Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399586.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_284.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 3081 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1444 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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1149 NNNNNNNNNG
* * * * ** * *
1159 TTTCTTGTCAAT-AACTGTGTTTTTCCTT-ATGTTTCCAAAGGTAAACATTCAACCATAATTTGT
1 TTTCTTGCCAATGAA-TGGGTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTAT
* *
1222 TTTAACCAAAAATAG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
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* *
1286 AGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
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* * * * *
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* *
1395 TAACCTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGA
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* *
1460 GTAATAATA-CTTTTGAAAGTTTAGGTGACTATAAATGAGCT
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* * * * * * *****
1501 TTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCAGGTTTTCCATGGAAAACATTCACTTATAATCNNNNN
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTT
***** * * * * *
1566 NNNNNAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATAATTTAAAGAGA
66 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGA
* ** * * **
1631 TTAATACGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAA-AAGGG
131 GTAATAAAGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCT
* * *
1671 TTTCTTGTCAATAAATGTGTTTTTCCTT-ATGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTT-CTTCATGTTT
1705 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 62, Indels: 13
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 30 0.10
171 274 0.89
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Consensus pattern (171 bp):
TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGA
GTAATAAAGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCT
Found at i:3870 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3566--4577 Score: 1220
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3556 NNNNNNNNNN
* * * *
3566 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * * * *
3631 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTCTTCTCCATGTTTCTTAAGGAAAAGATTTAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAT
* * * * * *
3696 TATAGTCTGTTTTGACTACAAATGCAAAACACTTCAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
3737 ATATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAA
1 AAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * **
3802 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCAGGTTTCCTATCGAAAACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAT
* * *
3867 TATAGTCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
3908 AAATCAATT-TGGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTT-AATGGCTTGGGTG
1 AAATCAATTCT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGGGTG
* * * *
3971 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGG-TTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGAAAACATTCA
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCA
* *
4035 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTA
* *
4078 AAATCAATTCTGAAATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGAC
1 AAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * *
4143 TATAAATGGGCTTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTACC-ATGGAAAACATTCAC
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGGAAAACATTCAA
* * *
4207 TTATAATCCGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
4249 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGTTTGGGTGAC
1 AAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * *
4314 TATAAA-AGA-TGTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTACTAAGGAAAACATTCAA
66 TATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAA
* * *
4377 TTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAA-TCAACTCA
130 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
4418 AAA-CTAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
1 AAATC-AATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* * * **
4482 CTATAAAT-TAGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCC-AAGGAAAACATAA
65 CTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGAAAACATTC
* * *
4545 AATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAA
128 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
4578 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 101, Indels: 35
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 81 0.11
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171 350 0.48
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35
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AAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:4201 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3566--4577 Score: 1304
Period size: 341 Copynumber: 3.0 Consensus size: 339
3556 NNNNNNNNNN
* * *
3566 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATT-TGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGGGTGAC
* * * * * *
3631 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTCTTCTCCATGTTTCTTAAGGAAAAGATTTAAT
64 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAT
* * * * * * *
3696 TATAGTCTGTTTTGACTACAAATG-CAAAACACTTCAACTTAATATCAATTCTGAGATTATAAAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTCTGAAATTATAAAA
* * * * *
3760 CCATTGAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
193 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * * *
3825 TGAATGGCTCTTTCTTCAGGTTTCCTATCGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAA
258 TGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCC-ATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAA
*
3889 TATAAAAAAATTTAACTTA
321 TATAAAAAAATTCAACTTA
* *
3908 AAATCAATTTGGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTAATGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTT-GAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGGGTGAC
* *
3973 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAAT-GGTTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAT
64 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAT
*
4037 TATAATTTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTCTGAAATTATAAAAC
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTCTGAAATTATAAAAC
* *
4102 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGCCAAT
194 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * *
4167 GAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTACCATGGAAAACATTCACTTATAATCCGTTTTTACTAAAAATA
259 GAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT-CCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA
4232 TAAAAAAATTCAACTTA
323 TAAAAAAATTCAACTTA
* *
4249 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGTTTGGGTGAC
1 AAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT-TTTAAGGCTTGGGTGAC
* * * * *
4314 TATAAA--AGATGTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTACTAAGGAAAACATTCAA
64 TATAAATGGGCT-TTTCTTGCCAGTGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAA
* * * *
4377 TTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAA-A-TCAACTCAAAA-CTAATT-TTAAGGTTATA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTAAAATC-AATTCTGAA-ATTATA
**
4438 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTAGCTTTTCTTGC
190 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * * * ** *
4503 CAGTGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGAAAACATAAAATTGTAATCTGTTTTAACAAAA
255 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAAG-TTTCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
*
4568 AATTTAAAAA
319 AATATAAAAA
4578 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 67, Indels: 28
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 155 0.26
341 325 0.55
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AAATCAATTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAGGCTTGGGTGACTA
TAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTCTGAAATTATAAAACCA
TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
ATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAA
AAAAATTCAACTTA
Found at i:5780 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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5466 NNNNNNNNNN
* *
5476 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACGATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGT
* * * * * *
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* *
5605 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATACT
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** *
5647 CTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTCACGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTT
* * * *
5712 TTCCTTGGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGCCTATTCATAGTCACCCAAG
66 TTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
5777 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* **
5818 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTTCATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTT
** * * * *
5883 TTCCTTGGAAAACACAAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAA
66 TTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
*
5948 CCTTCAAAAGCCTGATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
5989 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGCGATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTT
* * * * * *
6054 TTCCTTGGTAAACATTAAGAAAAAGCCATTCACTAGCATGAGAAGCCCATTTATAGTTACCCAAG
66 TTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
* * * * *
6119 CCTTCAAAAGCATTATTACTTTATTTTAATAGTTTTAT-A-
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * **
6158 CTCTTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATAACAATTTCATG
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATG
** * * *
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64 TTTTCC-TTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
*
6288 AAGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
128 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
6331 CTTAAAATTAATTTTGAGTAGATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTT
* * * * * * *
6396 TTCCTTAGCAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAG-AAACCCCTTTTATAGTCACCCAAA
66 TTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
* * *
6460 CCTTCAAGAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAAC
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
6501 CTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTCATATTTTTGGTAAAAATAGATTATAAGTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTT
* * * * * * *
6566 TTCCATGGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAG
66 TTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
*
6631 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
6672 TTCAGAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGT
* * *
6736 TTTCCTTAGG-AAACATCAAGAAAAATCCATTCACTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
65 TTTCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* *
6800 AGCCATCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
129 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * *
6843 CTCCA-AATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTATAACAGATTATAATTGAATGT
1 CT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGT
* * * * * * * *
6907 TTTCCATGGGAAACCTGAAGAAAGAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAA
65 TTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* *
6972 GCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTCTAAT
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
7014 CTCATAATT-ATTTTAAGTTCAAGTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTT
* *
7078 TACCTT-AAGAAACATGAAGA
66 TTCCTTGGA-AAACATGAAGA
7098 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1249, Mismatches: 187, Indels: 31
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 49 0.04
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Consensus pattern (171 bp):
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TTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
Found at i:8317 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 8271--8342 Score: 144
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
8261 TTTTATAGCC
8271 TTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTCACATTT
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8306 TTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTCACATTT
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8341 TT
1 TT
8343 CATTAAAAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 37 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.08, T:0.56
Consensus pattern (35 bp):
TTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTCACATTT
Found at i:8906 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8601--9509 Score: 1026
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
8591 NNNNNNNNNN
* ** * ** *
8601 GCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTA
1 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
* * * * * * * *
8666 AAAATGTC-AAATAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACTATTTCAAGGGAGTAGT
66 AAAAT-ACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAT
8730 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
130 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* ** * *
8772 GCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTCACTTATAGTTTGTTTTAACCA
1 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
* * ** *
8837 AAAATACAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGAGAATAATA
66 AAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATA
* *
8902 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
131 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * *
8943 GCCAATGAAT-GGTTCTTTCTTCAAGTTT-TCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
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* * * *
9006 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAAGC-ATTTAAAGAAAGTA
64 CAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAA-CTATTTAAAGAGAGTA
* *
9070 ATAAGGCTTTTGATGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTT
128 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * *
9114 GCCAGTGAATGGGTTTTTCTTTATGTTT-TCCAAGGAAAATATTCAATTGTAATTTGTTTTAACC
1 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
* * * * * *
9178 AAAAATGAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTA-GAAACTCATTTAAATAGAGT
65 AAAAAT--ACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGT
* * *
9242 AATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTATT
127 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * ** * * * * * *
9287 GCCAATGAATGGCTCTTTCTTCGGGTTTCCCATGGAAAGCATTCACTTATAATTTGTTTTTACCG
1 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
* * * *
9352 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
66 AAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATA
* * *
9417 AGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAAA-GGG-GTTTATT
131 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AAATGGGCTTTTCTT
* ** * *
9457 ACCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAAACATTCAGTTATAAT
1 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAAT
9510 CTATTGTAAC
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 104, Indels: 27
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 52 0.08
171 415 0.67
172 15 0.02
173 138 0.22
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Consensus pattern (171 bp):
GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
AAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
Found at i:9358 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8637--9509 Score: 1128
Period size: 344 Copynumber: 2.5 Consensus size: 341
8627 TTCTTGAGGC
* * * * * * *
8637 AAACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTCAAATAATTAAACTTAAAATCAATTTTAA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * *
8702 GGCTATAAAACTATTTCAAGGGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
66 GGTTATAAAAC-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * *
8767 TTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTCACTTATAGTTTGTTTT
130 TTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCAAAACATTCAATTATAATTTGTTTT
* *
8832 AACCAAAAATACAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGAGAA
195 AACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGAGAA
* * *
8897 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTCTTTC
260 TAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTCTTTC
*
8962 TTCAAGTTTTCCATGGA
325 TTCAAGTTTCCCATGGA
8979 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * *
9044 GGTTACAAAAGCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGATGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTT
66 GGTTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * *
9109 TTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTTATGTTT-TCCAAGGAAAATATTCAATTGTAATTTGTTT
130 TTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGCAAAACATTCAATTATAATTTGTTT
* * * * *
9173 TAACCAAAAATGAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTA-GAAACTCATTTAAAT
194 TAACCAAAAAT--AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACT-ATTTAAAG
*
9237 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTATTGCCAATGAATGGCT
256 AGAATAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTATTGCCAATGAATGGCT
**
9301 CTTTCTTCGGGTTTCCCATGGA
320 CTTTCTTCAAGTTTCCCATGGA
* * * * ** *
9323 AAGCATTCACTTATAATTTGTTTTTACCGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
9388 GGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAAA-GGG-G
66 GGTTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AAATGGGCT
* * * ** ** *
9451 TTTATTACCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAAACATTCAGTTATAAT
129 TTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGCAAAACATTCAATTATAAT
9510 CTATTGTAAC
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 61, Indels: 17
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 180 0.39
343 54 0.12
344 223 0.48
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
GGTTATAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
TCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
ACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGAGAAT
AATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTCTTTCT
TCAAGTTTCCCATGGA
Found at i:10654 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10355--10928 Score: 591
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
10345 NNNNNNAACT
* * * *
10355 ATTTAAAGAGAGCAAT-AAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGATTTTCTTGCCAAT
1 ATTTAAAGAGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGT
* * * ** * * *
10419 GAATGGATTTTTCTTCATGTTTGCTAAGGAAAACATTGAATTACAATCTATTTGAACCAAAAATG
65 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATATGTTT-AACAAAAAATG
* *
10484 TAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGACG-TTATAAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACGATTATAAAACC
* * * *
10526 ATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAATGCTTGGGTGACTCTAAATGGGCTTTTTTTTCCAGTG
1 ATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTG
** * * * *
10591 AATGGCTTTTTCACCATGTTTTCCAAGAAAAACATTTAATTGTAATATGCTTTAATAAAAAATGT
66 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATATG-TTTAACAAAAAATGT
*
10656 AAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTATG-CGATTATAAAATC
130 AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGACGATTATAAAACC
* * **********
10697 ATTTAAAGAGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTNNNNNNNNNNGGGCTTTTCTTGCCAGTG
1 ATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTG
********* *
10762 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATATGTTNNNNNNNNNNATAT
66 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATATGTT-TAACAAAAAATGT
* *
10827 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-GAATATAAAACC
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACGATTATAAAACC
* * * *
10868 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCGTTTGAAGACCTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
1 ATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
10929 GATGAAT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 71, Indels: 14
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 309 0.95
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTG
AATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGAAAACATTCAATTGTAATATGTTTAACAAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACGATTATAAAACC
Done.