Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397489.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2654.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12948
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 736 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1595 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1201--4715 Score: 3187
Period size: 170 Copynumber: 20.7 Consensus size: 170
1191 NNNNNNNNNT
* * * * * *
1201 AACTTAAAATTAATTATGGGATTAGAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * * ** * * * *
1266 GGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACTAAAGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAGGGTAGAGA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* *
1331 TTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACAATTC
130 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTC
* * *
1373 AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTTCAGAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * *
1437 GGGTGACTAGAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATATTTGTTTCTTCACGTTTCTTGA-GTAGAC
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATTT-TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
* *
1501 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCGAAAAGT-TAAAAAAATTC
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
1543 AACTTAAAATGAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGTAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCAT
* * * * * *
1607 AAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGAG
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
* *
1672 ATTCAATTATAACCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTC
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
1713 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAACGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCAT-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * * *
1777 GAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAT
66 G-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAAT--ATTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAG
* * * *
1841 ACATTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTA
127 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * *
1885 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCGTTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * * * * *
1949 GGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTATTGA-GTAAAC
66 -GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
* * *
2013 ATTCAATTATAATATGTTTTCATAAAAAATATAAAAAAATTT
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * * *
2055 AACTTAAAATCAGTTACGAGGA-TATAAAAACAATTAAAGCAAGAAATTAGGCTTTCGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * **
2119 TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAAAAGTTTTTTC-TCAACATTTCTCGAGGTAGA
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-TTTTTTCTTC-ACGTTTCTTAAGGTAGA
* * * * *
2183 CGTTCAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATA-AAAACAATTC
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
2225 AACTTAAAGTTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGTCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * *
2289 AGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATTAATATATTTTTCTTCGCGTTTCTCT-AGTTAGA
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGA
* * ** *
2353 CATTCAAGTATAATCCGTTTTAACCAAAAATA-AACAAAATTC
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
2395 AACTTAAAGTCAATTATTAGATTATTAAA-CTATTTAAAGCCAGTAATAACGCTTTTGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * ** * *
2459 AAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGAC
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
* * * * * *
2524 ATTCAACTGTAATTTATTTCAATAAAAAATATAAAAAAACTC
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
2566 AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTAGAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* ** * * * *
2630 GGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAGGTTTGTTTAGGTAGA
65 AGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
* * * ** *
2694 TATTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * ** *
2737 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCATTTAAAGTGAATAACAAGGCTAATGAAGGTAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * *
2801 AGGTGAATATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACTTTTCTTAAGTTAGTC
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
* * *
2866 ATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAACAATTT
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * * * * *
2909 AACTTCAAATCGATTTTGGGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGC-TT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* ** * * *
2973 GGATGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTGTCT-AGGCAG
66 GG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAG
* * * *
3036 ACAATT-AACTGTAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAGAAAATTT
127 AC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTC
** * * *
3080 AAC-CCAAGTCAATTCTGAGATTAT-AAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGCA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCA
* * * * * *** *
3142 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGAATGTCTTTTCTTCACTTTTCCCGAGTTAGAC
64 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
* * *
3207 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAGAATTC
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * *
3249 AACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTCTAGAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* ** * * * *
3314 GGTGACTATAAATAGG-TTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTATCTTCAGGTTTC-CATAGGCAGA
66 GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGTAGA
* * * * *
3377 CATTCAATTGTAATATGTTTTCACAAAAAATGTAAAAAAAATTC
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTC
* * * * *
3421 AACTTAAAGTTAATTGTGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGCA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * *
3485 AGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
*
3550 ATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAACAATTC
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTC
* * * * *
3593 AACTTCAAATCAATTATG-GCATTATAAAA-CTATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
1 AACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * ** * *
3656 TGGGTGACTATAAATAGTCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTA-GATTTCCTT-AGGCA
64 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACG-TTT-CTTAAGGTA
* * * * *
3719 GACATTCAACTGTATTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TC
126 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * **
3763 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGAGTAACGAGGCTTTT---GGC-TA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * *
3824 --T-A--AT---TGGACCTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTT-ACGTTTCTTAAGGTAGAC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--ATTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
* * * *
3880 ATTCAATTATTATCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * ** * * * * *
3922 AACTT--AATCCTAATTATGAGATTGTGAAATTGTTTAAAGAGAGAAATTAGG-TTTTCAAAGAC
1 AACTTAAAAT-C-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGC
* * *
3984 ATAGGTGACTATAAAT-AACCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGA-GTA
63 ATAGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
4047 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAGGTA-AAAAAAATAT-
126 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA--TATAAAAAAAT-TC
* * * * * * * *
4093 AACTTAAAATCAATTATAAAATCATAAAAAT-AATTAAAGCAAGTACTAGGGCTTTCGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * *
4157 GGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAA-AGGCTTTTT-TTCACATTTCTCAAGGTAGA
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA--TTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
** *
4220 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTC
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
** * * *
4263 AACTTAATGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * *
4327 GGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATCAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGTTAGACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * *
4392 TTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTC
130 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * * * * *
4433 AACTTTAAATCAACTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTCTTAAAGGCTTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * * * **
4498 GGTGACTATAGATAGG-CTTTTCTTGCCAATGCATGACTTTTTT-TT-AGGTTTGTTTAGACAGA
66 GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-A-TTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
* * * ** *
4560 CATTCAACTGTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
4603 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* *
4667 AGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCAC
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTTCAC
4716 TTCTTTCAAG
Statistics
Matches: 2721, Mismatches: 503, Indels: 239
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 6 0.00
158 66 0.02
159 47 0.02
161 2 0.00
162 2 0.00
163 3 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
167 3 0.00
168 7 0.00
169 135 0.05
170 1105 0.41
171 724 0.27
172 594 0.22
173 23 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
Found at i:2182 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1201--4715 Score: 3195
Period size: 512 Copynumber: 6.9 Consensus size: 508
1191 NNNNNNNNNT
* * * * * * *
1201 AACTTAAAATTAATTATGGGATTAGAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * * * *
1266 GGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACTAAAGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAGGGTAGAGA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTA-GGTAGACA
* * * *
1331 TTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATT
130 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
* * * * * * * *
1396 ATAAAATCGTTCAGAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAGAAATGAAGTTTTC
194 ATAAAACCATTTA-AAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
1460 TTGCCAATGAATAT-TTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
257 TTGCCAATGAATATCTT-TTTCTTCAAGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * * * *
1524 CGAAAAGT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGCGAGTA
321 -AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTA
* * * *
1588 ATAAGGCTTT-GAAAGGTATAAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA--TATTTTT
384 ATAAGGCTTTCG-AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-AGGT-TTTTT
** * *
1650 CTTCATGTTTC-CTAAGGTAGAGATTCAATTATAACCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
446 CTTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
* *
1713 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAACGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCAT-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * *
1777 GAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCATA
66 G-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AGGTAGA
* * * *
1842 CATTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGT
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
* * * *
1907 TGTAAAACCGTTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATAGGGTGACTACAAATGGACTTTTC
193 TATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
1972 TTACTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTCATA
257 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * * * *
2037 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTACGAGGA-TATAAAAACAATTAAAGCAAGAAA
322 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
2101 TTAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAAAAGTTTTTTC-TC
385 TAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTTTTTCTTC
* * * *
2165 AACATTTCTCGAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATA-AAAACAATTC
450 -ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTC
* * * * * *
2225 AACTTAAAGTTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGTCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * *** * *
2289 AGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATTAATATATTTTTCTTCGCGTTTCTCTAGTTAGAC
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAGGTAGAC
* * ** * * * *
2354 ATTCAAGTATAATCCGTTTTAACCAAAAATA-AACAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGATT
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
* * * * *
2418 ATTAAACTATTTAAAGCCAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
194 ATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * * *
2483 TAACAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGACATTCAACTGTAATTTATTTCAATA
258 TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * *
2548 AAAAATATAAAAAAACTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
322 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
2613 AAGTCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTC
386 AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTTTTTCTTC
** * ** * * * * ** *
2677 AGGTTTGTTTAGGTAGATATTCAACTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT
450 ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTC
* * * ** *
2737 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT-AAATCCATTTAAAGTGAATAAC-AAGGCTAATGAAGGTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGT-ACTAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * ** * * * *
2800 TAGGTGAATATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACTTTTCTTAAGTTAGT
64 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AGGTAGA
* * * * * *
2865 CATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAACAATTTAACTTCAAATCGATTTTG-GG
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
* ** * * * *
2929 ATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCTTGGATGACTATAAATAGG-CTT
192 -TTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATAGG-TGACTATAAAT-GGACTT
* ** * * * *
2993 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTGTCT-AGGCAGACAATT-AACTGTAATCTGTT
254 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCT-TGA-GTAGAC-ATTCAATTATAATCTGTT
* ** * * * *
3056 TTAACT-AAAAATATAAGAAAATTTAAC-CCAAGTCAATTCTGAGATTATAAATCCATTTAAAGT
316 TTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGC
* * * * *
3119 GAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATG-AATGTCT
379 GAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTT
* * * * *
3182 TTTCTTCACTTTTCCCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAGAAT
443 TTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA-AAT
3247 TC
507 TC
* * * * * * *
3249 AACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTCTAGAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATA
* * * *
3314 GGTGACTATAAATAGG-TTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTATCTTCAGGTTTCCATAGGCAGAC
66 GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC-TAGGTAGAC
* * * * * * * *
3378 ATTCAATTGTAATATGTTTTCACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTGTG-GGA
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-
*
3442 TTATAAAACCATTTAAAGCGCA-TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGTACTTT
192 TTATAAAACCATTTAAAGC-CAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** *
3506 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCA
255 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
3571 ATAAAAAATATAAAAACAATTCAACTTCAAATCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTCAAGTGA
319 ATAAAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAAC-ATTTAAAGCGA
** * * * * * *
3635 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGTCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
381 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTTTTT
* * * * * * * * * * *
3700 CTTTAGATTTC-CTTAGGCAGACATTCAACTGTATTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATC
446 CTTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
* * *
3763 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGAGTAAC-GAGGCTTTT---GGC-T
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT-ACTAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * *
3823 A--T-A--AT---TGGACCTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTT-ACGTTTCTTAAGGTAGA
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTTCCT-AGGTAGA
* * * *
3879 CATTCAATTATTATCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT--AATCCTAATTATGAG
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-C-AATTATGAG
* * * *** ** * * * * *
3942 ATTGTGAAATTGTTTAAAGAGAGAAATTAGG-TTTTCAAAGACATAGGTGACTATAAAT-AACCT
191 GTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTT-GAAG-GATAGGTGACTATAAATGGA-CT
4005 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
253 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
4069 TAATAAAAAAGGTA-AAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATAAAATCATAAAA-ATAATTAAAG
317 TAATAAAAAA--TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAT--TTAAAG
* * * * * * *
4132 CAAGTACTAGGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAAAGGCTT
378 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTT
* ** *
4197 TTT-TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAT
443 TTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAT
4261 TC
507 TC
** * *
4263 AACTTAATGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAC-AAGGC-TTTGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT-ACTAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * ** * * *
4326 AGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATCAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGTTAGAC
65 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AGGTAGAC
* * * * *
4391 ATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTTAAATCAACTATGAGAG-
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-GT
* * * * * * *
4455 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTCTTAAAGGCTTTGGTGACTATAGATAGG-CTTTT
193 TATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTT
* * * * * * * * *
4519 CTTGCCAATGCATGA-CTTTTT-TTTAGGTTTGTTTAGACAGACATTCAACTGTAATATGTTTTA
256 CTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * * *
4582 ACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCTATTTAAAGTGAGT
319 ATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGT
* **
4647 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAAT-AAATATCTTTTTC
383 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGT-TTTTTC
4711 TTCAC
447 TTCAC
4716 TTCTTTCAAG
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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515 58 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATA
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
AAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTTTTTCTTCACATTT
CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
Found at i:5048 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4756--6754 Score: 1887
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
4746 ACTTAGGTGG
* ** * * * * *
4756 CTATAAATCAGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTCCTTAA-GCAAACATTTA
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
4820 ACTGTAATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
* *
4885 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGATGA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* * *
4927 CTATAAATAAGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCCCCAGGTAGACATTTC-
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACA-TTCA
* * * **
4991 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAAGTATGAGATTGCAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAA
*** ** *
5055 AATTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGA
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* ** * ** * *
5098 CTATAAATGGGATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTACGATAGACATTCAA
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
5163 TTATAATATGTTTTAACCAGAAATG-AAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGCGATTATAAAA
65 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * **
5227 CCAATTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAATGA
130 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* * * *
5268 GTATAAATGGACTTTT-GTCCTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAATCA
1 CTATAAATGG-CTTTTCTTGC-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * *
5332 ATTATAATCTG-TTTAAC-AAAAATGTAAAAAATTTCAACTTCAAA-TCAAGTGTG-GAATTATA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAG-ATTATA
* * * * *
5393 AAACCATTTTAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAATGTATGGGTGA
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* * * * * *
5437 CTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATCAATAT-TGTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGTAGGCATTCG
1 CTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCT-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
5501 ATTATAATCTGTTTT-ACAAAGAATG-GAAAAAATTCAACTTAAAATTAAGTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
5564 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTGAATGA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* * ** * ** * *
5606 CTATAGATGGGCTTTTCTTGTCAA-GTAATGGCTTTTTCTTAACATTTCTCATGGTAGACATTCA
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATG-AATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * *
5670 ATTATAATCTATTTTAACACAAAATGCAAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
5735 ACTATTCAAAGAGAGCAATAAAGCTTTCGAAGGTATGGGTAA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* ** * ** * *
5777 TTACGAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAA
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
5842 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATCAACTTAAAGTTAATTATGATATTATAAAA
65 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
* *
5905 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAGG-TGA
130 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGATGA
* ** * * * *
5946 GTATAAATGGACTTTTCTTGAAAATGAATATTTTTTTCTTTATGTTTTCAAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* *
6011 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAAGTATGAGATTATAAA
65 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAA
* * *
6075 ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGGATGA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* * ** * *
6117 CTA-AAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTAACATTTCTCTAGGTAGACATTCA
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * *
6180 ATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
6245 ACCATTCACAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GAGTGA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGA-TGA
* * ** * * * *
6287 CTGTAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTCTCTTTATGCTTCTCAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* ** *
6352 TTATAGTCTGTTTTGAAC-AAAAATG-AAAAAAA-AAAACTTAAAGTGAAATTATGAGATTATAA
65 TTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGT-CAATTATGAGATTATAA
** * * * *
6414 AACTTTTTAAAGCG-GGAATAAGTCTTTGGAAGGTATAGG-TGA
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGATGA
* * * * ** *
6456 CTA-AAGATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAACTAGATATTCA
1 CTATAA-ATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
6520 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTGCAAA-TCAACTATGAGATTATCA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAGTCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
6584 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGGGTAA
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
* * * * * *
6627 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTTA
1 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* *
6691 ATTCTAATCTGTTTTAATAAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAA
6755 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1486, Mismatches: 292, Indels: 101
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 19 0.01
169 489 0.33
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171 576 0.39
172 19 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGA
Found at i:5881 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4766--6754 Score: 2032
Period size: 340 Copynumber: 5.8 Consensus size: 340
4756 CTATAAATCA
* * * * * * * * *
4766 GCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTCTTTCTTCATGTTTCCTTAA-GCAAACATTTAACTGTAATCC
1 GCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * *
4830 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAA
65 GTTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
4895 GCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGATGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATGAATATC
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* * * *
4959 TTTTTCTTTATGTTTCCCCAGGTAGACATTTC-ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
193 TTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
** * * **
5023 AATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTGCAAAATTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
257 AATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
*
5088 GCATGGGTGACTATAAATGG
322 GTATGGGTGACTA-AAATGG
* * * * * * *
5108 GATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTACGATAGACATTCAATTATAATATG
1 GCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
5173 TTTTAACCAGAAATGAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGCGATTATAAAACCAATTAAAGT
66 TTTTAACCAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * **
5238 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAATGAGTATAAATGGACTTTTGTCCTCAATGAATATCTTT
131 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTT
* * * *
5303 TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTG-TTTAAC-AAAAATGTAAAAAATTT
196 TTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
5366 CAACTTCAAATCAAGTGTG-GAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAATGTA
261 CAACTTCAAATCAAGTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA
*
5430 TGGGTGACTATAAGTGG
325 TGGGTGACTA-AAATGG
* * * * * * * *
5447 ACTTTTTTTGCCAATCAAT-ATTGTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGTAGGCATTCGATTATAATCT
1 GCTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
** * * * *
5511 GTTTT-A-CAAAGAATGGAAAAAATTCAACTTAAAATTAAGTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
65 GTTTTAACCAAA-AATTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * **
5574 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTGAATGACTATAGATGGGCTTTTCTTGTCAA-GTAATGGC
129 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG-AATATC
* ** * * * *
5638 TTTTTCTTAACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACACAAAATGCAAAAAA
193 TTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
5703 AATCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGAGAGCAATAAAGCTTTCGAAG
258 ATTCAACTTCAAA-TCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * *
5767 GTATGGGTAATTACGAATGG
322 GTATGGGTGACTA-AAATGG
* * * * *
5787 GCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAGTCTA
1 GCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
5852 TTTTAACCAAAAA-TAAAAAAAATCAACTTAAAGTTAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGC
66 TTTTAACCAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * ** *
5916 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCAT-AGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGAAAATGAATATTTT
131 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTT
*
5980 TTTCTTTATGTTT-TCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
195 TTTCTTTATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
6044 TTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC
259 TTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-G
* *
6109 T-TGGATGACTAAAATAG
323 TATGGGTGACTAAAATGG
* * ** * *
6126 GCTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTCTAGGTAGACATTCAATCATAATCTG
1 GCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
6191 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTCACAG
66 TTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * **
6256 AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGCTT
130 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTT
* * *
6321 TCTCTTTATGCTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTGAAC-AAAAATG-AAAAAAA
195 TTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAA
** * * * * * *
6384 -AAAACTT-AAAGTGAAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCG-GGAATAAGTCTTTGGAAG
259 TTCAACTTCAAA-T-CAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
*
6446 GTATAGGTGACTAAAGATGG
322 GTATGGGTGACTAAA-ATGG
* * * * ** *
6466 ACTTTTCTTACCAATTAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAACTAGATATTCAATTATAATC
1 GCTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATC
* ** * * * *
6529 TATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTGCAAA-TCAACTATGAGATTATCAAACTATTTA
64 TGTTTTAACCAAAAA-TTAAAAAAATTCAACT-TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** * *
6593 AAGTGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGA
127 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-A
* * * * * *
6658 -CTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTTAATTCTAATCTGTTTTAATAAAAAATG-AAAA
191 TCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
*
6721 AAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAA
256 AAATTCAACTTCAAA-TCAAGTATGAGATTATAAA
6755 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1355, Mismatches: 257, Indels: 72
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 135 0.10
339 251 0.19
340 596 0.44
341 299 0.22
342 70 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACCAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTT
TTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT
GGGTGACTAAAATGG
Found at i:6314 original size:510 final size:509
Alignment explanation
Indices: 4831--6754 Score: 2206
Period size: 510 Copynumber: 3.8 Consensus size: 509
4821 CTGTAATCCG
* * *
4831 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
1 TTTTAA-CAAAAA-GTAAAAAAAATCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
4896 CGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCAT-GGATGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATGAATATC
64 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGACAATGAATATC
* ** *
4959 TTTTTCTTTATGTTTCCCCAGGTAGACATTTC-ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
127 TTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
** *** **
5023 AATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTGCAAAATTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
191 AATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * ** *
5088 GCATGGGTGACTATAAATGGGATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCT-TACGA
256 GCATGGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTCTACGG
* * * * *
5152 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAGAAATGAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGC
321 TAGACATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGA
* * * * * * *
5217 GATTATAAAACCAATT-AAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAATGAGTATAAATGGACT
386 GATTATAAAACC-ATTCAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGAAT-TAAATGGGCT
* ** ** * *
5281 TTTGTCCTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTATAATCT
449 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAGTCT
* ** * * * *
5342 GTTTAACAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTCAAA-TCAAGTGTG-GAATTATAAAACCATTTTAA
1 TTTTAACAAAAA-GTAAAAAAAATCAACTT-AAAGTAAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
5405 GCGAGTAAGAAGGCTTTCGAATGTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATCAATAT-T
63 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATATCT
* * * * * * *
5469 GTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGTAGGCATTCGATTATAATCTGTTTT-ACAAAGAATG-GAAAAA
128 -TTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * *
5532 ATTCAACTTAAAATTAAGTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACG
192 ATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
5597 CTTGAATGACTATAGATGGGCTTTTCTTGTCAA-GTAATGGCTTTTTCTTAACATTTCTC-ATGG
257 CATGGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATG-AATGACTTTTTCTTAACATTTCTCTACGG
* * *
5660 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CACAAAATGCAAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATTAT
321 TAGACATTCAATCATAATCTGTTTTAACCA-AAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
* * *
5724 GAGATTATAAAACTATTCAAAGAGAGCAATAAAGCTTTCGAAGGTATGGGT-AATTACGAATGGG
384 GAGATTATAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGAATTA--AATGGG
5788 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAGTCT
447 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAGTCT
* *
5851 ATTTTAACCAAAAA-TAAAAAAAATCAACTTAAAGTTAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAG
1 -TTTTAA-CAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
5915 CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGAAAATGAATATTTT
64 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATATCTT
* *
5980 TTTCTTTATGTTTTCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
129 TTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
6045 TCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACT
194 TCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
*
6110 TGGATGACTA-AAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTCTA-GGTAG
259 TGGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTCTACGGTAG
*
6173 ACATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAGTCAATTATGAGA
324 ACATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGA
* * *
6238 TTATAAAACCATTCACAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTGTAAATGGGCTTTT
388 TTATAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGAAT-TAAATGGGCTTTT
* * * * *
6303 CTTGACAATGAATGGCTTTCTCTTTATGCTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
452 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAGTCT
* **
6361 GTTTTGAACAAAAA-TGAAAAAAAA-AAACTTAAAGTGAAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAA
1 -TTTT-AACAAAAAGT-AAAAAAAATCAACTTAAAGT-AAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
6424 AGCG-GGAATAAGTCTTTGGAAGGTATAGGTGACTA-AAGATGGACTTTTCTT-ACCAATTAATA
62 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATA
* * * * *
6486 TCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAA-CTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATTTAAA
125 TCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
* * * * * *
6550 AAAATTCAACTGCAAATCAACTATGAGATTATCAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTCGA
189 AAAATTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * *
6615 AGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTC-AA
254 AGGCATGGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTCTAC
* * **
6679 TGTAGACATTTAATTC-TAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
319 GGTAGACATTCAA-TCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTA
6743 TGAGATTATAAA
383 TGAGATTATAAA
6755 NNNNNNNNNN
Statistics
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512 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
TTTTAACAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATATCTTTT
TCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
GATGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTCTCTACGGTAGAC
ATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGAATTAAATGGGCTTTTCTTG
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAGTCT
Found at i:7375 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 6855--7474 Score: 596
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 166
6845 NNNNNNNNNN
* * * ** * ** * *
6855 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATCTAGAAATATGAGGAAAAAGCCATTCCTTGGTAAC
1 TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTGGTAAG
* ** * * *
6920 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTCTGATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAA
* * * * *
6985 TCTAAAAATTGATTTCA---AATTGATTTT-T-TTTTA
130 TCTCATAATTGATTTAAGTTAATT-TTTTTATATTTTT
* * * * * * *
7018 TTAAAACAAATTA-AATTGAATGTCAACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTGGTAAG
* * ** *
7082 AAAAGTCAATTTATAGTCAGCTATGCCTT-GCAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG-AAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATA
7146 ATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTTTA-ATTTTT
129 ATCTCATAATTGA-TTTAAGTT-AAT-TTTTTTATATTTTT
* * *
7186 TGATAAAATAGAATATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGTA
1 T--TAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAA-TATTCATTGGTA
* * *
7251 AGAAAAGTCTATTTATAGT-ACCCATGCCTTCGAAAGACTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTGAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGAT
7315 AATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTATATATATTTTT
128 AATCTCATAATTGATTT-AAGTT-AATTTTT-T-TATATTTTT
* * * * *
7358 TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAA-AAAAAATATTAATTGATAAGA
1 TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATATTCATTGGTAAGA
* * * *
7422 AAAGTCCATCTATAATCACCTATACCTTCCG-AAGACTTATTACTCACTTTAAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-CGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAA
7475 CTTTAAGTTG
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 58, Indels: 34
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATATTCATTGGTAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAAT
CTCATAATTGATTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTT
Found at i:7925 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7474--7948 Score: 548
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
7464 CTCACTTTAA
* *
7474 ACTTTAAGTT-GA-TTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAG
1 ACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG
* ** * ** *
7537 AAATATGAAGGGAAAGCCATTCATTGTTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCACA-CCTTCAAA
66 AAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT-A-AGCCTTCGAA
* * *
7601 AGCCTTATTACTCTCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
7644 ACTTTCAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG
1 ACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG
* * * * *
7708 AAACGTTAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAGGCCTATTTATAGTTATCTAAGCCTTCGAAA
66 AAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCGAAA
* *
7773 GTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTG
129 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
7815 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTAG-G
1 ACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG
* * * *
7879 TAAACATGAAGAAAAACGTATTTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCGTTCGA
66 -AAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCGA
7943 AAGCCT
127 AAGCCT
7949 GCCTAGATAA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 40, Indels: 16
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.04
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172 98 0.38
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG
AAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTAAGCCTTCGAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:7968 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 7868--8025 Score: 307
Period size: 77 Copynumber: 2.1 Consensus size: 77
7858 ATAATTGAAT
*
7868 GCCTGCCTAGGTAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
1 GCCTGCCTAGATAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
7933 ATGCGTTCGAAA
66 ATGCGTTCGAAA
7945 GCCTGCCTAGATAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
1 GCCTGCCTAGATAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
8010 ATGCGTTCGAAA
66 ATGCGTTCGAAA
8022 GCCT
1 GCCT
8026 TATTACTCAC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
77 80 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (77 bp):
GCCTGCCTAGATAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
ATGCGTTCGAAA
Found at i:8168 original size:249 final size:249
Alignment explanation
Indices: 7747--8195 Score: 634
Period size: 249 Copynumber: 1.8 Consensus size: 249
7737 AGAAAGGCCT
* * * * *
7747 ATTTATAGTTATCTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAG
1 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAC
* * * *
7812 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTA
66 TTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACCTA
* * * *
7877 GGTAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCGTTCG
131 GGTAAACATGAAGAAAAACGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCA
7942 AAAGCCTGCCTAGATAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCC
196 AAAGCCTGCCTAGATAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCC
* * *
7996 ATTTATAGTCACCTATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAC
1 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAC
* * *
8061 TTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
66 TTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTT-TCATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACCT
* * ** *
8125 CGAG-AAACATGAAGGAAAA-GATATTCATTTTCAAGAGAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCT
130 AG-GTAAACATGAAGAAAAACG-TATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCT
8188 TCAAAAGC
193 TCAAAAGC
8196 ATTAGTACTC
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 24, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
248 1 0.01
249 170 0.98
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Consensus pattern (249 bp):
ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAC
TTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACCTA
GGTAAACATGAAGAAAAACGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCA
AAAGCCTGCCTAGATAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCC
Found at i:8359 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7957--8403 Score: 517
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
7947 CTGCCTAGAT
* *
7957 AAACATGAAGAAAAA-CGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCGTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGC-TATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * * * *
8021 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATACTTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATCTGAAGTTGAATTTGTTTTA
* *
8086 TATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
130 TATTTTTTATCAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * ** * * *
8129 AAACATGAAGGAAAAGATATTCATTTTCAAGAGAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
* * * * *
8194 GCATTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTAACTCT-AAGTTGAA-TTGTTTT-
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-TCTGAAGTTGAATTTGTTTTA
* * * * *
8256 TATTTTTTATCAAAATAGACTATAGTTGATTGT-TGACTTTGAG
130 TATTTTTTATCAAAATAAACTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAG
* * * * *
8299 AAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCAATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
* * * *
8364 CCCTTATTGCTCTCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
8404 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 45, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 120 0.53
171 6 0.03
172 98 0.43
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATCTGAAGTTGAATTTGTTTTAT
ATTTTTTATCAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
Found at i:8805 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8465--8911 Score: 522
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
8455 AAAGTCATTA
* * * * * *
8465 ATTGGCAAGAAAAGCCCATGTATAGTGATCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
8530 GTTTTATAATATCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTCAATTCTTTATTAAAACAAATTAGA
66 GTTTTATAATCTCATACTTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTCAATTCTTTATTAAAACAAATTACA
* *
8595 ATCGAACGCTTACCTCGGGAAGCATGAAGAAAACATATTG
130 ATCGAACGCTTACCTCGGGAAACATGAAAAAAACATATTG
* *
8635 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATGCATTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
8700 GTTTTATAATCTCATACTTGATTTAAAGTTGAATTTTTTT-ACGTT-TTTATTAAAACAGATTAC
66 GTTTTATAATCTCATACTTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTCA-ATTCTTTATTAAAACAAATTAC
* ** * * *
8763 AATTGATTG-TCTACCTGGGGAAATATGAAAAAAAAGATATTG
129 AATCGAACGCT-TACCTCGGGAAACATG-AAAAAAACATATTG
* * * ** * * * *
8805 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAGTA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
8870 GTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTCA
66 GTTTTATAATCTCATACTTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTCA
8912 TTTTTGGTTA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 35, Indels: 11
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 39 0.17
170 192 0.81
171 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATACTTGATTTAAGTTGAATTTTTTTCAATTCTTTATTAAAACAAATTACAA
TCGAACGCTTACCTCGGGAAACATGAAAAAAACATATTG
Found at i:10320 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9335--11242 Score: 1220
Period size: 340 Copynumber: 5.6 Consensus size: 339
9325 CCAAGCCACT
* *
9335 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTG-TTTTGAAGTTGAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTT
* * * * * *
9399 TTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAAATAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
65 TTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATA
** * * * *
9464 TTCATTGGTGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATGC-CTTTCAAAGA-CTTATTACTCATTTT
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-CTC-CT-AAAAACCTTATTACTCATTTT
* * *
9527 AAATAGTTTTGTAATCTCACAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTTT-TATTTTTGATTAAAACAA
192 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTT-ACTAAAACAA
* * * *
9591 ATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGGGAAGAAAAGCCCA
255 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* *
9656 TTTATAGTCACCTATTCCTTC
319 TTCATAGTCACCTATACCTTC
* * * * * *
9677 GAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTTACTTGAAGTTGAAGTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** * * * * * * **
9742 TACATTTGTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATA-TCTACCT-AAGAAAACCTGAAGGAAAAGCC
66 TATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATT-AAAAGTCTACCTCAAG-AAACGTAAAGAAAAAGAT
* * *
9805 ATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCATTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCT-A-TCTCCTAAAAACCTTATTACTCATTT
* * *
9868 TAAATAGTTTTATAATTTCATAATT-AATTTGAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTCT-CTTAAAAT
191 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TAC-TAAAAC
* * *
9930 AAATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAATTCATTGGTAAAAAAAGTCC
253 AAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
9995 ATTCATAGTCACCTATACCTTC
318 ATTCATAGTCACCTATACCTTC
* * *
10017 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCATCTCGTAATTGACTTT-AGTTTG-ATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG-TTGAATTTTT
* * *
10080 TTTTATTTTTCATTAAAATCGATTATAATTAAAAGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATA
65 TTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATA
* * * * ***
10145 TTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCTATCTCCTAAAAACCTTATTATTCGCATTAAA
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCTCCTAAAAACCTTATTACTCATTTTAAA
* * * * * **
10210 TGGATTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAATCGAATTTTTTTACATTGTTTACCAAAACAGGTT
195 TAG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTACTAAAACAAATT
* * * * * *
10274 ATAATTGAATGCCTAGCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT-CTCAAGAAAAGTCCATT
258 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCA-T
* * **
10338 TC-TAGTTA-GTCATGTCTTC
320 TCATAGTCACCT-ATACCTTC
* *
10357 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAGTTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
10422 T-T-TTCTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTATACCTCAAGAAACGTAAAAAAAAAG-TC
66 TATATT-TTTCATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGAT-
* * * * *** * ******
10484 ATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAA----A--GC-C-NNNNNN
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCTCCTAAAAACCTTATTACTCATTTTAA
********************* * * * * *
10540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGA-TTTGAAGTTAAATTTATTTATATTTTTTATTAAAATAGAT
194 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTACTAAAACAAAT
* * * * * * * *
10604 TATAAATAAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAATAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCTA-T
257 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA-AAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
* *
10668 CTATAGTCATCTATGCCTTC
321 C-ATAGTCACCTATACCTTC
* * * * *
10688 CAAAGACTTATAACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATCTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * ** ** * ** *
10753 CT-CATTTTTGGTTCAAACCA-ATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGAT
65 TTATATTTTTCATT-AAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGAT
* * * * * * **
10815 ATTCATTGGTAGGAAAAGTCCGTTTATGGTCACCTATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-CTCCT-AAAAACCTTATTACTCATTTT
* * * * *** * *
10879 ACATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAATT-AATTTTTTTTATATTTTGGTTAATACAGA
192 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTACTAAAACAAA
*** * * * ** *
10943 TTACGGTTGAATGTCTGCCT-AAGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATT-ATCAAGAAAAG-CC
256 TTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTGGT-AAGAAAAGTCC
* * * *
11005 TATTTACAGTCACCGA-AGCATTC
318 -ATTCATAGTCACCTATA-CCTTC
* * ** * * *
11028 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAGCCTTATAATTGA-TCTGAAGTTGAATTGTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACT-TTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * * * * * * *
11092 TTACATTTTTTATTGAAACAAAATATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGAAA-ACAAGGAT
65 TTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTCAAGAAACGT-AAAGAAAAAGAT
* * * * * ***
11156 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATACTCACTTATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-CTCCT-AAAAACCTTATTACTCATTTT
* *
11220 AAATGGATTTATAATCTCATAAT
192 AAATAGTTTTATAATCTCATAAT
11243 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (339 bp):
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
TATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCTCCTAAAAACCTTATTACTCATTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTACTAAAACAAATTATA
ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTCATAG
TCACCTATACCTTC
Found at i:10449 original size:170 final size:169
Alignment explanation
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9093 CTACATCGGA
* *
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* ** * * * *
9166 AAGCCCTATTACTCGCTTTAAATATTTTTGTAGTCTCATAATTTACTTTAACTTGAATTTGTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTT-TTT-
** ** * * * * * *
9231 CATTTTTAGTTAAAACAGATTACAGTTAAATGTTTGCCT-AAGG
127 TTTTTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAA-G
* * ** * ** * * * * * * * *
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1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AA
* *
9337 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTG-TTTTGAAGTTGAATTTTTTT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT
*
9401 ATATTTTT-TATTAAAATA-AATTATAAATAAATGTCTACCTCAAG
128 -T-TTTTTCT-TTAAAATAGAA-TATAATTAAATGTCTACCTCAAG
** * *
9445 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTC-AA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAA
* ** * * *
9509 AGACTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTGTAATCTCACAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTTTT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTT
** *
9574 ATTTTTGATTAAAACA-AATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG
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* * * * *
9616 AAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
* * * * * **
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66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TT
* ** * * * * *
9746 TTTGTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATATCTACCT-AAG
129 TTTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * ** * *
9786 AAAACCTGAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCTA
1 -AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
** * * * *
9850 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATT-AATTTGAAGTTGAATTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT
* * * *
9914 TATTTTCTCTTAAAATA-AATTATAATTGAATGTCTATCTCGAG
128 TTTTTTCT-TTAAAATAGAA-TATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
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1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
* * * *
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66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG-TTGAATTTTTTTT-
* * * * *
10085 TTTTTCATTAAAATCGATTATAATTAAAAGTTTACCTCAAG
129 TTTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
10126 AAACGTAAAGAAAAAGATATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCTAT--CTCCTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAA
* * * * *
10189 AACCTTATTATTCGCATTAAATGGATTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAATCGAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-
* * * ** * * * ***
10253 CATTGTTTAC--CAAAACAGGTTATAATTGAATGCCTAGCTTGGG
128 --TT-TTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* ** * * * *
10296 AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTCTCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTTA-GTCATGTCTTCAAA
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*
10360 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAGTTTTTTTTT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTT
*
10425 TCTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTATACCTCAAG
130 T-TTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * * * * * * *
10466 AAACGTAAAAAAAAAG-TCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
*************************** * ** * * * *
10530 AGCC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAT--TTGAAGTTAAATT-TA-TTTATATT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTT
* * * *
10588 TTTT-ATTAAAATAGATTATAAATAAATGTCTACCTCAAA
130 TTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * * * * * * *
10627 AAACGTGAAGAATAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCATCTATGCCTTCCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
* * * * *
10692 GACTTATAACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATCTTTTCTCA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTT-T-T
** * ** * **
10757 TTTTTGGTTCAAACCA-ATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
128 TTTTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * * * *
10798 AAACGTGAAG-AAAAGATATTCATTGGTAGGAAAAGTCCGTTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
* * *
10862 GCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAATT-AATTTTTTTTAT
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTT-T
** * * * *** * *
10926 ATTTTGGTTAATACAGATTACGGTTGAATGTCTGCCT-AAGG
130 -TTTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAA-G
* ** ** * * * *
10967 AAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACCGAAGCATTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
* ** * *
11031 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAGCCTTATAATTGA-TCTGAAGTTGAATTGTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACT-TTAAGTTGAATT-TTTT-
* * * * * * *
11095 CATTTTTTATTGAAACA-A-AATATAATTGAATGCCTACCTTAGG
127 -TTTTTTTCTTTAAA-ATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* * * *
11138 AAACATGAA-AACAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATACTCACTTATGCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAA-AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
* *
11202 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
11243 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1506, Mismatches: 390, Indels: 146
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 82 0.05
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AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
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TTTCTTTAAAATAGAATATAATTAAATGTCTACCTCAAG
Found at i:11667 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11343--12948 Score: 1075
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11333 NNNNNNNNNN
* * *
11343 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTT-CA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATA
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* * * * * * ** *
11406 ATTAAATGTCTACCCTAAGAAATATAAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAA-AAGAAGCCCATTTAT
65 ATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA-AAGCTTATTTAA
* *
11470 AGTCACCCATGCCTTTA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
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* * * * *
11512 GTTTTATAATCTTATACTTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGATTAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAT
* * * * * *
11576 AATTGATTGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATCTTATTGAA
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* * * ** *
11683 TTTTTATAATCTCATAATTTACTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTACA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATA
* * *
11748 ATTAAATGTCTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGCTTATTTATA
65 ATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCTTATTTA-A
*
11813 AG-CACGCAGACCATT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTT--A-A
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* *
11851 --TTACAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATA
* * * * * * * * * * *
11912 AATAAATATCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAA-ATCCATCTAT
65 ATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCT-TATTTAA
** * *
11976 AGTCATTTATAACTTTCAAAGACTTATGACTTTCAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATA
129 AGTCA-CCAT-AC---C----A-TTA-G------AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * ** *
12035 GTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAT
* ** *
12099 AATTAAATGTTTACCACAAGAAACATGAAG----A-A-A---A-----AAGAAAAG-TCTATTTA
64 AATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCT-TATTTA
* ** ** * * * * **
12149 TAGTCACTTTTA-TTTTTGAAAGCCTTATTTCTCACT---TTAAATGGA
128 AAGTCAC-CATACCATTAGAAAG-CCT-TAT-T-ACTCGCTTTAA-ATA
* * * * ** * *
12194 -TTTAAAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAG
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
* * * * * * * *
12258 TTGAATGTCTGCCTAAGCAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAG
66 TTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCTTATTTAAAG
* * *
12323 TCACCCA-AGCC-TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGG
131 TCA-CCATA-CCATTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
* * *
12364 TTTTATGATCTCATAATTGA-TTTAGAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATA
* * ** * * * * *
12428 AATGAATGTCTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATCTAT
65 ATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCT-TATTTAA
* ** * * *
12492 AGTCACTTATACC-TTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGG
129 AGTCAC-CATACCATTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
* ** *
12535 TTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATA
* * * * *
12599 ATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACATAAAGACAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAAG-TCTATTTA
65 ATTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCT-TATTTA
* * * * **
12662 TAGTCACC-CACGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCGTTTTTAAAGG
128 AAGTCACCATAC-CATTAG-AAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATA
* * *
12706 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTGATTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
* ** * * *
12770 TTAAGTGTCTACCTCTA-GAAATGTGAAGAACAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTAT
66 TTAAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCT-TATTTAA
* * ** *
12833 AGTCACTCATGCCTTTA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTACTTGG
129 AGTCAC-CATACCATTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
* ** *
12876 TTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATA
12940 ATTAAATGT
65 ATTAAATGT
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 196, Indels: 181
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
TTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCTTATTTAAAG
TCACCATACCATTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
Found at i:12007 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11982--12019 Score: 67
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11972 CTATAGTCAT
11982 TTATAACTTTCAAAGAC
1 TTATAACTTTCAAAGAC
*
11999 TTATGACTTTCAAAGAC
1 TTATAACTTTCAAAGAC
12016 TTAT
1 TTAT
12020 TACTCGTTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
TTATAACTTTCAAAGAC
Found at i:12308 original size:509 final size:495
Alignment explanation
Indices: 11344--12946 Score: 1397
Period size: 509 Copynumber: 3.1 Consensus size: 495
11334 NNNNNNNNNT
* * * *
11344 TTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAAT-TGTTTT-CA-TTTTTAGTTAAAATAGATTAT
1 TTTACAATCTCATAATTGA-TTTAGAGTTGAATAT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAAATTAT
* * * * * *** * ** *
11405 AATTAAATGTCTACCCTAAG-AAATATAAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAA-AAGAAGCCCATTT
63 AAATAAATATCTA-CCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAA-AAATCCATCT
** * ** * * * * * *
11468 ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATACTTGA
126 ATAGTCACTTATACCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAA
* *** * * ****
11533 -TTTGAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGGG
191 CTTT-AAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCACAAG
* * * * **
11596 AAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAA-TCTTATTGAAAGTCACCTATACCTTAGA
254 AAACAT--AG--AAAGCATA-T-A---GAAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCACGCCTT-GA
* ** *
11659 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTTACTTTAACTTGAATTTTTTTA
308 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAATTTTTTTA
* * *
11724 TATTTTTGGTTAAAACAAATTACAATTAAATGTCTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTC
373 -ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTAA-GAAATATGAAGAAAAAGACATTC
* *
11789 ATTTGCAAGAAAAGCTTATTTATAAG-CACGCAGACCATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
435 ATTGGCAAGAAAAGCTTATTTAT-AGTCACCCAGACC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
11851 -TTACAATCTCATAATTGATTT-GAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
1 TTTACAATCTCATAATTGATTTAG-AGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
*
11913 ATAAATATCTACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAATCCATCTATAG
65 ATAAATATCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAATCCATCTATAG
* **
11978 TCATTTATAACTTTCAAAGACTTATGACTTTCAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTA
130 TCACTTAT-A----C-----C-T-T--C---CAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTA
12043 ATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
178 ATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* ** ***
12108 TTTACCACAAGAAACAT-G-AAG-A-A-A-AAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTTTA-TTTTT
243 TCTACCACAAGAAACATAGAAAGCATATAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC--CCACGCCTT
* * *
12166 GAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGATTTAAAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAATTTTTT
306 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAATTTTTT
* * *
12231 TACATTATTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTAAGCAAATATGAAGAAAAAGGCAT
371 TA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTAAG-AAATATGAAGAAAAAGACAT
* *
12296 TCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAA
433 TCATTGGCAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAGA-CCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTT-A
12360 A
495 A
**
12361 TGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTAGAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTA
1 ----TTTACAATCTCATAATTGATTTAGAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTA
* * * * *
12426 TAAATGAATGTCTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTA
62 TAAATAAATATCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAATCCATCTA
* *
12491 TAGTCACTTATACCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGAC
127 TAGTCACTTATACCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAAC
* ***
12556 TTTAAGTTGAATGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAA
192 TTTAAGTTGAATGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCACAAGAAA
*
12621 CATAAAGACAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTGAAAAGCC
257 CAT--AG--AAAG-CA-T-A-TAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTG-AAAGCC
** * *
12686 TTATTACTCGTTTTTAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTT
313 TTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAATTTTTTTAATTT
* * * * * * *
12750 TTGATTAAAATAGATTATAATTAAGTGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGAACAAGCCATTCATTGG
377 TTGGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTCTGCCT-AAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
* * *
12815 CAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATG-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACTTGGT
440 CAAGAAAAGCT-TATTTATAGTCACCCA-GACC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-----A
* * * ** *
12877 TTTATAATCTCATAACTGACTTTA-AGTTGAATGTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTACAATCTCATAATTGA-TTTAGAGTTGAATATTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAAATTATA
*
12940 ATTAAAT
64 AATAAAT
12947 GT
Statistics
Matches: 907, Mismatches: 119, Indels: 135
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
499 107 0.12
502 2 0.00
504 1 0.00
505 16 0.02
506 90 0.10
507 9 0.01
508 6 0.01
509 181 0.20
510 7 0.01
511 9 0.01
512 158 0.17
513 84 0.09
514 6 0.01
515 28 0.03
516 100 0.11
517 5 0.01
518 1 0.00
520 1 0.00
523 87 0.10
524 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (495 bp):
TTTACAATCTCATAATTGATTTAGAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAAA
TAAATATCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAATCCATCTATAGT
CACTTATACCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTA
AGTTGAATGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCACAAGAAACATA
GAAAGCATATAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAATTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTAATGTCTGCCTAAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCTTATTT
ATAGTCACCCAGACCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
Done.