Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397484.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_619.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13311
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 2424 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:978 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 693--2397 Score: 1270
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
683 AAAAAAATTA
* *
693 TTTTAACAAAAAATAG-AAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAA
1 TTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
756 AGCGAGTAATATGGCTTTCGTAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGG
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAATGGC
* * * *
821 TTTTTCTTTATGTTTC-CTAATGCAAACATTCAATTATAATATG
128 TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * ** **
864 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * * *
929 CGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCATGGGTGGGTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATAGTTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAATGAATGGCTT
* * * *
994 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTAAAATTTG
130 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
1035 TTTTAACAAAAAATGT-AAGAAATTTAACTTACATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
1099 CG-TTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGGCTT
* * * *
1162 TTTCTTCACTTTTTC-CAGGGCT-AACATTCAATTAGAATCCG
130 TTTCTTCA-TGTTTCTCAAGG-TAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
1203 TTCTAACTAAAAATATAAAACAAATT-AACTTCAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *********** * * * * * **
1267 GTGAGTAATAAGTNNNNNNNNNNCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCTAATGGATAAC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGC-AATGAATGGC
* ** * * * *
1331 TTTTGCTTCACATTTCTTAGGGTAGACAATT-AATTATAATAC-A
128 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC-ATTCAATTATAAT-CTG
* * * * **********
1374 TTTTAA-TCAGAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATTAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAA
1 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * **
1438 GTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGATATAGGTGACTAT-AATGGGCTTTTGTTGCCAACAAATGGCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGGCT
* * * * *
1502 TTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTT
129 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * ***********
1544 TTTTTACTAAAAATATAAAAATATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNT
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * *
1609 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGGGGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGGCT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGGCT
* * * * *
1674 TTTGCCTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATG
129 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
1716 TTTTAA-TCAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
1779 CG-GTAAT-AGGCTTTTGAAGGC-TGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTAT-AAATGAATAAG-T
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCAATGAAT-GGCT
* *
1839 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAACCA-TCAATTACAATCTA
129 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAA-CATTCAATTATAATCTG
* * * * *
1880 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
1945 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGC-TTTCTTATCAATCAATGGCTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAATGAATGGCTT
* * * * * * *
2009 TGTCTTCAGGTTTCTCAAGGCATATAGTCAATTATATTCTG
130 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
** * * * ** *
2050 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCTTCCTAAAATTAATTATGAGGTTGCAAAACAATTTAAA-
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
2114 CGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGTCAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAGTAAG
66 C-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT-GACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAAT-GG
* * * *
2178 -TTTGTCTTTATGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAATTGTCATCTG
127 CTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * * *
2221 TTTTAACAAAAAATATAAAAAGATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACTATTTAAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ***
2286 CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGGCTT
* * * * *
2351 TTTTTTTATATTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTG
130 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
2392 TTTTAA
1 TTTTAA
2398 TCAACAANNN
Statistics
Matches: 1199, Mismatches: 285, Indels: 100
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 20 0.02
165 34 0.03
166 66 0.06
167 8 0.01
168 71 0.06
169 148 0.12
170 336 0.28
171 437 0.36
172 79 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAATGAATGGCTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
Found at i:2266 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 724--2398 Score: 975
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 334
714 AATTCAATTC
* * * * * **
724 AAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTCGTAGGCTTGAGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCG-GTAATA-GGCTTTCGAAGGC-TGGGTAA
* ** * * *
789 CTATAAATGGGCTTTTCT-TGCAAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTC-CTAATGCAAA-CATT
63 CTATAAATGGGCTTCTCTAT--AAATGAATAAGTTTGTCTTCATGTTTCTC-AA-GGAAACCA-T
* * * * * * *** *
851 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATA
123 CAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATA
* * * * ** *
916 AAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCATGGGTGGGTATAAATGGGCTTTTCTTAT
188 AAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGT
* ** * * * * *
981 CAATCAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTAAAATTTGTTTTAACAAAA
253 CAATGAAT-GGCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAA
* *
1046 AATGTAAGAAATTTAACTT
316 AATGTAAAAAATTTAACCT
* * * * * * * * * * *
1065 ACATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGTTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGAT
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCGGTAAT-AGGCTTTCGAAGG-CTGGGTAAC
* * * *** * * *
1130 TATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTT-TCTTCACTTTTTC-CAGGGCTAA-CATTC
64 TATAAATGGGCTTCTCTAT--AAATGAATAAGTTTGTCTTCA-TGTTTCTCAAGG-AAACCA-TC
* ** * * * * * *
1191 AATTAGAATCCGTTCTAACTAAAAATATAAAACAAATT-AACTTCAAATCAATTATGAGATTAGA
124 AATTACAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATA
* ** *********** * * * *
1255 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTNNNNNNNNNNCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATG
188 AAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TG
* ** * * * * * *
1319 -CTAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTCTTAGGGTAGACAATTAATTATAATAC-ATTTTAATC
252 TC-AATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAAT-CTGTTTTAAT-
*
1382 AGAAATGTAAAAAAATTTAACCT
313 AAAAATGT-AAAAAATTTAACCT
* ********** * * * * ** * *
1405 AAAATTAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGATATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCG-GTAAT-AGGCTTTCGAAG-GCTGGGTAA
* * * ** * * * * *
1470 CTAT-AATGGGCTTTTGT-TGCCAACAAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGA-CATT
63 CTATAAATGGGCTTCTCTAT--AAATGAATAAG-TTTGTCTTCATGTTTCTCAAGG-AAACCA-T
* * * * * * *
1531 CAATTATAATTTTTTTTTACTAAAAATATAAAAATATTCAA-CTGAAAATCAATTATGAGATTAT
123 CAATTACAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGAATAT
*********** ** * * *
1595 AAANNNNNNNNNNTCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGGGGACTATAAATGGGCTTTTGTT
187 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * *
1660 GTCAATGAATGGCTTTTGCCTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
251 GTCAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAA
*
1725 AAATGTAAAAAATTTAACTT
315 AAATGTAAAAAATTTAACCT
* * * * *
1745 AAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGGTAATAGGCTTTTGAAGGCTGGGTGACTA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCGGTAATAGGCTTTCGAAGGCTGGGTAACTA
*
1810 TAAATGGGCTTCTCTATAAATGAATAAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAACCATCAATTACA
66 TAAATGGGCTTCTCTATAAATGAATAAGTTTGTCTTCATGTTTCTCAAGGAAACCATCAATTACA
* ** *
1875 ATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACTATT
131 ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATT
** * *
1940 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGC-TTTCTTATCAATCAAT
196 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT
* * * * * *
2004 GGCTTTGTCTTCAGGTTTCTCAAGGCATATAGTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
261 GGCTTT-TCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT-AA
*
2069 AAAATTCT-TCCT
323 AAAATT-TAACCT
* * * *
2081 AAAATTAATTATGAGGTTGCAAAACAATTTAAA-CGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTCA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGC-G-GTAAT-AGGCTTTCGAAGGCTGGGT-A
* * *
2145 ACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCAAATGAGTAAGTTTGTCTTTATGTTT-TCCAAGGTAAA-CAT
62 ACTATAAATGGGCTTCTCTAT--AAATGAATAAGTTTGTCTTCATGTTTCT-CAAGG-AAACCA-
* * * *
2207 TCAATTGTC-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAGATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGAATA
122 TCAATT-ACAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATA
* ***
2271 TAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGGCTTTTCTT
186 TAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * ** *
2336 GTCAATGAATGGCTTTTTTTTTATATTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAAT
251 GTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAAT
2399 CAACAANNNN
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 261, Indels: 86
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
334 54 0.05
335 27 0.03
336 119 0.12
337 45 0.04
338 48 0.05
339 174 0.17
340 188 0.18
341 248 0.24
342 122 0.12
343 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
AAAATCAATTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCGGTAATAGGCTTTCGAAGGCTGGGTAACTA
TAAATGGGCTTCTCTATAAATGAATAAGTTTGTCTTCATGTTTCTCAAGGAAACCATCAATTACA
ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATT
TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT
GGCTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAA
ATTTAACCT
Found at i:3039 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2502--3079 Score: 572
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
2492 TGAGGGAATG
* * * * *
2502 AGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTT-TTCAAT-TTTTCCAAGGTAAAC
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCCAAGGTAAAT
* * * * *
2565 ATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATATATAAAAACAATTCACCTTAAAATTAATTATGAG
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC--AAAA-ATGT-AAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
** * *
2630 ATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGACTTG
125 ATTATAAAATAATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-CTTA
* * * ** ** * ** *
2675 AGTGACAATAAATGGACTTTT-TATGCTAATGAATGAATTTTGGTTCACGTTTCTGAAGGTAGAT
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAT
* * * * *
2739 ATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAACATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
2804 CTAAAAATAATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTA
128 AT-AAAATAATTTAAACT-GAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCTTA
* * * *
2847 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGGTAAATA
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAATA
* *
2912 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAACAAAATTAAACTTAAAATCAGTTATGATATTAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAA-AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
2977 AAAATTA-TTAAACGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAAGCTCA
130 AAAATAATTTAAAC-TGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGCTTA
* * * *
3017 AGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAA
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAA
3080 CATGAAATTA
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 63, Indels: 29
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 77 0.23
171 70 0.21
172 106 0.32
173 39 0.12
174 32 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAATA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAATAATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCTTA
Found at i:3459 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3113--4224 Score: 1051
Period size: 172 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
3103 TTCTTTTGCA
* * * * **
3113 AATGAATGCCTTTTTCTTCAC-TTTTTCCAGGGCAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAATCAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAA
* * * * **
3177 AATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTACCAA
65 AATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
* * ** * *
3242 GTCTTTCAAACACTTGAGTGAGTATAAGT-GAGCTTTT-TATGTT
129 GGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCT-TGTT
* * * * * * *
3285 AATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA
* * *
3350 ATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTTAAAGTGAGTAATGAG
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * *
3415 ACTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGTT
130 GCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTT
* * * * * **
3457 AATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAGCCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA
** * * * * * * *
3522 ACATAATAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATAATATTATAAAACTA-TTAAAATCGAGTAATAAG
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT-GAGTAATAAG
* * * *
3586 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTT
130 GCTTTCGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTT
* * * * * * *
3628 AATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAA
* * * * *
3691 AATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTACGAG-TTGATAAAACGATTTAAATTGAGTGATAA
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * *
3755 GGCTTTCGAAGACATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTATC
129 GGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTT
* * * * *
3798 AATGAAT-GCATTTTTCTTCACATTTTTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAA
1 AATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AA
* * * * * *
3861 AAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATAA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
3926 GGCTTTCGAAGGTTTAGGTGACTATAAAT-TAGCTTTTCTTGTT
129 GGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTT
* * * * * * * *
3969 AATGAATGACTTTTTTTTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAAT-AAGATATAATTTGTTTTAACCAA
1 AATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA-TTATAATATGTTTTAATCAA
* *
4033 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTAAAGCGAGTAATAA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
* * *
4098 GGATTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGA-TTTTCTTATC
129 GGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTT
* * * * *
4141 AATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTTTCATGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA
*
4206 ATATAAAAAAATTCAACTT
66 ATGTAAAAAAATTCAACTT
4225 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 149, Indels: 45
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 131 0.17
171 293 0.38
172 330 0.43
173 8 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTT
Found at i:7123 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6817--7619 Score: 778
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 169
6807 NNNNNNNNNN
* * * * *
6817 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-
* * *
6882 AGATTATAATTGAATGT-TGCC-CTAAACAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTAACAACAAAAGC
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAA-AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAATAAAAGC
*
6945 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGA-
128 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTC-AC
* * *
6987 TTTCAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATTTTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-
* * * ** * * *
7052 AAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAATAGAAGTCT
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAATAAAAGCCC
* * * *
7117 ATTTATAGTCACTCATGTCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAT
130 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCAC
* ** * * *
7157 TTTTAATGGTTTTATAAGATTATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTTGTTATATTTTTGGCTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT-TTATATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * * *
7221 TGATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAATATGAGGAAAAAGCCATTCTTTAACCAGAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAATAAAAGCC
* * * *
7286 CATTTATAGTCAACTAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCAC
129 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCAC
* * * * * * *
7327 TTTAAATTGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATGTGTTTACATATTTGATTAAAA
1 TTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * **
7392 TATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGTATAAAAAG
65 -AGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAT-AAAAG
* * ** *
7456 CCCACTTATAGTCACTCAAGTGTTTGAAAGA-CTTATTACTCAC
127 CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-ACCTTATTACTCAC
*
7499 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAAA
* * * *
7564 GGATTAGAATTGAATGTCTGCACT-AAAAAAAGTGAA-AAAAAGGCATTCATTTACAA
66 -GATTATAATTGAATGTCTGC-CTCAAAAATA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAA
7620 GAAAGCTCAC
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 106, Indels: 31
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.05
170 267 0.52
171 129 0.25
172 88 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAAA
GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAATAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCAC
Found at i:8157 original size:580 final size:580
Alignment explanation
Indices: 7111--8204 Score: 1644
Period size: 580 Copynumber: 1.9 Consensus size: 580
7101 TTAGTAATAG
* * * *
7111 AAGTCTATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTTAATGGTTTTATAAGA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAAGA
* * * * *
7176 TTATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTGGCTAAAATGATTGTAATTGAATGTCTG
66 GTATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTGGCTAAAATGATTATAATTGAATATCTA
* * * *
7241 CCTTGGAAAATATGAGGAAAAAGCCATTCTTTAACCAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTAAGCC
131 CCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTAAGCC
* *
7306 TTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATG
196 TTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTATTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATG
* *
7371 TGTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGCAAAAG
261 TGTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACGTGAAGCAAAAG
* **
7436 TCATCCATTAGTATAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGTGTTTGAAAGACTTATTACTCACTT
326 TCATCCATTAGCATAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTT
** *
7501 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAGG
391 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAGG
*
7566 ATTAGAATTGAATGTCTGCAC-TAAAAAAAGTGAA-AAAAAGGCATTCATTTACAAGAAAGCTCA
456 ATTAGAATTGAATGTCTGC-CTTAAAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGCTCA
7629 CTTAATTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTTAAAAAAACTCATTCATTGACAAGAA
520 CTTAATTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTTAAAAAAACTCATTCATTGACAAGAA
* * * *
7690 AAGTCCATTTATAGTCACCCGA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAGTGGTTTTATAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAAG
* * * *
7754 AGTATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTCTATTTTTTG-TTAAATCAGATTATAGTTGAATAT
65 AGTATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTGGCTAAAAT--GATTATAATTGAATAT
* * * *
7818 TTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAA
128 CTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTAA
* * *
7883 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAACTTGA
193 GCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTATTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAACTTGA
* *
7948 ATGTTTTTACACT-TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAA-CT
258 ATGTGTTTACA-TATTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACGTGAAGC-
* *
8011 AAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACT
321 AAAAGTCATCCATTAGCATAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACT
8076 CACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
386 CACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
* * ***
8140 AAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGTAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
450 AAAAGGATTAGAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
8205 AGTCCATTTA
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 48, Indels: 14
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
578 5 0.01
579 92 0.20
580 335 0.73
581 27 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (580 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAAGA
GTATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTGGCTAAAATGATTATAATTGAATATCTA
CCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTAAGCC
TTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTATTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATG
TGTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACGTGAAGCAAAAG
TCATCCATTAGCATAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTT
TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAGG
ATTAGAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGCTCAC
TTAATTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTTAAAAAAACTCATTCATTGACAAGAA
Found at i:8218 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7674--10734 Score: 2729
Period size: 171 Copynumber: 17.9 Consensus size: 170
7664 TAAAAAAACT
* * *
7674 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
7739 TAGTGGTTTTATAATAGT-ATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTGTT-CTATTTTTTGTTAAATCA
66 AAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACA
* * * * *
7802 GATTATAGTTGAATATTTACCTTGGGAAACA-TGAAGAAAAAGC
129 GATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GAAAAAGTGAAGAAAAAGC
*
7845 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
** * * * * *
7909 TAAATTATTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTACACTTTT-GATTAAAAT
65 TAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC
* * * * ** *
7973 ATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAACTAAAAGT
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAAGTGAAGAAAAAGC
* * * * *
8017 CATCCATT-AGCATA-AAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACT
1 CATTCATTGA-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
** *
8080 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * *
8144 GGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGTAAAAGTGAAGAAAAAGG
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAAAGTGAAGAAAAAGC
** * * *
8188 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
8253 AAAGGGCTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
8318 TTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCACAAGC
131 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAAGTGAAGAAAAAGC
* * * * * *
8359 TATGCATTGACAACAAAAG-CCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAACCTTATTATTCGA-
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-AC
* ** *
8421 TTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTCTTACATTTTTAGTTAAAAC
63 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** *
8486 AAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATGTGAA-AACAAAGT
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA-GTGAAGAA-AAAGC
*** ** * ** * * * * ** *
8530 GGCTCATTGGTAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
8595 AAATAGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTACGTT-AAGTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * * *
8658 TATTACAATTGAATGTTTGCCTTGCAAAATGTGAAGAAAAA-C
129 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-AAAAAGTGAAGAAAAAGC
* * * * *
8700 TCATTCATTGATAACAATAA--CCTAGTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA
1 -CATTCATTGACAAGAA-AAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-A
* *
8763 -TTTAAATGGTTTTATCAA-CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCA-TTAA
62 CTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAA
* *
8825 AAC-GAATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGCAAAAA-TGAAGAAAAAGG
125 AACAG-ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-G-AAAAAGTGAAGAAAAAGC
* * * ** * *
8872 CATTCGTTGGA-AAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 CATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
8936 TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * *
9001 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGC
130 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAAGTGAAGAAAAAGC
* * * * * * * *
9043 TATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATA-CCTTTGAAAACTTTATTACTCGA-T
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACT
* ** * * *
9106 TTCAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAAT
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC
* * * *
9170 ATATTAT-ATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAACC
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGC
* * * * ** **
9213 CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCAAGAGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
9278 AAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
9343 TTATAACTGATTGTCTACCTT-AAGAAACTTGAAAAAAAAAGC
131 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAA-GTG-AAGAAAAAGC
* * * * ** * *
9385 CATCCATTAACAAGAAAA--CCTAATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGTTTTATTACTTATT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCC--ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
9448 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * *
9513 TATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAACC
129 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGC
* * * * * *
9556 CATTCATTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATCATTCGA-TT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTT
** * *
9620 TAAATCATTTTATCAA-CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
65 TAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * *
9684 AGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAAAAATGTGAAGCAAAAGC
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGC
* ** * * * * * *
9728 TATTCATTGGTAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATGACTTGA-TT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCACTT
* * * * * *
9792 TCAATGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
*
9857 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAAAACATGAAGAAAAAGC
130 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGC
* * * * ** *
9898 CATTCATT-AGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCATT
1 CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * * *
9961 TTTAATAGTTTTATAATATTATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTGTTACATTTTTAGCTAAAACA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * *
10026 TATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACA-T-AACAAAAAAGC
129 GATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GAAAAAGTGAA-GAAAAAGC
* * * *
10069 CATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
10134 AAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTCGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAAT
66 AAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTT-AAAAC
* * * * * * ** *
10198 ATATTATAATTCAATATCTCCCTTCAGAAATGTGAATCAAAAGT
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAAGTGAAGAAAAAGC
* * * * * * *
10242 CATTTATT-AGCATA-AAAAGTCCACTTATTGTCATTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCAGT
1 CATTCATTGA-CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* *
10305 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * *
10370 CAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGTGAAG-AAGAGG
127 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAGTGAAGAAAAAGC
* ** * *
10413 CATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTC-ATTCTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
10476 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTCTTTAGTTAAAAC
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAAC
* * *
10540 ATATTATAATTGATTGTCTTCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGC
128 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGC
* * * * * ** ***
10584 CATTCATCGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
10649 AAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATCTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * *
10714 TGACAATTGAATGTTTGCCTT
131 TTATAATTGAATGTCTGCCTT
10735 AGTAAACATG
Statistics
Matches: 2377, Mismatches: 413, Indels: 200
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 54 0.02
170 320 0.13
171 1317 0.55
172 536 0.23
173 134 0.06
174 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAGTGAAGAAAAAGC
Found at i:8328 original size:751 final size:748
Alignment explanation
Indices: 6918--8331 Score: 1687
Period size: 751 Copynumber: 1.9 Consensus size: 748
6908 CAATGTGAAG
6918 AAAAAACCATTCATTAACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTAC
1 AAAAAACCATTCATTAACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTAC
* *
6983 TCGATTTCAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATTTTTTTGGTTA
66 TCGATTTCAATGGTTTTATAAACTCATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATTTTTTTGGTTA
* * * * * *
7048 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAATAGAA
131 AAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAA
* * * * * *
7113 GTCTATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTTAATGGTTTTATAAGATT
196 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAGATT
* * * * * * *
7178 ATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTGGCTAAAATGATTGTAATTGAATGTCTGCC
261 ATAACTGATTTTAACTTGAATTTTGTTACACTTTTGACTAAAATGATTATAATTGAATATCTACC
* ** * * * *
7243 TTGGAAAATATGAGGAAAAAGCCATTCTTTAACCAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTAAGCCTT
326 TTGGAAAACATGAACAAAAAGCCATCCATTAACCAAAAAAGTCCACTTATAGTCAACTAAGCCTT
* ** **
7308 CGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATGTG
391 CGAAAGACTCATTACTCACTTTAAATTAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAAGTGAATGTG
* * * *
7373 TTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGCAAAAGTC
456 TTTACATATTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGGC
* ** ** *
7438 ATCCATTAGTATAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGTGTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTA
521 ATCCATTAGTAAAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGTCCTCAAAAGACTTATTACTCACCTTA
* * * *
7503 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAGGAT
586 AAGGGCTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGGAT
7568 TAGAATTGAATGTCTGCACTAAAAAAAGTGAAAAAAAGGCATTCATTTACAAGAAAGCTCACTTA
651 TAGAATTGAATGTCTGCACTAAAAAAAGTGAAAAAAAGGCATTCATTTACAAGAAAGCTCACTTA
7633 ATTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTTA
716 ATTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTTA
* * * *
7666 AAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGA-GCCTTCGAAAGCCTTATT
1 AAAAAAC-CATTCATTAACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTCGAAAACCTTATT
* * * * *
7730 ACTCGCTTTTAGTGGTTTTATAATAGT-ATAACTAATTTTAAGTTGAAT-TTTGTTCTATTTTTT
64 ACTCGATTTCAATGGTTTTATAA-ACTCATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTT-TTAT-TTTTTT
* * * * ***
7793 -GTTAAATCAGATTATAGTTGAATATTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAC
126 GGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-C
* * *
7856 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTT
189 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * *
7920 -TACA-ATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTT-TTACACTTTTGATTAAAATATATTATAA
253 ATA-AGAT-T-ATAACTGATTTTAACTTGAAT-TTTGTTACACTTTTGACTAAAAT-GATTATAA
* * * * *
7982 TTGAATATCTACCTT-GAGAAACGTGAACTAAAAGTCATCCATT-AGCATAAAAAGTCTACTTAT
313 TTGAATATCTACCTTGGA-AAACATGAACAAAAAGCCATCCATTAACCA-AAAAAGTCCACTTAT
* * *
8045 AGTC-ACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAA-TAATTTTATAATCTCATAATTGA
376 AGTCAACT-AAGCCTTCGAAAGACTCATTACTCACTTTAAATTAATTTTATAATCTCATAATTAA
* * * * * * *
8108 TTTTAAAGTGAATTTTTTTATAT-TTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGTA
440 TTTTAAAGTGAATGTGTTTACATATTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAA
* * * *
8172 AAA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCCTCA
503 AAATGTGAAGAAAAAGGCATCCATTAGTA-AA-AAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGT-CCTCA
*
8233 AAAGCCTTATTACTCACCTTAAAGGGCTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTT
565 AAAGACTTATTACTCACCTTAAAGGGCTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTT
*
8298 ACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGT
630 ACATTTTTGGTTAAAA-AGGATTAGAATTGAATGT
8332 TTACCTTGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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749 123 0.22
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751 236 0.43
752 90 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (748 bp):
AAAAAACCATTCATTAACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTAC
TCGATTTCAATGGTTTTATAAACTCATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATTTTTTTGGTTA
AAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAGATT
ATAACTGATTTTAACTTGAATTTTGTTACACTTTTGACTAAAATGATTATAATTGAATATCTACC
TTGGAAAACATGAACAAAAAGCCATCCATTAACCAAAAAAGTCCACTTATAGTCAACTAAGCCTT
CGAAAGACTCATTACTCACTTTAAATTAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAAGTGAATGTG
TTTACATATTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGGC
ATCCATTAGTAAAAAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGTCCTCAAAAGACTTATTACTCACCTTA
AAGGGCTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGGAT
TAGAATTGAATGTCTGCACTAAAAAAAGTGAAAAAAAGGCATTCATTTACAAGAAAGCTCACTTA
ATTGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTTA
Found at i:8707 original size:513 final size:513
Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 6.1 Consensus size: 513
7627 CACTTAATTG
* * * * *
7637 TAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTTAA-AAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
7701 TAGTCACCCGA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAGTGGTTTTATAATAGT-ATAACTA
66 TAGTCACCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTG
* * * * * * *
7764 ATTTTAAGTTGAATTTTGTT-CTATTTTTTGTTAAATCAGATTATAGTTGAATATTTACCTTGGG
128 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
*
7828 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG-A
192 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
** ** * * *
7891 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTT
256 AAGCCTTATTACTCATTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** *
7956 ACACTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAACTAAAAGTCAT
320 ACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * *
8020 CCATT-AGCATA-AAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTA
384 TCATTGA-CA-ACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * **
8083 AATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACGG
447 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAG
8146 ATTA
510 ATTA
* * **
8150 TAATTGAATGTCTGCCTTGGTAAAA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
1 TAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
8214 ATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAGGGCTTTATAATCTCATAATTGA
65 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
8279 TTATAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
129 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * * * * *
8344 ACGTGAAGCACAAGCTATGCATTGACAACAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAA-
194 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAG
* * ** *
8408 CCTTATTATTCGA-TTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTCTTACA
259 CCTTATTACTC-ATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* ** * ****
8472 TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATGTGAA-AACAAAGTGGCTCA
323 TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTGAAGAA-AAAGCCATTCA
** *** * * * **
8536 TTGGTAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTTAAATAG
387 TTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * *
8601 TTTTATAATGTCATAATTAATTTTACGTT-AAGTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTA
452 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTA
* * * * *
8663 CAATTGAATGTTTGCCTTGCAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGATAACAATAA--CCTAGT
1 TAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAA-AAGTCC-ATT
8726 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATCAA-CTCATAATT
64 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATT
* * **
8790 AATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCA-TTAAAAC-GAATTATAATTGAATGTCTGTCTT-
127 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * *
8852 AGCAAAAATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGA-AAGAAAGGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCCGT
190 AG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTT
* *
8915 C-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
252 CGAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
8979 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGCT
317 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCC
* * * * *
9044 ATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATACCTTTGAAAA-CTTTATTACTCGATTT
382 ATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
9108 CAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATA
446 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
9173 TTA
511 TTA
* * * * *
9176 T-ATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTA
1 TAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** *
9240 CAGTCACCCAAGAGTTCGAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
66 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-T-CATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
9304 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAACTGATTGTCTACCTTAAGAA
129 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * * * * * *
9369 ACTTGAAAAAAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAA-CCTAATTTATAATCACCCAAGCCTTCG-AA
194 ACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
** * * * * *
9432 AGTTTTATTACTTATTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAGTTTTTTTAC
257 AGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
9497 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
322 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* ** * * *
9562 TTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATCATTCGATTTAAATCA
387 TTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
* * *
9627 -TTTTATCAA-CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
451 GTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTA
* * * ** * *
9690 TAATTGAATGTTTGCCCTAAAAAATGTGAAGCAAAAGCT-ATTCATTGGTAACAAAAGCCCATTT
1 TAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAG-AAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
9754 ATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATGACTTGATTTCAATGATTTTACAAACTCATAATTGA
65 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
9819 TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAAA
129 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * * *
9883 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAACAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGTCTT-TAAA
194 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
* * * * * * * *
9945 AGCCTTATTACTCATTTTTAATAGTTTTATAATATTATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTGTTAC
257 AGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * *
10010 ATTTTTAGCTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACAT-AACAAAAAAGCCATTC
322 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTC
* * * * * * * * *
10074 ATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATT
386 ATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * *
10139 GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTCGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAATATATTA
451 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT-AAAATAGATTA
* * * * * * ** * * *
10204 TAATTCAATATCTCCCTTCAGAAATGTGAATCAAAAGTCATTTATT-AGCATA-AAAAGTCCACT
1 TAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGA-CA-AGAAAAGTCCATT
* ** * * *
10267 TATTGTCATTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
64 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
10332 ATTTTAAGATGAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGA
128 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
10397 -AAA-AGTGAAG-AAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA-CTCAT-TCTCTC
191 GAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCT-ATGCCT-TC
** * *
10457 -AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTT
253 GAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
10521 TTA-TTTCTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTTCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCC
318 TTACATT-TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
10585 ATTCATCGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTA
382 ATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
10650 AATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATCTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGA
447 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGA
*
10714 TGA
511 TTA
* * * * *
10717 CAATTGAATGTTTGCCTTAGTAAACA--TGAAGACAAACTCACTCATTTG-CAAGAAAAGCCCAT
1 TAATTGAATGTTTGCCTT-G-AAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCAT
*
10779 ATATA
63 TTATA
10784 ATCGNNNNNN
Statistics
Matches: 2166, Mismatches: 387, Indels: 162
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.00
512 191 0.09
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514 445 0.21
515 360 0.17
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517 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
TAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAAGCC
TTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
CAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTA
Found at i:11933 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11498--12116 Score: 551
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
11488 NNNNNNNNNN
* * *
11498 TCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTT
1 TCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTTT
* * * * *
11563 TTTACATTTTTGATTAAAA-TGTATTATAATTGATTGTC-GACCTTAGG-TAACGTGAAGCAAAA
65 TTTACATTTTTGATTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTG-CCTT-GGAAAAAGTGAAGAAAAA
* * ** *
11625 GTCATCCATTAGCATCAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCTTT--
127 GTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A--TTTCC
* **********
11670 T-AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTGAAGTT-AATTTT
1 TCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTT
* * *
11733 TTTTATATTTTT-AGTTAGAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAAAGTGAAG-AAAAG
64 TTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAG
*
11796 GCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCC
128 TCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCC
* * *
11839 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAA-TTT
1 TCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTT
* * * * * * *
11903 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACA-TTAAGAAAAAA
65 TTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAAAAGTGAAGAAAAAG
* * * * * * *
11967 TCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCACA-TGCC
128 TCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCC
* * * * *
12009 TTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAGGTTGAGTTT
1 -TCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTT
* *
12074 TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
64 TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
12117 CTAGGAAACA
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 70, Indels: 35
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
169 22 0.06
170 108 0.30
171 199 0.55
172 28 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGTCA
TTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCC
Done.