Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397485.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4319.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13275
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Warning! 153 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:374 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--407 Score: 500
Period size: 169 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
* * * *
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATAAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGCCTTTCGAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TT
* * * * **
66 TTCTTTATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATGTTAACAATCAATATAAAACAAAT
65 TTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAACAAAT
* *
131 TCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
130 TCAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
173 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGCCTTTCGAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * *
238 TCTTCATGTTTCCTA-AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT-CAA-AAAT
66 TCTTCATGTTTCC-AGAGGTAAACATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAACAAAT
**
300 TCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTT-AAGC
130 TCAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGC
* * * * * *
342 GAGTAGTAAGACCTTT-GAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCCAATGAATGACTT
1 GAGTAATAAG-CCTTTCGAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
406 TT
65 TT
408 TTTTCTTCGC
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 28, Indels: 9
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 90 0.44
170 9 0.04
171 47 0.23
172 58 0.28
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGCCTTTCGAAAGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
TCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAACAAATT
CAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:952 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 666--4248 Score: 3136
Period size: 171 Copynumber: 21.0 Consensus size: 171
656 GGAAAAAAAT
* * ** *
666 AATTATAATATATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGGGATTAT-A
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * *
730 AACCATTTTCAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCGAGTGGCTATAAATGAACTTTTTTTGC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * ** *
794 CAATGAATAGCTTTTACTTCACGTTTCTCAGGGTAAATGCTA
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * *
836 AATGATAATATATTTTCAATCAAGAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
900 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCTTTCAAAGGC-TTAGTGACTATAAATGAACTTTTCTAGC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
** * *** * * *
964 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTGGTGGAAAACATCC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * *
1006 AATTATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
1071 AACTATTTGAAGC-AGTTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
66 AACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * *
1135 CAATGTATGGCTTTTTCTTCAAGTTTGC-CAAGGTAAACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAATATTC
* *
1177 AATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
1241 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
1306 AATGCATGTCTTTTTCTTAAAGTTT-TCCAAGGCAGACAATC
131 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAAATATTC
* * ** * * *
1347 AATTATATTTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCATA-TTAAAATTAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** *
1411 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * *
1475 CCAAT-ACATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTC
129 CCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * *
1518 AATTATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * ** * * * *
1583 TGCGATTTGAAGTAAATAATAACGCTTTCGAA-GCTATGGGTGACTATAAAT-AGATTTTTCTTG
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATTGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG
* * * * * * *
1646 TCAATGAATGGCTATTTGTTCACGTTT-TCTAATGAAAACATTC
129 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAATATTC
* * * * * * * *
1689 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATGAACAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
1754 AACCATTTAAAGCAAGT-ATAATGCTTTCAAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-T
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGC
* * * * *
1817 CAATGGATTGCTTTTGCTTCACGTTTACT-AAGGTAAACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAATATTC
* * * * * *
1859 AATTATAATCTAATTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATGA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
1924 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGC-TTGGGTGACTGTAAAT-AGACTTTTCTTG
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG
* * * * * *
1987 CGAATGCATCGC-TTTTCTTTACAT-TTTC-AAAGGCAAACATTC
129 CCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * *
2029 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-ATATAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*** ** * * *
2092 AACCATTGGCAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
* *
2157 AATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGGTAGATATTC
131 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAATATTC
* * * * * * *
2198 AATTATATTCCATTTTAGCAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
2263 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTCGATGGCTTTGGTCACTATAAGT-AGACTTTTCTTGT
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
2327 CAATGAATCGCCTTTTCTTTATGGTTC-CTATGGCAGACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAATATTC
* * * * * ** * * *
2369 GATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATCTAAAAAAACTCAACCCAGAATCAACTATGACATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
2434 AA-CACTATAAAGCGAGTAATAATGATTTCGAAGGTATTGGTAATTATAAATGGACTTTTCTCT-
66 AACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TG
* * * * * *
2497 CAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTACT-AAGGTAAACATTG
129 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTCAAGGTAAATATTC
* * * * * * *
2540 AATCATAAACTAATTTAACCAACAATATAAAAAACTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
2605 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGCGAAGGC-TTGGGTGACTAAAAATGAACTTTTCTTGC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * ** * * *
2669 TAATAAATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGACGCAAACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * * *
2711 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATAAATTAT-ACGATTATT
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATA
* * *
2775 AAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGAT-AGCTGTAAAT-AGACTTTTCTT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGA-CTATAAATGA-ACTTTTCTT
* * * * * * *
2838 ACTAATGAGTAGCCTTTTCTTCATGGTTCTCAAGGTAAACATTC
128 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * * *
2882 AATTATAATATGTTTTAACGAAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
2947 AAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATG-ACTTGGGTGACTATAAATAAACTTTTTCT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TT-GGTGACTATAAATGAAC-TTTTCT
** * * * *
3010 AT--CAATGAATGGCTTTCCTT-TT-A-GGGT-TCATGGCAAACATTT
127 -TGCCAATGAATGGCTTT--TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * *
3052 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTAT
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
3117 AAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTCGAA-GC-GTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTT
** * ** * *
3180 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTGGAGGCAAACATTC
128 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * *
3224 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTGCATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
3289 AAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* ** * * * * * * *
3354 TAATGAATTTCTTTTTCTTCAAGATTCCCATGGCAGACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * ** * * * * **
3396 AACTGTAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAACTCAACTCAAAATCAATTATGAG-TTCCAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
3460 AACCATTGAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATCGGTGATTATAAATGGACTTTTCTCT-C
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGC
* * *
3524 TAATTG-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTACT-AAGGCAAACATTC
130 CAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAATATTC
* * * * * *
3566 AATTATAATCTAATTTAACTAACAATAGAAAAAAAATTCAACCTAAACTCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
3631 ATACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTTCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * *
3696 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTC-CTATGGTAGATATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAATATTC
* * *
3738 AATTATAATCTGTTTTAGCTC-AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
3802 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGTGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
* *
3865 GCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGTAAACATTC
128 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAATATTC
* * * * * *
3909 AATTATAATATGTTTTAACCACAAATGTCAAAAAATTCAGCCTAAAATC-------A-ATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
3966 AACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGTATGGGTGACTATAAAT-AGACTTCTCTTGC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC
* * * * * *
4030 TAATGAATAGCTTTTTCTCCATGTTTCCCATGGTAAACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * ** * * *
4072 AATTATAATCTGTATTAATGAAAAATATGAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
4137 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAACAGC-TTAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTA
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * *
4200 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCCAAGGCAAATATTC
129 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAAATATTC
4244 AATTA
1 AATTA
4249 CAAGATTATA
Statistics
Matches: 2774, Mismatches: 531, Indels: 214
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 136 0.05
164 3 0.00
167 3 0.00
168 102 0.04
169 54 0.02
170 694 0.25
171 1435 0.52
172 330 0.12
173 14 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
Found at i:2667 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 666--13275 Score: 5156
Period size: 513 Copynumber: 24.6 Consensus size: 510
656 GGAAAAAAAT
* * * ** *
666 AATTATAATATATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGGGATTAT-A
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * *
730 AACCATTTTCAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCGAGTGGCTATAAAT-GAACTTTT-TTT
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTT
* * * ** * * *
792 GCCAATGAATAG-CTTTTACTTCACGTTT-CTCAGGGTAA-ATGCTAAATGATAATATATTTTCA
128 --CAATGAATTGCCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAT--TCAATTATAATCTATTTT-A
* * * ** *
854 A-TCAAGAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
187 ACT-AAAAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAG
* * * * * *
917 TAATAATGCTTTCAAAGG-CTTAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTT
250 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT
** ***** * * * *
980 CTTCACATTTTTGGTGGAAAACATCCAATTATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCA
314 CTTCATGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
1045 ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGC-AGTTAACAAGGCTTTCGAAGGCATG
379 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * *
1109 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGTATGGCTTTTTCTTCAAGTTTGCCAAGGTAAACA
443 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACA
1174 TTC
508 TTC
* * *
1177 AATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * *
1242 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-TCA
* * * * * * * *
1307 ATGCA-TGTCTTTTTCTTAAAGTTTTCC-AAGGCAGACAATCAATTATATTTTATTTTAA-TAAA
130 ATGAATTG-CCTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AA
** * *
1369 AAATATAAAAAAACTCATA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
192 AAATATAAAAAAACTCA-ACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATA
** * * *
1433 AGATTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAAT-ACATGGCTTTTTCTT
255 AGGCTTTCGAAGGTATTG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGA-ATGGCTTTTTCTT
* * * * *
1495 CATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACT
317 CATGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* ** * * ** * *
1560 TAAAGTCAATTATGAGATTATAATGCGATTTGAAGTAAATAATAACGCTTTCGAA-GCTATGGGT
382 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGT
* * ** * * * * *
1624 GACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTTGTTCACGTTTTCTAATGAAAACATTC
446 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACATTC
* * * * *
1689 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATG-AACAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAAC-AAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
1753 AAACCATTTAAAGCAAGT-ATAATGCTTTCAAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT
64 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TT
* * * * * *
1817 CAATGGATTG-CTTTTGCTTCACGTTTACTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAA
128 CAATGAATTGCCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
* * * ** * *
1881 CAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
192 AAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
1946 GGGTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCGAATGCATCGC-TTTTCTTTAC
256 GGCTTTCGAAGG-TATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTC-TT-C
* * * *
2009 AT-TTT-CAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-ATATAAAATTTCAACTT
318 ATGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
*** * **
2070 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGGCAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCAGTGA
383 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* ** * * *
2135 CTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AGAGGTAGATATTC
448 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTA-AGGTAAACATTC
* * * * *
2198 AATTATATTCCATTTTAGCAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
2263 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTCGATGGCTTTGGTCACTATAAGTAGACTTTTCTTGTC
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-TC
* * * * * * *
2328 AATGAATCGCCTTTTCTTTATGGTTCCTATGGCAGACATTCGATTATAATCTATTTTAGCTAAAA
129 AATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * * * * *
2393 ATCTAAAAAAACTCAACCCAGAATCAACTATGACATTATAAAACACTATAAAGCGAGTAATAATG
194 ATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * *
2458 ATTTCGAAGGTATTGGTAATTATAAATGGACTTTTCTCT-CAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
258 CTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * * *
2522 CTACTAAGGTAAACATTGAATCATAAACTAATTTAACCAACAATATAAAAAACTTCAGCTTAAAA
322 TTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
2587 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGCGAAGGCTTGGGTGACTAA
387 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAT
* * * * * * * * *
2652 AAATGAACTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTACTTCACG-TTTCTTGACGCAAACATTC
452 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGTAAACATTC
* * *
2711 AATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATAAATTAT-ACGATTAT
1 AATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT
* ** * *
2774 TAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGAT-AGCTGTAAATAGACTTTTCTT
63 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * *
2838 ACTAATGAGTAGCCTTTTCTTCATGGTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACG
127 TC-AATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * * * *
2902 AAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTATAGCGAGTAA
190 AAAAATATAAAA-AAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAA
* *
2967 TAAGGCTTTC-AATG-ACTTGGGTGACTATAAATAAACTTTTTCTAT-C-AATGAATGGCTTTCC
253 TAAGGCTTTCGAAGGTA-TT-GGTGACTATAAATAGAC-TTTTCT-TGCTAATGAATGGCTTT--
* * * * * * * *
3028 TT-TT-AGGGTT--CATGGCAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAAAA
312 TTCTTCATGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA--ATATAAAAAAA
* * *
3089 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTCGAA-GC
375 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
3153 GTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TGGAGGCA
440 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGTA
3217 AACATTC
504 AACATTC
* * *
3224 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTGCATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
3289 AAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
64 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTC
* * * * * * * * *
3354 TAATGAATTTCTTTTTCTTCAAGATTCCCATGGCAGACATTCAACTGTAATCTATTTTAA-TAAA
129 -AATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AA
* * ** *
3418 AAATATAAAACAACTCAACTCAAAATCAATTATGAG-TTCCAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAA
192 AAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
3482 TGCTTTCGAAGGCATCGGTGATTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATTG-ATGGCTTTTTCTTCA
256 GGCTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCTAA-TGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * *
3545 TGTTTACTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAACAATAGAAAAAAAATTCAACCT
319 TGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTT
* * * * * **
3610 AAACTCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTTCGTGA
383 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
* * * * *
3675 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCTATGGTAGATATTC
448 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACATTC
* * **
3738 AATTATAATCTGTTTTAGCTCAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
3803 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-T
* ** * * * * * *
3867 CAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCACA
128 CAATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * * * ** *
3932 AATGTCAAAAAATTCAGCCTAAAATCAATTAT-A-A--A-ACTA--TTTGAAGCGAGTAATAAGG
193 AATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * *
3990 CTTTTGAATGTATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTCCATGTT
258 CTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * ** * *
4055 TCCCATGGTAAACATTCAATTATAATCTGTATTAATGAAAAATATGAAAAAATTCATCTTAAAAT
323 TACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
4120 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAACAGCTTAGGTGACTAT
388 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGGGTGACTAT
* * * * *
4184 AAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCCCAAGGCAAATATTC
452 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-CTAAGGTAAACATTC
* * * ** * * * ** * *
4244 AATTACAA--GATTAT-A-AAACCATTTAAAGAGAGGA-ACAACACTTTCGAAGGC-ATGA-GTG
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA-A-A--ATTC-A-AC-TT-AAAATCAATTATGAG
* * *** ** * * * * *
4302 ACTATAAATGAAC-TTT-TCTC-TCTAATGGATGGCTTTTGCTGCATGTATCTAGAGATAGA-AA
58 ATTATAAA--ACCATTTAAAGCAAGTAAT--AAGGC-TTT-C-GAAGGCAT-T-G-G-T-GACTA
* * * ** * *
4363 TTCAATTATA-TTATAT-TTTGGAAAAAATTGCGAAGAATAACTTTTCTTGATAAGAGTATTTC-
111 -T-AAATAGACTT-T-TCTTT-CAATGAATTGC---------CTTTTCTTCAT----GT-TTCCT
** * * *** * * ** ** * **
4425 AA-AAATAACA-TCAA-AATAAATTTAACTATTTTTA-GCCATATTTAGCCATGACTTAA-TGAA
157 AAGGCA-AACATTCAATTAT-AA--T--CTATTTTAACTAAAAATATA-AAAAAACTCAACCCAA
* * * ** * * * *** *
4485 AAT-ACTCT-TGAAACTATTTCAAATA-AATTAAA-CCATTCATCACAATTTTTC----CTCATT
215 AATCAAT-TATGAGA-T-TAT-AAA-ACCTTTAAAGCGAGTAAT-A-AGGCTTTCGAAGGT-ATT
* * * * ** ** * * * ** *
4542 GGTG-CTTTCAAT----TTTTGTCT-CTCAA--CATCCCACTCTCTTTAAT-TTTATCAATTTCT
272 GGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCT-AATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTACCAA-GGCA
** * ** ** * ******* * * *
4598 CTC-TTCGACATTCGTCTTCTATGCT--CTC---AATTTCTCTCTCTTGC-GCTTTCAAATTTCT
333 AACATTC-A-ATT-ATAATCTATTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATT-CAAC-TT-AAA-ATCA
* * ** * *
4656 CTT-TCCAGCACTT-TAAAGA-CA-CCAAA-CGA-TAAT-----TTT-GATGTACTTGAGTGGAT
390 ATTAT-GAG-A-TTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCTT--G-GG-T
* *** * ** ** * ** **** *
4709 GACTAT--TTGGAGAATT-TGA--TTTTTA-GG-TATTTC-GGAT-AAAACTAAACAGTAGAA-A
446 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AA-GGTA-AACA
4764 TGATCAC
508 T--T--C
* * * ** * ** * * *
4771 AGATATTTGAA-ATAGCTTTTAATCGGATCAAT-TCAAGATCTTGACACCAATAAACTCAA--A-
1 A-AT-TAT-AATCTA--TTTTAA-C-AAAAAATGT-AAAAAATT--CAAC-TTAAAATCAATTAT
* * ** ** *** ** *
4831 -AG-TT-TAAAA--TTTATAAAGCTATGTTTTTAATGAAATTT-----TTTTTTTTTACTCA-AA
55 GAGATTATAAAACCATT-TAAAGC-AAG-TAATAA-G-GCTTTCGAAGGCATTGGTGACT-ATAA
* * ** * ** * * * * * *
4885 ATAG-GTGTT-TTAGATAAGAAAATTTGTGTTTTGATTTATAAAAATAT-ATTA-G-AAACACTT
114 ATAGACTTTTCTTTCA-ATG--AA-TTGCCTTTT-CTTCAT----GTTTCCTAAGGCAAACA-TT
* ** * * ** * ** ** **
4945 TAATCGGT--GCCAAATTATC-AAAAA-A-ACAAAAAACAAAACAAAATAAAGAGAGTTGA-GAA
169 CAAT-TATAATCTATTTTAACTAAAAATATA-AAAAAACTCAACCCAA-AATCA-A-TT-ATG-A
* ** *** ** * ** *
5004 GATT-T-GAAGTTTTGGTTTGTAAGTAACAACAACAGTTT---AGGTATTAAAGTG--TA-ACAA
227 GATTATAAAACCTTT--AAAGCGAGTAATAA-GGC--TTTCGAAGGTATT--GGTGACTATA-AA
* * ** ** * ** ** *
5061 -A-A-TGTTT-TTG--AAT--ATGACATATAACAACAATATTTTTTCAA--C-ATGATGTGTAAT
284 TAGACT-TTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTTTCTTC-AT-GTTTACCAAGGCAAACAT-T-CAAT
* * * * *** * * *** * * ** *
5115 AACTGTATTTTTTTTCAA-CATAGCGTAT-AACAACTT-TTTTTTAAATCATGGCGTGTAACATA
343 TA-T-AATCTATTTT-AACCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA----AT-TATGAGA
* *** * * * ** * ***
5177 TTTTTGTACATGGCATGTAACAAC-AGTAAT----TTTTTTAA--CATGGCGTGTAAC-ATGTTT
399 ---TTATA-AAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-GTG--ACTATAAAT
* * ** * * * * * * *
5234 GTACATGACGTGTAACAACTTAATTATGGC-ATGTC-ACAGGTTTTTGTACATGGCGTGTAACAA
456 GGACTTTTC-T-TACCAA--TGA--ATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTCTA-A----G-GT-A-AA
*
5297 CCTAATC
506 -C-ATTC
* * * * ** * * * **
5304 ATGATATGTAATATATTTTTGTACATAACGTGTAACAACCTAA-CCATGGCATGTAACAT-GTTT
1 A--AT-TATAATCTA-TTTT-AACAAAAAATGTAA-AA---AATTCA--AC-T-TAAAATCAATT
* * * * * ** * ** *
5367 TTGTACGCGGTGTGTAACATCCTAGCGTGTAATTTC-ATTAAAGGTAA-TTTTGTCCAA--C-TT
53 ATG-A---GAT-TATAA-AACC-A---TTTAA-AGCAAGT-AA--TAAGGCTT-TCGAAGGCATT
* *** * * * ** *** **
5427 GGT---TAAAAATAG--TTAAAATTATAAAAGAGGTT-ATTTTTGAAAACATCGTATTTTTAAGG
103 GGTGACTATAAATAGACTT-TTCTT-TCAATGA-ATTGCCTTTT--CTTCAT-GT-TTCCTAA-G
* **** * * * ** * * * * * * ** * *
5486 GTTATTTTTTAAAATGTCCCTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAAGT
160 G-CAAACATTCAATTAT-AATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATT
* * * * * ** *
5551 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACGAATGG
223 ATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAG
* * **** * *
5616 AC-TTTCATTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTGGAGGCAGACATTCAATTATAATAT
287 ACTTTTC-TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
5680 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAAACTATAAAACCATTTAAA
351 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
5745 GTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATAGATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCT
416 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* *** * * * *
5810 TTTACTTCACAATTCCCATGGTAGACATTC
481 TTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACATTC
* * * * * *
5840 AATTATAATCGATTTTAACTACAAATGTAAAATAATTCAACTCAAAATCTACTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * * * * *
5905 AACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGACATCGATGATTATAAATGGACTTTT-TTCTC
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-TC
* * * * * * * * *
5969 TAACGGATAG-CTTTTCCTTCAGGTTTACTGAGGCAAACGTTCAATTATAATCTAATTTAACCAA
129 -AATGAATTGCCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
* * * ** * *
6033 CAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTACAGTC-AGTAATA
192 AAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAG-CGAGTAATA
* * * * * * *
6097 AGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTAAAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
255 AGGCTTTCGAAGG-TATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* ** * * * * * *
6161 TGTTT-TCAGAGATAGACATTCAATTAAAATCTATTTTAACTAAAATGTAAAAAAAAATTAAACT
319 TGTTTACCA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACT
* * * * * * * * *
6225 TAAAATCAATTACGAGAGTACAATACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGC-TTCTGAAGGTTTAGGT
382 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGGGT
* * * * * * * * * * *
6289 GATTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAGTGGATTTTTTTTCACAG-TTCCCATGGCAGACATT
446 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTCTAAGGTAAACATT
6353 C
510 C
* * *
6354 GATTAT-AGCATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATC-TATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * *
6417 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTAAATGACTATAAGTGGACTTTTCTTG
64 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-
* * * * * * * * *
6481 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTAGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTGTTAA-TA
127 TCAATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-
* ** * * * *
6544 AAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTAAAAACGAGTAC
190 AAAAATAT-AAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
6609 TAAGG-ATTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTTACCAATGAATGGTTTTTTCT
253 TAAGGCTTTCGAAGGTATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCTAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * * * *
6671 TCTTGTTTTCTGAA-ACAAACTTTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATCAAAAAATTTAA
316 TCATGTTTAC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
6735 CCTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCAATTT-ACGCAAGTAGTAAGACCTTT-GAAGGCATG
380 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * * *
6798 GGTGACTATAAATGCACTTTT-TCTGCCAATAAATAGTTTTTTCTTCATGTTTGCTGAA-GCAAA
443 GGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGTAAA
*
6861 TATTC
506 CATTC
* * * * * * *
6866 AATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATAAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * * *
6931 AACCATTTTAAGCGAGCAGTAAGACCTTCAAAGGCA-TGGCTGACTATAAATAAACTTTTCTTAC
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTT-T
* * * * * * *
6995 CTATGAATT-CCTTTTTTTTTCATAG-TTCCTGAGGCAAACATTCAATTACAATTTGTTTGAACT
128 CAATGAATTGCC--TTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * * * *
7058 AAACACATAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
190 AAAAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CTTTAAAGCGAGTAAT
*
7123 AAGGCCTTT-GAAGGCA-T-G-G-------AT-GA-----CTT--T--T---T--C--TTT-TT-
254 AAGG-CTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * *
7158 AT-TTT-CCAAGGC-AGCTATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATAATTGAAC
318 ATGTTTACCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAAC
* * * * ** * *
7220 TTAAAATAAATTTTAAGATTATAAAA-TATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
381 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGT
* ** * *
7284 GCCGGTAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCT-AGGCAAACAT
446 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-CTAAGGTAAACAT
7348 TC
509 TC
* * * ** *
7350 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAG
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * * *
7415 AACCATTTAATGCGAGTAATAAGGATTTCAAAAGCATGGGTGATTATAAAT-GGCTTTTCTTGCT
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTC-
** * * * * *
7479 AATGAA-TGATTTTTTCTTAACGTTT-CTCAAGGCATACATTCAATTATAATCTATTTTGATTAA
129 AATGAATTG-CCTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
* ** * * *
7542 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTACAGCGAGTAATAA
192 AAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
7607 GGCTTTCAAAGGT-TTGGGTAACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAC
256 GGCTTTCGAAGGTATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * ** * *
7671 GTTT-TCAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGGT-TAAAAACTCAACTTA
320 GTTTACCA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * **
7734 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTT-TAGAGGCTTGGGCAA
384 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGGGTGA
* *
7798 CTATAATTGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TCAATGTAAACATTC
448 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGTAAACATTC
* * * *
7861 AATTATAATCTGTATTAATC-AAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
7925 AAACCTTTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGATGGC-TTGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTG
64 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTT
* * * * * * * * *
7988 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGGTT-CTCATGGCAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAA-TC
128 C-AATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-
* * * ** * *
8051 AAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
190 AAAAATAT-AAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAA
* * * * **
8116 TAAGGCTTCCGAAGG-CTTGAGTGATTATAAAT-GTACTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTGGCT
253 TAAGGCTTTCGAAGGTATTG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * ** * *
8179 TCATATTTTCTAAGACAGACATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAA-CCTAA
316 TCATGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AA
* * * * *
8243 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGCCTTGAG
380 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGG
* * * * * * * *
8308 TGCCTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCTGAGGTGAACATT
445 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACATT
8373 C
510 C
* * * * *
8374 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAGTATAAAAAAATTCAAGC-TAAAATTAATTATGAGACTATA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
8438 AAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTAGATGGC-TTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
64 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTT
* * * * * * * * * *
8502 CGAATGAATAG-CTTTATCTTCACGGTTCCCATGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
128 C-AATGAATTGCCTTT-TCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * ** *
8566 AAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
191 AAAATATAAAAA-AACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCTTTAAAGCGAGTAAT
* * ** * * * * * **
8631 AAGGCTTTCAAAAGCT-TAAGTGATTATAAA-GGCACTTTTCTTGCAAATGGATGGGTTTGGCTT
254 AAGGCTTTC-GAAGGTATTGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTT
** * * * * * * * *
8694 CACATTTTCCTAGGCAAACATTTAATTATAATATATGTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
317 CATGTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
** * * * **
8759 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAGGGTTTTCGAAGGCTTAAGTG
382 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
** ** ** * ** * * * *
8824 ACTATAAATTCACTTTTCTTGTCAATGAATTACTTTTGCTTCA-CATTTCTTGACGTACACATCC
447 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TAAGGTAAACATTC
* * * * * *
8888 AATTATAA--TATATT-A-TAATAA---AAAAAATTCAACTGAAAATTAATTATGATATTATAAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * *
8946 ATCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGC-TTAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACC
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-TC
* ** * * * * * * * * *
9010 AATGAATGGTTTTTTCTTTACGGTTCCCATGGCAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAA
129 AATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * * ** * ** * *
9075 ATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGCGGGTAATAAGA
194 ATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCTTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ** * * **
9140 CTTTCGAAGG-GTTGAGTGACTATAAAT-GTACTTTTCTCACCAATGAATTGCTTTCACTTCACT
258 CTTTCGAAGGTATTG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCA-T
*** * * * * ** *
9203 -TTT-TTGAGGTAAAAATTCAAGTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-TAAAAATTCAACTTAA
320 GTTTACCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * * * *
9265 AATCAATTACGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTATTAACGCTTTTGATGGCATGAGTGACT
385 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* * * * ** ** * * *
9330 ATAAATGAACTTTTCACT-CCAATGGATGGCTTTTGCTAAATG-CCTCCAGAGATAGACATTC
450 ATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTA-AGGTAAACATTC
* * * * * * *
9391 ACTTACATTATATTTGAACTAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * **
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65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTTC
* * * ** * * * * *
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129 AATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * ** * *
9585 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGG
194 ATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ** * * * *
9650 CTTTCGAAGG-CTTGGACAACTATAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATA
258 CTTTCGAAGGTATTGG-TGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * *
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* * * * *
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385 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGAC
* * * *
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* * * * * ** * * *
9902 AACTGTAATATGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
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65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-T
* * * * * * ** * * *
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128 CAATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAA
* * * *** * * * * *
10094 AAATTGTAAACAAATTCAATATAAAATGAATTGTGAGATTACAAAACCGTTAAAGTGAGTAATAA
192 AAA-TATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
10159 GGCTTTCGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCCTTTTCTTCAT
256 GGCTTTCGAAGG-TATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
** * * * * * * *
10223 GCTTT--CAGAGATAGACATTCAATTGT-ATGTTGTTTTATCAAAAAATGTAAAAAACATTCAAC
320 G-TTTACCA-AGGCAAACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATTCAAC
** * * * * * *
10285 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAGGGAATAATAAGACTTTTGAAAGGCTTAGG
381 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGGG
* * * * * *
10350 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTGCCACA-GCAGACAT
445 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTA-AGGTAAACAT
10414 TC
509 TC
* *
10416 AATTATTAGAAT-TTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 AATTA-T--AATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
10480 TAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATGAA-GCTTTTGAAGGC-TT-GT-ACAGTTAGAAATGGACTTT
62 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGAC---TATAAATAGACTTT
* * * * * *
10541 TCTTGCCAATGAA-TG-----GC-T-ATGTTTACTGAATGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
123 TCTT-TCAATGAATTGCCTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * *** * * *
10598 AACCAAAAATGTAAAAAATCT-AATTGAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTAGAAGCGAC
186 AACTAAAAATATAAAAAAACTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTA-AAGCGAG
* * * *
10662 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATTTGTGACTATCAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
250 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTC
* * * * *** * *
10727 TTCATGTTT-CCTAGGGTAAACATTCGATTATAATCTATATTAATTGAAAATGTAAAAAATTTCA
315 TTCATGTTTACC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * ** ** *
10791 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATCTAAAGTAAGTAATAAGGCATTT-GAAGGGATA
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* * * * * * * * ** *
10855 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGT-ATATGGCTGTTTCATCATATTTTCCAAAATAGAC
443 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAAC
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* * * *
10923 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT--AAAA---AACTTAAAATTAACTATGAGAATATAAA
1 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
10983 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATCAACAAACTTTTTTTATCA
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* * * * * * * * *
11048 ATGAATAG-CTATTACTTCATGTTTCCCATGACTAACCTTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAA
130 ATGAATTGCCT-TTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * **
11112 ATGT-AAAAACCTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
194 ATATAAAAAAAC-TCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
11176 GTTTTTGAA-G-ACTTGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTG-TCAATGGATGGC-TTTTCTTCA
257 GCTTTCGAAGGTA-TTGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
11237 AGGTTCCCATGGTC-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
319 TGTTTACCAAGG-CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * ** * * * *
11301 AAAATAAAATATGAGATTATAAAATTATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGG-G
383 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTG
* * * * *
11365 ACTAAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTTCCTAAGGCAAACATTC
447 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-CTAAGGTAAACATTC
* * * *
11430 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAA
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ********** * *
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* * * ** * ** * * *
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* * * * * * *
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11939 TTC
508 TTC
* * * * * * *
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* *** * * * * *
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* * ** * * *
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* ** *
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* * * * * *
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254 AAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * **
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* **
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** * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *** * * *
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* * ** * * * *
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* *** * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * **
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* *** * * *
13153 AAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATA
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** * * * *
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* *
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* *** *** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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*
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* * * * * *
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* *
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* * *
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** * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * ** * **
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* ** * * *
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* * * * * *
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* *
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Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
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Found at i:6140 original size:342 final size:337
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 22.9 Consensus size: 337
5499 ATGTCCCTAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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** * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * **
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* ** **** * * * *
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** * * ** *
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** * * * * * *
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** ** * * ** * * * *** ** *
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* * * ** ** * * *
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* * * * *** ** * ** * * * ***
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*
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* * * * * * * **
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* *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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255 GGCATAGA-TGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC--AG
** * **
8193 ACAGACATTTAATTATAATAT
317 GTAGACATTCAATTATAATCG
* ** *
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** * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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128 TTTTTCTTCAT-GTTTCTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAGAAAAAA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* *
8537 AGATATTCAATTATAATTTG
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* * *
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1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
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* ** * * * *
8685 GTTTGGCTTCACAT-TTTCCT-AGGCAAACATTTAATTATAATATATGTTAATCAAAAAT-GTAA
127 CTTTTTCTT--CATGTTT-CTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAG-AA
* * ** ** * *
8747 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAGGGTTTTCG
188 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* ** * ** ** *
8812 AAGGCTTA-AGTGACTATAAATTCACTTTTCTTGTCAATGAATTACTTTTGCTTCACAT-TTCTT
253 AAGGCATAGA-TGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTT-TT
* * * *
8875 GACGTACACATCCAATTATAAT--
314 CAGGTAGACATTCAATTATAATCG
* * * * *
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** * * * * * *
8955 AGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGT
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* * * ** * * * *
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** ** *
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* * * * * * ** * *
9149 G-GTTGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTCACCAATGAATTGCTTTCACTTCACTTTTTTGAGGT
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* * * **
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* * * * *
9424 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAACAAGGC-TTCGATG
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* * *
9552 CAGACATTTAATTATAATATG
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255 GGCATAGATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAG-G-
* * *
10234 TAGACATTCAATTGTATGTTG
318 TAGACATTCAATTATA-ATCG
* * * ** *
10255 -TTTTATCAAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAA
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
10319 AGGGAATAATAAGACTTTTGAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGG
66 AGTGAGTAATAAG-CTTTCG-AAGGCAT-GATGACTATAAATGGAC-TTTCTTTCCAATGAATGG
* * * * * *
10384 CTTTTTCTTCATGGTTGC-CACAGCAGACATTCAATTATTAGA-ATTTTTTTAACAAAAAAT-GT
127 CTTTTTCTTCAT-GTTTCTGA-GGCAAACATTCAATTA-TA-ATA-TGTTTTAACCAAAAATAG-
* * *
10446 AAAAAACA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATGAA-GCT
186 AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCT
* * * * * * *
10509 TTTGAAGGC-TTG-T-ACAGTTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTATGT-TT-ACTG
249 TTCGAAGGCATAGATGAC---TATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TG
* * * *
10569 ----AATGAAAACATTCAATTATAATCTG
310 TTTTCAGGTAGACATTCAATTATAATC-G
* *
10594 -TTTTAACCAAAAATGT--AAAAAA-TCTAA-TTGAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA-TT
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTC-AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
10653 AGAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTTG-TGACTATCAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
64 A-AAGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCA--TGATGACTATAAATGGAC-TTTCTTTCCAATGAA
* * * * * ***
10717 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGGTAAACATTCGATTATAATCTATATTAATTGAAAAT-GT
124 TGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTGA-GGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAG-
* * * * * *
10780 AAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATCTAAAGTAAGTAATAAGGCATT
186 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TT
* * * * * * * * * *
10845 T-GAAGGGATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGT-ATATGGCTGTTTCATCATATTTT
250 TCGAAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
** *
10908 CCAAAATAGACATTCAATTATAATCT
314 -C-AGGTAGACATTCAATTATAATCG
* * *
10934 ATTTTAACTAAAAATGT----AAAA---AACTTAAAATTAACTATGAGAATATAAAACCATTTAA
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *** * * *
10992 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATCAACAAACTTTTTTTATCAATGAATAGC
66 AGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGACTTTCTTT-CCAATGAATGGC
* * ** * * * * * *
11057 TATTACTTCATGTTTCCCATGACTAACCTTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAA
128 TTTTTCTTCATGTTTCTGA-GGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAG-AAAAA
** * * * *
11121 CCTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAG
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * ** * * **
11186 ACTTGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTTCTTCAAGGTTCCCATGGT
256 GCATAGATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTTCA-GGT
*
11250 CGACATTCAATTATAATCTG
319 AGACATTCAATTATAATC-G
* * * * ** *
11270 -TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATATGAGATTATAAAATTATCTAA
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
11333 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGGGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
66 AGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGAC-TTTCTTTCCAATGAATGGC
* * * *
11398 TTTTTCTTTATATTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAA
128 TTTTTCTTCAT-GTTT-CTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAG-AAAA
* * *
11462 AAAGTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACC-TTTAAAAGCTAA-TAATAAGGCTTTCG
190 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * * *
11525 AAGGTATGGGTGACTACAAATGGACTT-TCTTTGCCAATGGATGGTTTTTTCTTTATGTTTCCTA
253 AAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTATC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-A
* * * *
11589 GGGCAAAGATTCAATTATAATATG
316 -GGTAGACATTCAATTATAAT-CG
* * *
11613 -TTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTT-AATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTA
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTA
** * * * * * * * * *
11675 AA-CAAATAGTAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGATATTTCTTAT-CAACGCATG
65 AAGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGA-CTTTCTT-TCCAATGAATG
* * * * ********** *
11738 GCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATNNNNNNNNNNTTTAACTAAAAAT-GTAAA
126 GCTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAG-AAA
* * * ** * * *
11802 AAAA-TCTAAATT-AAATCTATTATTAGATTACGAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCA
189 AAAATTC-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
11865 AAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGG-TTATTTCTTCATGTTTCCTG
253 AAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTT--TC
* * *
11929 AGGCAGACATTTC-GTTATAATATG
315 AGGTAGACA-TTCAATTATAAT-CG
* * * *
11953 -TTTTAACTAAAAAGGT-AAAAAAATTCAA-TTAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAC
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * *
12015 AGTGGGTAATAAAGCTTTCGAAGGGTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGT-CAATGGATGG
66 AGTGAGTAAT-AAGCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGAC-TTTC-TTTCCAATGAATGG
* ** * * *
12079 CTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAT-GTAAAA
127 CTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAGAAAAA
* * * *
12142 ACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * *
12207 GC-TTGGTAACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATGGCATTTT-TTCATG-GTTCTAGTGA
256 GCATAGATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AG-G-
* * *
12269 CAAACATTCAATTATAATCT
318 TAGACATTCAATTATAATCG
* * ** *
12289 ATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCTCCTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
12353 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-CAATAAATGG
66 AGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATG-ATGACTATAAATGGAC-TTTCTT-TCCAATGAATGG
* * * * * * * * * *
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127 CTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-CAAAAATAGAAAA
** * *
12481 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATAATGCTTTCGAA
190 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * *
12545 GGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATAGCTTTTGT-TTCATGTTTCTAGA
255 GGCATAGATGACTATAAATGGACTTATCT-TACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTT-T-CA
* *
12608 GGTAAATATTCAATTAT-AT-G
316 GGTAGACATTCAATTATAATCG
* * * * * * **
12628 ATATTTTAA-TAAAAA-ATATAAAATATTCAATTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACTGTTT
1 --ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * *
12691 AAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATCAGTGGCTAGAAATGAACTTTTCTTTCTAATTGATA
64 AAAGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGGAC-TTTCTTTCCAA-TGA-A
* * * *** * * *
12756 T--CTTTTGCTTTATGTTTCCAGATATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA
124 TGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA--TAG
* * * ** * * *
12819 AAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTACTTCAAGCAAGTAATAATGCTTT
186 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
12884 CAAAGGTAT-GAGTGACTATAAACGAACTTTTCACT-CCAATCAATGGCATTTGCTTCATGTTTC
251 CGAAGGCATAGA-TGACTATAAATGGACTTATC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
* * * **
12947 CTGAGATAGACATTCAATTATATTAT
313 -TCAGGTAGACATTCAATTATAATCG
* * * *
12973 ATTTTAACCAAAAA--TATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTGA
1 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-A
* * * * * * *
13036 AA-TGAGTAATAAGGCTTACGAATGCATCGCTGGCTTTGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
65 AAGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGGAC-TTTCTTTCCAATGAATGG
* * * ** * * ** *
13100 CTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGACAAGCATTCAATTGCAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA
127 CTTTTTCTTCATG-TTTCTGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAGAAAAA
* ** * **
13165 AATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGTTTTTC-AAT
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-
* * * * * *
13229 GGCTTGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
255 GGCATAGATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTT
Statistics
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Consensus pattern (337 bp):
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GATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGGTAGACATT
CAATTATAATCG
Found at i:7546 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7174--13275 Score: 5079
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* * * * * * * *
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* ** * * * **
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*
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* *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * *
7687 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGGT-TAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
7857 ATTCAATTATAATCTGTATTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
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* * * * *
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131 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * * *
8027 ATTCAATTGTAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGATA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
8091 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGTACTTTT
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* * ** * * *
8156 CTTGCTAATGAATGGGTTTGGCTTCATATTT-TCTAAGACAGAC
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* ** * *
8199 ATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAA-CCTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
8434 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTAGATGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * ** *
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* * * * *
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** * * * ** **
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* ** * ** ** * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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** * ** ** * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
9516 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGGTTC-CTTTGGCAGAC
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* * * *
9557 ATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
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* * ***
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* * *
9686 TTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCT-AGAGGTAAAC
130 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAAC
* * * *
9728 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATT
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* *
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* * * * * * *
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1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
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* * * * **
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131 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * * * * *
10067 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATTGTAAACAAATTCAA-TATAAAATGAATTGTGAG
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACC-AAAAA-TATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAG
* * * *
10131 ATTACAAAACC-GTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** *
10195 TCTTGCTAATGAATGGCCTTTTCTTCATGCTT-TCAGAGATAGAC
128 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAAC
* * * * * *
10239 ATTCAATTGT-ATGTTGTTTTATCAAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAAT-ATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * * * *
10303 TTATAAAATTATTAAAAGGGAATAATAAGACTTTTGAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
10368 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTGC-CACA-GCAGAC
128 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCA-AGGCAAAC
* * *
10412 ATTCAATTATTAGA-ATTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACA-TCAACTTAAAATCAATTATGA
1 ATTCAATTA-TA-ATA-TATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
10475 GATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATGAA-GCTTTTGAAGGCTT--GT-ACAGTTAGAAATGG
62 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC---TATAAATGG
* * *
10536 ACTTTTCTTGCCAATGAATGG------C-T-ATGTTTACTGAATGAAAAC
123 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAAC
* * *
10578 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-TCTAA-TTGAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTT-AAAATCAATTATGAGA
* * ** *
10640 TTACAAAACCA-TTAGAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATTTGTGACTATCAATGGACTT
64 TTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTT
* *
10703 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGGTAAAC
127 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAAC
* * * *** * * *
10748 ATTCGATTATAATCTATATTAATTGAAAATGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** ** * *
10813 ATAAAACTATCTAAAGTAAGTAATAAGGCATTT-GAAGGGATAGGTGACTATAAATGAACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *** *
10877 TTGCTAGT-ATATGGCTGTTTCATCATATTT-TCCAAAATAGAC
130 TTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAAC
* * * * * *
10919 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT---AAAA---AACTTAAAATTAACTATGAGAAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *** *
10978 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATCAACAAACTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * * *
11043 TATCAATGAATAGCTATTACTTCATGTTTCCCATGACTAAC
131 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * * **
11084 CTTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
11149 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGACTTGGATGACTATAAATAGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
11214 TGTCAATGGATGGC-TTTTCTTCAAGGTTCCCATGGTC-GAC
131 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-CAAAC
* * * * *
11254 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
11319 ATAAAATTATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGG-GACTAAAAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
11383 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTT-TCCTAAGGCAAAC
130 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-C-AAGGCAAAC
* * * * *
11426 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
11491 ATAAAACC-TTTAAAAGCTAATAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTACAAATGGAC-TTT
66 ATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
11553 CTTTGCCAATGGATGGTTTTTTCTTTATGTTTC-CTAGGGCAAAG
129 C-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAAC
* * * *
11597 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTT-AATTCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
11661 ATAAAACCATTTTAAA-CAAATAGTAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-TATTT
66 ATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT-TTT
** * * * *
11724 CTTATCAACGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGAC
129 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAAC
* ********** * * * * *
11767 ATTTAATNNNNNNNNNNTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TCTAAATT-AAATCTATTATTAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * ** * * * *
11830 TACGAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
11895 TTGCAAATGAATGG-TTATTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAGAC
130 TTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAAC
* * * ** *
11937 ATTTC-GTTATAATATGTTTTAACTAAAAAGGTAAAAAAATTCAA-TTAACATCAATTATGAGAT
1 A-TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * **
12000 TACAAAACCATTTACAGTGGGTAATAAAGCTTTCGAAGGGTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** *
12065 ATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGTAAAC
130 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * *
12107 ATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
12170 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCG
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
12234 TACCAATGAATGGCATTTT-TTCATGGTTCT--AGTGACAAAC
131 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-G-CAAAC
* ** *
12274 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCTCCTTAGAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
**
12339 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
12404 TGTCAATAAATGGCTTTTGCGTCATGTTTCTCGAGGTAAAT
131 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * * *
12445 ATTTAGTTATAAAATATTTT-ACTCAAGAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** *
12509 TATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATAATGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
12573 TCT-CCAATGGATAGCTTTTGT-TTCATGTTTCT-AGAGGTAAAT
130 T-TGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAAC
** * * * *
12615 ATTCAATTAT-ATGATATTTTAATAAAAAATAT-AAAATATTCAATTTAAAATTAATTATGAAAT
1 ATTCAATTATAAT-ATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * ** * * *
12678 TATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TATCAGTGGCTAGAAATGAACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ***
12742 CTTTCTAATTGATAT--CTTTTGCTTTATGTTTC-CAGATATAAAC
129 CTTGCCAA-TGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAAC
* * * *
12785 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * * * * *
12850 TTATAAAATTACTTCAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAACGAACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** *
12914 TCACT-CCAATCAATGGCATTTGCTTCATGTTTC-CTGAGATAGAC
128 TC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAAC
* * *
12958 ATTCAATTATATTATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
13022 ATAAAACCATTTGAAA-TGAGTAATAAGGCTTACGAATGCATCGCTGGCTTTGAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
13086 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGACAAGC
130 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAAC
** * ** * *
13128 ATTCAATTGCAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** *
13193 ATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGTTTTTC-AATGGCTTGGGTCACTATAAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
13257 TTGCCAATGAATGGCTTTT
130 TTGCCAATGAATGGCTTTT
Statistics
Matches: 4800, Mismatches: 954, Indels: 353
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 11 0.00
163 199 0.04
164 27 0.01
165 133 0.03
166 19 0.00
167 33 0.01
168 57 0.01
169 354 0.07
170 1620 0.34
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172 500 0.10
173 237 0.05
174 58 0.01
175 26 0.01
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
Found at i:7815 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 7160--13275 Score: 5103
Period size: 341 Copynumber: 18.0 Consensus size: 342
7150 TTCTTTTTAT
* * *
7160 TTTC-CAAGGCAG-CTATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATAATTGAACTTA
1 TTTCTCAAGGCAGAC-ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTA
* * * * ** * * *
7223 AAATAAATTTTAAGATTATAAAA-TATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGCC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
** ** *
7287 GGTAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCTAGGCAAACATTCAA
129 TATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAA
* * ** *
7352 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAA
193 TTATAATATATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
7417 CCATTTAATGCGAGTAATAAGG-ATTTCAAAAGCATGGGTGATTATAAATGG-CTTTTCTTGCTA
257 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
** * *
7480 ATGAATGATTTTTTCTTAACG
322 ATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * *
7501 TTTCTCAAGGCATACATTCAATTATAATCTATTTTGATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
7566 ATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTAACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
* * * *
7631 TAAATGGACTTATCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTA
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATTA
* * * *
7696 TAATCTATTTTAACAAAAAAGGTTAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
196 TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * ** * *
7761 TTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAG-AGGCTTGGGCAACTATAATTGGACTTTTCTTACCAATGA
261 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
7825 ATGGCTTTTTCTTCATG
326 ATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * * *
7842 TTTTTCAATGTAAACATTCAATTATAATCTGTATTAA-TCAAAAATATAAAACAATTCAACCTAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
7906 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGATGGCTTGGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* * * * * *
7971 ATAAATGGAC-TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGGTTCTCA-TGGCAGACATTCAAT
130 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAAT
* * *
8034 TGTAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGATATTATAA
194 TATAATATATTTTAA-CAAAAAATGT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
8097 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGTACTTTTCTTGC
255 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** *
8161 TAATGAATGGGTTTGGCTTCATA
320 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * *
8184 TTT-TCTAAGACAGACATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAA-CCTAACTTA
1 TTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTA
* * * * * *
8247 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGCCTTGAGTGCC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * *
8312 TATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCTGAGGTGAACATTCAAT
129 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAAT
* * * * * *
8377 TATAATCTATTTTAACTAAAAGTATAAAAAAATTCAAGC-TAAAATTAATTATGAGACTATAAAA
194 TATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * *
8441 CTATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTAGATGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGA
257 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * *
8505 ATGAATAGCTTTATCTTCACG
322 ATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
8526 GTTCCCATGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAA
* * * ** *
8591 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAAGTGATT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* * * ** ** ** * *
8656 ATAAA-GGCACTTTTCTTGCAAATGGATGGGTTTGGCTTCACATTTTCCTAGGCAAACATTTAAT
130 ATAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAAT
* *
8720 TATAATATATGTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
194 TATAATATATTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * ** ** *
8784 CCATAAAAAGTGAGTAAT-AGGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATTCACTTTTCTTGTCA
257 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
** * **
8848 ATGAATTACTTTTGCTTCACA
322 ATGAATGGCTTTTTCTTCATG
** * * * * * *
8869 TTTCTTGACGTACACATCCAATTATAATA--TATT-A-T---AATA-AAAAAAATTCAACTGAAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * ** * *
8926 ATTAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGCTTAGGTGAATA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
* * * * ** * * *
8991 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTTACGGTTCCCA-TGGCAAACATTTAATT
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATT
* * * **
9055 ATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATA
195 ATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * **
9120 ATTTAAAGCGGGTAATAAGAC-TTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTCACCAAT
259 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* **
9184 GAATTGCTTTCACTTCACT-
324 GAATGGCTTTTTCTTCA-TG
** * * * * * *
9203 TTT-TTGAGGTAAAAATTCAAGTATAATATATTTTAA-TAAAAA-ATATTAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * * * *
9265 AATCAATTACGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTATTAACGCTTTTGATGGCATGAGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* * * * ** ** * * * *
9330 ATAAATGAACTTTTCACT-CCAATGGATGGCTTTTGCTAAATGCCTCCAGAGATAGACATTCACT
130 ATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAAT
* * * * *
9394 TACATTATATTTGAACTAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
194 TATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
9459 CGTTTAAAGCGAGTAACAAGGC--TTCGATGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCATGCCAA
258 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
*
9522 TGAATAGCTTTTTCTTCATG
323 TGAATGGCTTTTTCTTCATG
* ** * * *
9542 GTTC-CTTTGGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
1 TTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ***
9606 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGACAACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* *
9671 ATAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCAT-ATTTCTAGAGGTAAACATTCAA
130 ATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AGAGGTAAACATTCAA
* * * *
9734 TTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
193 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
9799 TATTAAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGG-TATGGGTG-CCAGTAAATGGACTTTTCTTGCC
258 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCC
*
9861 AATGAATGGCTTGTTCTTCATG
321 AATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * * *
9883 TTTCTCAAGGAAAACATTCAACTGTAATATGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAATAAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
9948 ATCAATTTTGAGATTATAATACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
* * * **
10013 TAAATGGAC--TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTTCTTA-AGGTAGGCATTCAATT
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGGTAAACATTCAATT
* * * * * *
10075 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATTGTAAACAAATTCAA-TATAAAATGAATTGTGAGATTACAAA
195 ATAATATATTTTAA-CAAAAAA-TGTAAA-AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
10139 ACC-GTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
256 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
*
10202 AATGAATGGCCTTTTCTTCATG
321 AATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* ** * * * * *
10224 CTT-TCAGAGATAGACATTCAATTGT-ATGTTGTTTTATCAAAAAATGTAAAAAACATTCAACTT
1 TTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTT
** * * * * * *
10287 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAGGGAATAATAAGACTTTTGAAAGGCTTAGGTG
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGGGTG
* * ** * * *
10352 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTGCCACA-GCAGACATTC
127 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTTCAGAGGTAAACATTC
* *
10416 AATTATTAGA-ATTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
191 AATTA-TA-ATA-TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
10480 TAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATGAA-GCTTTT-GAAGGCTT--GT-ACAGTTAGAAATGGACTT
252 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGAC---TATAAATGGACTT
10540 TTCTTGCCAATGAATGG------C-T-ATG
313 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
10562 TTTACTGAATGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-TCTAA-TTG
1 TTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-AACTT-
* * **
10624 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA-TTAGAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATTTGT
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGT
* *
10687 GACTATCAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAG-GGTAAACATT
126 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AGAGGTAAACATT
* * * *** *
10751 CGATTATAATCTATATTAATTGAAAATGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
190 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * ** * *
10816 AAACTATCTAAAGTAAGTAATAAGGCATTT-GAAGGGATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
254 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
10880 CTAGT-ATATGGCTGTTTCATCATA
319 CCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATG
*** * * *
10904 TTT-TCCAAAATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT---AAAA---AACTTAA
1 TTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
10962 AATTAACTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
* *** * ** * * * * * *
11027 ATCAACAAACTTTTTTTATCAATGAATAGCTATTACTTCATGTTTCCCATGA-CT-AACCTTCAA
130 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCA-GAGGTAAACATTCAA
* *
11090 TTATAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
193 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
11155 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTTGAAGACTTGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCA
257 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* *
11219 ATGGATGGC-TTTTCTTCAAG
322 ATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * *
11239 GTTCCCATGGTC-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGG-CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * * * *
11303 AATAAAATATGAGATTATAAAATTATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGG-GAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGAC
* * * *
11367 TAAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTTCCTA-AGGCAAACATTCA
129 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-C-AGAGGTAAACATTCA
* * * * *
11431 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAA
192 ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
11496 ACC-TTTAAAAGCTAATAATAAGGC-TTTCGAAGG-TATGGGTGACTACAAATGGAC-TTTCTTT
256 ACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TT
* * *
11557 GCCAATGGATGGTTTTTTCTTTATG
318 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * *
11582 TTTC-CTAGGGCAAAGATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTT-A
1 TTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
11645 ATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAA-CAAATAGTAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTAAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
** * * * * *
11709 TATAAATGGA-TATTTCTTATCAACGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGTAGACATTTA
129 TATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AGAGGTAAACATTCA
********** * * * * * **
11772 ATNNNNNNNNNNTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCTAAATT-AAATCTATTATTAGATTACGAA
192 ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * * *
11836 ATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCA
256 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
11900 AATGAATGG-TTATTTCTTCATG
321 AATGAATGGCTT-TTTCTTCATG
* * **
11922 TTTC-CTGAGGCAGACATTTC-GTTATAATATGTTTTAACTAAAAAGGTAAAAAAATTCAA-TTA
1 TTTCTC-AAGGCAGACA-TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * **
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* * * * **
12049 TATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCA-AGGTAAACATTCAA
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* * *
12113 TTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
193 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
12177 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCGTACCAA
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*
12240 TGAATGGCATTTT-TTCATG
323 TGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * **
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* **
12322 GAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * * *
12387 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTGCGTCATGTTTCTC-GAGGTAAATATTTAG
129 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGGTAAACATTCAA
* * * * *
12451 TTATAAAATATTTTACTCAAGAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAA
193 TTATAATATATTTTA-ACAA-AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** *
12515 ACCATTTAAAGCGAGT-ATAATGC-TTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-C
256 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGC
* *
12577 CAATGGATAGCTTTTGT-TTCATG
320 CAATGAATGGCTTTT-TCTTCATG
* * * * * *
12600 TTTCT-AGAGGTAAATATTCAATTAT-ATGATATTTTAA-TAAAAA-ATATAAAATATTCAATTT
1 TTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAAATTCAACTT
* * ** * * **
12661 AAAATTAATTATGAAATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TATCAGTG
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTG
* * * * * * * * **
12725 GCTAGAAATGAACTTTTCTTTCTAATTGATAT--CTTTTGCTTTATGTTTCCAGATATAAACATT
127 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGGTAAACATT
* *
12788 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTA
190 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * * * * * *
12853 TAAAATTACTTCAAGCAAGTAATAATGC-TTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAACGAACTTTTC
252 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
12916 ACT-CCAATCAATGGCATTTGCTTCATG
316 -TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* ** * * * *
12943 TTTC-CTGAGATAGACATTCAATTATATTATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAA
1 TTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
13006 AATCAATTATGATATTATAAAACCATTTGAAA-TGAGTAATAAGGCTTACGAATGCATCGCTGGC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * ** *
13070 TTTGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGACAAGCATTCAAT
129 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAGAGGTAAACATTCAAT
** * * * * *
13135 TGCAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAC
194 TATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
13200 CATTTAAAGCAAGAAATAA-GTTTTTC-AATGGCTTGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
258 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
13263 ATGAATGGCTTTT
322 ATGAATGGCTTTT
Statistics
Matches: 4634, Mismatches: 947, Indels: 388
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (342 bp):
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TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGGCTTTTTCTTCATG
Found at i:9057 original size:163 final size:161
Alignment explanation
Indices: 7205--13275 Score: 1783
Period size: 171 Copynumber: 35.7 Consensus size: 161
7195 ACTAAAAATG
* * * * * ** * *
7205 TAAAAATAATTGAACTTAAAATAAATTTTAAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTAAGCAATAAGGCT
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* ** * ** * * **
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* * *
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* * *
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* * * ** * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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1 TAAA----AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** ** * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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1 TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC
* ** * * *
7951 TTTCGATGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGGT
65 TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA--T
* * * *
8014 TCTCATGGCAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAATCAAAAA
128 TC-C-TGGCAAACATTTAATTATAATA--TATTAAT----AA
* * *
8056 TGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
1 --T-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * * *
8120 GCTTCCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTGGCTTCATAT
63 ACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA-
* * *
8185 TTTCTAAGACAGACATTTAATTATAATATATTTTAATTAA
127 TTCCT--GGCAAACATTTAATTATAATATA--TTAA-TAA
* ** * * *
8225 AAATGTAAAAAAACCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAA
1 TAA---AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * * * * * *
8290 GGTTTTCGAAGCCTTGAGTGCCTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATA
62 GACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA
* ** * *
8355 TTTTCTGAGGTGAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
127 -TTCCT--GGCAAACATTTAATTATAA--TATATTAA-T--AA
* * * *
8398 GTATAAAAAAATTCAAGC-TAAAATTAATTATGAGACTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAACAA
1 -TA-AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * *
8461 GGCTTTAGATGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAATAGCTTTAT-CTTCAC
62 GACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT-TGCTTCAC
* * * * * * *
8525 GGTTCCCATGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAA
126 -ATT-CC-TGGCAAACATTTAATTATAA--TATATT----AATAA
* *
8570 TGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 --TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * * * * *
8635 CTTTCAAAAGCTTAAGTGATTATAAA-GGCACTTTTCTTGCAAATGGATGGGTTTGGCTTCACAT
64 CTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA-
8699 TTTCCTAGGCAAACATTTAATTATAATATATGTTAATCAAAAA
127 -TTCCT-GGCAAACATTTAATTATAATATA--TTAAT----AA
* * * ** * * **
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1 T-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC
** ** **
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* * * **
8872 CTTGACGTACACATCCAATTATAATATATT-ATAA
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* * * * *
8906 TAAAAAAAATTCAACTGAAAATTAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATACT
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* * * * * *
8971 TTCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTTACGGTTC
66 TTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCAC-ATT-
* * *
9036 CCATGGCAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAA
129 CC-TGGCAAACATTTAATTATAA--TATATTAA-TAA
* * * *
9073 AAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGCGGGTAATAA
1 TAA---AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * ** *
9138 GACTTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTCACCAATGAATTGCTTTCACTTCACT
62 GACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA
** * * * *
9203 TTTTTGAGGTAAAAATTCAAGTATAATATATTTTAATAAA
127 TTCCT--GGCAAACATTTAATTATAATATA--TTAAT-AA
* * * * * * *
9243 AAATATTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTATTAAC
1 TAA-A--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-
* * * * * * * *
9308 G-CTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCACT-CCAATGGATGGCTTTTGC-T-AA
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* * * * *
9369 ATGCCTCCAGAG-ATAGACATTCACTTACATTATATTTGAACTAAACA
126 AT---TCCTG-GCA-A-ACATTTAATTATAATATA-TT-AA-T--A-A
* * * * *
9416 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAACAAGGC
1 T-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC
* * * * * * * * **
9481 -TTCGATGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGGTT
65 TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CATT
* * *
9545 CCTTTGGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAA
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* * * * *
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* ** * * * *
9651 TTTCGAAGGCTT-GGACAACTATAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATAT
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* * * * * *
9714 TTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAA
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* * * *
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* * ** * *
9818 GGCTTTTGAAGG-TATGGGTG-CCAGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGTT-CTTC
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** * * * * * * *
9880 ATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAACTGTAATATGTTTTAACCAAAAA
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* * * * * * *
9927 TACAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAATACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
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* * * * * * *
9992 TTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC--TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTT
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* * ** * * * * *
10055 CTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
129 CCT--GGCAAACATTTAATTATA--ATATATTAA--TAA
* * * * ** *
10094 AAATTGTAAACAAATTCAA-TATAAAATGAATTGTGAGATTACAAAA-CCGTTAAAGTGAGTAAT
1 TAA----AAA-AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
10157 AAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCCTTTT-CTTC
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* * * ** * * *
10221 ATGC-TTTCAGAG-ATAGACATTCAATTGTATGTTGTTTTATCAAAAAA
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* * * * *
10268 TGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAGGGAATAATAAGA
1 --TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * **
10333 CTTTTGAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGG
64 CTTTCG-AAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CA
** * * * * *
10398 TTGCCACAGCAGACATTCAATTATTAGAATTTTTTTAACAAA
127 TT-CC-TGGCAAACATTTAATTA-T--AA-TATATTAA-TAA
* * * *
10440 AAATGTAAAAAACATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATGA
1 TAA---AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-A
* * * *
10505 AG-CTTTTGAAGGCTT--GT-ACAGTTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TATG-TT
61 AGACTTTCGAAGGCTTAAGTGAC---TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTT
* *** * * * * *
10564 TAC-TGAAT-GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
123 CACATTCCTGGCAAACATTTAATTATAA--TATATTAA-TAA
* * * *
10604 -AAATGTAAAAAATCTAA-TTGAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA-TTAGAAGCGACTAAT
1 TAAA---AAAAATTC-AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA-AAGCGAGTAAT
* ** * * *
10666 AAGGCTTTCGAAGG-TATTTGTGACTATCAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
60 AAGACTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTC
** * **
10730 ATGTTTCCTAGGGTAAACATTCGATTATAATCTATATTAATTGAA
124 A-CATTCCT--GGCAAACATTTAATTATAA--TATATTAA-T-AA
* * **
10775 -AATGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATCTAAAGTAAGTAATA
1 TAA---AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * * * * * *
10838 AGGCATTT-GAAGGGATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGT-ATATGGCTGTTT-CAT
61 AGAC-TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCT-TTTGCTT
* *** * * *
10900 CATATTTTCC-AAAATAGACATTCAATTATAATCTATT-TTAA
123 CACA--TTCCTGGCA-A-ACATTTAATTATAATATATTAATAA
* * * * *
10941 CTAAAAATGTAAA--AAACTTAAAATTAACTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 -TAAAAA---AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** * * *** * * * * * *
11004 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATCAACAAACTTTTTTTATCAATGAATAGCTATTACTTCATG
62 GACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-C
* * * * * * *
11069 TTTCCCATGACTAACCTTCAATTATAATTTATTTTAACAA
126 ATT-CC-TGGCAAACATTTAATTATAA--TATATTAATAA
* *
11109 AAAATGTAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 TAAA---AAAAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * ** *
11174 AGGTTTTTGAAGACTT-GGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCA
61 AGACTTTCGAAGGCTTAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
11237 -AGGTTCCCATGGTC-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
125 CA--TT-CC-TGG-CAAACATTTAATTATAA--TATATT----AATAA
* * * * * *
11283 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATATGAGATTATAAAATTATCTAAAGTGAGTAATAAGGC
1 TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC
* * * * * * * *
11348 TTTTGAAGGCTTTAGGGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTT
65 TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA--T
* * * *
11413 TCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
128 TCCT--GGCAAACATTTAATTATAA--TATATT----AATAA
* * * * * * *
11455 TGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA-CCTTTAAAAGCTAATAATAAGG
1 T-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAAGCGAGTAATAAGA
** * * * * * * *
11519 CTTTCGAAGG-TATGGGTGACTACAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATGGATGGTTTTTTCTTTATG
64 CTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-C
* * * *
11582 TTTCCTAGGGCAAAGATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAA
126 ATTCCT--GGCAAACATTTAATTATAATA--TATTAA-T---AA
* * * * * * *
11626 TATAAAAAAATTTAACTT-AATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAA-CAAATAGTAAGG
1 TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * ** * * * * * **
11689 CCTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-TATTTCTTATCAACGCATGGCTTTTTCTTCATGT
64 CTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CA
* * *******
11753 TTCCTAAGGTAGACATTTAATNNNNNNNNNNT-TTAACTAA
127 TTCCT--GGCAAACATTTAAT---TATAATATATTAA-TAA
* * * * * ** **
11793 AAATGTAAAAAAATCTAAATT-AAATCTATTATTAGATTACGAAATCATTTAAAGTAAGTAATAA
1 TAA---AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * *
11857 GGCTTTCAAAGGCAT-GGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGG-TTATTTCTTCA
62 GACTTTCGAAGGCTTAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT-TTGCTTCA
** * ** *
11920 TGTTTCCTGAGGCAGACATTTCGTTATAATATGTTTTAACTAAA
125 -CATTCCT--GGCAAACATTTAATTATAATA--TATTAA-T-AA
* * * * * * *
11964 AAGGTAAAAAAATTCAA-TTAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTACAGTGGGTAATAA-
1 TA---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** *
12027 AGCTTTCGAAGGGTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACA
63 A-CTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACA
* * * * *
12092 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAA
127 -TTC-C-TGGCAAACATTTAATTATAATA--TATTAATAA
* *
12132 -AAATGTAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 TAAA---AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
12196 GGCTTTCGAAGGCTT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATGGCATTTT--TTCAT
62 GACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTGCTTCA-
** * * *
12258 GGTT-CTAGTGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
125 CATTCCT-G-G-CAAACATTTAATTATAA--TATATT----AATAA
** * * *
12303 TATAAAAAAATTCTCCTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC
** * * **
12368 TTTCGAAGGCTTGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTGCGTCATGTT
65 TTTCGAAGGCTT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CAT
* * * * * *
12432 TCTCGAGGTAAATATTTAGTTATAAAATATTTTACTCAAGAA
128 TC-C-TGGCAAACATTTAATTAT--AATA---TA-TTAATAA
* *
12474 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATAATG-
1 TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-GA
** * * * * **
12537 CTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATAGCTTTTGTTTCATGT
64 CTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACAT
* * * * *
12601 TTCTAGAGGTAAATATTCAATTATATGATATTTTAATAAA
128 TCCT---GGCAAACATTTAATTATA--ATATATTAAT-AA
* * * * *
12641 AAATATAAAATATTCAATTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAA-CTGTTTAAAGCGAGTAATAA
1 TAA-A-AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
12705 TG-CTTTCAAAGG-TATCAGTGGCTAGAAATGAACTTTTCTTTCTAATTGATAT--CTTTTGCTT
62 -GACTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGA-ATGGCTTTTGCTT
* ** * ** * *
12766 TATGTTTCCAGATATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
123 CA-CATTCCTG--GCAAACATTTAATTATAATATA--TT----AATAA
* * * * * *
12814 TGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTACTTCAAGCAAGTAATAAT
1 --T-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-
* * * * * * *
12879 G-CTTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAACGAACTTTTCACT-CCAATCAATGGCATTTGCTTCA
62 GACTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
** * * *
12941 TGTTTCCTGAG-ATAGACATTCAATTATATTATATTTTAACCAAAAA
125 -CATTCCTG-GCA-A-ACATTTAATTATA--ATATATT----AATAA
* * * * * *
12987 TATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTGAAA-TGAGTAATAAGGC
1 TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAAGCGAGTAATAAGAC
* * * * * * * * * **
13051 TTACGAATGCAT-CGCTGGCTTTGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
65 TTTCGAAGGCTTAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CAT
* * * * ** *
13115 TTCAGAGACAAGCATTCAATTGCAATCTATTTTAATAAAAAA
128 TCCTG-G-CAAACATTTAATTATAA--TATATTAAT----AA
* * * * * **
13157 TATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGTT
1 TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC
** * *
13222 TTTC-AATGGCTTGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
65 TTTCGAA-GGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT
Statistics
Matches: 4616, Mismatches: 875, Indels: 819
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
162 12 0.00
163 200 0.04
164 25 0.01
165 114 0.02
166 34 0.01
167 76 0.02
168 81 0.02
169 368 0.08
170 1429 0.31
171 1434 0.31
172 476 0.10
173 255 0.06
174 84 0.02
175 20 0.00
176 6 0.00
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACT
TTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTCC
TGGCAAACATTTAATTATAATATATTAATAA
Done.