Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018399564.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2819.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 675

Length: 1125
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38


Found at i:301 original size:171 final size:168

Alignment explanation


    Indices: 1--1108  Score: 1109
    Period size: 171  Copynumber: 6.5  Consensus size: 168

                            *          *      *         *         *      *   
          1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTCAATGTCGACC
          1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC

             *         *          *       *           *           *  *       
         66 TCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTT
         64 TTGAGAAACATGAAG-AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAATTCCTT

                     *                *              
        131 CAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
        128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA

                                 *   *        **  **                         
        172 TAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTAATTTTTTTCATTCTAACAGACTATAATTGAAAT-TCTAC
          1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA--TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG-AATGTCTAC

                                                              * *  *         
        236 CTTGAGAAACATGAAGAAATAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAATCTCTAATTCCT
         63 CTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAATTCCT

                       *                               
        301 TCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCA
        127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCA

             * **                                 *                          
        343 TTACAGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
          1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC

             **              *   *                                  *        
        408 TCAAGAAACATGAAG--CAAGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTT
         64 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGAATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAATTCCTT

            **        *   *  *  *     *              
        470 GGAAAGCCTTTTTATTCTCTATAAATTATTTTATAATCTCA
        128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA

                          *     *       *           *                        
        511 TAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTCACATTTTGGTTAAACCAGACTATAATTGAATGTCTACCT
          1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT

            **                   *   *     *                       **        
        576 CAAGAAACATGAAGAAAAATGTATTAATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
         65 TGAGAAACATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAATTCCTTC

                           *                 *      
        641 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATCATCTCA
        129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA

                                           *          *                      
        681 TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC
          1 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC

                    ** *  *       *        *   *        *          *         
        746 TTGAGAAATGTAAAAAAACAAGTATTCATTGACAAAAAAAGTCTGTTTATAGTCTCCT-ATTCCT
         64 TTGAGAAACATGAAGAAA-AAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTAATTCCT

               *  *    *        *    *  *         *   
        810 TCAGAACCCTTTTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAATTTCA
        127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA

            *           *   *              *              *                * 
        852 AAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTGCATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGC
          1 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC

                                                 *        *             *    
        917 TTGAG-AA-ATGTATAGAAAAAGACATTCATAT-GCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
         64 TTGAGAAACATG-A-AGAAAAAGA-ATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAATTC

                     * *                            * * 
        979 CTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATAA
        125 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA

                *                                     *        *     **      
       1023 TAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAGTTGAACATCTACC
          1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC

                            *    
       1088 TTGAGAAACATGAAGAGAAAG
         64 TTGAGAAACATGAAGAAAAAG

       1109 GCATTTACTG


Statistics
Matches: 776,  Mismatches: 134, Indels: 54
        0.80            0.14        0.06

Matches are distributed among these distances:
 166    2  0.00
 167   49  0.06
 168   91  0.12
 169    6  0.01
 170  109  0.14
 171  501  0.65
 172   14  0.02
 173    4  0.01

ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39


Consensus pattern (168 bp):   
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
GAGAAACATGAAGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA

Done.