Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399625.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2875.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4600
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 1360 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:521 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 318--812 Score: 582
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
308 NNNNNNNNNN
* * * *
318 TTTATAATCTTATAATTGATTTTCAATTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
* *
383 TGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAAAAAAATCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTG-CAAAAAAAATCTATTTATAGT
* * * *
448 CACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAG-T
129 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTT
* * * * *
489 TTTATAGTCTCATAGTT-ATTTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* * * * * * * *
553 CTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAACAAAAGCTATCCATTGGCAAAAAAATTCTATTTATAT
64 TTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATT-GCAAAAAAAATCTATTTATAG
*
618 TCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
128 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
* * *
660 TTTATAATCTCATAATTGTTTTTGAATTGAATTTTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAGATAGTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
* * * * * * * *
724 TGAATGTTTTCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCACCCATTTGCAAGAAAAGTCCATCTGTAGT
65 TGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCA-TTGCAAAAAAAATCTATTTATAGT
789 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
129 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
813 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 49, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 102 0.38
171 160 0.59
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
GAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCA
CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
Found at i:1228 original size:168 final size:159
Alignment explanation
Indices: 1211--1678 Score: 275
Period size: 169 Copynumber: 2.8 Consensus size: 159
1201 NNNNNNNNNN
* * * *
1211 AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGGGAAATGTAAAGAA
1 AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTATGGGAAATGTAAAG-A
* * * *
1276 AAAGTCATCCACTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
65 AAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
1341 GCTTTAAATGGTTTAGTGTCTCATAATTGA
130 GCTTTAAATGGTTTAGTATCTCATAATTGA
* * * *
1371 TTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTGGTTAAAATA-TTTTTAACTGAATGTCTACCT-TGAGA
1 ----AA-TTG----TTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTATGGGA
* * * * * * ** * *
1434 AACGTGAAGCAAAAGCCAT-CAATTGACAAGAAAATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAA
55 AATGTAAAG-AAAAGCCATCCACTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAACCCTTCAAAA
* * *
1498 -CATTATTACTCTCTTTAAATGGTATTA-TAATCTCATAATTCTTCTTA
118 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTAGT-ATCTCATAA----T-TGA
* * * * * * * *
1545 AGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTG
1 AATT---G--TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTATGGGAAATGTA
* * * * *
1610 AAGTAAAAGCTA-CCTA-TTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAACCCTTCAAAAGCCTT
61 AAG-AAAAGCCATCC-ACTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAACCCTTCAAAAGCCTT
1673 ATTACT
123 ATTACT
1679 TTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 40, Indels: 39
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.01
165 3 0.01
168 26 0.11
169 100 0.41
170 96 0.40
171 10 0.04
172 1 0.00
173 1 0.00
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (159 bp):
AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTATGGGAAATGTAAAGAA
AAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTAGTATCTCATAATTGA
Found at i:1534 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1046--2004 Score: 624
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 168
1036 NNNNNNNNCT
* * * * *
1046 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTA-CTATGGGAAATGTGAAG--AA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-TTTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAA
* * ** ** *
1108 A-CCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC-CTATTCCTTCGAAAGTCTTATTACT-
64 AGCCA-TCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AACCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* **********
1169 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAA
127 T-CTTTAAATGG-TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
1213 TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGGGAAATGTAAAGAAAA
1 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * *
1278 AGTCATCCACT-AGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
64 AGCCATCAATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT
1342 CTTTAAATGGTTTAGT-GTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 CTTTAAATGGTTTA-TAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
1383 TTTTTATACATTTTTGGTTAAAATATTTTTAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
1448 GCCATCAATTGACAAGAAAATTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAA-CATTATTACTCTCT
65 GCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCT
* *
1512 TTAAATGGTATTATAATCTCATAATT-CTTCTTAAGTTGAA
130 TTAAATGGT-TTATAGTCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAA
* * * * * *
1552 GTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTTAGGAAACGTGAAGTAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-TTTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
1616 AAGCTACCTATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTTT
63 AAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT
* ** *
1681 TTTTAAATAATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAATTTGAA
128 CTTTAAAT-GGTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * ** *
1723 TTTTTTCACATTTTTGATTAAAATGGA-CAATAATTGAATG-CTTGCCTCAAGAAACATGAAG-A
1 TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAAT--ATTTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * * ** * ** *
1785 AAAGCCTTTC-ATT-AGCGAGAGAAGTCCATTTATAGTCA-TCTATGCCATCGAACGCCTTATTA
62 AAAGCC-ATCAATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AACCCTTTAAAAGCCTTATTA
** * * * *
1847 CTAACTTTGAATGGTTTTATACTCTAATAATTTATTTTAAGTTGAA
124 CTCTCTTTAAATGG-TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * * * * *
1893 TTTTTTTACATTTTCGATTAAAATATATTATTGTTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATAAAGCAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAA
* * * * * * * * *
1957 AAGTCATCCATTGGCAAGAACATTCTACTTATATTCACTCAAACCTTT
63 AAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTT
2005 GGAACTCTTA
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 128, Indels: 76
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 73 0.12
169 121 0.19
170 249 0.40
171 169 0.27
172 9 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTT
TAAATGGTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:4553 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4236--4564 Score: 387
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
4226 NNNNNNNNNN
* * *
4236 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTGTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTATGTTAAAGTGTTTTT
* * * * * * * * **
4301 ATATTTTTGATTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACGTAAAGCGAAAGCTATC
66 ATATTCTTGATTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACCGTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATC
*
4366 CATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTTGA
131 CATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTTGA
* * *
4408 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAC-A-CTCATAATTAATTTTTTTGTTGAAGT-TT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT--TACAATCTCATAATTAA-TTTTATGTTAAAGTGTT
* * * *
4470 TTTATATTCTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATATCTACCGTAAGAAACGTAAAGAAAAAAGC
63 TTTATATTCTTGATTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACCGTAAGAAACGTAAAG-AAAAAGC
* *
4535 -ATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGT
127 TATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGT
4565 CACCCTTTCC
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 23, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
172 110 0.85
173 17 0.13
174 3 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTATGTTAAAGTGTTTTT
ATATTCTTGATTAAAAAAGACTATAATTGAATATCTACCGTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATC
CATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTTGA
Done.