Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399565.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_282.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 64685
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 16933 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:288 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6--509 Score: 593
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
1 GTTGA
* * * * *
6 ACTTTTTGATGTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCATGGGAAACATGAAGAAA
1 ACTTTTTTATGTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTGCC-TTGGAAACATGAAGAAA
*
71 AAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
65 AAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * ** * *
136 CATTAAAT-AATTTTTTTGTCTCATAATTGATTTTAGGTTC
130 CTTTAAATGAA-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * *
176 ACTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGCCTTGGTAAACATGAAGAAA
1 ACTTTTTTATGTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTGCCTTGG-AAACATGAAGAAA
241 AAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
65 AAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
306 CTTTAAATGGATTTATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTT
130 CTTTAAATGAATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * *
346 AATTTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGAA-TATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAATATAAAG
1 ACTTTTTTATG--TTTTTTGTTAAAACA-AATTATAATTAAATGTCTGCCTTG-GAAACATGAAG
* * * ** * * * *
410 -AAAATGCATTAATTGATAAG-AAAGGTCTATTTATTGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTTTTA
62 AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
**
473 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
126 CTCACTTTAAATGAATTTATAATCTCAAAATTGATTT
510 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.85 0.11 0.04
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169 3 0.01
170 159 0.55
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172 41 0.14
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ACTTTTTTATGTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTGCCTTGGAAACATGAAGAAAA
AGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATGAATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
Found at i:342 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 310--347 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
300 TACTCACTTT
310 AAATGGATTTATAATCTTA
1 AAATGGATTTATAATCTTA
* *
329 AAATTGATTT-TAATTTTA
1 AAATGGATTTATAATCTTA
347 A
1 A
348 TTTTTTTTGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.47
19 9 0.53
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Consensus pattern (19 bp):
AAATGGATTTATAATCTTA
Found at i:2421 original size:18 final size:19
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Indices: 2389--2426 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
2379 NACTCGCTTT
2389 AAATGGATTTATAATCTTA
1 AAATGGATTTATAATCTTA
* *
2408 AAATTGATTT-TAATTTTA
1 AAATGGATTTATAATCTTA
2426 A
1 A
2427 TTTTTTTATA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.47
19 9 0.53
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AAATGGATTTATAATCTTA
Found at i:4278 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3637--5623 Score: 2027
Period size: 343 Copynumber: 5.8 Consensus size: 340
3627 NNNNNNNNNA
** * * * * *
3637 TTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACT-TGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAA-TATGAAGAAAA
** * * * *
3701 AGGCATCCA-TCAGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCATAGGCCTTATTACTCA
65 AGGCATTAATTGA-CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** * * * * * * * *
3765 CTTTAAATGGTTTTATAGCCTCAAAATTTATTTTAGGTTGAACTTGTTGACGTTTTTTGATAAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* **** * *
3830 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAA-ATGTATTCAATGGCAAGAAAAG
194 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAGAAAAGA--CATTCATTGGCAAGAAAAG
*
3894 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTTA
257 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCA
* *
3959 AAATTGATTTTAATATCAAT
322 AAATTGATTTTAGT-TGAAT
* * * * * *
3979 TGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCTCCCTGGAGAAATAT-AAAAAAA
1 T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAATATGAAGAAAA
* * *
4043 AGGCATTAATTGACAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAGTCAC
65 AGGCATTAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
4108 TTTAAATAGTTTTATAATATAAAAATTGATTTGAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTTAT-TTAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTT-TGTTAAA
*
4172 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAATGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG
193 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAA-GAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * *
4237 TCCATTTATAGTTACCCATTACTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTGA
257 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCA
*
4302 TAATTGATTTTAGGTTGAAT
322 AAATTGATTTTA-GTTGAAT
* * * * * **
4322 TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTTGATAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAATATGAAGAAAAA
* * * * * *
4387 GGTATTTATCGACAAGAAAGGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCGAAGGCCTTATTACTCA-T
66 GGCATTAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * *
4451 ATTAAATAGTTTTATAGTCTCAAAAGTT-ATTTTAGGTTGAACTTTTTGACTTTTTTTGTTAAAA
131 -TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * ** * * ** * *
4515 CAGATTATAATTGAAATGTTTGCCACTTCGAAACAAGAATCAAAAGGTATTGATTGGCAATAAAA
194 CAGATTATAATTG-AATGTCTACCTCAAC-AAACATGAA-GAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
4580 GTTCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGATTTATAATCTT
256 GTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTC
* *
4645 AAAATTGTTTTTAATTTGAAT
321 AAAATTGATTTT-AGTTGAAT
* * * * *
4666 TTTTTT-TATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTTAAGAAATATAAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCCTTGAGAAATATGAAGAAAA
* * * *
4729 AGGCATTAATTGACAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAGTCA
65 AGGCATTAATTGAC-AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
4794 CCTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTCAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACATTTTTTG-TTAA
* * *
4858 AACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACGAACATGAAGAAAAAGACTTTCATTGGCAAGAAAA
192 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
4923 GTTCTTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
256 GTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTC
* *
4988 ATAATTGATTTTAGGCTGAA-
321 AAAATTGATTTTA-GTTGAAT
** * * * * *
5008 TTTTTTATGTTTTTAGTTAGAAGAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAA-TATGAAGAAAA
* * *
5072 A-GCTATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCA
65 AGGC-ATTAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
5136 CTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTAC-TTTTTTAG-TAGA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAA
* ** * *
5199 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATCGGCAA-AAAA
193 ACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAACAAACATGAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
5262 GGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCATAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAGTCT
256 GTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCT
* *
5327 CAAAATTTATTTTAGGTTGAAC
320 CAAAATTGATTTTA-GTTGAAT
* * ** * *
5349 TTGTTGACGGTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAAATATGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAG-AAATATGAAGAAAA
* * * * *
5413 AGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
65 AGGCATTAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
5478 TTTAAATGGATTTATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTCAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * * *
5543 TAGACTATAATTGAATGTCTCCCT-AGAGAAATAT-AAAAAAAGGCATTAATTGACAAG-AAAGG
194 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-ACAAACATGAAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
5605 TCTATCTATAGTCACCCAT
258 TC-ATTTATAGTCACCCAT
5624 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 244, Indels: 83
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.01
340 124 0.09
341 202 0.15
342 270 0.20
343 524 0.39
344 204 0.15
345 29 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAATATGAAGAAAAA
GGCATTAATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAAT
TGATTTTAGTTGAAT
Found at i:4960 original size:687 final size:678
Alignment explanation
Indices: 3636--5562 Score: 2568
Period size: 687 Copynumber: 2.8 Consensus size: 678
3626 NNNNNNNNNN
* * * *
3636 ATTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACTTGAAGAAAA
1 ATTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAA
* * *
3701 AGGCATCCATC-AGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCATAGGCCTTATTACTCA
66 AGGTATTCATCGA-CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AGGCCTTATTACTCA
* * *
3765 CTTTAAATGGTTTTATAGCCTCAAAATTTATTTTAGGTTGAACTTGTTGACGTTTTTTGATAAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAA-TTATTTTAGGTTGAACTTTTTGACTTTTTTTG-TAAAA
* * *
3830 CAGATTATAATT-AAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATGTATTCAATGGCAAGAAAAG
192 CAGATTATAATTGAAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA-AAAAG
3894 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTTA
255 TTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTTA
* * * * *
3959 AAATTGATTTTAATATCAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCTCC
320 AAATTGTTTTTAATTTGAATT-TTTTT-CATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTC
* *
4024 CTGGAGAAATATAAA-AAAAAGGCATTAATTGAC-AAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGC
383 CT-TAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTAATTGACAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGC
* *
4087 TTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATATAAAAATTGATTTGAAGTTCAATT
447 TTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
4151 GTTTTTACATTTTTATTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAATGAAAA
511 GTTTTTACATTTTT-TTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAATGAAAA
* *
4216 GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTACTTTAAAATCCTTATTACTCACT
575 GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
4281 TTAAATGGTTTTATGATCTGATAATTGATTTTAGGTTGA
640 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGA
** * * * * *
4320 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTTGATAAACGTGAAGAAA
1 A-TTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAA
* *
4385 AAGGTATTTATCGACAAGAAAGGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCGAAGGCCTTATTACTCA
65 AAGGTATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAGGCCTTATTACTCA
*
4450 -TATTAAATAGTTTTATAGTCTCAAAAGTTATTTTAGGTTGAACTTTTTGACTTTTTTTGTTAAA
129 CT-TTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAA-TTATTTTAGGTTGAACTTTTTGACTTTTTTTG-TAAA
* * * ** *
4514 ACAGATTATAATTGAAATGTTTGCCACTTCGAAACAAGAATCAAAAGGTATTGATTGGCAATAAA
191 ACAGATTATAATTGAAATGTTT-AC-CTTGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA-AAA
* * * *
4579 AGTTCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGATTTATAATCT
253 AGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCT
*
4644 TAAAATTGTTTTTAATTTGAATTTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTC
318 TAAAATTGTTTTTAATTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTC
4709 CTTAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTAATTGACAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGC
383 CTT-AGAAATATAAAGAAAAAGGCATTAATTGACAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGC
* * *
4774 TTCAAAAGCCTTATTAGTCACCTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTCAAATT
447 TTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTC-AATT
*
4839 -TTTTTACATTTTTGTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACGAACATGAA-GAAAA
511 GTTTTTACATTTTT-TTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAATG-AAA
* * * * *
4902 AGACTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCC
574 AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
4967 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGA
639 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGA
* *
5007 ATTTTTTATGTTTTTAGTTAGAAGAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAA
1 ATTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAA
*
5072 AGCTATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCAC
66 AGGTATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAGGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
5137 TTTAAATGGTTTTAT-GATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACTTTTTTAGTAGAAC
130 TTTAAATGGTTTTATAG-TCTCAAAATT-ATTTTAGGTTGAACTTTTTGACTTTTTTTGTAAAAC
* * *
5201 AGATTATAATTG-AATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATCGGCAAAAAAGGT
193 AGATTATAATTGAAATGTTTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAAAAAGTT
* * * * *
5265 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCATAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAGTCTCAA
257 C-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTTAA
** * ** ** * * *
5330 AATT-TATTTTAGGTTGAACTTGTTGACGGTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGC
321 AATTGT-TTTTAATTTGAA-TTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTT-C
* * * * * * * *
5393 CTTGGAAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCC
383 CTTAG-AAATATAAAGAAAAAGGCATTAATTGACAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGC
* * *
5457 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGA-TTTATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTCAATT
447 TTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
* * *
5521 GTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT
511 GTTTTTACATTTTTT-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
5563 CCCTAGAGAA
Statistics
Matches: 1092, Mismatches: 126, Indels: 51
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 17 0.02
683 202 0.18
684 79 0.07
685 244 0.22
686 194 0.18
687 348 0.32
688 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (678 bp):
ATTTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAA
AGGTATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTATTTTAGGTTGAACTTTTTGACTTTTTTTGTAAAACAGA
TTATAATTGAAATGTTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAAAAAGTTCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTTAAAATTG
TTTTTAATTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTAGAAA
TATAAAGAAAAAGGCATTAATTGACAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGC
CTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACAT
TTTTTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAATGAAAAGACATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGA
Found at i:5120 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3637--5623 Score: 1961
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
3627 NNNNNNNNNA
** * * * * *
3637 TTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACTTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAA
* * * * *
3702 GGCATCCA-TCAGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCATAGGCCTTATTACTCAC
66 GGCATTCATTGA-CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
** * *
3766 TTTAAATGGTTTTATAGCCTCAAAATTTATTTTAGGTTGAAC
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * * * * *
3808 TTGTTGACGTTTTTTGATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAA
* * * * * *
3873 TGTATTCAATGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
66 GGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
3938 TTAAATGGATTTATAATCTTAAAATTGATTTTA-ATATCAAT
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGT-TGAAT
* * * * * * *
3979 TGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACACTATAATTGAATGTCTCCCTGGAGAAA-TAT-AAAAAA
1 T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAA
* * * *
4042 AAGGCATTAATTGACAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAGTCA
64 AAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
4107 CTTTAAATAGTTTTATAATATAAAAATTGATTTGAAGTTCAAT
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * ** * *
4150 TGTTTTTACATTTTTAT-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAATG-A
1 T-TTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAA-GAA
* * * * * * *
4213 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTACTTTAAAATCCTTATTACTC
63 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
4278 ACTTTAAATGGTTTTATGATCTGATAATTGATTTTAGGTTGAAT
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * *
4322 TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTTGATAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAA
* * * * * *
4387 GGTATTTATCGACAAGAAAGGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCGAAGGCCTTATTACTCA-T
66 GGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
4451 ATTAAATAGTTTTATAGTCTCAAAAGTT-ATTTTAGGTTGAAC
131 -TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA-TTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * ** **
4493 TTTTTGACTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAATGTTTGCCACTT-CGAAACAAGAATCA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTTT-AC-CTTGAGAAACTTGAAGAA
* * * * * * * *
4557 AAAGGTATTGATTGGCAATAAAAGTTCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
63 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * **
4622 GCTCTAAATGGATTTATAATCTTAAAATTGTTTTTAATTTGAAT
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * *
4666 TTTTTT-TATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTTAAGAAA-TATAAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAA
* * * * *
4728 AAGGCATTAATTGACAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAGTC
64 AAGGCATTCATTGAC-AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
4793 ACCTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTA-GTTCAAAT
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAGGTT-GAAT
* * ** *
4838 TTTTTTACA-TTTTTGTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAACG-AACATGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACTTGAAGAAA
* * * * * * * *
4901 AAGACTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCC
64 AAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
4966 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAA-
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
** * * * * *
5008 TTTTTTATGTTTTTAGTTAGAAGAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAA
* *
5073 -GCTATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCAC
66 GGC-ATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
5137 TTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAAT
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
* *
5179 TTTTTTAC-TTTTTTAG-TAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACTTGAAGAAA
* * * * * *
5241 AAGGCATTCATCGGCAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCATAGGCCTTATTACTCA
64 AAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
5306 CTTTAAATGGCTTTATAGTCTCAAAATTTATTTTAGGTTGAAC
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * ** * * *
5349 TTGTTGACGGTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAAATATGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAAA
* * * *
5413 AGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
65 AGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * ** *
5478 TTTAAATGGATTTATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTCAAT
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * *
5520 TGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTCCCTAGAGAAA-TAT-AA-AAA
1 T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAA
* * *
5582 AAGGCATTAATTGACAAGAAAGGTCTATCTATAGTCACCCAT
64 AAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCAT
5624 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
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174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAA
GGCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAT
Found at i:6050 original size:171 final size:160
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
5899 NNNNNNNNNN
* * *
5909 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGACT-CTTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACAT
1 TGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAC--CTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACAT
********** * *
5973 TCAATTATAATCTATTCTAACCAANNNNNNNNNNAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTAT
64 TCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATCATAAAGGTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATAT
* *
6038 AAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAAGCCTTTGAAAGAATGGG
129 AAAACCATTTAAAGTAAGAAAT-AAGGCTTT-------T--G
* * * * * *
6080 TGACAATAAATGGACCTTTCTT-CTCGATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAAAT
1 TGACAATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATACC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACAT
* ** ** * * ** *
6144 TCAATTATAATCTGTTCTAACTGAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAG-ATCA
64 TCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATCATAAAGGTCAACCTAAAATCAATTATGAGAAT-A
* * *
6208 TAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTG
128 TAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTTG
6241 AAGGAATGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
163 1 0.01
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172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (160 bp):
TGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTC
AATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATCATAAAGGTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAA
AACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTTG
Found at i:8818 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8509--8850 Score: 425
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
8499 NNNNNNNTTG
* * * **
8509 TACATTTTTATTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAATAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
1 TACATTGTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
*
8574 TCATTGGAAGAAAAAATCCATTTATAGCCACCCGCTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
66 TCATTGGAAGAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
8639 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
131 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT
* * * * * * *
8680 TACATTGTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTAT
1 TACATTGTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
** * * * * * * * *
8745 TCATTGAGAAG-AAAGGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAGGCCTTATTTCTCACTTTGA
66 TCATTG-GAAGAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
8809 ATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTT
130 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT
8851 GACGTTTTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
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TACATTGTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
TCATTGGAAGAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT
Found at i:12681 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12391--12918 Score: 558
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
12381 NNNNNTATAA
* * *
12391 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTT-TTTGACGTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * *
12455 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAATGATATTCATCCAG-AAGAAAGGTCCATTTATAGTCATCC
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* *
12519 ATTTCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTGAATGATTTTAT
129 ATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * *
12560 TGCCTCATAATTGATTTTCGGTTAAACTTTTTGACGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAAT
1 T--CTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* ** ** * * *
12625 GGCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCAGCC
64 GTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * **********
12690 ATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCANNNNNNNNNNTTTCATAT
129 ATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT--TAT
* *
12733 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGCTTTTTGACGTTTTT-GATTAAAACAAATTATAATTAAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGTTTTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * *
12797 TCCGTCATGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCA
65 TCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
12862 TTGCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
130 TTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
*
12902 AATCTTATAATTGATTT
1 --TCTCATAATTGATTT
12919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 65, Indels: 16
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 2 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT
CTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
TCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
Found at i:13318 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13027--14290 Score: 1378
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
13017 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
13027 GAAGAAAAAGCTATTTATCGACAAGAAAGGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** *
13092 TTACTCACTTTAAATGGCTTTATTTTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGTTTTTG
66 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTG
* *
13157 ATTAGAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAACAT
131 ATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
* * * **
13198 GAAGAAAAATGTATTCATTGGCAACAAAGGTTCATTTATAGTCACCTTTTCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * **
13263 TTACTCATTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGCTTTTTGATGTTTTTG
66 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTG
* * *
13328 GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACAT
131 ATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
* ** * *
13369 GAAGAAAAAGGTATTCATCT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAGGTCTT
1 GAAGAAAAAGGTATTCAT-TGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
13433 ATTACTCAGTTTAAATTGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTGACCTTTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTT
* * * * *
13498 CATTAAAACCGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACAT
130 GATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
* * *
13540 GAAGAGAAAGGTATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
13605 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGT-TCCATAATTAATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGTTTTT
66 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTT
* * *
13669 GGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT-CTTTTAGGAAACAT
130 GATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGGGAAACAT
* * * *
13711 GAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * * * * * * * *
13776 TTACTCACTTTAAATGGTTCCATAATCTTA-ACACTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATAATTTT
66 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTT
* * * * *** **
13840 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGT
130 GATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
* * * * * * *
13882 AAAGTAAAAA-GCA-TCAATTGACAACAAAGGTCTATTTATATTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCT
1 GAAG-AAAAAGGTATTC-ATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *** * *
13945 TATTACTTACTTTAACTGGTTTTATAATCTCGA-AATTGTTTTTAAGCAAAATTTTTTTTACATT
64 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAGGTTGAA-CTTTTTGACATT
* * * **
14009 TTTGTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAACAT
127 TTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
* * * * *
14054 GAAGAAACATGG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCTTT
1 GAAGAAA-AAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
*
14118 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACGTTTTT-ACATTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAC-TTTTTGACATTTT
*
14182 T-AGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACAT
129 TGA-TTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
* * * * *
14225 GAAAAAAAAGGCATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
14290 T
66 T
14291 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 912, Mismatches: 163, Indels: 36
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 756 0.83
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTG
ATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT
Found at i:15109 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14824--15175 Score: 458
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
14814 NNNNNNNNNN
* * *
14824 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACGGTTTTAGTTAG
1 CACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGGTTTTAGTTAG
* * * * * *
14889 AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTC-ATCGAGAA-TAA
66 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCAATCGA-AAGGAA
* * *
14952 GGGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACT
130 -AGTCCATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATAACT
* * * * * *
14995 CACTTTAAATGGCTTTATAGTGTCATAATTGATTTTTGGTTGAACTTTTTGATGTTTTTGGTTAG
1 CACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGGTTTTAGTTAG
* * *
15060 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTTGGAAACATTAAAAAAAAGGTATTCAATGGAAAGGAAA
66 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCAATCGAAAGGAAA
*
15125 GTTCATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACT
131 GTCCATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACT
15166 CACTTTAAAT
1 CACTTTAAAT
15176 AGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 22, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 148 0.95
172 8 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGGTTTTAGTTAG
AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCAATCGAAAGGAAA
GTCCATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACT
Found at i:15631 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15342--16013 Score: 761
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
15332 NNNNNNNNNN
* * *
15342 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTGCTTCAAAGG
1 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
* * ********** * *
15407 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATANNNNNNNNNNGGTTGAATTTTTTTACGT
66 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGT
* * *
15472 TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGGAA
131 TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA
* * * * * **********
15513 AACGTGAAGAAAAACGTATTTATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAGG
1 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
* * **
15578 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTTTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTATAT
66 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGT
* *
15643 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTGGGA
131 TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA
* * * * *
15684 AACATGAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
* * * * *
15749 CCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTCATATTCTAATAATTGATTTTAGGTTGAGCTTTCTGACGT
66 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGT
* *
15814 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGA
131 TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA
* * * **
15855 AATATGAAGAAAAAGGTATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAGG
1 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
* * * * *
15920 TCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTGAAGT
66 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGT
15985 TTTTCA-TTAGAACAGATTATAATTGAATG
131 TTTT-AGTTAGAACAGATTATAATTGAATG
16014 CCTACCTNNN
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 85, Indels: 2
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 415 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGT
TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA
Found at i:16603 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16172--17508 Score: 1495
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 171
16162 NNNNNNNNNN
** * * *
16172 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTTGAGAAATGTAAAGAAAAATGT
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * * *
16236 ATTGATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * ** *
16301 AATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTCAAATTTTT
130 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-GAATTTTT
* * * * * *
16344 TTACAGTTTTGTTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTTCCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCA
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * * * *
16409 TTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTTATCCATTCCTTCGAAAGTCTAATTACTCACTTTAA
66 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
16474 ATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
131 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * *
16515 TTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * *
16580 TTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAA
66 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * **
16645 ATAGTTTTATAGTCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTT
131 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * *
16686 TGACGTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGGT
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGC
* * ** * *
16750 ATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTCTCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * *
16815 AATGGTTCGATAATCTTA-ATATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
130 AATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * ** * *
16857 TTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCA
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
** * * * * *
16922 -TCAATTGATAACAAAGGTCTATTTATATTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
66 TTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * **
16986 AATGGTTTTATAATCTCGA-AATTGTTTTTAAGCTCAAATTTTT
130 AATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTT-AGGTTGAATTTTT
* * * * * *
17029 TTACATTTTTGTTTAAAACA-ACTTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAACAGAC
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* *
17093 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
17158 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTT
130 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * * *
17200 TTACATTTTTAGTTAGAATAGATTAAAATTGAATCT-TTACCTT-AGGAAACATGAAAAAAAAGG
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGG
* * * *
17263 CATTCATCGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
17328 AAATTGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTTAACTTTT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * * * *
17371 TGACGTTCTTGGTTAGAACAGATTACAATTGAATGTCTTCCTT-AGGAAACATGAAGAAAATGGT
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGC
* ** * *
17435 ATTCATTGGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCGCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
17500 AATGGTTTT
130 AATGGTTTT
17509 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 969, Mismatches: 182, Indels: 29
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 683 0.70
172 280 0.29
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
Found at i:17146 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 16174--17508 Score: 1560
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 513
16164 NNNNNNNNTT
* * ** * *
16174 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAATGTAAAGAAAAATGTAT
1 ACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGGTAT
* * * *
16238 TGATTGGCAAG-AAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
16302 ATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTCAAATTTTTTTACAGTTTTGTTTAAAACATAT
129 ATAGTTTTATAATCTTAATATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * *
16367 TACAATTGAATGTCTTCCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATT
193 TACAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATT
* * * * * *
16432 TATAGTT-ATCCATTCCTTCGAAAGTCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATT
258 TATA-TTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * * **
16496 GATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGG
322 GATTTTAGCTCAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAC
** * *
16561 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAG
387 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
16626 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTG
452 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTG
*
16688 ACGTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
1 ACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
* ** * *
16753 TATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTCTCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* ** * * *
16818 GGTTCGATAATCTTAATATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTAT
131 AGTTTTATAATCTTAATATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGATTAC
* * ** * * ** * *
16883 AATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCA-TCAATTGATAACAAAGGTCTATTTA
196 AATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGGCAAAAAAAGTCTATTTA
* *
16947 TATTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGA-AATTGT
260 TATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGA
17011 TTTTAAGCTCAAATTTTTTTACATTTTT-GTTTAAAACA-ACTTATAATTGAATGTCTACCTCGA
324 TTTT-AGCTCAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
17074 CAAACATGAAGAAACAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAA
386 CAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * ** *
17139 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTT
451 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTG
* * * * *
17202 ACATTTTTAGTTAGAATAGATTAAAATTGAA--TCTTTACCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGGCA
1 ACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTT--CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * * *
17265 TTCATCGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAA
64 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * *
17330 ATTGTTTTATAGTC-TCATAATTGATTTTAGGTTTAACTTTTTGAC-GTTCTTGGTTAGAACAGA
129 ATAGTTTTATAATCTTAAT-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTT-TTGGTTAAAACAGA
* * * *
17393 TTACAATTGAATGTCTTCCT-TAGGAAACATGAAGAAAATGGTATTCATTGGCAAAAAAAGTTTA
192 TTACAATTGAATGTCTTCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTA
* * *
17457 TTTATAGTCGCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
256 TTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
17509 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 118, Indels: 28
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 9 0.01
513 140 0.20
514 531 0.77
515 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
ACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
AGTTTTATAATCTTAATATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGATTAC
AATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTAT
ATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAGCTCAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAAC
ATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTG
Found at i:17488 original size:685 final size:685
Alignment explanation
Indices: 16172--17506 Score: 2089
Period size: 685 Copynumber: 1.9 Consensus size: 685
16162 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16172 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTAAAGAAAAATGTA
1 TTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCA
** * * * *
16237 TTGATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAA
66 TCAATTGACAACAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
16302 ATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTCAAATTTTTTTACAGTTTTGTTTAAAACATAT
131 ATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTCAAATTTTTTTACAGTTTTGTTTAAAACATAT
* *
16367 TACAATTGAATGTCTTCCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATT
196 TACAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCATT
* * * *
16432 TATAGTTATCCATTCCTTCGAAAGTCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTG
261 TATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
16497 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGA
326 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTAAAATTGAATCTTTACCTTAGGA
* * *
16562 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
391 AACATGAAAAAAAAGGCATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
16627 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTGACGT
456 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTGACGT
* * * *
16692 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATT
521 TCTTGGTTAGAACAGATTACAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATT
* * *
16757 GGCAAGAAAAGTTCATTTATTCTCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
586 GGCAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
16822 CGATAATCTTAATATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
651 CGATAATCTTAATATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
16857 TTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCA
1 TTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCA
* * *
16922 TCAATTGATAACAAAGGTCTATTTATATTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
66 TCAATTGACAACAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
** * * *
16987 ATGGTTTTATAATCTCGAAATTGTTTTTAAGC-TCAAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACA-A
131 ATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-CTTCAAATTTTTTTACAGTTTTGTTTAAAACATA
* * *
17050 CTTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAACAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
195 -TTACAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCA
* * *
17115 TTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
259 TTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * *
17180 TGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAATAGATTAAAATTGAATCTTTACCTTAG
324 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTAAAATTGAATCTTTACCTTAG
*
17245 GAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATCGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
389 GAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
17310 GGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTTAACTTTTTGAC
454 GGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTGAC
*
17375 GTTCTTGGTTAGAACAGATTACAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAATGGTATTCA
519 GTTCTTGGTTAGAACAGATTACAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA
* * * * *
17440 TTGGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCGCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
584 TTGGCAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
17505 TT
649 TT
17507 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 61, Indels: 4
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
684 1 0.00
685 585 1.00
686 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (685 bp):
TTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCA
TCAATTGACAACAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTCAAATTTTTTTACAGTTTTGTTTAAAACATAT
TACAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCATT
TATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTAAAATTGAATCTTTACCTTAGGA
AACATGAAAAAAAAGGCATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGG
CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCCCATAATTAATTTTAGGTTGAACATTTTGACGT
TCTTGGTTAGAACAGATTACAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATT
GGCAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
CGATAATCTTAATATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
Found at i:18301 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18009--19838 Score: 1571
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 171
17999 NNNNNNNNNN
* * **
18009 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTGT
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC
* * * * *
18073 ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCGACCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGGTCTTTC
64 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATTC
* *
18138 GA-TGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAA
129 -ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
18181 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTGGACA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACA
* * * * *
18246 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTCCCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGGT-ATTCA
65 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATTCA
* * * *
18310 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCATTCCTTCGAAA
130 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
18352 GCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACA
** * * * * * **
18417 TTTTGGGTTAAAA-A-ATGCTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGGAACATGAAGCAAAA-GCCAAC
65 TTTTTAGTTAAAACAGAT--TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATT
** * ** *
18479 CATTGATACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
128 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*** * *
18523 GCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAATATTTTTAC
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC
* * * * ** * * *
18587 GTTGTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACTTTAAGAAACTTGAAGCAAAAA-G-CATT
64 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGGTCATT
** * *
18650 CATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
18694 GCCTCATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTAC
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC
* * * * * * * *
18758 ATTTTT-GATCAAAACAGACTAGAATTGAATGTTTACCGTAAGAAACATAAAGAAAAAAGT-ATT
64 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATT
* * * * *
18821 CACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCATCAAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * * * * *
18865 GCCGTATCACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTTAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TAC
* ** * ** * *
18930 ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAGTACAATCTCTACCTTGAGAAACATGTGGAAAAAGG-AACT
64 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATT
*
18993 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
19037 GGCTTGTTACTCACTTTAAATGG--TT-TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TAC
* * * *
19099 ATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAACGTGAAGAAAAAGG-CATTC
64 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATTC
* * * * *
19163 ATTGCCAAGAAAAATTCATTTATAG-CTACCCATTCTTTTAAAA
129 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
19206 GCCTT-CTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTCATTTTAGGTTAAATTTTTTA-AT
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-
* * * * * * ** *
19269 GTTTTTAGCTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAGGGT-ATTC
65 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATTC
* * * *
19333 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTCAAAG
129 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAA
* * * *
19377 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTAAACTTTTTGACA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
* * * * * *
19442 TTTTTAGTTAGAACATATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGAAACATGGAGAAAAAGGT-ATTCA
65 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATTCA
* * * **
19506 GTGGCAAGAATAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTTAAA
130 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * *
19548 GCATTACTACTCA-TGTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTAC
1 GCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC
* ** ** * * * * * **
19612 ATTTTT-GTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTTTCTTGGGGAACGTGAAGCAAAA-GCCAACC
64 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATTC
* * ** *
19675 ATTGATGC--GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAA
129 ATTG--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*** * * *
19718 GCCTTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAAAT-TAATAATT-ATTTTTAAATTGAATATTTTTA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTA
* ** * * * **
19781 CATTTTTTGTTAAAACTTACTAGAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
63 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
19839 AGCTTTNNNN
Statistics
Matches: 1352, Mismatches: 259, Indels: 95
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 21 0.02
169 129 0.10
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171 622 0.46
172 345 0.26
173 12 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
Found at i:20886 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 20123--21687 Score: 1345
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 337
20113 NNNNNNNTCA
* * * * * * * * ***
20123 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACCTTTTAGCTTTGAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAA
** * * ** * *
20188 TAGTTTATAATTAAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGACAGAAAAGT
66 TAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGACAATCATTGGAAAGAAAAGT
* * * * * * * * * * *
20253 CCAGTTATAGCCACCCAATTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAA
130 CCATTTATAGTCACTCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAACTCAT
* * * ** * * * * *
20318 AATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGA-CGTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTG-ATCGTCTGCC
194 AATTCATTTTTGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAAT-GTCTACC
* * * * *
20381 ATGAGAAACTTGAAG-AAAA--ATGTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTT
257 -TGAGAAACATAAAGAAAAAGCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTT
*
20443 CAAAAGCCTT-TCTACTCA
320 CAAAAGCCTTAT-TACTCG
* * * * *
20461 CTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTGATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAA
* * * * * * *
20526 A-AGGCTATAATTGAATGTCTTCCTT-AGGGAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGTACGAAAA
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAG-AAAAGACAATCATTGGAAAGAAAA
* * * * * *
20589 GTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTTCTTGGTTTAAATGGTTTTAGAAACTA
128 GTCCATTTATAGTCACTCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAACTC
* ** * * *
20654 ATGATT-ATTTTTAAATTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTG
192 ATAATTCATTTTT-GGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTA
* * * *
20718 CCTCAAGAAACATGAAGAAAATAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATACC
255 CCT-GAGAAACATAAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCC
*
20783 TT-TAAAGCCTTATTACTCG
318 TTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
20802 CTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CATAATTGAGTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTGGTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAA
* * * * *
20866 ACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAAAATTCATTGGAAAAAAAAG
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGACAA-TCATTGGAAAGAAAAG
* *
20930 TCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTT-GTAA-TG
129 TCCATTTATAGTCACTC-A-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAACT-
* * *
20992 CATAATTCATTTTTGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTACAACAGACTATAATTGAATCTCT
191 CATAATTCATTTTTGGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
21056 ACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAAGGCATTCATTGGCAGGAAATGCCCATTTATAGTTACCCATTC
254 ACC-TGAGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTC
*
21121 CTTCAAGAGCCTTATTACTCAG
317 CTTCAAAAGCCTTATTACTC-G
* * * * ** * *
21143 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTT-CT-TAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTAAAA
* * *
21205 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GACAAGAAAA
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGACAATCATTGGA-AAGAAAA
* ** * * *
21269 CTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAACCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAACTC
* *** * *
21334 ATAATTGATTTTTGGTTGAATTTTTTGGCCTTTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
192 ATAATTCATTTTTGGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC
* * * **
21399 CATGGGAAACCTAAAGAAAAAGGCATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-CTAGTCACTTATTCC
256 C-TGAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAC-AGTCACCCATTCC
* *
21463 TTCAAAAGCCCTATTACTCC
318 TTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
21483 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAAGTTTTTTACATTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAA
* * * * * * *
21548 ATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAG
65 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGACAATCATTGGAAAGAAAAG
* * * * * *
21613 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TCCATTTATAGTCACTCA-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAACTCA
* *
21678 AAATTTATTT
193 TAATTCATTT
21688 GAATTTGAAT
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 189, Indels: 85
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 7 0.01
338 160 0.16
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340 208 0.21
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344 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAA
TAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGACAATCATTGGAAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACTCAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAACTCATAA
TTCATTTTTGGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTGAG
AAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCG
Found at i:21670 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20120--22011 Score: 1536
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 170
20110 NNNNNNNNNN
* * * * * *
20120 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACCTTTTAGCTTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTA
* * * * * * **
20185 GAATAGTTTATAATTAAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGG-ACAGAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAA
* * * *
20249 AAGTCCAGTTATAGCCACCCAATT-CTTCAAAAGCCTTGTTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
20291 TCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGAC-GTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * *
20355 GAACAGATTATAATTG-ATCGTCTGCCAT-GAGAAACTTGAAGAAAAATG---TCATTGGAAAGA
65 AAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* *
20415 AAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTT-TCTAC
128 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT-TAC
* * * *
20458 TCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTGATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTA
* ** * * * * * ** * *
20523 AAAAAGGCTATAATTGAATGTCTTCCT-TAGGGAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGTACGAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * ** * *
20587 AAGTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTTC
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
*** * * * * *
20629 TTGGTTTAAATGGTTTTAGAAACT-AATGATT-ATTTTTAAATTGAATATTTTTATATTTTT-AG
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGA-
* * * * *
20691 TTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAATA-GCATTCATTGGCAA
62 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCATTGGCAA
* * *
20755 GAAAAGTCCATTTACAATCACCCATACCTTT-AAAGCCTTATTAC
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * * * *
20799 TCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CATAATTGAGTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTGGTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATT
* * * *** * *
20863 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAAAATTCATTGGAAAAAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* *
20927 AAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * ** * *
20969 TCGCTTCAAATGGTTTTGTAAT-GCATAATTCATTTTTGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * * * * *
21033 CAACAGACTATAATTGAATCTCTACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAAGGCATTCATTGGCAGGAAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
21098 TGCCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
21139 TCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTT-CTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGATT
* * * * *
21203 -AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* *
21267 AACTCCATTTATAGTCACTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTAC
* * ** * *
21309 TCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTTTTTGGCCTTTTT-AGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGA-TT
* * * * * *
21373 AGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCAT-GGGAAACCTAAAGAAAAAGGCATGCATTGGCAAGA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ** * *
21437 AAAGTCCATTTCTAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCCTATTAC
128 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * *
21480 TCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAAGTTTTTTACATTTTTGATT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAA-TTTTTTACATTTTTGATT
* * *
21545 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
*
21610 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * ** *
21652 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTGAATTTGAATTCTTTGTATGTTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGATT
* * * ********** * * **
21717 AAACCA-AGTTGTAATAT-AATGTCTACCTCAAGAANNNNNNNNNNAAAGGAATTCGTTGATAAG
64 AAAACAGA-TTATAAT-TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * *
21780 AAATGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
********** * * * *
21824 TCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACATTATT-AGT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGA-T
* * *
21888 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAA-AAAAATGGTATTCATTGGCAAG
63 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGCAAG
* * *
21952 -AAATTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
*
21995 TCACTTTAAATAGTTTT
1 TCACTTTAAATGGTTTT
22012 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1377, Mismatches: 295, Indels: 98
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 93 0.07
168 42 0.03
169 125 0.09
170 371 0.27
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172 329 0.24
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
Found at i:24462 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24440--24472 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
24430 TATAATCTTA
24440 AAATTGATTTTA-ATTTC
1 AAATTG-TTTTACATTTC
24457 AAATTGTTTTACATTT
1 AAATTGTTTTACATTT
24473 TTTGTTAAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 10 0.67
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (17 bp):
AAATTGTTTTACATTTC
Found at i:24953 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24660--26398 Score: 1565
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
24650 AAGTTCAAAT
* * * * ** * * *
24660 TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACGTCGACAAACATAAAG-AAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
24724 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACT
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* * *
24789 CTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * **
24829 TGTTTTTACGTTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGATTGTTTTCCTTGGGAAACGTGAA-AAAA
1 T-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
* ** * * * *
24893 AGGTATTCATCAACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCAC
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* * *
24958 TTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAGGTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * *
24999 CTTTTTGACCTTTTTGGGTAGAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAA
* * * * *
25063 AAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCA
64 AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
25128 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-GAA
* * * * * * *
25171 TATTTTTACATTTTTTGTTA-ATACATATTATAATTGAATGCCTAGCTTAAGATATGTAAAGAAA
1 T-TTTTTACATTTTTGGTTAGA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
** * * * *
25235 AAGGCATTCATTGGTAAGACAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCGTT-TAAAGCCCTTATTACTC
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* ** *
25299 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCAAGTTTGAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * ** * * *
25342 TCCTTTGTACATTTTTGGTT-GAAACAGACTAGAATTGAATTTAAACCTCAAGAAACATGAAGGA
1 T--TTTTTACATTTTTGGTTAG-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAA
* * * * * *
25406 AAAGGCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTCCTTGAAAAGCTTTATTTCTC
63 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
25471 ACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGATGACC
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-A
* * * * * *
25515 TTTTTGAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTT-AGAAAATC-TGGAGACA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAA-CGTGAAGAAA
** * * * * * *
25577 AAGATATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATTA-TCATCCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTT
64 AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
25641 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * * *
25684 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAGAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
25749 AGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATTCCATT-AAAAGCCTTACTACTCA
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* * * * * **
25813 TTTTAAATGGTTTTATATTCTTAAAATTGATTTAAATTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * **
25855 TTCTTTGTATA-CTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTAC-ACCTCGAGAAACGTGAAGAA
1 TT-TTT-TACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGT-CTACCTTAAGAAACGTGAAGAA
* * * *
25918 AAAAGAATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTC
63 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * **
25983 ACTTTTAATGGTTTTATAATCTCA-AAGTAGATTTAAATTTGAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * *
26026 TTTTTTGTACATTCTTT--TTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTATCTCAACAAATGTGAAGAA
1 -TTTTT-TACATT-TTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAA
* * * * *
26089 ACAGGCATTCATTGGA-AAGAAAAATCTATTTATAGTTACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACT
63 AAAGGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
26153 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAA
127 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
** * * * **
26197 TTGTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTAT-ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAA
1 TT-TTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
** * * *
26261 AGATATTCATAGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTC-AAAGCCCTTATTACTCA
65 AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCA
* * * *
26325 -TTGTAAATGATTTTATAGTCTCCTAATTGATTTTAGGTTGTAC
129 CTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AA
* * *
26368 TTTTTCACGTTTTTGGTTAGAACAAATTATA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATA
26399 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 256, Indels: 86
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.01
170 450 0.35
171 519 0.41
172 275 0.22
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
GGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
Found at i:26063 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 24650--26357 Score: 1759
Period size: 513 Copynumber: 3.3 Consensus size: 508
24640 NNNNNNNNNN
* *
24650 AAGTTCAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CGTCGACAAA
1 AAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGC-TCAAGAAA
* * * *
24713 CATAAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAG-C
64 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGCC
* * * *
24776 GTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGACTTT-AGGTTGAATGT-TTT-TAC
128 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAAT-TCTTTGTA-
* * * * *** * * *
24838 GT-TTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGATTGTTTTCCTTGGGAAACGTGAA-AAAAAGGTATTC
189 -TATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTAAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTC
** * * *
24901 ATCAACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATG
253 ATTGACAAGAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * *
24966 ATTTTATAGTCTCATAATTA-ATTTTAGGTTGAACTTTTTGACCTTTTTGGGTAGAACAGATTAT
317 GTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAGGTTGAACTTTTTGA-CTTTTT-GTTAAAACAGATTAT
* * * ** *
25030 AATTGATTGTCTGCCTTAGAAAA-CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
379 AATTGAATGTCTACCTTAGAAAATC-TGAAGAAAAGA-TATTCATTAAC-AGAAAAGTCCATTTA
*
25094 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
441 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
25159 TTT
506 TTT
* * * * * **
25162 AAGTTCAAATATTTTTACATTTTTTGTTAATACATATTATAATTGAATGCCTAGCTTAAGATATG
1 AAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACA
** * * *
25227 TAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGACAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCGTTTAAAGCCCTT
66 TAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAGCCCTT
* * *
25292 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCAAGTTTGAATCCTTTGTACATTTT
131 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTATA-TTT
* * * * * * * * *
25357 TGGTTGAAACAGACTAGAATTGAATTTAAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGC
194 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTAAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGAC
* * * *
25422 AAGATAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTCCTTGAAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTA
259 AAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
25487 TAAGCTCATAATTGATTTTAGGATGACCTTTTTGACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAC
323 TAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAACTTTTTGAC-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* *
25552 GTCTACCTTAGAAAATCTGGAGACAAAGATATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATTA-TCATC
387 GTCTACCTTAGAAAATCTGAAGA-AAAGATATTCATTAAC-AGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACC
* * * *
25616 CATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTA
449 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
*
25676 AAGTTC-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACA
1 AAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACA
* * * *
25740 TGAAGAGAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATTCCATTAAAAG-CCT
66 TAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC-TTAAAAGCCCT
* * * * *
25804 TACTACTCATTTTAAATGGTTTTATATTCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATACTT
130 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-TCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTATATTT
* *
25869 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTACACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGAC
194 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTAAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGAC
* *
25934 AAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTA
259 AAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** * * *
25999 TAATCTCA-AAGTAGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTCTTT-TTAAAATAGATTACAATTG
323 TAATCTCATAA-TAGATTTTAGGTTGAACTTTTTG-AC-TT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * *
26062 AATGTCTATCTCA-ACAAATGTGAAGAAACAGGCATTCATTGGAA-AGAAAAATCTATTTATAGT
384 AATGTCTACCTTAGA-AAATCTGAAGAAA-AGATATTCATT--AACAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
26125 TACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTT
445 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * ** * * * * ***
26189 AGGTT-GAATTGTTTTATGTTTTTAGTTAGAACAGATTAT-ATTGAATGT-TTGCCTTGGGAAAC
1 AAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAAC
* * ** * * * * *
26251 GTGAAGAAAAAGATATTCATAGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAGCCCT
65 ATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAGCCCT
* **
26316 TATTACTCA-TTGTAAATGATTTTATAGTCTCCTAATTGATTT
130 TATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATA-TCTCAAAATTGATTT
26358 TAGGTTGTAC
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 175, Indels: 60
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 12 0.01
512 297 0.30
513 397 0.40
514 173 0.17
515 110 0.11
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
AAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACA
TAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAGCCCTT
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTATATTTTG
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTAAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGACAA
GAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATAGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTTAGAAAATCTGAAGAAAAGATATTCATTAACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
Found at i:27107 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26499--27943 Score: 1539
Period size: 172 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
26489 NNNNNNNNNN
* * * * *
26499 TTTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTGAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAG
* * * * * * *
26564 G-ATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATACCTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGC
65 GAATGGGTGACTATAAATG-ACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * **
26628 AGACATTCAATTACAATTTGTTCTAAGC-AAAAATGTCAAAACG
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CAAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
26671 TTT-AGCTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGAC-TTTGAAG
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAG
* * *
26734 GAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCGATGGATACCTTTTTTTTCATGTTT-TCCAAGG
65 GAATGGGTGACTATAAAT-GACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGG
* * * **
26798 TACACTTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACATAAAAAAA
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
26842 -TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAAAG
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
26906 AATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCACTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGGTA
66 AATGGGTGACTATAAATG-ACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * *
26971 AACATTCAATTATAATATGTTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACA-AAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
27013 TTTGAACTTAAATTCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTCAAGC
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** * *
27078 AATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATTAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGTTA
66 AATGGGTGACTATAAAT-GACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
27143 GACACTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * * *
27185 ATTGAAATTAAAATCAATTTTAACATTATAAATCAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGATGG
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
27250 AATGAGTGACTATAAATGAACATTTCTTG-CTAATGAATACCTTTTTCTTAATGTTTCCCAAGGA
66 AATGGGTGACTATAAATG-ACCTTTCTTGTC-AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* *
27314 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAACGT-TAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
27356 -TTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGG
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
27420 AATGGGTGACTATAATTGGACCTTTCTTATCGATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
66 AATGGGTGACTATAAAT-GACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * *
27485 AACATTCATTTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAACAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
27527 -TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGG
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** *
27591 AATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGCA
66 AATGGGTGACTATAAAT-GACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* *
27656 GACATTCAATTATAATATGTTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACA-AAAAATGTAAAAAAA
* * * *
27698 ATTGAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGC
1 TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** *
27763 AACGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTTTCAATTAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTA
66 AATGGGTGACTATAAAT-GACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* *
27828 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* *
27870 TTTGAGA-TTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAG
1 TTTGA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
27934 GAATGGGTGA
65 GAATGGGTGA
27944 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1065, Mismatches: 186, Indels: 44
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 145 0.14
171 426 0.40
172 491 0.46
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGGGTGACTATAAATGACCTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAA
Found at i:27811 original size:685 final size:686
Alignment explanation
Indices: 26500--27943 Score: 2239
Period size: 685 Copynumber: 2.1 Consensus size: 686
26490 NNNNNNNNNT
*
26500 TTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTGAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGG
1 TTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGG
* * * *
26565 -ATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATACCTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGCA
65 AATGGGTGACAATAAATGAACATTTCTTGCCAATGAATACCTATTTCTTAATGTTTCCCAAGGAA
* * * * * *
26629 GACATTCAATTACAATTTGTTCTAAGCAAAAATGTCAAAACGTTTAGCTTAAAATCAATTATAAG
130 GACATTCAATTACAATCTGTTCTAAGCAAAAACGTCAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATAAG
26694 ACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGACTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTT
195 ACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGACTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTT
* * * * *
26759 TCTTGTCGATGGATACCTTTTTTTTCATGTTTTCCAAGGTACACTTTCAATTATAATCTGTTCTA
260 TCTTATCGATGAATACCTTTTTTTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTA
26824 ACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAAT
325 ACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAAT
* * *
26889 AATAAGACTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCACTGAATGCCTTTTTCT
390 AATAAGACTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT
* *
26954 TCATGTTTGTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTTGAA
455 TCATGTTTGTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTGAA
* * * * *
27019 CTTAAATTCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTCAAGCAATGGG
520 CTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTTCAAGCAACGGG
*
27084 TGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATTAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGTTAGACACT
585 TGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATTAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACACT
* *
27149 CAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
650 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAA
* * *
27186 TTGAAATTAAAATCAATTTTAACATTATAAATCAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGATGGA
1 TTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
27251 ATGAGTGACTATAAATGAACATTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTAATGTTTCCCAAGGAAG
66 ATGGGTGACAATAAATGAACATTTCTTGCCAATGAATACCTATTTCTTAATGTTTCCCAAGGAAG
* * *
27316 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CAAAAAACGTTAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
131 ACATTCAATTACAATCTGTTCTAAGC-AAAAACGTCAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATAAG
* * *
27379 ACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACCTT
195 ACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGACTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTT
*
27444 TCTTATCGATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCATTTATAATCTGTTCT
260 TCTTATCGATGAATACCTTTTTT-TTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCT
* * * * *
27508 AACTAAAAACGTAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
324 AACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAA
* * * * *
27573 TAATAGGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC
389 TAATAAGACTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC
* *
27638 TTCATGTTTGTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTGA
454 TTCATGTTTGTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTGA
* *
27703 ACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCAACGG
519 ACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTTCAAGCAACGG
* * *
27768 GTGACTATAAATAGACCTTTCTTTTCAATTAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACAT
584 GTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATTAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACAC
* *
27833 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACAT
649 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAA
* * * *
27871 TTGAGATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGA
1 TTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
27936 ATGGGTGA
66 ATGGGTGA
27944 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 70, Indels: 7
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
684 7 0.01
685 531 0.78
686 147 0.21
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (686 bp):
TTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACAATAAATGAACATTTCTTGCCAATGAATACCTATTTCTTAATGTTTCCCAAGGAAG
ACATTCAATTACAATCTGTTCTAAGCAAAAACGTCAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATAAGA
CTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGACTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTT
CTTATCGATGAATACCTTTTTTTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
CTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAATA
ATAAGACTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT
CATGTTTGTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTGAAC
TTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTTCAAGCAACGGGT
GACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATTAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACACTC
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAA
Found at i:28700 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 28187--29553 Score: 1318
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
28177 NNNNNNNNNN
* * * ** *
28187 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGGCCTTTTT-TG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTGT-
* * * * * *
28251 TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCT-TAGGAAACATGAAGGAAAAGGTATTCATT-ATCA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CA
*
28314 AGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* ** * *
28358 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTCAAATTTTTTATA-TTTT-TT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTGTT
* ** * ** * * *
28421 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAATGTAAAGAAAAATACAGTAATTGATAAGA
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGA
* * **
28486 AAGGTCTATTTATAGTCACCTATTATTTCAAAAGCCTTATT
131 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
28527 ACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTAGCATTTTTGT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTA-CATTTTTGT
* * *
28592 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG
* * *
28657 AAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTGCTTCAAAAGCTTTATT
130 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
28699 ACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAG-
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTT-GT
* * * * * * * *
28762 TTAGAACAGATTAGAATTGAATGTTTGCC-CTAGGAAACATTAAGAAAAAGGTATTCATCGACAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAA
* * * * *
28826 -AAATGGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAGGCCTTATT
129 GAAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * ** * *
28869 ACTCACTGTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGCTGAACCTTTTGACTTTTTTAG-
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTT-GT
** * * * ** *
28933 TTAGGACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTTGA-AAACAGGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAA
* * *
28997 G-AAATTTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
129 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
**
29040 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCAT-AAAATTGATTTTAATTTCTAATTGTTTTTACATTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAGGTTC-AATT-TTTTTACATTTTT
* * *
29104 -TGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCGAG-AA-ATGAAGAGAAAAATGCATTAATTG
63 GT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-A-AGAAAAAGGCATTCATTG
* * * *
29166 ACAAGAAAGGTCTATTTATAGCCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTCTT
125 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * * * *
29213 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTATGATCAAGTTTTTTTATATTGTTGT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGT
* * * *
29278 TTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG
* * *
29343 AAAAGTTTATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
29385 ACTCAC-TTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAG-
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTT-GT
* * * * * * ** * * * * *
29447 TTAGAATAGATTATAACTGAATGTTTGCCTAGAGAAACCCGATGGACAAGGTATTCATCGACATA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA-A
** * *
29512 -AATGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATT
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
29554 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 186, Indels: 62
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 232 0.24
170 131 0.13
171 271 0.28
172 211 0.22
173 128 0.13
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTGTT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGA
AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:31477 original size:172 final size:172
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
31209 NNTCAATTTG
* * * * * *
31219 AGATTATAAAACTATTTAAGGTTAGTAATTAGGCTTTT-AAACGAATGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGC-AATGGGTGACTATAAATAGAC
* * **
31283 TTGTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTA
65 TTGTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTACATTGCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGT-
*
31348 TT-AACCAAAAATGAAAAAATATTTGAACTTAAAATTAATTTTC
129 TTGAACCAAAAATGAAAAAATATTTGAACTTAAAAATAATTTTC
* * * *
31391 AGATTACAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGAGCGACTATAAATAGACC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGA-C
** * * * *
31456 TT-TCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTGCTCAAGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTT
65 TTGTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTACATTGCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
* ********** *
31520 TGAACCAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNTTAAAAATAATTTTG
130 TGAACCAAAAATGAAAAAATATTTGAACTTAAAAATAATTTTC
*
31563 AGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATG-AATGGGTGACTATAAAT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCAATGGGTGACTATAAAT
31623 GAACTTTTNN
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 38, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 181 0.95
173 7 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACT
TGTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTACATTGCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTT
GAACCAAAAATGAAAAAATATTTGAACTTAAAAATAATTTTC
Found at i:33412 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32924--35046 Score: 1747
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 170
32914 ACTATAAATG
* * * * * * * **
32924 CCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGGTAGATATTCAATTATGATATGTTTTAAAC-AAAAATATAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACTAAAAACGT-AA
* * * * * ** * *
32988 AAAACTTGAACATAAAATTAATTTTGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCG
63 AAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
33053 AAGAAATGGGTGGCTATAAAT-AGACCTTTCTTGTCAATTAATG
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACCTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * * * * *
33096 CATTTTTC-TCTATATTTCTCGAGGTAGACATTTAATTAAAAACCGTTTTAAC-AGAAAATGTAA
1 CCTTTTTCTTC-ATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTA-AAAACGT--
** ** * * **********
33159 AAAAAATTAGAAATTTAAATCAATT-TTATGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTT
61 AAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
** ** *
33223 TTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAAAATTTCTTGTCAATGAATA
125 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTTGCCAATGAATA
* * *
33269 TCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTCCTAACTAAAAACGTCAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAA
* * * * * * *
33334 AAGTTCAACCTCAAATCAATTATGAGACTGTAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAA
65 AATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
***
33399 GGAATGGGTGACTATAAAT-AGACCATTT-TTGTTGATGAATA
130 GGAATGGGTGACTATAAATGA-ACC-TTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * *
33440 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGACAAACATTCAATTCTAATCTGTTCTAACTAAAAACATAAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAA
* *
33505 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
65 AATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
33570 GAAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * * *
33611 TCTTTTTCTTTATGTTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAAC-AAAAATGTAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACTAAAAACGT-AA
* * * * *
33675 AAAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
63 AAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * *
33740 AAGCAATAGGTGACTATAAAT-AGACCTTTCTTGTGAATTACTA
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACCTTTCTTGCCAATGAATA
** * ** * * * **
33783 TATTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--AAAATATATAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAA-ACGT-AA
* ** * *
33846 AAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
63 AAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** *
33911 AAGGAATAGGTGACTATAAATGAA-CTATTCTTGATAAGGAATA
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACCT-TTCTTGCCAATGAATA
* * * * *
33954 CCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAACATCAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAACGTAAA
* * * *
34018 AAAGTTCAACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGA
64 AAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
34083 AGGAATGAGTGACTATAAAT-AGACCTTTCCTGCCGATGAATA
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACCTTTCTTGCCAATGAATA
* * * *
34125 CC-TTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAAACATTGAATTATAATCTATTCTAACTAAAAACGTAAAA
1 CCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAA
* * * * *
34189 AA-TTCACCCTAAAATTAATTATGATAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAA
65 AATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
34253 GGAATGAGTAACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAAGGAATG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGA-ACCTTTCTTGCCAATGAATA
* *** * * * *
34294 TCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGAC-AAAAATGTAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTA-ACTAAAAACGTAAA
* * **
34358 AAACTTTGAACTTAAAATCAAGTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
64 AAA-TTTCAACCTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
34422 GAAGCAATCGGTGACTATAAAT-AGACCTTTGTTGCCAATTAATG
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACCTTTCTTGCCAATGAATA
* ** ** * * * * * * *
34466 CCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGCGGACACTCAATTATATTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGT-AAA
* * * * * * *
34531 AAATTTGAA-ATCAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTAG
64 AAATTTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
34595 AAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATA
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTTGCCAATGAATA
* *
34638 CCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTCAAAGC-AAAAACGTAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CTAAAAACGTAAA
* * * * ** *
34702 AAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAAGAGTATAAAACCATTTCTAGTGAGTAATAAGGCCTTTGA
64 AAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
34767 AGGAATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTGTCGATGGATA
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * *
34809 CCTTTTTTTTCATGTTTTACAAGGTACACTTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACCATAAA
1 CCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAA-CGTAAA
* * *
34874 AAA-TTCACCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGA
64 AAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
34938 AAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCACTGAATG
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * *
34980 CCTTTTTCTTCACGTTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAAC-AAAAATGTAAA
1 CCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACTAAAAACGTAAA
35044 AAA
64 AAA
35047 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1584, Mismatches: 317, Indels: 102
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 94 0.06
170 123 0.08
171 759 0.48
172 469 0.30
173 135 0.09
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAAA
ATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTTGCCAATGAATA
Found at i:34413 original size:855 final size:852
Alignment explanation
Indices: 33222--34996 Score: 2127
Period size: 855 Copynumber: 2.1 Consensus size: 852
33212 NNNNNNGGCT
* * * *
33222 TTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAAAATTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACATTTCTTG-CCATGAATA-CCTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
33287 CAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTCCTAACTAAAAACGTCAAAAAGTTCAACCTCAAATCA
64 CAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATCCTAACTAAAAACGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * * * *
33352 ATTATGAGACTGTAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
129 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAA
*** * *
33417 TAGACCATTTTTGTTGATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGACAAACATTCAATTCTAAT
194 TAGACCATTTTTGCCAAGGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGACAAACATTCAATTATAAT
* *
33482 CTGTTCTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTA
259 ATGTTCTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * *
33547 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
324 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATCGGTAACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGC
** * * *
33612 CTTTTTCTTTATGTTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-ACAAAAATGTAAAA
389 CTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTTTAACA-AAAAATGTAAAA
* * * * * *
33676 AAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAGAGTGAGTAATAAGGCTTT-TA
453 AAATTTGAAATCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTCAAAATGAGTAATAAGGCTTTAGA
* ** * * * * * *
33740 AAGCAATAGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGTGAATTACTATATTTTTCTTTACATTTCTCGA
518 AAG-AATAGGTGACTATAAATAAACCTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCACATTTCCCAA
* * * * * * *
33805 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAA-AAATATATAAAAAAATTTGAAATTAAAATCAATT
582 GGCAGACATTCAATTACAATCTG-TTCAAACAAAAACAT-AAAAAAGTTCAAATTAAAATCAATT
* * *
33869 TTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-G
645 ATAAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
*
33933 AACTATTCTTGAT-AAGGAATACCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATCCAATTATAAT
710 AACT-TTCTTG-TCAAGG-ATACCTTTTTCTTCATGTTTTAC-AAGGCAAACATCCAATTATAAT
* * * *
33996 CTGTTTTAA-TAAAAAACATCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTT
771 CTGTTCTAACTAAAAAACAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCAATT
*
34060 AAAGTGAGTAATAAGGCC
835 AAAGTGAATAATAAGGCC
* * *
34078 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-AGACCTTTCCTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTT
1 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACATTTCTTGCC-ATGAATACCTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
34142 CAAAGGCAAACATTGAATTATAATCTATTCTAACTAAAAACGT-AAAAAATTCACCCTAAAATTA
64 CAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATCCTAACTAAAAACGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * **
34206 ATTATGATAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAA
129 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAA
* ** * ** * *
34271 TAGA-CTTTTCTTGCCAAGGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGG-TAGACATTCAATTATA
194 TAGACCATTT-TTGCCAAGGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCT-AGGACAAACATTCAATTATA
* ** * * *
34334 ATATGTTTTAGAC-AAAAATGTAAAAAACTTTGAACTTAAAATCAAGTT-TGAGATTATAAAACC
257 ATATGTTCTA-ACTAAAAACATAAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACC
* * * *
34397 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATCGGTGACTATAAATAGACCTTTGTTGCCAATT
319 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATCGGTAACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATG
* * * *
34462 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGCGGACACTCAATTATATTTTGTTTTAACAAAAAATGT
384 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT
* * *
34527 AAAAAAATTTGAAATCAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
449 AAAAAAATTTGAAATCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTCAAAATGAGTAATAAGGCTT
* * * **
34592 TAGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCC
514 TAGAAAGAATAGGTGACTATAAATAAACCTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCACATTTCC
* *
34657 CAAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTCAAAGCAAAAACGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAA
579 CAAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTCAAA-CAAAAACATAAAAAAGTTCAAATTAAAATCAA
** * *
34722 TTATAAGAGTATAAAACCATTTCTAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAAT
643 TTATAAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
34787 GGACCTTTCTTGTCGATGGATACCTTTTTTTTCATGTTTTACAAGGTACACTTTCAATTATAATC
708 GGAACTTTCTTGTC-AAGGATACCTTTTTCTTCATGTTTTACAAGGCAAACATCCAATTATAATC
* * *
34852 TGTTCTAACTAAAAACCATAAAAAATTCACCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAA
772 TGTTCTAACTAAAAAACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCAATTAA
*
34917 AGTGAATAATAAGGCT
837 AGTGAATAATAAGGCC
* * * * * *
34933 TTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCACTGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACATTTCTTGCCA-TGAATACC-TTTTCTTCATGTTT
34997 GTCGAGGTAG
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 127, Indels: 38
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
853 4 0.01
854 141 0.18
855 544 0.70
856 84 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (852 bp):
TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACATTTCTTGCCATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCCA
AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATCCTAACTAAAAACGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
TATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAATA
GACCATTTTTGCCAAGGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGACAAACATTCAATTATAATAT
GTTCTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATCGGTAACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGCCT
TTTTCTTTACATTTCTCGAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
TTTGAAATCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTCAAAATGAGTAATAAGGCTTTAGAAAG
AATAGGTGACTATAAATAAACCTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCA
GACATTCAATTACAATCTGTTCAAACAAAAACATAAAAAAGTTCAAATTAAAATCAATTATAAGA
GTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAACTTT
CTTGTCAAGGATACCTTTTTCTTCATGTTTTACAAGGCAAACATCCAATTATAATCTGTTCTAAC
TAAAAAACATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCAATTAAAGTGAATAA
TAAGGCC
Found at i:35039 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 32920--35046 Score: 1932
Period size: 514 Copynumber: 4.1 Consensus size: 510
32910 GGTAACTATA
* * * *
32920 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGGTAGATATTCAATTATGATATGTTTTAAACAAAAATAT
1 AATGCCTTTTTCTTCACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATAT
* * * ** *
32985 AAAAAAACTTGAACATAAAATTAATTTTGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTT
65 AAAAAAA-TTAAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
33050 TCGAAGAAATGGGTGGCTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATTAATGCATTTTTC-TCTATATTTC
129 T-GAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC-ATGTTTC
* * * * * * * ** * * * *
33114 TCGAGGTAGACATTTAATTAAAAACCGTTTTAACAGAAAATGTAAAAAAAATTAGAAATTTAAAT
192 CCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCAAACA-AAAACGT-AAAAAAATT-CAACTTAAAAT
* * **********
33179 CAATTTTATGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATA
254 CAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATA
** * * * *
33244 AAT-GAAAATTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAGACATTCAATTAT
319 AATAG-ACCTTTCTTGTCGATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * *
33308 AATCTGTCCTAACTAAAAACGT-CAAAAAGTTCAACCTCAAATCAATTATGAGACTGTAAAACCA
382 AATCTGTTCTAAC-AAAAACATAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
33372 TTTACAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACCATTTTTGTTG---A
446 TTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-GA-CACTTTTCTTGCCAA
33434 TG
509 TG
** * * * * * * *
33436 AATAACTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGACAAACATTCAATTCTAATCTGTTCT-AACTAAAAACA
1 AATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCGAGG-CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAAC-AAAAATA
* * *
33500 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
64 TAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-T
* * * ** * **
33565 TTGAAGAAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTGT
128 TTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * *
33630 CGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCA
193 CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG-TTCAAACAAAAACGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
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256 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAA
* * * *
33760 TAGACCTTTCTTGT-GAAT-TACTATATTTTTCTTTACAT-TTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
321 TAGACCTTTCTTGTCG-ATGGA-TATCTTTTTC-TT-CATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * ** * *
33822 AATCTGTTTTAA-AAAATATATAAAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCA
382 AATCTGTTCTAACAAAA-ACATAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * ** *
33886 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGA-ACTATTCTTGATAAGG
446 TTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGACACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
33950 AATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAACA
1 AATGCCTTTTTCTTCACGTTTTC-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-ACAAAAATA
* * * *
34014 TCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCT
64 TAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CT
* * * * *
34079 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACCTTTCCTGCCGATGAATACC-TTTTCTTCATGTTTTC
128 TTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * * *
34143 AAAGGCAAACATTGAATTATAATCTATTCTAACTAAAAACGT-AAAAAATTCACCCTAAAATTAA
193 CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCAAAC-AAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
34207 TTATGATAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAAT
257 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAAT
* * * * **
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322 AGACCTTTCTTGTCGATGG-ATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * ** * * *
34336 ATGTTTTAGACAAAAATGTAAAAAACTTTGAACTTAAAATCAAGTT-TGAGATTATAAAACCATT
385 CTGTTCTA-ACAAAAACATAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
34400 TAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGCAATCGGTGACTATAAATAGAC-C-TTTGTTGCCAAT
448 TAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAAT-GACACTTTTCTTGCCAAT
*
34461 T
510 G
* * * * * * * *
34462 AATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGCGGACACTCAATTATATTTTGTTTT-AACAAAAAATG
1 AATGCCTTTTTCTTCACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAAC-AAAAATA
* * * *
34526 TAAAAAAATTTGAAATC-AAAATCAATTTTAAGATTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGC
64 TAAAAAAA-TT-AAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* *
34590 TTTAGAA-AGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT
127 TTT-GAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT
* *
34654 TCCCAAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTCAAAGCAAAAACGTAAAAAAGTTCAACTTAAAAT
190 TCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCAAA-CAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * ** *
34719 CAATTATAAGAGTATAAAACCATTTCTAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGGCTATA
254 CAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATA
* * * * *
34784 AATGGACCTTTCTTGTCGATGGATACCTTTTTTTTCATGTTTTACAAGGTACACTTTCAATTATA
319 AATAGACCTTTCTTGTCGATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATA
*
34849 ATCTGTTCTAACTAAAAACCAT-AAAAAA-TTCACCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
383 ATCTGTTCTAAC-AAAAA-CATAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
34912 ATTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCACTG
446 TTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGACACTTTTCTTGCCAATG
* *
34976 AATGCCTTTTTCTTCACGTTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGT
1 AATGCCTTTTTCTTCACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATAT
35041 AAAAAA
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AAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
AAGAAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
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AAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGAC
CTTTCTTGTCGATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTC
TAACAAAAACATAAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
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* * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCT
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* *** * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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** *
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* * ** *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * *
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* * * *
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* *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGG-A-ATGGGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * ** * * * * *
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*
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* * * * *
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* ** * * ** * *
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*
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* * * ** * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* ** * * * *
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*
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* *
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1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * ** * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 ATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * * **
38675 TCATATTTC-CCATGGAAAACGTTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAA
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* * * * * *
38739 CCTAAAATCAATTATGAGAATATGAAACTATTTAAAGTGAGCA
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*
38782 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCATTTTTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTC
* * * * * * * *
38845 ATCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAA
64 TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAA
* *
38910 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
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* * * *
38953 ATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTAT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * ** * *
39017 TCATGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTAAAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTTTAA
65 TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTCAA
* * * * *
39082 CATAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTAATTAAAGTGAGGA
129 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* ** * * * * *
39125 ATAAGGCTTTTGAAGCAATAAGTGGCTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATTAATGCATTTTTCTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-
* * *
39190 TACA--TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAA
65 T-CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTCA
* * *
39253 AATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
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* * * *
39297 ATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * *
39361 TCATGTTT-TCCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTCTACCCAAAAACGTCAAAAAGTTT-A
65 TCATGTTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTCA
* * * *
39424 ACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
128 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
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1 ATAAGGC
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Statistics
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0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
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CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACT
TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
Found at i:37208 original size:343 final size:340
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Indices: 36550--39474 Score: 2551
Period size: 343 Copynumber: 8.5 Consensus size: 340
36540 NNNNNNNNNN
* * * * *
36550 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAC-CTTTTCTT
* **********
36615 C--ATGTTTCTCAAGGT-GTCCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAANNNNNNNNNNGAA-TTC
65 CAGAT-TTTCT-AAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTCAAAAAGTTC
* * * ** * *
36676 AAATTTAAATCAATTTTGAGAACATAAAACCATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTT-AATGGAAT
126 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAAT
* ********** * *
36740 -AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTNNNNNNNNNNGCCTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGA
190 GA-GTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA
* * *
36804 CAATCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
254 CATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
36869 TTATAGAACTATTTAAAGTGAGTA
317 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * ** * *
36893 GTAGGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACAATAAATGGACTTTTCCTGTTAATGAATATCCTTGTCTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA-CCTTTTCTT
** * *
36958 CAGATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCCAACCAAAAA-GTCAAAAAGGTCATCT
65 CAGATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACT
* * * * *
37022 TAAAATTAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAAGCTTTTCAAGGAATGAGTG
130 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * *
37087 ACTATAAATTGACTTATCTTGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGAAATTCA
195 ACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * * *
37151 ATTATAGTATGTTTGAAGCAAAAATGTACAAAGAATTTCAAAATTTAAATTAATTTTGAGATTAT
260 ATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTA-AAA-AATTT-AAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
37216 AAAACCATTTAAAGTGAGTA
321 AAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * **
37236 AGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACCTTTCTTGCCAACGAA-AGATCTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATACCT-TTTCT
* ** * * * **
37299 TC--TTGTTTCTCAACATAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAAT-ACAAAAAAAAAT
64 TCAGAT-TTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTC--AAAAAGTT
* ** * * * * **
37361 CAACTTAAAATAAACAATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTAAAAAAAT
125 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * *
37426 G-GTGGCTATAAA-TGCACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGA
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* * * * * *
37489 CATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAATTTTAACCTAAAATCAATTATGAGAA
254 CATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
37554 TATAAAACTACTTAAAGTGAGCA
318 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * *
37577 ACAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAAGC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-CTTTTCTTGCCAATGAATACC-TTTTCT
* **
37641 TC--ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTTTCCAAAAATGTACAAAGAA-TT
64 TCAGAT-TTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-CAAA-AAGTT
* * * * ** *
37703 AAAATTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
125 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * *
37768 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGTA
190 GAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA---GGTA
* * * * *
37833 GACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATCTTAAAATCAATTATG
252 GACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGT--AAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATG
* * *
37898 -GCATTACAAAGCCATTTAAAGCGAGTA
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* *
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** * * * * *
37988 TTCATG-TTTGTC-AATATAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTCAACTAAAAATGT-ACAAAGGAT
63 TTCA-GATTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCA-AAAAG-T
* * * * *
38050 TCAAACTT-GAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTAAACGA
124 TC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * ** * *
38114 ATGGGTGACTATAAATAGACTTGTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTACCTTGAGATAG
188 ATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG
* ** * * *
38179 ACATTCAATTATAACATGCATTAACCAAAAATGTAAAAATACTTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
253 ACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-ATTTAAACTTAAAATCAATTATGAG
*
38244 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
316 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * ** * * * *
38269 ACAAGACTTTTGAAGCAATGGGCAACTATAAAT-AGACCTTTCTTACCCATGAATGCCTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCTT
* * * * * * *
38333 TACA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAA-CAGAAAATATAAAACAATTTGA
65 CAGATTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTCAAA-AAGTTCA
* * *
38396 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * *
38461 GTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACG
192 GTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * ** * * *
38525 TTCAATTATAATCTGTTCTAATGAAAAATATAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTA
256 TTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
38590 TAAAACCATTTAAACTTAGTA
320 TAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
38611 AT-AGCGCCTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCTATGAATACCTTTCTCT
1 ATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT-TCT
* * * * * * * * * * **
38675 TCATATTTCCCATGGAAAACGTTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAAC
64 TCAGATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAAC
* * * * *
38740 CTAAAATCAATTATGAGAATATGAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * *
38805 GACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCATTTTTCATCATGTTTCCCAAGGTAAACAT
194 GACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * * * *
38868 TCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
257 TCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
38933 AAAACCATTTAAAGTGAGTA
321 AAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
38953 ATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTATT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACC-TTTTCTT
* * * ** * * * *
39018 CATG-TTTATC-GAGGTAGACATTCAATTAAAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTTTA
65 CA-GATTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-CAAAAAGTTCA
* * * * * * * *
39081 ACATAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTAATTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTTGAAGCAATAA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * *
39146 GTGGCTATAAATAGACCTTTCTTGTCAATTAATGCATTTTTCTCTACA--TTTCTCGAGGTAGAC
192 GTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-T-CATGTTTCTCGAGGTAGAC
* * *
39209 ATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAAAATTAAAATCAATTTTAAGAT
255 ATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
39274 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
318 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * *
39297 ATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAC-CTTTTCTT
* * * * * * *
39362 CATG-TTTTCCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTCTACCCAAAAACGTCAAAAAGTTTAAC
65 CA-GATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAAC
* * *
39426 CTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
39475 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2097, Mismatches: 407, Indels: 156
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Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
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350 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCTTC
AGATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
CTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
TTATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGTGAGTA
Found at i:43787 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 43499--44094 Score: 559
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
43489 NNNNNNNNNN
* *** * * * * *
43499 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATCGATGAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAGG
1 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
** * * **********
43564 CCTTATTACTCATATTAAATGGTTTTATAGTCTCATNNNNNNNNNNAGGTTGAACTTTTTGACGT
66 CCTTATTACTCACCTTAAATGATTTCATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGT
* *
43629 TTTTTGTTAGAATAGATTACAATTGAATGTCTGCTGTGGGA
131 TTTTCGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTGCT-TGGGA
* *
43670 AACATGAAGAAAAAGAG-ATGCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
1 AACATGAAGAAAAAG-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
********** * * *
43734 GCCTTATTACTCACCNNNNNNNNNNTCATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGCTTTTTGACA
65 GCCTTATTACTCACCTTAAATGATTTCATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACG
* * * * *
43799 TTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGAACGTATATCATGGGA
130 TTTTTCGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGGGA
* *
43841 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TACATTCCTTCAAAC
1 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAA-
** * *
43905 A-CCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTATTTGAC
64 AGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTTCATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGAC
* * ** *
43969 GTTTTTCATTAGAACAGATTATGGTTGAATGTCTGCCTTGAGA
129 GTTTTTCGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTGGGA
* * * *
44012 AAAATGAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* *
44077 CTTTATTACTCACTTTAA
66 CCTTATTACTCACCTTAA
44095 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 81, Indels: 16
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACCTTAAATGATTTCATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGT
TTTTCGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTGGGA
Found at i:46146 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 46121--46159 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
46111 AAGAAACATG
*
46121 AAGAAAAG-GTATTTATAGGC
1 AAGAAAAGTGCATTTATAGGC
46141 AAGAAAAGTGCATTTATAG
1 AAGAAAAGTGCATTTATAG
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAGTGCATTTATAGGC
Found at i:47274 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 46826--48035 Score: 928
Period size: 172 Copynumber: 7.1 Consensus size: 172
46816 GTAATGCCAT
* * * * ** * *
46826 AATTGATTTTAAGATTGAATTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAGTAGACTATAACTGAATGTCTAC
1 AATTGATTTTAAG-TTAAAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* ** *** *
46891 CTCAAGAAACACAAAGACGTAGGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCAATTCC
64 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
********** *
46955 NNNNNNNNNNTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* ** * * *
46999 AATTGATTTCAA-TTTTAATTCTTGGTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
1 AATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* **
47063 CTCGAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTTC-TTGGCAAGAAAACTTC-ATTTATAGTCACCCATTC
64 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTC
* * * * ** * * **
47126 TTTCAAAAGCGTTGTTGCTCACTTTAAATAATTTTATATTTTCGT
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * *
47171 AATTGATTTTAGGTTAAAATTTTTGACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * **
47236 TGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATAGGTAAGAAAA-GTGC-ATTTATAG-CTATCGATTTT
66 CGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGGT-CTATTTATAGTC-ACCCATTCC
* * * *
47298 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATGC-CAT
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAA
* ** * ** * * * * * *
47342 AGTTTTTTTTAAGTTGATTTATTTTG-TATTTTTGATTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTACA
1 AATTGATTTTAAGTTAAAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
47406 TTGAGAAACATGAAG-AAAAGATC-TTCCGTTTGTAA-AAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTC
65 TCGAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATT-CATTGGCAAGAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTC
*
47468 CTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * ** * * * *
47513 AACT-AATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATTTCAAC
1 AATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
47577 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGATAA-GTCTATTTATGGCCACCCATTCC
64 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
* * *
47641 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAT
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * ** * * * ***
47685 AATTGATTTTAGGATGGACTTTTTGAC-TTCTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAGCATCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * ** ** *
47749 TGATCAATC-TAAAGACAAAGATATTCATTAACAAGAAAA-GTCCATTTACT-GTCACCCATTCC
66 CGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGGTCTATTTA-TAGTCACCCATTCC
* * * *
47811 TTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * * * * * *
47855 AATTGATTTTATGTTCAAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACATACTATAACTGAATGTCTAGC
1 AATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
47920 TCGAGAAACAAGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCTATTCCT
65 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
47984 TTAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGATTTTATATTCTCAA
130 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
48027 AATTGATTT
1 AATTGATTT
48036 AAATTTGAAT
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 200, Indels: 59
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 152 0.19
171 255 0.32
172 358 0.44
173 42 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
CGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
Found at i:47491 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 47039--48035 Score: 979
Period size: 342 Copynumber: 2.9 Consensus size: 337
47029 TTTTAGTAAA
* *
47039 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTTCTTGGCAAGAAAA
1 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAA-G-ATTTCTTAGCAAGAAAA
* * * * * ** * *
47104 CTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCGTTGTTGCTCACTTTAAATAATTTTATATTTTC
63 -GTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
47169 GTAATTGATTTTAGGTTAAAATTTTTGACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAG
127 GAAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAG
* * * * * * * * **
47234 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATAGGTAAGAAAAGTGC-ATTTATAGCTATCGATTTT
192 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGCCACCCATTCC
* * * ** * *
47298 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATGC-CATAGTTTTTTTTAAG-TTGATT
256 TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-GCTCATAATTGATTTTAAGATGGA-C
*
47361 TATTTTGTA-TTTTTGATTCA-
319 T-TTTTG-ACTTCTTGATT-AG
* * * * *
47381 AATAGATTATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGAAAAGATCTTCCGTTTGTAA-AAAA
1 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAT-TT-C-TTAGCAAGAAAA
47445 GGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
63 -GTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * ** * *
47510 CAAAACT-AATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATTTC
126 CGAAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTG-ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * *
47574 AACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGATAAGTCTATTTATGGCCACCCATT
189 TAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATT
*
47639 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGATGGAC
254 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGATGGAC
*
47704 TTTTTGACTTCTTGGTTAG
319 TTTTTGACTTCTTGATTAG
*** * * * *
47723 AACAGATTATAATTGAGCATCTACCTTGATCAATC-TAAAGACAAAGATATTCATTAACAAGAAA
1 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAGAT-TTC-TTAGCAAGAAA
* *
47787 AGTCCATTTACT-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTAC-TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT
62 AGT-CATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
47850 CTCGAAATTGATTTTATGTTCAAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACATACTATAACTGAATGT
124 CTCGAAATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * *
47915 CTAGCTCGAGAAACAAGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT
188 CTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAT
* * * * * ** *
47980 TCCTTTAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGATTTTATATTCTCAAAATTGATTT
253 TCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTT
48036 AAATTTGAAT
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 100, Indels: 38
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 3 0.01
341 25 0.05
342 339 0.63
343 161 0.30
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATTTCTTAGCAAGAAAAGTC
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGAAA
TTGATTTTAAGTTAAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCG
AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAA
AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGATGGACTTTTTGA
CTTCTTGATTAG
Found at i:47914 original size:514 final size:515
Alignment explanation
Indices: 46817--48053 Score: 1249
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 515
46807 NNNNNNNNTG
* **
46817 TAATGCCATAATTGATTTTAAGATTGAATTCT-TTTTACATTT-TTAGTTAAAGTAGACTATAAC
1 TAATGCCATAATTGATTTTAAG-TT-AATT-TATTTTACATTTCTGA-TTAAAACAGACTATAAC
* * *
46880 TGAATGTCTACCTCAAGAAACACA-AAGACG-TAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
62 TGAATGTCTAGCTCGAGAAACA-AGAAGA-GAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* **********
46943 GTCACCAATTCCNNNNNNNNNNTTA-TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
125 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * *
47007 TCAATTTTAATTCTTGGTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
190 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAA
* * *
47072 CATGAAGGAAAAGGCATTTCTTGGCAAGAAAACTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCG
255 CATGAAGAAAAAGGCATTTCTTGGCAAGAAAACTTCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCG
* * *** * * *
47137 TTGTTGCTCACTTTAAATAATTTTATATTTTCGTAATTGATTTTAGGTTAAAATTTTTGACATTT
320 TTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGATAAAATTTTTGACATTC
** * * * * * *
47202 TTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATAGG
385 TTGGATAAAACAGATTATAATTGAACATCTACCTTGACAAACATAAAGAAAAAGATATTCATAGA
* * * * ** ** * * *
47267 TAAGAAAAGTGCATTTATAGCTATCGATTTTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTT
450 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATGGTTTT
47332 A
515 A
* ** * ** * * * * *
47333 TAATGCCATAGTTTTTTTTAAGTTGATTTATTTTGTATTTTTGATTCAAATAGATTATAATTGAA
1 TAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAATTTATTTTACATTTCTGATTAAAACAGACTATAACTGAA
* * * * * * *
47398 TGTTTA-CATTGAGAAACATGAAGA-AAAGATC-TTCCGTTTGTAA-AAAAGGTCTATTTATAGT
66 TGTCTAGC-TCGAGAAACAAGAAGAGAAAG-GCATT-CATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGT
* * *
47459 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-CTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTAATTTA
127 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTA
* * *
47523 AATTTGAATTCTTTGTACATTTTT-GCTTAAAACATATTATAATTGAATTTCAACCTCAAGAAAC
192 AATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG-TAAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAAC
* * *
47587 ATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAGATAA-GTCTATTTATGGCCACCCATTCCTTCAAAAGC
256 ATGAAGAAAAAGGCATTTC-TTGGCAAGAAAACTTC-ATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGC
* ** ** *
47650 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGATGGACTTTTTGAC-TT
319 GTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGATAAAATTTTTGACATT
* * * * *
47714 CTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAGCATCTACCTTGATCAATC-TAAAGACAAAGATATTCATT
384 CTTGGATAAAACAGATTATAATTGAACATCTACCTTGA-CAAACATAAAGAAAAAGATATTCA-T
47778 A-ACAAGAAAAGTCCATTTACT-G-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATG
447 AGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGCT-ACCCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATG
*
47840 GTTTTG
510 GTTTTA
* * *
47846 TAAT-CTCGA-AATTGATTTTATGTTCAAATTT-TTTTACATTTCTGGTTAAAACATACTATAAC
1 TAATGC-C-ATAATTGATTTTAAGTT--AATTTATTTTACATTTCTGATTAAAACAGACTATAAC
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62 TGAATGTCTAGCTCGAGAAACAAGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * *
47973 CACCTATTCCTTTAAAAGCCTTAC-TACTTACTTTAAATGATTTTATATTCTCAAAATTGATTTA
127 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTA
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192 AATTTGAATTCTTTGTA
48054 TACTTTGGTT
Statistics
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TAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAATTTATTTTACATTTCTGATTAAAACAGACTATAACTGAA
TGTCTAGCTCGAGAAACAAGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTACTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATT
TGAATTCTTTGTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAA
GAAAAAGGCATTTCTTGGCAAGAAAACTTCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTA
CTCACTTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGATAAAATTTTTGACATTCTTGGAT
AAAACAGATTATAATTGAACATCTACCTTGACAAACATAAAGAAAAAGATATTCATAGACAAGAA
AAGTCCATTTATAGCTACCCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:48871 original size:172 final size:161
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48610 ATTCAAATTT
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1 AAATCAATTTTGAGAATATAAAATCATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGGTTGAC
* *
48685 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTC--TTGTTTCTCAAGCTAGACATTCA
66 -ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTCTTCAGAT-TTTC-CAAGCTAGACATTCA
*
48748 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTNNNNNNNNNNGAACTTA
128 ATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGT----------GAACTTA
* * * * *
48792 AAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGTT
1 AAATCAATTTTGAGAATATAAAATCATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATG-GT-TG
* ** * * *
48857 A-ATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATATCTTTGTCTTCAGATTTTCCAAGGTAGACATTCAA
64 ACATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTCTTCAGATTTTCCAAGCTAGACATTCAA
*
48921 TTATAATCTGTTCTAACCAA
129 TTATAATATGTTCTAACCAA
48941 CAAGTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCAATTTTGAGAATATAAAATCATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGGTTGAC
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ATAATATGTTCTAACCAAAAATGTGAACTTA
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50383 NNNNNNNNNN
* * *
50393 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTACGTTTTTAGT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
50563 TACTGACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAACTTTTTTACGTTTTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG
* * *
50628 TTATAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGGATAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
* *
50693 AAAAGGT-CATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCGTTAT
130 -AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
50734 TACTCACTTTAAATGATTTTATAAGCTTAAAATTGATTTTAATTTCAAATTTTTTTGACATTTTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAA-TTTTTT-ACATTTTT
* * * ** * * *
50799 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGC-A-TAAATGGA
63 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGG-
* * *
50862 AAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTAT
126 CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
50907 TACTCAC-----------TT-TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTA
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACATTTTTA
* * ** *
50960 TTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCGCCAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTAATTGGC
64 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGC
* * *
51023 AAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
127 AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
51067 TACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-GGTTGAATTTTTTACGTTTTTAGT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGT
* * * * ** * * *
51131 TAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAAGGTTATGAAAAAAG-TATTCATCGGCAAG
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGCAAG
* *
51195 AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCTTTAT
130 AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
51236 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTAG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG
* * * *
51301 TTACAACATATTATAATTGAATGTCTACCATGGGATACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG
* *
51366 AAAAGAT-CGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
130 -AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
51407 TACTCACTTTAAATG
1 TACTCACTTTAAATG
51422 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 113, Indels: 59
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
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TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGA
AAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:51208 original size:169 final size:171
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Period size: 169 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
50906 TTACTCACTT
* * * * * * *
50916 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTATTTAAAACATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT-TTGACATTTTTAGTTACAACAGATTATAATTGA
* ** * * * * *
50981 ATGTCTA-CTTCGCCAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTT
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*
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* * * *
51088 TAATCTCATAATTGATTTT-GGTTGAA-TTTTTTACGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTAGTTACAACAGATTATAATTGAA
* * ** * *
51151 TGTTTGCC-TCGGGAAAGGTTATGAAAAAAG-TATTCATCGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCA
66 TGTCTACCAT-GGGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATCGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCA
* * *
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129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTA
* *
51257 TAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTAGTTACAACATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTAGTTACAACAGATTATAATTGAA
* * * *
51322 TGTCTACCATGGGATACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGAT-CGTTTATAGTCAC
66 TGTCTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCGGCAAG-AAAGGTCCATTTATAGTCAC
51386 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
51420 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 42, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTAGTTACAACAGATTATAATTGAA
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CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTA
Found at i:52094 original size:16 final size:18
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52057 TCTAATCTTA
52067 AAATTGATTTTA-ATTTT
1 AAATTGATTTTATATTTT
52084 AAATT-ATTTTATATTTT
1 AAATTGATTTTATATTTT
52101 TTATTAAAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AAATTGATTTTATATTTT
Found at i:55677 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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55378 AAGGTTTTTA
* * **
55388 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCTTTATGTTTCCCAAG
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTGGCCAATGAATACCTTTTCTTCACATTTCCCAAG
* * * * * * * * *
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66 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTCCAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTCT
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* *
55558 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGAACTTTT-TGGTCGATGAATACCTTTTCTTCACATTTCCCAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTGGCCAATGAATACCTTTTCTTCACATTTCCCAA
* *
55622 TGCAAACATTCAATTATAATCTGTTCCAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTC
65 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTCCAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTC
*
55687 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
130 TGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
55715 AATAACATGT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 18, Indels: 2
0.87 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 130 0.94
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AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTGGCCAATGAATACCTTTTCTTCACATTTCCCAAG
GCAAACATTCAATTATAATCTGTTCCAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTCT
GAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTCGTAAGGCCTTCG
Found at i:56459 original size:160 final size:160
Alignment explanation
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Period size: 160 Copynumber: 3.5 Consensus size: 160
56183 ATAAAACCAT
* * *
56193 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAA
** ** * * * * * *
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*
56321 AAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
130 AAA-AAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAGA
* ** **
56353 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATTGACCTTTCTTTTCAATTTA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAA
* * * * *
56418 TACCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTGA
66 TACCTTTTTCTTCACATTTCGCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTGA
* * *
56483 AAAAATTTGAAATTAAAGTCAATTTTAAAATTATAAAATCA
131 AAAAATTTGAAATTAAAATCAA---T----TT-T--GA-GA
* * **
56524 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAAT-GATTTTTTCTTGCCAATG
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGA-CCTTTCTTGCCAATG
** * ** * ** * ** * *
56588 AATAGTTTTTTCTTTATTTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTCCAACTAAAAACGT
64 AATACCTTTTTCTTCACATTTCGCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT
* * * *
56653 CAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAATCA
129 GAAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTT--G--------A-GA
* * * * **
56695 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACCTTT-TTTCTTGATG
1 -TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGC-CAATG
56759 AATACC-TTTTCTTCACATTTC
64 AATACCTTTTTCTTCACATTTC
56780 CTTATGCAAA
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 66, Indels: 40
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 121 0.36
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167 2 0.01
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TACCTTTTTCTTCACATTTCGCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTGA
AAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAGA
Found at i:56723 original size:171 final size:169
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Period size: 172 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
56343 AATTTTGAGA
* * *
56353 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATTGACCTTTCTT-TT-CAATT
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGA--TTTTTTCTTGCAATG
* * * * * * * *
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* * * * *
56481 GAAAAAATTTGAAATTAAAGTCAATTTTAAAATTATAAAATCAT
127 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAAACTATAAAATCAT
*
56525 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGATTTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGATTTTTTCTTG-CAATGAA
* ** * * *
56590 TAGTTTTTTCTTTATTTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTCCAACTAAAAACGTCA
65 TA-CTTTTTCTTTACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAACGTAA
*
56655 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAATCAT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAAACTATAAAATCAT
* *
56696 TTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACCTTTTTTCTTG--ATG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GA--TTTTTTCTTGCAATG
* * ** * * * *
56759 AATACCTTTTCTTCACATTTCCTTATGCAAACATTCAATTATAATATGCTCTAACAAAAAACATA
63 AATACTTTTTCTTTACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAACGTA
* *
56824 AAAAAATTCAACCTAAAATTAATT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
56848 CTGAGATTAT
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 44, Indels: 14
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 71 0.26
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174 10 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
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TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGATTTTTTCTTGCAATGAAT
ACTTTTTCTTTACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAACGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAAACTATAAAATCAT
Found at i:60010 original size:172 final size:171
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59563 NNNNNNNNNN
* * * **
59573 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTAACTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTC-T-CCAATGAATACCTTTTTCT
* * * * *
59637 TCATATTTGTTGAGGTAGACATTCAATTACAATATGTTTTAA-AGAAAAATGTAAAACAATTTGA
64 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACA-AAAAATATAAAACAAGTTGA
* * * *
59701 ACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
128 AATTAAAATAAATTTTAAAATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * * *
59745 CTCAA-GCTTTTGAAGCAATGGGTGGCTATAAATAGACCTTTCTTGT-TATTTAATGCCTTTTTC
1 AT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTT-TTCTCCAATGAATACCTTTTTC
* * *
59808 TTTACATTTCTCGAGGTAGACTTTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AGAGTTG
63 TTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACA-AGTTG
*
59872 AAATTAAAATCAATTTTAAAATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTA
127 AAATTAAAATAAATTTTAAAATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * *
59917 ATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGATGAACTTTTTCTACCAATGAATACCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTCT-CCAATGAATACCTTTTTCTT
* * * * * * * *
59982 CATATTTCCCAAGGCAGTCATTCAATTATAGTCTGTTCTAACCAAAAAT
65 CATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAT
60031 GTCAATAAGT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 49, Indels: 18
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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171 9 0.04
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174 3 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
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ATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAGTTGAAAT
TAAAATAAATTTTAAAATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTA
Found at i:61461 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
60651 NNNNNNNNNN
* * *
60661 GATTTTAATTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCAT-G
1 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TCG
* * * * * *
60725 AGAA-ATGTAAAGAAAAAGGCATTAAATAACAAG-AAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTC
65 ACAACATG--AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
60788 AAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* *
60833 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCTCA
1 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * *
60897 ACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA-AAACAGTTCATTTATAGTTACCCATTCTTTCA
65 AC-AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA-AGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
60961 AAAGCCTTATTACTTA-TATTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * * * * *
61005 GGTTTTAGGCT-GAATTGTTTTA-AGTTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTAAATGT-TACCTTG
1 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-T-
* * * * * * *
61067 GGA-AACGA-CAAGAAAAAGGTATTCATCGACAAGAAAGGTTCATTTATAGTCATCCATTCTTTC
63 CGACAAC-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * *
61130 AAAGGTCTTATTACTAACTGT-AATGATTTTATAGTCTCATAATT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * * * * * *
61174 GATTTTAGGTT-GAACTTTTTGACGTTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGGCTGCCTTAG
1 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-T-C
* *
61238 GA-AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
64 GACAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
61302 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATTTTAAAATT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
*
61344 GATTTTAATTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
1 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
** * * * * *
61409 CAA-ATGTATAGAGAAAA-GCATGAATCGACAACAAAGGTTTATTTATAGTCACCCATTTCTTCA
66 CAACATG-A-AGA-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
61472 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * *
61516 TATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTG
1 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
61580 ACAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGAT-ACTCATTCCTTCC
65 AC-AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCA
* *
61644 AAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * **
61688 AATTTTAGGTT-GAATTTTTTTATGTTTTTTG
1 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTG
61719 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 117, Indels: 60
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 71 0.10
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
CAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
Found at i:64185 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 63731--64681 Score: 947
Period size: 170 Copynumber: 5.6 Consensus size: 172
63721 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
63731 TTTTATGTTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATTATGAAAAAGG
1 TTTTATATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGG
* * * * * *
63796 TATTCATCGACAAGAAAGGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCGAAGGCTTTATTACTCACTTT
66 CATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
63861 AAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAA-GTTAAACTT
131 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTTAAATTT
* * * * ** *
63902 TTTAATGTTTTTAGTTAGAACATATTATAATTCAATGTCTACCTT-AGGAAAAATAAAGAAACA-
1 TTTTATATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTAAAGAAAAAG
* * *
63965 GCTATTTATTGGCAAGAAAAGAT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
65 GC-ATTCATTGACAAG-AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* **
64029 TTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTTAAATTT
128 TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTTAAATTT
* * * * *
64074 TTTTACATTTTTTGCTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGG
1 TTTTATATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGG
** * * *
64139 CATAAATTGAAAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC---
66 CATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
*
64201 --------TT-TAATCTCAAAATTCATTTTAA-GTTAAAATTT
131 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTT-AAATTT
* * * * *
64234 ATTTATATTTTTAT-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTTATATTTTT-TGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAG
* * * * * *
64298 ACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTT
65 GCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
64363 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-GGGTTGAATTT
130 TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTTAAATTT
* * * * * * *
64405 TTTTATATTTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAG-AAAAGG
1 TTTTATATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGG
* * * * *
64469 TATTCATTGACAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAGGTCTTATTACTCACTTT
66 CATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
64534 AAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTT-AGGTTAAACTT
131 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTTAAATTT
* * * * * * * * * *
64575 TTTGATGTTTTTTGTTAGAACAGAATATAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAA-AAAAAGG
1 TTTTATATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGG
* * * *
64639 TATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
66 CATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
64682 TAAA
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 105, Indels: 49
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 131 0.20
161 3 0.00
170 193 0.30
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172 131 0.20
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTTTATATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGG
CATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTTAAATTT
Found at i:64255 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 64043--64365 Score: 423
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
64033 AATGATTTTA
* * * * *
64043 TAATCTTAAAATTGATTTTAATTTTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACATATTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTATTTACATTTTTTGCTAAAACATATTATAATTGA
* * * * * *
64108 ATGCCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATAAATTGAAAAGAAAGGTCTATTTATAGTCAC
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* *
64173 CCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
131 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTT
* *
64203 TAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTATTTATATTTTTAT-TTAAAACATATTATAATTG
1 TAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTATTTACATTTTT-TGCTAAAACATATTATAATTG
* * *** **
64267 AATGTCTACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAGACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGCCTACCTCGACAAACGTAAAGAAAAAGACATAAATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
64332 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTT
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTT
64363 TAA
1 TAA
64366 ATGGTTTTAT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 23, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
160 138 0.99
161 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTATTTACATTTTTTGCTAAAACATATTATAATTGA
ATGCCTACCTCGACAAACGTAAAGAAAAAGACATAAATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTT
Found at i:64363 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 63875--64681 Score: 861
Period size: 332 Copynumber: 2.4 Consensus size: 329
63865 GATTTTATAG
* * * * *
63875 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTAATGTTTTTAGTTAGAACATATTATAATTCAATGT
1 TCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTTTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATGT
* * *
63940 CTACCTTAGGAAAAATAAAGAAACAGCTATTTATTGGCAAGAAAAGATCATTTATAGTCACCCAT
66 CTACCTTACGAAAAATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGATCATTTATAGTCACCCAT
* * * **
64005 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTTAA
131 TCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AGGTTAA
* *
64070 ATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAA
195 ATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACATTGAGAAATGTAAAG-AA
* *
64135 AAGGCATAAATTGA-AAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTC
259 AAGGCATAAATTGACAAA-AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
64199 ACTTTAA
323 ACTTTAA
* * *
64206 TCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTATTTATATTTTTATTTAAAACATATTATAATTGAATG
1 TCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTT-TTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATG
* * *
64271 TCTACC-T-CGACAAACGTGAAGAAAAAGAC-ATTCGTTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCA
65 TCTACCTTACGA-AAA-ATAAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGAAAAGAT-CATTTATAGTCA
* * *
64332 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGGG
126 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGG
* * * * ** * * *
64397 TTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAATGTGAA
191 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACATTGAGAAATGTAAA
* ** * * *
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256 GAAAAGGCATAAATTGACAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
64527 TCACTTTAAATGGTTTTATA
321 TCAC----------TTTA-A
* * * * * * * * * *
64547 CTCTCAAAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGATGTTTTTTGTTAGAACAGAATATAATTAAATG
1 -TCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTTTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATG
* * ** * * * *
64612 TTTGCCTTGGGAAACATGAA-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
65 TCTACCTTACGAAAAATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGATCATTTATAGTCACCCA
64676 TTCCTT
130 TTCCTT
64682 TAAA
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 60, Indels: 35
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 58 0.15
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333 1 0.00
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Consensus pattern (329 bp):
TCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAAATTTTTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATGT
CTACCTTACGAAAAATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGATCATTTATAGTCACCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTAAA
TTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACATTGAGAAATGTAAAGAAAA
GGCATAAATTGACAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAA
Done.