Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399556.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2811.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 786
Length: 1310
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Found at i:348 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1310 Score: 1310
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
* * * * *
1 CAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAACTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * ** **
66 TTGCATTGTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-CTGTGAAACATAAAGAAAAAGAT
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATAAAGAAAAAGGC
* * * * * *
130 ATAT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAATCACCCATACCTT
130 AT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTT
* * *
172 CAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
237 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAATAAAAAGGCA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
* * * *
302 TTCATTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTCAACGATTCCAT
131 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTT
* * * *
343 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAACTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
408 TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACTTCAAGAAACATGAATAAAAAGGCA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
** * *
473 TTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTTCTT
131 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTT
* * **
514 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAAGGTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** * * * * * ** * *
579 TTGTATTTTTGATTAAAATAGACTGTAATTGAATCTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
* * *
644 TTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TA-CATATACCTT
131 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT-T-CCTT
* * * * *
685 CAAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * ** *
750 TTACATTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
* *
815 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT
131 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTT
* *
856 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCAT-A---A--TT-A----AATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * ** * * * *
910 TTACATTTTTAGTTAAGACATACTATAATTGAATGCCTGTCTCAGGAAATATATAGAAAAAGCCA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
* * *
975 TTCATTTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAATC-TCTCATTCCTT
131 TTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCCTT
* * * * * *
1016 CAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAAAGGTTTCATACTGTTATAATTGATTTTAAGTT-ACATTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT
** * ** *
1080 TTTATTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTTAGAAACATAAAGATAAAGGC
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGC
* * *
1145 ATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATT-CTAT
130 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCT-T
* * * **
1187 CAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTACTTTGAATTCTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * * * * *
1252 TGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCACAAGAAACATGAAGAA
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAA
Statistics
Matches: 945, Mismatches: 168, Indels: 51
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 128 0.14
161 5 0.01
164 2 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
169 3 0.00
170 12 0.01
171 729 0.77
172 55 0.06
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTT
Found at i:937 original size:160 final size:158
Alignment explanation
Indices: 741--1232 Score: 508
Period size: 160 Copynumber: 3.0 Consensus size: 158
731 GATTTTAAGC
* *
741 TAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGTAG
1 TAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATATAG
806 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
66 AAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
871 TAGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
130 TAGCTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * *
901 TAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAGACATACTATAATTGAATGCCTGTCTCAGGAAATATATAG
1 TAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATATAG
* *
966 AAAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAATC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
66 AAAAAGCCATTCA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
1030 CTCGCTCTAAAAGGTTTCATACTGTTATAAT-TGATTTTAAGT
129 CTAGCT-TAAATGG-----T--T-TTATAATCTCA---TAA-T
* ** ** *
1072 TACATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTTA-GAAACATAAA
1 TAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACC-TTAGGAAACATATA
* * * * * *
1136 GATAAAGGCATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATT-CTATCAAAAGCCTTGTT
65 GAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATT
*
1200 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
128 ACT-AGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1232 T
1 T
1233 GATTTTACTT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 39, Indels: 44
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.01
160 122 0.45
161 7 0.03
163 7 0.03
164 3 0.01
165 1 0.00
166 1 0.00
167 3 0.01
168 7 0.03
170 9 0.03
171 105 0.39
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (158 bp):
TAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATATAG
AAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
AGCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Done.