Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399567.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2821.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22625
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.14, T:0.27
Warning! 4250 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:288 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1439 Score: 774
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 169
*
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * * * * *
66 AATCTCTGCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCACGAAAAGTGCACTTATAGCCA
65 AATGTCTGCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCA
* * * *
131 CTTAAGCCTTCGAATGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
129 CTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * *
172 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * *** * * *
237 AATGTCTTGC-TTCGAAAATGTGAAGAAAAAACCATTAATTGCCAAGAAAAGTCCATTTACAATC
65 AATGTC-TGCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTC
* * * *
301 ATCTGT--TTCTTTAAAAG-TCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTT
128 A-CT-TAAGTCTTCAAAAGCT-TTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
343 TATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATAACAATTGA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * *
408 ATATCTACTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCAC
*
473 TTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
130 TTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
513 TATAGTCTCATAGTTTATTTTAATTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
*** * * *
578 AATG-CTTGCTTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATT-AGCGAGAGAAGTCCATTTATAA
65 AATGTC-TGCTTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGA-CAAGAAAAGT-CATTTATAG
* * ********** ** * *
640 TCA-TCTATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTAACTTTGAATGGTTT
126 TCACT-TAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * * * *
684 TATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAAC
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * * * * * * *
749 TAAATGTTTGCCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAACATTATATTTATAT
63 TGAATGTCTG-CTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAG
* * * ** *
813 TGACTCAAGCCTTTGAAA-CTCTTATTACTCT-CTTTAAATTGTTT
126 TCACTTAAGTCTTCAAAAGCT-TTATTACT-TGCTTTAAATAGTTT
********** * * *
857 NNNNNNNNNNTAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAAAT
1 TATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * * * * *
921 AAATGTCTGTTTTTGG-AAACATGAAAAAAAAGCCATCCATTGGCGAGAAAAGTCCATTTACAGT
64 GAATGTCTG-CTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGT
* * ** ** ******
985 CACTTAAGCCTTCAAAACCCCTATTAGC-CACTTTAAANNNNNN
127 CACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTA-CTTGCTTTAAATAGTTT
**** * * * * *
1028 NNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGA-TTTTAGTTAAAATATATTATAAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * * * * * * * *
1092 GAATGTTTAC-CTAGAGAAAGGTAAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCTATTTATATT
64 GAATGTCTGCTTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
** * * * * *
1156 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTAGTCG-TTTCAAATAGTTT
127 CACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTT-AAATAGTTT
********** * * *
1199 TATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTAAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAAAAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * *
1264 AATGT-TCGCTTCAGG-AAACATGAAGCAAAAGCTACCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGT
65 AATGTCT-GCTT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGT
* * * * * * *
1327 CACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTCAATGGTTT
127 CACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
1370 TATAGTCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTTCATTTTTAGTAAAAACAGATAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
1435 GAATG
64 GAATG
1440 CTTGTCTTGA
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 272, Indels: 93
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 7 0.01
170 144 0.15
171 624 0.66
172 52 0.05
173 114 0.12
174 6 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA
ATGTCTGCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACT
TAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
Found at i:684 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--1438 Score: 930
Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 341
* * *
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTG
* * * *
66 AATCTCTGCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCACGAAAAGTGCACTTATAGCCA
65 AATATCTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTGCACTTATAGCCA
* * * *
131 CTTAAGCCTTCGAATGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG
130 CTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
196 CTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTGCTTCGAAAATGTGAA
195 CTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTGCTTCGAAAACGTGAA
* **
261 GAAAAAACCATTAATTGCCAAGAAAAGTCCATTTACAATCATCTGTTTCTTTAAAAGTCTTATTA
260 GAAAAAACCATTAATTGCCAAGAAAAGTCCATTTACAATCATCTATGCCTTTAAAAGTCTTATTA
***
326 CTTGTTTTAAATGGTTT
325 CTAACTTTAAATGGTTT
* * *
343 TATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATAACAATTGA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGA
* * * *
408 ATATCTACTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGATAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCA
66 ATATCTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTGC-ACTTATAGCCA
* * * * * *
472 CTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAGTTTATTTTAAT
130 CTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
537 TTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATAATAATTGAATG-CTTGCTTTGAGAAACGTG
195 CTAAATAT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTGCTTCGA-AAACGTG
* * * * * * **********
600 AAGAAAAAGCCTTTCATTAG-CGAGAGAAGTCCATTTATAATCATCTATGCCNNNNNNNNNNTTA
258 AAGAAAAAACCATTAATT-GCCAAGAAAAGTCCATTTACAATCATCTATGCCTTTAAAAGTCTTA
*
664 TTACTAACTTTGAATGGTTT
322 TTACTAACTTTAAATGGTTT
* * * * *
684 TATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAAC
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAAT
* * * * * * * * * ** * **
749 TAAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAACATTATATTTATATT
63 TGAATATCTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTGCACTTATAGC
* * ** * * **********
814 GACTCAAGCCTTTGAAA-CTCTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTNNNNNNNNNNTAATT-ATTTT
128 CACTTAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
* * * * * * * * * *
877 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAAATAAATGTC-TGTTTTTGGAAAC
191 TAAGCTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTG-CTTCGAAAAC
* ** * * * * * **
941 ATGAA-AAAAAAGCCATCCATTGGCGAGAAAAGTCCATTTACAGTCA-CTTAAGCCTTCAAAACC
255 GTGAAGAAAAAA-CCATTAATTGCCAAGAAAAGTCCATTTACAATCATC-TATGCCTTTAAAAGT
* * ******
1004 CCTATTAGC-CACTTTAAANNNNNN
318 CTTATTA-CTAACTTTAAATGGTTT
**** * * * *
1028 NNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGATTTTAG-TTAAAATATATTATAAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAATAGATAATAATT
* * * * * * * * * * * * **
1092 GAATGTTTACCTAGAGAAAGGTAAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAAT-CTATTTATATT
64 GAATATCTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTGC-ACTTATAGC
** * * ******
1156 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTAGTCG-TTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNN
128 CACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
**** * * * *
1220 NNNNTAAAT-TGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAAAAATTGAATGT-TCGCTTCAGGAAAC
192 AAGCTAAATAT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTGCTTC-GAAAAC
* * * * *** * * * * * * *
1283 ATGAAGCAAAAGCTACCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCC
255 GTGAAGAAAAAACCATTAATTGCCAAGAAAAGTCCATTTACAATCATCT-ATGCCTTTAAAAGTC
* ** *
1347 TTATTGCTCGCTTTCAATGGTTT
319 TTATTACTAACTTTAAATGGTTT
* * * * *
1370 TATAGTCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTTCATTTTT-AGTAAAAACAGATAATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATAATAAT
1434 TGAAT
63 TGAAT
1439 GCTTGTCTTG
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 217, Indels: 63
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 11 0.01
341 272 0.32
342 275 0.32
343 45 0.05
344 237 0.28
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGA
ATATCTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTGCACTTATAGCCAC
TTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC
TAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTGCTTCGAAAACGTGAAG
AAAAAACCATTAATTGCCAAGAAAAGTCCATTTACAATCATCTATGCCTTTAAAAGTCTTATTAC
TAACTTTAAATGGTTT
Found at i:4435 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4138--6718 Score: 1145
Period size: 171 Copynumber: 15.2 Consensus size: 170
4128 ATATTTTAAT
* * * * * * *
4138 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATAGTATAAAACTACTCAAAGTTAGTAA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * ** * *
4203 TAAGG-TGTTCGATGGCAT-AGATGACTATAAATGGACTTCTCTCACTAATGA-AAGGCTTTTTT
66 TAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTA-GCTTTTTC
* *
4265 TTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAT
128 TTCATGTTTCTTGA-ACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* ** *
4309 AAAAAATACAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGACCATAAAA-TCATTGAAAAG-GAG
1 CAAAAATA-AAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATT-TAAAGTGAG
* *
4372 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAGTAGCTTTTTC
63 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTAGCTTTTTC
* * * *
4437 TTCTTGTTT-TTTAAAAAGGACATTCAATTTTTATCTGTTTTTAC
128 TTCATGTTTCTTGAACAA--ACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* * *
4481 CAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTG-GCT
1 CAAAAATA-AAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG-T
* * * * * * * *
4544 AAT-CGAGATTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGGC-TTTGC
64 AATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTAGCTTTTTC
* * * *
4607 TTCATGGTTCTTGAAGCAAACATTGAGTTATTATCTGTTTTAAC
128 TTCATGTTTCTTGAA-CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
** * * *
4651 CAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAGAA-GAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
** * * * * * * *
4715 ATAAGGCTTTTAAAGGCTTTAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGTTAATG-GATGGCTTTTGCT
65 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAG-TAGCTTTTTCT
* * * * ** * *** * * * *
4779 TTACGTTTCCTCAGGTAGACATTCTGGTATAATATATTTTGAC
129 TCATGTTTCTTGA-ACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
** * * * **
4822 CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * * **
4887 TCAGAC-TTCTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAGTG-GATGGCTTTCACT
66 TAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAG-TAGCTTTTTCT
* ** *
4950 TTATGTTTCTAAAAGAAAACATTCAATTA--A-C------TA-
129 TCATGTTTCTTGAA-CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* * * * * ** *
4983 -AAAATTTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATG-GAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTG
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* ** * * * * *
5046 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATAAAT-GGTGTTTTC
65 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAGTAGCT-TTTTC
** ** * * * * *
5109 TTCACATTTC-CCAAGGTAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
128 TTCATGTTTCTTGAA--CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* * * * * * ***
5153 CAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTGTGAGATTAT-AAACTATATAAAACAAGTAA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * * ** * *
5217 TAAAGTTTTCAAACGCTTAAGTGAATATAAATCAGACTTTTCTTACCGATG-GATCGCTTTTGCT
66 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAG-TAGCTTTTTCT
* * * * * *** * * *
5281 TCACGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAGTTCCAATAT-ATTTTAA
129 TCATGTTTCTTGAA--CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* * ** * * **
5323 CTACAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * *
5388 TAAAGTG-TTT-GATGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTACTAACGA-AAGGCTTTTTC
66 T-AAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTA-GCTTTTTC
* * * *
5450 TTCATGTTT-TTCAAGGCAAAAATTCAATTATTATCTATTTTAAC
128 TTCATGTTTCTTGAA--CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
** * * * * * * *
5494 CAAAAA-AGTGAAAAATTTCAACTTAAAATCAAATATCATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CAAAAATA-AAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * *
5558 ATAAGGCAGTT-GATGGCATGGGTGACTGT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAG-GGCTTTTTC
65 ATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG-AGTAGCTTTTTC
* ** * * *
5620 TTCATATTTGGT-AAGGCAAACAATCAATTATTATCCGTTTTAAC
128 TTCATGTTTCTTGAA--CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* ** * **
5664 TAAAAATATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT-AGGATTATAAAACTATTGAAAGCAAG
1 -CAAAA-ATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * * *
5728 TAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATG-G-ATGACTTTT
63 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTA-G-CTTTT
* * * * * * *
5791 GCTTCATGTTTC----CCAAGACATTTAGTTA-TAACATATTTTAAC
126 TCTTCATGTTTCTTGAACAA-ACATTCAATTATTATC-TGTTTTTAC
* * * * * **
5833 TAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * * * *
5898 TAACGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACTAGTG-GATGGATTTTGC
66 TAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCTAATGAG-TAGCTTTTTC
** * * *
5962 TTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC
128 TTCATGTTTCTTGAA-CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* * * **
6006 CAAAAATATAAAAAAAATTCAAATTAAAAAT-AATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGT
1 CAAAAATA-AAAAAAAATTCAAATT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * * * *
6070 AATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAGTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATG-G-ATGACTTTTG
64 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTA-G-CTTTTT
* *** * * * *** *
6133 CTTCACGTTTCTTGGGGTAAACACTCAGTTATAATAAATTTTAAC
127 CTTCATGTTTCTT-GAACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
** * * * * * * * *
6178 C-AAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTGTGAAACTATAAAACCATTTAAAG-CAGGTA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA-GTA
** * * * * * * * * * * *
6241 GGAAGGATTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGGGTA-ATTTTTACT
65 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTAGCTTTTT-CT
** * *
6305 TCATAATTCTTAGAGCAAACATTCAATTATTATCT-ATTTTAGC
129 TCATGTTTCTT-GAACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTA-C
* ** * * *
6348 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAGAAA-CAATTATG-GAATTATAAAACTATTTAAAGAGAGT
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTA-AAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * * * *
6411 AATAAGGCTTTC-AGAGTCTTGAGTGAATATAAATTGAATTTTCTTGCCAATG-GATAGCTTTTG
64 AATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAG-TAGCTTTTT
** * * * * *
6474 CTTCATGTTTC-CCAAGGCAAACAATT-AGTTATAATATATTTTAAC
127 CTTCATGTTTCTTGAA--CAAAC-ATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
** * * ** * *
6519 CAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCTTTTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
** * * * * * * *
6584 TAAGGCTTTTAAAGGCTTTAGTGAATATAAATAGAATTCTT-TTGCCAATGAAT-GACTTTTGCT
66 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCTAATGAGTAG-CTTTTTCT
* ** * * * * * *
6647 TCATGTTTCCCTGGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAC
129 TCATGTTT-CTTGAACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
* * *
6690 TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1 CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAAT
6719 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1870, Mismatches: 429, Indels: 222
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 5 0.00
160 112 0.06
161 2 0.00
162 2 0.00
163 1 0.00
167 57 0.03
168 35 0.02
169 70 0.04
170 434 0.23
171 722 0.39
172 281 0.15
173 91 0.05
174 53 0.03
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAAAAATAAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTAGCTTTTTCTTC
ATGTTTCTTGAACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAC
Found at i:4802 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4122--6718 Score: 1873
Period size: 341 Copynumber: 7.6 Consensus size: 341
4112 NNNNNNNNNN
* * * *
4122 TATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATAGTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
* * * ** ** * * * * * *
4187 TACTCAAAGTTAGTAATAAGG-TGTTCGATGGCAT-AGATGACTATAAATGGACTTCTCTCACTA
66 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGAT-TTTAAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * ** ** * **
4250 ATGAAAGGCTTTTTTTTCATGTTTC-TCGAGACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTATAAAAA
129 ATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTTAAAG-CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAA
* ** * *
4314 ATACAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGACCATAAAA-TCATTGAAAAG-GAGTAATA
192 ATA-TAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATT-TAAAGCAAGTAATA
** * * ** * * *
4377 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAAT-GAGTAGCTTTTTCTTCT
254 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCA
* * **
4441 TGTTT-TTTA-AAAAGGACATTCAAT
318 TGTTTCCTCAGGTAA--ACATTCAAT
* * * * * *
4465 TTTTATCTGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAT
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
** * * * * *
4529 CCATTTAAAG-TGGCTAAT-CGAGATTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
65 CCATTTAAAGCAAG-TAATAAG-GATTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
* * * * *
4592 AATGGGTGGCTTTGCTTCATGGTTCTTGAAGCAAACATTGAGTTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
128 AATGGATGGCTTTGCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
4657 TGTAAAAAAATTCAAATTAAGAA-GAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGCAATAAG
193 TATAAAAAAATTCAAATTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAATAAG
** * ** * *
4720 GCTTTTAAAGGCTTTAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGT
256 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ***
4785 TTCCTCAGGTAGACATTCTGG
321 TTCCTCAGGTAAACATTCAAT
* * * *
4806 TATAATATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
* * * * * *
4871 TATTTAAAGCAAGTAATCA-GACTTCTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAG
66 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGA-TTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
* * * *
4935 TGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCTAAAAGAAAACATTCAATTA--A-C-----T----AAAAAT
130 TGGATGGCTTT-GCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * *
4988 TTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATG-GAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGG
194 ATAAAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* ** * ** * * * ** * **
5052 CTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGG-TGTTTTCTTCACAT
257 CTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGT
*
5116 TTCC-CAAGGTAAACATTCAAA
321 TTCCTC-AGGTAAACATTCAAT
* * * *
5137 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTGTGAGATTAT-AAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
* * * * * * * *
5201 TATATAAAACAAGTAATAAAG-TTTTCAAACGCTTAAGTGAATATAAATCAGACTTTTCTTACCG
66 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTT-AAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCA
* * * * * * * *** * * * *
5265 ATGGATCGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTCCAATATATTTTAA-CTACAA
129 ATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
5329 TCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGT
193 TATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-AAG-
* * * * * * * * * * * *
5394 G-TTT-GATGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTACTAACGAAAGGCTTTTTCTTCATGT
256 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * *
5457 TT-TTCAAGGCAAAAATTCAAT
321 TTCCTC-AGGTAAACATTCAAT
* * * * * * *
5478 TATTATCTATTTTAACCAAAAA-AGTGAAAAATTTCAACTTAAAATCAAATATCATATTATAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
* * * * * * * * *
5542 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCA-GTTGATGGCATGGGTGACTGT-AATGGACTTTTCTTGCCA
65 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-ATTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * * * ** * * * *
5605 ATGAAGGGCTTTTTCTTCATATTTGGTAAGGCAAACAATCAATTATTATCCGTTTTAACTAAAAA
129 ATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
** *
5670 TATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT-AGGATTATAAAACTATTGAAAGCAAGTAATAA
193 TAT--AAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
5734 GGGTTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATG
255 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
* * *
5799 TTTCC-CA---AGACATTTAGT
320 TTTCCTCAGGTAAACATTCAAT
* *
5817 TATAA-CATATTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
1 TATAATC-TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
* * * * * * * *
5881 CTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACT
65 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTT-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTACC
* * * * *
5946 AGTGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAA
128 AATGGATGG-CTTTGCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAA
* * *
6011 ATATAAAAAAAATTCAAATTAAAAAT-AATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
192 ATAT-AAAAAAATTCAAATT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
6075 GGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAGTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACG
255 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
* ** * *
6140 TTTCTTGGGGTAAACACTCAGT
320 TTTCCTCAGGTAAACATTCAAT
** * * * * *
6162 TATAATAAATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTGTGAAACTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
* ** * * * * * * *
6226 CATTTAAAGCAGGTAGGAAGGATTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAGTAGACTTTTCTTGCCAAT
66 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
* *** * ** * * * * *
6291 GGGTAATTTTTACTTCATAATTCTTAGAGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAGCAAAAAATG
131 GGAT-GGCTTTGCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATA
* *
6356 TAAAAAAATTCAACTCAGAAA-CAATTATG-GAATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAATAAGG
195 TAAAAAAATTCAAATTA-AAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAATAAGG
* * *
6418 CTTTC-AGAGTCTTGAGTGAATATAAATTGAATTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGT
257 CTTTCGA-AGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* *
6482 TTCC-CAAGGCAAACAATT-AGT
321 TTCCTC-AGGTAAAC-ATTCAAT
* * * ** *
6503 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCTTTTATAAGACTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
* ** * * * * *
6568 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTTAGTGAATATAAATAGAATTCTT-TTGCCAA
66 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTACCAA
* * * ** * * * * * *
6632 TGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCT-GGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAA
130 TGGATGGC-TTTGCTTCATGTTT-CTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
*
6696 TATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
193 TATAAAAAAATTCAAATTAAAAT
6719 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1777, Mismatches: 396, Indels: 163
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 3 0.00
330 56 0.03
331 201 0.11
332 4 0.00
333 1 0.00
334 1 0.00
338 1 0.00
339 81 0.05
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344 71 0.04
345 21 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAC
CATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
GGATGGCTTTGCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATAT
AAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
CGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
CAGGTAAACATTCAAT
Found at i:5132 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 4823--5135 Score: 342
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
4813 TATTTTGACC
* *
4823 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * ** *
4888 CAGACTTCTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTCACTTTA
66 AAGACTTCTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTCACTTCA
** *
4953 TGTTTCTAAAAGAAAACATTCAATTAACT
131 CATTTCCAAAAGAAAACATTCAATTAACT
* * *
4982 AAAAATTTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATG-GAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTG
1 AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * * ** **
5046 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGG-TGTTTTCT
64 ATAAGACTTCTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCT-TTCACT
* * *
5110 TCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAA
128 TCACATTTCCAAAAGAAAACATTCAA
5136 ATATAATCTA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 27, Indels: 5
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
159 15 0.12
160 109 0.88
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (159 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
AAGACTTCTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTCACTTCA
CATTTCCAAAAGAAAACATTCAATTAACT
Found at i:6055 original size:684 final size:683
Alignment explanation
Indices: 4474--6717 Score: 1794
Period size: 684 Copynumber: 3.3 Consensus size: 683
4464 TTTTTATCTG
* * * *
4474 TTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAA
** ** * * ** * * * ** * * *
4538 G-TGGCTAATCGAGATTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGG
65 GCAAG-TAATAAAGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATAGAATTTT-TTTACAGTGGATGA
* * * * * * * * * *
4601 CTTTGCTTCATGGTTCTTGAA-GCAAACATTGAGTTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
128 TTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * * * * *
4665 AATTCAAATTAAGAA-GAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGCAATAAGGCTTT-TA
192 AATTCAACTTAAAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGA
* * * *** * * * * * * *
4727 AAGGCTTTAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTCA
256 AA-GCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAACGAAAGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAA
* * * * *** * * * * *
4792 GGTAGACATTCTGGTATAATATATTTTGACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
320 GGCAAAAACTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAA-GTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATA
* * * * ** * * ** * * *
4857 TGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATCA-GACTTCTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAG
384 TCAAACTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAAGAAGGAGTTC-AAAGGCATGGGTGACTACAAGTAG
* * * *** * * ** *
4921 ACTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCTAAAAG--AA-AA-C----A-T-T-CA
448 ACTTTTCTTGCCAATGGGTAATTTTTACTTCATAATTCTAAGAGCAAACAATCAATTATTATCCA
* * * * *
4975 -ATTAACTAAAAAT-TTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGGAATTATAAAACCATTTAA
513 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGAATTATAAAACTATTTAA
* * ** * ** * * * ** *
5038 AGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATG-G
578 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGAC
* ** * **
5102 TGTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAAATATAATC-TA
643 T-TTTGCTTCATGTTTCCCAAGG--AACATTTAGTTATAA-CATA
* * * * * *
5146 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTGTGAGATTAT-AAACTATATAAAA
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAG
* * * * *
5210 CAAGTAATAAAG-TTTTCAAACGCTTAAGTGAATATAAATCAGACTTTTCTTACCGATGGATCGC
66 CAAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAAT-AGAATTTTTTTACAG-TGGAT-GA
* ** * * *
5274 TTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTCCAATATATTTTAA-CTACAATCTAAAAAA
128 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* *
5338 ATTCAACTT-AAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGTG-TTT-GA
193 ATTCAACTTAAAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAG-GCTTTCGA
** * * * * * * *
5400 TGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTACTAACGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAA
256 AAGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAACGAAAGACTTTTGCTTCACGTTTCTT-AA
* * ** * **
5464 GGCAAAAATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAAAGTGAAAAATTTCAACTTAAAATCAAATA
320 GGCAAAAACTCAATTATAATAAATTTTAACC-AAAAAGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATA
* * * * * ** *
5529 TCATATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCAGTT-GATGGCATGGGTGACTGTAA-TG
384 TCAAACTATAAAACCATTTAAAGCAG-GTAAGAAGG-AGTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAGTA
** * *
5591 GACTTTTCTTGCCAATGAAGG-GCTTTTT-CTTCATATTTGGTAAG-GCAAACAATCAATTATTA
447 GACTTTTCTTGCCAATG--GGTAATTTTTACTTCATAATT-CTAAGAGCAAACAATCAATTATTA
*
5653 TCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAGG-ATTATAAAACTA
509 TCCATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT-GGAATTATAAAACTA
* * * *
5717 TTGAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGG
573 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGG
5782 ATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAA-G-ACATTTAGTTATAACATA
638 ATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAACATTTAGTTATAACATA
* *
5826 TTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAG
* * * *
5891 CAAGTAATAACGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACTAGTGGATGGA
66 CAAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATAGA-ATTTTTTTAC-AGTGGAT-GA
* * * * *
5956 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
128 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
* **
6021 AATTCAAATTAAAAAT-AATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
192 AATTCAACTTAAAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * **
6085 AGCTTGAGTGAGTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGGGG
257 AGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAACGAAAGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGG
* * * * * * * *
6150 TAAACACTCAGTTATAATAAATTTTAACCAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTGTGA
322 CAAAAACTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAAGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCA
* * *
6215 AACTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAGGAAGGATTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAGTAGACTT
387 AACTATAAAACCATTTAAAGCAGGTAAGAAGGAGTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAGTAGACTT
* * *
6280 TTCTTGCCAATGGGTAATTTTTACTTCATAATTCTTAGAGCAAACATTCAATTATTATCTATTTT
452 TTCTTGCCAATGGGTAATTTTTACTTCATAATTCTAAGAGCAAACAATCAATTATTATCCATTTT
* **
6345 AGC-AAAAA-ATGTAAAAAAATTCAA-CTCAGAAA-CAATTATGGAATTATAAAACTATTTAAAG
517 AACTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACCT-A-AAATCAATTATGGAATTATAAAACTATTTAAAG
* *
6406 -AGAGTAATAAGGCTTTC-AGAGTCTTGAGTGAATATAAATTGAATTTTCTTGCCAATGGAT-AG
580 CA-AGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGA-
* *
6468 CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATTAGTTATAATATA
642 CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGG--AACATTTAGTTATAACATA
* * ** *
6512 TTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCTTTTATAAGACTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAG
** * * ** * *
6577 TGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCTTTAGTGAATATAAATAGAATTCTTTTGCCAATGAATGACT
66 CAAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATAGAATT-TTTTTACAGTGGATGA-T
* ** * *
6641 TTTGCTTCATGTTTCCCTGGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
129 TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
6706 TTCAACTTAAAA
194 TTCAACTTAAAA
6718 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1258, Mismatches: 251, Indels: 115
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
670 4 0.00
671 71 0.06
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673 51 0.04
674 6 0.00
675 1 0.00
679 2 0.00
680 59 0.05
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682 199 0.16
683 132 0.10
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685 37 0.03
686 89 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (683 bp):
TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAG
CAAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATAGAATTTTTTTACAGTGGATGATTT
TGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAAATCAATTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCA
TGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAACGAAAGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAA
AACTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAAGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCAAACT
ATAAAACCATTTAAAGCAGGTAAGAAGGAGTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAGTAGACTTTTCT
TGCCAATGGGTAATTTTTACTTCATAATTCTAAGAGCAAACAATCAATTATTATCCATTTTAACT
AAAAATATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTT
CATGTTTCCCAAGGAACATTTAGTTATAACATA
Found at i:6631 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4976--6718 Score: 1350
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
4966 AAACATTCAA
* * * *
4976 TTAACTAAAAATTTAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTAT-GGAATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATAAG-ATTATAAAACTATTTAAAG
* * ** * ** * * ** *
5040 CAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGTGT
64 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGCT-T
* ** * * *
5105 TTTCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAAATATAATCTATT
128 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
5148 TTAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTGTGAGATTAT-AAACTATATAAAACA
1 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * *
5212 AGTAATAAAG-TTTTCAAACGCTTAAGTGAATATAAATCAGACTTTTCTTACCGATGGATCGCTT
66 AGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCTTGAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GCTT
* * * * * **
5276 TTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTCCAATATATT
128 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * *
5319 TTAA-CTACAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
1 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * * * * * * * *
5383 AGTAATAAAG-TGTTTGATGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTACTAACGAAAGGCTTT
66 AGTAATAAGGCT-TTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG-GATGCTTT
* ** * * *
5447 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAAAATTCAATTATTATCTATT
129 TGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
5489 TTAACCAAAAA-AGTGAAAAATTTCAACTTAAAATCAAATATCATATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* ** * * * * * * * * *
5553 GAGTAATAAGGCAGTTGATGGCATGGGTGACTGT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGGCTTT
65 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGCTTT
* * *** * * ***
5617 TTCTTCATATTTGGTAAGGCAAACAATCAATTATTATCCGTT
129 TGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * *
5659 TTAACTAAAAATATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACTATTGAAAG
1 TTAACCAAAAATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
* ** * *
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64 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATG-CTT
* * *
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128 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * *
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1 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * * * * * *
5893 AGTAATAACGCTTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACTAGTGGATGGATT
66 AGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGGAT-GCTT
* * * * * * *
5958 TTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTT
128 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* ** * *
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1 TTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * *
6065 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGAGTGAGTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATGACT
64 CAAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATG-CT
* **** * * * *
6129 TTTGCTTCACGTTTCTTGGGGTAAACACTCAGTTATAATAAATT
127 TTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
6173 TTAACC-AAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATTAATTGTGAA-ACTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* ** * * * * * * * * **
6236 AGGTAGGAAGGATTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGGGTAATTTT
65 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GCTTT
* ** ** * *
6301 TACTTCATAATT-CTTAGAGCAAACATTCAATTATTATCTATT
129 TGCTTCATGTTTCCCAAG-GCAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * *
6343 TTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAGAAA-CAATTAT-GGAATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATAAG-ATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * *
6406 -AGAGTAATAAGGCTTTCAGAGTCTTGAGTGAATATAAATTGAATTTTCTTGCCAATGGATAGCT
64 CA-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GCT
*
6470 TTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATT-AGTTATAATATATT
127 TTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAATATATT
* * ** * **
6514 TTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCTTTTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGTG
1 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * *
6579 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTTAGTGAATATAAATAGAATTCTT-TTGCCAATGAATGACTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTT-TTCTTGCCAATGGATG-CTTT
** * *
6643 TGCTTCATGTTTCCCTGGGCAGACATTCAGTTATAATATATT
129 TGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
*
6685 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
6719 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1247, Mismatches: 279, Indels: 91
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 57 0.05
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGCTTTTG
CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATT
Found at i:12783 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 12477--13264 Score: 670
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 166
12467 ATCCCCAACA
* * * ** * * *
12477 CCATTGGCAAGAAAATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTATTTTTAAA
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* *
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* * *
12607 TAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAACCCAC
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* * *
12648 CCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATACTCATTCAAGCCTTCAAAACCCCTATTAGCCACTGTAAA
1 CCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATACTCA-TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CCACTTTAAA
* * * * * *
12713 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACGA-TTTTGGTTAAAATATATT
63 TAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATA
* * * * *
12777 ATAATTGAATGTCTGCCTT-GAGATAGGTGAAGCACAAGCTAT
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* * * ** * *
12819 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCATAGCCTT-TGAAGCCTTATTAATCGCTTTAAA
1 CCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATACTCATCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACCACTTTAAA
* *
12883 TGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGATA
63 TAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATA
*
12948 ATAATTGAATGTCTGCTTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCAC
126 ATAATTGAATGTCTGCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCAC
* * ** ** *
12990 CTAGTGGCGCGAAAGATCCATTTATAGC-CACTCAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 CCATTGGCAAGAAAG-TCCATTTATA-CTCA-TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CACTTTAA
* * * * *
13054 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTTATTTTAAGGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACATATT
62 ATAGTTTTATAATCTCATAA-TTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATA
* * *** *
13119 ACAATTGAATGTCTTGCTTAGGAAACGTGAAGGAAAAATTAT
126 ATAATTGAATGTC-TGCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAC
* * ** * * * * * * *
13161 TCAATGTAAATAAAAGTCCATTTATAGTCATC-TGTTTCTTTAAAAGCCTAATTATTCACTTTAA
1 CCATTGGCAA-GAAAGTCCATTTATACTCATCAAG--CCTTCAAAAGCCTTATTA-CCACTTTAA
13225 AT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
62 ATAG-TTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTT
13265 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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173 2 0.00
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Consensus pattern (166 bp):
CCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATACTCATCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
TGAATGTCTGCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAC
Found at i:13107 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
12467 ATCCCCAACA
* ** *
12477 CCATTGGCAAGAAAATTCTATTTATATTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTGCT-ATTTTTA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCAC-CATAGCCTTTG-AAGCCTTATTAATCA-CTTTA
* *
12540 AATAGTTTTATAATCTCATAATTATTCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACGGAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTATT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAT
*
12605 AATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAACCCACCCATTGGCAAGACAAGTCCATT
127 AATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAACCCACCCAGTGGCAAGACAAGTCCATT
* * *
12670 TATACTCATTCAAGCCTTCAAAACCCCTATTAGCCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
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* * *
12735 ATTTTAAGTTAAATTTTTTGACGATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TGCCTT-GA
257 ATTTTAAGGTAAATTTTTTGACGATTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTTG-CTTAG-
* * * *
12798 GATAGGTGAAGCACAAGCTAT
320 GAAACGTGAAGCAAAAACTAT
*
12819 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCATAGCCTTTGAAGCCTTATTAATCGCTTTAAAT
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCATAGCCTTTGAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
* *
12884 GGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGATAA
66 GGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGATAA
* * * * * **
12949 TAATTGAATGTCTGCTT-TGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCACCTAGTGGCGCGA-AAGATCCATT
129 TAATTGAATGTCTACTTCAGG-AAACATGAAGCAAAACCCACCCAGTGGCAAGACAAG-TCCATT
* * * * * *
13012 TATAGC-CACTCAAATCTTCGAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
192 TATA-CTCACTCAAACCTTCAAAACCCCTATTAGC-CACTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
13075 TTATTTTAAGGTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTGAAACATATTACAATTGAATGTCTTGCTTA
255 TGATTTTAAGGTAAATTTTTTGACGA-TTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTTGCTTA
* *
13139 GGAAACGTGAAGGAAAAATTAT
319 GGAAACGTGAAGCAAAAACTAT
* * ** * * * * * * * *
13161 TCAATGTAAATAAAAGTCCATTTATAGTCATC-T-GTTTCTTTAAAAGCCTAATTATTCACTTTA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCATAG--CCTTT-GAAGCCTTATTAATCACTTTA
*
13224 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTT
13265 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 54, Indels: 27
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCATAGCCTTTGAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATA
ATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAACCCACCCAGTGGCAAGACAAGTCCATTTATA
CTCACTCAAACCTTCAAAACCCCTATTAGCCACTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGGTAAATTTTTTGACGATTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTTGCTTAGGAAACG
TGAAGCAAAAACTAT
Found at i:19627 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19419--20078 Score: 641
Period size: 169 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
19409 NNNNNNNNNN
19419 AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTAC
* *
19484 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCA
66 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-CTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCA
* **************
19549 TCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNNNNN
130 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAA
* * **
19590 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAGA-TTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTAC
* * * *** * * *
19654 ATTTTTCAATAAAACAGACTT-T-ATTAAATGCCTACCCCAGGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTC
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* * * * * * *
19717 ATTTGG-AGGAAAAGTCTATTTAAAGTCTCCCATTCTTTTAAA
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* * * *
19759 TA-CCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTCTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTTT-TTTTTTTA
1 -AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTA
** * * *
19822 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTTGAG-AAGGTCAAGAAAAAGGCATTC
65 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-CTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * *
19886 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCTTTCAAA
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* * * * **
19928 AGCCTTATTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTA
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* * * * * *
19993 CATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTTAATGTCTACATTGAGAAATGTGAAAAAAAAAGCATTC
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20058 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
20079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 82, Indels: 27
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
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Consensus pattern (170 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAA
Done.