Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397488.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2209.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13023
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 2528 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2381 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 1957--2810 Score: 601
Period size: 172 Copynumber: 5.0 Consensus size: 174
1947 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1957 TATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTATGAAGAAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGAACTTTTC
* ** * * * **********
2022 TTGCCAGTGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTCAAGATANNNNNNNNNNTATAA-TCTGTTTTAA
66 TTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACTCTGTTTTAA
* * * *
2086 CCAAAAATGTGAAAAACAAAATTGAACTTAAAA-TCAATTTTGAGTT
131 CCAAAAATGT--AAAA-AAAATTAAACATAAAATTCAATTATGAGAT
********** * * ** * *
2132 TATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAAT-AGACTTTG
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGA-ACTTTT
* *
2196 CTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACT-TGTTTTA
65 CTTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACTCTGTTTTA
*
2260 ACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAAC-TAAAATTCAGTTATGAGAT
130 ACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACATAAAATTCAATTATGAGAT
* * * * * *
2304 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATGGATTTTGAAAGAATGGGAGACCATAAATTAACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGAACTTTTC
* * * ** * *
2369 TTCCCAATGAATG-GCATTTTCTAT-GCGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTGTAA-TCAT-TTT
66 TTGCCAATGAATGCG-TTTTTCT-TCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACTC-TGTTT
* * *
2430 TAACCAAAAATG-AAAAACAATTTAACTTAAAATT-AATTATGAGAT
128 TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACATAAAATTCAATTATGAGAT
********** *
2475 TATAAAACCATTTAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAATGGGTGGCCATAAATGAACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGAACTTTTC
* * ** * * * *
2540 TTACCAATGAATGCCTTCCTATTCATGTTTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAA
66 TTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACTCTGTTTTAA
* * *
2604 CCGAAAATGTAAAACAAATTAAACATAAAA-TCAATTTTGAGAT
131 CCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACATAAAATTCAATTATGAGAT
* *********** *
2647 AATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGAACTTTTC
* * * *
2712 TTGCCAATGAATACG-TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTTAATTAT-AGTCTGTTTTAA
66 TTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACTCTGTTTTAA
* *
2775 CAAAAAATGT--AAAAAATTCAACATAAAA-TCAATTAT
131 CCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACATAAAATTCAATTAT
2811 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 132, Indels: 36
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.04
170 3 0.01
171 180 0.34
172 217 0.41
173 7 0.01
174 1 0.00
175 100 0.19
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (174 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGAACTTTTC
TTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACTCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACATAAAATTCAATTATGAGAT
Found at i:2530 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2182--2810 Score: 489
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
2172 ATAAGTGACT
* * * * *
2182 ATAAA-TAGACTTTGCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
1 ATAAATTA-ACTTTTCTTACCAATGAATG-GCTTTTCTATACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* *
2246 TATAA-CTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTAAAATTCAGTTATGAGATTATAAA
64 TATAATC-TGTTTTAACCAAAAATG-AAAAACAATTAAACTAAAATT-AATTATGAGATTATAAA
*
2310 ATCATTTAAAGCGAGTAATATGGATTTTGAAAGAATGGGAGACC
126 ACCATTTAAAGCGAGTAATATGGATTTTGAAAGAATGGGAGACC
* * * *
2354 ATAAATTAACTTTTCTTCCCAATGAATGGCATTTTCTATGCGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATT
1 ATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTCTATACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* *
2419 GTAATCAT-TTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
65 ATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTAAAC-TAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
*********** * * *
2483 CATTTAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAATGGGTGGCC
128 CATTTAAAGCGAGTAATATGGATTTTGAAAGAATGGGAGACC
* * * * *
2525 ATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTCCTATTCATGTTTGTTGAGGTAGACATTCAAT
1 ATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCTA-T-ACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
2589 TATAATCTGTTTTAACCGAAAATGTAAAACAAATTAAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAA
64 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAC-AATTAAAC-TAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
*********** * * * *
2654 CCATTTANNNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACC
127 CCATTTAAAGCGAGTAATATGGATTTTGAAAGAATGGGAGACC
** * * * * *
2697 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACGTTTTCT-TCACGTTTCTTAAGGTAGATATTTAAT
1 ATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
2760 TATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACATAAAATCAATTAT
64 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTAAAC-TAAAATTAATTAT
2811 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 70, Indels: 21
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 25 0.07
170 4 0.01
171 176 0.47
172 165 0.44
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATAAATTAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCTATACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTAAACTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATATGGATTTTGAAAGAATGGGAGACC
Found at i:3720 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2911--4433 Score: 919
Period size: 174 Copynumber: 8.9 Consensus size: 169
2901 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2911 AAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATAGACCTCTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * ** * * * *
2976 TAGTGAATACCTTTTTCTTCACATTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAA-TAAA
66 CAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AA
* *
3040 AAATGTAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AAATGTAAAA-AAA-TCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** * * *
3082 AAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
3146 GCCAGTGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACTTTCAATTATAATATGTTTTAACCA
64 GCCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * *
3211 AAAATGTGAAAAAAAAATTAAACTTTAAATCAATTTTGAGTTTAT
129 AAAATGT---AAAAAAATCAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ********** *
3256 AAAACCATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTGCTT
1 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * ** *
3320 GCCAATGAATGTGTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA-TC
64 GCCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-
* * *
3384 AAAAATGTAAAAAAATTAAACTAAAATTCAGTTATGAGATTAT
128 AAAAATGTAAAAAAATCAAATTAAAA-TCAATTATGAGATTAT
*
3427 -AA--A--TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACCATAAAT-GAACTTTTCTT
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* * *
3485 GCCAATGAATGC-ATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACTA
64 GCCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
**********
3549 AAAATGTAANNNNNNNNNNTTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAAATGTAAAAAAATCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * *
3590 AACACCATTTAAATTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATGAATAGACTTTTCTTG
1 AA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * *
3655 CCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTCTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
65 CCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
* * ** * *
3720 AAATATAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATTATGAGGTTAT
130 AAATGTAAAAAAATCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
3760 AAAACCATTTAGAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTAACTATAAATGGACCTTTCTTG
1 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * * * * *
3825 CCATTGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TATGAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCA
65 CCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * *
3889 AAAGTGTAAAAAAAATTTCACA-TAAAATCAAATATGAGATTAT
129 AAAATGT-AAAAAAA--TCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ********** *
3932 AAAATCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATAGACTTTTTTTG
1 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * * *
3997 CCAGTGAATGCCTTTTTCTTTAGGTTT-TTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTCTAACTA
65 CCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * * * *
4061 AAAATGTGAAGAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTTAGTTTAT
129 AAAATGT--A-AAAAAA-TCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ********** *
4106 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTNNNNNNNNNNAGTGACTATAAATAGACTTTGCTT
1 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * * ** * * *
4170 ACCAATGAATGTATTTCTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTCTTAACCA
64 GCCAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * * * *
4235 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAATTTAGTTATGAGATTAT
129 AAAATGTAAAAAAA-TCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * * *
4277 AAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTTCAAAGAATGAGA-AACCATAAAT-GAACTTTTCT
1 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* * * * * * *
4340 TCCCAATGAATG-GTTTTTTCTACATGTTTCTTCAGATA-AGCATTCAATTGTAGTCTGTTTTAA
63 TGCCAATGAATGCG-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAA
*
4403 -TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
126 CT-AAAAATGTAAAAAAA-TCAAATTAAAATC
4434 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1039, Mismatches: 274, Indels: 77
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 15 0.01
164 61 0.06
165 50 0.05
167 3 0.00
168 2 0.00
169 60 0.06
170 189 0.18
171 175 0.17
172 230 0.22
173 17 0.02
174 231 0.22
175 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
CAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
AATGTAAAAAAATCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:4007 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2911--4135 Score: 591
Period size: 172 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
2901 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
2911 AAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATAGACCTCTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * **
2976 TAGTGAATACCTTTTTCTTCACATTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTGTAATAAAA
66 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * *
3041 AATGTAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
130 AA--TAAAAAAAATTCAGCATAAAATAAATTATGAGATTATA
*********** ** ** * *
3083 AAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * ** * *
3148 CAGTGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACTTTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
66 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * * * *
3213 AATGTGAAAAAAAAATTAAACTTTAAATCAATTTTGAGTTTATA
130 AA--T--AAAAAAAATTCAGCATAAAATAAATTATGAGATTATA
* * ********** * * *
3257 AAACCATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
** * * * *** * *
3322 CAATGAATGTGTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATCAAA
66 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * *
3387 AATGTAAAAAAATTAAAC-TAAAATTCAGTTATGAGATTAT-
130 AAT-AAAAAAAATTCAGCATAAAA-TAAATTATGAGATTATA
* * * * *
3427 -AA--A--TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACCATAAAT-GAACTTTTCTTG
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTG
* * * * * * * * *
3486 CCAATGAATG-CATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAA
65 CCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA
** *********** *
3550 AAATGTAANNNNNNNNNNTTAAAATCAATTATGAGATTATA
129 AAATAAAAAAAATTCAGCATAAAATAAATTATGAGATTATA
* ** * * * * * *
3591 ACACCATTTAAATTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATGAATAGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
3656 CAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTCTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
66 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGT-TTTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * *
3721 AATATAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATTATGAGGTTATA
130 AATAAAAAAAATTCAGCATAAAATAAATTATGAGATTATA
* * * * * *
3761 AAACCATTTAGAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTAACTATAAATGGACCTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* *
3826 CATTGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTTATGAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAA
66 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTT-TGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
*
3891 AGTGTAAAAAAAATTTCA-CATAAAATCAAA-TATGAGATTATA
130 A--ATAAAAAAAA-TTCAGCATAAAAT-AAATTATGAGATTATA
* ********** *
3933 AAATCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATAGACTTTTTTTGC
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
3998 CAGTGAATGCCTTTTTCTTTAGGTTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAA
66 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTTT-GAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* * * * * * *
4063 AATGTGAAGAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTTAGTTTATA
130 AA--T-AA-AAAAAATTCAGCATAAAATAAATTATGAGATTATA
* * * *
4107 AAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTT
4136 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 208, Indels: 50
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 17 0.02
164 56 0.07
165 50 0.06
167 2 0.00
169 61 0.07
170 184 0.22
171 28 0.03
172 233 0.28
173 14 0.02
174 174 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC
CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA
ATAAAAAAAATTCAGCATAAAATAAATTATGAGATTATA
Found at i:4924 original size:172 final size:164
Alignment explanation
Indices: 4534--5031 Score: 439
Period size: 172 Copynumber: 2.9 Consensus size: 164
4524 NNNNNNNNNN
* * *
4534 TTTGAAGGAATGGATGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTATTCATGTCT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTT
* * *
4598 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT--AAAAAATTCAGGTTAAAAT
65 C-TGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCA--ATAAAAT
* * *****
4661 GAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAANNNNNNNNNNAAGGCT
127 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-----AGCGGAAGGCT
* * * *
4704 TTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGA-TCTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTT
*
4768 CATGAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAACAAATTCACATAAAAT
65 C-TGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-AAATTCA-ATAAAAT
* *****
4833 CAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGNNNNNNNNNNT
127 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGG-----AAGGCT
* * *
4876 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGAATGCCTTTTTCTTCAGGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTC
* * * * *
4941 TCGAGGTAGAC-TTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTGAAAAAAAAATTGAACTCAAA
66 T-GAGGTAGACATTT-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT--AAAAAAAATTCAA-T-AAA
* *
5005 ATCAATTCTGAGATAATAAAACCATTT
125 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
5032 TAAGTGAGTA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 41, Indels: 30
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 94 0.35
171 4 0.01
172 124 0.46
173 15 0.06
174 32 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (164 bp):
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTC
TGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAATAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGAAGGCT
Found at i:6803 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6085--7158 Score: 1066
Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
6075 NNNNNNNGCT
* * * * * *
6085 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTGAAAATGT-AAATA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * *
6149 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGTGTAATAAAACTTTTAAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGG
** *
6214 AATGGGA-GACTATAAAT-AGACTTTGATTCCCAATGAATGCC
131 AAT-GGATGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * * * * *
6255 TTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAACTATACAAAG
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAA
* * * * ** * *
6320 AATTCAAATTAAAATCAATTTAGAAATTATCAAGTCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCCTTTTGAT
65 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTTAAA
* * *
6384 GGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCTAATGAATGCC
129 GGAATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * *
6427 TTTTTCTAT-ATGTTTCTTAAAGAAGACATTCAATTATAGTT-TGTTTT-AGTCAAAAATGTAAA
1 TTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-TTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * ** * * * *
6489 AAAATTCAACCTAAAATCAATTGTT-AGTTTATAAAATTATTTAAAGTAAGTACTAAGGCTTTTG
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTA
*** * * * * * * *
6553 AAGCCTTAG-TGACTAAAAATGGAC-TTCCTGTTCCAATGGATGGC
127 AAGGAATGGATGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGAATGCC
* * * * * * *
6597 TTTTGT-TCCATGTTCCCTAAGGAAAACATTCAATTATATTCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
1 TTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
*
6660 AATTCAACTTAAAATCAATTTT-ACGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAGA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAA
* *
6724 GGAGTGGATGACTATAAATGAACTTGTCTTGCCAATGAATGCC
129 GGAATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * *
6767 TTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGCAAAG
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAA
* * * **
6832 AATTCAAATTAAAACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATTCTTTTAAAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAG
6897 GAATAGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG-ATGCC
130 GAAT-GGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * *
6938 TTTTTCTTCATATTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATAATT-TGTTTAAACTAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT-ATTCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAA
* * * * * * *
7002 AAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGACTAATAAGGGTTTTAA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAA
** * * * *
7067 AAAAATGGTTGACTATAAAT-ACACTTTTATTACCAATGAATGCA
128 AGGAATGGATGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* ** *
7111 TTTTTCTTCATGTCTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTA
7159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 132, Indels: 55
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 65 0.09
170 188 0.25
171 123 0.17
172 315 0.42
173 49 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGG
AATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
Found at i:10307 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9682--11596 Score: 723
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 172
9672 ACCTTTAATA
* * * * * * *
9682 AGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTC-ACATAAAATTAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * ** * * *
9746 ATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGCTTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAAT
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAAAT
** ** * *
9811 GGACTTTTCTTGCCAGTGAATGTCTTTTTCTTCAAGTTTC-TC
130 GGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * * * * *
9853 AAGGTGGACTTTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTGAAAAAAAAAATTGAACTTAAAAT
1 -AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT---AAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ********** * * * * *
9918 CAATTTTGAGTTTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-CAAGGAATGAGTGACTAT
62 CAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCAT
* * * * * * * * *
9982 AAATAGACTTTGT-TTACCAATGAATGCATTTCTCTTCACGTTTCTTA
126 AAATGGACTTT-TCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * * * * *********** * *
10029 AGGTAGACATTCAATTATAGCCTATCTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATNNNNNNNNNNTTTAGT
1 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
10093 TATGAGATTATAAAATCATGTT-AAGTGAGTAATAAAGATTTTGAAAG-AATGAGAGACCATAAA
66 TATAAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAAA
* * ***
10156 TGAACTTTTCTTCCCAAAGAATGGTTTTTTCTACATGTTTCTTC
129 TGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * *
10200 AGGTA-AGCATTCAATTGTAGTATGTTTTAA-TGAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
10262 TTATGAGATTATAAGACCCTTTAAAGCGAGTAATCAGGTTTTTG-AAGAAATGAGAGACTATAAA
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAAA
* * ** * * *
10326 TGGATTTTTCTT-TCAAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCCTA
129 TGGACTTTTCTTGCCAAA-GAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * * *
10370 AGG-AAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATATAAGAAAAATTCAACTTAAAATCA
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** * *
10433 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-ATAGGGATGAGTGACTATAA
64 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAA
* * * *
10497 ATGGACTTTTATTGACAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-TC
128 ATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * *
10541 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAGAATTCAA-TTAAAATCAA
1 -AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * ** * *
10605 TT-TAAGAATTATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTGATGGAAATCGATGACAACAT-
65 TTATAAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGCTTTTGAAAGAAAT-GA-GAGACCATA
* * * * *
10668 AATGGACCTTTCTTGCTAATAGAATACCTTTTTCTATATATTTCTTG
127 AATGGACTTTTCTTGCCAA-AGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * * * * *
10715 AAGTAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAGT
1 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
********* *
10779 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAAG-AAT-AG-GTAACTATAA
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAGGCTTTTGAAAGAAATGAGAG--ACCATAA
* * ** * ** *
10841 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTCATTCTTCACATTTC-AC
128 ATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * * * * * * * ******
10885 AATGCAAACAATCAATTATAATTTG-TTTAACCAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAANNNNNN
1 -AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
***** * * *
10948 NNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGCAAAT----GACTATAG
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAG-AAATGAGAGACCATAA
* ** * * * * *
11008 ATGGACTTTTTTTGTTAATGAATGTCTTTTTTCTACACGTTTCTTA
128 ATGGACTTTTCTTGCCAAAGAAT-ACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* * * * * * * * * *
11054 AGGAAAAAATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTTAAACATAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ********** ** * * *
11119 TATGAGATAATNNNNNNNNNNAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAAT
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAAAT
* * * * * *
11183 GGAAC-TTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCGA-GTTTCTTA
130 GG-ACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTAC-ATGTTTCTTC
* * ********** * *
11226 AGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAA-NNNNNNNNNNAAAAACATTCAACTTAAAATGAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
11290 TATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-AAATGAGTGGCTATAAAT
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAAAT
* * * * *
11354 GGACTTTTCTT-TCAAATGAATAACTTTTTCTGCACGTTT-TCTA
130 GGACTTTTCTTGCCAAA-GAATACCTTTTTCTACATGTTTCT-TC
* * * ********** *
11397 AGG-AAAGTATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAA-NNNNNNNNNNTTTAACTTAAAATCA
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** ** * * *
11459 ATTATGAGATTAT-AAACCATTTACAGCAAGTAGTAAGGCTTTT-TTAGGGATGGGTGACTATAA
64 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAA
** ** *
11522 ATGGACTTTTCTTGGTAATTAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-TC
128 ATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
* *
11566 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
1 -AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
11597 GATCAATTTT
Statistics
Matches: 1303, Mismatches: 379, Indels: 124
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 26 0.02
168 31 0.02
169 30 0.02
170 334 0.26
171 358 0.27
172 257 0.20
173 123 0.09
174 15 0.01
175 120 0.09
176 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGCTTTTGAAAGAAATGAGAGACCATAAATG
GACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTACATGTTTCTTC
Found at i:10495 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10092--11596 Score: 768
Period size: 170 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
10082 NNNNNTTTAG
* * * * * *
10092 TTATGAGATTATAAAATCATGTT-AAGTGAGTAATAAAGATTTTGAAAGAATGAGAGACCATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
* * ** * * *
10156 TGAACTTTTCTTCCCAAA-GAAT-GGTTTTTTCTACATGTTTCTTC-AGGTAAGCATTCAATTGT
65 TGGACTTTTCTT-TCAAATGAATACCTTTTTT-TACATGTTTCCTCAAGGAAAGCATTCAATTAT
* *
10218 AGTATGTTTTAATGAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
128 AGTCTGTTTTAATAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
10262 TTATGAGATTATAAGACCCTTTAAAGCGAGTAATCAGGTTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
* **
10327 GGATTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCCT-AAGGAAAGCATTCAATTATAGT
66 GGACTTTTCTTTCAAATGAATACCTTTTTTTACATGTTTCCTCAAGGAAAGCATTCAATTATAGT
* *
10391 CTATTTTAATAAAAAATATAAGAAAAATTCAACTTAAAATCAA
131 CTGTTTTAAT-AAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
10434 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-ATAGGGATGAGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGAGACTATAAA
* * *
10498 TGGACTTTT-ATTGACAATGAATACCTTTTTCTT-CATGTTT-CTCAAGG-TAGACATTCAATTA
65 TGGACTTTTCTTTCA-AATGAATACCTTTTT-TTACATGTTTCCTCAAGGAAAG-CATTCAATTA
* *
10559 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAGAATTCAA-TTAAAATCAA
127 TAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
10605 TT-TAAGAATTATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCCTTTGATGGAAATCGATGACAAC-A
1 TTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AAT-GA-GA-GACTA
* * * * * * * * * * *
10667 T-AATGGACCTTTCTTGCTAATAGAATACCTTTTTCTATATATTTCTTGAAGTAGA-CATTTAAT
61 TAAATGGACTTTTCTTTCAAAT-GAATACCTTTTTTTACATGTTTCCTCAAGGAAAGCATTCAAT
* * * *
10730 TATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAG
125 TATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ********** *
10778 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAAGAAT-AG-GTAACTATAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG--ACTATAA
* * * * * * * *
10841 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTCATTCTTCACA--TTT-CACAATGCAAA-CAATCAATT
64 ATGGACTTTTCTTTCAAATGAATACCT--TTTTTTACATGTTTCCTCAA-GGAAAGCATTCAATT
* * * * ******
10902 ATAATTTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAANNNNNN
126 ATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
**** * * * *
10948 NNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAA--A-TGACTATAGAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
** ** * * ** *
11010 GGACTTTT-TTTGTTAATGAATGTCTTTTTTCTACACGTTT-CTTAAGGAAAAAATTTAATTATA
66 GGACTTTTCTTT-CAAATGAATACCTTTTTT-TACATGTTTCCTCAAGGAAAGCATTCAATTATA
* * * * *
11073 ATATGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTTAAACATAAAATCAA
129 GTCTGTTTTAA-TAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ********** ** * *
11118 TTATGAGATAATNNNNNNNNNNAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTG-GTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAA
* * * * * * *
11182 TGGAAC-TTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTT-CGA-GTTT-CTTAAGG-TAGACTTTCAATT
65 TGG-ACTTTTCTTTCAAATGAATACCTTT-TTTTAC-ATGTTTCCTCAAGGAAAG-CATTCAATT
* ********* * *
11242 ATAATCTGTTTTAANNNNNNNNNNAAAAACATTCAACTTAAAATGAA
126 ATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** * *
11289 TTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGGCTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
* * * * * *
11354 GGACTTTTCTTTCAAATGAATAACTTTTTCTGCACGTTTTCT-AAGGAAAGTATTCAATTATAGT
66 GGACTTTTCTTTCAAATGAATACCTTTTTTTACATGTTTCCTCAAGGAAAGCATTCAATTATAGT
* ********** *
11418 CTATTTTAATGAAAAANNNNNNNNNNTTTAACTTAAAATCAA
131 CTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** * * *
11460 TTATGAGATTAT-AAACCATTTACAGCAAGTAGTAAGGCTTTTTTAGGGATGGGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
*** * *
11524 GGACTTTTCTTGGTAATTAATACCTTTTTCTT-CATGTTT-CTCAAGG-TAGACATTCAATTATA
66 GGACTTTTCTTTCAAATGAATACCTTTTT-TTACATGTTTCCTCAAGGAAAG-CATTCAATTATA
* *
11586 ATCTATTTTAA
129 GTCTGTTTTAA
11597 GATCAATTTT
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 260, Indels: 124
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 5 0.00
167 30 0.03
168 19 0.02
169 25 0.02
170 330 0.33
171 239 0.24
172 215 0.21
173 123 0.12
174 22 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
GGACTTTTCTTTCAAATGAATACCTTTTTTTACATGTTTCCTCAAGGAAAGCATTCAATTATAGT
CTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
Found at i:10743 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10181--10806 Score: 520
Period size: 172 Copynumber: 3.7 Consensus size: 172
10171 AAAGAATGGT
* * * * * *
10181 TTTTTCTACATGTTTCTTC-AGGTA-AGCATTCAATTGTAGTATGTTTTAA-TGAAAATGTAAAA
1 TTTTTCTTCATATTTC-TCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAA
* * * * **
10243 AAAATT-AACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAGACCCTTTAAAGCGAGTAATCAGGTTTTTG
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTAAGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCCTTTG
* * * * ** * * **
10306 A-AGAAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTT-TCAAATGAATGGC
127 ATAGGAATGAGTGACAACAAATGGACCTTTATTGAC-AATGAATACC
* * * *
10351 TTTTT-TTACATGTTTC-CTAAGG-AAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAA-ATATA
1 TTTTTCTT-CATATTTCTC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAT-
* * *
10411 AGAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
62 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTAAGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT
* * * * *
10475 TTATAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGACAATGAATACC
125 TGATAGGAATGAGTGACAACAAATGGACCTTTATTGACAATGAATACC
* * *
10523 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAG
1 TTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAA
* *
10588 AATTCAA-TTAAAATCAATTTAAGAATTATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTGAT-G
66 AATTCAACTTAAAATCAATTTAAGAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTGATAG
*
10651 GAAATCGA-TGACAACATAATGGACCTTTCTTG-CTAATAGAATACC
131 G-AAT-GAGTGACAACA-AATGGACCTTTATTGAC-AAT-GAATACC
* * * *
10696 TTTTTCTAT-ATATTTCTTGAA-GTAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTA-AA
1 TTTTTCT-TCATATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAA
* *
10758 AAAATTGAACTTAAAATCAGTTATAAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TAAGAATTATAAAACCATTTAAAGCGA
10807 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 49, Indels: 45
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.01
170 46 0.12
171 65 0.17
172 157 0.41
173 99 0.26
174 11 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTTAAGAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTGATAG
GAATGAGTGACAACAAATGGACCTTTATTGACAATGAATACC
Done.