Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399609.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2862.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3973
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.09, T:0.30
Warning! 943 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1344 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1054--2200 Score: 1101
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
1044 NNNNNNNNNN
* * *
1054 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTTCTTTAAATAT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATAT
* * * *
1119 TTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATAA
* * ** * *
1184 TTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATCCA
131 TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
* *
1225 GTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTCTACTTGCTTTAAATAT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATAT
* * * * *
1290 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATAATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATAA
* **
1355 TTGATTGT-TGGCCTC-AGGAAACGGGAAGAAAAAGATATTCA
131 TTGAATGTCT-GCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
********** * * * * * * *
1396 TNNNNNNNNNNAGTCTATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAGAGGCATTTTACTCGCTTTAAATGT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATAT
* * * * *
1461 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAAATAATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATA
* *
1526 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
130 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
* ********** *
1568 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATGT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATAT
* * * *
1633 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT-TTCTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT-TTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATA
* * *
1697 ATTTAATGTCTGCCTTGGGAAAC-TGGAAGAAAAAGATATTCA
130 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACAT-GAAGAAAAAGATATTCA
* * *
1739 TTGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGGCTTTTTA-TTCGCTTTAAATA
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTT-GCTTTAAATA
* * * * *
1803 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-CATTTTTTTATATTTTTGGATAAAATAAATAATA
65 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATA
* * * * *
1866 ATTAAATTTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGATATCCA
130 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGATATTCA
* * * * ** * *
1909 GTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTC-AAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATAT
* * * * ** * * * *
1973 TTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAGGTGTTTCA-TTAAAACAGATAATT
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAT-TTTTAGTTAAAATAAATAATA
* * *
2037 GTTGAATGTCTGCCTC-AGAAAATATGAAGAAAAAGAAATTCA
130 ATTGAATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCA
** * * * * * * **
2079 TTGGCAAGAGCAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATAT
* * * *
2144 TTTTGTGATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTA-TTAAAATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATA
2201 GATTATANNN
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 166, Indels: 36
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 89 0.11
170 103 0.13
171 465 0.59
172 133 0.17
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAATAT
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATAA
TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA
Found at i:2047 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1054--2200 Score: 1295
Period size: 343 Copynumber: 3.4 Consensus size: 340
1044 NNNNNNNNNN
**
1054 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTTCTTTAAATAT
1 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATAT
* * *
1119 TTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTC-AATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAA
* * ** *
1184 TTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
130 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
1249 TCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTTCTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATGGATTTT
195 TCACCCATACCTTCAAAAGGCTTTCTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTT
* * * * *
1314 AAGTTGAATTGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGATTGT-TGGCCTCAGGAAACG
260 AAGTTGAATTTTTTTA-GATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-GCCTTAGGAAACT
1378 GGAAGAAAAAGATATTCA
323 GGAAGAAAAAGATATTCA
********** * * * *
1396 TNNNNNNNNNNAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCTTTCAAGAGGCATTTTACTCGCTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATA
* *
1460 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAAATAAT
65 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAA-TTGTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATAAATAAT
* * * * *
1525 AATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
128 AATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
********** *
1590 ANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATGGAT
193 AGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTTCTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATGGAT
* * * *
1654 TTTAAGTTAAATTTTCTT-GCATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTTAATGTCTGCCTTGGGAA
257 TTTAAGTTGAATTTTTTTAG-A-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
1718 ACTGGAAGAAAAAGATATTCA
320 ACTGGAAGAAAAAGATATTCA
* *
1739 TTGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGGCTTTTTATTCGCTTTAAATA
1 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATA
* *
1803 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTC-ATTTTTTTATATTTTTGGATAAAATAAATAATAA
65 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAA
* *
1867 TTAAATTTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
130 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ** * * *
1932 GTCACCCATACTTTC-AAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTT
194 GTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTTCTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTT
* * ** * *
1996 TAAATTGAATTTTTTTAGGTGTTTCA-TTAAAACAGATAATTGTTGAATGTCTGCCTCA-GAAAA
259 TAAGTTGAATTTTTTTAGAT-TTT-AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAAC
* *
2059 TATGAAGAAAAAGAAATTCA
322 T-GGAAGAAAAAGATATTCA
** * * * * * **
2079 TTGGCAAGAGCAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATAT
* * * * **
2144 TTTTGTGATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
2201 GATTATANNN
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 125, Indels: 32
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 223 0.34
341 53 0.08
342 104 0.16
343 277 0.42
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAAATAT
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAAT
TGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATACCTTCAAAAGGCTTTCTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTAGATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACTGGA
AGAAAAAGATATTCA
Found at i:2637 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2352--3168 Score: 658
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
2342 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
2352 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
*******
2417 AATGTCTAACTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNN
66 AATGTCTAACTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*** **
2482 NNNATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
131 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTT
* * * *
2523 TATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
2588 TATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAATATAT-CACTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 AATGTCTAACTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
2652 ACCCATGTCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
130 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTT
* *
2694 TATAATCTCATATTTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
************ * ** *
2758 AATNNNNNNNNNNTGAAATGTGAAGAAAAAGATATTAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 AATGTCTAACTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ********* * **
2823 CCCATACCTNNNNNNNNNNTT-TTACTAGCTTTAAATATTTT
131 CCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTT
** * * ** ** *
2864 TATAATCTCATAACGGATTTTAAGATCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* **** * * * * *
2929 AATGTCTACCTTTGGAAACAGGAAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
66 AATGTCTAACTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** *
2994 CCCATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTTACTTTAAAT-GTTTT
131 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-CTT
* * * * *
3035 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACA-TTTTT-TT-AAATAAATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
** ** ** * *
3097 AATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCA
66 AATGTCTAACTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
3162 CCCATGC
131 CCCATGC
3169 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 132, Indels: 15
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 75 0.15
169 2 0.00
170 136 0.27
171 295 0.58
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
AATGTCTAACTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTT
Found at i:3809 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3510--3972 Score: 549
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
3500 NNNNNNNNNN
* * *
3510 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTTGCAAGAAAA--CCTATTTCTAGTCAACCATACCTTTAAAAG
1 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAAAAG
** * * *
3573 CCGGATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
64 CCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATAT
3638 TCTTTATTAAAACAGATTATAATTG-TATGTGTACCATAAGAA
129 TCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAT-TGTGTACCATAAGAA
* *
3680 ACATGAAGAAAAAGATA-CCAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG
1 ACATGAAGAAAAAGATATCC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAAAAG
* ** * *
3744 CCTTAGTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTGATTTTGAGTTGAATTTTATTATAT
64 CCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATAT
* * * * *
3809 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTTATGAA
129 TCTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTGTACCATAAGAA
** * * * * *
3851 ATGTGAAGAAAAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTT-AAAAG-
* * * *
3916 CCTT-TTACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTCAATTTT
64 CCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
3973 T
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 39, Indels: 13
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 32 0.13
171 205 0.83
172 8 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTTAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTC
TTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTGTACCATAAGAA
Done.