Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399561.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2816.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26721
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 5844 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4177 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3514--5011 Score: 864
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
3504 NNNNNNNNNN
* ** **
3514 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATCA-TTTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT-AGACTATAAT
** * * *** *
3578 T-AATTATCTAGCTC-GAGAAACGTGA-AGAAAAA-GCATTCA-CTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
65 TGAA-TGCCTACCTCAG-GAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATC-AAAAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
3638 CAGTCTA-TTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
126 TAGTC-ACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * * *
3684 TTACACTCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAATTAAAAAAAGACTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTATT-AAAATAGACTATAA
* * ***** *
3749 TTGAATGTCTACCT-TGAGAAAC-T-T-GAAAGAAAGGCATTCATTGGCGAGTAAAGTCCATTTA
64 TTGAATGCCTACCTCAG-GAAACATATAG-AA-AAAGGCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTA
** * * **
3810 TCTTCACCCA-TTCTATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGG
126 TAGTCACCTATTTCT-TCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * * * *
3856 TAATGATCTAAAAATTGATTTTAAG-TGCAATTTATTT-CATATTTCTAATTAAAACAGAATATA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACAT-TTT-TTATTAAAATAGACTATA
** * * * ****
3919 ATTGAATCTGTGTA--TCAAGAAACATGA-AGAAAGAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGGT-CATT
63 ATTGAA--TGCCTACCTCAGGAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATCAAAAAGAAAA-GTCCATT
*** * * *
3980 TATAGTCACCTACACCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTT
124 TATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
4028 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTGTAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATT
* * * * *
4093 GAATGCCTACCTCAGGGAACATATAGACAAAGCCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATATTT
66 GAATGCCTACCTCAGGAAACATATAGAAAAAGGCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
4158 ACCTATTTCTTCAAAAGCCTTACAACTCACTTTAAATGGCT
131 ACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
* ** * * *
4199 TTATAATTTCATAATTGACGTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAACTAGGCTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATT
** * ** * * **** * *
4264 GAATGCCTGTCTTAGGAAACATGCA-AAAAAGGGAATTAATTTGTAAGAAAAGTCTATTAATAGT
66 GAATGCCTACCTCAGGAAACATATAGAAAAA-GGCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** ** * ** *
4328 CACTTATTCCTAGAAAAATCATATCGCTCGCTTTAAATGGTT
130 CACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
4370 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTT-TTAAAATAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATT
** * * *
4433 GAATATCTACCT-TGAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAA-AAAAGTCTATTTA
66 GAATGCCTACCTCAG-GAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCA-T--CAAAAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * **
4495 TAATCACC-ATTTTTTTCGAAAGCCCTACAACTCACTTTAAATGACT
126 TAGTCACCTA-TTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
4541 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATCAAAATTGTCTATAAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATT
* * * * ** * **
4606 GAATGTCTACCATGA-GAAATATGA-AAAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 GAATGCCTACC-TCAGGAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *** ** *
4669 TCACCCA-TTCTATCAAAACCCTTATTTTTTGCTTTAAATAGTT
129 TCACCTATTTCT-TCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
4712 TTATAATCTTATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAACTAGGCTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATT
* ** * * * * * * **** * *
4777 GAATGCTTGGCACAGAAAACGTGTAGAAAAGGGCATTAATTTGTAAGAAAAGTCTATTAATAGTC
66 GAATGCCTACCTCAGGAAACATATAGAAAAAGGCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * ** *
4842 A-CTCATTCCTAGAAAAACCTTATCGCTCGCTTTAAATGGTT
131 ACCT-ATTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
* * * ** * *
4883 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGGA-GTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATT
** * ** * *
4947 TTATGTCTACCTC-GAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAG
66 GAATGCCTACCTCAG-GAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATAG
5010 TC
129 TC
5012 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 258, Indels: 102
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 43 0.04
170 132 0.13
171 569 0.56
172 213 0.21
173 59 0.06
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATT
GAATGCCTACCTCAGGAAACATATAGAAAAAGGCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTT
Found at i:4568 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 4013--5008 Score: 1349
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 510
4003 GCCTTATTAT
** * *
4013 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTATATTTTTTATT
1 TCACTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTACATTTTTTATC
* * * * * *
4077 AAAATAGAT-TGTAATTGAATGCCTACC-TCAGGGAACATAT-AGACAAAGCCATTCATCAAAAA
65 AAAATAG-TCTATAAATGAATGCCTACCAT--GAGAA-ATATAAAAAAAAGACATTCATCAAAAA
* * * * *
4139 GAAAAGTCCATTTATATTTACCTATTTCT-TCAAAAGCCTTACAACTCACTTTAAATGGCTTTAT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTATCAAAACCCTTACAACTCACTTTAAATAGCTTTAT
*
4203 AAT-TTCATAATTGACGTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAACTAGGCTATAATTGAA
190 AATCTT-ATAATTGACGTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAACTAGGCTATAATTGAA
* ** *
4267 TGCCTGTCTTAGGAAACATGCAAAAAAGGGAATTAATTTGTAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACT
254 TGCCTGGCACAGAAAACATGCAAAAAAGGGAATTAATTTGTAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACT
* * *
4332 TATTCCTAGAAAAATCATATCGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
319 CATTCCTAGAAAAACCATATCGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
* * * * *
4397 GAATTTTTTTACATTTTT-TTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
384 GAA-GTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAA
4461 AAAGGCATTCATTGACAAAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCATTTTTTTCGAAAGCCCTACAAC
448 AAAGGCATTCATTG--AAAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCATTTTTTTCGAAAGCCCTACAAC
4526 TCACTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATCA
1 TCACTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATCA
* * * * **
4591 AAATTGTCTATAAATGAATGTCTACCATGAGAAATATGAAAAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAA
66 AAATAGTCTATAAATGAATGCCTACCATGAGAAATAT-AAAAAAAAGACATTCATCAAAAAGAAA
**** ** *
4656 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTATCAAAACCCTTATTTTTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
130 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTATCAAAACCCTTACAACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCT
* *
4721 TATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAACTAGGCTATAATTGAATGCTTG
195 TATAATTGACGTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAACTAGGCTATAATTGAATGCCTG
* * * *
4786 GCACAGAAAACGTGTAGAAAAGGGCATTAATTTGTAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACTCATTCC
260 GCACAGAAAACATGCAAAAAAGGGAATTAATTTGTAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACTCATTCC
* *
4851 TAGAAAAACCTTATCGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGGAGTT
325 TAGAAAAACCATATCGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAGTT
** *
4916 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTTTATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
390 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* *
4981 ATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATA
454 ATTCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATA
5009 GTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 54, Indels: 19
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.01
512 45 0.11
513 315 0.75
514 56 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
TCACTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATCA
AAATAGTCTATAAATGAATGCCTACCATGAGAAATATAAAAAAAAGACATTCATCAAAAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATTCTATCAAAACCCTTACAACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTT
ATAATTGACGTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAACTAGGCTATAATTGAATGCCTGG
CACAGAAAACATGCAAAAAAGGGAATTAATTTGTAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACTCATTCCT
AGAAAAACCATATCGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAGTTT
TTACATTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
TCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCATTTTTTTCGAAAGCCCTACAAC
Found at i:7116 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 6642--7278 Score: 857
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
6632 CCATTCTATC
* * *
6642 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGGTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCGTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * *
6707 TCATATTTATGATCAAAATAGATTATAATTAAATTTGTCTCTCAAGAAACACGAAGAAACAGGCA
66 TAAAATTTATGATCAAAATAGATTATAATTAAATGTGTATCTCAAGAAACACGAAGAAAAAGGCA
* * *************
6772 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCNNNNNNNNNNNNNTAA
131 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAA-GCCTTATTATTCGCTTTAA
* * *
6837 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
195 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTGTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
6901 AATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-TATGAAGAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATT
260 AATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-TGAAGAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATT
6965 ATTGTAACCTAGCTTTTCA
324 ATTGTAACCTAGCTTTTCA
* * * *
6984 AAAAG-CTTATTACTCAGTTTAAATGGCTTTATACCCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCGTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * *
7048 TAAAATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTGTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
66 TAAAATTTATGATCAAAATAGATTATAATTAAATGTGTATCTCAAGAAACACGAAGAAAAAGGCA
*
7113 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA
131 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA
* * * ** *
7178 TAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTAAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACT
196 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTGTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACA
*
7243 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAA
261 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAA
7279 AGAGATTCAA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 42, Indels: 5
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 38 0.15
341 207 0.82
342 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCGTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
TAAAATTTATGATCAAAATAGATTATAATTAAATGTGTATCTCAAGAAACACGAAGAAAAAGGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTGTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACA
ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTAT
TGTAACCTAGCTTTTCA
Found at i:7166 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6615--7338 Score: 619
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
6605 NNNNNNNNNN
* **
6615 AGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGGTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
6679 TTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-CATATTTATGATCAAAATAGATTATAATTAAATTT
65 TCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTT-TGGTCAAAACAGACTATAATTGAA--T
* * *
6743 GTCT--CTCAAGAAACACGAAGAAACAGGCATTCATTGGTAAGAAA
126 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* *************
6787 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCNNNNNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * *
6852 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTA
66 CAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
6917 CCTCGAGAAATATGAAG-AAAATGCATTCATTGGTAAAAAA
131 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
6957 AGTCCA-TTATTGTAACCTAGCTT--TTCAAAAAG-CTTATTACTCAGTTTAAATGGCTTTATAC
1 AGTCCATTTATAGTCACCCA--TTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
7018 CCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAAATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATG
63 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
7083 TGTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
127 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
7128 AGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTATTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** *
7191 TCATAATTTATTTTAAATTAAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
65 TCAAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTC
** * * *
7256 TACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGAG-ATTCAATGACAA-AAA
129 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAA
* ** *
7298 ACATCTGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 A-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
7339 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 102, Indels: 36
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 58 0.13
170 85 0.20
171 180 0.42
172 104 0.24
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCT
CAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
Found at i:8016 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7616--8033 Score: 441
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
7606 NNNTAGTCAC
* * * *
7616 CCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGT
1 CCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAACT
* * * *
7681 TAAATTTTTTTGACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTGAATGCGTATCTCAAGAAACATGAT
66 TAAATTTTTTTGACATTTTTAGTCAAAACAAACTATAATTGAATGCGTACCTCAAGAAACATGAA
* *
7746 GAAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTA
131 GAAAAAGGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA
* * *
7787 CCAATTTTTTGAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAC
1 CC-ATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAC
* * * * * * **
7852 TTGAATTGTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATT-AATTATC-TACCTCGAGAAATG
65 TTAAATT-TTTTTGACATTTTTAGTCAAAACAAACTATAATTGAA-T-GCGTACCTCAAGAAACA
* * * *
7914 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTCTAGTCT-
127 TGAAGAAAAAGGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TA
* * * ** * * *
7958 CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACGCATTTTTGATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAG
1 C-CATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAC
*
8023 TTCAATTTTTT
65 TTAAATTTTTT
8034 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 37, Indels: 13
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 88 0.43
172 106 0.52
173 6 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAACT
TAAATTTTTTTGACATTTTTAGTCAAAACAAACTATAATTGAATGCGTACCTCAAGAAACATGAA
GAAAAAGGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA
Found at i:8376 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 8184--8514 Score: 333
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
8174 NTCACAATTG
* **
8184 ATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATAAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATAAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCAGGAGA
* * * * * * *
8249 AACGTGAAGAAAAGGACATTCATTG-GTAAGAAAAT-TATATTAATAGTCACTCATTCCTTCAAA
66 AACGCGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAATCTAT-TT-ATAGACACCCACTCCTTCAAA
*
8312 AGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
129 AGACTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAAT
* ** * *
8345 NNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGCC
1 ----------ATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATAAAAACAGACTATAATTGAATGCC
* * *
8410 TACCAGGAGAAATGCGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAATCTATTTATAGACACCCACT
56 TACCAGGAGAAACGCGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAATCTATTTATAGACACCCACT
* * *
8475 CCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTATAAT
121 CCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAAT
8515 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 22, Indels: 5
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.07
171 114 0.84
172 10 0.07
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
ATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATAAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCAGGAGA
AACGCGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAATCTATTTATAGACACCCACTCCTTCAAAAG
ACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAAT
Found at i:9289 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8663--9496 Score: 1069
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
8653 NNNNNNNNGT
* * * *
8663 AGAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAT-GCGTTAT
1 AGAAAAAG-TATTCATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAATAGCCTTAT
* * *
8727 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGC-TGAATTGTTTTACATTTTTG
63 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* *
8791 TTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCAA
127 GTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACGTAAAGAAAAATACATTCATTGGCAA
* * *
8856 GAAAAGTCTATTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGCTTTATAA
192 GAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGCTTTATAA
*
8921 TCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTCAAAACACATTATAATTGAATG
257 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTCAAAACACATTATAATTGAATG
8986 TGTATC-TCAAGAAAAGTGA
322 TGTA-CATCAAGAAAAGTGA
* * *
9005 TGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCACTTTTTTCGATAGCCTTAT
1 AGAAAAAG-TATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAATAGCCTTAT
*
9069 TACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAACTTGAATTTTTTTTACATTTTT
63 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
* * *
9133 GGTTAAAACATACTATAATT-AATTGTCTA-CGTCGA-GAAACGTAAAGAAAAA-GCATTCATTG
126 GGTTAAAACAGACAATAATTGAA-TGTCTATC-TC-ATGAAACGTAAAGAAAAATACATTCATTG
* * * *
9194 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TT
188 GCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGCTT
* * * *
9258 T-TAACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAAT
252 TATAA-TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTCAAAACACATTATAAT
* * *
9322 TGAATGTTTACATCGAGAAACGTGA
316 TGAATGTGTACATCAAGAAAAGTGA
* * * *
9347 AGAAAAAGGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AGAAAAAGTATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAATAGCCTTATTA
** ***
9412 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTCAATT
65 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* *
9477 AAAATAGACTATAATTGAAT
130 AAAACAGACAATAATTGAAT
9497 ACTTACCTTG
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 48, Indels: 32
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 31 0.07
341 104 0.24
342 197 0.46
343 96 0.22
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AGAAAAAGTATTCATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAATAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACGTAAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGCTTTATAATCTC
AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTCAAAACACATTATAATTGAATGTGTA
CATCAAGAAAAGTGA
Found at i:9352 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8663--9568 Score: 1022
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
8653 NNNNNNNNGT
* * * * *
8663 AGAAAAAGCTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAATGCGTTAT
1 AGAAAAAGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
8727 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTGTTTTACATTTTTG
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTG
* *
8791 TTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC-ATGAAACGTGA
129 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTCGA-GAAACGTGA
* *
8834 AGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
8898 ACTCACTTGAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGG
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
8963 TCAAAACACATTATAATTGAATGTGTATCTCAAGAAAAGTGA
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACGTGA
* * ** * *
9005 TGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCACTTTTTTCGATAGCCTTAT
1 AGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
9069 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAACTTGAATTTTTTTTACATTTTTG
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTG
* *
9134 GTTAAAACATACTATAATT-AATTGTCTACGTCGAGAAACGTAA
129 GTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTAC-TCGAGAAACGTGA
* * * * *
9177 AGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCTTATTA
1 AGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
9242 CTCACTTTAAATGGTTTTA-ACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGT
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
9306 TAAAACATATTATAATTGAATGTTTACATCGAGAAACGTGA
131 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAACGTGA
* * *
9347 AGAAAAAGGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * ***
9412 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTTACATTTTCAAT
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
9476 TAAAATAGACTATAATTGAAT-ACTTACCTTGAGAAACGTGTA
131 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TA-CTCGAGAAACGTG-A
* * * *
9518 A-AAAAACCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTT
1 AGAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
9569 GAATAATTGA
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 98, Indels: 32
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 275 0.44
171 225 0.36
172 121 0.19
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTCGAGAAACGTGA
Found at i:12445 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 12268--12596 Score: 358
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
12258 TATTTTTACA
* *
12268 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAA-TTAATTGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGA-AAA-AGCATTT
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTTAA-TGTCTACCTTAAGAAACATAAAGACAAAGAG-ATTC
* * * * *
12330 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
** *
12395 ATTTTTTACTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCANNNNNNNNNNCT
129 ATTTAATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCA----------CT
* ** * *
12439 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTATTTTGAGAAACATGAAGACAAAGAGATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTTAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGACAAAGAGATTCAT
* *
12504 TGGTAAGAAAAGTATATTTATTATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
66 TGGCAAGAAAAGTATATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* *
12569 TTAATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT
131 TTAATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT
12597 GAATTCTTTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 19, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 41 0.30
172 93 0.68
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTTAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGACAAAGAGATTCAT
TGGCAAGAAAAGTATATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
TTAATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCACT
Found at i:15199 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 13675--15934 Score: 2048
Period size: 513 Copynumber: 4.4 Consensus size: 511
13665 NNNNNNNNCC
* * *
13675 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTATGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
13740 AATTGTTTTG-TATTTTTCATTAAAATAGAA-TATAATTAAATGCTTACCTTG-GAGAACAT-AT
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* * ** * * * *
13801 AGAAAAAGCCATTCGTTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAATGCCTTACT
128 AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATT--TTCAAAAGCCTTATT
* * * * * ** *
13866 ACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTATATTTTTGGT
191 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGAT
* * * * *
13931 TAAAATCGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGA
256 CAAAA-CGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
13996 AAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTATATGGCTTTATAAT
320 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * ** * *
14060 CTCAACATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTTGACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAAT
385 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTT-ACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
** **** * * *
14125 GTGTATCTCAATAAACATGGT-GAAAAAG-GATTTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCA
447 GCCTATCTTGGGAAACAT-GTAGAAAAAGCCA-TTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
14187 TCACT
509 -CA-T
* *
14192 -TT-TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** * *
14255 ACTTGTTTTTACATTTTTAGTT-AAA-ACAGACTATAATTAATTTTCTACCTTGAGAAACGTGAA
66 AATTGTTTTGACATTTTTA-TTAAAATACA-ACTATAATTAAATGCCTACCATGAGAAACATGAA
* * * * *
14318 GAAAAA-GTATTTATTGGCAAGAAAAAATT-ATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTGTT
129 GAAAAAGGCATTCATTAGCAAG-AAAAGTTCATTTATAGTCTCTCA-TT-TTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
14381 ACTCACTTTGAATGATTTTATACTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACT-TTTTTTA
191 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-TATTTTTGA
* * * *
14445 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGGGATTCATTGGTA
255 -TCAAAAC-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAG-AAAAAGGAATTCATTGGCA
* ** *
14510 AGAAAAATAAATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
317 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * **
14575 AATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATATTTTTGTATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
382 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
** ** * *
14640 G-CTCGGCTTGGGAAATGTGTAGAAAAAGCCTTTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACA
447 GCCT-ATCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACA
14704 T
511 T
* * * ** *
14705 ATTCCTTCTAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
14770 AATT-CTTTGACATTTTTCATTTAAATA-AACTATAATTAAATGCCTACCATGAGAAACATGAA-
66 AATTGTTTTGACATTTTT-ATTAAAATACAACTATAATTAAATGCCTACCATGAGAAACATGAAG
* *
14832 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCGTC-CACTGTATCAAAAGCCTTATTA
130 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-TCTCA-T-TTTCAAAAGCCTTATTA
** * *
14896 CTCACTTTAAATGGGGTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTCCATTTTTTTCATATTTTTGAT
192 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ATATTTTTGAT
* * * * **
14961 CAAAACAGATTATAATTGAATCTGTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCA-TGAGCAAG
256 CAAAAC-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTG-GCAAG
* * * *
15025 AAATGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
319 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
15090 CCTCAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAAGC
384 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGC
* * * * * *
15155 CTATCTTGGGAAACATATAGAAAAACCCATTCATCAAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT
449 CTATCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT
* ** * *
15218 ATTCCATCAAAAGCCTTACAACTAGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * * * * *
15283 AATTTGTTTT-ACATTTTTATTCAAAAT-TGACTATAAATGAATGTCTA-CATTGAGAAATATAA
66 AA-TTGTTTTGACATTTTTATT-AAAATACAACTATAATTAAATGCCTACCA-TGAGAAACATGA
* * * * ** * *
15345 AGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATACACGCTCATTTCTACAAAACCCTTATT
128 AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTT-T-CAAAAGCCTTATT
* * * * * * * **
15410 AATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTATATTTGATTTT-AGTTGAATATTTTTATATTTTTCCT
191 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTT-GA
* * * ** * * * *
15474 TCAAATAC-ACTATAATTGTATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATAAATTTAGTGACAAA
255 TCAAA-ACGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAG
* * ** *
15538 AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
319 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
15603 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTCTCATTAAAACAAACTACAATTGAATGC
384 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGC
* ** * * ** * * * * *
15668 TTGCCTAGGAAAATGTGTAGAAAAAGCCATACATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACTT
449 CTATCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT
* * * * *
15731 ATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
15796 AATTGTTTT--CTATTTTTTGTTAAAACA-AACAATAATTGAAT-CTCTACC-TCGAGAAACGTG
66 AATTGTTTTGAC-A-TTTTTATTAAAATACAACTATAATTAAATGC-CTACCAT-GAGAAACATG
* *** * * * ** *
15856 AAAAAAAAAATATTCATTGGCAAAAAAAG-TC-TATTACAGTAACTTATTTTTTCAAAAGCCTTA
127 AAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCAT-TTATAGTCTCTCA--TTTTCAAAAGCCTTA
*
15919 TTACTCAATTTAAATG
189 TTACTCACTTTAAATG
15935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1414, Mismatches: 278, Indels: 108
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 34 0.02
512 60 0.04
513 524 0.37
514 234 0.17
515 373 0.26
516 93 0.07
517 27 0.02
518 68 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTGTTTTGACATTTTTATTAAAATACAACTATAATTAAATGCCTACCATGAGAAACATGAAGA
AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGATCAAAA
CGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTT
GGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT
Found at i:15821 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 13674--15934 Score: 1625
Period size: 171 Copynumber: 13.2 Consensus size: 173
13664 NNNNNNNNNC
* * *
13674 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
13739 GAATTGTTTTGTATTTTTCATTAAAATAGAATATAATTAAATGCT-TACCT-TGGAGAACATAT-
66 GAATTGTTTTCTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTAT-GA-AA-ATGTG
* **
13801 -AGAAAAAGCCATTCGTT-AAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
128 AAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
13845 CATTCCTTCAAATGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
13910 GAATTGCTTTATATTTTTGGTTAAAATCGA-TAATAATTGAATG-TCTACCT-TGAGAAATGTGA
66 GAATTGTTTTCTATTTTTCGTTAAAATAGACT-ATAATTGAATGCTCTACCTATGA-AAATGTGA
*
13972 AGAAAAATG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACC
129 AGAAAAA-GCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
14015 CATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTATATGGCTTTATAATCTCA-ACATTGATTTTAGGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
14079 TTAATTTTTTTTTGACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATG-TGTATCTCAAT-AAACA
65 TGAATTGTTTTCT---ATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTA-C-CTATGAAA-A
* * * *
14142 TG-G-TGAAAAAG-GATTTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCA-T
124 TGTGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** *
14188 CACTTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
14253 TGACTTGTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-AATTTTCTACCT-TGAGAAACGT
65 TGAATTGTTTTCT--ATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTATGA-AAATGT
* * * * *
14315 GAAGAAAAAG-TATTTATTG-GCAAGAAAAAAT-TATTTATAGTCTCT
127 GAAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * *
14360 CATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTGAATGATTTTATACTCTCAAAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
14425 CAATTTTTTTACTTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACAT-TAAGAAATGTGA
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** * * ** * *
14488 AGAAAAAAGGGATTCATTG-GTAAGAAAAATAAATTTATTGTCACC
129 AG-AAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
14533 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * *
14598 AAATAT-TTTTGTATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTC-GGCT-TGGGAAATGTGT
66 GAAT-TGTTTTCTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTAT-GAAAATGTGA
* * *
14660 AGAAAAAGCCTTTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAT
129 AGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-T
* * * ** *
14705 -ATTCCTTCTAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * **
14769 GAATTCTTTGAC-ATTTTTCATTTAAATAAACTATAATTAAATGC-CTACC-ATGAGAAACATGA
66 GAATTGTTT-TCTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTATGA-AAATGTGA
* * * *
14831 A-AAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTGTAGTC-GT
129 AGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * ** * *
14873 CCACT-GTATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGGTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAG
1 -CATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * * * * *
14937 TTCCATTTTTTTCATATTTTT-GATCAAAACAGATTATAATTGAAT-CTGTATCTCAAGAAACA-
64 TTGAATTGTTTTC-TATTTTTCG-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCT-ATGAAA-AT
** * *
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* * * * *
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
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66 GAATTGTTTT-CTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTAT--GAAA-ATGT
* * ** *
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* ** * *
15216 CTATTCCATCAAAAGCCTTACAACTAGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
15281 TGAATTTGTTTTAC-ATTTTT-ATTCAAAATTGACTATAAATGAATG-TCTACAT-TGAGAAATA
65 TGAA-TTGTTTT-CTATTTTTCGTT-AAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTATGA-AAATG
* ** * ** ** *
15342 TAAAGAAAAAGGTATTTATTG-GCAAGAAAAGTTTATTTATACACGCT
126 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * *
15389 CATTTCTACAAAACCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTATATTTGATTTT-AGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
15453 GAATAT-TTTTATATTTTTCCTTCAAATACACTATAATTGTATG-TCTACCT-TGAGAAATGTGA
66 GAAT-TGTTTTCTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTATGA-AAATGTGA
*** * * * * * *
15515 AGAAAAATAAATTTAGTGA-CAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACC
129 AGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * *
15559 CATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
15624 GAATTGTTTTATATTTCTCATTAAAACAAACTACAATTGAATGCT-TGCCTAGGAAAATGTGTAG
66 GAATTGTTTTCTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTATGAAAATGTGAAG
* * *
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* * * * *
15730 TATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
15795 AAATTGTTTTCTATTTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAAT-CTCTACCT-CGAGAAACGTGAA
66 GAATTGTTTTCTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTATGA-AAATGTGAA
* *** * * * *
15858 AAAAAAAATATTCATTG-GCAAAAAAAGTCTA-TTACAGTAACT
130 GAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* ** **
15900 TATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATG
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
15935 NNNNNNNNNN
Statistics
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176 1 0.00
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GAATTGTTTTCTATTTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTCTACCTATGAAAATGTGAAG
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Found at i:16388 original size:171 final size:171
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16025 NNNNNNNNNN
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* **** * * * *
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* * *
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* * * * * * *
16546 ACTTAAATTTAATTATG-GAGTTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGTCTTTTGAAGGAGTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATG
* * * * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
17188 ATT-AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGA
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* * *
17230 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAAAT-
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* * * ** * ** * *
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* * * * *
17358 ATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTGA
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* * * * * *
17402 ACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAGCCATATAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGAAATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* * *
17467 GTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACAT
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* * * * ** *
17531 TTAATTATTGTCAATTTTAACCAAAAATGTAAAACTATTTA
131 TCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ** * * * * *
17572 ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGACAGTAATAACGCATTTAAAGGAATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* * * * * *********
17637 GTGACTATACATGGACTTTGCTT-CTTAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTT-TNNNNNNNNNN
66 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGA
* * *
17699 CATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATACA
128 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * ********** *
17743 ACATAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* * * * *
17808 GTGACTATAAA-CAGACTTTT-TCTGTCAATGAAAGCCTTTTTT-TTTATGTATCTCAAGGTAGA
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* * *
17870 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAAATCA
128 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
17914 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTTAAAG-GA-GG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* * * * ** * *
17977 AGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTATTCATATTTCTTGAGATACAC
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* * *
18041 ATTCAGTTATAATCTGTTTCTAAC-AAAAATG------------
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* * * * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATG
* * * *
18135 GGTTACTAT-AAT-AGACTTTTTTTGCCAATGAATG-TATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA
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* * * *
18197 CATTTAATTATTA-TCGATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCA
128 CATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
18241 ACTTAAAATCAATTAT-AGGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA-AGGAT
1 ACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AAT
* *
18304 GGGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTT-CTCAATGTAATGGC-TTTTTCTATACAT-TTCCT-AAG
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* * * * * *
18364 GCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAGAAATATAAAAAAATTTA
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* * * ** *
18413 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* ** * * * ** *
18477 GTGACTATAAAT-AGACTTTTTTTATCAATAAATTCATTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAGACA
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* * * *
18541 TACAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATATAAAAAAATTTA
130 TTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
18582 ACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGTAGAAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* * * *
18647 G-CATCTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACA
66 GTGA-CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
18711 TTCATTTATAGTCAATTTTGACAAAAAATATAAAAAAATTCA
130 TTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * ** * * *
18753 ACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCT-ATTTGTAAGGCATTTGATGGAAT
1 ACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
* * **** * * *
18816 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTTGATGAATGCCTTTTCCTAT-ATGTTTC-CTGAGGTAG
64 GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT-TCATGTTTCTC-AAGGTAG
* * * * * *
18879 GCTTTCAATTATACTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTTA
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* * * * * ***
18924 ACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAGCAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* * * * * * *
18989 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGATACAGA
66 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * * * *
19053 CTAAATTATATTCTGTTTTGACCAAAAATATGAAAAAAATTGA
130 TTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGT-AAAAAAATTCA
** *
19096 ACTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAACCCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATA-CAAT
1 ACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGAAAT
* * * * * *
19159 GGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTAT-TTCATGTTTCTCATGGTAGG
64 GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
19223 CATTCAATTATAGTTTGTTTAAATGAAAAATGTAAAAAAATTCA
128 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
19267 ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
* * ** * *
19332 GTGACAATAAATGGACTTTT-TT-TTAATGAATGGCTTTTTTAC-ACAT-TTTC-CAAGGCA-AG
66 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-
* * *
19391 CATTCAATTATAGTCTATTTTAA--TAAAATATAAAAATATTCA
128 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
19433 ACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
19469 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
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GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
Found at i:18225 original size:157 final size:156
Alignment explanation
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* * **
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* * * *
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*
18046 GTTATAATCTGTTTCTAACAAAAATG
131 ATTATAATCTGTTTCTAACAAAAATG
* * * ** *
18072 TTAAAATCAATTTTGAGAGTATTAAGCCATTTAAATTGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAAATGG-
1 TTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTT--AAAAAA-GGA
* * * * * * *
18136 GTTACTAT-AATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACAT
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* *
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18239 CAACTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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158 11 0.08
159 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (156 bp):
TTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTTAAAAAAGGAGTG
ACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGTATTTTTATTCACATTTCTCGAGATACACATTCA
ATTATAATCTGTTTCTAACAAAAATG
Found at i:18753 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 16035--19468 Score: 2807
Period size: 512 Copynumber: 6.7 Consensus size: 510
16025 NNNNNNNNNN
* * * ** **
16035 ACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-G
* * * * * * * *
16100 GTGATTATAAAT-AGACTTTT-TTGTCAATAAATTCATTTTTCTTTATGTTTCTCAAGCTAGACA
65 G-GACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* ** * * * *
16163 TACAATTATAGTCTATTTTAAGGAAAAGTATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
128 TTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
16228 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGTAGAA--ACGGGCGTCTATAAAT-GAACTTTT
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** * * * * *
16290 CTTAC-CAATGAATGATTTTTTCTTTATATTT-CTCGAGGT-AGACATTCATTTATAGTCAATTT
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* ** *
16352 TGACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCTA
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* ** * * * **** * *
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382 ATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTC
* * * * * ** *
16482 CT-ATATGTTTCCTGAGGTAGGCTTTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAA-TC
447 TTCATAT-TTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTT
16545 A
510 A
* * * * * *
16546 ACTTAAATTTAATTATG-GAGTTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGTCTTTTGAAGGAGTG
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* * * * * * * * * *
16610 AGTAACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCCATGAATTCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGATACAGA
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* * * * * * * *
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** * * **
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * ** *
16930 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATATACTTTTCTTACCAATGAATCTCTTTTTC
383 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCTTTTTC
* * * * * *
16995 TTCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTA-AAAAAAATTG
447 TTCATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAAA-TATAAAAAAATTT
17059 A
510 A
* * * *
17060 ACTTAAAATTAATTTTGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-
* * * *
17125 GAGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATAAATG-TGTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
65 G-GACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAC-
* * * * *
17188 ATT-AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
127 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** *
17252 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAAAT-GGTGATTATAAATAGACTTTTC
192 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAAGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * *
17316 TTAC-CAATGAATGCCTTTTTC-ACCACGTTTCTTGAGATACA-CATTCAATTATAATCTGTTTT
256 TT-CTCAATGAATGCCTTTTTCTA-TACATTTCCTAAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTT
* ** * * * * *
17378 GACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAGCCATATAAAG-TG
318 AATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-
* *
17442 AATAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTT
381 AATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTC-TTTT
* * * * * * * * **
17506 TCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTTAATTATTGTCAATTTTAACCAAAAATGTAAAACTATTT
445 TCTTCATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTT
17571 A
510 A
* ** * * *
17572 ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGACAGTAATAACGCATTTAAAGGAATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-
* * * * * *********
17637 GTGACTATACATGGACTTTGCTT-CTTAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTT-TNNNNNNNNNN
65 G-GACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCT-CGAGGTAGA
** * * * *
17699 CATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATACAACATAAAATCAATCATGAGAT
126 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********** *
17764 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNG-AAGGAATGGGTGACTATAAACAGACTTTT
191 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * ** * *
17828 -TCTGTCAATGAAAGCCTTTTTTTTTATGTAT-CTCAAGGT-AGACATTCAATTATAGTCTGTTT
255 CT-TCTCAATGAATGCCTTTTTCTATACATTTCCT-AAGGTAAG-CATTCAATTATAGTCTATTT
* * *
17890 TAAGGAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
317 TAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTA
* * ** *
17955 ATAATAAGTCTTTTAAAGGAGGA-GTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
382 ATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCTTTTT
* * * * * * * *
18019 ATTCATATTTCTT-GAGATACACATTCAGTTATAATCT-GTTT--C------TA-ACAAAAA--T
446 CTTCATATTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTT
18071 -
510 A
* * * * * * * **
18071 -GTTAAAATCAATTTTGAGAGTATTAAGCCATTTAAATTGAGTAATAAGACTTTTGAAAAAAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATG
* *
18135 GGTTACTAT-AAT-AGACTTTTTTTGCCAATGAATG-TATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA
65 GG--ACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA
* * *
18197 CATTTAATTATTA-TCGATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGG
126 CATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-G
* * *
18260 ATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGGATGGGTGACTATAAATAGGCTTT
189 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * *
18325 TCTTCTCAATGTAATGGCTTTTTCTATACATTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT
254 TCTTCTCAATG-AATGCCTTTTTCTATACATTTCCTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTT
* * * * *
18390 AATGAGAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TATTTAAAG-TAA
318 AATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAA
** * * * ** *
18453 GTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATAAATTCATTTTT
383 -TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTC-TTTTT
* *
18518 CTTCACATTTTTCAAGGTAGACATACAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATATAAAAAAATTTA
446 CTTCATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTA
* * * * * *
18582 ACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGTAGAAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* *
18647 GCATCTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACAT
66 G-A-CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * * *
18712 TCATTTATAGTCAATTTTGACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTA
129 TCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * * * *
18776 TAAAGCCATTTAAAGCTATTTGTAAGGCATTTG-ATGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
193 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* ** * ** * * * *
18840 TTTTGATGAATGCCTTTTCCTATATGTTTCCTGAGGTAGGCTTTCAATTATACTCTATTTTAATG
257 TCTCAATGAATGCCTTTTTCTATACATTTCCTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATG
* * * *
18905 AAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAT
322 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAAT
* ** *
18970 AAAGCTTTTGAAGGAGCAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATTCCTTTTTCTTCA
387 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATT-CTTTTTCTTCA
* * * * * * * * * * * *
19035 T-GTTTCCTAAGATACAGACTAAATTATATTCTGTTTTGACCAAAAATATGAAAAAAATTGA
451 TATTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTTA
** *
19096 ACTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAACCCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATA-CAAT
1 ACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAAT
* * *
19159 GGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTAT-TTCATGTTTCTC-ATGGTAG
64 -GG-GACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAG
* * * * ** *
19222 GCATTCAATTATAGTTTGTTTAAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGA
125 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
19287 TTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCATTTG-AAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTT
190 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * *
19351 T-TT-TTAATGAATGGCTTTTT-TACACATTTTCC-AAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTT
254 TCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTATACA-TTTCCTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTT
* * * *
19412 AAT--AAAATATAAAAATATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
318 AATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
19469 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2322, Mismatches: 497, Indels: 210
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
497 5 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
GACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTC
AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTC
AATGAATGCCTTTTTCTATACATTTCCTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAATAAGG
CTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTCTTCATATTT
TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTA
Found at i:19900 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19596--19910 Score: 350
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
19586 TATAGTCACC
* * * * *
19596 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTCTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTCTTAAATGGTATTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
19661 GAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAGATGTAGA
66 GAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGA
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131 AAAATG-CATTCATTAAGAAGCAAAGTCCATT
*
19757 NNNNNNNNNNCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTATTATAATCCCATAATT
1 ----------CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTCTTAAATGGTATTATAATCCCATAATT
* ** *
19821 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATCA-ACAATAATTGAATGTCTATCTTGA
55 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAAT-AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGA
*
19885 GAAACG-TGAAGAAAAATGCATTCATT
119 -AAAAGATGAAGAAAAATGCATTCATT
19911 GCTAAGAAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 14, Indels: 8
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
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172 7 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTCTTAAATGGTATTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGA
AAAATGCATTCATTAAGAAGCAAAGTCCATT
Found at i:19924 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19596--20011 Score: 349
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 161
19586 TATAGTCACC
* * * * *
19596 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTCTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTCTTAAATGGTATTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
19661 GAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAGATGTAGA
66 GAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGA
*
19726 AAAAGCCATTCATTAAGAAGCAAAGTCCATT
131 AAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATT
*
19757 NNNNNNNNNNCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTATTATAATCCCATAATT
1 ----------CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTCTTAAATGGTATTATAATCCCATAATT
* ** *
19821 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATCA-ACAATAATTGAATGTCTATCTTGA
55 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAAT-AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ***
19885 GAAACG-TGAAGAAAAATG-CATTCATTGCTAAGAAAAGTCCGTTATGGTCACT
119 -AAAAGATGAAGAAAAA-GCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCC---A---T---T
* * * *
19937 CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTATATGGCT-TTATAATCTCACAATTGATTTTAAG
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTCTTAAATGG-TATTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
* *
20000 TTCAATTTTTTT
64 TTGAATTGTTTT
20012 TTTACATTTT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 26, Indels: 29
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 65 0.32
171 130 0.63
172 7 0.03
174 1 0.00
177 1 0.00
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTCTTAAATGGTATTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGA
AAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATT
Found at i:20501 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20151--20550 Score: 437
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
20141 NNNNNNNNNN
* * *
20151 TTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTTTACTTTTTTAGTTAA
1 TTTAAATGGTTTTAT-ATCTC-AAATTAATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTTACTATTTTAGTTAA
* * * *
20216 AACAGACTATAATTAATTATCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGTATTTATACGCAAGAAAAG
62 AACAGACTATAATTAATTATCTACATTGAGAAAAGTAAAGAAAAAGGATTAATACGCAAGAAAAG
* * * *
20281 TTTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCCAAAGCTTTGTTACCCAC
127 TTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCAC
*
20324 TTTAAATGGTTTTATACTCTCAAACTCAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTATTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATA-TCTCAAA-TTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTATTTTAGTTAAAA
* * * * ** *
20389 CAGATTATAATTGAA-TGTGTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGAGATTAATTGGTAAGAAAAG
64 CAGACTATAATT-AATTATCTACATTGAGAAAAGTAAAGAAAAAG-GATTAATACGCAAGAAAAG
* ***
20453 TTTATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGC
127 TTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCAC
* * * * *
20496 TTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAA-TGTTTTTA-TATTTT
1 TTTAAATGGTTTTAT-ATCTCA-AATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTATTTT
20551 TCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 29, Indels: 15
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 65 0.34
172 86 0.45
173 35 0.18
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGGTTTTATATCTCAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTATTTTAGTTAAAACA
GACTATAATTAATTATCTACATTGAGAAAAGTAAAGAAAAAGGATTAATACGCAAGAAAAGTTTA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCAC
Found at i:21294 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20966--21282 Score: 361
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
20956 ATTCATGGGC
* * * * *
20966 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCACTCCTTCAAAAGCCTTAACATTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAATCCATTTACAGTCATCCACTCCATCAAAAGCCTTAACA-TAGCTTTAAATGACTTTA
* * * * * *
21031 GAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACGTTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
65 GAATCTCATAATTAATTCTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTCATCAAAATAGACTATAAATGAA
* *
21096 AGCCTGCCTCGGGAAACATATAGAAAAACCCATTCATCAAA
130 AGCCTACCTCGAGAAACATATAGAAAAACCCATTCATCAAA
* *
21137 AAGAAAAATCCATTTACAGTCA-CCTATTCCATCAAAAGCCTTTCAAC-TAGCTTTAAATGGCTT
1 AAGAAAAATCCATTTACAGTCATCC-ACTCCATCAAAAGCC-TT-AACATAGCTTTAAATGACTT
* ** * *
21200 TATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTAAATGTTTTT-ACATTTTTGGTCAACATTGACTATAAAT
63 TAGAATCTCATAATTAATTCTAAGTTAAAT-TTTTTGACATTTTTCATCAAAATAGACTATAAAT
* * *
21264 GAATGTCTACCTTGAGAAA
127 GAAAGCCTACCTCGAGAAA
21283 TATGAAGAAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 23, Indels: 8
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 107 0.90
172 7 0.06
173 3 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAATCCATTTACAGTCATCCACTCCATCAAAAGCCTTAACATAGCTTTAAATGACTTTAG
AATCTCATAATTAATTCTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTCATCAAAATAGACTATAAATGAAA
GCCTACCTCGAGAAACATATAGAAAAACCCATTCATCAAA
Found at i:22197 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21901--22818 Score: 950
Period size: 172 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
21891 NNNNNNNNNN
* * *
21901 AGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCC-TTCCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
21965 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
**
22030 CATTTTTTCTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
131 CATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * *
22071 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
22136 AAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTT
* ** * *
22201 TCATTTTTCATTAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTG
130 ACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * * *
22243 GGAACCATGGAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCG
1 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
22307 AATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * *
22372 ATATTTTTAGTTAAAATCGACAATAATTGAATGTCTACC-TC
130 ACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * **
22413 ATGAAGCATGAAGAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTTTTTCA
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
22477 AAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGCTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTT
* * * ** * * ** **
22542 TTATATTTTTGGTCAAAACAGGTTATAAATGAATGTGTGTCTCA
128 TTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * ** **
22586 AGAAACGTGGTGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAACTGTCCATTTATAGTCA-CCACTTTTTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCA
*
22650 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCACTTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTT
* * * *
22715 TACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATT-AATTATGTACCTTG
129 TACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTG
* * * * * *
22758 AGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTTATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTT
1 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
22819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 124, Indels: 25
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 115 0.19
171 161 0.26
172 264 0.43
173 71 0.12
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
Found at i:22577 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 21901--22818 Score: 997
Period size: 343 Copynumber: 2.7 Consensus size: 340
21891 NNNNNNNNNN
* * * *
21901 AGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCTTCCTTTAAA
1 AGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAA
* * *
21966 AGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
** * *
22031 ATTTTTTCTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
129 ATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* *
22096 TTGATAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGG
194 TTGACAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGG
* ** * * * * *
22161 TTTTATAATCTCATGATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAATAGAGTATA
259 CTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCATTTTTCATCAAAACAGAGTATA
* **
22226 ATTGAATGTCTGCCTTG
324 AATGAATGTCTGCCTCA
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22243 GGAACCATGGAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCG
1 AGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCA
* * * * *
22307 AATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
22372 ATATTTTTAGTTAAAATCGACAATAATTGAATGTCTACC-TCATGAAGCATGAAGAAAAATGCAT
127 ACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTCA-GAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * * **
22436 TCATTGCCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AT
191 TCATTGACAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAT
**
22499 ATGGCTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATGTTTTTTTAT-ATTTTTGGTCAAAACAG
256 -TGGCTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTT-TCATTTTTCATCAAAACAG
* *
22563 -GTTATAAATGAATGTGTGTCTCA
318 AG-TATAAATGAATGTCTGCCTCA
* * * * * **
22586 AGAAACGTGGTGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAACTGTCCATTTATAGTCACCACTTTTTTCAA
1 AGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA-AGTCCATTTATAGTCACCA-TTCCTTCAA
**
22651 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCACTTTTTTTT
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTT
* * * * * * * *
22716 ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATT-AATTATGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCAT
127 ACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAA-TGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * * * * * *
22779 TTATTGGCAAGACAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTT
191 TCATTGACAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
22819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 84, Indels: 30
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 119 0.25
343 288 0.61
344 65 0.14
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
GACAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGCT
TTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCATTTTTCATCAAAACAGAGTATAAA
TGAATGTCTGCCTCA
Done.