Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399540.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2799.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 1334 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:618 original size:338 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1--1072 Score: 1262
Period size: 338 Copynumber: 3.2 Consensus size: 335
* * *
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGG-
1 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GGT
* * *
65 TAAAACAGATATAATTGAATGTCTATGTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAA
65 TAAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGACAAAAA
* *
130 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAACCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTTTAATCT
129 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTTAATCT
* *
195 CGTAATTGATTGTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTCTA
193 CGTAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTCTA
*
259 CCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCC
257 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGCAA-AAAAGTCTATTTATAG-CACTCATTCC
*
324 TTCAAAAGCTTTAGTA
320 TTCAAAAGCTTTATTA
** * * *
340 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * *
405 AAAACAGATATAATTAAATATTTGTCTTGAAAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTGACAAAAAA
66 AAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGACAAAAAA
469 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTAATCTCG
130 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTAATCTCG
* * * * * * * *
534 TAATTGATTTTAGGCTGCATTGTTTCACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTCTACC
** * * * *
599 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCT
259 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGC-AAAAAAGTCTATTTATAG-CACTC-ATTCCT
**
663 TTGAAAG-TCTTATTA
321 TCAAAAGCT-TTATTA
* * * * * * *
678 CTTG-TTTCAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTTAGT
1 CTCGCTTT-AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGT
* * * * **
742 TAATATAGATATAATTGACTGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGGTAAGAA
65 TAAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAG-AAAAAGTATTCATTGACAA-AA
* * * * * * *
807 ATA-TCCATTTAT-GATCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATA
128 AAAGTCTATTTATAG-TCACCCATGCC-TTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTT-TA
* *
869 ATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTG
189 ATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTG
* * * * *
934 TTTGCCTCAAGAATCGTGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGCAATCCA
253 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGC-AAAAAAGTCTATTTATAGCACT-CA
* *
999 TTCCTTCAAATGCGTTATTA
316 TTCCTTCAAAAGCTTTATTA
* * *
1019 CTAGCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1073 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 94, Indels: 38
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 40 0.06
338 248 0.40
339 124 0.20
340 38 0.06
341 162 0.26
342 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (335 bp):
CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
AAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGACAAAAAAA
GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTAATCTCGT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTCTACCTC
AAGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGCAAAAAAGTCTATTTATAGCACTCATTCCTTCAAA
AGCTTTATTA
Found at i:780 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--1075 Score: 1002
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
1 CTC
* * * *
4 GCTTTAAAT-GATTTTATAATTTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGGTAA
1 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * *
68 AACAGA-TATAATTGAATGTCTATGTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAA
* * * *
132 GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAACCCTTATTATTCA
130 GTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAGCCTTATTACT-A
* * * * *
174 -CTTTAAAT-GATTTTTTAATCTCGTAATTGATTGTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * * *
236 AACATATTAGAATTGATTGTCTA-CCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGC-AAGAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAA-AA
* * * * *
299 AAGTCTATTTATAGCCA-CTCATTCCTTCAAAAGCTTTAGTACTC
128 AAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTT-GAAAGCCTTATTACTA
* * * * * *
343 GCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
408 ACAGA-TATAATTAAATATTTGTCTTGAAAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAG
* * *
471 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAACCCTTATTACTCA
131 TCTATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAGCCTTATTACT-A
* * * * * *
512 -CTTTAAATAGTTTT-TAATCTCGTAATTGATTTTAGGCTGCATTGTTTCACATTTTTTA-TTAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAA
* *
574 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAA
* * * *
639 GTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGTCTTATTACTT
130 GTCTATTTATAGTCACCTATTCC-TTGAAAGCCTTATTACTA
* * *
681 G-TTTCAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAA
1 GCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * *** *
745 TATAGA-TATAATTGACTGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTG-GTAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAA-AAA
* * *
808 TA-TCCATTTAT-GATCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
129 -AGTCTATTTATAG-TCACCTATTCC-TTGAAAGCCTTATTACTA
* * * *
851 GCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAA
1 GCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * * * * *
915 AACATATTAGAATTGATTGT-T-TGCCTCAAGAATCGTGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGCAAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAA
* *
978 AAGTCTATTTATAG-CAATCC-ATTCCTTCAAATGCGTTATTACTA
128 AAGTCTATTTATAGTC-A-CCTATTCCTTGAAA-GCCTTATTACTA
* * *
1022 GCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1076 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 130, Indels: 69
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 38 0.05
168 74 0.10
169 196 0.27
170 253 0.34
171 170 0.23
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAG
TCTATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAGCCTTATTACTA
Found at i:2028 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1737--2469 Score: 508
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
1727 TATACTCTCA
* * * * * * * * *
1737 TAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAACAGATTCTAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTCAATATCTGCC
** * * * * * * *****
1802 TTAGAAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCANNNNNN
65 ACAAAAAACGTAAAGAAAATACCATTCAGTGAATAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-ACCCT
****
1867 NNNNAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCG
129 TCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCG
* *
1908 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGTTAAAA-ATATATTATAATTCAATATCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACA-A-ATTATAATTCAATATCTGC
* * * **
1972 CACAAAAAACGTAAAGAACAA-GCCATTCAGTGAATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
64 CACAAAAAACGTAAAGAA-AATACCATTCAGTGAATAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCC
*** * * *
2036 TTCAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAAAGGTTTT-ATAATCTTG
128 TTCAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATTATTTTGGT-ACCTCG
* * * * *
2078 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TAGTTAAAACAAATTATAATTCAATATCTGCC
**** * * * **
2143 TTGGAAAATGTAAAGAAAATACCATTCATTGACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACTTT
65 ACAAAAAACGTAAAGAAAATACCATTCAGTGAATAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-ACCCT
* *
2208 TGAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCG
129 TCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCG
* * * * * * * *
2249 CAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTCAATATCTGCCA
** * * ** * * * * ** **
2314 CAGGAAAGGTGAAGAAAA-AGTTATTCATTGAGTAGAAAAGTCCATTTATTTTCACCCATGCCTT
66 CAAAAAACGTAAAGAAAATA-CCATTCAGTGAATAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCCTT
* * * * * *** *
2378 CGGAAGCTTTATTTCT-TGCATTAAATGGA-TTTACAATCTCG
130 C-AAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAAT-TATTTTGGTACCTCG
*
2419 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAATTATA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAAATTATA
2470 GTTAATTGTC
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 101, Indels: 32
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 255 0.57
171 176 0.40
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTCAATATCTGCCA
CAAAAAACGTAAAGAAAATACCATTCAGTGAATAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCCTTC
AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCG
Found at i:2424 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1717--3153 Score: 1122
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 338
1707 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1717 TAAATGGTTTTATACTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
* * *
1782 ATTCTAATTGAATGTTTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACTAAAAAAGCCCA
66 ATTATAATTGATTGTCTACCTTAGAAAATGTGAAG-AAAAACCATTCATTGACTAAAAAAGCCCA
*********
1847 TTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCGTAAT
130 TTTATAGTCACCCA-TACCTTTAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCGTAAT
* * * * * * * *
1912 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGTTAAAAATATATTATAATTCAATATCTGCCACAA
194 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTT-AAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAA
* *
1977 AAAACGTAAAGAACAAGCCATTCAGTGAATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
258 AAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGTGAATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
*
2042 GCCTTATTACTTGCTT
323 GCCTTATTACTTGCAT
* * * * *
2058 TAAAAGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTCTGGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
* * *
2123 ATTATAATTGATTGTCTGCCTTGGAAAATGTAAAGAAAATACCATTCATTGACTAAAAAAGCCCA
66 ATTATAATTGATTGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAA-ACCATTCATTGACTAAAAAAGCCCA
* * *
2188 TTTATAGTCACCCATACTTTTGAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCGCAAT
130 TTTATAGTCACCCATACCTTT-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCGTAAT
* * **
2253 TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGG
194 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAA
* * ** * * * ** *
2318 AAAGGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGAGTAGAAAAGTCCATTTATTTTCACCCATGCCTTCGGAA
259 AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGTGAATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAA
* *
2383 GCTTTATTTCTTGCAT
323 GCCTTATTACTTGCAT
* * *
2399 TAAATGGATTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
* * * * * * ***
2464 ATTATAGTTAATTGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTTAC-AAGAAAAGTAT
66 ATTATAATTGATTGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGACTAA-AAAAGCCC
* * * * * * * * * *
2528 ACTTATATTCACCAATTCCTTTAAAACTCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTT-GTAATCTCATA
129 ATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAGC-CTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGT-ACCTCGTA
** *
2592 ATAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATCT-TAATTGAATGTTTACCT
192 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACATAT-TATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * * * *
2656 CTACAAACATGT-TA-AAAAAG-GATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACT
255 C-A-AAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGT-GAATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-
* * * *
2717 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
316 CTTCAAAGCCTTATTACTTGCAT
* * * ********** * * * * *
2740 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACAGTTATGGTTTAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
* * * * * * * * *
2805 ATTATTATTGAATATATGCCCTAAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGCT
66 ATTATAATTGATTGTCT-ACCTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGACTAAAAAAGCC
* ********* * * *
2868 CATTTATAGTCACCCATACCTTCANNNNNNNNNNTACTCAT-TTTAAATGATTTT-GTATTCTCA
128 CATTTATAGTCACCCATACCTTTA-AAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATTATTTTGGTA-CCTCG
* * * * * * *
2931 TAATCGATTTTAAGATGAATTTTTTTTACATTTTGGTTAGAACA-AGCTATAATTGAATTTTTGC
190 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * * *
2995 CACGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGACA-AAAAAAG-CTCATTTATAGTTACCCATTC
253 CTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGTGA-ATAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGC
* *
3058 CTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
316 CTTC-AAAGCCTTATTACTTGCAT
* * * * *
3082 TAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTCATTGTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
*
3146 ACTATAAT
66 ATTATAAT
3154 AGAATGTCAG
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 207, Indels: 56
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 90 0.10
341 607 0.70
342 151 0.18
343 4 0.00
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
ATTATAATTGATTGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACCATTCATTGACTAAAAAAGCCCAT
TTATAGTCACCCATACCTTTAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTGGTACCTCGTAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAA
ACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGTGAATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAGCC
TTATTACTTGCAT
Found at i:2575 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1725--3289 Score: 849
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 169
1715 NNTAAATGGT
* * * * * * *
1725 TTTATACTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAACAGATTCTAAT
1 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
* * ** *
1790 TGAATGTTTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACTAA-AAAAGCCCATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAG
********* * * *
1854 TCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTA
130 TCACCCA-TACCTTTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * *
1895 TTT-TGGTACCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAA-ATATATTA
1 TTTAT--AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-A-ATTA
* * * ** * * * * * *
1957 TAATTCAATATCTGCCACAAAAAACGTAAAGAACAAGCCATTCAGTGA-ATAAAAAAGTCCATTT
62 TAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
2021 ATAGTCACTCATGCCTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGT
126 ATAGTCACCCATACCTTTAAAACCTTATTACTCGCTTT-AAATGA
* * * *
2066 TTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTCTGGTTAAAACAAATTATAAT
1 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
* * * * * * *
2131 TGATTGTCTGCCTTGGAAAATGTAAAGAAAATA-CCATTCATTGACTAA-AAAAGCCCATTTATA
66 TGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAA-AGTCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
2194 GTCACCCATACTTTTGAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATTA
129 GTCACCCATACCTTT-AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * *
2236 TTT-TGGTACCTCGCAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATA
1 TTTAT--AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
* * * * * ** *
2299 ATTGAATGTTTACCTCAGGAAAGGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGAGTAGAAAAGTCCATTTATT
64 ATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ** * * * * *
2364 TTCACCCATGCCTTCGGAAGCTTTATTTCTTGCATTAAATGGA
129 GTCACCCATACCTT-TAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* * *
2407 TTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAATTATAGT
1 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
* * ** * *
2472 T-AATTGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTTACAAGAAAAGTATACTTATAT
66 TGAA-TGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
2536 TCACCAATTCCTTTAAAACTCTTATTACTCGCTTTAAATGA
130 TCACCCATACCTTTAAAAC-CTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * ** * *
2577 CTTTGTAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATCT-TA
1 -TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAT-TATA
* * * * * * *
2641 ATTGAATGTTTACCTCTA-CAAACATGTTA-AAAAAG-GATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
64 ATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACGTG-AAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* *
2703 TAGTCACCCATACTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
127 TAGTCACCCATACCTTTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* * ********** * * * * * *
2748 TTTATAATCTCATAATTCATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACAGTTATGGTTTAAACAGATTATTAT
1 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
* * * * * * **
2813 TGAATATATGCCCTA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAG-CTCATTTATA
66 TGAATGTCTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATA
* ********* **
2876 GTCACCCATACCTTCANNNNNNNNNNTACTCATTTTAAATGA
129 GTCACCCATACCTTTA-AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * * * **
2918 TTTTGTATTCTCATAATCGATTTTAAGATGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAGAACAAGCTATA
1 -TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
* * * * * *
2982 ATTGAATTTTTGCC--ACGAAAAACATAAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAAAAAAG-CTCATT
64 ATTGAATGTCTACCTTA-G-AAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATT
* * ** * *
3043 TATAGTTACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
125 TATAGTCACCCATACCTTTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* * * * * *
3090 TTTATAATCTCATAGTTCATTGTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAAACTATAAT
1 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
* * ** * * * * * * *
3154 AGAATGTCAGAATTTGGAATTA--TGAAGAAAAAGGCATTTATTGACGAGAAAACTCCATTTGTA
66 TGAATGTC-TACCTTAGAA-AACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * * *
3217 GTCACTTAT-TCTTTCCAAAGCGTTAGTACTCGCTTTAAATAGT
129 GTCACCCATACCTTT--AAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* *
3260 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
1 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGA
3290 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1062, Mismatches: 279, Indels: 108
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 502 0.47
171 526 0.50
172 21 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
TGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATACCTTTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGA
Found at i:4209 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3897--4216 Score: 394
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
3887 AAAAAACGTG
* *
3897 AAGAAAAAACTATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATTCCTTCAAAAGGTTTAT
1 AAGAAAAAACTATTCATTAGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGGTTTAT
* * * * *****
3962 TACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTNNNNN
66 TACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTCACATTTGTTG
*****
4027 NNNNNACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACACA
131 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACACA
* * * *
4068 AAGAAAAAA-TCATTCATTAGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGTTTTA
1 AAGAAAAAACT-ATTCATTAGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGGTTTA
* *
4132 TTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-CTGAAT-TGTTTCACATTTG
65 TTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGCTGAATAT-TTTCACATTTG
4195 TTGTTAAAACAGATTATAATTG
128 TTGTTAAAACAGATTATAATTG
4217 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 22, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 121 0.98
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAAACTATTCATTAGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGGTTTAT
TACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTCACATTTGTTG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACACA
Found at i:5591 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5166--7286 Score: 1796
Period size: 170 Copynumber: 12.5 Consensus size: 171
5156 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5166 ATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTCATTTTAAGCTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * * * * *
5231 AATTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAACATAAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
* * * *
5296 AAAGTCATTTATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
131 AAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * * * * *
5337 ATGCTTTCGAAAA-TCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** ** *
5401 GAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCAGCGGGAAACGTAAACA
65 AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGA
* * *
5466 AAAAACCTTTCATTGACTAGAAAAGTCTAGTTATAGTCACCC
130 AAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * *
5508 ATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * *** * * * *
5572 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTGGGGAGCATGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
* * *
5637 AAAGTCGA-TCATTGACAAGAAAAGT-TACTTT-TTGTCACCC
131 AAAG-CCATTCATTGACTAGAAAAGTCTA-TTTATAGTCACCC
* * * * *
5677 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTCATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * *
5742 AATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACGTA-CTT-TAATTGAATTTTTGCCTCGAGAAACATAAAG
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA--TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAG
** * * *
5805 AAAAAGAAATTCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT
129 AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * * * *
5848 GTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCGT-ATAATTAATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * ** * * * *
5912 CAA-TGTTTTATATTTTCGGTTAAAATAAATTATAATTGAGCGTCTGTCTCAAAAAACGTGATGA
65 AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGA
* * * *
5976 AAAAGACATTCATTGA-TAAAAAAATTTTATTTATAGTCACCC
130 AAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * * *
6018 ATTCCTTCAAAAGCC---TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAGGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * ** *
6080 AATTTTTTCACATTTTTTG-TCAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTTAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
* * *
6144 AAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAATCACCC
131 AAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
** * * * * * *
6185 AAGCCTGCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAATTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * ** * **
6250 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATT-TAATTGAATGTCTGTAT-AAAAATATATAAAGA
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA-ACGTAAAGA
* * * * *
6313 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCC
130 AAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* ** * * * * *
6355 ATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTCATATTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * * * * *
6420 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
* * * *
6485 AAAGTCGTTTATTTG-C-ATGAAAAGTCTATTTATAGCCACCC
131 AAAGCCATTCA-TTGACTA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * ** * * * *
6526 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTGAATAATTTTGTAATATCATAATTGAATTTAGGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
** * * ** * * ** * * *
6591 AATTGGTTTACATTCTTAGCTAAAATAGGCTACAAATGAAAATTTACCTCTAA-AAACGTGAAGA
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTAAAGA
* * * * *
6655 AAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCA
130 AAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* ** * * *
6697 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * *
6762 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGAAAATGTGAAGC
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACGTAAAGA
* * * * * *
6826 ACAAGTCATTTATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
130 AAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * * * * ** * *
6868 ATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGTTTTATATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * *
6933 AA-TTATTT-CATATTTTATGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCAAGAAACGTAAGG
66 AATTTTTTTACAT-TTTTA-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAG
* * *
6995 AAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCC
129 AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * * * **
7038 GTGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATGGATTTTAA-AC
1 ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
7101 AGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGCCTATCCT-AAAAAACATGAA
65 A-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAAACGTAAA
* * * ** * * *
7164 GAAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAACTGTCCATTTATAATCACTC
128 G-AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * ** * *
7208 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
7273 AATTTTTTTACATT
66 AATTTTTTTACATT
7287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1573, Mismatches: 334, Indels: 87
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 119 0.08
168 14 0.01
169 46 0.03
170 740 0.47
171 636 0.40
172 17 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
AAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
Found at i:5863 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5169--7286 Score: 1748
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 340
5159 NNNNNNNATT
* * * * *
5169 CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTCATTTTAAGCTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * ** *
5234 TTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-T-TACATTAGGAAACATAAAGAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGT-C-TTAAAAAACATGAAGAAA
* * * * * *
5297 AAGTCATTTATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAA-TCTTATTACTC
129 AAGTCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
5361 TCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAA
192 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* ** * * * * * *
5426 A-TAGATTATAATTGAATGTCTGCAGCGGGAAACGTAAACAAAAA-ACCTTTCATTGACTAGAAA
257 AGT--ATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAA
* * *
5489 AGTCTAGTTATAGTCACCCATG
319 AGTCCATTTATAGTCACCCATC
*
5511 CCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * **** *
5575 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTGGGGAGCATGAAGAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAAGAAAAA
* * *
5640 GTCGA-TCATTGACAAGAAAAGTTACTTT-TTGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGC
131 GTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCA-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
5703 TTTAAATGGTTTTGTCATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAAC
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-
* * * *
5768 GTACTT-TAATTGAATTTTTGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGAAATTCACTGACAAGAAAAGT
258 GTA-TTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** *
5832 CTATTTATAGTCACCTGTT
322 CCATTTATAGTCACCCATC
* * * * * *
5851 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCGT-ATAATTAATTTTAAGTTCAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * ** * ** * * *
5915 -TGTTTTATATTTTCGGTTAAAATAAATTATAATTGAGCGTCTGTCTCAAAAAACGTGATGAAAA
65 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
5979 AGACATTCATTGATAAAAAAATTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC---TTACTCAC
130 AGTCATTCATTGACAAGAAAA-GTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
6041 TTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTCACATTTTTTGTCAAATA
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-A
* * * * * *
6106 G-ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTC
258 GTATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTC
* **
6170 CATTTATAATCACCCAAG
323 CATTTATAGTCACCCATC
* * * * * * *
6188 CCTGCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAATTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * *
6253 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATT-TAATTGAATGTCTGT-ATAAAAATATATAAAGAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAA-ACATGAAGAAAA
* * * * ** *
6316 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
130 AGTCATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
6381 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTCATATTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-
* * * * ** * * * *
6446 ATATTAGAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAATGTGAAGAAAAAGTCGTTTATTTG-CATGAAAAG
258 GTATTATAATTGAATGTTTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGACAAGAAAAG
* * *
6509 TCTATTTATAGCCACCCATT
321 TCCATTTATAGTCACCCATC
* * * * * * *
6529 CCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTGAATAATTTTGTAATATCATAATTGAATTTAGGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
** * * * *** * * ** * ** *
6594 TGGTTTACATTCTTAGCTAAAATAGGCTACAAATGAAAATTTACCTCT-AAAAACGTGAAGAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCT-TAAAAAACATGAAGAAAA
* * * * *
6658 AGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGC
130 AGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** * * *
6723 TTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAG
* * * * **
6787 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGAAA-ATGTGAAGCACAAGTCATTTATTGATTAGAAAA
259 T--ATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* *
6850 GTCCATTTATAGTTACCCATG
320 GTCCATTTATAGTCACCCATC
* * * * * ** * *
6871 CCTTTAAAAGCTTTATTACTCGTTTTATATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGTTGAA-
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * ** * * *
6935 TTATTT-CATATTTTATGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCAAGAAACGT-AAGGAA
66 TTTTTTACAT-TTTTA-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAA-GAA
* * * * *
6997 AAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTACAGTCATCCGTGCCTTCGAAAA-CCTTATTACT
128 AAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACT
* * ***
7061 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATGGATTTTAAACAGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
191 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-A
* * * * *
7126 AACAG-A-TATAATTGAATGCCTAT-CCT-AAAAAACATGAAGAAAAA-AGTATTCATTGGCAAG
255 AA-AGTATTATAATTGAATG--TTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAG
** * * *
7186 AACTGTCCATTTATAATCACTCATT
316 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATC
* * * *
7211 CCTTTAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
7275 TTTTTTTACATT
65 TTTTTTTACATT
7287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1432, Mismatches: 292, Indels: 105
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 9 0.01
337 178 0.12
338 87 0.06
339 7 0.00
340 385 0.27
341 482 0.34
342 277 0.19
343 6 0.00
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAAGAAAAA
GTCATTCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGTA
TTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATC
Done.