Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397490.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_730.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12874
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 1239 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1605 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1314--3930 Score: 1822
Period size: 171 Copynumber: 15.3 Consensus size: 170
1304 NNNNNNNNNN
* * ** *
1314 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
* * ** * * * *
1379 AGACTTTTCTTACCAATAAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGGT-GACATTC-ATCTGTAG
66 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCA-AGTAGACATTCAAT-TATAG
* * * *
1442 TTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTTAACTTAAAGTCGA
129 TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTGAACTTAAAATCAA
* *
1485 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGTCTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
* * * * * * * * *
1550 AGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTCTATCCATGGTTCTCCAAGCAAACATTCAATTATAATC
66 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATAGTC
* ** *
1615 TGTTTTAATCATTAATGA-ACAAAATTGAA-TCTAAAATCAA
131 TGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTGAACT-TAAAATCAA
* * * * * ** *
1655 TTTTTAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGAAATAAGAGAT-TATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTG-TCTATAAA
* * * * * * * *
1719 T-GAACATTTGTTGCCTATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTCCT-CGAGATAAACATTCACTTATA
65 TAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAAG-TAGACATTCAATTATA
* * * *
1782 GTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTCAAAATCAA
128 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTGAACTTAAAATCAA
* ** * * * *
1826 TTATAAGATTATAAAATTATTTCAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
* * * * * * *
1891 GGACTTTTGC-TGCTAATGAATACCTTTCTCTTTACGTTTCT-CATGGTAGACATTCAATTATAA
66 AGACTTTT-CTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCA-AGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
1954 TTTTTTTTAA-CAAATAATGTAAAAAAAAATTGAA-TCCAAAATCAA
129 TCTGTTTTAACCAAA-AA--T-ATAAAAAATTGAACT-TAAAATCAA
* * * * ** *
1999 TTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGAT-TATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTG-TCTATAAA
* * * ** * * *
2063 TGGACATTTCTTACGTATAAATACTATTT-TCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAG
65 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTCTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATAG
* * * * *
2127 GCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAA
129 TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTGAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
2170 TTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAAAAATGTGTGTCTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
* * * ** *
2235 AGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTTATATTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAAT
66 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCAATTATAGT
* *
2299 CT-TTTGTAACCAAAATGTAAAAAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
130 CTGTTT-TAACC-------AAAAATATAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
2347 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGAGTGACAATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
* * ** * * *
2412 AGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCACCATGTTTCT-CAATGTAGAGATTCAATTATAAT
66 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCAATTATAGT
*
2476 ATGTTTTAACCAAAAAGTGA-AAAAAATTGAACTTAAAATCAA
130 CTGTTTTAACCAAAAA-T-ATAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
2518 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAACAAGGCTTTTAAAGTAATGGGAGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
** * * * *
2583 AGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
66 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
2648 TGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATT-AACTTAAAAGCAA
131 TGTTTTAACCAAAA--ATATAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* * * * *
2689 TTATGAGATT-TAGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAAA
1 TTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAA
* * * * * *
2753 TGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGACTTTTACT-AT-ACATTTC-CTAAGGTAGGCATTCAATTA
65 TAGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTT-CTCTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCAATTA
* * ** * * *
2814 TAGTCTATTTGAATGAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAA
126 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTGAACTTAAAATCAA
* * * * * *
2860 TTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTCTGAAGGAATTGGT-TACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGT-CTATAAA
* * * * * * * *
2924 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTAACATTTCAT-GAGGTAGACATTTAATTATTG
65 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTC-TCCAAGTAGACATTCAATTATAG
* * * * *
2988 TCTGTTTTAACTAAAGATGCA-AAAAAATTCAACTCAAAATAAA
129 TCTGTTTTAACCAAAAAT--ATAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* ********** * *
3031 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
* * * * *
3096 AGATTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTCCCTTCATGTTT-TACAAGGTAGACATTCAATTATAGT
66 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCAATTATAGT
* * * *
3160 CTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAA
130 CTGTTTTAAC-CAAAAA-TATAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* ********** * * * **
3203 TTTTGNNNNNNNNNNACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCATCTAT-AA-
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
* * * * * * * * ** *
3266 A-ACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTGTCTCCATC-TTTCTCGAGGTAAACATTTTATTATAAT
66 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCA-CGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATAGT
* ** * *
3329 CTATTTTAACCATTAATGTAAAAAAAATTGAA-TCGAAAATCAA
130 CTGTTTTAACCA--AAAATATAAAAAATTGAACT-TAAAATCAA
* * * * * *
3372 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTT-ACAGAGATAGGAGAT-TATAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGAAATGGGTG-TCTATAA
* * * * *
3435 ATGGACATTTCTTGCCTATGAATGCATTTTTTTTTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTA
64 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC--TTTTCTCTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCAATTA
* * *
3499 TAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAA
126 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTGAACTTAAAATCAA
* * * * * *
3545 GTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTT-AAAAGAATGAGTGTCTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGTCTATAAA
* * * * *
3609 T-GAACTTTTGTTGCAAATGAATGCCTTCCTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATA
65 TAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCAATTATA
* * * *
3672 ATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATTGAA-TCTAAAATCAA
128 GTCTGTTTTAACCAA-AA-ATATAAAAAATTGAACT-TAAAATCAA
* * * * *
3717 TTTTGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGAT-TATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTG-TCTATAAA
** * ** * * * * * * * *
3781 CGGACTTTTCTTACCAACAAATGATTTTTTCTTCAGGTTTGTCGAGGGAGACATTCATTTATAGT
65 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATAGT
* * * * *
3846 CTATCTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
130 CTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* * *
3888 TTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGCCTTTT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
3931 TTCACGTTTC
Statistics
Matches: 1920, Mismatches: 432, Indels: 188
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 123 0.06
170 174 0.09
171 967 0.50
172 241 0.13
173 218 0.11
174 52 0.03
177 130 0.07
178 12 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAAT
AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGACATTCAATTATAGTC
TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
Found at i:2854 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1317--3930 Score: 2306
Period size: 342 Copynumber: 7.6 Consensus size: 341
1307 NNNNNNNTTA
* * * * * *
1317 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAATGACTATAAATAG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGA-GATTATAAATGG
* * * * * *
1381 ACTTTTCTTACCAATAAAT-ATTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGGT-GACATTC-ATCTGTAGT
65 ACTTTTCTTACTAATGAATGA-CTTTTTCTT-ACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT-TATAGT
* * * * * * *
1443 TTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTTAACTTAAAGTCGATTATGAGATTATAAAACCATTTA
126 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
**
1508 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGC
191 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGC
* * * * * * * * * * *
1573 CTTTCTATCCATGGTTCTCCAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCATTAATG--AACA
256 CTTTCTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAATGTAAAAA
1636 AAATTGAATCTAAAATCAATTT
320 AAATTGAATCTAAAATCAATTT
* * * * *
1658 TTAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGAAATAAGAGATTATAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGA
* * * * * * * * *
1723 CATTTGTTGCCT-ATGAATG-CTTTTTTCTTCACGTTCCTCGAGATAAACATTCACTTATAGTCT
66 CTTTTCTT-ACTAATGAATGAC-TTTTTCTT-ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * ** *
1786 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTTCAA
128 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
1851 GCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTGCTGCTAATGAATACCT
193 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCT
* * * *
1916 TTCTCTTTACGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACAAATAATGTAAAAAA
258 TTCTCTTCACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AATGT-AAAAA
*
1980 AAATTGAATCCAAAATCAATTT
320 AAATTGAATCTAAAATCAATTT
* * * * *
2002 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGATTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGA
* * * * *
2067 CATTTCTTACGT-ATAAAT-ACTATTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAGGCT
66 CTTTTCTTAC-TAATGAATGACT-TTTTCTT-ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * *
2130 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAA
128 ATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
2195 GCAAGCAATAAGGCTTTTGAAA-AAATGTGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCC
193 GCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCC
* ** *
2259 TTTCTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTGTAACCAAAATGTAAAAAA
257 TTTCTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAATGT------
2323 AAAAAAAATTGAA-CTTAAAATCAATTT
315 AAAAAAAATTGAATC-TAAAATCAATTT
* * * * * * *
2350 TGAGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGAGTGACA--ATAAATA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAAT-AG-GAGATTATAAATG
* * * * *
2413 GACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTT-TCACCATGTTTCTCAATGTAGAGATTCAATTATAAT
64 GACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCTTA-CA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * * * *
2476 ATGTTTTAACCAAAAA-GTGAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
126 CTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * **
2540 AAATCAAGTAACAAGGCTTTTAAAGTAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATG
190 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATG
* * * *
2605 CTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAA
255 CCTTTCTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-TGTAAAA
* *
2670 AAAATT-AA-CTTAAAAGCAATTA
319 AAAATTGAATC-TAAAATCAATTT
* * * * **
2692 TGAGATT-TAGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAAATGG
1 TGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGG
* *
2756 ACTTTTCTT-CTTAATGAATGACTTTTACTATACATTTC-CTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTC
65 ACTTTTCTTAC-TAATGAATGACTTTTTCT-TACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * *
2819 TATTTGAA-TGAAAAATGTAAACA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTT
127 TATTTTAACT-AAAAATGTAAA-AGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * *
2882 AAAGTGAGTAATAAGGATTCTGAAGGAATTGGT-TACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
190 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGT-CTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAAT
* * * * * ** * *
2946 GCTTTTTTCTTAACATTTCAT-GAGGTAGACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAGATG-CA
254 GCCTTTCTCTTCACGTTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-ATGTAA
* * *
3009 AAAAAATTCAA-CTCAAAATAAATTA
317 AAAAAATTGAATCT-AAAATCAATTT
* ********** * * * * *
3034 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGA
* * * *
3099 TTTTTCTT-GTCAATGAATG-CTTTTCCCTT-CATGTTTTACAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
66 CTTTTCTTACT-AATGAATGACTTTT-TCTTACAT-TTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * * * ********** *
3161 TGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGNNNNNNNNNNACTATTTA
127 TATTTTAACTAAAAATGT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** *
3226 AATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCATCTAT-AA-A-ACTTTTGTTACCAATGAATGC
191 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGC
* * * ** * *
3288 CTTTGTCTCCATC-TTTCTCGAGGTAAACATTTTATTATAATCTATTTTAACCATTAATGTAAAA
256 CTTTCTCTTCA-CGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAATGTAAAA
*
3352 AAAATTGAATCGAAAATCAATTT
319 AAAATTGAATCTAAAATCAATTT
* * * *
3375 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTT-ACAGAGATAGGAGATTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA-AGAAATAGGAGATTATAAATGG
* * * * *
3439 ACATTTCTTGCCT-ATGAATGCATTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
65 ACTTTTCTT-ACTAATGAATG-A-CTTTTTCTT-ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * *
3503 CTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTA
126 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
3568 AAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGTCTATAAAT-GAACTTTTGTTGCAAATGAATG
191 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATAG-ACTTTTGTTGCCAATGAATG
* ** *
3632 CCTTCCTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAA
255 CCTTTCTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AATGTAAAA
3697 AAAATTGAATCTAAAATCAATTT
319 AAAATTGAATCTAAAATCAATTT
* *
3720 TGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAACGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGA
* ** * * * * *
3785 CTTTTCTTACCAACAAATGATTTTTTCTT-CAGGTTTGTCGAGGGAGACATTCATTTATAGTCTA
66 CTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCTTACA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
* * *
3849 TCTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAA
129 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
3913 GCGAGTAACAAGCCTTTT
193 GCGAGTAATAAGGCTTTT
3931 TTCACGTTTC
Statistics
Matches: 1851, Mismatches: 338, Indels: 166
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 70 0.04
341 353 0.19
342 428 0.23
343 244 0.13
344 298 0.16
345 170 0.09
346 3 0.00
347 10 0.01
348 264 0.14
349 7 0.00
350 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGA
CTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
TTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTC
TCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAAATTG
AATCTAAAATCAATTT
Found at i:3871 original size:685 final size:680
Alignment explanation
Indices: 1317--3930 Score: 2519
Period size: 685 Copynumber: 3.8 Consensus size: 680
1307 NNNNNNNTTA
* * * *
1317 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAATGACTATAAATAG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGA-GACTATAAATGG
* * * * * *
1381 ACTTTTCTTACCAATAAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGGT-GACATTC-ATCTGTAGTT
65 ACATTTCTTACCTATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGGTAGACATTCAAT-TATAGTC
* * * * *
1444 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTTAACTTAAAGTCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
129 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** *
1509 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCC
194 AGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCC
* * * * * *
1574 TTTCT-ATC-CATGGTTCTCCAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCATTAATG-AAC
258 TTTCTCTTCACAT--TTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAATGAAAA
* * *
1635 AAAATTGAATCTAAAATCAATTTTTAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAA
319 AAAATTGAA-CTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
* * * * * * * *
1700 AGAAATAAGAGATTATAAAT-GAACATTTGTTGCCTATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTCCTCGA
383 AGAAATAGGAGATTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * * *
1764 GATAAACATTCACTTATAGTCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTCAAAATCAATT
447 GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
1828 ATAAGATTATAAAATTATTTCAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGTCTATAAATGG
512 TTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGG-ATCTATAAA--G
* * * * *
1893 ACTTTTGCTGCTAATGAATACCTTTCTCTTTACGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTATAATTT
574 ACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTTACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
1957 TTTTTAACAAATAATGTAAAAAAAAATTGAATCCAAAATCAATTT
638 ATTTTAAC-CATAATGT-AAAAAAAATTGAATCCAAAATCAATTT
* * * * *
2002 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGATTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATGGA
* * * *
2067 CATTTCTTACGTATAAATACTATTTTCTTCACGTTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAGGCTA
66 CATTTCTTACCTATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
* * * * *
2131 TTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAG
131 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
2196 CAAGCAATAAGGCTTTTGAAAA-AATGTGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCT
196 CGAGCAATAAGGCTTTT-AAAAGAATG-GTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCT
* *
2260 TTCTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTGTAACCAAAATGTAAAAAAA
259 TTCTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAATG-------A
* * * *
2324 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTT
316 AAAAAAATTGAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
* * **
2389 TGAAGTAATGAGTGACA--ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCACCATGTTTC
380 TGAAGAAAT-AG-GAGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * * *
2452 TCAATGTAGAGATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-GTGAAAAAAATTGAACTTAAAATC
443 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
2516 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAACAAGGCTTTTAAAGTAATGGGAGACTATAA
508 AATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGA-TCTAT-A
* * * * *
2581 ATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG
571 A-AGACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
2646 TCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATT-AA-CTTAAAAGCAATTA
635 TCTATTTTAACCATAA-TGTAAAAAAAATTGAATC-CAAAATCAATTT
* * * * * *
2692 TGAGATT-TAGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAAATGG
1 TGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATGG
* * * * * * *
2756 ACTTTTCTT-CTTAATGAATGAC-TTTTACTAT-ACATTTC-CTAAGGTAGGCATTCAATTATAG
65 ACATTTCTTACCT-ATAAAT-ACTTTTTTCT-TCACGTTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
2817 TCTATTTGAA-TGAAAAATGTAAACA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCAT
127 TCTATTTTAACT-AAAAATATAAA-AGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * *
2880 TTAAAGTGAGTAATAAGGATTCTGAAGGAATTGGT-TACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
190 TTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAA-TGGTGT-CTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGA
* * * * * ** * *
2944 ATGCTTTTTTCTTAACATTTCAT-GAGGTAGACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAGATGC
253 ATGCCTTTCTCTTCACATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-ATGA
* * * * **********
3008 AAAAAAATTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTT
316 AAAAAAATTGAACT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
* * * * * ** **
3073 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTCCCTTCATGTTT-TA
380 TGAAGAAATAGGAGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT-
* * * *
3137 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATTA
444 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
********** *
3202 ATTTTGNNNNNNNNNNACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCATCTATAAA
509 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGG-ATCTATAAA
* ** * **
3267 -ACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTGTCTCCATC-TTTCTCGAGGTAAACATTTTATTATAATC
573 GACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTTA-CGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
*
3330 TATTTTAACCATTAATGTAAAAAAAATTGAATCGAAAATCAATTT
637 TATTTTAACCA-TAATGTAAAAAAAATTGAATCCAAAATCAATTT
* * * *
3375 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTT-ACAGAGATAGGAGATTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGAAATAGGAGACTATAAATGG
* * * *
3439 ACATTTCTTGCCTATGAATGCATTTTTTTTTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGT
65 ACATTTCTTACCTATAAAT--ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* *
3503 CTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTA
128 CTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
3568 AAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGTCTATAAAT-GAACTTTTGTTGCAAATGAATG
193 AAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAATG-GTGTCTATAAATAG-ACTTTTGTTGCCAATGAATG
* * * *
3632 CCTTCCTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAA
256 CCTTTCTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AATG-AAAA
*
3697 AAAATTGAATCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
319 AAAATTGAA-CTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
** ** * * * *
3762 AGAAATAGGAGATTATAAACGGACTTTTCTTACCAACAAATGATTTTTTCTTCAGGTTTGTCGAG
383 AGAAATAGGAGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * *
3827 GGAGACATTCATTTATAGTCTATCTTAA-TCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
448 GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
3890 ATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAACAAGCCTTTT
512 TTGAGATTATAAAA-CTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTT
3931 TTCACGTTTC
Statistics
Matches: 1556, Mismatches: 303, Indels: 140
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
682 77 0.05
683 81 0.05
684 157 0.10
685 540 0.35
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687 5 0.00
689 10 0.01
690 248 0.16
691 28 0.02
692 260 0.17
693 5 0.00
694 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (680 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATGGA
CATTTCTTACCTATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTT
CTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGAAAAAAAATTG
AACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAG
GAGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
TAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGATCTATAAAGACTTTTGTTACC
AATGAATGCCTTTCTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCATAA
TGTAAAAAAAATTGAATCCAAAATCAATTT
Found at i:4329 original size:462 final size:461
Alignment explanation
Indices: 3465--4381 Score: 1125
Period size: 462 Copynumber: 2.0 Consensus size: 461
3455 AATGCATTTT
* * *
3465 TTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAAT
1 TTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAGTATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* *
3530 TCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAA
66 TCAACTTAAAATCAAGTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAA
* * * * *
3595 TGAGTGTCTATAAATGAACTTTTGTTGCAAATGAATGCCTTCCTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
131 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATAAATGCCTTCCTCTTCACATTTCTGAAGGTAGA
* * * * * * *
3660 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATTGAATCTAAAATCAATTTTGAGA
196 CATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAAA
* * *
3725 TTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAACGGACTTTT
261 TTATAAAACCACTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTATAAACGGACTTTT
* * * * *
3790 CTTACCAACAAATGATTTTTTCTTCAGGTTTGTCGAGGGAGACATTCATTTATAGTCTATCTTAA
326 CTTACCAACAAATGATTTTTTCTTCAGATTTCTCGAGAGAGACAGTCAATTATAGTCTATCTTAA
* *
3855 TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTA
391 TCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
3920 ACAAGCC
455 ACAAGCC
* * * * *
3927 TTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGGCAGTCAATTGTTA-TATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATT-ATAGTATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * *
3991 TTCAATTTAAAATCAATTATCG-GATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
65 TTCAACTTAAAATCAAGTAT-GAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAAG
* * * ** *
4055 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTTCTAT-ACATTTCCTGGA-
129 AATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-AAATAAATGCCTTCCTCT-TCACATTT-CTGAAG
* * ** * *
4117 GTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAATGAAAAATATATAAAAAATTCAACCTAAAATCGATTG
191 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTG
* * * *
4182 TGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT-AAGCTTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAATGG
256 TGAAATTATAAAACCACTTAAAACGAGTAATAAAGC-TTTTGAAGAAATAAGAGACTATAAACGG
* ** * *
4246 AGTTTTCTTACCAATGAATG-TATTTTTCTTCATATTTCTC-ATGATAGACAGTCAATTATTA-T
320 ACTTTTCTTACCAACAAATGAT-TTTTTCTTCAGATTTCTCGA-GAGAGACAGTCAATTA-TAGT
* * *
4308 CTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
382 CTATCTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
4372 AAGAGAGTAA
446 AAGAGAGTAA
4382 TAATGCTTTT
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 60, Indels: 21
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
461 48 0.12
462 328 0.85
463 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (461 bp):
TTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAGTATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAAGTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAA
TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATAAATGCCTTCCTCTTCACATTTCTGAAGGTAGA
CATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAAA
TTATAAAACCACTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTATAAACGGACTTTT
CTTACCAACAAATGATTTTTTCTTCAGATTTCTCGAGAGAGACAGTCAATTATAGTCTATCTTAA
TCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
CAAGCC
Found at i:4408 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3968--5137 Score: 1186
Period size: 170 Copynumber: 6.8 Consensus size: 168
3958 TTGTTATATG
* * * *
3968 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATCG-GATAATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
4032 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATAAATGGCT
64 GCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAAT-GTT
* *
4097 TTTTCTATACA--TTTC-C-TGGAGTAGGCATTCAATTATAGTCTA
126 TTTTCT-T-CATGTTTCTCATAGA-TAGACATTCAATTATAGTCTA
* * * * * * *
4139 TTTGAATGAAAAATATATAAAAAATTCAACCTAAAATCGATTGTGAAATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * ** * *
4204 ATGAGTAATAAGCTTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATGTAT
64 GCGAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGT-T
* *
4269 TTTTCTTCATATTTCTCAT-GATAGACAGTCAATTATTA-TCTA
126 TTTTCTTCATGTTTCTCATAGATAGACATTCAATTA-TAGTCTA
*
4311 TTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * *
4375 AGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATAAATAGCTT
65 CGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAAT-GTTT
* * * * *
4440 TTTCTACACGTTTC-C-TAGAGCAGGCATTCAATTATAGTCAA
127 TTTCTTCATGTTTCTCATAGA-TAGACATTCAATTATAGTCTA
* *
4481 TTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
4546 TGAGCAATAAGCCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTT
65 CGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATG-TTT
** *
4611 TTTCTTCATGTTT-TTTTAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
127 TTTCTTCATGTTTCTCATAGATAGACATTCAATTATAGTCTA
* *
4652 TTTTAATCAAAAAA-GTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
4716 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTAC-AGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
63 AGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATG-
*
4780 TTTTTTCTTCATGTTTCTCA-ATG-TAGACATTCAATTATAGTCTG
124 TTTTTTCTTCATGTTTCTCATA-GATAGACATTCAATTATAGTCTA
* * * *
4824 TTTTAACTAAAAATATAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATC
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** **
4889 GAGCAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTTTTAATAAATAACTTT
66 GAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATAAAT-GTTTT
* * * * * *
4954 TTCTACACGTTTC-C-TAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCAA
128 TTCTTCATGTTTCTCATAGA-TAGACATTCAATTATAGTCTA
* * * *
4994 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGT
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
5059 GAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTATTGCCAATAAATGCTTTT
66 GAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATG-TTTT
5124 TTCTTCATGTTTCT
128 TTCTTCATGTTTCT
5138 TAAGGTAGAT
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 124, Indels: 86
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 12 0.01
170 375 0.45
171 162 0.19
172 269 0.32
173 12 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGTTTTTTC
TTCATGTTTCTCATAGATAGACATTCAATTATAGTCTA
Found at i:4665 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3968--5124 Score: 1347
Period size: 342 Copynumber: 3.4 Consensus size: 338
3958 TTGTTATATG
* * * *
3968 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATCG-GATAATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
4032 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATAAATGGCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAAT-GCT
* * * *
4097 TTTTCTATACATTTCCTGGAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAATGAAAAATATATAAAAA
129 TTTTCTACACGTTTCCTAGAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAA-ATATAAAAA
* * * * *
4162 ATTCAACCTAAAATCGATTGTGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGCTTTTTGAAGA
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAATGAGCAATAAGCTTTTTGAAGG
** * * * *
4227 AATAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATG-TATTTTTCTTCAT-ATTTCTCATGA
256 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGG
*
4290 TAGACAGTCAATTATTA-TCTA
318 TAGACATTCAATTA-TAGTCTA
* *
4311 TTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
4375 AGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATAAATAGCTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAAT-GCTT
* * *
4440 TTTCTACACGTTTCCTAGAGCAGGCATTCAATTATAGTCAATTTTAATAAAAAATGTAAAAATAT
130 TTTCTACACGTTTCCTAGAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA-AT
* *
4505 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGCCTTTTCAAGGAA
194 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA-TGAGCAATAAGCTTTTTGAAGGAA
* * *
4570 TGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTTTAGGTAGA
258 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGA
4635 CATTCAATTATAGTCTA
322 CATTCAATTATAGTCTA
* *
4652 TTTTAATCAAAAAA-GTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
4716 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTTAC-AGTAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTA-TAAATGGACTTTTCTT-CTCAATAAAT
* * * *
4778 GCTTTTTTCTTCATGTTT-CTCA-ATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATAT
126 GC-TTTTTCTACACGTTTCCT-AGA-GTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATAT
* *
4840 AAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGCAATAA-CGTTTT
187 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAT-GAGCAATAAGC-TTTT
* ** * * * * *
4904 TGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTTTTAATAAATAAC-TTTTTCTACACGTTTCC
250 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTACAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTTC
* * * *
4968 TAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCAA
313 TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
* * *
4994 TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
5058 TGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTATTGC-CAATAAATGCTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATAAATGCTT
5122 TTT
130 TTT
5125 TCTTCATGTT
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 85, Indels: 52
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 102 0.14
341 152 0.22
342 282 0.40
343 162 0.23
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGCTTT
TTCTACACGTTTCCTAGAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAATGAGCAATAAGCTTTTTGAAGGAATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATT
CAATTATAGTCTA
Found at i:4907 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3968--5146 Score: 1637
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 512
3958 TTGTTATATG
* * *
3968 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATCG-GATAATAAAACTATTTAA
1 TTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAAATTATAAAACTATTTAA
* * * * * **
4031 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATAAATGGC
63 AGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGACAATAAAT-GC
* ** * *
4096 -TTTTTCTATACAT-TTCCTGGA-GTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAATGAAAAATATATA
127 TTTTTTCT-T-CATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTGAATCAAAAATATATA
* *
4158 AAAAATTCAACCTAAAATCGATTGTGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGCTTTTTG
190 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTGTGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGCTTTTTG
*
4223 AAGAAATAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATGTATTTTTCTTCATATTTCTCAT
255 AAGAAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTATTTTTCTTCATATTTCTCAT
* *
4288 GATAGACAGTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAATTAATTAT
320 GATAGACAGTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAATTAAAATCAATTAT
* * * *
4353 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAATGGAC
385 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGGAC
* *
4418 TTTTCTTCTTAATAAATAGCTTTTTCTACACGTTTCCTAGAGCAGGCATTCAATTATAGTCAA
450 TTTTCTTCTTAATAAATAACTTTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCAA
*
4481 TTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAG
* * *
4546 TGAGCAATAAGCCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTT
65 TGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGACAATAAATGCTTT
* * *
4611 TTTCTTCATGTTTTTTTAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAA-AGTA-AAAAA
130 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTGAATCAAAAATA-TATAAAAA
* * * * *
4674 ATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAA
194 A-TTCAACCTAAAATCAATTGTGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-GCTTTTTGAA
* * * * *
4738 GGAATGAGTTAC-AGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAA
257 GAAATAAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-TATTTTTCTTCATATTTCTC-A
* * * *
4801 TG-TAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-ACTTCAACTTAAAATCAAT
319 TGATAGACAGTCAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAA-TTAAAATCAAT
** * *
4863 TATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGCAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATG
382 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATG
*
4928 GACTTTTCTTTTTAATAAATAACTTTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCA
447 GACTTTTCTTCTTAATAAATAACTTTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCA
4993 A
512 A
4994 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGT
1 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGT
* * *
5059 GAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTATTGCCAATAAATGCTTTT
66 GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGACAATAAATGCTTTT
5124 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
131 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
5147 TATTTAATNN
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 60, Indels: 29
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.01
512 153 0.26
513 430 0.73
514 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
TTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGT
GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGACAATAAATGCTTTT
TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTGAATCAAAAATATATAAAAAAT
TCAACCTAAAATCAATTGTGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGCTTTTTGAAGAAA
TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTATTTTTCTTCATATTTCTCATGATAGA
CAGTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAATTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCT
TCTTAATAAATAACTTTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCAA
Found at i:5498 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5165--7483 Score: 1457
Period size: 170 Copynumber: 13.7 Consensus size: 170
5155 NNNNNNNNNN
* * * ** *
5165 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTTGA-TAATAAA
1 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACT-AGAAA
* * * ** ** * * *
5229 TGGACTTTTCTTACCAAAGAATGTTTTTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACTTTCAATTATAAT
65 TAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * *
5294 ATTTTTTAACCAAAAAAGTGAAAAAAA--GAACTTAAAATCAA
129 CTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
5335 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTATGTAGTAATGGGGGACTAGAAAT
1 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAAT
* * * *
5400 AGACTTGTCTTACCAATGAATGTTTTTTTCTTTACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATAGTC
66 AGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
5464 -GTTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AA
130 TG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAA
* * * * * * *
5505 TTTTGAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGAAATGGGTGATTATAAA
1 TTTTGAGATTAT-AAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAA
* * * * * *
5569 TAGACTTTTTTTCTCAATGAATGGC-TTTTACTACACATTTCCTGAGGTA-AGCATTTAATTATA
65 TAGACTTTTCTTC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATA
* * ** * *
5632 GTCTATTTGAA-TGAAAGTGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAA
127 GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
5675 TTATGAAATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGAATGAGAGACTAAAAA
1 TTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAA
* * * *
5739 TAGACTTTTCTTGCAAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGGTAGACATTCAATTATAGT
65 TAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * * *
5804 CTGTTTTAGTCAAAAAAGTTTTAAAAAAA-TGAACTTAAAACCAA
129 CTGTTTTA-ACCAAAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
5848 TTTTGAGATTATAAAA-TAATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATGAGAGACTAGAAA
1 TTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAA
* * * * *
5912 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATTTAGGAAGACATTCAATTGTAGT
65 TAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * *
5977 CTGTTTTAGCCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAA
129 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
6019 TTATGGGATT-TAGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGG-CTATAA
1 TTTTGAGATTATA-AAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGGGACTAGAA
* * * * * * *
6082 ATGGACTTTTCTTCTCAACGAATGGC-TTTTACTACACATTTCCTAAGGTA-AGCATTCAATTAT
64 ATAGACTTTTCTTC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTAT
* * ** * *
6145 AGTCTATTTCAATGAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAA
126 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
6190 TTATGAAATTATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-A------A--AG-AG
1 TTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAA
* ** ** * *
6244 T-GA---TTATT--AATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTTATGAGGTAGACATTTAATTATTGTC
65 TAGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * *
6303 TG-TTTAACCAAAAATGCAAACAAATTGAACTTAAAATTAA
130 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
6343 TTTTGAGATTCTAAAACCATTTAAATCGTGTAATAAAGTTTTTAAAGGAATGGGAGACCATG-AA
1 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTA-GAAA
* * * * * *
6407 TGGAGTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGTTAGACATTTAATTATAGT
65 TAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * * *
6472 CAGTTTGAGCCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCAA
129 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * ** *
6514 TTATGAGATTA-AAAACCTATTTAAAGT-GAGTAAAAACACTTTTGAAAGAATGGGTGTTTATAA
1 TTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAA
* * * * * *
6577 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCGTTTCTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
64 ATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAG
** * * *
6642 TCTGTTTTAAATAATAATGCAAAAAAATTGAA-TCTAAAATCAA
128 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAA
* * ** *
6685 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GTGAAATAAGGCTCCT-AAAGAA------A-TAG---
1 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAA
* * * * *
6738 GAGACTTTTCTTGCATATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTATTGAGGTAGACATTTAATTATAGT
65 TAGACTTTTCTTCCA-ATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
6803 CTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
129 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
6844 TTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAATCTAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAAT-GGTGACTATAAAT
1 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAAT
* * * * * *
6908 AGACTTTTCTTCTCAATGAATCGC-TTTTACTACACATTTCCTGAGGTA-AGTATTCATTTATAG
66 AGACTTTTCTTC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAG
* ** * * *
6971 TCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATTAA
128 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
************************** * * *
7014 TTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATG-AA
1 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTA-GAAA
* * * * ** * * *
7078 TGGACTTTTCTTGTCAATGTATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAATGTAGATATTCAAGTATAGT
65 TAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * * *
7143 CTGTTTTATCCAAAAAAGGAAAAAAAATTGAACTTAAAATTAA
129 CTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** * * * * * *
7186 TTTTGAGGGTATAAAAAC-ATTTAAATCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGTAATGCGAGACTATAAA
1 TTTTGAGATTAT-AAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAA
* * * **********
7250 TAGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGT
65 TAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
* *
7315 CTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AA
129 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAA
* * * * * * * ** *
7357 TTATGAGATTA-GAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGAGAATAAAT
1 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAAT
* * * * *
7421 AGACTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTACTACACATTTCCTAAGGTA-AGCATTCAATTATAG
66 AGACTTTTCTTC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAG
7484 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1649, Mismatches: 413, Indels: 174
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 69 0.04
154 39 0.02
155 1 0.00
157 4 0.00
158 1 0.00
159 53 0.03
160 74 0.04
161 2 0.00
162 2 0.00
163 5 0.00
164 2 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
167 4 0.00
168 8 0.00
169 102 0.06
170 508 0.31
171 494 0.30
172 136 0.08
173 133 0.08
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTAGAAAT
AGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
Found at i:5561 original size:643 final size:633
Alignment explanation
Indices: 4527--5781 Score: 1533
Period size: 643 Copynumber: 2.0 Consensus size: 633
4517 CAATTATGAA
* * *
4527 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGCCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * *
4592 TCTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTTTAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
66 TCTTGACAAAGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* *
4657 ATCAAAAAAGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
131 ACCAAAAAAGTAAAAAAA--TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* ** * * *
4722 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTACAGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTC
194 TAATAAGGCTTATGAAGGAATGAGGGACAGTAAATAGACTTGTCTTACCAATGAATGCTTTTTTC
* * * *
4787 TTCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACTTCAAC
259 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAAC
* * *
4852 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGCAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGT
324 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTGAAGAAATGGGT
* * * * *
4917 GAATATAAATGGACTTTTCTTT-TTAATAAATAACTTTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGGCATT
389 GAATATAAATAGACTTTT-TTTCTCAATAAATAACTTTTACTACACATTTCCTAAAGCAAGCATT
*
4981 CAATTATAGTCAATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATA
453 CAATTATAGTCAATTTGAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATA
* * * ** *
5045 AAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTATTG
517 AAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGAGAGACTAAAAATAGACTTTTATTG
*
5109 CCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTTAATNNNNNNNNNNTTTTGAG
581 CAAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTTAAT----------TTTTGAG
* * *
5172 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTTGA-TAATAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTT
* * * *
5236 TTCTT-ACCAAAGAATGTTTTTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACTTTCAATTATAATATTTTT
65 TTCTTGA-CAAAGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTT
* *
5300 TAACCAAAAAAGTGAAAAAAA-GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATCAA
129 TAACCAAAAAAGT-AAAAAAATGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
* * * *
5364 GTAATAAGGCTTATGTAGTAATGGGGGACTAG-AAATAGACTTGTCTTACCAATGAATGTTTTTT
193 GTAATAAGGCTTATGAAGGAATGAGGGAC-AGTAAATAGACTTGTCTTACCAATGAATGCTTTTT
* ** *
5428 TCTTTACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATAGTC-GTTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATT
257 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATT
* * * *
5491 CAACTTAAAAGT-AATTTTGAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGAA
320 CAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTGAAGAA
* * ** * * *
5554 ATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTACTACACATTTCCTGAGGTAA
383 ATGGGTGAATATAAATAGACTTTTTTTCTCAATAAATAACTTTTACTACACATTTCCTAAAGCAA
* * * * *
5619 GCATTTAATTATAGTCTATTTGAATGAAAGTGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAAAT
448 GCATTCAATTATAGTCAATTTGAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAAT
* * * *
5684 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGAATGAGAGACTAAAAATAGACTTTTC
513 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGAGAGACTAAAAATAGACTTTTA
* *
5749 TTGCAAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTT
578 TTGCAAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
5782 GGGGTAGACA
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 77, Indels: 24
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
641 1 0.00
642 46 0.09
643 343 0.66
644 6 0.01
645 119 0.23
646 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (633 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGACAAAGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA
ACCAAAAAAGTAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTATGAAGGAATGAGGGACAGTAAATAGACTTGTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTT
CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
ATATAAATAGACTTTTTTTCTCAATAAATAACTTTTACTACACATTTCCTAAAGCAAGCATTCAA
TTATAGTCAATTTGAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAT
CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGAGAGACTAAAAATAGACTTTTATTGCAAAT
AAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTTAATTTTTGAG
Found at i:5577 original size:473 final size:463
Alignment explanation
Indices: 4692--5577 Score: 1064
Period size: 473 Copynumber: 1.9 Consensus size: 463
4682 TTAAAATCAA
* *
4692 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTACAGTAAAT
1 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTTACAATAAAT
* * * * *
4757 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAGTC
66 GGACTTTTCTTACCAAAGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATA
* **
4822 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
131 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAACAACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * ***
4887 TCGAGCAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTTTTAATAAATAACT
196 TCAAGCAATAACGCTTATGAAGGAATGGGGGAATAGAAATAGACTTGTCTTACCAATAAATAACT
* * *
4952 TTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCAATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAT
261 TTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTCAATTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
* *
5017 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAA
326 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAA
* *
5082 TGGGTGACTATGAATGGACTTTTATTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
391 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
5147 TATTTAAT
456 TATTTAAT
5155 NNNNNNNNNNTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GT
1 ----------TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGT
* * *
5219 TGATAATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGTTTTTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACTTT
56 T-ACAATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATT
* * *
5284 CAATTATAATATTTTTTAACCAAAAA-AGTGAAAAA-AAGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
120 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-T-AAAAACAACAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
5347 AAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTATGTAGTAATGGGGGACTAGAAATAGACTTGTCTTA
183 AAAACCATTTAAATCAAGCAATAACGCTTATGAAGGAATGGGGGAATAGAAATAGACTTGTCTTA
* *** ** * * * * ** * *
5412 CCAATGAATGTTTTTTTCTTTACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATAGTCGTTTTTAGCCAA
248 CCAATAAATAACTTTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTCAATTTTAACAAA
* *
5476 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTTTGAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
313 AAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAAATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
5539 AAGGCTTTTGGAGAAATGGGTGATTATAAATAGACTTTT
375 AAGCCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
5578 TTTCTCAATG
Statistics
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473 306 0.88
474 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (463 bp):
TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTTACAATAAAT
GGACTTTTCTTACCAAAGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATA
TGTTTTAACCAAAAATATAAAAACAACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
TCAAGCAATAACGCTTATGAAGGAATGGGGGAATAGAAATAGACTTGTCTTACCAATAAATAACT
TTTTCTACACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTCAATTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAA
TGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
TATTTAAT
Found at i:6567 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
6242 AGTGATTATT
*
6252 AATGAATGCTTTTTTCTTCATA-TTT-TATGAGGTAGACATTTAATTATTGTCTGTTTAACCAAA
1 AATGAATGCTTTTTTCTTCA-AGTTTCT-TGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAACCAAA
* * * * *
6315 AATGCAAACAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTCTAAAACC-ATTTAAA-TCGTGTAATA
64 AATGCAAA-AAATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATT-AAAAACCTATTTAAAGT-GAGTAAAA
* * * *
6378 AAGTTTTTAAAGGAATGGGAGACCATGAATGGAGTTTTCTTACC
126 AACTTTTGAAAGGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * *
6422 AATGAATACTTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGTTAGACATTTAATTATAGTCAGTTTGAGCCAAAA
1 AATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTT-AACCAAAA
* * *
6487 ATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAACCTATTTAAAGTGAGTAAAAACA
65 ATGCAAAA-AATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAACCTATTTAAAGTGAGTAAAAA-A
* *** *
6552 CTTTTGAAA-GAATGGGTGTTTATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 CTTTTGAAAGGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * ** *
6593 AATGAATGCGTTTCTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAATA
1 AATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAA
*
6658 ATGCAAAAAAATTGAATCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTG
65 ATGC-AAAAAATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATTA-AAAACCTATTTAAAGTG
6713 TGAAATAAGG
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 54 0.23
171 165 0.69
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAA
TGCAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAACCTATTTAAAGTGAGTAAAAAACTT
TTGAAAGGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTACC
Found at i:6751 original size:160 final size:159
Alignment explanation
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Period size: 160 Copynumber: 1.8 Consensus size: 159
6570 TTTATAAATG
*
6580 GACTTTTCTTGCCA-ATGAATGCGTTTCTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
1 GACTTTTCTTG-CATATGAATGCGTTTCTCTTCAAGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
6644 TGTTTTAAATAATAATGCAAAAAAATTGAA-TCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTA
65 TGTTTTAAACAAAAATG-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
6708 AAGTGTGAAATAAGGCTCCTAAAGAAATAGGA
128 AAGTGTGAAATAAGGCTCCTAAAGAAATAGGA
* * * * * * *
6740 GACTTTTCTTGCATATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTATTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCT
1 GACTTTTCTTGCATATGAATGCGTTTCTCTTCAAGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
6805 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAA
66 GTTTTAAACAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
6869 TCTAGTAATA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 17, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
159 42 0.38
160 68 0.62
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
GACTTTTCTTGCATATGAATGCGTTTCTCTTCAAGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
GTTTTAAACAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGTGAAATAAGGCTCCTAAAGAAATAGGA
Found at i:7002 original size:495 final size:492
Alignment explanation
Indices: 5231--7002 Score: 1506
Period size: 495 Copynumber: 3.5 Consensus size: 492
5221 ATAATAAATG
* * * ** * *
5231 GACTTTTCTTACCAAAGAATG-TTTTTTTCTTCATATTTCTCAATGTAGAC-TTTCAATTATAAT
1 GACTTTTCTT-GCAATGAATGCTTTTTTT-TTCATGTTT-TTGAGGTAGACATTT-AATTATAGT
* * * * *
5294 ATTTTTTAACCAAAAAAGTGAAAAAA-AGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTA
62 CTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** * * * *
5358 AATCAAGTAATAAGGCTTATGTAGTAATGGGGGACTAGAAATAGACTTGTCTTACCAATGAAT-G
126 AATCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCG
* * * *
5422 TTTTTTTCTTTACGTTT-TTTAGGT-AGACATTCAATTATAGTCGT-TTTTAGCCAAAAATATAA
190 -CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAGTC-TATTTTAGCCAAAAATGTAA
* * * **
5484 AAAAATTCAACTTAAAAGTAATTTTGAGATTTAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
253 AAAAA-T----TTAAAAGCAATTATGAGATTTAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAACACTTTTG
* * ** * * * *
5549 GAGAAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTACTACACATTTCCTGA
313 AAGAAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACGAATGGCTTTTACTACACATTTCCTAA
* * * * * *
5614 GGTAAGCATTTAATTATAGTCTATTTGAATG-AAAGTGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTA
378 GGTAAGCATTCAATTATAATCTATTTAAATGAAAAGTGCAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTA
* * * * *
5678 TGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGAATGAGAGACTAAAAATA
443 TGAAATTATAAAATCATTTAAAACGAGAAATAAGGC---T--C---CT-A-A-A--GAAAAGA
* *
5741 GACTTTTCTTGCAAATGAATG-TTTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGGTAGACATTCAATTATAGTC
1 GACTTTTCTTGC-AATGAATGCTTTTTTT-TTCATGTTT-TTGAGGTAGACATTTAATTATAGTC
* * * * * **
5805 TGTTTTAGTCAAAAAAGTTTTAAAAAAATGAACTTAAAACCAATTTTGAGATTATAAAATAATTT
63 TGTTTTA-ACCAAAAA--TGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
5870 AAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATGAGAGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
125 AAATCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATC
* * * * * *
5934 GCTTTTTTCTTCATGTTTATTTAGG-AAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGAAA
189 GC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAA
* * * **
5998 AAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGGGATTTAGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
253 AAAAA-T----TTAAAAGCAATTATGAGATTTAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAACACTTTTG
6063 AAGAAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACGAATGGCTTTTACTACACATTTCCTAA
313 AAGAAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACGAATGGCTTTTACTACACATTTCCTAA
* * *
6128 GGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTA
378 GGTAAGCATTCAATTATAATCTATTTAAATGAAAAGTGCAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTA
* ** * *
6193 TGAAATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGA
443 TGAAATTATAAAATCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTCCTAAAGAAAAGA
* * * * *
6243 G--TGATTATT--AATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTTATGAGGTAGACATTTAATTATTGTCT
1 GACT-TTTCTTGCAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTT-TGAGGTAGACATTTAATTATAGTCT
* * *
6304 G-TTTAACCAAAAATGCAAACAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTCTAAAACCATTTAAA
64 GTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
6368 TCGT-GTAATAAAGTTTTTAAAGGAATGGGAGACCATGAATGGAGTTTTCTTACCAATGAATAC-
128 TC-TAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-CG
* * * * *
6431 TTTTTTCTTTACGTTTCTTGA-GTTAGACATTTAATTATAGTC-AGTTTGAGCCAAAAATGTAAA
190 CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAGTCTA-TTTTAGCCAAAAATGT-AA
* *
6494 AGAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA-TTAAAAACCTATTTAAAGTGAGTAAAAACACTTTTG
253 A-AA---AATTTAAAAGCAATTATGAGATTTAAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAAAAACACTTTTG
* ** * *
6558 AA-AGAATGGGTGTTTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCGTTTCT-CTTCA-AGTTT
313 AAGA-AATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAACGAATGGC-TTT-TACTACACA-TTT
* * *
6618 -CTCGAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAT-AATAA-TGCAAAAAAATTGAA-TCTA
373 CCT-AAGGTAAG-CATTCAATTATAATCT-ATTTAAATGAA-AAGTGCAAAAAAATTCAACT-TA
* * * ** *
6678 AAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGTGAAATAAGGCTCCTAAAGAAATAGGA
433 AAACCAATTATGAAATTATAAAATC-ATTTAAAACGAGAAATAAGGCTCCTAAAGAAA-A-GA
*
6740 GACTTTTCTTGCATATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTATTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCT
1 GACTTTTCTTGCA-ATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTT-TTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCT
* * * *
6805 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAT
64 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAT
* * *
6870 CTAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATCGCTT
129 CTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGAATCGCTT
* * * * * * ***
6934 TTACTACACATTTCCTGAGGTAAG-TATTCATTTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
193 TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAA
6998 TTTAA
258 TTTAA
7003 TTTAAAATTA
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 157, Indels: 121
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
494 23 0.02
495 301 0.29
496 21 0.02
497 10 0.01
498 45 0.04
499 13 0.01
500 71 0.07
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515 66 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (492 bp):
GACTTTTCTTGCAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATCT
AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCGCTTTTT
CTTCACGTTTCTTGAGGTAAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTT
AAAAGCAATTATGAGATTTAAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAACACTTTTGAAGAAATGAGTGG
CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACGAATGGCTTTTACTACACATTTCCTAAGGTAAGCATTCAA
TTATAATCTATTTAAATGAAAAGTGCAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAA
TCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTCCTAAAGAAAAGA
Found at i:8303 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7676--12317 Score: 1542
Period size: 343 Copynumber: 13.6 Consensus size: 341
7666 NNNNNNNNNN
* *
7676 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCATGAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTC-TCAGGTAGA
* * * * *
7741 CATTTAATTA-TAGTCCGTTTTAGTCAAAAATTTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGG
65 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGG
* * * *
7805 ATTATAAAACAATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGAGAGACTAGAAATAAACTTT
128 ATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATG-GAGACTATAAATAAACTTT
* * * * ** * *
7870 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
192 TCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTTTA
* * * ********* *
7935 GCCAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAGTCAA-TNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAA-TCG
257 ACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACT-ATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT-G
* **
7998 AGTAATAAGGCTTTTGAGGGAA
320 AGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * *
8020 TGGGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTACCAATAAAAGCTTTTTTCTTCACATTTCTCACGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCA-GGTAGA
* * * * * * *
8085 TAGTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGAT
65 CATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGAT
* * * * **
8150 TATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGAAATGGACGACTATAAATGGACTTTTC
130 TATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGA-GACTATAAATAAACTTTTC
* * *
8215 TT-CTTAATAAATAGC-TTTTTCTACAAATTTTCCTTAAACAAG-CAGTCAATTGTAGTCTATTT
194 TTGC-CAATAAAT-GCTTTTTTCTAC-AAGTTT-CTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTT
* *
8277 TAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTG
255 TAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTG
8341 AGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
320 AGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * *
8363 TGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTC-AGGTAGA
* * * *
8428 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATTTTG
65 CATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATGT---AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * * * *
8492 AGATTATAATACCATTTAAATCTAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGATT
126 GGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATG-GAGACTATAAATAAACT
* * * * * * ** *** * * * *
8557 TTTTTTCCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGGTGACATTCATTTGTAGTTTATTT
190 TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTT
* * * * * * * * * * *
8622 TAATAAAAAATGTAAAA-GAATACAACTTCAAACCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
255 TAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTG
** *
8686 AGTAATAAGAGTTTTGAAGGAA
320 AGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * * * * * * * * *
8708 TTGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTCTCTCCATAGTTT-TCCAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACA-TTTCT-CAGGTAG
* * * * ** * **
8772 ACATTTAATTATAAACTGTTTTAATCACTAATGTAAAAAAAATTGAA-TCTGAAATCAATTTTTA
64 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTGAACT-TAAAATCAATTTTGG
* * * * * * **
8836 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATATGAGATTATAAATGGA-TA
127 GATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAACT-
* * * * *** * *
8900 TTTCTTGCCTATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATAATAGTCTATTT
190 TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTT
* * * * * * * *
8965 TAGCCAAAAATGTAAAA-GAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
255 TAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
9029 AGCAATAAGGCTTTTGAAAGAA
320 AGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * * * * ** * * *
9051 TGGG-CATCAATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTTGCGTTTCTAATGGTAT
1 TGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCA-GGTAG
* * *
9115 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA
64 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGG
* * * * * **
9178 GATTATAAAACTATTTAAAT-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACAATAAATGGACT
127 GATTATAAAACCATTTAAATCA-AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAACT
* ** * * * * ***** * *
9242 TTTTTTATCAATGAATG-TTGTTTTCTTCACGTGT-TTCGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
190 TTTCTTGCCAATAAATGCTT-TTTTCTACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATT
* * * * * * *
9305 TTAGA-ACAAAAT-ATAAAA-AAATTAAACTTAAAAGCAATTATGAGATT-TAGAACTATTTAAA
254 TTA-ACAAAAAATGA-AAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
* **
9366 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAA
317 GTGAGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * * * *
9391 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGAATAGC-TTTTACTACACATTTCCTGAGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACATTT-CTCAGGTA
* ** * * * * *
9454 -AGCATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATGTAAAATATAAAAAAATTCACCTTAAAATAAATTATG
63 GA-CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
** * * * * * * * **
9517 AAATTATAAAGCCATTT-ATTGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAGATGGAC
126 GGATTATAAAACCATTTAAATCA-AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAAC
* * * * * *** * * * * * *
9581 TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCGCA-TTTCATGAGGTAGATATTTAATTATTGTTTGT
189 TTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTAC-AAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTAT
* * **********************
9645 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAG
253 TTTAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* ** *
9708 CGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAA
318 TGAGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * * ** * *
9732 TGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCATGTTGCTTGAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTC-TCAGGTAGA
* * * * *
9797 CATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTATAAGAATTCAACTTAAAAT-AGATTATGA
65 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCA-ATTTTGG
* * * ****************
9859 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT---G--A---A-NNNNNNNNNNNNNNNN
127 GATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGAGACTATAAATAAACTTT
************** ****** * *
9915 NNNNNNNNNNNNNNGCTTTTCCTTC-AC-A-TTTCTCGTGGTAGACAGTCAGTTATTA-TCTGTT
192 TCTTGCCAATAAATGCTTTT--TTCTACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTA-TAGTCTATT
* * * * *
9976 TCAATAAAAAAGTGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGGAATTATAAAACCATTTAAAG
254 TTAACAAAAAA-TGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
10040 CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAA
318 TGAGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * * * * * * * *
10064 TGAGTGACTGTAAATGGCCTTTTCTT-CATAATAAATAGC-TTTTTCTACACGTTTCCTGAAGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACATTT-CTCAGGTA
* ********** * * * **
10127 AACATTCAATTANNNNNNNNNNTAATAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAT-AA
63 GACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGG
* * * * * * * * **
10191 ATTTATAAAAACAGTTAAAAT-GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATGAATGGACT
128 A-TTATAAAACCA-TTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATG-GAGACTATAAATAAACT
* * ** *** * * * *
10255 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTA-ACA-TTTCACGAGGTAA-ATA-TTAATTATAATCTG
190 TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTC-TACA-AGTTTC-TTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTA
* * * * * * *
10316 TTTTAACTAAAAAA-G--TAACAAATTTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAATCATTT
252 TTTTAAC-AAAAAATGAAAAACAAA--TTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTT
** * *
10378 AGAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAGCGAA
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** * * * * *
10406 TGGAAGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTCTTTACATATTTTGAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTTCTTCACAT-TTCTCAGGTAG
** * ** * * * * * *
10471 ACATTCAATTATGGTTTGTTTTAACCAAATATGTAAAAGAATTTAACTTAAAACCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGA
********** * * * * * ***
10536 TTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTATAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
129 TTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATG-GAGACTATAAATAAACTTTT
* * * * * * **** * * * *
10601 CTTGCCGATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGTGTGACATTCATTTGTAGTCTGTTTTAA
193 CTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTTTAA
* * * * ** * ************ **
10666 CCAAAACTGTAAAA-GAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGNNNNNNNNNNTATTTAAAACGAGT
258 CAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* *
10730 AATAAGGCTTTTGAAGGAA
323 AATAAGCCTTTTGAACGAA
** * * * * * * *
10749 TATGTGTCTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTCT-TTC-CATGGTTTTCAGGACA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACAT--TTCTCAGG-TA
* * * ** *********************
10812 GACATTTAATTATAATCTGTTTTAATTATTAATGTAAAAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
63 GACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGG
*** * * * * * * ** *
10877 NNNTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAGTGGACAT
127 GATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAACTT
* * * * * * * *** ** *
10942 TCCTTGCCTATGAATGCTATTTTGTTCACGTTT-TTCAAGGTAGACCTTCAATTATAGTTTATTT
191 TTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTT-AAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTT
* * * * * * * * *
11006 TAATAAAAAATGTATAA-GAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
255 TAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
11070 TGCAATAAGGC-TTTGTAGGAA
320 AGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * * * * ****
11091 TGGGTGTCTATAAATAGG-CTTTTGC-TGCCAATAAATACCTTTCT-TTC-CATGGTTCTCTCAC
1 TGGGTGACTATAAAT-GGACTTTT-CTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACAT--TTCTCAGGT
* * ** *
11152 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAATTAATGTAAAGAAAATTGAA-TCTAAAATTAATTTT
62 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA-AAAATTGAACT-TAAAATCAATTTT
*** * * * * * * **
11216 TAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGAC
125 GGGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAAC
* * * * * * * *** *
11281 ATTCCTTGCCTATGAATGC-TTTTTCGTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTAT
189 TTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTC-TACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTAT
* * * * * * *
11345 TTTAACCAAAAATGTAAAA-GAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA-AAAATCATTTAAAG
253 TTTAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
11408 CGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAA
318 TGAGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
** * * * **
11432 TGGGTTTCTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTTGCATTTCTCATGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCA-GGTAGA
* ** * *
11497 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAAAATTGAA-TCTAAAATCAATTTTGA
65 CATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGT--AAAAAAATTGAACT-TAAAATCAATTTTGG
* * * ** *
11561 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-AAATAAGAGATTATAAATGGACA
127 GATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAACT
** * * ** * *
11625 TTTCTTGCTTATAAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAAATATAGTCTATT
190 TTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTTAA-ACAAGACAGTCAATTATAGTCTATT
* * * * * * * * *
11688 TTAACTAAAAATGTAAAA-GAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAATCATTTAAAGC
254 TTAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
11752 GAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAA
319 GAGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
* * * * * * * * * * *
11775 TGGGTGTCTATAAATGAACTTTTGTTCCCAATAAATGCCTTTCTATTTACGTTTCTCAAGGTAAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTC-AGGTAGA
* * * * * * * *
11840 CATTCAATTATAATATGTTTTAGTCAAAAA-GCAAAAATAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGA
65 CATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGA
* * * * * * * **
11904 CTATAAAACTATTTAAATCGAGTAGTAAGGCTTTT-AAGTAATGGGTGACAATAAATGGACTTTT
129 TTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAACTTTT
* * * * ** * ** * * * * * *
11968 CTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACCTTTCTCAATGTAA-ATATTCAATTATAATATGTGTTA
193 CTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTTAA-ACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTTTA
* * * * * * * * *
12032 ACCACAAA-GTAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAA-TCAA
257 ACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGT-GA
* *
12094 GTAATAAGGCTTTCGAA-GTAA
321 GTAATAAGCCTTTTGAACG-AA
* * * ** * *
12115 TGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATGGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTC-AGGTAGA
* * *** * * * * *
12180 CGTTCAATTA-TAGTCTATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGA
65 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGA
* * * * * **
12244 TT-TGAGAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAGGAAATGGGTGACTATAAATGGACTT
129 TTAT-AAAACCATTTAAATC-AAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GGAGACTATAAATAAACTT
12307 TTCTTGCCAAT
191 TTCTTGCCAAT
12318 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 3324, Mismatches: 835, Indels: 281
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAGGTAGAC
ATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGGATT
ATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGAGACTATAAATAAACTTTTCTT
GCCAATAAATGCTTTTTTCTACAAGTTTCTTAAACAAGACAGTCAATTATAGTCTATTTTAACAA
AAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGCCTTTTGAACGAA
Found at i:8721 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7676--9898 Score: 1793
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 171
7666 NNNNNNNNNN
* * * *
7676 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCAT-GAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAG
* ** * * * * * *
7740 ACATTTAATTATAGTCCGTTTTAGTCAAAAATTTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGGG
65 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
7805 ATTATAAAACAATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** ** *
7848 TGAGAGACTAGAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGAAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* *** * * *******
7913 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAGTCAATNNNNNNN
66 CATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*** * * *
7978 NNNTAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * *
8020 TGGGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTACCAATAAAAGCTTTTTTCTTCACATTTCTCACGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * *
8085 TAGTCAATTATTA-TCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGA
66 CATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
8149 TTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGAAA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** * * * ** * **
8191 TGGACGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATAAATAGC-TTTTTCTACAAATTTTCCTTAAAC
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTC-ACGTTT-CTCAAGG
* * * *
8254 AAG-CAGTCAATTGTAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATG
62 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
8318 AAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAACGAA
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* *
8363 TGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * * *
8428 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATTTTG
66 CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
8492 AGATTATAATACCATTTAAATCTAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAA
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * *
8537 TGAGTGACTATAAATAGATTTTTTTTCCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGGT-G
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAG
* * * * * * * *
8601 ACATTCATTTGTAGTTTATTTTAATAAAAAATGTAAAAGAATACAACTTCAAACCGATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
8666 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGAA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAA
* * * * * * * * * * *
8708 TTGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGCCTTTCTCTCCATAGTTT-TCCAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGTAG
* ** * * ** * * * *
8772 ACATTTAATTATAAACTGTTTTAATCACTAATGTAAAAAAAATTGAA-TCTGAAATCAATTTTTA
65 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGA
* *
8836 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** * * * *
8880 TATGAGATTATAAATGGA-TATTTCTTGCCTATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
* *** *
8944 ACATTCAATAATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
9009 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * **
9051 TGGG-CATCAATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTTGCGTTTCT-AATGGTA
1 TGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GGTA
* * * * * *
9114 TATATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTG
64 GACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** *
9177 AGATTATAAAACTATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAA
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * ** *
9222 TGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATG-TTGTTTTCTTCACGTGTT-TC-GGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCACGT-TTCTCAAGGTA
* * * * *
9284 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGA-ACAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAAGCAATTATGA
64 GACATTCAATTATAGTCTATTTTA-ATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * **
9348 GATT-TAGAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * *
9391 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGAATAGC-TTTTACTACACATTTC-CTGAGGT
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGT
** * * *
9453 A-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGTAAAATATAAAAAAATTCACCTTAAAATAAATTATG
63 AGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * *
9517 AAATTATAAAGCCATTTATTGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAA
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
9562 TGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCGCATTTCAT-GAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAG
* * * * * ** ********
9626 ATATTTAATTATTGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ANNNNNNNN
65 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
************** **
9690 NNNNNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAA
130 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * **
9732 TGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCATGTTGCTTGAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
* * *
9797 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTATAAGAATTCAACTTAAAAT-AGATTATGAG
66 CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAG
*
9860 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
9899 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1610, Mismatches: 385, Indels: 113
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 75 0.05
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172 481 0.30
173 14 0.01
174 133 0.08
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
Found at i:10329 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10152--10539 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
10142 NNNNNNNTAA
**
10152 TAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAAACAGTTAAAATGAGT
1 TAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAAA-TTATAAAAACAGTTAAAACAAGT
* * *
10216 AATAAGCCTTTTGAAG-GAAT-GAGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTCT
64 AATAAGCCTTTTG-AGCGAATGGA-AGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCT
*
10278 TCTTAACAT-TTCACGAGGTAAATATT-AATTATAATCTGTTTTAAC
127 TCTTAACATATT-ACGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * * *
10323 TAAAAAA-GTAACAAATTTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAGAACAAGT
1 TAAAAAATGTAA-AAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACAGTTAAAACAAGT
* *
10387 AATAAGGCTTTTGAGCGAATGGAAGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTC
64 AATAAGCCTTTTGAGCGAATGGAAGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTTC
* ** * ** *
10452 TTTACATATTTTGAGGTAGACATTCAATTATGGTTTGTTTTAAC
129 TTAACATATTACGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
10496 -CAAATATGTAAAAGAATTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTAT
1 TAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT
10540 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 28, Indels: 19
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.05
171 90 0.50
172 54 0.30
173 26 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAACAGTTAAAACAAGTAA
TAAGCCTTTTGAGCGAATGGAAGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTCTTCTT
AACATATTACGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
Found at i:11249 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10880--12320 Score: 866
Period size: 170 Copynumber: 8.4 Consensus size: 168
10870 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10880 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGAT-TATAAGTGGAC-ATT
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTG-TCTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
10943 CCTTGCCTATGAATG-CTATTTTGTTCACGTT-TTTCAAGGTAGACCTTCAATTATAGTTTATTT
64 GC-TGCCAATGAATGCCT-TTCT-TTCATGTTCTCTC-A--TAGACATTCAATTATAATCTATTT
**
11006 TAATAAAAAATGTATAAG--AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
123 TAACCAAAAATGTA-AAGAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* *
11051 TATAAAACTATTTAAAGCGTGCAATAAGGCTTTGTAGGAATGGGTGTCTATAAATAGG-CTTTTG
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAAT-GGACTTTTG
* * * *
11115 CTGCCAATAAATACCTTTCTTTCCATGGTTCTCTCACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T
65 CTGCCAATGAATGCCTTTCTTT-CAT-GTTCTCTCATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * * *
11179 AATTAATGTAAAGAAAATTGAA-TCTAAAATTAATTTTTAAAT
128 AA-AAATGTAAAGAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
11221 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATAGGAGAT-TATAAATGGAC-ATT
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGG-CTTTGAAGGAATGGGTG-TCTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
11284 CCTTGCCTATGAATGCTTTTTCGTTCACGTT-TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT
64 GC-TGCCAATGAATGC-CTTTCTTTCATGTTCTCTC-A--TAGACATTCAATTATAATCTATTTT
*
11348 AACCAAAAATGTAAA-AGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
124 AACCAAAAATGTAAAGAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
*
11392 TA-AAAA-TCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTTCTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACT-ATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTT
* * ** *
11455 GTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTTGCAT-TTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
64 GCTGCCAATGAATGCC-TT-TCTTT-CATGTTCTC-TCATAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * *
11519 ACCAATAATGTAAAAAAAAATTGAA-TCTAAAATCAATTTTGAGAT
125 ACCAAAAATGT-AAAGAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGAT
* * * ** ** * *
11564 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAAGAGAT-TATAAATGGACATTT
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTG-TCTATAAATGGACTTTT
** * * * * * *
11628 -CTTGCTTATAAATG-CTTTTTCTTCAAGTT-TCTCAAGGTAAACATTCAAATATAGTCTATTTT
64 GC-TGCCAATGAATGCCTTTCT-TTCATGTTCTCTC-A--TAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * *
11690 AACTAAAAATGTAAA-AGAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
124 AACCAAAAATGTAAAGAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* * *
11734 TACAAAA-TCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGTCTATAAATGAACTTTT
1 TATAAAACT-ATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
11798 GTTCCCAATAAATGCCTTTCTATTTACGTT-TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
64 GCTGCCAATGAATGCCTTTCT-TTCATGTTCTCTC-A--TAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
** * * * * * *
11862 GTCAAAAA-GCAAA-AATAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGAC
125 ACCAAAAATGTAAAGAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
11905 TATAAAACTATTTAAATCGAGTAGTAAGGCTTTTAAGTAATGGGTGACAATAAATGGACTTTT-C
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTGC
* * * * ** * * * * *
11969 TTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACCTT-TCTCAATGTAAATATTCAATTATAATATGTGTTAA
66 -TGCCAATGAATGCCTTTCT-TTCATGTTCTCTC-A--TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * *
12033 CCACAAA-GTAAA-AAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
126 CCAAAAATGTAAAGAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * *
12074 TATAAAACCATTGAAATCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGGGAGACTATAAATAGACTTTT-
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTT-GAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTG
** * * * * *
12138 CTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTT-TCTCGAGATGGACGTTCAATTATAGTCTATTTTA
65 C-TGCCAATGAATGCCTTTCT-TTCATGTTCTCTC---ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * *
12202 GCCAAAAATATAAA-AAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGAT
125 ACCAAAAATGTAAAGAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* * ** *
12245 T-TGAGAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTG-AGGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 TAT-AAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTTGAAGG-AATGGGTGTCTATAAATGGACTTT
12308 T-CTTGCCAATGAA
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12321 NNNNNNNNNN
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TATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTGC
TGCCAATGAATGCCTTTCTTTCATGTTCTCTCATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
AATGTAAAGAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:11433 original size:341 final size:335
Alignment explanation
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10870 NNNNNNNNNN
*
10880 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAGTGGACATTCC
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTCC
* * * * * *
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66 TTGCCTATGAATGCT-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
* * *
11010 AAAAAATGTATAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGTGCA
130 CAAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGCA
* * * * *
11074 ATAAGGC-TTTGTAGGAATGGGTGTCTATAAATAGGCTTTTGCTGCCAATAAATACCTTTCTTTC
194 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAAT-GACTTTTGTTACCAATAAATGCCTTTCTTT-
*
11138 CATGGTTCTCTCACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAATTAATGTAAAGAAAATTGAATC
257 CAT-GTTCTCTCA-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA-TAATGTAAA-AAAATTGAATC
* *
11203 TAAAATTAATTTTTAAAT
318 TAAAATTAATTTTGAGAT
*
11221 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTCC
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTCC
*
11286 TTGCCTATGAATGCTTTTTCGTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
66 TTGCCTATGAATGCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
11351 CAAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA-AAAATCATTTAAAGCGAGCAA
130 CAAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAA
* *
11415 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTTCTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTT
195 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAAT-GACTTTTGTTACCAATAAATGCC-TT-TCTTT
** *
11480 GCAT-TTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAAAATTGAA
257 -CATGTTCTC-T-CAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAATAATGT--AAAAAAATTGAA
*
11544 TCTAAAATCAATTTTGAGAT
316 TCTAAAATTAATTTTGAGAT
* * * * *
11564 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAAGAGATTATAAATGGACATTTC
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTCC
* * * * *
11629 TTGCTTATAAATGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAGTCTATTTTAACT
66 TTGCCTATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACC
* * *
11694 AAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGCAAT
131 AAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAAT
* * *
11759 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGTCTATAAATGAACTTTTGTTCCCAATAAATGCCTTTCTATTTA
196 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATG-ACTTTTGTTACCAATAAATGCCTTTCT-TTCA
* * * * * *
11824 CGTT-TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGTCAA-AAAGCAAAAATAATT-AAAC
259 TGTTCTCTCAA-G---ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AATAATGTAAAAA-AATTGAATC
*
11886 TTAAAATTAATTTTGAGAC
318 -TAAAATTAATTTTGAGAT
* * * * * ** * *
11905 TATAAAACTATTTAAATCGAGTAGTAAGGCTTTT-AAGTAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTCC
* * * * * * * * * *
11969 TTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACCTTTCTCAATGTAAATATTCAATTATAATATGTGTTAAC
66 TTGCCTATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
* * * * * * * * * *
12034 CACAAA-GTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAATCAAGTAA
130 CAAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAA
* * * * * * * * *
12098 TAAGGCTTTCGAAGTAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTC
195 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAAT-GACTTTTGTTACCAATAAATGCCTTTCT-TTC
* * * ** * * *
12163 ATGTT-TCTCGAGATGGACGTTCAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAA-C
258 ATGTTCTCTC-A-A--GACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAATAATGTAAAAAAATTGAATC
** *
12226 TTAAAAGCAATTATGAGAT
318 -TAAAATTAATTTTGAGAT
* * * * * * * * *
12245 T-TGAGAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAGGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTC
*
12309 CTTGCCAATGAA
65 CTTGCCTATGAA
12321 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
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TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTCC
TTGCCTATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACC
AAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCTATAAATGACTTTTGTTACCAATAAATGCCTTTCTTTCATG
TTCTCTCAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAATAATGTAAAAAAATTGAATCTAAAATTA
ATTTTGAGAT
Found at i:11845 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 8025--12317 Score: 1357
Period size: 514 Copynumber: 8.4 Consensus size: 510
8015 GGGAATGGGT
* * * * * * * * *
8025 GACTAAAAATAGACTTTTCTTACCAATAAAAGCTTTTTTCTTCACA-TTTCTCACGGTAGATAGT
1 GACTATAAATAGACATTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGATAAACATT
* * **
8089 CAATTATTA-TCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGATTA
65 CAATTA-TAGTCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
* * * ** *
8152 TAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGAAATGGACGACTATAAATGGACTTTTCTT
128 CAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * ** * * * * *
8217 -CTTAATAAATAGCTTTTTC-TACAAATTTTCCTTAA-ACAAGCAGTCAATTGTAGTCTATTTTA
192 GC-CAATAAAT-GCTTTCTCATTC-ACGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA
** * * * * * * * *
8279 ATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
253 ACCAAAAA-GCAAAAAGAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * *
8343 TAATAAGCCTTTTGAACGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTC
317 CAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTCTC
* * * * *
8408 TTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAACT
381 TTCACATTTCTCAATGTAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACC-ACAAAGT---AAAAAAATT
* * * * * * * *
8473 GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAATACCATTTAAATCTAGTAATAAGTCTTT-TAAAGGAA
442 AAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAA-AAA
* *
8537 TGAGT
506 TAAGA
** * ** * * * * *
8542 GACTATAAATAGATTTTTTTTCCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGGT-GACATT
1 GACTATAAATAGACATTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGATAAACATT
* * * * * * * * * *
8606 CATTTGTAGTTTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAGAATACAACTTCAAACCGATTATGAGATTAT
65 CAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAC
* * * *
8670 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGAATTGGTGTCTATAAATAGACTTTTGTT
129 AAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
8734 GCTAATGAATGCCTTTCTC-TCCATAGTTT-TCCAGGCAGACATTTAATTATAA-ACTGTTTTAA
192 GCCAATAAATG-CTTTCTCATTCA-CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATA-TATTTTAA
* * * * * * * * * * * *
8796 TCACTAATGTAAAAAAAATTGAA-TCTGAAATCAATTTTTAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
254 CCA-AAAAGCAAAAAGAATTAAACTC-AAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* * ** * ** * * * * * *
8860 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATATGAGATTATAAATGGA-TATTTCTTGCCTATAAATGCTTTTTT
317 CAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACAATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATACCTTTCT
* * * * * * * * * * * *
8924 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATAATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAGAATTCA
380 CTTCACATTTCTCAATGTAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACCACAAA-GTAAAAAAATTAA
* * * * * * *
8989 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAAT--
444 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAAAATAA
*
9052 GG
509 GA
* * * * ** * * * *** * * *
9054 GCATCAATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTTGCGTTTCT-AATGGTATATA
1 G-A-CTATAAATAGACATTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAA-GATAAACA
* * *
9118 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT-TTGAGAT
63 TTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGAT
* ** * * * *
9181 TATAAAACTATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTT
126 TACAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * * * *
9246 TTATCAATGAATGTTGTTTTC-TTCACGTGTT-TC-GGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
190 TTGCCAATAAATGCT-TTCTCATTCACGT-TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * * * *
9308 GAACAAAATA-TAAAAA-AATTAAACTTAAAAGCAATTATGAGA-TTTAGAACTATTTAAAGTGA
253 -ACCAAAA-AGCAAAAAGAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGA
* ** * * * * *
9370 GTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGAATAGCTTT-
316 GCAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATACCTTTC
* * * * * * * * ** *
9433 TACTACACATTTC-CTGAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGTA-AAATATAAAAAAA
379 T-CTTCACATTTCTC-AATGTAAACATTCAATTATAATATGTGTTAA-CCACAAA-GTAAAAAAA
* * * * * * * ** * * *
9496 TTCACCTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAGCCATTTATTG-AGAGTAATAAGGTTTTTGAAGA
440 TTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAAA
** *
9560 AATGGGT
504 AATAAGA
* * * ** * * * * * *
9567 GACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCGCA-TTTCAT-GAGGTAGATAT
1 GACTATAAATAGACATTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTC-AAGTTTC-TCAAGATAAACAT
* * * * * *************
9630 TTAATTATTGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNNNN
64 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAC
********* ** * * * *
9695 NNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGC
129 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * ** * * * * *
9760 CAATGAATGCTTTCTTC-TTCATGTTGCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA
194 CAATAAATGCTTTC-TCATTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA
* * * * * *
9824 AAATG-TATAAGAATTCAACTTAAAAT-AGATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAA
258 AAA-GCAAAAAGAATTAAACTCAAAATCA-ATTATGAGACTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGCAA
****************************** *
9886 TAAGGCTTTT---GAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----CTTTTC-CTTCA
320 TAAGGCTTTTAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTCTCTTCA
* * * * * * ** * * *
9941 CATTTCTC-GTGGTAGACAGTCAGTTATTATCTGT-TTCAATAAAAAAGTGTAAAACAATTCAAC
385 CATTTCTCAAT-GTAAACATTCAATTATAATATGTGTT-AACCACAAA--GTAAAAAAATTAAAC
* * * * * ** *
10004 TTAAAATCAATTATG-GAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
446 TTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAAAATAAG
*
10068 T
510 A
* * * * * * * *
10069 GACTGTAAATGGCCTTTTCTTCAT-AATAAATAGC-TTTTTCTACACGTTTCCTGAAG-CAAACA
1 GACTATAAATAGACATTTCTT-ATCAATAAAT-GCTTTTTTCTTCAAGTTT-CTCAAGATAAACA
********** * * *
10131 TTCAATTANNNNNNNNNNTAA-TAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTA-TAAATT
63 TTCAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA-T
* * ** * * * * *
10194 TATAAAAACAGTTAAAATGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATGAATGGACTTTTC
126 TA-CAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
10259 TTGCCAATGAATGCTTTCTTC-TTAACATTTCACGAGGTAAATATT-AATTATAATCTGTTTTAA
190 TTGCCAATAAATGCTTTC-TCATTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * ** * * * * * *
10322 CTAAAAAAGTAACAAA-TTTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAGAA-CA
254 C-CAAAAAGCAA-AAAGAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACT-ATTTA-AAGCG
* * ** * * * * *
10384 AGTAATAAGGCTTTTGAGCGAATGGAAGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
315 AGCAATAAGGCTTTTAAG-GAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAC-CTTT
* * ** * * ** * * *
10449 TTCTTTACATATT-TTGAGGTAGACATTCAATTATGGTTTGTTTTAACCA-AATATGTAAAAGAA
378 CTCTTCACAT-TTCTCAATGTAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACCACAA-A-GTAAAAAAA
* * * ********** * * **
10512 TTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TATAGG
440 TTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA-AAA
* *
10576 AATGAGT
504 AATAAGA
* * * ** * * * * ** **
10583 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCGATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG-TGTGACATT
1 GACTATAAATAGACATTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGAT-AAACATT
* * * * * * ** * *****
10647 CATTTGTAGTCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGNNNNNN
65 CAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG-ATTAC
***** * * ** *
10712 NNNNTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATGTGTCTATAAATGGACTTTTGTTGC
129 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
10777 CAATGAATGCCTTTCT--TTCCATGGTTT-TC-AGG-ACAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
194 CAATAAATG-CTTTCTCATT-CA-CGTTTCTCAAGGTA-A-ACATTCAATTATAATATATTTTAA
** * * * * ************************ *
10837 TTATTAATGTAAAAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
254 CCA-AAAAGCAAAAAGAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGC
* * * ** * * * * * * * *
10902 AATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAGTGGACATTCCTTGCCTATGAAT-GCTATTTTG
318 AATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCT-TTCTC
* * * * * * * * * ** * * * *
10966 TTCACGTTTTTCAAGGTAGACCTTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAATGTATAAGAATTCAA
381 TTCACATTTCTCAATGTAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACCACAAA-GTAAAAAAATTAAA
* * * * ** * * ** **
11031 CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGCAATAAGGCTTT-GTAGGAATGGG
445 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAAAATAAG
*
11095 T
510 A
* * * ** * * * ** * *
11096 GTCTATAAATAGGCTTTTGC-TGCCAATAAATACCTTTCTTTC--CATGGTTCTC-TCACAGACA
1 GACTATAAATAGACATTT-CTTATCAATAAAT-GCTTT-TTTCTTCAAGTTTCTCAAGATAAACA
* * * * * *
11157 TTCAATTATAATCTATTTTAA-TAATTAATGTAAAGAAAATTGAA-TCTAAAATTAATTTTTAAA
63 TTCAATTATAGTCTATTTTAACTAA-AAATGTAAA-AAAATTCAACT-TAAAATCAATTATTAGA
* * * * *
11220 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATAGGAGAT-TATAAATGGACATT
125 TTACAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTG-TCTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
11284 CCTTGCCTATGAATGCTTTTTCGTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
188 TCTTGCCAATAAATGCTTTCTCATTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * *
11349 ACCAAAAATG-TAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA-T-TAAAAATCATTTAAAGCGA
253 ACCAAAAA-GCAAAAAGAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACT-ATTTAAAGCGA
** * * *
11411 GCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTTCTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTCT
316 GCAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTCT
** * * *
11476 CTTTGCATTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-ATAATGTAAAAAAAAA
380 CTTCACATTTCTCAAT-GTAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACCACA-AA-GT--AAAAAAA
* * *
11539 TTGAA-TCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAA
440 TTAAACT-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAA
11603 AATAAGA
504 AATAAGA
* * * * *
11610 GATTATAAATGGACATTTCTT-GCTTATAAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATT
1 GACTATAAATAGACATTTCTTATC-AATAAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGATAAACATT
* *
11673 CAAATATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACA
65 CAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACA
* * * *
11738 AAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAA-AGAATGGGTGTCTATAAATGAACTTTTGTTC
130 AAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTG
* * **
11802 CCAATAAATGCCTTTCT-ATTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGTCA
193 CCAATAAATG-CTTTCTCATTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * * * * * *
11866 AAAAGCAAAAATAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAATCGAGTAGTA
257 AAAAGCAAAAAGAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATA
* * * *
11931 AGGCTTTTAAGTAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACC
322 AGGCTTTTAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTCTCTTCACA
*
11996 TTTCTCAATGTAAATATTCAATTATAATATGTGTTAACCACAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAA
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* * * * ** *
12120 GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATGGACGTTC
1 GACTATAAATAGACATTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGATAAACATTC
* * * * * **
12185 AATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTTGAG
66 AATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACA-
* * * *
12250 AACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAGGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
130 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGCC
12315 AAT
195 AAT
12318 GAANNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (510 bp):
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GCAAAAAGAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGC
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TCAATGTAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACCACAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
TTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAAAATAAGA
Found at i:12188 original size:683 final size:680
Alignment explanation
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10870 NNNNNNNNNN
* * * *
10880 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAGTGGACATTCC
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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196 TAAGGCTTTGAAAGAATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTGCTCCCAATAAATACCTTTCTTTCCA
* * * * *
11140 TGGTTCTCTCACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAATTAATGTAAAGAAAATTGAATCTA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *** * *
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* * *
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585 AATGCCTTTCTCTTTG-ATTTCTCATGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-AA-AT
* * *
11530 AAAAAAAAATTGAA-TCTAAAATCAATTTTGAGAT
647 AAAAAAAAATTCAACT-TAAAAGCAATTATGAGAT
* *
11564 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAAGAGATTATAAATGGACATTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTTC
*
11629 TTGCTTATAAATGCT-TTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAGTCTATTTTAAC
66 TTGCCTATAAATGCTATTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAGTCTATTTTAA-
* *
11693 T-AAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAA-TCATTTAAAGCGAGC
130 TAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACT-ATTTAAAGCGAGC
* *
11756 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGTCTATAAAT-GAACTTTTGTTCCCAATAAATGCCTTTCTA
194 AATAAGGC-TTTGAAAGAATGGGTGTCTATAAATAG-ACTTTTGCTCCCAATAAATACCTTTCT-
* * *
11820 TT-TA-CGTT-TCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGTCAA-AAAGCAAA-AATA
256 TTCCATCGTTCTCTCACA-G---ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AATAAAGCAAAGAA-A
* * *
11879 ATTAAA-CTTAAAATTAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAATCGAGTAGTAAGGCTTTT-AAG
315 ATTAAATC-TAAAATTAATTTTGAAACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
11942 TAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTC-TTCACCTTTCTCAATG
379 AAATAGGAGACAATAAATGGACATTCCTTACCAATGAATAC-TTTTTCGTTCACCTTTCTCAAGG
* * * * *
12006 TAAATATTCAATTATAATATGTGTTAACCACAAA-GTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTG
443 TAAACATTCAATTATAATATATGTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATG
* * *
12070 AGATTATAAAACCATTGAAATCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGGGAGACTATAAATAGACT
508 AGATTA-AAAACCATTGAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACT
* * * * * *
12135 TTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG-TTTCTCGA-GATGGACGTTCAATTATAGTCTAT
572 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTT--TGATTTCTC-ATGATAGACATTCAATTATAATCTAT
* *
12198 TTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGAT
634 TTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGAT
* * * * * *
12245 T-TGAGAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAGGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 TAT-AAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATT
12308 TCTTGCC
64 TCTTGCC
12315 AATGAANNNN
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 98, Indels: 43
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 86 0.14
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683 289 0.46
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686 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (680 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAAATGGACATTTC
TTGCCTATAAATGCTATTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAGTCTATTTTAAT
AAAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGCAA
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AATTAATTTTGAAACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACA
ATAAATGGACATTCCTTACCAATGAATACTTTTTCGTTCACCTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
ATAATATATGTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAAACCA
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ATGCCTTTCTCTTTGATTTCTCATGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAA
AAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGAT
Done.