Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399577.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2831.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5999
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.10, T:0.33
Warning! 858 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:660 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 330--698 Score: 462
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 174
320 NNNNNNNNCC
* *
330 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATCATTTTATTATCCTAAAATTAATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATTATCCTAAAATTAATTTTAAGTT
* * *
395 CAATTTTTATTAACTTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA
66 CAATTTTTATTAACTTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTAAGAAACATGA
** *
460 ACAAAAAAGCATTCATTGGTATGAAAAGT-CTATTTATAGTCATC-
131 ACAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTC-TCT
* * * ** *
504 CGTTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATAT-C-AAAATTGATTTTAAG
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTAT--TATCCTAAAATTAATTTTAAG
* * * * *
567 TTTAATTTTT-TTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTGAGAAATAT
64 TTCAATTTTTATTAACTTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTAAGAAACAT
** *
630 GAGGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCT
129 GAACAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCT
676 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
699 AATCTCATAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 24, Indels: 10
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 98 0.59
173 5 0.03
174 58 0.35
175 1 0.01
176 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATTATCCTAAAATTAATTTTAAGTT
CAATTTTTATTAACTTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTAAGAAACATGA
ACAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCT
Found at i:746 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 554--849 Score: 355
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 152
544 ATAATATCAA
* * ** * *
554 AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-AC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAC-TTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTGAC
* * ** *
618 ATTGAGAAATATGAGGA-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCC
65 -TCGAGAAACATG-GGATAAAACACATTCATTCACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCC
*
682 TTCAAAAGCCTTATTACAATCTCAT
128 TTCAAAAGCCATATTACAATCTCAT
* *
707 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTGTCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACTTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTGACT
* * * * * * *
771 CGAGAAACGTGTGATAAAACACATTTATTCAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTTCTTT
66 CGAGAAACATGGGATAAAACACATTCATTCACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
836 AAAAGCCATATTAC
131 AAAAGCCATATTAC
850 TCGCTTTAAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 21, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.02
151 92 0.77
152 1 0.01
153 25 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (152 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACTTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTGACT
CGAGAAACATGGGATAAAACACATTCATTCACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
AAAAGCCATATTACAATCTCAT
Found at i:1041 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 699--1881 Score: 964
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 168
689 GCCTTATTAC
* * ** *
699 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA-TATAATTGAAT
* ** * * * * * * *
763 GTTTGTCTCGAGAAACGTGTGATAAAACACATTTATTCAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTC
65 GTCTACCTCAAGAAACGTGTGA-AAAACATA-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
* * * *
828 ATTTCTTT-AAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAT
128 A-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * **
869 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATCATTTTTATATTTTTGGTTAAAACATGTAATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAT-ATAATTGAA
* * * *
934 TGTCTAACTCAAGAAACGTGTGAAAAACATAGTCATTGAAAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCC
64 TGTCTACCTCAAGAAACGTGTGAAAAACATA-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
* *
999 ATTCTTTCAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
128 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * ** * *
1040 AACCTCAAAATCAATTTTAAGTTCATTTTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA-TATAATTGAA
* * * * * **
1105 TGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCAT-TCATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTAAC
64 TGTCTACCTCAAGAAACGTG-TGAAAAA--CATATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* ** *
1169 CCATTCTTTCAAAA-CCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTGTAT
126 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
1211 AATCTCATAATCGATTTTAAATT-AATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACATACTATAATT-AA-
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AATATAATTGAAT
* * * * * *
1272 GTACCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAATCATTCATTGATAAGATAAGTCTATTTATTGTCTC
65 GT--CTACCTCAAGAAACGTGTGAAAAACAT-A-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* * *
1337 ACATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAT-GCTTTTAT
126 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
* * *
1380 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCACTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAT-ATAATTGAAT
* * * *
1445 GTCTACCT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCAT-TCATTGTCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCTC
65 GTCTACCTCA-AGAAACGTG-TG-AAAAA-CATATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
** * * *
1508 TTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
126 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * ** ** *
1551 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAGTAGACTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AATATAATTGAAT
* * * * * *
1616 GCTTTA-CTCTAGAAACGTGTAGAGAAAGCCAT-TTACTT-AGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCT
65 G-TCTACCTCAAGAAACGTGT-GA-AAA-ACATATCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* * * * * **
1678 CTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACT-ACCCTTAAAT-GATTTCGT
125 CCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAG-TTTTAT
* * * **
1722 AATCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA-TATAATTGAA
* * * * *
1787 TG-CTTACCTCAAAAAACCTGTAGAAAAAGCCAT-TTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCT
64 TGTC-TACCTCAAGAAACGTGT-GAAAAA--CATATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* *
1850 CTCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
125 CCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1882 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 145, Indels: 88
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 2 0.00
167 7 0.01
168 66 0.08
169 57 0.07
170 53 0.06
171 420 0.51
172 204 0.25
173 7 0.01
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATATAATTGAATG
TCTACCTCAAGAAACGTGTGAAAAACATATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
Found at i:1162 original size:494 final size:492
Alignment explanation
Indices: 330--1702 Score: 1327
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 492
320 NNNNNNNNCC
* * * * * *
330 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-CATTTTATTATC-CTAAAATTAATTTTATG
1 CATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGC-TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
393 TTCAATTTTTATTA-ACTTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAAC
64 TTAAATATTT-TTACAC---TTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAAC-TAGAGAAAC
* ** * * * * *
456 GTGAACAAAAAAGCATTCATTGGTATGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCGTTCCTTCAAATGCCT
124 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
521 TATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTT
189 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTCATTTTTTTTACATTT
* * * * *
586 TTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTGAGAAATA-TGAGGAAAAAGGCATTCATTG
253 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
* * *
650 ACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAATCTCATAATTGATT
317 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACAATCTCATAATCGATT
* * *** ** *
715 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTGTCTCGAGAAAC
382 TTAAATT-AATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAAACTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAAC
* * * *
779 GTGTGATAAAACA-CATTTATTCAGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTCT
445 GTGT-AAAAAAAATCATTCATTCAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCA
* * *
827 CATTTCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGC-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * **
891 TCAATCATTTTTATATTTTTGGTTAAAACATGTAATAATTGAATGTCTAACTCA-AGAAACGTG-
65 TAAAT-ATTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACT-AGAGAAACGTGA
* * * * *
954 TG-AAAAA-CATAGTCATTGAAAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCGTA
128 AGAAAAAAGCAT--TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * ** *
1017 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTCATTTTTTTTTACACTTTT
191 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA-TTTTTTTTACATTTTT
*
1082 GGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
255 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
* ** * * *
1147 AGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAACCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTGTATA
320 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC---A---AA--A---GC-TT---TA--T-TACA
* *
1212 ATCTCATAATCGATTTTAAATTAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACATACTATAATTAAGTACC
367 ATCTCATAATCGATTTTAAATTAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAATACC
* * * *
1277 TACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAATCATTCATTGATAAGATAAGTCTATTTATTGTCTCA
432 TACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAATCATTCATTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCA
* *
1338 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
1403 AAATTTTTTTGCACTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGA
66 AAATATTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTAGAGAAACGTGAAGA
** * * ** *
1468 AAAAAGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCTCTTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACT
131 AAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * **
1533 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAA
196 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
** * * * * * * * *
1598 AGTAGACTATAATTGAATGCTTTA-CTCTAGAAACGTGTAGAGAAAGCCATTTACTT-AGAAGAA
261 AACAGATTATAATTGAATG-TTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGACAAGAA
* *
1661 AAGCCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTTATTAC
324 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAC
1703 TACCCTTAAA
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 128, Indels: 81
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
492 5 0.01
493 10 0.01
494 176 0.25
495 42 0.06
497 59 0.08
498 7 0.01
499 3 0.00
500 2 0.00
502 2 0.00
504 2 0.00
505 2 0.00
506 1 0.00
507 1 0.00
509 3 0.00
510 136 0.19
511 214 0.30
512 42 0.06
513 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (492 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
AAATATTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTAGAGAAACGTGAAGA
AAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACAATCTCATAATCGATTTTAAATTAA
TTTTTTTACATTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAA
ATCATTCATTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCA
Found at i:1727 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 699--1881 Score: 1274
Period size: 511 Copynumber: 2.3 Consensus size: 509
689 GCCTTATTAC
*
699 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAAACTATAATT-AAT
* ** * * * * *
763 GTTTGTCTCGAGAAACGTGTGATAAAACACATTTATTCAGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTCT
64 GCTTACCTCAAGAAACGTGT-AAAAAAAACATTTATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCT
* * *
827 CATTTCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
127 CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** *
892 CAATCATTTTTATATTTTTGGTTAAAACATGTAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGTGA
192 AAATCATTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAGA
* * * *
957 AAAACATAGTCATTGAAAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCGTATTACT
257 AAAACATA-TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCGTATTACT
* * **
1022 CACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTCATTTTTTTTTACACTTTTGGTTA
321 CACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTCATATTGTTTTACACTTTTCATTA
* *
1087 AAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
386 AAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
** * * ** *
1152 ATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAACCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTGTAT
451 AGCCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAACCTAATTACTACCCTTAAATAGTTGTAT
* * * * *
1211 AATCTCATAATCGATTTTAAATT-AATTTTTTTACATTTTTATTAAAACATACTATAATTAAGTA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAACTATAATTAA-TG
* * * * * *
1275 CCTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAATCATTCATTGATAAGATAAGTCTATTTATTGTCTCACA
65 CTTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAA-CATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCA
* *
1340 TTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
129 TTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGC-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * *
1404 AAT-TTTTTTGCACTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAAG
193 AATCATTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTCA-AGAAACGTG-AG
** * * ** *
1467 AAAAAAGCAT-TCATTGTCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCTCTTATTCCTCCAAAAGCCTTATTA
256 -AAAAA-CATATCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCGTATTA
* * * ** * *
1531 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTTTACATTTTTCAT
319 CTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTCATATTGTTTTACACTTTTCAT
** * * * * * * *
1595 TAAAGTAGACTATAATTGAATGCTTTA-CTCTAGAAACGTGTAGAGAAAGCCATTTACTT-AGAA
384 TAAAACAAACTATAATTGAATG-TTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAA
** * * * *
1658 GAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTACCCTTAAAT-GATT-TCG
447 GAAAAGCCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAA-CCTAATTACTACCCTTAAATAG-TTGT-A
1721 T
509 T
*
1722 AATCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAAACTATAATT-AA
* * ** * * *
1787 TGCTTACCTCAAAAAACCTGTAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCT
63 TGCTTACCTCAAGAAACGTGTA-AAAAAAACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT
*
1852 CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1882 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 102, Indels: 36
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 144 0.26
511 249 0.45
512 42 0.08
513 12 0.02
514 95 0.17
515 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAACTATAATTAATGC
TTACCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATT
TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
CATTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAGAAAAA
CATATCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCGTATTACTCACTT
TAAATAGTTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTCATATTGTTTTACACTTTTCATTAAAACA
AACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
ATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAACCTAATTACTACCCTTAAATAGTTGTAT
Found at i:3216 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3038--4403 Score: 862
Period size: 172 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
3028 NNNNNNNNNN
* * *
3038 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* *
3103 AATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCA
66 AATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
3168 CCAATTCTTTCAAAAGCCGTGTTACTCACTTTAAATGGTTTT
130 CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * ** *
3210 ATAATCTCAAAATCGGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCACTTTTGGTTCGAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * *
3275 AATGTTTACCTCGAGAAA-AGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTA
66 AATGTCTACCTAGAGAAACA-TGAAGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
3339 AGCCATTCTTTCAAAA-CCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTT
129 A-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
3381 ATTATCTCAAAATTAATTTTAA-ATTGATTTTTCTTACATTTTTTGTT-AAACAAACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * * * **
3444 AGTATCTGCC-ACAAGAAA-AGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGATAAGTCTGTTTATAGT
66 AATGTCTACCTA-GAGAAACA-TGAAGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
3507 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTN
128 CACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********* * * * * *
3551 NNNNNNNNNTAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATCATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** * * * * *
3615 AACATCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGCCAAGAAACGTCGATTTATAGTC
66 AATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
3679 TCCTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
129 ACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** ** **********
3722 GTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAANNNNNNNNNNTT
1 ATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * *
3786 GAATGTTTACCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 GAATGTCTACCTAGAGAAACATGA-AGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* **********
3850 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTT
128 CAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** **
3894 ATAATCTCATAACTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACAGTTTTATTTAAATTAGACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * * ***
3958 AATGTCTACTTCTAGAAACATGAA-AAAAAGCATTTAATCTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
66 AATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * *
4022 TCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTT
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * * *
4063 ATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAA-TTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * *
4127 AATGTGTACCTCA-AGAAATGTGATGAAAAAAGTATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATA-T
66 AATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * **********
4189 CTCCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTT
128 C-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
4233 ATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAA-GTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTGTACA-C
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATT
** * * * * * * * *
4296 GAATCCCTACCTCGAGAAACATGTAA-AAAAATTCGTTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTAATAGT
65 GAATGTCTACCTAGAGAAACATG-AAGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
4360 CTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
128 CACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
4404 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 268, Indels: 67
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 191 0.21
170 203 0.23
171 245 0.27
172 247 0.28
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:3745 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3038--4403 Score: 772
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
3028 NNNNNNNNNN
* * * *
3038 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* *
3103 AATGTCTACCT-AGAGAAACA-TGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGT
65 AATATCTACCTCA-AGAAA-AGTGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGT
* * * *
3166 CACCAATTCTTTCAAAAGCCGTGTTACTCACTTTAAATGGTTTT
126 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** * *
3210 ATAATCTCAAAATCGGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCACTTTTGGTTCGAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* * * * * *
3275 AATGTTTACCTCGAGAAAAGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAA
65 AATATCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCA
* **
3340 GCC-ATTCTTTCAAAA-CCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTT
128 -CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
3381 ATTATCTCAAAATTAATTTTAAATTGATTTTTCTTACATTTTTTGTT-AAACAAACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
* * * * * ** **
3445 GTATCTGCCACAAGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGATAAGTCTGTTTATAGTCAC
66 ATATCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAG-AATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATAGTCAC
** * *
3510 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTN
129 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
********* * * * *
3551 NNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATCATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
* * * * *
3616 ACATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGCCAAGAAACGTCGATTTATAGTCTC
66 ATATCTACCTCAAGAAAAGTGAAG-AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAA-GTCCATTTATAGTCAC
*
3681 CTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
129 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * ** **********
3722 GTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAANNNNNNNNNNTT
1 ATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATT
* * ** * *
3786 GAATGTTTACCTTGAGAAACA-T-ATAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 GAATATCTACCTCAAGAAA-AGTGA-AGAAAAA-GAATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAG
* **********
3849 TC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTT
125 TCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * ** ** *
3894 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTATTTAAATTAGACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
* * * * * * ***
3959 ATGTCTACTTCTAGAAACA-TGAA-AAAAAGCATTTAATCTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
66 ATATCTACCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGAATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
4021 TTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTT
129 CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
********** * * *
4063 ATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAA-TTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* * * * * * *
4127 AATGTGTACCTCAAGAAATGTGATGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCT
65 AATATCTACCTCAAGAAAAGTGAAG-AAAAAGAATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * **********
4191 CCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTT
128 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
4233 ATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAA-GTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTGTACA-C
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATA-ATT
** * *** * * * *
4296 GAATCCCTACCTCGAGAAACA-TGTAA-AAAAATTCGTTTATTTAG-AAGAAAAGTCTATTAATA
64 GAATATCTACCTCAAGAAA-AGTG-AAGAAAAA-GAATTCA-TTGGCAAG-AAAGTCCATTTATA
*
4358 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
124 GTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
4404 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 258, Indels: 65
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 197 0.22
170 191 0.21
171 267 0.30
172 240 0.27
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
ATATCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCT
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
Found at i:4121 original size:169 final size:158
Alignment explanation
Indices: 3913--4219 Score: 296
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
3903 TAACTGATTT
* * ** * *
3913 TAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTATTTAAATTAGACTATAATTGAATGTCTACTTCTAGAAACA
1 TAAGTTAAATTTGTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
*
3978 TGA-AAAAAAGCATTTAATCTT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT-TCATTCCTTCAAAAACCT
66 TGAGAAAAAAGCA-TTAAT-TTCAAGAAAAGTCCATTTATA-TC-TCCCATTCCTTCAAAAACCT
4040 TATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA
127 TATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
4072 TNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACC
1 T----------AAGTTAAATTTGTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
** * * *
4137 TCAAGAAATGTGATGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATATCTCCCATTCTTTC
56 TCAAGAAACATGA-GAAAAAAGCATTAATTT-CAAGAAAAGTCCATTTATATCTCCCATTCCTTC
* *
4202 GAAAGCCTTATTACTCGC
119 AAAAACCTTATTACTCGC
4220 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 17, Indels: 19
0.76 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
169 59 0.51
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171 26 0.22
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (158 bp):
TAAGTTAAATTTGTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
TGAGAAAAAAGCATTAATTTCAAGAAAAGTCCATTTATATCTCCCATTCCTTCAAAAACCTTATT
ACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:5266 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4704--5999 Score: 1119
Period size: 172 Copynumber: 7.6 Consensus size: 168
4694 GAGAAGTCTT
* *
4704 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTAGT-ATCCCAAAA
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCAAAA
* * * ** * * *
4768 TTTATTTTATGTTCAGTTTTTATTAACATTTTTTATTAAAATAGAA-TACAATTGAATTTCTATC
65 TTGATTTTAAGTTCA-TTTTT-TTTACA-TTTTGGTTAAAACA-AACTATAATTGAATGTCTA-C
* * * * *
4832 CCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTTGCAAGAGAAGTCCA
125 CTAAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
* * * *
4876 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTGAAATGATTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * ** * * * **
4941 GGATTTTAAGTT-AATTTTTTT--ATTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGCCTACGTTGGT
66 TGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAAG-
* * *
5003 AAACATGTGAA-AAAATACATTTATTTGGAAGAAAAGTCCA
130 AAACA--TGAAGAAAAAACATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
* * * * *
5043 TTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGCCTTATTACT-AGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* *
5107 TTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTGCATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCA
65 TTGATTTTAAGTTCA-TTTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT-A
*
5172 AGAAACATG-AGAAACAAACATTCATTGGGAATAAAATGTCCA
128 AGAAACATGAAGAAA-AAACATTCATTGGGAAGAAAA-GTCCA
** * * * * *
5214 TTTATAGTCACATATTCTTTGAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAAAGGTTTTACAATCT-AAAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
5278 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACCAATTATAATCGAATGTCTACCTC
66 TGATTTTAAGTTC-A-TTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT-
** *
5343 ATA-AAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
127 A-AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
5386 ATTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCGCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* ** ** * *
5451 TGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAACGGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGA
66 TGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC-T-A
* ** * * *
5515 A-AAACGTAT-AGGAAAATCCATTTATTTGGAAGAAATA-TTCA
128 AGAAAC--ATGAAGAAAAAACATTCATTGGGAAGAAA-AGTCCA
* * *
5556 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG-CTTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * * * *
5620 TTGATTTTAGGTTCAATTTCTTTTACATCATTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGAT
65 TTGATTTTAAGTTC-ATTTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC-CT
* * *** *
5685 GAGAAACTTGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
127 AAGAAACATGAA-GAAAAAACATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
5728 TTTATAGTTACCTATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTGAAAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * * * * * *
5793 TGATTTTATGTACAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAAGAGATTGTAATTAAATGTCTACGATGA
66 TGATTTTAAGTTCATTTTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC-CTAA
* * *
5858 GAAACGTGAAGAAAAAAAAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
129 GAAACATGAAG-AAAAAACATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
* * * * *
5899 TTTATAGTCACCCATTGCTTCAAGAGTCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTATTATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
5964 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTA
66 TGATTTTAAGTTC-ATTTTTTTTACATT-TTGGTTA
Statistics
Matches: 919, Mismatches: 166, Indels: 78
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 31 0.03
167 92 0.10
168 6 0.01
169 17 0.02
170 164 0.18
171 259 0.28
172 305 0.33
173 42 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAAGA
AACATGAAGAAAAAACATTCATTGGGAAGAAAAGTCCA
Found at i:5814 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 4686--5984 Score: 1492
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 507
4676 NNNNNNNNNT
* * ** * *
4686 ATTGACAAGAGAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATC
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * *
4751 GTTTTAGTATCCCAAAATTTATTTTATGTTCAGTTTTTATTAACATTTTTTA-TTAAAATAGAAT
65 GTTTTACTAT-CTAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTT-TT-ATA-TTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * * *
4815 ACAATTGAATTTCTATCCCA-AGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTTGCAAGAGAAGTCCATT
126 ATAATTGAATGTCTA-CCCATAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4878 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTGAAATGATTTTATAATCTCATAATGG
190 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTG
* * * **
4943 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTATTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGCCTACGTTGGTAAAC
255 ATTTTAAGTTCAATTTTTTCATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAAC
*
5007 ATGTGAAAAAATACATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGCCT
320 ATATGAAAAAATACATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGCCT
* * * * * *
5072 TATTACTAGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTGCATTT
385 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTACATAT
* * *
5137 TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAACAAACATTC
450 TAGTAAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAGAAACAAACATTC
* * * * *
5195 ATTGGGAATAAAATGTCCATTTATAGTCACATATTCTTTGAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAA-
1 ATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCTATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
5259 AGGTTTTACAATCTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACCA-AT
64 A-GTTTTACTATCTAAAATTGATTTTATGTTCAA--TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-CAGAT
* * *
5323 TATAATCGAATGTCTACCTCATA-AAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAA
125 TATAATTGAATGTCTACC-CATAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * *
5387 TTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCGCATAATT
189 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATT
* * *
5452 GATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACGGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAAA
254 GATTTTAAGTTCAATTTTTT-CA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAA
* * * * * *
5517 AACGTAT-AGGAAAATCCATTTATTTGGAAGAAATA-TTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
317 AACATATGA-AAAAATACATTTATTTGGAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAA
* *
5580 AG-CTTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTCTTTT
380 AGCCTT-ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTT
* * * * ***
5644 ACATCATTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGAT-GAGAAACTTGAAGGAAA-AGGTA
444 ACAT-ATTAGTAAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC-ATCAAGAAACATG-A-GAAACAAACA
5707 TTC
505 TTC
* *
5710 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * *
5775 GTTTTATTATCTGAAAATTGATTTTATGTACAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAAGAGATTGT
65 GTTTTACTATCT-AAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * **
5839 AATTAAATGTCTA-CGATGAGAAACGTGAAGAAAAAAAAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
128 AATTGAATGTCTACCCAT-AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
5903 TAGTCACCCATTGCTTCAAGAGTCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTATTATCTCAAAATTGAT
192 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGAT
5968 TTTAAGTTCAATTTTTT
257 TTTAAGTTCAATTTTTT
5985 TTACATTATT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 99, Indels: 50
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 8 0.01
509 60 0.09
510 148 0.22
511 15 0.02
512 8 0.01
513 292 0.44
514 91 0.14
515 38 0.06
516 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTACTATCTAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCCATAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTA
AGTTCAATTTTTTCATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATATGA
AAAAATACATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGCCTTATTAC
TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTACATATTAGTAA
AAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAGAAACAAACATTC
Done.