGTTACTATAAATGCACTTTTCTTCGTAATGAATATCATTTTTTTTTTCACG
384 TTTTAAAGGCAAGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTAAAAATGAATATC--TTTTTCTTT-ACG
* * *
32092 TTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAACAAATTCAGCTT
446 TTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAGATAAAA-AAA-TCA-ATT
* * * * * * * *
32155 -AAAATGAATTATGAGATTGTAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTAAATGCATGGGTG
506 CAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTGAAAGTAAGTAATAAGGCGTTTAAAGGCATAGGCG
* * * * * * * *
32219 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGTATGTCCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAA-ATATTC
571 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAAGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGG-AAGACATTC
*
32283 AATTACAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAAT-TGAAAAACAAATATGAGGTTAT
635 AATTACAATCTGTTTTAACTAAAAAA-ATAAAAAAATTC-ATCTGAAAAACAAATATGAGATTAT
* * * * * * * **
32346 AAAACCATATAAAGTGAGTAGTATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTG
698 AAAAACATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTG
32411 CCAATGG
763 CCAATGG
32418 GTATATTTTT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 122, Indels: 35
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
805 1 0.00
806 92 0.15
807 1 0.00
808 10 0.02
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810 164 0.26
811 217 0.34
812 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (809 bp):
ATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGCTAACTATAAA
TAGACTTTTTCTTACCAATGCATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAA
TCTGTTTCCACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAACTATGAGACTATAAAAACATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCATTTAAAGAGATCGGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGAAAATAGATA
CCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATCATAAA
AAAATTAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTGAAAGAGAGTAATAAGACTTTTAAA
GGCAAGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTAAAAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG
CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGATAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATGA
GATTATAAAAACATTGAAAGTAAGTAATAAGGCGTTTAAAGGCATAGGCGACTATAAATGAACTT
TTCTTGCCAAAGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTACAATCTGTTTT
AACTAAAAAAATAAAAAAATTCATCTGAAAAACAAATATGAGATTATAAAAACATATAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCCTTTTT
TTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAACT
Found at i:32539 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 31647--33759 Score: 1830
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 337
31637 ACATTCAACT
* * * * *
31647 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAATGCGTGGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** * ** * *
31712 TAGACTTTTCTTGTGAATGCATATATTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA-TA
* * * ** * * * **
31776 TCTGTTTCCACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCATGAGGCTATAAAAACATT
129 ACTATTT-TAATAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
* ** * * ** * **
31841 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCAACGGTGATTGTAAATAAATTTTTCTTGAAAATAGAT
192 TAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAT
* * * * *
31906 ACCTTTTT-TTCATGTTTCCCATAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATACAAAATA-AAA
255 ATCTTTTTCTTCATGTTTCCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
*
31969 AAAATT-AACTCAAAATCA
319 AAAATTAAACTTAAAATCA
* * * ** ** ** *
31987 ATTATAAGTTTATAAAAACATTGAAAATGAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTTACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
32052 TGCACTTTTCTT-CGTAATGAATATCATTTTTTTTTTCACGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATT
65 TGGACTTTTCTTGC-CAATGGATAT-A-TTTTTCTTTCACATTTCT-CGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
32115 ATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAGCTTAAAATGAATTATGAGATTGTAAAAA
126 A-TAACTATTTTAA-TAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * *
32180 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTAAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
188 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
32245 GTATGTCCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATA
252 G-ATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* *
32310 TAAAAAAATTCAA-TTGAAAAACA
315 TAAAAAAATTAAACTT-AAAATCA
* * * * * * *
32333 AATATGAGGTTATAAAACCATATAAAGTGAGTAGTATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
32398 TGGACTTTTCTTGCCAATGGGTATATTTTT-TAT-ACATTTCTCCAGGTAGACATTCAAATATAA
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* *
32461 CTAATTTTAATAAAAATTGTAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTT
130 CT-ATTTTAATAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT
* * * *
32526 AAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTGATA
193 AAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGATA
* * *
32591 TCTTTTTCTTCACAT-TTTTCGACGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAA
256 TCTTTTTCTT--CATGTTTCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAA
* *
32655 AAAAA-TAAAATTAAAAAT-G
318 AAAAATTAAACTT-AAAATCA
* * * **
32674 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAAACAGGCTTTCGAAGGCATGGGCAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * *
32739 CGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC-TTCGCATTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTCTA
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTCACATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
32802 A-TATGTTTTAATAAAAA-GTATAAAAAAATCAACTTC-AAATCAATTATAAGATTATAAAGACA
129 ACTA--TTTTAATAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
* * *
32864 TTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGG
190 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-G
** * * *
32929 ATATCTTTTTCTTCACATTTACCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATATA
253 ATATCTTTTTCTTCATGTTT-CCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
*
32994 AAAAAA-TAAACTTAGAATCA
317 AAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
33014 ATTGTGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCAAGTAAATAGGCTTTCGAAGGCATAGGTTAATATAGA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * ** *
33079 CGGACTTTTCTTACCAATGGATGTTTTTTTC-TTCACATTTCTTGACATAGACATCCAATTATAA
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * * * *
33143 TCTGTTTTACTAAAAAATGTAAAGAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTGTTAAACCATTT
130 -CTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT
* * * * * *
33208 AAAGTGTGAAACAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTT-TT-CTCTAATGGA
193 AAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-C-AAT-GA
* * * *
33271 TATCTTTTTCTTCATGTTCCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAA
254 TATCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA
* * *
33335 AAGAATTCAAGTTAAAATCA
318 AAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * *
33355 ATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** ** * *
33420 TCGACTTCGCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTT-ACATTT-TCTGAGACAGACATTTAATCATA
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTCACATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * *
33483 ATCTATTTCAATAAAAAATATAAAACAATTCAGCGT-AGAATCAATTATGAGATTATAAAAATAT
129 A-CTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAT
** * * * * * *
33547 TTAAAGCGAGTACCAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTATCAAAAGA
191 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGA
* * * * * *
33612 TATCTTTTTAC-ACATGTGTCCCATGGTATACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATATA
254 TATCTTTTT-CTTCATGTTTCCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* *
33676 ATAAAATTTAACTTAAAATCA
317 AAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * *
33697 ATTATGTGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
33760 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1449, Mismatches: 265, Indels: 116
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.00
340 236 0.16
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342 205 0.14
343 137 0.09
344 48 0.03
345 14 0.01
346 75 0.05
347 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAC
TATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATATCTTT
TTCTTCATGTTTCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTA
AACTTAAAATCA
Found at i:32624 original size:981 final size:980
Alignment explanation
Indices: 30666--32612 Score: 2312
Period size: 981 Copynumber: 2.0 Consensus size: 980
30656 GTTAAAATTA
* * * *
30666 ATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGGATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTGAAAGCGATGGGTAACTATAAA
* * * *
30731 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTAT
66 TAGACTTTTCTTGCCAATGCATATATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATTAT
* * * * *
30796 CTGTTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTA
131 CTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCATGAGACTAAAAAATCATTTA
* * * * * * *
30861 AAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGCTGACTATACATAGACTTTTTCTTACCAATGGATA
196 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCACGGCTGACTATAAATAGAATTTTTCTTACAAATAGATA
* * * *
30926 TCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTCAGAAAAAATATAAAA
261 CCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAAGAAAAAATATAAAA
* * * * * * ** * *
30991 ACATTCAAGTTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCATTTAAA
326 AAATTCAACTCAAAATCAACTATAAGATTATAAAAACATTGAAAACGAGTAATAAGACATTTAAA
**
31056 GAGATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCGATAGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTGGAGG
391 GAGATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTT-CCGATAGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG
* * * *
31121 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGCATAAATAATTTAACTTAAAATCAATTAT
455 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGCATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
31186 GAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAAGGGTGACTATATATGGAC
520 GAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCGTTTAAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
31251 TTTTCTTAAAAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAGGGTAGATATTTAATTATAATCTGTT
585 TTTTCTTAAAAATGAATATCCTTTTCTTCACGTTTCTCAGGGTAAATATTCAATTACAATCTGTT
* *
31316 TTAATAAAAAAGATAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTGAAAGTAA
650 TTAATAAAAAAGATAAAAAAATCAATTCAAAAACAAATATGAGATTATAAAAACATTGAAAGTAA
* * * *
31381 GTAATAATGCTTTTAAAGGCATATGCGGCTATAAATGAACTTTTCTTGCTAAAGGATATCATTTT
715 GTAATAATGCTTTCAAAGGCATAGGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAAGGATATCATTTT
* * * *
31446 CTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCA
780 CTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAAATATTAACTATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAGTCA
* * * *
31511 TCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGG
845 ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAAGCATGG
* *
31576 GTAACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCCTTTTTTTCACGTTTCTCGAGATAAACAT
910 GTAACAATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCCTTTTTTTCACATTTCTCGAGATAAACAT
31641 TCAACT
975 TCAACT
* *
31647 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGT-ACTAAGGCTTTCGAATGCG-TGGGTAACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC-AAGGCTTT-GAAAGCGATGGGTAACTATA
** *
31710 AATAGACTTTTCTTGTGAATGCATATATTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTAT
64 AATAGACTTTTCTTGCCAATGCATATATTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTAT
* *
31774 TATCTGTTTCCACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCATGAGGCTATAAAAA-C
128 TATCTGTTTCAACCAAAAATGT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCATGAGACTA-AAAAATC
* *
31838 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCAACGG-TGATTGTAAATA-AATTTTTCTTGA-AA
191 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGC-ACGGCTGACTATAAATAGAATTTTTCTT-ACAA
* * * *
31900 ATAGATACCTTTTT-TTCATGTTTCCCAT-A-GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATACAA
254 ATAGATACCTTTTTCTTCACGTTT--CATGAGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAAGAAAA
* * * *
31962 AATA-AAAAAAATT-AACTCAAAATCAATTATAAGTTTATAAAAACATTGAAAATGAGTAATAAT
317 AATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAACTATAAGATTATAAAAACATTGAAAACGAGTAATAAG
* * *
32025 ACTTTTAAAG-GCATGGGTTACTATAAAT-GCACTTTTCTT-CG-TAATGAATATCATTTTTTTT
382 ACATTTAAAGAG-ATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTCCGAT-A-G-ATATC--TTTTTCT
* * *
32086 TTCACGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAACAAATT
440 TT-ACGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGCATAAA-AAATT
* * * * * *
32149 CAGCTTAAAATGAATTATGAGATTGTAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTAAATGCAT
502 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCGTTTAAAGGCAA
*** * * *
32214 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGTATGTCCTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAAA
567 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAAAAATGAATATCCTTTTCTTCACGTTTCTCAG-GGTAAA
* * *
32278 TATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTGAAAAACAAATATGAGGT
631 TATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAAGATAAAAAAA-TCAATTCAAAAACAAATATGAGAT
* * * * * * * *
32343 TATAAAACCATAT-AAAGTGAGTAGT-ATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAATGGACTTT
695 TATAAAAACAT-TGAAAGTAAGTAATAAT-GCTTTCAAAGGCATAGGCGACTATAAATGAACTTT
* * * *
32406 TCTTGCCAATGGGTAT-ATTTT-TT-ATACATTTCTCC-AGGTAGACATTCAAATA-TAACTAAT
758 TCTTGCCAAAGGATATCATTTTCTTCAT--GTTTC-CCAAGGAAGACATTCAAATATTAACT-AT
* *
32466 TTTAA-TAAAAATTGTAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
819 TTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
* ** * ** *
32530 TGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTGATAT-CT
883 TGAGTAATAAGACTTTCGAAAGCATGGGTAACAATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCCT
*
32594 TTTTCTTCACATTTTTCGA
948 TTTT-TTCACATTTCTCGA
32613 CGTAGACATT
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 124, Indels: 58
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
975 1 0.00
976 3 0.00
977 3 0.00
978 75 0.09
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983 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (980 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTGAAAGCGATGGGTAACTATAAA
TAGACTTTTCTTGCCAATGCATATATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATTAT
CTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCATGAGACTAAAAAATCATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCACGGCTGACTATAAATAGAATTTTTCTTACAAATAGATA
CCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAAGAAAAAATATAAAA
AAATTCAACTCAAAATCAACTATAAGATTATAAAAACATTGAAAACGAGTAATAAGACATTTAAA
GAGATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTCCGATAGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGC
AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGCATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCGTTTAAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTAAAAATGAATATCCTTTTCTTCACGTTTCTCAGGGTAAATATTCAATTACAATCTGTTT
TAATAAAAAAGATAAAAAAATCAATTCAAAAACAAATATGAGATTATAAAAACATTGAAAGTAAG
TAATAATGCTTTCAAAGGCATAGGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAAGGATATCATTTTC
TTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAAATATTAACTATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAGTCAA
CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAAGCATGGG
TAACAATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCCTTTTTTTCACATTTCTCGAGATAAACATT
CAACT
Found at i:33734 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 33689--33734 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
33679 AAATTTAACT
*
33689 TAAAATCAATTATGTGATAA
1 TAAAATCAATTAAGTGATAA
*
33709 TAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
1 TAAAATCAATT-AAGTGA-TAA
33731 TAAA
1 TAAA
33735 GCTTTCGAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.45
21 5 0.23
22 7 0.32
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
TAAAATCAATTAAGTGATAA
Found at i:34109 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33817--34190 Score: 452
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
33807 NNNNNNNNNN
* *
33817 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATA
* ** ** *
33882 AGACTTTCAAAGGCTTCGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCAC
66 AGACTTCCAAAGGCTTCGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCAC
33947 ATTTCTC-GAGGTAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAA
131 ATTTC-CAGAGGTAAACAATT-AATTATAATCTGTTTTAAT-AA
* ** * *
33989 AAAATATAAAAAAATTCAAAACAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAAT
1 AAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAAT
** * * *
34053 AAGGGTTCCAAATG-TAT-GAGTGTCTACCAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTT
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** * * *
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* * * * * * *
41420 T-TTAAAACCGGTTAAAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGTA
1 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
* *
41484 AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTAC
66 AG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TT--
* * * * * * * *
41549 TCGCTTTGAATTTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATAAAATTTTTTTATATTTTT
126 T---TAT-AA----TCTCATAAT-TGAT-TTTAAGTTG-AAT----TTTTT-TACATTTTT
* * * * * * * *
41610 TATTAAAATAAATTATAATTAAATATCTAACTCG-GAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC
1 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
*** * * * *
41674 AAGAAAA-TCCCATTGGCAGACACTCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTT
65 AAGAAAAGT-CCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
41738 ATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTA
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
41774 TATNNNNNNN
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AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
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41363 CTTTAAATGA
* * * ***
41373 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAAATTTTTT-TTAAAACCGGTTAAAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGATAAAATTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAAATTAAAA
* * * * *
41437 TTGAATGTCTACCTTCAG-AAACATGAAGAAAAAGATA-TCTATTGGTAAGAAAAAGT-CCATTT
66 TTAAATATCTAAC-TCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTC-ATTGGCAAG-AAAA-TCCCATTG
* * * *
41499 ATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTACTCGCTTTGAATTTT
127 ACAGACACCCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTACTCGCTTTGAATTTT
* * *
41563 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAA-ATAAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGATAAAA-TTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAAATTAAA
* *
41627 ATTAAATATCTAACTCGGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATCCCATTGGCA
65 ATTAAATATCTAACTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATCCCATTGACA
*
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TTAAATATCTAACTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATCCCATTGACAG
ACACCCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTACTCGCTTTGAATTTT
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45822 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* * ** * * *
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*
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* * * * *
46003 ACATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTAATGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAG
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* * *
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* * *
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* * * * *
46174 AAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACTGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
*
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66 TTATAATTGAATGTCTGCCTT
46260 GAGANNNNNN
Statistics
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AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGCAAAAAAAGATATCAATTGGCAACAAAAGTCCAT
TTACAGTCACGCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:47621 original size:171 final size:170
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47126 NNNNNNNATA
* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *******
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***
47308 NNNTCGAAA-CCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--GTATGG
1 CCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-T-G
* * ** * * * * * * *
47370 AATTTTATTATATTTTGGTTGAAACAGATAATAATTGAACGTTTGCCTCAGGAAACATAAAGAAA
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*
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128 AAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * *
47478 TCTTCGAAAGCGTTAGTACTCGCTTTAAATGGCTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** *
47543 TTCTTTACAGTTTTTATCAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAA
66 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* ** * *
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130 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * ********** * *
47649 CCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTGAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * *
47714 TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCACAAAAAACGTGAAGAAAAA
66 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
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130 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * **********
47820 CCTTCGGAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
47885 TTTTTTACATTTTTTATTAAAGCTGATTATAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACAT-CA-AAAAA
66 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
47948 GATATCCATT-GCTAAAAAAAGTCTATTTATAATCACACATG
130 GATATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * ** ** * * *
47989 CCTTTGAAAGCCTTATTAGTTACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAAAC
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *** ** * * *
48054 ATTTTTACATTTTTGGGCAAAACAGATAATTGTTGAATGTCT-TCTTCACGAAACATAAAGAAAA
66 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAA
* * * ** * * * *
48118 AGATTTTCACTGAAAAAGAAAAGTTCTTTTACAGTCACCAATG
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* * * * *
48161 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAGTTAATTTTAACTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * * ** ** ** *
48226 GGTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTGTTCTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAGA
66 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* *
48290 GGTATCCATTGGCAAGACAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG
130 GATATCCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
*
48332 CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
48397 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAGGGAACAAGAAGAAAAA
66 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
** * *
48462 GATATCCATTCTCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATC
130 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * ** *
48503 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATATTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * ** * *
48568 TTTTTTACATCTTTAGTGAAAACAGACAATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAACCATGAAGAAAAC
66 TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * ** * * *
48633 GATATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTGGTAGACAGCAATG
130 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * *
48674 GCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * * * *
48739 TTTTTAATATTTTTTATTAAAGCATATTGTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAA
66 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* *
48804 GATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
130 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
*
48845 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTCTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * ** * *
48909 TTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATAGTAATTGAATGTCT-GCATCGGAAAACGTAAAGAAAA
65 TTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAA
* * * * *
48973 ATATATCCAATAGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
129 AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
49015 TCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
49080 TTTTTTATATTTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAA
66 TTTTTTACA---TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * *
49145 AATATATCGATTGGCAAGACAAGTCCTTTTGTAGTCATCTATG
128 AAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
49188 CCTTCGAAAGCCTCT-TTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTGAGTTTAA
1 CCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
49252 TTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAACTGATAATAATTAAATATCTGCC-TCAGAAA-ATGTGAACAA
65 TTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA--TGAAGAA
* * * * *
49314 AAAGATAACCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATT
127 AAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
************* *
49358 CCTT-GAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNNNNTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** *
49422 TTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAA
65 TTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
** * * * *
49487 GATATCCATTTTCAAGAAAATTTCATTTATAATCGCCCATG
130 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
49528 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCACATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTAATATTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAA
* * * * *
49592 TTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
49657 AGATACCCATTGGCAACAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATA
129 AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* ********** * *
49699 CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * * * *
49764 TTTTTTATATTTTTTTATTAAAATTGGTCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
66 TTTTTTACA--TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
********* *
49829 AGATATNNNNNNNNNNA-AAAAGTCCATTTATAGTAACCCATG
129 AGATAT-CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
49871 CCTTTGAAAGCCTTACTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
*
49936 TTTTTTATATTTTT
66 TTTTTTACATTTTT
49950 TA
Statistics
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
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TTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
Found at i:48480 original size:683 final size:682
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Period size: 683 Copynumber: 3.7 Consensus size: 682
47381 ATTTTGGTTG
* * * * * *
47391 AAACAGATAATAATTGAACGTTTGCC-TCAGGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAACAA
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* * * * * *
47455 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCGTTAGTACTCGCTTTAAATGGCTTCATAATC
65 AAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
47520 TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTCTTTACAGTTTTTATCAAAACAGATTGTAATTGAATGTCT
130 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCT
** * * *
47585 ACCTTAAGAAACATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCACGC
193 ACCTCGAGAAACATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
* * * ********** * *
47650 CTTCAAAAGCCTTTTTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTGAGTTGAATT
258 TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
47715 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGCCACAAAAAACGTGAAGAAAAAG
323 TTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
47780 ATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTAACCCATGCCTTCGGAAGCCCTATTACTCACTT
388 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTT
********** * * * *
47845 TAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAGCT
453 TAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TCTTTAGTGAAAACA
** * *
47909 GATTATAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATCAA-AAAA-GATATCCATT-GCTAA-AAAAAGT
517 GACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATCAAGAAAACGATATCCATTGGC-AAGAAAAA-T
* * * * * *
47970 CTATTTATA-ATCA-CACATGCCTTTGAAAGCCTTATTAGTTACTTTAAATATTTTTATAATCTC
580 CTATTGATAGA-CAGCA-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTC
* * *
48033 ATAATTGCTTTTAAGTTAAACATTTTT-ACATTTTTGGGCA
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** * * * * * *
48073 AAACAGATAATTGTTGAATGTCT-TCTTCACGAAACATAAAGAAAAAGATTTTCACTGAAAAAGA
1 AAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTCA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTG-ACAAGA
* * * * *
48137 AAAGTTCTTTTACAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAAT
64 AAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * **
48202 CTCATAGTTAATTTTAACTTGAATGGTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTGTTCTTGAATGTC
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTC
* * **
48267 TACCTCGAGAAACATGAAG-AAGAGGTATCCATTGGCAAGACAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
192 TACCTCGAGAAACATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
48331 GCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
256 GCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
48396 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAGGGAACAAGAAGAAAA
321 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
** * * * * *
48461 AGATATCCATTCTCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
386 AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGC
* **
48526 TTCAAATATTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTAGTGAAAAC
451 TTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTAGTGAAAAC
* * * *
48591 AGACAATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAACCATGAAGAAAACGATATCCATTGGCAAGAAAAATC
516 AGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATCAAGAAAACGATATCCATTGGCAAGAAAAATC
* * * *
48656 TATTGGTAGACAGCAATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
581 TATTGATAGACAGCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATA
* * * * **
48721 ATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTA
646 ATTGATTTGAAGTTAAAATTTTTAACATTTTTGAGCA
* * ** * *
48758 AAGCATATTGTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAA-AAAAAGATATCCATTGACAAGAA
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*
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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257 CT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * ************* *
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576 AAATCTATTGATAG-ACAGCAATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * **
49398 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTA
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** * * * * **
49441 AAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGATATCCATTTTCAAGAAA
1 AAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAA
* * * * * * * * *
49506 ATTTCATTTATAATCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCACATGGTTTTATAACCT
66 AGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * **
49571 CATAATTGA-TTTAATATTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTCT
131 CATAATTGATTTTAA-GTTGAA-TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCT
* * * * * * * * *
49635 GCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGATACCCATTGGCAACAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATA
193 ACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG
* * ********** * *
49699 CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAT
257 CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * **** * ** *
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322 TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
********* * * * * *
49829 AGATATNNNNNNNNNNA-AAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGCCTTACTACTTG
386 AGATAT-CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCG
* * *
49893 CTTTGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
450 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
49943 TATTTTTTA
Statistics
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TTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTAGTGAAAACAGACA
ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATCAAGAAAACGATATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTG
ATAGACAGCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGA
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Found at i:49072 original size:854 final size:855
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* * * * * * *
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* *
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* * * * ** *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * *
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*
48227 GTTTTACA-TTTTTTCTTA
837 GTTTTACATTTTTTTATTA
* ** * * *
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48309 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
66 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
48374 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATATCT
* ** *
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195 ACCTTAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCC
* *
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260 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
48569 TTTTTACATCTTTAGTGAAAACAGACAATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAACCATGAAGAAAACG
325 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
** * * *
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390 ATATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGACAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
48699 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAGCAT
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* * * *
48764 ATTGTAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
519 ATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTG-CAAAAAAAGTCAA
*
48829 TTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTCTATAATCTCATAAT
583 TTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTCTATAATCTCATAAT
* * ** ** * *
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* * * **
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777 AAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGCTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAACTTAAATGGTTT
*
49085 TATATTTTTTTTATTA
841 TACA-TTTTTTTATTA
* * * *
49101 AAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAATATATCGATTGGCAAGAC-
1 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGACA
* * * * *
49165 AAGTCCT-TTTGTAGTCATCTATGCCTTCGAAAGCCTCT-TTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
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* * * * * *
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129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATAT
* * * *** * * * *
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49357 TCCTTGAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNNNNTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
258 CCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * *
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323 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
** *
49486 AGATATCCATTTTCAAG-AAAATTTCATTTATA-ATC-GCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
388 AGATATCCATTGGCAAGAAAAATCT-ATTTATAGA-CAG-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * **
49548 CACTTCACATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTAATATTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAA
450 CACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-A
* * * * * * *
49613 AAG-AGATAATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGATACCCATTGGCAACAA
513 AAGCATATTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAAAAAAAGATATCCATT-GCAAAAA
* *
49676 AAGTCAATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTT
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49725 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1223, Mismatches: 230, Indels: 54
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
853 41 0.03
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (855 bp):
AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGACA
AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTA
CCTTAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
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CCTTATTACTCTCTTTAAATGGCTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAACTTAAATGGTTTTACAT
TTTTTTATTA
Done.