Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399555.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2810.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16720
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 3160 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:855 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5--986 Score: 857
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
1 ATGG
* * * * * *
5 ACTTTTCTTGCTAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTACAATATG
1 ACTTTTCTTTCAAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * * *
70 TTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAG
66 TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
* *** * **
135 CGAGTAATAATATTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGG
130 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAC
* * * * *
176 ACTTTTCTTGT-GAATGAATACTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGC-AGACATTCAATTATAGT
1 ACTTTTCTT-TCAAATAAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCTAGACATTCAATTATAGT
* * * * * * *
239 CTGTTTTAAACAAAAATATTAAAAAAACTGAACATAAAATCATTTTTGAG-ATAATAAAATCATT
63 CTGTTTT-AACAAAAAT-GTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAACCATT
*
303 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC
125 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT--AC
* * *
351 A-TTTT-TTGTC-AATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGT-T
1 ACTTTTCTT-TCAAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * *
411 CATCTTAACCAAAATGTAAAAAAAATTAAGCATAAAATCAATTTTGAG-ATAATAAAACCATTTA
65 -GTTTTAACAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAACCATTTA
* * * *
475 AAATGAGCAATAACGCTTTTCAAGGAAT-AGGAGACTATAAATTA-
127 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAA-TAC
* * * * * *
519 ATTTTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTAGATG-TAGA-ATTCAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTTCAAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
582 GTTTT-A-AAAAA-GTAAAAAAAATTAAACTTAGAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAA
65 GTTTTAACAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
* * * * *
644 GTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGATTATAAATAC
129 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAC
* * * * * * **
686 ACTTTTCTTCCAAATAAATTCATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAGACAATCAATTATTGTCCA
1 ACTTTTCTTTCAAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * ** * **
751 TTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAAAGATGAGAATATAACATTATTTAAAG
66 TTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
* * * *
816 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATAG
130 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAC
* ** * * *
857 ACTTTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCGAGACT-GAGATTCAATTATAGTC
1 AC-TTTTCTTTCAAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG-CTAGACATTCAATTATAGTC
* * * *
921 TGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
64 TGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAA
985 AG
128 AG
987 CATGTAATAG
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 118, Indels: 64
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 113 0.17
168 22 0.03
169 11 0.02
170 110 0.17
171 197 0.30
172 111 0.17
173 89 0.13
174 4 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACTTTTCTTTCAAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTG
TTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAC
Found at i:3930 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3132--5599 Score: 1861
Period size: 170 Copynumber: 14.5 Consensus size: 171
3122 TGATTGCCTT
* * * * ** * *
3132 GAGAAACATGTAAAAAAACCCATTTATTTGA-AA-AAAAATTTATTTATAGTCTTCCATTCTTTC
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* ** ********** * *
3195 AAAAGCCTCATTACTTACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAATTGACTTTTTT
66 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
3260 ACATTTTTTATTAAAACAGAC-AGTAATTTAAT-ACATGCCTC
131 ACATTTTTCATTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTC-TACCTC
* * * * * * ** *
3301 AAAAAACGTGTAGAAAAACTTAGTTATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTT
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * ********* *
3365 AAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTNNNNNNNNNNTTCAATTTTT
66 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * *
3429 TTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTACAATTGAATTTTTACCTC
129 TTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** * * ** * * ** *
3472 -ACGACAA-ATAG-AGAGAAAGGCATTCA-TTGATATCAAAAGTCTATTTATAATCTTTCATTCG
1 GA-GA-AACGT-GTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
* * * *
3533 TTTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTCAAGTTG-ATTT
63 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** *
3597 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCGGCTTC
128 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
3641 AAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTTTTTGACAAGAAAAGTCCA-TT-T-GTCACCTATTCCTTC
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * *
3703 AAAAGCCTTATTACTCACCTTAAGTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
66 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
3768 ACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGGCTACCTC
131 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** *
3809 GAGAAACGTG-AGAAAAACCCATTTATTTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCCTC
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * *
3873 AAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTT
66 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
3938 ACATTTTTTATTCAAACAGACTGTAATTGAATGCCTGCCTC
131 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * *
3979 GAGAAACATGTAGAAAAACTTAGTTATTT-AGAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCTCATTCTTT
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTT
* * * * * *
4042 CCAAAGTCC-TATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTCAAGTTGTATTTT
65 CAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
4106 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATATCGACCTC
129 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * **
4149 GAGAAACGTGTAG-AAAATTCATTTATTT-AGCAA-AAATGGTTCATTTATAGTAACCCATTCCT
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGA-CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCT
* ** *
4211 TCAAAAGCCTTACTACTTTCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
64 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * **
4276 TTATATTTTTCGTTAAAACTGACAATAATTGACTAG-CTGTCTC
129 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTACCTC
* * * * * * *
4319 GGGAAACATGTAGAAACACCCATTTATTT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCTTTC
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * * *
4383 GAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTT
66 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
4448 ATATATTTT--TTAAAATAGACTGTAATTTAAT-ACGTGCCTT
131 ACAT-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTC
* * * * *
4488 GGGAAATGTGTAGAAAAACTTAGTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * * *
4552 AAAAGTAC-TATTGCTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTT
66 AAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** * * * *
4616 TTTATTTTTCCTTTAAACATACTATAATTGAATGT-TGGCCTC
130 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTC
* * * * * * *
4658 GAGAAATGTGTAAAAAAAATCATTGATTTGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTC
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * *
4722 AAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAATTATT
66 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT-TT
** * * *
4787 TTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTA-ACATTGATTGTTTACCTC
129 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * * * * * *
4830 AAGAAACGTGAAGACAAA-TAAATTCATTTG-GAAGAAAAGTCTAGTTATAATCACCTATTCCTT
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACT-CATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTT
* * * * * *
4893 TAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGT
65 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-T
* * * * * ** *
4958 TTTACTTTTTTGACTAAAACATATTATAATTGAACATCTACGTC
128 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * * * * *
5002 TAGAAACTTGAAGAAAAAGGT-ATTCATTAGA-AAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCTATTCTTT
1 GAGAAACGTGTAGAAAAA-CTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTT
* * * * * * * * *
5065 GAAAATCGTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTG
65 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TT-
* * * * *
5130 TTTTATATTTTT-AGTTAAGACAAACTATAATTAAATGTCTACCTT
127 TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * *
5175 GAGAAACGTGAAGAAAGAA-GCATTCA-TTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCTTCCATTTCTT
1 GAGAAACGTGTAGAAA-AACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTT
* * * * * * * *
5238 CAAAAGCCTTATTACT-GACTGTAAATAGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAGTTTT
65 CAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT
* *
5302 TTTAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTC
128 TTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
**** ** ** * *
5347 GAGAAACACAAAGGAAAAAAAGCATTTA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCCTATTCCT
1 GAGAAACGTGTA-G-AAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCT
* ** * * * *
5411 TCAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGGCTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTT
64 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * *
5476 TTTACATTATTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAC
128 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** * * * * *
5520 AAGAAACGTGTGGAAAAAGGCATTTACTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTT
1 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
5584 AAAAGCCTTATTACTC
66 AAAAGCCTTATTACTC
5600 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1837, Mismatches: 396, Indels: 130
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 88 0.05
168 63 0.03
169 231 0.13
170 633 0.34
171 227 0.12
172 322 0.18
173 177 0.10
174 96 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
Found at i:5989 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5701--6012 Score: 466
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
5691 NNNNNNNNNN
* * * * *
5701 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTGTAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
5766 TTAATGCATACCTCGAGAAATGTGTAGCAAAACTCAATTATTTAGATGAAAAGTCTATTTATAGT
66 TAAATGCATACCTCGAAAAACGTATAGAAAAACTCAATTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGT
5831 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGTTTTAAATGG
131 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGTTTTAAATGG
5871 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * *
5936 TAAATG-TTGATCTCGAAAAACGTATAGAAAAAC-CTATTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATA
66 TAAATGCAT-ACCTCGAAAAACGTATAGAAAAACTC-AATTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATA
5999 GTCTCTCATTCCTT
129 GTCTCTCATTCCTT
6013 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 14, Indels: 4
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 124 0.98
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
TAAATGCATACCTCGAAAAACGTATAGAAAAACTCAATTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGTTTTAAATGG
Found at i:6946 original size:344 final size:346
Alignment explanation
Indices: 6306--7133 Score: 1077
Period size: 344 Copynumber: 2.4 Consensus size: 346
6296 NNNNNNNNNN
* * *
6306 TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAT-TTCAAAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTT-ATGTTC-AGT
* * * * * * *
6370 TCTTTT-ACTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACATCTAGAAACGTGAAG-AAA
64 TTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
6433 AAGGCATTCATT-CCAAAACAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTGAAAAGCGTTATTGCTCA
129 AAAGCATTCATTGCCAAAACAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *** * * * *
6497 CTTTAAATAATTTTATTGTCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTGTTTTATATTTTTAGTTAA
194 CTTTAAATAACTTTATAAACTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGTGTTTTACATTATTAGCTAA
* * * *
6562 GACAAACTATAATTGAATGTATACCTTCAGAAATGTGAGGAAAAAAGTATTCATTGACACGAAAT
259 GACAAACTATAATTGAATGTATACCTTCAGAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAA
6627 G-TCTATTTATAGTCTCACATTCC
324 GTTC-ATTTATAGTCTCACATTCC
* * * *
6650 TTTAAAAGCCTTATTACTGACTGTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTATGTTCAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTT
*
6715 TTTTAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAA
66 TTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-GAAAAA
* *
6780 AAGCATTCATTGGCAAAA-AAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
130 AAGCATTCATTGCCAAAACAAA-TCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
6844 CTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTGATTTTA-GATTCAA-TGT-TTTTACATTATTGGCTA
194 CTTTAAATAACTTTATAAACTCAAAATTGATTTTATG-TTCAATTGTGTTTTACATTATTAGCTA
* * * *
6906 A-ACAAATTATAATTGAATGTTTACC-TCAAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAA
258 AGACAAACTATAATTGAATGTATACCTTC-AGAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAA
*
6969 AAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCC
322 AAGTTCATTTATAGTCTCACATTCC
* *
6994 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATAGATTTTATGTTCAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTT
* * * **
7059 TTTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAACCA
66 TTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
7123 AGCATTCATTG
131 AGCATTCATTG
7134 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 53, Indels: 20
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 15 0.04
343 11 0.03
344 282 0.67
345 17 0.04
346 20 0.05
347 77 0.18
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (346 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTT
TTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
AGCATTCATTGCCAAAACAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATAACTTTATAAACTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGTGTTTTACATTATTAGCTAAGA
CAAACTATAATTGAATGTATACCTTCAGAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGT
TCATTTATAGTCTCACATTCC
Found at i:7000 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6306--7134 Score: 909
Period size: 172 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
6296 NNNNNNNNNN
* *
6306 TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAT-TTCAAAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTT-ATGTTC-AAT
* * ** * * * * *
6370 TCTTTTACTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACATCTAGAAACGTGAAGAAAAA
64 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAAA
* * * *
6435 GGCATTCATT-CCAA-AACAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCC
129 AGCATTCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
* * * ** *
6477 TTGAAAAGCGTTATTGCTCACTTTAAATAATTTTATTGTCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA-TT
* * * * * *
6542 TGTTTTATATTTTTAGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTATACCTTC-AGAAATGTGAGGAAAA
65 T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAGGAAAA
* * * * *
6606 AAGTATTCATTGACACGAAATGTCTATTTATAGTCTCACATTCC
128 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
* * * * *
6650 TTTAAAAGCCTTATTACTGACTGTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTATGTTCAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTT
* * * *
6715 TTTTAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAA
66 TTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AGG-AAAA
* * *
6780 AAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCC
128 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
* ** * * * *
6824 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAAACTCATAATTGATTTTA-GATTCAATG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATG-TTCAATT
* * * * *
6888 TTTTTACATTATTGGCT-AAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAGGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAAAA
* *
6952 GCATTTATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCC
130 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
* * *
6994 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATAGATTTTATGTTCAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTT
* * *
7059 TTTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA--AAAACC
66 TTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAA--
7122 AAGCATTCATTGA
128 AAGCATTCATTGA
7135 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 100, Indels: 31
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 107 0.20
171 73 0.13
172 176 0.32
173 89 0.16
174 97 0.18
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAAAAG
CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
Found at i:7943 original size:170 final size:159
Alignment explanation
Indices: 7758--8084 Score: 311
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
7748 ATCTCATAAT
* * * **
7758 TAATTTTAAGTTGAATCTTTTATATTTTTCATTAAAA-CATACTATAATTGAATGTTTGCCTTGG
1 TAATTTTAAGTTGAATCTTTTACATTTTTCATTAAAATCA-AATATAATTGAATGCTTGCCTCAG
* * * * *
7822 AAAACGTGTAGAAAAA-CTCATTTATTT-GCACAAAAAGTCCATTTATTGTCTCTCATT-CTTTC
65 AAAAC--ATAGAAAAATCT-ATTTATTTGGAAAAAAAAGACCATTTATAGTCTCTCATTAC-TTC
* *
7884 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATA
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * ** *
7918 NNNNNNNNNNTAATTTTATGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATGAAATATAATTGAATGC
1 ----------TAATTTTAAGTTGAATCTTTTACATTTTTCATTAAAATCAAATATAATTGAATGC
* *
7983 TTGTCTCAGAAAACATAGAAAAATCTATTTATTTGGAAAAAAAAGACTATTTATAGTCTCTCATT
56 TTGCCTCAGAAAACATAGAAAAATCTATTTATTTGGAAAAAAAAGACCATTTATAGTCTCTCATT
*
8048 ACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
121 ACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
8085 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.12
169 59 0.44
170 57 0.43
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (159 bp):
TAATTTTAAGTTGAATCTTTTACATTTTTCATTAAAATCAAATATAATTGAATGCTTGCCTCAGA
AAACATAGAAAAATCTATTTATTTGGAAAAAAAAGACCATTTATAGTCTCTCATTACTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
Found at i:11349 original size:146 final size:144
Alignment explanation
Indices: 11186--11477 Score: 392
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
11176 AGCCTTATTA
*
11186 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATCTTTTACATTTTTCATT-
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTACATTTTTCATTA
* *
11250 AAAAGATACTATAATTGACTG-CTTGCCTTGAAGAATA-TGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAG
66 AAAAG-GACTATAATTGAATGTC-TGCCTTG-AGAA-ACTGTAG-AAAACCCATTTATTTGGAAG
11313 AAAAGTTCATTTATAGTCT
126 AAAAGTTCATTTATAGTCT
* * * * * *
11332 CTCGCTTTTAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTA
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTACATTTTTCATTA
* ** *
11397 AAAAGGAGTATAATTGAATGTCTGTTTTGAGAAACGTGTAGAAAACCTATTTATTTGGAAGAAAA
66 AAAAGGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAC-TGTAGAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAA
11462 GTTCATTTATAGTCT
130 GTTCATTTATAGTCT
11477 C
1 C
11478 CCATTACTTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 13, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
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146 79 0.61
147 6 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (144 bp):
CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTACATTTTTCATTA
AAAAGGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACTGTAGAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAG
TTCATTTATAGTCT
Found at i:12325 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11332--13423 Score: 1741
Period size: 170 Copynumber: 12.3 Consensus size: 170
11322 TTTATAGTCT
* * * * *
11332 CTCGCTTTTAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * *
11397 AAA-AGGAGTATAATTGAATGTCTG-TTTTGAGAAACGTGTAGAAAACCT-ATTTATTTGGAAGA
66 AAACA-GACTATAATTGAATGTCTGCCTCT-AGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGA
* * * *
11459 AAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTACTTTAAAAGCCTTAGTA
129 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** * * * * *
11501 CTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT
* ** * * * * * * *
11566 AAAACAGACCATAATTGAATGTCTATCT-TGTGAAACGAG-AAAAAAA-GCATTCACTAGCAAGA
65 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCT-AGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGA
* * *
11628 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAATCCTTATTA
129 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * * * * *
11669 CCCATTTTAAATGGTTTTATTATCTTGA-AATTGATTTTATGTTCAGTTTTTTTAGCATTTTTGG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTA-CATTTTTTG
** * * * ** * *
11733 TTAAAACAGGTTATAATTGAATGTAT-CCCCTGAGAAACATG-AAGAAAAAAGCATTCA-TTGAA
63 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCT-AGAAACGTGTAA-AAAAACTCATTTATTTG-G
* * * * * *
11795 AAAAAAAGTCTATTTATAATTTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA
125 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
11841 CTCGCTTTAAATGGCTCTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTCAATTGCTTTT-CATTATTTGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTACATTTTTTGT
* * * * * * * * * * *
11905 TAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACTTCGACAAACGTGAAGAAAAAAGT-ATTTATTAGCAAG
64 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACGTGTA-AAAAAACTCATTTATTTGGAAG
* * * * *
11969 AAAAGTCCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGTCTTACTA
128 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * **
12012 CTCTCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCA-AATAT-AGTTTTATGTTCAATTTTTTTACATTTACTG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * ** *
12075 TTAAAACGGATTACAATTGAATGTCTACCTC-ATGACACGTAG-AGAAAAAGGCATTCA-TTGGT
63 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTA-GAAACGT-GTAAAAAAACTCATTTATTTGG-
* *
12137 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
125 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
12183 CTCG-TCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTATTACATTTTTTGTT
1 CTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTT
* * * *
12247 AAAACAGACAATAATTGATTGGT-TGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAACTCAGTTATTTCGAAGA
65 AAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGA
* * * *
12311 AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCCAAAGCCCTATTA
129 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** *
12353 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCCTAA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTA
* ** * * * *
12418 AAACAAACTATAATCAAATGTC-GATCTCAAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGA
66 AAACAGACTATAATTGAATGTCTG-CCTCTAGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTG-GAAGA
* *
12482 AAAGTCCATTTATAGTCAT-CCATTTCTTCAACAGCCTTATTA
129 AAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
12524 CTCGCCTTAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTCACATTTTTTGTT
1 CTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * * *
12588 AAAATAGACAATAATTGAGTGGCTGCCT-TGGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGA
65 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCT-AGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGA
* *
12652 AAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTA
129 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
12694 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGATTTTTTTACATTTTTTATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * * * *
12759 AAACAGACTTTAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGTAAAAAAACTCAGTTCTTTTGAAAAAA
66 AAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGAAA
*
12824 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTCTATTA
131 AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTA
* * * * **
12864 CTCGCTTTAAATGGTGTTATAATGTCATAACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * *
12929 AAACAGGCTATAATTGAATGT-TGGTCTCGAGAAACGTGT-AGAAAACTTATTTATTTGGAAGAA
66 AAACAGACTATAATTGAATGTCT-GCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGAA
* * * *
12992 AAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-ATAAATTA
130 AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTA
* * * *
13033 CTCACTTTAAATAGTTTTAT-ATTTCTGTAATT-ATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGT
* * * * * * *
13096 TAAAAAAGACTATAATTGATTGTCTACTTCGAGAAACGTG-AAGAAAAA-TGAATTCATTTGGAA
64 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACGTGTAA-AAAAACT-CATTTATTTGGAA
* * * *
13159 GAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTG
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
13203 TTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTAC-TTTTTTGAC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTG-T
* * * * ** * * *
13267 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACTTG-AAGAAAAAGACATTCATTAGAAAG
64 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACGTGTAA-AAAAACTCATTTATTTGGAAG
* ** ** * *
13331 AAAAATCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTGTAAAGCATTATTG
128 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * * *
13374 CTAACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
13424 GTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 1565, Mismatches: 299, Indels: 117
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 70 0.04
169 255 0.16
170 608 0.39
171 554 0.35
172 73 0.05
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTA
AAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAACTCATTTATTTGGAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:12754 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 11332--13410 Score: 1978
Period size: 511 Copynumber: 4.1 Consensus size: 510
11322 TTTATAGTCT
* * * * * *
11332 CTCGCTTTTAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCA-TA
* * * * * *
11397 AAAA-GGAGTATAATTGAATGTCTG-TTTTGAGAAACGTGTAGAAAACCTATTTATTTGGAAGAA
65 AAAACAGACTATAATTGAATGTC-GATCTCGAGAAACGTGTAGAAAAACTATTTATTTGCAAGAA
* * * * * * * *
11460 AAGTTCATTTATAGTCTCCCATTACTTTAAAAGCCTTAGTACTTG-TTTTAAATGGTTTTATAAT
129 AAGTCCATTTATAGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAAATAGTTTTATAAT
** * * * * *
11524 CTTGTAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCTTTGGTTAAAACAGACCATAATTGAATGTC
193 CTCATAA-TTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * *
11589 TATCTTGTGAAACGAGA-AAAAAAGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
257 TACCTTGTGAAACGTGAGAAAAAAGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * * *
11653 TTTC-AAATCCTTATTACCCATTTTAAATGGTTTTATTATCTTGA-AATTGATTTTATGTTCAG-
322 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAGA
* ** * *
11715 TTTTTTTAGCATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAAT-GTAT-CCCCTGAGAAACATG-AAG
386 TTTTTTTA-CATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGT-TGCCTCT-AGAAACGTGTAA-
** * * * * * * *
11777 AAAAAAGCA-TTCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAATTTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA
447 AAAAACTCAGTT-ATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTA
* * * * * * *
11841 CTCGCTTTAAATGGCTCTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTCAATTGCTTTT-CATTATTT-G
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATT--TTTTACATT-TTTCA
* * * * * * * * *
11904 TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTA-CTTCGACAAACGTGAAGAAAAAAGTATTTATTAGCAA
63 TAAAAACAGACTATAATTGAATGTCGATC-TCGAGAAACGTGTAG-AAAAACTATTTATTTGCAA
* * * * * * *
11968 GAAAAGTCCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCTCTTTAAAA-AGTTTTAT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAAATAGTTTTAT
* * ** * * *
12032 AATCTCA-AATATAGTTTTATGTTCAATTTTTTTACATTTACTGTTAAAACGGATTACAATTGAA
190 AATCTCATAAT-TA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
** * *
12096 TGTCTACCTCATGACACGTAGAGAAAAAGGCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
253 TGTCTACCTTGTGAAACGT-GAGAAAAAAGCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
12160 CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GTCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
316 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
12224 TT--GACTTTATTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGATTGGTTGCCTCTAGAAACGTGT
380 TTCAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGTTGCCTCTAGAAACGTGT
* * * *
12287 AAAAAAACTCAGTTATTTCGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCCAAAGCCCTATT
445 AAAAAAACTCAGTTATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
12352 A
510 A
* *
12353 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCCTAA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATAA
* ** *
12418 AAACAAACTATAATCAAATGTCGATCTCAAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGACAAGAA
66 AAACAGACTATAATTGAATGTCGATCTCGAGAAACGTGTAGAAAAACT-ATTTATTTG-CAAGAA
* *
12483 AAGTCCATTTATAGTCATCCATTTCTTCAACAGCCTTATTACTCGCCTTAAAAT-GTTTTATAAT
129 AAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
12547 CTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTCACATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAGTGGC
193 CTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * ** * **
12611 TGCCTTGGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATT
257 TACCTTGTGAAACGTG-AGAAAAAAGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* ** *
12676 CCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-T-AGA
321 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGA
* * ** *
12739 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTTTAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGTAAAAAA
386 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGTTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAA
* * *
12804 ACTCAGTTCTTTTGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTCTATTA
451 ACTCAGTTATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTA
* * * *
12864 CTCGCTTTAAATGGTGTTATAATGTCATAACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATAA
* * * *
12929 AAACAGGCTATAATTGAATGTTGGTCTCGAGAAACGTGTAG-AAAACTTATTTATTTGGAAGAAA
66 AAACAGACTATAATTGAATGTCGATCTCGAGAAACGTGTAGAAAAAC-TATTTATTTGCAAGAAA
* * * * *
12993 AGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-ATAAATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTAT-AT
130 AGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCCTTAAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
13055 TTCTGTAATTATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTGATTGTC
193 CTC-ATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * *
13120 TA-CTTCGAGAAACGTGAAGAAAAATGAATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCAT
257 TACCTT-GTGAAACGTG-AGAAAAAAGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** * *
13184 TCCTTCAAAAGCCTTATTGTTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA-
320 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAG
* * * * * *
13248 AGTTTTTTAC-TTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACATCTAGAAACTTG-AAG
385 ATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGGT-TGCCTCTAGAAACGTGTAA-
** * * ** **
13310 AAAAAGACA-TTCA-TTAGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTGTAAAGCATTATT
447 AAAAACTCAGTT-ATTTAGAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
*
13373 G
510 A
** * * *
13374 CTAACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
13411 TATGTTCAAT
Statistics
Matches: 1285, Mismatches: 237, Indels: 95
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 29 0.02
509 250 0.19
510 176 0.14
511 504 0.39
512 216 0.17
513 66 0.05
514 44 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (510 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATAA
AAACAGACTATAATTGAATGTCGATCTCGAGAAACGTGTAGAAAAACTATTTATTTGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
TTGTGAAACGTGAGAAAAAAGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGATTTTT
TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGTTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAACTCA
GTTATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTA
Found at i:14092 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13754--16717 Score: 1782
Period size: 171 Copynumber: 17.3 Consensus size: 170
13744 NNNNNNNNNN
* * * * * *
13754 AGAAATATGAAGAAAAAAAGTATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTC
1 AGAAACATGAAG-AAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTC
* * * ** * *
13818 TAAAGCATTATTACTCG--TTTCAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTT
63 AAAAGCCTTATT-GTCGCATTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
* * *
13881 TTTATATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
126 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
13926 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTTAGTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * *
13991 AAGCCTTATTGTC-CATTTCAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTCATGTTCAATTATTTT
65 AAGCCTTATTGTCGCATTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTT
* *
14055 TACATTTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTG
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * *
14098 GGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCACTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
* * * * * * * *
14162 AAAGCCTCATTAT-TCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCAAAATGGATTTTATGTTCAGTTTTTT
64 AAAGCCTTATTGTCGCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * *
14226 TAACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGGCT-GCTTCG
128 T-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-G
* * * ** * * *
14270 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTTCTCTTCCTTTAG
1 AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * ********* * *
14335 AAGCCTTATTATTCGC-TTTAAATGGCTTTATAAT-TNNNNNNNNNNTTTTAGGTTTAATTTTTT
65 AAGCCTTATT-GTCGCATTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
** * *
14398 TACATAATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
14441 AGCAACATGAAGAAAAAAGTATTTATAGGCAAGAAAAGTCTA-TT-TA-T-ACCTATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * * *
14502 AAGCCTTATT-ACGCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGATCAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTGTCGCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * * * *
14566 ATATTTTTAGCTAAAATAGATTACAATTGAATTTCTACC-TC
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
14607 ATGAAA-A-GTAGAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGCCACCAATTTCTT
1 A-GAAACATG-A-AGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTT
* ********** * *
14670 CAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTT-GACTTT
62 CAAAAGCCTTATT-GTCGCATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
* ** * *
14733 TTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTT-
126 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * * * *
14777 AGGAAACATGTGGAAAAACCCATTTATTGAG-GAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTT
1 A-GAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTT
* * ********** * * *
14840 TAAAAGCCTTATTACTC-NNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGT
62 CAAAAGCCTTATT-GTCGCATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
* * * **
14903 TTTATATTTTTTGTTAAAACATACTATAATT-AA-GTGCTTACCTCA
126 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-C-TACCTTG
* * * * *
14948 AGAAACGTGTAA-AAAAACTCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCC---TATAGTCTCCCATTCCTTC
1 AGAAACATG-AAGAAAAA-ACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
* * * ** * *
15008 AAAAGCTTTATTACTCGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGTTCTTATAATTGATTTTAA
63 AAAAGCCTTATT-GTCGC------A-----TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
* * * * *
15073 GTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAGAGACTATAATTGATTGTCTACCTTG
116 GTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
15128 AGAAACATTAAGAAAAATGA-ATTCATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTGTAATCACCCATTCCTTC
1 AGAAACATGAAGAAAAA--ACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
* ** *
15191 AAAAGCCTTATTG-CTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTTT
63 AAAAGCCTTATTGTCGCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTT
* ** * * * * * **
15255 TTTACTTTTTTGACTAAAATAGATTACAATTGAATTTTTATATCT-
126 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TG
* ** * * * * ** *
15300 AGAAACGTGAAGCAAAAGGCATTCATTAGAAAGACAAA-TTCATTTATAGTCTCCTATTTTTTGA
1 AGAAACATGAAG-AAAAAACATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
** * * ** * * *
15364 AAAGAGTTATTG-CTCACTTGAAATAATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATA-TTTATTTTTT
64 AAAGCCTTATTGTCGCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTCA-ATTTT
* *
15427 TTTACA-TTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCT-
126 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TG
* * * ** * * * *
15471 AGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCACTGATAAGAAATGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * * * *
15536 AAGCCTTATTAGTCAC-TTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTAAATCTTTTT
65 AAGCCTTATT-GTCGCATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTT
* * * * * *
15600 TACATTTGTGGTTAAGAGAAACTATAATTGAATTTCTACTTTG
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * ** *
15643 AGAAATATGAAGAAAAAAGTTTTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTC-TTTCATTCCTTTA
1 AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCA
* * * * * * *
15707 AAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGATTTTATTATCACAAAATTGATTTTATGTTCAGTGTTTT
64 AAAGCCTTATTGTCGCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTT
* * * * *
15771 TAATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCG
127 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
15815 AGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAA
1 AGAAACATGAAG-AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * * * * * * *
15879 AAGCATTATTACTCGC-TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAAGTTTTTC
65 AAGCCTTATT-GTCGCATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
** * * *
15943 ACATGATTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * *
15985 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTTGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCCTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
** * * * * *
16050 AAGCCTTATTG-CTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAATTTAATTTTAAGTTCTATTTGTTT
65 AAGCCTTATTGTCGCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
** * * *
16114 ACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
16156 TGACACATAGAA-AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGA
1 AGAAACAT-GAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* ** * * * * *
16220 AAATCCTTATTACCCGC-TTTAAATGGTTCTAAAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAA-TTTTT
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** * * * * *
16283 TACATTTTTCATTAAAACAGATTACAATTGAATGCCTATCTCG
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* * * * * * * * *
16326 AGAAACGTGTAGAAAAACCTATTTATTTGAG-AA-AACAAATTCATTTATAGTCTCCCATTTCTT
1 AGAAACATGAAGAAAAAAC-ATTCA-TTG-GCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTT
* * * **
16389 CAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCC
62 CAAAAGCCTTATT-GTCGCATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
** * * *
16452 TTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGCCTTG
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* * * * * * *
16497 -GAAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTC-TCTCATTCCTTC
1 AG-AAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTC
* * * * * * * *
16560 AAAAGCCTTATTACTTGC-TTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAA-TTTT
63 AAAAGCCTTATT-GTCGCATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * ** *
16623 TTACATTTTTTGTTAAAAC-GAAATATAATTGAATGCCTGTC-TC
127 TTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
16666 AGGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 A-GAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
16718 TCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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166 4 0.00
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AGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
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ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
Found at i:15029 original size:12 final size:12
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTTTATTACTC
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Alignment explanation
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13757 AATATGAAGA
* * * *
13767 AAAAAAGTATTCATT-AGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCTAAAGCATTATT
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* ** * *
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* * * * * * * *
13892 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGACATTTAGTGGC
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* * * * * *
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* * * * * * *
14019 TATTATCTCAAAATTGA-TTTCATGTTCAATTATTTTTACATTTTTGGTTAAGACAAACTATAAT
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* *
14083 TGAATGTCTACCT-TGGGAAACATGAAG
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* * * * * * *
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1 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * * *
14175 TCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCAAAATGGATTTT-ATGTTCAGTTTTTTTAACTTTTTTGGT
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* * * * * * * **
14239 TAAAACAGACTATAATTGAATGGCT-GCTTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAG
130 TAAAAAAGATTACAATTGAATGTCTATCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAG
* * * * * * * **
14303 AAAAG-TCTATTTAGAGTCTTCTCTTCCTTTAGAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGCTTTATA
194 AAAAGTTC-ATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
********* * * ** * *
14367 AT-TNNNNNNNNNNTTTTAGGTTTA-ATTTTTTTACATAATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
258 ATCT-CAAAATTGATTTTA-ATTTATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
* *
14430 TGTCTACCT-TAAGCAACATGAAG
321 TGTCTACCTCT-AGAAACATAAAG
* * * ** *
14453 AAAAAAGTATTTATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATA----CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * ** * *
14514 GCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGATCAA-TTTTTTTATATTTTT-AG
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTGA-
* * * * * * * *
14576 CTAAAATAGATTACAATTGAATTTCTACCTCATGAAAAGT-AGAGAAAAAGGCATTCATTGACAA
129 TTAAAAAAGATTACAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCATTGACAA
* * * * * * * *
14640 GAAAAGTCCATTTATGGCCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
193 GAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
********** * * * *
14705 ANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGA--CTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT
258 ATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * ***
14768 GCCTGCCT-TAGGAAACATGTGG
322 GTCTACCTCTA-GAAACATAAAG
** * ** * *
14790 AAAAACCCATTTATTGAGGAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
********** * * * *
14855 TCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTATA-TTTTTTG-TT
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * ** * *
14918 AAAACATACTATAATT-AA-GTGCTTACCTCAAGAAACGTGTAA-AAAAACTCATTTATTTG-GA
131 AAAAAAGATTACAATTGAATGT-C-TATCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAAGCATTCA-TTGACA
* * *
14979 AGAAAAG-TC--CTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTATTACTCGCTTT
192 AGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAG----------C-C-TTATTACTCACTTT
** * * * * * *
15041 AAAT-AGTTTTATGTTCTTATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAGA
245 AAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* *
15104 GACTATAATTGATTGTCTACCT-TGAGAAACATTAAG
308 GACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACATAAAG
* * * * * * *
15140 AAAAATGAATTCATTTG-GAAGAAAAGTCTATTTGTAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTG
1 AAAAAAGCATTCA-TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * * *
15204 CTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGAC
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * *
15269 TAAAATAGATTACAATTGAATTTTTATATCT-AGAAACGTGAAGCAAAAGGCATTCATTAGA-AA
130 TAAAAAAGATTACAATTGAATGTCTATCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GACAA
** * ** * * *
15332 GACAAA-TTCATTTATAGTCTCCTATTTTTTGAAAAGAGTTATTGCTCACTTGAAATAATTTTAT
193 GA-AAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * *
15396 TATCTCAAAATTGATTTTATATTTATTTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAA
257 AATCTCAAAATTGATTTTA-ATTTATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
*
15460 TGTCTACCTCTAGAAATATAAAG
321 TGTCTACCTCTAGAAACATAAAG
* * *
15483 AAAAAAGCATTCACTGATAAGAAATGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG
1 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
15548 TCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTT-ATGTTAAATCTTTTTTACATTTGTGGT
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAT-TTGAATTTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * ** **
15612 TAAGAGAA-ACTATAATTGAATTTCTA-CTTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGTTTTCATTGACAA
130 TAA-AAAAGATTACAATTGAATGTCTATC-TTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAA
* * *
15675 GAAAAGTACATTTATAGTCT-TTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
193 GAAAAGTTCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * * * * *
15739 TATCACAAAATTGATTTT-ATGTTCAGTGTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
257 AATCTCAAAATTGATTTTAAT-TT-ATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
15803 ATGTATGCCTCGAGAAACATGAAG
320 ATGTCTACCTCTAGAAACATAAAG
* ** * ** * *
15827 AAAAAAACATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCATTATTAC
1 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * ** *
15891 TCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTT-AA-GTTTTTCACATGATTGGT
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTTGAATTTTTTTTACATTTTTGAT
* * **
15954 TAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGACATTTGTTGACAAG
130 TAAAAAAGATTACAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGACAAG
* * * * * *
16018 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGATTTTATAA
194 AAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * * * *
16083 TCTCAAATTTAATTTTAAGTTCTATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
259 TCTCAAAATTGATTTTAATTTATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* *
16148 CTACCTCGT-GACACATAGA-
324 CTACCTC-TAGAAACATAAAG
* * * *
16167 AAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAATCCTTATTA
1 AAAAAAG-CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
16232 CCCGCTTTAAATGGTTCTAAAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTCAT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTGAT
* * ** * * * *
16295 TAAAACAGATTACAATTGAATGCCTATCTCGAGAAACGTGTAG-AAAAACCTATTTATTTGAGAA
130 TAAAAAAGATTACAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCA-TTGACAA
* * * * *
16359 -AACAAATTCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
193 GAA-AAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * ** * *
16423 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATCCTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAA
257 AATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * **
16486 TGTTTGCCT-TGGAAAACATGTAG
321 TGTCTACCTCTAG-AAACATAAAG
** * * * *
16509 AAAAACTCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAAGCATTCA-TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * *
16573 CTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-ATGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTG
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAT-TTGAATTTTTTTTACA-TTTTTG
* * * * * * * ** *
16635 -TTAAAACGAA-A-TATAATTGAATGCCTGTCTCAGGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTTG-
128 ATTAAAA--AAGATTACAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGA
* *
16696 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
190 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCC
Statistics
Matches: 2044, Mismatches: 464, Indels: 209
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 96 0.05
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344 185 0.09
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347 1 0.00
348 1 0.00
349 37 0.02
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354 1 0.00
355 20 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATT
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Done.