Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397487.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3364.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 2233 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:573 original size:170 final size:170
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Indices: 1--1040 Score: 769
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* * * * * *
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTTTAATTGACTG
1 ATCTCATAAATGATTTTAAGTT-TAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * * ** ** * * *
66 CTTGCCTCGAGAAACAT-ATAGAAAAACCCATTTTTTTGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTCC
65 TTTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACC
* * ** ************
129 TATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTNNNNNNNNNNNNTA
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
172 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAACTGAATA
1 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
* ** * * * **
237 TTTGCCTTAAAAAACGTGTAGAAAAATGCATTCATTGATAAGAAAAGT-TAATTTATAGTCA-CC
65 TTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCC
* * ****
300 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTNNNN
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
****** * * * * *
342 NNNNNNTAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATGGGCTACAATTGAATGC
1 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* *
407 TTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
66 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
* * ** *
472 TCTTTTAAAAGAATTATTAC-CAACTTTAAATAGTTTTATT
131 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
512 CTCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGT
1 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* ** * * * * * *
577 TTTCCTCGAGAAACAAGAAGAAAAA-AGTATTCAATGGCAA-AAAATGTCAATTGATGGTCAGCC
66 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATA-CATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCC
* * * * * *
640 ATTCCTTCAAACGCCTGATTACTCACTCTAAATGGTTTGAGA
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * *
682 ATCTCATAATTTATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 ATCTCATAAATGATTTTAAGTT-TA-GTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
747 GTTTGCCTCGAG-AATGT-ATGGAGAAAA-GCATTCATTGGCAACAACAA-CCTATTTATAGTCA
64 GTTTACCTCGAGAAACGTGA-AGA-AAAATACATTCATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCA
* * * *
808 CTCATTCTTTGAAAGGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATA
126 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
853 ATCTCATAAATGATTTTAAATTTA-TTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGAATATAATTAAATAT
1 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* * * *
917 CTAGCTCGAGAAACGTAAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAT
66 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
* * *
982 TCCTTAAAAAGTCTTATTGCTCACTTTAAAT-GATTTTATA
131 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATA
1022 ATCTCA-AAATTGATTTTAA
1 ATCTCATAAA-TGATTTTAA
1041 ATTCAATTTT
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 162, Indels: 46
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 53 0.08
169 170 0.25
170 234 0.34
171 175 0.26
172 51 0.07
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
Found at i:3009 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2495--3255 Score: 720
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
2485 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2495 ATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT-TCATAACTAA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * *** *
2559 TTTTTCA--TGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTGACTATAATTGAATGCCTGTATCAGGA
66 -TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
*
2622 AACGTGTAA-AAAAACCT-AATT-ATATGG-AAGAAAAGTCCATTT
130 AACGTG-AAGAAAAA--TGCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
2664 ATAGTCTCTCATCCCTTCAAAAGTCTTAGTACTTGCTTTACAT-GATTTTATAATCTCAAAATTG
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * *
2728 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTCACATTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTGTACATCAAGA
65 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * *
2792 AACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCACTT
130 AACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
2834 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * *
2899 TGTTAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTATAACTGAATGTCTACCT-AGAAA
66 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGA
*** *
2963 AACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGTGTGAAAAGTCTATTT
130 AACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
3005 ATAGTCACCCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * ** *
3070 TTTTAAGTTCAATTTGTTTTGCATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTAGCTCAAGA
66 TTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * *
3135 CACGT-AAGGACAAAAAT--ATTCATTGGCAACAAACGTCTATTT
130 AACGTGAA-G--AAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
3177 ATAGTCACCCATTCTTTGAAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
*
3242 TTTTAAGTTAAATT
66 TTTTAAGTTCAATT
3256 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 84, Indels: 29
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 56 0.11
170 139 0.28
171 154 0.31
172 135 0.27
173 1 0.00
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
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ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
ACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:3854 original size:169 final size:167
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Indices: 3535--4036 Score: 560
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3525 ATAGTCACCT
* * *
3535 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * ** **
3600 AA-TGTTTTCATTTTTTATTACAACTA-ACTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTTGAA
66 AATTGTTTT-ATTTTTTGTTA-AAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
3663 AAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCTCAC
129 AAA--AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCAC
* *
3704 ATTCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * *
3769 AATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
66 AATTGTTTTAT-TTTTT-GTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* *
3834 AAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
129 AAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCAC
* * * * * * *
3873 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTAATCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTTAAAACTAATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
3937 AATTTTTTTACCTTTATAGTTAAAACAGACTATAAGTAAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAA
66 AATTGTTTTA--TTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
4002 AAAAGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
129 AAAA--ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
4037 TCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 42, Indels: 15
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 88 0.31
169 116 0.41
170 45 0.16
171 34 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
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ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
AATTGTTTTATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
AAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCAC
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8212 AGAAAAGTCC
* * * *
8222 ATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAA
* ** * *
8287 TTGATTTAAAGTTAAAATATT-TT-TACATTTTTGGTTAAAACAAACTATGATTGAATGTCTACC
66 TTGATTTAAAGTT-AAAT-TTCTTGTACATTGTTACTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACC
8350 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
129 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
** * *
8384 NNNNNNNNNNATTTATAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 ----------ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
8449 AATCACATAATTGTTTTTAAGTTCAATTTCTTGTACATTGTTACTTAAAACAGACTATAATTGAA
56 AATCACATAATTGATTTAAAGTTAAATTTCTTGTACATTGTTACTTAAAACAAACTATAATTGAA
* * * * * *
8514 TATTTACTTTGAGAAACGTGAGGATAAAAGCATTTATTGG
121 TATCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
8554 CAATAAAAGT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 23, Indels: 4
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 5 0.04
172 128 0.95
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (162 bp):
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAA
TTGATTTAAAGTTAAATTTCTTGTACATTGTTACTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTT
AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
Found at i:8572 original size:172 final size:168
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Indices: 7618--13094 Score: 1717
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7608 NNNNNNNNAT
** * * * * *
7618 TTTTTTACATTATTCATTAAAACAGACTATAATTAAACT-CTTGCCTT-AGAAAACATGTAGAAA
1 TTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTTTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAA
* * * * * *
7681 AAGCTATTCGTTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAACCTTATTACTC
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********** * **
7745 ACTTTAANNNNNNNNNNAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGTA
126 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * *
7788 TATTTTTACACTTTTGGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAA
1 T-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAA
* * * * * ** *****
7853 AAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCAAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAATCTTATTANNNNN
63 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
***** * * ***
7918 NNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGG
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* ********** * *
7959 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATNNNNNNNNNNCCTCGAGAAACATGAAGAACAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAA-AA
* * * * * *
8024 TA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTTCTTGAAAAGCCTTATTATTCAG
64 -AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * ********** *
8088 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAANNNNNNNNNNGTTCAATTT
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--A
* * * * * * ** * *
8132 TGTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACGATGAGAAATGTGAAAAAAA
1 T-TTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* ** * * * * *
8197 AGGTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCAC
64 A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
8262 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAAA
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * *
8304 TATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATGATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
1 T-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAA
* ********** * *
8369 AAGCATTCATTGGTANNNNNNNNNNATTTATAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAC
63 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
8434 TTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGTTTTTAAGTTCAA
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
** * * *
8475 TTTCTTGTACATTGTTACTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACTTTGAGAAACGTGAGGATA
1 TTT-TT-TACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGA-A
* * * * *
8540 AAAGCATTTATTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTC-GCCTATTCTTTGAAATGCCTTATTACTC
62 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* **********
8604 GCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTAAA
126 ACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
** * * * *
8647 TTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAACT-CTTGCCTTGAAAAACGTGTAGAA
1 --TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
* **
8711 AAAGCTAGTT-GTTGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGTC-GCCCATTCCTTCAAAAGTTTTATTA
62 AAAGC-A-TTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAG-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * ******
8772 CTCGTTTTAAATAGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNN
123 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAAA
*** * * * * *
8819 NNNTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGACTCTAAGTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAACAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAA-AA
* * * * * * * *
8884 AGCCTTCATCGTCAAGAAAAATCCATTTACAGTCA-CTCATTCCATCAAAAGCCTTATTGCT-AG
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-
* * * *
8947 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAATT-TA
127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * *
8988 GTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
9053 TGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CAACCTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGC
65 -GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
********** *
9116 TTTAAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAA
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * *
9157 TATTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAAGTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAA
1 T-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAA
* * * * * * *******
9222 AAGCATTCATCGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCATCAAAAGCCTTATNNNNNNN
63 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*** * * *
9287 NNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTT-TA
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * ** ***
9327 GTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTTGANNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-------------GAA
*****************************************************************
9392 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
52 ACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCC
***** **** * * * * ** * * * ** *
9457 NNNNNAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCTAATT
117 TTATTACTCACTT-TAAAT-AGTTT-TATAATCTCATAAT-T---GATT--TTAA--GT-TAA-A
** * * * ** **
9522 TTTTTTAGTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGATGAGAAATATGAAGAAAAA
1 TTTTTTA-CATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * ** *
9587 GGTATTCATTGGCAAGAATCA-TCCATTAATAGTCA-CCTATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
65 -GCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
9650 TTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAA-ATAGAA
127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA
** * * * *
9692 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACTA-ACCATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACGTGCAGAAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAA
* * * * * *
9755 AACCTATTTATTTGG-AATAAAAGTCCATTTATAGTC-TCACATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT
63 AAGC-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * *
9818 TGCCTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATT
125 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT-AA-A
* ** ** ** * * * *
9864 TTTTTTATATTTTTATTTAAAATGGACTATAATTGAACT-CATGCC-TCAAAAGACGTGTAGAAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTTTACCTTGAGAA-ACGTGAAGAAA
** * * * * * *
9927 AAGCTATTTGTTGAGAAAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCA-CCGATTCCTTTAAAAGCCTTGTTAC
63 AAGC-ATTCATTG-G-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * **********
9991 TTGCTTCAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAA
124 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA
** * * ** * * * * *
10036 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGCCTGCC-TCAGGAGACATGTAGAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAA
* * *
10100 ACCCACTT-ATTCGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTTATTCCTTCAAAAGCCTTACATTA
64 A-GCA-TTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTT--ATTA
* * * * *
10162 CTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TTAAATTGATTTTAATTTGAAT
123 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * * * *
10209 TTTTTTACGTTTTTAGTTAAAATAAACTATACTTGAATGTTTAACTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAA
* ** * * * *
10274 AGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTACCGTTATCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
10339 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
129 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* *
10379 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * *
10444 TACATTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAATCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACT
65 -GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *********
10509 GTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNN
129 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTAAA
* * * * * * * *
10550 TTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTAAATGTCTACGTCGAGAAACTTGAAGAAAAA
1 TTTTTTA-CATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAA
* * * * * * * **
10615 AGCACTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTC-TCTTATTCTTTCAAGAGCCTTATTACTCGT
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* ********** * *
10679 TTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAGGTTCAATT
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-A
* * *** * *
10722 TTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCCCAAGAAACATGAGGAAAAA
1 TTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
10787 CGCTTTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACT
65 -GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
10852 TTAAAT-GATTTTATAATTTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATCT
129 TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--A
* * * * * * *
10895 TTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACATTGAGAAAAGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * ***
10960 GCATTTATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATTGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGNN
65 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
********* *
11024 NNNNNNNNCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT
129 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-A
*** * * *
11066 TTTTTTACATTATCAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAT
1 TTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-
* ********** * *
11131 GGCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCAC
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
11195 TTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATTA
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--A
* * * * * * ***
11239 TTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGTGAAACATGAAGANNNN
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGA-AAA
*************** * * * *
11303 NNNNNNNNNNNNNNNGAAAAGT-TCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
11367 TTTAATTGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * ** *
11408 TTTTTTTCAATTTTTTGGTTAAAATAGATTATAAATGAAAGTGTACGATGAGAAACATGAAGGAA
1 TTTTTTAC-A--TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAA-GAA
* * * * * * * *
11473 AAGGCATTCGTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCTTTTTTTCTC
62 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
11537 GCTTTAAATAGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
126 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAA
* * * * *
11581 TTTTTTACATTATTGGGTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AAAAACGTG-AGAAAA
1 TTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAACGTGAAG-AAA
** * * * * ********** *
11644 AATATATTAATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTC-TCTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTT
63 AA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * * * *
11708 GTTTTAAATGGTTTTATATTCGCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
126 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * ** ** *
11752 TTTTTTACGTTTGTTGTTAAAATTGACTATAATTGAACT-CATACC-TCAGAAAACGT-ATAGAA
1 TTTTTTACATTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTTTACCTTGAG-AAACGTGA-AGAA
* * **********
11814 AAAGCTATTCGTTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAANNNNNNNNNN
62 AAAGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
11877 TCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
124 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * *
11922 TATTTTAAACTTTTGATTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAA
* * * *
11987 TGCATTCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT-AN
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-
********* * * *
12050 NNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTTAA
127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * *
12092 TTTTTTACCTTTTTCGTTAAAAGCA-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAA
1 TTTTTTA-CATTTTGGTTAAAA-CAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * *
12156 ATACTTTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTT-AGAAAGCCTTATTACTAA
64 A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCA
* ********** *
12220 CTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTCAAT
127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * * *
12263 TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAA
* ** * *
12328 AGCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCTTCCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCACT
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
*
12393 TTAAATCA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA
129 TTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * **
12433 -TTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAAAATGTCTAGAAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * ** *
12497 CCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCTATTCCTTCGAAAGATTTATTACTCG
65 -GCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
12560 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTTAA
127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
** * * **
12602 -TTTTT---TTTT-ACTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAT
1 TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-
* * * * * *
12662 GCTTTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGCCA-CTCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCACT
65 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
********** * * *
12726 TTAAATAGTTNNNNNNNNNNAAAATTAATTTTAAGTTCAAT
129 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * ** **
12767 TTTTTTACCTTTGTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTATATCAAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAA
* * * * ** * ** *
12832 AGCATTTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTATTATTACTCGCT
64 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
********** *
12897 TTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
129 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * ** * * * * *
12937 TTTATATA-TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTAGAGAAATGTGTAGAAAAA
1 TTT-TTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * ** * * *
13001 CCCATTTATTTGG-AAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGCCTTATTACTCG
65 -GCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
13064 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAT
127 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
Statistics
Matches: 3841, Mismatches: 1252, Indels: 429
0.70 0.23 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 105 0.03
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166 5 0.00
167 3 0.00
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183 6 0.00
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190 2 0.00
192 2 0.00
193 1 0.00
195 39 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
Found at i:9993 original size:174 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9633--10539 Score: 477
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
9623 CTATTTTTTC
* **
9633 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAATAGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAATAGAATTTTTT
* *
9698 ACATTTTTTATTAAAACTAACCATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGCAGAAAAACCTATT
66 ACATTTTTTATTAAAACTAACCATAATTGAATCTCTACCTCAGAAAACGTGCAGAAAAACCTATT
* * * *
9763 TATTTGGAATAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCTTG
131 TAGTTGGAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACACATTCCTTG
** * * *
9803 AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAATAGAATTTTTT
** * * * * *
9868 TTATATTTTTATTTAAAA-TGGACTATAATTGAA-CTCATGCCTCA-AAAGACGTGTAGAAAAAG
66 ACAT-TTTTTA-TTAAAACT-AACCATAATTGAATCTC-TACCTCAGAAA-ACGTGCAGAAAAAC
*
9930 CTATTT-GTTGAGAAAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCAC-CGATTCCTTT
126 CTATTTAGTTG-G--AAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACAC-ATTCCTTG
* ********** * *
9977 AAAAGCCTTGTTACTTG-CTTCAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTTGCCTT-AAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAATAGAATTTTT
* ** * * * * * *
10041 TACATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGC-CTGCCTCAGGAGACATGTAGAAAAACCCA
65 TACATTTTTTATTAAAACTAACCATAATTGAAT-CTCTACCTCAGAAAACGTGCAGAAAAACCTA
* * * * * ** *
10105 CTTA-TTCGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTC
129 TTTAGTT-GGAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACACATTCCTTG
* * * * * *
10147 AAAAGCCTTACATTAC-TCCCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TTAAATTGATTTTAATTTGAATT
1 AAAAGCCTT--ATTACTTGCC-TTAAATGGTTTCATAATCTCAT-AATTCATTTTAAATAGAA-T
* * * * * * * * *
10210 TTTTTAC-GTTTTTAGTTAAAA-TAAACTATACTTGAATGTTTAACT-TGAGAAATGTGAAGAAA
61 TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACT-AACCATAATTGAATCTCTACCTCAGA-AAACGTGCAG-AA
* * * * * ** * * *
10272 AAAGC-ATTCA-TTGGCAAGAAAACTCTATTTACCGTTATC-CATTTCTTT
122 AAACCTATTTAGTTGG-AAAAAAAGTCCATTTAGAGTCA-CACATTCCTTG
** * * * * * **
10320 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAATAGAATTTTTT
* * * * * *
10385 ACATTTTTTGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTTTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAATAC-
66 ACATTTTTTATTAAAACTA-ACCATAATTGAATCTCTACCTCAGA-AAACGTGCAGAAAAA-CCT
* * * * * * * * *
10447 ATTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAATCCTTG
128 ATTTAGTTGGAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACACATTCCTTG
* * * * *
10490 AAAAGCCTTATTACTT-ACTGTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
1 AAAAGCCTTATTACTTGCCT-TAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTT
10540 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 117, Indels: 80
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 212 0.37
171 64 0.11
172 125 0.22
173 87 0.15
174 84 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAATAGAATTTTTT
ACATTTTTTATTAAAACTAACCATAATTGAATCTCTACCTCAGAAAACGTGCAGAAAAACCTATT
TAGTTGGAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACACATTCCTTG
Found at i:10383 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9462--13094 Score: 2030
Period size: 172 Copynumber: 21.3 Consensus size: 171
9452 NNNNNNNNNN
* *
9462 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TCTAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AA-TTTTT
** * * * ** ** * *
9526 TTAGTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGATGAGAAATATGAAGAAAAAGGTA
64 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCA
* * * * * **
9591 TTCATTGGCAAGAATCA-TCCATTAATAGTCACCTATTTTTTCA
129 TTCATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
* * * * * **
9634 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAATAGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
** * * *
9698 ACATTTTTTA-TTAAAACTA-ACCATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACGTGCAG-AAAAACC
66 ACA-TTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAAGC
* * * * *
9759 TATTTATTTGG-AATAAAAGTCCATTTATAGTCT-CACATTCCTTGA
128 -ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
* * * * *
9804 AAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTCAA-TTTTT
* * * * * * * * *
9868 TTATATTTTTATTTAAAATGGACTATAATTGAA-CTCATGCC-TCAAAAGACGTGTAG-AAAAAG
64 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAA-ACGTGAAGAAAAAAG
** * * * * * * *
9930 CTATTTGTTGAGAAAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCGATTCCTTTA
127 C-ATTCATTG-G-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
* * * ********** * **
9978 AAAGCCTTGTTACTTGCTTCAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * * **
10042 ACATTTTTTA-TTAAAACT-GATTATAATTGAATGCCTGCC-TCAGGAGACATGTAGAAAAACCC
66 ACA-TTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAAGC
**
10104 ACTT-ATTCGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CTTATTCCTTCA
128 A-TTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
* ** * *
10148 AAAGCCTTACATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTTTAAATTGATTTTAATTTGAATTTTT
1 AAAGCCTT--ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * * * *
10213 TTACGTTTTTAGTTAAAATAAACTATACTTGAATGTTTAACTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCA
64 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCA
* ** * * *
10278 TTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTACCGTTATCCATTTCTTTA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
*
10321 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * *
10385 ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATA-CAT
66 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCAT
* * ** * *
10449 TCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAATCCTTGA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
** * * **********
10491 AAAGCCTTATTACTTACTGTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * * *
10556 ACCTTTTTGGTTAAAACT-GATTATAATTAAATGTCTACGTCGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCAC
66 ACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
* * ** *
10620 TCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCT-CTTATTCTTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
* * ********** *
10662 AGAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAGGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTT
* * * * * *** * * * *
10727 TACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCCCAAGAAACATGAGGAAAAACGCTT
65 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
* * * *
10792 TTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATTCCTCCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
* * * *
10834 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATCTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTT
* * * *
10899 TTACTTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACATTGAGAAAAGTGAAG-AAAAAGCA
64 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCA
* * * * *
10963 TTTATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATTGTCT-CTCATTCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
*********** *
11006 AAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTT
* * * * * ** **
11071 TACATTATCAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAATGGCNN
65 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
******** * * *
11136 NNNNNNNNAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCG
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
* * * *
11178 AAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTT
* * * * * *********
11243 TTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGTGAAACATGAAGANNNNNNNNN
65 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
********** *
11308 NNNNNNNNNNGAAAAGT-TCATTTATAGTTACCCATTCCTTTA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
* * *
11350 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * ** * * *
11415 -CAATTTTTTGGTTAAAATAGATTATAAATGAAAGTGTACGATGAGAAACATGAAGGAAAAGGCA
66 AC-A-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCA
* * * * * *
11479 TTCGTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
11522 AAAGCTTTTTTTCTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * **
11587 ACATTATTGGGTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AAAAACGTG-AGAAAAAATATA
66 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAA-GCA
* * * * ********
11650 TTAATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCT-CTCANNNNNNNN
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
** * * * * * * *
11693 NNAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATATTCGCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * *
11758 ACGTTTGTT-GTTAAAATTGACTATAATTGAA-CTCATACC-TCAGAAAACGT-ATAG-AAAAAG
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* * * *
11818 CTATTCGTTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCA
127 C-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
********** * * * * *
11864 AAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * ** * * *
11928 AAACTTTT-GATTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAATGCAT
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* * *
11992 TCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCATCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
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12034 AAAGCCTTATTACTANNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTTAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * * *
12098 ACCTTTTTCGTTAAAAGCA-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAATA-CT
66 ACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCA
* **
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** **********
12203 GAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTCAATTTTTT
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* * * * * *
12268 TACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
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* * *
12333 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCT-TCCATTCTTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
* * ** * * *
12375 AAAGCATTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * * * ** **
12438 AAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGAAAAATGTCTAGAAAAACCCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
* * * *
12502 TTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCG
130 TCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
** * * * *
12544 AAAGATTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTTAA---TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * ** * *
12606 ---TTTTTA-CTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCTTT
66 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * ** * * *
12667 CATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGCCACTCATTTCTTGA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
* * ********** *
12708 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * ** **
12773 ACCTTTGTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTATATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * * *
12838 TATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCTTTCA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
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12879 AAAGTATTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * **
12944 A-TTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTACCTAGAGAAATGTGTAGAAAAACCCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
* * *
13006 TTATTTGG-AAGAAAAGT-TCATTTATAGTCT-CCCAATACTTCA
130 TCA-TTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGT-TACCCATTCCTTCA
* *
13048 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
Statistics
Matches: 2623, Mismatches: 737, Indels: 205
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
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ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
Found at i:12760 original size:504 final size:502
Alignment explanation
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12109 TAAAAGCAAT
* *
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* *******
12184 TATAGCCACCCATTCCTTAGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNN
66 TATAGCCACCCATTCCTTAGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATC--AAAATTA
* * * *
12249 NTTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCGAGA
129 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTACCTTTGTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCAAGA
* *
12314 AACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCTTCCATTCTTTCAAAA
194 AACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAA
* *
12378 GCATTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAAATT
258 GCATTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATAAATT
* * *
12443 TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAAAATGTCTAGAAAAACCCATTTATTT
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* * * * *
12508 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCGAAAGATTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
388 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
12573 TATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTTTACTAAAATAGAC
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* * *
12623 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCTTTCATTGACAAGAAAAATCTATT
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* * * ********
12688 TATAGCCACTCATTTCTT-GAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNAAAATT
66 TATAGCCACCCATTCCTTAG-AAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTT--TTATAATCAAAATT
* * *
12752 AATTTTAAGTTCAATTTTTTTACCTTTGTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTATATCAAG
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* *
12817 AAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAA
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* * ********** * *
12882 GTATTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATATATT
258 GCATTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATAAATT
* * *
12947 TTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTAGAGAAATGTGTAGAAAAACCCATTTATTT
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* *
13012 GGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
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13077 TATAATCTTATAATTGAT
453 TATAATCTTATAATTGAT
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 64, Indels: 8
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
503 6 0.01
504 398 0.99
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (502 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATACTTTCATTGACAAGAAAAATCTATT
TATAGCCACCCATTCCTTAGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCAAAATTAAT
TTTAAGTTCAATTTTTTTACCTTTGTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAA
CGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCA
TTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATAAATTTTT
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AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAATACTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTTATAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTTTACTAAAATAGAC
Done.