Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399541.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2799.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 53 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:492 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--3305 Score: 1350
Period size: 171 Copynumber: 19.4 Consensus size: 171
* * * ** *
1 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATA-CCTCAAGAAATGTGAAG-C
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCCTGAA-AAACATGAAGAA
* * *** * * * ** *
64 ACAAGTTATTCATTGATTAGAAA-AGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGTTTTAATAC
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * ***
128 TAGTTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * * * *
172 ATTGTTTCACATTTTAT-GTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAA-ATGTAA-A
1 ATTTTTTTATATTTT-TGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCCTGAAAAACATG-AAGA
* * * * * **
233 GAAAAAGTCAGTCATTGACTAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
63 -AAAAAGT-ATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTAAAAGCCTTAT
**********
296 TACTCGCTTT-NNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
124 TACTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
**
343 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGCCTATCCTGAAAAACATGAAGAAAA
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGTTTATCCTGAAAAACATGAAGAAAA
* *************
408 AAGTATTTATTGGTAAGAAATATCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACAT-G
66 AAGTATTTATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC-TCG
* * *
472 CTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCGTAATTGATTTT-AAGTTA
130 CTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * ** **
512 A---TTTT-T-TTTTTAGTTAAAATATATTAGAATTGATTGTTTGCCTCTG-AAAATGTGAAG-A
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATC-CTGAAAAACATGAAGAA
** * * *
570 AAAAGCCGTTTATTGACAA-AAAAAGTCTATTTATAG-CAACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* *
633 CTCGCTTTAAATGGTTTTGA-AATCTAATAATTGTTTTTAAACTGA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
*
678 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGTTTATCCAGAAAAACATGAAGAAAA
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGTTTATCCTGAAAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * **
743 AAGTATTCATTGGGAAGAAATGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTAC
66 AAGTATTTATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
********** **
808 TTTAAATGGTTTT-ATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGA
131 TTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * * * * * *
848 ATTTTTTTATATTATTGATTAAAATATACTAGAATTGATTATTTGCTTCT-AGAAACATGAAG-A
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTT-ATCCTGAAAAACATGAAGAA
* * * * * * *
911 AAAAGTCGTTTATTGACAA-AAAAAGCTAATTTATA-ACAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
64 AAAAGT-ATTTATTGGCAAGAAATATC-CATTTATAGTC-ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* * ** ** *
974 CTCGCTTTAAATAGTTTTGA-AATCTCATAACTCTTTTTAAGTTCA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * * *
1019 ATTTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTATCTTAAAAAACATGAAG-A
1 A-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATATAATTGAATGTTTATCCTGAAAAACATGAAGAA
* * * * **********
1083 AAAAGCCATTCATAGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTAC
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* ** * * ** *
1147 TCACTTTAAATACTTTT-ATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
** * *
1191 ATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAAGTT-AATGTTTAT-CTCGGAAAACATGAAAA
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAA-TTGAATGTTTATCCT-GAAAAACATGAAGA
* * * * * * *
1254 AAAAATTCATTCATTGACTAGAAA-AGTCCATTTATAGTCATTCATACATTTAAAAGCCTTATTA
63 AAAAAGT-ATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* ** ******
1318 TTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTTGTAATTGATTTTANNNNNN
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
**** * * * * * * *
1363 NNNNTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTA-CCTTGAAAAACGTAAAG-C
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATATAATTGAATGTTTATCC-TGAAAAACATGAAGAA
* * * * * * * * *
1426 AAAAGTCATTCATAGGTAA-AAAAAGCTATTTATAGTCACCCATT-CTATCAAAGGCCTTATTAC
64 AAAAGT-ATTTATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TTAAAAGCCTTATTAC
* * * * ** *
1489 TTGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTTA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * ** * * * **
1533 ATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAAAGAATG-TCAGTCTCT-AGACATGTGAAGA
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTA-TC-CTGAAAAACATGAAGA
** *** * *
1596 AAAAACCATTTATTGATGAGAAAGT-TTCATTTGTAGTCAC-CTATTCCTTCT-AAAGCCTTATT
63 AAAAAGTATTTATTGGCAAGAAA-TATCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTT-TAAAAGCCTTATT
* **
1658 ACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
125 ACTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * *
1704 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CTTGAGGAAACGTGAAG-A
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCCTGA-AAAACATGAAGAA
* * * * * * * * *
1767 AAAAGCCATTCATTGACTATAAA-AGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTCTTAC
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * **
1831 TCTCTTTAAAAT-GTTTTG-TAA-CATCGTAATTGATTTTAAGTTGA
127 TCGCTTT-AAATGGTTTTGATAATC-TCATAATTGATTTTAAACTGA
* ** * * * * * *
1875 ACTTTTTTGCATTCTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCATGAGAAACATAAAG-A
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCC-TGAAAAACATGAAGAA
* * * * * * * *
1938 AAAAGCCATTCATTGACTAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACTTATGCC-CTAAAAGCCTTATTAC
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* ** **
2001 TCGCTTTAAATGGCTTT-ATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * * *
2045 AATTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTAGAATTGATTGTCTA-CCTCGAGAAACATGAAGAA
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCCT-GAAAAACATGAAGAA
* * * * *
2109 AAAA-TCGTTAATTGGCAA-AAATAGTCTATTTATAG-CAAC-CTATTCCTTCAAAAACCTTATT
64 AAAAGT-ATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTC-ACTC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * **
2170 ACTCGCTTTAAATGGTTTTG-TAATGTCGTACTTGATTTTAAGTTGA
125 ACTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * * * * * *
2216 ATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAAGCTATACTTGAATGTCT-GCTTTGAAAAACCTAAAG-A
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATATAATTGAATGTTTATC-CTGAAAAACATGAAGAA
* * * * * *
2279 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAG-CTACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTA
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* ** * *** *
2342 CTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAACCTTGTAATTAATTTTAGGTTTA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * * * *
2387 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTTT-GCCTCGAGAAACTTGAAG-G
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCCT-GAAAAACATGAAGAA
* * * * * * *
2450 GAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCTATTTATAGTAAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* * * *
2513 CTCACTTTAAATGGTTTTG-TCATCTCATAATTGATTTT-AAGTTA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * *
2557 ATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAAGCTATAATTGAATGGTTA-CCTTGAAAAACATGAAG-A
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATATAATTGAATGTTTATCC-TGAAAAACATGAAGAA
* * * * * * * * * * *
2620 AAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAATCTATTTATAATCA-TGCATTTCTTCAAAAGTCATATTAC
64 AAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * **
2684 TCACTTTAAATGGATTT-ATAATCTAAGAATTGATTTTAAGTTGA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
** * * * * **
2728 ATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTA-CCTTAGGAACATGAAG-AA
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCCTGAAAAACATGAAGAAA
* * * * ** * * * * *
2791 AAAGTCATTCATTGACTAGGAACGTCTATTTATTGTCACGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
65 AAAGT-ATTTATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * * ** *
2856 ACTTT-AATGATTTT-ATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAA
129 GCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * * * * *
2897 ATATTTTTACATTTTTAGTTGAAACAAGCTACAATTGAAT-TTT-TGCCTCAAAAAACGTAAAG-
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATATAATTGAATGTTTAT-CCT-GAAAAACATGAAGA
* * * * * *
2959 AAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAAGT-GATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
63 AAAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
** * * * ***
3022 CTTACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * ** * * * * *
3067 AGTTTTTAACATTTTTTTTTAAAATAGACTATAATAGACTG-TCAGTCTCT---AAACATGTGAG
1 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTA-TC-CTGAAAAACATG-AAG
* * * ** * * * ** *
3128 GATAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAGCTCCATTTGTAGTAACCCATTCCTTCCAAAGTCTTATTA
62 AAAAAAG-TATTTATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* * *
3193 CTCGCTTTAAATGATTTT-ATAATCTCATAATTCATTTTAAA-TTA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
* * * * * *
3237 ATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTATGAAACGTGAAG
1 A--TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTATCCTGA-AAAACATGAAG
3301 AAAAA
62 AAAAA
3306 G
Statistics
Matches: 2413, Mismatches: 578, Indels: 284
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 26 0.01
165 84 0.03
166 13 0.01
168 7 0.00
169 143 0.06
170 768 0.32
171 1048 0.43
172 302 0.13
173 16 0.01
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGTTTATCCTGAAAAACATGAAGAAAA
AAGTATTTATTGGCAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA
Found at i:1014 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 457--3306 Score: 1722
Period size: 171 Copynumber: 16.7 Consensus size: 168
447 NNNNNNNNNN
*
457 AAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTT
1 AAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
519 ---TTTTAG-TTAAAATATATTAGAATTGATTGTTTGCCTCT-GAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCG
65 ACATTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTCTAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCA
* * *
578 TTTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGCAACTCATTCCTTTAA
127 TTCATTGACAAAAAAAG-CTATTTATATC-ACTCATTCCTTCAA
* * **
622 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGA-AATCTAATAATTGTTTTTAAACTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
686 ATATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTT--ATCCAGAAAAACATGAAGAAAAAAG-T
65 ACATTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTCTAG--AAACATGAAG-AAAAAGCC
** * * * * *
747 ATTCATTGGGAAGAAATGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAA
126 ATTCATTGACAAAAAAAG-CTATTTAT-ATCACTCATTCCTTCAA
* ** **********
792 AAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
857 TATTATTGATTAAAATATACTAGAATTGATTATTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGTCGTTT
66 CATTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
*
922 ATTGACAAAAAAAGCTAATTTATAACAACTCATTCCTTCAA
130 ATTGACAAAAAAAGCT-ATTTATATC-ACTCATTCCTTCAA
* * ** *
963 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGA-AATCTCATAACTCTTTTTAAGTTCAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * *
1027 TACATTTTT-AGCTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTAT-CTT-AAAAAACATGAAGAAAAAGC
64 TACATTTTTGA-TTAAAACAA-CTATAATTGATTGT-T-TGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * **********
1089 CATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAA
125 CATTCATTGACAAAAAAAG-CTATTTATA-TCACTCATTCCTTCAA
* ** * * *
1135 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * **
1200 CCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAAGTT-AATGTTT--ATCTCGGAAAACATGAAAAAAAAATTC
66 CATTTTTGATTAAAACA-ACTATAA-TTGATTGTTTGCTTCT-AG-AAACATG-AAGAAAAAGCC
* * * * * * *
1262 ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATACATTTAA
126 ATTCATTGACAAAAAAAG-CTATTTATA-TCACTCATTCCTTCAA
* ** **********
1307 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
1372 CATTTTT-AGTTAAAACAAGCTATAATTGAATT-TTTACCTT-GAAAAACGTAAAGCAAAAGTCA
66 CATTTTTGA-TTAAAACAA-CTATAATTG-ATTGTTT-GCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** *
1434 TTCATAGGTAAAAAAAGCTATTTATAGTCACCCATT-CTATCAA
127 TTCATTGACAAAAAAAGCTATTTATA-TCACTCATTCCT-TCAA
* * * * * * *
1477 AGGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTTAATTTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * ** * ** *
1542 CATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAAAAGAATGTCAG-TCTCTAGACATGTGAAGAAAAAACCAT
66 CA-TTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCT-TCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* ** * * * *
1605 TTATTGA-TGAGAAAGTTTCATTTGTAGTCAC-CTATTCCTTCTA
128 TCATTGACAAAAAAAG-CT-ATTTATA-TCACTC-ATTCCTTCAA
*
1648 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
1713 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTT-GAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
66 CATTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTCTA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
1777 CATTGACTATAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAA
129 CATTGACAAAAAAAG-CTATTTATA-TCACTCATTCCTTCAA
* * * * *
1819 AAGCCTTCTTACTCTCTTTAAAAT-GTTTTGTAA-CATCGTAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
1882 TGCATTCTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC--CATGAGAAACATAAAGAAAAAGCC
64 TACATTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTC-T-AGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * *
1945 ATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCCT-AA
126 ATTCATTGACAAAAAAAG-CTATTTATA-TCACTCATTCCTTCAA
* ** *
1989 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * ** * *
2054 TATTTTTGATTAAAACATATTAGAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCGTTA
66 CATTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
2119 ATTGGCAAAAATAGTCTATTTATAGCAAC-CTATTCCTTCAA
130 ATTGACAAAAAAAG-CTATTTATATC-ACTC-ATTCCTTCAA
* * * * * *
2160 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCGTACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
2225 CATTTTTGATTAAAACAAGCTATACTTGAATGTCTGCTT-TGAAAAACCTAAAGAAAAAGCCATT
66 CATTTTTGATTAAAACAA-CTATAATTGATTGTTTGCTTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * * * * *
2289 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATTCCTTCAG
129 CATTGACAAAAAAAG-CTATTTATATC-ACTCATTCCTTCAA
* ** * * *
2331 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGTAATTAATTTTAGGTTTAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * **
2396 TATTTTT-AGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTTTGCCTCGAGAAACTTGAAGGGAAAGCCATT
66 CATTTTTGA-TTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* *
2460 CATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTAAC-CAATTCCTTCAA
129 CATTGACAAAAAAAG-CTATTTATA-TCACTC-ATTCCTTCAA
* * *
2502 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTCATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * ** * *
2566 TATTTTTGGCTAAAACAAGCTATAATTGAATGGTTACCTT-GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
66 CATTTTTGATTAAAACAA-CTATAATTG-ATTGTTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
2630 CATAGACAAGAAAAATCTATTTATAATCA-TGCATTTCTTCAA
129 CATTGACAA-AAAAAGCTATTTAT-ATCACT-CATTCCTTCAA
* * * * * *
2672 AAGTCATATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTAAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * *
2737 CCTTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTACCT-TAGGAACATGAAGAAAAAGTCATTC
66 CATTTTTGATTAAAAC-AACTATAATTGATTGTTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* ** * * * *
2801 ATTGACTAGGAACGTCTATTTATTGTCACGCATACCTTCAA
130 ATTGACAAAAAAAG-CTATTTA-TATCACTCATTCCTTCAA
* * * * *
2842 AAGCCTTATTACTCACTTT-AATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
2906 CATTTTT-AGTTGAAACAAGCTACAATTGAATT-TTTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCAT
66 CATTTTTGA-TTAAAACAA-CTATAATTG-ATTGTTTGCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* *
2969 TCATTGGCAAAAAAAG-TGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
128 TCATTGACAAAAAAAGCT-ATTTATA-TCACTCATTCCTTCAA
** ** * * * *
3011 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAAGTTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * * * ** * *
3076 CATTTTTTTTTAAAATAGACTATAATAGACTGTCAG-TCTCT--AAACATGTGAGGATAAAGCCA
66 CATTTTTGATTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCT-TCTAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * *
3138 TTTATTGGC-AAGAAAGCTCCATTTGTAGTAACCCATTCCTTCCA
127 TTCATTGACAAAAAAAGCT--ATTTATA-TCACTCATTCCTTCAA
* * * *
3182 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATT-AATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
* * * * * *
3246 TACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TATGAAACGTGAAGAAAAAG
64 TACATTTTTGA-TTAAAACA-ACTATAATTGATTGTTTGCTTCTA-GAAACATGAAGAAAAAG
Statistics
Matches: 2079, Mismatches: 492, Indels: 221
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Found at i:1729 original size:341 final size:340
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* * * * * * * *
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129 A-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTTGTTAA
* * ** * *
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* **
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* * * * *
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1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAG-A
* * * * * ************
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* * * *
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* * * * ** ** * * * * *
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* *
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* ** **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ********** * * *
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* * * * ** * * * * * * *
869 AAATATA-CTAGAATTGATTATTTGCTTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGTCGTTTATTGACAAAA
191 AAACA-AGCTATAATTGAATGTCAGC-TCTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * * *
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254 AAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATA
* * *
995 ATCTCATAACTCTTTTTAAGTTCA
317 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
* * * * *
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* * *********
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* * * * *
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* * * * * **
1214 AC-AGATTATAAGTT-AATGTTTATCTC-GGAAAACATGAAAAAAAAATTCATTCATTGACT-AG
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* * * * * *
1275 AAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATACATTTAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATA
253 AAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** * ******
1339 ATCTTGTAATTGATTTTANNNNNN
317 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
**** * * * * * * *
1363 NNNNTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAACGTAAAGCAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * **
1428 AAGTCATTCATAGGTAAAAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATTCTATCAAAGGCCTTATTACTTG
66 AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCT-TCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
1492 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTTAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAA
130 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAA
** * * ** * * * *
1557 C-AGACTATAAAAGAATGTCAGTCTCT-AGACATGTGAAGAAAAAACCATTTATTGATGAG-AAA
194 CAAG-CTATAATTGAATGTCAG-CTCTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAA
* *
1619 GTTTCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
257 G-TTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
1684 CATAATTCATTTTAAGTTGA
321 CATAATTCATTTTAAGTTGA
* * *
1704 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTA-CTTGAGGAAACGTGAAGA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGA
* * * * * * *
1767 AAAAGCCATTCATTGACTATAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTCTTACT
64 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
1832 CTCTTTAAA-ATGTTTTGTAA-CATCGTAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTGCA-TTCTTGAT
128 CACTTTAAATA-GTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTG-T
* * *
1894 TAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGC-CATGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-
189 TAAAACAAG-CTATAATTGAATGTCAGCTC-TGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TA
* * * *
1956 AGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTTATGCCCT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTA
251 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
** *
2019 TAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGA
315 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
* * * * *
2045 AATTTTTTATATTTTT-GATTAAAACATA-TTAGAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
1 ATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
** * * * * *
2108 AAAAATCGTTAATTGGCAAAAATAGTCTATTTATAG-CAACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
64 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
2172 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCGTACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTTGATT
127 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTG-TT
* * * * *
2236 AAAACAAGCTATACTTGAATGTCTGCTTTGAAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAA
190 AAAACAAGCTATAATTGAATGTCAGCTCTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
* * * *
2301 AAGTCCATTTATAG-CTACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC
255 AAGTTCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * *
2365 CTTGTAATTAATTTTAGGTTTA
319 CTCATAATTCATTTTAAGTTGA
* * * * * * * **
2387 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATA-TTAGAATTGATTGTTTGCCTCGAGAAACTTGAAGGG
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* *
2451 AAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTAACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
65 AAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
2516 ACTTTAAATGGTTTTGTCATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAA
129 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * *
2581 CAAGCTATAATTGAATGGTTACCT-TGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAA-
194 CAAGCTATAATTGAAT-GTCAGCTCTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG
* * * * * * * *
2644 ATCTATTTATAATCATGC-ATTTCTTCAAAAGTCATATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCT
258 TTC-ATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
2708 AAGAATTGATTTTAAGTTGA
321 CATAATTCATTTTAAGTTGA
* * * * *
2728 ATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTGAATGTCTACCTT-AGGAACATGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * ** * * * *
2792 AAGTCATTCATTGACTAGGAACGTCTATTTATTGTCACGCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
66 AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
2857 CTTT-AAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTGAA
130 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * ** * * ** *
2920 ACAAGCTACAATTGAATTTTTGC-CTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAA
193 ACAAGCTATAATTGAATGTCAGCTCT-GAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAA
* * ** **
2984 G-TGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATATTTTTATAATCTC
257 GTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
3048 ATAATTCATTTTAGGTTGA
322 ATAATTCATTTTAAGTTGA
* * ** * * * * *
3067 AGTTTTTAACATTTTTTTTTAAAA-TAGACTATAATAGACTGTC-AGTCTCT---AAACATGTGA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCTA-CCT-TGAGAAACA--TGA
* * * * * * * * *
3127 GGATAAAGCCATTTATTGGC-AAGAAAGCTCCATTTGTAGTAACCCATTCCTTCCAAAGTCTTAT
61 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
3191 TACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTAATTTTTTTTTACATTTTT
124 TACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA--ATTTTTTACATTTTT
* * *
3255 AGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGT
186 TGTTAAAACAAG-CTATAATTGAATGT
3281 TTACCTTATG
Statistics
Matches: 2332, Mismatches: 503, Indels: 206
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 8 0.00
335 239 0.10
336 5 0.00
337 7 0.00
338 11 0.00
339 140 0.06
340 216 0.09
341 853 0.37
342 545 0.23
343 211 0.09
344 94 0.04
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
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ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTCATTTTAAGTTGA
Done.