Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399537.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2796.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14793
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.07, T:0.23
Warning! 5970 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:781 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 604--1139 Score: 485
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
594 TAGTCACCCT
604 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
669 ATTTTTTTTA-TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGCCTGCCTTAAGAAACGTATAAAAA
66 ATTTTTTTTACTTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAACATACAAAAA
* * *
733 AAGCTTTTTATTAAGGAGAAAAATCCAT-TTATAGTCACA
131 AAGCTATTCATTAAGAAGAAAAATCCATATTATAGTCACA
* * * * *
772 TAGTCCTTCAAAATCCCTATTACTCACTTTAAATT-ATTTTAGAATCTCATAATTCATTATAAGT
1 T--TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * *
836 TGAATTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTGAGAAACATGCAA
63 TGAATTTTTTTTACTTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAACATACAA
* * **********
901 AAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCA
128 AAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAATCCAT-ATTATAGTCACA
* *
945 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATTGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
* * * * * *** * *
1009 AAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGTAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAATA-A
64 GAATTTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAAC-ATACA
*
1073 AAAAAAGGTATTCAGTT--GTAAGAAAAATCCAT-TTATAGTCACCCA
127 AAAAAAGCTATTCA-TTAAG-AAGAAAAATCCATATTATAGTCA--CA
* *
1118 TTCCTTTAAAAGCCTTAGTACT
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1140 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 66, Indels: 25
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 1 0.00
170 66 0.23
171 120 0.42
172 14 0.05
173 81 0.28
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTTACTTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAACATACAAAAA
AAGCTATTCATTAAGAAGAAAAATCCATATTATAGTCACA
Found at i:1122 original size:173 final size:168
Alignment explanation
Indices: 499--1286 Score: 606
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 168
489 NNNNNNNNNN
* * * * * **
499 ATTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGTCTTGAGAAAGGTGTAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAA--CATAAAAA
* * * *
563 AAATC-ATTCATT-AAGGGAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
64 AAAGCTATTCATTGAA--GAAAA-ATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
626 CACTTTAAATTGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
126 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
669 ATTTTTTTTA-TTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGATTGCCTGCCTTAAGAAACGTATAAAA
1 A-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATA-AAAA
* * * ** * * *
732 AAAGCTTTTTATTAAGGAGAAAAATCCATTTATAGTCACATAGTCCTTCAAAATCCCTATTACTC
64 AAAGCTATTCATT--GAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
797 ACTTTAAATTATTTTAGAATCTCATAATTCATTATAAGTTGA
127 ACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
839 A-TTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTGAGAAACATGCAAAA
1 ATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACAT-AAAAA
* ***********
903 AAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-
64 AAAGCTATTCATT--GAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
967 AGCTTTAAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
127 A-CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA
* * ** *
1011 ATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGTAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAATAAAAA
1 AT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAAC-ATAAAAA
* * * *
1076 AAAGGTATTCAGTTGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTN
64 AAAGCTATTCA-TTG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
********* * * *
1141 NNNNNNNNNTATTTTATAATC-CTAAAATTTATTTTAAGTTGA
127 ACTTTAAATTGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
1183 ATTTTTTTACATTTATGGATAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAACATGTAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACA--TAAAAA
* * *
1247 AAATC-ATTCATTGAGGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
64 AAAGCTATTCATTGAAG-AAAAA-TCCATTTATAGTCACCC
1287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 112, Indels: 48
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.02
169 23 0.05
170 161 0.33
171 156 0.32
172 7 0.01
173 110 0.23
174 13 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATAAAAAAA
AGCTATTCATTGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
Found at i:2669 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2434--2814 Score: 444
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 167
2424 CATTTGTAAG
* * * *
2434 AAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTCTAAAGGCCTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATAA
1 AAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAA
** * * * *
2499 TCTTAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTATTT-TTAAAA-AGACTATAATCGAATG
65 TCACAAAACTGATTTTAAGTTGAATATTTT-AAATTT-TTTATTAAAACAGACTATAATCGAATG
** *
2562 TTTGCCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAATC-ATACATTGAGCA
128 CCTGCCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAACCTATACATTGAG-A
* * *
2603 AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
1 AAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATA
* * **
2668 ATCACATAACTGATTTTAAGTTGAATATTTTAAATTTTTTATTAAAACATACTATAATTTAATGC
64 ATCACAAAACTGATTTTAAGTTGAATATTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATCGAATGC
* *
2733 CTGCCTTGAGAAATGTGAAAAAAAACCTATTCATTGAGA
129 CTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAACCTATACATTGAGA
*
2772 AGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 A-AAAA-TCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTAT
2815 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 26, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 27 0.15
170 146 0.82
171 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
AAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAAT
CACAAAACTGATTTTAAGTTGAATATTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATCGAATGCCT
GCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAACCTATACATTGAGA
Found at i:3888 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3022--4580 Score: 1102
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
3012 NNNNNNNNNN
* * *
3022 CTCACTTTAAATTGTTTTAGAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATCTTTTTA-TATTTTTTAT
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTTAT
* * * * *
3086 TAAAACAGACTATAATTGATTGCTTGTCC-GGAGAAAGATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAG
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCT-ACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAG
* ** *****
3150 AAAAGTCGATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTNNNNN
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
***** * * *
3193 NNNNNTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGTATTTGTTTTTAC-ATTTTTA
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT-TTTTTACTTTTTTTA
* * * * *
3257 GTTAAAATAGGCAATAATTGAAT-CTTTACCTTGAGAAACA-CCAAAAAAATGGC-ATTCATTTG
64 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGC-CTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA--GCTATTCA-TTG
** * * *
3319 -TTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTTTCCTTTAAAAGCCTTATTA
124 AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * ** *
3366 CTCGCATTAAATTGTTTTATAATACT-AAAATTTATTTT-AGATTGAATTATTTT-CCATTTATA
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACTTTTTTTA
* ** * * * *
3428 GTTAAAA-AGACTATAATCGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGTAAAAAAATC-ATTCATTGAGGA
64 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGA-GA
* * ** *
3491 A-AAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGGATTATTG
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ********** *
3535 CTTACTTTAAATTGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTTTTTTA-TTTTTTT-T
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACTTTTTTTAT
* * ** * *
3598 TAAAATAGACTATAATTAAATGCCTACGGTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGAGAA-A
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGA
* **
3662 AAAGTCTAAATATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
3704 CGCACTTTAAATTGTTTAATAATCTTAGAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATT
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATT
* *
3769 AAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCATGAGAAACAAGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAA
66 AAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAA
*
3834 AAGTCCATTTATAGTCACCCCTTCCTTCAAAAGCCTTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * **
3875 CTCATTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTCATTTTGAGTTGAATTTCTTTACATTTATGGTT
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATT
* * * * *
3940 AAAACAGACTACAATTGAATGCCTGCCTTTAGAAACATGTAAAAAAA-TTGATTCATTGAGAAGA
66 AAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGAGAAGA
* ********
4004 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGNNNNNNNN
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * * *
4046 NNCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTTTCATTTTTTGT
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACTTTTTTTAT
* * * * ** * * * *
4111 CAAAACAGACTATAACTAAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTGATTGGGAAAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGA
* *
4176 AAAGTCCATTTACAGTTA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ********** * * * * ***
4217 CTCGCTTNNNNNNNNNNTATAGTTTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTATTTTACATTTTGGGT
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACTTTTTTTAT
* * ** * *
4282 TAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAAT--AAAAAAGGC-ATTCATTTG-TAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAC-ATGCAAAAAAAGCTATTCA-TTGAGAA
* *
4343 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
********** * * *
4387 NNNNNNNNNNATTATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TTTTACATTCT
1 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTT---TT-T
* ** * *
4451 TAGTTAAAATAGAC-AGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATACT-AAAAAAAAG-TCATTCATT
62 TA-TTAAAACAGACTA-TAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACA-TGCAAAAAAAGCT-ATTCA-T
* * * *
4513 TG-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGACTTATTA
122 TGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
4562 GTCACTTTAAATTATTTTA
1 CTCACTTTAAATTGTTTTA
4581 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1082, Mismatches: 264, Indels: 80
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 21 0.02
169 205 0.19
170 171 0.16
171 363 0.34
172 107 0.10
173 141 0.13
174 14 0.01
175 60 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATT
AAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:5127 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4925--5289 Score: 396
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 167
4915 CTCAAATTAG
* *
4925 GCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAAACTTAAACTGAAAATGAATTATG-AG
1 GCATTGAATTATAGTCT-TTTTAACAAAAAATAAAAAAAA-TTAAACTGAAAATCAATTATGAAG
* *
4989 ATTATAAAATATGTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGACTA-GGTGACTATAAATAGACTT
64 ATTATAAAA-AT-TTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGA-AAGGGTGACTATAAATAGACTT
*
5053 TTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGTAC-GTTTCTCAAGGCAA
126 TTCTTCTCAATGAAT-GATTTTTTT-TACAGTTTCTCAAGGCAA
* * * * * ***
5096 GCATTGAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNN
1 GCATTGAATTATAGTCT-TTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTAAACTGAAAATCAATTATG-AAG
****** * * *
5161 NNNNNNACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTT
64 ATTATAAAAATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
*
5226 TTCTCAATGAATGATTTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAA
129 TTCTCAATGAATGATTTTTTTTACA-GTTTCTCAAGGCAA
5266 GCATTCG-ATTATAGTCTTTTTAAC
1 GCATT-GAATTATAGTCTTTTTAAC
5290 CATAAATGTN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 25, Indels: 14
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 15 0.09
170 105 0.64
171 38 0.23
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
GCATTGAATTATAGTCTTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTAAACTGAAAATCAATTATGAAGAT
TATAAAAATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
CTCAATGAATGATTTTTTTTACAGTTTCTCAAGGCAA
Found at i:6577 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6281--6614 Score: 424
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
6271 NNNNNNNNNN
* * * *
6281 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTCTCAATGAATGAATTTTTTTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATCTCAATGAATGAATTTTTATGC
* * * * * * *
6346 ATGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATATTCTAGTTTGACCATAAAAGTAAAGAAATTCAGCTT
66 ATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAGTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
6411 AAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAATAAGTAA
131 AAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAATAAGTAA
* * * *
6452 TAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-ATCTCAATTAGT-AGCTTTTTATG
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATCTCAATGAATGA-ATTTTTATG
* * *
6515 CCTGTTTCTTAATGCAAGCATTCAATTATAGTCT-GTTTTAACAAAAACTAAG-AAAAAAATTCA
65 CATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAG-TTTAACAAAAA--AAGTAAAAAAATTCA
* *
6578 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
127 ACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAA
6615 GTGAGTNNNN
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 20, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 52 0.37
171 82 0.59
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATCTCAATGAATGAATTTTTATGC
ATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAGTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAATAAGTAA
Found at i:8531 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8240--8566 Score: 471
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
8230 NNNNGGAATG
*
8240 AGTGACTATAAATCAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCCAGACAGGCA
1 AGTGACTATAAATCAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCCAAACAGGCA
* ** * * *
8305 TTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATGAATTGTTAGATTC
66 TTCAATTATAGTCCATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATGAATTATGAGATTA
8370 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTA
131 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTA
* ** *
8411 AGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACT-TTTCT-CAAATTAGG
1 AGTGACTATAAATCAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCA-TGTTTCTCCAAA-CAGG
* * *
8474 CATTCAATTATAGTCCATTTTAATAAAAAATGA-ACAAACATTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
64 CATTCAATTATAGTCCATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACGTAAAATGAATTATGAGA
*
8538 TTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAG
128 TTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAG
8567 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 15, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 133 0.96
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGTGACTATAAATCAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCCAAACAGGCA
TTCAATTATAGTCCATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATGAATTATGAGATTA
TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTA
Done.