Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399542.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_28.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21422
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.12, T:0.31
Warning! 3444 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:993 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 624--1006 Score: 382
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
614 NNNNNNNNNN
* * *
624 TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TGTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAAC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACACTTTTCT-GTTAAAAC
* * **
688 AGATTAAAACTGAATGTCTACATTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCACTGGTAAGAAAAGTC
65 AGACTAAAACTGAATGTATACATTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCACTGACAAGAAAAGTC
* *
753 TATCTATAGTCACCCATTGCTTCAAAACTGTTATTACTCGCTT
130 TATCTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACTCTTATTACTCGCTT
********** *
796 TAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTCT-TTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACACTTTTCTGTTAAAACA
* * * * * * *
859 GACTACAATTTAATGTATATC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCTTTCATTGACAAGAAAA-TT
66 GACTAAAACTGAATGTATA-CATTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCACTGACAAGAAAAGTC
* * ** * *
922 TGATTTATAGTTATGCATTCCTT-AAGAAGTCTTTTTACTCGCTT
130 T-ATCTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AACTCTTATTACTCGCTT
*
966 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
1007 TTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 44, Indels: 10
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 118 0.72
171 1 0.01
172 32 0.20
173 8 0.05
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Consensus pattern (172 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACACTTTTCTGTTAAAACA
GACTAAAACTGAATGTATACATTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCACTGACAAGAAAAGTCT
ATCTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACTCTTATTACTCGCTT
Found at i:1406 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1110--3655 Score: 2040
Period size: 172 Copynumber: 14.9 Consensus size: 171
1100 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
1110 ATGCTTTTTTCTTCACATTTTTTAACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATC-AAAAAAGT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CGAAAAATGT
* * * * ********** *
1174 AAAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATNNNNNNNNNNTAATAAGGGT
65 --AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
1239 TTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATAA
128 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * *
1283 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATTATCTTTTTTAACCAACAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTA
* * * * *
1348 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAGACCATTTGAAGCGAGTAATAAGTCTTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * * *
1413 GAAGCAATGGGAGGCTATATGTAGACTTTTCTT-CTAAATAA
131 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGA
* ** * * * * *
1454 ATG-TGTTTTTCTACACGTTT-TCTGTGGCAAATATTTAATTA-TAGTCTATTTTAATGAAAAA-
1 ATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAAAAT
* * * *
1515 G-ATAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGC
63 GTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
1579 TTTTAAAGGAATGAGAGAGTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGA
127 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* ** * *
1624 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATG-AAAATGGT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAAT-G-
* * * * * * *
1688 TGAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
1753 CTGAAGGAATGCGTA-ACTATAAATCGACTTTTCTTATCAATGA
129 TTGAAGGAATG-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
** * * * * * *
1796 ATATTTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTATACATTCAATT-GTAGTCTGCTTTAATGAAAAATGT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAAAATGT
* * *
1860 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A-GCAGT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC--T
* * * * *
1923 TTTGAAGCAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAGTGA
128 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * * * *
1967 ATGCTTTTTACTTTACGTTTCTTAATGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTG
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CGAAAAA-TG
* * * * * * *
2032 AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGTGATTATAACATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
2097 TTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
129 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * *
2140 ATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCGGCTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGT-
* * * *
2205 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *** * *
2270 TGAAGGAATGAGAGACTATAAGTAGACTTTTCTTTTGAGTAA
130 TGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * * * *
2312 ATG-TGTTTGTCTACGCGTTT-TCTAAGGCAGACATTTAATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAGAAT
1 ATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAA-AAA
* * * * *
2374 TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGTAACAAGGC
62 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
2438 TTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGA
127 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * ** * ** * * *
2483 ATGGC-TTTTTCTACACGTTTGTTGAGATAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAACG-AAAATAT
1 AT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGT
* * *
2546 AAAGAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAG-TCTATAAAGCCATTTAATA-CTAGTAATAAGGC
65 AAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGC
*** * * *
2608 TTTTGAAGGAACAAGAGACTATAAATGGACTTTTATT-CAAAATAA
127 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGA
* * * ** * * *
2653 ATAG-GTTTTTCTACACTTTTCTCATTGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAAAT-
1 AT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CGAAAAATG
* * * * * *
2716 AAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
64 TAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ** *
2781 TTTGACGGAATGGGAAACTATAAATACACTTTTCTTGA-CAATAA
128 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGA
*** * *
2825 ATGCTTTTTTCTTGGTGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTA
* * * *
2890 AGAAAAATT-AATATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGCCCT
66 A-AAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
2954 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGA
129 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * * ** **
2997 ATACTTTTTTCTTTACGTTTTTTAAGGTACATATTCAATT-GCAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAAAATGT
* * * ** * *
3061 TAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGGGTAATAAGGGTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
3126 AGAAAGAATGGTG-G-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
130 TGAAGGAATGG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * *
3167 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAAAGT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CGAAAAATGT
* * **
3231 AAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA-ATAGGTAATAAGG
65 --AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGG
**********
3295 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTAT--A---NNNNNNNNNNCCAATGA
126 CTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * ** * * **
3336 ATACTTTTTTCTTCACATTTTTTGAGGTACACATTCAATT-GTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAAAATGT
* *
3400 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGG-T
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCT
* * * *
3463 TTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
128 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * * * *
3507 ATGCTCTTTTCTTCATGTTTTTTAACGTAGACATTCAATTATTATCT-ATTTAACCAAAAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTA
* * * * *
3571 AAAAAATTAAACTTAAAGTCAATTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *
3636 GAAGCAATGGGAGGCTATAA
131 GAAGGAATGGGAGACTATAA
3656 GTANNNNNNN
Statistics
Matches: 1896, Mismatches: 400, Indels: 157
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 68 0.04
167 6 0.00
168 2 0.00
169 75 0.04
170 416 0.22
171 513 0.27
172 545 0.29
173 264 0.14
174 5 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
Found at i:1737 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1110--3869 Score: 1839
Period size: 170 Copynumber: 16.1 Consensus size: 169
1100 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1110 ATGCTTTTTTCTTCACATTTTTTAACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAAAGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-GAAAATGT-
* * * * ********** *
1175 AAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATNNNNNNNNNNTAATAAGGGTT
64 --AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** *
1240 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATAA
127 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* ** * * * **
1283 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATTATCTTTTTTAACCAACAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAA-AATGT-
* * * * *
1348 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAGACCATTTGAAGCGAGTAATAAGTCTTTT
64 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
1413 GAAGCAATGGGAGGCTAT--ATGTAGACTTTTCTT-CTAAATAA
129 GAAGGAATGGGAGACTATAAATG-A-ACTTTTCTTGC-CAATGA
* * * * * * *
1454 ATG-TGTTTTTCTACACGTTTTCTGT--GGCAAATATTTAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAAG
1 ATGCT-TTTTTCTTCACG-TTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAATG
* * * *
1516 ATAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
63 -TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
1581 TTAAAGGAATGAGAGAGTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGA
127 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* * **
1624 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAATGGTT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAT-G-T
* * * * * * *
1689 GAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTC
64 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* **
1754 TGAAGGAATGCGTA-ACTATAAATCG-ACTTTTCTTATCAATGA
128 TGAAGGAATG-GGAGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * * *
1796 ATATTTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTGTAGTCTGCTTTAATGAAAAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATG-AAAATGTA
* *
1861 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A-GCAGTT
65 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC--TT
* * * * *
1924 TTGAAGCAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAGTGA
127 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * **
1967 ATGCTTTTTACTTTACGTTTCTTAATGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTG
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--TGAAAA-TG
* * * * * * *
2032 AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGTGATTATAACATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTT
63 -TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
2097 TTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
127 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* * ** * * * **
2140 ATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCGGCTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAATGT-
* * * *
2205 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
64 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *** * *
2270 TGAAGGAATGAGAGACTATAAGT-AGACTTTTCTTTTGAGTAA
128 TGAAGGAATGGGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * *
2312 ATG-TGTTTGTCTACGCGTTT-TCTAAGGCAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAGAATT
1 ATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAA-AA-T
* * * * *
2375 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGTAACAAGGCTT
62 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * **
2440 TTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGA
127 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * ** * * *
2483 ATGGC-TTTTTCTACACGTTTGTTGAGATAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAACGAAAATATA
1 AT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAATGTA
* *
2547 AAGAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAG-TCTATAAAGCCATTTAATA-CTAGTAATAAGGCT
65 AA-AAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCT
*** * * * *
2609 TTTGAAGGAACAAGAGACTATAAATGGACTTTTATT-CAAAATAA
126 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGA
* * * * ** *
2653 ATAG-GTTTTTCTACACTTTTCTCATTGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-GCAAAAAAT
1 AT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATG---AAAAT
** * * * * *
2716 AAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
62 GTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
2781 TTTGACGGAATGGGAAACTATAAAT-ACACTTTTCTTGACAATAA
126 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGA
*** * * * *
2825 ATGCTTTTTTCTTGGTGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAATGT-
* * * *
2890 AGAAAAATT-AATATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGCCCT
64 A-AAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
2954 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACATTTCTTGCCAATGA
127 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * ** * *
2997 ATACTTTTTTCTTTACGTTTTTTAAGGTACATATTCAATTGCAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-GAAAATG-T
* * ** * * *
3062 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGGGTAATAAGGGTTTA
64 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *
3127 GAAAGAATGGTG-G-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
129 GAAGGAATGG-GAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
3167 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-GAAAATGT-
* * **
3232 AAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA-ATAGGTAATAAGGC
64 --AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGC
**********
3296 TTTTGAAGGAATGGGAGAC--T--AT-ANNNNNNNNNNCCAATGA
125 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * ** * ** * * * *
3336 ATACTTTTTTCT-TCACA-TTTTTTGAGGTACACATTCAATTGTAGTCT-GT-T-TTAATAA--A
1 ATGC-TTTTT-TCT-TCACGTTTCTTAAG-GTA-A-AC-ATTCAATTATAATCTGTT-TTAATGA
*
3394 AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
58 AAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
3458 ACGG-TTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGA
121 A-GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * **
3507 ATGCTCTTTTCTTCATGTTTTTTAACGTAGACATTCAATTATTATCT-ATTTAACCAAAAATGTA
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAATGT-
* * * * *
3571 AAAAAATTAAACTTAAAGTCAATTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTT
64 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * ********** * *
3636 GAAGCAATGGGAGGCTATAAGT-ANNNNNNNNNNCTGAATAA
129 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGA
* * * * * * ***
3677 ATG-TATTTTTCTACACGTTT-TCTGAGGAAAATATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAANNNN
1 ATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAA-ATG
****** * * * * *
3740 NNNNNNATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTCAAGTGAGTAACAAGGCTTT
63 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
3805 TAAAGGAATGGGAGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGA
128 TGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
*
3847 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
1 ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTT
3870 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2016, Mismatches: 463, Indels: 219
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 72 0.04
167 8 0.00
168 4 0.00
169 46 0.02
170 566 0.28
171 486 0.24
172 558 0.28
173 260 0.13
174 12 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAATGTAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
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3960 NNNNNNNNNN
* * * *
3970 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATT
* * *
4035 ATTATCTG-TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
66 ATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * *
4098 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTT-AAAGAATTGGGACACT
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* * *
4141 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTGTCTTGAGGTAAACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATT
* * * *
4206 ATTATTTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
66 ATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * ***
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* * * * * * * * * *
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1 ATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAAGCATTCA
* * * * *
4375 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAA
63 ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* *
4439 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACT
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* * * * * *
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1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAAT
* * * *
4547 TATAATCTGTTTCAATGAAAAATATAAAGAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAAG
65 TATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAAA
* * * *
4611 CCATTTAAACCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGG-GATT
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGAGACT
* * * * * ** * *
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1 ATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAAG-CATTC
* * *
4715 AATTGTAATCTATTTTAA-GCAAAAA-ATAAAAACAGATTGAACTTAAAATCAATTTTGA-ATTC
62 AATTATAATCTGTTTTAATG-AAAAATATAAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT-
* * *
4777 ATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-ACA
123 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGACT
* * * ** *
4826 ATAAATGGACTATTCGTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTGTCAATGTAGAG-ATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAAT
* * ** * * *
4890 TATATTCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTTTAAA
65 TATAATCTGTTTTAA-TGAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * * *
4955 ATCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGAAGACT
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * ** * *
4999 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATG-TATTTTTCTTCACATTTCTTAATGTACA-CATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAA
* * * * * *
5062 TTGTAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAA
64 TTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
** * * * * *
5126 ATTATTTCAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAAT-AGATGACT
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* * * * * *
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1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAAT
* * * * * * **
5234 TGTAGTCCGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTAGGAGATTATAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * *
5299 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGACT
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * * * * *
5341 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTTTTAATGT-AGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAG-CATTCAAT
** * * *
5405 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATTA
65 TATAATCTGTTTTAA-TGAAAAA-TAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * *
5470 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGACGG-ATGGAACACT
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* * ** * ** * **
5514 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATATTTTTTTCTTGATGTTTCTCAAAGTAAAAATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATT
** * * * *
5579 ATTGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAGGAAAATT-AATATTAAAA-CCATTTTGAGATTATAAA
66 ATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATATAA-AAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * * * *
5641 ACCATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATCGGTGACT
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * * * * * *
5685 ATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTGAATGCTATTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTACA-CATTCATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAAT
** * * * * * *
5749 TGCAGTCTATTTTAATG-AAAATATTAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TTAGTAGAATATAAAA
65 TATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG-AGATTATAAAA
* * * ** *
5812 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTAGAAATAATGGGTGACT
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * *
5855 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTCTTAATGT-AGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAG-CATTCAAT
* * * *
5919 TATAATCTATTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAA
65 TATAATCTGTTTTAATGAAAAATA-T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * *
5983 ACTATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
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* * * ** * *
6027 ATAAATGGACTTTTCTTTCCAACGAATGCTTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATT
** ** * * *
6092 ATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
66 ATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
*
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131 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGAGACT
* *
6197 CATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG-TTCTTCGAGGTACA-CATTCA
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* * * ** *
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* * * * *
6325 ACCATTTAAAGTGAGTAATAACGG-TTTTAAAGGAATGAGTGCCT
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * * * *
6369 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTACA-CATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAAT
* *
6433 TATAATCTG--TTAAAGCCAAAAA-AGTAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
65 TATAATCTGTTTTAATG--AAAAATA-T-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
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*
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1 ATAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAAT
** * *
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* * * * *
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* *
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1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTA-AGCATTCAA
** * * * * * **
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* * * * * *
6842 TCATTTAAAGCGAGTACTAAGGGTTTAGAAAGAATGGGTGACT
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* *
6885 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAACGT-AGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAG-CATTCAAT
* * * *
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* *
7012 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACT
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* * * ** * *
7057 ATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGAATGCTTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATT
** ** *
7122 ATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
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* * *
7187 CATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGA-T
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* * *
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1 -ATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCA
* * * * * **
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* * * *
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* * *
7400 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGT-AGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAG-CATTCAAT
* * *
7464 TATAATCTG-TTTAA-GCCAAAAA-AGTAAAAAAAATGAAGTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
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* * * * *
7526 AATCATTTAAAACGAGTAATAAGGGTTTTGAAGAAATGGAAGACT
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * *
7571 ATAAATGGACTTTTCTTTCCAATTAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATT
* * ** * * * * *
7636 ATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAGACT
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* * *
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131 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * * * * *
7742 ATAAGTAGACTTGTT-TT-CTGAA-GAAATG-TGTTTTTCTACATGTTT-TCTGAGATAGGCATT
1 ATAAATGGACTT-TTCTTGC-CAATG-AATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAAGCATT
* ** *
7802 TAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTTT
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* * * * *
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* * * *
7912 ATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAAACCTTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATT
** * * * * *
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66 ATAATCTGTTTTAATGAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * *
8042 CTTTTAAAGCGAGTGAT-AGGCCTTTTGAAGGAATGCGTA-ACT
130 CATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATG-GGAGACT
*
8084 ATAAATAGACTTTTCTT
1 ATAAATGGACTTTTCTT
8101 ATCAATGNNN
Statistics
Matches: 3270, Mismatches: 558, Indels: 263
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 25 0.01
170 473 0.14
171 1420 0.43
172 887 0.27
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174 70 0.02
175 10 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
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Found at i:5713 original size:515 final size:513
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Period size: 515 Copynumber: 8.0 Consensus size: 513
3960 NNNNNNNNNN
* * *
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1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
*
4035 ATTATCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
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** * ** *
4099 CATTTAAAGCGAGTAATAAG-GGTTTTAAAGAATTGGGACACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAA-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * *
4163 TGAATACTTTTTTCTTCATGTGTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTA-TTTGTTTTAACT-AAAA
193 TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACATTCAATT-GTAGTCTGTTTTAA-TAAAAA
* * * ** *
4226 ATGTAAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAG
256 ATAT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * **** * * * * * * *
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* * * * * * * ** * * *
4354 GTTT-TCTGAGGCAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT--AAAAAATTCAACCT
383 GTTTCT-TAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTT
* * * * *
4416 AAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGA
447 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGA
4481 CT
512 CT
* * * * * ** * *
4483 ATAAATGGACTTTTTTTGCCAACGAATGGC-TTTTTCTACACGTTTGTTGAGGTAAGCGTTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * * * *
4547 TATAATCTGTTTCAA-TGAAAAATATAAAGAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAA
65 TATTATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATT-AAATTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAA
* * * * * * * * *
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127 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-
* * * * ** * * * * *
4673 AAATAAATAG-GTTTTTCTACCGGTTTCTC-ATCGTAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAAGCA
190 CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAA-TA
* ** *
4736 AAAAATA-AAAACAGATTGAACTTAAAATCAATTTTGA-ATTCATAAAACCATTTAAAGTGGGTA
252 AAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * *
4799 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACAATAAATGGACTATTCGTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
315 ATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
* * * *
4864 CATGTTTGTCAATGTAGAGATTCAATTATATTCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAA
380 CATGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAAAATTGAA
* * * *
4929 CTTAAAATCAATTTTGAGATTTTAAAATCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGA
444 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
4994 AGACT
509 AGACT
* * ** * * *
4999 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATG-TATTTTTCTTCACATTTCTTAATGTACACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * * * * * *
5063 TGTAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAT
65 TATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * * *
5128 TATTTCAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATGGATTTTTTTTTCCAAT
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * *
5193 GAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATACACATTCAATTGTAGTCCGTTTTAATAAAAAATA
194 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATA
* *
5258 TAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTT
259 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTT
* * * *
5323 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTTT
324 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT
*
5388 TAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTTAAAAAAAATTGAACTTAAAAT
389 TAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAG--TAAAAAAAATTGAACTTAAAAT
* * * *
5453 CAATTTTGAGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGACGG-ATGGAACACT
452 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACT
* * ** * * *
5514 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATATTTTTTTCTTGATGTTTCTCAAAGTAAAAATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
* * *
5579 ATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGGAAAATTAATATTAAAA-CCATTTTGAGATTATAAAAC
66 ATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTAA-ATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * *
5643 CATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGT
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* * * * * * * *
5708 GAATGCTATTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTACACATTCATTTGCAGTCTATTTTAAT-GAAAATA
194 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATA
* * * * * *
5772 TTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGTAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
259 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTT
* * *
5837 TAGAAATAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTCT
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * *
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* * * * *
6349 TTTT-AAAGGAATGAGTGCCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCACGTT
322 TTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTT
* * *
6413 TCTTAATGTACACATTCAATTATAATCT-GTTAAAGCCAAAAAAGTAAAAAGAAATTGAACTTAA
386 TCTTAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAAAAGTAAAAA-AAATTGAACTTAA
* * *
6477 AATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGAAATGGAAGACT
449 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACT
**
6542 ATAAATGGAAC-TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAT
1 ATAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
*
6606 TATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAATTAATATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
65 TATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTAA-ATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* *
6671 CCATTTAAAGTGAGTAAGAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
128 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
6736 TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTACACATTCAATTGCAATCTGTTTTAATAAAAAAT
193 TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAAT
* * * * * *
6801 GTTAAACAATTCAACTTCAAATCAATTAGGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGGGT
258 ATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGT
*
6866 TTAGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC
323 TTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC
* *
6931 TTAACGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAGTTGAACTTAAAAT
388 TTAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAA-TTGAACTTAAAAT
* *
6996 CAAATTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTG-AGACT
452 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAAGACT
* * * *
7057 ATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGAATGCTTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
* * *
7122 ATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
66 ATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTAAA-TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * *
7187 CATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TCATAAATGGACTTCTT-TTGACA
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACT-ATAAATAGACTT-TTCTTGCCA
* * * *
7250 ATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAA
192 ATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAA
* * * * *
7315 TGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGG
257 TATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGG
* * *
7380 TTTTGAAGGAATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
322 TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
* *
7445 CTTAATGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAAGCCAAAAAAGTAAAAAAAA-TGAAGTTAAAA
387 CTTAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAA
* * * *
7508 TCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGGTTTTGAAGAAATGGAAGACT
451 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACT
* * **
7571 ATAAATGGACTTTTCTTTCCAATTAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
7636 ATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAGACT
66 ATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAA-TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
7701 GTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGAGGCTATAAGTAGACTTGTT-TT-CTGAA
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTGC-CAA
* * ** * * * *
7764 -GAAATG-TGTTTTTCTACATGTTT-TCTGAGATAGGCATTTAATTATTGTCTGTTTTAATGAAA
193 TG-AATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAA
** *
7826 AATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
255 AATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * ** *
7890 GCTTCT-AAAGGAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
320 GGTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
* * * * * ** ** ** *
7954 TTTCATGAGGTAAACCTTCAATTATTGTCTATTTTAATGAAAAATA-TTGAAAAAATTAAACTTA
384 TTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAAATTGAACTTA
* * * * *
8018 AAATAAATTTTGAGATAATAAAACCTTTTAAAGCGAGTGAT-AGGCCTTTTGAAGGAATGCGTA-
448 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATG-GAAG
8081 ACT
511 ACT
*
8084 ATAAATAGACTTTTCTT
1 ATAAATGGACTTTTCTT
8101 ATCAATGNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (513 bp):
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
ATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATATA
AAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTT
GAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTA
ATGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACT
Found at i:9612 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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9250 NNNNGGTAAA
* * ** * * * *
9260 CATTCAATTATTATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTAAACTTAGAATCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAAT-AAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * ** * *
9324 TTATAAGACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGCAAAGGGAGGCTATAAGTAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGATACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * **
9389 -TTTCTAAATAAATATG-TTTTTCTACACGTTT-TCTGAGGCAAA
130 CTTTC--AATGAAT-GGCTTTCTCTACACTTTTGTC-AACGTAGG
* * * * *
9431 TATTTAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAGA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
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66 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGATACTATAAATGGACTTTTC
* * *
9560 TTGTCAATGAATGGCTTTCTCTACACGTTTGTTAAGGTAGG
131 TT-TCAATGAATGGCTTTCTCTACACTTTTGTCAACGTAGG
* * * * * *
9601 CATTCAATTATAATATGTTTTAATG-AAAATAAAAAGAAATTCAGCTT-AAATAAAATTATGATA
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATAAAAACAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGA
* * ** *
9664 TTATAAAGCCATTTAAGGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGATACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * **
9728 TATTTCAAATAAATGGATTTTTCTACACTTTTCTCATCGCAAA
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* * * *
9771 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATAAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTATTTTAAT-GAAAAATAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
9836 TTATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGG-TGACAATAAATGGACTGT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAT-ACTATAAATGGACTTT
** * * * *
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1 CATTCAATTATAATCTATTTTAA
9966 CCAAAAAAGT
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Consensus pattern (170 bp):
CATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGATACTATAAATGGACTTTTC
TTTCAATGAATGGCTTTCTCTACACTTTTGTCAACGTAGG
Found at i:9950 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 9314--9965 Score: 773
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
9304 ACTTAGAATC
* * *
9314 AATTTTGAGATTATAAGACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGCAAAGGGAGGCTATAA
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * **
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* *
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326 ATTCAGCTTAAATAA
* * * *
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1 AATTATGAGATTATAAGA-CCATTTGAA-GCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGCAA-AGAGAGACTA
*
9716 TAAATGGACTTTTATTTC-AAATAAAT-GGATTTTTCTACAC-TTTTCTCATCGCAAACATTCAA
63 TAAATAGACTTTT-TTTCTAAATAAATAGG-TTTTTCTACACGTTTTCTCA-CGCAAACATTCAA
* * *
9778 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATAAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
125 TTATAATCTATTTTAAT-AAAAAATAAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
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188 ACAATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAT-ACAATAAATGGACTGTTCATCCC
* ** * * *
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9966 CCAAAAAAGT
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
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AATTATGAGATTATAAGACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGCAAAGAGAGACTATAA
ATAGACTTTTTTTCTAAATAAATAGGTTTTTCTACACGTTTTCTCACGCAAACATTCAATTATAA
TCTATTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
AAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGATACAATAAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGG
CTTTCTCTACACGTTTGTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAATAAAAAGAA
ATTCAGCTTAAATAA
Found at i:10027 original size:102 final size:101
Alignment explanation
Indices: 9879--10079 Score: 269
Period size: 102 Copynumber: 2.0 Consensus size: 101
9869 TTGAAGGAAT
* *
9879 GGGTGACAATAAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCA-TTTTTGTCGATGTAGA
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64 GATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAATAA
* * * * ** * *
9981 GGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAATGTAAAT
1 GGGTGACAATAAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCAC-TTTTTTAATGTAAAG
*
10046 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAA
65 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAA
10080 AAAAAATAAC
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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GGGTGACAATAAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACTTTTTTAATGTAAAGA
TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAATAA
Found at i:10222 original size:272 final size:274
Alignment explanation
Indices: 9711--10225 Score: 671
Period size: 272 Copynumber: 1.9 Consensus size: 274
9701 AGGAATAAGA
* *
9711 GACTATAAATGGACTTTTATTTCAAATAAATGGATTTTTCTACACTTTTCTCATCGCAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTATTTCAAATAAATGCATTTTTCTACACTTTTCTAATCGCAAACATTC
*
9776 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATAAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
66 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATAAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * ** *
9841 AAACAATTTATAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTGTTCATCC
131 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGAAGACAATAAATAGACTGTTCATCC
* * * * * * *
9906 CAATGAATGCTTTTCTCTTCATTTTTGTCGATGTAGAGATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
196 CAATGAATGCTTTTCTCCTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
9971 AAAGTAATAAGGGT
261 AAAGTAATAAGGGT
* * * * * * * *
9985 GACTATGAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAAT-GTAAATAT
1 GACTATAAATGGACTTTTATT-TCAAATAAATGCATTTTTCTACAC-TTTTCTAATCGCAAACAT
*
10048 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAA-AAA-T-AACTTAAAATTAATTTTGAGATT
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA-TAAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * *
10110 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGGTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGATTTTTCT
128 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGAAGACAATAAATAGACTGTTCA
* *
10175 TGCCAATGAATGCTTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
193 TCCCAATGAATGCTTTTCTCCTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
10226 TGTCTGTTTT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 33, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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273 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (274 bp):
GACTATAAATGGACTTTTATTTCAAATAAATGCATTTTTCTACACTTTTCTAATCGCAAACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATAAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGAAGACAATAAATAGACTGTTCATCC
CAATGAATGCTTTTCTCCTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
AAAGTAATAAGGGT
Found at i:10334 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9986--12512 Score: 2129
Period size: 172 Copynumber: 14.8 Consensus size: 169
9976 AATAAGGGTG
* * * * * * * *
9986 ACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAATGTAAATATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
** *
10051 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
66 ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATA-TAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
* *
10114 AACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGGTTTTGAAGGAATGGAA
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-A
* * * *
10155 GACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
1 -ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
** * * *
10220 AATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATATAGAAAAAAATAAACTTAAAATTAAATTTGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATA-AAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATA
** * * * *
10285 AAAATATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGATGAAATAGGCA
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG-A
* * *
10328 ACTATAAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATTA-TTT
1 ACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-GACATT
* * * * * * *
10391 CAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAA-TCATTTAGGAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTT-TGAGATTAT
* * * *
10455 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACAG-TTTTGAAGAAATGGGTG
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAAT-GG-A
* * ** * *
10499 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATG-TTGTTTTCTTCA-CATT-TCAACGTAGATATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * *
10561 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTGAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
65 AATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAA-T-ATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTA
* * *
10626 TAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAGTGGGA
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGA
* * * * * *
10670 GACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAAGGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTC
1 -ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
10735 AATTATTATTTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
65 AATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAA-AAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT
* * *
10799 AAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGA
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGA
* * * * * * * *
10842 GACTATAAGTAGACTTTTCTT-CTGAATAAATG-TGTTTGTCTACATGTTT-TCTGAGGTAGGCA
1 -ACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * *
10904 TTTAATTATAGTCTGTTTTATTGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTT
62 TTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTA
* * * *
10968 TAAAACCATTTAACGTGAGTAACAAGG-TTTTAAAGGAATGGGA
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGA
* * * * * * *
11011 GACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGGC-TTTTTCTACACGTTTGCT-GAGGTAGGCAT
1 -ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACAT
* * * * * *
11074 TCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATTTAAAGAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAAT-TAATTTTGAGATTA
* * * * * *
11138 TAAAGCTATTT-AAGACTAGTAATATGCCTTTTGAAAGAATAGGA
127 TAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGA
* * * * * **
11182 GATTATAAATGGACTTTTATT-CCAAATAAATGAGTTTTTT-TACATGTTTCTCATCGTAGACAT
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*
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* *
11308 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
125 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG-A
* ** * ** * *
11355 ACAATAAATGGACTGCTCGTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT-TTGATGTAGAGATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * * * *
11419 ATTATAATCTGTTTTAACCACAAAAGT-TAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTTATATTAT
66 ATTATAATCTGTTTTAATGA-AAAA-TAT-AAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT
* *
11483 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGA
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GA
* * * *
11526 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT--TTTTTTCTTCACT-TTTCTTAACGTACACATT
1 -ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * *
11588 CAATTGTAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTA
64 CAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATT-TTGAGATTA
* * *
11651 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAAT-GA
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
* * * * ** *
11693 ATGTCTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACAT
1 A---CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * * * **
11758 TCAATTGTAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTAGGAGATTAT
63 TCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT
* *
11823 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAAT-GA
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
* ** * * *
11864 ATGGCTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTTTTAATGTAGACAT
1 A---CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * *
11929 TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAGTCAATTTTGAGATT
63 TCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAA-TATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATT
* * *
11994 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGA
126 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GA
* * * * *
12039 AGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTGATGTTTCTCAGGGT-GAAAATT
1 A-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG-ACATT
** * * ** * *
12103 CAATTATTGTCTGTTTTAACGAAAAATGTTCGAAAAATT-AATATTAAAATCAATTTTGAGATTA
64 CAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAAT-ATAAAAAAATTGAA-CTTAAAATTAATTTTGAGATTA
** * * *
12167 TAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGTG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG-A
* * * * * * * *
12212 ACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTTTTAAGGGACAAATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * * * * * * **
12277 ATTGCAGTATGTTTTAATGAAAAATGTTAAACAA-TGAAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAA
66 ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTG-AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
** * * *
12341 AATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAA-AATATAGGTA
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-AT-GG-A
* * * ** *
12383 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATTTTTCTTAACATGGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * *
12448 ATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
66 ATTATAATCTGTTTTAAT-GAAAAA-T-ATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAT
12513 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1939, Mismatches: 335, Indels: 162
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 208 0.11
170 221 0.11
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172 699 0.36
173 166 0.09
174 62 0.03
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
Found at i:10395 original size:444 final size:444
Alignment explanation
Indices: 9548--10409 Score: 978
Period size: 444 Copynumber: 1.9 Consensus size: 444
9538 GGATACTGTA
**
9548 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTCTACACGTTTGTTAAGGTAGGCATTCAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTCTACACGTTTGTTAAGGTAAACATTCAATTATA
** * * *
9613 ATATGTTTTAATGAAAATAAAAAGAAATTCAGCTTAAATAAAATTATGATATTATAAAGCCATTT
66 ATATGTTTTAAAAAAAATAAAAAGAAATTCAACTTAAATAAAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
9678 AAGGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTATTTCAAATAAATG
131 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTATTGCAAATAAATG
* *
9743 GATTTTTCTACACTTTTCTCATCGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATAAAAA
196 CATTTTTCTACACTTTTCTCAACGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATAAAAA
* * * **
9808 CAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTATAGTGAGTAATAAGGTTTTTGA
261 CAAATTAAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACAATTTATAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
* * ** * * * *
9873 AGGAATGGGTGACAATAAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCATTTTTGTCGAT
326 AGAAATAGGCAACAATAAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCATGTTTCTCAAG
9938 GTAGAGATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAATAAGGGTGACTATG
391 GTAGAGATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAATAAGGGTGACTATG
* * * * *
9992 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAATGTAAATATTCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTCTCTACACGTTTGTTAAGGTAAACATTCAATTAT
* * *
10056 AATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAA-AAA-T-AACTTAAA-ATTAATTTTGAGATTATAAAAC
65 AATATGTTTTAA--AAAAAA-TAAAAAGAAATTCAACTTAAATA-AAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
10117 CATTTAAAGCGAGTATTAAGGGTTTTGAAGGAAT-GGAAGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAA
126 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAG-AGACTATAAATAGACTTTTATTGCAAA
* * * * ** *
10181 TGAATGCTTTTTTCCT-CA-TGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAA
190 TAAATGCATTTTT-CTACACT-TTTCTCAACGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAA
*
10244 ATATAGAAAA-AAA-TAAACTTAAAATTAAATTTGAGATTATAAAA-ATATTTCA-AGCGAGTAA
253 A-ATA-AAAACAAATTAAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACA-ATTT-ATAGCGAGTAA
* * * * * * *
10305 TAAGCCTTTTGATGAAATAGGCAACTATAAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTT
314 TAAGCCTTTTGAAGAAATAGGCAACAAT-AAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGCTTTTCTCTT
* * *
10369 CATGTTTCTCAAGGTATTA-TTTCAATTATAGTCTATTTTAA
378 CATGTTTCTCAAGGTA-GAGATTCAATTATAATCTATTTTAA
10410 TGAAAAATGT
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 58, Indels: 28
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
443 6 0.02
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447 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (444 bp):
AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTCTACACGTTTGTTAAGGTAAACATTCAATTATA
ATATGTTTTAAAAAAAATAAAAAGAAATTCAACTTAAATAAAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTATTGCAAATAAATG
CATTTTTCTACACTTTTCTCAACGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATAAAAA
CAAATTAAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACAATTTATAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA
AGAAATAGGCAACAATAAATGGACTGTTCATCCCAATGAATGCTTTTCTCTTCATGTTTCTCAAG
GTAGAGATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAATAAGGGTGACTATG
Found at i:11300 original size:684 final size:674
Alignment explanation
Indices: 9985--12512 Score: 2616
Period size: 684 Copynumber: 3.7 Consensus size: 674
9975 TAATAAGGGT
* * * * ** *
9985 GACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAATGTAAATATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAA-ATTC
* * *
10050 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAG-TAAAAAAAATAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * * *
10114 AACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGGTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGATTTTTCTTGCC
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
*
10179 AATGAATGCTTTTTTCCTCATG-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAA
195 AATGAATG-TTTTTT-CTCATGTTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAA
* * ** *
10243 AATATAGAAAAAAATAAACTTAAAATTAAATT-TGAGATTATAAAAATATTTCAAGCGAGTAATA
257 AATAT--AAAAAATTCAACTTAAAATT-AATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAATA
* * * *
10307 AGCCTTTTGATGAAATAGGCA-ACTATAAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTC
318 AGCCTTTTAAAGGAAT-GGAAGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGCTTTTTTCTTC
* * ** *
10370 ATGTTTCTCAAGGTATTATTTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTT
380 ACGTTTCT-GAGGTAACA-TTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAACTT
* * *
10435 AAAATCATTTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACAGTTTTG-AAGAAATGGGTG
443 AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGC-GTTTTGAAAG-AAT-GGAG
* * * * * *
10499 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATGTTGTTTTCTTCACA--TTTCAACGTAGATATTCA
505 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-AGTTTT-TTTACATTTTTCATCGTAGACATTCA
10562 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTGAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
568 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGT-AAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
10627 AAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAGTGGGA
632 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
* * * *
10670 GACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAAGGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAA-ATTC
* * *
10735 AATTATTATTTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
10799 AAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAGTAGACTTTTCTT-
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * ** * *
10863 CTGAATAAATGTGTTTGTCTACATGTTTTCTGAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTATTGA
193 C-CAATGAATGT-TTTTTCT-CATGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGA
* *
10928 AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAACGTGAGTAACAA
255 AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-GTGAGTAATAA
* * * * *
10993 G-GTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGGC-TTTTTCTACAC
319 GCCTTTTAAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCAC
* * *
11056 GTTTGCTGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATTTAAAGA-AATTCAACTT-
382 GTTT-CTGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAA-ACAATTCAACTTA
* * * *
11119 AAATACAATTATGAGATTATAAAGCTATTT-AAGACTAGTAATATGCCTTTTGAAAGAATAGGAG
444 AAAT-CAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CGAGTAATA-GCGTTTTGAAAGAAT-GGAG
* * *
11183 ATTATAAATGGACTTTTATT-CCAAATAAATGAGTTTTTTTACATGTTTCTCATCGTAGACATTC
505 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGAGTTTTTTTACAT-TTT-TCATCGTAGACATTC
* *
11247 AATTATAATCTGTTTTAAGC-AAAAAA-TAAAAACAGATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
567 AATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
*
11310 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
631 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
* ** * * * *
11354 GACAATAAATGGACTGCTCGTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT-TTGATGTAGAGATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA-AAATTC
* * *
11418 AATTATAATCTGTTTTAACCACAAAA-GTTAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTTATATTA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTT-AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * *
11482 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * *
11547 ACCAATGAAT-TTTTTTCTTCA-CTTTTCTTAACGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACT-
192 ACCAATGAATGTTTTTTC-TCATGTTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TG
* * *
11609 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
254 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAAT
* * * *
11674 AAGCCTTTTAAAGGAAT-GAATGTCTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTC
317 AAGCCTTTTAAAGGAATGGAA-GACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGCTTTTTTCTTC
* * *
11738 ACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACCT
380 ACGTTTC-TGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAACTT
* * * *
11803 AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGAATGG
443 AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AGCGTTTTGAAAGAATGGA-GA
* ** *
11868 CTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTTTTAAT-GTAGACATTCA
506 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTT-TT-ACA-TTTTTCATCGTAGACATTCA
* *
11932 ATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAGTCAATTTTGAGATTATA
568 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * *
11997 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGA
633 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
* * *
12039 -AGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTGATGTTTCTC-AGGGTGAAAAT
1 GA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGT-AAAAT
** * ** *
12102 TCAATTATTGTCTGTTTTAACGAAAAATGTTCGAAAAATTAATATTAAAATCAATTTTGAGATTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTA
** * * * *
12167 TAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * ** *
12232 TCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTTTTAAGGGACAA-ATTCAATTGCAGTATGTTTTAATG
192 ACCAATGAATG-TTTTTTC-TCATGTTTTCTAAGGTA-AACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
* * ** * * ** *
12296 AAAAATGTTAAACAATGAAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAAT
254 AAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAAT
** * * *
12361 AAG-GGTTTAGAA-AATATAGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCT
317 AAGCCTTTTA-AAGGA-AT-GGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGCTTTTTTCT
** * ** * * * * * *
12423 TCATTTTTCTTAACATGGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAAATTG
378 TCACGTTTC-TGAGGT-AACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-GAAAAA-T-ATAAAACAATTC
**
12488 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
438 AACTTAAAATCAATTAGGAGATTAT
12513 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1544, Mismatches: 229, Indels: 135
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
681 5 0.00
682 48 0.03
683 108 0.07
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685 369 0.24
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688 20 0.01
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690 31 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (674 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAAATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
ATGAATGTTTTTTCTCATGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATA
TAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAATAAGCCTTTT
AAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTGAG
GTAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGG
AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGCGTTTTGAAAGAATGGAGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGAGTTTTTTTACATTTTTCATCGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
TAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
Found at i:13216 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 12872--13285 Score: 518
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 173
12862 NNNNNNNNNN
* * *
12872 AAAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTTAAAGTGAGT
1 AAAAAA-GTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGT
* *
12936 AAT-AAGCCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAGTGAATGTTTTTTTC
64 AATAAAGCCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGTTTTTTTC
* *
13000 TTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAGTTATAATCTTTTTTAACC
129 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATCTTTTTTAACC
* * *
13045 AAAAAAGTGAAAA-AAATTTGAACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAAT
1 AAAAAAGT-AAAACAAA-TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
13109 AATAAAG-GTTTTGAAGGAGTGGGA-GACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGTTTTTTT
64 AATAAAGCCTTTTAAAGGAAT-AGATGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGTTTTTTT
* * *
13172 CTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTAGT-AT-TTGTTTTAACC
128 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTA-TAATCTT-TTTTAACC
* * * *
13218 AAAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAAAGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
13283 TAA
66 TAA
13286 GGCTTNNNNN
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 25, Indels: 17
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 54 0.26
173 118 0.57
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
AAAAAAGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
TAAAGCCTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTT
CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATCTTTTTTAACC
Found at i:14126 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13828--14691 Score: 688
Period size: 173 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
13818 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
13828 TAAAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACATTTCGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
13893 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AATGTAGAGATTCAATTGTAATATGTTTTAACT
66 GCCAATGAAT-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGT-TAGACATTCAATTGT-ATCTGTTTTAACT
*
13957 AAAAAAGTAAAACAAAATTGAGCTCAAAATCAATTTTGAGATTA
128 AAAAAAGTAAAA-AAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
14001 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTT-AATGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
14065 TGCTAATGAATACTTTTTTTTTCATGTTTCTCTAGTTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAA-T
65 TGCCAATGAAT-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGTTAGACATTCAATTGTA-TCTGTTTTAACT
* *
14129 ------G----AAAAA-T--A-T-AAAATTAA-TTAGCAGATTA
128 AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTG-AGATTA
* * * *
14157 TTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGG-TTTTAAAGCAATTA-GTGACTATAAATGGACTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
14220 TTGCCAGTGAATGTTATTTTCTTCACGTTTCT-TAATGTAGACATTCAATTATTATCGGTTTTAA
64 TTGCCAATGAATCTT-TTTTCTTCATGTTTCTCTAGT-TAGACATTCAATT-GTATCTGTTTTAA
* * *
14284 CCAAAAAAGTAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTA
126 CTAAAAAAGTAAAA-AAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
14330 TAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAGTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
14395 GCAAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTATCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCA
66 GCCAATGAAT-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGTTAGACATTCAATT-GTATCTGTTTTAACTA
* *
14460 AAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
129 AAAAAGTAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTA
* ** * * * * *
14502 TAAAACCGTTTAAAGCGAGCGATTAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAGTAGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * ** * * *
14567 -CTTAATAAATGTGTTTGTT-TACACGTTT-TCTGAGGCA-AGCAATGAATTATAGTCTGTTTTA
66 GC-CAATGAATCT-TTT-TTCTTCATGTTTCTCT-AGTTAGA-CATTCAATTGTA-TCTGTTTTA
* * * *
14628 A-TGAAAAATGT--AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTGTGAGATTT
125 ACT-AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTA
*
14672 TAAAACCATTTAAAGTGAGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGT
14692 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 85, Indels: 81
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
155 8 0.01
156 109 0.19
157 8 0.01
160 1 0.00
161 4 0.01
162 1 0.00
163 1 0.00
166 1 0.00
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171 8 0.01
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174 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGTTAGACATTCAATTGTATCTGTTTTAACTAAA
AAAGTAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTA
Found at i:14281 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 13995--14283 Score: 372
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
13985 ATCAATTTTG
* * *
13995 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAATGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGCAATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
14060 TTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTTTTCATGTTTCTCTAGTTACACATTCAATTGTAGTCTGTTT
66 TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCTAATTACACATTCAATTGTAGTCGGTTT
14125 TAATGAAAAATATAAAATTAATTAGC
131 TAATGAAAAATATAAAATTAATTAGC
* *
14151 AGATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-CGGTTTTAAAGCAATTA-GTGACTATAAATGGA
1 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGC-CTTTTAAAGCAA-TAGGTGACTATAAATGGA
* * * *
14214 CTTTTCTTGCCAGTGAAT-GTTATTTTCTTCACGTTTCT-TAATGTAGACATTCAATTATTA-TC
64 CTTTTCTTGCCAATGAATACTT-TTTTCTTCACGTTTCTCTAAT-TACACATTCAATT-GTAGTC
14276 GGTTTTAA
126 GGTTTTAA
14284 CCAAAAAAGT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 14, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 6 0.05
156 104 0.91
157 4 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (156 bp):
AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGCAATAGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCTAATTACACATTCAATTGTAGTCGGTTT
TAATGAAAAATATAAAATTAATTAGC
Found at i:14439 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 13830--14470 Score: 840
Period size: 329 Copynumber: 1.9 Consensus size: 329
13820 NNNNNNNNTA
* * * *
13830 AAACAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACATTTCGTGC
1 AAACAATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGCAATGAGTGACAATAAATGGACATTTCGTGC
* * * * *
13895 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAGATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAA
66 CAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATAGGTTTTAACCAAA
* * * *
13960 AAAGTAAAACAAAATTGAGCTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
131 AAAGTAAAACAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATA
* * *
14025 AGCCTTTTAATGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTTTTCAT
196 AGCCTTTTAATGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCTTCAT
* * * * * **
14090 GTTTCTCTAGTTACACATTCAATT-GTAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAATTAATTAGCAGA
261 ATTTATCAAGGTAAACATTCAATTAGTA-TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAATTAATTAGCAGA
14154 TTATT
325 TTATT
* * * * * *
14159 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGG-TTTTAAAGCAATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAACAATTTAAAGCGAGCAATAA-GGCTTTTAAAGCAATGAGTGACAATAAATGGACATTTCGTG
* * * *
14223 CCAGTGAATG-TTATTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATTATCGGTTTTAACCA
65 CCAATGAATGCTT-TTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATAGGTTTTAACCA
* *
14287 AAAAAGTAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATATAAAGCGAGTAA
129 AAAAAGTAAAACAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAA
** * * *
14352 TAAGGGTTTTGAA-GGAGTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTT
194 TAAGCCTTTT-AATGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCTT
* *
14416 CATATTTATCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
258 CATATTTATCAAGGTAAACATTCAATTAGTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
14471 AAAATTGAAC
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 42, Indels: 8
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.01
329 258 0.97
330 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
AAACAATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGCAATGAGTGACAATAAATGGACATTTCGTGC
CAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATAGGTTTTAACCAAA
AAAGTAAAACAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATA
AGCCTTTTAATGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCTTCAT
ATTTATCAAGGTAAACATTCAATTAGTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAATTAATTAGCAGAT
TATT
Found at i:14625 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 14151--14686 Score: 496
Period size: 172 Copynumber: 3.1 Consensus size: 172
14141 ATTAATTAGC
* * * * * * * *
14151 AGATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGG-TTTTAAAGCAATTAGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAA-GGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * * * *
14215 TTTTCTTGCCAGTGAATG-TTATTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATTATCGGT
65 TTTTCTTGCAAATAAATGCTT-TTTTCTACACATTTATCAAGGCAAACAATCAATTATTATCTGT
*
14279 TTTAACCAAAAAAGTAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
129 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * ** *
14324 AGGTTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAGTGGGAGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACT
* * * * *
14389 TTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTATCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTT
66 TTTCTTGCAAATAAATGCTTTTTTCTACACATTTATCAAGGCAAACAATCAATTATTATCTGTTT
14454 TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
131 TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
* * * *
14496 AGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCGATTAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAGTAGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACT
* * * * *
14561 TTTCTT-CTTAATAAATG-TGTTTGTT-TACACGTTT-TCTGAGGCAAGCAATGAATTA-TAGTC
66 TTTCTTGC-AAATAAATGCT-TTT-TTCTACACATTTATC-AAGGCAAACAATCAATTATTA-TC
** * * *
14621 TGTTTTAATGAAAAATGT--AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTGTG
126 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
*
14666 AGATTTTAAAACCATTTAAAG
1 AGATTATAAAACCATTTAAAG
14687 TGAGTNNNNN
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 49, Indels: 17
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 43 0.14
171 6 0.02
172 133 0.43
173 123 0.40
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCAAATAAATGCTTTTTTCTACACATTTATCAAGGCAAACAATCAATTATTATCTGTTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
Found at i:16172 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15345--16277 Score: 641
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
15335 CTCAACATGC
* * * * * * * * * *
15345 ACATTCAATTGTAGTCTATTTTAACTAAAAATG-TATGACAATTCAATTTAAAATTAGTTATAAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTTA-AAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * ** * * * * *
15409 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGCCTTTT-AAAGTAATAGATGA-TGATAGATGAATT
64 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAG-AATGGGTGACT-ATAAATGGACT
* * * *
15472 TTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAC
127 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAA
* * * * * *
15516 ACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAGAACAATTGAA-TAAAAAATCAATTATCA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTTA-AAAAATTGAACT-TAAAATCAATTTTGA
* * ********** *
15579 GATTAT-TAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATGAATGGACT
63 GATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
15643 TTTCTTTCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAA--TANNN
127 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTA--A
******* * * *** *
15687 NNNNNNNATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAACTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--TAAAAA-TGTTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA
*
15752 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTG-AAGAAATGGGAGACTATAAATGGACT
63 GATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACT
********** *
15816 TTTCTTGCCANNNNNNNNNNTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
127 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAA
* * * *
15860 ACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAATTGCTAGAAAAATT-AATATTAAAATCAATTTTC
1 ACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTTA-AAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTTTG
** * * *
15923 AGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATAGACT
62 AGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* *
15988 TTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAC
127 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAA
** * * **
16032 ACATTCAATTGCAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
16097 TTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGA-TTTC
65 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-
* * * *
16161 TCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTT-AACGTAG
129 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAA
* * * *
16203 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGT--TAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA
16268 GATTATAAAA
63 GATTATAAAA
16278 CTATNNNNNN
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 146, Indels: 54
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 8 0.01
171 276 0.47
172 151 0.26
173 140 0.24
174 9 0.02
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
TATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAA
Found at i:17411 original size:173 final size:162
Alignment explanation
Indices: 17198--17536 Score: 383
Period size: 173 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
17188 TAAAACCATT
* * * * *
17198 TAAAGGGAGTAATAACGGTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAGTGAAT
1 TAAAGTGAGTAATAACGGTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAAT
* * * *
17263 GT-TTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATTCAGTTATAATTTGTTTTAACCAAAAAAGAAA
66 -TCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAGTTATAATTCGTTTTAACCAAAAAAGAAA
*
17327 AAAAAATTTGAACTTTAAATCAATTTTGAGATTA
130 AAAAAA-TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
17361 TAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAGTGGGAGACTATAAATAGACTTTTTTT
1 TAAA----------GTGAGTAATAACGGTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTGTT
* * * *
17426 GCCAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCATTTATTATTCGTTTTAATCA
56 GCCAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAGTTATAATTCGTTTTAACCA
* * *
17491 AAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
121 AAAAAGAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
17533 TAAA
1 TAAA
17537 ATCGTTTAAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 20, Indels: 13
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 4 0.03
172 31 0.21
173 110 0.76
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
TAAAGTGAGTAATAACGGTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAAT
TCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAGTTATAATTCGTTTTAACCAAAAAAGAAAA
AAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
Found at i:18707 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 17975--20067 Score: 1274
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 172
17965 NNNNNNNNNN
* * * * *
17975 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACATTTT-GTGCCAATGAATGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
** * * * *
18039 TTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAGATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-GTAAAACAAAA
65 TTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAA-AAAA
* *
18103 TTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTG
129 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCG
* * * * * * *
18147 AGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
* * * *
18212 TCTTCATGTTTCTTGA-GTTACACATTCAATT-GTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAATAA
66 TCTTCATGTTTCTTGATG-TAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAA
* * * * *
18274 TTCAACTTAAATTCAA-TTAGCAGATTATTAAACCATTTAAAGCG
129 TTGAACTTAAAATCAATTTTG-AGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* ** * * * *
18318 AGTAATAACGG-TTTTGAAGCAATTAGCGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAGTGAATG-TTAT
1 AGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-T
* * * * * * *
18381 TTTCTTCACGTTTCTTAATATAGACATTCAATTATTATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAACAA
64 TTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAA-AA
* *
18446 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAA-CTATTTAGAGCG
128 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCG
* * * **
18491 AGTAATAAGGGTTTTGAAGGAGTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
* * * * * *
18556 TCTTCATATTTATCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
66 TCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATT
*
18621 GAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
131 GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* * * *** * *
18663 AGCAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTAGACTTTTCTTTTGAATAAAT-ATGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTT
* * * * * * * *
18727 GTCTACACGTTT-TCTGAAGCAGACATTTAATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAAAA--TATAAAAA
65 TTCTTCATGTTTCT-TGATGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
18788 ATTCAACTCAAAATCAATTGTGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTG
128 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* * * * * *
18833 AGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGAGAGAGC-ATAAATAGAGTTTTCTTGCCTATGAATGAC-TT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA-CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT
* * * * * * * * *
18896 TTTCTACACGTTTGTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAGAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAA
* * * * * *
18960 TTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAAGCCATTTACAGCT
129 TTGAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* *** * * * **
19004 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAACAGACTATAGAA-GGACTTTTATT-CCAAATAAATGAGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATA-AATAGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCTTT
* * * * * *
19067 TTTCTACATGTTTC-TCATCGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAAATG-ATAACA
64 TTTCTTCATGTTTCTTGAT-GTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CGAAAAATGTAAAAAA
* ********** *
19130 GATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGTG
127 AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* * ** *
19176 AGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGTATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
* * * * * * *
19241 TCTTTACGTTT-TTAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAA--
66 TCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATT
********** *
19303 -AACTTAAAATCAATTTTGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCA
131 GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* *
19344 AGTAATAAAGG-TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCGATGAATGCTTTT
1 AGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* * * * * * ** *
19408 TTCTTCATGTTCCTTGATGTA-ACTTTCAATTATTGTTTGTTTTAATGAAAAATATAGGAGAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAAT
* *
19472 TAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTG
130 TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCG
******************* * **
19515 AGTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-ACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAAAACTTTT
1 AGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* ** * * * * * *
19579 TTCTTCACGTTTCTCAAGGTATACATTAAATTA-TAGTATGTTTTAATGAAAAATGT-AAAACAA
65 TTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAA
* ********** ** *
19642 TTCAACTNNNNNNNNNNTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
129 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* * * * * **********
19686 AGTAATAACAG-TTTTCAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTNNNNNNNNNNAATG-TTGT
1 AGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-T
* * *
19749 TTTCTTCACGTTTCTT-ATCGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTCAAAAA-GTAAAAAA
64 TTTCTTCATGTTTCTTGAT-GTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-GAAAAATGT---AAA
********** *
19812 AAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGANNNNNNNNNNCCATTTAAAGCG
124 AAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* * *
19861 AGTAATAAGAG-TTTTGAAGGAGTGGGAAACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
1 AGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* * * * * **********
19925 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCANNNNNNNNNNAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * * *
19990 TAAACTTAAAATAAATTTTGAAATTACAAAACCGTTTAAAGCG
130 TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
* *
20033 AGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAA
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAA
20068 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1462, Mismatches: 393, Indels: 132
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 131 0.09
169 10 0.01
170 159 0.11
171 471 0.32
172 430 0.29
173 142 0.10
174 7 0.00
175 109 0.07
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
TCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATT
GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
Found at i:19198 original size:513 final size:516
Alignment explanation
Indices: 18063--19158 Score: 1186
Period size: 516 Copynumber: 2.1 Consensus size: 516
18053 CAATGTAGAG
* * *
18063 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-GTAAAACAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * * * * * * *
18127 TTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTAGACTTT
* * * * * * * * *
18191 TCTTGCT-AATGAATGCT-TTTTTCTTCATG-TTTCTTG-AGTTACACATTCAATTGTAGTCTGT
129 TCTT-TTGAATAAAT-ATGTTTGTCTACACGTTTTC-TGAAG-CAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * *
18252 TTTAATGAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAATTCAATTAGCAGATTATTAAACCATTTAAAGC
190 TTTAATGAAAAATATAAAATAATTCAACTCAAAATCAATTAGCAGATTATTAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
18317 GAGTAATAACGGTTTTGAAGCAATTAGCGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAGTGAATGTTATT
255 GAGTAACAACGGTTTTAAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAGTGAATGCTATT
* * *
18382 TTCTTCACGTTTCTTAATATAGACATTCAATTATTATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAACAAA
320 TTCTACACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAACAAA
* * * * * * *
18447 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGA
385 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
* *** * ** * ** * *
18512 GTGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTATCGAGGTAA
450 ATAACAGACTATAAATGGACTTTTATTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACATATTTATCGACGTAA
18577 AC
515 AC
* * *
18579 ATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* *
18644 TATAAAACCTTTTAAAGCGAGCAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTAGACTTTTC
66 TATAAAACCTTTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTAGACTTTTC
*
18709 TTTTGAATAAATATGTTTGTCTACACGTTTTCTGAAGCAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAAT
131 TTTTGAATAAATATGTTTGTCTACACGTTTTCTGAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
* *
18774 GAAAAATATAAAA-AATTCAACTCAAAATCAATT-GTGAGATT-TTAAAACCATTTAAAGTGAGT
196 GAAAAATATAAAATAATTCAACTCAAAATCAATTAG-CAGATTATT-AAACCATTTAAAGCGAGT
**
18836 AACAA-GGCTTTTAAAGAAATGAGAGAGC-ATAAATAGAGTTTTCTTGCCTA-TGAATGACT-TT
259 AACAACGG-TTTTAAAGAAATGAGAGA-CTATAAATAGACATTTCTTGCC-AGTGAATG-CTATT
* * * * * * ** * *
18897 TTCTACACGTTTGTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAA-TATAAAGAAA
320 TTCTACACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAACAAA
* *
18960 TTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAAGCCATTTACAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
385 TTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* *
19024 AATAACAGACTATAGAA-GGACTTTTATTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACATGTTTCTC-ATCG
449 AATAACAGACTATA-AATGGACTTTTATTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACATATTTATCGA-CG
*
19087 TAGAC
512 TAAAC
* * *
19092 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAAATG-ATAACAGATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
19156 TTA
65 TTA
19159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 81, Indels: 35
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 5 0.01
513 158 0.33
514 20 0.04
515 122 0.25
516 164 0.34
517 14 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (516 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
TATAAAACCTTTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAGTAGACTTTTC
TTTTGAATAAATATGTTTGTCTACACGTTTTCTGAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
GAAAAATATAAAATAATTCAACTCAAAATCAATTAGCAGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAA
CAACGGTTTTAAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAGTGAATGCTATTTTCTAC
ACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAACAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAACA
GACTATAAATGGACTTTTATTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACATATTTATCGACGTAAAC
Found at i:19438 original size:168 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19182--19501 Score: 319
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
19172 AGTGAGAAAT
* ** * *
19182 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGTATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
*
19247 CGTTTTTAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA-AGTA-A-AAAAAAAACTT
66 CGTTCTTAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATA-TAGAGAAAAAAAACTT
19308 AAAATCAATTTTGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCAAGTAATA
129 AAAATCAATTTTGAGATTA----------TAAAGCAAGTAATA
* *
19351 AAGG-TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCGATGAATGCTTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
* * * * ** * **
19415 TGTTCCTTGATGTA-ACTTTCAATTATTGTTTGTTTTAATGAAAAATATAGGAGAAATTAAACTT
66 CGTT-CTTAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATA-GAGAAAAAAAACTT
19479 AAAATCAATTTTGAGATTATAAA
129 AAAATCAATTTTGAGATTATAAA
19502 ACTATTTAAA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 17, Indels: 20
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.03
167 1 0.01
168 83 0.65
169 11 0.09
170 1 0.01
171 28 0.22
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
CGTTCTTAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAGAGAAAAAAAACTTAA
AATCAATTTTGAGATTATAAAGCAAGTAATA
Found at i:21203 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20339--21228 Score: 404
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
20329 NNNNNNNNNN
* * * * * *
20339 AGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATAGGA-GATTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATA-GATAATGATAAATGGAC
* * * * ** * * * * * *
20403 TTTTCTTGTC-AATGAATGGC-TTTTTCTCCACGTTTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATG
65 TTTTCTT-ACAAATGAAT-ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTACACATTCAATTGTAGTCTA
** *
20466 TTTTAATGAAAAATATAAAGA-AATTCAACTTAAATAT-AATTATG
128 TTTTAACAAAAAATGTAAA-ACAATTCAACTTAAA-ATCAATTATG
* * * * * *********
20510 AGATTATAAAGCCATTT-AAGCTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATANNNNNNNNNNAAA-GGA
1 AGATTATAAAACGATTTAAAG-TGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATA-GATAATGATAAATGGA
* * * *** * * * * * * *
20573 CTTTTATTCCAAATAAATGGATTTTTCTACACTTTTCTCATCGTAGACATTCAATTATAATCTGT
64 CTTTTCTTACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTACACATTCAATTGTAGTCTAT
* *
20638 TTTAAGCAAAAAA-G-AAAAGCAGATTGAACTTAAAATCAATTTTG
129 TTTAA-CAAAAAATGTAAAA-CA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ********** * * * * **
20682 AGATAATAAAACAATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGATAATGATAAATGGACT
* * * * ** * * * * * * * * *
20747 GTTCGTGCTAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTGTTAAAGTAGAGATTCAATTATAATCTGTTT
66 TTTCTTACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTACACATTCAATTGTAGTCTATTT
* * * *
20812 TAACTAAAAAA-GTAAAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTTTG
131 TAAC-AAAAAATGT--AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *********** * *
20855 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNAATGAGAGACT-ATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAAT-AGATAATGATAAATGGAC
* * *
20919 TTTTCTTACTAATGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTACACATTCAATTGTAGTCTGTT
65 TTTTCTTACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTACACATTCAATTGTAGTCTATT
* ********** * *
20984 TTAACCAAAAATGTAAAACANNNNNNNNNNAAATTAGTTATG
130 TTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
21026 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGATAATGATAAATGGAT
1 AGATTATAAAA-CGATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGATAATGATAAATGGAC
* * *
21090 TTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTTACACATTCAATTGTAGTCTAT
65 TTTTCTTACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAACG-TACACATTCAATTGTAGTCTAT
*
21154 TTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-G
129 TTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* *
21196 CAGATTATTAAACGATTTAAAGTGGGTAATAAG
1 -AGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAG
21229 GGTTTTGAAA
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 167, Indels: 44
0.72 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.03
171 268 0.51
172 123 0.23
173 116 0.22
174 2 0.00
175 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGATAATGATAAATGGACT
TTTCTTACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTACACATTCAATTGTAGTCTATTT
TAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
Found at i:21355 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 21090--21420 Score: 308
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
21080 ATAAATGGAT
* * * * *
21090 TTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGTTACACATTCAATTGTAGTCTATT
1 TTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAATTAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * * *
21155 TTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGCAGATTATTAAACGATTTAAAGTG
66 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAAATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
21220 GGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGAC
131 AGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGAC
* * **
21250 NNNNNNNNNNTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT-TTTAATATAAACATTCAAT
1 ----------TTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAT-TAAACATTCAAT
* * * **
21314 TATAATGTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTTTAAAATTATAAA
55 TATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAAATTATAAA
* *
21377 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGAGAC
118 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGAC
21420 T
1 T
21421 AT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 24, Indels: 16
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 3 0.02
170 116 0.87
171 14 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
TTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAATTAAACATTCAATTATAATCTATT
TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAAATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTGAC
Done.