Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399620.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2870.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8690
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 1496 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:665 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 489--808 Score: 308
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
479 NNNNNNNNNN
* * **
489 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTA-ACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATAAATGTCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAAGACTATAAATGAACCTTTCTTACCAATAAATG-CTTT
* ** *
553 TTCT-TAACCG-TTCCCAAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAAACAAAAATG-TAA-AAA
65 TTATAT-A-CGTTTCCCAAGACAGACATTCAACTATAATCTG-TTTAAACAAAAAAGATAAGAAA
*
614 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGC
127 AATTAAACTTAAAATCAATTTTGAG----------CATTTAAAGC
* * * *
659 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATGAACCTTTCTTCCCAATGAATGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAAGACTATAAATGAACCTTTCTTACCAATAAATGCTTTT
* * * * * *
724 TATATATGTTTCTCGAGACAGGCATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAAGATAAGAAAAATT
66 TATATACGTTTCCCAAGACAGACATTCAACTATAATCTGTTTAAACAAAAAAGATAAGAAAAATT
789 AAACTTAAAATCAATTTTGA
131 AAACTTAAAATCAATTTTGA
809 CATAATAAAA
Statistics
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0.82 0.12 0.06
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170 60 0.48
171 53 0.42
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAAGACTATAAATGAACCTTTCTTACCAATAAATGCTTTT
TATATACGTTTCCCAAGACAGACATTCAACTATAATCTGTTTAAACAAAAAAGATAAGAAAAATT
AAACTTAAAATCAATTTTGAGCATTTAAAGC
Found at i:1776 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1460--5299 Score: 2682
Period size: 172 Copynumber: 22.4 Consensus size: 171
1450 NNNNNNNNNN
* * * * *
1460 GTTTTAACAAAAAATGTAAGACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAAT-AAACTCTTTTA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC-CATTTA
* ** *
1524 AAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAAT-GAAAGACTATAAATGGACCTTTCTT-CTCAATGAA
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAA
** * ** **
1586 TGGATGTTTCTAT-ATGTTTCCTGATATAGGGATTCAATTATAGTCT
126 TGTCTTTTTCT-TCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * *
1632 ATTTGAACTAAAAATATAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGATATAATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
1697 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTC
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC
* * *
1762 TTTTTCTTTATGTTT-TTCGAGGTAGACTTTCAATTATAGTCT
130 TTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
1804 GTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATATAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** *
1869 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGG
66 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGT
* * ** *
1932 CTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCA-AGCATTCAATTCA-AG-CTT
129 CTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGA-CATTCAATT-ATAGTC-T
* *
1975 GTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * ** *
2039 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATACATTGACTATTCGTGCTGATGAAT-A
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* * * *
2102 CTTTTTTCATCATGTTT-TTCAAGGTAGACGTTCAATTATAGTCT
129 C-TTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * *
2146 GTTTAAACTAAAAAATGCAAAAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATT
1 GTTTTAACT-AAAAATG-TAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATT
* * ** * * *
2209 TAAAGCGAATTATAAGGCTTTTG-AAGGGTTGAGTGGCTATAAATGGAC-TTTCGTGCCAAT-AG
62 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-
** * * ** * *
2271 ATAG-CTTTCGCTTTATGTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCT
125 AT-GTCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
2318 TTTTTGAACCAAATATGTAAAACAAAGT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTA
1 GTTTT-AACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
2382 AAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATG
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* *** * * *
2446 TCTTTTTCTTAACCATTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAATCT
128 TCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* *
2490 ATTTTAA-TAAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
2554 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGA
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-
* ** * *
2618 T-TTTTT-TAT-ATGTTT-TTCGAGACAGACATTCAATTATAATAT
128 TCTTTTTCT-TCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * *
2660 GTTTGAACTAAAAATCTAAGAAAAATTAAAATTAAAATGAATTTTGAAATAATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** * *
2725 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAATAAAT-AC
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC
* * *
2789 CTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGATAGACTTTCAATTATAGTCT
130 TTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
** * * * * ** *
2831 AATTTAACCATAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-ACCTTATAAAACCATTTAG
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * ** * * * * *
2894 AGCAAGTGATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGCGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-AGATGG
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGT
* * * * * * *
2958 CTTTTGCTTCACG-TTCCTAAGGCAAATATTCAATTATAGCCT
129 CTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * *
3000 -TTTTGAACTAAAAAGTTTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTT
1 GTTTT-AACTAAAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
3064 AAAGCTGA-CAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAAGGGA-TTTTTTTGGCCAATGAA
63 AAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAA
* * * * * *
3127 TGTCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACAATCAATTATAGTTT
126 TGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * *
3173 TTTTTAAC-AAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * *
3237 AGCGAGTGATAAGGCTTTT-AAAGGAAT-GAGAAAGTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGCATG
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * ** * * *
3300 CCTTTTTCTAT-ATATTTTCTAAGACA-AGTATTAAATTATAATCT
128 TCTTTTTCT-TCATGTTTCCTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCT
* * * * * * * *
3344 ATTTTAACAAAAAATATAAGAAATATTGAACTTAAAATCAATTTTTAGATAATAAAATCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
3409 AGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATAAGAT-ACTATAAATGGACCTTTCTT-CCTAAGGAAT
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT
** * * * * *
3471 GGATGTTTCTAT-ATGTTTTCTGAGATAGGCATT-ATATTATAATCT
127 GTCTTTTTCT-TCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCA-ATTATAGTCT
* * * *
3516 GTTTGAACTAAAAATATAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATTCA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA-TAAAACCATTTA
* * * *
3580 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGT-GGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAAT-
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * *
3643 TCCTTTTTCTTTATGTTT-CTCAAGGTAGACTTTTC-ATTATAGTCT
128 T-CTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGAC-ATTCAATTATAGTCT
* * * * * *
3688 GTTTTAGCCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGCTTATAAAACTATTTAG
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * ** * * *
3752 AGCAAGTAATAAAGC-TTTCATAGGCTTAAGTG-CTTGTAAATGGACTTTTCGTGCCAATCG-AT
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AAGAATAGGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAAT
* * * * * * *
3814 GACTTTTGT-TTTATG-TTCCTTAAGGCATACATTCAATTCTAGCCT
127 GTCTTTT-TCTTCATGTTTCC-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
3859 TTTTTAACTAAAAATTTTACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
3924 AGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGATTTTTTTTGCTAATGAATGTC
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC
* * * *
3989 TTTTTCTTCACGTTTACTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTTT
130 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * *
4031 GTTTTAA-TGAAAAATGAAAAATAAATTCAGCTTAAAATC-ATTTATGAGATTATAAAATCATTT
1 GTTTTAACT-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
4094 AAAGCAAGTGATAAAGG-TTTTGAAAGAAT-GTGAGATTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAA
63 AAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * ** ** * * **
4157 TGCCTTTTTCTAT-ATATTTTCTGAGACAGGTATTAAATTATAATAA
126 TGTCTTTTTCT-TCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
4203 GTTTTAAC-CAAAATGTAATAAAAACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT-A
* *
4267 AAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAAT
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *
4330 GT-TTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACTTTCAATTATAGTCT
127 GTCTT-TTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * *
4375 GTTTTAACCATAAATATACAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATT-AGCTTATAAAACCATTTAG
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * *
4439 AGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAATACTTAAGTGATTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGAT-T
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
** * * ** * *
4502 GCTTTCGCTTCACGTTCCCAAAGGCAAACATTCAATTATAG-CTT
129 -CTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-T
* * * *
4546 TTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTT
1 GTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * * ***
4610 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATACGAGACTATAAATGGACTTTTTTTTATAATGAA-
63 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * *
4673 ATCATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGGCATTCATTTATAATTT
127 GTC-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * * * * *
4719 ATTTTAA-TGAAAATGTAAAGAAATTCAATTTAAAATTAATTATCAGATTAGAAAGCTATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * **
4783 GCAAGTGATAAGGCTTCTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAGTCGACTTTTCTTACCAATGAATACC
66 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC
* * * *
4847 TTTTT-TTCACGTTTCTTGAGGTAGACTTTTAATTATAGTCT
130 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
4888 GTTTTAACCATAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAA-CTAATTATT-AGCTTATAAAATCATTTA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATT-TTGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** ** * * * *
4951 GAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGG
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
** * * * * * * *
5016 CTTTCGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAATATTCAATTATAGCCT
129 CTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * * * * *
5059 TTTTTAACCAAATATTTTAATAAAATTCAGCTTAAATTCAATTTTTACATTTTAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ***
5124 AGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTT-TTGATGATGAAT-T
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT
* * * * * * *
5186 CCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCATTTGTAATTT
129 -CTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * *
5230 GTTTTAA-TGAAAAATATAAAGAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 GTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
5294 AGCGAG
65 AGCGAG
5300 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2896, Mismatches: 621, Indels: 304
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 143 0.05
170 317 0.11
171 1076 0.37
172 1084 0.37
173 260 0.09
174 12 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
TTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
Found at i:2431 original size:515 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1460--5299 Score: 2763
Period size: 515 Copynumber: 7.5 Consensus size: 508
1450 NNNNNNNNNN
* * * * *
1460 GTTTTAACAAAAAATGTAAGACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAAT-AAACTCTTTTA
1 GTTTTAA-TAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC-CATTTA
* * * *
1524 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACCTTTCTT-CTCAATGAATG
63 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-CTTTCTTGC-CAATGAATA
** * * * * ** * *
1588 GATGTTTCTATATGTTTCCTGATA--TAGGGATTCAATTATAGTCTATTTGAACTAAAAATAT-A
126 CTTTTTTC-ATATGTTT-TTCA-AGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAA-ATGA
* * *
1650 AGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGATATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
186 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT-AGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
1715 TGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA-ATGTCTTTTTCTTTATGTTTT
250 TGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATA-GACTTTTTCTTTATGTTTC
* * * * *
1778 TCGAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
313 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * **
1843 ATTTTGACATTATAAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAA
378 ATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAA
*
1908 TGGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTCA-AG
443 TGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATT-ATAG
1972 CTT
506 CTT
* *
1975 GTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * **
2040 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATACATTGACTATTCGTGCTGATGAATACTT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACT-TTCTTGCCAATGAATACTT
* * *
2105 TTTTCATCATGTTTTTCAAGGTAGACGTTCAATTATAGTCTGTTTAAACTAAAAAATGCAAAAAA
129 TTTTCAT-ATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATG-AAAAAA
* * * *
2170 AATGT-AACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAATTATAAGGCTTTTGAA
191 AAT-TAAACTTAAAATCAATT-TTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * ** * *
2234 GGGTTGAGTGGCTATAAATGGAC-TTTCGTGCCAATAGATAG-CTTTCGCTTTATGTTCCCCAAG
254 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATAGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAG
* * * * *
2297 GTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTGAACCA-AATATGTAAAACAAAGT-AACTTAAAATCAAT
318 GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-AACCATAA-ATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
* * **
2360 TTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATG
380 TTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATG
* * ** * * * * *
2425 GACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTA-ACCATTCTTGAGG-TAGACATTCAACTATA-A
445 GACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTC-TACACGTTTCCTAAGGCAAG-CATTCAATTATAGC
2487 TCT
507 T-T
* *
2490 ATTTTAATAAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
2555 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGA-T
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCCAATGAAT-ACT
* * * * * * * * *
2619 TTTTTTATATGTTTTTCGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTGAACTAAAAATCTAAGAAAA
128 TTTTTCATATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-GAAAAAAA
* * * *
2684 ATTAAAATTAAAATGAATTTTGAAATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
192 ATTAAACTTAAAATCAATTTT-AGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** * * * * * *
2749 AATGGGTGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAAT-AAATACCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATA
256 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATAGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTA
* * *
2813 GACTTTCAATTATAGTCTAATTTAACCATAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-A
321 GACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGA
* * * * *** ** * *
2876 CCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTGATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGCGATTATAAATGGACTT
385 CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * **
2941 TTCGTGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCTAAGGCAAATATTCAATTATAGCCTT
450 TTC-TTCCAATGA-ATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAG-CTT
* * * * *
3001 -TTTGAACTAAAAAGTTTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTA
1 GTTTTAA-TAAAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
3065 AAGCTGA-CAATAAAGCTTTTGAAGGAAT-AGGAGACTATAAAGGGATTTTTTTGGCCAATGAAT
63 AAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTCTT-GCCAATGAAT
* * * * * * * *
3128 -GTCTTTTTCTTCACG-TTTTCTAAGGCAGACAATCAATTATAGTTTTTTTTAACAAAAACTGTA
125 ACT-TTTTTCAT-ATGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAA
* * * * *
3191 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTT
187 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* ** * * * *
3256 AAAGGAATGAGAAAGTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGCAT-GCCTTTTTCTATATAT-TTTC
251 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGACTTTTTCT-T-TATGTTTC
** * * * * * * *
3319 T-AAGACA-AGTATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAGAAATATTGAACTTAAAAT
313 TCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
3382 CAATTTTTAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAGAT-ACTAT
376 CAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAG-TGACTAT
* * * * * * * * ** *
3446 AAATGGACCTTTCTTCCTAAGGAATGGATGTTTCTATATGTTTTCTGAGATAGGCATT-ATATTA
440 AAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCA-ATTA
*
3510 TA-ATCT
503 TAGCT-T
* * * *
3516 GTTTGAACTAAAAATATAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATTCA
1 GTTTTAA-TAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA-TAAAACCATTTA
* * * * *
3580 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGTG-GTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATT
63 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * * * *
3644 CCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACTTTTC-ATTATAGTCTGTTTTAGCCATAAATGTAAA
126 CTTTTTTC-ATATGTTTTTCAAGGCAGAC-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAA
* * * * * * * *
3708 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATAAAGC-TTTCA
189 AAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * * *
3772 TAGGCTTAAGTG-CTTGTAAATGGACTTTTCGTGCCAATCGAT-GACTTTTGT-TTTATGTTCCT
253 -AGGAATGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATAGACTTTT-TCTTTATGTTTCT
* * * * * * * * * *
3834 TAAGGCATACATTCAATTCTAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTACAAAAATTCAACTTAAAATCA
314 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
3899 ATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAA
378 ATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAA
* * * * * * * * * *
3964 TGGATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTACTGAGGTAGGCATTCAATTATAGT
443 TGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGC
4029 TT
507 TT
* * *
4031 GTTTTAATGAAAAATGAAAAATAAATTCAGCTTAAAATC-ATTTATGAGATTATAAAATCATTTA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
4095 AAGCAAGTGATAAAGG-TTTTGAAAGAATGTGAGATTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATG
63 AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * ** * * ** * *
4159 CCTTTTTCTATAT-ATTTTCTGAGACAGGTATTAAATTATAATAAGTTTTAAC-CAAAATGTAAT
126 CTTTTTTC-ATATGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-AAA
* * * *
4222 AAAAACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
188 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT-AGATAATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
4287 AAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGA-ATG-TTTGTTTCTTCACGTTTCT
251 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATA-GACTT-TTTCTTTATGTTTCT
** * * * *
4350 TGAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATACAAAAGTTCAACTTAAAATCAA
314 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
4415 TTATT-AGC-TTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-TACTTAAGTGATTATA
379 TT-TTGA-CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-ATAAGTGACTATA
* * * ** * * * *
4477 AATAGACTTTTCGTGT-CAATGGATTGCTTTCGCTTCACGTTCCCAAAGGCAAACATTCAATTAT
441 AATGGACTTTTC-T-TCCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTAT
4541 AGCTT
504 AGCTT
* * * *
4546 TTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTT
1 GTTTTAA-TAAAAATGT--AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * ***
4610 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-ACGAGACTATAAATGGACTTTTTTTTATAATGAA-
62 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * * * * * ** *
4673 ATCATTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGTAGGCATTCATTTATAATTTATTTTAA-TGAAAATGTA
125 A-CTTTTTTCAT-ATGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAA
* * * * * * * * * * * *
4736 AAGAAATTCAATTTAAAATTAATTATCAGATTAGAAAGCTATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTCT
187 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
4801 GAAGGAATGAGTGACTATAAGTCGACTTTTCTTACCAATGAATA-CCTTTTT-TTCACGTTTCTT
251 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGACTTTTTCTTTATGTTTCTC
* * * * * *
4864 GAGGTAGACTTTTAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAA-CTAA
315 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AA
* * * * * **
4928 TTATT-AGC-TTATAAAATCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTAAGTGACTATAA
379 TT-TTGA-CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAA
* * ** * * **
4991 ATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAATATTCAATTATAG
442 ATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAG
5056 CCTT
506 -CTT
* * * * * * * * *
5060 -TTTTAACCAAATATTTTAATAAAATTCAGCTTAAATTCAATTTTTACATTTTAAAACCATTTAA
1 GTTTTAA-TAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *** *
5124 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTTTGATGATGAATTCC
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAA-TAC
* * * * * * **
5188 TTTTTT-TTCATGTTTCTT-GAGGCAGACATTCATTTGTAATTTGTTTTAATGAAAAAT-ATAAA
127 TTTTTTCAT-ATGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAA
* ** * * *
5250 GAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
189 AAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAG
5300 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2676, Mismatches: 512, Indels: 277
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
510 33 0.01
511 143 0.05
512 348 0.13
513 399 0.15
514 337 0.13
515 1119 0.42
516 282 0.11
517 15 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
GTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAATACTTTT
TTCATATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTA
AACTTAAAATCAATTTTAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATAGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
CAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGCTT
Found at i:4754 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1461--5172 Score: 1729
Period size: 343 Copynumber: 10.8 Consensus size: 338
1451 NNNNNNNNNG
* * * * * * * *
1461 TTTTAACAAAAAATGTAAGACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAAT-AAACTCTTTTAA
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAAC-CATTTAA
* * *
1525 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACCTTTCTT-CTCAATG-AATG
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGC-CAATGAAAT-
* * * * ** ** * * * * *
1588 GATGTTTCTAT-ATGTTTCCTGATATAGGGATTCAATTATAGTCTATTTGAACTAAAAATATAAG
127 -CTTTTTCT-TCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGT-A-
* **
1652 AAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TT-GATATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
188 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT-T-ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TT
* * * * * * * * * **
1715 TGAAAGA-ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTT-TT
250 TCAAAGACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG-ATGACTTTTGC-TTATGTTCCC
* * * * *
1778 TCGAGGTAGACTTTCAATTATAG-TCTG
313 T-AAGGCAAACATTCAATTATAGCT-TT
* * * *
1805 TTTTAACCATAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATATAAA
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAA
* * *
1869 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATG-AATGG
66 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCC-AATGAAAT--
* * * ** *
1932 CTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCA-AGCATTCAATTCA-AG-CTTGTTTTAATGAAAAATGTAA
127 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATT-ATAGTC-TGTTTTAACCATAAATGT-A
* * * * *
1994 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
188 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTC
* * * * * * * * ** * * **
2059 AAGGA-ATGAGAGACTATACATTGACTATTCGTGCTGATGAAT-ACTTTTTTCATCATGTT-TTT
252 AAAGACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG-ATGAC-TTTTGC-TTATGTTCCCT
* * * *
2121 CAAGGTAGACGTTCAATTATAG-TCTG
314 -AAGGCAAACATTCAATTATAGCT-TT
* * ** **
2147 TTTAAACTAAAAAATGCAAAAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTT
1 TTTTAAC-CAAAAATTTAAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATT-TTGACATTATAAAACCATTT
* * * * ** * * ** *
2210 AAAGCGAATTATAAGGCTTTTGAAGGGTTGAGTGGCTATAAATGGAC-TTTCGTGCCAATAGATA
63 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAT-GAAA
* ** * * * * * * *
2274 GCTTTCGCTTTATGTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTGAACCA-AATATGTAA
126 TCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACCATAA-ATGT-A
* * *
2338 AACAAAGT-AACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
188 AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * * * * **
2401 TAAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTAACCATT-C
251 CAAA-GACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-GATGACTTTTGCTT-A-TGTTCC
* * * * * * *
2464 TTGAGGTAGACATTCAACTATA-ATCTA
312 CTAAGGCAAACATTCAATTATAGCT-TT
** * * *
2491 TTTTAATAAAAAATGT-AATAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
2555 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGAT-
66 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAA--ATC
* * * ** * * * * * *
2619 TTTTT-TAT-ATGTTT-TTCGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTGAACTAAAAATCTAAGA
128 TTTTTCT-TCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGT-A-A
* * * * * ** *
2681 AAAATTAAAATTAAAATGAATT-TTGAAATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
189 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTC
* * ** * ** * * *
2745 AAGGA-ATGGGTGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAATAAAT-ACCTTTT-CTTCATGTT-TCT
252 AAAGACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-GATGA-CTTTTGCTT-ATGTTCCCT
* ** * * *
2806 CGAGATAGACTTTCAATTATAG-TCTA
314 -AAGGCAAACATTCAATTATAGCT-TT
* * * * * *
2832 ATTTAACCATAAA--TATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-ACCTTATAAAACCATTTAG
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGACATTATAAAACCATTTAA
** * *** ** * * ** *
2894 AGCAAGTGATAAGGCTTCCGAAGGCTTAAGCGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-AGATGG
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAAT--
* * * * * * * *
2958 CTTTTGCTTCACG-TTCCTAAGGCAAATATTCAATTATAGCCT-TTTTGAACTAAAAAGTTTTTA
127 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACCATAAA---TGTA
* * * * *
3021 AAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGACATTATAAAACCATTTAAAGC-TGACAATAAAGCTTT
188 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGC-TT
* * * * * * * ** * * * **
3084 TGAAGGA-ATAGGAGACTATAAAGGGA-TTTTTTTGGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTT
250 TCAAAGACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGT-GCCAATG-ATGACTTTTGCTT-ATGTTCC
* * *
3147 CTAAGGCAGACAATCAATTATAGTTTT
312 CTAAGGCAAACATTCAATTATAGCTTT
* * * *
3174 TTTTAA-CAAAAACTGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TTTTAACCAAAAA-TTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
3237 AGCGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAAAGTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATG-CATGC
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAAT--
** * ** * * * * * * *
3301 CTTTTTCTAT-ATATTTTCTAAGACA-AGTATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAG
127 CTTTTTCT-TCACGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAA-
* * * * ** *
3364 AAATATTGAACTTAAAATCAATTTTTAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
189 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA
** * * * * **
3429 AAGAAATAAGAT-ACTATAAATGGACCTTTC-TTCCTAAGGAATGGA-TGTTT-CTATATGTTTT
253 AAGACTTAAG-TGATTATAAATGGACTTTTCGTGCC-AATG-AT-GACT-TTTGCT-TATGTTCC
* ** ** * *
3490 CTGAGATAGGCATT-ATATTATA-ATCTG
312 CTAAGGCAAACATTCA-ATTATAGCT-TT
* * * * * * *
3517 TTTGAACTAAAAATATAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATTCAA
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTA-TAAAACCATTTAA
* * * * *
3581 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGTGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATTCC
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAAT-C
* * * *
3646 TTTTTCTTTATGTTT-CTCAAGGTAGACTTTTC-ATTATAGTCTGTTTTAGCCATAAATGTAAAA
128 TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGAC-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGT-AAA
* * * * *
3709 AAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATAAAGCTTTCATA
190 AAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * *
3774 GGCTTAAGTGCTTGTAAATGGACTTTTCGTGCCAATCGATGACTTTTGTTTTATGTTCCTTAAGG
255 GACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-GATGACTTTTG-CTTATGTTCCCTAAGG
* * *
3839 CATACATTCAATTCTAGCCTT
318 CAAACATTCAATTATAGCTTT
* * * *
3860 TTTTAACTAAAAATTTTACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
3925 GTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGATTTTTTTTGCTAATGAATGTCT
66 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAA-ATCT
* * * * ** * *
3990 TTTTCTTCACGTTTACTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGAAAAATAA
129 TTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATG-TAAA-AA
* * * * * * *
4055 ATTCAGCTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTGATAAAGGTTTTGAAAG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCAAAG
* * * * * * * * ** * *
4120 AATGT--GAGATTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTATATATTTTCTGAGA
256 ACT-TAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG-ATGACTTTTGCT-TATGTTCCCTAAGG
*** * * **
4183 CAGGTATTAAATTATA-ATAAG
318 CAAACATTCAATTATAGCT-TT
* * * * * * *
4204 TTTTAACC-AAAATGTAATAAAAACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTT-AA
* * * *
4268 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATG-AATGT
65 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAAT-C
* * * *
4332 TTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATACAAA
128 TT-TTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTA-AAA
* * * *
4397 AGTTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAT
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * *
4462 ACTTAAGTGATTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGGATTG-CTTTCGCTTCACGTTCCCAAAGG
256 ACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-GA-TGACTTTTGCTT-ATGTTCCCTAAGG
4526 CAAACATTCAATTATAGCTTT
318 CAAACATTCAATTATAGCTTT
4547 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTA
1 TTTTAACCAAAAATTT-AAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTA
***
4611 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATACGAGACTATAAATGGACTTTTTTTTATAATGAAATC
64 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATA-GAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAATC
* * * * * **
4676 ATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGGCATTCATTTATAATTTATTTTAATGA-AAATGTAAAGA
128 -TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAA-A
* * * * * * * * *
4740 AATTCAATTTAAAATTAATTATCAGATTAGAAAGCTATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTCTGAAG
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TCAAA
* * * * * * * * * * * *
4805 GA-ATGAGTGACTATAAGTCGACTTTTCTTACCAATGAAT-ACCTTTT-TTTCACGTTTCTTGAG
255 GACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG-ATGA-CTTTTGCTT-ATGTTCCCTAAG
* * * * *
4867 GTAGACTTTTAATTATAG-TCTG
317 GCAAACATTCAATTATAGCT-TT
* * * *
4889 TTTTAACCATAAATGT-AAAAAAGTTCAACTTAAAA-CTAATTATT-AGC-TTATAAAATCATTT
1 TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATT-TTGA-CATTATAAAACCATTT
* ** * * ** * ** *
4950 AGAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG-GAT
63 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAAT
** * * * * * * *
5014 GGCTTTCGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAATATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCA-AATATTTTA
127 --CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAA-A-TGTA
* * * * * ** *
5078 ATAAAATTCAGCTTAAATTCAATTTTTACATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
188 A-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
5143 AAAGGA-ATAGGAGACTATAAATGGACTTTT
252 AAA-GACTTAAGTGATTATAAATGGACTTTT
5173 TTGATGATGA
Statistics
Matches: 2642, Mismatches: 579, Indels: 296
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
339 9 0.00
340 247 0.09
341 163 0.06
342 516 0.20
343 907 0.34
344 719 0.27
345 77 0.03
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAATCTTT
TTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTA
AGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGATGACTTTTGCTTATGTTCCCTAAGGCAAACATT
CAATTATAGCTTT
Found at i:8072 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7442--8690 Score: 1123
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
7432 NNNNNNNNNN
* * * *
7442 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATTTCAAAATT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * **
7507 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAGATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTTGG
66 GATTTTAAGTTAAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG
* * *
7572 GAAACATATAA-AAAAACCATTCATTGGGAAGAAAGGTCCAT
130 GAAACATA-AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ********** * *
7613 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * * *
7678 TATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTAAATGTCTACCTCGAG
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGG
* * * *
7743 -AACGGTTAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCCAT
131 AAAC-ATAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
7784 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
** * * * ** *
7849 GATTTTAAGTTACTTTTTTTTTACATATTTGGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTACCTTG
66 GATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * *
7914 GGGAACATAAAGCGAAAGCTATCCATTGGCATGAAAAGTCCAC
129 GGAAACATAAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * * * * * *
7957 TTATAGCCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTCTAATTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAAT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AAT
* * *
8021 TAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTAGTTTAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTT
65 TGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * **
8086 GAGAAACATGATGAAAAAAGTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCAT
128 GGGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
8130 GTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATTTCATAATT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * *
8195 GATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAGCTT-GAATTGAATG-CTTGCCTT
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTC-TACCTT
* ** *
8257 GGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCAT
128 GGGAAACATAAAGAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCAT
*** * *
8301 TTATAGTTTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * ***
8366 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAG
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGG
*
8431 AAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAGTCCAT
131 AAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
8472 TTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTA-CATCAAAAT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAAT
* * * * * ** *
8536 TGATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTAAATGCCTGTCTCG
65 TGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
8601 AGAAACATATAA-AAAAA-CTATTCATTGGGAAGAAAGGTCCAT
129 GGAAACATA-AAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** *
8643 TTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 196, Indels: 50
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 57 0.07
171 461 0.54
172 86 0.10
173 233 0.27
174 15 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGG
AAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:8626 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 7442--8690 Score: 1330
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 342
7432 NNNNNNNNNN
* * * *
7442 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATTTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTACTTCAAAATT
* * * *
7507 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAGATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTTGG
66 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTTGG
* *
7572 GAAACATATAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
131 GAAACATATAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
********** * * * *
7637 NNNNNNNNNNTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTATTACA
196 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * *
7702 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTT-AAATGTCTACCTCGAG-AACGGTTAAGAAAAAGACATTT
261 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAA-GTCTACCTCGAGAAAC-ATAAAGAAAAAGACATTC
*
7765 ATTGGTAAGAAAAGTCCAT
324 ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
7784 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-TAGTCTCAAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTACT-TCAAAAT
* * * * * ** ** *
7848 TGATTTTAAG-TTACTTTTTTTTTACATATTTGGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTACCT
65 TGATTTTAAGTTTA-ATTTTTCTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCT
* * * * * * * * * * **
7912 TGGGGAACATA-AAGCGAAAGCTATCCATTGGCATGAAAAGTCCACTTATAGCCACTCAAGCCTT
128 TGGGAAACATATAA--AAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
* * * * *
7976 CAGAAGCCTTCTAATTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
191 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTAATTTTAAGTTAAA-TTT
* * * * * *
8040 TTTTACATTTTTTAGTTTAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAAA-
254 TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAG
* **
8104 AGTATTCATCAGCAAGAAAAGTCCAT
318 A-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * *
8130 GTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATTTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTACTTCAAAATT
* * * * *
8195 GATTTTAAATTGAATTTTT-TTACATTTTTCA-TTAAAACAAGCTT-GAATTGAATGCTTGCCTT
66 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGCCTGCCTT
* * * ** * *
8257 GGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTTCATTCCTTCA
129 GGGAAACATATA-AAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * *
8322 AAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
193 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
8387 ATATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATT
258 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGACATT
*
8452 CATTGGCAACAAAAGTCCAT
323 CATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
8472 TTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTACATCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTACTTCAAAATT
* * * * * *
8537 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTAAATGCCTGTCTCGA
66 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTTGG
* * *
8602 GAAACATATAAAAAAACTATTCATTGGGAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAA
131 GAAACATATAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
8667 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
196 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 152, Indels: 44
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 6 0.01
342 297 0.41
343 79 0.11
344 189 0.26
345 27 0.04
346 126 0.17
347 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTACTTCAAAATT
GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTTGG
GAAACATATAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCAT
Done.